BAC3 Virologie 24-25 Irem TASKIN
Chapitre 1 - Les bases de la virologie
1. Pourquoi étudier les virus ?
Des pandémies d’origine diverses ont eu lieu au cours de l’histoire. Certaines sont dues à des
virus dont on entend tout le temps parler, comme le virus de la grippe. Les virus sont toujours
parasites d’une autre cellule, aucun virus n’est autonome (ne peut fabriquer ses constituants
tout seul), il doit donc entrer dans une cellule et détourner la machinerie de celle-ci. Les virus
infectent tous les organismes vivants (procaryotes, invertébrés, vertébrés)…., mais ne sont pas
toujours pathogènes.
Par exemple, les oiseaux sont des réservoirs du virus de la grippe, c’est à partir d’eux qu’elle se
transmet. De plus avec le réchauffement climatique, le permafrost qui fond fera surement
ressurgir de nouveaux virus et contaminer les animaux marins. Il est donc primordial d’étudier
les virus.
L’origine des acides nucléiques dans le sang humain est majoritairement virale (67%). Les
séquences virales sont présentes dans le génome de nos cellules (5 à 8% de notre DNA est
d’origine virale, exemple de la syncitine : fusion entre les cellule est due à la syncitine dont le
gène qui code pour celle-ci contient des séquences provenant de virus ! C’est donc un vestige
de gène que l’on trouvait chez des virus.) De plus, les acides nucléiques viraux constituent ±94%
de tous les acides nucléiques présents dans les océans. On estime qu’une baleine infectée par
un calicivirus produit chaque jour > 1013 particules /gr de fèces. Les virus modulent les cycles
biogéochimiques à travers la mortalité, les transferts horizontaux,…
Les virus peuvent être pathogènes, ce qui a un impact sur la santé et un impact socio-
économique. Comme le microbiome, il existe un virobiome qui comprend les virus qui
cohabitent avec nous.
Les virus peuvent passer les barrières d’espèces (augmentation des
zoonoses). Les oiseaux aquatiques vivent habités par ces virus donc ils
sont asymptomatiques, cependant s’il y a un contact entre les oiseaux
aquatiques et domestiques, les virus passent alors vers l’animal où ils vont
commencer à muter… et à encore se propager vers un autre animal
domestique. Si cet animal domestique est en contact avec l’humain et
qu’ils (virus) sont adaptés, ils peuvent être dangereux et vont commencer
à montrer des symptômes.
Les virus peuvent avoir un effet béné que. Le fait que nous soyons colonisés par des virus a un
impact sur notre fonctionnement, la présence de micro-organismes conditionne la façon dont
notre système immunitaire va être moduler et sa capacité à être opérationnel. On peut d’ailleurs
voir la différence entre un tissu sans aucun virus et un tissu avec.
Les virus peuvent servir d’outils (virus vecteurs; virus
oncolytiques). Ils peuvent être utilisés en thérapie génique, à
l’aide de virus on peut soigner. Un virus est capable de tuer des
cellules tumorales et permettre d’activer le système immunitaire.
Les virus ont permis de découvrir de nombreux processus
moléculaires, par exemple les enzymes de restrictions ont été
trouvé en étudiant les bactériophages.
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On découvre encore de nouveaux virus, leur étude est donc importante. Par exemple, le
pandoravirus qui est un virus infectant les amibes et dont la taille est énorme, il code pour de
nombreuses protéines.
2. Qu’est-ce qu’un virus ?
Les virus sont des particules inertes, dépendant entièrement des cellules (procaryotes ou
eucaryotes) qu’elles parasitent. Les virus sont très petit et ne sont pas visibles en microscopie
normale. La dépendance du virus par rapport à la cellule qu’il parasite peut être variable.
Découverte des virus :
Historiquement, Koch a établit le postulat qui fait le lien entre pathologie et agent infectieux. Le
micro-organisme doit (1) être associé avec la pathologie et aux lésions qui le caractérisent, (2)
pouvoir être isolé à partir du patient et propagé en culture. La pathologie doit (3) être
reproduite lorsqu’une préparation puri ée du microorganisme est injectée à un patient sain (4)
doit pouvoir être isolé à partir de l’hôte infecté expérimentalement. Grâce à l’application de ces
principes, Koch a démontré le lien entre Bacillus anthracis et Anthrax et Bacillus tuberculosis et
Tuberculose → Correspondance entre le pathogène et la maladie.
En 1892, D. Ivanovsky constate que la sève des plants de tabac malades contient un agent
infectieux qui n’est pas retenu par le ltre de porosité de 0,2 µM (contrairement aux bactéries). Il
émet alors l’hypothèse quant à l’agent causal de la pathologie (Toxine?). En 1898, F. Loef er et P.
Frosch (2 étudiants de R. Koch) établissent l’agent causal. C’est une particule beaucoup plus
petite que les microorganismes connus et qui ne se réplique QUE dans les organismes hôtes.
Le diversité en terme de morphologie des virus est extrêmement grande.
Un virus est un parasite intracellulaire obligatoire comprenant du matériel génétique (ADN ou
ARN), entouré par des protéines et éventuellement protégé par une enveloppe dérivée
de la membrane de la cellule-hôte et dont le génome se réplique dans une cellule cible
appropriée et qui dirige la production des autres composants viraux, en utilisant la machinerie
cellulaire pour fabriquer de nouvelles particules infectieuses appelées VIRIONS.
Le virus infecte s’il trouve une cellule qui exprime un certain type de récepteur, c’est un peu un
système de clé-serrure.
La fenêtre d’observation de la majorité des virus se fait grâce au microscope optique (de l’ordre
du nm et moins). Leur taille va de 20nm (polio) à plus de 1µm (pandoravirus).
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Échelle des tailles des virus, il y a une relation entre taille du virus et son génome. Si le virus a un
gros génome ils pourront effectuer un grand nombre de choses…
3. Comment étudier les virus ?
Les virus peuvent être étudiés
- in Vivo : dans des modèles expérimentaux (hôte naturel ou non) → travailler sur l’hôte
directement ou sur un hôte non naturel (ex si virus humain on peut travailler sur une souris
mais prendre en compte). Premiers modèles d’étude des virus avant que la culture de cellules
ne soit disponible mais dif culté pour certains virus de disposer (développer) un modèle
expérimental in vivo qui récapitule toute la biologie du virus (limitation de spectre d’hôte,…),
il y a aussi la dif culté de faire des études au niveau cellulaire, moléculaire
- In Vitro : en culture de cellules primaires ou en lignées, de nombreux virus ne se répliquent
pas de manière optimale dans des cultures de cellule et possibilité d’études biochimiques,
moléculaires. Travailler par exemple avec des lignées de cellules cancéreuses mais celles ci
sont anormales donc ce n’est pas l’idéal.
En 1949, Weller et Robbins cultivent (en boite) pour la 1e fois le virus polio dans des cellules
primaires (tissus embryonnaires) (prix Nobel). Cela a permis un grand progrès technologique
permettant d’envisager l’études des virus au niveau cellulaire.
Les cellules primaires sont des cellules pr lev es d’un organe puis dissoci es a n d’ tre
remises en culture. Dot es d’une dur e de vie limit e, elles se divisent quelques fois puis
meurent. De ce fait, elles se rapprochent de la r alit . Les broblastes primaires du pr puce
humain sont des cellules primaires.
A l’inverse, les lign es de cellules continues sont des cellules immortelles. C’est notamment le
cas des cellules canc reuses qui se divisent continuellement et de mani re anarchique. Bien
qu’elles puissent tre maintenues en culture tr s longtemps, certaines cellules deviennent
aneuplo des, ce qui peut perturber les observations. Les cellules HeLa (Henrietta Lacks) sont des
cellules autrefois pr lev es d’une tumeur et maintenues en culture depuis. Henrietta Lacks est
une femme afro-am ricaine morte d’une tumeur canc reuse d veloppement tr s rapide. Ses
cellules sont les 1 res avoir pu tre cultiv es in vitro et ont pour cette raison t utilis es dans
le monde entier sous le nom de «HeLa».
a) Comment voir les virus si on a pas de microscope électronique ?
Les virus en général font des effets cytopathiques qui altèrent la morphologie de la cellule
qu’ils infectent, on peut ainsi les « voir ». Il existe différents effets cytopathiques (Cytopathic
effects= CPE) suivant le type cellulaire et le virus. Par exemple, le virus de la polio détruit le tissu
qu’elle infecte alors que le virus de la rougeole induit des fusions de cellules qui forment des
lors des syncytium.
La propagation de virus dans des oeufs embryonnés (tjs utilisé pour la production de vaccin
In uenza). On injecte le virus dans l’œuf et suivant le virus, on va avoir certains des tissus qui
vont être infecté (servir d’usine), le virus s’accumule dans l’œuf. Sorte de mini incubateur.
b) Terminologie :
Cellule susceptible: cellule exprimant un récepteur fonctionnel pour un virus particulier. Le
virus peut rentrer dedans mais la cellule n’a pas forcément la machinerie nécessaire.
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Cellule permissive: cellule ayant la capacité de répliquer un virus particulier.
Cellule résistante: cellule n’exprimant pas le récepteur pour un virus particulier.
Seules les cellules susceptibles et permissives sont capables d’être infectées par un virus et de
supporter sa réplication.
La réplication des virus et celle des bactéries ne sont pas comparables. Chez les bact ries, la
courbe de croissance est lin aire, avant d’atteindre un plateau. Chez les virus, il y a d’abord une
p riode clipse, soit une p riode pendant laquelle aucune particule virale n’est d tect e. Ça
prend du temps d’assembler le virus, donc durant un certain temps on va rien détecter comme
particule virale produite. Si toutes les cellules sont infectées au départ en même temps
(synchronisées) elles relarguent le virus et on aura une production de virus maximale. Si c’est pas
toutes les cellules qui sont infectées, l’infection se fera petit à petit.
c) Méthodes de quanti cation, d’observation ou d’analyse :
Plaque assay : Initialement pour l’étude des bactériophages (1930), adapté par R. Dulbecco
pour l’étude de virus animaux sur cellules eucaryotes (Prix Nobel en 1975). On va retrouver des
plages de lyse et non des colonies. Plus il y a de virus dans l’échantillon plus il y aura des plages
de lyse ou de foyer d’infections. Si on a 100 foyers d’infections ça veut pas dire qu’on avait 100
virus dans l’échantillon. Donc il faut faire attention quand on quanti e car pour la plupart des
virus le nombre de particules physiques n’est pas égal au nombre de particules infectieuses
(particules endommagées, défectives, mutations…). Les rapports entre particules observ es et
particules infectieuses varient selon le virus. La quanti cation d nit le nombre de particules
infectieuses rapport au nombre de plaques form es dans ce qu’on mesure (particle/PFU
ratio). Le meilleur cas est celui dont le rapport quivaut 1. Chez le Papillomavirus, le rapport
tant de 10 000, on compte une particule infectieuse pour 10 000 particules virales.
Hémoagglutination : Certains virus produisent des prot ines appel es h magglutinines. Ces
prot ines ont la capacit de se lier aux globules rouges (GR) et de les agglutiner, formant un
r seau. On peut ainsi quanti er la pr sence de virus en mesurant la densit du r seau form .
A partir d’un chantillon, 2 autres tests peuvent tre utilis s pour la d tection de virus.
- le test PCR (polymerase chain reaction) indique si la cellule a permis la r plication du g nome
viral. Ainsi, le test PCR permet de quanti er le virus en pr sence en mettant en vidence la
quantit d’acides nucl iques. Cependant, il ne permet pas de savoir si le virus pr sent est
infectieux ou pas.
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- le test s rologique d tecte les anticorps produits en r ponse une infection virale, indiquant
une exposition ant rieure un virus. Le test s rologique est moins sensible que la PCR, car il ne
d tecte pas directement la pr sence du virus lui-m me mais plut t la r ponse immunitaire de
l’organisme l’infection. Autrement dit, il permet de d tecter la pr sence d’anticorps
sp ci ques dans le sang, mais il ne permet ni de savoir si le virus est toujours pr sent ni de
savoir si le virus est infectieux. Le test s rologique est g n ralement r alis 10 15 jours apr s
l’infection a n de laisser le temps au syst me immunitaire de produire des anticorps
d tectables.
Microscopie : On peut observer l’infection virale par différentes méthodes microscopiques. La
microscopie confocale (résolution +-150nm) permet d’ tudier les tapes infectieuses d’un virus
partir d’une m me pr paration différents moments de l’infection. Pour cela, on modi e une
prot ine virale par insertion d’un g ne codant pour une prot ine uorescente sous le contr le
d’un promoteur permettant son expression (GFP fusion transcriptionnelle). Lorsque la prot ine
virale est exprim e, la GFP l’est aussi. En observant l’ chantillon diff rents moments de
l’infection, on peut visualiser l’accumulation progressive de la prot ine uorescente, r v lant les
diff rentes tapes de l’infection virale. La capside est marquée au uo donc on visualise la
capside des particules virales augmenter de nombres dans le noyau, puis ensuite on en voit
dans le cytoplasme. Observer la cellule vivante au microscope permet de voir de façon
dynamique les compartiments cellulaires.
La microscopie électronique a permis la 1e démonstration de la nature particulaire des virus.
Matériel présentant peu de contraste intrinsèque donc il y a nécessité de colorer (negative
staining). La résolution est de l’ordre de 50-75°A (Poliovirus: 200 A° donc non analysable en ME).
De plus, impossibilité d’études au niveau structural.
Cry-electron microscopy/tomographie : La Cryo-EM est
une technique de ME utilis e pour observer des
chantillons biologiques congel s. Le mat riel est r frig r
tr s rapidement, aboutissant la formation de cristaux. De
nombreuses photos d’un m me chantillon sont prises
sous diff rents angles et assembl es pour obtenir une
reconstitution 3D de la structure de l’ chantillon. La
r solution de la Cryo-EM varie g n ralement de 20Å 5Å,
ce qui permet de visualiser les structures une chelle atomique.
Cristallographie aux rayons X : c’est une technique de d termination de la structure atomique
d’une mol cule, qui implique la formation de cristaux de la mol cule d’int r t et l’analyse de ces
cristaux aux RX. La r solution obtenue est de 2Å.
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