Cours n°3 : La transcription

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La transcription correspond au mécanisme par lequel une séquence d’ADN est copiée en ARN.
Dans les cellules hormis lors de la réplication de génomes viraux à ARN, la synthèse de l’ARN est
réalisée par des ARN polymérases ADN dépendantes.

I-Mécanismes moléculaires de l’expression et de la régulation

des gènes :

I-A-Expression génique et
régulation :
Expression génique désigne l'ensemble
des processus biochimiques par lesquels
l'information héréditaire stockée dans un
gène est lue pour aboutir à la fabrication de
molécules qui auront un rôle actif dans le
fonctionnement cellulaire, comme les
protéines ou les ARN. Cela inclut donc la
traduction et de la maturation des protéines.
Il existe deux différences fondamentales entre les génomes des Procaryotes et ceux des
Eucaryotes, l’une est liée à la compartimentation de la cellule et l’autre (qui en découle
indirectement) est associée à l’organisation des gènes. Il en résulte donc que l’expression génique,
chez ces deux groupes repose sur des mécanismes, en partie, différents.

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I-A-1-Chez les Procaryotes :
Chez les Procaryotes et dans les organites (Les organites parfois nommés organelles par
anglicisme : mitochondries et chloroplastes), transcription et traduction se font à la suite l’une de
l’autre sans étape
intermédiaire =
transcription et
traduction in situ (cf.
Figure ci-contre). Le
gène subit plusieurs
transcriptions
simultanées ou plutôt
consécutives. Du fait de
l’absence de membrane nucléaire, la traduction commence
même sur l’ARNm en cours de transcription comme l’illustre, en
partie car il s’agit d’ARNr, la figure ci-contre (structure dite en
arbre de Noël, tronc = ADN, branches = ARNm, boules = ribosomes
et les guirlandes = protéines (pas représentées sur schéma) à
imaginer dans l'espace (penser à l’hélice) et non dans un plan). De
plus, des gènes sont assez souvent organisés en opéron
(phénomène rarissime chez les Eucaryotes). Cette barrière qu’est
la membrane nucléaire séparent nettement (physiquement) a
permis des potentialités nouvelles*. Par exemple, les ARNm
peuvent subir des modifications nombreuses et spécifiques, un
même gène pourra donner des ARNm différents suivant par exemple, le tissu. Alors que dans le
monde bactérien un même gène donne toujours, à quelque chose près, le même type d’ARNm.
*Concernant les nouvelles potentialités cf. principalement le chapitre sur l'épissage alternatif. Il y a
aussi des récepteurs à la surface de la membrane nucléaire qui peuvent, par exemple, en relayant des
signaux extracellulaires moduler la transcription de certains gènes, mais ces mécanismes ne sont pas
au programme.

Chez les procaryotes, les transcrits d’ARNm servent de matrice à la traduction bien avant que la
transcription ne soit terminée, certainement car la transcription n’est pas compartimentée dans le
noyau. Par conséquent les ARNm procaryotes subissent pas ou peu de modifications post-
transcriptionnelles. Alors que les ARNr et ARNt primaires sont beaucoup plus longs que la molécule
finale. Ils nécessitent donc une transformation avant d’être fonctionnelle. C'est moins gênant car un
39
éventuel pré-ARNm serait lu en donnant un message aberrant alors que les pré-ARNt ou r ne sont le
plus souvent pas fonctionnels.

I-A-2-Chez les Eucaryotes :

Du fait de la présence de la
membrane nucléaire, la traduction ne
peut commencer qu’après le transport
de l’ARNm maturé dans le cytoplasme.
De plus, la présence d’introns dans les
gènes codant des protéines nécessite
l’excision de ces derniers (épissage) afin
d’obtenir un ARNm mature.
Le transfert de l’information de l’ADN
vers l’ARN constitue le « dogme
central » de la biologie d’après Crick ;
toutefois, il existe quelques exceptions ;
par exemple, au cours du cycle de
multiplication des rétrovirus, le génome
à ARN est converti en ADN grâce à une enzyme particulière nommée transcriptase inverse.

L’expression de l’information génétique peut donc se résumer de la façon suivante :

Transcription Traduction
ADN ---------------------> ARN ------------------> protéines

I-B-La transcription :
Il faudrait une convention "universellement" acceptée pour nommer les brins d'ADN.
Notion de brin + ou positif :
Vous verrez dans la littérature diverses appellations pour chacun des deux brins d’une double
hélice d’ADN (codant/non codant, sens/antisens ou non-sens, transcrit/non transcrit, matrice, etc…).
Dans ce cours, nous considèrerons qu’il y a un brin d’ADN+ (ou positif ce qui correspond au
« codant ») et son complémentaire nommé « – » (ou négatif correspondant au brin « matrice »). La
référence étant l’ARNm qui par définition sera noté +, le brin d’ADN utilisé comme matrice pour la
transcription de cet ARNm et lui étant complémentaire, sera donc le brin -. A contrario, le brin d’ADN
40
complémentaire du brin -, sera noté +, ce brin contient une information équivalente à celle de l’ARN
(excepté que U est remplacé par T et les différences au niveau des sucres (ribose/désoxyribose)).
Donc, il est possible de lire directement l’information en (équivalent) codon sur l’ADN +, c’est
d’ailleurs ce que nous faisons le plus souvent lors du séquençage. Toutefois, cette façon de nommer
les gènes, comme les autres, n’est pas parfaite (par exemple, si les deux brins d’ADN sont codants
comme chez certains virus).

Un codon ou séquence complémentaire de codon sur 2 a été souligné :

5’-TTCAGGACTCGC-3’ ADN +
Réplication ou duplication
3’-AAGTCCTGAGCG-5’ ADN –
Transcription Transcription inverse
5’-UUCAGGACUCGC-3’ ARNm (+ par convention)
Orientation et convention d’écriture :
Pour vous, étudiants, il vous faut toujours orienter les séquences nucléotidiques. De plus, cela
permet lorsqu’il y a plusieurs étapes (par exemple lors de sous-clonages) d’éviter bien des erreurs.
La convention est la suivante, lorsqu’il y a un seul brin sans indication comme :
AGCCCTAG, il est orienté de 5’ à 3’ dans le sens traditionnel d’écriture en Occident, c’est-à-dire :
5’-AGCCCTAG-3’.
Si c’est du double brin, celui du dessus par convention est orienté 5’-3’, celui de dessous lui étant
complémentaire est donc orienté 3’-5’.
AGCCCTAG 5’-AGCCCTAG-3’
TCGGGATC 3’-TCGGGATC-5’

La transcription peut être divisée en 3 étapes principales : l’initiation, l’élongation, la

terminaison. C'est probablement valable pour toute polymérisation dans lesquelles il y a un
enchaînement de molécules (non identiques) dans un ordre précis.
L’initiation : Il faut que cela démarre au bon endroit et uniquement lorsque cela est nécessaire
ou souhaitable. Même chez les bactéries ou les virus où l’information est très contrainte, la totalité
du génome n’est pas transcrite (et toutes les parties ne le sont pas en même temps), seules les
régions correspondant à une partie des gènes le sont. De plus, chez les pluricellulaires, cette
expression peut et doit être régulée selon le stade de développement, le type cellulaire,
l'environnement, etc... Un gène peut rester muet durant des périodes très longues. Un ou des
éléments doi(ven)t donc reconnaître une région particulière de l’ADN pour déterminer à quel endroit

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doit commencer la transcription. La transcription est donc initiée au niveau d’un site spécifique
nommé promoteur (région permettant de promouvoir la transcription), l’ARN polymérase se lie à
l’ADN au niveau de ce site. Le promoteur correspond à une région généralement non transcrite de
l'ADN, située le plus souvent juste en amont du début de la région transcrite. C’est sur cette région
que se positionneront les ARN polymérases.
L’élongation : l’ARN polymérase (ADN dépendante) se déplace le long de la molécule d’ADN en
séparant les deux brins et en synthétisant le brin complémentaire de l’ADN – (= l’ARN) et la
polymérisation est effectuée de 5' en 3'.
La terminaison : la transcription s’arrête au niveau d’un signal spécifique ou séquence de
terminaison (ou terminateur) signifiant l’arrêt de la transcription. Il est important que l’arrêt se fasse
au bon endroit. Un arrêt précoce, entraine souvent une instabilité de l’ARN qui sera rapidement
détruit. De plus, au cas où il s’agirait d’un ARNm, la protéine peut être trop courte donc non
fonctionnelle. Un arrêt tardif, c’est une étape anormalement longue et de plus, coûteuse en
molécules d’ATP donc désavantageuse lorsque la pression de sélection est importante comme chez
les unicellulaires. De plus, un ARNm anormalement long sera le plus souvent instable et donc lui aussi
rapidement détruit.

Les modalités de transcription sont différentes chez les Procaryotes et les Eucaryotes.

I-B-1-La transcription chez les Procaryotes :

La transcription a lieu dans le cytoplasme bactérien puisque c'est là que se trouve l'ADN
(chromosomique ou plasmidique). La transcription de l'ADN en ARN est catalysée par les ARN
polymérases ADN dépendantes. Chez les bactéries, il semblerait qu’un seul type d’ARN polymérase
soit à l’origine de la synthèse de presque tous les ARNm et de tous les ARNt et ARNr. L’ARN pol. d’E.
coli a une masse moléculaire d’environ 465 kD et est constituée de 6 sous-unités (2 alpha, beta, beta',
sigma et oméga (ω)). La sous-unité oméga de très petite taille ne sera plus mentionnée dans ce cours
car si les cinq autres s'associent de manière stœchiométrique (pour 100 molécules, 200 alpha, 100
beta, 100 beta' et 100 sigma et << à 100 w) : α2ββ'σ70 pour constituer l'holoenzyme, concernant ω il y
a globalement moins d'un exemplaire par molécule d'enzyme (cette sous-unité ne sera dorénavant
plus mentionnée).

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 Nous allons donc considérer que la forme complète contient α2ββ’σ70 et est appelée holoenzyme.
Le facteur sigma peut être détaché des autres sous-unités qui forment le noyau de l’enzyme.

L'holoenzyme  "noyau (core en anglais) de l’enzyme" + facteur sigma.

α2ββ’σ70  α2ββ’ + σ70

Le core enzyme peut synthétiser l'ARN à partir d'une matrice ADN, mais seule l'holoenzyme est
capable d'initier la transcription. En effet, le facteur sigma est indispensable à la reconnaissance du
promoteur et assure la fixation stable de l’ARN pol. au niveau de ce site.
N.B. les masses des diverses sous-unités ne sont pas à connaître.
RNAP = ARN pol.

C
O
R
E

Les 2α ont un rôle dans l’initiation et la régulation, β forme une partie du site actif. Elle est
impliquée dans l'initiation et l'élongation. β’ a un rôle dans l’interaction avec l’ADN, σ70 joue un rôle
primordial dans l'initiation de la transcription en dirigeant l'enzyme vers le promoteur.

Contrairement aux ADN polymérases (cellulaires/virales) responsables de la réplication et de la

réparation de l'ADN, les ARN polymérases sont capables de synthèse de novo, sans avoir recours à
des amorces. De plus, les ARN pol. ne possèdent pas (véritablement) d’activité exonucléasique et
donc ne peuvent avoir d’activité correctrice contrairement aux ADN pol. cellulaires. Ce qui induit un
taux d’erreur (par substitution) lors de la transcription de l’ordre de 10-4-10-5 (alors qu’il est en
moyenne de 10-9 pour les ADN pol.).

43
 I-B-1-a-L’initiation de la transcription chez les Procaryotes :
Chez les bactéries, lors de l'étape d'initiation, l'holoenzyme recouvre une zone d'ADN précise de
75 à 80 pb. Cette zone renferme des régions (motifs) reconnues par les facteurs sigma. Ces motifs ne
sont pas forcément identiques, on définit donc des séquences consensus correspondant à une
séquence pour laquelle l’homologie est maximale lorsqu’on aligne toutes les séquences connues
(cf. % dans la page suivante).
Le noyau de l’enzyme a une affinité pour l'ADN au travers d'interactions électrostatiques non
spécifiques et c'est l'association du noyau de l’enzyme avec un facteur sigma qui lui confère sa
spécificité pour le promoteur. Néanmoins, les mêmes motifs dans des contextes différents peuvent
donner des fréquences d'initiation très différentes. Cette variation peut avoir une justification
biologique. En effet, il n'est pas nécessaire d'avoir tous les gènes transcrits avec la même fréquence. Il
est donc difficile de prédire l'efficacité d'un promoteur juste par l'analyse des motifs.
Chaque cellule bactérienne peut contenir plusieurs types d’éléments σ. Il y a 4 facteurs sigma (  )
majeurs chez E. coli impliqués dans l'initiation de la transcription de gènes dont les produits
participent à des grandes voies métaboliques. Les régions reconnues par ses facteurs sont différentes
en termes de séquences et d'espacement des boîtes :
Sigma factor MW (Da) fonction -35 Espace entre la -10
-35 et la -10
Sigma 70 = 70 = sigma A 70 000 housekeeping TTGACA 15-21 bp TATAAT
Sigma 32 (H) 32 000 heat shock CNCTTGA 13-15 bp CCCCATNT
GC%=50 GC%=50
Sigma 54 (N) 54 000 nitrogen CTGGNA 6 bp TTGCA
Sigma 28 (F) 28 000 chemotaxis TAAA 15 bp GCCCGAAA

Le facteur  70 permet la transcription des gènes de « ménage » (ou housekeeping genes) qui sont
des gènes dont l’expression est supposée constante dans tous les types cellulaires (si pluricellulaires
donc eucaryotes) et conditions physiologiques. Dorénavant, on ne citera quasiment plus que ce
facteur, même lorsque de coefficient de sédimentation « 70 » ne sera pas indiqué.

Les promoteurs ont une taille d’environ 40pb (toute la région est couverte par l’enzyme et un peu
au-delà). Quatre éléments sont conservés au niveau des promoteurs  70 procaryotes, on les
positionne par rapport au point d’origine de la transcription où s’effectue l’incorporation du premier
NTP (les consensus sont donnés pour le facteur 70) :
L’Origine de la transcription O (C’est la lettre O et non un zéro), qui dans plus de 90% des cas est
une purine et est souvent la base centrale du triplet CAT (1er élément), à savoir l’adénine (entourée
de pyrimidines). O est noté +1, en amont cela commence directement à la base -1, il n’y a pas de zéro.
Le motif CAT est considéré par certains auteurs comme une séquence consensus. Des auteurs
considèrent que le +1 serait un des éléments et le CAT, un deuxième mais comme le CAT contient le +1,
c'est peu pertinent.

44
 La séquence –35 (nommée aussi boite - 35) dont la séquence consensus est TTGACA. Le motif -35
serait responsable de la reconnaissance initiale du promoteur par le facteur sigma. -35 signifie que le
début de la séquence (en 5’) est le plus souvent positionné en -35 par rapport au +1 de transcription.
La séquence –10 (nommée TATA box (en anglais) ou boite TATA bien que cette dénomination ne
devrait être réservée qu’aux eucaryotes pour certains auteurs, aussi nommée boite de Pribnow) dont
la séquence consensus est TATAAT. Le motif -10 serait impliqué dans la transition du complexe
fermé vers le complexe ouvert. Le GC% au niveau de cette séquence comme celui du promoteur en
général est faible, ce qui facilite le passage de la forme double brin à celle simple brin. Il est ici de 0%
donc le AT% est de 100%. Cette richesse en AT facilite la dissociation des deux brins d’ADN.
La distance en nucléotides entre les sites –35 et –10 varie de 15 à 21 pb. La séquence dans cet
espace n’a pas, semble-t-il, d’importance, ce qui compte c’est sa longueur qui permet de maintenir
l’enzyme dans une conformation optimale. Il y a donc aussi un consensus de distance.
Le 4e élément, c'est le consensus de distance qui n'est pas à connaître.

Ces deux séquences (-35 et -10) sont données pour le brin +. Exemple :
région -35------- ≈15 à 21 bases -------- région -10 ≈ 6 bases +1 de transcription

5'-CGGTGTTGACATAAATACCCACTGGCGGTTATAATGAATGCACATCAGCAGG-3'

Figure : Des promoteurs d’E.

coli avec le % des bases les
plus représentées pour
chaque position au sein des
séquences consensus.

Source : [Link]
7RelStructFonction/2Biochimie/1SyntheseProteines/[Link]

45
Résumé concernant les promoteurs reconnus par le facteur 70 chez les Procaryotes
La région reconnue par l’ARN
polymérase est juste en amont du site
d'initiation de la transcription.
Elle comprend trois éléments : les 2
régions consensus [-35 (TTGACA) vers -
35, la région TATA (TATAAT) vers -10] et
le site d'initiation de la transcription.
Avant que ne débute l’élongation,
la chronologie des événements est la
suivante :
Formation d’un complexe binaire
fermé ("closed") : Interaction de
l’holoenzyme avec l’ADN au niveau du
promoteur. L’holoenzyme se fixe au
niveau de la région -35 grâce au facteur
 70. L’enzyme recouvre environ 80 pb
d’ADN. Le complexe binaire
(holoenzyme-ADN) est dit fermé car
l’ADN reste sous forme de duplex. Cette étape est réversible.
Transition du complexe binaire fermé en complexe binaire ouvert ("open") par séparation des
deux brins de l'ADN sur quelques pb. Cela se produit lorsque l’enzyme (par le facteur 70) se lie à une
courte région de l’ADN conduisant à son ouverture dans une région riche en A-T, c’est la région –10
(il est plus aisé de casser des doublets de liaison hydrogène (entre A et T) que des triplets). Cette étape
est irréversible.
Formation d’un complexe ternaire (car 3 partenaires: ADN, ARN pol. et l’ARNm constitué des
premiers nucléotides. Il y a donc initiation de la polymérisation de la chaîne d’ARN. Des nucléotides
supplémentaires peuvent être rajoutés sans que l’enzyme ne bouge, conduisant à la formation d’un
ARNm ayant jusqu’à une dizaine de bases. Si le facteur sigma n’est pas libéré, l’enzyme recommence
la transcription au niveau de la première base. Il peut y avoir de nombreux débuts d’initiation qui
avortent.
Formation d’un complexe ternaire d’élongation ("promoter clearance"), Lorsque le facteur
sigma est relâché, le noyau de l’enzyme se détache alors du promoteur et se déplace le long de la
matrice ADN et la transcription du brin néosynthétisé d’ARNm se poursuit au-delà de la dizaine de
bases.

46
I-B-1-b-L’élongation :
Le complexe enzymatique synthétise alors le brin
d'ARN complémentaire du brin matrice. L'élongation de
la transcription se fait par déplacement du complexe le
long de l'ADN. Ce déplacement implique un
déroulement de la double hélice d'ADN en aval et un
ré-appariement en amont de la région servant de
matrice. Des pauses dans l'élongation peuvent se
produire dans certaines régions riches en G+C ou
pouvant former des structures secondaires stables. Environ 40 nucléotides sont polymérisés par
seconde chez les bactéries = 2400 nt/[Link] : [Link]

I-B-1-c-La terminaison :
La terminaison de la transcription se fait au niveau du terminateur, situé au niveau des gènes
codant les protéines après la séquence codante.
La réaction de terminaison de transcription comprend 4 étapes :
- reconnaissance de sites spécifiques ou terminateurs,
- l'arrêt de l'élongation donc de la synthèse d’ARN,
- la libération du transcrit par rupture des liaisons hydrogène et ainsi le duplex ADN peut se
reformer lorsque l’étape suivante se produit,
- la dissociation du noyau de la polymérase de la matrice ADN.
Dans la majorité des cas, la terminaison dépend de la formation d’une structure secondaire en
épingle à cheveux au niveau de l’ARN donc pas directement de l’ADN. La transcription est régulée par
la configuration du transcrit et ne dépend donc qu’indirectement de la séquence du brin matrice.
Deux types de sites sont bien connus, dans un cas la polymérase nécessite un ou des facteurs
protéiques pour réaliser la terminaison (terminateurs Rho-dépendants), dans l’autre non
(terminateurs intrinsèques (= ne faisant intervenir aucun facteur supplémentaire)).
Il existe aussi des structures ressemblant à des terminateurs en aval. Certaines de ces structures,
appelées atténuateurs, ont des rôles physiologiques dans l'arrêt prématuré de la transcription.

47
 I-B-1-c-1-Terminaison Rho indépendante (terminateurs intrinsèques) :
La terminaison résulte de la combinaison de deux événements. La structure en épingle à cheveux
présente au niveau de l’ARNm provoque un ralentissement voire l’arrêt de l’ARN pol. Cette épingle à
cheveux peut se former
car il y a une région
inversée répétée riche en
appariement G:C et
partiellement
palindromique. Juste
après cette région, une
série de 4 à 8 résidus U est
présente ce qui implique
une région poly A au
niveau de l’ADN matrice
qui à une taille de 6 à 10
bases ce qui permet de
former des appariements
A-U entre la séquence
d’ADN et la séquence
d’ARNm. Si l’épingle à cheveux était
seule présente, l’ARN pol. pourrait
reprendre son activité. Ce sont les
appariements A-U qui faibles en
énergie se dissocient permettant ainsi
la libération de l’ARNm.

Figure de gauche : caractéristique

d’une région pouvant se structurer en
épingle à cheveux. Des régions
inversées répétées et un GC% élevé ce
qui augmente la stabilité de l’épingle.

48
 I-B-1-c-2-Terminaison Rho dépendante :
Lorsque la séquence poly U n’est pas présente après la structure en épingle à cheveux, un autre
mécanisme intervient dans la terminaison. Il nécessite la présence d’un facteur protéique nommé
Rho. Le facteur Rho, composé de plusieurs sous-unités protéiques, interagit avec l'ARNm sur 12 à 14
nucléotides et s'agrège sous la forme d'hexamères. L'affinité de Rho ne dépendrait pas de motifs
particuliers au niveau de l'ARNm mais
nécessiterait la présence d'une région non-
structurée suffisamment longue
(polyribonucléotide d’au moins 50 bases). Ce type
de terminaison ne se produirait donc pas sur des
ARNm en cours de traduction, les ribosomes
pouvant protéger l'ARNm. La terminaison Rho
dépendante pourrait toutefois se produire en cas
d'une absence ou d'une insuffisance de
traduction d'un ARNm. La présence du facteur
Rho a donc pour conséquence la libération du
transcrit.
En résumé, dans les deux modes de
terminaison il y a une séquence inversée répétée
au niveau de l’ARN qui peut former une structure
secondaire en épingle à cheveux très stable
thermodynamiquement. Mais ce n’est pas
suffisant pour que le transcrit se décroche de la
matrice. Pour cela, il faut un deuxième élément,
soit la présence d’une queue poly U, en aval de la
structure en épingle à cheveux (dans le cas du
système Rho indépendant) ou la présence du
facteur Rho en amont de l’épingle à cheveux (dans le cas du système Rho dépendant).

49
 I-B-2-La transcription chez les Eucaryotes :

Les mécanismes sont analogues à ceux observés chez les Procaryotes, toutefois, de nombreuses
différences existent par rapport à la transcription chez les procaryotes :
Si l’on exclue les organites, la transcription se déroule dans le noyau cellulaire. La chromatine doit
au préalable avoir été décompactée (euchromatine) pour permettre à la machinerie protéique
d'accéder à l'ADN.
Trois types d'ARN polymérase différentes sont présentes au lieu de l'unique pour les procaryotes.
Il s’agit de grosses protéines formées de 8 à 14 sous-unités réalisant chacune un certain type de
transcription.
ARN polymérase I ou A (Pol I) synthétise le précurseur donnant les ARNr 28S, 18S et 5,8S (c’est la
variété d’enzyme la plus utilisée dans une cellule),

ARN polymérase II ou B (Pol II) synthétise les pré-ARNm et certains des ARNsn (= ARN small
nuclear, présents uniquement dans le noyau et participant à la régulation post-transcriptionnelle),

ARN polymérase III ou C (Pol III) synthétise des petits ARN (ARNr 5S, tous les ARNt, la majorité des
ARNsn et d’autres petits ARN)
Il est possible de différentier ces types par leur sensibilité à l’α-amanitine (= toxine du champignon
amanite phalloïde)
Classe de l’enzyme Sensibilité à l’α-amanitine Principaux types d’ARN transcrit
I (A) Insensible ARNr
II (B) Sensible à faible concentration ARNm (précurseur)
III (C) Sensible à concentration élevée ARNt

Des différences portent sur la complexité de l’initiation. Alors que chez les procaryotes un seul
facteur d’initiation additionnel (Sigma), chez les eucaryotes la présence sur le promoteur de plusieurs
facteurs d’initiation est indispensable. Sans ces facteurs, les polymérases ne peuvent pas reconnaître
les promoteurs. Ces facteurs de transcription sont composés le plus souvent de plusieurs sous-unités.
Parmi ces facteurs, l’un d’eux contient généralement une sous-unité nommée TBP (pour « TATA-
binding-protein ») qui se fixe au promoteur au niveau de la Tata box présente chez presque tous les
promoteurs eucaryotes et qui est très proche de la séquence –10 des procaryotes. Chaque
promoteur présente donc de courtes séquences conservées reconnues par les facteurs de

50
transcription formant avec la polymérase des complexes de transcription. Cet assemblage fournit
différentes possibilités de régulation de l'initiation de la transcription.
Le plus souvent, on peut noter l’absence d’une terminaison aussi bien définie que chez les
procaryotes.
Contrairement aux procaryotes, l'ARNm produit par la transcription n'est pas directement
utilisable par les ribosomes et devra subir plusieurs étapes de maturation post-(ou plutôt co-
)transcriptionnelle.
De plus, les mécanismes d’initiation de la transcription sont différents pour les 3 types d’ARN pol.

Dans le cadre de ce cours, nous n’allons étudier que le mécanisme de base de la transcription par
l’ARN pol. II.

I-B-2-a-Transcription catalysée par l’ARN pol. II :

I-B-2-a-1-L’initiation de la transcription par l’ARN pol. II :
Structure du promoteur :
L’initiation de la transcription par l’ARN polymérase II est assurée par des facteurs
transcriptionnels généraux dénommés TFII A-B-D-E-F- et H (TF pour transcription factors, II pour pol.
II, chaque facteur étant distingué par une lettre. TFIIC = TBP et fait partie du facteur TFIID). Ces
facteurs s’assemblent sur une région située (en partie) en amont de la région de l’ADN à transcrire (le
promoteur). Comme chez les procaryotes, le promoteur correspond à une région non transcrite de
l'ADN, généralement juste en amont du début de la région transcrite. Les promoteurs d’eucaryotes
présentent comme chez les procaryotes des séquences conservées (surnommées "boites") qui ont
une importance particulière dans ce processus, essentiellement parce que ces séquences sont
reconnues spécifiquement par différentes protéines appartenant au complexe d'initiation.
Le promoteur minimal : Il s’agit d’une région d’environ 40 à 70 nucléotides située en amont et un
peu en aval du +1 de transcription comportant les sites de fixation (séquences consensus) pour les
facteurs transcriptionnels généraux (= divers membres de la famille TFII). Même si le taux de
transcription est faible, cette région à elle seule devrait suffire à permettre l’initiation de la
transcription.
C’est le positionnement de ces divers facteurs sur le promoteur qui permet le recrutement
(=interaction) de l'ARN pol. II. Dans ce promoteur minimum se trouve une région riche en nucléotides
A et T appelée TATA box (boite TATA) analogue à celle observée sur les promoteurs procaryotes. Elle
contient la séquence consensus TATA(T/A)A(T/A)A ((T/A) signifiant ou T ou A). Cette région est située
vers -25 à -30 nt du site de démarrage de la transcription (noté +1) et est généralement comprise
entre des régions riches en GC. Seul le facteur TFIID (qui est en fait un complexe multiprotéique dont
51
 l'élément de liaison à la TATA box porte le nom de TBP pour "TATA Box Binding Protein") reconnaît
spécifiquement la boite TATA et s’y lie. Signalons que si ces séquences sont souvent bien conservées,
une variabilité non négligeable peut également être observée. Ainsi, il existe même des promoteurs
sans "boîte TATA".

Source :
Watson,
2008,
p.313

Outre les séquences présentent sur le promoteur minimal, ils s’en trouvent d’autres plus éloignées
du +1 de transcription nommées éléments proximaux, par exemple :
- la "boîte CAAT" (nommée CAT box le plus souvent) située entre la position –75 et –120 qui
permet d’augmenter l’efficacité du promoteur,
-une séquence riche en guanine et cytosine, GGGCGG ou GC box ou "boîte GC" située
généralement aux environs de la position –90 qui agit également sur la régulation de la transcription.

Source : [Link] lien rompu

Il peut aussi y avoir d’autres

séquences régulatrices (distales)
régulant le taux de transcription. Elles
sont, le plus souvent, localisées à des
distances de plusieurs centaines de pb
du +1 de transcription en amont ou
bien en aval. Cela comprend les

52
séquences activatrices « enhancers » ou répressives (extinctrices) « silencers » qui lient des
protéines régulatrices (activatrices ou répressives) qui elles-mêmes aident ou empêchent la
transcription au niveau du promoteur minimal. Lorsque des protéines sont fixées sur ces régions, elles
peuvent interagir suite à des repliements de l’ADN avec des protéines positionnement au niveau du
promoteur minimum et ainsi exercer leur activité de contrôle (cf. figure ci-contre). Les éléments
régulateurs hormonaux, certains métaux, des chocs thermiques ou encore certaines toxines agissent
comme tel.
Donc, en résumé et en simplifiant trois types de facteurs jouant un rôle dans la transcription sont
associés à l’ARN pol. II :
- Des facteurs généraux nécessaires à l’élongation (nommés TFII et interagissant au niveau du
promoteur minimal). Ils sont nommés « généraux » car ils s'assemblent sur quasiment tous les
promoteurs utilisés par l'ARNpol. II.
- Des facteurs en amont, se fixant en amont du site d’initiation (par exemple ceux se fixant sur
les éléments proximaux) : CAAT box et GC box par exemple. Leur activité n’est pas régulée.
- Des facteurs inductibles (/constitutif), il s’agit de protéines régulatrices activatrices ou
répressives. Ils se fixent sur les séquences régulatrices (distales).

53
 L’initiation
Le point d’origine de l’initiation O (nommé O
et non zéro) qui est la position +1, est souvent
une Adénine encadrée par des pyrimidines
(PyAPy), cela nous rappelle le triplet CAT observé
chez les procaryotes.
L’ensemble des facteurs généraux de
transcription remplit les fonctions prises en
charge par le facteur sigma lors de la
transcription bactérienne et certains facteurs
partagent des régions de faible homologie avec
différentes régions de la protéine bactérienne.
Ainsi ces facteurs généraux de transcription
aident la polymérase à se fixer au promoteur et à
séparer les brins de l’ADN comme lors de la
transition du complexe fermé au complexe ouvert.
Ils aident aussi la polymérase à se détacher du
promoteur et à s’engager dans la phase
d’élongation. Le complexe de préinitiation
comprend les facteurs généraux de transcription
et la polymérase, tous liés au promoteur.
La première étape de l’initiation de la
transcription est la formation d’un complexe au
niveau de la TATA box du promoteur du facteur
TFIID. Une fois ce facteur fixé, d’autres facteurs
indispensables à l’initiation s’associent au
complexe dans un ordre déterminé. Le facteur
TFIID est un complexe multiprotéique dont
l'élément de liaison à la TATA box porte le nom de
TBP pour "TATA Box Binding Protein").

Les différents facteurs généraux de transcription

viennent s'assembler sur le promoteur dans l’ordre
suivant :
Rappel : TFIID se lie à l’ADN par la protéine TBP.
TFIIA qui viendra stabiliser le complexe TFIIB-ADN,
TFIIB se fixe en amont de la TATA box, il pourrait être
impliqué dans la sélection précise du site d'initiation de
la transcription.
TFIIF se lie à l'ARN polymérase II et assisterait la
fixation de cette dernière au complexe.
TFIIE et puis TFIIH interviennent ensuite pour
permettre à la polymérase de se dégager du promoteur.
La séquence d'assemblage du complexe d'initiation
est décrite sur la figure ci-contre. Watson p.314

54
I-B-2-a-2-Phase d’élongation catalysée par l’ARN pol. II :
Les facteurs de transcription sont remplacés par des facteurs d’élongation.

Figures : La phase d'élongation de la transcription. L'ARN polymérase lit le brin - (matrice) depuis
son extrémité 3' vers son extrémité 5'. Le brin d'ARN néosynthétisé est donc identique au brin d'ADN +,
aux uraciles et riboses près.
[Link]

I-B-2-a-3-Phase de terminaison de l’ARN pol. II :

La terminaison de la transcription est encore mal connue.
L’ARN polymérase II continue à transcrire jusqu’à plus de 1000pb après le codon stop. Lorsque l’ARN a
été clivé peu après le site de polyadénylation, le fragment d’ARN restant au niveau de l’ARN pol. n’a pas
de coiffe ce qui serait perçu comme un signal
d’arrêt de la transcription. Des signaux de
terminaison annonceraient la fin de la
transcription sur le brin d'ADN matrice
(TTATTT par exemple, parfois aussi plus en
aval ATACAAC...) et une RNAse interviendrait.

I-B-2-b-Maturation des ARN chez les Eucaryotes :

Certains ARN nécessitent une étape de maturation après leur transcription :
Les ARNr et les ARNt que cela soit chez les procaryotes ou les eucaryotes, sauf l’ARNr 5S des
Eucaryotes.
Les (pré)ARNm des eucaryotes.
Les étapes de maturation sont plus ou moins complexes selon le type d’ARN, par exemple, pour les
ARNm d’eucaryotes, il peut y avoir 4 étapes :
- Maturation en 5’ : L’ajout d’une coiffe en 5’ :
- Maturations internes : épissage, édition (modifications enzymatiques de certaines bases (cytosine
en uracile par exemple)).
- Maturation en 3’ : Clivage puis addition d’une queue poly A. La queue Poly(A) n'est donc pas
codée par le génome.

La biogenèse et la maturation des pré-ARNm eucaryotes s’effectuent dans le noyau. Pré-ARNm et

transcrit primaire : ces deux termes sont synonymes ; toutefois, comme de nombreuses modifications sont
co-transcriptionnelles, ils ne sont qu’une vue de l’esprit car ils n’ont pas vraiment d’existence réelle surtout
chez les eucaryotes, mais on continue d’utiliser abusivement ces termes car on ne sait pas trop par quoi les
remplacer tout en restant assez compréhensible. Dans de nombreux ouvrages, on peut voir un pré-ARNm
avec une succession d’exons et d’introns, alors que cela ne peut pas exister dans la nature !
55
 Si le supposé transcrit primaire n'était pas modifié, sa traduction échouerait ou donnerait une
protéine aberrante. Il doit subir des modifications qui répondent à plusieurs impératifs (augmentation de
la demi-vie, modification de la séquence, spécificité du produit en fonction du type cellulaire). Toutes ces
modifications sont réalisées au fur et à mesure de la progression de la synthèse du pré-ARNm dans le
nucléoplasme. Il existe trois grands types de modifications, catalysées chacune par des enzymes de
nature protéique ou ribonucléique.

I-B-2-b-1-L’ajout d’une coiffe en 5’ :

Biochimiquement la coiffe est un 7-méthyl-guanylate (= NTP = nucléotide) relié au nucléotide
terminal par une liaison 5'-5' tri-phosphate inhabituelle (guanylate : Nucléotide (base + sucre +
groupement phosphate). Même si vous pouvez trouver dans la littérature, ajout d’une guanosine
(nucléoside (base + sucre)) ou même
d’une guanine (base azotée), ce qui
constitue un raccourci incorrect
biochimiquement.
Les pré-ARNm en cours de
synthèse sont le siège d’une
première modification qui est
l’adjonction de cette coiffe. La coiffe
est ajoutée lorsque le pré-ARNm est
en cours de synthèse et comporte
entre 20 et 30 nucléotides. Le
coiffage stabilise l’ARNm et lui
confère une résistance à la
dégradation par les 5’ exonucléases
(la ½ vie des ARNm d’eucaryotes (4-
24h) est en effet beaucoup plus longue que celle des procaryotes (quelques min)). La coiffe sert également
de point d’ancrage pour des protéines assurant le transport et pour d’autres nécessaires pour la
reconnaissance par les ribosomes lors de l'étape de traduction.
Figure : Structure de la coiffe d'un ARNm. Source : Charmot BIO57 S1 Chauvet[16]. Notez bien la liaison 5’-5’
entre la coiffe et le résidu qui était en 5’ de l’ARNm. N.B. d’autres modifications peuvent aussi se produire.

56
 I-B-2-b-2-Clivage puis addition d’une queue poly A
[Link]

En résumé : au niveau de l’extrémité 3’ du pré-ARNm, il y a clivage de ce dernier puis addition

d’une queue poly A. Au cours de leur transcription, les pré-ARNm sont clivés au niveau de leur extrémité
3’ par une endonucléase. Ce clivage est suivi par l’addition d’une queue poly-A ou polyadénylation
catalysée par une poly(A) polymérase qui peut rajouter jusqu’à 250 adénines. Dans la majorité des cas,
ces ajouts joueraient un rôle positif en particulier dans la stabilisation des ARNm, le transport nucléo-
cytoplasmique, c'est-à-dire le passage de l'ARNm du noyau vers le cytoplasme, et même lors de l’initiation
de la traduction (recrutement du ribosome pour permettre sa traduction en protéine).

Source : [Link]

Lors de la fin de la transcription du gène (= du côté 5’ du brin – du gène ce qui correspond à la

région 3’ de l’ARNm en cours de synthèse), l’ARN polymérase II rencontre et transcrit une séquence
hexamérique spécifique (AAUAAA (qui est une séquence consensus nommée
signal de polyadénylation), ou A/U chez la levure) et une région riche en GU
(figure ci-dessus). Les signaux de polyadénylation sont donc codés au niveau
du gène. Un complexe qui est une structure multiprotéique reconnaît un site
de clivage déterminé par le dinucléotide CA situé à environ 10-30 nucléotides
en aval du signal AAUAAA. Ce clivage s’effectue sous l’action d’une
endonucléase. Cela permet de libérer le pré-ARNm du complexe de
transcription. Ensuite, une polymérase spécifique (la polyA polymérase), qui
est présente dans le complexe de maturation, modifie en présence d’ATP
l’extrémité 3’ en additionnant des résidus adénylates (200 environ chez
l’homme et les autres animaux, 50-100 chez la levure). La plupart des pré-
ARNm possèdent cette extrémité poly(A), à l’exception des ARNm des histones qui échappent à cette
maturation mais forment une structure en épingle à cheveux au niveau de leur extrémité 3’ ce qui les
protègent de la dégradation. La polyadénylation s’effectue dans le nucléoplasme.
Figure : ARNm d’histone présentant une épingle à cheveux en 3’

57
 Par la suite cette queue polyA sera raccourcie dans le cytoplasme, elle se réduit au fur et à
mesure que l’ARNm est traduit. La queue poly(A) est essentielle à la stabilité de l'ARN. La queue
poly(A) intervient dans le déplacement des ARNm (passage dans le cytoplasme), protège les
messagers des dégradations par les 3’ exonucléases, elle contribue aussi à l’initiation de la traduction
des ARNm.
À noter : Après la coupure, l’ARN polymérase II continue la transcription un certain temps après le
clivage du pré-ARNm puis la transcription s’arrête et sous l'action de divers facteurs, le petit fragment
d’ARN qui ne contient ni la coiffe ni la queue polyA est libéré, puis dégradé dans le noyau par les
exonucléases. Cet ARN n’a ni queue ni tête (ou plutôt ni coiffe ni queue).

Isolement des ARNm

Quasiment tous les ARNm
possèdent, entre autres, une queue
polyadénylée (polyA) à leur
extrémité 3'. Cette caractéristique
est une aubaine pour les
biochimistes car elle a permis de
mettre au point une stratégie pour
séparer des ARNm d'autres types
d’ARN. Les ARNm peuvent être
isolés par chromatographie d’affinité sur une colonne de sépharose dont les sites de fixation sont des
oligonucléotides poly-T ou poly-U. Le mélange d’ARN totaux issue d’un extrait cellulaire est appliqué
sur la colonne dans un tampon de forte concentration en sel. Les ARNm polyA sont alors retenus
spécifiquement contrairement aux autres ARN qui sont élués. L’élution des ARNm est obtenue en
appliquant un tampon de faible concentration saline. Source : [Link]

58
 Synthèse d’ADNc : Une autre application de la queue poly-A est qu’elle peut servir de site de
fixation d’amorces pour la transcriptase inverse après hybridation permettant ainsi la synthèse d’un
brin d’ADN complémentaire (ADNc). Source :[Link]

1/ Mélange d’ARN dont des ARNm.

2/ Ajout d’amorces oligo-dT (une 20e de résidus)
qui s’apparient au niveau de la queue polyA (donc
le plus souvent qu’au niveau des ARNm).
3/ Ajout de la transcriptase inverse, de dNTP et
du tampon approprié.
4/ Dans cet exemple, sans matrice la
transcriptase inverse continue à polymériser un
certain temps et des nucléotides s’apparient en
formant une épingle à cheveux. Dans une séquence
nucléotidique simple brin suffisamment longue
même si les nucléotides sont répartis au hasard, de
nombreuses (courtes) régions doubles brins
peuvent se former. L’ADN synthétisé est nommé
l’ADNc.
5/ Dégradation de l’ARNm de l’hétéroduplex par
ajout d’une solution alcaline (ou de l’enzyme RNase
H, la ribonucléase H est hydrolyse le brin d'ARN
dans un double brin hybride ADN:ARN =
hétéroduplex).
6/ Synthèse du second brin d’ADN, la
transcriptase inverse peut catalyser cette réaction
mais il est préférable d’utiliser une ADN polymérase ADN dépendante cellulaire car beaucoup plus
fidèle (taux d’erreur 10-9/10-4 ou 10-5). L’ADN polymérase utilisée est souvent le fragment de Klenow
qui est le plus gros des 2 fragments protéiques formés par l'hydrolyse de l'ADN polymérase I
d'Escherichia coli par une protéase (subtilisine). Il faut aussi ajouter des dNTP et le tampon approprié.
7/ Ajout de la nucléase S1 qui va permettre d’enlever les nucléotides non appariés. L’ADN est ainsi
prêt à être, le plus souvent, cloné.

59
 I-B-2-b-3-L'excision/épissage/
[Link]
[Link]

Dans les années 1970, l’hybridation de l’ADN avec des

ARNm issus de la transcription de ces mêmes ADN avait montré
que l’appariement des molécules était incomplet. Seules les
séquences complémentaires entre l’ARNm cytoplasmique et l’ADN s’associent. Les boucles
correspondent à des séquences présentes sur l’ADN absentes de l’ARNm. Donc, seules certaines
séquences du gène sont utilisées pour former l’ARNm cytoplasmique, c’est-à-dire l’ARNm mature.
Source :[Link]

Dans les génomes nucléaires d’eucaryotes, d’organites, d’archaebactéries, de cyanobactéries et

dans divers génomes viraux, des gènes sont dits morcelés ou mosaïques : constitués d'une alternance
d'exons (parties codantes du gène) et d'introns (parties non codantes). Dans le monde bactérien, il n’y
a pas de gènes protéiques présentant des introns. Mnémotechnie : Exon = exprimé, Intron = intrus. Le
nombre d’introns par gène varie énormément, de un seul intron dans la plupart des gènes de la levure à
quelques centaines dans quelques gènes humains jusqu’à 363 dans le gène codant la titine humaine.

En résumé : L’épissage permet d’éliminer les introns et de mettre bout à bout les exons. Il
dépend de la présence de sites spécifiques sur le pré-ARNm. La machinerie responsable de l’excision-
épissage est indépendante de la transcription. En général, le processus de maturation s’accomplit
grâce à de grosses particules ribonucléoprotéiques appelées spliceosomes. Ce complexe est constitué
de divers petits ARN nucléaires (snARN = small nuclear ARN) associés à des facteurs protéiques.
L'épissage permet en outre d'obtenir différentes protéines à partir d'un même gène en sélectionnant
quels exons seront conservés : c'est l'épissage alternatif.

La machinerie cellulaire de synthèse des

protéines (les ribosomes + les ARNt et divers
facteurs) n’est équipée que pour la traduction de
segments continus (contigus) de codons. Elle n’a
aucun système permettant d’identifier et d’éviter
une région non codante. Donc il est indispensable
que les introns soient éliminés du transcrit
primaire avant sa traduction en protéine. Cela
60
nécessite un mécanisme d’épissage du pré-ARNm (mettre les exons bout à bout) avec donc l’excision
des introns. Il est très important que le mécanisme d’excision/épissage soit extrêmement précis, la
perte ou le gain d’une base à la limite entre deux exons conduit à un décalage du cadre de lecture
(notion explicitée plus loin) avec la production d’une protéine non fonctionnelle.
Epissage, c’était au départ un terme de marine, il consiste en l’action de séparer les torons de deux
bouts de corde et les entrelacer de manière à réunir les deux cordes, c’est du raboutage. Par extension
au niveau moléculaire, on considère qu’il s’agit du rétablissement de la continuité des exons (parties
codantes d'un gène), après excision des introns. Des puristes parlent d’un mécanisme excision/épissage
de l’ARN pour bien souligner que la première étape est indispensable.
Excision, ce terme, à l’origine utilisé en chirurgie, consiste en l’ablation d’une partie peu
volumineuse.
Les composants de la machinerie d’épissage, comme les protéines intervenant dans l’addition de
la coiffe et des facteurs de clivage et de polyadénylation sont recrutés au niveau de la queue carboxyl-
terminale (CTD= carboxy-terminal domain) de la grosse sous-unité de l’ARN pol. II. Contrairement à la
représentation ci-contre, cette étape de maturation est aussi co-transcriptionnelle et non pas post-
transcriptionnelle. L’épissage s’effectue donc au cours de la transcription lorsque la séquence de
l’exon après l’intron est suffisamment longue.
La structure secondaire du transcrit met en contact trois séquences de l'intron :
Les limites entre introns et exons sont signalées avec précision grâce à des séquences
nucléotidiques spécifiques dans le pré-ARNm. Les sites d’excision/épissage ont pu être déterminés en
comparant les séquences de l’ADN génomique à celles des ADNc préparés à partir
de l’ARNm correspondant. Généralement, dans le pré-
ARNm, la séquence en 5’ d’un intron commence par GU
(extrémité 5'-GU ou site donneur). À l’extrémité 3’ de
l’intron, la séquence consensus est un brin de dix
pyrimidines (U ou C) suivie par la séquence invariante AG (extrémité 3'-AG ou site accepteur). Le site
de branchement (A) est localisé entre 20 et 50 nucléotides en amont du site 3’ d’excision/épissage. Au
niveau de l’extrémité 3’ de l’exon en 5’ de l’intron (= en amont) se trouve la séquence AG tandis qu’au
niveau de l’extrémité 5’ de l’exon en 3’ de l’intron (= en aval), se trouve la base G.
Chez certains organismes (mais pas chez de nombreux organismes dits supérieurs) un spliceosome
alternatif dit « mineur » coexiste avec le spliceosome majeur décrit ci-dessus. Ce mécanisme reconnaît
des introns rares et si certains de ses composants sont communs avec le spliceosome majeur d’autres
sont uniques. Il existe trois autres mécanismes d’épissage : l’auto-excision, l’épissage utilisant une
maturase et le trans-épissage qui ne seront pas étudiés dans ce cours.

L’épissage alternatif :
En résumé : L’épissage alternatif (ou différentiel) correspond à l'existence de plusieurs schémas
d'épissage d'un transcrit primaire d'ARN, aboutissant à la formation de différents ARN-messagers et
pouvant donner lieu, même si c’est très rare, à la synthèse de plusieurs protéines différentes.
L'épissage n'est donc pas seulement constitutif : il existe également des épissages alternatifs,
dans lesquels l'élimination des introns (ou des portions d'exons) peut faire se lier entre eux des exons
différents. C'est ce mécanisme qui démultiplie les capacités codantes d'un gène (voir un exemple
d'épissage alternatif dans la figure de la page suivante). L’épissage alternatif des pré-ARNm contribue
61
à réguler l’expression des gènes en produisant à partir d’un même gène des ARNm matures différents,
c’est une régulation qualitative.
L’épissage peut se faire différemment à partir du même transcrit primaire, donc un même gène
peut coder plusieurs protéines différentes. Ce phénomène nommé épissage différentiel est
omniprésent chez tous les eucaryotes pluricellulaires, permet de générer des protéines partiellement
voire même totalement différentes. Il est souvent écrit que l’épissage alternatif d’exons est un
mécanisme permettant de produire des ARNm différents à partir d’un même pré-ARNm, mais
comme nous avons vu que l’épissage intervient lors de la synthèse du pré-ARNm, c’est incorrect. Le
splicéosome reconnaît des signaux d'épissage, mais ces signaux d'épissage peuvent être plus ou
moins forts et plus ou moins masqués ce qui implique que le spliceosome les reconnaît plus ou moins
efficacement. Les signaux faibles sont appelés « signaux d'épissage alternatif », par opposition les
signaux forts sont appelés « signaux constitutifs ». L’épissage alternatif permet donc à un gène de
coder plusieurs ARNm différents. Les analyses avec des puces à ADN suggèrent que l’ordre de 40%
des gènes de drosophile et de 75 % des gènes humains seraient épissés de manière alternative pour
produire plus d’un variant protéique. D’autres travaux suggèrent que chez l’homme 92 à 98% des
gènes seraient épissés de manière différentielle, toutefois, un transcrit majoritaire est le plus
souvent présent dans un tissu donné. Ces mécanismes permettent de comprendre comment à partir
des quelques 23 000 gènes protéiques identifiés par le récent décryptage de la séquence de l’ADN
humain, la cellule peut produire les 90 000 protéines nécessaires à son fonctionnement voire
beaucoup plus.
Le nombre de variantes d’une protéine ou de produits alternatifs nommés isoformes codées par
un gène varie de deux à plusieurs centaines, voire des milliers. Par exemple, le gène slo du rat, qui
code un canal à potassium des neurones, à la capacité de produire 500 versions alternatives et un
gène de drosophile (dscam) peut coder jusqu’à 38 000 produits différents par épissage alternatif.
Le nombre d'introns par gène chez l'homme est en moyenne de 8. En théorie et en ne tenant pas
compte de la force des sites d’épissage, le nombre total de protéines différentes chez l’homme serait
de l’ordre du milliard. Nombre de protéine /gène : 8x7x6… etc = 40320 donc x 23000 = 927 360 000
soit près d’un milliard d’isoformes. Des travaux sur l’étude des produits d’expression lors de cancers
de la vessie et de la prostate suggèrent que chez l’homme de l’ordre de 8 millions de protéines
différentes seraient produites. Certaines isoformes sont qualifiées de « normales », par exemple, tissu-
spécifiques tandis que d’autres seraient principalement produites lors d’un fonctionnement anormal
d’une cellule comme lors d’un cancer. Certaines de ces isoformes peuvent donc être recherchées en
tant que marqueur d'oncogenèse voire testées pour être utilisées comme protéines vaccinales.

62
 Prenons l’exemple de la troponine T, une protéine musculaire impliquée dans la structure des
myofibrilles, dont le gène est constitué de 5 exons. À partir du même pré-ARNm théorique peuvent
être obtenus deux ARNm matures différents constitués chacun de 4 exons dont 1 est unique et 3 sont
commun. Les deux ARNm vont donc coder deux isoformes de la troponine.

Figure : Exemple d'épissage alternatif.

I-B-2-b-4-L’édition : modification toujours post-transcriptionnelle

En résumé : Des ARNm peuvent subir des modifications (véritablement) post-transcriptionnelles
« internes » nommées : « édition ». La queue polyA n’est pas du tout impliquée d’autant plus que les
ARN concernés ne sont pas toujours transcrits par ARN pol. II. Ce processus semble assez rare et
concerne principalement des ARNm d’organites mais aussi quelques ARNm nucléaires voire des ARN
non-messagers. On nomme ainsi tout traitement de l’ARNm (substitution, insertion ou suppression
d’un ou plusieurs nucléotides) aboutissant à un ARNm mature dont la séquence diffère de celle du
brin + de l’ADN et donc aussi du pré-ARNm. La séquence de la protéine diffère donc, légèrement, de
celle déduite du gène.
Le produit de l’excision/épissage est un ARNm considéré comme mature, qui peut toutefois dans
certains cas subir d’autres modifications, en particulier il peut être édité. Il faut prendre le terme
édition dans son sens typographique ce qui signifie « correction sur épreuve ». L’édition des ARN
désigne un ensemble de maturations post-traductionnelles qui entraîne des modifications de la
séquence primaire de l’ARN aboutissant à la formation d’un ARNm dont la séquence diffère de celle
du brin d’ADN lu au cours de la transcription. On distingue deux types d’édition d’ARN qui reposent
sur des mécanismes différents : l’édition des ARNm par insertions ou délétions d'uridine et l’édition
par substitution de nucléotides. Ces possibilités ont été initialement découvertes chez les
mitochondries du trypanosome puis confirmées dans les mitochondries des autres organismes, dans
les chloroplastes des plantes et pour les pré-ARNm de certains gènes chez les mammifères.
L’édition des ARN dans les cellules de mammifères s’effectue, le plus souvent, par une
désamination qui transforme une cytosine en uracile ou une adénosine en inosine. Un des exemples,
chez l’homme, concerne l’ARNm de l’apolipoprotéine B, transporteur du cholestérol et des
triglycérides. Dans le foie, l’ARNm n’est pas édité et conduit à la production de l’apolipoprotéine
B100 (4536 acides aminés). Dans les cellules de l’intestin, une désaminase provoque la substitution
d’une cytosine en uracile ce qui transforme un codon CAA en un codon de terminaison UAA. Il en
63
résulte un arrêt précoce de la traduction du messager et donc la production d’une protéine plus
petite, l’apolipoprotéine B48 (2152 acides aminés). Ainsi, un gène peut générer un pré-ARNm dont la
maturation peut être tissu spécifique et donner naissance à deux ARNm différents, traduits en deux
protéines différentes.
Richard D. et coll.
Biologie (Licence) -
Tout le cours en
fiches, QCM et
bonus web : Tout le
cours en fiches,
QCM et bonus web.
Dunod, 2010. p. 54.

Chez l’homme, l’ARNm codant le récepteur à la sérotonine est édité à de nombreux endroits ce qui
produit douze isoformes de la protéine.
Figure récapitulative de la maturation des ARNm animaux
([Link] :

64