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Benzouai Rihem Bio Informatique

Le document présente trois cas d'infections : un enfant de 6 ans est diagnostiqué avec le virus de la rougeole, une jeune femme de 19 ans est infectée par Salmonella enterica après un repas, et un homme de 50 ans a une infection fongique causée par Candida auris suite à une hémodialyse. Chaque pathogène a été identifié à l'aide de la méthode BLAST avec des bases de données spécifiques. Les résultats soulignent l'importance de l'analyse appropriée pour le diagnostic des infections.

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Benzouai Rihem Bio Informatique

Le document présente trois cas d'infections : un enfant de 6 ans est diagnostiqué avec le virus de la rougeole, une jeune femme de 19 ans est infectée par Salmonella enterica après un repas, et un homme de 50 ans a une infection fongique causée par Candida auris suite à une hémodialyse. Chaque pathogène a été identifié à l'aide de la méthode BLAST avec des bases de données spécifiques. Les résultats soulignent l'importance de l'analyse appropriée pour le diagnostic des infections.

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Université des Frères Mentouri

Constantine 1

Faculté des Sciences de la Nature et de la Vie


Département de Biologie Appliquée.
Année Universitaire : 2025-2026

Nom & Prénom : BENZOUAI Rihem


Date du dépôt : 27/04/2026

Cas 1 : Suspicion d’infection virale


Données cliniques

Un enfant de 6 ans présente des symptômes respiratoires légers (toux, nez qui coule, mal de
gorge) accompagnés de maux de tête pendant plusieurs jours. Ensuite, une forte fièvre
apparaît, suivie d’une éruption cutanée sur le visage et le corps. Il revient récemment d’un
voyage au Nigeria. Un prélèvement nasal est analysé par RT-PCR.

Analyse

La séquence obtenue est introduite dans BLAST en sélectionnant une base de données
spécifique aux virus. Le résultat montre une correspondance très élevée avec un virus
particulier.

Conclusion

Le pathogène identifié est le virus de la rougeole (Measles morbillivirus).


Le taux d’identité très élevé (supérieur à 99 %) confirme cette correspondance. Les
symptômes observés ainsi que le contexte de voyage sont compatibles avec cette maladie.

Cas 2 : Suspicion d’infection bactérienne


Données cliniques

Une jeune femme de 19 ans souffre de diarrhée et de fièvre depuis deux jours. Elle a
récemment consommé un repas dans un restaurant avec ses collègues. Un échantillon de
selles est analysé via le gène 16S rRNA.

Analyse
La séquence est comparée dans BLAST en utilisant la base spécialisée des ARN
ribosomiques 16S. Cette comparaison permet d’identifier précisément l’espèce bactérienne.

Conclusion

La bactérie détectée est Salmonella enterica.


Le fort pourcentage de similarité confirme cette identification. L’origine alimentaire de
l’infection correspond parfaitement à une salmonellose.

Cas 3 : Suspicion d’infection fongique


Données cliniques

Un homme de 50 ans présente des difficultés respiratoires, une légère fièvre et une grande
faiblesse. Il est diabétique et a récemment subi une hémodialyse en Inde. Une infection est
suspectée au niveau d’un site médical. Un test PCR est réalisé à partir d’un prélèvement
sanguin.

Analyse

La séquence obtenue est comparée dans BLAST en utilisant la région ITS, qui est spécifique
à l’identification des champignons.

Conclusion

Le microorganisme identifié est Candida auris.


Cette espèce apparaît parfois entre crochets dans les bases de données en raison de sa
classification encore en cours. Il s’agit d’un champignon émergent, connu pour sa résistance
aux traitements antifongiques et souvent impliqué dans les infections hospitalières.

Synthèse des résultats


 Infection virale → Virus de la rougeole
 Infection bactérienne → Salmonella enterica
 Infection fongique → Candida auris

Chaque type de pathogène nécessite l’utilisation d’une base de données spécifique dans
BLAST :

 Virus → base RefSeq (filtrée sur virus)


 Bactéries → séquences 16S rRNA
 Champignons → région ITS

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