THESE DE DOCTORAT DE

L'UNIVERSITE D'ANGERS

ECOLE DOCTORALE N° 598

Sciences de la Mer et du littoral
Spécialité : Ecologie Marine

Par
Marie FOUET
Répartition des communautés de foraminifères dans les estuaires
de la façade atlantique

Thèse présentée et soutenue à Angers, le 14 décembre 2022

Unité de recherche : LPG UMR CNRS 6112 – Université d’Angers
Thèse N° : 227694

Rapporteurs avant soutenance :

Vincent BOUCHET Maître de conférences HDR, Université de Lille
Peter FRENZEL Professeur, Université de Jena

Composition du Jury :
Examinateurs :
Christine DUPUY Professeure, Université de La Rochelle
Hélène HOWA Professeure, Université d’Angers

Dir. de thèse :
Frans JORISSEN Professeur émérite, Université d’Angers

Co-encadrante de thèse :
Magali SCHWEIZER Maîtresse de conférences, Université d’Angers

Invité(s) :
David SINGER Co-encadrant de thèse, Ingénieur de recherche, Université de Neuchâtel
Eva THIERRY Chargée de mission, Office Français pour la Biodiversité
Mario LEPAGE Ingénieur de recherche, INRAe
Fabrizio FRONTALINI Professeur, Université d’Urbino
 Répartition des
communautés de
foraminifères dans les
estuaires de la façade
atlantique
 Remerciements
First of all, I thank the two reviewers Vincent Bouchet and Peter Frenzel who accepted to evaluate
this thesis. I also thank the member of the jury, Christine Dupuy and Hélène Howa who accepted to be part
of it. I am also grateful to the two member of my thesis committee, Mario Lepage and Fabrizio Frontalini for
their precious advice during these three years.

Il n’est pas toujours évident de décrire le doctorat à des personnes qui ne sont pas passées par là. On
emploi souvent la comparaison avec le marathon, pour illustrer la persévérance que cette expérience
implique. Mais le marathon est un sport solitaire, tandis que la réussite d’une thèse repose sur beaucoup de
personnes. De mon point de vue personnel, j’ai vécu cette expérience comme une extraordinaire aventure
humaine. Une aventure passionnante avec beaucoup de joies, d’excitation devant de superbes résultats, de
voyages et de découvertes. Mais c’est aussi une aventure éprouvante, parsemée de duels contre des dragons
(ne riez pas, un tel duel m’aurait moins effrayé que mon premier congrès), de travail jusqu’à épuisement, de
moments de doutes, et ces derniers mois d’une longue traversée du désert. Comme dans toute aventure, j’ai
rencontré beaucoup de personnes formidables sans qui je n’aurai jamais pu terminer cette thèse.
Mes premiers remerciements vont à mes trois encadrants. Frans, Magali, David, ces quelques lignes ne
suffiront pas à exprimer ma gratitude envers vous. Vous avez été des encadrants formidables, toujours
disponibles pour répondre à mes questions, ou écouter mes hypothèses, pour me faire découvrir vos
spécialités, et corriger mes chapitres en un temps record. Je pense que peu de thésarde ont été aussi
chanceuse que moi. Frans, travailler à tes côtés c’est travailler avec un génie. Merci de m’avoir poussé à
donner le meilleur de moi-même, tu m’as permis de progresser énormément scientifiquement. J’espère pour
ma part avoir été à la hauteur. Magali, merci pour ta gentillesse, et avoir partagé ton immense savoir. J’ai
adoré t’écouter me parler biologie moléculaire, mais aussi archéologie et littérature fantastique. Je ne te
remercierai jamais assez pour avoir corrigé mes chapitres jusqu’à tard le soir. David, tu as été d’abord un ami
avant de devenir mon chef et tu as assuré ces deux rôles à la perfection. Merci de m’avoir tant appris, d’avoir
toujours été présent pour répondre à mes questions et m’aider sur R. Merci pour cette super semaine de
congrès, cela restera un des plus beaux souvenir de cette thèse.
Un immense merci à tous les membres de ce laboratoire. Merci d’être une équipe qui s’entraide. Merci pour
les moments de convivialités à table, pour les longs débats scientifique mais pas que (la question de savoir
quel univers est le meilleur entre celui de Star Wars ou Harry Potter restera sûrement insolvable). Merci pour
la bienveillance et la fraternité qui règne dans cette équipe. Puisse-t-elle perdurer longtemps.
Un grand merci à l’équipe technique, ces génies de la lampe sans qui la recherche n’avancerait pas. Merci à
Jean François, Damien et Fatima (et mes précieuses stagiaires Swann, Mathilde et Emma) pour l’aide au
piquage. Merci à Éric d’avoir toujours su où se rangeaient les choses, ou du moins de m’avoir toujours aidé à
chercher. Merci à Luzia pour son aide administrative. Et surtout, Sophie Quinchard, merci infiniment pour ta
douceur et ta sympathie, cette mission terrain avec toi restera un souvenir mémorable.
Merci à la bande des thésards (et plus) de m’avoir accueilli à bras ouverts. Merci à Julien, Briz, Constance,
Eleonora, Pauline, Julia, David, Corentin, Maxime, Nour, Damien et Mohammed. Grâce à vous, à nos
soirées, nos promenades et nos festins, je me suis sentie en famille ici. Julia, merci d’avoir été une excellente
pom-pom girl, merci pour tes encouragements et nos soirées couture. Corentin, merci pour les trajets à vélo
et pour ton humour toujours décoiffant. Maxime, j’ai adoré travailler avec toi, et je me ferai une joie de
continuer à le faire. Pauline, je te souhaite tout le courage nécessaire pour finir ton manuscrit, mais je ne
doute pas que tu vas y arriver. Merci à tous pour votre soutien ces dernières semaines, pour vos câlins, vos
encouragements et vos pâtisseries.
Je remercie celles sans qui cette aventure n’aurait pas eu la même saveur, Aurélie, Constance et Eleonora.
Merci pour nos soirées filles et les week-ends passés ensemble. D’abord réunies dans un même bureau,
maintenant dispersées aux quatre coins de l’Europe, notre amitié ne s’arrêtera pas à la fin de cette thèse,
comptez là-dessus. Toutes les quatre, nous avons été comme les fameux mousquetaires, et malgré la
distance, je serai toujours là pour vous et je sais que vous serez toujours là pour moi.
Un petit mot particulier pour toi Eleonora, car tu es l’amie avec qui j’ai partagé le plus de choses ces trois
dernières années. Merci pour tous ces trajets à vélo qui nous ont d’abord rapprochés, puis les promenades
dans les environs d’Angers, nos séjours en Normandie et en Italie, les dimanches créatifs, les séances
d’escalade avec Chris et Mattia, et bien sûr les bons repas ! La vie à Angers n’était plus aussi ensoleillée sans
toi.
Parce que j’ai eu la chance de trouver du soutien parmi mes amis, je leur dois bien un petit mot. Merci à mes
amies de toujours Mathilde et Camille. Merci à ceux qui sont inlassablement venus nous voir à chaque
Halloween, Nouvel-an et anniversaires. Yolaine, Nicolas, Oliva, Aymeric, merci pour tous ces moments
inoubliables. Audrey, Claire, Marie et Gabriel, merci pour tous les moments que nous partageons ensemble,
vous allez me faire sincèrement regretter de quitter Angers. Je n’oublie pas mes deux copines
arcachonnaises, Annabelle et Suzie, j’espère que le monde de l’écologie marine nous permettra de
retravailler ensemble. Et même si nous nous voyons moins souvent, je remercie mes amis de lycée, j’adore
nous voir grandir et continuer à passer des week-end ensemble.
Un immense merci à mes parents et mes deux petits frères Olivier et Thibaut. Je me suis toujours sentie
soutenue dans mes choix, et si j’ai pu arriver jusqu’ici, c’est grâce à vous. Merci de m’avoir emmené à la
mer depuis toute petite, il n’y a pas de doute, ma passion vient de là.
Bien sûr j’ai gardé le meilleur pour la fin. Un immense merci à la personne la plus importante à mes yeux,
mon Chris. Je n’aurai probablement pas pu arriver au bout de cette thèse sans ton soutien indéfectible, tes
encouragements, et tes moqueries de temps en temps. Merci d’avoir été le soleil qui illuminait mes journées
pluvieuses (au sens propre comme au figuré). Merci de t’être toujours montré intéressé par mes histoires de
science, de m’avoir permis de retrouver du courage quand ça n’allait pas, et d’avoir toujours pris soin de
moi. Ce doctorat a marqué le début de notre cohabitation, et j’espèce que celle-ci durera toujours.
Enfin, il est d’usage de commencer une thèse par une citation. Ces trois dernières années je me faisais une
joie de chercher dans mes lectures une citation très intelligente, d’un.e écrivain.e connu.e, qui décrirait la
ténacité nécessaire pour mener à bien ce projet. Finalement, j’ai choisi de rester plus modeste, et vous révéler
les deux mantras qui m’ont permis de trouver le courage nécessaire pour terminer ce manuscrit.

« La douleur est éphémère, la fierté est éternelle. »

Maman

« If you can move, then you can stand, if you can stand, then you can fight. »
Hiro Mashima – Fairy Tail
Table des matières
Chapter 1: Introduction ....................................................................................................................................................... 1
1. Les milieux estuariens ................................................................................................................................................ 2
1.1. Définition d’un estuaire ...................................................................................................................................... 2
1.2. Les paramètres contrôlant la répartition des organismes vivant dans les estuaires ............................................. 3
1.3. Les organismes peuplant les estuaires ................................................................................................................. 5
2. Qualité environnementale des milieux estuariens ...................................................................................................... 6
2.1. Conséquences des actions anthropiques sur les estuaires .................................................................................... 6
2.2. Besoin d’indicateurs écologique du milieu estuarien .......................................................................................... 9
3. Les foraminifères ...................................................................................................................................................... 10
3.1. Généralités sur les foraminifères ....................................................................................................................... 10
3.2. Un organisme modèle étudié par les géologues et les biologistes ..................................................................... 13
3.3. Indices biotiques basés sur les foraminifères .................................................................................................... 14
4. Paradoxe estuarien .................................................................................................................................................... 16
5. Contexte de la thèse .................................................................................................................................................. 16
6. Contenu de la thèse................................................................................................................................................... 17
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing the
Marine Influence Index ..................................................................................................................................................... 20
1. Introduction .............................................................................................................................................................. 22
2. Material and methods ............................................................................................................................................... 24
2.1 Study area........................................................................................................................................................... 24
2.2. Sampling Procedure .......................................................................................................................................... 25
2.3. Laboratory Analyses ......................................................................................................................................... 26
2.4. Marine Influence Index ..................................................................................................................................... 30
2.5. Statistical Analyses ........................................................................................................................................... 30
3. Results ...................................................................................................................................................................... 31
3.1. Sediment Grain Size.......................................................................................................................................... 31
3.2. Trace Metal Distribution ................................................................................................................................... 32
3.3. Organic Matter .................................................................................................................................................. 32
3.4. Foraminiferal Distribution ................................................................................................................................ 33
4. Discussion ................................................................................................................................................................ 41
4.1. Environmental Characteristics .......................................................................................................................... 41
4.2. Foraminifera Communities ............................................................................................................................... 42
4.3. Comparison with Previous Studies ................................................................................................................... 43
4.4. Foraminiferal Indices of Environmental Quality .............................................................................................. 44
4.5. Foraminiferal Community and the Marine Influence Index (MII) .................................................................... 46
5. Conclusions .............................................................................................................................................................. 48
Supplementary material ................................................................................................................................................ 50
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A. confertitesta;
Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast. .................................................................................... 61
1. Introduction .............................................................................................................................................................. 63
2. Material and method ................................................................................................................................................. 64
 2.1. Study area.......................................................................................................................................................... 64
2.2. Sampling ........................................................................................................................................................... 66
2.3. Morphological analysis ..................................................................................................................................... 67
2.4. DNA extraction, amplification, sequencing ...................................................................................................... 67
2.5. Bioinformatics and taxonomic assignment ....................................................................................................... 68
3. Results ...................................................................................................................................................................... 68
3.1. Morphological identification ............................................................................................................................. 68
3.2. eDNA analysis .................................................................................................................................................. 73
4. Discussion ................................................................................................................................................................ 75
4.1. Limitations of the present study ........................................................................................................................ 75
4.2. Distribution of the three Ammonia species according to the morphological analysis. ...................................... 78
4.3. Comparing morphological and eDNA data ....................................................................................................... 79
4.4. Presumed invasive behaviour of Ammonia confertitesta .................................................................................. 82
5. Conclusion ................................................................................................................................................................ 85
Supplementary Material ............................................................................................................................................... 87
Chapter 4: Historical reconstruction of the arrival of the invasive species Ammonia confertitesta (Foraminifera) in the
Loire estuary. .................................................................................................................................................................... 92
1. Introduction .............................................................................................................................................................. 94
2. Material and Methodes ............................................................................................................................................. 95
2.1. The Brillantes mudlfat ...................................................................................................................................... 95
2.2. Sampling ........................................................................................................................................................... 96
2.3. Sedimentological analyses ................................................................................................................................ 96
2.4. Reconstruction of the chronological framework ............................................................................................... 97
2.5. Ammonia spp. morphometry ............................................................................................................................. 97
3. Results ...................................................................................................................................................................... 98
3.1 Sedimentary analysis.......................................................................................................................................... 98
3.1 Chronology ...................................................................................................................................................... 100
3.3 Morphological analysis of Ammonia aberdoveyensis and Ammonia confertitesta. ......................................... 102
4. Discussion .............................................................................................................................................................. 105
4.1. Brief history of harbour activities in the study area ........................................................................................ 105
4.2. Brief history of hydromorphological changes in the Loire Estuary ................................................................ 105
4.3. Limitations of the age model........................................................................................................................... 106
4.4. Temporal evolution of Ammonia aberdoveyensis and Ammonia confertitesta in the Brillantes mudflat ........ 108
4.5. Hypotheses concerning the introduction of Ammonia confertitesta in the Loire estuary ................................ 109
5. Conclusion .............................................................................................................................................................. 112
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française ............ 114
1. Introduction ............................................................................................................................................................ 116
2. Matériel et méthodes .............................................................................................................................................. 118
2.1. Zone d’étude ................................................................................................................................................... 118
2.2. Echantillonnage ............................................................................................................................................... 119
2.3. Analyses en laboratoire ................................................................................................................................... 120
2.4. Analyses statistiques ....................................................................................................................................... 121
 3. Résultats ................................................................................................................................................................. 122
3.1. Paramètres abiotiques ..................................................................................................................................... 122
3.2. Les communautés de foraminifères................................................................................................................. 129
3.3. Relation entre les foraminifères et les paramètres environnementaux ............................................................ 140
4. Discussion .............................................................................................................................................................. 149
5. Conclusion .............................................................................................................................................................. 163
Matériel supplémentaire ............................................................................................................................................. 165
Chapter 6: Synthèse ........................................................................................................................................................ 174
1. Répartition des foraminifères en milieu estuarien .................................................................................................. 175
1.1. Description des communautés estuariennes .................................................................................................... 175
1.2. Réponses des foraminifères aux paramètres naturels ...................................................................................... 177
1.3. Focus sur le genre Ammonia spp. .................................................................................................................... 178
2. Quelques pistes pour développer des outils de biomonitoring pour le suivi des vasières estuariennes .................. 181
2.1. Les conditions de référence ............................................................................................................................. 181
2.2. Quelles méthodes d’analyse pour les communautés de foraminifères dans les vasières estuariennes ? ......... 186
Bibliographie .................................................................................................................................................................. 193
Annexe 1: The Marine Influence Index (MII): A Tool to Assess Estuarine Intertidal Mudflat Environments for the
Purpose of Foraminiferal Biomonitoring ........................................................................................................................ 220
Annexe 2: The estuarine quality paradox – eDNA metabarcoding provides a new vision of estuarine mudflat diversity
........................................................................................................................................................................................ 243
Chapter 1: Introduction

Chapter 1: Introduction

Chapitre 1

Introduction

1
Chapter 1: Introduction

1. Les milieux estuariens

1.1. Définition d’un estuaire

Les estuaires sont des environnements dynamiques, situés à l’interface entre le milieu fluvial et
marin. Une définition des estuaires est proposée par Whitfield & Elliott (2011) : « une masse d’eau côtière
semi-fermée qui est reliée à la mer de façon permanente ou périodique, dont la salinité diffère de celle de
l’océan ouvert adjacent en raison de l’apport d’eau douce ou de l’évaporation et qui comprend un biote
caractéristique ». Chaque estuaire est un environnement unique, résultant de sa situation géographique, de
son histoire géologique, de son climat, et de son régime tidal. De par leur position à l’interface entre les
milieux dulcicoles et marins, les écosystèmes estuariens sont sujets à des variations spatiales et temporelles
considérables, des paramètres abiotiques (salinité, turbidité, courants, nutriments, etc.) (Day et al., 2012), et
aussi des processus biogéochimiques (Kennish, 2019). Dans ces environnements, les paramètres
environnementaux fluctuent constamment, à une échelle journalière selon le cycle des marées, mais aussi
l’échelle saisonnière selon les périodes de crue et d’étiage du fleuve (Elliott & McLusky, 2002). Ainsi, ces
écosystèmes complexes présentent des habitats variés et dynamiques abritant des organismes adaptées à ces
perpétuels changements (Day et al., 2012; Taffs et al., 2017).

Figure I.1 : Zonation estuarienne classique, depuis le milieu continental, où les processus fluviaux dominent, en passant par le
milieu de l’estuaire, jusqu’à l'embouchure où les processus de marée et les vagues sont les forces physiques dominantes. Les
différences d'intensité et de sources de forçage physique dans l'estuaire entraînent également la formation de faciès sédimentaires
distincts (d’après Dalrymple et al., 1992).

2
Chapter 1: Introduction

1.2. Les paramètres contrôlant la répartition des organismes vivant dans

les estuaires

a) Salinité
Dans la littérature scientifique, il y a un consensus pour dire que la salinité est le paramètre principal
structurant la distribution des organismes dans les milieux estuariens (Scott et al., 1980; Cearreta, 1988; De
Rijk, 1995; Ysebaert et al., 2003; Horton & Murray, 2007). Dans ces milieux, la salinité varie
temporellement et spatialement selon les cycles de marée et les alternances d’étiage et de crue du fleuve. Ces
variations de salinité sont les premiers facteurs de stress pour les organismes (Saunders, 2011; Whitfield et
al., 2012). Les vasières intertidales sont des habitats spécifiques des estuaires qui sont émergés à marée basse
et soumis aux conditions météorologiques. La salinité dans ces habitats peut fluctuer en fonction de
l’évaporation et des précipitations lors de l’émergence à marée basse. Diz et al. (2009) ont mesuré la salinité
sur une même station pendant un an. Ils ont montré que ce paramètre fluctuait énormément au cours de
l’année mais aussi au cours du mois, avec des salinités de 18 à 34 pour une même station d’échantillonnage.

La relation entre les organismes et les changements de salinité le long du continuum marin-fluvial a été
étudiée très tôt, par Remane (1934) qui propose un diagramme conceptuel (Figure I.2). Ce diagramme
montre les changements progressifs des proportions relatives des espèces marines, saumâtres et
dulçaquicoles le long du gradient de salinité. Ce modèle, qui initialement avait été développé pour la mer
Baltique, a été adapté par Whitfield et al. (2012) pour les milieux estuariens (Figure I.2). Whitfield et al.
(2012) ont montré que les espèces marines dominent fortement les parties polyhalines et mésohalines de
l'estuaire alors que les espèces d’eau douce pénètrent à peine dans les eaux plus salines (limitées aux salinités
inférieures à 4). Ainsi, les espèces retrouvées dans la zone estuarienne sont composées en grande partie
d’espèces marines qui tolèrent les diminutions de salinité.

Figure I.2 : Modèle conceptuel de la biodiversité estuarienne (représentée par le nombre d'espèces par groupe) couvrant le
continuum de salinité, de l'eau douce aux conditions hyperhalines (d'après Whitfield et al. 2012).

3
Chapter 1: Introduction

b) Emergence à marée basse

La majorité des estuaires sont soumis à des régimes tidaux plus ou moins importants. Sur les côtes
européennes, beaucoup d’estuaires sont soumis à un régime de marée macrotidal avec des marnages de
l’ordre de 4-6 mètres. Sur les portions de l’estuaire découvertes à marée basse ainsi qu’en milieu côtier, les
organismes doivent faire face à plusieurs types de pression résultant de l’émergence. Les organismes doivent
trouver un moyen de respirer (Nancollas & McGaw, 2021), de résister à la dessiccation (Hummel et al.,
1994; Williams et al., 2011), aux changements de températures (Li et al., 2019; Deldicq et al., 2021), et
doivent aussi se protéger de la prédation (Cheverie et al., 2014). Les organismes peuplant les vasières
estuariennes vont ainsi s’étager le long du gradient du « haut de vasière » vers le « bas de vasière » selon
leurs degrés de résistance à l’émergence. La durée d’émersion est donc un paramètre important contrôlant la
distribution des organismes dans les vasières estuariennes (Horton & Murray, 2007; Camacho et al., 2015a;
Mojtahid et al., 2016; Francescangeli et al., 2017).

c) Nutriments
Les milieux estuariens jouent un rôle crucial en influençant les flux de nutriments en provenance des eaux
continentales vers la mer (Statham, 2012). La diversité des processus biologiques, physiques ou chimiques
influençant les propriétés des nutriments confèrent aux estuaires un rôle de zone tampon, filtrant les
nutriments inorganiques et organiques entre le milieu fluvial et marin (Humborg et al., 2003; Deborde et al.,
2007). Ces apports de nutriments provenant des rivières vont avoir un rôle majeur dans le maintien d'une
productivité élevée dans les écosystèmes estuariens et côtiers. La rétention en nutriments dans un estuaire est
liée au temps de résidence de l’eau douce dans l’estuaire. Plus le temps de résidence de l’eau est long, plus
les processus de transformation au sein de l’estuaire deviennent importants (Nedwell et al., 1999).

d) Matière organique
Les estuaires reçoivent des apports de matière organique provenant de sources différentes (Regnier et al.,
2013). La matière organique dans les estuaires peut être subdivisée dans une partie autochtone (produite dans
l’estuaire) et une partie allochtone (source externe, apportée du bassin versant ou par la mer) (Leng & Lewis,
2017). La matière organique autochtone résulte de la production in situ, dans la colonne d’eau
(phytoplancton) ou au fond (microalgues et macroalgues benthiques, herbiers). Dans ce contexte, le
microphytobenthos a un rôle clef dans la production de matière organique autochtone dans les estuaires
(Ford et al., 2005). La matière organique allochtone peut provenir de la végétation des rives des estuaires,
être apporté par le ruissèlement du bassin versant (Middelburg & Herman, 2007), mais aussi être importée de
l’océan grâce aux marées (Bianchi, 2007). L’ensemble de la matière organique est modifié par les différents

4
Chapter 1: Introduction

processus géochimiques ainsi que par la dégradation par les organismes. Pour ces raisons aussi, on considère
que le milieu estuarien agit comme une zone tampon, en transformant la matière organique d’origine fluviale
avant son transfert vers la mer (Middelburg & Herman, 2007).

e) Turbidité
Les apports de matière en suspension par le fleuve, la remise en suspension des sédiments de fond et les
épisodes d’efflorescence phytoplanctonique induisent des variations de turbidité. La turbidité atténue la
pénétration de la lumière dans l’environnement aquatique. La lumière peut donc devenir un paramètre
limitant pour les organismes phototrophes comme le microphytobenthos et le phytoplancton (Cloern, 1987;
Scanes et al., 2017). Plusieurs facteurs peuvent influencer la turbidité. Il a été démontré que les estuaires
longs et à forte marée présentaient une turbidité plus importante que les estuaires courts avec une faible
marée (Uncles et al., 2002). La remise en suspension par les vagues va aussi générer localement une charge
élevée de sédiment dans la colonne d’eau.

En résumé, à cause de la forte variabilité de tous ces paramètres environnementaux, les milieux estuariens
présentent des conditions beaucoup plus variables que les autres milieux côtiers. Cette variabilité induit des
stress naturels pour les organismes, qui se sont néanmoins adaptés à ces conditions de vie.

1.3. Les organismes peuplant les estuaires

Les estuaires comptent parmi les écosystèmes les plus productifs au monde (Day et al., 2012). De ce fait, ces
milieux abritent un grand nombre d’organismes. Macro-, méio- et microfaune, macro- et micro-algues,
poissons représentent un large éventail d’espèces qui se sont adaptées aux conditions de vie estuariennes et
peuvent devenir abondantes dans ces milieux. Les estuaires sont aussi des habitats transitoires pour certaines
espèces. Ils servent de nurserie pour de nombreuses espèces de poissons, mais représentent aussi une étape
de migration pour certaines espèces d’oiseaux (Hill et al., 1993; Erwin, 1996) ou de poissons (Potter et al.,
1990; Ray, 2005; Courrat et al., 2009; James et al., 2019).

Cependant, une autre espèce animale s’est implantée massivement sur les berges des estuaires : l’homme.
Historiquement, les estuaires ont été des lieux d’installation privilégiés car ce sont des sites stratégiques pour
le développement du commerce, mais aussi pour bénéficier des ressources abondantes (pêche et
aquaculture). De plus, les industries ont su profiter pleinement de la localisation stratégique le long des
estuaires. D’une part, l’accès au fleuve et à la mer facilitent le transport des matières premières et des
produits finis. D’autre part, la proximité de l’eau est un avantage considérable pour les industries (p. ex., les
centrales nucléaires, les papèteries). En outre, ces milieux abrités et productifs sont des lieux avantageux
pour l’installation de structures aquacoles. Ces activités influencent localement les estuaires en transformant

5
Chapter 1: Introduction

les sédiments à proximité des structures (par biodéposition de matière organique et accumulation des
coquilles) (Forrest et al., 2009). Aujourd’hui, la plupart des grands ports du monde sont construits autour des
estuaires et deltas (p. ex., Shanghai, Calcutta, New-York, Rotterdam, Hambourg, Le Havre, Bristol). La
présence humaine a donc radicalement transformé la morphologie de ces milieux. A titre d’exemple,
l’estuaire de la Seine où se situe le port du Havre aurait perdu 90% de sa surface intertidale en 150 ans
(Ducrotoy, 2010).

2. Qualité environnementale des milieux estuariens

2.1. Conséquences des actions anthropiques sur les estuaires

Beaucoup d’estuaires sont aujourd’hui largement impactés par les activités anthropiques, causant des
problèmes environnementaux tels que la pollution (Birch, 2000), ou l'eutrophisation (Le Moal et al., 2019;
Ratmaya et al., 2019). De plus, la réduction et la dégradation d'habitats importants provoque des
perturbations des populations d'oiseaux migrateurs et un déclin des populations de poissons (McLusky et al.,
1992). Dans certains sites, ces perturbations sont relativement modernes et remontent à ~200 ans ([Link].,
Nouvelle-Zélande) (Taffs et al., 2008). Cependant, sur les côtes européennes, la plupart des estuaires ([Link].,
la Tamise (Meddens, 1996; Waller & Grant, 2012), le Rhin (Nienhuis, 2008), la Loire (Tessier, 2001), la
Gironde (Coquillas, 2001), la Charente (Billaud et al., 2001) et la Vilaine (Gauthier, 2006)) ont été modifiés
par l’homme depuis des millénaires (par des activités tels que les modifications hydrologiques, les pâturages,
les marais salants, les activités minières, etc.). Ceci rend encore plus difficile la différenciation entre les
changements naturels et ceux induits par l’homme. Dans certains estuaires, les premiers procédés industriels
susceptibles d'avoir entraîné une contamination métallique datent de l’Antiquité, voire même de l’âge du
bronze (2700-900 av. J.-C.) (Chauris, 2002, 2011). En revanche, l'intensification des impacts anthropiques
s’est accrue au cours des deux derniers siècles à cause de l’augmentation de la population et de la révolution
industrielle (Freeman et al., 2019). Par conséquent, les estuaires comptent aujourd’hui parmi les écosystèmes
les plus physiquement modifiés et les plus pollués (Taffs et al., 2017). Le degré de contamination d’un
estuaire dépend donc de l’histoire de l’implantation humaine, du niveau et du type d’industries présentes sur
ses rives et dans son bassin versant, ainsi que de la dynamique de l’environnement ([Link]., le temps de
résidence des polluants et les processus de reminéralisation).

Les perturbations anthropiques peuvent être classées en quatre catégories (Day et al., 2012) : 1)
l’eutrophisation 2) les altérations physiques ; 3) l’introduction de matières toxiques ; 4) les changements des
communautés dus à la pêche ou à l’introduction d’espèces exotiques. Chacune de ces catégories est détaillée
ci-dessous.

6
Chapter 1: Introduction

1) L’eutrophisation
L’eutrophisation résulte de l’apport important de nutriments inorganiques (composés azotés et phosphorés)
et organiques (composés carbonés) (Cloern, 2001). De manière générale les nutriments sont des éléments
clefs pour le développement de la production primaire. Cependant, l’augmentation des densités humaines et
leurs activités à proximité des estuaires favorisent l’enrichissement des cours d’eau en nutriments, en
composés azotés et phosphatés (Logan et al., 2011) ainsi qu’en matière organique labile (Mackenzie et al.,
2011). Les sources des nutriments sont multiples. D’abord, les rejets urbains peuvent être à l’origine
d’enrichissements (Paerl et al., 2004). Les industries ([Link]., industrie du papier), peuvent rejeter des
composés organiques (Colodey & Wells, 1992). Aussi l’aquaculture est une source d’apports en matière
organique (Bouchet & Sauriau, 2008). Finalement, l’agriculture intensive utilise massivement des nutriments
(fumier, lisier ou engrais synthétiques) pour augmenter les productions agricoles (Dupas et al., 2018), et la
déforestation aggrave le ruissellement et augmente ainsi l’apport de nutriments dans les estuaires. Les
nutriments inorganiques sont absorbés par les producteurs primaires tels que les macro- et micro-algues et les
cyanobactéries (Ratmaya et al., 2019). Cette prolifération des organismes photo-autotrophes entraîne une
augmentation des bactéries aérobies les décomposent après leur mort. La dégradation bactérienne des fortes
biomasses conduit à une augmentation de la demande en oxygène, nécessaire pour l’oxydation de la matière
organique (Smith & Able, 2003). Ces apports importants créent des zones où la consommation d’oxygène
excède sa production, ce qui induit un appauvrissement en oxygène du milieu, jusqu’à de possibles hypoxies
(oxygène dissous <2.0mg/l) ou anoxies (oxygène dissous <0.1mg/l). Ces évènements ont un impact
important sur les communautés benthiques (Kennish, 2002), pouvant les déstabiliser et entraîner des
changements dans la densité et la diversité (Alve, 1995; Mojtahid et al., 2008; Parent et al., 2021). En cas
d’anoxie sévère et prolongée, les communautés benthiques seront éradiquées (Diaz & Rosenberg, 2008).

2) Les altérations physiques

Les altérations physiques sont des changements directs de la structure physique ou dynamique d’un estuaire.
Les altérations physiques sont multiples, elles résultent des constructions de digues (Traini et al., 2015),
barrages (Morais, 2008; Yang et al., 2011), chenaux, mais aussi du dragage et de la chenalisation pour la
navigation (van Maren et al., 2015a) qui impactent l’équilibre hydro-sédimentaire naturel. Ces modifications
hydro-morphologiques perturbent l’écoulement naturel (Jeuken & Wang, 2010; Monge-Ganuzas et al.,
2013) et transforment ainsi la turbidité (van Maren et al., 2015b) ou le gradient de salinité naturel (Kerner,
2007; Winterwerp et al., 2013).

Au cours de ces siècles d’occupation humaine, les estuaires ont subi des pertes d’habitat par poldérisation.
En général ces changements se sont produits de manière progressive avec des empiètements progressifs sur
les zones humides pour répondre à des besoins agricoles (Eertman et al., 2002). Néanmoins, au cours du
dernier siècle, pour répondre à des besoins portuaires, urbains et industriels, l’empiètement des structures

7
Chapter 1: Introduction

humaines sur les zones humides s’est intensifié (Probert, 2017). De plus, l’artificialisation des berges et la
déméandrisation du fleuve a engendré des pertes d’habitats intertidaux. Ces espaces sont des zones clefs pour
les organismes qui y vivent de façon pérenne (McLusky et al., 1992) ou qui en ont besoin ponctuellement
pour se nourrir ou se reproduire ([Link]., les oiseaux) (Burton et al., 2006)

3) Les introductions de contaminants ou de polluants

Les matières introduites dans l’environnement peuvent être des contaminants dont la concentration à l’état
naturel est bien plus faible ([Link]., cuivre, zinc, fer), ou des polluants qui n’existent pas dans l’environnement
à l’état naturel ([Link]., hydrocarbures, PCB, DDT, hormones de synthèse) (Kennish, 2002). Ces éléments
peuvent présenter une toxicité aiguë ou, plus couramment, provoquer des effets chroniques ou sublétaux sur
les organismes (Weis & Weis, 1994; Henriques et al., 2019). Les éléments toxiques peuvent également se
bioaccumuler dans les chaînes alimentaires (Zhao et al., 2012; Yuan et al., 2020). Ces introductions de
matières toxiques peuvent provenir de multiples sources. En effet, les pollutions peuvent se produire
directement dans le milieu estuarien en tant que pollutions chroniques ([Link]., liées à la navigation, comme les
rejets de carburant et les, peintures antifouling (Dafforn et al., 2011) ou les rejets industriels et domestiques
(Birch, 2000)) ou ponctuels ([Link]., les marées noires ou d’autres fuites accidentelles de polluants (Riaux-
Gobin, 1985)). En outre, les estuaires sont aussi les réceptacles des ruissellements des pollutions
occasionnées par les activités du bassin versant (Birch & McCready, 2009) ([Link]., aires urbaines, activités
minières, pesticides). L’imperméabilisation des sols du bassin versant a augmenté ce ruissèlement et ainsi la
quantité de polluants arrivant dans les eaux estuariennes.

4) Les changements de communautés dus aux activités anthropiques

a. Les activités de pêche

Pour l’ichtyofaune, comme pour les autres groupes d’organismes, les communautés estuariennes se
caractérisent par une faible richesse spécifique comparée aux milieux marin et dulçaquicole (Whitfield,
2015; Whitfield & Harrison, 2021). Parmi les espèces de poissons importantes pour la pêche commerciale,
peu vivent exclusivement dans les estuaires, mais ces milieux sont des habitats transitoires importants pour
leurs cycles de vie (migrations de poissons diadromes comme le saumon ou l’esturgeon) (Probert, 2017). La
surpêche est l’une des plus anciennes perturbations anthropiques occasionnées dans les estuaires. Cette
perturbation conduit à une diminution de la biomasse et de la biodiversité estuariennes (Blaber, 2013). Si une
espèce spécifique est exploitée de manière trop intensive, ses concurrents et ses proies peuvent augmenter, et
des changements dans la composition de la biocénose estuarienne peuvent en résulter (Breitburg et al.,
2009).

8
Chapter 1: Introduction

b. Les introductions d’espèces exotiques envahissantes

L'introduction de nouvelles espèces dans les écosystèmes côtiers a eu lieu pendant de nombreux siècles, à
dessein ou par accident (Minchin et al., 2009). Cependant, ces invasions se sont multipliées avec
l’augmentation des d’échanges maritimes (Cohen & Carlton, 1998). Beaucoup de ports se trouvant à
l’embouchure des estuaires, ces milieux sont parmi les premières zones touchées par les introductions
d’espèces non natives (Briggs, 2012). Parmi ces espèces dites exotiques, certaines se révèlent invasives et
prolifèrent dans les milieux où elles ont été introduites. Ces espèces interagissent avec la biocénose en place
ce qui peut conduire à des modifications (Ruiz et al., 1999). Par exemple, dans la baie de Chesapeake
(U.S.A.), l’introduction de la balane Loxothylacus panopaei a affecté les communautés de crabes
Eurypanopeus depressus en diminuant leur capacité reproductrice (O’Shaughnessy et al., 2014). Un autre
exemple concerne le bivalve Corbicula fluminea donc l’introduction dans l’estuaire de Minho (Portugal) a
provoqué des changements dans les communautés des espèces autochtones (Ilarri et al., 2014).

2.2. Besoin d’indicateurs écologique du milieu estuarien

Aujourd’hui, la plupart des milieux marins, dulçaquicoles, ou de transition, sont affectés de manière plus ou
moins prononcée par les activités humaines. L’un des principaux défis du XXIe siècle est donc de concevoir
une occupation humaine dans le milieu naturel sans trop affecter la biodiversité et les processus
écosystémiques. Dans ce contexte, des réglementations ont été adoptées pour protéger les milieux
aquatiques. Depuis les années 2000, la directive-cadre européenne sur l’eau (Council of the European
Communities, 2000) impose aux pays signataires de maintenir ou restaurer la bonne qualité écologique de
toutes leurs masses d’eau continentales et côtières. Afin d’atteindre ces objectifs, la première étape a été de
développer des indicateurs permettant d’évaluer l’état écologique des masses d’eau, pour pouvoir prendre
des mesures afin de les restaurer et de les protéger. Par conséquent, la surveillance de la qualité écologique
est devenue un enjeu majeur. Depuis une vingtaine d’années, une multitude d’indicateurs de qualité
biologique ont été développés (Diaz et al., 2004). Certains indicateurs reposent sur des mesures des
paramètres chimiques (Crane, 2003; Rodríguez et al., 2006; Tueros et al., 2008) ou physico-chimiques (Bald
et al., 2005b; Best et al., 2007), reflétant souvent chacun un type de pollution. D’autres indicateurs sont basés
sur les organismes vivant sur le site, ce qui permet d’évaluer l’impact cumulé de toutes les pressions
occasionnées dans la zone d’étude. A cette fin, plusieurs organismes sont utilisés: les poissons (Delpech et
al., 2010; Lepage et al., 2016), la macrofaune (Borja et al., 2009a; van Loon et al., 2015a), le phytoplancton
(Devlin et al., 2007; Revilla et al., 2009), les macroalgues (Juanes et al., 2008) ou les angiospermes
(Orfanidis et al., 2007). Parmi les groupes utilisés en bioindication, le phylum des foraminifères (Eukaryotes,
Rhizaria) présente plusieurs avantages :

9
Chapter 1: Introduction

1. Ces organismes sont sédentaires, leur mobilité limitée les empêche de fuir les perturbations.
De ce fait ils reflètent les conditions du site où ils se sont développés.
2. Ils ont un cycle de vie court (quelques mois à un ou deux ans (Boltovskoy, 1964)), la
communauté réagit donc rapidement aux changements environnementaux (Alve, 1995;
Murray, 2006; Albani et al., 2007).
3. Ce groupe est diversifié et présente une large gamme de stratégies écologiques (Schönfeld et
al., 2012; Jones, 2013). Certaines espèces sont considérées comme sensibles et d’autres
comme plus tolérantes (Jorissen et al., 2018).
4. Ces organismes sont généralement de petite taille (0.1-1mm). De ce fait, les foraminifères
présentent généralement des abondances importantes dans de petits volumes de sédiment
(Scott et al., 2007) ([Link]., dans cette thèse les densités moyennes étaient de ~500 ind/50cc).
Ceci permet d’obtenir une base de données importante, permettant de faire des analyses
statistiques robustes avec un effort d’échantillonnage réduit (Frontalini & Coccioni, 2011).
5. Ils sont présents dans presque toutes les eaux marines et les eaux de transition du globe,
permettant leur utilisation comme bioindicateurs dans toutes les régions (Murray, 2006;
Scott et al., 2007).
6. Ils sont sensibles à de multiples sources de pollution ([Link]., Alve, 1995; Burone et al., 2006;
Frontalini & Coccioni, 2011; Dijkstra et al., 2017; Martínez-Colón et al., 2018).
7. Les foraminifères à test minéralisé peuvent fossiliser, créant ainsi des archives historiques
qui peuvent fournir des conditions de référence d’avant les impacts anthropiques ([Link].,
Scott et al., 2005; Alve et al., 2009; Dolven et al., 2013; Vidović et al., 2016) .

3. Les foraminifères

3.1. Généralités sur les foraminifères

Les foraminifères sont étudiés dès le 19e siècle par plusieurs naturalistes ([Link]., Alcide d’Orbigny, Henry
Bowman Brady, Pierre Denys de Montfort, Christian Gottfried Ehrenberg). Initialement classés à tort parmi
les céphalopodes (d’Orbigny, 1826), les foraminifères sont un phylum d’eucaryotes unicellulaires
appartenant au groupe des Rhizaires. Les foraminifères sont constitués d’une seule cellule autour de laquelle
la plupart d’entre eux construisent une coquille (appelée « test »), qui peut être organique (coquille protéique,
non minéralisée), ou composée de carbonate de calcium ou de particules agglutinées (Kitazato & Bernhard,
2014). Ces tests comprennent une ou plusieurs chambres reliées entre elles par un petit orifice appelé
« foramen ». Le nom de ce phylum vient de cette particularité morphologique, foraminifères signifiant
« ceux qui portent un foramen » (D’Orbigny, 1839).

10
Chapter 1: Introduction

La morphologie et la composition du test constituent la base de la taxonomie du phylum. On peut diviser les
foraminifères en quatre catégories informelles selon la construction de leur test : tests agglutinés, calcaires
hyalins, calcaires, porcelanés et organiques (Figure I.3). Aujourd’hui, les analyses moléculaires ont montré
que la séparation de ces groupes n’a plus de validité phylogénétique, mais ces groupes sont encore largement
utilisés dans les études morphologiques. La coquille des espèces agglutinées est composée de grains de
sédiment agrégés ensemble grâce à un ciment organique ou calcaire. Ces grains peuvent être constitués de
quartz, mais aussi d’autres minéraux ([Link] de l’obsidienne) ainsi que de matériaux d’origine biologique
comme des débris coquillers, des coccolithes ou des spicules d’oursins (Murray, 1979). Les espèces
calcaires produisent leur tests de carbonate de calcium en changeant le pH autour de leur cytoplasme et en
utilisant les ions Ca2+ et CO32- contenus dans l'eau de mer (de Nooijer et al., 2009). Ce groupe est divisé
entre les espèces hyalines et porcelanées. Les parois des tests des espèces hyalines sont composées de
calcaire de calcite à basse teneur en magnésium, donnant un aspect vitreux à la coquille (Adl et al., 2019).
Les parois des tests des espèces porcelanées sont composées de calcaire de calcite à haute teneur en
magnésium. Les cristaux sont orientés au hasard et réfractent la lumière dans toutes les directions, donnant
un aspect laiteux au test, rappelant la porcelaine (Adl et al., 2019). Enfin, certaines espèces de foraminifères
sont dites à test organique car elles ne possèdent pas de coquille minérale, mais seulement une enveloppe
protéique (Pawlowski, 2009).

La forme du test peut varier de formes très simples, avec des coquilles à une seule chambre à des formes plus
complexes chez les espèces à plusieurs chambres (Adl et al., 2019). Après cette première distinction, les
espèces sont ensuite divisées taxonomiquement en fonction de leurs traits morphologiques, comme
l’arrangement des chambres, les ornementations, la position de l’ouverture, etc. (Haynes, 1981). Ainsi, la
taxonomie actuelle des foraminifères est essentiellement basée sur la morphologie du test. Depuis quelques
décennies, les approches moléculaires ont permis de remettre en question certains éléments de classification.
En effet, ces méthodes ont permis d’identifier des espèces cryptiques (Hayward et al., 2004; Darling &
Wade, 2008; Deldicq et al., 2019) et d’améliorer la classification existante (Schweizer et al., 2008, 2009;
Pawlowski et al., 2013) en précisant les limites interspécifiques (Tsuchiya et al., 2008; Pillet et al., 2013;
Roberts, 2016).

11
Chapter 1: Introduction

Figure I.3 :Exemples des quatre types de test : 1, test organique ; 2, agglutiné ; 3, hyalin ; 4, porcelané et de plusieurs types
d’arrangement des loges : 5, une seule chambre ; 6, arrangement bisérié ; 7, trisérié ; 3, 8, planispiralé ; 4, miliole. Tous les
spécimens proviennent d’estuaires de la façade Atlantique : 1, Belon ; 2,3,4,7 Auray ; 5,6,8 Vie. 1: Psammophaga sp. Arnold, 1982;
2: Ammotium salsum (Cushman and Brönnimann, 1948); 3: Elphidium oceanense (d’Orbigny in Fornasini, 1904);
4: Quinqueloculina oblonga (Montagu, 1803); 5: Fissurina sp. Reuss, 1850; 6: Bolivina sp. D’Orbigny, 1839; 7: Eggerelloides
scaber (Williamson, 1858); 8: Elphidium williamsoni Haynes, 1973. Echelle : 100 µm.

Toutes les espèces de foraminifères possèdent des longs filaments appelés granuloréticulopodes qui
permettent à l’organisme d’interagir avec son environnement pour s’alimenter et se déplacer (Jones, 2013).
Les différentes espèces utilisent une large gamme de stratégies trophiques qui incluent des modes de vie
principalement hétérotrophes, mais aussi mixotrophes. Ils obtiennent leur nutriments par filtration ([Link].,
Cedhagen, 1988), broutage ([Link]., Pascal et al., 2009), absorption de matière organique dissoute ([Link].,
DeLaca et al., 1981), parasitisme ([Link]., Cedhagen, 1994; Nielsen, 2002), prédation ([Link]., Culver & Lipps,
2003; Dupuy et al., 2010), symbiose ([Link]., Bird et al., 2017; Takagi et al., 2019), et même par kleptoplastie
([Link]., Jauffrais et al., 2016; Jesus et al., 2022). Le développement d’un large éventail de stratégies et
d’adaptations, a permis à ce groupe d’être présent dans la plupart des environnements et de survivre à des
conditions adverses. A titre d’exemple, certaines espèces sont capables de survivre à des conditions
anoxiques prolongées (Langlet et al., 2014) en entrant en dormance (LeKieffre et al., 2017), d’autres espèces
sont capables de dénitrifier (Risgaard-Petersen et al., 2006). Les foraminifères vivent dans toutes les régions
marines du globe, des côtes aux abysses, des tropiques aux pôles (Scott et al., 2007). Certaines espèces de
foraminifères à test organique ont été détectées en eau douce et dans le sol (Holzmann et al., 2021). Les
foraminifères constituent un élément important de la méiofaune (Pawlowski, 2009). Le nombre total

12
Chapter 1: Introduction

d’espèces actuelles de foraminifères a été estimé à 6000 (Jones, 2013). Quelques espèces de foraminifères
sont planctoniques (environ 50 espèces morphologiques (Schiebel & Hemleben, 2017), incluant de
nombreuses espèces cryptiques (Darling & Wade, 2008)) mais la grande majorité des espèces sont
benthiques. Parmi les espèces benthiques, certaines sont épibenthiques, certaines vivent à la surface du
sédiment, et d’autres sont endopéliques (Murray, 2006). Leur position verticale dans le sédiment est liée aux
disponibilités de la nourriture et de l’oxygène (TROX model, Jorissen et al., 1995).

3.2. Un organisme modèle étudié par les géologues et les biologistes

Les premiers fossiles connus de foraminifères datent du Cambrien inférieur, il y a 540 millions d’années
(Murray, 2006), mais ce groupe pourrait être apparu au Néoprotérozoïque, entre 690 et 1 150 millions
d’années, d’après les données moléculaires (Pawlowski et al., 2003). Après la mort des organismes, les tests
de certaines espèces de foraminifères peuvent être préservés dans le sédiment. Cette caractéristique permet
aux géologues de les utiliser pour faire des reconstructions paléo-environnementales afin de retracer les
changements climatiques et océanographiques passés.

A cette fin, deux types de méthodes sont utilisées : l’approche écologique et l’approche géochimique. La
première est basée sur les connaissances des réponses des foraminifères aux différents paramètres
environnementaux, elle permet de reconstruire les variations climatiques, les paléo-courants, la paléo-
élévation du niveau marin, etc. (Schmiedl et al., 2010; Mary et al., 2017; Mojtahid et al., 2017; Rodriguez-
Lazaro et al., 2017; Depuydt et al., 2022). La deuxième méthode se base sur les éléments incorporés pendant
le processus de calcification de la coquille. Ces éléments servent de proxy des conditions physico-chimiques
passées, et permettent de faire des reconstructions paléo-climatiques et paléo-océanographiques (Tzedakis et
al., 2009; Koho et al., 2015; Mojtahid et al., 2019; Le Houedec et al., 2020). Il est donc fondamental
d’étudier les assemblages vivants de foraminifère et leurs relations avec les paramètres environnementaux
pour ainsi développer des clefs de compréhension pour l’étude des assemblages passés.

La préservation des coquilles de foraminifères dans le sédiment déposé actuellement (et dans un passé
récent) permet d’obtenir des archives pour connaître l’état des communautés avant l’implantation des
activités humaines (Francescangeli et al., 2016; Hess et al., 2020; de Jesus et al., 2020; Dolven & Alve,
2021). Cette caractéristique est un avantage considérable pour les biologistes, car elle peut fournir des
connaissances sur les conditions de référence dans le cadre du biomonitoring.

L’étude des foraminifères par les biologistes permet aussi de suivre les changements dans un passé récent,
comme l’évolution des glaciers marins (Fossile et al., 2020; Nardelli et al., 2022) ou la restauration des
écosystèmes (Polovodova Asteman et al., 2015). Finalement, les foraminifères sont également des acteurs
importants dans les cycles biogéochimiques, comme celui de l'azote ([Link]., dénitrification (Risgaard-Petersen
et al., 2006; Piña-Ochoa et al., 2010; Choquel et al., 2021)) ou du carbone (Moodley et al., 2000; Cesbron et

13
Chapter 1: Introduction

al., 2016)). Leur étude peut ainsi contribuer à une meilleure compréhension du fonctionnement des milieux
marins.

3.3. Indices biotiques basés sur les foraminifères

En utilisant l’abondance, la diversité et la composition des communautés ainsi que la sensibilité aux
pollutions des différentes espèces de foraminifères, il est possible d’obtenir des indications sur l’état
écologique de l’écosystème étudié. Les foraminifères ont montré des sensibilités face à différentes
pressions : les pollutions en éléments métalliques (Alve, 1991; Frontalini & Coccioni, 2008; Cherchi et
al., 2009; Coccioni et al., 2009; Caruso et al., 2011; Brouillette Price et al., 2019; Smith & Goldstein,
2019; Cong et al., 2021), les rejets des activités aquacoles (Oron et al., 2014; Pawlowski et al., 2016; He et
al., 2019; Bouchet et al., 2020; Dubois et al., 2021), les rejets industriels ([Link]., rejets d’usine de pâte à
papier (Nagy & Alve, 1987; Schafer et al., 1991)), les exutoires d’eaux usées (Burone et al., 2007;
Parent et al., 2021), les marées noires (Morvan et al., 2004; Brunner et al., 2013; Young et al., 2021),
etc. Ces sensibilités sont prometteuses pour l’utilisation des foraminifères comme bio-indicateurs des
perturbations liées aux activités anthropiques dans les estuaires. Cependant, les indices biotiques existants
ont été développés pour le suivi des milieux marins ouverts.

En milieu marin, la grande majorité des indices de qualité environnementale reposent sur la tolérance des
espèces vis-à-vis de l’enrichissement en matière organique. Cet enrichissement entraîne des changements
dans la composition des communautés et la dominance relative des différentes espèces. Ces indices reposent
en grande partie sur les travaux de Pearson & Rosenberg (1978). Ces auteurs ont proposé une succession de
la diversité, de l’abondance et de la biomasse des communautés le long d’un gradient d’enrichissement en
matière organique. Cette succession est basée sur des observations de macrofaune benthique, mais peut aussi
être utilisée pour l’étude de la méiofaune, telle que les foraminifères. Les courbes
espèces/abondance/biomasse (SAB) (Figure I.4) résument les changements des paramètres faunistiques
survenant le long d’un transect partant du point de rejet des effluents et aboutissant dans des zones situées
au-delà de l'effet des matières rejetées. Les sédiments situés à proximité du point de rejet d’une forte
pollution sont dépourvus de faune benthique. En s’éloignant de la zone de rejet, le nombre d’espèces
s’accroît jusqu’à une valeur asymptotique. Les valeurs d’abondance augmentent rapidement entre le point de
rejet et un pic d’espèces opportunistes. Cette augmentation est due à des populations extrêmement
abondantes de seulement quelques espèces opportunistes. Puis l’abondance diminue tandis que la richesse
spécifique augmente. Enfin les deux valeurs se stabilisent.

14
Chapter 1: Introduction

Figure I.4 : Modèle SAB basé sur les changements de S, le nombre d’espèces ; A, abondance totale ; B, biomasse totale, le long d’un
gradient d’enrichissement organique. PO, pic d’opportunistes ; E, point d’écotone ; TR, zone de transition. D’après Pearson et
Rosenberg, 1978.

Sur la base de ce concept, plusieurs indices basés sur les foraminifères ont été développés pour le milieu
côtier :

1) L’indice foram-AMBI

L’indice AMBI (Borja et al., 2000) a initialement été conçu pour l’étude de la macrofaune benthique. Il est
basé sur le concept de groupes écologiques de sensibilité/tolérance des espèces vis-à-vis des enrichissements
en matière organique (Hily & Glemarec, 1990). Cet indice divise les espèces de macrofaune benthique en
cinq classes appelées « groupes écologiques » selon leur sensibilité/tolérance face à un enrichissement en
matière organique. Sur la base des pourcentages cumulatifs des cinq groupes, un indice de qualité
environnemental est calculé. Récemment, Alve et al. (2016) puis Jorissen et al. (2018) ont transposé cet
indicateur aux foraminifères benthiques en proposant une liste d’attribution des espèces aux groupes
écologiques par rapport à leurs différentes réponses à l’enrichissement en TOC. Cette liste a été adaptée par
Bouchet et al. (2021) aux écosystèmes de transition grâce aux données de 21 études testée dans 35 stations
provenant de 5 sites.

2) Tolerant Species Index for the Mediterranean (TSI-Med)

La valeur de l'indice TSI-Med (Barras et al., 2014) est principalement basée sur des groupes de taxons
tolérants au stress et/ou opportunistes. Le TSI-Med est basé sur un seul groupe de taxons tolérants au stress.

3) Foraminiferal Stress Index (FSI)

Le FSI (Dimiza et al., 2016) divise les individus en taxons « sensibles » et « tolérants », regroupés selon leur
comportement face à l'enrichissement en matière organique et utilise les proportions relatives de ces deux
groupes pour calculer la valeur de l'indice, en attribuant dix fois plus de poids au premier groupe. Cet indice
a été testé sur les côtes grecques en Méditerranée.

15
Chapter 1: Introduction

4) Le Norwegian Quality Index basé sur les foraminifères (NQI_f)

Initialement développé pour le suivi de la macrofaune (Rygg, 2006), le NQI (Norwegian Quality Index) a été
adapté pour le suivi des foraminifères benthiques (Alve et al., 2019). Le NQI-f inclut une métrique basée sur
la proportion d’espèces sensibles dans la communauté (foram-AMBI) et une métrique basée sur la diversité.

D’autre part, un indice de qualité environnementale basé sur la diversité a été proposé.

5) L’exponentiel de Shannon (ExpH’bc)

Bouchet et al. (2012, 2018) ont proposé d’utiliser le expH’bc, correspondant à l’indice de Shannon-Wiener
(Shannon & Weaver, 1963) corrigé par Chao & Shen (2003). Cet indice a été utilisé dans les fjords
norvégiens (Bouchet et al., 2012), puis dans les lagunes italiennes (Bouchet et al., 2018a) et les zones
côtières tunisiennes (El Kateb et al., 2020).

4. Paradoxe estuarien
Les indices brièvement présentés précédemment sont déjà utilisés dans les milieux côtiers. Cependant leur
application en milieu estuarien s’avère difficile. En effet, les organismes présents dans les estuaires doivent
faire face aux multiples stress naturels induits par les variations des paramètres environnementaux liés aux
apports variables d’eaux douces du fleuve. Par conséquent les estuaires présentent naturellement une faible
diversité et sont habités par des espèces tolérantes à ces stress. Ces communautés présentent donc des
caractéristiques biologiques similaires à celles observées dans des écosystèmes côtiers pollués. A cette
variabilité naturelle s’ajoute la pression des impacts anthropiques, à la fois engendrée par les activités
humaines dans l’estuaire mais aussi dans le bassin versant. Le fait que les communautés naturelles trouvées
dans les estuaires présentent des caractéristiques similaires à celles d’environnements côtiers pollués est
appelé « le paradoxe estuarien » (Dauvin, 2007; Elliott & Quintino, 2007). Pour cette raison, les indicateurs
développés dans les milieux côtiers ne fonctionnent pas en milieu estuarien et doivent être adaptés à ce
milieu (Dauvin & Ruellet, 2009; Blanchet et al., 2012; Bouchet et al., 2021). Afin d’adapter les indicateurs
existants aux estuaires, il est d’abord nécessaire de parfaitement comprendre la répartition naturelle des
espèces dans ces milieux. Cette compréhension est primordiale pour le développement d’indices biotiques
adaptés aux estuaires. Une fois cette étape validée, il sera possible de détecter des déviations à cette
répartition naturelle qui pourraient refléter des impacts anthropiques.

5. Contexte de la thèse
Le projet FORESTAT (FORaminifères des ESTuaires de la façade ATlantique), financé par l’Office
Français pour la Biodiversité (OFB) et l’Université d’Angers, a pour objectif d’améliorer la compréhension
de la répartition des espèces de foraminifères dans les milieux estuariens, avec comme finalité le
développement un indice biotique adapté à ces milieux. Ce projet se focalise sur les estuaires de la façade

16
Chapter 1: Introduction

atlantique française. Les nouvelles connaissances acquises serviront à proposer des pistes pour l’élaboration
d’un bio-indicateur de la qualité des vasières estuariennes. Ce projet combine deux approches pour l’étude
des foraminifères : l’approche morphologique et l’approche du metabarcoding.

Afin de répondre aux besoins des gestionnaires des milieux estuariens, ce projet a pour objectif d’obtenir les
connaissances écologiques nécessaires pour le futur développement d’un outil de biomonitoring basé sur les
foraminifères. Ce projet contribuera notamment à l’amélioration de à nos connaissances de la variabilité
naturelle des communautés de foraminifères benthiques dans les estuaires. Ces acquis devraient non
seulement nous fournir la compréhension nécessaire pour le développement d’un indice de qualité
environnementale, mais aussi, de mieux concevoir le rôle des foraminifères dans ces écosystèmes
complexes.

Dans ce contexte, le but de cette thèse est d’approfondir les connaissances de la distribution des
communautés de foraminifères dans les milieux estuariens et d’identifier leurs relations avec les paramètres
environnementaux, en utilisant une approche taxonomique traditionnelle. Les résultats obtenus permettront
d’envisager des pistes pour le développement d’un indice biotique spécifiquement conçu pour les
environnements estuariens.

6. Contenu de la thèse
Le chapitre 2 se focalisera sur deux estuaires situés sur la côte atlantique française, la Vie et Auray. Le
premier objectif de ce chapitre sera d’étudier la répartition des foraminifères et de connaître l’influence des
paramètres environnementaux sur cette répartition. Le second objectif sera de tester l’indice d’influence
marine (marine influence index, MII) sur ce jeu de données. Cet indice a été développé par Jorissen et al.
(2022) (article disponible en annexe) et vise à quantifier l’influence des eaux marines à la station étudiée au
moment de l’échantillonnage. L’indice se base sur trois paramètres : la distance de la station par rapport à
l’embouchure de l’estuaire, le temps d’émergence, et la décharge fluviatile dans les quatre semaines
précédant l’échantillonnage. Le but de cet indice est de résumer plusieurs paramètres liés à l’influence
marine (la salinité, l’apport de nutriments d’origine marine et l’hydrodynamisme) qui devraient structurer la
répartition des communautés estuariennes.

Une partie importante de ce travail de thèse sera d’évaluer les niches écologiques d’espèces estuariennes
nouvellement identifiées. En effet, la technique de barcoding de cellules individuelles a permis de révéler la
présence d’un complexe d’espèces pseudo-cryptiques autrefois regroupées dans une même morpho-espèce.
(Hayward et al., 2004; Schweizer et al., 2011; Darling et al., 2016; Richirt et al., 2019). En effet, l’espèce
morphologique Ammonia tepida a longtemps été considéré comme une unique espèce possédant une grande
plasticité phénotypique, jusqu’à ce que des analyses moléculaires révèlent la présence de plusieurs espèces
pseudo-cryptiques (Hayward et al., 2004). Trois phylotypes T1, T2 et T6 ont d’abord été décrits. Puis des

17
Chapter 1: Introduction

analyses morphométriques ont permis de différencier morphologiquement ces trois phylotypes (Richirt et al.,
2019). Finalement, les trois phylotypes T1, T2 et T6 ont été nommées Ammonia veneta, Ammonia
aberdoveyensis et Ammonia confertitesta, respectivement (Hayward et al., 2021). Compte tenu de l’évolution
récente de la taxonomie de ce complexe d’espèce, les chapitres de cette thèse sont donc parmi les premiers à
décrire les préférences écologiques de ces espèces (avec Saad & Wade, 2016; Bird et al., 2020; Richirt et al.,
2021). Au vu de la prédominance du morpho-groupe Ammonia tepida dans les écosystèmes estuariens ([Link].,
Alve & Murray, 1994; Debenay et al., 2000; Camacho et al., 2015; Martins et al., 2016; Mojtahid et al.,
2016; Saad & Wade, 2017; Francescangeli et al., 2021), il est important d’étudier leur écologie afin d’avoir
une bonne compréhension de leur distribution. Pour cette raison, les chapitres 3 et 4 de cette thèse se
focalisent sur l’écologie de ces espèces.

Dans le chapitre 3, nous étudierons la distribution des trois espèces d’Ammonia dans sept estuaires, afin de
déterminer si elles ont des préférences écologiques et une distribution géographique similaires ou différentes
dans les milieux étudiés.

Parmi ces trois espèces, Ammonia confertitesta est considérée comme potentiellement invasive et supposée
originaire des côtes est asiatiques (Pawlowski & Holzmann, 2007; Schweizer et al., 2011). Cette espèce est
aujourd’hui massivement implantée le long des côtes européennes (Bird et al., 2020). Dans cette thèse, nous
avons eu l’opportunité de réétudier deux carottes sédimentaires prélevées dans l’estuaire de la Loire en 2015.
Ainsi, dans le chapitre 4, nous nous sommes concentrés sur l’étude des espèces d’Ammonia pour i) vérifier
le caractère invasif d'Ammonia confertitesta, ii) donner une estimation de son époque d’introduction et des
vecteurs possibles, iii) voir si l’arrivée de cette espèce a affecté l’espèce autochtone Ammonia
aberdoveyensis.

Enfin, dans le chapitre 5, nous avons incrémenté notre jeu de données du chapitre 2 de sept estuaires
supplémentaires. Les objectifs du chapitre 5 seront de 1) décrire les communautés estuariennes et leurs
relations avec les paramètres environnementaux ; 2) synthétiser la répartition des espèces dans les estuaires
par le biais d’un indice quantitatif ; 3) comparer l’indice d’influence marine (MII) avec l’indice de répartition
des espèces afin d’évaluer la cohérence de ces indices ; 4) identifier les stations polluées et analyser les
réponses éventuelles des communautés face à ce stress. Ce chapitre utilisera les connaissances apportées par
les trois chapitres précédents pour proposer des pistes d’élaboration d’un outil de biomonitoring pour les
estuaires.

18
Chapter 1: Introduction

19
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast:
testing the Marine Influence Index

Chapter 2

Foraminiferal distribution in two

estuarine intertidal mudflats of the
French Atlantic coast: testing the Marine
Influence Index
Marie P. A. Fouet*1, David Singer1, Alexandra Coynel2, Swann Héliot1, Hélène Howa1, Julie Lalande3,
Aurélia Mouret1, Magali Schweizer1, Guillaume Tcherkez3,4, Frans J. Jorissen1.

1
UMR CNRS 6112 LPG-BIAF, Laboratory of Planetology and Geosciences, Angers University and Nantes
Université, 2 Boulevard Lavoisier, 49045 Angers, France
2
University of Bordeaux, UMR CNRS 5805 EPOC, 33615 Pessac, France
3
Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Angers University, INRAe Angers, SFR
Quasav, 42 Rue Georges Morel, 49070 Beaucouzé, France
4
Research School of Biology, ANU College of Sciences, Australian National University, Canberra, ACT
2601, Australia

* Correspondence author: [Link]@[Link]

This chapter has been published in Water, February 2022, 14(4), 645 ([Link]
and its content have been reformatted here for consistency with the rest of the thesis.

20
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

Abstract
This study focuses on the foraminiferal distribution on intertidal mudflats of two contrasted estuaries
(Auray and Vie) along the French Atlantic coast. In both estuaries, the foraminiferal communities are
dominated by Haynesina germanica and the Ammonia tepida group. Stations located near the outlets show a
high diversity and abundance of species of the genus Elphidium. Stations in the inner estuary show a higher
proportion of agglutinated species (Ammotium salsum, Ammobaculites agglutinans). Multivariate statistical
analysis suggests that the distance to the sea and the percentage of fine sediment (<63µm) are the two main
parameters explaining the foraminiferal distribution. Chemical analyses of the sediment show that the two
studied estuaries are not affected by major anthropogenic pollution, so that the faunas should mainly reflect
the natural controlling parameters. Three indices of environmental quality commonly used in coastal areas
show counter-intuitive differences between stations, suggesting that these indices may be less reliable for use
in intertidal estuarine mudflats. The newly developed Marine Influence Index (MII) integrates three major
ecological factors: the position of the sampling point on the salinity gradient, the emergence time at low tide
and the relative importance of fresh water discharge. In our dataset, MII shows significant correlations with
the controlling environmental parameters (distance to the sea, percentage grains <63 µm), as well as with the
foraminiferal patterns (PCA axis 1, species richness, percentage of Elphidium spp. and Quinqueloculina
spp.). These results suggest that the MII explains a substantial part of the faunal variability on estuarine
intertidal mudflats, and can be used to detect deviations from the natural distribution patterns in response to
anthropogenic pollution.

Keywords: estuary; biomonitoring; foraminifera; environmental parameters

21
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

1. Introduction
Whitfield and Elliott (2011) defined estuaries as “semi-enclosed coastal water bodies connected to the
sea either permanently or periodically, having a different salinity compared to the adjacent open ocean due
to freshwater inputs, and being inhabited by a characteristic biota”. Estuaries are among the most dynamic
ecosystems of the marine realm (Day et al., 2012). They host productive transitional water ecosystems of
high ecological and economic interest (Cave et al., 2003). Estuaries are buffer zones protecting coastal plains
against climatic events (i.e., storms, floods), and are important nursery habitats for fish and other migratory
animals (Clark et al., 1994; Day et al., 2012). They are also suitable locations for human settlement due to
their ideal geographical situation at the interface between continents and oceans. For centuries, they have
been subjected to anthropogenic disturbances, stress and habitat modifications, because they host multiple
economic activities (e.g., fishery, aquaculture, tourism, industry, urbanisation) (Kennish, 2002; Belzuncea et
al., 2004; Bald et al., 2005a). In this context, the European community has established the Water Framework
Directive (Council of the European Communities, 2000), requesting member countries to monitor the
environmental quality of various water bodies (including transitional systems such as estuaries), and when
necessary, to take measures to return to a good water quality status.

Over the last few decades, the use of biotic indices to assess the environmental quality of coastal waters has
expanded considerably. Several groups of organisms are used as bioindicators (e.g., fish, algae, benthic
macrofauna and meiofauna) because of their sensitivity to natural and anthropogenic disturbance (Hummel et
al., 2015). Among these, foraminifera (Eukaryotes, Rhizaria) have several advantages: (1) they have a
sedentary lifestyle, (2) they have short life cycles (up to 2 years) that ensure a rapid response to
environmental change (Murray, 2006; Albani et al., 2007), (3) they inhabit almost all marine regions and
transitional waters (Murray, 2006), (4) they show high species diversity (about 9000 living species) with a
large panel of functional traits (WoRMS, 2020), and (5) their fossil records can be analysed to gain insight
into their community composition before recent anthropogenic impacts, and thereby can provide pristine
reference conditions (Dolven et al., 2013; Alve et al., 2019).

Recently, several studies have developed foraminiferal biotic indices for coastal areas. Some of these indices
are based on alpha diversity (e.g., Bouchet et al., 2012), whereas others apply an indicator species concept,
using the relative proportion of stress-tolerant species (e.g., Barras et al., 2014; Alve et al., 2016, 2019;
Dimiza et al., 2016; Jorissen et al., 2018). These species are often recognised as such by their response to
organic matter enrichment in the sediment. However, in estuarine environments, both the spatial and the
temporal variation in physical and chemical parameters are very high (e.g., salinity, temperature, water
movement, turbidity, oxygen content, organic matter supplies, etc.). Such a strong variability induces natural
stress that affects local biota. Consequently, estuaries show a low biodiversity, with a dominance of species
adapted to adverse conditions. Even pristine estuarine communities are dominated by stress-tolerant species
that are adapted to highly fluctuating environmental conditions, leading to low values for most indices of

22
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

environmental quality. This observation has been named the “estuarine paradox” (Dauvin, 2007; Elliott &
Quintino, 2007). Consequently, the development of biotic indices for the highly complex and dynamic
ecosystems found in estuaries is a real challenge (Elliott & Whitfield, 2011; Tweedley et al., 2015).

Due to the “estuarine paradox”, foraminiferal bio-indication indices developed in open marine environments
cannot be applied directly to estuaries. Several strategies have been proposed to overcome this difficulty.
Bouchet et al. (2018b) proposed to use the corrected Shannon diversity index Exp(H’bc) in Mediterranean
transitional zones and adapted the ecological class boundaries to this particular environment. More recently,
Bouchet et al. (2021) proposed a list of stress-tolerant species, based on their response to organic matter
gradients occurring in transitional waters.

In principle, the construction of a foraminiferal index of environmental quality in estuaries requires prior
knowledge of their natural distribution. Only once this natural distribution, and the relation with the
controlling parameters, is fully understood can it become possible to recognise distributional anomalies
resulting from anthropogenic stress. However, at present, most estuaries are impacted by both natural and
anthropogenic stresses. There is a general scientific consensus that the main natural parameter influencing
the distribution of foraminifera in estuarine environments is salinity (e.g., Scott et al., 1980; Cearreta, 1988;
De Rijk, 1995; Horton & Murray, 2007). Estuaries are characterised by strong daily and seasonal salinity
variations. The daily aerial exposure due to the tidal cycle (twice a day in the studied area) is an additional
natural stress factor for the foraminiferal communities on estuarine intertidal flats. This leads to high
temperature and salinity variations due to evaporation/precipitation at low tide, and a mix of marine and
fresh waters at high tide (Hayward & Hollis, 1994; Horton & Murray, 2007; Armynot du Châtelet et al.,
2018). Other main controlling parameters are sediment grain size and natural organic matter quantity and
quality (Armynot du Châtelet et al., 2009; Mojtahid et al., 2016).

When superposed on these natural parameters, anthropogenic stress can modify the distribution of benthic
foraminifera. For instance, high concentrations in trace metals can influence the density, species richness and
composition of communities, and can lead to an increase in abnormal tests (Alve, 1991; Armynot du Châtelet
et al., 2004; Frontalini et al., 2009). An excess of anthropogenic organic matter (e.g., domestic sewage, or
estuarine primary production resulting from fertiliser input) can also modify the community composition
(Alve, 1991; Eichler et al., 2012). Moreover, inputs of large quantities of organic matter may induce hypoxic
or anoxic zones, where oxygen consumption exceeds supply. Such events intensify during warm late summer
and early autumn months (Tyson & Pearson, 1991). Other anthropogenic pollutants (e.g., hydrocarbons,
hormones) and anthropogenic physical disturbance can impact living communities as well (Romano et al.,
2009).

In an attempt to integrate the main natural factors affecting estuarine foraminifera in a single environmental
index, Jorissen et al. (submitted this volume) proposed the Marine Influence Index (MII). The MII,
calculated for each sampling station, is based on the position of the studied station along the salinity gradient,

23
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

the duration of tidal emergence and the relative importance of river runoff in the ambient water turnover.
Therefore, this index reflects salinity, but implicitly also the hydrodynamic energy and fluviatile and/or
marine particle supplies.

The first aim of the present study is to assess the foraminiferal distribution (of the >125 µm fraction) living
in the surficial sediment of intertidal mudflats along two contrasted estuaries of the French Atlantic coast.
The main parameters controlling the foraminiferal communities in these environments will be identified.
Next, we will investigate whether at one or more stations, the foraminiferal composition deviates from the
composition expected under natural conditions, and whether this deviation is due to anthropogenic pollution.
Some foraminiferal indices of environmental quality commonly used in transitional waters will be applied
and assessed for their applicability to intertidal estuarine mudflats. Finally, we will investigate to what extent
MII, which describes the marine influence in estuaries, is correlated with the characteristics of the
foraminiferal communities, and can be used to detect distributional anomalies due to anthropogenic
pollution.

2. Material and methods

2.1 Study area

In this study, the foraminiferal communities from intertidal mudflats of two small estuaries (~20 km long) on
the French Atlantic coast, Auray and Vie, are investigated. Both estuaries are subject to a meso- to a low
macrotidal regime, with a tidal range of about 4 m at the inlet (Office français de la biodiversité).

The Auray estuary (Figure II.1A and Supplementary Table II.S1), at about 47°35′ N and 2°57′ W, is a typical
ria (drowned river valley) with its downstream part, or outer estuary, connected to the Morbihan Gulf, an
enclosed marine bay. Two rivers flow out into the Auray estuary, the Loc’h and Bono, with a mean annual
discharge of 2.71 and 1.52 m3/s, respectively (Banque Hydro). Together, they drain a catchment area of 324
km2. Today, salt water penetrates up to the Tréauray Mill, 19.8 km from the mouth of the estuary at
Kerpenhir Point (Office français de la biodiversité). During the 2019 environmental survey in the context of
the Marine Framework Directive, based on data collected between 2012 and 2017, the environmental quality
was described as “moderate” (Envlit). This evaluation was exclusively based on an indicator using fishes.
Conversely, indicators based on opportunistic macro-algae, autotrophs other than phytoplankton, and
hydromorphology all indicated a good environmental quality.

24
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

Figure II.1 : Location of sampling sites along the Auray (map A) and Vie (map B) estuaries. Sites Vie 1, Vie 2 and Auray 3 are not
considered for this study. Hatched zones represent urbanised areas and stripes represent salt marshes.

The Vie estuary (Figure II.1B and Supplementary Table II.S1), situated at about 46°35′ N and 1°56′ W, can
be characterised as a bar-built estuary. The river meanders through salt marshes before crossing the Saint-
Gilles-Croix-de-Vie harbour to flow into the Atlantic Ocean. Its mouth is deflected northwards by a sandy
spit. The Vie river drains a catchment basin of 84 km2 and has a mean annual discharge of 1.17 m3/s (Banque
Hydro; Office français de la biodiversité). At present, salt water penetrates up to 8 km landward where it is
blocked by a dam. Based on the thalweg topography, Jorissen et al. (submitted this volume) deduced that
before the construction of this dam, salt water penetrated up to the village of St. Maixent, 16.8 km from the
mouth of the estuary. A 2019 environmental survey, performed in the context of the Marine Framework
Directive, evaluated the environmental quality as “good”, on the basis of intertidal and opportunistic
macroalgae and autotrophs other than phytoplankton (Envlit).

2.2. Sampling Procedure

In the Auray estuary, seven sites (Site 3 is not considered in this study), with a total of 15 stations, were
sampled from the 10th to 12th of July 2019 (Figure II.1A). Samples of the surficial sediment (top centimetre)
were collected at low tide on intertidal mudflats. At each site, two or three stations were sampled across the
mudflat if it was large enough (A to C from upper mudflat to lower mudflat, Supplementary Table II.S2). In
the Vie estuary, eight sites (Sites 1 and 2, located on sandy beaches outside the estuary, are not considered in
this study), with a total of 12 stations, were sampled on the 23rd and 24th October 2018 (Figure II.1B). Most
stations are located on intertidal mudflats, except for stations 4 and 5, which are positioned on mud-covered
ramps in small semi-enclosed basins in the harbour of Saint-Gilles (Supplementary Table II.S2).

To study the distribution of foraminifera, three replicates were sampled for each station. Three tubes with an
internal diameter of 9.6 cm were randomly placed and pushed by hand into the sediment. The top 1 cm of the
sediment cores was sliced off. Samples for foraminiferal analyses were preserved in 96% ethanol and stained

25
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

with 2 g/L Rose Bengal, following the FOBIMO protocol (Schönfeld et al., 2012). Samples for grain size
and organic matter analyses were taken between the cores by scraping off the surficial sediment layer.

For all sampling stations, the elevation was estimated with respect to French chart datum (lowest
astronomical tide). For the stations sampled at low tide immediately above the water table, elevation was
estimated using the tide tables published by the French Naval Hydrographic and Oceanographic Service
(SHOM), which give the theoretical altitude of the water surface during the tidal cycles for all French
harbours. For all stations higher on the mudflats, the altitude was estimated using an electronic theodolite
®
(NA720 Leica; height accuracy <1 cm), and official benchmark altitude points. At stations located too far
from referenced benchmarks, the lichen vertical zonation (Vail & Walker, 2021), developed on rocky
outcrops and walls (quay, jetty, wharf…), was used. The conspicuous upper limit of the black lichen
Verrucaria maura corresponds to the mean highest spring tide level, for which the altitude is given in the
tide tables of the SHOM. Furthermore, this limit is highlighted by the lower limit of the orange lichen
Xanthoria parietina, which marks the beginning of the supratidal zone. Taking into account the field
constraints (and the uncertainty in the lichen vertical zonation) a range of uncertainty of +/− 10 cm was
estimated for our elevation data. By combining elevation and tide tables from the SHOM (based on the
TELEMAC-MASCARET modelling system), it was possible to evaluate for each station the duration of the
tidal emergence. The theoretical emergence time was estimated using tidal data corresponding to mean
spring tide conditions (i.e., the French tidal coefficient of 90). The “emergence time” was then expressed as a
percentage of the duration of an entire mean spring tide cycle.

Salinity was measured in the tidal channel for the lowest stations, and in tidal pools for the stations higher on
the mudflats. In view of the large temporal variability in salinity (Attrill, 2002; Diz et al., 2009), not only on
the exposed mudflats (due to evaporation and precipitation) but also in the tidal channel (due to tide and river
runoff), such one-off measurements are not representative for the foraminiferal habitat. Consequently, they
are not further used in this study.

2.3. Laboratory Analyses

Sediment grain size was analysed with a Malvern 3000 Mastersizer laser diffraction particle size analyser.
The sediment was not decarbonated before the analyses. To give an overall characterisation of the sediment,
the percentage of grains <63 µm was used. The grain size distribution spectra were further analysed with the
Peakfit® software (version 4.12), which allows for distinguishing and quantifying different sediment grain
size populations. The classification proposed by Farrell et al. (2012) was used for the description of the
sediment.

26
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

Trace metal concentrations were analysed with an Inductively Coupled Plasma Mass Spectrometer (Thermo
Scientific® X-Series 2 ICP-MS) on freeze-dried sediment, after total acid digestion (HCl, HNO3− and HF)
following the methodology described by Coynel et al. (2016). In all, seventeen chemical elements were
measured: V, Cr, Co, Ni, Cu, Zn, As, Sr, Mo, Ag, Cd, Sn, Sb, Ba, Pb, Th and U. All concentrations are
expressed in mg/kg. The natural variability in trace metal concentrations depends on the grain size and
mineralogical composition. To correct for grain size and mineralogical effects, trace metal concentrations
need to be normalised by a reference (conservative) element. Following earlier studies (Coynel et al., 2007;
Larrose et al., 2010), Thorium (Th) was used for this purpose. The Enrichment Factor (EF) quantifies
anthropogenic metal enrichment in the sediment. The EF is obtained by dividing the Th-normalised
concentration by the concentration found in an unpolluted reference sediment, representative of the regional
geochemical background (Mason, 2013). Several studies have demonstrated that the regional geochemical
backgrounds can be defined via the bottom/base of sediment cores in French continental systems, especially
when the age model suggests that those deeper layers have been deposited before the onset of regional
contamination sources (e.g., Audry et al., 2004; Grosbois et al., 2012; Dendievel et al., 2020; Gardes et al.,
2020). To this end, values from the basis of a long sediment core sampled in the western part of the
Morbihan Gulf (Perez-Belmonte, 2008) have been used. These samples date from about 5000 years ago
(5182 cal BP), well before the major anthropogenic activities of today.

The enrichment factor is calculated as follows:

𝑀
𝑜𝑏𝑠
𝐸𝐹 = 𝑇ℎ
𝑀
𝑟𝑒𝑓
𝑇ℎ
Where M is the trace metal concentration, Th is the concentration of the conservative element, obs is the
measured value and ref is the value of the geochemical background as observed in the sediment core
samples. Following Larrose et al. (2010), enrichment classes are defined as follows:

- EF < 1.5: no enrichment;

- 1.5 < EF < 3: minor enrichment;

- 3 < EF < 5: moderate enrichment;

- EF > 5: strong enrichment.

Elemental carbon content (%Corg) and the carbon isotopic composition (δ13C) were measured on
decarbonated freeze-dried sediment with a CHONS Elemental Analyser (EA Vario PYRO cube; Elementar ®,
Langenselbold, Germany) coupled to an isotope ratio mass spectrometer (IRMS; Isoprime precision,
Elementar®, Langenselbold, Germany). Prior to EA-IRMS analysis, 300 mg of dried sediment was
decarbonated with phosphoric acid to remove inorganic carbon (H3PO4, concentration 2 M). After

27
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

decarbonatation, samples were freeze-dried and ground. Three milligrams of samples were weighed in tin
capsules. Possible offsets of raw IRMS values were corrected using both international IEAE (Vienna) and
home-made standards (caffeine IAEA-600- and a sucrose-methionine-glycine mixture, referred to as SMG
and cross-calibrated against caffeine IAEA-600 and Ag2S IAEA-S-1, for C, N and S isotopes). Note that the
linearity of the IRMS response was checked throughout to be less than 0.02‰ nA−1, and furthermore, any
possible size effect between samples was minimised by weighing the same amount for all samples. Standards
(which had a %Corg different from that of samples) were weighed accordingly to have the same signal
intensity. All isotopic data are expressed in the conventional delta notation versus V-PDB (‰): δ13Csample =
(Rsample/RV-PDB − 1) × 1000 with R = 13C/12C (Dubois et al., 2012).

Foraminiferal samples were sieved with 63, 125 and 500 µm meshes, and the fraction >125 µm was used for
foraminiferal analyses. Although the >125 µm fraction contains only a part of the foraminiferal community,
the study of this fraction has the advantage of being less time-consuming than that of the >63 µm or 100 µm
fraction. Therefore, the experimental design can include more samples. Moreover, since >125 µm
sufficiently reflects the foraminiferal community, the FOBIMO protocol proposes the study of this size
fraction as an optimal compromise for biomonitoring studies (Schönfeld et al., 2012). When necessary,
density separation using Ludox to remove organic material (Burgess, 2001; Somerfield & Warwick, 2013) or
sodium polytungstate to remove sand (Parent et al., 2018) was applied. Samples with a high foraminiferal
density were divided in aliquots using a wet splitter (Charrieau et al., 2018). Foraminifera were picked wet,
using a Leica MZ16 stereomicroscope, and stored in Chapman slides. All stained individuals (all chambers
except the last one or two brightly stained pink) were considered living. Complete aliquots were counted
until a minimum of 300 specimens was obtained (Patterson & Fishbein, 1989; Fatela & Taborda, 2002). All
hard-shelled foraminifera were identified to the species level (Figure II.2), using classical and modern
reference publications on estuarine foraminifera (i.e., Murray, 1979; Hansen & Lykke-Andersen, 1976;
Feyling-Hanssen, 1972; Scott & Medioli, 1980; Camacho et al., 2015), as well as the World Register of
Marine Species (WoRMS, 2020). Studies combining genetic and morphological information were favoured
to identify the Ammonia and elphidiid species (Schweizer et al., 2011; Pillet et al., 2013; Darling et al.,
2016). The previously recognised morphospecies Ammonia tepida is composed of three different phylotypes
in Europe (T1, T2 and T6, (Hayward et al., 2004)), which can be distinguished morphologically (Richirt et
al., 2019). Following earlier studies (e.g., Richirt et al., 2019), we will refer to the Ammonia tepida group
when speaking about this morphospecies, which includes phylogenetically unrelated phylotypes. With a
stereomicroscope, it was mostly impossible to differentiate between these three phylotypes, particularly for
small specimens. Consequently, in order to determine the presence/absence of the phylotypes’ diversity in
the Ammonia tepida group, 50 randomly sampled individuals per station were identified on the basis of SEM
images, following Richirt et al. (2019).

28
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

Figure II.2 : SEM images of the most abundant living benthic foraminiferal species in the study area. 1. Ammonia sp. T1.—Vie 4. 2.
Ammonia sp. T2.—Vie 4. 3. Ammonia sp. T6.—Vie 4. 4. Elphidium selseyense (Heron-Allen and Earland, 1911)—Vie 3. 5. Elphidium
margaritaceum Cushman, 1930—Auray 1C. 6. Elphidium oceanense (d’Orbigny in Fornasini, 1904)—Auray 1C. 7. Haynesina
germanica. (Ehrenberg, 1840)—Vie 8B. 8. Quinqueloculina jugosa Cushman, 1944—Auray 1C. 9. Quinqueloculina oblonga
(Montagu, 1803)—Auray 1C. 10. Ammotium salsum (Cushman and Brönnimann, 1948)—Auray 8B. 11. Ammobaculites agglutinans
(d’Orbigny, 1846)—Auray 8B. 12. Trochammina inflata (Montagu, 1808)—Vie 7A. Scale bar = 100 µm.

29
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

2.4. Marine Influence Index

The Marine Influence Index proposed by Jorissen et al. (submitted this volume) was tested in this study. The
MII combines the position of the sampling site along the estuarine gradient, the duration of the tidal
emergence, as well as the riverine fresh water input during the 30 days before sampling. The MII has been
designed to give an integrated quantitative estimation of the influence of marine waters at the sampling
stations. This index was calculated as follows:

x 0.04 ∗ RD
MII = (1 − ∗ α) ∗ (1 − ET ∗ β) ∗ (1 − √ ∗ y)
s CS

The first term of the equation is the normalised distance, in which x is the distance of the sampling site from
the mouth of the estuary measured along the main estuarine channel, divided by s, the length of the salt
intrusion. The second term refers to the normalised emergence time, in which ET, the duration of the tidal
emergence at a sampling station, is expressed as a fraction of the tidal period, under mean spring tide
conditions. The third term considers the relative river discharge, in which RD (m/s) is the diver discharge in
the 30 days before sampling, and CS is the cross section (m2) of the estuary at the study site, measured at
mean high tide. α, β and γ are constants, used to weigh the three components of the equation. In this study,
these constants are set to 1, giving equal weight to the three components. See Jorissen et al. (submitted this
volume) for further explanations. The values of MII computed for this study are presented in Supplementary
Table II.S10.

2.5. Statistical Analyses

All diversity indices (species richness, Shannon index, exp(H’bc index)) were based on raw data, using R
software (version 4.0.4) (Team, 2013) and the “vegan” package (version 2.5–7, (Oksanen et al., 2020)). The
calculation of the Foram-AMBI index was based on the species assignment list proposed by Bouchet et al.
(2021).

A non-standardised Principal Components Analysis (PCA) was performed on non-transformed percentage

data using the variance–covariance matrix. PCA reduces data matrices to a small number of factors
explaining a maximum of the total variance. Only species exceeding 1% of the assemblage in at least one
station were taken into consideration. Relevant variables were selected by forward selection based on PCA
(ordistep function, R package “vegan”). Next, the environmental parameters were fitted to the PCA axes
using the envfit function of the R package “vegan” (non-constrained version, the environmental parameters
did not contribute to the ordination). All environmental data were standardised.

For all correlation tests, the normality of the data set was tested using the Shapiro–Wilk normality test, and
the homogeneity of variance (homoscedasticity) with the Bartlett test. Finally, Pearson or Spearman

30
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

correlation tests were applied. A trend line was fitted to each scatter plot. For regression lines, the
generalised linear model (“glm”) was used except when a nonlinear regression (“nls”) was found.

3. Results

3.1. Sediment Grain Size

All seven sites in the Auray estuary presented a silty–muddy sediment with ≥50% fine (<63 µm) grains
(Figure II.3, Supplementary Table II.S3). A particle population with a mode of about 5 µm was dominant at
almost all stations (e.g., Auray 2B, 5A, 6B shown on Figure II.3), while this 5µm mode became secondary at
stations 1B, 1C, 4A and 8B. A silt/very fine sand population, with a mode of 30 to 105 µm, was dominant at
all stations of sites 1 and 4. At sites where more than one station was sampled, the mode of the latter
population increased towards the lower elevation. Station 8B was the only one with an important medium
sand population, with a mode of 284 µm.

In the Vie estuary, all sites had a silty–muddy sediment, with two dominant populations, a first one with a
mode of 6 to 10 µm, and a second one with a mode of 40 to 100 µm (Figure II.3, Supplementary Table
II.S3). For both estuaries taken together, there is a positive correlation between elevation and the percentage
of fine (<63 µm) grains (R2 = 0.14, p = 0.056).

Figure II.3 : Sediment grain size distribution (yellow dashes curves), and grain size populations reconstructed with Peakfit ® software
version 4.12 (solid-coloured curves) for 10 typical stations of Auray and Vie estuaries (location on Figure II.S1). A, B, C: from high
to low mudflat. See Supplementary Table II.S3 for numerical data and Supplementary Figure II.S1 for other stations.

31
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

3.2. Trace Metal Distribution

At the 27 stations, 17 trace metal elements were measured (Supplementary Table II.S4). The raw values for
all trace metals were slightly higher in the Auray estuary compared to the Vie estuary, which is probably the
result of a different geology of the catchment area (Supplementary Table II.S4). Enrichment factors (EFs)
were computed for the six main trace elements (Cr, Ni, Cu, Zn, Cd, Pb) that could have an impact on
community composition. In the Auray estuary, the EFs of trace metals were in the same range at all stations,
except for Cu at station 1A (increased by a factor three), and station 8B, where Zn and Pb showed slightly
raised values. Additionally, in the Vie estuary, the EFs were similar at all stations, except for Cu at stations
4, 5 and especially 6, where the EFs were 1.5 to 2.5 times higher than everywhere else (Figure II.4).

Figure II.4 : Enrichment factors calculated for Cr, Ni, Cu, Zn, Cd and Pb in stations of the Auray (A) and Vie (B) estuaries. Limits of
strong, moderate and minor enrichment are according to Larrose et al., 2010. See Supplementary Table II.S4 for detailed data.

3.3. Organic Matter

The percentages of Corg and δ13C measurements are presented in Supplementary Table II.S5. In the Auray
estuary, the percentage of acid-resistant carbon in sediment samples (%Corg) varied from 1.23 to 2.93%
(Figure II.5; Supplementary Table II.S5). In general, %Corg was higher in the inner (2.15–2.93%) than in the
outer estuary (1.43 to 2.33%), except for station 8B, with a low value of 1.23%. There was no systematic

32
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

trend between higher and lower stations on mudflats. The δ13C (Figure II.5; Supplementary Table II.S5)
varied from –17.71 to –23.86‰, with a gradient from high values in the outer estuary (sites 1,2 and 4) to
lower values in the inner estuary (sites 5, 6, 7 and 8).

In the Vie estuary, the %Corg varied from 1.16 to 2.27% (Figure II.5; Supplementary Table II.S5). Values
were higher in outer estuary (1.96 to 2.27%) than in the inner estuary (1.16 to 1.96%). Similar to in the
Auray estuary, there was a trend of decreasing δ13C (Figure II.5; Supplementary Table II.S5), from –14.3‰
in the outer estuary (station 3) to –24.9‰ in the inner estuary (station 10A). However, this tendency was
weakened at two stations (7C and 8A) with a high δ13C compared to the other inner estuary stations.

The comparison of the %Corg with the δ13C shows different patterns for the two estuaries (Figure II.5). In the
Auray estuary, these parameters show a significant negative correlation (R2 = 0.41, p-value = 0.01) when
station 8B, with a very different sediment grain size (medium sand), is not included in the analysis. In the
Vie estuary, the correlation is not significant.

Figure II.5 : Relationship between the organic carbon content and δ13C in the Auray (left) and Vie estuaries (right). In the Auray
estuary, station 8B has not been taken into account.

3.4. Foraminiferal Distribution

3.4.1. Density

In the Auray estuary, the average foraminiferal density in the >125 µm fraction (based on the study of three
replicates at each station) varied from ~25 to ~1700 individuals per 50 cm3 (Figure II.6; Supplementary
Table II.S6), without a clear spatial trend. Although the three replicates had comparable values for many
stations, at stations 1B, 2A, 2B and 8B, the richest replicate was up to 10 times richer than the poorest one,
suggesting considerable spatial patchiness at a decimetric scale. At several stations, foraminifera with a
dissolved shell as well as organic linings were observed, but were not counted.

33
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

In the Vie estuary, the average foraminiferal density (for 3 replicates) varied from ~170 to ~1800
foraminifera per 50 cm3 (Supplementary Table II.S7), again without a clear spatial tendency (Figure II.6).
The three replicates had comparable values. At all sites with a large mudflat (sampled on a cross-shore
transect), the densities increased towards higher elevation.

Figure II.6 : Total foraminiferal density in the Auray (A) and Vie (B) estuaries. The stations are ordered from the outer (left) to the
inner estuary (right). The numbers correspond to the mean density of the three replicates and are expressed in individuals/50 cm 3.

3.4.2. Foraminiferal Diversity

The total dataset contains 41 species (in the >125 µm fraction), of which 14 are common to both estuaries.

In the Auray estuary, 27 species were identified. Species richness (Table II.1) varied between 4 and 13, the
Shannon index from 0.12 to 1.65 and Exp(H’BC) from 1.14 to 5.23, without a clear tendency. However, at
most sites with large mudflats (more than one station), there was a gradient from high values in the lower
parts (stations B and C, lower elevation) to low values in upper parts (station A, higher elevation) of the
mudflat.

In the Vie estuary, 28 species were recognised. Here, species richness varied between 7.3 and 14.3, the
Shannon index from 0.18 to 0.63 and Exp(H’BC) from 1.40 to 3.33 (Table II.1). Most indices had raised
values at sites 3 and 4, in the outer estuary. At site 7, where three stations were sampled at different altitudes,

34
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

all diversity indices increased from the highest (7A) to the lowest station (7C). However, this tendency was
not observed at sites 8 and 10, where two stations were sampled.

Table II.1 : Diversity indices in the Auray estuary. For every station the average of the three replicate samples is given.
Estuary Station Species Richness Shannon Exp(H’BC)
1A 8.0 (±2.0) 0.68 (±0.16) 2.01 (±0.31)
1B 10.7 (±1.2) 1.44 (±0.08) 4.22 (±0.30)
1C 12.7 (±2.5) 1.65 (±0.13) 5.23 (±0.72)
2A 2.0 (±1.7) 0.15 (±0.28) 1.37 (±0.63)
2B 4.3 (±4.9) 0.40 (±0.53) 1.80 (±1.02)
2C 8.0 (±1.0) 0.80 (±0.16) 2.26 (±0.33)
4A 8.7 (±1.5) 0.64 (±0.26) 1.95 (±0.48)
Auray 4B 8.0 (±1.0) 0.62 (±0.17) 1.92 (±0.31)
5A 5.0 (±1.7) 0.12 (±0.03) 1.14 (±0.05)
5B 11.7 (±2.3) 0.86 (±0.24) 2.49 (±0.57)
6A 7.3 (±0.6) 0.30 (±0.17) 1.37 (±0.24)
6B 11.7 (±0.6) 0.73 (±0.26) 2.14 (±0.54)
7 5.7 (±1.2) 0.69 (±0.04) 2.02 (±0.09)
8A 8.3 (±1.2) 1.27 (±0.14) 3.73 (±0.34)
8B 5.3 (±2.3) 0.68 (±0.29) 2.07 (±0.56)
3 14.3 (±1.5) 1.14 (±0.20) 3.17 (±0.27)
4 12.3 (±2.5) 1.09 (±0.35) 3.10 (±1.07)
5 9.3 (±2.3) 0.87 (±0.04) 2.45 (±0.30)
6 9.0 (±2.6) 0.68 (±0.17) 2.00 (±0.31)
7A 8.3 (±1.2) 0.33 (±0.01) 1.40 (±0.01)
7B 8.0 (±0.0) 0.40 (±0.11) 1.50 (±0.15)
Vie
7C 10.7 (±0.6) 0.99 (±0.16) 2.72 (±0.41)
8A 9.7 (±0.6) 1.19 (±0.07) 3.30 (±0.19)
8B 7.3 (±0.6) 0.65 (±0.11) 1.92 (±0.20)
9 9.7 (±0.6) 1.20 (±0.12) 3.33 (±0.06)
10A 8.7 (±0.6) 1.03 (±0.10) 2.84 (±0.34)
10B 7.3 (±0.6) 0.71 (±0.22) 2.05 (±0.15)

3.4.3. Foraminiferal Communities

In the Auray estuary, 16 species were found at least at one station with an average relative frequency higher
than 1% for the three replicates (Plate 1, Supplementary Table II.S8). Eight of these species were rotaliids
(calcareous perforate test), seven were textulariids (agglutinated test) and one was a miliolid (porcelaneous
test). Rotaliids accounted for more than 88% of the foraminifera, except at stations 8A and 8B, in the inner
estuary, where textulariids were abundant (Figure II.7). Miliolids were present at all stations but represented
at most 6.5% of the relative abundance. At all stations except 8B, Haynesina germanica was dominant (50–
96%). The Ammonia tepida group was present in the whole estuary (except at 8B), with values up to 18%. It
showed much lower percentages at all stations at higher elevation (2A, 2B, 4A, 5A, 6A). Phylotype
Ammonia sp. T1 was dominant (about ~75%), and was accompanied by Ammonia sp. T2 (~20%) and sp. T6

35
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

(~5%), without a clear spatial tendency. Elphidiids were mostly present in the outer estuary (site 1), at
stations of lower elevation (1B, 1C, 2C), where they reached up to 30%, and were mainly represented by
Elphidium margaritaceum and Elphidium oceanense. Elphidium margaritaceum was only observed at sites 1
and 2, while E. oceanense was also present in the inner estuary, but with lower densities. The agglutinated
species, especially frequent at stations 8B (95%) and 8A (27%), were dominated by Ammotium salsum, with
a minor contribution of Trochammina inflata and Ammobaculites agglutinans. Among the miliolids,
Quinqueloculina oblonga occurred at almost all stations, with a maximum at 1B and 1C, whereas
Quinqueloculina jugosa was rare, and never attained 1%.

In the Vie estuary, eight species were found at least at one station with an average relative frequency larger
than 1% for the three replicates (Plate 1, Supplementary Table II.S9). Six of these species were rotaliids,
whereas the other two were miliolids. Rotaliids always accounted for most of the foraminiferal community
(89–99%). Miliolids (Q. jugosa and Q. oblonga) were present at all stations, with a maximum of 10.5%. The
sampling sites can be divided into three zones (Figure II.7). At sites 3, 4, and 5, the assemblages were
dominated by Elphidium selseyense (49–78%). The three sites in the middle estuary (6, 7 and 8) were
dominated by H. germanica (56–92%), whereas E. selseyense dropped to low values (12.4% or less).
Elphidium selseyense was virtually absent at the stations of highest elevation (7A, 8A and 10A). Towards the
inner part of the estuary, the Ammonia tepida group increased, to become dominant (41–49%) at stations 9,
10A and 10B. At stations were the Ammonia tepida group was abundant, phylotypes T1 (~50%) and T6
(~40%) were dominant (~75%), accompanied by T2 (10%), without a clear spatial pattern. Miliolids
(essentially Q. jugosa and Q. oblonga) showed slightly raised percentages at stations 4, 8B, 9 and 10B.

For all dominant species, correlations with the main environmental parameters and with MII were calculated
(Supplementary Table II.S12). Elphidium selseyense and Q. oblonga are both negatively correlated with
emergence time, whereas H. germanica shows a positive correlation with this factor in the Auray estuary.
Ammobaculites agglutinans and Ammotium salsum show a negative correlation with the distance to the sea,
as does the A. tepida morphogroup and E. oceanense in the Vie estuary. Elphidium selseyense is the only
taxon showing a negative correlation with the sediment fine fraction. Finally, E. selseyense and H.
germanica are positively correlated with %Corg, whereas Q. oblonga shows a negative correlation.

36
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

Figure II.7 : Composition of foraminiferal assemblages (>125 µm fraction) in the Vie and Auray estuaries.

The non-standardised PCA model based on percentage data of the dominant species yields three significant
axes that explain, respectively, 58.2, 23.3 and 15.4% of the total variance (Figure II.8). The eigenvalues and
species loadings on the three axes are listed in Supplementary Table II.S11.

The three first PCA axes are dominated by the four most common taxa. Haynesina germanica has a high
positive loading on axis 1, whereas E. selseyense and A. salsum have a negative loading. The second PCA
axis is positively loaded by E. selseyense and H. germanica, and negatively by A. salsum and the A. tepida
group. Finally, the third axis is driven by the A. tepida group and A. salsum.

The ordination model is determined by a small number of stations with very distinct foraminiferal
communities (Figure II.8). This concerns especially station 8B of Auray and stations 3, 4 and 5 of the Vie
estuary. Station 8B of Auray is in the negative domain of both axis 1 and axis 2, because of the high
percentage of A. salsum. The position of stations 3, 4 and 5 of the Vie estuary (negative on axis 1, positive on
axis 2) is explained by their high percentage of E. selseyense.

For the remaining samples, the axial plot of PCA1 and PCA2 shows an overlap between the two estuaries,
with samples being organised mainly along PCA1, largely as a function of the percentage of H. germanica.
For most sites where several stations were sampled at different altitudes, the higher samples (with longer
emergence times) have higher values on PCA1.

37
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

The axial plots of PCA1 and PCA3 show that PCA3 mainly distinguishes the inner estuary stations 9, 10A
and 10B of the Vie estuary, which have high scores on PCA3, due to a high proportion of the A. tepida
group.

Both the normalised distance to the sea (R2 = 0.46, p = 0.001) and the <63 µm grain size fraction (R2 = 0.30,
p = 0.05) show significant correlations with the PCA model. No significant correlations were found for the
%Corg and the normalised emergence time (Table II.2).

Figure II.8 : PCA ordination diagram based on foraminiferal data. Left: PCA1 vs. PCA2; right: PCA1 vs. PCA3. The environmental
parameters were fitted to the PCA, and the length of the arrows is proportional to the strength of the fits.

Table II.2 : Envfit results: multiple regression of environmental variable with ordination axes. Asterisks indicate significant p-values.
PCA1 PCA2 PCA3 R2 p-value
%Corg 0.37 0.78 −0.51 0.15 0.29
<63 µm grain size 0.88 0.26 0.40 0.30 0.05 *
Distance to the sea −0.13 0.98 0.12 0.46 0.001 *
Emergence time −0.96 −0.15 0.24 0.16 0.24

3.4.4. Foraminiferal Indices of Environmental Quality

In the Auray estuary, at all stations except station 8B (Foram-AMBI: 1.41), the values of Foram-AMBI
varied between 2.57 and 3.02, resulting in a good quality status (1.2 < Foram-AMBI < 3.3), although close to
the upper limit of this category (Table II.3). In the Vie estuary, stations 3 to 5 had values between 0.95 and
1.5 (high to good ecological quality), whereas for all other sites, the values varied from 2.60 to 3.03 (good
ecological quality).

38
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

Table II.3 : Results of the Foram-AMBI on Auray and Vie stations and associated ecological quality status (<1.2: High; 1.2-3.3:
Good; 3.3-4.3: Moderate; 4.3-5.5: Poor; >5.5: Bad).
Ecological Quality Ecological Quality
Station Foram-AMBI Station Foram-AMBI
Status Status
1A 2.92 ± 0.01 Good 3 1.49 ± 0.14 Good
1B 2.83 ± 0.05 Good 4 0.95 ± 0.51 High
1C 2.56 ± 0.10 Good 5 1.04 ± 0.04 High
2A 2.97 ± 0.05 Good 6 2.68 ± 0.12 Good
2B 2.90 ± 0.09 Good 7A 3.00 ± 0.01 Good
2C 3.01 ± 0.06 Good 7B 2.94 ± 0.03 Good
Auray

Vie
4A 2.95 ± 0.20 Good 7C 2.75 ± 0.16 Good
4B 2.98 ± 0.00 Good 8A 2.60 ± 0.04 Good
5A 3.02 ± 0.02 Good 8B 3.03 ± 0.03 Good
5B 2.95 ± 0.06 Good 9 2.77 ± 0.08 Good
6A 3.00 ± 0.03 Good 10A 2.93 ± 0.05 Good
6B 2.94 ± 0.02 Good 10B 2.99 ± 0.00 Good
7 2.93 ± 0.06 Good
8A 2.57 ± 0.16 Good
8B 1.41 ± 0.07 Good

3.4.5. Relations between Foraminiferal Distribution and the Marine Influence Index (MII)

Jorissen et al. (submitted this volume) suggested that the Marine Influence Index (MII) should explain part of
the foraminiferal distribution in estuaries. MII values are presented in Supplementary Table II.S10. MII
values are higher (more marine influence) in stations located near the mouth than those located in the inner
part of the estuary. MII values are also higher on the lower part of the mudflat compared to the upper part. In
Figure II.9, the MII is compared with some major foraminiferal community characteristics. In Figure II.9a,b,
the MII is compared with the sample scores on PCA axes 1 and 2. A weak but significant correlation is found
for PCA1 (R2 = 0.19, p < 0.05). The separation of the four stations on PCA2 (negative side: Auray 8B;
positive side: Vie 3, 4 and 5) is reflected by their contrasting MIIs, but because most stations hardly load on
PCA2, the overall correlation is not significant. In Figure II.9c, the MII is compared to species richness. A
significant positive correlation is observed (R2 = 0.36, p < 0.01) for the total dataset. The correlation is also
significant for the Auray estuary alone (R2 = 0.36, p < 0.05), but is not significant for the Vie estuary. Figure
II.9d shows the relationship between the MII and the percentage of Elphidium spp. There is a similar
tendency for both estuaries, with less than 5% Elphidium spp. at all stations where the MII is lower than
0.45. Elphidiids only become a dominant foraminiferal component when the MII is higher than 0.5. The
transition between these two domains is abrupt. Figure II.9e shows a significant linear correlation (R2 = 0.42,
p < 0.01) between the MII and the percentage of Quinqueloculina spp. Finally, in Figure II.9f, the
relationship between the MII and the percentage of the Ammonia tepida group is shown. The absence of a
significant correlation is partly explained by the distribution in the Vie, where high percentages (>40%) of
this taxon are observed at three stations in the innermost part of the estuary (9, 10A, 10B) with different
MIIs, mainly due to differences in emergence time. Correlations between all dominant species and MII are

39
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

presented in Supplementary Table II.S12. Quinqueloculina oblonga (both estuaries), Elphidium

margaritaceum (Auray), E. oceanense (Auray) and E. selseyense (Vie) are positively correlated with the
MII, whereas Haynesina germanica shows a weak negative correlation with the MII.

Figure II.9 : Relationship between MII and (a) PCA axis 1, (b) PCA axis 2, (c) number of species, (d) % Elphidium spp., (e) %
Quinqueloculina spp. and (f) % Ammonia tepida group. Auray estuary: blue triangles; Vie estuary: red dots. All correlations were
performed with Spearman tests, solid lines correspond to significant correlations. Regression lines are based on generalised linear
model (a,c) and non-linear regression (d,e). The MII tends to be maximal at lower stations in the outer estuary and minimal at higher
stations in the inner estuary.

40
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

4. Discussion
This paper focusses on the foraminiferal assemblages of intertidal mudflats of the Auray and Vie estuaries.
Both estuaries are short coastal waterways of the French Atlantic coast, with relatively low riverine water
supply, and a mesotidal to low macrotidal regime, but they present contrasting geomorphological
characteristics. The Auray estuary is a ria, with a relatively deep channel connecting the outer estuary to the
marine Morbihan Gulf, and as such is a marine-influenced estuary. Conversely, the Vie estuary is a lowland
meandering waterway, potentially with a stronger riverine influence (Figure II.1).

4.1. Environmental Characteristics

Besides the positions along the estuary and the altitudes of the individual sampling stations, three other
environmental parameters were used to describe the foraminiferal habitat;

(I). Sediment grain size—two dominant grain size populations coexist, which may correspond to a mix of
sand deposits during high river discharge periods and the settling of clay-silt from riverine input
during slack waters. There is a significant decrease in grain size towards stations higher on the
mudflats where tidal currents are weaker;

(II). Organic matter quantity and quality—different %Corg patterns underline the difference between the
two estuaries. In the Auray estuary, the %Corg decreases seawards, whereas the opposite is observed
in the Vie estuary. In fact, in the outer Auray estuary (sites 1 and 2), open to the sea, organically poor
marine waters replace organically rich riverine waters. In both estuaries, δ13C shows an overall
seaward decrease, which corresponds to the natural gradual transition of continental to marine organic
matter (Dubois et al., 2007; Dan et al., 2019). In the outer Auray estuary, δ13C values vary from −18
to −20‰, suggesting a major contribution of microphytobenthos (Dubois et al., 2012). In the Vie
estuary, the low values observed at several stations (between −14 and −16‰) could be related to the
presence of macro-algae (Riera et al., 1997; Dubois et al., 2012), which were observed during the
sampling campaign. In summarising, it appears that both the %Corg and the δ13C trends reflect natural
patterns that seem not be biased by anthropogenic organic matter input;

(III).Trace metal concentrations—in both estuaries, none of the six trace metals considered relevant for
biota attains the strong enrichment limit (as defined by Larrose et al. 2010). Concerning Cu
concentrations, the moderate enrichment at stations Auray 1A and Vie 6 and the minor enrichment at
stations Vie 4 and 5 may be related to antifouling paint used in the nearby harbours. Only minor Pb
and Zn enrichment was detected (mainly at station Auray 8B).

Low concentrations of trace metals and organic matter suggest that, except for stations Auray 1A and Vie 6
(close to harbours), the studied estuaries are not subjected to strong anthropogenic pollution. This confirms
the overall evaluation of the 2019 survey (Envlit) of average (fish-based indicator) to good ecological quality

41
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

(opportunistic macro-algae, plants other than phytoplankton and hydromorphology) for the Auray estuary
and good quality (intertidal and opportunistic macroalgae and plants other than phytoplankton) for the Vie
estuary. Therefore, in both estuaries, the ecosystems should be mainly controlled by natural environmental
parameters.

4.2. Foraminifera Communities

The foraminiferal faunas observed in the two estuaries show comparable density and diversity (Figures II.6–
8, Tables II.1 and II.3). In the Auray estuary, Haynesina germanica and the Ammonia tepida group are
dominant at almost all stations. In the outer estuary, open marine neritic species (e.g., Elphidium
margaritaceum, Elphidium oceanense; see Supplementary Table II.S13 for an overview of the ecological
characteristics of the dominant taxa) are more frequent. In the Vie estuary, an up- to downstream succession
of the three main assemblages is observed, all dominated by taxa typical of estuarine ecosystems. Elphidium
selseyense is dominant in the outer estuary, H. germanica in the middle estuary, and finally the A. tepida
group is dominant in the inner estuary. This succession is in accordance with the literature, where A. tepida
and H. germanica are commonly observed as dominant species in estuaries (Cearreta, 1988; Alve & Murray,
1994; Castignetti, 1996) where some Elphidium species may also be frequent (E. williamsoni (Cearreta,
1988; Castignetti, 1996); E. oceanense ((Cearreta, 1988); E. margaritaceum (Francescangeli et al., 2018); E.
selseyense (Alve & Murray, 1994; Francescangeli et al., 2018)).

In view of the absence of strong pollution, the Auray and Vie estuaries can be considered as model
ecosystems, representative of the environmental quality found today in most human-influenced, relatively
weakly polluted estuaries. However, these two estuaries are obviously not pristine, but subjected to
anthropogenic influences. The Vie estuary is closed upstream with a dam, whereas the outer estuary crosses
an urbanised area (Saint-Gilles-Croix-de-Vie), with a marina and a fishing harbour (Figure II.1B). The Auray
estuary is under high touristic pressure and is also an important centre for oyster farming. Even if metal
enrichment is only minor or moderate, we cannot exclude the possibility that the combined effects of raised
trace element concentrations and other stressors can affect the foraminiferal communities. In order to
recognise the eventual impacts of multiple stresses, we will investigate (1) whether the moderate enrichment
in Cu at two stations has affected the foraminiferal communities there, and (2) whether some deviating
foraminiferal assemblage characteristics can eventually reflect localised pollution.

At the upper mudflat station Auray 1A, next to the harbour of Locmariaquer, moderate Cu enrichment was
observed. However, the foraminiferal community was similar to that found at nearby (not Cu-enriched)
stations (1B, 1C, 2C; Figure II.7). Similarly, at station Vie 6, a moderate Cu enrichment was also measured.
The foraminiferal community at this station seemed to be intermediate between those found at the nearby
sites 5 and 7 (Figure II.7). Apparently, there is no foraminiferal community response to the moderate Cu
enrichment observed at these stations.

42
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

Two groups of stations stand out by their particular faunal composition; they are strongly opposed on PCA
axis 2 (Figure II.8):

(1). The foraminiferal assemblage at station Auray 8B is composed by more than 90% agglutinated
species (Ammotium salsum, Ammobaculites agglutinans, Trochammina inflata). These agglutinated
species, typical of oligohaline conditions, are commonly found in salt marshes (Bradshaw, 1968;
Ellison & Murray, 1987; De Rijk, 1995) and may also occur in inner estuaries (Debenay & Guillou,
2002). This assemblage is compatible with the low salinity recorded (about 16 at high spring tide).
Station 8B also stands out because of its much higher proportion of medium sand. Very close to
station 8B, the estuary artificially narrows to a single channel to pass under a road bridge, leading to a
higher current velocity (Figure II.3). This brackish and dynamic hydrological setting could explain
the very different foraminiferal community observed at this station;

(2). In the Vie estuary, stations 4 and 5 have been sampled on concrete shipping ramps, covered with
several-decimetres-thick mud deposits, inside docks in the St-Gilles-Croix-de-Vie harbour, and
undergo strong anthropogenic influence. This is partly evidenced by the slightly increased Cu
concentrations at these two stations (Figure II.4), corresponding to minor enrichment (Coynel et al.,
2007). At these stations, the foraminiferal community shows high abundances of E. selseyense. In
view of the preference of E. selseyense for the outer estuary (Debenay & Guillou, 2002), and the
occurrence of a similar community at station 3, where no increased Cu-content was observed, it
seems unlikely that its dominance at these stations reflects strong pollution.

In conclusion, the foraminiferal patterns in both estuaries seem to be controlled by natural parameters. There
is no indication that the different composition of the foraminiferal community at the sites discussed above is
a response to anthropogenic pollution.

4.3. Comparison with Previous Studies

The foraminifera of the Auray and Vie estuaries have been extensively studied in the past (Redois et al.,
1996; Debenay et al., 2003, 2006). Unfortunately, there are some important methodological differences
between our study, using the recently proposed FOBIMO sampling protocol (Schönfeld et al., 2012), and
these former studies, especially with respect to the determination of living specimens (by Rose Bengal
staining), the preservation procedure and the studied size fractions. Although a detailed comparison is not
possible, some observations can be made on the basis of these studies.

The Auray estuary was studied in 1994 by Redois (Redois et al., 1996). The areas corresponding to our
sampling sites show the same main species: Haynesina germanica, Ammonia tepida, Quinqueloculina
oblonga (determined as Q. seminula forma 2), Elphidium oceanense (determined as Cribroelphidum
gunteri), E. margaritaceum (determined as E. pulvereum) and Ammonium salsum. At our site 8, the only one

43
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

where A. salsum substantially contributes to the foraminiferal community (23% at 8B, 81% at 8A), Redois
also observed this agglutinated species, at a maximum of 9%. In the middle estuary (stations 4 and 5), Redois
(Redois et al., 1996) described Q. oblonga as a major species (up to 55%), while this is only a minor species
(<6.3%) in our samples. This may be explained by the fact that Redois analysed the >50 µm size fraction,
where the small-sized species Q. oblonga is logically more abundant than in the >125 µm fraction studied
here. In Redois (1996), the study of the seasonal variability of the foraminiferal community reveals the
maximum abundance during the summer months. The dominant species H. germanica and A. tepida show a
second density increase in winter. Our sampling in July 2019 would therefore correspond to a maximum
abundance period.

The Vie estuary was studied in the 2000s by Debenay et al. (2003, 2006). These authors described the same
up–downstream biozonation as we found, with three dominant species. These observations confirm that the
foraminiferal succession observed in the Vie estuary has lasted for at least 20 years. A difference with our
study is the high abundance of Bolivina striatula, observed at many stations (Debenay et al., 2003, 2006).
Since we observed this species in large numbers in the 63-125 µm size fraction, this is probably due to the
use of a smaller size fraction (>63 µm) by Debenay et al. (Debenay et al., 2003). The study of the temporal
variation in foraminiferal assemblages in the Vie estuary (Debenay et al., 2006) revealed two major
reproduction periods, in spring and early autumn. If these reproduction periods are recurrent, our sampling in
October 2018 would correspond to the end of the second reproduction period.

In summarising, the main conclusion of the comparison of our results with these earlier data is that the
foraminiferal communities of both estuaries did not change substantially over the last 25 years.

4.4. Foraminiferal Indices of Environmental Quality

Since the faunal characteristics seem to be substantially affected by pollution (trace metal and organic matter
pollution) at none of our stations, an index of environmental quality should give comparable values,
indicative of a good environmental quality, for all stations. Here, three different approaches are tested to see
whether this is indeed the case.

The first approach uses indicator species. The percentage of one or more species thought to be tolerant to
pollution is used to estimate the extent of pollution. For instance, some authors considered Haynesina
germanica as resistant to pollution, and suggested that its increasing dominance may be considered as an
indicator of pollution impacts from organic matter, heavy metals and/or hydrocarbons (Armynot du Châtelet
et al., 2004; Martins et al., 2013). However, many studies describe H. germanica as a dominant species in
natural estuarine mudflats (Murray, 1983; Cearreta, 1988; Castignetti, 1996; Horton, 1999; Murray & Alve,
2000; Debenay et al., 2003; Horton & Murray, 2007; Martins et al., 2015; Mojtahid et al., 2016;
Francescangeli et al., 2018; Buzas-Stephens et al., 2018). In the Auray and Vie estuaries studied here, H.

44
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

germanica was dominant (up to 98%) at most sites. Since there is no indication of major pollution impact in
our estuaries, it appears that it is not possible to use the percentage of this taxon as an indicator of pollution
in estuarine mudflats.

Following studies on the environmental quality in Norwegian fjords (Bouchet et al., 2012), Bouchet et al.
(2018a) suggested that the diversity index exp(H’BC) calculated for living benthic foraminifera could be used
to determine the Ecological Quality Status (EQS) in transitional waters. They applied this index in five
coastal lagoons of the Mediterranean Sea, and showed that their index adequately assessed sites with a
degraded environmental quality. According to the EQS ranges proposed by Bouchet et al. (2018a) for
transitional water masses, the quality of all our samples should be classified as poor (Exp(H’bc) < 3) or bad (3
< Exp(H’bc) < 7) (Table II.1). In view of the absence of indications of strong pollution by metallic trace
elements and organic matter enrichment, it appears that the EQS limits proposed by Bouchet et al. (2018a)
are inappropriate to qualify our estuarine environments. In fact, the diversity index Exp(H’ BC) shows a weak
positive correlation with marine influence (MII: R2 = 0.16, p < 0.01), and a weak negative correlation with
emergence time (R2 = 0.09, p < 0.01) and with the percentage of grains <63 µm (R2 = 0.20, p < 0.01). This
suggests that in the Auray and Vie estuaries, foraminiferal diversity is at least partly controlled by these three
natural parameters. The low environmental quality, as suggested by exp(H’BC), is not realistic, and illustrates
the problem of the estuarine paradox (Dauvin, 2007).

In a recent article, Bouchet et al. (2021) investigated the possibility of applying Foram-AMBI (Alve et al.,
2016) to intertidal and transitional environments. Similar to AMBI, originally developed for macrofauna
(Borja et al., 2000), Foram-AMBI is calculated on the basis of the cumulative frequencies of five ecological
groups (EGI to EGV). All foraminiferal species are attributed to one of these groups on the basis of the
correlation of their percentage distribution with the percentage of organic carbon in the sediment (Alve et al.,
2016; Jorissen et al., 2018). Bouchet et al. (2021) used the same strategy to attribute foraminiferal species
from transitional water masses to these five ecological groups, based on 42 distributional studies from the
Northeastern Atlantic and Mediterranean. They have then tested the Foram-AMBI method on data sets from
intertidal areas along the French Atlantic coast and a harbour in Sardinia, Italy.

When the Foram-AMBI is applied to our dataset, all stations obtain a “high” to “good” quality status (Table
II.3), which is in accordance with our expectations. However, when looking in more detail, it appears that
stations 3, 4 and 5 of the Vie estuary, located in the strongly anthropogenised outer estuary, show lower
Foram-AMBI values (indicative of a higher environmental quality) compared to stations found in the much
more natural inner part of the estuary. This is the opposite of what could be expected.

In case of the low-diversity foraminiferal communities observed in estuaries, the Foram-AMBI values are
almost entirely determined by the few dominant species. In the Vie estuary, Elphidium selseyense is
dominant in the outer estuary, whereas H. germanica and the Ammonia tepida group prevail in the middle
and the inner estuary, respectively. These species have been attributed to EGI (E. selseyense, as

45
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

Cribroelphidium excavatum) and EGIII (H. germanica and A. tepida group), respectively. The lower Foram-
AMBI values at stations 3, 4 and 5, in the outer part of the Vie estuary, are entirely due to the high
percentage of E. selseyense at these stations.

Moreover, as Bouchet et al. (2021) correctly indicated, this method attains its limits of applicability when
marsh environments are considered. Coastal and estuarine marshes are usually covered by dense vegetation,
leading to raised organic carbon contents in the sediment. The foraminiferal communities in coastal marshes
tend to be dominated by a low number of characteristic agglutinated species. Therefore, these species
necessarily show a strong correlation with high Corg levels, even in completely natural conditions. If the
Foram-AMBI classification could be rigorously applied, they should be placed in the EGV (first-order
opportunistic species), indicative of strong pollution. For this reason, Bouchet et al. (2021) decided not to
assign typical salt marsh species.

Although the Foram-AMBI method gives reliable answers for open marine waters and for other transitional
water masses (such as marine intertidal areas or marine harbours), we think that in estuarine mudflats, this
method should be applied with caution.

It appears that none of the three above mentioned approaches, which have been successfully applied in
coastal waters as well as in other transitional water masses, give fully satisfactory results in estuarine
intertidal mudflats. This is mainly due to the fact that the foraminiferal assemblages there are naturally
dominated by a small number of stress-tolerant and/or opportunistic taxa. In this specific context, a
prerequisite for a successful index of environmental quality is to know the theoretical composition of the
assemblage that responds to natural environmental characteristics. Only once this is achieved can major
deviations from the natural distribution be recognised and attributed to anthropogenic pollution. In the next
section, the Marine Influence Index, proposed by Jorissen et al. (submitted this volume) as an integrative
descriptor of the main controlling parameters in estuaries, will be investigated to see if it can help to assess
the natural foraminiferal composition, and thereby detect distributional anomalies due to pollution.

4.5. Foraminiferal Community and the Marine Influence Index (MII)

The Marine Influence Index (MII) has been proposed as an integrative measure of several factors controlling
the foraminiferal community’s characteristics. If correctly defined, the MII should show significant
relationships with the main foraminiferal parameters in estuaries not substantially affected by pollution.

The rationale for the MII is the fact that, although salinity (specifically its variation) is probably the major
factor influencing community distribution in estuaries, this parameter is very difficult to measure, especially
on intertidal mudflats at low tide. Since salinity may show large changes over tidal and weekly to monthly
periods (Diz et al., 2009), a punctual measurement is not representative of all conditions to which the
foraminiferal community adapts (Attrill, 2002). For this reason, we prefer to not use the on–off salinity

46
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

values measured during sampling, but instead use the MII index, which is supposed to estimate the degree of
influence of marine waters at a sampling point.

In our study, the MII shows a weak positive correlation with axis 1 (R2 = 0.19, p < 0.05) of the Principal
Component Analysis. Although the relationship with PCA axis 2 is not significant, the four stations that are
separated on this axis (Vie 3, 4 and 5 versus Auray 8B) have very different MII values. Figure II.8 shows
that PCA axis 1 is positively correlated with emergence time, whereas axis 2 is correlated with distance to
the sea (Table II.2), two parameters integrated into MII. PCA axis 1 also shows a strong positive correlation
with the percentage of grains <63 µm, which increases towards more elevated stations with longer
emergence times.

A relationship between the MII and several individual foraminiferal parameters (Figure II.9) is also
observed: (1) a significant positive correlation with species diversity, (2) a significant nonlinear relationship
with the percentage of Elphidium spp., which only rises above 10% when the MII is larger than 0.5, and (3) a
positive correlation with the percentage of Quinqueloculina spp. This suggests that the MII includes some of
the main environmental parameters controlling the foraminiferal community, and that different MII scores
correspond to different community characteristics.

Elphidium spp. and Quinqueloculina spp. show an increase in their relative frequencies as they move
towards higher MIIs, and both have a preference for more marine conditions (Cearreta, 1988; Debenay &
Guillou, 2002). These species are indeed less tolerant to the stressful natural conditions characterising
estuarine mudflats, as suggested by their increasing frequency towards the outer estuary and the lower part of
the mudflats. When strong anthropogenic pollution is superposed on natural stress, this should lead to a
further decrease in their frequency. In this context, it is interesting to observe that the percentages of both
taxa are unexpectedly low (compared to the observed regression) at station 6 in the Vie estuary (Figure II.9).
In view of the moderate Cu enrichment observed at this site, it cannot be excluded that the lower percentage
of these two groups is due to anthropogenic pollution. This example illustrates how the use of the MII can
help us to detect stations with anomalous community characteristics due to pollution. However, individual
cases should be treated with care. In the case of station Vie 6, the unexpectedly low percentages of
Elphidium spp. and Quinqueloculina spp. could also be explained by an over-estimation of the MII. There
may be several reasons for this:

(1) The uncertainty about the distance to the sea, especially in cases of man-made structures, which
artificially block salt intrusion;

(2) The difficulty of measuring altitude (used to calculate emergence time). As explained in the methods
section, different approaches were used for the stations at higher and lower altitudes. This may have
led to errors, especially for the higher stations;

(3) Both estuaries have been sampled after dry periods, with exceptionally low runoff volumes in the 30
days before sampling. Consequently, our RD/CS values (river discharge divided by the estuarine

47
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

channel cross-area) are almost zero, and do not play a role in the calculation of our MII. As shown by
Jorissen et al. (submitted this volume), this will be different in different seasons;

(4) The scaling factors α, β and γ, contributing the three factors making up the MII (distance along the
salinity gradient, emergence time, relative importance of river discharge), have not been determined
yet. A much larger data set is needed to define these constants.

In spite of these uncertainties concerning the calculation of the MII for individual stations, our first results
are promising. The MII is significantly correlated both with the main environmental parameters controlling
the foraminiferal community and with several foraminiferal characteristics.

5. Conclusions
Estuarine ecosystems are controlled by an intricate complex of environmental parameters. In this context, the
relationship between foraminiferal communities and environmental drivers is not yet fully understood.

Today, all estuaries on the French Atlantic coast are to some extent influenced by human activities, and none
of them can be considered as pristine. However, on the basis of organic matter and trace metal analyses, we
suggest that the Auray and Vie estuaries are not subjected to strong anthropogenic pollution. Thus, these two
estuaries can be used to better understand the foraminiferal distribution in estuarine environments affected by
low to moderate anthropogenic influence.

In both the Auray and Vie estuaries, the foraminiferal communities are dominated by Haynesina germanica
and the Ammonia tepida group. Stations located near the mouth of the estuary show a higher diversity, with
an increasing contribution of Elphidium and Quinqueloculina species. Stations located in the inner estuary,
with a stronger river influence, show a higher proportion of agglutinated species (Ammotium salsum,
Ammobaculites agglutinans). Multivariate statistical analyses suggest that (1) the distance to the sea and (2)
the percentage of fine sediment (<63 µm) are the main parameters explaining the foraminiferal distribution.

Several biotic indices of environmental quality have been tested on our estuarine dataset. When using the
Ecological Quality Status (EQS) ranges based on the diversity index Exp(H’BC), all our stations were
classified as “poor” or “bad”. In view of the absence of indications of severe pollution, the limits between
EQS classes appear unsuitable for estuarine environments characterised by low-diversity communities. In
Foram-AMBI, the classification of species in ecological groups is based on their position on a theoretical
Corg gradient. In our estuarine intertidal mudflats, where a significant correlation between foraminiferal
distributions and %Corg was not observed, and where the foraminiferal assemblages are dominated by a low
number of species, this method should be applied with caution.

For the 27 stations of our two estuaries, the Marine Influence Index (MII) is significantly correlated with the
first axis of our PCA model. MII also shows a significant correlation with several individual foraminiferal

48
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

parameters, such as the species number and the percentages of Elphidium spp. and Quinqueloculina spp.
This suggests that MII indeed integrates the main environmental parameters controlling the foraminiferal
community’s characteristics. At station 6 in the Vie estuary, where moderate copper enrichment was
observed, the values of the three faunal parameters related to MII were lower than expected on the basis of
MII, possibly due to the effect of pollution. This example shows how MII can be used to detect deviations
from the natural distribution patterns. However, before applying this concept routinely, the values of the MII
weighing constants α, β and γ, which were all set at 1.0 here, have to be calibrated in a much larger data set.
Once the calibration of MII is fully achieved, this index can be used in polluted estuaries to recognise major
deviations from the natural distribution due to anthropogenic pollution.

Acknowledgments: The authors are grateful to Christine Barras, Edouard Metzger, Sophie Quinchard, Eric
Bénéteau and Jean-François Coste for their help during the sampling campaigns and for technical analysis.
The authors thank Briz Parent for his help concerning the use of Peakfit software. Eric Bénéteau and
Grégoire Maillet are thanked for sediment grain size analyses. The authors acknowledge Eloi Marilleau for
his help with the organic matter analysis. We thank the instrumental platform “Majeurs et métaux traces”
(M&Ms) (EPOC, University of Bordeaux) for performing the quantification of metals in the sediments. The
authors acknowledge funding from the OFB (Office Français pour la Biodiversité) and Angers University,
and are grateful to Maïa Akopian for her help.

49
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

Supplementary material
Supplementary Table II.S1 : Overall characterisation of the Auray and Vie estuaries.

Auray Vie
Estuary type Ria Lowland estuary
Limit of tidal influence and saltwater 8 km (estimated 16.87 km before the construction of a dam
19.8 km
intrusion at 8 km from the mouth)
Width at the mouth 950m 200m
Catchment area 324km² 84km²
Average water flow per year (last 49 years)
4.53 m3.s-1 1.17 m3.s-1
(Banque HYDRO)
Average yearly rainfall 951mm 901mm
Overall Ecological status (2019 MFD) Average Good

Supplementary Table II.S2 : Description of the sampling stations in Auray and Vie estuaries.
Auray estuary
Site n° Station n° Altitude Localisation within the estuary
Station 1A: Upper mudflat, near the slipway 2.52m
Site 1 Station 1B : Center of the mudflat, near the slipway 1.29m Outer estuary
Station 1C : Lower mudflat, near the main channel 1.38m
Station 2A: Upper mudflat 4.50m
Site 2 Station 2B : Center of the mudflat 4.20m
Station 2C : Lower mudflat Large middle estuarine mudflat,
1.38m near oyster farming areas.
Station 4A: Upper mudflat 3.30m
Site 4
Station 4B : Lower mudflat 1.37m
Station 5A: Upper mudflat 2.20m
Site 5
Station 5B: Lower mudflat 1.21m
Large middle estuarine mudflat
Station 6A: Upper mudflat 2.50m
Site 6
Station 6B: Lower mudflat 1.49m
Site 7 Mudflat along small auxiliary creak 1.31m
Mudflat in the city of Auray
2.30m Inner estuary
Site 8 Station 8A: Upper mudflat
Station 8B: Lower mudflat 1.29m
Vie estuary
Site 1 Beach in the mouth immediately outside the estuary -
Outside the estuary
Site 2 Beach just before the entrance of the estuary 3.35m
Site 3 Dock for ferry boat 2.00m
Site 4 Slipway for pleasure ships 1.82m
Outer estuary, urban area
Site 5 Slipway in fishing harbour 2.67m
Site 6 Dock for touristic boat 1.44m
Large intertidal mudflat
4.82m
Station 7A : Upper mudflat
Site 7 Middle estuary
Station 7B : Center of the mudflat 4.18m
Station 7C : Lower mudflat, near the main channel 1.61m
Station 8A: Upper mudflat 4.21m
Site 8
Station 8B: Lower mudflat, near the main channel 1.15m
Site 9 Lower mudflat, near main channel 1.22m Inner estuary
Mudflat 200 m before the sluice
4.86m
Site 10 Station 10A: Upper mudflat
Station 10B: Lower mudflat, near the main channel 2.24m

50
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

Supplementary Table II.S3 : Grain size data.

Population 1 Population 2 Population 3 Population 4
(coarse silt – %
Station

(very fine silt) (medium silt) (medium sand) %

very fine sand) grains
grains
Populatio < 63
mode Population mode Population mode Population mode < 8 µm
n µm
(µm) % (µm) % (µm) % (µm)
%
Auray
1A 5.8 42.4 17.6 14.8 64.1 40.2 224.4 2.6 76.6 27.8
1B 6.1 40.0 19.2 9.1 86.3 50.9 256.2 0.1 66.9 24.6
1C 5.8 27.3 18.3 7.3 104.2 60.2 492.6 5.2 49.4 17.2
2A 5.6 47.2 16.3 14.2 48.9 36.0 187.0 2.6 83.0 32.0
2B 5.6 49.6 16.2 12.5 41.7 29.9 115.9 7.9 85.5 33.1
2C 6.0 49.5 20.3 26.4 66.2 21.5 252.7 2.7 83.4 33.1
4A 5.4 36.0 16.9 12.2 79.1 48.6 332.0 3.1 67.0 25.5
4B 5.2 39.5 16.9 11.0 80.7 46.6 353.0 2.9 68.3 28.1
5A 5.1 47.5 15.3 22.3 58.8 27.7 196.2 2.5 83.9 36.9
5B 5.2 46.8 15.7 11.7 53.0 39.4 254.0 2.1 80.4 34.4
6A 5.3 46.2 16.1 11.7 60.1 39.1 213.8 3.0 77.2 32.8
6B 5.0 47.0 16.9 21.1 78.5 29.2 270.3 2.7 79.0 35.6
7 5.0 46.7 12.7 10.7 30.1 30.9 118.1 11.6 84.7 36.3
8A 4.6 36.7 14.1 25.4 65.1 35.5 265.8 2.4 78.5 33.9
8B 4.9 32.0 19.7 23.1 92.9 14.3 284.2 30.7 54.9 24.7
Vie
3 7.8 59.2 79.3 37.0 296.9 3.7 72.4 31.7
4 6.9 49.2 82.4 48.2 296.8 2.6 66.0 29.0
5 8.4 52.6 68.6 45.4 276.5 2.0 72.9 27.1
6 7.1 51.2 71.5 38.0 247.8 10.8 65.0 29.2
7A 7.0 53.5 59.3 41.3 310.3 5.2 75.0 31.5
7B 6.2 58.0 52.1 37.5 301.7 4.6 79.0 36.4
7C 6.6 57.1 63.6 37.2 297.2 5.6 74.7 34.3
8A 6.6 56.1 58.9 39.7 283.2 4.2 76.3 34.2
8B 7.3 52.0 100.8 47.5 321.1 0.5 63.8 27.8
9 7.3 57.9 98.1 40.2 274.6 1.9 70.2 31.5
10
6.0 61.1 64.8 38.3 202.9 0.6 79.4 38.2
A
10
6.2 66.1 42.2 31.4 224.2 0.9 88.5 43.1
B

51
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

Supplementary Figure II.S1 : Overall grainsize distribution (yellow dashes curves), and reconstructed grain size populations (solid
coloured curves).

52
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

Supplementary Table II.S4 : Measured values of metallic trace elements (in mg/kg of dry sediment).
%
grains
V Cr Co Ni Cu Zn As Sr Mo Ag Cd Sn Sb Ba Pb Th U
< 63
µm
1A 97.7 76.4 9.0 28.0 61.5 168 16.2 121 2.0 0.3 0.6 6.3 1.0 341 41.8 7.7 3.0 76.6
1B 82.5 63.9 7.8 23.4 16.2 123 11.4 146 2.0 0.2 0.5 5.2 0.9 412 35.9 5.8 2.7 66.9
1C 77.1 59.0 7.4 21.8 13.4 107 11.1 159 3.0 0.2 0.4 4.8 0.9 369 32.4 5.5 2.8 49.4
2A 104 81.8 9.1 30.3 23.1 154 17.1 123 2.7 0.3 0.6 6.5 1.0 295 43.4 9.4 3.3 83.0
2B 98.7 77.0 8.6 28.5 20.2 139 15.8 137 2.9 0.3 0.5 6.1 1.0 287 41.5 8.8 3.5 85.5
Auray (July-2019)

2C 89.9 71.8 8.0 26.2 18.6 125 16.4 125 2.2 0.3 0.5 5.7 0.9 289 37.4 7.9 3.0 83.4
4A 86.3 66.0 7.9 24.5 14.6 108 13.3 142 4.4 0.2 0.4 5.2 0.9 358 35.0 6.7 3.3 67.0
4B 97.9 75.5 8.9 28.1 22.6 146 14.6 122 2.7 0.3 0.5 6.1 1.0 334 41.6 8.2 3.4 68.3
5A 98.3 79.2 9.1 29.2 25.7 173 18.0 161 1.5 0.4 0.6 7.1 1.0 297 44.4 8.7 3.0 83.9
5B 103 82.5 9.5 30.7 24.7 170 18.0 133 1.2 0.4 0.6 7.2 1.0 308 46.0 9.2 2.9 80.4
6A 87.7 71.4 8.4 26.2 21.8 160 17.8 137 1.4 0.4 0.6 6.2 1.0 313 42.6 7.5 2.9 77.2
6B 89.7 72.6 8.6 27.5 23.3 162 18.2 118 1.3 0.4 0.6 6.2 0.9 277 42.8 8.1 2.8 79.0
7 106 87.0 10.1 33.4 30.4 196 21.1 120 1.2 0.5 0.7 7.5 1.1 294 50.7 9.9 3.3 84.7
8A 85.9 71.1 8.4 27.8 25.5 173 19.2 103 1.6 0.4 0.6 6.3 0.9 272 42.5 7.9 3.0 78.5
8B 48.9 40.3 5.5 15.9 12.7 126 12.2 139 0.6 0.3 0.4 4.6 0.7 470 35.2 4.2 1.9 54.9
1 33.3 18.1 4.0 12.0 9.4 40 8.4 501 0.3 0.2 0.1 1.6 1.2 293 10.8 2.6 1.1 4.7
2 22.1 11.6 3.0 7.9 5.0 27 7.4 419 0.9 0.1 0.1 1.0 0.8 241 12.7 1.9 0.8 4.1
3 70.7 51.7 8.3 22.3 17.8 104 15.5 463 0.8 0.4 0.3 3.8 1.0 213 28.7 5.9 1.7 72.4
4 73.4 52.5 8.9 22.6 26.5 128 16.7 446 2.4 0.4 0.3 4.0 1.0 218 30.0 6.2 1.7 66.0
5 82.2 60.3 9.8 24.9 31.4 138 19.3 369 0.9 0.4 0.3 4.7 1.2 245 33.9 6.9 1.9 72.9
Vie (Oct-2018)

6 84.4 62.8 10.6 28.5 51.3 195 16.4 376 1.3 0.4 0.4 5.8 1.3 287 39.2 7.5 2.2 65.0
7A 81.7 63.9 10.2 25.1 19.3 127 14.5 324 2.5 0.5 0.3 4.8 1.2 268 35.9 7.3 2.3 75.0
7B 94.8 68.6 12.6 27.1 22.2 130 16.6 306 1.0 0.5 0.4 4.9 1.3 266 36.1 7.5 2.2 79.0
7C 79.9 59.8 10.0 24.7 20.8 122 17.5 412 1.0 0.4 0.4 4.7 1.2 266 34.8 7.1 2.0 74.7
8A 69.0 53.0 9.3 21.3 20.2 114 15.6 321 1.6 0.4 0.3 4.0 1.1 280 31.1 6.4 2.0 76.3
8B 81.9 64.5 10.2 24.7 22.9 129 17.8 251 1.4 0.5 0.4 5.5 1.3 307 34.4 7.2 2.2 63.8
9 64.1 50.6 9.1 23.7 19.6 108 14.9 247 0.7 0.9 0.3 3.8 1.1 293 30.1 6.1 1.8 70.2
10A 102.3 80.1 12.3 30.7 30.5 162 24.0 234 1.0 0.5 0.4 6.1 1.5 314 39.8 9.3 2.3 79.4
10B 76.7 62.1 9.5 22.8 20.9 121 13.2 175 0.9 0.4 0.3 4.5 1.2 332 32.9 7.2 2.3 88.5
Reference VIVAN 8 119.5 81.9 14.2 43.9 18.8 135 23.4 163 30.2 0.5 0.9 4.5 1.5 310 36.7 10.3 13.4

Supplementary Table II.S5 : %C and δ13C values in decarbonated samples from Auray and Vie estuaries

Auray Vie
Corg δ13C Corg δ13C
Station Station
(%) (‰) (%) (‰)
1A 1.66 -18.77 3 2.27 -14.31
1B 1.43 -18.27 4 2.08 -15.54
1C 1.53 -17.71 5 2.15 -17.41
2A 2.27 -18.87 6 1.96 -17.73
2B 1.88 -18.84 7A 1.34 -19.11
2C 2.33 -18.04 7B 1.56 -21.00
4A 1.56 -18.69 7C 1.95 -14.96
4B 2.22 -19.35 8A 1.47 -13.58
5A 2.40 -19.93 8B 1.96 -23.20
5B 2.28 -21.08 9 1.51 -22.77
6A 2.15 -21.13 10A 1.72 -24.88
6B 2.17 -21.32 10B 1.16 -19.82
7 2.91 -21.21
8A 2.93 -22.69
8B 1.23 -23.86

53
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

Supplementary Table II.S6 : Auray estuary. Foraminiferal density standardised for 50 cm3. For all stations, data are presented for
the three replicates and for the two depth levels (0-1.5 and 0.5-1 cm).
0-1 cm 0-1 cm
0-0.5cm total 0.5-1 cm total 0-1 cm total standard standard
Site Station Replicate average / 50 average / 50
ind / 50 cm3 ind / 50 cm3 ind / 50 cm3 deviation deviation
cm3 cm3
A 821.1 27.6 424.4
1A B 464.4 4.1 234.3 320.9 96.1 75.9 11.1
C 530.8 77.4 304.1
A 1835.6 232.2 1033.9
1 1B B 747.5 102.3 424.9 1081.3 681.3 242.2 252.6
C 3140.5 429.4 1785.0
A 2123.1 1675.3 1899.2
1C B 2139.7 621.5 1380.6 1693.2 275.2 331.2 181.7
C 2172.9 1426.5 1799.7
A 27.6 19.4 23.5
2A B 6.9 2.8 4.8 26.5 23.3 24.0 11.0
C 85.7 16.6 51.1
A 116.1 34.6 75.3
2 2B B 19.4 4.1 11.7 33.9 35.9 35.9 35.5
C 29.0 0.0 14.5
A 1537.1 20.7 778.9
2C B 948.2 0.0 474.1 618.8 153.0 62.2 76.8
C 1197.0 9.7 603.4
A 888.3 513.1 700.7
4A B 821.1 172.8 496.9 655.1 141.0 116.3 66.1
C 1120.5 414.7 767.6
4
A 840.4 15.2 427.8
4B B 456.1 2.8 229.5 309.9 104.4 102.0 61.6
C 541.8 2.8 272.3
A 349.7 125.8 237.7
5A B 454.8 156.2 305.5 279.0 36.2 9.9 6.0
C 275.1 312.4 293.7
5
A 562.6 116.1 339.3
5B B 436.8 127.2 282.0 310.8 28.7 50.0 15.5
C 479.6 142.4 311.0
A 1135.3 497.6 816.5
6A B 1318.7 340.0 829.4 810.0 23.3 14.9 12.9
C 995.2 573.2 784.2
6
A 1360.1 774.1 1067.1
6B B 989.7 599.9 794.8 901.2 145.6 16.2 13.1
C 1103.0 580.5 841.8
A 194.9 56.7 125.8
7 7 B 150.7 143.8 147.2 138.7 11.4 2.3 2.0
C 124.4 161.7 143.1
A 294.4 66.3 180.4
8A B 156.2 4.1 80.2 114.3 57.3 0.7 0.7
C 164.5 0.0 82.2
8
A 432.8 363.5 398.2
8B B 58.1 8.3 33.2 183.2 191.0 0.5 0.4
C 233.6 2.8 118.2

54
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

Supplementary Table II.S7 : Vie estuary. Foraminiferal density standardised for 50 cm3. For all stations, data are presented for the
three replicates.
0-1 cm total ind / 50 0-1 cm average / 50 standard 0-1 cm average / 50 standard
Station Replicate
cm3 cm3 deviation cm3 deviation
A 434.0
3 B 591.6 598.1 167.3 41.0 44.1
C 768.5
A 431.3
4 B 1025.6 623.9 348.0 36.9 37.6
C 414.7
A 184.5
5 B 89.8 169.6 73.4 34.8 26.1
C 234.3
A 427.1
6 B 667.2 628.3 184.9 23.3 15.5
C 790.6
A 1721.6
7A B 2095.5 1744.2 340.6 0.0 0.0
C 1415.4
A 1152.1
7B B 934.4 1283.4 430.0 3.7 3.2
C 1763.8
A 981.4
7C B 1036.7 906.1 180.4 38.1 22.9
C 700.3
A 937.2
8B B 1150.0 1079.1 122.9 84.8 37.7
C 1150.0
A 1981.5
8A B 1515.0 1799.5 249.6 0.0 0.0
C 1902.0
A 591.6
9 B 975.9 889.3 265.2 37.8 28.0
C 1100.3
A 239.8
10B B 163.1 202.5 38.4 9.7 6.0
C 204.6
A 1094.7
10A B 919.2 883.3 231.6 0.2 0.4
C 635.8

55
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

Supplementary Table II.S8 : Auray estuary. Relative frequencies of all major species (at least 1.0% for the average of the three
replicates at one of the stations). For all taxa. Average values are given for the relative frequencies in the three replicates.

Haynesina depressula

Haynesina germanica
Elphidium oceanense

Elphidium selseyense
Trochammina inflata

Aubignyna perlucida
Elphidium decipiens
Ammotium salsum

Miliammina fusca
Quinqueloculina

Ammonia tepida

margaritaceum
Acostata mariei
Ammobaculites

Morulaeplecta
Eggerelloides
agglutinans

Elphidium
bulbosa

oblonga
scaber

Others
group
Station

1A 0.0 0.0 0.0 0.7 0.0 0.1 0.0 0.3 11.2 0.0 0.2 2.4 2.8 0.5 0.0 81.6 0.2
1B 0.0 0.0 0.0 2.0 0.0 0.0 0.0 4.8 13.2 0.0 0.6 9.4 14.8 1.3 0.5 53.0 0.4
1C 0.0 0.2 0.0 3.0 0.1 0.0 0.2 6.3 10.8 0.0 1.0 17.8 9.9 0.4 3.3 46.1 1.0
2A 0.0 2.1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 2.1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 95.8 0.0
2B 2.0 1.0 0.3 0.0 1.6 0.0 0.0 0.3 2.5 1.3 0.0 0.0 0.0 0.0 0.3 90.1 0.6
2C 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.5 16.1 1.1 0.2 0.9 5.8 0.1 0.0 75.1 0.1
4A 0.0 4.1 4.6 0.4 0.0 0.0 0.0 2.8 3.6 0.0 0.1 0.2 0.5 0.0 0.0 83.6 0.1
4B 0.1 2.4 0.2 0.4 0.0 0.0 0.1 0.7 13.1 0.0 0.0 0.1 0.6 0.0 0.0 82.2 0.1
5A 0.0 0.2 0.1 0.1 0.0 0.0 0.0 0.7 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 98.0 0.0
5B 0.0 5.0 1.0 0.5 0.0 0.1 0.0 2.2 11.9 0.0 0.0 0.2 0.7 0.7 0.0 77.1 0.6
6A 0.0 0.8 1.2 0.0 0.0 0.0 0.0 0.3 2.8 0.7 0.0 0.0 0.1 0.1 0.0 94.1 0.0
6B 0.0 3.4 1.9 0.7 0.0 0.0 0.0 0.7 10.4 0.2 0.0 0.2 0.5 0.3 0.1 81.3 0.3
7 0.0 0.0 4.3 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 12.4 0.0 0.0 0.3 2.7 0.0 0.0 79.7 0.5
8A 0.1 2.8 23.3 0.0 0.0 0.4 1.1 0.0 17.8 0.0 0.0 0.0 3.5 0.0 0.0 50.0 0.9
8B 0.3 5.9 81.1 0.0 0.0 7.9 1.9 0.0 0.1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 2.5 0.2

Supplementary Table II.S9 : Vie estuary. Relative frequencies of all major species (at least 1.0% for the average of the three
replicates at one of the stations). For all taxa, average values are given for the relative frequencies in the three replicates.
Quinqueloculina

Quinqueloculina

Ammonia tepida

magellanicum

williamsoni

germanica
oceanense

selseyense

Haynesina
Elphidium

Elphidium

Elphidium

Elphidium
oblonga
jugosa

Others
group

Station

3 2.3 1.5 4.0 0.6 0.3 50.2 1.2 38.7 1.2

4 5.7 4.9 3.7 1.7 0.3 68.5 0.2 14.1 1.2
5 1.2 1.8 1.5 0.3 0.0 66.2 0.1 28.4 0.6
6 0.8 0.7 6.2 0.1 0.1 9.9 0.1 81.7 0.5
7A 0.3 0.3 6.2 0.0 0.7 0.1 0.2 92.2 0.1
7B 1.8 0.3 5.7 0.0 0.1 1.7 0.1 90.0 0.0
7C 2.6 2.1 16.3 0.1 0.5 8.5 0.3 69.5 0.3
8B 5.1 1.6 23.0 0.0 1.5 12.2 0.0 56.4 0.0
8A 1.2 1.8 11.7 0.0 2.7 0.0 0.3 82.3 0.2
9 5.8 1.3 42.4 0.0 2.5 5.5 0.2 42.3 0.0
10B 7.3 1.6 49.8 0.0 0.9 0.2 0.2 39.7 0.0
10A 0.8 0.2 35.2 0.0 3.2 0.0 0.2 60.4 0.3

56
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

Supplementary Table II.S10 : Marine Influence Index (MII) values for the studied stations.
Station MII Station MII
1A 0.48 3 0.69
1B 0.67 4 0.71
1C 0.65 5 0.58
2A 0.08 6 0.72
2B 0.17 7A 0.19
Auray 2C 0.57 7B 0.31
4A 0.25 7C 0.65

Vie
4B 0.43 8A 0.26
5A 0.28 8B 0.64
5B 0.37 9 0.58
6A 0.21 10A 0.11
6B 0.28 10B 0.36
7 0.24
8A 0.13
8B 0.17

Supplementary Table II.S11: Eigen values, % of variance and species scores of the PCA based on relative frequencies of all major
species (at least 1.0% for the average of the three replicates at one of the stations).
Axis PCA1 PCA2 PCA3
Eigenvalue 890.4 356.2 236.0
% of variance explained 58.2% 23.3% 15.4%
Acostata mariei 0.02 -0.01 -0.03
Ammobaculites agglutinans -0.03 -0.32 -0.29
Ammonia tepida group -0.63 -1.38 4.44
Ammotium salsum -2.64 -4.16 -2.92
Aubignyna perlucida 0.03 0.00 -0.01
Eggerelloides scaber 0.00 -0.02 0.03
Elphidium decipiens 0.00 -0.01 0.01
Elphidium magellanicum -0.08 0.08 -0.02
Elphidium margaritaceum -0.11 -0.12 0.17
Elphidium oceanense -0.07 -0.24 0.41
Elphidium selseyense -4.77 5.02 -0.97
Elphidium williamsoni -0.03 0.02 0.01
Haynesina depressula -0.02 -0.02 0.02
Haynesina germanica 9.26 1.30 -1.01
Miliammina fusca -0.07 -0.11 -0.07
Morulaeplecta bulbosa 0.02 0.00 -0.01
Quinqueloculina jugosa -0.35 0.14 0.43
Quinqueloculina oblonga -0.20 0.15 0.09
Trochammina inflata -0.26 -0.37 -0.28

57
 Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

Supplementary Table II.S12 : Results of Spearman correlation test between all dominant species (>5%) and environmental
parameters. Values correspond to R, ns means that the relation is not significant, * that the [Link] is < 0.05 and ** that the [Link]
is < 0.01. Blue indicates negative correlations, red positive correlations and grey non-significant correlations.
MII Emergence time Normalised distance to sea < 63um Corg(%)
2 estuaries x x x x x
Ammobaculites agglutinans Auray −0.47 ns 0.01 ns −0.53 * −0.21 ns −0.11 ns
Vie x x x x x
2 estuaries 0.17 ns −0.32 ns −0.15 ns −0.1 ns 0.09 ns
Ammonia tepida group Auray 0.45 ns −0.39 ns 0.12 ns −0.05 ns 0.34 ns
Vie −0.38 ns −0.05 ns −0.93 ** 0.35 ns −0.68 *
2 estuaries x x x x x
Ammotium salsum Auray −0.59 * −0.06 ns −0.88 ** −0.03 ns 0.1 ns
Vie x x x x x
2 estuaries x x x x x
Elphidium margaritaceum Auray 0.83 ** −0.44 ns 0.58 * −0.33 ns −0.27 ns
Vie x x x x x
2 estuaries 0.16 ns −0.21 ns −0.05 ns −0.13 ns −0.06 ns
Elphidium oceanense Auray 0.68 ** −0.46 ns 0.36 ns −0.33 ns 0.01 ns
Vie -0.47 ns 0.12 ns −0.79 ** 0.25 ns −0.55 ns
2 estuaries x x x x x
Elphidium selseyense Auray x x x x x
Vie 0.81 ** −0.61 * 0.75 * −0.74 * 0.84 **
2 estuaries −0.43 * 0.47 * −0.17 ns 0.17 ns 0.40 *
Haynesina germanica Auray −0.31 ns 0.68 * 0.1 ns 0.49 ns 0.23 ns
Vie -0.41 ns 0.27 ns −0.25 ns 0.24 ns −0.54 ns
2 estuaries x x x x x
Quinqueloculina jugosa Auray x x x x x
Vie 0.34 ns −0.54 ns −0.19 ns −0.11 ns −0.06 ns
2 estuaries 0.73 ** −0.38 * 0.47 * −0.23 ns −0.47 *
Quinqueloculina oblonga Auray 0.75 ** −0.3 ns 0.5 ns −0.4 ns −0.36 ns
Vie 0.48 ns −0.38 ns 0.34 ns −0.33 ns 0.33 ns

58
 Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

Supplementary Table II.S13 : Ecological characteristics of the dominant species of our dataset.

Ammonia tepida is considered as one of the dominant species in intertidal sediments (Debenay et al., 2000). It
is characteristic of lagoons, estuaries and inner shelfs (Murray, 1979) and known to be tolerant to all kinds of
Ammonia
stressed conditions (e.g, low salinity, organic input, hypoxic conditions) (Bradshaw, 1968; Bouchet et al.,
tepida
2007). A. tepida is considered as 2nd order opportunist by Jorissen et al. 2018, and as a 3rd order opportunist by
Bouchet et al. 2021.
Haynesina germanica is a major species in estuarine areas and is considered as extremely euryhaline (Murray,
Haynesina 1979; Alve and Murray, 1994). It is present in polluted (Armynot du Châtelet et al., 2004 ; Martins et al., 2013)
germanica as well as unpolluted estuaries (Cearretta et al., 1988 ; Castignetti et al., 1996). H. germanica is considered as a
3rd order opportunist by Jorissen et al. 2018, and Bouchet et al. 2021.
Elphidium Elphidium margaritaceum is dominant in estuary mouths, nearshore areas and marine areas (Murray, 1979;
margaritaceum Martins et al., 2015; Franscescangeli et al., 2018). It is considered as a sensitive species by Bouchet et al., 2021.
Elphidium oceanense is a brackish to marine species, commonly found in estuaries, estuary mouths and
Elphidium
nearshore areas (Murray, 1979). This species is considered as a 3rd order opportunist by Jorissen et al. 2018 and
oceanense
Bouchet et al. 2021.
Elphidium Elphidium selseyense is an inner shelf species, tolerant of brackish conditions (Murray, 1979: Alve et al., 1994;
selseyense Mojtahid et al., 2016). This species is considered as a sensitive species by Bouchet et al., 2021.
Quinqueloculina Quinqueloculina oblonga is commonly found in estuary mouths and nearshore areas (Murray, 1979 ; Cearretta
oblonga et al., 1988). This species is considered as a 3rd order opportunist by Jorissen et al 2018 and as a 1st order
opportunist by Bouchet et al 2021.
Quinqueloculina
Q. jugosa is considered as a 1st order opportunist by Bouchet et al 2021.
jugosa
Ammotium salsum is widespread in brackish environments (Akers, 1971; Poag, 1978) and has a preference for
environments with a salinity comprised between 10 and 20 (Ellison et al., 1987). It is especially common in salt
marshes (Scott et al., 1980; De Rijk et al., 1995). A. salsum was found in environments subjected to stressful
Ammotium salsum
conditions (e.g., high temperature variations, low oxygen in sediment, elevated trace metal) and considered as a
very robust species (Buzas-Stephens et al., 2018). It favours substrates rich in organic matter (Ellison et al.,
1987).
Ammobaculites agglutinans is commonly found in inner part of estuaries and salt marshes (Ellison et al., 1972)
Ammobaculites
and tolerates a wide range of temperature and salinity (Ellison et al., 1987). It favours substrates rich in organic
agglutinans
matter (Ellison et al., 1987).
Trochammina inflata is predominant in brackish tidal marshes (Murray, 1979; Armynot du Châtelet et al.,
2018; Francescangeli et al., 2018). It tolerates a high environmental variability, including periods of low
Trochammina oxygen availability (Murray, 1979). T. inflata, like others salt marsh species (e.g., A. salsum and A.
inflata agglutinans), shows a strong correlation with high organic carbon levels, even in completely natural conditions
(Armynot du Châtelet et al., 2009). For this reason, this species is not assigned to an ecological group by
Bouchet et al. 2021.

59
Chapter 2: Foraminiferal distribution in two estuarine intertidal mudflats of the French Atlantic coast: testing
the Marine Influence Index

60
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

Chapter 3

Biogeographic distribution of three

Ammonia spp. (A. veneta, A.
aberdoveyensis and A. confertitesta;
Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of
the French Atlantic coast.
Marie P. A. Fouet 1,*, Magali Schweizer 1 , David Singer 1, Julien Richirt 2, Sophie Quinchard 1, Frans J.
Jorissen 1.

1
UMR CNRS 6112 LPG-BIAF, Laboratory of Planetology and Geosciences, Angers University and Nantes -
Université, 2 Boulevard Lavoisier, 49045 Angers, France.
2
X- star, Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology (JAMSTEC), Yokosuka, Japan

* Correspondence author: [Link]@[Link]

61
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

Abstract
Three pseudocryptic species formerly mixed together in the morphospecies Ammonia tepida occur on
estuarine mudflats along the European coasts: Ammonia veneta (T1), A. aberdoveyensis (T2), A. confertitesta
(T6). Since the distinction of these species has only become possible recently, the eventual differences in
ecological characteristics are poorly known. In order to fill in this gap, we study here the distribution of these
three species at two different scales, by comparing 64 sites within and between seven estuaries along the
French North Atlantic coast. The presence of the three species was revealed in all estuaries by morphological
and/or molecular methods. No clear distributional differences were found within the seven estuaries,
although A. veneta and A. aberdoveyensis showed a slight preference for stations lower on the mudflats. The
high variability in absolute and relative densities of A. confertitesta suggests a more opportunistic behaviour
for this species. In fact, despite the presence of A. confertitesta in eDNA data from all estuaries, this species
was rare in the morphological inventory of the northern estuaries (Elorn, Aulne, Odet, Crac’h and Auray),
whereas further to the south, it was common in the Vie, and dominant in the Vilaine estuary. We hypothesise
that this geographical pattern can be explained by the supposedly invasive character of this species. In spite
of the widespread presence of genetic material (including adults, juveniles and propagules), the A.
confertitesta population has not yet fully developed everywhere. The seven investigated estuaries could
represent different stages of replacement of the autochthonous species A. veneta and A. aberdoveyensis by A.
confertitesta. We hypothesise that favourable conditions for such a replacement could be created by frequent
major river floods, creating temporarily vacant ecosystems. These would be preferentially recolonised by A.
confertitesta, because of its higher opportunistic propensity and perhaps a better tolerance to low salinity.

62
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

1. Introduction
Foraminifera (Eukaryota, Rhizaria) are distributed worldwide in all marine environments, from
estuaries and coastal areas to the deep sea. This clade is highly diverse with about 9000 described species
(WoRMS - World Register of Marine Species, 2021).

Ammonia was one of the first foraminiferal genera to be described (Brünnich, 1771). The taxon is found in
coastal open marine as well as estuarine habitats. In total, 69 morphospecies have been described in the
genus Ammonia (Hayward et al., 2022). This genus is characterised by a hyaline wall and trochospirally
coiled chambers. For decades, different morphotypes of Ammonia were considered as ecophenotypes, often
as variants of a single species, e.g., A. beccarii var. tepida, A. beccarii var. parkinsoniana (e.g., Schnitker,
1974; Jorissen, 1988; Walton & Sloan, 1990). Today, the combination of DNA barcoding and precise
morphological studies has allowed the validation and the redescription of 26 different distinct species
(Hayward et al., 2004; Bird et al., 2020), which recently have been reviewed by Hayward et al., 2021.

Ammonia tepida was initially considered as a cosmopolitan species, dominant in intertidal environments
(Debenay et al., 2000). In the last decade, a large range of different phylotypes have been sequenced,
especially morphotypes previously considered as A. tepida. At least three of these phylotypes (i.e. T1, T2,
T6) have been found along the European Atlantic coasts (Hayward et al., 2021). Recently, Richirt et al.,
(2019) have proposed a method to distinguish phylotypes T1, T2 and T6 morphologically. These authors
demonstrated that the examination of two morphological characters (pore diameter and flushed or raised
sutures on the spiral side) under a scanning electron microscope (SEM) is sufficient to discriminate
morphologically these three phylotypes with a success rate of > 90%. These species have been renamed as A.
veneta for T1, A. aberdoveyensis for T2 and A. confertitesta for T6 (Hayward et al., 2021). Regarding their
biogeography, A. veneta presents a cosmopolitan distribution (Hayward et al., 2004, 2021). A.
aberdoveyensis is extensively present along European coasts and is also observed along the Atlantic coast of
North America (Hayward et al., 2004, 2021). Finally, A. confertitesta shows two disjunct distributional areas,
the eastern coasts of Asia (i.e., Japan, Toyofuku et al., 2005; China, Hayward et al., 2004), and the European
coasts (Schweizer et al., 2011; Richirt et al., 2020). The disjunct distribution of A. confertitesta, and its
present occurrence in areas where no representatives of Ammonia had been observed in a historical past has
led to the hypothesis that A. confertitesta could be a recently introduced species in Europe, originating from
eastern Asia (Pawlowski & Holzmann, 2007; Schweizer et al., 2011).

The sensitivity to ecological gradients and anthropogenic disturbance of Ammonia spp. is used both in
environmental quality assessments (e.g., Armynot du Châtelet et al., 2004; Coccioni et al., 2009; Ferraro et
al., 2006; Frontalini et al., 2009; Frontalini and Coccioni, 2008; Morvan et al., 2004; Samir, 2000) and in
palaeoenvironmental reconstructions (Debenay, 1995; Horton & Edwards, 2006; Dissard et al., 2010).
Ammonia spp. are also regularly used as a model species in laboratory experiments studying the biological
response of foraminifera to stressed conditions (e.g., resistance to anoxia, acidification, tolerance to

63
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

pollutants (Morvan et al., 2004; Le Cadre & Debenay, 2006; Ernst et al., 2006; Keul et al., 2013; LeKieffre
et al., 2017) or for a better understanding of the role and function of these organisms in benthic ecosystems
(e.g., de Nooijer et al., 2009; Diz et al., 2012; Dupuy et al., 2010; Jauffrais et al., 2016; Toyofuku et al.,
2017). Because it has only recently become possible to distinguish A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta morphologically, (Richirt et al., 2019; Hayward et al., 2021) earlier studies considered these
taxa as a single species. Today, a more deep-going understanding of the ecology of these different species is
needed, so that they can be used more efficiently in environmental studies.

Estuaries are good model habitat to define the ecological preferences of these three Ammonia species,
because of their strong environmental gradients (e.g., salinity, emersion time, sediment grain size…).
Moreover, Ammonia is one of the dominant genera in estuarine ecosystems (Cearreta, 1988; Alve & Murray,
1994; Castignetti, 1996). Different hypotheses have been proposed regarding the distribution of these
Ammonia species. Some authors have proposed A. confertitesta as a euryhaline species able to live in a wide
salinity range (Richirt et al., 2019; Bird et al., 2020; Hayward et al., 2021). Higher abundances of A.
aberdoveyensis at higher elevation on the mudflats (Bird et al., 2020) were also observed. However, these
observations concern only a few stations (e.g., three stations on a mudflat in the Dart estuary (Bird et al.,
2020)). To our knowledge, the spatial distribution of these Ammonia species within estuaries has not been
studied extensively yet. This study will therefore investigate the distribution of the three Ammonia species in
seven estuaries along the French Atlantic coast.

The first objective of this study is to investigate whether the three species have a different distribution within
the estuaries, that could be indicative of different ecological preferences. In seven estuaries, the species
distribution will therefore be investigated along an inner-outer estuary gradient and along transects
perpendicular to the mudflats. The second objective is to analyse the biogeographic distribution patterns of
A. veneta, A. aberdoveyensis and A. confertitesta in estuaries along the north French Atlantic coast, and to
see whether eventual differences corroborate the hypothesis that A. confertitesta is an invasive species. These
results should help to improve the interpretations of future environmental and biomonitoring studies of
intertidal estuarine habitats.

2. Material and method

2.1. Study area

This study focuses on seven estuaries located along the north French Atlantic coast: Elorn, Aulne, Odet,
Crac’h, Auray, Vilaine and Vie (Figure III.1). The Elorn and Aulne estuaries are both rias (drowned river
valleys) located in the inner part of the roadstead of Brest, an enclosed marine bay. The Odet, Crac’h and
Auray estuaries are also rias; the former two are directly connected to the Atlantic Ocean, whereas the latter

64
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

flows out into the Morbihan Gulf. The Vilaine estuary is a typical lowland estuary, open to the Atlantic
Ocean, whereas the Vie estuary can be characterised as a lowland bar-built estuary. Its mouth is deflected
northwards by a sandy spit. All studied estuaries are subjected to a meso- to low macrotidal regime with a
tidal range of 4 to 5.5 m at the inlet, except for the Vilaine estuary, where the tidal range is higher (about 7.5
m at the inlet).

1
Table III.1 : Overall characteristics of the seven studies estuaries. The values marked with come from Office français de la
biodiversité and marked with 2 from Banque Hydro.
Estuary Elorn Aulne Odet Crac’h Auray Vilaine Vie
Number of
sampling 5 3 4 4 15 15 6 14
stations
Sampling October October October October July September May October
campaign 2020 2020 2020 2020 2019 2020 2019 2018
Lowland
Estuary Lowland estuary
Ria Ria Ria Ria Ria
type estuary closed
by a bar
1
Salt water 28.8
15 km 20 km 13 km 19.8 km 12 km 8.25 km
penetration km
1
Catchment 385 1797 715 10536
64 km² 324 km² 751 km²
area km² km² km² km²
1
Width at
570 m 1460 m 1000 m 1016 m 950 m 4400 m 200 m
the mouth
2
Flood 54 330 76 810 20 – 25
3 - 31 m3/sec
discharge m /sec m3/sec 3
m /sec m3/sec m3/sec
2
Low flow 1.1 1.5 0.79 5.50 0.01
- 0.18 m3/sec
discharge m3/sec m3/sec m3/sec m3/sec m3/sec
2
Mean
annual 5.59 25.00 7.45 74.00 1.18
- 2.72 m3/sec
discharge m3/sec m3/sec m3/sec m3/sec m3/sec
volume

65
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

Figure III.1 : Location of the studied estuaries along the French Atlantic coast. Studied estuaries are indicated with a red dot, the
Loire and Gironde estuaries are added because they are treated in the discussion.

2.2. Sampling
All samples were collected at low tide. For all sampling stations, the altitude was estimated using two
methods. For the stations sampled immediately above the water (at low tide), the altitude was estimated
using the tide tables published by the French Naval Hydrographic and Oceanographic Service (SHOM),
which give the theoretical altitude of the water surface during the tidal cycles for all French harbours. With
the exact sampling hour, the absolute altitude of the sampling point can be obtained. For all stations higher
on the mudflats, the altitude was estimated using an electronic theodolite (NA720 ® Leica; height accuracy
<1 cm) in combination with official benchmark altitude points, or the vertical lichen zonation (see Fouet et
al., 2022 for more detailed information). A range of uncertainty of +/− 10 cm was estimated for elevation
data.

For foraminiferal morphological analyses, at each station, three tubes with an internal diameter of 9.6 cm
were randomly placed and pushed into the sediment. The top 1 cm of the sediment cores was sliced off and
preserved in 96% ethanol and stained with 2 g/l Rose Bengal, following the FOBIMO protocol (Schönfeld et
al., 2012). In addition, at each station, replicates sediment samples were taken for eDNA analysis and stored
rapidly at -20°C prior to DNA extraction (details below).

66
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

2.3. Morphological analysis

For the morphological analyses, samples were sieved on 125µm. The choice of the >125µm mesh size is
motivated because the distinction between the three Ammonia species is very difficult for juveniles.
Foraminifera were picked wet, using a Leica MZ16 stereomicroscope. For each station, about 40 Ammonia
specimens were selected randomly. When the total number of Ammonia specimens was under 40, we
selected all available specimens.

We acquired Scanning Electron Microscopy (SEM) overview images (using a Hitashi TM4000) of the spiral
side for all 2188 selected individuals. For 581 individuals of the Vie estuary, detailed images of the
penultimate chamber (at 1000x magnification) were acquired. The mean pore diameter of these individuals
was calculated following the method of Petersen et al. (2016). Based on these images, specimens were
determined using the criteria of Richirt et al., 2019. In some cases, species assignation was not possible. This
was especially the case for specimens with a damaged test, or very small individuals.

Since we analysed only part of the Ammonia specimens of the total assemblages (i.e. ~ 40 individuals or less
per station), we estimated the proportion of the three Ammonia species in the total foraminiferal assemblage
by multiplying the relative proportion of Ammonia spp. in the total foraminiferal assemblage with the
relative frequency of each species (i.e., A. veneta, A. aberdoveyensis and A. confertitesta) in the 40 (or less)
specimens analysed morphologically. For this calculation, specimens that could not be assigned confidently
to one of the three species were not taken into account.

2.4. DNA extraction, amplification, sequencing

Environmental DNA (eDNA) was extracted from the sediment using the DNeasy PowerMax Soil, the
DNeasy PowerSoil Pro kits (Qiagen) (Vie, Vilaine, Auray 2019) and the FastDNA Spin Kit for Soil (MP
Biomedicals) (Elorn, Aulne, Odet, Crac’h, Auray 2020) according to the manufacturers’ instructions. PCR
was carried out with AccuPrimeTM Taq DNA Polymerase High Fidelity (Thermo Fisher Scientific). The 37f
hypervariable region (Pawlowski et al., 2014b) (amplicon size: 135-190) was amplified using the specific
foraminiferal primers s14F1 (Pawlowski, 2000) and s15r (Lejzerowicz et al., 2014). For each DNA
extraction, three PCR replicates were done. The PCR conditions consist in an initial denaturation of 94 °C
for 3 min followed by 35 cycles of denaturation at 94 °C for 30 s, primer annealing at 50 °C for 45 s and
extension at 68 °C for 90 s plus a final extension at 68 °C for 10 min. PCR product replicates were pooled
and then quantified using the QuBit HS dsDNA (Invitrogen). Each sample was then pooled with the same
amount of DNAand purified using Sera-Mag™ Magnetic carboxylate modified particles (GE Healthcare).
Library preparation and MiSeq (paired-end, 2x250bp) sequencing were performed at the ANAN platform
(SFR QUASAV, INRAE, Beaucouzé, France) for the Vie and Vilaine and at ID-Gene Ecodiagnostics
(Geneva, Switzerland) for the Elorn, Aulne, Odet, Crac’h and Auray samples from 2020.

67
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

2.5. Bioinformatics and taxonomic assignment

Tag and primers were removed from the sequences using cutadapt v. 3.4. Clustering of the reads were done
using the R package DADA2 (v. 1.16; (Callahan et al., 2016)). Raw reads were quality controlled by
truncating the reads (forward and reverse length of 120 bp) and filtering to a maximum number of ‘expected
errors’ of two. Amplicon sequence variants (ASV) were dereplicated if identical, clustered and pair-end
reads merged using a minimum overlap of 12 bp and maximum mismatch of 0 bp. Chimeras were removed
using the ‘pooled’ method. The ASVs were roughly taxonomically assigned using VSEARCH v. 2.18.0
(Rognes et al., 2016) using our custom foraminifera reference database based on NCBI. Then, all ASVs
affiliated to the genus Ammonia were verified manually by comparison with the GenBank database using
BLAST and quick neighbour joining tree analyses were performed to place phylogenetically ambiguous
ASVs to A. veneta, A. aberdoveyensis and A. confertitesta. The reads of the ASVs were finally merged
according to each species.

In order to use a semi-quantitative approach of the eDNA results, a transformation (i.e., log transformed) was
performed on sequence abundance data as recommended by Pochon et al. (2015).

3. Results

3.1. Morphological identification

In total, among the 2188 analysed individuals, 1247 (57%) specimens were determined as Ammonia veneta,
296 (13%) as A. aberdoveyensis, 454 (21%) as A. confertitesta and the remaining 191 specimens (9%) could
not be identified with sufficient reliability.

The total count for the three Ammonia species are presented in Table III.2. Of the 51 investigated stations,
four did not contain A. veneta, A. aberdoveyensis or A. confertitesta (Vie-1, Vie-2; Elorn-1; Crac’h-4). At the
47 remaining stations, A. veneta, A. aberdoveyensis and A. confertitesta together accounted for 0% (when
Ammonia species were only observed during one of the two sampling campaigns) to 96.7%. A. veneta
occurred at 42 stations, Ammonia sp. A. aberdoveyensis was observed at 34 stations and A. confertitesta at 28
stations. To estimate the relative frequency of the three Ammonia species in the foraminiferal assemblage, we
only considered samples with more than 20 individuals of Ammonia spp., considering that with less
specimens, it is not possible to obtain a reliable estimate. This reduced the data set to 41 stations (Aulne-3;
Auray 2020-2A, 2B; Vilaine-3; Vie-5 and Elorn-4 were eliminated). At 25 of the 41 stations, all three
Ammonia species were observed, whereas at 12 stations only two species were found (nine stations with A.
veneta and A. aberdoveyensis and three stations with A. veneta and A. confertitesta). Finally, at four stations
in the Vilaine estuary (1B, 1C, 2A, 2B) only A. confertitesta was observed (Table III.2). For all stations, the

68
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

relative frequencies of the three species in the total foraminiferal assemblage were estimated by multiplying
the relative proportion of Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A. confertitesta undifferentiated),
with the relative frequency of each of the three individual species (as determined in the selection analysed
under the SEM, considering only specimens that could be assigned to one of the three species).

Considering all the 41 stations, on average, A. veneta accounted for 10.2% (±8.3%) of the total foraminiferal
assemblage, with a maximum frequency of 29% (Vie-10B). Ammonia sp. A. aberdoveyensis was much less
frequent, with an average percentage of 2.2 % (±2.6%), and a maximum of about 10% (Elorn-2, Vie-10B).
Finally, A. confertitesta was generally rare (0-2%), but was observed in large numbers in the Vie and Vilaine
estuaries and at a single station in the Crac’h estuary. At these sites, its relative abundance increased
substantially (Vilaine: 60.4 ±26.6%; Vie: 6.2 ±6.3%), attaining maximum values of 97% (Vilaine 2A), 23%
(Vie-10A) and 7% (Crac’h-1), respectively.

Figure III.2 shows the distribution of the three species, according to the distance from the sea and the altitude
of the sampling station. Stations with less than twenty individuals are not represented on this figure. On an
inter-estuary scale (all stations in an estuary considered together), all species were observed in all estuaries,
except in the Vilaine estuary, where A. aberdoveyensis was not observed, and in the Elorn estuary where no
A. confertitesta was found (Figure III.1, Table III.2). The seven estuaries can be divided into three groups.
The Aulne, Elorn, Odet, Crac’h and Auray estuaries showed a majority of A. veneta (Figure III.1), and very
low numbers of A. confertitesta. The Vie estuary showed comparable frequencies of A. veneta and A.
confertitesta. Finally, the Vilaine estuary stood out by the dominance of A. confertitesta, whereas A. veneta
was only observed in very low numbers at a single station (Vilaine-1A) and A. aberdoveyensis was not
found.

Regarding the upstream-downstream gradient, no clear trends were visible, except in the Vie estuary, where
all three Ammonia species were more abundant in the inner part of the estuary. In terms of absolute elevation
(on the mudflats), in the Vie and Auray estuaries, A. aberdoveyensis (and to a lesser degree also A. veneta)
showed a higher relative abundance at stations lower on the mudflat. In the Auray estuary, this tendency was
clearer in 2019 than in 2020. In fact, the relative densities of A. veneta and A. aberdoveyensis show a
significant negative correlation with the absolute elevation (Spearman correlation test, p-value: 0.019 and
0.007 respectively), while this is not the case for A. confertitesta (Supplementary Figure III.2). No preference
for a specific part of the mudflats was observed for A. confertitesta.

The Auray estuary has been sampled twice, in July 2019 and September 2020. The overall patterns were
comparable for the two sampling campaigns, except that A. veneta was more frequent in 2020 (13.6±7.4%
versus 8.1±4.8% in 2019).

69
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

Table III.2 : Estuary, sampling station, sampling month/year, total abundance of foraminifera, relative frequency of Ammonia
species in the total foraminiferal assemblage, total number of individuals analysed, numbers assigned to each of the three Ammonia
species and the number of non assigned specimens.
Sampling period (month/year)

% of the three Ammonia spp.

% of the three Ammonia spp.

within the total assemblage

within the total assemblage

Abundance of foraminifera

Abundance of foraminifera
Ammonia aberdoveyensis

Ammonia aberdoveyensis
Ammonia confertitesta

Ammonia confertitesta
Number of individuals

Number of individuals
Ammonia veneta

Ammonia veneta
Sampling period
Undetermined

Undetermined
(ind/50 cm3)

(ind/50 cm3)
Estuary

Estuary
Station

Station
1 319 0.0 0 0 0 0 0 1A 2954 53.6 39 2 0 35 2
2 446 13.2 40 8 27 0 5 1B 1257 33.5 40 0 0 39 1
Elorn

Vilaine
3A 10/20 709 24.9 40 26 8 0 6 1C 285 51.1 40 0 0 39 1
5/19
3B 71 20.4 22 14 8 0 0 2A 231 96.7 40 0 0 39 1
4 62 8.8 8 1 5 0 2 2B 652 90.3 40 0 0 40 0
1 649 32.8 40 30 5 1 4 3 7 40 2 0 0 2 0
Aulne

2 10/20 361 19.1 40 32 4 1 3 1 50 0.0 0 0 0 0 0

3 70 5.9 6 5 0 0 1 2 220 0.0 0 0 0 0 0
1 504 10.1 40 29 5 1 5 3 597 3.8 63 34 4 25 0
2 773 15.7 40 32 2 2 4 4 623 3.8 33 15 2 16 0
Odet

10/20
3 1334 29.8 40 28 4 0 8 5 169 1.8 9 2 0 7 0
4 866 9.5 40 35 1 1 3 6 627 6.1 57 18 21 17 1
10/18
1 499 14.9 40 18 0 15 7 7A 1742 6.2 48 36 3 8 1
Vie
Crac'h

2 209 25.3 40 22 0 1 17 7B 1282 5.3 59 28 3 28 0

10/20
3 861 12.8 40 29 4 0 7 7C 905 16.0 68 18 14 36 0
4 0 0 0 0 0 0 0 8A 1798 11.7 55 24 5 26 0
7/19 318 11.2 40 31 6 2 1 8B 1078 23.2 44 27 5 12 0
1A
9/20 1178 15.8 40 30 6 2 2 9 888 41.1 52 26 11 14 1
7/19 1061 13.2 40 25 12 2 1 10A 882 46.7 51 25 1 25 0
1B
9/20 665 13.1 40 28 4 0 8 10B 202 49.0 42 25 9 8 0
7/19 1683 10.8 40 31 6 3 0
1C
9/20 259 27.9 40 31 8 0 1
7/19 22 0.0 0 0 0 0 0
2A
9/20
Auray

242 0.3 1 1 0 0 0
7/19 32 0.0 0 0 0 0 0
2B
9/20 89 1.6 1 1 0 0 0
7/19 607 16.1 40 25 3 0 12
2C
9/20 524 13.7 40 25 5 1 9
7/19 652 3.6 40 29 3 0 8
4A
9/20 37 10.9 6 4 1 0 1
7/19 295 13.1 37 20 8 0 9
4B
9/20 1363 30.4 40 27 5 0 8

70
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

7/19 278 1.0 12 8 2 1 1

5A
9/20 842 23.6 40 34 6 0 0
7/19 310 11.9 40 27 12 0 1
5B
9/20 166 19.9 40 27 11 0 2
7/19 809 2.8 40 17 20 0 3
6A
9/20 204 16.6 40 35 3 0 2
7/19 900 10.4 40 21 15 0 4
6B
9/20 136 10.2 40 31 5 1 3
7/19 138 12.4 40 30 2 1 7
7
9/20 501 18.3 40 29 1 0 10
7/19 113 17.8 40 31 1 1 7
8A
9/20 184 11.2 33 29 0 0 4
7/19 173 0.0 0 0 0 0 0
8B
9/20 2560 25.1 40 31 0 2 7

71
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

Figure III.2 : Distribution of the three Ammonia species (A. veneta, A. aberdoveyensis, A. confertitesta) at all stations. The X axis
represents the distance of the sampling point to the mouth of the estuary. The Y axis indicates the absolute altitude of the sampling
station. Stations with less than twenty individuals are represented by an empty dot. The size the circles varies in function of the
relative abundance of the taxon in the total foraminiferal assemblage.

72
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

3.2. eDNA analysis

A table with the number of reads per species and per station is provided in the supplementary material (Table
III.S2). A. veneta was detected at 46 of the 48 stations investigated for eDNA. Reads of A. confertitesta and
A. aberdoveyensis were found at 38 and 22 of the 48 studied stations, respectively.

Figure III.3 shows the distribution of the A. veneta, A. aberdoveyensis and A. confertitesta in the seven
studied estuaries as determined by environmental DNA sequencing. Data presented in this figure were
calculated by a log transformation of the number of reads of the three Ammonia species.

The co-existence of several Ammonia species is common in our samples. All three species of Ammonia were
detected at 20 of the 48 stations, whereas at 18 stations only two species were found. When two species were
observed, in most cases (16 stations) these were A. veneta and A. confertitesta, whereas at two stations A.
veneta and A. aberdoveyensis were present. At the remaining 10 stations a single species was observed,
which was A. veneta at eight stations and A. confertitesta at the remaining two stations. A. aberdoveyensis
was never observed alone (Figure III.3).

The seven studied estuaries can be divided into three groups:

1) In the Elorn, Aulne and Auray estuaries, only a few reads were assigned to A. aberdoveyensis. In the
Aulne estuary, it was not observed at all, whereas it was only found in the innermost part of the other
two estuaries. Otherwise, A. veneta and A. confertitesta were observed at most stations, with a few
exceptions in the downstream part of Auray estuary, were only A. veneta was observed.

2) In the Crac’h, Odet and Vie estuaries, reads corresponding to A. aberdoveyensis were detected at
most of the stations, whereas the other two species were generally well represented (except Crac’h 3
and 4 where A. confertitesta was not present).

3) Finally, in the Vilaine estuary, the results showed a large number of reads for A. confertitesta at all
stations, whereas only a few reads were assigned to the other two species.

Considering the seven estuaries as a whole (i.e., all stations in an estuary considered together), all three
species were detected in all estuaries, except in the Aulne estuary where no reads were assigned to A.
aberdoveyensis in the samples.

Concerning the upstream-downstream gradient in the seven estuaries, the three Ammonia species did not
show a clear and systematic preference for specific parts of the estuary. However, in the Elorn, Auray and
Odet estuaries, the data showed reads of A. aberdoveyensis only in stations located in the innermost parts.

73
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

Figure III.3 : Distribution of the three Ammonia species (A. veneta in red, A. aberdoveyensis in green, A. confertitesta in blue)
based on eDNA sequencing analysis (percentage data based on a log transformation of the number of reads). The localisation of the
different estuaries is presented in Figure III.1.

74
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

4. Discussion

4.1. Limitations of the present study

4.1.1. Morphometric and genetic discrimination of the three Ammonia species.

On the 2188 analysed specimens, 191 (i.e., 8.7%) could not be determined. The impossibility to identify
these specimens, that came from all estuaries, was due to i) their small size (12 specimens), ii) the presence
of deformation and/or dissolution (24 specimens), or, iii) indecisive morphological characteristics (155
specimens). The latter 155 specimens concerned uniquely the distinction between A. veneta and A.
confertitesta.

Such assignation difficulties are mentioned in previous studies (e.g., for damaged individuals; Richirt et al.,
2019; Pavard et al., 2021). Nevertheless, for their respective datasets, Richirt et al. (2019; 2021) estimated an
accuracy of ≥90% and 95%, respectively, for the morphological determination method. However, the
specific problem of distinguishing between A. veneta and A. confertitesta encountered in our material is not
mentioned in these earlier studies.

Richirt et al. (2021) present a dichotomous determination procedure (Figure III.4). The average pore
diameter is the primary criterion to distinguish A. aberdoveyensis from the two other species, with a
threshold value of 1.4 µm.

Figure III.4 : Dichotomous procedure to discriminate A. veneta, A. aberdoveyensis and A. confertitesta (from Richirt et al., 2021).

75
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

Next, the main criterion to distinguish A. veneta and A. confertitesta is the shape of the spiral sutures on the
central part of the dorsal side, flush in A. confertitesta versus raised in A. veneta. In our material, this
difference was evident in typical representatives of both species, but there were also numerous specimens
with an intermediate morphology, with slightly raised sutures.

Richirt et al. (2019; 2021) proposed the average pore diameter as a secondary criterion to distinct A. veneta
from A. confertitesta, with a threshold value of 2.4 µm. All specimens with an average pore diameter larger
than 2.4 µm should be A. confertitesta, whereas specimens with a smaller pore diameter could belong to
either of the two species. In our study, the pore diameter was measured for 578 specimens from the Vie
estuary. The range of the mean pore diameter for A. aberdoveyensis was 0.59-1.40 µm (n=78), similar to the
literature data (Table III.3). The range of the mean pore diameter for A. confertitesta was 1.42-3.14 µm
(n=222). This range is somewhat lower than the one given by Richirt et al. (2019; 2021), but is identical to
that found by Pavard et al. (2021). Finally, the range of the mean pore diameter we observed for A. veneta
was 1.40-3.15µm (n=278). The lower part of this range is similar as in previous studies, but very
surprisingly, many typical A. veneta specimens (with clearly raised sutures on the dorsal side) had a pore
diameter well above the threshold value of 2.4 µm, until a maximum of 3.15 µm, much higher than the
maximum of 2.62 µm observed previously. In fact, in our dataset, the range of the mean pore diameter for A.
veneta was not statistically different from that of A. confertitesta (t-test, p-value: 0.72).

Consequently, in our study, the criterion “average pore diameter” was efficient to distinguish A.
aberdoveyensis from A. veneta and A. confertitesta, but inadequate to discriminate between A. veneta and A.
confertitesta.
Table III.3: Range of measured average pore diameters for the three Ammonia species in our study and in the literature. All
measurements were made according to the method proposed by Richirt et al. (2019) except for Hayward et al. (2004), who measured
only 10 pores per individual, compared to 20-80 in the method of Richirt et al. (2019).
Number of individuals Ammonia Ammonia
Ammonia veneta
aberdoveyensis confertitesta
Hayward et al., 2004 20 0.70-1.00 μm 1.30-2.20 μm 1.40-2.00 μm
Richirt et al., 2019 94 0.77-1.32 µm 1.63-2.49 µm 1.92-3.55 µm
Richirt et al., 2021 0.76-1.30 µm 1.51-2.62 µm 1.46-3.84 µm
Pavard et al., 2021 444 0.66-1.40 µm - 1.42-3.14 µm
This study 578 0.59-1.40 µm 1.40-3.15 µm 1.42-3.14 µm

The third criterion to distinguish A. veneta and A. confertitesta proposed by Richirt et al. (2021) is the
number of incised sutures (between successive chambers) in the last whorl of the spiral side (Figure III.4). A.
confertitesta shows less than two incised chambers, whereas specimens with more than two incised chamber
sutures only occurred in A. veneta.

Summarising, the pore diameter criterion could not be used to discriminate A. veneta and A. confertitesta in
in our material because of the overlap of values (Table III.3). Therefore we based our determination
exclusively on the two remaining criteria, flush or raised sutures in the centre and the number of incised
sutures in the last whorl (Figure III.4). However, because of the presence of numerous specimens with

76
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

intermediate dorsal suture characteristics (slightly raised), the distinction between A. veneta and A.
confertitesta was very challenging and numerous adult specimens, could not be assigned to a species with
sufficient reliability (155 of the 1856 specimens, or 8.4%). These specimens were all considered as
“undetermined”. Pictures of some examples are presented as supplementary material (Supplementary Figure
III.1).

In view of the impossibility to use pore diameter for the distinction of A. veneta and A. confertitesta, and the
presence of numerous individuals with intermediate suture morphology, even for the specimens that we
finally assigned to either of the two species, our decision was sometimes somewhat subjective.
Consequently, all occurrences of either of these species with a very small number of individuals should be
considered with caution.

4.1.2. eDNA species assignation

Assignation of the ASVs to a known species was made on the basis of existing reference sequences of A.
veneta, A. aberdoveyensis and A. confertitesta, present in the NCBI database GenBank (Hayward et al.,
2004, 2021; Schweizer et al., 2011; Saad & Wade, 2016; Richirt et al., 2019; Bird et al., 2020). However,
there are potentially more variants than the ones deposited in GenBank. Therefore, the absence of a species
in the dataset is not a proof of its non existence at a certain sampling site, as it could be represented by non
sequenced variants. Therefore the eDNA dataset should be carefully interpreted.

4.1.3. Seasonality

Another potential limitation of this study concerns the different sampling seasons and periods (May to
October) of the investigated estuaries. The different Ammonia species could have different reproduction time
and the different occurrence patterns observed for the seven studied estuaries could be partly explained by
this factor.

In fact, various studies have shown that foraminiferal communities on estuarine mudflats may show large
seasonal and inter-annual variability (e.g., Murray, 1983; Cearreta, 1988; Buzas & Hayek, 2000; Debenay et
al., 2006; Morvan et al., 2006; Choquel, 2021), and that different species can have different reproduction and
growth periods. For instance, in the Bay of Bourgneuf, Choquel (2021) showed that Elphidium oceanense
(d’Orbigny, 1904) attains high densities in autumn whereas Elphidium selseyense (Heron-Allen and Earland,
1911) shows high densities in spring and summer. Concerning the recent distinction of the three species of
the Ammonia tepida morphogroup, there is no information about species-specific reproduction periods.
However, our two sampling campaigns in Auray (in July 2019 and September 2020) did not show major
changes in the distribution of the three Ammonia species. For the time being, we have no indications for
seasonal or inter-annual differences between these three species, but this question should be investigated in
the future.

77
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

4.2. Distribution of the three Ammonia species according to the morphological

analysis.
The objective of this study was to determine the distribution of the three studied Ammonia species at
several scales, in order to investigate whether there are indications for different ecological characteristics
and/or requirements.

At an intra-estuary scale, along the upstream-downstream gradient, although the three species were not found
at all sites, none of them showed a clear preference for a specific part of the estuary. Next, the distribution
according to absolute elevation was examined. The absolute elevation determines the emersion time at low
tide, when the organisms are exposed to potentially harsh conditions, such as elevated temperature, low or
high salinity and predation. Consequently, several authors have suggested that elevation is a primary control
of the distribution of foraminifera in estuarine environments (e.g., Horton & Murray, 2007; Francescangeli,
2017; Armynot du Châtelet et al., 2018; Jorissen et al., 2022). In our study, A. veneta and A. aberdoveyensis
showed a slight preference for stations located lower on the mudflats. This observation (contrary to that of
Bird et al., 2020) confirms the importance of this parameter, which should absolutely be measured when
Ammonia spp. (and other intertidal species) are compared between different locations.

Summarising, it appears that the three Ammonia spp. in the investigated estuaries do not show clear
distributional differences reflecting different ecological characteristics. However, in all estuaries, the
absolute and relative densities of the three Ammonia species showed some recurrent particularities. At the 51
studied stations, A. veneta was most common, and was often the dominant Ammonia species (10% on
average of the total foraminiferal assemblage). A. aberdoveyensis was mostly present as a minority species,
that accounted for about 2% of the total foraminiferal assemblage and never exceeded 10%. Finally, the
density of A. confertitesta was much more variable than that of the other two species. All northern estuaries
(Elorn, Aulne, Odet, Crac’h and Auray) showed low proportions of A. confertitesta (at most 1% of the
foraminiferal assemblage, except in station Crac’h-1). Conversely, much higher proportions of A.
confertitesta were encountered in the two southern estuaries, up to 23% of the total foraminiferal community
in the Vie estuary, and up to 97% in the Vilaine estuary.

These differences in absolute and relative densities between the three Ammonia species must reflect
differences in their ecological characteristics. A. veneta and A. confertitesta can both appear with high
densities (for example: A. veneta attains 300 specimens per 50cm3 in the Odet and Auray estuaries; A.
confertitesta attains more than 500 specimens per 50cm3 in the Vilaine estuary), whereas this is not the case
for A. aberdoveyensis (maximum absolute density 80 specimens per 50cm3 in the Vie estuary). Furthermore,
A. confertitesta dominated the foraminiferal community in the Vilaine estuary; such a dominance was never
observed for A. veneta. These observations suggest that the three Ammonia species have various degrees of
opportunistic behaviour, with A. confertitesta being most and A. aberdoveyensis least opportunistic.

78
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

When considering the distribution of the three Ammonia species at an inter-estuary scale (all stations in an
estuary considered together), other distributional differences occur. All three Ammonia species were present
in all the estuaries, except in the Elorn estuary, where A. confertitesta was absent. However, in the Aulne
estuary, the presence of A. confertitesta is only based on two not very typical specimens. This scarcity of A.
confertitesta in the northern estuaries could again reflect slightly different ecological requirements, or,
eventually a different distributional history (see section 4.4)

The fact that in most of our estuaries the three Ammonia species occur together at many different sampling
stations contrasts with most of the previous studies. Both Saad and Wade (2016) and Bird et al (2020)
observed that A. confertitesta only rarely co-exist with the other two species. Also Richirt et al. (2021)
suggested that the co-existence of different Ammonia species at the same station is rare. However, most of
these observations are based on small numbers of sequenced specimens (10 or less), which could be
insufficient to detect the co-existence of the three Ammonia species at single sampling stations. Conversely,
our results showed a co-occurrence of the three Ammonia species in half of the stations (25 out of 41),
whereas at only four stations, a single species was found (always A. confertitesta). At the 12 stations where
two species were present, in nine cases A. veneta co-occurred with A. aberdoveyensis and in three cases with
A. confertitesta. A. aberdoveyensis was never observed without A. veneta. The combination of A.
aberdoveyensis and A. confertitesta (without A. veneta) was not observed in our study, but was described in
the Gironde estuary (Pavard et al., 2021).

The recurrent co-existence of the three species at many stations shows that their ecological niches must be
close, although the differences in density and in geographical distribution seem to point to different degrees
of opportunism.

4.3. Comparing morphological and eDNA data

In Table III.4, we compare the presence-absence data for our morphological observations and environmental
DNA sequencing. The results show some large differences. In fact, the two methods only fully agree for 14
of the 48 stations.

Several types of observations can be made:

1) eDNA revealed the presence of Ammonia spp. at the four stations where they were not observed in
the morphological study (Elorn 1, Crac’h 4 and Vie 1 and 2).
2) A. veneta systematically showed a good match between morphological and eDNA data. At 41 of the
48 stations, it was detected by both methods.
3) A. aberdoveyensis was often not detected with the eDNA approach, while it was present in the
morphological inventory (Elorn, Aulne and Auray). However, at some stations in the Crac’h and
Vilaine estuaries, the reverse was observed. At the 48 stations, A. aberdoveyensis was more
represented in the morphological dataset (31 stations) than in the eDNA dataset (22 stations).

79
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

4) Finally, a major difference between the two data-sets concerns A. confertitesta, which was more
frequently detected with the eDNA data (38 stations) than in the morphological data (25 stations).
This difference concerns especially the northern estuaries (Elorn, Aulne and Auray).

These important differences can be explained by the different nature of the two methods, that give an entirely
different picture of the available biota. First, the results of morphological analyses are exclusively based on
adult specimens, larger than >125µm. Conversely, the eDNA sequencing is based on the total sediment,
without size selection. The result of eDNA sequencing therefore includes adult specimens, but also juveniles
(Pawlowski et al., 2014b) and even propagules. Both approaches give therefore different, but complementary
results (Lejzerowicz et al., 2013; Pitsch et al., 2019, Schweizer et al., in prep). Our morphological analysis
indicates the presence of a population of active adult specimens, whereas the eDNA analysis describes the
presence of genetic material of the investigated species. In fact, eDNA analysis does not allow the distinction
between an active population, including mature individuals, interacting with the environment, or a stock of
propagules awaiting the appropriate conditions to develop. As such, the eDNA inventory describes the
presence of a taxon (the potential niche), whereas the morphological analysis shows an active population (the
realised niche).

With this important difference in mind, we can now interpret the observed differences between eDNA and
morphological data. Essentially, we observed three different cases.

1) A. veneta was detected by both approaches at 41 of the 48 stations. It appears therefore that the
realised niche of this species is very close to its potential niche. This suggests that the environmental
conditions were generally favourable for the development of this taxon.
2) A. aberdoveyensis was frequently detected with the morphological method but not by the eDNA
method. This difference can not be explained by a difference between realised and potential niches.
We think that this discrepancy is related to the sampling procedure. The morphological analysis
showed that A. aberdoveyensis was widely present at the sampled stations but always in low
numbers. In fact, the volume of sediment analysed is an order of magnitude higher for morphological
analysis (three replicates of ~80g each) than for eDNA analysis (two or three replicates with a total
of 10-12g). It is possible that the absence of A. aberdoveyensis in many eDNA samples is the
consequence of its relative scarcity, eventually in combination with a patchy distribution. With other
words, we hypothesise that the volume of sediment analysed for eDNA was not enough to
systematically detect this scarce species. This issue concerning the quantity of sampled material was
earlier mentioned by Pawlowski et al., 2014 as a potential bias.
3) The presence of A. confertitesta in the eDNA data often contrasted with an absence in the
morphological analysis. In this case, it appears that the eDNA results revealed the presence of
juvenile specimens and/or propagules, whereas an active mature population has not developed.
Consequently, the combination of morphological and eDNA data shows that at these stations, the

80
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

species is present, but that its niche has not yet been realised, most probably because the
environmental conditions were not appropriate yet. This situation could also be explained by a
different seasonality of the three Ammonia species, where our sampling periods may not coincide
with the optimal growth period of A. confertitesta.

An alternative explanation could be found in the distributional history of the three species. Several studies
considered that A. veneta and A. aberdoveyensis are autochthonous species, whereas A. confertitesta would
be an exotic, invasive species (Pawlowski & Holzmann, 2007; Schweizer et al., 2011). If this hypothesis is
correct, the difference between morphological and eDNA data for this taxon could be explained by the fact
that genetic material of this taxon is present in all estuaries, but that the species has not yet established active
populations in all these estuaries. This possibility will be further discussed in the next section.

Table III.4: Presence-absence matrix for three Ammonia species with two methods: morphological observations and eDNA analysis.
Ammonia veneta Ammonia aberdoveyensis Ammonia confertitesta
Morphology eDNA Morphology eDNA Morphology eDNA

Elorn-1 * *
Elorn-2 * * * *
Elorn 2020

Elorn-3A * * * *
Elorn-3B * * *
Elorn-4 * * * * *
Aulne-1 * * * * *
Aulne 2020

Aulne-2 * * * *
Aulne-3 * * *
Odet-1 * * * * *
Odet 2020

Odet-2 * * * *
Odet-3 * * * * *
Odet-4 * * * * * *
Crac'h -1 * * * * *
Crac'h 2020

Crac'h -2 * * * * *
Crac'h -3 * * * *
Crac'h -4 * *
Auray-1A * * * *
Auray-1B * * *
Auray-1C * * *
Auray-2020

Auray-2A * * *
Auray-2B * * *
Auray-2C * * * *
Auray-4A * * * *
Auray-4B * * *

81
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

Auray-5A * * * *
Auray-5B * * * *
Auray-6A * * * *
Auray-6B * * * * *
Auray-7 * * * * *
Auray-8A * *
Auray-8B * * * *
* * * * *
Vilaine 2019

Vilaine-1A

Vilaine-2A * * * *
Vilaine-3 * *
Vie-1 * * *
Vie-2 * * *
Vie-3 * * * * * *
Vie-4 * * * * * *
Vie-5 * * * * *
Vie-6 * * * * * *
Vie-2018

Vie-7A * * * * *
Vie-7B * * * * *
Vie-7C * * * * * *
Vie-8A * * * * * *
Vie-8B * * * * * *
Vie-9 * * * * * *
Vie-10A * * * * * *
Vie-10B * * * * * *

4.4. Presumed invasive behaviour of Ammonia confertitesta

Several authors have suggested that A. confertitesta is an invasive species originating from eastern Asia (e.g.,
Pawlowski & Holzmann, 2007; Schweizer et al., 2011; Richirt et al., 2021). The two main lines of evidence
supporting this hypothesis are 1) the disjoint geographical distribution; the species appears both in Eastern
Asia (Toyofuku et al., 2005) and on the European coasts (Schweizer et al., 2011) and 2) the recent
appearance of A. confertitesta at sites in Europe where it has never been identified in the past (e.g., the Baltic
Sea (Flensburg Fjord in Polovodova et al., 2009; Kiel Bay in Schweizer et al., 2011) or the North Sea
(Grevelingenmeer in Petersen et al., 2016; Elbe estuary in Francescangeli et al., 2021). Some authors have
proposed that this species could have been transported from Asia through ballast waters (Pawlowski &
Holzmann, 2007). This species is now widely present along the European coasts, from the Baltic Sea to
France (Bird et al., 2020).

82
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

Recently, Richirt et al. (2021) studied the distribution of the three Ammonia species along the English
Channel and Great Britain coasts. They hypothesised that marine currents could be the main vector of
transport of foraminiferal propagules away from their source population (important harbours). The authors
noticed that A. confertitesta was still absent from the south British coast and suggested that this could
perhaps be explained by the dominant W-E current in the English Channel, that would hamper the westward
spreading of this species. They also hypothesised that there are some refuge zones, mainly in high marshes,
where A. veneta and A. aberdoveyensis persisted, and were not replaced by A. confertitesta yet. These
authors predicted that ultimately, A. confertitesta would largely replace the two other species.

In our study, the morphological observations of the distribution of the three Ammonia species showed a clear
difference between the Vilaine estuary, with a very strong dominance of A. confertitesta, The Vie estuary,
where A. confertitesta co-occurred with the other two species (with comparable frequencies of A.
confertitesta and A. veneta), and the other five estuaries (Elorn, Aulne, Odet, Crac’h and Auray) where this
species was rare or absent.

Together with the greater opportunistic potential of A. confertitesta, deduced from the quantitative
distribution patterns in our study, these observations seem to corroborate the “invasive species hypothesis”.
Our data suggest that A. confertitesta has fully colonised the Vilaine estuary, that the colonisation of the Vie
estuary is in progress, whereas the colonisation of the other five estuaries is still at an early stage.

If true, this pattern could be explained by two complementary features: 1) the proximity of the source area(s),
and 2) the easiness of access of the various estuaries.

Richirt et al. (2021) considered especially major harbours (e.g., Cardiff, Le Havre, Rotterdam) as source
areas, related to intense international maritime traffic and the introduction of exotic ballast waters. In our
study area, historically, the two major commercial harbours are Nantes-St. Nazaire and Bordeaux, on the
Loire and Gironde estuaries, respectively (Figure III.1). The Ammonia assemblages of both estuaries are
indeed largely dominated by A. confertitesta (Loire (Thibault de Chanvalon et al., 2022) ; Gironde (Pavard et
al., 2021)).

The complete colonisation of the Vilaine estuary, immediately northward of the Loire, and the ongoing
colonisation of the Vie estuary, immediately south of the Loire estuary, would be logical if the Loire estuary
is indeed the source area of A. confertitesta in this region. As would be the fact that the colonisation of all
more northern areas, farther away from the Loire estuary, is still in an early stage.

The second parameter, the easiness of access of the various estuaries, is related to their morphology. The two
southern estuaries, Vilaine and Vie, are both lowland estuaries. The Vilaine estuary shows a wide mouth, the
Vie estuary is partly closed with a sand spit. Conversely, all five northern estuaries are rias, flooded river
valleys with a steep relief, and often with sills at the entrance. It appears therefore that the estuaries already
inhabited by large populations of A. confertitesta could have an easier access than those in which this taxon
is still at an early stage of colonisation. The importance of the form of the estuaries as a factor facilitating or

83
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

hampering the introduction of A. confertitesta seems to be confirmed by literature evidence. A closer

inspection of the sites studied by Saad and Wade 2016, Bird et al., 2020, and Richirt et al., 2021 shows that
Ammonia assemblages dominated by A. confertitesta are mainly found in open estuaries, whereas ria-type
estuaries are dominated by A. veneta or A. aberdoveyensis (Supplementary Table III.S2).

However, our eDNA data detected the presence of A. confertitesta in these northern estuaries. This
observation suggests that the colonisation of this taxon not only depends on the spreading mechanisms (away
from its source area and into the individual estuaries). Once potentially present, the species needs appropriate
conditions for its development, allowing it to replace the presumed autochthonous taxa A. veneta and A.
aberdoveyensis.

In view of the apparently similar ecological requirements of the three species, but the potential higher degree
of opportunism of A. confertitesta, the ideal conditions for a replacement by this species would be created by
conditions that would oblige the foraminiferal community to repeatedly recolonise the estuarine mudflats. In
estuaries, such conditions are especially created by river floods, which can completely annihilate the
foraminiferal community.

The importance of major river floods as a factor causing the colonisation by highly opportunistic species was
earlier shown by Goineau et al. (2012). At a station located in front of the Rhone Delta (Mediterranean Sea),
the foraminiferal assemblage sampled two days after a major river flood, contained a very dense, almost
monospecific population of Leptohalysis scottii (Chaster, 1892). The authors concluded that L. scottii is a
pioneer species that could colonise the newly formed empty habitat first due to its greater reproduction
and/or dispersal rates.

This means that after each major river flood, the foraminifera have to recolonise the intertidal mudflats. If A.
confertitesta is indeed a more opportunistic species, with a higher reproduction rate, it would ultimately
replace the other two species. A better tolerance to low salinity could be an additional factor favouring A.
confertitesta. Although our distributional data do not show a significant difference between the three species,
the recent appearance of A. confertitesta at numerous sites with brackish waters, where no Ammonia species
were reported before (Polovodova et al., 2009; Schweizer et al., 2011) could indicate a higher brackish water
tolerance for this species.

The relative intensity of river floods largely depends on the extant of the catchment basin and the riverine
discharge (Table III.1). Along the French Atlantic coast, the Gironde and Loire estuaries (Figure III.1) have
by far the largest average and maximal discharge volumes (mean annual discharge volume of 854 m3/sec for
the Loire estuary and 846 m3/sec for the Gironde estuary (Banque Hydro)), followed by the Vilaine estuary
(74 m3/sec), whereas the other estuaries have more than ten times smaller average and maximal discharge
values (Table III.1). In the Vie estuary, although the river flow is small (1.18 m3/sec), the repetitive openings
of a sluice (at 8 km from the mouth) create fresh water floods that are considerable on the scale of this small
estuary. These observations seem to corroborate our hypothesis that major river floods could be a main factor

84
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

allowing the progressive replacement of the autochthonous Ammonia species by A. confertitesta. In fact, the
Gironde (Pavard et al., 2021), Loire (Thibault de Chanvalon et al., 2022) and Vilaine estuaries are all
dominated by this species.

5. Conclusion
This study investigates the distribution of A. veneta, A. aberdoveyensis and A. confertitesta on intertidal
mudflats in seven estuaries along the north French Atlantic coast. None of the species showed a clear
preference for specific parts of the estuaries, although A. veneta and A. aberdoveyensis were slightly more
frequent in the lower parts of the mudflats. This suggests that the three species have similar ecological
preferences. However, whereas A. veneta and A. confertitesta can be dominant species in the foraminiferal
community, A. aberdoveyensis was always a minor species. This difference could be indicative of a more
opportunistic life strategy for the former two species.

The combination of morphological and molecular methods confirmed the presence of the three species in all
seven estuaries. However, these two methods do not give the same information. The detection of these taxa
in eDNA can be due to the presence of adults, juveniles and/or propagules. Conversely, their detection in the
living (Rose Bengal stained) assemblage of the >125 µm fraction certifies the presence of an active, mature
population.

In this study, there were some important differences between the eDNA and morphological data. A.
aberdoveyensis, for which adult specimens were observed at many stations, in all estuaries, was often absent
in the eDNA inventories. This could be explained by the relative scarcity of this taxon, which may have been
missed because of an insufficient sample volume for eDNA. Conversely, A. confertitesta was well
represented in the eDNA data set, at most sites in all estuaries, whereas this taxon showed a large differences
between estuaries in the morphological inventory. In the five northern estuaries (Elorn, Aulne, Odet, Crac’h
and Auray), A. confertitesta was rare, or even absent (Elorn), whereas it was common in the Vie estuary, and
attained very high densities at all stations in the Vilaine estuary. This observation corroborates the
hypothesis of the invasive nature of A. confertitesta. The systematic presence of this taxon in eDNA, that
contrasts with an absence, or scarcity, in the morphological data, suggest that although genetic material is
present, the species has not everywhere replaced the autochtonous species A. veneta and A. aberdoveyensis
yet. If true, the seven estuaries could present different stages, with a completely replacement in the Vilaine,
an ongoing replacement in the Vie, and an early stage of ecological replacement in the other five estuaries.

These different stages of colonisation by A. confertitesta could be explained by: 1) the relative distance to the
potential source area, 2) the facility of access in each of the estuaries, and 3) the presence of favourable
conditions for the development of A. confertitesta. We hypothesise that such favourable conditions could be
brought about by major flooding events, creating empty ecological niches. A. confertitesta could be more

85
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

successful in recolonising such empty habitats than the other two taxa, because of its more opportunistic
lifestyle, and maybe, because of its higher tolerance of low salinity conditions.

Finally, this study underlines the strength of the combination of morphological and eDNA metabarcoding
approaches to assess the distribution of closely related species. This combination allows a better
understanding of complex distributional patterns, by distinguishing between potential and realised
assemblages.

86
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

Supplementary Material

Supplementary Table III.S1 : Number of read per sample

Ammonia Ammonia Ammonia Ammonia Ammonia Ammonia
Estuary Station Estuary Station
aberdoveyensis confertitesta veneta aberdoveyensis confertitesta veneta
1 0 396 117 1A 4 264 4
2 0 265 16 Vilaine 2A 3 3747 2
Elorn 3A 0 28 79 3 0 59 0
3B 0 0 43 1 305 604 117
4 4 12 7 2 288 795 34
1 0 63 14 3 32 41 7
Aulne 2 0 0 50 4 38 36 9
3 0 19 48 5 31 102 68
1 0 5 14 6 42 74 8
2 0 33 0 7A 0 18 314
Odet Vie
3 34 562 31 7B 0 148 32
4 53 2090 147 7C 7 87 279
1 27 64 2122 8A 20 539 123
2 18 35 837 8B 43 867 664
Crac’h
3 7 0 25 9 5 819 161
4 38 0 151 10A 4 529 260
1A 0 0 59 10B 3 165 243
1B 0 0 247
1C 0 0 111
2A 0 50 3509
2B 0 64 15
2C 0 0 241
4A 0 6 27
Auray (2020) 4B 0 0 6
5A 0 2 36
5B 0 405 9
6A 0 14 40
6B 0 62 72
7 2 7 35
8A 0 0 49
8B 0 21 121

87
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

Supplementary Table III.S2: Geographic distribution of the three Ammonia spp. in the literature. The locations are classified in 5
types: saltmarsh, open marsh, lowland estuary (e.g., Vilaine), lowland estuary semi-enclosed (e.g., Vie), ria/fjord (e.g. Elorn).
Site Latitude Longiture Type Ammnonia spp.
Authie 50°22′23.80″N 1°35′44.00″E Lowland estuary T6 (n=4)
Biezelingse Ham 51°26′53.40″N 3°55′49.79″E Lowland estuary T6 (n=51)
T1 (n=1)
Richirt et al., 2021

Ouistreham 49°16′16.40″N 0°14′12.20″W Lowland estuary semi-enclosed T2 (n=1)

T6 (n=5)
Rade de Brest 48°24′13.10″N 4°21′16.00″W Ria/fjord T2 (n=2)
Seine estuary 49°26′31.30″N 0°16′25.20″E Lowland estuary T6 (n=32)
T1 (n=1)
St. Vaast-La-Hougue 49°34′38.60″N 1°16′38.80″W Open marsh
T2 (n=3)
T2 (n=5)
Veerse Meer 51°33′12.24″N 3°52′25.34″E Lowland estuary
T6 (n=4)
Cromarty 57°40′45.59″N 04°02′28.12″W Ria/fjord T2 (n=1)
Torry Bay 56°03′28.3″N 03°35’02.5"W Lowland estuary T6 (n=8)
Cramond 55°58′54.2″N 03°17′56.5″W Lowland estuary T6 (n=52)
Loch na Cille 55°57′36.00″N 05°41′24.00″W Ria/fjord T2 (n=13)
Whiterock 54°29′05.42″N 05°39′12.58″W Ria/fjord T2 (n=18)
Den Oever 52°56′24.8″N 05°01′30.6″E Lowland estuary T6 (n=1)
T6 (n=30)
Norfolk 52°49′02.41″N 00°21′46.16″E Lowland estuary
T2 (n=1)
Bird et al., 2020

Laugharne Castle 51°46′12.00″N 04°27′00.00″W Lowland estuary T6 (n=2)

T1 (n=2)
Cork 51°38′29.40″N 08°45′44.50″W Lowland estuary
T2 (n=28)
Cardiff 51°29′25.40″N 03°07′19.50″W Lowland estuary T6 (n=20)
Upper shore
T2 (n=6)
Mid shore
T1 (n=2)
Dartmouth 50°21′04.84″N 03°34′11.33″W Lowland estuary
T2 (n=12)
Lower shore
T1 (n=2)
T2 (n=49)
Baie de l’Aiguillon 46°15′17.00″N 01°08′27.00″W Lowland estuary T6 (n=2)
Bangor 53°14′02.41′′N 04°07′04.26′′W Open marsh T1 (n=5)
T1 (n=9)
Saad and Wade, 2016 – modified by Richirt et al., 2021

Barmouth 52°43ʹ17.26″N 04°02ʹ27.43″W Lowland estuary

T6 (n=1)
Barrow-in-Furness 54°05ʹ24.16″N 03°14ʹ29.61″W Open marsh T6 (n=9)
Barton-upon-Humber 53°41ʹ50.86″N 00°26ʹ40.08″W Lowland estuary T6 (n=9)
Brancaster Staithe 52°58ʹ11.78″N 00°40ʹ 05.05″E Saltmarsh T2 (n=7)
Braunton 51°05ʹ55.09″N 04°09ʹ52.15″W Lowland estuary T6 (n=10)
Burnham Overy Staithe 52°58ʹ06.76″N 00°40ʹ05.08″E Saltmarsh T6 (n=10)
Galmpton 50°23ʹ31.53″N 03°34ʹ31.15″W Lowland estuary T2 (n=4)
Hambleton 53°52ʹ40.15″N 02°57ʹ52.46″W Lowland estuary T6 (n=2)
Lymington 50°45ʹ16.36″N 01°31ʹ39.34″W Lowland estuary semi-enclosed T2 (n=8)
Pembroke Dock 51°41ʹ59.66″N 04°55ʹ14.72″W Lowland estuary T6 (n=8)
Pen Clawdd 51°38ʹ36.28″N 04°06ʹ20.18″W Lowland estuary T6 (n=10)
Queenborough 51°25ʹ01.47″N 00°44ʹ21.15″W Lowland estuary T6 (n=11
Severn Beach 51°33ʹ17.99″N 02°40ʹ11.37″W Lowland estuary T6 (n=6)
T1 (n=1)
Shoreham-By-Sea 50°49ʹ49.04″N 00°16ʹ30.79″W Lowland estuary semi-enclosed T2 (n=7)
T6 (n=2)
South Queensferry 55°59ʹ34.28″N 03°24ʹ38.18″W Lowland estuary T6 (n=6)
St Osyth 51°47ʹ54.83″N 01°03ʹ50.32″W Lowland estuary T6 (n=9)
Thornham 50°57ʹ59.35″N 00°34ʹ20.09″E Open marsh T6 (n=6)

88
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

Supplementary Figure III.1 : Examples of individuals classified as undetermined. A: Auray-2019_2C(28); B: Auray-219_7(20); C:

Auray-2020_1A(40); D: Auray-2020_1B(32); E: Auray-2020_6B(23); F: Auray-2020_6B(25); G: Auray-2020_7(30); H:
Elorn_4(01); I: Vie-2018_7A(87); J: Vie-2018_9(09); K: Vilaine_1A(04); L: Vilaine_1A(12); M: Aulne_1(37); N: Aulne_1(02).
Scale bar: 100µm

89
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

Supplementary Figure III.2 : Relation between absolute elevation and the percentage of Ammonia spp. in the total assemblage.

90
Chapter 3: Biogeographic distribution of three Ammonia spp. (A. veneta, A. aberdoveyensis and A.
confertitesta; Foraminifera, Rhizaria) in estuaries of the French Atlantic coast.

91
Chapter 4: Historical reconstruction of the arrival of the invasive species Ammonia confertitesta
(Foraminifera) in the Loire estuary.

Chapter 4: Historical reconstruction of the arrival of the invasive species Ammonia confertitesta
(Foraminifera) in the Loire estuary.

Chapter 4

Historical reconstruction of the arrival

of the invasive species Ammonia
confertitesta (Foraminifera) in the Loire
estuary.

Marie P. A. Fouet 1*, Hao Xu 2, Matthieu Durand 3, Meryem Mojtahid 1, Sabine Schmidt 4, Magali
Schweizer 1 , David Singer 1, Frans J. Jorissen 1.

1
UMR CNRS 6112 LPG-BIAF, Laboratory of Planetology and Geosciences, Angers University and Nantes -
Université, 2 Boulevard Lavoisier, 49045 Angers, France
2
Department of Geography & Spatial Information Techniques, Ningbo University, Ningbo, 315211,
Zhejiang, China
3
Ecole Supérieure d'agro-développement international ISTOM, 4 Rue Joseph Lakanal, Angers, France
4
CNRS, INP, EPOC, UMR 5805, Univ. Bordeaux, Allée Geoffroy Saint-Hilaire, Pessac, France

* Correspondence author: [Link]@[Link]

92
Chapter 4: Historical reconstruction of the arrival of the invasive species Ammonia confertitesta
(Foraminifera) in the Loire estuary.

Abstract
Recent molecular and morphological analyses have enabled to distinguish Ammonia veneta, Ammonia
aberdoveyensis and Ammonia confertitesta within the former morphospecies Ammonia tepida (Eukaryotes,
Rhizaria, Foraminifera). Several studies have suggested that among these species, A. confertitesta could be
invasive on the European coasts, originating from East Asian coasts. In order to test this hypothesis,
Ammonia spp. specimens from 57 samples in two long cores taken from the Brillantes mudflat (Loire
estuary, France) were investigated. In both cores, only A. aberdoveyensis were observed in the oldest
samples. The first record of A. confertitesta was observed in samples located at depth in sediments dating
back several centuries (PV1: 2.50m; PV2: 1.50m). Upper in the core, many samples contained specimens of
both species. Finally, the surface samples contained only A. confertitesta. These results firstly confirm the
invasive character of the species A. confertitesta. Secondly, our data show that the introduction of this
species into the Loire estuary took place several centuries ago, demonstrating that its introduction in North
East Atlantic Ocean is much older than previously suggested. Finally, our data show that the gradual
establishment of A. confertitesta in this area has gone with a decrease or even disappearance of the
autochthonous species A. aberdoveyensis. This result suggests that these two species may have occupied the
same ecological niche. It is possible that the intensification of long-distance shipping from the 17th century
onwards caused the arrival of the exotic species A. confertitesta.

93
Chapter 4: Historical reconstruction of the arrival of the invasive species Ammonia confertitesta
(Foraminifera) in the Loire estuary.

1. Introduction
For hundreds of years, humans have crossed the oceans for commercial, migratory or warlike
purposes. In the course of these journeys, biological species have been transported voluntarily or not
(Gollasch & Leppäkoski, 1999). Thus, when species develop outside their original distributional range due to
direct or indirect anthropic activity, they are called introduced species. Some of these introduced species can
proliferate and disrupt the functioning of ecosystems by causing the disappearance of native species
(Grosholz, 2002), they are called invasive species. The introduction of certain species has had disastrous
high consequences for ecosystems (e.g., Caulerpa taxifolia (Ceccherelli & Cinelli, 1999), Crepidula
fornicata (Blanchard, 1995), Sargassum muticum (Belsher & Pommellec, 1988), Caudium fragile (Provan et
al., 2005)). Many vectors of introduction can be responsible for marine species invasions. Maritime transport
has favoured the introduction of invasive species, particularly through fouling of ships (Godwin, 2003). Over
the last two centuries, biological introductions due to shipping have increased for several reasons: shipping
technologies have developed significantly, increasing the number of inter-continental exchanges, shortening
the crossing time (and thus increasing the chances of survival of organisms during the journey), and the
means of ballasting have changed (Mills et al., 1993). Indeed, the advent of metal-hulled ships and the use of
ballast water to replace solid ballast have favoured the transport of species (e.g. the Japanese crab
Hemigrapsus sanguineus (Breton et al., 2002), the razor clam Ensis directus (Tulp et al., 2010), the
ctenophore Mnemiopsis leidyi (Costello et al., 2012)). In addition, digging canals at strategic locations (e.g.
Suez Canal, Panama Canal) has allowed many species to move from their native range to colonise new area
(Hewitt et al., 2006). In addition, aquaculture is also a significant vector of introduction. There are cases of
voluntary introductions for aquaculture purposes, such as that of the Pacific oyster (Crassostrea gigas),
which originated in Japan and was introduced to the European coast to replace the endemic European flat
oyster (Ostrea edulis). But there are also non-voluntary introductions, by accompanying species, epibionts or
endobionts (e.g., the algae Sargassum muticum, (Belsher & Pommellec, 1988) and Undaria pinnatifida
(Peteiro, 2008); the mollusc Crepidula fornicata (Montaudouin & Sauriau, 1999)). Finally, aquariology can
also be a vector of introduction. This was the case for Caulerpa taxifolia, an ornamental alga for aquaria,
which was mistakenly released into the environment, with high consequences in the Mediterranean
(Boudouresque et al., 1995). Thus, the vectors and consequences of introducing organisms such as fish,
macro-algae and macrofauna are fairly well known (Gollasch & Leppäkoski, 1999; Arenas et al., 2006).
However, introductions do not only concern these macro-organisms. Although meiofaunal cases of
introduction are less well known, because their installation is more discreet due to their size (Blanchard,
1995), the meiofauna also undergoes species transport. In foraminifera (unicellular protists), several cases of
introduction and invasion have been reported. This is for example the case of Nonionella sp. T1 along the
Skagerrak coast (Polovodova-Asteman & Schönfeld, 2015), Trochammina hadai (McGann et al., 2012) on
the American west coast and Amphistegina spp. (Langer & Mouanga, 2016) in the Mediterranean. Another
example could be the species A. confertitesta. In the past, this pseudocryptic species was not recognised

94
Chapter 4: Historical reconstruction of the arrival of the invasive species Ammonia confertitesta
(Foraminifera) in the Loire estuary.

separately as it was included in the morphological species Ammonia tepida. However, recently, molecular
(Hayward et al., 2004) and then morphometric (Richirt et al., 2019) analyses have allow the distinction of
this species from the other morphologically related species of the same morphogroup. Among the different
species recognised, A. confertitesta shows a distributional gap between its supposed area of origin (i.e. Asian
coasts (Toyofuku et al., 2005; Hayward et al., 2004), and European coasts (Schweizer et al., 2011; Bird et al.,
2020; Richirt et al., 2020). For this reason, several authors have suggested that A. confertitesta is an invasive
species (Pawlowski & Holzmann, 2007; Schweizer et al., 2011). Foraminifera have the advantage that their
test are preserved in the sediment. The study of long cores allow historical reconstruction and thus to know
which species were present in the past (Barmawidjaja et al., 1995; Cearreta et al., 2013; Dolven et al., 2013;
Francescangeli et al., 2016; Daniel et al., 2019). In the case of A. confertitesta putative invasion, historical
reconstructions could be used first to verify the invasive nature of this species, then to define when this
species appeared on the European coasts, and what the possible introduction vectors might have been. On the
Atlantic coast, A. confertitesta is now dominant in several estuaries (e.g. the Loire (Thibault de Chanvalon et
al., 2022), the Gironde (Pavard et al., 2021), the Vilaine (chapter 3)). The present study focuses on the Loire
estuary. Located on the French coast, the Loire is one of the largest estuaries on the European Atlantic coast
and it hosts a historically important harbour (Nantes). In this estuary, two long cores were collected in March
2015 from the Brillantes mudflat, located on the left bank in the middle part of the estuary. The foraminifera
from these two cores were partly studied by Durand, 2017, but at that time the morphological distinction of
the different Ammonia species was not yet possible. Thus, the objective of this chapter is to study the
succession of the different Ammonia species (A. veneta, A. aberdoveyensis and A. confertitesta) in these two
cores. This study will allow to verify whether A. confertitesta has indeed arrived in the Loire in the recent
past and, if so, to determine the time of its appearance. Finally, in the case of a recent introduction, this study
should provide information on its impact on the autochthonous species of the genus Ammonia.

2. Material and Methodes

2.1. The Brillantes mudlfat

The Loire estuary is one of the largest estuaries on the Atlantic coast. Its catchment area covers 7470 km².
The average annual flow of the river is 840 m3/s (Banque Hydro), varying from 140 m3/s during low water
periods to 5,200 m3/s during flood periods. The estuary is about 60km long, from the mouth to the limit of
saline intrusion (Office français de la biodiversité).

The Brillantes mudflat is located on the left bank of the estuary, near Paimboeuf. It is the largest mudflat in
the estuary, covering 1350 hectares. The tidal range of this area is 6m (SHOM).

95
Chapter 4: Historical reconstruction of the arrival of the invasive species Ammonia confertitesta
(Foraminifera) in the Loire estuary.

Figure IV.1 : a) Location of the sampling site. b) Location of the two sampled stations. c) Topographical profile linking the two
sampled stations, to the left bank opposite. The blue line indicates the topographic profile.

2.2. Sampling
210
Sampling methods, grain size analyses and Pbxs analyses of the two cores are detailed in Durand (2017).
Briefly, cores PV1 and PV2 (measuring 5.39m and 5.42m long respectively) were collected from the
Brillantes mudflat in March 2015. Core PV1 (47°16'59.05''N; 2°3'47.63''W) was located 150m and PV2
(47°17'10.07''N; 2°3'50.26''W) 450m from the shore (Figure IV.1). They were collected using a percussion
corer. In addition, two 40cm deep interface cores were taken by hand in the vicinity of each of the long cores
for analysis of the 210Pbxs profiles. The long cores were cut into 1m sections and placed in cold storage
(~4°C).

2.3. Sedimentological analyses

Durand (2017) produced high resolution photographs to describe the sedimentology of the cores studied.
These descriptions are accompanied by high-definition X-ray images, allowing the internal organisation of
the sediments to be visualised. In addition, grain size analysis by laser diffraction was carried out on
sediment that had been decarbonated (with a 30% hydrochloric acid solution) using a Malvern Mastersizer
3000 laser diffractometer. The analytical techniques used are described in more detail in Durand (2017).
These results will be used to relate the Ammonia species found to their sedimentary environment.

96
Chapter 4: Historical reconstruction of the arrival of the invasive species Ammonia confertitesta
(Foraminifera) in the Loire estuary.

2.4. Reconstruction of the chronological framework

210
Durand, 2017 developed a chronological framework by combining measurements of Pb activity in the
14
interface cores and some C dating in the long cores. The first method is based on the measurement of
210 210 210
excess Pb (noted Pbxs). The Pb isotope, with a half-life of 22.3 years, is used to determine the
sedimentation rate for the most recent part of the core, over a period of about 100 years. The steps for
210
normalising the Pbxs data are detailed in Durand, 2017. Following these analyses on the interface cores, a
sediment accumulation rate (SAR) was calculated for each core. These sedimentation rates were then
extrapolated over the entire length of the long cores, to obtain an estimate of the age of the deeper
sedimentary levels. Since such an extrapolation carries significant risks (of changes in sedimentation rates, or
sedimentary gaps), it is recommended to validate the extrapolation of the age model obtained from the 210Pbxs
analysis with independent chronological measurements (Appleby, 2001). Thus, five 14C dates were measured
for core PV2 and only one for PV1. Dated were performed on plant debris and total organic carbon.

2.5. Ammonia spp. morphometry

For this study, 31 samples of 1cm thickness were taken in core PV1, distributed between the surface and
4.00m depth. For core PV2, 21 samples, distributed between the surface and 2.33m depth, were analysed and
complement the work of Durand 2017. Each sample was carefully washed on 125µm mesh sieves. The
choice to use only the >125µm fraction is motivated by the impossibility to identify Ammonia individuals to
species level when they are too small. The fraction >125µm was dried and analysed under a Leica MZ16
stereomicroscope. Individuals belonging to the genus Ammonia were collected and placed in Chapman cells.
These individuals were then arranged on stubs and all were analysed with a scanning electron microscope
(Hitashi TM4000). For each individual, an image of the whole specimen on the dorsal side and a detailed
image of the penultimate chamber (at x1000 magnification) were acquired. On the basis of these images,
specimens were determined down to species level using the criteria of Richirt et al., 2019 (Figure IV.2).
Indeed, A. aberdoveyensis can be distinguished from A. veneta and A. confertitesta by their smaller pore
diameter (<1.4µm). Secondly, A. veneta have raised sutures, whereas the sutures are rather smooth in A.
confertitesta (see chapter 3 for further explanation). To get an idea of the contribution of the Ammonia spp.
group within the total assemblage, for some levels (13 for PV1 and 7 for PV2) all foraminifera were picked,
identified and counted.

97
Chapter 4: Historical reconstruction of the arrival of the invasive species Ammonia confertitesta
(Foraminifera) in the Loire estuary.

Figure IV.2 : Determination of the three Ammonia species according to Richirt et al., 2019. The specimens shown in this figure are
from samples analysed in this study. The scale corresponds to 100µm.

3. Results

3.1 Sedimentary analysis

The sedimentary study of the cores was carried out by Durand 2017. Its results are summarised and partially
reinterpreted here.

In core PV1 (Figure IV.3), taken from the upper part of the mudflat, the base of the core (540-360 cm)
showed an alternation of sands and mud/silt (Fig. 3: facies Ff). The absence of meio- and macrobenthos
shells (including benthic foraminifera) suggests a marsh depositional environment, while the sandy levels are
interpreted as flood deposits. Between 360 and 100 cm, there was an alternation of two facies: 1) fine sands,
containing shell debris and sea urchin spicules (facies Fd), and 2) black muds, dominated by silts, containing
shell debris and burrows (facies Fe). This alternation has been interpreted as the deposition of the lower to
middle part of a mudflat (near the channel). Finally, the upper metre consisted of silty clays (facies Fe). This
part of the core should correspond to a deposit in the middle and upper part of the mudflat. The levels
sampled in our study were mainly located in the upper 3.6 m of the core (facies Fd and Fe), corresponding to
a deposit on an mudflat. Only two samples were taken in the marsh level (facies Ff).

Core PV2 (Figure IV.3), taken 350 m further down the channel (about 0.9 m lower), also contained a marsh
facies at its base (540-330 cm) (facies Ff), interspersed with sandy levels, indicative of flooding events, both

98
Chapter 4: Historical reconstruction of the arrival of the invasive species Ammonia confertitesta
(Foraminifera) in the Loire estuary.

without marine fossils. Then there was a succession of gravel facies (Fa, between 330 and 270 cm) and a
facies of fine sands (Fc, between 270 and 230 cm). This succession has been interpreted as the establishment
of a tidal channel. Between 230 and 40cm, the sediment was composed of an alternation of a facies of fine
sands with shell debris (facies Fd), and black silty muds with shell debris (facies Fe). This alternation is
interpreted as the lower to middle part of a mudflat. Finally, the last 40 cm was made up of silty clays (facies
Fe), revealing an environment of the middle to upper part of the intertidal mudflat (Fe). The levels sampled
in our study were in the upper 2.35 m, on facies Fd.

Both cores were marked by an erosion surface, located at 360 cm in core PV1 and 330 cm in core PV2
(Figure IV.3). This surface appears to represent the transition from a marsh environment to a tidal channel
environment (core PV2), or even to a mudflat environment (core PV1).

Figure IV.3 : Grain size distribution according to clay (0-4 µm), silt (4-63 µm), sand (63µm - 2mm), gravel (>2mm). The orange
squares represent the levels sampled for our study.

99
Chapter 4: Historical reconstruction of the arrival of the invasive species Ammonia confertitesta
(Foraminifera) in the Loire estuary.

3.1 Chronology
Profiles of 210Pbxs were obtained from the first 30-35 cm of sediment in the interface cores.

In core PV1, after relatively stable 210Pbxs values in the upper 3 cm, a regular decrease from 100 to 50 mBq g-
1 210
was observed down to 20 cm depth. In the deeper sediments (20 to 35 cm) the Pbxs value remained
around 50 mBq g-1.
210
In core PV2, a linear increase in Pbxs was observed in the first 10 cm, from 100 to 50 mBq g-1. Beyond
that, values varied from 40 to 60 mBq g-1, with no significant trend.

Based on the decreasing profiles, between 2 and 20 cm for core PV1 and between 0 and 10 cm for core PV2,
sedimentation rates (SAR) of ~0.7 cm/year for PV1 and ~0.3 cm/year for PV2 can be estimated (Figure
IV.3).
14
For core PV1, a single C dating was carried out, on plant debris taken from the 538-539 cm level. The
result of this dating, 250±30 cal BP (Table IV.1), would correspond to a sedimentation rate of ~2.2 cm/year,
210
three times higher than that calculated from the Pbxs analyses. For this reason, Durand (2017) considered
this dating to be unreliable, and discarded it.

For core PV2, five 14C dates were performed (Table IV.1, Figure IV.4), on total organic carbon and plant
samples, taken at 109-110, 189-190, 330.5-331.5, 424.5-425.5 and 538.5-539.5 cm depth. These dates gave
ages of 890±30, 126±30, 1295±30, 75±30 and 2880±30 cal BP, respectively.

Two of these dates (126±30 and 75±30) gave anomalously young ages and sedimentation rates (of 1.5 and
210
5.6 cm/year, respectively) that do not correspond at all to the sedimentation rates determined based on Pbxs
profiles. Durand (2017) suspected possible contamination and therefore discarded these dates. The three
remaining dates appeared consistent with the sedimentation rate calculated from 210Pbxs (0.7 cm/year), while
resulting in lower sedimentation rates of 0.11, 0.55, and 0.12 cm/year, respectively.

For core PV2, the combination of sedimentation rates calculated on the basis of the 210Pbxs data (0.3 cm/year)
and the three retained radiocarbon dates allowed estimating fairly wide age ranges for the different levels of
the core (Figure IV.5). It seems that the boundary between facies Ff (marsh environment) and Fa (tidal
channel), at a depth of 3.30 m, is between 1150 and 1300 years old. The transition between facies Fc (tidal
channel) and Fd/Fe (mudflat), at 2.30 m, would be between 850 and 1100 years old. For core PV1, higher up
on the mudflat, where reliable radiocarbon dates were not available, extrapolating the sedimentation rate
determined for the upper 35 cm based on 210Pbxs would give an age of 500 years for the facies transition from
Ff (swamp) to Fd/Fe (mudflat), at 360 cm depth.

100
Chapter 4: Historical reconstruction of the arrival of the invasive species Ammonia confertitesta
(Foraminifera) in the Loire estuary.

210
Figure IV.4 : Decay profile of Pbxs in the upper 30-35 cm of interface cores taken from the same location as PV1 and PV2 long
cores. From Durand 2017.

Figure IV.5 : Radiocarbon dates measured on the retained (grey bar) and non-retained (red dot) PV2 core as well as the
sedimentation rate from the 210Pbxs decay profile (dotted line) (after Durand, 2017).

101
Chapter 4: Historical reconstruction of the arrival of the invasive species Ammonia confertitesta
(Foraminifera) in the Loire estuary.

Table IV.1: Radiocarbon dates, after Durand (2017). Selected dates are shown in black and those discarded in grey. The table gives
both radiocarbon ages (14C AMS), expressed in BP (Before Present) radiocarbon years, and calibrated ages, in BP calendar years.
TOC: Total Organic Carbon. The 2σ probability of the calibrated ages is specified in brackets.
Depth of the sample Age 14C AMS
Core Calibrated ages (2σ) (cal BP) Dated material
(cm) (BP radiocarbon years)

PV1 538 - 539 250 ± 30 Plant debris

834 - 733 (0.626)
PV2 109 - 110 890 ± 30 Plant debris
909 - 843 (0.374)
PV2 189 - 190 126,26 ± 0,36 pMC Plant debris
1 287 - 1 218 (0.660)
PV2 330,5 - 331,5 1 295 ± 30 TOC
1 215 - 1 181 (0.340)
PV2 424,5 - 425 75 ± 30 Plant debris
PV2 538,5 - 539,5 2 880 ± 30 3 079 - 2 922 (>0.900) TOC

3.3 Morphological analysis of Ammonia aberdoveyensis and Ammonia

confertitesta.
For a dozen levels per core (13 for PV1 and 7 for PV2), all foraminifera in the sample were counted (Table
IV.2). These counts give an idea of the contribution of Ammonia spp. to the total foraminiferal assemblage.
For core PV1, Ammonia spp. constituted 3-30% of the community in the deepest levels (between 189 and 94
cm), and contributed 25-70% from 90cm to the surface. For core PV2, Ammonia spp. made up 10-30% of the
community in 103-9 cm, and 39-67% in the top five centimetres.

For each level studied, all Ammonia spp. individuals were extracted. A maximum of 50 specimens were
analysed under SEM if the numbers of cells were sufficient. The number of A. veneta, A. aberdoveyensis and
A. confertitesta individuals identified for each studied level is presented in Table IV.2 and Figure IV.6.

In core PV1, between 0 and 173 individuals of Ammonia spp. were found per studied level. In several levels,
no Ammonia spp. were observed. The five deepest levels (264-333 cm) contained only A. aberdoveyensis. At
levels 248-249cm and 207-208cm, a single individual of A. confertitesta was observed in an assemblage
dominated by A. aberdoveyensis. From level 166-167cm the number of A. confertitesta increased to 10-20
individuals per sample. From level 149-150cm, A. confertitesta were systematically more numerous than A.
aberdoveyensis. From the 77-78cm level onwards, only A. confertitesta were present. Concerning A. veneta,
only two typical individuals were observed, at levels 219-220cm and 128-129cm.

In core PV2, between 1 and 106 Ammonia spp. were found per studied level. The three deepest levels (233-
200 cm) contained only A. aberdoveyensis. Then, from level 155.5-156.5cm, the samples contained a
mixture of both species, first (156.5-42 cm) with a strong dominance of A. aberdoveyensis, then (37-9 cm)
with a dominance of A. confertitesta. In the last two samples (5-6 cm and 1-2 cm) only A. confertitesta was
found. Concerning A. veneta, a typical individual was observed, in the 133-134 cm level.

Thus, a very similar trend was observed in both cores. The deepest samples had only A. aberdoveyensis and
then the samples contained a mixture of both species. The proportion of A. aberdoveyensis decreased until
only A. confertitesta was present in the surface samples (surface-6 cm).

102
Chapter 4: Historical reconstruction of the arrival of the invasive species Ammonia confertitesta
(Foraminifera) in the Loire estuary.

In terms of chronology, the first A. confertitesta (levels 248-249cm and 207-208cm) for core PV1 were
observed in samples with an estimated age of 300 to 350 years. The last individuals of A. aberdoveyensis
were observed in the 86-87 cm level, with an estimated age of about 125 years. In core PV2, the first sample
containing A. confertitesta (155.5-156.5 cm) has an estimated age of 450-850 years. A. aberdoveyensis were
present down to the 12.5-13.5cm level, with an estimated age of about 40 years.

Table IV.2: List of the different levels analysed and number of individuals identified.
PV1 PV2
foraminifera in the sample

foraminifera in the sample

% of Ammonia spp. in the

% of Ammonia spp. in the

Number of Ammonia spp.

Number of Ammonia spp.

Number of Ammonia spp.

Number of Ammonia spp.

Ammoni1 aberdoveyensis
Ammonia aberdoveyensis
Ammonia confertitesta

Ammonia confertitesta
Ammonia veneta

Ammonia veneta
Total number of

Total number of
in the sample

in the sample
Depth (cm)

Depth (cm)
identified

identified
sample

sample
0-1 245 173 71 18 0 0 18 1-2 31 12 39 12 0 0 12
12.5-13.5 57 20 35 6 0 0 6 5-6 6 4 67 4 0 0 4
26-27 28 7 25 6 0 0 6 9-10 64 17 27 14 0 6 8
34-35 12 6 50 6 0 0 6 15-16 15 2 13 2 0 0 2
49.5-50.5 39 18 46 13 0 0 13 20-21 50 2 4 2 0 2 0
77-78 0 0 0 0 0 25-26 46 5 11 5 0 1 4
86-87 15 15 0 4 11 30-31 103 7 7 6 0 3 3
94-95 607 17 3 14 0 2 12 36-37 38 12 32 7 0 0 7
107-108 23 23 0 0 23 42-43 201 38 19 26 0 19 7
118-119 5 5 0 0 5 50-51 238 26 11 23 0 20 3
128-129 30 30 1 13 16 60-61 494 106 21 51 0 40 11
138-139 45 13 29 11 0 1 10 72-73 157 27 17 20 0 16 4
149-150 5 5 0 1 4 83,5-84,5 437 75 8 35 0 32 3
157-158 0 0 0 0 0 85,5-86,5 207 40 19 22 0 16 6
167-168 14 14 0 8 6 103-104 50 10 14 7 0 7 0
177-178 0 0 0 0 0 120-121 37 37 0 32 5
188-189 270 24 9 9 0 9 0 133-134 36 36 1 32 3
197-198 0 0 0 0 0 155.5-156.5 47 47 0 44 3
207-208 31 31 0 30 1 200-201 1 1 0 1 0
219-220 1 1 1 0 0 219-220 32 32 0 32 0
230-231 1 1 0 1 0 232-233 15 15 0 15 0
240-241 0 0 0 0 0
248-249 5 5 0 4 1
264-265 8 8 0 8 0
277-278 7 7 0 7 0
296-297 6 6 0 6 0
321.5-322.5 2 2 0 2 0

103
Chapter 4: Historical reconstruction of the arrival of the invasive species Ammonia confertitesta
(Foraminifera) in the Loire estuary.

332.5-333.5 2 2 0 2 0
358-359 0 0 0 0 0
377-378 0 0 0 0 0
395.5-396.5 0 0 0 0 0

Figure IV.6 : Number of observations of the three Ammonia species under SEM, as a function of depth in the cores.

104
Chapter 4: Historical reconstruction of the arrival of the invasive species Ammonia confertitesta
(Foraminifera) in the Loire estuary.

4. Discussion
4.1. Brief history of harbour activities in the study area
Before the 14th century, the harbour of Nantes was open to a limited numbers of international trade.
However, from this period onwards, harbour activities increased, particularly towards Spain, England and
Ireland (Le Maho, 2001; Bouëdec, 2009). From the 17th century onwards, trade across the Atlantic
developed, towards Newfoundland and the West Indies. From 1665 the French East India Company
developed trade to China and India (Martin, 1926). In the 18th century, maritime traffic intensified further
and Nantes became one of the most important harbours in Europe (Boulle, 1972). At this time, the harbour of
Paimboeuf, which served as an fore-port for Nantes, reached its peak. Indeed, large ships could not sail up
the Loire to Nantes, so they stopped at Paimboeuf to load and unload goods which were then transported to
Nantes on barges (Bouëdec, 2009). This harbour activity declined from the middle of the 19th century, after
the development of the harbour of Saint Nazaire located 25km downstream.

4.2. Brief history of hydromorphological changes in the Loire Estuary

For centuries, numerous structures have been built on the banks of the Loire estuary to regulate its course. As
early as the 9th century, dykes were built to protect the banks from flooding (Dupont & Moatar, 2016). In the
19th and 20th centuries, major development work was undertaken, which considerably modified the
morphology of the estuary, to meet the growing needs of navigation (Sanchez et al., 2000). During this
period, the size of ships increased considerably, so that the water depth had to be sufficient to allow the
passage of large commercial ships. The river bed was narrowed by filling in the side arms (Bona &
Prud’homme Lacroix, 2009, Bona et al., 2010), and a channel was dug (in 1930, Dupain, 1981), thus
eliminating many of the islands that had been scattered along the estuary. Figure IV.7 illustrates the above-
mentioned changes in hydromorphology between the 19th century and today.

All these works have strongly modified the hydro-sedimentary dynamics of the estuary in general, and the
Brillantes mudflat has also been influenced by these modifications. Indeed, Durand 2017 argued that the
implementation of the channel on the right bank concentrated the tidal energy along this bank and favoured
the fattening of the Brillantes mudflat. As a result of these developments, the dynamic tide penetration
increased from 63km from the mouth in 1903 to 100km in 1992 and the salt tide from 38km in 1948 to 70km
in 1991 (Sanchez et al., 2000). This marination of the estuary has been most probably accompanied by
changes in fauna, allowing fully marine species to establish themselves further upstream in the estuary.

105
Chapter 4: Historical reconstruction of the arrival of the invasive species Ammonia confertitesta
(Foraminifera) in the Loire estuary.

Figure IV.7 : Evolution of the morphology of the study area between the 19th and 21st centuries. The representations are based on
maps from a) 1820-1866; b) 1950; c) current map (source: IGN). The towns are indicated by a red square, the study sites by a black
star and the orange dots indicate former lighthouses which serve as geographical references.

4.3. Limitations of the age model

Our age estimates are based on a combination of sedimentation rates determined from 210Pbxs profiles (for the
upper 35 cm of each of the two sites) and six radiocarbon dates, half of which were considered unreliable.
For core PV2, the three radiocarbon dates considered reliable give ages greater than those determined by
extrapolation of the 210Pbxs data, although of the same order of magnitude. In core PV2, this allows us to give

106
Chapter 4: Historical reconstruction of the arrival of the invasive species Ammonia confertitesta
(Foraminifera) in the Loire estuary.

a range for the probable age of each level (Figure IV.4). For core PV1, for which no reliable radiocarbon
dates are available, our age estimates are necessarily based only on the 210Pbxs profiles in the upper 35 cm.
210
Few studies based on the dating of recent Pb sediments have been carried out in estuarine environments
(Andersen, 2017). This is because these environments are very dynamic and the sedimentary deposits are
often heavily reworked. In addition, mudflats often exhibit strong bioturbation activity which can cause non-
linearities in the record (Benninger et al., 1979). It is therefore difficult to obtain continuous sediment
records in such environments. Ways to prevent these difficulties are detailed in Andersen, 2017. Briefly,
certain conditions must be considered: fine grain size and limited bioturbation. In our case, the upper 40 cm
of the cores show fine grain size with sediments consisting of more than 50% silt. Analysis of the Durand
2017 X-ray images reveals traces of limited bioturbation.

All our age estimates for the deeper parts of the cores are largely based on extrapolation of the sedimentation
rates obtained for the upper 35 cm. Given the morphological and sedimentary changes that have taken place
over the last two centuries at the study site, the rate of sediment accumulation is likely to have varied
substantially over time, potentially leading to significant over- or underestimates of the true age of the
sediment. Sedimentary gaps, caused by erosive events, would lead to significant underestimations of the age
of deeper levels. However, HD photographs and rX images from Durand, 2017 do not show significant
erosive contacts in the study area (Figure iv-3, Durand, 2017). Despite this, we cannot completely eliminate
the presence of sedimentary gaps, leading to an underestimation of the age of the deeper environments.

In general, it can be expected that on the lower part of the mudflat, where the hydrodynamic energy is still
high (at least temporarily during flooding, as shown by the periodic deposition of the facies Fd sand layer,
see Figure IV.2), the rate of sedimentation is lower than at the top of the mudflat, where the hydrodynamic
energy is less important. This difference is corroborated by the sedimentation rates obtained for the upper 35
cm of our two cores, 0.7 cm/year for core PV1, at the top of the mudflat, and 0.3 cm/year for core PV2, 0.9
m lower down the mudflat.

As the depositional environment at our two sites has become progressively shallower over time (in both
cores there is an evolution from a 'low mudflat' environment to an 'intermediate/upper mudflat' environment),
an increase in sedimentation rate over time can be expected. The sedimentation rates obtained for the upper
35 cm of both cores should therefore correspond to a maximum rate. If sedimentation rates have been lower
in the past, as might be expected, this would mean that our age estimates for the deeper levels are
underestimated.

In summary, the age model of this study does have several limitations: (1) bioturbation activity in the upper
part of the core, (2) a sedimentation rate that may have increased during core deposition, (3) potential erosive
episodes, (4) several inconsistent 14C measurements attributed to contamination. Thus, the age model in this
study must be taken with great caution. However, limitations (2) and (3) would lead to an underestimation of

107
Chapter 4: Historical reconstruction of the arrival of the invasive species Ammonia confertitesta
(Foraminifera) in the Loire estuary.

the age of the deeper core levels. Our age estimates should therefore correspond to the minimum age of the
levels studied.

4.4. Temporal evolution of Ammonia aberdoveyensis and Ammonia

confertitesta in the Brillantes mudflat
Currently, the living foraminiferal community of the Loire mudflats are mainly composed of three taxa:
Ammonia spp., Haynesina germanica and Cribroelphidium excavatum (called Elphidium selseyense in this
thesis) (Mojtahid et al., 2016). Of these three species, Ammonia spp. largely dominated the communities
(83% for our station PV1 and 84% for our station PV2) in the >150µm fraction in surface sediment. In view
of recent taxonomic advances, these Ammonia spp. individuals were re-identified and it appears that in the
formerly identified A. tepida, A. confertitesta was largely dominant (>95% of Ammonia spp.) accompanied
by a few specimens of A. veneta (Richirt, personal communication). No specimens of A. aberdoveyensis
were identified. Since then, Thibault de Chanvalon et al., 2022 have confirmed that A. confertitesta is the
predominant Ammonia species in the Brillantes mudflat today. These data therefore provide information on
the current conditions of the mudflat: A. confertitesta is the dominant foraminifera species, with highly
variable densities and A. aberdoveyensis is not observed.

In our samples, the contribution of Ammonia spp. to the total assemblage was lower than in the surface
samples of Mojthahid et al. (2016). However, this contribution increased towards the top of the core (~70%
for PV1 and ~40% for PV2). Regarding the specific analysis of Ammonia spp. several trends could be
observed in both cores. Firstly, both cores show an arrival of A. confertitesta, which was not observed in the
deeper levels. Secondly, there is a progressive decrease in the proportion of A. aberdoveyensis, until they
disappear in the levels closer to the surface. This decrease is accompanied by a progressive and proportional
increase of A. confertitesta. In both cores, the first observations of A. confertitesta are from sediments with
age estimates of at least several centuries.

However, the estimated dates of the first observations of A. confertitesta show substantial differences
between the two cores. In core PV1, the first A. confertitesta was observed in the 248-249 cm level, with an
estimated minimum age of 300-350 years. In core PV2, it is in the 155.5-156.5 cm level, with a minimum
age estimated to be 600-900 years. In addition, the disappearance period of A. aberdoveyensis individuals,
which is much more recent (and therefore with a potentially lower age estimation error), differs between the
two cores: it is dated at about 125 years in PV1 against 40 years in PV2.

The most likely explanation for these differences is given by the reliability limitations of the age model,
which tends to underestimate the age of lower levels in the core, apparently differently for the two cores.

However, the spatial difference between these two cores could also play a role in explaining these
differences. Indeed, these two cores are located 350 m apart along a transect on the mudflat. Core PV2 is

108
Chapter 4: Historical reconstruction of the arrival of the invasive species Ammonia confertitesta
(Foraminifera) in the Loire estuary.

located 0.9 m lower on the mudflat than PV1 (estimated current elevations 3.2m and 4.1m respectively, see
Figure IV.1). Organisms at the PV1 core site are presently subjected to a longer emersion time than those at
PV2. Several studies have suggested that this factor is important in the distribution of foraminifera (e.g.,
Francescangeli et al., 2017; Fouet et al., 2022; Jorissen et al., 2022). In a study of different Ammonia species
in surface sediments of estuarine mudflats in the same geographical area (French Atlantic coast) it was
indeed observed a slight preference of A. veneta and A. aberdoveyensis for the lowest part of the mudflat
(chapter 3). It is conceivable that the top of the mudflat is more favourable to A. confertitesta, while the
bottom of the mudflat could be more favourable to A. aberdoveyensis. It therefore appears that the ecological
preferences of the species could partially explain the chronological differences observed between the two
cores. This hypothesis is illustrated in Figure IV.8. The diagram shows the state of the mudflat before and
after fattening (explained in section 4.2.). During this change, core PV1 changes from a low mudflat
environment to a high mudflat environment and core PV2 changes from a subtidal environment to a low
mudflat environment. Thus, the optimal area for A. aberdoveyensis would be concentrated on core PV1
before the mudflat is fattened, and then on PV2. This would explain a later arrival of A. confertitesta and a
later disappearance of A. aberdoveyensis in core PV2, lower on the mudflat.

Figure IV.8 : Diagram explaining the change in position of stations PV1 and PV2 in relation to the optimal zone of Ammonia
aberdoveyensis before (left side) and after (right side) the growth of the mudflat.

4.5. Hypotheses concerning the introduction of Ammonia confertitesta in the

Loire estuary
A. aberdoveyensis has a restricted range in the North Atlantic (Hayward et al., 2021) and is considered
indigenous to Europe. In contrast, many authors have suggested that A. confertitesta may be an invasive alien
species introduced to European coasts from the East Asian coasts (Pawlowski & Holzmann, 2007; Schweizer
et al., 2011; Bird et al., 2020; Richirt et al., 2021). This assumption is based on the distance between its two
major ranges (Figure IV.9) and the fact that it has recently been observed in places where it was absent from
past surveys (e.g. Baltic Sea (Schweizer et al., 2011); Grevelingenmeer (Richirt et al., 2022)).

109
Chapter 4: Historical reconstruction of the arrival of the invasive species Ammonia confertitesta
(Foraminifera) in the Loire estuary.

Figure IV.9 : Geographical distribution of Ammonia confertitesta based on sequenced specimens and images analysed by Hayward
et al., 2021. Map from Hayward et al. 2021.

Several hypotheses concerning the vectors and the time of introduction have been proposed.

Massive imports of Japanese oysters between the 1960s and 1980s represent a potential introduction vector
for A. confertitesta as it has been the case for many species (Wolff & Reise, 2002). However, the absence of
A. confertitesta in estuaries where oyster farming is massively established (e.g., Auray (Richirt 2020; chapter
3)) has already raised some doubts about this hypothesis.

On the other hand, ballast water could represent a potential vector for the introduction of these species.
Indeed, Richirt et al, 2021 showed that in areas near large harbours (e.g. Bristol, Immingham, Le Havre,
Liverpool, London, Milford Haven, Rotterdam), A. confertitesta is dominant compared to the other two
Ammonia spp.

Most authors supposed that A. confertitesta may has arrived in Europe in the 20th century (Pawlowski &
Holzmann, 2007; Schweizer et al., 2011; Richirt et al., 2021, 2022). The results of the present study disagree
with this hypothesis. Despite an imperfect age model, it appears that the arrival of A. confertitesta in the
Loire Estuary dates back several centuries. As detailed above, sedimentary processes may have led to an
underestimation of the age, while a major overestimation seems very unlikely. The proposed date of
introduction is therefore a minimum estimate of the arrival of A. confertitesta in this mudflat.

Despite the number of exotic species invasions has increased in recent decades, introductions of alien species
have already taken place in more distant past. For example, the bivalve Mya arenaria is thought to have been
introduced from America to Europe several centuries ago by shipping. Authors date its introduction between
the 13th and 17th centuries (Petersen et al., 1992; Daniel et al., 2019)

Although at that time ships were ballasted with stones instead of water, organisms could have been
transported by fouling. Indeed, in a historical reconstruction of a 16th century ship, Carlton & Hodder, 1995
showed that species present in the natural fouling of the hull could be transported and survive several days at
high sea without significant loss of abundance or diversity.

110
Chapter 4: Historical reconstruction of the arrival of the invasive species Ammonia confertitesta
(Foraminifera) in the Loire estuary.

It therefore appears that the species A. confertitesta was introduced into Europe well before the 20th century.
Its introduction into the Loire estuary dates back at least to the 18th century. At that time the most likely
vector of introduction was shipping. A. confertitesta could therefore have been introduced into the Loire
estuary via the increase of trade with China and India from the 16th and 17th centuries.

However, if this species has indeed been present for several centuries on the European coasts, it is surprising
that A. confertitesta is not yet dominant in all estuaries of these coasts. It is also surprising that the
replacement of A. aberdoveyensis by A. confertitesta in the Loire, as observed in our results, has taken place
over a prolonged period. Here we will present several hypotheses to explain these observations.

1) The establishment of A. confertitesta would depend on decadal hydrosedimentary events.

Previously, we have shown that although A. confertitesta has been genetically detected in seven estuaries of
the Atlantic coast, this species is only present, or even dominant, morphologically in a few sites (chapter 3).
We hypothesised that the presence of propagules or juveniles is not the only condition for the definitive
establishment of A. confertitesta, but that this species depends on important hydrosedimentary events that
would eradicate the community in place (e.g. decadal floods) allowing the exotic species to supplant the
autochthonous Ammonia species and to colonise the environment. As these events were punctual, the
replacement of the native species by the invasive one occurred erratically over a long period.

2) Principle of competitive exclusion.

In chapter 3 we showed that A. aberdoveyensis and A. confertitesta have very similar ecological niches.
However, the "principle of competitive exclusion", proposed by Gause (1934), states that two species with
similar ecological niches cannot coexist indefinitely (Holt, 2017; Kneitel, 2019). Examples of species
replacement show that the time scales of replacement are highly variable. An example in crabs shows that
the invasive species Hemigrapsus sanguineus replaced the previous invasive species Carcinus maenas very
quickly in some areas (2-3 years), whereas this replacement was much longer in environments where refuge
areas were available (Griffen et al., 2011). In foraminifera, the species Trochammina hadai has shown a
relatively rapid colonisation of San Francisco Bay (~20 years), and has caused the decline of the species
Elphidium excavatum in this area (McGann et al., 2000). In contrast, the replacement process can take much
longer and require many generations, resulting in a state of "transient coexistence" (Holt, 2001). In the case
of A. aberdoveyensis and A. confertitesta living on mudflats, it is very likely that these two species occupy
very similar ecological niches, but estuaries are areas of high productivity (Day et al., 2012), so their
resources are not limited. There is therefore little competition between these two species, leading to a very
gradual replacement.

3) Replacement may have been favoured by changes in environmental conditions due to human
activities.

111
Chapter 4: Historical reconstruction of the arrival of the invasive species Ammonia confertitesta
(Foraminifera) in the Loire estuary.

Finally, a last hypothesis could be linked to the morphological changes in the Loire estuary over the last two
centuries. These changes have led to an increase in tidal influence (dynamic and saline) in the estuary. These
changes in salinity and currents could potentially have caused changes in the foraminiferal community that
would have favoured the increase of A. confertitesta or the disappearance of A. aberdoveyensis.
Subsequently, the intensification of marine currents could have favoured the spread of A. confertitesta
outside the estuary.

5. Conclusion
The study of Ammonia specimens from two long cores taken from the Brillantes mudflat showed that the
deepest samples contained only A. aberdoveyensis. This was followed by a phase where both species were
present. Finally, in the surface samples only A. confertitesta was present. Age models show that the arrival of
A. confertitesta in the mudflat dates back several centuries and probably took place in the 17th-18th
centuries. At that time, the most likely vector of introduction was shipping. Future investigations on
historical reconstructions would allow a better dating of the introduction of this invasive species across
Europe. As a first step, a re-investigation of Ammonia specimens from already published historical
reconstructions (e.g., (Cearreta et al., 2000, 2002, 2013; Francescangeli et al., 2016, 2018; Daniel et al.,
2019)) would strengthen this hypothesis.

The results show that both species of Ammonia have cohabited on the same station for several centuries.
Biological factors (competitive exclusion principle), natural environmental factors (repetition of decadal
flood events) or perhaps anthropogenic factors (significant hydro-morphological modifications) may have
eventually caused the decline of A. aberdoveyensis in the studied mudflat. These observations could help to
better understand the mechanisms and speed of colonisation of this species, as well as the response of native
species to the invasion of an exotic species.

112
Chapter 4: Historical reconstruction of the arrival of the invasive species Ammonia confertitesta
(Foraminifera) in the Loire estuary.

113
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique
française

Chapitre 5

Répartition des foraminifères dans les

vasières de neuf estuaires de la façade
atlantique française

Marie P. A. Fouet*1, Magali Schweizer1, David Singer1, Katalin Baldi2, Alexandra Coynel3, Aurélia Mouret1,
Frans J. Jorissen1.

1
UMR CNRS 6112 LPG-BIAF, Laboratory of Planetology and Geosciences, Angers University and Nantes
Université, 2 Boulevard Lavoisier, 49045 Angers, France

2
3
University of Bordeaux, UMR CNRS 5805 EPOC, 33615 Pessac, France

* Correspondence author: [Link]@[Link]

114
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

Résumé
Cette étude se focalise sur la répartition des foraminifères de neuf estuaires situés sur la côte
atlantique française (du nord vers le sud : Elorn, Aulne, Odet, Belon, Laïta, Crac’h, Auray, Vilaine et Vie) et
sa relation avec différents paramètres environnementaux. Les paramètres environnementaux mesurés sont la
granulométrie, la matière organique et les éléments traces métalliques ainsi que l’indice d’influence marine
(MII). Cet indice estime la part d’influence des eaux marines par rapport aux eaux fluviales. Il intègre
plusieurs paramètres liés à l’intrusion d’eau marine dans les estuaires, notamment la salinité, mais aussi
l’apport de nutriments d’origine marine et l’hydrodynamisme. Les résultats des analyses des éléments traces
métalliques et de la matière organique montrent qu’à l’exception de l’Aulne, les estuaires étudiés ne sont pas
soumis à des enrichissements majeurs d’origine anthropique. L’estuaire de l’Aulne présente des
concentrations élevées en plomb dans le sédiment, mais les communautés de foraminifères ne semblent pas
perturbées par cet enrichissement. Les résultats montrent que la diversité spécifique est corrélée avec la
granulométrie et le MII. En outre, plusieurs taxa individuels montrent une corrélation positive (Elphidium
margaritaceum, Elphidium selseyense, Quinqueloculina oblonga, Quinqueloculina jugosa) ou négative
(Ammotium salsum et Miliammina fusca) avec le MII. Ces résultats suggèrent que le MII permet de savoir si
la répartition des foraminifères est en accord avec les paramètres naturels caractérisant les vasières
estuariennes. Dans le cas contraire, une déviation des communautés pourrait être une réponse à une pollution
anthropique.

115
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

1. Introduction
Les estuaires sont des zones de transition entre le milieu marin et fluvial. Malgré des contraintes
environnementales importantes (p. ex. de fortes variations de salinité dues au cycle des marées et aux crues
du fleuve), la productivité élevée de ces écosystèmes en font des lieux d’installation privilégiés pour
beaucoup d’organismes (McLusky & Elliott, 2004). Les estuaires représentent aussi des zones clefs dans le
cycle de vie de certaines espèces migratrices (p. ex., poissons (Ray, 2005), oiseaux (Hill et al., 1993)). Mais
depuis des temps millénaires, les estuaires représentent aussi des lieux de vie stratégiques pour l’homme
(Bell & Neumann, 1997; López-Romero et al., 2021). Cette interface entre le milieu marin et fluvial
représente un atout majeur pour le commerce, et la forte productivité en ressources halieutiques de ces zones
a incité les hommes à s’implanter massivement le long des zones estuariennes (Ducrotoy & Dauvin, 2008).
Villes, ports, chenaux, canaux, digues, infrastructures industrielles, barrages, champs, ont fleuri le long des
berges pour répondre à des besoins commerciaux, urbains, agricoles ou halieutiques. Ces aménagements ont
non seulement modifié l’hydrologie des estuaires, mais les activités liées à ces structures sont aussi devenues
des sources de pollutions chimiques ou biologiques (Kennish, 2002; Ducrotoy, 2010).

Dans ce contexte, le biomonitoring est devenu un enjeu primordial pour la bonne gestion des zones
estuariennes. En Europe, la directive cadre sur l’eau (DCE) demande à ses états membres de surveiller, et si
besoin, de restaurer la qualité écologique de toutes les masses d’eau situées sur leurs territoires (Council of
the European Communities, 2000). Pour cette raison, les chercheurs sont encouragés à développer des
indicateurs afin d’évaluer l’état écologique des masses d’eau. Depuis une vingtaine d’années, de nombreux
outils ont été développés. Plusieurs indicateurs reposent sur la détection et la quantification de certains
polluants (métaux lourds, HAP, TBT) (Borja et al., 2009b; Dafforn et al., 2012). D’autres reposent sur les
organismes vivant dans ces milieux, qui reflèteraient l’ensemble des perturbations occasionnées dans ce
milieu. Plusieurs groupes d’organismes sont utilisés pour la bio-indication (p. ex., poissons, macro-algues,
macrofaune), chaque groupe présentant des avantages spécifiques pour évaluer au mieux l’état de la masse
d’eau (Diaz et al., 2004). Parmi ces organismes, l’embranchement des foraminifères (Eucaryota, Rhizaria)
sont de plus et plus utilisés pour le biomonitoring des zones côtières car ils présentent plusieurs avantages:

1) Ces organismes sont sédentaires, leur mobilité limitée les empêche d’éviter les perturbations. Ils
permettent de donner une illustration fiable des conditions environnementales du site où ils se sont
développés.
2) Ils ont un cycle de vie court (3 mois à 2 ans). La communauté réagit donc rapidement aux
changements environnementaux (Murray, 2006; Albani et al., 2007).
3) Ils vivent dans presque toutes les eaux marines et les eaux de transition du globe, permettant
d’utiliser ces indicateurs dans toutes les régions (Murray, 2006).

116
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

4) Les foraminifères à test fossilisent dans le sédiment, créant ainsi des archives historiques pouvant
fournir des informations concernant les conditions de référence, présentes avant les impacts
anthropiques (Alve et al., 2009; Dolven et al., 2013).
Cependant, le biomonitoring des écosystèmes estuariens présente une difficulté majeure, qui s’applique à
tous les organismes vivants dans ces milieux : le « paradoxe estuarien ». Ce phénomène a déjà été détaillé
dans le chapitre précédent, ainsi que par de nombreux auteurs (Dauvin, 2007; Elliott & Quintino, 2007;
Elliott & Whitfield, 2011; Tweedley et al., 2015). Pour résumer, dans les milieux estuariens, les variations
naturelles d’une multitude de paramètres entraînent des stress naturels agissant sur les organismes. Par
conséquent, la diversité spécifique de ces milieux est limitée et inclut surtout les espèces dites « tolérantes »,
capables de s’adapter à ces conditions adverses. La difficulté dans les estuaires de séparer les stress
anthropiques et naturels, a été appelée « Estuarine Quality Paradox » (Dauvin, 2007; Elliott & Quintino,
2007). Ce terme reflète donc la contradiction entre un bon état écologique du milieu et une mauvaise
évaluation résultant de l’étude des bio-indicateurs. En effet, puisque la communauté estuarienne est adaptée à
des stress naturels dus aux fortes variabilités spatiales et temporelles, cette communauté estuarienne présente
des similitudes avec les communautés trouvées dans les écosystèmes marins côtiers fortement pollués. Ces
caractéristiques des communautés estuariennes mènent systématiquement à une mauvaise évaluation de la
qualité environnementale, même dans des milieux peu anthropisés. La conséquence du paradoxe estuarien
est qu’il est très difficile de détecter les stress dus aux pressions anthropiques sur la base des communautés
benthiques estuariennes.

Afin de pallier à cette difficulté, il est indispensable de bien connaître la répartition naturelle des organismes
en milieu estuarien, et de comprendre comment cette réparation est façonnée par les paramètres naturels du
milieu. C’est seulement si cette compréhension est acquise qu’il sera possible de détecter une déviation à
cette répartition naturelle, qui pourrait être liée à des impacts anthropiques. Récemment, Jorissen et al., 2022
ont proposé un Indice d’Influence Marine (MII), visant à quantifier la part d’influence marine par rapport à
l’influence fluviale. Cet indice, qui inclut la distance à la mer, le temps d’émergence et le débit de la
décharge fluviatile (au moment de l’échantillonnage et par rapport à la taille de l’estuaire au site
échantillonné), de non seulement décrire la variabilité spatiale et temporelle de la salinité, mais aussi
l’équilibre entre d’autres paramètres et processus d’origine marine et/ou continentale, tels que les sels
nutritifs, la matière organique, l’apport sédimentaire ou l’hydrodynamisme. L’objectif de cet indice est
d’avoir une seule métrique qui caractérise les conditions naturelles du milieu estuarien. La comparaison entre
le MII et la répartition observée des organismes devrait ensuite permettre de conclure si cette répartition est
plutôt naturelle, ou affecté par une pollution anthropique.

Plusieurs études se sont penchées sur la répartition des foraminifères en milieu estuarien, mais souvent sur
des jeux de données focalisés sur un nombre assez restreint d’estuaires et de stations ([Link]., Debenay et al.,
2000 : deux estuaires ; Francescangeli et al., 2020 : cinq estuaires regroupant 16 stations ; Fouet et al., 2022 :

117
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

deux estuaires regroupant 27 stations). La présente étude comprend 90 stations provenant de neuf estuaires
situés sur la façade atlantique française. Pour chaque station, des mesures de matière organique et de métaux
lourds ont été effectuées afin de caractériser le degré de pollution. Ceci permettra de vérifier si les
assemblages observés montrent une répartition naturelle, ou sont potentiellement affectés par un stress
anthropique superposé. Pour déterminer s’il y a une déviation de la répartition observée par rapport à la
répartition naturelle, nous utiliserons entre autres le MII (Indice d’Influence Marine). Dans une première
étude (Fouet et al., 2022 ; chapitre 2) cet indice a été testé sur un jeu de données restreint (27 stations)
provenant de deux estuaires relativement peu affectés par les activités anthropiques. Dans cette étude, le MII
a montré des corrélations avec plusieurs paramètres biotiques. Nous avions donc fait l’hypothèse qu’un écart
de la répartition naturelle des foraminifères pourrait être repéré, par une déviation d’un ou plusieurs
paramètres faunistiques par rapport à la relation établi de ces paramètres avec la MII.

Ainsi, le premier objectif de cette étude est de décrire la répartition des foraminifères dans les neuf estuaires
étudiés, et d’établir à quel degré cette répartition peut être expliquée par les données environnementales
naturelles. Ensuite, nous rechercherons s’il y a des sites avec des enrichissements d’origine anthropique de
métaux et de matière organique, et si les communautés de foraminifères de ces sites sont affectées par ces
pollutions. Pour déceler des anomalies de répartition dues à la pollution, le MII sera utilisé. Le deuxième
objectif est donc de tester cet indice et d’évaluer son efficacité à relever des anomalies de répartition en
l’appliquant à un plus grand nombre de stations que dans la première étude. Le but final est de développer
une méthode qui permette de relever les anomalies de distribution dues à des pollutions anthropiques, et si
possible, de développer un indice de bio-indication capable de reconnaître des impacts anthropiques.

2. Matériel et méthodes
2.1. Zone d’étude
L’étude se concentre sur neuf estuaires situés dans une zone géographique restreinte (Figure V.1), au nord-
ouest de la façade atlantique française. Le choix d’une zone géographique restreinte est motivé par la
nécessité de limiter les variations environnementales liées à la distribution géographique. Ainsi, les neufs
estuaires de cette étude sont soumis à un régime méso-macrotidal (marnage ~ 4 - 6 m) et un climat
relativement similaire (océanique tempéré).

118
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

Figure V.1 : Localisation des sites d’étude

1
Tableau V.1: Caractéristiques générales des neuf estuaires étudiés. Les valeurs marquées d’un proviennent de l’ Office français de
la biodiversité et celles marquées d’un 2 de la Banque Hydro.
Estuaire Elorn Aulne Odet Belon Laïta Crac’h Auray Vilaine Vie
Nombre de stations
5 3 4 9 3 4 15 15 6 14 12
échantillonnées
Campagne 10/ 10/ 10/ 5/ 10/ 10/ 7/ 9/ 5/ 10/ 6/
d’échantillonnage 2020 2020 2020 2019 2020 2020 2019 2020 2019 2018 2020
Estuaire de
Estuaire plaine fermé par
Type d’estuaire Ria Ria Ria Ria Ria Ria Ria
de plaine une barre
sableuse
1
Limite de 28.8 6.8 6.5
15 km 20 km 13 km 19.8 km 12 km 8.25 km
pénétration saline km km km
1
Superficie du 385 1797 715 95 88.5 64 10536
324 km² 751 km²
bassin versant km² km² km² km² km² km² km²
1
Largeur de 1460 1000 1800 1016
570 m 950 m 4400 m 200 m
l’embouchure m m m m
2 54 330 76 810
Débit de crue - - - 31 m3/sec 20 – 25 m3/sec
m3/sec m3/sec m3/sec m3/sec
2 1.1 1.5 0.79 5.50
Débit d’étiage - - - 0.18 m3/sec 0.01 m3/sec
m3/sec m3/sec m3/sec m3/sec
2
Débit moyen 5.6 25.0 7.5 74.0
- - - 2.7 m3/sec 1.2 m3/sec
annuel m3/sec m3/sec m3/sec m3/sec

2.2. Echantillonnage
Pour chaque station, un à trois réplicats ont été échantillonnés à marée basse. Selon la taille de la vasière, à
chaque site, une ou plusieurs stations ont été échantillonnées sur un transect perpendiculaire au chenal
principal. La lettre A correspond à une station située en haut de la vasière, B et C à des stations situées au
milieu ou en bas de la vasière. Le premier centimètre de sédiment a été récolté à l’aide d’un carottier de

119
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

96mm de diamètre interne. Les échantillons ont été préservés dans de l’éthanol à 96% et colorés avec 2g/L
de Rose Bengal. De plus, des échantillons de sédiment de surface ont été récoltés pour analyser la
granulométrie, les éléments trace métalliques et la matière organique. Pour chacune des stations, l’élévation a
été mesurée à l’aide d’un théodolite. Les mesures de l’élévation sont expliquées en détail dans le chapitre 2.

2.3. Analyses en laboratoire

Les échantillons destinés à l’analyse des foraminifères ont été lavés sur des tamis de 125µm. Quand
cela était nécessaire, des séparations par densité ont été utilisées pour enlever le surplus de débris organiques
(utilisation du Ludox (Burgess, 2001; Somerfield & Warwick, 2013)) ou le sable (utilisation du Sodium
PolyTungstate (Parent et al., 2018)). Les échantillons avec une forte densité de foraminifères ont été divisés
en aliquots en utilisant un splitter humide (Charrieau et al., 2018). Un ou plusieurs de ces aliquots ont été
analysés entièrement jusqu’à obtenir 300 individus. Les échantillons ont été analysés avec une loupe
binoculaire Leica MZ16. L’analyse sous loupe binoculaire permet de distinguer la grande majorité des
espèces, à une exception importante près : les différentes espèces du genre Ammonia. En effet, il a été
découvert récemment que l’ espèce morphologique Ammonia tepida est composée de trois espèces distinctes
génétiquement (Hayward et al., 2004) et morphologiquement (Richirt et al., 2019) : Ammonia veneta, A.
aberdoveyensis et A. confertitesta. Dans les estuaires étudiés, ces trois espèces sont présentes. Avec un
stéréomicroscope, il est possible de distinguer A. aberdoveyensis de A. veneta et A. confertitesta pour des
exemplaires adultes (Pavard et al., 2021). En revanche, la distinction entre ces deux dernières espèces n’est
réalisable que dans le cas de spécimens suffisamment représentatifs (individus relativement gros, ne
présentant pas de déformation) ; pour les individus petits ou déformés, cette distinction se révèle impossible.
Pour cette raison, nous nous réfèrerons au taxon Ammonia spp. dans ce chapitre. Une investigation plus
détaillée de la répartition de ces trois espèces, utilisant des analyses moléculaires ainsi que des images MEB
est présentée dans le chapitre 3.

La granulométrie a été mesurée à l’aide d’un granulomètre à diffraction laser Malvern 3000 Mastersizer sur
du sédiment non décarbonaté afin de caractériser les pourcentages d’argile (0-4 µm), de silt (>4-62.5 µm) et
de sable (>62.5 µm).

Les concentrations des éléments traces métalliques ont été mesurées à l’aide d’un spectromètre de masse à
plasma à couplage inductif (Thermo Scientific® X-Series 2 ICP-MS) sur du sédiment lyophilisé après l’ajout
d’acide (HCl, HNO3- et HF) en suivant la méthodologie proposée par Coynel et al., 2010. En tout, 16
éléments chimiques ont été mesurés : Ag, As, Ba, Cd, Co, Cr, Cu, Mo, Ni, Pb, Sb, Sn, Th, V, U, Zn. Leurs
concentrations sont exprimées en mg/kg.

Afin de quantifier l’apport anthropique en métaux dans les sédiments, les facteurs d’enrichissement (EF) ont
été calculés en suivant la méthode proposée par Larrose et al. (2010). Ces calculs sont détaillés dans le

120
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

chapitre 2. En résumé, dans un premier temps les concentrations des métaux traces sont normalisées par un
élément conservatif, afin de corriger pour l’effet de la taille des grains de sédiment. A cette fin, le Th a été
choisi, car cet élément a déjà été utilisé pour l’étude de sédiments estuariens (Larrose et al., 2010). Ensuite,
l’EF est obtenu en divisant la concentration en élément trace métallique (normalisée par le Th) par la
concentration trouvée dans un sédiment de référence non pollué, représentatif du fond géochimique régional.
La formule est la suivante :
𝑋
𝑜𝑏𝑠
𝐸𝐹 = 𝑇ℎ
𝑋
𝑟𝑒𝑓
𝑇ℎ
Le sédiment de référence provient d’une longue carotte échantillonnée dans la partie ouest du Golfe du
Morbihan. Ce sédiment est daté d'il y a environ 5000 ans. Des valeurs supérieures à 5 correspondent à des
enrichissements forts, des valeurs comprises entre 3 et 5 à des enrichissements modérés et des valeurs
comprises entre 1,5 et 3 correspondent à des enrichissements mineurs.

Les teneurs en carbone organique total (TOC), en azote total (TN) et la composition isotopique du carbone
(δ13C) ont été mesurées sur des sédiments décarbonatés et lyophilisés à l’aide d’un analyseur élémentaire
(EA Vario PYRO cube ; Elementar®) couplé à un spectromètre de masse à rapport isotopique (IRMS ;
Isoprime precision, Elementar®). Avant l'analyse EA-IRMS, 300 mg de sédiments séchés ont été
décarbonatés avec de l'acide phosphorique pour éliminer le carbone inorganique (H3PO4, concentration 2
M). Après décarbonatation, les échantillons ont été lyophilisés et broyés. Trois milligrammes d'échantillon
ont été pesés dans des capsules d'étain. De plus amples explications concernant la correction des valeurs
brutes sont données dans le chapitre 2.

2.4. Analyses statistiques

L’indice d’influence marine a été calculé pour chacune des stations en suivant la formule suivante :

𝑥 0.04 ∗ 𝑅𝐷
𝑀𝐼𝐼 = (1 − ) ∗ (1 − 𝐸𝑇) ∗ (1 − √ )
𝑠 𝐶𝑆

Des explications approfondies du calcul du MII sont données dans Jorissen et al., 2022 et Fouet et al., 2022
(chapitre 2). Pour résumer, le premier terme de l'équation est la distance à la mer normalisée, dans laquelle x
est la distance du site d'échantillonnage jusqu’à l'embouchure de l'estuaire (mesurée en suivant le talweg)
divisée par s, la longueur de l'intrusion saline. Le second terme est la durée d'émergence de la station à marée
basse (ET). Le troisième terme considère le débit de la rivière (RD) dans les 30 jours avant l'échantillonnage,
divisé par la section transversale de l’estuaire au niveau de la station échantillonnée. Chacun de ces trois

121
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

termes est normalisé pour obtenir un score où la valeur maximale (1) correspond systématiquement à une
influence marine maximale.

Les indices de diversité (richesse spécifique et indice de Shannon) ont été calculés grâce au package vegan
(version 2.5-7) (Oksanen et al., 2020) du logiciel R (version 4.0.4) à partir des données brutes.

Deux analyses en composantes principales (ACP) ont été réalisées dans cette étude. La première est basée
sur les valeurs des teneurs en métaux normalisées, la deuxième sur les données d’abondance relative non
standardisées. Les variables environnementales normalisées ont été ajustées à posteriori à l’ordination à
l’aide de la fonction envfit du package vegan (version non contrainte, les paramètres environnementaux ne
contribuent pas à l'ordination).

Enfin, pour la grande majorité des tests de corrélation réalisés dans cette étude (à l’exception des Figures
V.28 et V.29 qui utilisent des tests de Pearson), la méthode de Spearman a été utilisée car elle permet
également de détecter des corrélations non linéaires. Pour les droites de régression, un modèle linéaire (" lm
") ou exponentiel a été utilisé selon la nature de la tendance observée.

3. Résultats
3.1. Paramètres abiotiques
3.1.1. Granulométrie
La majorité des stations (77 sur 90 stations) présentent une granulométrie fine, composée de 45 à
90% par des argiles et des silts (Figure V.2). Les 13 stations restantes présentent une granulométrie plus
grossière. Les stations Crac’h 1, Vie2018 1 et 2, Vie2020 2, Elorn 1 et Laïta 1 présentent un sédiment
essentiellement composé de sables fins (27 à 87%) et moyen (9 à 68%). La fraction fine (grains <63µm)
représente au maximum 17% du sédiment. Toutes ces stations sont situées à l’embouchure des estuaires. Les
stations Belon 3B et 4B présentent une granulométrie similaire, mais diffèrent par leur position, situées dans
la partie intermédiaire de l’estuaire. Enfin, les stations Laïta 2 et 3, Belon 1, 4A et 6A présentent une
granulométrie intermédiaire composée de 30 à 38% de silts et argiles. Les 77 stations restantes sont
caractérisées par un sédiment vaseux composé principalement de silts (de 40 à 76%). Les stations situées
dans l’estuaire de la Vilaine présentent les plus fortes teneurs en silt (71-76%).

122
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

Figure V.2 : Distribution des différentes classes granulométriques (argile 0-4µm ; silt : 4-62.5µm ; sables : >62.5µm) dans les
différentes stations.

3.1.2. Métaux traces

Pour chacune des stations, 15 métaux traces ont été mesurés (Tableau supplémentaire V.S1). Afin de
présenter les résultats de façon plus synthétique, une ACP a été réalisée sur la base des concentrations
normalisées (Figure V.3). Au vu de leurs eigenvalues, les deux premiers axes de l‘ACP sont significatifs ; ils
expliquent 68.2% de la variance totale (Tableau supplémentaire V.S3). L’ensemble des métaux sont situés
sur la partie positive de l’axe 1. Concernant l’axe 2, le Cd, Pb, Ag, Zn et Sb sont situées sur la partie positive
tandis que le Ba, Mo, Sn, Cu, U, Co, As, Ni, V, Cr sont situées sur la partie négative. Les 13 stations
caractérisées comme plus sableuses (Figure V.2) se situent ensemble sur la partie gauche de la figure. Cela
reflète une plus faible concentration en éléments traces métalliques à ces stations où la granulométrie est plus
grossière. Ensuite, les trois stations de l’estuaire de l’Aulne sortent du groupe principal et sont situées dans la
partie en haut à droite. En effet, ces stations présentaient des valeurs très élevées en plomb (Pb), cadmium
(Cd), argent (Ag) et zinc (Zn) par rapport aux autres stations (Tableau V.2). Dans une moindre mesure, les
stations Elorn 3A et 4 présentaient aussi des valeurs plus élevées pour ces trois métaux. La station Vilaine 3
est aussi positionnée du côté droit de l’ACP. Cette station présentait des valeurs élevées de cobalt (Co),
nickel (Ni) et zinc (Zn) (Tableau supplémentaire V.S1). Sur la Figure V.3, on remarque également que, sur
l’ACP, les stations des différents estuaires sont plutôt regroupées. Ainsi, cette analyse montre une forte
spécificité des différents estuaires et met en évidence l’importance du bruit de fond géochimique, dû à des
socles géologiques différents dans les bassins versant des fleuves s’écoulant dans les estuaires.

123
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

Figure V.3 : ACP réalisée à partir des mesures en métaux traces normalisées.

Le facteur d’enrichissement permet de mesurer le degré de contamination du sédiment par rapport au bruit de
fond géochimique régional (Larrose et al., 2010). L’intégralité des valeurs d’enrichissement est présentée
dans le Tableau supplémentaire V.S2. Six métaux pour lesquels un enrichissement conséquent (au-dessus de
l’enrichissement mineur) a été observé sont présentés dans la Figure V.4.

Les stations de l’estuaire de l’Aulne montraient des facteurs d’enrichissement élevés pour plusieurs métaux :
Ag, Cd, Pb et Zn. En effet, on peut observer un gradient d’enrichissement d’aval en amont. La station 3, en
amont, présentait un enrichissement fort en Cd et Pb et modéré en Ag et Zn. La station 2, au milieu de
l’estuaire, présentait un enrichissement fort en Pb, modéré en Cd et Zn et mineur en Ag. Enfin, la station 1, à
l’embouchure, présentait un enrichissement fort en Pb, modéré en Zn et mineur en Ag et Cd.

Plusieurs autres estuaires montraient des stations avec des facteurs d’enrichissement modérés à mineurs pour
l’Ag (Belon 4B ; Vie2018 9 ; Odet 4), le Cd (Elorn 3A, 3B, 4, Belon 4B, 6B, Laïta 2,3, Vilaine 3), le Co
(Belon 1, 4B, Laïta 3, Vilaine 3) et le Pb (Belon 4B, Crac’h 1). Dans certains cas (Belon 4B, 3B, Laïta 2, 3 et
Crac’h 1) il s’agit de stations à sédiment sableux, et les facteurs élevés semblent être des artefacts résultant
de la normalisation. Pour les autres stations, l’enrichissement pourrait refléter une véritable contamination
métallique.

124
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

Pour le Cu et le Zn, un grand nombre de stations montraient des facteurs d’enrichissement modérés à
mineurs. Puisque tous les estuaires sont concernés, il semble que les concentrations élevées soient plutôt
dues à des plus faibles concentrations de ces éléments dans la carotte de référence, prélevée dans le Golfe de
Morbihan. Néanmoins, pour les estuaires de Crac’h, Auray et Vie, on observe une forte variation au sein de
l’estuaire, avec quelques stations avec des facteurs d’enrichissement plus élevés. C’est notamment le cas
pour le Cu aux stations Auray2019 1A et Vie2018 6 et le Zn à la station Vilaine 3. Pour ces trois cas, il s’agit de
stations situées dans des zones portuaires.

Figure V.4 : Boite à moustaches indiquant les facteurs d’enrichissements pour les métaux montrant des dépassements. Pour les
estuaires où moins de cinq stations ont été échantillonnées, seules les valeurs sont représentées. Les numéros de stations sont
indiqués pour l’estuaire de l’Aulne où de forts enrichissements ont été détectés. Les facteurs d’enrichissements sont calculés avec la
méthode proposée par Larrose et al., 2010.

3.1.3. Matière organique

Les valeurs de TOC variaient de 0.1 à 3.6% (1.8% en moyenne) (Figure V.5 ; Tableau
supplémentaire V.S4). Les valeurs les plus élevées ont été trouvées dans l’estuaire du Belon (stations 5A et
5B), les valeurs les plus basses dans les estuaires de la Vie (stations 1 et 2) et de l’Elorn (station 1). La
Figure V.6 montre la distribution des valeurs des rapports C/N et δ13C pour chacune des stations. En arrière-
plan de la figure sont indiquées ces mêmes rapports pour les différentes sources de matière organique dans
les environnements côtiers, d'après Lamb et al., 2006. Cette figure montre que la plupart des stations forment
un groupe homogène avec le rapport C/N compris entre 5 et 11 et les valeurs du δ13C comprises entre -28‰
et -17‰. Au sein de ce groupe, les valeurs les plus élevées de δ13C (-17 à -24‰) correspondent à une
signature de carbone organique marin particulaire et d’algues marines. Les valeurs les plus basses (-24 à -
28‰) correspondent plutôt à la signature de carbone organique particulaire et d’algues d’eau douce. Le

125
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

gradient au sein de ce grand groupe traduit donc la transition de sites à dominance marine vers des sites à
dominance fluviatile. Une dizaine de stations se situent en dehors de ce groupe. Il s’agit des stations Vie2018
3, 4, 7C, 8A et Belon 4B, qui présentaient des valeurs de δ13C et de C/N bien plus élevées que le groupe
principal. Les stations Vie2020 4 et Vie2018 9 présentaient des valeurs de rapport C/N légèrement au-dessus de
celles du groupe principal. La station Vilaine 3 était la seule à présenter une valeur de δ13C très faible (-29‰)
et un rapport C/N faible (5.8). Ces valeurs peuvent s’expliquer par sa localisation dans la partie amont de
l’estuaire, au-delà qu’un barrage.

Figure V.5 : Boxplot indiquant les valeurs de TOC (%) dans les différents estuaires. Pour les estuaires où moins de cinq stations ont
été échantillonnées, seuls les valeurs sont représentées.

Figure V.6 : Distribution des valeurs des rapports C/N et δ13C pour chacune des stations. Les zones indiquées en arrière-plan
correspondent aux gammes de valeurs typiques pour les différentes sources de matière organique dans les environnements côtiers,
d'après Lamb et al., 2006.

126
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

3.1.4. Relation entre les paramètres environnementaux

La Figure V.7 et le Tableau V.2 illustrent les relations entre les différents paramètres
environnementaux mesurés dans cette étude. Dans ces figures, la distance à la mer, le temps d’émersion et la
décharge fluviatile sur la surface de la coupe transversale (RD/CS) ont été normalisés, de sorte que la valeur
maximale (1.0) corresponde à une influence marine maximale pour chaque paramètre. Sur la Figure V.7, la
distance normalisée montre une corrélation positive avec la décharge fluviatile normalisée (1-(RD/CS)). Ceci
s’explique par le fait que quand l’estuaire s’élargit vers l’aval, le facteur 1-(RD/CS) augmente. Ensuite, la
distance à la mer est fortement corrélée au δ13C, reflétant le mélange entre matières organiques marine et
continentale le long de l’estuaire. Finalement, il y a une faible corrélation entre la distance à la mer et le
%TOC, avec des valeurs de TOC plus élevées vers l’amont.

En outre, il y a de fortes corrélations entre la granulométrie (représentée par le pourcentage de grains

< 63 µm) et les paramètres organiques qui sont positives avec les pourcentages de TOC et TN et négative
avec le C/N. En effet, plus la station est caractérisée par un pourcentage de silt et d’argile élevé, plus la
quantité de TOC et d’azote est importante, et le rapport C/N faible. Dans les nuages de points illustrant ces
relations (Figure V.7), on observe systématiquement deux groupes : 1) une grande majorité de sites avec un
sédiment vaseux et 2) une minorité de sites avec un sédiment sablo-vaseux à sableux. Ces deux groupes
montrent différentes relations entre granulométrie et paramètres organiques.

Tableau V.2: Matrice de corrélation basée sur un test de Spearman entre les paramètres environnementaux (la distance à la mer
normalisée, la durée d’émergence normalisée, RD/CS normalisé, le pourcentage de silts et d’argiles, le pourcentage de TOC et TN,
le rapport C/N et le rapport δ13C) Les tests de corrélation sont basés sur l’ensemble des stations à l’exception des paramètres
annotés d’un « 1 » pour lesquels quelques stations ne présentent pas de données (voir Tableau supplémentaire V.S4). Les chiffres
indiquent le coefficient R, et les couleurs le niveau de significativité.

127
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

La Figure V.7 explore les différentes corrélations significatives décrites ci-dessous. La corrélation entre le
pourcentage de TOC et le pourcentage de grains inférieurs à 63µm (représentant les sédiments silteux et
argileux) est surtout due aux 13 stations à sédiment sableux, présentant une plus faible teneur en TOC. En
effet, quand on enlève ces 13 stations, la corrélation n’est plus significative. Quelques stations se situent en
dehors du quantile de régression (95%) et ne semblent pas suivre la tendance principale. Il s’agit des stations
Auray2020 8B, Belon 6B, 5B, 5A qui présentent des valeurs plus élevées de TOC. Ces stations sont toutes
situées dans la partie amont de l’estuaire à des endroits où l’hydrodynamisme a été transformé par des
constructions anthropiques (un pont à Auray, un barrage dans le Belon). Auparavant, Parent et al., (2021) ont
interprété de telles valeurs, particulièrement élevées, comme dues à un enrichissement anthropique en
matière organique.

Figure V.7 : Relations entre les différents paramètres environnementaux. Seules les relations discutées dans le texte sont présentées
ici. Les stations présentant un sédiment plus sableux sont entourées en vert. Les résultats des tests de corrélations sont basés sur des
tests de Spearman.

128
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

3.2. Les communautés de foraminifères

Les valeurs d’abondance par station sont variables et sont comprises entre 3 (Belon 5A) et 3000 ind/50cc
(Vilaine 1A) avec une médiane de 500 ind/50cc (Figure V.7A, Tableau supplémentaire V.5). Les plus fortes
valeurs ont été trouvées dans les estuaires de la Vilaine et d’Auray. La richesse spécifique par station est
comprise entre 2 (Belon 5A) et 13 (Vie2018 3) avec une médiane de 9 (Figure V.7B). Les plus fortes valeurs
ont été observées dans l’estuaire d’Auray et les valeurs les plus faibles dans la Vilaine, le Belon et l’Aulne.
Cependant, il faut noter que la différence d’effort d’échantillonnage influe probablement les maxima de
diversité observés (p. ex. 3 échantillons étudiés chacun pour l’Aulne et la Laïta contre 90 pour Auray). Les
valeurs d’indices de diversité de Shannon sont relativement faibles, elles sont comprises entre 0.63 (Belon
5A) et 1.84 (Auray2019 1C) avec une médiane de 1.17 (Figure V.7C).

Figure V.8 : Distribution des valeurs d’abondance (A), de richesse spécifique (B) et d’indices de Shannon (C). Des boxplots sont
utilisés pour les estuaires comportant plus de cinq stations. La ligne grise représente la valeur médiane pour l’ensemble des stations.

Le jeu de données contient au total 43 taxons (dans la fraction >125µm) dont 23 représentent plus de
2.5% de l’assemblage dans au moins une station. Les assemblages de foraminifères des échantillons étudiés
sont décrits ci-dessous, estuaire par estuaire, du nord vers le sud. Dans ces descriptions, les différentes
espèces seront caractérisées soit comme des « espèces marines », soit comme des « espèces estuariennes ».
Selon les données de la littérature ([Link]., Murray, 1979; Debenay & Guillou, 2002; Martins et al., 2016), les

129
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

espèces estuariennes sont restreintes aux environnements estuariens, tandis que les « espèces marines » ont
été décrites à la fois en milieu marin ouvert et dans les estuaires. Ces caractérisations seront plus amplement
détaillées dans la discussion.

Dans l’estuaire de l’Elorn (Figure V.9), la densité variait entre 60 (station 4) et 700 individus (station
3A) ind/50cc. La richesse spécifique fluctuait de 4 (station 4) à 10 (station 2) espèces. L’indice de Shannon
était minimal à la station 1 (H’ : 0.5), autour de 1 aux stations 2, 3A et 3B puis diminuait à nouveau à la
station 4 (H’ :0.7). La station 1, située à l’embouchure montrait une communauté atypique, fortement
dominée par l’espèce porcelanée Quinqueloculina oblonga, qui représentait ~90% de l’assemblage avec une
densité de 285 ind/50cc. Cette espèce était accompagnée par des espèces marines tel qu‘Ammonia beccarii,
Haynesina depressula, et des Elphidium (E. williamsoni, E. gerthi, E. margaritaceum). Les stations 2, 3A,
3B, 4 présentaient une communauté estuarienne plus classique, et étaient dominées par Haynesina germanica
(60 à 80%), suivi d’Ammonia spp. (10 à 20%, équitablement partagés entre A. aberdoveyensis et A. veneta),
Elphidium oceanense (2-6%) et Q. oblonga (5-15%). Les stations situées plus en amont (3A, 3B, 4) avaient
une composition très comparable, avec en plus quelques individus d’espèces agglutinées (3-8%, Ammotium
salsum et Trochammina inflata). L’estuaire de l’Elorn est le seul où Ammonia confertitesta n’a pas été
observée morphologiquement, et où A. aberdoveyensis était l’espèce d’Ammonia qui comptait le plus
d’individus.

Figure V.9 : Estuaire de l’Elorn. A gauche, l’histogramme représente la composition des assemblages de foraminifères benthiques
exprimés en abondances relatives dans chacun des échantillons. A droite, les histogrammes représentent les densités absolues (gris),
la richesse spécifique (vert) et l’indice de diversité de Shannon (bleu).

Dans l’estuaire de l’Aulne (Figure V.10), la densité des foraminifères fluctuait entre 70 (station 3) et
650 ind/50cc (station 1) avec une densité décroissante d’aval vers l’amont. La richesse spécifique décroissait
également d’aval vers amont et variait de deux (station 3) à neuf (station 1) espèces. L’indice de Shannon

130
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

suivait la même tendance, variant de 1.3 dans la station la plus en aval jusqu’à 0.2 dans la station la plus en
amont. L’estuaire de l’Aulne présentait une communauté typiquement estuarienne. La station 1, la plus en
aval, contenait la richesse spécifique la plus élevée, avec 9 espèces, dominées par Haynesina germanica
(50%) et Ammonia spp. (33%), puis par plusieurs espèces d’Elphidium (E. oceanense, E. williamsoni, E.
margaritaceum) ainsi que deux espèces porcelanées (Quinqueloculina oblonga et Miliolinella subrotunda).
La station 2 présentait un peu moins d’espèces mais était toujours représentée par H. germanica (60%),
Ammonia spp. (20%), E. oceanense (10%) et Q. oblonga (7%). Enfin la station 3 présentait la richesse
spécifique la plus faible, composée uniquement de spécimens de H. germanica (94%) et Ammonia spp (6%).
Parmi les spécimens d’Ammonia spp., la plupart des individus observés (~80-90%) étaient des A. veneta,
mais quelques individus des deux autres espèces étaient aussi présents.

Figure V.10 : Estuaire de l’Aulne. A gauche, l’histogramme représente la composition des assemblages de foraminifères benthiques
exprimés en abondances relatives dans chacun des échantillons. A droite, les histogrammes représentent les densités absolues (gris),
la richesse spécifique (vert) et l’indice de diversité de Shannon (bleu).

Dans l’estuaire de l’Odet (Figure V.11) la densité variait entre 500 (station 1) et 1300 (station 3)
ind/50cc. La diversité variait peu, avec entre 9 et 12 espèces dans toutes les stations et des valeurs de H’
variant de 0.7 à 1.8. Dans l’estuaire de l’Odet, les communautés des quatre sites étaient dominées par H.
germanica (20 à 80%, diminuant vers l’amont), Elphidium oceanense (3 à 25%, augmentant vers l’amont),
Ammonia spp. (10 à 30%), E. williamsoni (1 à 23%), augmentant vers l’amont) ainsi que quelques individus
de Quinquloculina jugosa (<5%) et Quinqueloculina oblonga (<2%). La station située la plus en amont
contenait en plus des espèces agglutinées (Miliammina fusca, Ammotium salsum, Ammobaculites
agglutinans) qui atteignaient ~18% de l’assemblage. Les Ammonia spp. présentes dans l’estuaire de l’Odet
étaient principalement des A. veneta (~80-90%), mais quelques individus de A. aberdoveyensis et A.
confertitesta ont aussi été observés.

131
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

Figure V.11 : Estuaire de l’Odet. A gauche, l’histogramme représente la composition des assemblages de foraminifères benthiques
exprimés en abondances relatives dans chacun des échantillons. A droite, les histogrammes représentent les densités absolues (gris),
la richesse spécifique (vert) et l’indice de diversité de Shannon (bleu).

Dans l’estuaire du Belon (Figure V.12), les densités observées étaient relativement faibles. Hormis la
station 1 qui contenait 900 ind/50cc, toutes les stations contenaient moins de 500 ind/50cc. La station 5A
présentait une abondance minimale avec seulement 3 individus de H. germanica. La richesse spécifique
variait de 1 (station 5A) à 13 (station 1A) espèces et l’indice de Shannon variait de 0 à 1.7. Les communautés
de foraminifères de l’estuaire du Belon étaient assez variables d’une station à l’autre. Dans les stations 3A et
4A, H. germanica était fortement dominante (82 – 86%) et était accompagnée d’Ammonia spp., E.
williamsoni, E. margaritaceum, E. oceanense, Quinqueloculina jugosa et Q. oblonga. La communauté de la
station 5B ressemble aux deux précédentes et ne contenait que trois espèces, une très large majorité
d’individus de H. germanica (95%) accompagnés de quelques spécimens d’E. williamsoni et d’Ammonia
spp. Ensuite, les stations 3B et 4B se démarquaient par une communauté composée d’un mélange d’espèces
estuariennes (c.-à-d., H. germanica (18 – 50%), Ammonia spp. (7 - 11%), E. williamsoni, Q. oblonga,
Miliolinella subrotunda), et d’espèces marines (c.-à-d., Cibicides lobatulus (22 - 54%), Asterigerinata
mamilla, E. crispum (uniquement trouvé à la station 4B), et Haynesina depressula (dans la station 3B)). Les
communautés présentes à ces stations ressemblaient quelque peu à celle de la station 1, située dans la partie
aval. Cette station présentait la diversité la plus riche (S : 13 et H’ : 1.7) avec les espèces marines Haynesina
depressula (21%), Asterigerinata mamilla, Elphidium margaritaceum ainsi que les espèces estuariennes
Haynesina germanica (39%), Ammonia spp., E. oceanense, E. williamsoni, Miliolinella subrotunda,
Quinqueloculina oblonga (21%). Les stations 6A et 6B, situées en amont d’un barrage, contenaient
principalement des espèces agglutinées tel que Miliammina fusca (72-77%) et Ammobaculites agglutinans
(5-22%). A la station 6A, ces espèces étaient accompagnée de H. germanica (12%), Elphidium incertum
(8%), et quelques individus de E. williamsoni et Ammonia spp. Les différentes espèces d’Ammonia spp.
n’ont pas été étudiées pour cet estuaire.

132
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

Figure V.12 : Estuaire du Belon. A gauche, l’histogramme représente la composition des assemblages de foraminifères benthiques
exprimés en abondances relatives dans chacun des échantillons. A droite, les histogrammes représentent les densités absolues (gris),
la richesse spécifique (vert) et l’indice de diversité de Shannon (bleu).

Dans l’estuaire de la Laïta (Figure V.13), les densités faisaient partie des plus faibles du jeu de données,
et variaient entre 60 (stations 1 et 3B) et 870 (station 2) ind/50cc. La richesse spécifique variait de trois
(station 3B) à six (station 1) espèces. La valeur de l’indice de Shannon la plus élevée était observée à la
station 1 (H’ : 1.3). Les stations 2 et 3 présentaient une valeur minimale (H’ : 0.5). Les communautés de
l’estuaire de la Laïta étaient dominées par Haynesina germanica (37 à 85%, jusqu’à ~750 ind/50cc à la
station 2) et Elphidium williamsoni (4 à 39%). Aux stations 2 et 3, ces espèces étaient accompagnées par
Ammonia spp. (10 et 6% respectivement) et à la station 1 par Asterigerinata mamilla (15%) ainsi que
Cibicides lobatulus, Elphidium margaritaceum (4%) et Quinqueloculina oblonga (3%). Les différentes
espèces d’Ammonia spp. n’ont pas été étudiées pour cet estuaire.

Figure V.13 : Estuaire de la Laïta. A gauche, l’histogramme représente la composition des assemblages de foraminifères benthiques
exprimés en abondances relatives dans chacun des échantillons. A droite, les histogrammes représentent les densités absolues (gris),
la richesse spécifique (vert) et l’indice de diversité de Shannon (bleu).

133
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

Dans l’estuaire de Crac’h (Figure V.14), la densité variait entre 200 (station 2) et 900 (station 3)
ind/50cc. La richesse spécifique variait de 6 (stations 2-3) à 11-12 (stations 1-4) espèces. Les valeurs de
l’indice de Shannon, comprises entre 0.6 et 1.7, étaient maximales à la station 1, et minimales à la station 3.
Les stations 2, 3 et 4 présentaient des communautés estuariennes typiques, contenant des H. germanica (45 à
84%), des Ammonia spp. (12 à 30%), des Q. oblonga (2 à 17%) et Quinqueloculina jugosa (1 à 9%). En plus
de ces espèces, la station 4 montrait aussi de nombreux spécimens d’Elphidium oceanense (17%), ainsi que
quelques individus d’espèces agglutinées (Ammobaculites agglutinans, Ammotium salsum, Eggerelloides
scaber et Haplophragmoides wilberti). La station 1 située à l’embouchure présentait une communauté
composée d’un mélange d’espèces marines, tels que Haynesina depressula (26%), Ammonia beccarii (1%),
des espèces d’Elphidium (E. incertum (15%), E. williamsoni (3%), E. margaritaceum (2%)) et des espèces
estuariennes comme Haynesina germanica (31%), Ammonia spp. (15%) et Quinqueloculina oblonga (6%).
Les Ammonia spp. étaient principalement représentée par A. veneta (~50-90%), mais A. aberdoveyensis (~0-
10%) et A. confertitesta (~0-45%) étaient présentes également, bien qu’en plus faibles quantités.

Figure V.14 : Estuaire de Crac’h. A gauche, l’histogramme représente la composition des assemblages de foraminifères benthiques
exprimés en abondances relatives dans chacun des échantillons. A droite, les histogrammes représentent les densités absolues (gris),
la richesse spécifique (vert) et l’indice de diversité de Shannon (bleu).

Dans les échantillons récoltés dans l’estuaire d’Auray en juillet 2019 (Figure V.15), la densité variait
entre 20-30 (station 2A et 2B) et ~1700 (station 1C) ind/50cc. Les trois réplicats avaient toujours des valeurs
de densité comparables. La richesse spécifique variait de 1 (station 2A réplicats b et c) à 14 (station 1C
réplicat a), et l’indice de Shannon était minimal dans les stations 2A et 5A (H’ ~ 0.1) et maximal dans les
stations 1B et 1C (H’ ~ 1.6). A l’exception de la station 8B, les stations de l’estuaire d’Auray étaient toutes
dominées par Haynesina germanica (40 à 100%). Cette espèce était toujours accompagnée par Ammonia
spp. (0 à 25%, avec une dominance de A. veneta, quelques exemplaires de A. aberdoveyensis et de très rares
individus de A. confertitesta). Elphidium margaritaceum (0 à 22%) et Elphidium oceanense (0 à 18%) étaient
également présents, principalement au site 1. L’espèce Haynesina depressula n’était présente que dans les

134
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

stations situées en aval (1 à 4% aux stations 1B et 1C). Parmi les espèces porcelanées, Quinqueloculina
oblonga était présente à presque toutes les stations, avec une tendance à augmenter vers l’aval. Elle ne
représentait jamais plus de 6% de la communauté. A toutes les stations, des espèces agglutinées étaient
présentes, incluant Ammotium salsum, Ammobaculites agglutinans, Acostata mariei, Eggerelloides scaber, et
Miliammina fusca. Les agglutinées montraient une très forte augmentation vers la partie amont de l’estuaire,
où la communauté trouvée à la station 8B était composée à 97% par des espèces agglutinées, principalement
par A. salsum.

Figure V.15 : Estuaire d’Auray, campagne de juillet 2019. En haut, l’histogramme représente la composition des assemblages de
foraminifères benthiques exprimés en abondances relatives dans chacun des échantillons. En bas, les histogrammes représentent les
densités absolues (gris), la richesse spécifique (vert) et l’indice de diversité de Shannon (bleu). Les trois replicats sont moyennés.

Concernant les échantillons récoltés dans l’estuaire d’Auray en septembre 2020 (Figure V.16), la densité
variait entre 40 (station 4A) et 2560 ind/50cc (station 8B). La richesse spécifique était comprise entre 6
(station 2B) et 15 (station 1B, 1C et 4Ba) espèces. Les valeurs de l’indice de Shannon étaient assez stables et
comprises entre 0.8 et 1.7. Les communautés étaient toutes composées principalement par Haynesina
germanica (20 à 70%) et Ammonia spp. (0.3 à 30%). Les individus de l’espèce Elphidium margaritaceum
étaient moins nombreux qu’en 2019 (0.3 à 2%). Des individus d’Elphidium oceanense (0 à 25%) étaient
présents dans presque toutes les stations. Parmi les espèces porcelanées, Quinqueloculina oblonga (0-12%)
était présente tout le long du gradient amont-aval, avec une tendance à augmenter vers l’aval. Elle était
parfois accompagnée de Quinqueloculina jugosa, qui ne représentait pas plus de 4% de la communauté. Les
espèces agglutinées, incluant Ammotium salsum (0 à 40%), Ammobaculites agglutinans (0 à 33%), Acostata

135
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

mariei (0 à 9%), Eggerelloides scaber (0 à 16%), et Miliammina fusca (0 à 20%), étaient bien plus
nombreuses qu’en juillet 2019. Contrairement à juillet 2019, en septembre 2020 ces espèces n’étaient pas
essentiellement confinées dans la partie amont mais étaient présentes tout le long du gradient amont-aval et
notamment aux stations 2A et 2B. Concernant les espèces d’Elphidium, les E. margaritaceum étaient moins
nombreux qu’en 2019. En revanche, les individus d’E. oceanense étaient plus nombreux en septembre 2020,
et étaient répartis tout le long de l’estuaire, alors qu’ils étaient essentiellement localisés dans la partie aval en
juillet 2019.

Figure V.16 : Estuaire d’Auray, campagne de septembre 2020. En haut, l’histogramme représente la composition des assemblages
de foraminifères benthiques exprimés en abondances relatives dans chacun des échantillons. En bas, les histogrammes représentent
les densités absolues (gris), la richesse spécifique (vert) et l’indice de diversité de Shannon (bleu).

Dans les communautés récoltées dans l’estuaire de la Vilaine (Figure V.17), les densités variaient de
7 (station 3) à 3000 (station 1A) ind/50cc. Les valeurs de diversité spécifique étaient toujours très basses,
entre 2-4 espèces par station et les valeurs de l’indice de Shannon en dessous de 1 (H’ compris entre 0.2 et
0.8). Dans les stations de cet estuaire on observait une co-dominance d’Ammonia spp (33-97%) et Haynesina
germanica (2-66%), excepté au site 2 où H. germanica était peu fréquente. Dans les stations 1A, 1C et 2A,

136
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

ces deux espèces principales étaient accompagnées de quelques individus d’Elphidium oceanense (0.6-0.8%)
et Elphidium selseyense (0.3-3.4%). Dans cet estuaire, les Ammonia spp. appartenaient presque
exclusivement à l’espèce A. confertitesta.

Figure V.17 : Estuaire de la Vilaine. A gauche, l’histogramme représente la composition des assemblages de foraminifères
benthiques exprimés en abondances relatives dans chacun des échantillons. A droite, les histogrammes représentent les densités
absolues (gris), la richesse spécifique (vert) et l’indice de diversité de Shannon (bleu).

Dans les échantillons récoltés dans l’estuaire de la Vie en octobre 2018 (Figure V.18) la densité
variait entre 50 (station 1) et 1800 (station 8A) ind/50cc. La richesse spécifique de cet estuaire fluctuait de 5
(station 10A) à 13 (station 3) espèces et l’indice de Shannon entre 0.3 (station 7A et 7B) et 1.8 (station 1).
Les réplicats étaient assez similaires, tant en termes de densité que de composition spécifique. Les stations
peuvent être divisées en trois groupes. Les stations portuaires 3, 4, 5, situées dans la partie aval, étaient
principalement composées de E. selseyense (43 à 82%), accompagnée de H. germanica (9 à 48%) et
Ammonia spp. (1 à 3.5%). Les communautés des stations 6, 7A, 7B, 7C, 8A, 8B, situées dans la partie
intermédiaire de l’estuaire étaient essentiellement composées de H. germanica (63 à 94%) accompagnée de
Ammonia spp. (4 à 27%) et E. selseyense (0 à 15%). Les assemblages des stations 9, 10A, 10B, situées le
plus en amont, étaient dominées par Ammonia spp. (28 à 83%) accompagnée de H. germanica (34 à 70%).
Bien que peu abondantes, les Quinqueloculina (Q. oblonga et Q. jugosa) étaient présentes à toutes les
stations et représentaient entre 1 et 10% de l’assemblage. Plusieurs espèces d’Elphidium étaient présentes
tout le long de l’estuaire (c.-à-d., E. oceanense (0 à 9%), E. magellanicum (0 à 6%), E. williamsoni (0 à 3%),
E. margaritaceum (0 à 1%)). Deux stations, situées à l’embouchure, montraient des communautés très
différentes des autres. La station 1 présentait une communauté assez riche (15 espèces) composée d’espèces
représentatives d’un environnement marin comme les Ammonia beccarii (8 à 19%), Cibicides lobatulus
(<1%) et plusieurs espèces d’Elphidium ([Link]., E. crispum (<6%), E. magellanicum (<6%), E. macellum
(<1%), E. incertum (<2%)). Cependant des espèces estuariennes comme Haynesina germanica (20 à 30%),

137
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

Ammonia spp. (<3%), et Elphidium selseyense (35 à 50%) étaient aussi présentes à cette station. La station 2
présentait un assemblage atypique, avec une communauté fortement dominée par une seule espèce,
Elphidium incertum, qui représentait 86-90% de l’assemblage. Les Ammonia spp. trouvées dans l’estuaires
de la Vie étaient composées de A. veneta et A. confertitesta à part, égale ainsi que de rares exemplaires de A.
aberdoveyensis (~10%). Les espèces agglutinées étaient quasiment absentes de cet estuaire.

Figure V.18 : Estuaire de la Vie, campagne d’octobre 2018. En haut, l’histogramme représente la composition des assemblages de
foraminifères benthiques exprimés en abondances relatives dans chacun des échantillons. En bas, les histogrammes représentent les
densités absolues (gris), la richesse spécifique (vert) et l’indice de diversité de Shannon (bleu). Les trois réplicats sont moyennés.

Dans les échantillons récoltés dans la Vie en juin 2020 (Figure V.19) la densité variait entre 300
(station 10A) et 2000 (stations 4, 8B, 9) ind/50cc. La richesse spécifique variait de 3 (station 10A) à 10
(station 9) espèces. Concernant l’indice de Shannon, un groupe de stations présentaient des valeurs autours
de 0.5 (stations 2, 4, 7A, 8A, 8B, 9, 10A, 10B) tandis que les autres stations (3, 5, 7B, 7C) présentaient un H’
autour de 1. Les communautés des stations portuaires 3, 4, 5, étaient très majoritairement représentées par E.
selseyense (52 à 87%), accompagnée de H. germanica (9 à 35%) et Ammonia spp. (2 à 14%). Les
assemblages des stations des parties intermédiaires et amont de l’estuaire (7A à 10B) étaient toutes dominées
par H. germanica (63 à 92%). E. selseyense était encore présente dans les stations 7B et 7C (16 et 20%) mais
disparaissait progressivement vers les stations situées le plus en amont. Les Ammonia spp. étaient présentes
tout le long de l’estuaire et représentaient entre 2 et 15% de la communauté. Les espèces porcelanées (Q.
oblonga et Q. jugosa) étaient très peu présentes dans l’ensemble de l’estuaire et représentaient moins de 2%

138
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

de l’assemblage. La station 2 présentait à nouveau un assemblage atypique avec une communauté dominée
par une seule espèce, Elphidium incertum, qui représentait 87% de l’assemblage.

Lors de la campagne d’octobre 2018, les stations situées en amont (stations 9, 10A et 10B) contenaient un
grand nombre d’individus d’Ammonia spp., ce qui n’était pas le cas en juin 2020 (en moyenne 280 ind/50cc,
soit ~45% de la communauté en 2018 contre 90 ind/50cc, soit ~10% de la communauté en 2020). Comme
pour la campagne d’octobre 2018, quelques spécimens agglutinés, appartenant aux espèces Trochammina
inflata et Entzia macrescens, ont été observés dans les échantillons de juin 2020, mais ces espèces ne
dépassaient pas 1% de la composition de l’assemblage.

Figure V.19 : Estuaire de la Vie, campagne de juin 2020. En haut, l’histogramme représente la composition des assemblages de
foraminifères benthiques exprimés en abondances relatives dans chacun des échantillons. En bas, les histogrammes représentent les
densités absolues (gris), la richesse spécifique (vert) et l’indice de diversité de Shannon (bleu).

139
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

3.3. Relation entre les foraminifères et les paramètres environnementaux

3.3.1. Relation entre l’abondance et la diversité avec les paramètres environnementaux.
Les Figures V.20 et le Tableau V.3 présentent les corrélations entre les assemblages de foraminifères
et les paramètres environnementaux. Les 13 stations contenant moins de 40% de silts (voir Figure V.2) ont
été écartées de ces analyses. Ces stations montrent des relations particulières entre granulométrie et matière
organique et sont souvent caractérisées par des communautés de foraminifères très différentes des autres,
avec plus d’espèces marines.

L’abondance présente une corrélation positive avec la distance à la mer normalisée et le MII, avec des
densités plus importantes vers l’aval. L’abondance affiche une corrélation négative plus faible (R = -0.34)
avec le %TOC, ce qui peut être partiellement expliqué par le fait que la distance à la mer normalisée est
négativement corrélée au %TOC.

La richesse spécifique montre des corrélations positives avec les trois paramètres constituant le MII (distance
à la mer, émergence et décharge fluviatile normalisées) et le δ13C ainsi qu’une corrélation négative avec le %
de grains <63µm. Pour l’indice H’ les résultats sont très semblables, à l’exception d’une plus faible
corrélation avec la distance à la mer. Ces résultats indiquent que la diversité a une forte tendance à
augmenter de l’amont vers l’aval (avec une influence marine plus importante), et à diminuer quand les
sédiments sont plus argileux. Il est à noter que la diversité ne montre pas de corrélation significative avec le
%TOC.

Tableau V.3: Matrice de corrélation basée sur un test de Spearman entre les paramètres environnementaux (la distance à la mer
normalisée, la durée d’émergence normalisée, RD/CS normalisé, le MII, le pourcentage de silts et d’argiles, le TOC, le rapport C/N et
13
le rapport δ C) et les paramètres biologiques (abondance, indice de Shannon, richesse spécifique). Les chiffres indiquent le
coefficient R la couleur le niveau de significativité. 13 stations caractérisées comme trop sableuses (<40% de silts) ont été écartées
de ces analyses.

140
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

Figure V.20 : Relations entre l’abondance transformée en logarithme, la richesse spécifique (S), l’indice de diversité de Shannon
(H’) avec les paramètres environnementaux. Seules les relations discutées dans le texte sont présentées ici. Treize stations
caractérisées par un sédiment plus sableux (<40% de silts) ont été écartées de ces analyses. Tous les coefficients de corrélations et
valeurs de probabilité sont basés sur des corrélations de Spearman.

3.3.2. Relation entre les principales espèces et les paramètres environnementaux

Le Tableau V.4 synthétise les résultats des tests de corrélations de Spearman entre les abondances
relatives des principales espèces et les paramètres environnementaux. Ici encore, les 13 stations contenant
moins de 40% de silts ont été écartées de ces analyses. Les corrélations de Spearman cherchent à mettre en
évidence des relations monotones, qui ne sont pas nécessairement linéaires. Néanmoins, des relations « en
cloche », où une espèce a un optimum à une certaine valeur de la variable explicative, ne sont pas mises en
évidence par cette méthode.

Les figures V.21 à V.23 montrent la nature de ces relations pour les corrélations significatives. Ces graphes
montrent une courbe de régression linéaire ou exponentielle en fonction de la tendance observée. Dans la

141
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

majorité des plots, on observe que la corrélation est basée sur assez peu de points, et qu’il y a beaucoup de
points à valeur zéro. Les points zéro peuvent avoir deux causes : 1) soit ils représentent des stations dans un
estuaire où l’espèce est présente, mais où les conditions de la station de sont pas favorables à son
développement, ou 2) des estuaires où l’espèce n’est pas présente. Cette dernière possibilité traduit la forte
spécificité des assemblages de foraminifères des estuaires étudiés, avec certaines espèces présentes
uniquement dans quelques estuaires.

Les Ammonia spp. montrent uniquement une corrélation positive avec le temps d’émergence normalisé, ce
qui indique que la densité relative de ce taxon a tendance à diminuer vers le haut de la vasière (Figure
V.21A). Haynesina germanica montre uniquement une corrélation significative positive avec le pourcentage
de grains <63µm, traduisant une préférence pour des sédiments plus fins (Figure V.21B).

Les espèces Elphidium selseyense, E. margaritaceum, Quinqueloculina oblonga et Q. jugosa présentent

toutes des corrélations positives avec la distance à la mer normalisée, RD/CS normalisée (ainsi qu’avec le
MII) et le δ13C (Figure V.22). En effet, la corrélation des trois premiers paramètres est surtout due à une forte
augmentation des espèces concernées à des valeurs très élevées du paramètre explicatif. Ces espèces
semblent donc uniquement proliférer dans des conditions d’influence marine maximale. Quinqueloculina
oblonga et E. margaritaceum affichent également une corrélation négative avec le pourcentage de grains
<63µm, suggérant une tolérance amoindrie pour des sédiments très vaseux. Il est important de noter que les
relations concernant E. margaritaceum et E. selseyense sont principalement dues à quelques stations situées
dans un seul estuaire (estuaire de la Vie pour E. selseyense et Auray pour E. margaritaceum).

Les espèces E. oceanense et E. williamsoni ne suivent pas ces tendances. Elphidium oceanense montre, tout
comme les Ammonia spp., une corrélation positive avec l’émergence normalisée, suggérant une préférence
pour le bas des vasières (Figure V.21C).

Les espèces agglutinées Ammotium salsum et Miliammina fusca montrent une corrélation négative avec la
distance à la mer normalisée (et avec la MII pour A. salsum), indicatrice de leur habitat dans la partie amont
dans les estuaires. Miliammina fusca montre également une corrélation négative avec le pourcentage de
grains <63µm, reflétant une présence plus conséquente sur des sédiments plus sableux (Figure V.23).

142
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

Tableau V.4: Matrice de corrélation basée sur un test de Spearman entre les paramètres environnementaux (la distance à la mer
normalisée, le temps d’émergence normalisé, RD/CS normalisé, le MII, le pourcentage de silts et d’argiles, le TOC, le rapport C/N et
13
le rapport δ C) et les espèces principales. Les chiffres indiquent le coefficient R, et la couleur le niveau de significativité. 13 stations
caractérisées comme trop sableuses (<40% de silts) ont été écartées de ces analyses.

Figure V.21 : Relations entre l’abondance relative des espèces Ammonia spp., Haynesina germanica, Elphidium oceanense avec les
paramètres environnementaux. Seules les relations discutées dans le texte sont présentées ici. Les 13 stations caractérisées par un
sédiment plus sableux (<40% de silts) ont été écartées de ces analyses. Les courbes de régression basées sur un modèle linéaire sont
en bleues, celles sur un modèle exponentiel sont en brun foncé. Les résultats des tests de corrélations sont basés sur des tests de
Spearman.

143
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

Figure V.22 : Relations entre l’abondance relative des espèces Elphidium margaritaceum, E. selseyense, Quinqueloculina oblonga et
Q. jugosa avec les paramètres environnementaux. Seules les relations discutées dans le texte sont présentées ici. Les 13 stations
caractérisées par un sédiment plus sableux (<40% de silts) ont été écartées de ces analyses. Les courbes de régression basées sur un
modèle linéaire sont en bleues, celles sur un modèle exponentiel sont en brun foncé. Les résultats des tests de corrélations sont basés
sur des tests de Spearman.

Figure V.23 : Relations entre l’abondance relative des espèces Ammotium salsum et Miliammina fusca avec les paramètres
environnementaux. Seules les relations discutées dans le texte sont présentées ici. Les 13 stations caractérisées par un sédiment plus
sableux (<40% de silts) ont été écartées de ces analyses. Les résultats des tests de corrélations sont basés sur des tests de Spearman.

144
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

3.3.3. Analyse en Composantes Principales

Afin de visualiser la répartition des espèces de foraminifères dans les différents estuaires en fonction
des paramètres environnementaux, une ACP non standardisée, basée sur les abondances relatives (non
normalisées) a été réalisée. L’application d’un modèle « broken stick » aux eigenvalues (Tableau V.6)
suggère que les trois premiers axes sont significatifs. Ensemble, ces axes expliquent 78.5% de la variance
totale (Figure V.24). Les loadings des espèces sur les trois premiers axes sont donnés dans le Tableau V.7.

Sur l’axe 1, qui explique 47.0% de la variabilité, le côté positif est fortement dominé par Haynesina
germanica, tandis qu'Ammonia spp. et Elphidium selseyense se positionnent sur le côté négatif de cet axe.
Sur l’axe 2, qui explique 18.5%, les Ammonia spp. sont du côté positif, opposées à E. selseyense qui est du
côté négatif. Finalement, l’axe 3, qui explique encore 12.9%, est occupé par les espèces agglutinées
Miliammina fusca, Ammotium salsum et Ammobaculites agglutinans du côté positif. Du côté négatif,
Elphidium selseyense, Ammonia spp. et Haynesina germanica contribuent le plus.

L’axe 1 est totalement dominé par les trois taxa les plus abondants sur les vasières estuariennes. Dans le
Tableau V.5 on peut observer que cet axe n’est corrélé avec aucun paramètre environnemental. Par contre,
l’axe 2 montre une corrélation positive avec l’émergence normalisée et le pourcentage de silts et d’argiles et
une corrélation négative avec la distance à la mer. En effet, il a déjà été noté que les Ammonia spp. sont
moins abondantes en haut des vasière (Figure V.24), tandis que E. selseyense apparait surtout dans la partie
aval des estuaires.

L’axe 3 est chargé positivement pas les trois espèces agglutinées indicatrices de la partie amont des estuaires.
Cet axe est corrélé négativement avec la distance à la mer normalisée. L’axe 3 montre aussi une corrélation
négative avec le pourcentage de silts et d’argiles.

Dans le biplot des axes 1 et 2 (Figure V.24A) un premier groupe de stations (groupe I) est situé sur la partie
positive, où la communauté est largement dominée par Haynesina germanica. En opposition, les stations du
groupe II, situées dans le quadrant en haut à gauche, montrent un plus fort pourcentage d’Ammonia spp. Le
cas extrême est trouvé aux stations Vilaine 2A et 2B (96 et 90% d’Ammonia spp.). Le groupe III, en bas à
gauche, réunit des stations avec une forte dominance d’Elphidium selseyense. Ces stations se trouvent toutes
dans l’estuaire de la Vie. Le groupe IV, situé à gauche du centre, contient des stations qui ne sont pas
dominées par une des trois espèces mentionnées. Finalement, le groupe V, avec des valeurs négatives sur
l’axe 1, regroupe certaines stations avec de faibles pourcentages de Haynesina germanica. Ce groupe, qui
parait hétérogène, regroupe les stations riches en espèces agglutinées (Belon 6A, 6B, Auray2019/2020 8B) ainsi
que la station Vie2018/2020 2 avec une communauté fortement dominée par Elphidium incertum.

145
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

Sur le biplot des axes 2 et 3 (Figure V.24B), la distinction entre les groupes II, III et V est encore plus
explicite. On voit maintenant que le groupe II, qui réunit des stations riches en Ammonia spp. est surtout lié à
l’estuaire de la Vilaine. Le groupe III, constitué des stations avec un pourcentage élevé d’Elphidium
selseyense, contient des stations de l’estuaire de la Vie. Finalement, dans le groupe V, caractérisé par un
pourcentage plus élevé d’espèces agglutinées, se trouvent des stations des estuaires d’Auray et du Belon.
Ainsi cette analyse montre une très forte spécificité des communautés des différents estuaires et met en
évidence l’importance de la biogéographie.

Tableau V.5: Matrice de corrélation basée sur un test de Spearman entre les paramètres environnementaux (le MII, la distance à
l’embouchure normalisée, la durée d’immersion, le débit du fleuve rapporté à la surface, le pourcentage de silts et d’argiles, le TOC,
le TN, le rapport C/N et le rapport d13C) et les axes significatifs de l'ACP. Les chiffres indiquent le coefficient R pour les
corrélations dont la p-value est significative (<0.05).

146
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

Figure V.24 : ACP basée sur les abondances relatives de foraminifères. A : axes 1 et 2, B : axes 2 et 3. L’analyse est non contrainte ;
les paramètres environnementaux ne contribuent pas à la construction du plan axial ; leur corrélation avec les axes a été calculé
après l’analyse. Les paramètres non significatifs sont indiqués en pointillé. Les ellipses correspondent aux groupes discutés dans le
texte.

147
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

Tableau V.6: Eigen values et proportion expliquée des axes de la ACP basée sur les abondances relatives.
PC1 PC2 PC3 PC4 PC5 PC6
Eigenvalues 857.21 337.59 236.17 122.86 95.26 57.34
Proportion expliquée 0.4704 0.1853 0.1296 0.0674 0.0522 0.0314

Tableau V.7: Scores des espèces sur l'ACP basée sur les abondances relatives.
PC1 PC2 PC3
Ammonia beccarii 0,00 0,00 0,00
Ammonia spp. -3,13 6,47 -3,34
Asterigerinata mamilla -0,06 -0,02 0,04
Aubignyna perlucida 0,01 0,01
0,00
Cibicides lobatulus -0,39 -0,08 0,30
Discorbis vilerboana 0,00 -0,01 0,00
Elphidium crispum -0,06 -0,01 0,04
Elphidium decipiens 0,00 0,01 0,00
Elphidium gerthi -0,01 0,01 -0,01
Elphidium incertum -0,99 -0,30 0,80
Elphidium magellanicum -0,02 -0,04 -0,03
Elphidium margaritaceum -0,04 0,00 0,09
Elphidium oceanense -0,66 0,52 0,53
Elphidium selseyense -2,85 -5,43 -4,63
Elphidium williamsoni -0,07 -0,01 0,22
Haynesina depressula -0,05 -0,04 0,10
Haynesina germanica 12,60 0,22 -1,02
Miliolinella subrotunda -0,01 0,00 0,01
Quinqueloculina jugosa -0,12 0,01 -0,16
Quinqueloculina oblonga -0,13 0,04 0,11
Acostata mariei -0,05 -0,03 0,13
Ammobaculites agglutinans -0,64 -0,26 1,32
Ammotium salsum -1,39 -0,44 2,33
Eggerelloides scaber -0,04 0,08 0,04
Entzia macrescens 0,01 0,00 0,00
Haplophragmoides wilberti -0,02 -0,01 0,05
Miliammina fusca -1,85 -0,65 2,96
Morulaeplecta bulbosa 0,01 0,00 0,00
Trochammina inflata -0,04 -0,03 0,13

148
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

4. Discussion

Indications de pollution dans les estuaires étudiés.

Afin de détecter des possibles pollutions aux stations étudiées, nous avons mesuré deux paramètres :
les éléments-traces métalliques et la matière organique dans les sédiments.

Concernant les éléments-traces métalliques, nous avons pu observer un enrichissement majeur de

Cd, Pb et Ag dans l’Aulne, tandis que quelques stations situées dans plusieurs estuaires présentant des
enrichissements modérés ou mineurs pour un ou plusieurs de ces métaux. Plus généralement, nous avons
observé des enrichissements modérés/mineurs en Cu et Zn dans la majorité des stations. Ces enrichissements
semblent être des artefacts de la méthode de normalisation, avec un sédiment de référence ayant des
concentrations naturellement plus basses de ces métaux que les échantillons analysés. Comme tous les
estuaires sont concernés, l’explication probable est que les enrichissements en Cu et Zn sont dus aux faibles
teneurs de ces métaux dans la carotte de référence. Cependant on ne peut pas exclure entièrement que dans
certains cas, les facteurs d’enrichissements modérés pourraient correspondre à des apports d’origine
anthropique.

Dans l’Aulne, les valeurs de plomb atteignent 232 mg/kg. Les teneurs naturelles du sédiment en plomb sont
estimées à environ 30mg/kg (Bakke et al., 2010) et dans notre carotte de référence, la valeur était de 36
mg/kg de Pb. Ainsi les valeurs de Pb dans l’Aulne sont largement supérieures aux teneurs naturelles ; les
facteurs d’enrichissement sont compris entre 5 et 8, ce qui correspond à un enrichissement majeur. Bien que
la pollution au plomb soit la plus marquée, cet estuaire présente aussi des enrichissements en argent, en
cadmium et en zinc. La source probable de contamination métallique dans l’estuaire de l’Aulne est une
ancienne exploitation minière de plomb et d’argent située à Huelgoat, à 100km en amont de l’estuaire. Bien
que la mine ne soit plus en activité depuis 1934, le site n’a pas été nettoyé et continue de contaminer la
rivière. Au pied de la zone de rejet, les concentrations en plomb excèdent 2 000 mg/kg dans le sédiment
(Nasri et al., 2021). Ces derniers auteurs ont aussi mesuré le sédiment dans l’estuaire et ont trouvé des
valeurs similaires aux nôtres.

Concernant les enrichissements modérés à mineurs, les stations Elorn 3A, 3B, 4 et Vilaine 3 montrent des
enrichissements modérés en cadmium et cobalt (seulement pour Vilaine 3), de l’ordre de deux fois la valeur
de référence. La station 3 de la Vilaine est située à proximité du barrage d’Arzal, au milieu d’un petit port de
plaisance. L’Elorn est situé à proximité de l’Aulne, ces deux fleuves se jettent dans la rade de Brest. La rade
de Brest accumule des pollutions en métaux liées à l’agriculture et à l’industrie, et cette zone a aussi subi des
pollutions suite aux conflits militaires de la deuxième guerre mondiale (Siano et al., 2021).

Concernant le Cu et Zn, les enrichissements modérés observés aux stations Auray2019 1A, Vie2018 6 (pour le
Cu), et Vilaine 3 (pour le Zn), qui dépassent largement ceux des autres stations de ces estuaires, pourraient

149
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

refléter une introduction anthropique, peut-être dus à l’utilisation des peintures anti-fouling dans ces zones
portuaires (Schiff et al., 2004; Singh & Turner, 2009; Dafforn et al., 2011).

En résumé, seul l’estuaire de l’Aulne montre une pollution métallique majeure manifeste. Dans une moindre
mesure, certaines stations de l’Elorn, la Vilaine, Auray et la Vie suggèrent une pollution d’origine
anthropique. Une attention particulière sera portée aux communautés de foraminifères de ces stations afin de
voir si ces pollutions avérées ou supposées ont un impact sur les communautés de foraminifères. Hormis ces
stations, les estuaires étudiés ne semblent pas être soumis à des pollutions métalliques majeures.

Concernant les mesures de matière organique, les valeurs de TOC mesurées dans cette étude varient de 0.1 à
3.6% et sont comparables à celles trouvées dans des estuaires des côtes de la Manche (Francescangeli et al.,
2020). Afin de détecter un écart aux teneurs naturelles de TOC dans le sédiment, nous avons mis en relation
le TOC avec la granulométrie (Figure V.7). En effet, de nombreuses études montrent un rapport entre ces
deux paramètres ([Link]., Pelletier et al., 2010; Bianchi et al., 2018). Sur la base de la relation entre TOC et
granulométrie, nous avons identifié quatre stations (Auray 2020 8B et Belon 6B, 5B, 5A) avec un pourcentage
élevé de TOC par rapport à leur pourcentage de silt et d’argiles. Ces stations sont toutes situées dans la partie
amont des estuaires, proches d’infrastructures humaines, qui ont probablement transformé
l’hydrodynamisme (stations situées proche d’un pont dans l’estuaire d’Auray, et proches d’un barrage dans
l’estuaire du Belon). La conséquence est que la teneur en matière organique de ces sites est typique pour la
partie amont de l’estuaire (avec des valeurs plus élevées que dans la partie aval) mais la granulométrie est
localement plus grossière.

Concernant les valeurs de rapports C/N et δ13C, la plupart des stations montre un gradient de valeurs d’amont
vers l’aval, reflétant le mélange progressif de matières organiques continentale et marine (Figure V.6). Les
stations Belon 4B et Vilaine 3, ainsi qu’une partie des échantillons de la Vie (2018), ne suivent pas la
tendance générale.

Pour la station Belon 4B, le δ13C particulièrement élevé suggère une matière organique plutôt marine. Ces
valeurs sont en accord avec les observations de granulométrie (sédiment sableux indiquant un fort
hydrodynamisme) et de la composition des communautés de foraminifères avec une forte contribution des
espèces marines. Il apparait donc que ce site est régulièrement atteint par des apports marins, malgré sa
position plutôt à l’intérieur de l’estuaire. Inversement, la station Vilaine 3, qui se site en amont du barrage
d’Arzal, a été échantillonnée quand le barrage était fermé, et nos mesures reflètent donc un environnement
d’eau douce. Parmi les stations de la Vie, les stations 7C et 8A sont caractérisées par un δ13C anormalement
élevé. Ces stations sont situées à l’intérieur de l’estuaire, immédiatement en aval et en amont d’un centre
d’épuration d’eau, respectivement. Ensuite, les stations 3 et 4, qui sont situées dans des zones portuaires,
montrent un δ13C et un rapport C/N élevé par rapport à leur position dans l’estuaire (Figure V.6). Dans ce
cas, les valeurs atypiques pourraient donc refléter une introduction anthropique de matière organique. En

150
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

résumé, il semble qu’à l’exception des stations Vie 3, 4, 7C et 8A il n’y a pas d’indications pertinentes
d’introductions anthropiques de matière organique.

En combinant les données des éléments-traces métalliques et de la matière organique, nous arrivons à la
conclusion qu’à l’exception de la forte pollution en Pb, Cd et Ag dans l’Aulne, les estuaires étudiés sont peu
pollués, et la répartition des communautés devrait plutôt refléter les paramètres naturels. Néanmoins,
quelques valeurs de δ13C et de C/N anormales suggèrent des introductions anthropiques de matière
organique, qui pourraient avoir un impact sur les communautés de foraminifères. Par la suite, les
communautés présentes à ces stations seront considérées avec un intérêt particulier.

Répartition des communautés de foraminifères le long du gradient estuarien

De nombreux auteurs ont étudié la succession des espèces de foraminifères dans les milieux estuariens.
Toutefois, ces études reposent souvent sur l’étude d’un ou deux estuaires ([Link]., Hayward, 2014; Camacho et
al., 2015; Alves Martins et al., 2019; Rodrigues et al., 2020; Francescangeli et al., 2021; Ye et al., 2021). En
effet, les synthèses résumant la distribution des différents assemblages dans les milieux estuariens basées sur
l’étude de plusieurs estuaires sont plus rares. Debenay et al. (2000) ont proposé plusieurs schémas de
répartition pour différents types de zones de transition (c.-à-d., estuaire tropical microtidal, estuaire tropical
mésotidal, estuaire tempéré méso à macrotidal, lagune méditerranéenne, lagune tropicale). Dans le cadre de
notre étude, nous nous sommes intéressés aux vasières intertidales des estuaires tempérés méso- à
macrotidaux. Le modèle proposé par Debenay (2000) pour ces milieux décrit une succession de quatre
assemblages dans le chenal principal le long du gradient amont-aval (Figure V.25). Dans ce modèle,
l’assemblage situé à l’embouchure est le plus diversifié, le deuxième est co-dominé par Ammonia tepida
(Ammonia spp. dans cette étude) et Haynesina germanica, le troisième est dominé par Haynesina germanica,
et enfin la partie la plus en amont présente des assemblages dominés par Miliammina fusca.

151
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

Figure V.25 : Schéma de la distribution des espèces de foraminifères le long des gradients estuariens. D’après Debenay et al., 2000

L’étude des assemblages récoltés pour notre étude présente des résultats similaires. Néanmoins, le plus grand
nombre d’estuaires étudiés (trois pour Debenay, neuf dans notre étude) permet d’affiner ce modèle. Dans
notre étude, les observations des communautés de foraminifères et la répartition des espèces sur l'ACP ont
permis d’identifier quatre types de communautés de foraminifères dans les neuf estuaires étudiés (Figure
V.26) :

1) une communauté typique des stations proches de l’embouchure, où la diversité est plus élevée,
avec un mélange d’espèces estuariennes et marines (c.-à-d., Ammonia beccarii, Elphidium crispum,
Haynesina depressula, Asterigerinata mamilla).

2) une communauté typique pour la partie aval de l’estuaire, dominée par Elphidium margaritaceum,
Elphidium selseyense, et les espèces porcelanées Quinqueloculina oblonga, Quinqueloculina jugosa et
Miliolinella subrotunda

3) une communauté du milieu de l’estuaire, qui est principalement composé d’Haynesina germanica,
mais contient aussi Ammonia spp., Elphidium oceanense et E. williamsoni. Il est à noter qu’Ammonia spp. et
E. oceanense sont plus nombreux dans les stations proches du chenal.

4) une communauté de la partie amont, qui est caractérisée par des abondances plus élevées
d’espèces agglutinées (Ammotium salsum, Miliammina fusca, Ammobaculites agglutinans et Trochammina
inflata).

Néanmoins, toutes les espèces typiques pour certaines zones estuariennes n’étaient pas présentes
dans tous les estuaires. En effet, chaque estuaire présentait une succession semblable, mais pas toujours avec
exactement les mêmes espèces. Par exemple, Elphidium selseyense était dominante dans la partie aval de
l’estuaire de la Vie, mais presque absente dans les autres estuaires, où E. margaritaceum était parfois

152
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

fréquente dans cette partie de l’estuaire. Cela traduit une forte spécificité faunistique des neuf estuaires
étudiés.

Quelques stations présentaient des assemblages atypiques par rapport à leur positionnement dans
l’estuaire. A deux stations, les assemblages étaient fortement dominés par une seule espèce, qui était absente
ou rare aux autres stations. Il s’agit de Quinqueloculina oblonga à la station Elorn 1 et d’Elphidium incertum
à la station Vie 2 (en 2018 et 2020). Dans les deux cas, il s’agit de stations à sédiment sableux situées à
l’embouchure des estuaires. Ensuite, certaines stations présentaient des assemblages apparemment en
désaccord avec la position de ces stations dans l’estuaire. Par exemple, dans l’estuaire du Belon, les stations
3B et 4B, situées dans la partie intermédiaire de l’estuaire, présentaient des assemblages avec un pourcentage
élevé d’espèces marines. La granulométrie plus grossière de ces stations (78-96% de sables) suggère un fort
hydrodynamisme, responsable d’un transport d’espèces marines (vivantes) vers les parties intérieures de
l’estuaire. Les stations Auray2020 2A et 2B, situées dans la partie milieu/aval de l’estuaire présentaient un
assemblage avec un pourcentage élevé (55 à 67%) d’espèces agglutinées typiques de la partie amont. Cette
observation fait partie d’une tendance générale de densités (absolue et relative) élevés de ces espèces dans
l’estuaire d’Auray en septembre 2020 (comparés à l’échantillonnage de juillet 2019 et aux autres estuaires).
Les forts pourcentages de ces espèces ont notamment été observés aux stations plus élevées sur la vasière.
Puisque ces espèces ont une tolérance élevée vis-à-vis des variations de salinité (elles se trouvent à la fois
dans de l’eau saumâtre et dans les marais salants (Ellison & Murray, 1987; De Rijk, 1995)), leur forte densité
pourrait refléter des conditions persistantes de valeurs extrêmes de salinité (c.-à-d., sursalure, sous-salure,
forte variabilité à court terme) à cette période. En effet, en 2020 le débit fluviale avait été minimale dans les
quatre semaines précédant l’échantillonnage et les températures avaient été assez élevées, conduisant à des
salinités élevées sur le haut des vasières (salinité mesurée : 35.5). Ces deux exemples illustrent la difficulté à
généraliser la répartition des foraminifères dans les estuaires, qui peuvent avoir des particularités
morphologiques (en partie à l’origine de la forte spécificité des communautés de foraminifères), et qui sont
soumis à une très forte variabilité temporelle. Ces deux phénomènes peuvent provoquer des déviations
spatiales et temporelles importantes par rapport aux schémas généralisés de répartition.

153
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

Figure V.26 : Schéma généralisé de la répartition des espèces dominantes de foraminifères le long du gradient amont-aval des
estuaires de la façade atlantique française.

Sur la base de ces observations, et en nous inspirant de l’indice de confinement de Debenay

(Debenay, 1995), nous proposons un indice de répartition des espèces de foraminifères estuariens (EFI,
Estuarine Foram Index). Cet indice est calculé suivant la formule suivante :
2 1
𝐸𝐹𝐼 = 0.1 ∗ (%𝐺𝑟𝑜𝑢𝑝𝑒𝐼 + ∗ %𝐺𝑟𝑜𝑢𝑝𝑒𝐼𝐼 + ∗ %𝐺𝑟𝑜𝑢𝑝𝑒𝐼𝐼𝐼 + 0 ∗ %𝐺𝑟𝑜𝑢𝑝𝑒4)
3 3
Où le groupe I représente le pourcentage d’espèces marines (voir schéma plus haut, en Figure V.26), groupe
II le pourcentage d’espèces de la partie aval, groupe III le pourcentage d’espèces de la partie intermédiaire de
l’estuaire et groupe IV le pourcentage d’espèces de la partie amont. Ainsi, une valeur de 10 représente un
assemblage uniquement composé d’espèces marines, et une valeur de 0 un assemblage uniquement composé
d’espèces représentatives de la partie amont de l’estuaire.

Le but de cet indice EFI est de pouvoir caractériser la communauté des foraminifères d’un site estuarien avec
un seul descripteur quantitatif. Ceci facilite la comparaison avec les paramètres environnementaux et avec le
MII, sensé décrire les caractéristiques environnementales. Sur la Figure V.27, pour chacun des estuaires
étudiés, nous présentons les valeurs du EFI le long du gradient amont-aval estuarien. Dans le cas de transects
perpendiculaires sur la vasière, seules les stations les plus proches du chenal sont représentées sur cette
figure. La couleur des stations correspond aux scores du EFI, tels que :

EFI ≥ 6 = Zone I, embouchure de l’estuaire sous forte influence marine ;

154
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

4.5 ≤ EFI < 6 = Zone II, partie aval de l’estuaire ;

3 ≤ EFI < 4.5 = Zone III, partie intermédiaire de l’estuaire ;

EFI < 3 = Zone IV, partie amont de l’estuaire.

Sur la Figure V.27, on peut voir que la grande majorité des stations correspondent à la zone III. Ceci est dû à
la prépondérance de Haynesina germanica dans les assemblages. On peut aussi remarquer qu’une succession
complète des quatre biozones n’est observée dans aucun des estuaires. Trois principaux cas de figure peuvent
être dégagés :

a) des estuaires avec la zone III uniquement (Aulne, Vilaine)

b) des estuaires avec les zones II et III (Elorn, Laïta, Crac’h et Vie)

c) des estuaires avec les zones III et IV (Odet, Auray)

Le Belon, avec une succession quelque peu anarchique, avec les zones I et II jusqu’au barrage de Guilly, et
la zone IV dans la vasière derrière ce barrage, forme une exception.

La forte dominance de la zone III est sans doute en partie la conséquence du caractère opportuniste de
l’espèce dominante Haynesina germanica. Cette espèce euryhaline a tendance à fortement dominer la
communauté dans des conditions poly- à mésohalines. Malgré la dominance de H. germanica dans la zone
III, un gradient de valeurs croissantes de l’amont vers l’aval peut être observé dans plusieurs estuaires
(Elorn, Laïta, Crac’h, Tableau Supplémentaire V.S6). Le faible nombre de sites avec les zones II et IV,
s’explique aussi par notre échantillonnage, focalisé sur les vasières intertidales en domaine estuarien, et qui a
largement évité à la fois les zones proches des embouchures et la zone oligohaline.

Figure V.27 : Succession des différents scores du EFI en fonction de la distance normalisée à la mer (où 1 correspond à
l’embouchure de l’estuaire).

155
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

L’importance des différences biogéographiques

Dans le chapitre précédent, nous avons montré que tous les estuaires sauf le Belon montrent une
succession typique de communautés. Cependant, les observations des communautés et les résultats de l'ACP
indiquent que chaque estuaire possède ses propres particularités au niveau des communautés de
foraminifères. Sur 43 espèces identifiées, seules Haynesina germanica et Ammonia spp. ont été observées
dans tous les estuaires. En effet, plusieurs estuaires montrent des communautés particulières. Par exemple,
l’estuaire d’Auray est caractérisé par de fortes abondances d’Ammotium salsum et d’Ammobaculites
agglutinans tandis que l’estuaire de la Vie se démarque par une forte abondance d’Elphidium selseyense dans
la partie aval. Ces différences biogéographiques importantes ont également été mises en avant par les
analyses de metabarcoding dans les mêmes estuaires (Singer et al., soumis). Ainsi les facteurs
environnementaux mesurés, qui ne montrent pas de différences systématiques entre ces estuaires, ne
semblent pas suffire à expliquer la présence/absence et/ou densité absolue/relative de certaines espèces. Ces
différences pourraient en partie être expliquées par un gradient climatique latitudinal. Néanmoins, l’analyse
des données d’ADNe montre que la partie de la variabilité expliquée par ce paramètre est plutôt faible (8%)
(Singer et al., soumis). Il semble donc que d’autres paramètres, tels que la géomorphologie et l’histoire de
l’utilisation anthropique des estuaires, aient contribué à façonner les communautés de foraminifères dans ces
environnements. Plus particulièrement, les invasions biologiques provoquées par l’homme ont pu jouer un
rôle déterminant (voir chapitre 3). Finalement, les communautés de foraminifères trouvées dans les différents
estuaires peuvent aussi s’expliquer en partie par les différents degrés de connectivité avec la mer ouverte et
entre les estuaires. En effet, les estuaires à faible connectivité, qui ont connu peu d’échanges, ont pu
développer des communautés avec une composition particulière au cours du temps (dérive écologique).

Relations entre les foraminifères et les paramètres environnementaux

Parmi les paramètres environnementaux étudiés, la granulométrie et les paramètres liés à l’influence
marine (la distance à la mer, la durée d’émergence, la décharge fluviatile et le δ13C) ont montré des
corrélations significatives avec la diversité et avec l’abondance relative de certains taxons (Tableaux V.3 et
V.4). Certaines espèces (Elphidium margaritaceum, Elphidium selseyense, Quinqueloculina oblonga,
Quinqueloculina jugosa) présentent des abondances plus élevées quand l’influence marine est élevée,
d’autres (Ammotium salsum et Miliammina fusca) présentent des abondances plus élevées quand l’influence
marine est faible. Il est intéressant de remarquer que le groupe « espèces estuariennes » (Haynesina
germanica, Ammonia spp., Elphidium oceanense et Elphidium williamsoni) ne montre pas de préférence, ce
qui souligne leur grande tolérance vis-à-vis de la variabilité de la salinité.

En revanche, le TOC ne semble pas influencer la répartition des foraminifères dans les estuaires étudiés. Le
TOC ne montre pas de corrélation significative avec la diversité (Tableau V.3), ni avec les espèces

156
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

principales (Tableau V.4). Dans nos estuaires, le %TOC a tendance à diminuer de l’amont vers l’aval (Figure
V.7), et ce gradient correspond à la succession de nos quatre principales zones estuariennes (Figure V.26).
Dans nos estuaires peu touchés par la pollution anthropique, nous n’observons pas d’espèces précises qui
seraient favorisées par de fortes valeurs en TOC, comme cela a été proposé par Bouchet et al. (2021).

Relations entre le MII et les foraminifères

Le MII est corrélé positivement avec le rapport δ13C, ce qui suggère qu’il reflète également
l’équilibre entre nutriments d’origines marine et continentale. Concernant la communauté de foraminifères,
le MII montre des corrélations positives avec la diversité (avec S : R = 0.53, p < 0.001 ; avec H’ : R = 0.32, p
= 0.0053) et l’abondance des foraminifères (R= 0.39, p < 0.001). De plus, cet indice a montré des
corrélations avec l’abondance relative de certaines espèces individuelles. Plusieurs espèces d’Elphidium (E.
margaritaceum, E. selseyense et E. oceanense) et les trois espèces porcelanées (Miliolinella subrotunda, Q.
jugosa, Q. oblonga) montrent une corrélation positive tandis que l’espèce agglutinée Ammotium salsum a
une corrélation négative. Ces résultats confirment les résultats précédents (chapitre 2) basés sur deux
estuaires. Cependant, il est à noter que les différentes espèces d’Elphidium n’ont pas toutes montré la même
relation avec le MII et ses composantes. Par exemple, les espèces E. selseyense et E. margaritaceum sont
positivement corrélés avec le MII, tandis qu’E. oceanense et E. williamsoni ne sont pas corrélées avec le
MII. Ainsi, contrairement à ce qui a été proposé auparavant, les espèces d’Elphidium ne semblent pas toutes
avoir une préférence pour les zones plus marines.

Le MII montre une corrélation significative avec l’EFI (R: 0.65 ; Figure V.28). L’indice MII reflète donc
plutôt bien la succession des communautés de foraminifères dans des conditions plutôt naturelles. Toutefois
il y a une grande majorité de stations avec une valeur autour de 3.33, ce qui est dû à la forte dominance
d’Haynesina germanica dans les communautés. Dans ce contexte, il est à noter que beaucoup de points aux
deux extrêmes sur l’échelle du MII affichent un score d’EFI autour de 3.33. Le fait que Haynesina
germanica domine fortement les communautés dès qu’on entre dans la zone polyhaline/mésohaline peut
expliquer cette observation. En outre, notre identification des limites de l’estuaire pourrait ne pas
correspondre à la réalité biologique. Pour déterminer la limite entre mer et estuaires (MII = 1.0), nous nous
sommes uniquement basée sur la morphologie de l’embouchure. La détermination de la limite de l’intrusion
saline, qui est déterminante pour la valeur du MII en amont, est également problématique dans les cas de
constructions anthropiques qui limitent la propagation naturelle de l’eau de mer.

157
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

Figure V.28 : Corrélation entre le MII (intrusion marine) et l’EFI (succession des espèces). Les résultats des tests de corrélations
sont basés sur des tests de Pearson.

Afin d’éviter le problème de la majorité des valeurs autour de 3.33 causé par la forte dominance de H.
germanica, nous avons développé un deuxième indice EFDI (Estuarine Foraminiferal Diversity Index) basé
sur la diversité alpha de chacun des quatre groupes d’espèces :
2 1
𝑁𝑏𝑠𝑝𝑝. 𝐺𝑟𝑜𝑢𝑝𝑒𝐼 + 3 ∗ 𝑁𝑏𝑠𝑝𝑝. 𝐺𝑟𝑜𝑢𝑝𝑒𝐼𝐼 + 3 ∗ 𝑁𝑏𝑠𝑝𝑝. 𝐺𝑟𝑜𝑢𝑝𝑒𝐼𝐼𝐼 + 0 ∗ 𝑁𝑏𝑠𝑝𝑝. 𝐺𝑟𝑜𝑢𝑝𝑒𝐼𝑉
𝐸𝐹𝐷𝐼 =
𝑁𝑏𝑠𝑝𝑝. 𝑑𝑎𝑛𝑠𝑙𝑒𝑠4𝑔𝑟𝑜𝑢𝑝𝑒𝑠

Cet indice aura une valeur entre 1 et 0.67 si la communauté contient uniquement des espèces des groupes I et
II, entre 0.67 et 0.33 s'il y a des espèces des groupes II et III, et une valeur < 0.33 si la communauté comporte
uniquement des espèces des groupes III et IV. La relation du EFDI avec le MII est montrée en Figure V.29.

158
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

Figure V.29 : Corrélation entre les indices MII (intrusion marine) et EFDI (succession des espèces basée sur la diversité). Les
résultats des tests de corrélations sont basés sur des tests de Pearson.

Une corrélation significative (R = 0.60, p < 0.001) peut être observée avec un coefficient de corrélation plus
élevée (Figure V.29). Cela suggère que l’EFDI décrit mieux les zones de transition entre les différentes
parties de l’estuaire. Dans la Figure V.29, quelques points sont situés sous le quantile de régression. La
plupart des points appartiennent aux stations de l’estuaire d’Auray caractérisées par une forte diversité
d’espèces agglutinées. Le point en bas à gauche de la figure appartient à la station Belon 6B, uniquement
composée de l’espèce agglutinée Miliammina fusca.

Relations entre pollution et caractéristiques des assemblages de foraminifères

Dans cette étude, peu de stations ont montré des enrichissements notables en métaux, à l’exception
de l’estuaire de l’Aulne, clairement contaminé au plomb. Cependant, les communautés de foraminifères
observées dans l’Aulne ne sont pas très différentes de celles de certains autres estuaires typiques des
conditions estuariennes. Ceci est d’abord visible sur l'ACP (Figure V.24), où les trois stations de l’Aulne se
positionnent au cœur du principal nuage de points, en suivant un gradient amont-aval. Ce gradient s’explique
par la fréquence relative d’Haynesina germanica, qui diminue de la partie amont vers la partie aval, de 95%

159
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

à Aulne 3 à 50% à Aulne 1. Cette diminution est accompagnée par une augmentation de la diversité et une
augmentation de l’abondance relative d’Elphidium oceanense (0% à 10%) et de Quinqueloculina oblonga (0
à 7%). Cette évolution le long du gradient est assez typique, et similaire à ce qui a été observé dans l’Odet ou
la Vilaine. L’absence d’anomalie de répartition des espèces suggère que les communautés de foraminifères
ne sont pas sensibles au plomb. Cependant, des expériences en laboratoire ont montré les effets délétères de
la pollution au plomb sur la structure interne de ces organismes (Frontalini et al., 2015) et sur la densité et
diversité des communautés de foraminifères (Brouillette Price et al., 2019).

L’explication la plus plausible serait que, bien qu’abondant dans le sédiment, cet élément trace ne
serait pas bio-disponible. En effet, même si la concentration de Pb dans le sédiment dépasse largement le
seuil de forte pollution (cette étude ; Chiffoleau, 2017; Nasri et al., 2021), les mesures effectuées sur la chair
d’huitres (~4 µg/g de poids sec ; Chiffoleau, 2017) et les intestins d’oursins (Guillou et al., 2000) n’indiquent
pas de dépassement du seuil des recommandations OSPAR (fixée à 7.5 µg/g de poids sec). Ainsi, nos
résultats suggèrent que dans l’Aulne, la biodisponibilité des métaux d’origine minière est limitée, et qu’il n’y
a pas d’impact sur les communautés de foraminifères.

Comme indiqué précédemment, une approche alternative pour déterminer les éventuels effets de la pollution
serait de considérer plus en détail les zones estuariennes avec une communauté particulière de foraminifères.
Trois cas sont concernés par cette approche :

1) Les stations Elorn 1 et dans une moindre mesure Elorn 2 se distinguent par de très fortes abondances
(absolue et relative) de Quinqueloculina oblonga (89 et 16% respectivement). Ces fortes valeurs n’ont été
observées dans aucun autre estuaire. Par conséquent, dans l'ACP, la station Elorn 1 se positionne dans le
groupe V, loin du nuage de points central. Il s’agit d’une station à sédiment très sableux, très pauvre en
matière organique (0.1%) sans aucune indication de pollution métallique ou de caractéristiques particulières
de matière organique. Il semble donc que la forte densité de Q. oblonga puisse plutôt s’expliquer par la
nature grossière du sédiment.

2) Toutes les stations de la Vilaine sont caractérisées par de fortes abondances relatives d’Ammonia spp. (30
à 96%), largement supérieurs à celles observées dans les autres estuaires. Dans ce cas également, il n’y
aucune indication d’une pollution métallique ou organique. Dans le chapitre 3, nous avons remarqué que
l’estuaire de la Vilaine est le seul où Ammonia confertitesta est très fortement dominante (95%) parmi les
espèces d’Ammonia spp. Ceci suggère que la tendance très opportuniste de cette espèce invasive, menant à
des peuplements avec de très fortes densités, pourrait expliquer sa très forte dominance.

3) Les stations 3, 4 et 5, situées dans la partie aval de l’estuaire de la Vie sont caractérisées par des
assemblages avec une forte contribution (55-85%) de l’espèce Elphidium selseyense, et cela pour les deux
échantillonnages (octobre 2018 et juin 2020). Dans l'ACP, ces stations forment un nuage de points
particulier, éloigné de toutes les autres stations (Figure V.24, groupe III). Ces stations, situées dans une zone

160
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

portuaire (station 3 : ponton de départ du bateau vers l’Ile d’Yeu, stations 4 et 5 : sur des rampes dans des
bassins semi-fermés pour les bateaux de pêche, station 5 à côté de la criée), affichent des enrichissements
modérés en Cu, et surtout, des caractéristiques très particulières de la matière organique, avec un δ13C (-20.6
à -14.3), un rapport C/N (5.6 à 9.9) et un %TOC élevé par rapport à la granulométrie, comparé aux autres
stations de cet estuaire (Figure V.7). Auparavant, nous avions suggéré que ces valeurs pourraient indiquer
des apports anthropiques de matière organique, originaires soit des activités de la pêche, soit des effluents de
la station d’épuration située en amont de ces stations. Dans la littérature, E. selseyense a été considérée
comme une espèce indicatrice de pollution (Sharifi et al., 1991; Debenay et al., 2001; Armynot du Châtelet
& Debenay, 2010) sur la base d’abondances relatives plus élevées dans les stations les plus polluées qui
étaient localisées dans les ports ouverts vers la mer. Néanmoins, cette espèce a également été décrite dans
des baies estuariennes (Goubert, 1997; Gehrels & Newman, 2004; Armynot du Chatelet et al., 2009) ainsi
qu’en milieu marin ouvert (Feyling-Hanssen, 1972; Miller et al., 1982; Darling et al., 2016; Choquel, 2021),
apparemment dans des conditions plutôt naturelles, sans pollution anthropique importante. Nos observations
dans l’estuaire de la Vie, en combinaison avec certaines observations rapportées dans la littérature, suggèrent
que cette espèce, malgré son caractère ubiquiste, pourrait être avantagée par des introductions anthropiques
de matière organique dans des milieux estuariens. Ce qui en ferait une des rares espèces pouvant être
considérée comme indicatrice de stress anthropique.

En résumé, les sites échantillonnés dans cette étude ne présentent pas de pollution majeure ayant un impact
incontestable sur les caractéristiques des communautés de foraminifères. Les quelques enrichissements
modérés à mineurs observés ainsi que la présence d’activités humaines plus ou moins intense sur les berges
ne permet pas de classifier ces sites comme naturels. Néanmoins les perturbations existantes ne semblent pas
impacter les communautés de foraminifères observées dans ces sites. Les répartitions observées dans cette
étude reflètent donc probablement des distributions naturelles. Seuls l’abondance relative élevée d’Elphidium
selseyense dans quelques sites de l’estuaire de la Vie pourrait être une réponse à une introduction
anthropique de matière organique.

Les espèces bioindicatrices et les indices biotiques

Dans les eaux de transition, plusieurs études ont proposé d’utiliser certaines espèces de foraminifères
come bio-indicatrices de pollution ([Link]., Armynot du Châtelet et al., 2004; Ferraro et al., 2006; Bouchet et
al., 2021).

Dans la littérature Haynesina germanica et Ammonia spp. sont considérées comme des espèces indicatrices
de pollution (Alve, 1995; Ferraro et al., 2006; Armynot du Châtelet & Debenay, 2010; Caruso et al., 2011;
Frontalini & Coccioni, 2011). Cependant, au vu de nos résultats, nous avons conclu que la très grande

161
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

majorité des sites étudiés ne subissent pas de pollution majeure. Or, ces deux espèces sont présentes dans
tous les estuaires étudiés, presque à toutes les stations. H. germanica était présente dans 88 stations et
Ammonia spp. dans 86 stations sur 90. Ces espèces semblent donc être représentatives du stress naturel qui
caractérise les milieux estuariens, et il ne parait pas envisageable de les utiliser comme indicatrices de
pollution dans ces milieux.

Dans notre étude, seules les stations localisées dans la partie aval de l’estuaire de la Vie, présentent la
combinaison d’une forte dominance d’une autre espèce que Haynesina germanica et Ammonia spp. (c.-à-d.,
Elphidium selseyense), accompagnée d’une signature particulière de la matière organique. Cette dominance
récurrente à plusieurs stations pourrait être indicatrice d’une modification des communautés en réponse à une
introduction de matière organique d’origine anthropique. E. selseyense a aussi été observée avec un
pourcentage élevé (~40%) dans le port de Boulogne-sur-Mer (Francescangeli et al., 2020, sous le nom de
Cribroelphidium excavatum), qui est considéré comme pollué sur la base d’un indice basés sur les éléments
traces métalliques. Cette espèce a aussi été observée avec un pourcentage élevé (~20%) dans la marina de
Port Joinville (Ile d’Yeu ; Debenay et al., 2001).

Cependant, cette observation nécessite d’être corroboré par d’autres observations, avant que l’espèce E.
selseyense puisse être considérée comme bio-indicatrice d’enrichissement organique. Ainsi, dans cette étude,
l’absence de sites clairement pollués avec une réponse significative de la communauté de foraminifères, ne
permet pas d’identifier des espèces indicatrices de pollution, à l’exception peut-être d’E. selseyense. De plus,
la forte spécificité faunistiques des neuf estuaires étudiés, qui suggère un gradient biogéographique fort,
complique encore l’identification d’espèces bioindicatrices. Ainsi, l’absence d’une espèce particulière dans
un estuaire donné reflètera souvent les limites de sa répartition géographique plutôt que l’absence de
pollution. Pour cette raison, de futures investigations devraient se focaliser sur des sites localisés clairement
pollués (p. ex. des zones de rejets d’usine ou de stations d’épuration, des sites avec une activité portuaire très
intense) pour voir si les communautés de ces stations dévient par rapport à des communautés plus naturelles
dans les mêmes estuaires.

En milieu côtier, les indices de qualité écologique les plus fréquemment utilisés reposent sur la
tolérance des espèces à l’enrichissement en matière organique (p. ex. Foram-AMBI (Alve et al., 2016;
Jorissen et al., 2018), TSI-Med (Barras et al., 2014), FSI (Dimiza et al., 2016) et en partie le NQI_f (Alve et
al., 2019)). Les vasières estuariennes sont des zones naturellement riches en matière organique, et pour les
organismes vivant dans ces milieux la quantité de matière organique n’est probablement jamais un paramètre
limitant. De plus, la grande variabilité de ce paramètre est en grande partie liée à la granulométrie. De ce fait,
nous n’avons pas trouvé dans les estuaires étudiés, une relation forte entre les caractéristiques des
communautés et le pourcentage de matière organique du sédiment. Il semble donc que les indices de qualité
environnementale basés sur la tolérance/préférence des espèces pour certaines concentrations de matière

162
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

organique ne soient pas applicables dans les vasières estuariennes. Récemment, Bouchet et al., 2021 ont
proposé une adaptation de l’indice Foram-AMBI pour les masses d’eau de transition et les ports. Bien que
cet indice semble efficace pour les ports, nous déconseillons l’utilisation de cet indice pour les vasières
estuariennes.

Une autre approche consiste à utiliser la diversité comme indication de l’état de santé de
l’écosystème étudié (p. ex. exp(H’bc) (Bouchet et al., 2012, 2018a) et en partie le NQI_f (Alve et al., 2019)).
Comme détaillé en introduction, une diversité élevée en milieu côtier traduit un écosystème en bon état de
santé, tandis qu’une diminution de la diversité indique une perturbation. Cependant les écosystèmes
estuariens sont naturellement caractérisés par une diversité faible, et un gradient de diversité croissant de
l’amont vers l’aval. Les indices basés sur la diversité doivent donc être adaptés aux milieux estuariens. Une
piste de réflexion pourrait être l’utilisation du MII. En effet l’indice d’intrusion marine a montré une
corrélation positive avec la richesse spécifique, et également avec l’indice de Shannon (Figure V.20). Ainsi,
une pondération des indices de diversité par le MII permettrait de différencier une baisse de la diversité due à
la diminution de l’influence marine, de celle due à une perturbation anthropique. La comparaison du MII et
des indices EFI et EFDI, qui présentent une caractérisation quantitative des communautés, constitue une
autre piste prometteuse pour détecter des anomalies des communautés de foraminifères. Il faut maintenant
tester ces méthodes sur un jeu de données comportant des sites incontestablement pollués par des
introductions anthropiques.

5. Conclusion
Cette étude menée sur neuf estuaires localisés sur la côte atlantique française contribue à
l'amélioration des connaissances sur la répartition des foraminifères en milieu estuarien. Grâce à une étude
des enrichissements en éléments traces métalliques et à l’analyse de la matière organique nous avons conclu
que la très grande majorité des stations étudiées dans neufs estuaires de la façade atlantique ne présentaient
pas de pollution majeure ayant un impact visible sur les communautés de foraminifères. Ainsi, cette étude a
surtout permis de mieux connaitre la répartition naturelle de ces organismes dans les vasières estuariennes et
de comprendre le rôle structurant des paramètres naturels. Il apparait que les communautés de foraminifères
peuvent être divisés en quatre groupes : les assemblages typiques d’embouchure (présence d’espèce à
préférence marine tel que Ammonia beccarii, Haynesina depressula), les assemblages caractéristiques de la
partie aval (p. ex. Elphidium margaritaceum, E. selseyense, Quinqueloculina oblonga et Q. jugosa), les
assemblages du milieu de l’estuaire (caractérisés par de fortes abondances d'Haynesina germanica, puis
d'Ammonia spp. accompagnées d’Elphidium oceanense, E. williamsoni), et les assemblages de la partie
amont (constitués d’espèces agglutinées telles qu'Ammotium salsum, Ammobaculites agglutinans ou

163
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

Miliammina fusca). Le MII et ses composants (distance à la mer normalisée, temps d’émergence normalisé,
et la décharge fluviatile normalisée) ont montré de bonnes corrélations avec la distribution des
foraminifères en termes de diversité mais aussi d’abondances relatives de certains taxa. En revanche, dans
notre jeu de données, obtenu surtout aux sites estuariens non soumis à de forts enrichissements en matière
organique, le TOC ne parait pas être un paramètre contrôlant la distribution des communautés. Finalement,
nous proposons deux nouveaux indices pour décrire quantitativement les caractéristiques des communautés
de foraminifères des estuaires : l’EFI, basée sur les abondances relatives des quatre groupes d’espèces dans
les estuaires, et l’EFDI, basée sur la diversité de chacun de ces groupes dans les assemblages. La
comparaison du MII avec ces deux indices semble particulièrement prometteuse pour pouvoir distinguer des
assemblages avec une composition qui n’est pas en accord avec la position dans l’estuaire du site étudié. De
telles anomalies peuvent être la conséquence d’une perturbation anthropique.

164
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

Matériel supplémentaire

Tableau supplémentaire V.S1: Concentrations en éléments traces métalliques (mg/kg) mesurées dans le sédiment.
Station Cr Ni Cu Zn Cd Pb V Co As Mo Ag Sn Sb Ba U Th
Aulne 1 58.9 22.4 14.0 317 1.94 143.0 87 7.67 12.1 1.64 0.66 1.29 1.53 237 2.45 7.66
Aulne

Aulne 2 69.2 28.3 21.3 419 2.50 193.0 101 10.00 18.0 0.97 0.92 6.73 2.02 248 2.26 7.95
Aulne 3 71.5 30.2 22.7 508 3.99 232.0 97 10.60 16.8 1.05 1.26 4.51 2.45 257 2.47 8.12
Auray2019 1A 76.4 28.0 61.5 168 0.55 41.8 98 8.95 16.2 2.04 0.30 6.29 1.04 341 3.00 7.65
Auray2019 1B 63.9 23.4 16.2 123 0.47 35.9 83 7.79 11.4 2.03 0.23 5.15 0.87 412 2.65 5.79
Auray2019 1C 59.0 21.8 13.4 107 0.39 32.4 77 7.41 11.1 3.03 0.22 4.75 0.89 369 2.76 5.46
Auray2019 2A 81.8 30.3 23.1 154 0.56 43.4 104 9.11 17.1 2.75 0.32 6.50 0.99 295 3.28 9.39
Auray2019 2B 77.0 28.5 20.2 139 0.50 41.5 99 8.64 15.8 2.89 0.29 6.12 0.95 287 3.46 8.78
Auray2019 2C 71.8 26.2 18.6 125 0.48 37.4 90 7.98 16.4 2.25 0.29 5.72 0.91 289 2.95 7.89
Auray 2019

Auray2019 4A 66.0 24.5 14.6 108 0.39 35.0 86 7.90 13.3 4.39 0.24 5.23 0.94 358 3.31 6.73
Auray2019 4B 75.5 28.1 22.6 146 0.53 41.6 98 8.88 14.6 2.69 0.30 6.14 0.97 334 3.39 8.15
Auray2019 5A 79.2 29.2 25.7 173 0.58 44.4 98 9.14 18.0 1.55 0.37 7.07 1.02 297 3.01 8.70
Auray2019 5B 82.5 30.7 24.7 170 0.60 46.0 103 9.49 18.0 1.16 0.37 7.19 1.00 308 2.93 9.20
Auray2019 6A 71.4 26.2 21.8 160 0.58 42.6 88 8.39 17.8 1.39 0.36 6.19 0.95 313 2.88 7.54
Auray2019 6B 72.6 27.5 23.3 162 0.60 42.8 90 8.58 18.2 1.31 0.41 6.17 0.89 277 2.84 8.10
Auray2019 7 87.0 33.4 30.4 196 0.66 50.7 106 10.10 21.1 1.20 0.46 7.46 1.07 294 3.25 9.94
Auray2019 8A 71.1 27.8 25.5 173 0.63 42.5 86 8.45 19.2 1.59 0.43 6.34 0.88 272 2.98 7.92
Auray2019 8B 40.3 15.9 12.7 126 0.44 35.2 49 5.51 12.2 0.57 0.25 4.61 0.68 470 1.92 4.21
Auray2020 1A 77.3 26.8 27.6 159 0.34 45.7 91 8.59 14.6 2.52 0.20 6.54 1.03 300 2.99 6.93
Auray2020 1B 68.8 24.8 21.6 141 0.32 34.8 88 8.20 14.0 1.80 0.18 4.02 0.93 283 2.51 5.77
Auray2020 1C 68.4 25.5 17.3 132 0.29 34.9 91 8.56 12.7 1.69 0.15 4.52 1.00 312 2.57 6.10
Auray2020 2A 55.6 20.2 22.3 123 0.31 34.7 72 6.30 11.4 2.49 0.20 4.37 0.83 311 2.58 6.02
Auray2020 2B 77.2 27.0 21.5 143 0.34 34.3 92 8.20 14.1 2.82 0.22 14.70 0.80 256 2.87 6.87
Auray2020 2C 62.7 22.7 15.2 120 0.24 31.8 83 7.18 14.0 1.39 0.17 6.96 0.74 241 2.52 6.63
Auray 2020

Auray2020 4A 61.6 22.3 15.1 131 0.33 38.3 81 7.54 12.3 2.11 0.19 10.70 0.83 339 2.70 6.00
Auray2020 4B 57.1 20.9 12.7 106 0.22 30.6 76 7.08 10.2 2.10 0.12 6.48 0.77 323 2.56 5.14
Auray2020 5A 75.7 28.4 22.7 175 0.36 40.9 96 8.92 19.5 3.87 0.25 7.30 0.89 285 2.77 8.29
Auray2020 5B 86.1 32.2 36.5 201 0.39 43.3 106 10.00 23.2 1.17 0.26 9.69 1.02 266 2.78 8.63
Auray2020 6A 77.9 29.7 25.4 196 0.52 46.5 98 9.28 18.9 1.97 0.39 5.65 1.07 304 3.27 8.39
Auray2020 6B 80.5 30.8 25.6 198 0.49 44.9 101 9.92 16.2 1.34 0.32 8.71 0.97 286 3.13 8.67
Auray2020 7 78.3 29.0 28.1 194 0.43 42.7 94 9.17 20.6 0.99 0.33 7.05 0.88 249 2.58 8.17
Auray2020 8A 76.8 29.1 28.0 200 0.44 44.0 93 9.19 22.5 0.89 0.43 6.14 0.86 271 2.77 8.23
Auray2020 8B 75.0 30.0 28.6 247 0.66 44.4 93 10.20 22.9 1.13 0.36 5.84 0.98 279 3.45 7.75
Belon 1 36.8 16.9 10.1 68 0.20 18.1 46 5.85 11.7 0.72 0.18 3.39 0.34 214 1.01 2.09
Belon 3A 63.0 26.1 24.4 150 0.60 32.7 80 8.06 17.9 1.46 0.34 6.22 0.76 266 1.84 7.21
Belon 3B 28.2 14.2 7.9 63 0.22 14.6 34 4.81 7.3 0.53 0.17 2.88 0.19 199 1.04 2.79
Belon 4A 41.4 18.3 12.7 95 0.36 20.9 51 6.64 9.6 0.58 0.19 4.38 0.37 288 1.17 4.88
Belon

Belon 4B 20.2 8.6 4.3 38 0.15 11.7 22 3.53 3.0 0.35 0.12 1.71 0.20 199 0.77 0.75
Belon 5A 68.9 27.7 28.1 172 0.90 37.7 83 8.68 18.5 1.15 0.41 7.38 0.72 296 2.55 8.69
Belon 5B 62.6 24.6 24.8 163 0.85 33.9 74 8.02 16.1 1.10 0.39 7.07 0.64 320 2.20 7.47
Belon 6A 25.5 10.5 6.4 64 0.39 39.2 34 5.03 5.7 0.28 0.23 3.86 0.29 411 1.43 3.10
Belon 6B 35.2 13.6 11.3 97 0.75 24.2 45 6.24 10.9 0.83 0.30 5.41 0.37 322 2.88 4.61
Crac’h 1 9.5 3.5 1.6 37 0.03 19.7 13 1.40 1.7 0.16 0.05 1.82 0.72 339 0.64 1.40
Crac’h

Crac’h 2 63.0 22.4 39.1 155 0.22 34.1 80 7.23 13.2 2.10 0.19 8.91 0.90 235 2.40 6.71
Crac’h 3 76.8 28.9 43.9 182 0.23 40.8 102 9.35 18.3 1.21 0.21 12.50 1.11 265 2.82 8.16
Crac’h 4 61.4 22.1 31.1 211 0.21 38.0 80 7.67 13.4 0.92 0.23 7.06 0.99 343 2.62 6.62
Elorn 1 51.9 18.7 18.0 100 0.13 27.0 73 5.25 8.6 1.15 0.10 6.73 0.63 339 1.79 4.66
Elorn 2 59.9 22.2 33.9 202 0.59 51.6 78 7.03 17.6 0.87 0.33 6.63 0.98 270 2.05 6.90
Elorn

Elorn 3A 59.4 25.4 36.7 324 1.55 56.7 72 10.10 17.3 0.85 0.41 4.40 0.94 282 2.01 6.52
Elorn 3B 61.5 24.0 34.4 241 1.03 50.2 77 8.25 13.8 0.89 0.36 7.07 0.94 294 2.35 6.98
Elorn 4 61.8 27.6 37.4 361 1.45 53.3 75 10.60 16.5 0.85 0.39 5.04 0.93 302 2.34 6.94
Laïta 1 22.2 8.3 4.0 55 0.12 13.1 28 3.63 7.4 0.31 0.05 1.24 0.28 207 0.61 1.99
Laïta

Laïta 2 36.3 15.2 9.1 146 0.61 21.0 46 7.02 7.9 0.53 0.12 4.53 0.40 280 1.27 3.82
Laïta 3 29.5 13.7 7.6 156 0.75 18.9 36 6.73 6.5 0.44 0.14 4.55 0.37 268 0.93 2.92
Odet 1 58.8 23.4 20.4 170 0.46 37.6 82 7.84 13.4 1.94 0.29 8.28 1.07 253 2.38 6.11
Odet

Odet 2 54.2 21.5 18.4 151 0.35 36.8 73 8.16 16.3 0.97 0.28 7.28 1.04 236 1.98 5.53
Odet 3 30.2 11.4 12.6 104 0.31 31.9 41 5.40 10.2 0.76 0.23 11.70 0.92 233 1.81 4.22
Odet 4 50.8 21.2 22.7 171 0.55 38.0 67 8.31 16.9 0.80 0.40 7.84 1.78 291 2.32 4.65
Vie2018 1 18.1 12.0 9.4 40 0.10 10.8 33 4.00 8.4 0.30 0.20 1.60 1.20 293 1.10 2.60
Vie2018 2 80.1 30.7 30.5 162 0.40 39.8 102 12.30 24.0 1.00 0.50 6.10 1.50 314 2.30 9.35
Vie2018 3 62.1 22.8 20.9 121 0.30 32.9 77 9.50 13.2 0.90 0.40 4.50 1.20 332 2.30 7.25
Vie2018 4 11.6 7.9 5.0 27 0.10 12.7 22 3.00 7.4 0.90 0.10 1.00 0.80 241 0.80 1.92
Vie2018 5 51.7 22.3 17.8 104 0.30 28.7 71 8.30 15.5 0.80 0.40 3.80 1.00 213 1.70 5.94
Vie2018 6 52.5 22.6 26.5 128 0.30 30.0 73 8.90 16.7 2.40 0.40 4.00 1.00 218 1.70 6.16
Vie 2018

Vie2018 7A 60.3 24.9 31.4 138 0.30 33.9 82 9.80 19.3 0.90 0.40 4.70 1.20 245 1.90 6.91
Vie2018 7B 62.8 28.5 51.3 195 0.40 39.2 84 10.60 16.4 1.30 0.40 5.80 1.30 287 2.20 7.46
Vie2018 7C 63.9 25.1 19.3 127 0.30 35.9 82 10.20 14.5 2.50 0.50 4.80 1.20 268 2.30 7.26
Vie2018 8A 68.6 27.1 22.2 130 0.40 36.1 95 12.60 16.6 1.00 0.50 4.90 1.30 266 2.20 7.51
Vie2018 8B 59.8 24.7 20.8 122 0.40 34.8 80 10.00 17.5 1.00 0.40 4.70 1.20 266 2.00 7.11
Vie2018 9 53.0 21.3 20.2 114 0.30 31.1 69 9.30 15.6 1.60 0.40 4.00 1.10 280 2.00 6.43
Vie2018 10A 64.5 24.7 22.9 129 0.40 34.4 82 10.20 17.8 1.40 0.50 5.50 1.30 307 2.20 7.16
Vie2018 10B 50.6 23.7 19.6 108 0.30 30.1 64 9.10 14.9 0.70 0.90 3.80 1.10 293 1.80 6.11
Vi

20
20

Vie2020 2 55.8 18.9 15.1 99 0.18 28.3 72 8.15 12.2 0.68 0.22 3.90 0.93 326 2.15 7.03
e

165
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

Vie2020 3 67.7 26.4 21.7 131 0.22 35.0 92 9.94 19.3 0.84 0.24 5.27 1.13 307 2.10 8.97
Vie2020 4 18.7 9.0 5.0 31 0.07 12.2 27 4.75 7.6 0.43 0.11 1.54 0.84 271 0.82 2.37
Vie2020 5 63.0 25.5 20.0 113 0.17 34.3 90 9.62 22.1 1.09 0.23 5.07 1.07 230 1.95 7.97
Vie2020 7A 43.6 18.7 32.0 87 0.17 26.1 61 7.15 13.6 0.83 0.19 3.57 0.80 229 1.67 5.72
Vie2020 7B 62.4 24.7 21.6 113 0.20 34.3 87 9.62 19.5 0.94 0.33 4.89 1.01 236 1.94 7.97
Vie2020 7C 63.8 25.4 17.5 118 0.24 36.9 90 9.83 17.9 0.91 0.26 5.14 1.09 258 2.19 8.40
Vie2020 8A 60.8 24.0 18.2 127 0.23 34.7 86 9.51 17.8 0.93 0.25 4.88 1.06 250 2.09 7.93
Vie2020 8B 51.9 23.3 15.8 102 0.20 30.7 74 8.52 14.2 0.91 0.23 4.24 0.95 245 1.93 6.85
Vie2020 9 60.7 23.5 19.3 138 0.29 34.1 86 9.53 16.9 1.03 0.26 4.76 1.14 280 2.30 7.83
Vie2020 10A 51.2 20.1 17.5 110 0.24 30.1 71 8.16 15.8 0.78 0.26 4.28 0.91 273 2.22 6.96
Vie2020 10B 53.4 19.5 16.7 98 0.23 30.2 65 7.89 13.5 0.68 0.24 3.67 0.88 314 1.89 6.35
Vilaine 1A 75.0 29.5 18.2 158 0.35 42.2 93 12.20 21.4 1.05 0.41 5.45 1.12 335 2.07 8.27
Vilaine 1B 87.0 35.7 21.9 182 0.31 49.8 113 14.30 25.0 1.29 0.41 6.66 1.36 325 2.16 9.68
Vilaine

Vilaine 1C 84.2 35.2 21.7 180 0.32 48.7 109 13.80 24.1 1.05 0.38 6.19 1.26 302 2.07 9.36
Vilaine 2A 90.5 39.5 25.1 215 0.41 53.2 118 16.30 25.4 1.14 0.49 6.60 1.38 316 2.16 9.86
Vilaine 2B 92.0 40.7 25.0 222 0.40 53.1 120 16.50 24.4 1.05 0.43 6.64 1.41 332 2.22 10.11
Vilaine 3 85.5 48.8 35.9 395 1.75 45.1 116 27.10 23.8 0.75 0.54 5.82 1.58 498 2.62 9.10
Référence carotte
81.9 43.9 18.8 135 0.90 36.7 119 14.2 23.4 30.2 0.50 4.50 1.50 310 13.4 10.30
VIVAN 8

Tableau supplémentaire V.S2 : Facteur d’enrichissement calculés sur la base des concentrations en éléments traces métalliques
mesurées dans le sédiment.
EF EF EF EF EF EF EF EF EF EF EF EF EF EF EF
Station
(Cr) (Co) (Ni) (Cu) (Zn) (Cd) (Pb) (V) (As) (Mo) (Ag) (Sn) (Sb) (Ba) (U)
Aulne 1 0.97 0.73 0.69 1.00 3.15 2.90 5.23 0.98 0.70 0.07 1.76 0.39 1.37 1.03 0.25
Aulne

Aulne 2 1.10 0.91 0.84 1.47 4.01 3.60 6.83 1.10 1.00 0.04 2.39 1.94 1.74 1.04 0.22
Aulne 3 1.11 0.94 0.87 1.53 4.76 5.62 8.01 1.03 0.91 0.04 3.19 1.27 2.07 1.05 0.23
Auray2019 1A 1.26 0.85 0.86 4.41 1.67 0.83 1.53 1.10 0.93 0.09 0.81 1.88 0.93 1.48 0.30
Auray2019 1B 1.39 0.98 0.95 1.53 1.62 0.92 1.74 1.23 0.87 0.12 0.83 2.03 1.03 2.36 0.35
Auray2019 1C 1.36 0.98 0.94 1.34 1.48 0.82 1.66 1.22 0.90 0.19 0.84 1.99 1.11 2.24 0.39
Auray2019 2A 1.10 0.70 0.76 1.35 1.25 0.69 1.30 0.96 0.80 0.10 0.69 1.58 0.72 1.04 0.27
Auray2019 2B 1.10 0.71 0.76 1.26 1.20 0.64 1.33 0.97 0.79 0.11 0.69 1.60 0.74 1.09 0.30
Auray2019 2C 1.14 0.73 0.78 1.29 1.20 0.70 1.33 0.98 0.91 0.10 0.75 1.66 0.79 1.22 0.29
Auray 2019

Auray2019 4A 1.23 0.85 0.86 1.19 1.23 0.67 1.46 1.11 0.87 0.22 0.73 1.78 0.96 1.77 0.38
Auray2019 4B 1.17 0.79 0.81 1.52 1.36 0.75 1.43 1.04 0.79 0.11 0.75 1.73 0.82 1.36 0.32
Auray2019 5A 1.14 0.76 0.79 1.62 1.51 0.76 1.43 0.97 0.91 0.06 0.87 1.86 0.81 1.13 0.27
Auray2019 5B 1.13 0.75 0.78 1.47 1.41 0.75 1.40 0.97 0.86 0.04 0.82 1.79 0.75 1.11 0.25
Auray2019 6A 1.19 0.81 0.82 1.59 1.62 0.88 1.59 1.00 1.04 0.06 0.98 1.88 0.86 1.38 0.29
Auray2019 6B 1.13 0.77 0.80 1.58 1.52 0.84 1.48 0.95 0.99 0.06 1.03 1.74 0.76 1.14 0.27
Auray2019 7 1.10 0.74 0.79 1.68 1.50 0.76 1.43 0.92 0.94 0.04 0.95 1.72 0.74 0.98 0.25
Auray2019 8A 1.13 0.77 0.82 1.76 1.66 0.90 1.50 0.93 1.07 0.07 1.12 1.83 0.76 1.14 0.29
Auray2019 8B 1.20 0.95 0.88 1.66 2.28 1.19 2.34 1.00 1.27 0.05 1.23 2.50 1.11 3.71 0.35
Auray2020 1A 1.40 0.90 0.91 2.18 1.75 0.56 1.85 1.13 0.93 0.12 0.60 2.16 1.02 1.44 0.33
Auray2020 1B 1.50 1.03 1.01 2.05 1.86 0.64 1.69 1.32 1.07 0.11 0.63 1.60 1.11 1.63 0.33
Auray2020 1C 1.41 1.02 0.98 1.55 1.64 0.54 1.61 1.29 0.92 0.09 0.52 1.69 1.12 1.70 0.32
Auray2020 2A 1.16 0.76 0.79 2.03 1.55 0.58 1.62 1.03 0.83 0.14 0.68 1.66 0.95 1.72 0.33
Auray2020 2B 1.41 0.87 0.92 1.71 1.59 0.56 1.40 1.15 0.90 0.14 0.66 4.89 0.80 1.24 0.32
Auray2020 2C 1.19 0.79 0.80 1.25 1.38 0.41 1.34 1.08 0.93 0.07 0.54 2.40 0.77 1.21 0.29
Auray 2020

Auray2020 4A 1.29 0.91 0.87 1.38 1.66 0.63 1.79 1.17 0.91 0.12 0.66 4.09 0.94 1.88 0.35
Auray2020 4B 1.40 1.00 0.95 1.36 1.57 0.48 1.67 1.27 0.87 0.14 0.48 2.88 1.03 2.09 0.38
Auray2020 5A 1.15 0.78 0.80 1.50 1.60 0.50 1.39 1.00 1.04 0.16 0.62 2.02 0.74 1.14 0.26
Auray2020 5B 1.26 0.84 0.88 2.32 1.77 0.52 1.41 1.06 1.18 0.05 0.62 2.57 0.81 1.03 0.25
Auray2020 6A 1.17 0.80 0.83 1.66 1.78 0.71 1.56 1.00 0.99 0.08 0.96 1.54 0.88 1.20 0.30
Auray2020 6B 1.17 0.83 0.83 1.62 1.74 0.65 1.45 1.00 0.82 0.05 0.75 2.30 0.77 1.10 0.28
Auray2020 7 1.21 0.81 0.83 1.88 1.81 0.60 1.47 0.99 1.11 0.04 0.83 1.98 0.74 1.01 0.24
Auray2020 8A 1.17 0.81 0.83 1.87 1.84 0.62 1.50 0.97 1.21 0.04 1.06 1.71 0.71 1.10 0.26
Auray2020 8B 1.22 0.95 0.91 2.02 2.42 0.97 1.61 1.03 1.30 0.05 0.95 1.72 0.87 1.20 0.34
Belon 1 2.21 2.03 1.90 2.66 2.48 1.10 2.42 1.89 2.46 0.12 1.72 3.71 1.11 3.40 0.37
Belon 3A 1.10 0.81 0.85 1.85 1.58 0.95 1.27 0.95 1.10 0.07 0.98 1.97 0.72 1.22 0.20
Belon 3B 1.27 1.25 1.19 1.55 1.71 0.92 1.47 1.06 1.16 0.06 1.29 2.36 0.47 2.37 0.29
Belon 4A 1.07 0.99 0.88 1.42 1.48 0.84 1.20 0.90 0.87 0.04 0.82 2.06 0.53 1.96 0.18
Belon

Belon 4B 3.41 3.43 2.72 3.19 3.89 2.24 4.40 2.57 1.76 0.16 3.41 5.26 1.85 8.86 0.80
Belon 5A 1.00 0.72 0.75 1.77 1.50 1.18 1.22 0.82 0.94 0.05 0.97 1.94 0.57 1.13 0.23
Belon 5B 1.05 0.78 0.77 1.82 1.66 1.31 1.27 0.85 0.95 0.05 1.08 2.17 0.59 1.42 0.23
Belon 6A 1.04 1.18 0.80 1.13 1.58 1.43 3.55 0.94 0.81 0.03 1.50 2.85 0.64 4.41 0.35
Belon 6B 0.96 0.98 0.69 1.34 1.59 1.85 1.47 0.84 1.05 0.06 1.34 2.69 0.55 2.32 0.48
Crac’h 1 0.85 0.72 0.59 0.61 1.98 0.20 3.94 0.80 0.54 0.04 0.75 2.96 3.51 8.03 0.35
Crac’h

Crac’h 2 1.18 0.78 0.78 3.19 1.76 0.37 1.43 1.03 0.87 0.11 0.57 3.04 0.92 1.16 0.28
Crac’h 3 1.18 0.83 0.83 2.94 1.70 0.33 1.40 1.08 0.99 0.05 0.54 3.50 0.93 1.08 0.27
Crac’h 4 1.17 0.84 0.78 2.58 2.43 0.37 1.61 1.04 0.89 0.05 0.72 2.44 1.03 1.72 0.30
Elorn

Elorn 1 1.40 0.82 0.94 2.11 1.64 0.33 1.63 1.35 0.82 0.08 0.43 3.30 0.92 2.42 0.30
Elorn 2 1.09 0.74 0.75 2.69 2.22 0.97 2.10 0.97 1.12 0.04 0.97 2.20 0.98 1.30 0.23

166
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

Elorn 3A 1.14 1.13 0.91 3.09 3.77 2.72 2.44 0.95 1.17 0.04 1.29 1.54 0.99 1.44 0.24
Elorn 3B 1.11 0.86 0.81 2.70 2.62 1.69 2.02 0.95 0.87 0.04 1.06 2.32 0.92 1.40 0.26
Elorn 4 1.12 1.10 0.93 2.95 3.96 2.40 2.16 0.93 1.05 0.04 1.15 1.66 0.92 1.45 0.26
Laïta 1 1.41 1.32 0.98 1.11 2.10 0.70 1.85 1.20 1.63 0.05 0.54 1.43 0.96 3.45 0.24
Laïta

Laïta 2 1.19 1.33 0.93 1.30 2.91 1.83 1.54 1.03 0.91 0.05 0.64 2.71 0.72 2.44 0.25
Laïta 3 1.27 1.67 1.10 1.43 4.07 2.93 1.82 1.07 0.99 0.05 0.98 3.57 0.87 3.06 0.24
Odet 1 1.21 0.93 0.90 1.83 2.12 0.86 1.73 1.16 0.96 0.11 0.99 3.10 1.21 1.38 0.30
Odet

Odet 2 1.23 1.07 0.91 1.82 2.07 0.72 1.86 1.13 1.30 0.06 1.03 3.01 1.28 1.42 0.27
Odet 3 0.90 0.93 0.64 1.64 1.88 0.84 2.12 0.84 1.07 0.06 1.13 6.35 1.49 1.84 0.33
Odet 4 1.37 1.30 1.07 2.67 2.80 1.36 2.29 1.24 1.60 0.06 1.76 3.86 2.63 2.08 0.38
Vie2018 1 0.88 1.11 1.08 1.99 1.17 0.52 1.17 1.11 1.43 0.05 1.76 1.41 3.14 3.75 0.31
Vie2018 2 1.08 0.96 0.77 1.79 1.32 0.48 1.19 0.99 1.69 0.16 1.51 1.14 2.77 4.17 0.31
Vie2018 3 1.08 0.95 0.74 1.58 1.27 0.50 1.27 1.02 1.15 0.05 1.26 1.46 1.13 1.19 0.22
Vie2018 4 0.76 1.14 0.96 1.44 1.08 0.55 1.85 1.03 1.19 0.13 1.24 1.49 1.11 1.18 0.21
Vie2018 5 1.09 1.01 0.88 1.64 1.33 0.57 1.36 1.03 1.23 0.05 1.30 1.55 1.20 1.18 0.21
Vie2018 6 1.07 1.04 0.86 2.36 1.58 0.54 1.37 0.98 0.97 0.06 1.24 1.79 1.22 1.28 0.23
Vie 2018

Vie2018 7A 1.10 1.03 0.85 2.49 1.52 0.56 1.38 0.97 0.88 0.12 1.29 1.52 1.15 1.23 0.24
Vie2018 7B 1.06 1.03 0.90 3.77 1.99 0.59 1.48 1.09 0.97 0.05 1.30 1.49 1.19 1.18 0.23
Vie2018 7C 1.11 1.02 0.81 1.46 1.33 0.54 1.39 0.97 1.08 0.05 1.28 1.51 1.16 1.24 0.22
Vie2018 8A 1.15 1.22 0.85 1.62 1.32 0.55 1.35 0.93 1.07 0.08 1.29 1.43 1.20 1.45 0.23
Vie2018 8B 1.06 1.02 0.82 1.60 1.30 0.58 1.37 0.99 1.09 0.06 1.30 1.77 1.27 1.43 0.24
Vie2018 9 1.04 1.05 0.78 1.72 1.35 0.56 1.36 0.91 1.07 0.04 3.19 1.42 1.20 1.59 0.22
Vie2018 10A 1.13 1.04 0.81 1.75 1.37 0.60 1.35 0.94 1.13 0.04 1.18 1.49 1.07 1.12 0.19
Vie2018 10B 1.04 1.08 0.91 1.76 1.35 0.54 1.38 0.91 0.80 0.04 1.24 1.42 1.18 1.52 0.24
Vie2020 2 1.00 0.84 0.63 1.18 1.07 0.29 1.13 1.00 1.40 0.06 0.95 1.49 2.43 3.81 0.27
Vie2020 3 0.95 0.80 0.69 1.33 1.11 0.28 1.09 0.98 1.22 0.05 0.59 1.46 0.93 0.96 0.19
Vie2020 4 0.99 1.46 0.89 1.14 1.01 0.35 1.44 0.92 1.04 0.05 0.68 1.43 0.96 1.33 0.22
Vie2020 5 0.99 0.88 0.75 1.37 1.08 0.25 1.21 0.94 1.08 0.04 0.85 1.40 0.87 0.98 0.19
Vie2020 7A 0.96 0.91 0.77 3.07 1.15 0.35 1.28 0.92 0.94 0.04 0.64 1.40 0.89 1.02 0.20
Vie 2020

Vie2020 7B 0.98 0.88 0.73 1.48 1.08 0.28 1.21 0.94 0.99 0.04 0.65 1.41 0.92 1.05 0.20
Vie2020 7C 0.96 0.85 0.71 1.14 1.07 0.32 1.23 0.93 0.91 0.05 0.69 1.42 0.95 1.19 0.22
Vie2020 8A 0.96 0.87 0.71 1.26 1.21 0.33 1.23 0.95 0.95 0.04 0.67 1.39 1.00 1.19 0.23
Vie2020 8B 0.95 0.90 0.80 1.26 1.14 0.34 1.26 0.88 1.00 0.04 0.77 1.41 0.90 1.30 0.25
Vie2020 9 0.97 0.88 0.70 1.35 1.34 0.42 1.22 0.89 0.93 0.04 0.77 1.32 0.95 1.65 0.23
Vie2020 10A 0.93 0.85 0.68 1.38 1.21 0.40 1.22 0.88 0.76 0.03 0.64 1.27 0.90 1.54 0.23
Vie2020 10B 1.06 0.90 0.72 1.44 1.17 0.41 1.33 0.88 0.95 0.03 0.55 1.34 0.86 1.14 0.18
Vilaine 1A 1.14 1.07 0.84 1.21 1.45 0.49 1.43 0.96 1.14 0.04 1.02 1.51 0.93 1.35 0.19
Vilaine 1B 1.13 1.07 0.86 1.24 1.43 0.37 1.44 1.01 1.14 0.05 0.88 1.58 0.97 1.12 0.17
Vilaine

Vilaine 1C 1.13 1.07 0.88 1.27 1.46 0.39 1.46 1.00 1.13 0.04 0.83 1.52 0.93 1.07 0.17
Vilaine 2A 1.15 1.20 0.94 1.39 1.66 0.48 1.52 1.03 1.13 0.04 1.01 1.53 0.96 1.07 0.17
Vilaine 2B 1.14 1.18 0.94 1.35 1.67 0.45 1.47 1.02 1.06 0.04 0.87 1.50 0.95 1.09 0.17
Vilaine 3 1.18 2.16 1.26 2.16 3.30 2.19 1.39 1.09 1.15 0.03 1.21 1.46 1.19 1.82 0.22

Tableau supplémentaire V.S3 : Eigen values et proportion expliquée des axes de la ACP basée sur les éléments trace métallique
(avec une normalisation).
PC1 PC2 PC3 PC4 PC5 PC6 PC7 PC8 PC9 PC10 PC11 PC12 PC13 PC14 PC15
Eigenvalues 7.57 2.67 1.26 1.06 0.75 0.48 0.39 0.28 0.22 0.13 0.10 0.04 0.03 0.01 0.007
Proportion
0.504 0.179 0.084 0.071 0.050 0.032 0.026 0.019 0.015 0.008 0.007 0.003 0.002 0.0008 0.0005
expliquée

Tableau supplémentaire V.S4 : Valeurs de TOC (percentage of total organic matter), TN (percentage of total nitrogen), et les
rapports C/N et δ13C.
Estuary

Estuary

% %
Station TOC% TN% C/N δ13C grains Station TOC% TN% C/N δ13C grains
< 63µm < 63µm

Elorn 1 0.10 NA NA -22.60 15.1 Auray2020 1A 2.12 0.32 6.57 -18.04 66.9
Elorn 2 2.13 0.29 7.44 -23.16 69.2 Auray2020 1B 1.48 0.23 6.53 -18.85 68.5
Elorn

Auray 2020

Elorn 3A 1.93 0.24 8.20 -24.70 72.6 Auray2020 1C 1.45 0.23 6.33 -19.47 61.7
Elorn 3B 2.61 0.25 10.32 -26.62 54.4 Auray2020 2A 1.03 0.18 5.76 -18.85 59.1
Elorn 4 2.17 0.23 9.46 -26.15 59.0 Auray2020 2B 2.15 0.37 5.89 -18.56 65.0
Aulne 1 1.58 0.24 6.55 -22.10 69.3 Auray2020 2C 2.11 0.35 6.03 -18.70 75.3
Aulne

Aulne 2 2.02 0.25 8.03 -24.68 70.9 Auray2020 4A 1.28 0.21 5.99 -18.17 64.9
Aulne 3 1.94 0.22 9.01 -26.82 65.2 Auray2020 4B 0.97 0.15 6.40 -18.46 59.3

167
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

Odet 1 2.87 0.47 6.12 -21.66 64.4 Auray2020 5A 2.35 0.33 7.22 -18.72 63.2
Odet

Odet 2 2.46 0.34 7.22 -22.92 53.5 Auray2020 5B 2.05 0.29 7.12 -21.06 73.5
Odet 3 1.27 0.16 8.21 -24.50 46.1 Auray2020 6A 2.24 0.33 6.84 -21.22 73.6
Odet 4 1.66 0.22 7.59 -24.90 67.9 Auray2020 6B 1.96 0.28 7.08 -22.29 62.6
Belon 1 1.48 0.20 7.28 -18.82 32.4 Auray2020 7 2.35 0.37 6.40 -21.67 71.9
Belon 3A 2.69 0.39 6.97 -23.54 68.0 Auray2020 8A 2.47 0.34 7.34 -22.59 70.2
Belon 3B 0.93 0.12 7.99 -19.65 21.1 Auray2020 8B 3.35 0.39 8.58 -24.46 58.7
Belon 4A 1.24 0.16 7.53 -23.84 31.4 Vie2018 1 0.17 NA NA NA 4.5
Belon

Belon 4B 0.32 0.04 8.70 -15.87 4.3 Vie2018 2 0.30 NA NA NA 4.0

Belon 5A 3.29 0.46 7.20 -24.53 77.6 Vie2018 3 2.27 0.27 8.45 -14.31 72.4
Belon 5B 3.56 0.46 7.72 -25.00 67.8 Vie2018 4 2.08 0.26 7.90 -15.54 66.0
Belon 6A 1.41 0.15 9.32 -26.94 36.5 Vie2018 5 2.15 0.27 8.09 -17.41 72.9
Belon 6B 3.65 0.37 9.88 -27.65 60.1 Vie2018 6 1.96 0.24 8.15 -17.73 65.0

Vie 2018
Laïta 1 0.59 NA NA NA 16.7 Vie2018 7A 1.34 0.22 6.09 -19.11 75.0
Laïta

Laïta 2 1.45 0.19 7.50 -25.11 29.8 Vie2018 7B 1.56 0.27 5.81 -21.00 79.0
Laïta 3B 0.89 0.13 7.00 -25.37 43.4 Vie2018 7C 1.95 0.25 7.70 -14.96 74.7
Crac’h 1 NA NA NA NA 3.9 Vie2018 8A 1.47 0.14 10.19 -13.58 76.3
Crac’h

Crac’h 2 1.55 0.25 6.20 -20.39 83.2 Vie2018 8B 1.96 0.24 8.28 -23.20 63.8
Crac’h 3 2.08 0.33 6.26 -20.65 68.3 Vie2018 9 1.51 0.13 11.20 -22.77 70.2
Crac’h 4 1.39 0.21 6.49 -21.34 67.1 Vie2018 10A 1.72 0.22 7.81 -24.88 79.4
Auray2019 1A 1.66 0.25 6.61 -18.77 76.6 Vie2018 10B 1.16 0.17 6.67 -19.82 88.5
Auray2019 1B 1.43 0.20 7.07 -18.27 66.9 Vie2020 2 0.36 0.03 11.85 NA 5.6
Auray2019 1C 1.53 0.23 6.58 -17.71 49.4 Vie2020 3 1.95 0.35 5.57 -20.61 72.7
Auray2019 2A 2.27 0.33 6.78 -18.87 83.0 Vie2020 4 2.05 0.21 9.90 -18.71 57.4
Auray2019 2B 1.88 0.31 6.01 -18.84 85.5 Vie2020 5 2.28 0.34 6.63 -19.33 75.8
Auray2019 2C 2.33 0.37 6.27 -18.04 83.4 Vie2020 7A 2.05 0.32 6.42 -19.46 78.3
Vie 2020
Auray 2019

Auray2019 4A 1.56 0.24 6.41 -18.69 67.0 Vie2020 7B 1.60 0.25 6.34 -20.50 67.7
Auray2019 4B 2.22 0.33 6.74 -19.35 68.3 Vie2020 7C 1.30 0.19 6.69 -20.58 68.7
Auray2019 5A 2.40 0.35 6.82 -19.93 83.9 Vie2020 8A 1.41 0.22 6.39 -21.54 74.6
Auray2019 5B 2.28 0.32 7.19 -21.08 80.4 Vie2020 8B 1.07 0.16 6.68 -21.18 68.9
Auray2019 6A 2.17 0.29 7.59 -21.13 77.2 Vie2020 9 1.19 0.18 6.52 -21.37 68.2
Auray2019 6B 2.15 0.28 7.61 -21.32 79.0 Vie2020 10A 1.12 0.17 6.50 -22.40 75.7
Auray2019 7 2.91 0.37 7.97 -21.21 84.7 Vie2020 10B 1.38 0.22 6.25 -22.90 75.1
Auray2019 8A 2.93 0.34 8.62 -22.69 78.5 Vilaine 1A 1.19 0.21 5.56 -21.76 84.7
Auray2019 8B 1.23 0.13 9.49 -23.86 54.9 Vilaine 1B 1.51 0.26 5.77 -22.57 86.5
Vilaine

Vilaine 1C 1.39 0.25 5.68 -22.77 87.6

Vilaine 2A 2.03 0.34 5.91 -23.06 91.0
Vilaine 2B 1.82 0.33 5.59 -23.22 91.5
Vilaine 3 2.00 0.35 5.80 -29.00 81.1

Tableau supplémentaire V.S5A : Données d’abondances (en ind/50cc) dans l’estuaire de l’Aulne.
Elphidium margaritaceum

Quinqueloculina oblonga
Miliolinella subrotunda
Elphidium williamsoni

Haynesina germanica
Elphidium oceanense
Elphidium decipiens

Elphidium incertum
Elphidium gerthi
Ammonia spp.
Estuary

Station

1 212,7 5,5 13,8 2,8 47,0 16,6 323,2 2,8 24,9

Aulne 2 69,1 2,8 38,7 5,5 219,6 24,9
3 4,1 66,3

168
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

Tableau supplémentaire V.S5B : Données d’abondances (en ind/50cc) dans l’estuaire d’Auray.

Ammobaculites agglutinans

Haplophragmoides wilberti
Elphidium margaritaceum

Quinqueloculina oblonga
Quinqueloculina jugosa
Miliolinella subrotunda
Asterigerinata mamilla

Morulaeplecta bulbosa
Elphidium williamsoni

Stainforthia fusiformis
Haynesina depressula

Haynesina germanica
Elphidium selseyense
Elphidium oceanense

Eggerelloides scaber

Trochammina inflata
Aubignyna perlucida

Elphidium macellum
Elphidium decipiens

Elphidium incertum
Ammonia beccarii

Ammotium salsum

Miliammina fusca
Elphidium gerthi

Acostata mariei
Ammonia spp.

Miliolid sp.
Estuary

Station

1 2, 0, 257,
36,2 0,5 7,5 10,3 1,4 1,9 0,5
A 1 3 1
1 115, 116, 150, 8, 0, 569, 23,
2,9 0,4 4,6 3,7 65,3 0,2
B 4 3 5 5 9 2 7
1 182, 17, 11, 305, 167, 6, 2, 55, 767, 108, 48, 0,
1,8 3,7 2,6
C 0 6 7 2 2 8 8 9 6 8 5 7
2
0,2 21,9 0,2
A
2 0, 0, 0, 1,
1,8 0,2 26,9 0,2 0,7 0,2
B 9 2 5 2
2 8, 0, 0, 451, 0,
99,4 1,4 5,5 35,5 3,5 0,2
C 3 2 9 9 2
4 1, 539,
25,0 0,6 1,2 3,4 20,5 27,0 31,4 2,8
Auray 2019

A 0 2
4 0, 239, 0,
39,1 0,3 1,8 2,8 8,5 0,7 1,4 0,2
B 2 9 2
5 272,
2,8 1,8 0,5 0,2 0,2
A 8
5 0, 2, 0, 240, 1,
36,6 0,7 2,1 6,9 15,0 3,0 1,4 0,2
B 2 1 5 8 2
6 0, 5, 0, 760,
22,6 0,8 2,5 6,5 9,5
A 2 5 6 8
6 1, 2, 0, 723, 0, 1,
97,4 1,5 4,6 0,6 7,1 32,4 18,6 6,9 0,2
B 8 5 6 7 2 4
0, 110,
7 17,0 0,5 3,7 6,2
7 5
8 0, 0,
22,8 5,8 55,9 3,5 23,5 1,2 0,5
A 5 2
8 1, 134, 15,
0,5 4,3 13,7 3,9
B 2 3 0
1 0, 185, 111, 0, 2, 780, 34,
0,7 8,3 1,4 50,4 2,1
A 7 8 2 7 1 4 5
1 0, 4, 2, 418, 25, 3, 2,
87,0 3,5 58,0 6,2 42,1 7,6 2,1
B 7 8 1 5 6 5 1
1 1, 8, 108, 1, 0, 10, 2, 23,
72,5 0,7 4,1 6,9 18,0 0,7
C 4 3 4 4 7 4 1 5
2 5, 6,
0,7 5,5 74,6 80,1 68,4 0,7
A 5 9
2 4,
1,4 33,8 4,8 9,0 35,2
B 8
2 0, 305, 17, 1,
71,8 0,7 2,1 31,1 63,5 29,0 1,4
C 7 9 3 4
4 3,
4,1 18,6 3,5 1,4 6,2
Auray 2020

A 5
4 241, 0, 0, 0, 302, 14, 6, 119, 109, 12, 0,
0,2 0,5 94,8 29,9 21,6 0,2
B 3 2 2 9 3 0 2 9 1 4 2
5 198, 2, 0, 507, 55,
13,8 47,0 5,5 11,0
A 9 8 7 6 2
5 2, 109, 13,
33,1 0,7 1,4 5,5
B 1 8 8
6 127, 2, 2, 0,
33,8 0,7 4,1 11,7 13,1 5,5 2,1 0,7
A 8 1 1 7
6 4,
13,8 33,1 53,2 1,4 14,5 11,7 2,1 0,7
B 8
354,
7 91,9 51,1 1,4 1,4 1,4
3
8 0,
20,7 0,7 12,4 74,6 2,1 57,3 15,2 0,7
A 7
8 643, 4, 631, 236, 4, 499, 504,
2,1 29,7 4,1
B 0 1 9 9 1 3 8

169
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

Tableau supplémentaire V.S5C : Données d’abondances (en ind/50cc) dans l’estuaire de du Belon.

Ammobaculites agglutinans
Elphidium margaritaceum

Quinqueloculina oblonga
Quinqueloculina jugosa
Miliolinella subrotunda
Asterigerinata mamilla

Elphidium williamsoni

Haynesina depressula

Haynesina germanica
Elphidium oceanense

Eggerelloides scaber
Discorbis vilerboana

Elphidium incertum
Cibicides lobatulus

Elphidium crispum

Miliammina fusca
Acostata mariei
Ammonia spp.
Estuary

Station

1 24,5 19,6 2,1 6,3 35,8 22,6 43,9 195,2 359,0 8,2 198,4 1,9
3A 7,9 4,9 4,7 20,3 364,5 15,6 26,9
3B 11,0 2,1 21,4 0,7 1,4 3,5 2,1 48,3 2,8 2,1 1,4
4A 18,6 2,1 1,4 0,7 12,4 1,4 263,8 2,8 2,8
Belon

4B 9,0 9,0 67,7 10,4 2,8 22,1 0,7 2,1

5A 2,8
5B 0,7 3,5 82,2
6A 2,8 20,7 2,1 28,3 12,4 174,0
6B 0,7 11,7 41,4

Tableau supplémentaire V.S5D : Données d’abondances (en ind/50cc) dans l’estuaire de de Crac’h.

Ammobaculites agglutinans

Haplophragmoides wilberti
Elphidium margaritaceum

Quinqueloculina oblonga
Quinqueloculina jugosa
Asterigerinata mamilla

Elphidium williamsoni

Haynesina depressula

Haynesina germanica
Elphidium oceanense

Eggerelloides scaber
Discorbis vilerboana
Aubignyna perlucida

Elphidium incertum

Ammotium salsum
Ammonia beccarii

Ammonia spp.
Estuary

Station

1 5,5 74,6 1,4 0,7 73,9 11,0 16,6 130,5 154,0 30,4
Crac’h

2 53,2 0,7 100,1 18,0 36,6 1,4

3 109,8 1,4 5,5 721,0 2,8 20,7
4 160,9 9,7 1,4 89,8 2,8 240,3 3,5 9,0 4,8 1,4 5,5 1,4

Tableau supplémentaire V.S5E : Données d’abondances (en ind/50cc) dans l’estuaire de l’Elorn.
Elphidium margaritaceum

Quinqueloculina oblonga
Quinqueloculina jugosa
Asterigerinata mamilla

Elphidium williamsoni

Stainforthia fusiformis
Haynesina depressula

Haynesina germanica
Elphidium oceanense

Elphidium selseyense

Eggerelloides scaber

Trochammina inflata
Elphidium incertum

Ammotium salsum
Ammonia beccarii

Elphidium gerthi
Ammonia spp.
Estuary

Station

1 6,9 2,8 1,4 5,5 13,8 3,5 285,2 0,7

2 58,7 0,7 2,8 20,7 0,7 3,5 276,9 8,3 73,2
Elorn

3A 176,8 2,8 44,2 2,8 410,9 40,1 31,8

3B 14,5 2,1 45,6 6,9 2,1
4 5,5 1,4 50,4 5,5

Tableau supplémentaire V.S5F : Données d’abondances (en ind/50cc) dans l’estuaire de la Laïta.

Ammonia Asterigerinata Cibicides Elphidium Elphidium Haynesina Quinqueloculina

Estuary Station
spp. mamilla lobatulus margaritaceum williamsoni germanica oblonga
1 10,4 1,4 2,8 26,9 25,6 2,1
Laïta 2 85,6 35,9 745,9 2,8
3 3,5 7,6 49,0

170
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

Tableau supplémentaire V.S5G : Données d’abondances (en ind/50cc) dans l’estuaire de l’Odet.

Ammobaculites agglutinans
Elphidium margaritaceum

Quinqueloculina oblonga
Quinqueloculina jugosa
Asterigerinata mamilla

Elphidium williamsoni

Haynesina depressula

Haynesina germanica
Elphidium oceanense

Elphidium selseyense
Discorbis vilerboana

Trochammina inflata
Elphidium incertum
Cibicides lobatulus

Ammotium salsum

Miliammina fusca
Ammonia spp.
Estuary

Station

1 51,1 1,4 0,7 0,0 2,1 6,2 15,9 1,4 5,5 0,0 415,7 3,5 1,4 0,0 0,0 0,0
Odet

2 121,5 2,8 0,0 0,0 5,5 5,5 88,4 2,8 38,7 5,5 486,2 2,8 13,8 0,0 0,0 0,0
3 397,8 0,0 0,7 0,7 0,0 11,7 382,6 4,1 111,9 0,0 402,6 7,6 13,1 0,0 0,0 0,0 0,7
4 82,2 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 217,5 0,0 200,3 0,0 169,2 35,9 2,1 3,5 31,1 125,0

Tableau supplémentaire V.S5H : Données d’abondances (en ind/50cc) dans l’estuaire de la Vie.

Quinqueloculina jugosa
Miliolinella subrotunda
Asterigerinata mamilla

Elphidium williamsoni

Haynesina germanica
Elphidium oceanense

Elphidium selseyense
Elphidium poeyanum
Discorbis vilerboana

Trochammina inflata
Aubignyna perlucida

Elphidium macellum
Elphidium incertum
Cibicides lobatulus

Elphidium crispum
Ammonia beccarii

Elphidium gerthi

Quinqueloculina
margaritaceum

Ammobaculites
Ammonia spp.

magellanicum

agglutinans
Elphidium

Elphidium

oblonga
Estuary

Station

1 6,7 0,7 0,5 1,6 0,5 0,9 2,3 0,2 0,5 21,6 12,0 0,9 0,5 1,8
2 0,2 3,2 194,1 0,7 1,4 3,9 4,1 12,4
3 24,1 0,9 0,2 0,2 3,4 2,5 2,1 299,7 6,9 231,4 0,9 12,8 9,1
4 23,0 0,9 1,4 10,6 1,4 1,8 427,3 1,4 87,9 35,5 30,8 0,5
5 2,5 0,5 0,5 0,5 112,1 0,2 48,1 2,1 3,0
6 39,0 1,8 0,5 0,5 0,9 61,8 0,5 512,9 4,9 4,6
Vie 2018

7A 107,5 11,5 0,9 3,7 1607,0 5,3 5,8 1,2

7B 73,9 1,2 21,4 1,8 1157,0 23,5 3,7
7C 147,3 0,6 0,9 1,8 4,3 76,7 2,5 628,6 23,6 19,0
8A 209,5 48,1 0,5 5,5 1480,7 21,4 32,5
8B 247,7 15,7 131,7 608,7 55,2 17,5
9 376,6 22,1 48,8 1,8 375,7 51,6 12,0
10A 367,2 30,8 3,7 473,1 7,1 0,7
10B 100,8 1,8 0,5 0,5 80,3 14,7 3,2
2 30,4 399,2 1,4 15,2 4,8 9,7
3 247,9 1006,9 487,6 6,2 11,0
4 44,2 2,8 5,5 1783,1 190,6 1,4 6,9 2,8
5 207,2 907,5 616,0 1,4 1,4 9,7
7A 53,9 2,8 38,7 1247,2 4,1 4,1 2,8 4,1
Vie 2020

7B 65,6 0,9 151,0 671,3 16,9 1,8

7C 218,2 2,8 1,4 312,2 946,1 5,5
8A 34,5 2,8 19,3 638,8 0,7
8B 118,8 4,1 40,1 1859,1 5,5 11,0 2,8
9 200,3 5,5 0,7 47,7 1725,1 5,5 11,0 5,5 2,8
10A 49,0 258,3
10B 26,9 2,1 312,8 2,1

Tableau supplémentaire V.S5I : Données d’abondances (en ind/50cc) dans l’estuaire de la Vilaine.

Elphidium
Estuary Station Ammonia spp. Elphidium oceanense Haynesina germanica
selseyense
1A 1584,3 22,7 1347,6
1B 421,3 836,3
1C 145,7 9,7 129,8
Vilaine 2A 223,8 1,4 0,7 5,5
2B 588,8 63,6
3 2,8 4,1

171
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

Tableau supplémentaire V.S6 : Score des indices MII (Marine influence index), EFI (Estuarine foraminifera index) et EFDI
(Estuarine foraminiferal diversity index)
Estuary

Estuary

Estuary
Station MII EFI EFDI Station MII EFI EFDI Station MII EFI EFDI

Elorn 1 0,82 6,69 0,67 Auray2019 1A 0,48 3,43 0,41 Vie2018 1 1,00 5,78 0,70
Elorn 2 0,56 3,97 0,56 Auray2019 1B 0,67 3,87 0,48 Vie2018 2 0,49 6,50 0,58
Elorn

Elorn 3A 0,20 3,39 0,38 Auray2019 1C 0,66 4,31 0,44 Vie2018 3 0,70 5,10 0,61
Elorn 3B 0,26 3,56 0,33 Auray2019 2A 0,08 3,26 0,22 Vie2018 4 0,71 5,90 0,55
Elorn 4 0,04 3,04 0,25 Auray2019 2B 0,17 3,14 0,39 Vie2018 5 0,58 5,61 0,52
Aulne 1 0,86 3,39 0,48 Auray2019 2C 0,58 3,34 0,48 Vie2018 6 0,72 3,73 0,50
Aulne

Vie 2018
Auray 2019

Aulne 2 0,54 3,58 0,44 Auray2019 4A 0,25 3,14 0,33 Vie2018 7A 0,18 3,35 0,42
Aulne 3 0,23 3,33 0,33 Auray2019 4B 0,44 3,27 0,30 Vie2018 7B 0,30 3,45 0,48
Odet 1 0,64 3,46 0,61 Auray2019 5A 0,29 3,35 0,28 Vie2018 7C 0,66 3,80 0,50
Odet

Odet 2 0,54 3,54 0,61 Auray2019 5B 0,37 3,23 0,39 Vie2018 8A 0,25 3,44 0,48
Odet 3 0,29 3,42 0,50 Auray2019 6A 0,21 3,26 0,42 Vie2018 8B 0,64 3,96 0,50
Odet 4 0,06 2,87 0,30 Auray2019 6B 0,28 3,19 0,39 Vie2018 9 0,58 3,76 0,48
Belon 1 0,44 5,76 0,63 Auray2019 7 0,24 3,20 0,33 Vie2018 10A 0,10 3,36 0,44
Belon 3A 0,12 3,69 0,48 Auray2019 8A 0,13 2,40 0,17 Vie2018 10B 0,36 3,63 0,48
Belon 3B 0,21 5,29 0,61 Auray2019 8B 0,17 0,09 0,11 Vie2020 2 0,48 6,41 0,56
Belon 4A 0,09 3,45 0,58 Auray2020 1A 0,49 3,60 0,55 Vie2020 3 0,54 5,27 0,53
Belon

Belon 4B 0,13 8,10 0,67 Auray2020 1B 0,83 3,71 0,53 Vie2020 4 0,68 6,26 0,52
Belon 5A 0,01 3,33 0,33 Auray2020 1C 0,68 3,83 0,52 Vie2020 5 0,56 5,09 0,56
Belon 5B 0,01 3,33 0,33 Auray2020 2A 0,11 1,19 0,22 Vie2020 7A 0,18 3,42 0,38
Belon 6A 0,00 1,03 0,28 Auray2020 2B 0,18 1,68 0,27 Vie 2020 Vie2020 7B 0,29 3,92 0,61
Belon 6B 0,00 0,00 0,00 Auray2020 2C 0,73 3,66 0,41 Vie2020 7C 0,74 4,02 0,47
Auray 2020

Laïta 1 0,42 4,70 0,67 Auray2020 4A 0,26 3,15 0,33 Vie2020 8A 0,23 3,42 0,47
Laïta

Laïta 2 0,29 3,34 0,42 Auray2020 4B 0,55 2,68 0,31 Vie2020 8B 0,53 3,42 0,43
Laïta 3B 0,14 3,33 0,33 Auray2020 5A 0,29 3,48 0,41 Vie2020 9 0,58 3,43 0,44
Crac’h 1 0,46 5,93 0,67 Auray2020 5B 0,46 3,50 0,48 Vie2020 10A 0,11 3,29 0,33
Crac’h

Crac’h 2 0,39 4,18 0,39 Auray2020 6A 0,22 3,14 0,30 Vie2020 10B 0,49 3,37 0,50
Crac’h 3 0,37 3,43 0,56 Auray2020 6B 0,38 2,57 0,25 Vilaine 1A 0,19 3,33 0,33
Crac’h 4 0,14 3,31 0,37 Auray2020 7 0,31 3,33 0,33 Vilaine 1B 0,24 3,33 0,33
Vilaine

Auray2020 8A 0,14 2,08 0,37 Vilaine 1C 0,30 3,45 0,44

Auray2020 8B 0,20 1,98 0,26 Vilaine 2A 0,09 3,34 0,42
Vilaine 2B 0,11 3,33 0,33
Vilaine 3 0,07 3,33 0,33

172
Chapitre 5: Répartition des foraminifères dans les vasières de neuf estuaires de la façade atlantique française

173
Chapitre 6: Synthèse

Chapitre 6: Synthèse

Chapitre 6

Synthèse

174
Chapitre 6: Synthèse

Les objectifs de ce travail de thèse étaient de 1) mieux comprendre la répartition naturelle des
foraminifères dans un milieu estuarien, afin de 2) pouvoir donner des pistes concernant le développement
d’une méthode de bio-indication adaptée au suivi des vasières estuariennes.

Le chapitre 2 s’inscrit directement dans cette thématique en décrivant la répartition des espèces de
foraminifères dans les estuaires d’Auray et de la Vie, et en investiguant leurs relations avec les paramètres
environnementaux. Les chapitres 3 et 4 se concentrent plus particulièrement sur la morpho-espèce Ammonia
tepida, qui peut être dominante dans les écosystèmes estuariens. Des analyses récentes ont démontré que
cette morpho-espèce est composée de plusieurs espèces pseudo-cryptiques dont l’une est suspectée d’être
exotique, voire invasive. Le chapitre 3 étudie la répartition actuelle de ces trois espèces d’Ammonia, tandis
que le chapitre 4 se focalise sur l’histoire de l’espèce supposément exotique/invasive dans l’estuaire de la
Loire. Le chapitre 5 élargit l’approche suivie dans le deuxième chapitre à neuf estuaires de la façade
atlantique. Dans ce dernier chapitre nous proposé des indices qui décrivent quantitativement la position des
communautés le long du gradient estuarien.

1. Répartition des foraminifères en milieu estuarien

1.1. Description des communautés estuariennes

Pour répondre au premier objectif de cette thèse, nous avons étudié la répartition des foraminifères dans neuf
estuaires de la façade atlantique française. Grâce à ces observations, (décrites aux chapitres 2 et 5), nous
proposons un modèle de succession des espèces le long du gradient estuarien. Ce modèle (Figure VI.2) est
inspiré par celui de Debenay (Figure VI.1) (Debenay et al., 2000). Le modèle de Debenay, est basé sur trois
estuaires et propose : 1) un gradient longitudinal amont-aval avec trois espèces morphologiques dominantes :
Haynesina germanica, Ammonia tepida, et Miliammina fusca, et 2) un gradient transversal, du schorre au
chenal, avec des espèces calcaires ([Link]., Haynesina germanica) dans la partie basse de la vasière et des
espèces agglutinées (Ammotium salsum, Trochammina inflata, Haplophragmoides wilberti) sur le schorre.
Sur la base de nos observations dans les neuf estuaires étudiés, nous avons affiné ce modèle, en identifiant
plusieurs espèces typiques pour chacune des différentes zones de l’estuaire. Chaque estuaire présente une
succession d’espèces appartenant à quatre groupes : partie marine, partie aval, partie intermédiaire et partie
amont des estuaires. Cependant, les espèces typiques de chaque groupe peuvent être différentes d’un estuaire
à un autre. En effet, chaque estuaire présente une communauté avec un assemblage spécifique d’espèces de
foraminifères. Plusieurs facteurs peuvent expliquer les différences observées entre les estuaires étudiés : 1) la
géomorphologie et le microclimat, 2) l’histoire de l’occupation et l’utilisation anthropiques, et 3) l’histoire
de la biocénose ([Link]., dérive écologique ; invasions biologiques), en partie en réponse aux deux premiers
facteurs. Cependant, malgré des dissimilarités dans leurs assemblages, nos neuf estuaires sont caractérisés

175
Chapitre 6: Synthèse

par une proximité géographique, et présentent deux taxons en commun, qui occupent toujours une place
dominante dans les assemblages : Haynesina germanica et Ammonia spp. Contrairement à nos observations
sur la façade atlantique l’espèce morphologique Ammonia tepida ne dépasse pas 3% de l’assemblage total
dans cinq estuaires des côtes françaises de la Manche (Francescangeli et al., 2020). Cette divergence liée
probablement à la différence biogéographique doit être prise en compte. Pour cela l’étude d’autres estuaires
permettrait d’affiner ce modèle.

Figure VI.1 : Succession des espèces selon le gradient longitudinal (amont-aval) et transversal. D’après Debenay et al., 2000.

Figure VI.2 : Succession des espèces le long du gradient estuarien. Figure issue du chapitre 2.

176
Chapitre 6: Synthèse

Notre modèle décrit donc une succession de quatre groupes d’espèces. En fonction des caractéristiques
intrinsèques de chaque estuaire, tous ces groupes ne sont pas forcément présent dans chaque estuaire. Cette
représentation partielle peut d’abord être expliquée par notre effort d’échantillonnage focalisé sur les vasières
estuariennes. Cela a mis de côté les stations marines et celles où la salinité était très basse. Ensuite, cette
succession incomplète peut aussi provenir des constructions humaines, comme les barrages, qui modifient
fortement les gradients estuariens naturels. Enfin, la morphologie naturelle des estuaires pourrait être à
l’origine de transitions abruptes entre différentes zones estuariennes, qui expliqueraient l’absence de
communautés typique d’une certaine zone.

Afin de représenter la succession des quatre groupes d’espèces de façon quantitative, nous proposons deux
nouveaux indices. L’indice EFI (Estuarine Foraminiferal Index) est basé sur les abondances relatives
cumulatives des espèces de chaque groupe, tandis que l’indice EDFI (Estuarine Diversity Foraminiferal
Index) est basé sur la diversité spécifique au sein de chacun de ces quatre groupes. Ces indices permettent de
résumer la communauté de foraminifère à une station donnée avec une seule valeur, qui décrit sa position par
rapport à la succession des quatre biozones estuariennes. Ces deux indices, EFI et EFDI, sont
complémentaires et doivent être utilisés simultanément. L’indice EFI prend en compte la succession
d’espèces dominantes le long du gradient estuarien, tandis que l’indice EFDI est plutôt basé sur la
biodiversité de chaque zone, et tente de résoudre le problème de la très forte dominance de Haynesina
germanica dans une grande partie de l’estuaire. L’indice EFDI présente l’avantage additionnel qu’il peut
également être utilisé pour des données semi-quantitatives issues du metabarcoding.

1.2. Réponses des foraminifères aux paramètres naturels

Dans la littérature scientifique, il y a un consensus selon lequel la salinité est le paramètre principal
structurant la répartition des organismes dans les milieux estuariens (Scott et al., 1980; Cearreta, 1988; De
Rijk, 1995; Attrill, 2002; Ysebaert et al., 2003; Crain et al., 2004; Horton & Murray, 2007; Telesh &
Khlebovich, 2010). Cependant, il est difficile de mesurer ce paramètre dans les estuaires de façon précise,
car il fluctue en permanence en fonction des cycles de marée, des phénomènes de crue du fleuve, et pour les
vasières, en fonction des évènements météorologiques (précipitations et évaporations). Ainsi, une mesure
ponctuelle ne reflète que très partiellement la gamme de salinité à laquelle sont soumis les organismes vivant
sur la vasière. Dans ce contexte, il est important de disposer d’un outil qui puisse estimer le degré
d’influence marine auquel est soumise la communauté échantillonnée. A cette fin, nous avons développé un
indice d’influence marine (MII) (Jorissen et al., 2022) qui traduit de façon quantitative l’influence des eaux
marines à un point d’échantillonnage et à une date donnés. Cet indice inclut trois métriques qui contrôlent le
degré d’influence marine : la distance du point d’échantillonnage de la mer, la durée d’émergence à marée
basse et la décharge fluviatile (dans les quatre semaines avant l’échantillonnage). Cet indice reflète non
seulement la salinité, mais aussi un plusieurs autres variables, liées à l’intrusion d’eau marine dans l’estuaire,

177
Chapitre 6: Synthèse

tel que l’apport en nutriments d’origine marine et l’hydrodynamisme. D’autre paramètres non inclus dans le
MII, tels que la température, la granulométrie du sédiment ou l’oxygénation de l’eau de fond peuvent
également influencer les communautés de foraminifères. Néanmoins, nos résultats suggèrent que les
paramètres inclus dans le MII et ceux corrélés à cet indice soient les plus les plus importants pour décrire la
répartition des communautés. En effet, nos données montrent que l’indice est corrélé avec plusieurs
caractéristiques des communautés, ce qui suggère qu’il peut être utilisé pour résumer les relations entre les
paramètres naturels du milieu et la composition des communautés de foraminifères. Une possible utilisation
de cet indice pour décrire les conditions de référence est traitée en section II.1.a.

Dans cette thèse, nous avons observé très peu d’indications indiscutables de pollution anthropique, et par
conséquent, nous n’avons pas observé de réponses évidentes des communautés de foraminifères à de telles
pollutions.

Afin de mieux connaître la réponse des communautés de foraminifères à de telles perturbations, pour pouvoir
développer une méthode de bio-indication efficace, de futures études devraient donc se focaliser sur des
zones de forte pollution avérée. De telles études permettraient de vérifier que les caractéristiques des
communautés montrent une dérive par rapport à celles répondant essentiellement aux paramètres naturels. La
nature de ces éventuelles dérives, en termes de diversité ou de composition de la communauté, devrait
permettre d’identifier des bio-indicateurs de pollution et de construire un indice robuste de qualité
environnementale.

1.3. Focus sur le genre Ammonia spp.

Les espèces du genre Ammonia sont très communes dans les milieux côtiers et estuariens (Hayward et al.,
2004; Bird et al., 2020), et font partie des premières espèces de foraminifères décrites (Brünnich, 1771).
Malgré cela, les espèces composant ce genre ont longtemps été déterminées de façon limitée. En effet, au
cours des cinquante dernières années, les espèces de ce genre ont souvent été attribuées (sur la base de la
morphologie) à une à trois espèces, avec une distribution cosmopolite (Hayward et al., 2021). Les progrès en
barcoding des cellules individuelles des foraminifères ont permis de clarifier la taxonomie des espèces de ce
genre. Au sein de l’ancienne espèce (= morphogroupe) Ammonia tepida, on distingue aujourd’hui les espèces
A. veneta, A. aberdoveyensis et A. confertitesta (correspondant aux phylotypes T1, T2 et T6 respectivement)
(Richirt et al., 2019; Hayward et al., 2021). Cependant, étant donné que cette révision du genre Ammonia est
récente, la plupart des études antérieures à 2020 portant sur les écosystèmes estuariens utilisent l’ancienne
taxonomie. Au vu de la prédominance de ces taxa dans les milieux estuariens ([Link]., Cearreta, 1988; Alve &
Murray, 1994; Debenay et al., 2000; Camacho et al., 2015; Martins et al., 2016; Mojtahid et al., 2016; Saad
& Wade, 2017; Francescangeli et al., 2021), il est nécessaire de comprendre et décrire précisément la
répartition des trois espèces présentes dans nos estuaires.

178
Chapitre 6: Synthèse

Il est probable que la distribution de ces trois espèces reflète différentes exigences écologiques. Dans un
contexte de bio-indication, il est crucial de mieux comprendre leur répartition et niches écologiques, ainsi
que leur tolérance aux perturbations environnementales. Cette question est abordée dans le chapitre 3. Grâce
à des observations sous microscope électronique à balayage (MEB), nous avons analysé la morphologie de
578 individus d’Ammonia répartis dans 64 stations appartenant à sept estuaires. Pour aucune des trois
espèces, nous n’avons observé un gradient amont-aval clair au sein de la partie centrale de l’estuaire (Figure
VI.2 : la biozone III). Nous n’avons pas non plus observé de différences des relations vis-à-vis des
paramètres environnementaux (tels que la granulométrie et le TOC) entre les trois espèces. En revanche, les
espèces A. veneta et A. aberdoveyensis présentent une légère préférence pour les stations les plus proches du
chenal, suggérant une tolérance limitée vis à vis de l’émersion. Nous avons aussi démontré que les trois
espèces ne sont pas présentes dans les mêmes proportions dans les neuf estuaires étudiés. En effet, l’espèce
A. confertitesta est rare, voire absente, dans les estuaires les plus au nord (Elorn, Aulne, Odet, Crac’h et
Auray), tandis que plus au sud, cette espèce est commune (estuaire de la Vie), voire fortement dominante
(estuaire de la Vilaine). Nous suggérons que ces différences géographiques peuvent être expliquées par le
caractère invasif de cette espèce (Pawlowski & Holzmann, 2007; Schweizer et al., 2011; Richirt et al.,
2021). En effet, les patrons de distribution d’A. confertitesta pourraient correspondre à différents stades de
remplacement des espèces autochtones (A. veneta, A. aberdoveyensis). Des conditions favorables pour ce
remplacement pourraient se produire après de fortes crues du fleuve, qui créent de nouveaux habitats en
amenant du sédiment et/ou en emportant une grande partie des organismes. Ces niches nouvellement libérées
favoriseraient A. confertitesta, qui recoloniserait plus rapidement grâce à son opportunisme plus élevé.

Ces résultats amènent à la question si l’aire de répartition d’A. confertitesta est toujours en expansion. Cette
question est importante pour le suivi des communautés de foraminifères dans les estuaires. Si l’extension est
toujours en cours cas, il faut s’attendre à de futurs changements des communautés en lien avec la densité
croissante d’A. confertitesta. Dans un tel cas, les méthodes de bio-indication devraient être ajustées
progressivement pour prendre en compte l’expansion de cette espèce. Dans cette optique, nos résultats ont
soulevé plusieurs questions complémentaires. L’analyse morphologique des différentes espèces d’Ammonia
dans l’estuaire de la Vie montre une co-dominance d’A. veneta et d’A. confertitesta à toutes les stations
(Figure VI.3). Nous avons émis l’hypothèse que cette co-dominance est un état transitoire, c’est-à-dire que le
remplacement progressif de l’espèce autochtone par l’espèce exotique est en cours. Une hypothèse
alternative serait que cet assemblage mixte corresponde à un état d’équilibre, où les deux espèces cohabitent
de manière pérenne. S’il s’agit d’un état transitoire, de futures études devraient montrer un remplacement
complet de A. veneta par A. confertitesta dans cet estuaire. Cette observation illustre une question plus
générale, concernant l’ensemble des estuaires des côtes européennes, notamment celle de la vitesse
d’installation d’A. confertitesta, lors de la colonisation d’un nouvel estuaire. L’étude de plusieurs carottes
sédimentaires dans des milieux actuellement colonisés par A. confertitesta permettraient d’obtenir plus
d’informations sur les modalités de la colonisation de cette espèce.

179
Chapitre 6: Synthèse

Figure VI.3 : Observations morphologiques des individus d’Ammonia veneta (rouge), A. aberdoveyensis (vert) et A. confertitesta
(bleu) dans les échantillons de l’estuaire de la Vie (récoltés en octobre 2018). Les nombres d’individus identifiés par station sont
indiqués au centre de chaque diagramme. Ces résultats sont issus du chapitre 3.

Pour répondre au moins partiellement à cette question et après avoir étudié l’expansion spatiale de cette
espèce supposée invasive, il semblait utile d’étudier l’aspect temporel. Pour cela, dans le chapitre 4, nous
avons étudié la succession des assemblages du genre Ammonia dans deux carottes sédimentaires, prélevées
dans l’estuaire de la Loire (Durand, 2017). Plus précisément, les objectifs de ce chapitre étaient 1) de
confirmer le caractère invasif d’A. confertitesta ; 2) de dater l’époque d’introduction de cette espèce ; et 3)
d’étudier la vitesse de remplacement de l’espèce autochtone par l’espèce supposée invasive. Dans les deux
carottes sédimentaires étudiées, la première apparition d’A. confertitesta a est observée dans des sédiments
datés de plusieurs siècles, situés à plusieurs mètres de profondeur (2,50m pour la première carotte et 1,50m
pour la deuxième). Les sédiments les plus profonds contiennent uniquement A. aberdoveyensis. Plus haut
dans les carottes, les deux espèces sont observées ensemble sur un large intervalle, représentant environ deux
siècles. Et enfin, seuls les individus d’A. confertitesta sont présents dans les sédiments près de la surface.
Ceci démontre que A. confertitesta est bien une espèce invasive et que son introduction est bien plus
ancienne que ce qui a été suggéré précédemment (c.-à-d. une introduction remontant au milieu voir au début
du 20e siècle) (Pawlowski & Holzmann, 2007; Schweizer et al., 2011; Bird et al., 2020; Richirt et al., 2021,
2022). Nos résultats suggèrent une longue période de cohabitation des deux espèces d’Ammonia, avant que la
population de l’espèce autochtone ne décline et disparaisse.

Néanmoins, ces résultats amènent d’autres questions. Nous avons observé un déclin de l’espèce A.
aberdoveyensis suite à l’introduction de A. confertitesta, mais qu’en est-il du reste de la communauté de
foraminifères ? Est-ce que l’introduction de cette espèce a aussi eu des conséquences pour d’autres espèces ?

180
Chapitre 6: Synthèse

L’étude plus complète des assemblages de foraminifères dans les carottes longues de la Loire permettrait de
répondre à cette question à cet endroit. L’étude de carottes sédimentaires d’autres sites, comme par exemple
dans l’estuaire de la Vilaine, où A. confertitesta est majoritaire aujourd’hui, est nécessaire afin de de savoir si
nos observations faites dans l’estuaire de la Loire peuvent être généralisées, ou si l’histoire de l’invasion est
différente pour chaque estuaire. De telles études pourraient aussi indiquer si l’introduction de cette espèce
invasive a transformé les communautés en place.

2. Quelques pistes pour développer des outils de biomonitoring pour le

suivi des vasières estuariennes

2.1. Les conditions de référence

Les milieux estuariens ont la particularité d’être habitées par des communautés peu diversifiées avec une
forte proportion d’espèces opportunistes (Dauvin, 2007; Elliott & Quintino, 2007). Pour être capable de
détecter une anomalie de distribution des organismes liée aux activités anthropiques, il est nécessaire de
parfaitement connaître les conditions de référence, c’est-à-dire la distribution naturelle de ces organismes
(Borja et al., 2012). En mesurant l’écart entre la communauté naturelle (les conditions de référence) et la
communauté observée (de Paz et al., 2008), on peut estimer le degré de perturbation de la communauté
étudiée. En pratique, trois approches peuvent être utilisées pour déterminer les conditions de référence :

1) Il est possible d’utiliser des sites actuels avec des caractéristiques environnementales
comparables aux conditions naturelles ([Link]., des aires marines protégées), et de décrire les
communautés trouvées dans ce(s) site(s). Cependant, cette méthode est difficilement applicable dans
les milieux estuariens où chaque estuaire présente un contexte géologique, morphologique et
biologique particulier.

2) Ensuite, il est possible de modéliser un état de référence à partir des données actuelles
(Muxika et al., 2007; van Loon et al., 2018). Ces états de référence modélisés sont généralement
basés sur les valeurs de diversité observée aux sites les moins affectés par des activités anthropiques.
A titre d’exemple, pour l’étude de la macrofaune, certains auteurs ont utilisé les meilleures valeurs
de chacune des métriques trouvées dans les sites échantillonnés ([Link]., en utilisant les percentiles
(Puente et al., 2010; Van Hoey et al., 2013; van Loon et al., 2015b)). Pour l’étude des foraminifères,
des auteurs ont utilisé la granulométrie pour établir des conditions de références, sur la base de
l’observation que les apports de matière organique sont étroitement corrélés avec la granulométrie du
sédiment (Barras et al., 2014). Cependant, cette méthode de peut pas être appliqué dans les estuaires,
où la salinité est le principal paramètre contrôlant les communautés.

181
Chapitre 6: Synthèse

3) Finalement, avec des organismes fossilisables, il est possible d’utiliser les archives
sédimentaires pour faire une reconstitution historique de la succession des communautés au cours du
temps, et ainsi avoir des informations concernant les caractéristiques des communautés avant
l’impact des activités anthropiques ([Link]., Barmawidjaja et al., 1995; Alve et al., 2009; Polovodova
Asteman et al., 2015; Hess et al., 2020).

Puisque dans la majorité des cas, l’impact anthropique actuel ne peut pas être complétement supprimé, les
conditions de référence obtenues avec ces méthodes ne correspondent pas forcément aux objectifs de
restauration. L’objectif sera plutôt d’obtenir une bonne qualité environnementale dans un contexte
d’utilisation anthropique.

Dans cette thèse, nous avons apporté des éléments à l’application de ces différentes méthodes dans les
vasières intertidales estuariennes. Dans les chapitres 2 et 5, nous avons proposé des pistes pour modéliser des
conditions de référence. Dans le chapitre 4, nous avons étudié des archives sédimentaires pour obtenir plus
d’information sur l’invasion de l’espèce Ammonia confertitesta.

Dans la suite de ce chapitre, nous discuterons plus en détail deux des méthodes permettant de reconstituer
ces conditions de référence. D’abord la méthode développée dans cette thèse, qui consiste à comparer
l’indice MII (qui résume les paramètres environnementaux naturels) et les indices EFI/EFDI (qui résument la
composition de la faune), et ensuite l’apport potentiel des études de carottes sédimentaires.

a) La comparaison des indices MII et EFI/EFDI

Dans les chapitres 2 et 5, nous proposons deux indices qui permettent la comparaison entre les conditions
environnementales (MII) et la composition des faunes (EFI, EFDI). Ces indices pourraient permettre de
mieux déterminer si la composition de la communauté est en équilibre avec les conditions
environnementales, et, si ce n’est pas le cas, de relever des anomalies de distribution dues à des
perturbations.

Le MII est un indice reflétant l’influence marine ressentie par les organismes à la station échantillonnée.
Comme détaillé dans le chapitre 2, cet indice résume dans une seule métrique les principaux paramètres qui
contrôlent les communautés de foraminifères. Dans notre zone d’étude, cet indice montre de bonnes
corrélations avec d’autres paramètres environnementaux influencés par les apports marins, comme le
pourcentage de silts et d’argiles, et le rapport δ13C, qui dépend du mélange de matière organique marine et
continentale. Cet indice a d’abord été testé sur un jeu de données restreint (27 stations réparties dans deux
estuaires, chapitre 2), et ensuite sur un jeu de données étendu (90 stations réparties dans neuf estuaires,
chapitre 5). Dans les deux cas, nous avons observé une corrélation positive entre le MII et la richesse
spécifique. Ainsi, la richesse spécifique est naturellement plus basse aux stations où l’influence marine est
moins importante. De plus, les résultats du chapitre 5 montrent des corrélations significatives entre le MII et

182
Chapitre 6: Synthèse

les abondances relatives des espèces de différents taxons (c.-à-d., Quinqueloculina jugosa et Q. oblonga,
Elphidium margaritaceum et E. selseyense, Ammotium salsum). Ces résultats sont donc prometteurs pour
l’utilisation du MII comme descripteur des paramètres environnementaux influençant la répartition naturelle
des communautés.

Cet indice pourrait être utilisé pour déterminer si la communauté observée est en équilibre avec les
conditions naturelles. En effet, le MII montre de très bonnes corrélations à la fois avec l’indice EFI et
l’indice EFDI. Ceci suggère que la comparaison entre le MII et le EFI ou EFDI peut servir d’outil pour
déterminer si la composition de la communauté reflète les conditions naturelles ou si cette communauté est
affectée par d’autres facteurs, possiblement d’origine anthropique. Dans le second cas, on s’attend à observer
une déviation par rapport à la courbe de régression qui décrit la relation entre les paramètres naturels du
milieu (le MII) et la composition des communautés de foraminifères (EFI/EFDI) (Figure VI.4). Un écart par
rapport à la courbe de référence, notamment avec un score d’EFI/EFDI plus bas par rapport à sa valeur de
MII associée, serait révélateur d’une anomalie de la composition des communautés par rapport aux
conditions environnementales du site, et pourrait être le signe d’une perturbation anthropique.

Figure VI.4 : Relations entre les indices EFI, EFDI et le MII. Cette figure est issue du chapitre 5.

Il semble nécessaire d’utiliser deux métriques décrivant les communautés à cause de la nature de la
succession d’espèces dans les estuaires. Comme expliqué dans la première partie, même s’il y a une
succession récurrente d’espèces dans les estuaires étudiés, la plupart des assemblages observés dans la zone
III, qui correspond à la partie centrale de l’estuaire, sont très fortement dominés par l’espèce Haynesina
germanica. Cette dominance diminue quelque peu la résolution de l’indice EFI, car toutes les stations
dominées par cette espèce afficheront un score similaire, masquant ainsi d’éventuelles successions des

183
Chapitre 6: Synthèse

espèces avec des abondances plus faibles. Pour cette raison, l’utilisation simultanée de l’indice EFDI, qui est
basé sur la diversité de chacun des quatre groupes estuariens, est conseillée. Cet indice est plus diagnostique,
mais est moins robuste, car l’observation d’un seul exemplaire d’une espèce peut faire varier la valeur de
l’indice.

Ces trois indices peuvent non seulement s’appliquer à une seule station, mais aussi servir à la comparaison
de plusieurs stations à différents endroits dans un même estuaire, voire des stations issues de différents
estuaires ou des échantillons récoltés lors de de saisons différentes. De futures études pourraient tester cette
approche, de comparer le MII avec des indices décrivant la faune, sur d’autres modèles de communautés
estuariennes sédentaires, tel que la macrofaune.

b) Les carottes sédimentaires

Après la mort des foraminifères, leurs coquilles minéralisées sont préservées dans la colonne sédimentaire.
Les assemblages préservés permettent aux scientifiques de remonter le temps et d’étudier les communautés
de foraminifères vieilles de plusieurs décennies à plusieurs millions d’années et ainsi d’obtenir des
informations sur l’état de l’environnement dans le passé. Cette capacité des foraminifères de pouvoir fournir
des informations sur la composition des communautés pré-impact anthropique a souvent été mise en avant
dans le cadre du biomonitoring. Plusieurs auteurs ont ainsi étudié l’évolution historique des communautés de
foraminifères vis-à-vis de l’augmentation des activités anthropiques ([Link]., Barmawidjaja et al., 1995;
Cearreta et al., 2000, 2002; Scott et al., 2005; Dolven et al., 2013; Francescangeli et al., 2016; Daniel et al.,
2019; de Jesus et al., 2020; Klootwijk et al., 2021). Cependant, l’utilisation des archives sédimentaires pour
reconstituer la composition des communautés dans une époque sans impact anthropique et pour s’en servir
comme conditions de référence, se heurte à plusieurs contraintes.

Pour les milieux estuariens, la première contrainte est de trouver des sites propices au prélèvement d’une
carotte sédimentaire. En effet, les vasières intertidales sont des environnements très dynamiques et les
dépôts sédimentaires y sont souvent fortement remaniés par le fort hydrodynamisme estuarien, et/ou par la
forte activité de bioturbation des organismes (Andersen, 2017). Il devient alors difficile d’obtenir des
archives continues, avec un taux de sédimentation stable au cours du temps. Un problème additionnel est que
dans la majorité des cas, la non-linéarité de l’enregistrement ne devient évidente qu’après datation de la
carotte.

La deuxième contrainte concerne les problèmes de transformations taphonomiques des assemblages. Pour
certains groupes de foraminifères, les coquilles ne sont pas toutes conservées dans les taphocénoses
(assemblages fossiles). Les tests organiques ne sont généralement pas préservés dans le sédiment
(Pawłowska et al., 2016) et les tests agglutinés les plus fragiles subissent des pertes taphonomiques
importantes (Schröder, 1988; Bender et al., 1995). De plus, l’étude des taphocénoses doit prendre en compte
les déplacements post-mortem d’individus par les courants qui peuvent biaiser l’étude de l’assemblage

184
Chapitre 6: Synthèse

(Schönfeld et al., 2012), et affectant notamment les mesures de diversité. Enfin, des pertes taphonomiques
importantes peuvent être dues aux activités des bactéries câbles (« cable bacteria »). Richirt et al. (2022) ont
montré que ces bactéries peuvent générer une importante diminution du pH en subsurface conduisant à une
dissolution des foraminifères à test calcaire. Ce phénomène découvert récemment (Nielsen et al., 2010) a été
observé dans l’estuaire d’Auray (étudié dans cette thèse) et peut entraîner la perte des tests calcaires de
foraminifères dans les archives sédimentaires (Fouet, Daviray et al., in prep).

La troisième contrainte concerne les invasions biologiques. L’étude menée dans le chapitre 4 détaille
l’introduction et l’implantation de l’espèce Ammonia confertitesta dans l’estuaire de la Loire. L’implantation
de cette espèce s’est accompagnée de la disparition progressive de l’espèce autochtone Ammonia
aberdoveyensis. De plus, les résultats présentés dans les chapitres 2 et 3 montrent qu’aux certains sites A.
confertitesta peut atteindre des densités très élevées, qui la rendent majoritaire dans les communautés.
L’implantation d’A. confertitesta aurait donc pu causer une diminution de la biodiversité. Cependant, de
telles expansions d’espèces invasives ne sont pas la conséquence directe d’une pollution, mais se font dans
des conditions plutôt naturelles (quelques fois accrues par le dérèglement climatique), malgré l’origine
éventuellement anthropique de l’introduction. Ainsi, il est possible qu’au cours du temps, il y ait eu des
baisses de diversité notable, sans que le degré de pollution (ou la position sur le gradient estuarien) ait
changé pour autant. L’utilisation d’archives historiques pour définir les conditions de référence peut donc
poser un problème lors de la comparaison avec les communautés récentes, car l’implantation de ces
nouvelles espèces a pu transformer les communautés de manière substantielle.

Finalement, l’utilisation des archives sédimentaires pour déterminer des conditions de référence ne permet
pas de prendre en compte les transformations morphologiques (construction de barrages) et hydrologiques
(changement climatique) qui ont eu lieu dans les estuaires. Ces changements sont souvent dus à des activités
anthropiques qui modifient les caractéristiques de l’environnement naturel, sans pour autant augmenter le
degré de pollution, ou diminuer la qualité écologique.

Malgré ces limitations, l’utilisation des archives historiques peut fournir des informations précieuses sur
l’évolution des communautés en réponse aux modifications anthropiques de l’estuaire, et aux pollutions
éventuelles ([Link]., impact des activités aquacoles, rejet de stations d’épuration, marée noire). Un choix
judicieux des sites échantillonnés pour l’étude des archives historiques peut largement limiter l’impact des
biais décrits ci-dessus. Dans ce contexte, il est essentiel de sélectionner des sites éloignés des constructions
anthropiques (qui ont pu modifier l’hydrodynamisme naturel), où la vasière est en accrétion. Il est aussi
préférable de privilégier les sites où l’arrivée d’espèces invasives n’a pas eu lieu, ou n’a pas modifié la
composition des communautés actuelles de façon substantielle.

185
Chapitre 6: Synthèse

2.2. Quelles méthodes d’analyse pour les communautés de foraminifères

dans les vasières estuariennes ?
Depuis une décennie, des progrès significatifs ont été réalisés concernant les techniques de séquençage haut
débit de l’ADN environnemental (Deiner et al., 2017). De plus en plus d’études proposent d’utiliser le
metabarcoding à la place ou en parallèle de la technique de détermination sous loupe binoculaire (Pawlowski
et al., 2014b; Cordier et al., 2017; Frontalini et al., 2020; Cavaliere et al., 2021). Pour la mise en place du
biomonitoring des vasières intertidales, il est donc nécessaire de se poser la question du choix de la méthode
utilisée en routine. Pour cela il faut comparer les avantages et les limitations de ces deux méthodes. En effet,
les travaux entrepris dans le contexte du projet FORESTAT, dans lequel s’inscrit cette thèse, ont permis de
mieux évaluer les atouts de chacune de ces deux approches.

Figure VI.5 : Schéma des étapes clefs des procédures de biomonitoring avec les approches morphologique et metabarcoding.

186
Chapitre 6: Synthèse

La Figure VI.5 récapitule succinctement les procédures des deux méthodes qui sont discutées dans ce
chapitre. L’approche morphologique consiste en plusieurs étapes : 1) les échantillons de sédiment récoltés
sont d’abord lavés et tamisés, 2) puis ils sont triés manuellement sous loupe binoculaire afin d’isoler les
spécimens de foraminifères vivants (colorés au rose Bengal ou au CTG), 3) finalement, ces spécimens sont
identifiés pour pouvoir réaliser un inventaire des différentes espèces observées et de leur abondance.
L’approche metabarcoding suit les étapes suivantes : 1) l’ADNe est extrait du sédiment puis 2) les barcodes
sont amplifiés avec des primers spécifiques ou universels et 3) les amplicons sont séquencés sur des
plateformes de séquençage haut débit, 4) finalement, le jeu de données obtenu est filtré avec des outils
bioinformatiques, et les séquences proches sont regroupées en OTUs (operational taxonomic unit) qui sont
attribuées à une espèce grâce à une base de données de référence. Le barcoding de cellule individuelle
permet de faire le lien entre ces deux méthodes, car il combine l’identification morphologique et le
séquençage du barcode d’un même individu. Le barcoding permet donc d’affiner la taxonomie en clarifiant
les relations entre les espèces synonymes et cryptiques. En outre, cette méthode permet d’identifier
morphologiquement les individus auxquels appartiennent les séquences environnementales des différentes
espèces dans la base de référence (utilisée pour l’identification des séquences provenant de l’ADNe). Dans
l’approche morphologique et de metabarcoding, les inventaires obtenus sont ensuite interprétés grâce à des
outils de biomonitoring qui attribuent une classe de qualité écologique à la communauté observée.

Les contraintes méthodologiques imposées par le biomonitoring

Le choix des méthodes sera influencé par deux contraintes inhérentes au biomonitoring. La rapidité ainsi que
la simplicité de la méthode sont primordiales afin que les outils de biomonitoring puissent être utilisés en
routine et soient utilisables par des non-experts (Bouchet et al., 2012).

Dans un premier temps, ces deux contraintes vont motiver le choix de la fraction de tamis utilisée pour
l’observation morphologique. Le protocole FOBIMO (Schönfeld et al., 2012) recommande d’étudier la
fraction de sédiment supérieure à 125µm. Cependant, les auteurs conseillent de regarder la fraction 63µm
dans le cas où la diversité dans la fraction supérieure serait trop faible. En effet, par rapport à la fraction
>125µm, la fraction >63µm contient plus de taxons, parce qu’elle inclut des juvéniles, mais aussi des adultes
d’espèces de petite taille. Plusieurs études ont comparé les scores d’indices obtenus sur des résidus de
tamisage différents (Bouchet et al., 2012; Lo Giudice Cappelli & Austin, 2019; Fossile, 2022; Klootwijk &
Alve, 2022). Ces études montrent que même si la composition de l'assemblage peut être très différent entre
les fractions, les tendances générales de la biodiversité restent les mêmes, quelle que soit la fraction étudiée.
Il est certain que la fraction >63µm contient une diversité plus élevée que celle >125µm, grâce à la présence
de petites espèces opportunistes ([Link]., les espèces des genres Stainforthia, Epistominella, Bolivina)
(Mojtahid et al., 2006; Diz & Francés, 2008; Bergamin & Romano, 2016). Ces espèces vont donc augmenter

187
Chapitre 6: Synthèse

la diversité et également influencer les scores des indices basés sur les proportions relatives des espèces
opportunistes. Néanmoins, la fraction >125µm contient aussi des espèces opportunistes, permettant
d’utiliser les indices de sensibilité écologique sur cette fraction sans problème. Les seuils des classes de
qualité écologique des indices, qui sont largement basés sur le pourcentage d’espèces opportunistes, ne
seront donc pas les mêmes pour des inventaires basés sur les fractions >125µm et >63µm (Bouchet et al.,
2012).

Additionnellement, plus la fraction étudiée sera fine, plus les incertitudes de détermination, en particulier
pour les individus juvéniles, seront importantes. En effet les individus juvéniles n’ont souvent pas encore
développé tous les traits morphologiques, rendant dans certains cas l’identification taxonomique jusqu’à
l’espèce particulièrement difficile, voire impossible (Hermelin, 1986; Schönfeld, 2012; Bouchet et al., 2012).
Cette contrainte limite largement l’utilisation de cette fraction par des non-experts.

Enfin, l’analyse de la fraction >125µm plutôt que celle >63µm permet un gain de temps considérable
(Schönfeld et al., 2012; Bouchet et al., 2012). Plus la fraction étudiée est fine, plus le temps de tri est long.
Pour toutes ces raisons, dans un contexte de biomonitoring des vasières estuariennes, il est préférable
d’étudier la fraction >125µm, car ce choix représente un compromis entre un temps d’analyse raisonnable et
une quantité d’information suffisante pour utiliser des indices de qualité environnementale (Schönfeld et al.,
2012).

Dans le contexte du biomonitoring, un des avantages avancé pour justifier le choix de la méthode de
metabarcoding est qu’elle permet de traiter plus rapidement un plus grand nombre d’échantillons que la
méthode morphologique (Pawlowski et al., 2014b, 2018). En effet, bien que des approches innovantes
comme l’utilisation d’un « splitter » humide (Charrieau et al., 2018) ou la séparation par densité (Parent et
al., 2018) aient accéléré la préparation des échantillons pour l’observation morphologique, l’étape de tri
consistant à isoler les foraminifères du sédiment, reste une étape chronophage. Cependant, des méthodes de
reconnaissance automatiques sont en cours de développement et pourraient à l’avenir substantiellement
diminuer le temps d’analyse (Hsiang et al., 2019; Mitra et al., 2019; Marchant et al., 2020; Johansen et al.,
2021; Ozer et al., 2022). En revanche, pour la méthode de metabarcoding, le traitement des données brutes et
l’attribution des OTU à une espèce, en s’appuyant sur une base de données de référence, demande des
connaissances spécifiques en bioinformatique (Lara et al., 2022). Lors de cette étape, plusieurs seuils devront
être appliqués afin de nettoyer le jeu de données et d’enlever les contaminations ou artefacts présumés. Ce
choix des seuils est déterminant pour le jeu de données final (Pawlowski et al., 2018). Par exemple, lors de
l’élaboration du chapitre 3 (portant sur la répartition des trois espèces d’Ammonia spp., basée à la fois sur la
méthode morphologique et moléculaire) nous avons d’abord appliqué le seuil le plus strict concernant le
nombre de séquences minimum pour considérer une OTU comme valide. Avec le seuil initialement retenu,
l’espèce Ammonia aberdoveyensis, (couramment observée avec la méthode morphologique) était absente du

188
Chapitre 6: Synthèse

jeu de données basée sur l’analyse de metabarcoding. Il a donc fallu baisser ce seuil pour détecter cette
espèce. Sans les connaissances apportées par l’approche morphologique, cette espèce, pourtant abondante
dans les inventaires morphologiques, n’aurait pas été détectée avec le metabarcoding.

Un autre défi du metabarcoding dans le cadre du biomonitoring concerne la difficulté de relier les
abondances des séquences aux abondances effectives des espèces dans les communautés (Elbrecht & Leese,
2015; Deiner et al., 2017). Pour le moment, le nombre de séquences obtenu n’est pas directement
proportionnel aux nombres d’individus. En effet, la quantité de séquences obtenues par OTU va être
influencée par de nombreux facteurs tel que le nombre de cycles d’amplification, la spécificité des primers,
ou le nombre de copies par cellule (Pawlowski et al., 2014b, 2018). Pour ces raisons, certains auteurs
proposent d’utiliser uniquement les données de présence/absence des espèces (Pawlowski et al., 2018). Or,
les données de présence/absence montrent souvent des limites dans le cadre du biomonitoring. Pour pallier à
ces limitations des nouvelles approches, telles que la correction par le biovolume (Singer et al., 2018),
peuvent être envisagées pour limiter ces biais et pourraient finalement permettre l’utilisation d’une densité
relative (Lara et al., 2022).

Un besoin d’améliorer les connaissances taxonomiques

La taxonomie des foraminifères, qui est traditionnellement basée sur des traits morphologiques du test, est
encore sujette à discussion, à cause de l’absence d’informations concernant la génétique des individus, et
l’existence de nombreux synonymes et/ou d’espèces pseudo-cryptiques (Darling et al., 2016; Jorissen et al.,
2018; Bouchet et al., 2021). Cette confusion taxonomique est à la fois une contrainte pour la méthode
morphologique (en compliquant la comparaison des jeux de données produits par différents opérateurs), mais
aussi pour la méthode de metabarcoding, car elle est à l’origine d’erreurs dans la base de données de
référence.

En effet, l’approche de metabarcoding permet de connaître les différentes OTUs présentes dans l’ADNe d’un
échantillon (Pawlowski et al., 2018). Ces OTUs sont ensuite attribuées à des espèces dont le barcode est
connu grâce à une base de données de référence. Cependant, le lien entre les OTUs et les espèces n’est pas
toujours évident, plusieurs OTUs peuvent appartenir à une même espèce (diversité génétique intraspécifique)
(Pawlowski et al., 2014a, 2018), ou inversement (Schweizer et al., 2011). De plus, malgré un effort de
barcoding conséquent, beaucoup d’OTUs ne sont pas encore attribuées à une espèce connue (Pawlowski et
al., 2014a, 2018; Cordier et al., 2017). Par exemple, Cavaliere et al. (2021) n’ont pu attribuer que 7% des
OTUs à des espèces connues, et Pawlowski et al. (2014) 33.8%, dans des échantillons provenant du milieu
marin ouvert. Dans les vasières estuariennes de nos sites d’étude (Singer et al., soumis (en annexe)), un quart
des OTUs ont pu être attribuées. En revanche, toutes les espèces dominantes ont été détectées. Ceci peut

189
Chapitre 6: Synthèse

s’expliquer par la faible diversité spécifique des habitats estuariens en comparaison avec le milieu marin
ouvert.

Afin de pallier à cette limitation, certains auteurs proposent d’utiliser une approche par machine learning
pour développer des modèles prédictifs. Le but est d’attribuer des valeurs d’indices biotiques à partir des
données de metabarcoding sans passer par l’attribution taxonomique (méthodes appelées « taxonomy free)
(Cordier et al., 2017, 2019b). L’objectif de ces méthodes est dans un premier temps d’entraîner le modèle à
reconnaître la classe de qualité écologique grâce à un ensemble de données d’apprentissage constitué
d’échantillons dont les valeurs d‘indices biotiques sont connues grâce aux inventaires morphologiques. Dans
un second temps, ces modèles pourraient déterminer les valeurs d’indices biotiques sans passer par les
inventaires morphologiques.

Dans ce contexte, le DNA barcoding de foraminifères individuels permet de résoudre un grand nombre de
problèmes taxonomiques. En effet, ces dernières années, des études combinant les approches
morphologiques et moléculaires (par barcoding) ont permis à la fois de clarifier et redéfinir la taxonomie de
certaines espèces. Concernant les espèces estuariennes, ce travail est bien avancé, et a été largement finalisé
pour les espèces des genres Ammonia (Bird et al., 2020; Hayward et al., 2021), Haynesina et Elphidium
(Schweizer et al., 2011; Pillet et al., 2013; Roberts et al., 2016; Darling et al., 2016). Cependant, ce travail
n’a pas encore été effectué pour les espèces estuariennes agglutinées et porcelanées.

Les études basées sur la détermination morphologique ne prennent généralement pas en compte les espèces à
test organique (monothalamides) (Holzmann et al., 2022). En effet, ces espèces, qui ne portent pas de
coquille minéralisée, se désintègrent lors du séchage des échantillons (Gooday, 2002). De plus, le manque de
caractéristiques morphologiques distinctives entrave l’identification taxonomique de ce groupe (Anikeeva et
al., 2019; Goineau & Gooday, 2019). Additionnellement, les exigences écologiques des différents taxon sont
mal connues, ce qui limite leur utilisation en biomonitoring (Schönfeld et al., 2012). Néanmoins, les études
de metabarcoding prennent en compte les monothalamides et fournissent des informations concernant
l’écologie de ces espèces (Pawlowski et al., 2014a; Holzmann et al., 2021, 2022). En effet, les espèces de
monothalamides peuvent représenter la majeure partie des OTUs détectées dans les assemblages
moléculaires (Pawlowski et al., 2014b; Cordier et al., 2019a; Singer et al., en révision). Il n’est pas encore
clair si cette dominance reflète une réalité écologique ou si elle est expliquée par des biais méthodologiques
(c.-à-.d., taille du barcode plus court chez les monothalamides que dans les autres clades, le choix des
amorces ou du kit d’extraction) (Singer et al., en révision).

En perspective, il sera utile d’homogénéiser la taxonomie utilisée par différents chercheurs avant de proposer
un suivi des communautés de foraminifères. A cette fin, il semble pertinent d’organiser des ateliers de
taxonomie sur les espèces de foraminifères estuariennes pour intercalibrer les différentes écoles
taxonomiques comme cela a été proposé par plusieurs auteurs (Alve et al., 2016; Bouchet et al., 2021). De

190
Chapitre 6: Synthèse

plus, à l’instar des études concernant les genres Elphidium et Ammonia, il serait nécessaire de clarifier la
taxonomie des espèces agglutinées et porcelanées estuariennes. De futures investigations combinant les
approches morphologique et moléculaire (barcoding individuel) permettront d’identifier plus précisément ces
taxons, tout en alimentant les bases de données de référence pour des analyses de metabarcoding.

Différentes approches, différents objectifs

Concernant les analyses des communautés actuelles, la méthode de metabarcoding détecte généralement une
diversité plus importante qu’une analyse sous loupe binoculaire, notamment parce qu’elle inclut du matériel
génétique issus d’individus dont la taille est inférieure à la taille de tamis utilisés avec la méthode
morphologique (125µm, voir 63µm) (Pawlowski et al., 2014b). Ce matériel génétique englobe de manière
indifférenciée des adultes, des juvéniles, des propagules, des stades de dormance biologiquement inactifs
(Ross & Hallock, 2016), voire même des individus morts. Cette plus grande diversité peut être prise comme
un avantage mais aussi comme un inconvénient. En effet, les propagules resteront en dormance et ne se
développeront pas tant que les conditions de l’environnement ne leur seront pas favorables, et finiront par
mourir (Alve & Goldstein, 2002)). Ainsi, la présence dans l’ADN environnemental d’espèces peu tolérantes
aux perturbations anthropiques du milieu n’est pas nécessairement indicative d’une absence de telles
perturbations, car les séquences peuvent provenir uniquement d’individus morts ou de propagules. En
résumé, les différentes approches d’analyse ne fournissent pas les mêmes renseignements. La fraction
>125µm représente les individus adultes et actifs dans l’écosystème, la fraction >63µm inclut d’autres
espèces plus petites et des juvéniles, tandis que l’étude du sédiment complet (par metabarcoding) regroupe
de façon non différenciée les adultes, les juvéniles, les propagules, des stades de dormance et les individus
morts.

Dans de futures études, il serait intéressant de comparer l’ADNe extrait de sédiment brut avec l’ADNe
extrait de différentes fractions de sédiment obtenues par tamisage. Les résultats permettraient d’avoir plus
d’information sur l’origine des différents fragments génétiques (adultes, juvéniles, propagules, kystes), et de
savoir si l’analyse de l’ADNe d’une fraction granulométrique précise donne les mêmes résultats que
l’analyse sous microscope de cette même fraction.

En résumé, ces deux méthodes proposent deux visions complémentaires de la communauté de foraminifères.
L’analyse de metabarcoding sur la totalité du sédiment met en évidence la présence de matériel génétique
d’une espèce, elle renseigne sur les espèces qui pourraient potentiellement se développer si les conditions
leur sont favorables. En revanche, l’étude morphologique, sur un sédiment tamisé, renseigne sur la présence
d’individus matures et actifs qui ont pu se développer dans les conditions qui règnent sur le site.

191
Chapitre 6: Synthèse

Un bon exemple de l’intérêt de combiner ces deux approches a été démontré dans cette thèse. Dans le
chapitre 3, les individus de l’espèce Ammonia confertitesta ont été détectés par metabarcoding, avec un
nombre de séquences important dans tous les estuaires étudiés. En revanche, cette espèce n’était pas présente
dans les inventaires morphologiques de tous les sites, et elle était abondante seulement dans quelques-uns.
Ainsi, la complémentarité de ces deux approches nous a permis de comprendre que cette espèce s’est
propagée dans tous les estuaires grâce au transport des propagules (Alve & Goldstein, 2003) mais que cette
espèce a trouvé des conditions propices pour s’implanter et se développer massivement dans quelques sites
seulement.

En perspective, pour donner un exemple plus concret de l’utilisation conjointe de ces deux méthodes,
l’utilisation de metabarcoding et de détermination morphologique pourrait éventuellement valider
l’utilisation d’Elphidium selseyense en tant qu’espèce indicatrice de perturbation anthropique. En effet, cette
espèce montre des abondances élevées dans quelques stations de l’estuaire de la Vie mais elle est rare voire
absente dans les autres sites étudiés. Nous avons émis l’hypothèse que sa présence pourrait être la
conséquence d’apports anthropiques de matière organique. Afin de valider cette hypothèse, il faudrait savoir
si sa présence est liée aux conditions particulières trouvées à ces sites, ou plutôt à sa répartition
géographique naturelle. Si cette espèce est identifiée dans l’ADNe de tous les estuaires, il y a une forte
indication que cette espèce s’est développée dans l’estuaire de la Vie à cause de conditions particulières.
Dans le cas contraire, si des traces génétiques de cette espèce sont uniquement présentes dans les
échantillons de l’estuaire de la Vie, il est plus probable que son développement dans ce site soit un
phénomène biogéographique. Donc l’utilisation du metabarcoding devrait permettre de trancher entre ces
deux possibilités, et de savoir si cette espèce peut être utilisée comme un indicateur d’apports anthropiques
de matière organique.

En résumé, vu le caractère très complémentaire des informations fournies par l’analyse morphologique et
l’analyse de metabarcoding, l’approche idéale pour évaluer et suivre l’état écologique d’un site estuarien
serait de les utiliser simultanément. Une telle approche permettrait d’obtenir une vision d’ensemble,
combinant la vision des communautés potentielles et avérées présentes sur le site étudié.

192
Bibliographie

Bibliographie

Bibliographie
Adl, S. M., Bass, D., Lane, C. E., Lukeš, J., Schoch, C. L., Smirnov, A., Agatha, S., Berney, C., Brown, M. W., Burki, F., Cárdenas,
P., Čepička, I., Chistyakova, L., del Campo, J., Dunthorn, M., Edvardsen, B., Eglit, Y., Guillou, L., Hampl, V., Heiss, A.
A., Hoppenrath, M., James, T. Y., Karnkowska, A., Karpov, S., Kim, E., Kolisko, M., Kudryavtsev, A., Lahr, D. J. G.,
Lara, E., Le Gall, L., Lynn, D. H., Mann, D. G., Massana, R., Mitchell, E. A. D., Morrow, C., Park, J. S., Pawlowski, J. W.,
Powell, M. J., Richter, D. J., Rueckert, S., Shadwick, L., Shimano, S., Spiegel, F. W., Torruella, G., Youssef, N.,
Zlatogursky, V., and Zhang, Q., 2019, Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity of Eukaryotes: Journal
of Eukaryotic Microbiology, v. 66, p. 4–119, doi: 10.1111/jeu.12691.

Akers, W.H. Estuarine Foraminiferal Associations of the Beaufort Area, North Carolina. Tulane Stud. Geol. Paleontol. 1971, 8, 147–
165.

Albani, A., Barbero, R. S., and Donnici, S., 2007, Foraminifera as ecological indicators in the Lagoon of Venice, Italy: Ecological
Indicators, v. 7, p. 239–253, doi: 10.1016/[Link].2006.01.003.

Alve, E., 1991, Benthic foraminifera in sediment cores reflecting heavy metal pollution in Sorfjord, western Norway: Journal of
Foraminiferal Research, v. 21, p. 1–19, doi: 10.2113/gsjfr.21.1.1.

Alve, E., 1995, Benthic foraminiferal responses to estuarine pollution; a review: Journal of Foraminiferal Research, v. 25, p. 190–
203, doi: 10.2113/gsjfr.25.3.190.

Alve, E., Lepland, A., Magnusson, J., and Backer-Owe, K., 2009, Monitoring strategies for re-establishment of ecological reference
conditions: Possibilities and limitations: Marine pollution bulletin, v. 59, p. 297–310, doi:
10.1016/[Link].2009.08.011.

Alve, E., Korsun, S., Schönfeld, J., Dijkstra, N., Golikova, E., Hess, S., Husum, K., and Panieri, G., 2016, Foram-AMBI: A
sensitivity index based on benthic foraminiferal faunas from North-East Atlantic and Arctic fjords, continental shelves and
slopes: Marine Micropaleontology, v. 122, p. 1–12, doi: 10.1016/[Link].2015.11.001.

Alve, E., Hess, S., Bouchet, V. M. P., Dolven, J. K., and Rygg, B., 2019, Intercalibration of benthic foraminiferal and macrofaunal
biotic indices: An example from the Norwegian Skagerrak coast (NE North Sea): Ecological Indicators, v. 96, p. 107–115,
doi: 10.1016/[Link].2018.08.037.

Alve, E., and Goldstein, S. T., 2002, Resting stage in benthic foraminiferal propagules: a key feature for dispersal? Evidence from
two shallow-water species: Journal of Micropalaeontology, v. 21, p. 95–96, doi: 10.1144/jm.21.1.95.

Alve, E., and Goldstein, S. T., 2003, Propagule transport as a key method of dispersal in benthic foraminifera (Protista): Limnology
and Oceanography, v. 48, p. 2163–2170, doi: 10.4319/lo.2003.48.6.2163.

Alve, E., and Murray, J. w, 1994, Ecology and taphonomy of benthic foraminifera in a temperate mesotidal inlet: Journal of
Foraminiferal Research, v. 24, p. 18–27, doi: 10.2113/gsjfr.24.1.18.

Alves Martins, M. V., Hohenegger, J., Frontalini, F., Sequeira, C., Miranda, P., Rodrigues, M. A. D. C., Duleba, W., Laut, L., and
Rocha, F., 2019, Foraminifera check list and the main species distribution in the Aveiro lagoon and adjacent continental
shelf (Portugal): Journal of Sedimentary Environments, v. 4, p. 1–52, doi: 10.12957/jse.2019.39308.

Andersen, T. J., 2017, Some Practical Considerations Regarding the Application of 210Pb and 137Cs Dating to Estuarine Sediments,
in Weckström, K., Saunders, K. M., Gell, P. A., and Skilbeck, C. G. (eds.), Applications of Paleoenvironmental Techniques
in Estuarine Studies: Springer Netherlands, Dordrecht, p. 121–140.

Anikeeva, O. V., Gooday, A. J., and Petrov, A. N., 2019, Soft-walled monothalamids (Rhizaria: foraminifera) of the Crimean shelf
(Black Sea): taxonomic composition and inter-regional patterns of species diversity and distribution: Marine Biology
Research, v. 15, p. 36–48, doi: 10.1080/17451000.2019.1582782.

193
Bibliographie

Appleby, P. G., 2001, Chronostratigraphic Techniques in Recent Sediments, in Last, W. M. and Smol, J. P. (eds.), Tracking
Environmental Change Using Lake Sediments: Basin Analysis, Coring, and Chronological Techniques: Springer
Netherlands, Dordrecht, p. 171–203.

Arenas, F., Bishop, J. D. D., Carlton, J. T., Dyrynda, P. J., Farnham, W. F., Gonzalez, D. J., Jacobs, M. W., Lambert, C., Lambert,
G., Nielsen, S. E., Pederson, J. A., Porter, J. S., Ward, S., and Wood, C. A., 2006, Alien species and other notable records
from a rapid assessment survey of marinas on the south coast of England: Journal of the Marine Biological Association of
the United Kingdom, v. 86, p. 1329–1337, doi: 10.1017/S0025315406014354.

Armynot du Châtelet, E., Debenay, J.-P., and Soulard, R., 2004, Foraminiferal proxies for pollution monitoring in moderately
polluted harbors: Environmental Pollution, v. 127, p. 27–40, doi: 10.1016/S0269-7491(03)00256-2.

Armynot du Châtelet, É., Bout-Roumazeilles, V., Riboulleau, A., and Trentesaux, A., 2009, Sediment (grain size and clay
mineralogy) and organic matter quality control on living benthic foraminifera: Revue de Micropaléontologie, v. 52, p. 75–
84, doi: 10.1016/[Link].2008.10.002.

Armynot du Chatelet, E. A., Degre, D., Sauriau, P.-G., and Debenay, J.-P., 2009, Distribution of living benthic foraminifera in
relation with environmental variables within the Aiguillon cove (Atlantic coast, France): improving knowledge for
paleoecological interpretation: Bulletin de la Société Géologique de France, v. 180, p. 131–144, doi:
10.2113/gssgfbull.180.2.131.

Armynot du Châtelet, E., Francescangeli, F., Bouchet, V. M. P., and Frontalini, F., 2018, Benthic foraminifera in transitional
environments in the English Channel and the southern North Sea: A proxy for regional-scale environmental and paleo-
environmental characterisations: Marine Environmental Research, v. 137, p. 37–48, doi: 10.1016/[Link].2018.02.021.

Armynot du Châtelet, É., and Debenay, J.-P., 2010, The anthropogenic impact on the western French coasts as revealed by
foraminifera: A review: Revue de Micropaléontologie, v. 53, p. 129–137, doi: 10.1016/[Link].2009.11.002.

Attrill, M. J., 2002, A testable linear model for diversity trends in estuaries: Journal of Animal Ecology, v. 71, p. 262–269, doi:
[Link]

Audry, S., Schäfer, J., Blanc, G., and Jouanneau, J.-M., 2004, Fifty-year sedimentary record of heavy metal pollution (Cd, Zn, Cu,
Pb) in the Lot River reservoirs (France): Environmental Pollution, v. 132, p. 413–426, doi: 10.1016/[Link].2004.05.025.

Bakke, T., Källqvist, T., Ruus, A., Breedveld, G. D., and Hylland, K., 2010, Development of sediment quality criteria in Norway:
Journal of Soils and Sediments, v. 10, p. 172–178, doi: 10.1007/s11368-009-0173-y.

Bald, J., Borja, A., Muxika, I., Franco, J., and Valencia, V., 2005a, Assessing reference conditions and physico-chemical status
according to the European Water Framework Directive: A case-study from the Basque Country (Northern Spain): Marine
Pollution Bulletin, v. 50, p. 1508–1522, doi: 10.1016/[Link].2005.06.019.

Bald, J., Borja, A., Muxika, I., Franco, J., and Valencia, V., 2005b, Assessing reference conditions and physico-chemical status
according to the European Water Framework Directive: A case-study from the Basque Country (Northern Spain): Marine
Pollution Bulletin, v. 50, p. 1508–1522, doi: 10.1016/[Link].2005.06.019.

Banque Hydro Ministère de l’Ecologie, du Développement Durable et de l’Energie, accessed December 3, 2021, at
[Link]

Barmawidjaja, D. M., van der Zwaan, G. J., Jorissen, F. J., and Puskaric, S., 1995, 150 years of eutrophication in the northern
Adriatic Sea: Evidence from a benthic foraminiferal record: Marine Geology, v. 122, p. 367–384, doi: 10.1016/0025-
3227(94)00121-Z.

Barras, C., Jorissen, F. J., Labrune, C., Andral, B., and Boissery, P., 2014, Live benthic foraminiferal faunas from the French
Mediterranean Coast: Towards a new biotic index of environmental quality: Ecological Indicators, v. 36, p. 719–743, doi:
10.1016/[Link].2013.09.028.

Bell, M., and Neumann, H., 1997, Prehistoric intertidal archaeology and environments in the Severn Estuary, Wales: World
Archaeology, v. 29, p. 95–113, doi: 10.1080/00438243.1997.9980365.

Belsher, T., and Pommellec, S., 1988, Expansion de l’algue d’origine japonaise Sargassum muticum (Yendo) Fensholt, sur les côtes
françaises, de 1983 à 1987: Cahiers De Biologie Marine, v. 29, p. 221–231.

194
Bibliographie

Belzuncea, M. J., Solauna, O., Valenciaa, V., and Péreza, V., 2004, Contaminants in estuarine and coastal waters.: Forest, v. 1, p.
850–93.

Bender, H., Kaminski, M., Geroch, S., and Gasinski, M., 1995, Test structure and classification in agglutinated foraminifera, in
Proceedings of the Fourth International Workshop on Agglutinated Foraminifera. Grzybowski Foundation Special
Publication –, p. 27–70.

Benninger, L. K., Aller, R. C., Cochran, J. K., and Turekian, K. K., 1979, Effects of biological sediment mixing on the210Pb
chronology and trace metal distribution in a Long Island Sound sediment core: Earth and Planetary Science Letters, v. 43,
p. 241–259, doi: 10.1016/0012-821X(79)90208-5.

Bergamin, L., and Romano, E., 2016, Suitable sediment fraction for paleoenvironmental reconstruction and assessment of
contaminated coastal areas based on benthic foraminifera: A case study from Augusta Harbour (Eastern Sicily, Italy):
Ecological Indicators, v. 71, p. 66–78, doi: 10.1016/[Link].2016.06.030.

Best, M. A., Wither, A. W., and Coates, S., 2007, Dissolved oxygen as a physico-chemical supporting element in the Water
Framework Directive: Marine Pollution Bulletin, v. 55, p. 53–64, doi: 10.1016/[Link].2006.08.037.

Bianchi, T. S., 2007, Biogeochemistry of Estuaries: Oxford University Press, USA, 721 p.

Bianchi, T. S., Cui, X., Blair, N. E., Burdige, D. J., Eglinton, T. I., and Galy, V., 2018, Centers of organic carbon burial and oxidation
at the land-ocean interface: Organic Geochemistry, v. 115, p. 138–155, doi: 10.1016/[Link].2017.09.008.

Billaud, Y., Burnez, C., Gailledreau, J.-P., and Gomez de Soto, J., 2001, La Charente et son environnement anthropique du
Néolithique à l’époque laténienne: Actes des congrès nationaux des sociétés historiques et scientifiques, v. 124, p. 49–89.

Birch, G. f., 2000, Marine pollution in Australia, with special emphasis on central New South Wales estuaries and adjacent
continental margin: International Journal of Environment and Pollution, v. 13, p. 573–607, doi: 10.1504/IJEP.2000.002334.

Birch, G. F., and McCready, S., 2009, Catchment condition as a major control on the quality of receiving basin sediments (Sydney
Harbour, Australia): Science of The Total Environment, v. 407, p. 2820–2835, doi: 10.1016/[Link].2008.12.051.

Bird, C., Darling, K. F., Russell, A. D., Davis, C. V., Fehrenbacher, J., Free, A., Wyman, M., and Ngwenya, B. T., 2017,
Cyanobacterial endobionts within a major marine planktonic calcifier (Globigerina bulloides, Foraminifera) revealed by
16S rRNA metabarcoding: Biogeosciences, v. 14, p. 901–920, doi: 10.5194/bg-14-901-2017.

Bird, C., Schweizer, M., Roberts, A., Austin, W. E. N., Knudsen, K. L., Evans, K. M., Filipsson, H. L., Sayer, M. D. J., Geslin, E.,
and Darling, K. F., 2020, The genetic diversity, morphology, biogeography, and taxonomic designations of Ammonia
(Foraminifera) in the Northeast Atlantic: Marine Micropaleontology, v. 155, p. 101726, doi:
10.1016/[Link].2019.02.001.

Blaber, S. J. M., 2013, Fishes and fisheries in tropical estuaries: The last 10 years: Estuarine, Coastal and Shelf Science, v. 135, p.
57–65, doi: 10.1016/[Link].2012.11.002.

Blanchard, M., 1995, Origine et état de la population de Crepidula fornicata (Gastropoda Prosobranchia) sur le littoral français:
Haliotis, v. 24, p. 75–86.

Blanchet, H., Bachelet, G., de Montaudouin, X., Lavesque, N., and Grémare, A., 2012, Biodiversity and bio-evaluation methods in
transitional waters: a theoretical challenge: Transitional Waters Bulletin, v. 6, p. 13–19, doi: 10.1285/i1825229Xv6n2p13.

Boltovskoy, E., 1964, Seasonal Occurrences of some Living Foraminifera in Puerto Deseado (Patagonia, Argentina): ICES Journal of
Marine Science, v. 29, p. 136–145, doi: 10.1093/icesjms/29.2.136.

Bona, P., and Prud’homme Lacroix, B., 2009, Amélioration du fonctionnement hydro-sédimentaire de l’estuaire de la Loire: Journées
de l’hydraulique, v. 31, p. 1–10.

Borja, A., Franco, J., and Pérez, V., 2000, A Marine Biotic Index to Establish the Ecological Quality of Soft-Bottom Benthos Within
European Estuarine and Coastal Environments: Marine Pollution Bulletin, v. 40, p. 1100–1114, doi: 10.1016/S0025-
326X(00)00061-8.

Borja, A., Muxika, I., and Rodríguez, J. G., 2009a, Paradigmatic responses of marine benthic communities to different anthropogenic
pressures, using M-AMBI, within the European Water Framework Directive: Marine Ecology, v. 30, p. 214–227, doi:
10.1111/j.1439-0485.2008.00272.x.

195
Bibliographie

Borja, A., Bald, J., Franco, J., Larreta, J., Muxika, I., Revilla, M., Rodríguez, J. G., Solaun, O., Uriarte, A., and Valencia, V., 2009b,
Using multiple ecosystem components, in assessing ecological status in Spanish (Basque Country) Atlantic marine waters:
Marine Pollution Bulletin, v. 59, p. 54–64, doi: 10.1016/[Link].2008.11.010.

Borja, Á., Dauer, D. M., and Grémare, A., 2012, The importance of setting targets and reference conditions in assessing marine
ecosystem quality: Ecological Indicators, v. 12, p. 1–7, doi: 10.1016/[Link].2011.06.018.

Bouchet, V.M.P.; Debenay, J.-P.; Sauriau, P.-G.; Radford-Knoery, J.; Soletchnik, P. Effects of Short-Term Environmental
Disturbances on Living Benthic Foraminifera during the Pacific Oyster Summer Mortality in the Marennes-Oléron Bay
(France). Mar. Environ. Res. 2007, 64, 358–383.

Bouchet, V. M. P., Alve, E., Rygg, B., and Telford, R. J., 2012, Benthic foraminifera provide a promising tool for ecological quality
assessment of marine waters: Ecological Indicators, v. 23, p. 66–75, doi: 10.1016/[Link].2012.03.011.

Bouchet, V. M. P., Goberville, E., and Frontalini, F., 2018a, Benthic foraminifera to assess Ecological Quality Statuses in Italian
transitional waters: Ecological Indicators, v. 84, p. 130–139, doi: 10.1016/[Link].2017.07.055.

Bouchet, V. M. P., Telford, R. J., Rygg, B., Oug, E., and Alve, E., 2018b, Can benthic foraminifera serve as proxies for changes in
benthic macrofaunal community structure? Implications for the definition of reference conditions: Marine Environmental
Research, v. 137, p. 24–36, doi: 10.1016/[Link].2018.02.023.

Bouchet, V. M. P., Deldicq, N., Baux, N., Dauvin, J.-C., Pezy, J.-P., Seuront, L., and Méar, Y., 2020, Benthic foraminifera to assess
ecological quality statuses: The case of salmon fish farming: Ecological Indicators, v. 117, p. 106607, doi:
10.1016/[Link].2020.106607.

Bouchet, V. M. P., Frontalini, F., Francescangeli, F., Sauriau, P.-G., Geslin, E., Martins, M. V. A., Almogi-Labin, A., Avnaim-Katav,
S., Di Bella, L., Cearreta, A., Coccioni, R., Costelloe, A., Dimiza, M. D., Ferraro, L., Haynert, K., Martínez-Colón, M.,
Melis, R., Schweizer, M., Triantaphyllou, M. V., Tsujimoto, A., Wilson, B., and Armynot du Châtelet, E., 2021, Indicative
value of benthic foraminifera for biomonitoring: Assignment to ecological groups of sensitivity to total organic carbon of
species from European intertidal areas and transitional waters: Marine Pollution Bulletin, v. 164, p. 112071, doi:
10.1016/[Link].2021.112071.

Bouchet, V. M. P., and Sauriau, P.-G., 2008, Influence of oyster culture practices and environmental conditions on the ecological
status of intertidal mudflats in the Pertuis Charentais (SW France): A multi-index approach: Marine Pollution Bulletin, v.
56, p. 1898–1912, doi: 10.1016/[Link].2008.07.010.

Boudouresque, C. F., Meinesz, A., Ribera, M. A., and Ballesteros, E., 1995, Spread of the green alga Caulerpa taxifolia (Caulerpales,
Chlorophyta) in the Mediterranean: possible consequences of a major ecological event:

Bouëdec, G. L., 2009, Small Ports from the Sixteenth to the Early Twentieth Century and the Local Economy of the French Atlantic
Coast: International Journal of Maritime History, v. 21, p. 103–126, doi: 10.1177/084387140902100206.

Boulle, P. H., 1972, Slave Trade, Commercial Organization and Industrial Growth in Eighteenth-Century Nantes: Outre-Mers. Revue
d’histoire, v. 59, p. 70–112, doi: 10.3406/outre.1972.1577.

Bradshaw, J. S., 1968, Environmental Parameters and Marsh Foraminifera: Limnology and Oceanography, v. 13, p. 26–38, doi:
[Link]

Breitburg, D. L., Craig, J. K., Fulford, R. S., Rose, K. A., Boynton, W. R., Brady, D. C., Ciotti, B. J., Diaz, R. J., Friedland, K. D.,
Hagy, J. D., Hart, D. R., Hines, A. H., Houde, E. D., Kolesar, S. E., Nixon, S. W., Rice, J. A., Secor, D. H., and Targett, T.
E., 2009, Nutrient enrichment and fisheries exploitation: interactive effects on estuarine living resources and their
management: Hydrobiologia, v. 629, p. 31–47, doi: 10.1007/s10750-009-9762-4.

Breton, G., Faasse, M., Noël, P., and Vincent, T., 2002, A New Alien Crab in Europe: Hemigrapsus Sanguineus (Decapoda:
Brachyura: Grapsidae): Journal of Crustacean Biology, v. 22, p. 184–189, doi: 10.1163/20021975-99990221.

Briggs, J. C., 2012, Marine species invasions in estuaries and harbors: Marine Ecology Progress Series, v. 449, p. 297–302, doi:
10.3354/meps09553.

Brouillette Price, E., Kabengi, N., and Goldstein, S. T., 2019, Effects of heavy-metal contaminants (Cd, Pb, Zn) on benthic
foraminiferal assemblages grown from propagules, Sapelo Island, Georgia (USA): Marine Micropaleontology, v. 147, p. 1–
11, doi: 10.1016/[Link].2019.01.004.

196
Bibliographie

Brunner, C. A., Yeager, K. M., Hatch, R., Simpson, S., Keim, J., Briggs, K. B., and Louchouarn, P., 2013, Effects of Oil from the
2010 Macondo Well Blowout on Marsh Foraminifera of Mississippi and Louisiana, USA: Environmental Science &
Technology, v. 47, p. 9115–9123, doi: 10.1021/es401943y.

Brünnich, M. Thr., 1771, M. Th. Brünnichii Zoologiae Fundamenta Praelectionibus Academicis Accommodata = Grunde i
Dyrelaeren.: Apud Frider. Christ. Pelt, Hafniae ;, 266 p.

Burgess, R., 2001, An improved protocol for separating meiofauna from sediments using colloidal silica sols: Marine Ecology
Progress Series, v. 214, p. 161–165, doi: 10.3354/meps214161.

Burone, L., Venturini, N., Sprechmann, P., Valente, P., and Muniz, P., 2006, Foraminiferal responses to polluted sediments in the
Montevideo coastal zone, Uruguay: Marine Pollution Bulletin, v. 52, p. 61–73, doi: 10.1016/[Link].2005.08.007.

Burone, L., Valente, P., Pires-Vanin, A. M. S., Sousa, S. H. de M. e, Mahiques, M. M., and Braga, E., 2007, Benthic foraminiferal
variability on a monthly scale in a subtropical bay moderately affected by urban sewage: Scientia Marina, v. 71, p. 775–
792, doi: 10.3989/scimar.2007.71n4775.

Burton, N. H. K., Rehfisch, M. M., Clark, N. A., and Dodd, S. G., 2006, Impacts of sudden winter habitat loss on the body condition
and survival of redshank Tringa totanus: Journal of Applied Ecology, v. 43, p. 464–473, doi: 10.1111/j.1365-
2664.2006.01156.x.

Buzas, M. A., and Hayek, L.-A. C., 2000, A case for long-term monitoring of the Indian River Lagoon, Florida: Foraminiferal
densities, 1977–1996: Bulletin of Marine Science, v. 67, p. 805–814.

Buzas-Stephens, P., Buzas, M. A., Price, J. D., and Courtney, C. H., 2018, Benthic Superheroes: Living Foraminifera from Three
Bays in the Mission-Aransas National Estuarine Research Reserve, USA: Estuaries and Coasts, v. 41, p. 2368–2377, doi:
10.1007/s12237-018-0425-4.

Callahan, B. J., McMurdie, P. J., Rosen, M. J., Han, A. W., Johnson, A. J. A., and Holmes, S. P., 2016, DADA2: High-resolution
sample inference from Illumina amplicon data: Nature Methods, v. 13, p. 581–583, doi: 10.1038/nmeth.3869.

Camacho, S., Moura, D., Connor, S., Scott, D., and Boski, T., 2015a, Ecological zonation of benthic foraminifera in the lower
Guadiana Estuary (southeastern Portugal): Marine Micropaleontology, v. 114, p. 1–18, doi:
10.1016/[Link].2014.10.004.

Camacho, S., Moura, D., Connor, S., Scott, D., and Boski, T., 2015b, Taxonomy, ecology and biogeographical trends of dominant
benthic foraminifera species from an Atlantic-Mediterranean estuary (the Guadiana, southeast Portugal): Palaeontologia
Electronica, p. 1–27.

Carlton, J. T., and Hodder, J., 1995, Biogeography and dispersal of coastal marine organisms: experimental studies on a replica of a
16th-century sailing vessel: Marine Biology, v. 121, p. 721–730, doi: 10.1007/BF00349308.

Caruso, A., Cosentino, C., Tranchina, L., and Brai, M., 2011, Response of benthic foraminifera to heavy metal contamination in
marine sediments (Sicilian coasts, Mediterranean Sea): Chemistry and Ecology, v. 27, p. 9–30, doi:
10.1080/02757540.2010.529076.

Castignetti, P., 1996, A Time-Series Study of Foraminiferal Assemblages of the Plym Estuary, South-West England: Journal of the
Marine Biological Association of the United Kingdom, v. 76, p. 569–578, doi: 10.1017/S0025315400031283.

Cavaliere, M., Barrenechea Angeles, I., Montresor, M., Bucci, C., Brocani, L., Balassi, E., Margiotta, F., Francescangeli, F., Bouchet,
V. M. P., Pawlowski, J., and Frontalini, F., 2021, Assessing the ecological quality status of the highly polluted Bagnoli area
(Tyrrhenian Sea, Italy) using foraminiferal eDNA metabarcoding: Science of The Total Environment, v. 790, p. 147871,
doi: 10.1016/[Link].2021.147871.

Cave, R. R., Ledoux, L., Turner, K., Jickells, T., Andrews, J. E., and Davies, H., 2003, The Humber catchment and its coastal area:
from UK to European perspectives: Science of The Total Environment, v. 314–316, p. 31–52, doi: 10.1016/S0048-
9697(03)00093-7.

Cearreta, A., 1988, Population dynamics of benthic foraminifera in the Santona estuary, Spain: Revue de paléobiologie, p. 721–724.

Cearreta, A., Irabien, M. J., Leorri, E., Yusta, I., Croudace, I. W., and Cundy, A. B., 2000, Recent Anthropogenic Impacts on the
Bilbao Estuary, Northern Spain: Geochemical and Microfaunal Evidence: Estuarine, Coastal and Shelf Science, v. 50, p.
571–592, doi: 10.1006/ecss.1999.0582.

197
Bibliographie

Cearreta, A., Irabien, M. J., Ulibarri, I., Yusta, I., Croudace, I. W., and Cundy, A. B., 2002, Recent Salt Marsh Development and
Natural Regeneration of Reclaimed Areas in the Plentzia Estuary, N. Spain: Estuarine, Coastal and Shelf Science, v. 54, p.
863–886, doi: 10.1006/ecss.2001.0862.

Cearreta, A., García-Artola, A., Leorri, E., Irabien, M. J., and Masque, P., 2013, Recent environmental evolution of regenerated salt
marshes in the southern Bay of Biscay: Anthropogenic evidences in their sedimentary record: Journal of Marine Systems,
v. 109–110, p. S203–S212, doi: 10.1016/[Link].2011.07.013.

Ceccherelli, G., and Cinelli, F., 1999, The role of vegetative fragmentation in dispersal of the invasive alga Caulerpa taxifolia in the
Mediterranean: Marine Ecology Progress Series, v. 182, p. 299–303, doi: 10.3354/meps182299.

Cedhagen, T., 1988, Position in the sediment and feeding of Astrorhiza limicola Sandahl, 1857 (Foraminiferida): Sarsia, v. 73, p. 43–
47, doi: 10.1080/00364827.1988.10420670.

Cedhagen, T., 1994, Taxonomy and biology of Hyrrokkin sarcophaga gen. et sp. n., a parasitic foraminiferan (Rosalinidae): Sarsia, v.
79, p. 65–82, doi: 10.1080/00364827.1994.10413549.

Cesbron, F., Geslin, E., Jorissen, F. J., Delgard, M. L., Charrieau, L., Deflandre, B., Jézéquel, D., Anschutz, P., and Metzger, E.,
2016, Vertical distribution and respiration rates of benthic foraminifera: Contribution to aerobic remineralization in
intertidal mudflats covered by Zostera noltei meadows: Estuarine, Coastal and Shelf Science, v. 179, p. 23–38, doi:
10.1016/[Link].2015.12.005.

Chao, A., and Shen, T.-J., 2003, Nonparametric estimation of Shannon’s index of diversity when there are unseen species in sample:
Environmental and Ecological Statistics, v. 10, p. 429–443, doi: 10.1023/A:1026096204727.

Charrieau, L. M., Bryngemark, L., Hansson, I., and Filipsson, H. L., 2018, Improved wet splitter for micropalaeontological analysis,
and assessment of uncertainty using data from splitters: Journal of Micropalaeontology, v. 37, p. 191–194, doi:
10.5194/jm-37-191-2018.

Chauris, L., 2002, L’exploitation des ressources minérales sur le littoral en Bretagne méridionale: Actes des congrès nationaux des
sociétés historiques et scientifiques, v. 124, p. 253–274.

Chauris, L., 2011, Aperçu sur les anciennes exploitations d’étain en Bretagne: Bull. Soc. géol. minéral. Bretagne, p. 103–115.

Cherchi, A., Da Pelo, S., Ibba, A., Mana, D., Buosi, C., and Floris, N., 2009, Benthic foraminifera response and geochemical
characterization of the coastal environment surrounding the polluted industrial area of Portovesme (South-Western
Sardinia, Italy): Marine Pollution Bulletin, v. 59, p. 281–296, doi: 10.1016/[Link].2009.09.016.

Cheverie, A. V., Hamilton, D. J., Coffin, M. R. S., and Barbeau, M. A., 2014, Effects of shorebird predation and snail abundance on
an intertidal mudflat community: Journal of Sea Research, v. 92, p. 102–114, doi: 10.1016/[Link].2014.03.011.

Chiffoleau, J.-F., 2017, La contamination chimique sur le littoral Loire-Bretagne. Résultats de 35 années de suivi du Réseau
d’Observation de la Contamination Chimique:

Choquel, C., Geslin, E., Metzger, E., Filipsson, H. L., Risgaard-Petersen, N., Launeau, P., Giraud, M., Jauffrais, T., Jesus, B., and
Mouret, A., 2021, Denitrification by benthic foraminifera and their contribution to N-loss from a fjord environment:
Biogeosciences, v. 18, p. 327–341, doi: [Link]

Choquel, C., 2021, Ecologie des foraminifères benthiques, interactions biologiques et géochimiques : approche pluridisciplinaire à
différentes échelles: These de doctorat, Angers.

Clark, B. M., Bennett, B. A., and Lamberth, S. J., 1994, A comparison of the ichthyofauna of two estuaries and their adjacent surf
zones, with an assessment of the effects of beach-seining on the nursery function of estuaries for fish: South African
Journal of Marine Science, v. 14, p. 121–131, doi: 10.2989/025776194784286941.

Cloern, J. E., 1987, Turbidity as a control on phytoplankton biomass and productivity in estuaries: Continental Shelf Research, v. 7,
p. 1367–1381, doi: 10.1016/0278-4343(87)90042-2.

Cloern, J. E., 2001, Our evolving conceptual model of the coastal eutrophication problem: Marine Ecology Progress Series, v. 210, p.
223–253, doi: 10.3354/meps210223.

198
Bibliographie

Coccioni, R., Frontalini, F., Marsili, A., and Mana, D., 2009, Benthic foraminifera and trace element distribution: A case-study from
the heavily polluted lagoon of Venice (Italy): Marine Pollution Bulletin, v. 59, p. 257–267, doi:
10.1016/[Link].2009.08.009.

Cohen, A. N., and Carlton, J. T., 1998, Accelerating Invasion Rate in a Highly Invaded Estuary: Science, v. 279, p. 555–558, doi:
10.1126/science.279.5350.555.

Colodey, A. G., and Wells, P. G., 1992, Effects of pulp and paper mill effluents on estuarine and marine ecosystems in Canada: a
review: Journal of Aquatic Ecosystem Health, v. 1, p. 201–226, doi: 10.1007/BF00044716.

Cong, J., Long, H., Zhang, Y., Wang, N., ,Lab for Marine Mineral Resources, Qingdao National Laboratory for Marine Science and
Technology, Qingdao, 266071, China, ,Qingdao Institute of Marine Geology, China Geological Survey, Ministry of
Natural Resources, Qingdao 266071, China, ,College of Marine Geosciences, Ocean University of China, Qingdao 266100,
China, and ,College of Oceanic and Atmospheric, Ocean University of China, Qingdao 266100, China, 2021, Ecological
environment response of benthic foraminifera to heavy metals and human engineering: A case study from Jiaozhou Bay,
China: China Geology, v. 4, p. 1–14, doi: 10.31035/cg2021040.

Coquillas, D., 2001, Les rivages de l’estuaire de la Gironde du néolithique au Moyen âge: Theses, Université Bordeaux 3.

Cordier, T., Esling, P., Lejzerowicz, F., Visco, J., Ouadahi, A., Martins, C., Cedhagen, T., and Pawlowski, J., 2017, Predicting the
Ecological Quality Status of Marine Environments from eDNA Metabarcoding Data Using Supervised Machine Learning:
Environmental Science & Technology, v. 51, p. 9118–9126, doi: 10.1021/[Link].7b01518.

Cordier, T., Frontalini, F., Cermakova, K., Apothéloz-Perret-Gentil, L., Treglia, M., Scantamburlo, E., Bonamin, V., and Pawlowski,
J., 2019a, Multi-marker eDNA metabarcoding survey to assess the environmental impact of three offshore gas platforms in
the North Adriatic Sea (Italy): Marine Environmental Research, v. 146, p. 24–34, doi: 10.1016/[Link].2018.12.009.

Cordier, T., Lanzén, A., Apothéloz-Perret-Gentil, L., Stoeck, T., and Pawlowski, J., 2019b, Embracing Environmental Genomics and
Machine Learning for Routine Biomonitoring: Trends in Microbiology, v. 27, p. 387–397, doi: 10.1016/[Link].2018.10.012.

Costello, J. H., Bayha, K. M., Mianzan, H. W., Shiganova, T. A., and Purcell, J. E., 2012, Transitions of Mnemiopsis leidyi
(Ctenophora: Lobata) from a native to an exotic species: a review: Hydrobiologia, v. 690, p. 21–46, doi: 10.1007/s10750-
012-1037-9.

Council of the European Communities, 2000, Directive 2000/60/EC of the European Parliament and of the Council of 23 October
2000 establishing a framework for Community action in the field of water policy: Official Journal of the European
Communities, v. 327, p. 1–72.

Courrat, A., Lobry, J., Nicolas, D., Laffargue, P., Amara, R., Lepage, M., Girardin, M., and Le Pape, O., 2009, Anthropogenic
disturbance on nursery function of estuarine areas for marine species: Estuarine, Coastal and Shelf Science, v. 81, p. 179–
190, doi: 10.1016/[Link].2008.10.017.

Coynel, A., Schäfer, J., Blanc, G., and Bossy, C., 2007, Scenario of particulate trace metal and metalloid transport during a major
flood event inferred from transient geochemical signals: Applied Geochemistry, v. 22, p. 821–836, doi:
10.1016/[Link].2006.10.004.

Coynel, A., Gorse, L., Curti, C., Schafer, J., Grosbois, C., Morelli, G., Ducassou, E., Blanc, G., Maillet, G. M., and Mojtahid, M.,
2016, Spatial distribution of trace elements in the surface sediments of a major European estuary (Loire Estuary, France):
Source identification and evaluation of anthropogenic contribution: Journal of Sea Research, v. 118, p. 77–91, doi:
10.1016/[Link].2016.08.005.

Crain, C. M., Silliman, B. R., Bertness, S. L., and Bertness, M. D., 2004, Physical and Biotic Drivers of Plant Distribution Across
Estuarine Salinity Gradients: Ecology, v. 85, p. 2539–2549, doi: 10.1890/03-0745.

Crane, M., 2003, Proposed development of Sediment Quality Guidelines under the European Water Framework Directive: a critique:
Toxicology Letters, v. 142, p. 195–206, doi: 10.1016/S0378-4274(03)00069-9.

Culver, S. J., and Lipps, J. H., 2003, Predation on and by Foraminifera, in Kelley, P. H., Kowalewski, M., and Hansen, T. A. (eds.),
Predator—Prey Interactions in the Fossil Record: Springer US, Boston, MA, p. 7–32.

Dafforn, K. A., Lewis, J. A., and Johnston, E. L., 2011, Antifouling strategies: History and regulation, ecological impacts and
mitigation: Marine Pollution Bulletin, v. 62, p. 453–465, doi: 10.1016/[Link].2011.01.012.

199
Bibliographie

Dafforn, K. A., Simpson, S. L., Kelaher, B. P., Clark, G. F., Komyakova, V., Wong, C. K. C., and Johnston, E. L., 2012, The
challenge of choosing environmental indicators of anthropogenic impacts in estuaries: Environmental Pollution, v. 163, p.
207–217, doi: 10.1016/[Link].2011.12.029.

Dan, S. F., Liu, S.-M., Yang, B., Udoh, E. C., Umoh, U., and Ewa-Oboho, I., 2019, Geochemical discrimination of bulk organic
matter in surface sediments of the Cross River estuary system and adjacent shelf, South East Nigeria (West Africa):
Science of The Total Environment, v. 678, p. 351–368, doi: 10.1016/[Link].2019.04.422.

Daniel, T., Ansorge, J., Schmölcke, U., and Frenzel, P., 2019, Multiproxy palaeontological investigations of Holocene sediments in
the harbour area of the Hanseatic town Stralsund, North-Eastern Germany, southern Baltic Sea coast: Quaternary
International, v. 511, p. 22–42, doi: 10.1016/[Link].2018.05.017.

Darling, K. F., Schweizer, M., Knudsen, K. L., Evans, K. M., Bird, C., Roberts, A., Filipsson, H. L., Kim, J.-H., Gudmundsson, G.,
Wade, C. M., Sayer, M. D. J., and Austin, W. E. N., 2016, The genetic diversity, phylogeography and morphology of
Elphidiidae (Foraminifera) in the Northeast Atlantic: Marine Micropaleontology, v. 129, p. 1–23, doi:
10.1016/[Link].2016.09.001.

Darling, K. F., and Wade, C. M., 2008, The genetic diversity of planktic foraminifera and the global distribution of ribosomal RNA
genotypes: Marine Micropaleontology, v. 67, p. 216–238, doi: 10.1016/[Link].2008.01.009.

Dauvin, J.-C., 2007, Paradox of estuarine quality: Benthic indicators and indices, consensus or debate for the future: Marine Pollution
Bulletin, v. 55, p. 271–281, doi: 10.1016/[Link].2006.08.017.

Dauvin, J.-C., and Ruellet, T., 2009, The estuarine quality paradox: Is it possible to define an ecological quality status for specific
modified and naturally stressed estuarine ecosystems? Marine Pollution Bulletin, v. 59, p. 38–47, doi:
10.1016/[Link].2008.11.008.

Day, J. W., Kemp, W. M., Yáñez-Arancibia, A., and Crump, B. C., 2012, Estuarine Ecology: John Wiley & Sons, 576 p.

De Rijk, S., 1995, Salinity control on the distribution of salt marsh foraminifera (Great Marshes, Massachusetts): Journal of
Foraminiferal Research, v. 25, p. 156–166, doi: 10.2113/gsjfr.25.2.156.

Debenay, J.-P., 1995, Can the confinement index (calculated on the basis of foraminiferal populations) be used in the study of coastal
evolution during the quaternary? Quaternary International, v. 29–30, p. 89–93, doi: 10.1016/1040-6182(95)00001-Y.

Debenay, J.-P., Guillou, J.-J., Redois, F., and Geslin, E., 2000, Distribution Trends of Foraminiferal Assemblages in Paralic
Environments, in Martin, R. E. (ed.), Environmental Micropaleontology: The Application of Microfossils to Environmental
Geology: Springer US, Boston, MA, p. 39–67.

Debenay, J.-P., Tsakiridis, E., Soulard, R., and Grossel, H., 2001, Factors determining the distribution of foraminiferal assemblages
in Port Joinville Harbor (Ile d’Yeu, France): the influence of pollution: Marine Micropaleontology, v. 43, p. 75–118, doi:
10.1016/S0377-8398(01)00023-8.

Debenay, J. P., Carbonel, P., Morzadec-Kerfourn, M.-T., Cazaubon, A., Denèfle, M., and Lézine, A.-M., 2003, Multi-bioindicator
study of a small estuary in Vendée (France): Estuarine, Coastal and Shelf Science, v. 58, p. 843–860, doi: 10.1016/S0272-
7714(03)00189-6.

Debenay, J.-P., Bicchi, E., Goubert, E., and Armynot du Châtelet, E., 2006, Spatio-temporal distribution of benthic foraminifera in
relation to estuarine dynamics (Vie estuary, Vendée, W France): Estuarine, Coastal and Shelf Science, v. 67, p. 181–197,
doi: 10.1016/[Link].2005.11.014.

Debenay, J.-P., and Guillou, J.-J., 2002, Ecological transitions indicated by foraminiferal assemblages in paralic environments:
Estuaries, v. 25, p. 1107–1120, doi: 10.1007/BF02692208.

Deborde, J., Anschutz, P., Chaillou, G., Etcheber, H., Commarieu, M.-V., Lecroart, P., and Abril, G., 2007, The dynamics of
phosphorus in turbid estuarine systems: Example of the Gironde estuary (France): Limnology and Oceanography, v. 52, p.
862–872, doi: 10.4319/lo.2007.52.2.0862.

Deiner, K., Bik, H. M., Mächler, E., Seymour, M., Lacoursière-Roussel, A., Altermatt, F., Creer, S., Bista, I., Lodge, D. M., de Vere,
N., Pfrender, M. E., and Bernatchez, L., 2017, Environmental DNA metabarcoding: Transforming how we survey animal
and plant communities: Molecular Ecology, v. 26, p. 5872–5895, doi: 10.1111/mec.14350.

200
Bibliographie

DeLaca, T. E., Karl, D. M., and Lipps, J. H., 1981, Direct use of dissolved organic carbon by agglutinated benthic foraminifera:
Nature, v. 289, p. 287–289, doi: 10.1038/289287a0.

Deldicq, N., Alve, E., Schweizer, M., Asteman, I. P., Hess, S., Darling, K., and Bouchet, V. M. P., 2019, History of the introduction
of a species resembling the benthic foraminifera Nonionella stella in the oslofjord (Norway): Morphological, molecular and
paleo-ecological evidences: Aquatic Invasions, v. 14, p. 182–205, doi: 10.3391/ai.2019.14.2.03.

Deldicq, N., Langlet, D., Delaeter, C., Beaugrand, G., Seuront, L., and Bouchet, V. M. P., 2021, Effects of temperature on the
behaviour and metabolism of an intertidal foraminifera and consequences for benthic ecosystem functioning: Scientific
Reports, v. 11, p. 4013, doi: 10.1038/s41598-021-83311-z.

Delpech, C., Courrat, A., Pasquaud, S., Lobry, J., Le Pape, O., Nicolas, D., Boët, P., Girardin, M., and Lepage, M., 2010,
Development of a fish-based index to assess the ecological quality of transitional waters: The case of French estuaries:
Marine Pollution Bulletin, v. 60, p. 908–918, doi: 10.1016/[Link].2010.01.001.

Dendievel, A.-M., Mourier, B., Coynel, A., Evrard, O., Labadie, P., Ayrault, S., Debret, M., Koltalo, F., Copard, Y., Faivre, Q.,
Gardes, T., Vauclin, S., Budzinski, H., Grosbois, C., Winiarski, T., and Desmet, M., 2020, Spatio-temporal assessment of
the polychlorinated biphenyl (PCB) sediment contamination in four major French river corridors (1945–2018): Earth
System Science Data, v. 12, p. 1153–1170, doi: 10.5194/essd-12-1153-2020.

Depuydt, P., Mojtahid, M., Barras, C., Bouhdayad, F. Z., and Toucanne, S., 2022, Intermediate ocean circulation and cryosphere
dynamics in the northeast Atlantic during Heinrich Stadials: benthic foraminiferal assemblage response: Journal of
Quaternary Science, v. 37, p. 1207–1221, doi: 10.1002/jqs.3444.

Devlin, M., Best, M., Coates, D., Bresnan, E., O’Boyle, S., Park, R., Silke, J., Cusack, C., and Skeats, J., 2007, Establishing
boundary classes for the classification of UK marine waters using phytoplankton communities: Marine Pollution Bulletin,
v. 55, p. 91–103, doi: 10.1016/[Link].2006.09.018.

Diaz, R. J., Solan, M., and Valente, R. M., 2004, A review of approaches for classifying benthic habitats and evaluating habitat
quality: Journal of Environmental Management, v. 73, p. 165–181, doi: 10.1016/[Link].2004.06.004.

Diaz, R. J., and Rosenberg, R., 2008, Spreading Dead Zones and Consequences for Marine Ecosystems: Science, v. 321, p. 926–929,
doi: 10.1126/science.1156401.

Dijkstra, N., Junttila, J., Skirbekk, K., Carroll, J., Husum, K., and Hald, M., 2017, Benthic foraminifera as bio-indicators of chemical
and physical stressors in Hammerfest harbor (Northern Norway): Marine Pollution Bulletin, v. 114, p. 384–396, doi:
10.1016/[Link].2016.09.053.

Dimiza, M. D., Triantaphyllou, M. V., Koukousioura, O., Hallock, P., Simboura, N., Karageorgis, A. P., and Papathanasiou, E.,
2016, The Foram Stress Index: A new tool for environmental assessment of soft-bottom environments using benthic
foraminifera. A case study from the Saronikos Gulf, Greece, Eastern Mediterranean: Ecological Indicators, v. 60, p. 611–
621, doi: 10.1016/[Link].2015.07.030.

Dissard, D., Nehrke, G., Reichart, G. J., and Bijma, J., 2010, The impact of salinity on the Mg/Ca and Sr/Ca ratio in the benthic
foraminifera Ammonia tepida: Results from culture experiments: Geochimica et Cosmochimica Acta, v. 74, p. 928–940,
doi: 10.1016/[Link].2009.10.040.

Diz, P., Jorissen, F. J., Reichart, G. J., Poulain, C., Dehairs, F., Leorri, E., and Paulet, Y.-M., 2009, Interpretation of benthic
foraminiferal stable isotopes in subtidal estuarine environments: Biogeosciences, v. 6, p. 7453–7480, doi: 10.5194/bgd-6-
7453-2009.

Diz, P., Barras, C., Geslin, E., Reichart, G.-J., Metzger, E., Jorissen, F., and Bijma, J., 2012, Incorporation of Mg and Sr and oxygen
and carbon stable isotope fractionation in cultured Ammonia tepida: Marine Micropaleontology, v. 92–93, p. 16–28, doi:
10.1016/[Link].2012.04.006.

Diz, P., and Francés, G., 2008, Distribution of live benthic foraminifera in the Ría de Vigo (NW Spain): Marine Micropaleontology,
v. 66, p. 165–191, doi: 10.1016/[Link].2007.09.001.

Dolven, J. K., Alve, E., Rygg, B., and Magnusson, J., 2013, Defining past ecological status and in situ reference conditions using
benthic foraminifera: A case study from the Oslofjord, Norway: Ecological Indicators, v. 29, p. 219–233, doi:
10.1016/[Link].2012.12.031.

201
Bibliographie

Dolven, J. K., and Alve, E., 2021, Naturally changing reference conditions: Evidence of isostatic uplift being the main cause of
changes in ecological status in a SW Norwegian fjord system: Ecological Indicators, v. 131, p. 108162, doi:
10.1016/[Link].2021.108162.

D’Orbigny, A. D., 1839, Foraminifères de l’île de Cuba: Bertrand, 280 p.

Dubois, S., Jean-Louis, B., Bertrand, B., and Lefebvre, S., 2007, Isotope trophic-step fractionation of suspension-feeding species:
Implications for food partitioning in coastal ecosystems: Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, v. 351, p.
121–128, doi: 10.1016/[Link].2007.06.020.

Dubois, S., Savoye, N., Grémare, A., Plus, M., Charlier, K., Beltoise, A., and Blanchet, H., 2012, Origin and composition of
sediment organic matter in a coastal semi-enclosed ecosystem: An elemental and isotopic study at the ecosystem space
scale: Journal of Marine Systems, v. 94, p. 64–73, doi: 10.1016/[Link].2011.10.009.

Dubois, A., Barras, C., Pavard, J.-C., Donnay, A., Béatrix, M., and Bouchet, V. M. P., 2021, Distribution Patterns of Benthic
Foraminifera in Fish Farming Areas (Corsica, France): Implications for the Implementation of Biotic Indices in
Biomonitoring Studies: Water, v. 13, p. 2821, doi: 10.3390/w13202821.

Ducrotoy, J.-P., 2010, Ecological restoration of tidal estuaries in North Western Europe: an adaptive strategy to multi-scale changes:
Plankton and Benthos Research, v. 5, p. 174–184, doi: 10.3800/pbr.5.174.

Ducrotoy, J.-P., and Dauvin, J.-C., 2008, Estuarine conservation and restoration: The Somme and the Seine case studies (English
Channel, France): Marine Pollution Bulletin, v. 57, p. 208–218, doi: 10.1016/[Link].2008.04.031.

Dupain, R., 1981, Effets de l’endiguement de la rive nord de l’estuaire de la Loire: Revue Française de Géotechnique, p. 28–33, doi:
10.1051/geotech/198114b028.

Dupas, R., Minaudo, C., Gruau, G., Ruiz, L., and Gascuel-Odoux, C., 2018, Multidecadal Trajectory of Riverine Nitrogen and
Phosphorus Dynamics in Rural Catchments: Water Resources Research, v. 54, p. 5327–5340, doi:
10.1029/2018WR022905.

Dupont, N., and Moatar, F., 2016, La Loire fluviale et estuarienne: Un milieu en évolution: Quae, 323 p.

Dupuy, C., Rossignol, L., Geslin, E., and Pascal, P.-Y., 2010, Predation of mudflat meio-macrofaunal metazoans by a calcareous
foraminifer, Ammonia tepida (Cushman, 1926): Journal of Foraminiferal Research, v. 40, p. 305–312, doi:
10.2113/gsjfr.40.4.305.

Durand, M., 2017, De l’estuaire à l’océan : expression des forçages locaux et globaux dans l’enregistrement sédimentaire de la
dynamique de la Loire depuis l’Holocène Moyen: phdthesis, Université d’Angers.

Eertman, R. H. M., Kornman, B. A., Stikvoort, E., and Verbeek, H., 2002, Restoration of the Sieperda Tidal Marsh in the Scheldt
Estuary, The Netherlands: Restoration Ecology, v. 10, p. 438–449, doi: 10.1046/j.1526-100X.2002.01034.x.

Eichler, P. P. B., Eichler, B. B., Gupta, B. S., and Rodrigues, A. R., 2012, Foraminifera as indicators of marine pollutant
contamination on the inner continental shelf of southern Brazil: Marine Pollution Bulletin, v. 64, p. 22–30, doi:
10.1016/[Link].2011.10.032.

El Kateb, A., Stalder, C., Martínez-Colón, M., Mateu-Vicens, G., Francescangeli, F., Coletti, G., Stainbank, S., and Spezzaferri, S.,
2020, Foraminiferal-based biotic indices to assess the ecological quality status of the Gulf of Gabes (Tunisia): Present
limitations and future perspectives: Ecological Indicators, v. 111, p. 105962, doi: 10.1016/[Link].2019.105962.

Elbrecht, V., and Leese, F., 2015, Can DNA-Based Ecosystem Assessments Quantify Species Abundance? Testing Primer Bias and
Biomass—Sequence Relationships with an Innovative Metabarcoding Protocol: PLOS ONE, v. 10, p. e0130324, doi:
10.1371/[Link].0130324.

Elliott, M., and McLusky, D. S., 2002, The Need for Definitions in Understanding Estuaries: Estuarine, Coastal and Shelf Science, v.
55, p. 815–827, doi: 10.1006/ecss.2002.1031.

Elliott, M., and Quintino, V., 2007, The Estuarine Quality Paradox, Environmental Homeostasis and the difficulty of detecting
anthropogenic stress in naturally stressed areas: Marine Pollution Bulletin, v. 54, p. 640–645, doi:
10.1016/[Link].2007.02.003.

202
Bibliographie

Elliott, M., and Whitfield, A. K., 2011, Challenging paradigms in estuarine ecology and management: Estuarine, Coastal and Shelf
Science, v. 94, p. 306–314, doi: 10.1016/[Link].2011.06.016.

Ellison, R.L. Ammobaculites, Foraminiferal Proprietor of Chesapeake Bay Estuaries. Environ. Framew. Coast. Plain Estuaries 1972,
133, 247.

Ellison, R. L., and Murray, J. W., 1987, Geographical variation in the distribution of certain agglutinated foraminifera along the
North Atlantic margins: Journal of Foraminiferal Research, v. 17, p. 123–131, doi: 10.2113/gsjfr.17.2.123.

Envlit Bassin Loire-Bretagne, accessed September 23, 2021, at Envlit at [Link]

bassin/Bassin-Loire-Bretagne.

Ernst, S. R., Morvan, J., Geslin, E., Le Bihan, A., and Jorissen, F. J., 2006, Benthic foraminiferal response to experimentally induced
Erika oil pollution: Marine Micropaleontology, v. 61, p. 76–93, doi: 10.1016/[Link].2006.05.005.

Erwin, R. M., 1996, Dependence of waterbirds and shorebirds on shallow-water habitats in the Mid-Atlantic coastal region: An
ecological profile and management recommendations: Estuaries, v. 19, p. 213–219, doi: 10.2307/1352226.

Farrell, K. M., Harris, W. B., Mallinson, D. J., Culver, S. J., Riggs, S. R., Pierson, J., Self-Trail, J. M., and Lautier, J. C., 2012,
Standardizing Texture and Facies Codes for A Process-Based Classification of Clastic Sediment and
RockSTANDARDIZING TEXTURE: Journal of Sedimentary Research, v. 82, p. 364–378, doi: 10.2110/jsr.2012.30.

Fatela, F., and Taborda, R., 2002, Confidence limits of species proportions in microfossil assemblages: Marine Micropaleontology, v.
45, p. 169–174, doi: 10.1016/S0377-8398(02)00021-X.

Ferraro, L., Sprovieri, M., Alberico, I., Lirer, F., Prevedello, L., and Marsella, E., 2006, Benthic foraminifera and heavy metals
distribution: A case study from the Naples Harbour (Tyrrhenian Sea, Southern Italy): Environmental Pollution, v. 142, p.
274–287, doi: 10.1016/[Link].2005.10.026.

Feyling-Hanssen, R. W., 1972, The foraminifer Elphidium excavatum (Terquem) and its variant forms: Micropaleontology, v. 18, p.
337–354.

Ford, P., Tillman, P., Robson, B., and Webster, I. T., 2005, Organic carbon deliveries and their flow related dynamics in the Fitzroy
estuary: Marine Pollution Bulletin, v. 51, p. 119–127, doi: 10.1016/[Link].2004.10.019.

Forrest, B. M., Keeley, N. B., Hopkins, G. A., Webb, S. C., and Clement, D. M., 2009, Bivalve aquaculture in estuaries: Review and
synthesis of oyster cultivation effects: Aquaculture, v. 298, p. 1–15, doi: 10.1016/[Link].2009.09.032.

Fossile, E., Nardelli, M. P., Jouini, A., Lansard, B., Pusceddu, A., Moccia, D., Michel, E., Péron, O., Howa, H., and Mojtahid, M.,
2020, Benthic foraminifera as tracers of brine production in the Storfjorden “sea ice factory”: Biogeosciences, v. 17, p.
1933–1953, doi: 10.5194/bg-17-1933-2020.

Fossile, E., 2022, Ice-related environmental changes in Artic fjords : new insights from benthic foraminifera: These de doctorat,
Angers.

Fouet, M. P. A., Singer, D., Coynel, A., Héliot, S., Howa, H., Lalande, J., Mouret, A., Schweizer, M., Tcherkez, G., and Jorissen, F.
J., 2022, Foraminiferal Distribution in Two Estuarine Intertidal Mudflats of the French Atlantic Coast: Testing the Marine
Influence Index: Water, v. 14, p. 645, doi: 10.3390/w14040645.

Francescangeli, F., Armynot du Chatelet, E., Billon, G., Trentesaux, A., and Bouchet, V. M. P., 2016, Palaeo-ecological quality
status based on foraminifera of Boulogne-sur-Mer harbour (Pas-de-Calais, Northeastern France) over the last 200 years:
Marine Environmental Research, v. 117, p. 32–43, doi: 10.1016/[Link].2016.04.002.

Francescangeli, F., 2017, Spatio-temporal distribution of benthic foraminifera in intertidal areas of hauts-de-france : environmental
applications and implications: These de doctorat, Lille 1.

Francescangeli, F., Bouchet, V. M. P., Trentesaux, A., and Armynot du Chatelet, E., 2017, Does elevation matter? Living
foraminiferal distribution in a hyper tidal salt marsh (Canche Estuary, Northern France): Estuarine, Coastal and Shelf
Science, v. 194, p. 192–204, doi: 10.1016/[Link].2017.06.023.

Francescangeli, F., Portela, M., Armynot du Chatelet, E., Billon, G., Andersen, T. J., Bouchet, V. M. P., and Trentesaux, A., 2018,
Infilling of the Canche Estuary (eastern English Channel, France): Insight from benthic foraminifera and historical pictures:
Marine Micropaleontology, v. 142, p. 1–12, doi: 10.1016/[Link].2018.05.003.

203
Bibliographie

Francescangeli, F., Quijada, M., Armynot du Châtelet, E., Frontalini, F., Trentesaux, A., Billon, G., and Bouchet, V. M. P., 2020,
Multidisciplinary study to monitor consequences of pollution on intertidal benthic ecosystems (Hauts de France, English
Channel, France): Comparison with natural areas: Marine Environmental Research, v. 160, p. 105034, doi:
10.1016/[Link].2020.105034.

Francescangeli, F., Milker, Y., Bunzel, D., Thomas, H., Norbisrath, M., Schönfeld, J., and Schmiedl, G., 2021, Recent benthic
foraminiferal distribution in the Elbe Estuary (North Sea, Germany): A response to environmental stressors: Estuarine,
Coastal and Shelf Science, v. 251, p. 107198, doi: 10.1016/[Link].2021.107198.

Freeman, L. A., Corbett, D. R., Fitzgerald, A. M., Lemley, D. A., Quigg, A., and Steppe, C. N., 2019, Impacts of Urbanization and
Development on Estuarine Ecosystems and Water Quality: Estuaries and Coasts, v. 42, p. 1821–1838, doi:
10.1007/s12237-019-00597-z.

Frontalini, F., Buosi, C., Da Pelo, S., Coccioni, R., Cherchi, A., and Bucci, C., 2009, Benthic foraminifera as bio-indicators of trace
element pollution in the heavily contaminated Santa Gilla lagoon (Cagliari, Italy): Marine Pollution Bulletin, v. 58, p. 858–
877, doi: 10.1016/[Link].2009.01.015.

Frontalini, F., Curzi, D., Giordano, F. M., Bernhard, J. M., Falcieri, E., and Coccioni, R., 2015, Effects of Lead Pollution on
Ammonia parkinsoniana (Foraminifera): Ultrastructural and Microanalytical Approaches: European Journal of
Histochemistry : EJH, v. 59, p. 2460, doi: 10.4081/ejh.2015.2460.

Frontalini, F., Cordier, T., Balassi, E., Armynot du Chatelet, E., Cermakova, K., Apothéloz-Perret-Gentil, L., Martins, M. V. A.,
Bucci, C., Scantamburlo, E., Treglia, M., Bonamin, V., and Pawlowski, J., 2020, Benthic foraminiferal metabarcoding and
morphology-based assessment around three offshore gas platforms: Congruence and complementarity: Environment
International, v. 144, p. 106049, doi: 10.1016/[Link].2020.106049.

Frontalini, F., and Coccioni, R., 2008, Benthic foraminifera for heavy metal pollution monitoring: A case study from the central
Adriatic Sea coast of Italy: Estuarine, Coastal and Shelf Science, v. 76, p. 404–417, doi: 10.1016/[Link].2007.07.024.

Frontalini, F., and Coccioni, R., 2011, Benthic foraminifera as bioindicators of pollution: A review of Italian research over the last
three decades: Revue de Micropaléontologie, v. 54, p. 115–127, doi: 10.1016/[Link].2011.03.001.

Gardes, T., Debret, M., Copard, Y., Patault, E., Winiarski, T., Develle, A.-L., Sabatier, P., Dendievel, A.-M., Mourier, B., Marcotte,
S., Leroy, B., and Portet-Koltalo, F., 2020, Reconstruction of anthropogenic activities in legacy sediments from the Eure
River, a major tributary of the Seine Estuary (France): CATENA, v. 190, p. 104513, doi: 10.1016/[Link].2020.104513.

Gause, G. F., 1934, Gause, G. F. (1934). The Struggle for Existence. Baltimore, MD: Williams & Wilkins.: Williams and Wilkins,
Baltimore, Maryland., p. 163.

Gauthier, C., 2006, Le patrimoine archéologique de l’estuaire de la Vilaine du Néolithique à la période gallo-romaine. L’occupation
humaine protohistorique: Bulletin de l’A.M.A.R.A.I, p. 41–56.

Gehrels, W. R., and Newman, S. W. G., 2004, Salt-marsh foraminifera in Ho Bugt, western Denmark, and their use as sea-level
indicators: Geografisk Tidsskrift-Danish Journal of Geography, v. 104, p. 97–106, doi: 10.1080/00167223.2004.10649507.

Godwin, L. S., 2003, Hull Fouling of Maritime Vessels as a Pathway for Marine Species Invasions to the Hawaiian Islands:
Biofouling, v. 19, p. 123–131, doi: 10.1080/0892701031000061750.

Goineau, A., Fontanier, C., Jorissen, F., Buscail, R., Kerhervé, P., Cathalot, C., Pruski, A. M., Lantoine, F., Bourgeois, S., Metzger,
E., Legrand, E., and Rabouille, C., 2012, Temporal variability of live (stained) benthic foraminiferal faunas in a river-
dominated shelf &ndash; Faunal response to rapid changes of the river influence (Rhône prodelta, NW Mediterranean):
Biogeosciences, v. 9, p. 1367–1388, doi: 10.5194/bg-9-1367-2012.

Goineau, A., and Gooday, A. J., 2019, Diversity and spatial patterns of foraminiferal assemblages in the eastern Clarion–Clipperton
zone (abyssal eastern equatorial Pacific): Deep Sea Research Part I: Oceanographic Research Papers, v. 149, p. 103036,
doi: 10.1016/[Link].2019.04.014.

Gollasch, S., and Leppäkoski, E., 1999, Initial Risk Assessment of Alien Species in Nordic Coastal Waters: Nordic Council of
Ministers, 260 p.

Gooday, A. J., 2002, Organic-walled allogromiids: Aspects of their occurence, diversity and ecology in marine habitats: The Journal
of Foraminiferal Research, v. 32, p. 384–399, doi: 10.2113/0320384.

204
Bibliographie

Goubert, E., 1997, Les Elphidium excavatum (TERQUEM), foraminifères benthiques, vivant en baie de Vilaine (Bretagne, France)
d’octobre 1992 à septembre 1996 : morphologie, dynamique de population et relations avec l’environnement : réflexions
sur l’approche méthodologique, la lignée évolutive et l’utilisation en paléoécologie: Theses, UBS.

Griffen, B. D., Altman, I., Hurley, J., and Mosblack, H., 2011, Reduced fecundity by one invader in the presence of another: A
potential mechanism leading to species replacement: Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, v. 406, p. 6–
13, doi: 10.1016/[Link].2011.06.005.

Grosbois, C., Meybeck, M., Lestel, L., Lefèvre, I., and Moatar, F., 2012, Severe and contrasted polymetallic contamination patterns
(1900–2009) in the Loire River sediments (France): Science of The Total Environment, v. 435–436, p. 290–305, doi:
10.1016/[Link].2012.06.056.

Grosholz, E., 2002, Ecological and evolutionary consequences of coastal invasions: Trends in Ecology & Evolution, v. 17, p. 22–27,
doi: 10.1016/S0169-5347(01)02358-8.

Guillou, F., Quiniou, B., and Huart, G. P., 2000, Comparison of Embryonic Development and Metal Contamination in Several
Populations of the Sea Urchin Sphaerechinus granularis (Lamarck) Exposed to Anthropogenic Pollution: Archives of
Environmental Contamination and Toxicology, v. 39, p. 337–344, doi: 10.1007/s002440010113.

Hansen, H. J., and Lykke-Andersen, A. L., 1976, Wall structure and classification of fossil and recent Elphidiid and Nonionid
Foraminifera.: Fossils and Strata.

Haynes, J. R., 1981, Foraminifera: Springer, 475 p.

Hayward, B. W., Holzmann, M., Grenfell, H. R., Pawlowski, J., and Triggs, C. M., 2004, Morphological distinction of molecular
types in Ammonia – towards a taxonomic revision of the world’s most commonly misidentified foraminifera: Marine
Micropaleontology, v. 50, p. 237–271, doi: 10.1016/S0377-8398(03)00074-4.

Hayward, B. W., 2014, “Monospecific” and near-monospecific benthic foraminiferal faunas, New Zealand: The Journal of
Foraminiferal Research, v. 44, p. 300–315, doi: 10.2113/gsjfr.44.3.300.

Hayward, B. W., Holzmann, M., Pawlowski, J., Parker, J. H., Kaushik, T., Toyofuku, M. S., and Tsuchiya, M., 2021, Molecular and
morphological taxonomy of living Ammonia and related taxa (Foraminifera) and their biogeography: Micropaleontology,
v. 67, p. 109–314.

Hayward, B. W., Le Coze, F., Vachard, D., and Gross, O., 2022, WoRMS - World Register of Marine Species - Ammonia Brünnich,
1771, accessed April 8, 2022, at [Link]

Hayward, B. W., and Hollis, C. J., 1994, Brackish foraminifera in New Zealand; a taxonomic and ecologic review:
Micropaleontology, v. 40, p. 185–222.

He, X., Sutherland, T. F., Pawlowski, J., and Abbott, C. L., 2019, Responses of foraminifera communities to aquaculture‐derived
organic enrichment as revealed by environmental DNA metabarcoding: Molecular Ecology, v. 28, p. 1138–1153, doi:
10.1111/mec.15007.

Henriques, B., Coppola, F., Monteiro, R., Pinto, J., Viana, T., Pretti, C., Soares, A., Freitas, R., and Pereira, E., 2019, Toxicological
assessment of anthropogenic Gadolinium in seawater: Biochemical effects in mussels Mytilus galloprovincialis: Science of
The Total Environment, v. 664, p. 626–634, doi: 10.1016/[Link].2019.01.341.

Hermelin, J. O. R., 1986, Pliocene benthic foraminifera from the Blake Plateau: Faunal assemblages and paleocirculation: Marine
Micropaleontology, v. 10, p. 343–370, doi: 10.1016/0377-8398(86)90036-8.

Hess, S., Alve, E., Andersen, T., and Joranger, T., 2020, Defining ecological reference conditions in naturally stressed environments
– How difficult is it? Marine Environmental Research, v. 156, p. 104885, doi: 10.1016/[Link].2020.104885.

Hewitt, C., Minchin, D., Olenin, S., and Gollasch, S., 2006, Canals, Invasion Corridors and Introductions, in Gollasch, S., Galil, B.
S., and Cohen, A. N. (eds.), Bridging Divides: Maritime Canals as Invasion Corridors: Springer Netherlands, Dordrecht, p.
301–306.

Hill, D., Rushton, S. P., Clark, N., Green, P., and Prys-Jones, R., 1993, Shorebird Communities on British Estuaries: Factors
Affecting Community Composition: Journal of Applied Ecology, v. 30, p. 220–234, doi: 10.2307/2404624.

205
Bibliographie

Hily, C., and Glemarec, M., 1990, Dynamique successionnelle des peuplements de fonds meubles au large de la Bretagne:
Oceanologica acta, v. 13, p. 107–115.

Holt, R. D., 2001, Species coexistence: Encyclopedia of Biodiversity, v. 5, p. 413–426.

Holt, R. D., 2017, Species Coexistence ☆, in Reference Module in Life Sciences: Elsevier, p. B9780128096338024000.

Holzmann, M., Gooday, A. J., Siemensma, F., and Pawlowski, J., 2021, Review: Freshwater and Soil Foraminifera – A Story of
Long-Forgotten Relatives: Journal of Foraminiferal Research, v. 51, p. 318–331, doi: 10.2113/gsjfr.51.4.318.

Holzmann, M., Gooday, A. J., Majewski, W., and Pawlowski, J., 2022, Molecular and morphological diversity of monothalamous
foraminifera from South Georgia and the Falkland Islands: Description of four new species: European Journal of
Protistology, v. 85, p. 125909, doi: 10.1016/[Link].2022.125909.

Horton, B. P., 1999, The distribution of contemporary intertidal foraminifera at Cowpen Marsh, Tees Estuary, UK: implications for
studies of Holocene sea-level changes: Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaeoecology, v. 149, p. 127–149, doi:
10.1016/S0031-0182(98)00197-7.

Horton, B., and Edwards, R., 2006, Quantifying Holocene Sea Level Change Using Intertidal Foraminifera: Lessons from the British
Isles: Departmental Papers (EES).

Horton, B. P., and Murray, J. W., 2007, The roles of elevation and salinity as primary controls on living foraminiferal distributions:
Cowpen Marsh, Tees Estuary, UK: Marine Micropaleontology, v. 63, p. 169–186, doi: 10.1016/[Link].2006.11.006.

Hsiang, A. Y., Brombacher, A., Rillo, M. C., Mleneck‐Vautravers, M. J., Conn, S., Lordsmith, S., Jentzen, A., Henehan, M. J.,
Metcalfe, B., and Fenton, I. S., 2019, Endless Forams:> 34,000 modern planktonic foraminiferal images for taxonomic
training and automated species recognition using convolutional neural networks: Paleoceanography and Paleoclimatology,
v. 34, p. 1157–1177.

Humborg, C., Danielsson, Å., Sjöberg, B., and Green, M., 2003, Nutrient land–sea fluxes in oligothrophic and pristine estuaries of
the Gulf of Bothnia, Baltic Sea: Estuarine, Coastal and Shelf Science, v. 56, p. 781–793, doi: 10.1016/S0272-
7714(02)00290-1.

Hummel, H., Fortuin, A. W., Bogaards, R. H., Meijboom, A., and de Wolf, L., 1994, The effects of prolonged emersion and
submersion by tidal manipulation on marine macrobenthos, in Nienhuis, P. H. and Smaal, A. C. (eds.), The Oosterschelde
Estuary (The Netherlands): A Case-Study of a Changing Ecosystem: Springer Netherlands, Dordrecht, p. 219–234.

Hummel, H., Frost, M., Juanes, J. A., Kochmann, J., Bolde, C. F. C. P., Aneiros, F., Vandenbosch, F., Franco, J. N., Echavarri, B.,
Guinda, X., Puente, A., Fernández, C., Galván, C., Merino, M., Ramos, E., Fernández, P., Pitacco, V., Alberte, M., Wojcik,
D., Grabowska, M., Jahnke, M., Crocetta, F., Carugati, L., Scorrano, S., Fraschetti, S., García, P. P., Fernández, J. A. S.,
Poromov, A., Iurchenko, A., Isachenko, A., Chava, A., Pavloudi, C., Bordeyne, F., Andersen, S. F., Eronat, E. G. T.,
Cakmak, T., Louizidou, P., Rico, J., Ruci, S., Diego, D. C., Mendez, S., Rousou, M., Clippele, L. de, Eriksson, A., Zanten,
W. van, Diamant, A., and Matos, V. K. F. de, 2015, A comparison of the degree of implementation of marine biodiversity
indicators by European countries in relation to the Marine Strategy Framework Directive (MSFD): Journal of the Marine
Biological Association of the United Kingdom, v. 95, p. 1519–1531, doi: 10.1017/S0025315415000235.

Ilarri, M. I., Souza, A. T., Antunes, C., Guilhermino, L., and Sousa, R., 2014, Influence of the invasive Asian clam Corbicula
fluminea (Bivalvia: Corbiculidae) on estuarine epibenthic assemblages: Estuarine, Coastal and Shelf Science, v. 143, p. 12–
19, doi: 10.1016/[Link].2014.03.017.

James, N. C., Leslie, T. D., Potts, W. M., Whitfield, A. K., and Rajkaran, A., 2019, The importance of different juvenile habitats as
nursery areas for a ubiquitous estuarine-dependent marine fish species: Estuarine, Coastal and Shelf Science, v. 226, p.
106270, doi: 10.1016/[Link].2019.106270.

Jauffrais, T., Jesus, B., Metzger, E., Mouget, J.-L., Jorissen, F., and Geslin, E., 2016, Effect of light on photosynthetic efficiency of
sequestered chloroplasts in intertidal benthic foraminifera ( Haynesina germanica and Ammonia tepida ): Biogeosciences,
v. 13, p. 2715–2726, doi: 10.5194/bg-13-2715-2016.

Jesus, B., Jauffrais, T., Trampe, E., Goessling, J., Le Kieffre, C., Meibom, A., Kühl, M., and Geslin, E., 2022, Kleptoplast
distribution, photosynthetic efficiency and sequestration mechanisms in intertidal benthic foraminifera: The ISME Journal,
v. 16, p. 822–832, doi: 10.1038/s41396-021-01128-0.

206
Bibliographie

de Jesus, M. S. dos S., Frontalini, F., Bouchet, V. M. P., Yamashita, C., Sartoretto, J. R., Figueira, R. C. L., and de Mello e Sousa, S.
H., 2020, Reconstruction of the palaeo-ecological quality status in an impacted estuary using benthic foraminifera: The
Santos Estuary (São Paulo state, SE Brazil): Marine Environmental Research, v. 162, p. 105121, doi:
10.1016/[Link].2020.105121.

Jeuken, M. C. J. L. and Wang, 2010, Impact of dredging and dumping on the stability of ebb–flood channel systems: Coastal
Engineering, v. 57, p. 553–566, doi: 10.1016/[Link].2009.12.004.

Johansen, T. H., Sørensen, S. A., Møllersen, K., and Godtliebsen, F., 2021, Instance Segmentation of Microscopic Foraminifera:
Applied Sciences, v. 11, p. 6543, doi: 10.3390/app11146543.

Jones, R. W., 2013, Foraminifera and Their Applications: Cambridge University Press, 407 p.

Jorissen, 1988, Benthic foraminifera from the Adriatic Sea : principles of phenotypic variation: Utrecht University.

Jorissen, F., Nardelli, M. P., Almogi-Labin, A., Barras, C., Bergamin, L., Bicchi, E., El Kateb, A., Ferraro, L., McGann, M., Morigi,
C., Romano, E., Sabbatini, A., Schweizer, M., and Spezzaferri, S., 2018, Developing Foram-AMBI for biomonitoring in
the Mediterranean: Species assignments to ecological categories: Marine Micropaleontology, v. 140, p. 33–45, doi:
10.1016/[Link].2017.12.006.

Jorissen, F. J., Fouet, M. P. A., Singer, D., and Howa, H., 2022, The Marine Influence Index (MII): A Tool to Assess Estuarine
Intertidal Mudflat Environments for the Purpose of Foraminiferal Biomonitoring: Water, v. 14, p. 676, doi:
10.3390/w14040676.

Jorissen, F. J., Fouet, M. P. A., Singer, D., and Howa, H., submitted this volume, MII: an Index to quantify Marine Influence on
estuarine intertidal mudflat environments for the purpose of foraminiferal biomonitoring.: Water.

Juanes, J. A., Guinda, X., Puente, A., and Revilla, J. A., 2008, Macroalgae, a suitable indicator of the ecological status of coastal
rocky communities in the NE Atlantic: Ecological Indicators, v. 8, p. 351–359, doi: 10.1016/[Link].2007.04.005.

Kennish, M. J., 2002, Environmental threats and environmental future of estuaries: Environmental Conservation, v. 29, p. 78–107.

Kennish, M. J., 2019, Ecology of Estuaries: Volume 1: Physical and Chemical Aspects: CRC Press, 404 p.

Kerner, M., 2007, Effects of deepening the Elbe Estuary on sediment regime and water quality: Estuarine, Coastal and Shelf Science,
v. 75, p. 492–500, doi: 10.1016/[Link].2007.05.033.

Keul, N., Langer, G., de Nooijer, L. J., and Bijma, J., 2013, Effect of ocean acidification on the benthic foraminifera Ammonia sp. is
caused by a decrease in carbonate ion concentration: Biogeosciences, v. 10, p. 6185–6198, doi: 10.5194/bg-10-6185-2013.

Kitazato, H., and Bernhard, J. M., editors, 2014, Approaches to Study Living Foraminifera: Collection, Maintenance and
Experimentation: Springer Japan, Tokyo.

Klootwijk, A. T., Alve, E., Hess, S., Renaud, P. E., Sørlie, C., and Dolven, J. K., 2021, Monitoring environmental impacts of fish
farms: Comparing reference conditions of sediment geochemistry and benthic foraminifera with the present: Ecological
Indicators, v. 120, p. 106818, doi: 10.1016/[Link].2020.106818.

Klootwijk, A. T., and Alve, E., 2022, Does the analysed size fraction of benthic foraminifera influence the ecological quality status
and the interpretation of environmental conditions? Indications from two northern Norwegian fjords: Ecological Indicators,
v. 135, p. 108423, doi: 10.1016/[Link].2021.108423.

Kneitel, J. M., 2019, Gause‫׳‬s Competitive Exclusion Principle, in Encyclopedia of Ecology: Elsevier, p. 110–113.

Koho, K. A., de Nooijer, L. J., and Reichart, G. J., 2015, Combining benthic foraminiferal ecology and shell Mn/Ca to deconvolve
past bottom water oxygenation and paleoproductivity: Geochimica et Cosmochimica Acta, v. 165, p. 294–306, doi:
10.1016/[Link].2015.06.003.

Lamb, A. L., Wilson, G. P., and Leng, M. J., 2006, A review of coastal palaeoclimate and relative sea-level reconstructions using
δ13C and C/N ratios in organic material: Earth-Science Reviews, v. 75, p. 29–57, doi: 10.1016/[Link].2005.10.003.

Langer, M. R., and Mouanga, G. H., 2016, Invasion of amphisteginid foraminifera in the Adriatic Sea: Biological Invasions, v. 18, p.
1335–1349, doi: 10.1007/s10530-016-1070-0.

207
Bibliographie

Langlet, D., Baal, C., Geslin, E., Metzger, E., Zuschin, M., Riedel, B., Risgaard-Petersen, N., Stachowitsch, M., and Jorissen, F. J.,
2014, Foraminiferal species responses to in situ, experimentally induced anoxia in the Adriatic Sea: Biogeosciences, v. 11,
p. 1775–1797.

Lara, E., Singer, D., and Geisen, S., 2022, Discrepancies between prokaryotes and eukaryotes need to be considered in soil DNA-
based studies: Environmental Microbiology, v. 24, p. 3829–3839, doi: 10.1111/1462-2920.16019.

Larrose, A., Coynel, A., Schäfer, J., Blanc, G., Massé, L., and Maneux, E., 2010, Assessing the current state of the Gironde Estuary
by mapping priority contaminant distribution and risk potential in surface sediment: Applied Geochemistry, v. 25, p. 1912–
1923, doi: 10.1016/[Link].2010.10.007.

Le Cadre, V., and Debenay, J.-P., 2006, Morphological and cytological responses of Ammonia (foraminifera) to copper
contamination: Implication for the use of foraminifera as bioindicators of pollution: Environmental Pollution, v. 143, p.
304–317, doi: 10.1016/[Link].2005.11.033.

Le Houedec, S., Mojtahid, M., Bicchi, E., de Lange, G. J., and Hennekam, R., 2020, Suborbital Hydrological Variability Inferred
From Coupled Benthic and Planktic Foraminiferal-Based Proxies in the Southeastern Mediterranean During the Last 19 ka:
Paleoceanography and Paleoclimatology, v. 35, p. e2019PA003827, doi: 10.1029/2019PA003827.

Le Maho, J., 2001, Les destins comparés de deux cités de fond d’estuaire : Rouen et Nantes du VIe au Xe siècle: Actes des congrès
nationaux des sociétés historiques et scientifiques, v. 124, p. 13–25.

Le Moal, M., Gascuel-Odoux, C., Ménesguen, A., Souchon, Y., Étrillard, C., Levain, A., Moatar, F., Pannard, A., Souchu, P.,
Lefebvre, A., and Pinay, G., 2019, Eutrophication: A new wine in an old bottle? Science of The Total Environment, v. 651,
p. 1–11, doi: 10.1016/[Link].2018.09.139.

Lejzerowicz, F., Voltsky, I., and Pawlowski, J., 2013, Identifying active foraminifera in the Sea of Japan using metatranscriptomic
approach: Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography, v. 86–87, p. 214–220, doi:
10.1016/j.dsr2.2012.08.008.

Lejzerowicz, F., Esling, P., and Pawlowski, J., 2014, Patchiness of deep-sea benthic Foraminifera across the Southern Ocean:
Insights from high-throughput DNA sequencing: Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography, v. 108, p.
17–26, doi: 10.1016/j.dsr2.2014.07.018.

LeKieffre, C., Spangenberg, J. E., Mabilleau, G., Escrig, S., Meibom, A., and Geslin, E., 2017, Surviving anoxia in marine
sediments: The metabolic response of ubiquitous benthic foraminifera (Ammonia tepida): PLOS ONE, v. 12, p. e0177604,
doi: 10.1371/[Link].0177604.

Leng, M. J., and Lewis, J. P., 2017, C/N ratios and Carbon Isotope Composition of Organic Matter in Estuarine Environments, in
Weckström, K., Saunders, K. M., Gell, P. A., and Skilbeck, C. G. (eds.), Applications of Paleoenvironmental Techniques in
Estuarine Studies: Springer Netherlands, Dordrecht, p. 213–237.

Lepage, M., Harrison, T., Breine, J., Cabral, H., Coates, S., Galván, C., García, P., Jager, Z., Kelly, F., Mosch, E. C., Pasquaud, S.,
Scholle, J., Uriarte, A., and Borja, A., 2016, An approach to intercalibrate ecological classification tools using fish in
transitional water of the North East Atlantic: Ecological Indicators, v. 67, p. 318–327, doi: 10.1016/[Link].2016.02.055.

Li, M., Lei, Y., Li, T., and Jian, Z., 2019, Impact of temperature on intertidal foraminifera: Results from laboratory culture
experiment: Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, v. 520, p. 151224, doi: 10.1016/[Link].2019.151224.

Lo Giudice Cappelli, E., and Austin, W. E. N., 2019, Size Matters: Analyses of Benthic Foraminiferal Assemblages Across Differing
Size Fractions: Frontiers in Marine Science, v. 6, p. 752, doi: 10.3389/fmars.2019.00752.

Logan, B., Taffs, K. H., Eyre, B. D., and Zawadski, A., 2011, Assessing changes in nutrient status in the Richmond River estuary,
Australia, using paleolimnological methods: Journal of Paleolimnology, v. 46, p. 597–611, doi: 10.1007/s10933-010-9457-
x.

van Loon, W. M. G. M., Boon, A. R., Gittenberger, A., Walvoort, D. J. J., Lavaleye, M., Duineveld, G. C. A., and Verschoor, A. J.,
2015a, Application of the Benthic Ecosystem Quality Index 2 to benthos in Dutch transitional and coastal waters: Journal
of Sea Research, v. 103, p. 1–13, doi: 10.1016/[Link].2015.05.002.

van Loon, W. M. G. M., Boon, A. R., Gittenberger, A., Walvoort, D. J. J., Lavaleye, M., Duineveld, G. C. A., and Verschoor, A. J.,
2015b, Application of the Benthic Ecosystem Quality Index 2 to benthos in Dutch transitional and coastal waters: Journal
of Sea Research, v. 103, p. 1–13, doi: 10.1016/[Link].2015.05.002.

208
Bibliographie

van Loon, W. M. G. M., Walvoort, D. J. J., van Hoey, G., Vina-Herbon, C., Blandon, A., Pesch, R., Schmitt, P., Scholle, J., Heyer,
K., Lavaleye, M., Phillips, G., Duineveld, G. C. A., and Blomqvist, M., 2018, A regional benthic fauna assessment method
for the Southern North Sea using Margalef diversity and reference value modelling: Ecological Indicators, v. 89, p. 667–
679, doi: 10.1016/[Link].2017.09.029.

López-Romero, E., Verdin, F., Eynaud, F., Culioli, C., Hoffmann, A., Huchet, J.-B., Rollin, J., and Stéphan, P., 2021, Human
settlement and landscape dynamics on the coastline south of the Gironde estuary (SW France): A multi-proxy approach:
The Journal of Island and Coastal Archaeology, p. 1–22, doi: 10.1080/15564894.2021.1880505.

Mackenzie, F. T., De Carlo, E. H., and Lerman, A., 2011, Coupled C, N, P, and O Biogeochemical Cycling at the Land-Ocean
Interface, in Treatise on Estuarine and Coastal Science: Elsevier Inc, p. 317–342.

Marchant, R., Tetard, M., Pratiwi, A., Adebayo, M., and de Garidel-Thoron, T., 2020, Automated analysis of foraminifera fossil
records by image classification using a convolutional neural network: Journal of Micropalaeontology, v. 39, p. 183–202,
doi: 10.5194/jm-39-183-2020.

van Maren, D. S., van Kessel, T., Cronin, K., and Sittoni, L., 2015a, The impact of channel deepening and dredging on estuarine
sediment concentration: Continental Shelf Research, v. 95, p. 1–14, doi: 10.1016/[Link].2014.12.010.

van Maren, D. S., Winterwerp, J. C., and Vroom, J., 2015b, Fine sediment transport into the hyper-turbid lower Ems River: the role
of channel deepening and sediment-induced drag reduction: Ocean Dynamics, v. 65, p. 589–605, doi: 10.1007/s10236-015-
0821-2.

Martin, G., 1926, Nantes et la compagnie des Indes (1664-1769): Revue d’histoire économique et sociale, v. 14, p. 401–446.

Martínez-Colón, M., Hallock, P., Green-Ruíz, C. R., and Smoak, J. M., 2018, Benthic foraminifera as bioindicators of potentially
toxic element (PTE) pollution: Torrecillas lagoon (San Juan Bay Estuary), Puerto Rico: Ecological Indicators, v. 89, p.
516–527, doi: 10.1016/[Link].2017.10.045.

Martins, V. A., Frontalini, F., Tramonte, K. M., Figueira, R. C. L., Miranda, P., Sequeira, C., Fernández-Fernández, S., Dias, J. A.,
Yamashita, C., Renó, R., Laut, L. L. M., Silva, F. S., Rodrigues, M. A. da C., Bernardes, C., Nagai, R., Sousa, S. H. M.,
Mahiques, M., Rubio, B., Bernabeu, A., Rey, D., and Rocha, F., 2013, Assessment of the health quality of Ria de Aveiro
(Portugal): Heavy metals and benthic foraminifera: Marine Pollution Bulletin, v. 70, p. 18–33, doi:
10.1016/[Link].2013.02.003.

Martins, M. V. A., Silva, F., Laut, L. L. M., Frontalini, F., Clemente, I. M. M. M., Miranda, P., Figueira, R., Sousa, S. H. M., and
Dias, J. M. A., 2015, Response of Benthic Foraminifera to Organic Matter Quantity and Quality and Bioavailable
Concentrations of Metals in Aveiro Lagoon (Portugal): PLOS ONE, v. 10, p. e0118077, doi:
10.1371/[Link].0118077.

Martins, M. V. A., Hohenegger, J., Frontalini, F., Miranda, P., da Conceição Rodrigues, M. A., and Dias, J. M. A., 2016, Comparison
between the dead and living benthic foraminiferal assemblages in Aveiro Lagoon (Portugal): Palaeogeography,
Palaeoclimatology, Palaeoecology, v. 455, p. 16–32, doi: 10.1016/[Link].2016.05.003.

Mary, Y., Eynaud, F., Colin, C., Rossignol, L., Brocheray, S., Mojtahid, M., Garcia, J., Peral, M., Howa, H., Zaragosi, S., and
Cremer, M., 2017, Changes in Holocene meridional circulation and poleward Atlantic flow: the Bay of Biscay as a nodal
point: Climate of the Past, v. 13, p. 201–216, doi: 10.5194/cp-13-201-2017.

Mason, R. P., 2013, Trace Metals in Aquatic Systems: Mason/Trace Metals in Aquatic Systems: John Wiley & Sons, Ltd, Chichester,
UK.

McGann, M., Sloan, D., and Cohen, A. N., 2000, Invasion by a Japanese marine microorganism in western North America:
Hydrobiologia, v. 421, p. 25–30, doi: 10.1023/A:1003808517945.

McGann, M., Grossman, E. E., Takesue, R. K., Penttila, D., Walsh, J. P., and Corbett, R., 2012, Arrival and Expansion of the
Invasive Foraminifera Trochammina hadai Uchio in Padilla Bay, Washington: Northwest Science, v. 86, p. 9–26, doi:
10.3955/046.086.0102.

McLusky, D. S., Bryant, D. M., and Elliott, M., 1992, The impact of land-claim on macrobenthos, fish and shorebirds on the forth
estuary, eastern Scotland: Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, v. 2, p. 211–222, doi:
10.1002/aqc.3270020302.

McLusky, D. S., and Elliott, M., 2004, The Estuarine Ecosystem: Ecology, Threats and Management: OUP Oxford, 223 p.

209
Bibliographie

Meddens, F. M., 1996, Sites from the Thames estuary wetlands, England, and their Bronze Age use: Antiquity, v. 70, p. 325–334,
doi: 10.1017/S0003598X00083307.

Middelburg, J. J., and Herman, P. M. J., 2007, Organic matter processing in tidal estuaries: Marine Chemistry, v. 106, p. 127–147,
doi: 10.1016/[Link].2006.02.007.

Miller, A. A. L., Scott, D. B., and Medioli, F. S., 1982, Elphidium excavatum (Terquem); ecophenotypic versus subspecific
variation: Journal of Foraminiferal Research, v. 12, p. 116–144, doi: 10.2113/gsjfr.12.2.116.

Mills, E. L., Leach, J. H., Carlton, J. T., and Secor, C. L., 1993, Exotic Species in the Great Lakes: A History of Biotic Crises and
Anthropogenic Introductions: Journal of Great Lakes Research, v. 19, p. 1–54, doi: 10.1016/S0380-1330(93)71197-1.

Minchin, D., Gollasch, S., Cohen, A. N., Hewitt, C. L., and Olenin, S., 2009, Characterizing Vectors of Marine Invasion, in Rilov, G.
and Crooks, J. A. (eds.), Biological Invasions in Marine Ecosystems: Ecological, Management, and Geographic
Perspectives: Springer, Berlin, Heidelberg, p. 109–116.

Mitra, R., Marchitto, T. M., Ge, Q., Zhong, B., Kanakiya, B., Cook, M. S., Fehrenbacher, J. S., Ortiz, J. D., Tripati, A., and Lobaton,
E., 2019, Automated species-level identification of planktic foraminifera using convolutional neural networks, with
comparison to human performance: Marine Micropaleontology, v. 147, p. 16–24, doi: 10.1016/[Link].2019.01.005.

Mojtahid, M., Jorissen, F., Durrieu, J., Galgani, F., Howa, H., Redois, F., and Camps, R., 2006, Benthic foraminifera as bio-
indicators of drill cutting disposal in tropical east Atlantic outer shelf environments: Marine Micropaleontology, v. 61, p.
58–75, doi: 10.1016/[Link].2006.05.004.

Mojtahid, M., Jorissen, F., and Pearson, T. H., 2008, Comparison of benthic foraminiferal and macrofaunal responses to organic
pollution in the Firth of Clyde (Scotland): Marine Pollution Bulletin, v. 56, p. 42–76, doi:
10.1016/[Link].2007.08.018.

Mojtahid, M., Geslin, E., Coynel, A., Gorse, L., Vella, C., Davranche, A., Zozzolo, L., Blanchet, L., Bénéteau, E., and Maillet, G.,
2016, Spatial distribution of living (Rose Bengal stained) benthic foraminifera in the Loire estuary (western France):
Journal of Sea Research, v. 118, p. 1–16, doi: 10.1016/[Link].2016.02.003.

Mojtahid, M., Toucanne, S., Fentimen, R., Barras, C., Le Houedec, S., Soulet, G., Bourillet, J.-F., and Michel, E., 2017, Changes in
northeast Atlantic hydrology during Termination 1: Insights from Celtic margin’s benthic foraminifera: Quaternary Science
Reviews, v. 175, p. 45–59, doi: 10.1016/[Link].2017.09.003.

Mojtahid, M., Hennekam, R., De Nooijer, L., Reichart, G.-J., Jorissen, F., Boer, W., Le Houedec, S., and De Lange, G. J., 2019,
Evaluation and application of foraminiferal element/calcium ratios: Assessing riverine fluxes and environmental conditions
during sapropel S1 in the Southeastern Mediterranean: Marine Micropaleontology, v. 153, p. 101783, doi:
10.1016/[Link].2019.101783.

Monge-Ganuzas, M., Cearreta, A., and Evans, G., 2013, Morphodynamic consequences of dredging and dumping activities along the
lower Oka estuary (Urdaibai Biosphere Reserve, southeastern Bay of Biscay, Spain): Ocean & Coastal Management, v. 77,
p. 40–49, doi: 10.1016/[Link].2012.02.006.

Montaudouin, X. de, and Sauriau, P. G., 1999, The proliferating Gastropoda Crepidula fornicata may stimulate macrozoobenthic
diversity: Journal of the Marine Biological Association of the United Kingdom, v. 79, p. 1069–1077, doi:
10.1017/S0025315499001319.

Moodley, L., Boschker, H. T. S., Middelburg, J. J., Pel, R., Herman, P. M. J., Deckere, E. de, and Heip, C. H. R., 2000, Ecological
significance of benthic foraminifera: 13C labelling experiments: Marine Ecology Progress Series, v. 202, p. 289–295, doi:
10.3354/meps202289.

Morais, P., 2008, Review on the major ecosystem impacts caused by damming and watershed development in an Iberian basin (SW-
Europe): focus on the Guadiana estuary: Annales de Limnologie - International Journal of Limnology, v. 44, p. 105–117,
doi: 10.1051/limn:2008012.

Morvan, J., Le Cadre, V., Jorissen, F., and Debenay, J.-P., 2004, Foraminifera as potential bio-indicators of the “Erika” oil spill in the
Bay of Bourgneuf: Field and experimental studies: Aquatic Living Resources, v. 17, p. 317–322, doi: 10.1051/alr:2004034.

Morvan, J., Debenay, J.-P., Jorissen, F., Redois, F., Bénéteau, E., Delplancke, M., and Amato, A.-S., 2006, Patchiness and life cycle
of intertidal foraminifera: Implication for environmental and paleoenvironmental interpretation: Marine
Micropaleontology, v. 61, p. 131–154, doi: 10.1016/[Link].2006.05.009.

210
Bibliographie

Murray, J. W., 1979, British Nearshore Foraminiferids: Published for the Linnean Society of London and the Estuarine and Brackish-
water Sciences Association by Academic Press.

Murray, J. W., 1983, Population dynamics of benthic foraminifera; results from the Exe Estuary, England: Journal of Foraminiferal
Research, v. 13, p. 1–12, doi: 10.2113/gsjfr.13.1.1.

Murray, J. W., 2006, Ecology and Applications of Benthic Foraminifera: Cambridge University Press, 320 p.

Murray, J. W., and Alve, E., 2000, Major aspects of foraminiferal variability (standing crop and biomass) on a monthly scale in an
intertidal zone.: Journal of Foraminiferal Research, v. 30, p. 177–191, doi: 10.2113/0300177.

Muxika, I., Borja, Á., and Bald, J., 2007, Using historical data, expert judgement and multivariate analysis in assessing reference
conditions and benthic ecological status, according to the European Water Framework Directive: Marine Pollution Bulletin,
v. 55, p. 16–29, doi: 10.1016/[Link].2006.05.025.

Nagy, J., and Alve, E., 1987, Temporal changes in foraminiferal faunas and impact of pollution in Sandebukta, Oslo Fjord: Marine
Micropaleontology, v. 12, p. 109–128.

Nancollas, S. J., and McGaw, I. J., 2021, Acclimation to tidal conditions alters the physiological responses of the green shore crab,
Carcinus maenas, to subsequent emersion: Journal of Experimental Biology, v. 224, p. jeb242220, doi:
10.1242/jeb.242220.

Nardelli, M. P., Fossile, E., Péron, O., Howa, H., and Mojtahid, M., 2022, Early taphonomy of benthic foraminifera in Storfjorden
“sea-ice factory”: the agglutinated/calcareous ratio as a proxy for brine persistence: Boreas, v. n/a, doi: 10.1111/bor.12592.

Nasri, K., Gregoire, G., Murat, A., and Fiallo, M., 2021, Unlikely lead-bearing phases in river and estuary sediments near an ancient
mine (Huelgoat, Brittany, France): Environmental Science and Pollution Research, v. 28, p. 8128–8139, doi:
10.1007/s11356-020-11150-y.

Nedwell, D. B., Jickells, T. D., Trimmer, M., and Sanders, R., 1999, Nutrients in Estuaries, in Nedwell, D. B. and Raffaelli, D. G.
(eds.), Advances in Ecological Research: Academic Press, p. 43–92.

Nielsen, K., 2002, Floresina: A genus of predators, parasites or scavengers ? Journal of Foraminiferal Research, v. 32, p. 93–95, doi:
10.2113/0320093.

Nielsen, L. P., Risgaard-Petersen, N., Fossing, H., Christensen, P. B., and Sayama, M., 2010, Electric currents couple spatially
separated biogeochemical processes in marine sediment: Nature, v. 463, p. 1071–1074, doi: 10.1038/nature08790.

Nienhuis, P. H., 2008, Environmental History of the Rhine-Meuse Delta: An Ecological Story on Evolving Human-Environmental
Relations Coping with Climate Change and Sea-Level Rise: Springer Science & Business Media, 637 p.

de Nooijer, L. J., Langer, G., Nehrke, G., and Bijma, J., 2009, Physiological controls on seawater uptake and calcification in the
benthic foraminifer Ammonia tepida: Biogeosciences, v. 6, p. 2669–2675, doi: 10.5194/bg-6-2669-2009.

Office français de la biodiversité Découvrir les estuaires de la façade Manche/Atlantique | Le portail technique de l’OFB, accessed
September 23, 2021, at [Link]

Oksanen, J., Blanchet, F. G., Friendly, M., Kindt, R., Legendre, P., McGlinn, D., Minchin, P. R., O’Hara, R. B., Simpson, G. L.,
Solymos, P., Stevens, M. H. H., Szoecs, E., and Wagner, H., 2020, vegan: Community Ecology Package:

Orfanidis, S., Papathanasiou, V., Sabetta, L., Pinna, M., Gigi, V., Gounaris, S., Tsiagga, E., Nakou, K., and Theodosiou, T., 2007,
Benthic macrophyte communities as bioindicators of transitional and coastal waters: relevant approaches and tools:
Transitional Waters Bulletin, v. 1, p. 45–49, doi: 10.1285/i1825229Xv1n3p45.

Oron, S., Angel, D., Goodman-Tchernov, B., Merkado, G., Kiflawi, M., and Abramovich, S., 2014, Benthic foraminiferal response to
the removal of aquaculture fish cages in the Gulf of Aqaba-Eilat, Red Sea: Marine Micropaleontology, v. 107, p. 8–17, doi:
10.1016/[Link].2014.01.003.

O’Shaughnessy, K. A., Harding, J. M., and Burge, E. J., 2014, Ecological effects of the invasive parasite Loxothylacus panopaei on
the flatback mud crab Eurypanopeus depressus with implications for estuarine communities: Bulletin of Marine Science, v.
90, p. 611–621, doi: 10.5343/bms.2013.1060.

211
Bibliographie

Ozer, I., Ozer, C. K., Karaca, A. C., Gorur, K., Kocak, I., and Cetin, O., 2022, Species-level microfossil identification for
globotruncana genus using hybrid deep learning algorithms from the scratch via a low-cost light microscope imaging:
Multimedia Tools and Applications, doi: 10.1007/s11042-022-13810-2.

Paerl, H. W., Valdes, L. M., Joyner, A. R., Piehler, M. F., and Lebo, M. E., 2004, Solving Problems Resulting from Solutions:
Evolution of a Dual Nutrient Management Strategy for the Eutrophying Neuse River Estuary, North Carolina:
Environmental Science & Technology, v. 38, p. 3068–3073, doi: 10.1021/es0352350.

Parent, B., Barras, C., and Jorissen, F., 2018, An optimised method to concentrate living (Rose Bengal-stained) benthic foraminifera
from sandy sediments by high density liquids: Marine Micropaleontology, v. 144, p. 1–13, doi:
10.1016/[Link].2018.07.003.

Parent, B., Hyams-Kaphzan, O., Barras, C., Lubinevsky, H., and Jorissen, F., 2021, Testing foraminiferal environmental quality
indices along a well-defined organic matter gradient in the Eastern Mediterranean: Ecological Indicators, v. 125, p. 107498,
doi: 10.1016/[Link].2021.107498.

Pascal, P.-Y., Dupuy, C., Richard, P., Mallet, C., Telet, E. A. du C., and Niquilb, N., 2009, Seasonal variation in consumption of
benthic bacteria by meio- and macrofauna in an intertidal mudflat: Limnology and Oceanography, v. 54, p. 1048–1059,
doi: 10.4319/lo.2009.54.4.1048.

Patterson, R. T., and Fishbein, E., 1989, Re-examination of the statistical methods used to determine the number of point counts
needed for micropaleontological quantitative research: Journal of Paleontology, v. 63, p. 245–248, doi:
10.1017/S0022336000019272.

Pavard, J.-C., Richirt, J., Courcot, L., Bouchet, P., Seuront, L., and Bouchet, V. M. P., 2021, Fast and Reliable Identification of
Ammonia Phylotypes T1, T2 and T6 Using a Stereomicroscope: Implication for Large-Scale Ecological Surveys and
Monitoring Programs: Water, v. 13, p. 3563, doi: 10.3390/w13243563.

Pawłowska, J., Zajączkowski, M., Łącka, M., Lejzerowicz, F., Esling, P., and Pawlowski, J., 2016, Palaeoceanographic changes in
Hornsund Fjord (Spitsbergen, Svalbard) over the last millennium: new insights from ancient DNA: Climate of the Past, v.
12, p. 1459–1472, doi: 10.5194/cp-12-1459-2016.

Pawlowski, J., 2000, Introduction to the Molecular Systematics of Foraminifera: Micropaleontology, v. 46, p. 1–12.

Pawlowski, J., Holzmann, M., Berney, C., Fahrni, J., Gooday, A. J., Cedhagen, T., Habura, A., and Bowser, S. S., 2003, The
evolution of early Foraminifera: Proceedings of the National Academy of Sciences, v. 100, p. 11494–11498, doi:
10.1073/pnas.2035132100.

Pawlowski, J. W., 2009, Encyclopedia of Microbiology, Protist, Foraminifera, in Encyclopedia of Microbiology: Academic Press, p.
646–662.

Pawlowski, J., Holzmann, M., and Tyszka, J., 2013, New supraordinal classification of Foraminifera: Molecules meet morphology:
Marine Micropaleontology, v. 100, p. 1–10, doi: 10.1016/[Link].2013.04.002.

Pawlowski, J., Lejzerowicz, F., and Esling, P., 2014a, Next-generation environmental diversity surveys of foraminifera: preparing the
future: The Biological Bulletin, v. 227, p. 93–106, doi: 10.1086/BBLv227n2p93.

Pawlowski, J., Esling, P., Lejzerowicz, F., Cedhagen, T., and Wilding, T. A., 2014b, Environmental monitoring through protist next-
generation sequencing metabarcoding: assessing the impact of fish farming on benthic foraminifera communities:
Molecular Ecology Resources, v. 14, p. 1129–1140, doi: 10.1111/1755-0998.12261.

Pawlowski, J., Esling, P., Lejzerowicz, F., Cordier, T., Visco, J., Martins, C., Kvalvik, A., Staven, K., and Cedhagen, T., 2016,
Benthic monitoring of salmon farms in Norway using foraminiferal metabarcoding: Aquaculture Environment Interactions,
v. 8, p. 371–386, doi: 10.3354/aei00182.

Pawlowski, J., Kelly-Quinn, M., Altermatt, F., Apothéloz-Perret-Gentil, L., Beja, P., Boggero, A., Borja, A., Bouchez, A., Cordier,
T., Domaizon, I., Feio, M. J., Filipe, A. F., Fornaroli, R., Graf, W., Herder, J., van der Hoorn, B., Iwan Jones, J., Sagova-
Mareckova, M., Moritz, C., Barquín, J., Piggott, J. J., Pinna, M., Rimet, F., Rinkevich, B., Sousa-Santos, C., Specchia, V.,
Trobajo, R., Vasselon, V., Vitecek, S., Zimmerman, J., Weigand, A., Leese, F., and Kahlert, M., 2018, The future of biotic
indices in the ecogenomic era: Integrating (e)DNA metabarcoding in biological assessment of aquatic ecosystems: Science
of The Total Environment, v. 637–638, p. 1295–1310, doi: 10.1016/[Link].2018.05.002.

212
Bibliographie

Pawlowski, J., and Holzmann, M., 2007, Diversity and geographic distribution of benthic foraminifera: a molecular perspective, in
Foissner, W. and Hawksworth, D. L. (eds.), Protist Diversity and Geographical Distribution: Springer Netherlands,
Dordrecht, p. 83–94.

de Paz, L., Patrício, J., Marques, J. C., Borja, A., and Laborda, A. J., 2008, Ecological status assessment in the lower Eo estuary
(Spain). The challenge of habitat heterogeneity integration: A benthic perspective: Marine Pollution Bulletin, v. 56, p.
1275–1283, doi: 10.1016/[Link].2008.04.027.

Pearson, T. H., and Rosenberg, R., 1978, Macrobenthic succession in relation to organic enrichment and pollution of the marine
environment: Oceanogr. Mar. Biol. Ann. Rev, v. 16, p. 229–311.

Pelletier, M. C., Campbell, D. E., Ho, K. T., Burgess, R. M., Audette, C. T., and Detenbeck, N. E., 2010, Can sediment total organic
carbon and grain size be used to diagnose organic enrichment in estuaries? Environmental Toxicology and Chemistry, v.
30, p. 538–547, doi: [Link]

Perez-Belmonte, L., 2008, Caractérisation environnementale, morphosédimentaire et stratigraphique du Golfe du Morbihan pendant
l’Holocène terminal : implications évolutives: Theses, Université de Bretagne Sud.

Peteiro, C., 2008, A new record of the introduced seaweed Undaria pinnatifida (Laminariales, Phaeophyceae) from the Cantabrian
Sea (northern Spain) with comments on its establishment: Aquatic Invasions, v. 3, p. 413–415, doi: 10.3391/ai.2008.3.4.6.

Petersen, K. S., Rasmussen, K. L., Heinemeier, J., and Rud, N., 1992, Clams before Columbus? Nature, v. 359, p. 679–679, doi:
10.1038/359679a0.

Petersen, J., Riedel, B., Barras, C., Pays, O., Guihéneuf, A., Mabilleau, G., Schweizer, M., Meysman, F. J. R., and Jorissen, F. J.,
2016, Improved methodology for measuring pore patterns in the benthic foraminiferal genus Ammonia: Marine
Micropaleontology, v. 128, p. 1–13, doi: 10.1016/[Link].2016.08.001.

Pillet, L., Voltski, I., Korsun, S., and Pawlowski, J., 2013, Molecular phylogeny of Elphidiidae (foraminifera): Marine
Micropaleontology, v. 103, p. 1–14, doi: 10.1016/[Link].2013.07.001.

Piña-Ochoa, E., Høgslund, S., Geslin, E., Cedhagen, T., Revsbech, N. P., Nielsen, L. P., Schweizer, M., Jorissen, F., Rysgaard, S.,
and Risgaard-Petersen, N., 2010, Widespread occurrence of nitrate storage and denitrification among Foraminifera and
Gromiida: Proceedings of the National Academy of Sciences, v. 107, p. 1148–1153, doi: 10.1073/pnas.0908440107.

Pitsch, G., Bruni, E. P., Forster, D., Qu, Z., Sonntag, B., Stoeck, T., and Posch, T., 2019, Seasonality of Planktonic Freshwater
Ciliates: Are Analyses Based on V9 Regions of the 18S rRNA Gene Correlated With Morphospecies Counts? Frontiers in
Microbiology, v. 10, p. 248, doi: 10.3389/fmicb.2019.00248.

Poag, C.W. Paired Foraminiferal Ecophenotypes in Gulf Coast Estuaries: Ecological and Paleoecological Implications. Gulf Coast
Association of Geological Societies Transactions. 1978, 28, 395–421.

Pochon, X., Wood, S. A., Keeley, N. B., Lejzerowicz, F., Esling, P., Drew, J., and Pawlowski, J., 2015, Accurate assessment of the
impact of salmon farming on benthic sediment enrichment using foraminiferal metabarcoding: Marine Pollution Bulletin,
v. 100, p. 370–382, doi: 10.1016/[Link].2015.08.022.

Polovodova, I., Nikulina, A., Schönfeld, J., and dullo, W., 2009, Recent benthic foraminifera in the Flensburg Fjord (Western Baltic
Sea): Journal of Micropalaeontology, v. 28, p. 131–142, doi: 10.1144/jm.28.2.131.

Polovodova Asteman, I., Hanslik, D., and Nordberg, K., 2015, An almost completed pollution-recovery cycle reflected by sediment
geochemistry and benthic foraminiferal assemblages in a Swedish–Norwegian Skagerrak fjord: Marine Pollution Bulletin,
v. 95, p. 126–140, doi: 10.1016/[Link].2015.04.031.

Polovodova-Asteman, I., and Schönfeld, J., 2015, Recent invasion of the foraminifer Nonionella stella Cushman & Moyer, 1930 in
northern European waters: evidence from the Skagerrak and its fjords: Journal of Micropalaeontology, v. 35, p. 20–25, doi:
10.1144/jmpaleo2015-007.

Potter, I. C., Beckley, L. E., Whitfield, A. K., and Lenanton, R. C. J., 1990, Comparisons between the roles played by estuaries in the
life cycles of fishes in temperate Western Australia and Southern Africa, in Bruton, M. N. (ed.), Alternative Life-History
Styles of Fishes: Springer Netherlands, Dordrecht, p. 143–178.

Probert, P. K., editor, 2017, Estuaries and Lagoons, in Marine Conservation: Cambridge University Press, Cambridge, p. 277–312.

213
Bibliographie

Provan, J., Murphy, S., and Maggs, C. A., 2005, Tracking the invasive history of the green alga Codium fragile ssp. tomentosoides:
Molecular Ecology, v. 14, p. 189–194, doi: 10.1111/j.1365-294X.2004.02384.x.

Puente, A., Juanes, J. A., Echavarri-Erasun, B., Galván, C., and Ondiviela, B., 2010, A proposal for the assessment of the
composition and community structure of benthic macroinvertebrates in transitional waters. The QSB index, in Proceedings
of ICES Annual Science Conference –.

Ratmaya, W., Soudant, D., Salmon-Monviola, J., Plus, M., Cochennec-Laureau, N., Goubert, E., Andrieux-Loyer, F., Barillé, L., and
Souchu, P., 2019, Reduced phosphorus loads from the Loire and Vilaine rivers were accompanied by increasing
eutrophication in the Vilaine Bay (south Brittany, France): Biogeosciences, v. 16, p. 1361–1380, doi: 10.5194/bg-16-1361-
2019.

Ray, G. C., 2005, Connectivities of estuarine fishes to the coastal realm: Estuarine, Coastal and Shelf Science, v. 64, p. 18–32, doi:
10.1016/[Link].2005.02.003.

Redois, F., Rebois, F., and Debenay, J.-P., 1996, Les foraminifères benthiques actuels bioindicateurs du milieu marin exemples du
plateau continental sénégalais et de l’estran du golfe du Morbihan (France): 457.

Regnier, P., Arndt, S., Goossens, N., Volta, C., Laruelle, G. G., Lauerwald, R., and Hartmann, J., 2013, Modelling Estuarine
Biogeochemical Dynamics: From the Local to the Global Scale: Aquatic Geochemistry, v. 19, p. 591–626, doi:
10.1007/s10498-013-9218-3.

Revilla, M., Franco, J., Bald, J., Borja, Á., Laza, A., Seoane, S., and Valencia, V., 2009, Assessment of the phytoplankton ecological
status in the Basque coast (northern Spain) according to the European Water Framework Directive: Journal of Sea
Research, v. 61, p. 60–67, doi: 10.1016/[Link].2008.05.009.

Riaux-Gobin, C., 1985, Long-term changes in microphytobenthos in a Brittany estuary after the “Amoco Cadiz” oil spill: Marine
Ecology Progress Series, v. 24, p. 51–56, doi: 10.3354/meps024051.

Richirt, J., Schweizer, M., Bouchet, V. M. P., Mouret, A., Quinchard, S., and Jorissen, F. J., 2019, Morphological Distinction of
Three Ammonia Phylotypes Occurring Along European Coasts: Journal of Foraminiferal Research, v. 49, p. 76–93, doi:
10.2113/gsjfr.49.1.76.

Richirt, J., Riedel, B., Mouret, A., Schweizer, M., Langlet, D., Seitaj, D., Meysman, F. J. R., Slomp, C. P., and Jorissen, F. J., 2020,
Foraminiferal community response to seasonal anoxia in Lake Grevelingen (the Netherlands): Biogeosciences, v. 17, p.
1415–1435, doi: 10.5194/bg-17-1415-2020.

Richirt, J., Schweizer, M., Mouret, A., Quinchard, S., Saad, S. A., Bouchet, V. M. P., Wade, C. M., and Jorissen, F. J., 2021,
Biogeographic distribution of three phylotypes (T1, T2 and T6) of Ammonia (foraminifera, Rhizaria) around Great Britain:
new insights from combined molecular and morphological recognition: Journal of Micropalaeontology, v. 40, p. 61–74,
doi: 10.5194/jm-40-61-2021.

Richirt, J., Guihéneuf, A., Mouret, A., Schweizer, M., Slomp, C. P., and Jorissen, F. J., 2022, A historical record of benthic
foraminifera in seasonally anoxic Lake Grevelingen, the Netherlands: Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaeoecology,
v. 599, p. 111057, doi: 10.1016/[Link].2022.111057.

Riera, P., Richard, P., Gremare, A., and Blanchard, G., 1997, Food source of intertidal nematodes in the Bay of Marennes-Oleron
(France), as determined by dual stable isotope analysis: Oceanographic Literature Review, v. 4, p. 361.

Risgaard-Petersen, N., Langezaal, A. M., Ingvardsen, S., Schmid, M. C., Jetten, M. S. M., Op den Camp, H. J. M., Derksen, J. W.
M., Piña-Ochoa, E., Eriksson, S. P., Peter Nielsen, L., Peter Revsbech, N., Cedhagen, T., and van der Zwaan, G. J., 2006,
Evidence for complete denitrification in a benthic foraminifer: Nature, v. 443, p. 93–96, doi: 10.1038/nature05070.

Roberts, A., 2016, Reconciling molecules and morphology in benthic foraminifera : a morphometric study of Ammonia and
Elphidiidae in the NE Atlantic: Thesis, University of St Andrews.

Roberts, A., Austin, W., Evans, K., Bird, C., Schweizer, M., and Darling, K., 2016, A New Integrated Approach to Taxonomy: The
Fusion of Molecular and Morphological Systematics with Type Material in Benthic Foraminifera: PLOS ONE, v. 11, p.
e0158754, doi: 10.1371/[Link].0158754.

Rodrigues, A. R., Oliveira, K. S. S., and Eichler, P. P. B., 2020, Living benthic foraminiferal assemblages monitored monthly in a
tide-dominated estuary, Bertioga Channel, Brazil: Journal of Sedimentary Environments, v. 5, p. 117–135, doi:
10.1007/s43217-020-00007-6.

214
Bibliographie

Rodríguez, J. G., Tueros, I., Borja, A., Belzunce, M. J., Franco, J., Solaun, O., Valencia, V., and Zuazo, A., 2006, Maximum
likelihood mixture estimation to determine metal background values in estuarine and coastal sediments within the
European Water Framework Directive: Science of The Total Environment, v. 370, p. 278–293, doi:
10.1016/[Link].2006.08.035.

Rodriguez-Lazaro, J., Pascual, A., Cacho, I., Varela, Z., and Pena, L. D., 2017, Deep-sea benthic response to rapid climatic
oscillations of the last glacial cycle in the SE Bay of Biscay: Journal of Sea Research, v. 130, p. 49–72, doi:
10.1016/[Link].2017.06.002.

Rognes, T., Flouri, T., Nichols, B., Quince, C., and Mahé, F., 2016, VSEARCH: a versatile open source tool for metagenomics:
PeerJ, v. 4, p. e2584, doi: 10.7717/peerj.2584.

Romano, E., Bergamin, L., Ausili, A., Pierfranceschi, G., Maggi, C., Sesta, G., and Gabellini, M., 2009, The impact of the Bagnoli
industrial site (Naples, Italy) on sea-bottom environment. Chemical and textural features of sediments and the related
response of benthic foraminifera: Marine Pollution Bulletin, v. 59, p. 245–256, doi: 10.1016/[Link].2009.09.017.

Ross, B. J., and Hallock, P., 2016, Dormancy in the Foraminifera: a review: The Journal of Foraminiferal Research, v. 46, p. 358–
368, doi: 10.2113/gsjfr.46.4.358.

Ruiz, G. M., Fofonoff, P., Hines, A. H., and Grosholz, E. D., 1999, Non-indigenous species as stressors in estuarine and marine
communities: Assessing invasion impacts and interactions: Limnology and Oceanography, v. 44, p. 950–972, doi:
10.4319/lo.1999.44.3_part_2.0950.

Rygg, B., 2006, Developing Indices for Quality-Status Classification of Marine Soft-Bottom Fauna in Norway: Norsk institutt for
vannforskning.

Saad, S. A., and Wade, C. M., 2016, Biogeographic distribution and habitat association of Ammonia genetic variants around the
coastline of Great Britain: Marine Micropaleontology, v. 124, p. 54–62, doi: 10.1016/[Link].2016.01.004.

Saad, S. A., and Wade, C. M., 2017, Seasonal and Spatial Variations of Saltmarsh Benthic Foraminiferal Communities from North
Norfolk, England: Microbial Ecology, v. 73, p. 539–555, doi: 10.1007/s00248-016-0895-5.

Samir, A. M., 2000, The response of benthic foraminifera and ostracods to various pollution sources: a study from two lagoons in
Egypt: Journal of Foraminiferal Research, v. 30, p. 83–98, doi: 10.2113/0300083.

Sanchez, M., Grovel, A., and Hosseini, K., 2000, Impact sédimentaire des travaux d’aménagement de l’estuaire de la Loire: Bulletin
of Engineering Geology and the Environment, v. 59, p. 239–246, doi: 10.1007/s100640000047.

Saunders, K. M., 2011, A diatom dataset and diatom-salinity inference model for southeast Australian estuaries and coastal lakes:
Journal of Paleolimnology, v. 46, p. 525–542, doi: 10.1007/s10933-010-9456-y.

Scanes, P., Ferguson, A., and Potts, J., 2017, Estuary Form and Function: Implications for Palaeoecological Studies, in Weckström,
K., Saunders, K. M., Gell, P. A., and Skilbeck, C. G. (eds.), Applications of Paleoenvironmental Techniques in Estuarine
Studies: Springer Netherlands, Dordrecht, p. 9–44.

Schafer, C. T., Collins, E. S., and Smith, J. N., 1991, Relationship of Foraminifera and thecamoebian distributions to sediments
contaminated by pulp mill effluent: Saguenay Fiord, Quebec, Canada: Marine Micropaleontology, v. 17, p. 255–283, doi:
10.1016/0377-8398(91)90016-Y.

Schiebel, R., and Hemleben, C., 2017, Classification and Taxonomy of Extant Planktic Foraminifers, in Schiebel, R. and Hemleben,
C. (eds.), Planktic Foraminifers in the Modern Ocean: Springer, Berlin, Heidelberg, p. 11–110.

Schiff, K., Diehl, D., and Valkirs, A., 2004, Copper emissions from antifouling paint on recreational vessels: Marine Pollution
Bulletin, v. 48, p. 371–377, doi: 10.1016/[Link].2003.08.016.

Schmiedl, G., Kuhnt, T., Ehrmann, W., Emeis, K.-C., Hamann, Y., Kotthoff, U., Dulski, P., and Pross, J., 2010, Climatic forcing of
eastern Mediterranean deep-water formation and benthic ecosystems during the past 22 000 years: Quaternary Science
Reviews, v. 29, p. 3006–3020, doi: 10.1016/[Link].2010.07.002.

Schnitker, D., 1974, Ecotypic variation in Ammonia beccarii (Linne): Journal of Foraminiferal Research, v. 4, p. 217–223, doi:
10.2113/gsjfr.4.4.217.

215
Bibliographie

Schönfeld, J., 2012, History and development of methods in Recent benthic foraminiferal studies: Journal of Micropalaeontology, v.
31, p. 53–72, doi: 10.1144/0262-821X11-008.

Schönfeld, J., Alve, E., Geslin, E., Jorissen, F., Korsun, S., and Spezzaferri, S., 2012, The FOBIMO (FOraminiferal BIo-MOnitoring)
initiative—Towards a standardised protocol for soft-bottom benthic foraminiferal monitoring studies: Marine
Micropaleontology, v. 94–95, p. 1–13, doi: 10.1016/[Link].2012.06.001.

Schröder, C., 1988, Subsurface preservation of agglutinated foraminifera in the northwest Atlantic Ocean: Abhandlungen der
geologischen Bundesanstalt, v. 41, p. 325–336.

Schweizer, M., Pawlowski, J., Kouwenhoven, T. J., Guiard, J., and van der Zwaan, B., 2008, Molecular phylogeny of Rotaliida
(Foraminifera) based on complete small subunit rDNA sequences: Marine Micropaleontology, v. 66, p. 233–246, doi:
10.1016/[Link].2007.10.003.

Schweizer, M., Pawlowski, J., Kouwenhoven, T., and van der Zwaan, B., 2009, Molecular phylogeny of common Cibicids and
related Rotaliida (Foraminifera) based on small subunit rDNA sequences: Journal of Foraminiferal Research, v. 39, p. 300–
315, doi: 10.2113/gsjfr.39.4.300.

Schweizer, M., Polovodova, I., Nikulina, A., and Schönfeld, J., 2011, Molecular identification of Ammonia and Elphidium species
(Foraminifera, Rotaliida) from the Kiel Fjord (SW Baltic Sea) with rDNA sequences: Helgoland Marine Research, v. 65, p.
1–10, doi: 10.1007/s10152-010-0194-3.

Scott, D. B., Schafer, C. T., and Medioli, F. S., 1980, Eastern Canadian estuarine foraminifera; a framework for comparison: Journal
of Foraminiferal Research, v. 10, p. 205–234, doi: 10.2113/gsjfr.10.3.205.

Scott, D. B., Tobin, R., Williamson, M., Medioli, F. S., Latimer, J. S., Boothman, W. A., Asioli, A., and Haury, V., 2005, Po llution
monitoring in two North American estuaries: Historical reconstructions using benthic foraminifera: Journal of
Foraminiferal Research, v. 35, p. 65–82, doi: 10.2113/35.1.65.

Scott, D. B., Medioli, F. S., and Schafer, C. T., 2007, Monitoring in Coastal Environments Using Foraminifera and Thecamoebian
Indicators: Cambridge University Press, 193 p.

Scott, D. B., and Medioli, F. S., 1980, Quantitative studies of marsh foraminiferal distributions in Nova Scotia: Implications for sea
level studies: Spec. Pub. l Cushman Found. Foram., v. 17, p. 58.

Sharifi, A. R., Croudace, I. W., and Austin, R. L., 1991, Benthic foraminiferids as pollution indicators in Southampton Water,
southern England, U.K.: Journal of Micropalaeontology, v. 10, p. 109–113, doi: 10.1144/jm.10.1.109.

SHOM Horaires de marées gratuits du SHOM, accessed September 23, 2021, at [Link]

Siano, R., Lassudrie, M., Cuzin, P., Briant, N., Loizeau, V., Schmidt, S., Ehrhold, A., Mertens, K. N., Lambert, C., Quintric, L.,
Noël, C., Latimier, M., Quéré, J., Durand, P., and Penaud, A., 2021, Sediment archives reveal irreversible shifts in plankton
communities after World War II and agricultural pollution: Current Biology, v. 31, p. 2682-2689.e7, doi:
10.1016/[Link].2021.03.079.

Singer, D., Kosakyan, A., Seppey, C. V. W., Pillonel, A., Fernández, L. D., Fontaneto, D., Mitchell, E. A. D., and Lara, E., 2018,
Environmental filtering and phylogenetic clustering correlate with the distribution patterns of cryptic protist species:
Ecology, v. 99, p. 904–914, doi: 10.1002/ecy.2161.

Singer, D., Schweizer, M., Fouet, M. P. A., Quinchard, S., and Jorissen, F. J., soumis, The estuarine quality paradox – eDNA
metabarcoding provides a new vision of diversity of estuarine intertidal mudflats:

Singh, N., and Turner, A., 2009, Leaching of copper and zinc from spent antifouling paint particles: Environmental Pollution, v. 157,
p. 371–376, doi: 10.1016/[Link].2008.10.003.

Smith, K. J., and Able, K. W., 2003, Dissolved oxygen dynamics in salt marsh pools and its potential impacts on fish assemblages:
Marine Ecology Progress Series, v. 258, p. 223–232, doi: 10.3354/meps258223.

Smith, C. W., and Goldstein, S. T., 2019, The Effects of Selected Heavy Metal Elements (arsenic, Cadmium, Nickel, Zinc) On
Experimentally Grown Foraminiferal Assemblages from Sapelo Island, Georgia and Little Duck Key, Florida, U.S.A.:
Journal of Foraminiferal Research, v. 49, p. 303–317, doi: 10.2113/gsjfr.49.3.303.

216
Bibliographie

Somerfield, P. J., and Warwick, R. M., 2013, Meiofauna Techniques, in Eleftheriou, A. (ed.), Methods for the Study of Marine
Benthos: John Wiley & Sons, Ltd, Oxford, UK, p. 253–284.

Statham, P. J., 2012, Nutrients in estuaries — An overview and the potential impacts of climate change: Science of The Total
Environment, v. 434, p. 213–227, doi: 10.1016/[Link].2011.09.088.

Taffs, K. H., Farago, L. J., Heijnis, H., and Jacobsen, G., 2008, A diatom-based Holocene record of human impact from a coastal
environment: Tuckean Swamp, eastern Australia: Journal of Paleolimnology, v. 39, p. 71–82, doi: 10.1007/s10933-007-
9096-z.

Taffs, K. H., Saunders, K. M., Weckström, K., Gell, P. A., and Skilbeck, C. G., 2017, Introduction to the Application of
Paleoecological Techniques in Estuaries, in Weckström, K., Saunders, K. M., Gell, P. A., and Skilbeck, C. G. (eds.),
Applications of Paleoenvironmental Techniques in Estuarine Studies: Springer Netherlands, Dordrecht, p. 1–6.

Takagi, H., Kimoto, K., Fujiki, T., Saito, H., Schmidt, C., Kucera, M., and Moriya, K., 2019, Characterizing photosymbiosis in
modern planktonic foraminifera: Biogeosciences, v. 16, p. 3377–3396, doi: 10.5194/bg-16-3377-2019.

Team, R. C., 2013, R: A language and environment for statistical computing:

Telesh, I. V., and Khlebovich, V. V., 2010, Principal processes within the estuarine salinity gradient: A review: Marine Pollution
Bulletin, v. 61, p. 149–155, doi: 10.1016/[Link].2010.02.008.

Tessier, M., 2001, Les occupations humaines de la rive gauche de l’estuaire de la Loire aux temps pré- et protohistoriques: Actes des
congrès nationaux des sociétés historiques et scientifiques, v. 124, p. 313–319.

Thibault de Chanvalon, A., Geslin, E., Mojtahid, M., Métais, I., Méléder, V., and Metzger, E., 2022, Multiscale analysis of living
benthic foraminiferal heterogeneity: Ecological advances from an intertidal mudflat (Loire estuary, France): Continental
Shelf Research, v. 232, p. 104627, doi: 10.1016/[Link].2021.104627.

Toyofuku, M. S., Kitazato, H., and Tsuchiya, M., 2005, Phylogenetic relationships among genus Ammonia (Foraminifera) based on
ribosomal DNA sequences which are distributed in the vicinity of the Japanese Islands: Front Res Earth Evol, v. 2, p. 1–10.

Toyofuku, T., Matsuo, M. Y., de Nooijer, L. J., Nagai, Y., Kawada, S., Fujita, K., Reichart, G.-J., Nomaki, H., Tsuchiya, M.,
Sakaguchi, H., and Kitazato, H., 2017, Proton pumping accompanies calcification in foraminifera: Nature
Communications, v. 8, p. 14145, doi: 10.1038/ncomms14145.

Traini, C., Proust, J.-N., Menier, D., and Mathew, M. J., 2015, Distinguishing natural evolution and human impact on estuarine
morpho-sedimentary development: A case study from the Vilaine Estuary, France: Estuarine, Coastal and Shelf Science, v.
163, p. 143–155, doi: 10.1016/[Link].2015.06.025.

Tsuchiya, M., Tazume, M., and Kitazato, H., 2008, Molecular characterization of the non-costate morphotypes of buliminid
foraminifers based on internal transcribed region of ribosomal DNA (ITS rDNA) sequence data: Marine
Micropaleontology, v. 69, p. 212–224, doi: 10.1016/[Link].2008.07.008.

Tueros, I., Rodríguez, J. G., Borja, A., Solaun, O., Valencia, V., and Millán, E., 2008, Dissolved metal background levels in marine
waters, for the assessment of the physico-chemical status, within the European Water Framework Directive: Science of The
Total Environment, v. 407, p. 40–52, doi: 10.1016/[Link].2008.08.026.

Tulp, I., Craeymeersch, J., Leopold, M., van Damme, C., Fey, F., and Verdaat, H., 2010, The role of the invasive bivalve Ensis
directus as food source for fish and birds in the Dutch coastal zone: Estuarine, Coastal and Shelf Science, v. 90, p. 116–
128, doi: 10.1016/[Link].2010.07.008.

Tweedley, J. R., Warwick, R. M., and Potter, I. C., 2015, Can biotic indicators distinguish between natural and anthropogenic
environmental stress in estuaries? Journal of Sea Research, v. 102, p. 10–21, doi: 10.1016/[Link].2015.04.001.

Tyson, R. V., and Pearson, T. H., 1991, Modern and ancient continental shelf anoxia: an overview: Geological Society, London,
Special Publications, v. 58, p. 1–24, doi: 10.1144/[Link].1991.058.01.01.

Tzedakis, P. C., Raynaud, D., McManus, J. F., Berger, A., Brovkin, V., and Kiefer, T., 2009, Interglacial diversity: Nature
Geoscience, v. 2, p. 751–755, doi: 10.1038/ngeo660.

Uncles, R. J., Stephens, J. A., and Smith, R. E., 2002, The dependence of estuarine turbidity on tidal intrusion length, tidal range and
residence time: Continental Shelf Research, v. 22, p. 1835–1856, doi: 10.1016/S0278-4343(02)00041-9.

217
Bibliographie

Vail, C. A., and Walker, A. K., 2021, Vertical Zonation of Some Crustose Lichens (Verrucariaceae) in Bay of Fundy Littoral Zones
of Nova Scotia: Northeastern Naturalist, v. 28, p. 311–326, doi: 10.1656/045.028.0306.

Van Hoey, G., Permuy, D. C., Vandendriessche, S., Vincx, M., and Hostens, K., 2013, An ecological quality status assessment
procedure for soft-sediment benthic habitats: Weighing alternative approaches: Ecological Indicators, v. 25, p. 266–278,
doi: 10.1016/[Link].2012.09.024.

Vidović, J., Nawrot, R., Gallmetzer, I., Haselmair, A., Tomašových, A., Stachowitsch, M., Ćosović, V., and Zuschin, M., 2016,
Anthropogenically induced environmental changes in the northeastern Adriatic Sea in the last 500 years (Panzano Bay,
Gulf of Trieste): Biogeosciences, v. 13, p. 5965–5981, doi: 10.5194/bg-13-5965-2016.

Waller, M., and Grant, M. J., 2012, Holocene pollen assemblages from coastal wetlands: differentiating natural and anthropogenic
causes of change in the Thames estuary, UK: Journal of Quaternary Science, v. 27, p. 461–474, doi: 10.1002/jqs.1570.

Walton, W. R., and Sloan, B. J., 1990, The genus Ammonia Bruennich, 1772; its geographic distribution and morphologic
variability: Journal of Foraminiferal Research, v. 20, p. 128–156, doi: 10.2113/gsjfr.20.2.128.

Weis, J. S., and Weis, P., 1994, Impacts of Xenobiotics on Estuarine Ecosystems, in Basic Environmental Toxicology: CRC Press.

Whitfield, A. K., Elliott, M., Basset, A., Blaber, S. J. M., and West, R. J., 2012, Paradigms in estuarine ecology – A review of the
Remane diagram with a suggested revised model for estuaries: Estuarine, Coastal and Shelf Science, v. 97, p. 78–90, doi:
10.1016/[Link].2011.11.026.

Whitfield, A. K., 2015, Why are there so few freshwater fish species in most estuaries? Journal of Fish Biology, v. 86, p. 1227–1250,
doi: 10.1111/jfb.12641.

Whitfield, A., and Elliott, M., 2011, Ecosystem and Biotic Classifications of Estuaries and Coasts, in Treatise on Estuarine and
Coastal Science:, p. 99–124.

Whitfield, A. K., and Harrison, T. D., 2021, Fish species redundancy in estuaries: A major conservation concern in temperate
estuaries under global change pressures: Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, v. 31, p. 979–983, doi:
10.1002/aqc.3482.

Williams, G. A., De Pirro, M., Cartwright, S., Khangura, K., Ng, W.-C., Leung, P. T. Y., and Morritt, D., 2011, Come rain or shine:
the combined effects of physical stresses on physiological and protein-level responses of an intertidal limpet in the
monsoonal tropics: Functional Ecology, v. 25, p. 101–110, doi: 10.1111/j.1365-2435.2010.01760.x.

Winterwerp, J. C., Wang, Z. B., van Braeckel, A., van Holland, G., and Kösters, F., 2013, Man-induced regime shifts in small
estuaries—II: a comparison of rivers: Ocean Dynamics, v. 63, p. 1293–1306, doi: 10.1007/s10236-013-0663-8.

Wolff, W. J., and Reise, K., 2002, Oyster Imports as a Vector for the Introduction of Alien Species into Northern and Western
European Coastal Waters, in Leppäkoski, E., Gollasch, S., and Olenin, S. (eds.), Invasive Aquatic Species of Europe.
Distribution, Impacts and Management: Springer Netherlands, Dordrecht, p. 193–205.

WoRMS - World Register of Marine Species, 2020, accessed November 17, 2020, at
[Link]

WoRMS - World Register of Marine Species, 2021, accessed August 26, 2021, at [Link]

Yang, S. L., Milliman, J. D., Li, P., and Xu, K., 2011, 50,000 dams later: Erosion of the Yangtze River and its delta: Global and
Planetary Change, v. 75, p. 14–20, doi: 10.1016/[Link].2010.09.006.

Ye, F., Huang, X., Shi, Z., and Chen, B., 2021, The spatial distribution of benthic foraminifera in the Pearl River Estuary, South
China and its environmental significance: Marine Pollution Bulletin, v. 173, p. 113055, doi:
10.1016/[Link].2021.113055.

Young, C. M. E., Schwing, P. T., and Cotton, L. J., 2021, Benthic foraminiferal morphological response to the 2010 Deepwater
Horizon oil spill: Marine Micropaleontology, v. 164, p. 101971, doi: 10.1016/[Link].2021.101971.

Ysebaert, T., Herman, P. M. J., Meire, P., Craeymeersch, J., Verbeek, H., and Heip, C. H. R., 2003, Large-scale spatial patterns in
estuaries: estuarine macrobenthic communities in the Schelde estuary, NW Europe: Estuarine, Coastal and Shelf Science,
v. 57, p. 335–355, doi: 10.1016/S0272-7714(02)00359-1.

218
Bibliographie

Yuan, Y., Sun, T., Wang, H., Liu, Y., Pan, Y., Xie, Y., Huang, H., and Fan, Z., 2020, Bioaccumulation and health risk assessment of
heavy metals to bivalve species in Daya Bay (South China Sea): Consumption advisory: Marine Pollution Bulletin, v. 150,
p. 110717, doi: 10.1016/[Link].2019.110717.

Zhao, S., Feng, C., Quan, W., Chen, X., Niu, J., and Shen, Z., 2012, Role of living environments in the accumulation characteristics
of heavy metals in fishes and crabs in the Yangtze River Estuary, China: Marine Pollution Bulletin, v. 64, p. 1163–1171,
doi: 10.1016/[Link].2012.03.023.

219
Annexe 1: The Marine Influence Index (MII): A Tool to Assess Estuarine Intertidal Mudflat Environments
for the Purpose of Foraminiferal Biomonitoring

Annexe 1: The Marine Influence Index (MII): A Tool to Assess Estuarine Intertidal M udflat Environments
for the Purpose of Foraminiferal Biomonitoring

Annexe 1

The Marine Influence Index (MII): A

Tool to Assess Estuarine Intertidal
Mudflat Environments for the Purpose
of Foraminiferal Biomonitoring
Frans J. Jorissen*1, Marie P. A. Fouet1, David Singer1, Hélène Howa1.

1
UMR CNRS 6112 LPG-BIAF, Laboratory of Planetology and Geosciences, Angers University and Nantes
Université, 2 Boulevard Lavoisier, 49045 Angers, France

* Correspondence author: [Link]@[Link]

Published in Water, February 2022, 14(4), 676; ([Link]

220
Annexe 1: The Marine Influence Index (MII): A Tool to Assess Estuarine Intertidal Mudflat Environments
for the Purpose of Foraminiferal Biomonitoring

Concept Paper

The Marine Influence Index (MII): a tool to assess estuarine intertidal mudflat
environments for the purpose of foraminiferal biomonitoring
Frans J. Jorissen1*, Marie P.A. Fouet1, David Singer1 and Hélène Howa1
1 UMR CNRS 6112 LPG-BIAF, Angers University, 2 Boulevard Lavoisier, 49045 Angers cedex, France and Nantes Université
* Correspondence: [Link]@[Link]

Abstract: In this paper, we propose a Marine Influence Index (MII), which is thought to give an integrated quantitative
description of the complex of environmental parameters controlling foraminiferal faunas in estuarine intertidal mudflats.
The MII contains three components: 1) the relative distance along the salinity gradient, 2) the emergence time relative to
a reference tidal cycle, and 3) the relative importance of river outflow in the 30 days before sampling the foraminiferal
faunas. Although these three parameters have all a strong relation with salinity, they implicitly also include other
environmental parameters, like the introduction of marine and continental organic matter and biota, hydrodynamic
energy, or temperature. To show the functioning of this new index, MII is calculated for 28 stations in the Auray and Vie
estuaries, for two different periods. The next step will be to compare the MII with faunal data sets. Ideally, this
comparison should allow us to find strong correlations between some characteristics of the foraminiferal assemblages
and MII. If such strong correlations would indeed be found, any major deviation of this relationship could then be
interpreted as due to strong anthropogenic disturbance.

Keywords: estuaries; bio-monitoring; foraminifera; anthropogenic impact; pollution

1. Environmental biomonitoring in coastal marine ecosystems

Coastal areas are essential for human societies, since they host about 10% of the global population [1].
Among coastal areas, estuaries provide significant commercial and recreational benefits. They are
intensively used, for fisheries, aquaculture, navigation, tourism and many other human activities, and
thereby supply huge ecosystem services. Since they constitute a physical entrance to low laying parts of the
continent, they may be a vector for storm surges, often with dramatic consequences [2]. Estuaries also play a
key role in the transfer of organic carbon, nutrients and pollutants from the continent to the ocean. Thereby,
they strongly influence marine life and ultimately contribute to climate change. Like many other transitional
water bodies, estuaries are of particular interest from a biological point of view. They are among the most
productive natural ecosystems in the world, they may act like nurseries, provide shelter to migrating faunas,
and are transited by species that alternate marine and freshwater habitats during their ontogeny.
The careful management of estuaries has been a priority of humankind at least since the Middle Ages.
Today, management not only focuses on the physical protection against floods or storm surges, but is also
strongly concerned with the quality of estuarine environments, as expressed by their biological, chemical
and hydrodynamic characteristics. In Europe, the Water Framework Directive obliges all member states to
monitor the quality of its coastal and transitional water masses, to evaluate their ecological status [3] and, if
necessary, to take appropriate measures to guarantee a good quality of these ecosystems. To describe the
ecosystem quality, a wide range of environmental indices has been developed, based on different
characteristics, such as hydrodynamics, morphodynamics, chemical/physical properties, and especially, the
biological inhabitants of the concerned ecosystems.
In this context, biotic indices, based on the characteristics of the faunas/floras (such as density, diversity
and species composition) are considered particularly pertinent to evaluate the environmental quality. In fact,
concentrations of chemical pollutants in the water column and/or in the interstitial waters of the sediment,
and their comparison with reference conditions, may inform us about excess supplies resulting from
anthropogenic activities. However, data on the enrichment of certain pollutants in the sediment or in the
water column will neither inform us about their bio-availability, nor about their impact on biological

221
Annexe 1: The Marine Influence Index (MII): A Tool to Assess Estuarine Intertidal Mudflat Environments
for the Purpose of Foraminiferal Biomonitoring

communities. Conversely, the density, diversity, species composition and functional traits of the living biota
may provide valuable information about ecosystem functioning, and the extent to which it may be affected
by pollutants. On the one hand, the presence, absence and/or relative abundance of certain stress-sensitive
species (or functional traits) will inform us whether their tolerance levels have been surpassed or not. On the
other hand, a dominance of stress-tolerant taxa, that often adopt an opportunistic life strategy, may indicate
an elevated degree of environmental stress.
For marine ecosystems, the concept of Pearson and Rosenberg (1978) [4] has been pivotal. These authors
showed the existence of a well-defined succession of species, with different ecological strategies, along
organic matter enrichment gradients. Their conceptual model has been used to develop a large number of
environmental quality indices. In the simplest form, these indices use the relative proportions of a number of
faunal groups with different ecological requirements to obtain a quantitative measure of environmental
quality. More elaborated indices are based on multivariate analyses of a wide range of biotic parameters [5–
7].
A large number of biological groups has been proposed for these biotic indices, ranging from fishes,
macro-invertebrates, macro-algae to micro-eukaryotes. Different faunal/floral groups will give information
on different spatial and temporal scales, in function of their ecology and life strategies. Consequently, the
environmental quality evaluation resulting from different indices is not necessarily identical.
Among microeukaryotes, foraminifera have increasingly been used over the last decennia to develop
biotic indices. The international FOBIMO consortium has made significant efforts to standardise the
sampling and sample treatment procedures [8]. The FOBIMO consortium has also started to adapt the
AMBI-method [9], that was originally developed for macrofauna, to foraminifera. This has been achieved by
attributing benthic foraminiferal taxa to different ecological groups and by testing these groups on regional
datasets [10–12].
It is important to realise that in the original AMBI method [9] and in all similar methods, including most
foraminiferal indices of environmental quality, species are listed in function of their response to organic
matter gradients. This implicitly means that organic matter is considered as a major, integrative, stress factor.
In view of the generally coherent and robust results yielded by most environmental indices based on the
Pearson and Rosenberg paradigm, this hypothesis seems to be valid in most open marine ecosystems. The
underlying rationale is that in coastal marine ecosystems, excess nutrient input leads to eutrophication
(increase of biological production, organic matter deposition on the seafloor and hypoxia) [9]. In practise,
nutrients and organic matter of anthropogenic origin will often be accompanied by a complex cocktail of
other pollutants [13], some of which may be particularly harmful for marine life. In spite of this complexity,
indices using the response of marine biota to organic matter as an overall marker of environmental quality,
often give reliable results (e.g., [14,15]). The success of this approach may be explained by the fact that most
stress-tolerant taxa living in open marine environments are not only resistant to an increased organic matter
supply (and its consequences, like hypoxia), but also to a wide range of other stressors.
Another important aspect of most biotic indices is that they give a face value evaluation of the present-
day quality of the monitored environments. These methods essentially oversee the fact that there may be
considerable variety in environmental quality in natural ecosystems. In fact, under natural conditions, some
ecosystems will receive much larger nutrient and organic matter supplies than other ones. This is especially
the case for open marine ecosystems influenced by river outflow, or ecosystems subject to deposition of large
amounts of fine-grained sediments, which tend to be naturally enriched in organic matter [16,17]. In such
cases, biotic indices will often indicate moderate or even bad environmental quality. This contrasts with the
idea that pristine ecosystems (without any influence of anthropogenic activities), should theoretically have
an optimal environmental quality. Consequently, the values of biotic indices cannot always be taken at face
value, but have to be compared with reference conditions. In practise, an Ecological Quality Ratio can be
determined by dividing the index values of a study site by the one obtained for a reference site [18].
Today, the choice and description of reference conditions remain a major subsisting problem in
environmental monitoring. A fundamental question is whether the reference conditions should represent
pristine conditions, comparable to the situation in pre-industrial times. Today, most ecosystems on Earth are
to a certain extent affected by human activities. Since there is no possibility to rapidly overturn this situation,
it is generally considered more realistic not to use pristine ecosystems to define reference conditions, but
rather ecosystems judged to have a good environmental quality. In practise, usually one or more reference

222
Annexe 1: The Marine Influence Index (MII): A Tool to Assess Estuarine Intertidal Mudflat Environments
for the Purpose of Foraminiferal Biomonitoring

sites are selected, situated outside the direct influence of identified point sources of pollution. They are
considered to represent the best environmental quality that can be found today in similar recent ecosystems
and serve for comparison with the potentially polluted ecosystems under evaluation. These reference sites
also represent the quality that has to be achieved by management decisions aiming to improve
environmental quality.
In this context, foraminifera have a potential advantage. The preservation of their calcareous shells in
the sediment record makes it possible, provided that a reliable age model can be obtained, to reconstruct the
historical development of the foraminiferal community and to choose a certain time interval (for instance
1850, before the industrial revolution, or 1950) as « reference conditions » [19–21]. However, since important
differences may exist between living foraminiferal faunas and sediment assemblages forming at the same
site, the comparison of recent faunas with dead faunas preserved in the sediment record can almost never be
straightforward. In fact, early diagenetic processes may lead to preferential loss of species with fragile tests,
thereby introducing important taphonomic bias [22]. Also, important seasonal and interannual variability of
living faunas may hamper the comparison with time-averaged sediment assemblages. Finally, more
opportunistic species with a higher turnover ratio, often considered as pollution-tolerant, will produce more
tests than stress-sensitive equilibrium species, thereby increasing their relative frequency in the sediment
assemblages compared to the living faunas [23]. In spite of these limitations, foraminiferal sediment records
may give valuable information about baseline conditions in pre-industrial times [19,24].
The foregoing short introduction on biomonitoring largely relates to open marine ecosystems. In view
of the encouraging results of biomonitoring indices, it is not surprising that the same methods have been
applied in estuaries and in other transitional water masses. However, it became rapidly clear that especially
in estuarine ecosystems, the biotic indices very often indicated a poor or very poor environmental quality,
even in cases where anthropogenic influence was apparently very limited. This negative evaluation is
mainly caused by the generally low diversity and the dominance of a small number of opportunistic, stress-
tolerant taxa. This observation has been termed the « estuarine quality paradox » [25,26]. The paradox is
formed by the contradiction between apparently natural conditions, for which a good environmental quality
is expected, and bad biotic index values. This contradiction results from the fact that even when they are in a
natural state, most estuaries are stressed environments. This is due to two mains reasons:
1) The presence of a strong salinity gradient, from fully marine conditions at the mouth of the estuary,
to brackish and fresh water in the inner part of the estuary. Few species can cope with such a huge salinity
range. Most marine and freshwater species are stenohaline, and can only bear minor salinity changes. It
appears that estuaries are mainly inhabited by some more euryhaline marine species, whereas strictly
estuarine species, living exclusively within estuaries, are rare or even not existing [27,28].
2) Many environmental parameters show a high spatial and temporal variability. This is the case for
salinity, which may show a huge variability on a seasonal (due to changes in river discharge) as well as daily
(weather forcing) and hourly (tidal cycles) scale. In intertidal areas, also other important ecological
parameters (such as temperature, evaporation, resources, predation pressure, etc.) may vary dramatically
spatially (e.g., due to different emersion times), seasonally or even during a single tidal cycle.
The present paper envisages strategies to overcome this problem. More precisely, we will investigate
how, despite the “estuarine paradox”, foraminiferal assemblages can be used as indicators of environmental
quality in intertidal estuarine mudflats. Our decision not to discuss all types of transitional water masses
(TW’s) but to concentrate on mid latitude estuarine intertidal mudflats is motivated by 1) the fact that TW’s
show a very large variability in environmental factors, which makes it difficult to consider them all together,
and 2) estuarine intertidal areas are particularly stressed environments because of their emergence at low
tide. We will concentrate here on French Atlantic estuaries, for which excellent environmental records are
available on diurnal, seasonal and pluri-annual time scales. These estuaries are mostly tide-dominated (with
a high-mesotidal to low-macrotidal regime), with the tidal currents being the main physical controlling
factor. They are mostly characterized by a funnel-shaped mouth, and subtidal channels that are generally
flanked by extensive intertidal mudflats.
It seems evident that in estuarine environments, an excess of anthropogenic stress can only be evaluated
once the faunal response to the often severe natural stress is well known, and can be quantified. In this paper
we will therefore investigate what are the main natural environmental parameters controlling the
characteristics of foraminiferal communities in estuarine intertidal mudflats and how they can best be

223
Annexe 1: The Marine Influence Index (MII): A Tool to Assess Estuarine Intertidal Mudflat Environments
for the Purpose of Foraminiferal Biomonitoring

described by an easy-to-handle index. We will then test this index on two contrasting French Atlantic
estuaries for which environmental/foraminiferal datasets are available. In the companion paper of Fouet et
al. (this volume) [29], we will describe these two foraminiferal datasets, and will investigate whether our
description of the dominant controlling natural environmental parameters is adequate, and can explain part
of the differences between the foraminiferal communities (density, diversity, species composition) within
and between these two contrasting estuaries.

2. Factors controlling faunal distribution in estuaries

Our ultimate aim is to develop a reliable index of environmental quality in estuaries based on the
available biota. Here, we will consider this question for foraminifera, that, similar to most other organisms,
in estuaries show a low diversity and a strong dominance of few opportunistic taxa. To develop such an
index, it is of paramount importance to understand first the natural distribution of the organisms used in the
index, and how this distribution is determined/influenced by the complex interplay of environmental
parameters. In this context, by ”natural distribution”, we do not mean the distribution found under pristine
conditions, but rather the distribution found today at sites that are, as far as we can tell, not substantially
affected by anthropogenic pollution. We suppose that even if today’s ecosystems are all affected by human
activities to some degree, the natural parameters are still the dominant controlling parameters of the faunal
distribution. In principle, anthropogenic pollution should lead to deviations from the “natural distribution
pattern”. Evidently, such deviations can only be detected if the “natural distribution pattern” is perfectly
known and the relations with the controlling parameters are well understood. In view of the stress-resistant
character of most species living in estuaries, it seems probable that only major anthropogenic perturbations
can be recognised as such.
In the literature, several attempts have been made to classify estuaries (and other transitional water
masses) on the basis of morphology, hydrology, characteristics of the catchment area and climate (e.g.,
[28,30,31]). Although these studies present methods to classify, and to compare estuaries, they do not
provide the means to compare individual sites, either within the same, or in different estuaries.
An extensive discussion has taken place about the main environmental parameters controlling faunal
distribution in estuaries, for macrofauna as well as for foraminifera. It is generally accepted that estuaries are
among the most productive natural ecosystems in the world [32], although high turbidity due to an
important sediment load may hamper/reduce primary production [27]. Despite the chronic instability of all
other physicochemical parameters, estuaries are not nutrient-limited. Therefore, it is generally agreed that
not nutrients, but salinity is by far the most important controlling factor [33,34]. The relation between salinity
and estuarine faunas is often illustrated with the conceptual Remane diagram [35], which shows how the
relative proportions of marine, brackish and freshwater species change along the salinity gradient. In their
excellent review, [36] argued that the Remane diagram was originally proposed for the Baltic Sea, a brackish
sea, and can therefore not be applied straightforward to estuaries. They proposed a number of refinements
to the model (Figure 1), and argued that the freshwater assemblage generally has a lower species diversity
than the marine assemblage and does hardly penetrate into more saline waters. These authors further
claimed that marine species also strongly dominate the polyhaline and mesohaline parts of the estuary,
whereas exclusively estuarine/brackish species are scarce (Figure 1). In this context, on the basis of a
principal component analysis of western North Atlantic estuaries, [37] demonstrated that marine species
rapidly disappeared below a salinity of 24, whereas freshwater species were largely limited to salinities
below 4. Many studies [38,39] show that these observations are also valid for foraminifera, with the possible
exception of vegetated salt marshes, which host a number of species typical for these ecosystems [40].

224
Annexe 1: The Marine Influence Index (MII): A Tool to Assess Estuarine Intertidal Mudflat Environments
for the Purpose of Foraminiferal Biomonitoring

Figure 1. Conceptual model for estuarine biodiversity (number of species) changes covering the salinity continuum
from freshwater to hyperhaline conditions (after Whitfield et al., 2012 [36]).

However, [41] argued that it is not the absolute salinity tolerance of the various species that decides on
their distribution in the estuary, but rather their tolerance of salinity variation. It seems evident that
compared to a rather stable brackish water basin like the Baltic Sea, the large (seasonal and diurnal) salinity
fluctuations in tidally dominated estuaries must add an additional amount of stress.
Observations of similar faunal successions along transitional water transects with sometimes very
different absolute salinity values led to the concepts of “marine vivification” [42] and “marinisation” [43].
These concepts imply that not salinity alone, but a complex of elements of marine origin (e.g., nutrients,
marine flora/fauna, hydrodynamic energy) would be the main control on faunas living in transitional
waters. Guelorget and Perthuisot (1992) [44] defined the term “confinement” as the time of renewal of these
“vital elements of marine origin”.
Since salt is one of the elements of marine origin, there must evidently be a correlation between salinity
and “confinement”. However, the absolute salinity values found in various parts of the estuary may be very
different at different latitudes, with different water budgets (different ratio between evaporation versus
precipitation and river discharge). Guelorget and Perthuisot [44] concluded that it is impossible to quantify
their “confinement” factor.
Debenay and co-workers applied the “confinement” concept to the foraminiferal distribution in a
number of tropical estuaries [45–47]. These studies proposed a method to calculate a “confinement index”,
using the relative frequencies of three groups of foraminiferal species, corresponding to taxa occurring in the
marine/outer estuary, middle estuary and inner estuary, respectively. This meant that instead of calculating
a confinement index based on the physical properties of the estuary and then comparing the calculated index
values with data on the faunal distribution, Debenay and co-workers did exactly the opposite. In our
opinion, this approach is not entirely free from circular reasoning; high percentages of species considered
typical of a limited marine influence (while living in the inner parts of the estuary), will unavoidably lead to
high values of the confinement index there, indicative of limited marine influence.
Unfortunately, it is often far from easy to obtain reliable salinity measurements in an estuary. Especially
in macrotidal estuaries, both the subtidal and intertidal areas experience huge temporal salinity variation on
an hourly scale, as salinity rises with incoming tide and decreases with outgoing tide. A reliable picture of
this pattern can only be obtained by continuous data logging, which is only possible for a limited number of
points. Even when such a continuous record is available [48], it is not evident what precise salinity value(s)
should be used to describe the ecosystem. For intertidal areas, which may every day emerge for many hours,

225
Annexe 1: The Marine Influence Index (MII): A Tool to Assess Estuarine Intertidal Mudflat Environments
for the Purpose of Foraminiferal Biomonitoring

when they are affected by evaporation and/or precipitation, the problem is even larger. Therefore, [41]
suggested to characterise the salinity regime by measuring the range between mean low-tide salinity and
mean high-tide salinity. This may be a solution for the subtidal part of the estuary, but not for intertidal
areas, where it is basically impossible to measure salinity at low tide.
Summarising, there is a consensus that salinity and/or marine factors related to salinity, are the main
controls of faunal characteristics in estuaries. Together, these parameters can be regrouped under the term
“marine influence”. This term not only refers to the introduction of salt, but also of marine organic matter,
flora and fauna, and especially, tidal energy. Due to the tidal energy, this “marine influence” also partly
controls factors as sediment grainsize, water column turbidity and oxygen concentration, and residence
times of continental waters in the estuary. The latter factor may have important consequences regarding the
use of river-born nutrients, primary production within the estuary, bottom and water column oxygen
contents, as well as geochemical nutrient and organic matter recycling in the estuarine superficial sediments
[49].
It appears therefore that a complex of “marine influence” factors, which largely exceeds salinity alone,
constitutes the main control of estuarine biota. Many, if not all of these factors (salinity, strong tidal currents,
hypoxia) may be causes of natural stress. In intertidal areas, additional stress results from emergence and
faunal exposure during low tide, leading to major variations of temperature, salinity and predation pressure.
In general, a decrease of marine influence leads to an increase of stress for marine species.
In this paper, we will propose a new Marine Influence Index (MII), with which we attempt to describe
the cumulative effect of the above-mentioned stress factors affecting estuarine foraminifera. If the MII
correctly describes the main factors controlling the foraminiferal assemblages, its values should show a
strong correlation with the main faunal characteristics. If so, this index could serve to predict the
characteristics of the fauna under natural conditions. Clear deviations from the natural distribution pattern
as predicted from such a MII would then be due to factors non included in MII, such as anthropogenic
pollution. Here, we will develop this Marine Influence Index and test it on two estuaries on the French
Atlantic coast. In the companion paper of Fouet et al. [29], this MII will be tested on foraminiferal data of the
same estuaries.

3. Ecology of estuarine foraminifera

Estuarine foraminiferal assemblages have been abundantly studied. Excellent reviews are given in
[39,50–52]. It is important to note that many of the earlier studies in estuaries were based on total
assemblages (i.e., counts of all foraminiferal tests, of living as well as dead individuals) and not only on
living faunas, as we propose here. Until recently, the use of total assemblages was privileged because they
were considered to give an average picture, not biased by the often important seasonal and spatial
variability of the living assemblages [50]. Although total assemblages may be useful for comparison with
fossil samples (for instance for the detailed reconstruction of ancient sea levels), their use for biomonitoring
purposes has several pitfalls. In fact, the time slice recorded by a total assemblage may be very different
between sites, due to the very different sedimentation rates found within single estuaries. In some cases, the
time presented by a total assemblages may largely exceed the period characterised by anthropogenic impact.
In other cases, bottom erosion, occurring frequently in estuaries may erode recent sediments, and lead to a
mixture of living and much older dead foraminifera. Debenay et al. (2000) [50] argued that the potential bias
(between living and total faunas) introduced by post-mortem transport and taphonomic losses may have
been overestimated. We disagree with this opinion, and think that the higher diversity often recorded in
estuarine total assemblages (compared to living faunas) is the direct consequence of a landward
transportation of tests of marine species by tidal currents. The presence of such allochthonous taxa will
mainly inform us about the hydrodynamics, and not about other local environmental conditions.
Unlike total faunas, living faunas reflect the environmental conditions prevailing during the weeks to
months before sampling. Therefore, we judge that for biomonitoring studies, the use of living assemblages
should be mandatory [8], in spite of the complexity created by important seasonal, interannual and spatial
variability of the assemblages.
Like for macrofauna, the salinity gradient within the estuary, from fresh water in the inner part to
marine salinity at the mouth, appears to be the dominant controlling parameter of the foraminiferal spatial
distribution. This contrasts with open marine environments, where food availability and oxygen

226
Annexe 1: The Marine Influence Index (MII): A Tool to Assess Estuarine Intertidal Mudflat Environments
for the Purpose of Foraminiferal Biomonitoring

concentration, and in shallower areas also temperature and the nature of the substrate, are the dominant
controlling parameter [51,53]. Most foraminiferal taxa are stenohaline, limiting their habitat to the outer
estuary, where diversity is maximal. Much less species seem to be adapted to the meso- and polyhaline
conditions found in the middle estuary. Finally, foraminifera become scarce in the oligohaline upper
estuaries, where thecamoebians flourish [39]. In this paper, we will not consider salt marshes, which host a
highly specific fauna, usually strongly dominated by agglutinant taxa [54].
Many other parameters than salinity variation alone will influence the ecology of estuarine
foraminifera. Temperature, food availability, oxygen concentration, sediment characteristics and
hydrodynamics will all control to some extent the foraminiferal density, diversity and species composition.
These factors may be especially important when their values are close to the upper or lower tolerance limits
of individual species.
However, it appears that the natural distribution of foraminifera is foremost determined by salinity, or,
more precisely, by salinity variation. In intertidal mudflats, which form the subject of this paper, biological
stress caused by emergence at low tide, leading to abrupt changes in salinity and/or temperature, appears to
be an important secondary factor. Because of the multiscale temporal and spatial variability of salinity in
estuaries, this parameter is not synchronized with foraminiferal life cycles, and neither snapshot nor long-
term salinity measurements are suitable to describe the influence of this factor on foraminiferal faunas. The
optimal description of this major controlling environmental factor at each study site remains a major
challenge that we will consider in this paper.
Salinity in estuarine waters depends on the mixing of marine and continental waters. Several factors
play a role here:
 Tidal influence will diminish with increasing distance from the sea, and will vary along lunar-
solar tidal cycles. Tides largely control the estuarine circulation and associated biological processes.
The hydrodynamics of the rising and falling tide generates turbulence and causes vertical mixing
between fresh and marine waters. Depending on the local tidal regime, river discharge and the
morphology of the estuary, estuaries may be weakly to strongly stratified. Seasonal changes in
river discharge and the dynamics of the salt-wedge intrusion also affect biological production [27].
For example, in a seasonally stratified estuary, the presence of the salt wedge in spring led to
increased nutrient recycling and phytoplankton blooms [49]. The tidal range will, together with the
elevation of the study site, also determine the emergence time of the various parts of the tidal flats.
 River discharge, that dilutes the sea water intruding by tidal processes into the estuary, may show
major seasonal and interannual variability, depending on the climate regime. Consequently, sites
located in the inner estuary may show major seasonal salinity changes, from almost marine to
almost fresh water.
 Local precipitation is a second source of fresh water, which will especially affect the salinity of
emerged mud flats during low tide.
 Groundwater inflow may be an important additional source of fresh water, which is often difficult
to estimate.
 The morphology of the estuary may facilitate or hamper the propagation of the tidal wave and/or
of marine waters in the estuary.
Together, these factors not only decide on salinity, but also determine the extent of “marine influence”
in the different parts of the estuary. The term “marine influence“ not only includes salinity, but also
introduced marine organic matter and marine biota (as adults, larvae or propagules). This is important, since
marine organic matter tends to be more labile than continental organic matter [55]. Marine biota may serve
as food, or may fuel colonisation of the estuary by marine species, during (short) periods with suitable
environmental conditions. Essentially, increased marine influence is the expression of a higher ratio between
the volume of seawater entering the estuary and the freshwater supplies (through river runoff, groundwater
input and precipitation). Increased marine influence may result in longer fresh water residence times in the
estuary. This may lead to a more substantial utilisation of river-born nutrients within the estuary [49]. At low
tide, the extent of “marine influence” will rapidly decrease, especially in case of intertidal estuarine mudflats
subjected to strong precipitation and/or evaporation.

227
Annexe 1: The Marine Influence Index (MII): A Tool to Assess Estuarine Intertidal Mudflat Environments
for the Purpose of Foraminiferal Biomonitoring

4. Quantifying the main parameters controlling foraminiferal distribution in estuarine intertidal

mudflats
Here, we will try to quantify the main physical and hydrological parameters summarised under the term
“marine influence”, since they appear to be responsible for most of the natural environmental stress in
intertidal estuarine mudflats, to which the foraminiferal community is exposed.
Next, we will investigate the possibility to assemble these factors into an easily applicable Marine Influence
Index (MII).

4.1. Position of the sampling point along the salinity gradient

Salinity appears to be the foremost factor controlling the ecology of estuaries, particularly in case of
tide-dominated estuaries [56], as suggested by the Remane diagram (Figure 1). The factor “Salinity” includes
absolute salinity values as well as the range of salinity variation. Because of strong temporal variability, it is
already a challenge to measure these parameters in subtidal estuarine environments. This becomes almost
impossible in intertidal mudflats, which are emerged at low tide. We suggest that the most integrative
parameter related to salinity is the extent of the salt intrusion into the estuary. This is the point until which
the salt water wedge enters the estuary at incoming tide. Beyond this point, the water is permanently fresh,
even during the highest spring tides. However, the physical tidal influence may be felt further inland, in the
fluvial estuary, where the incoming tidal wave may partly block the outflowing fluvial waters. Therefore,
the upper limit of the estuary is often placed more inland than the salt intrusion [57]. In our study, that
focuses on the influence of the inflowing marine waters on foraminiferal faunas, we will not consider the
areas beyond the salt intrusion. Information concerning the salt intrusion is available for almost all French
estuaries [58], but it is not clear when exactly these observations have been made. This is important, because
the salt wedge intrudes much farther into the estuary in the dry season compared to the wet season. If data
on the salt intrusion are not available, field measurements at high spring tide (during the dry season) can
define its upper limit.
The relative position of the sampling point between the mouth of the estuary and the point of farthest
salt intrusion can be used to characterise the position of the sampling point on the salinity gradient. This
relative distance can be defined as:
X/S (1)
where X is the distance (measured along the channel axis, in km) from the mouth of the estuary (defined on
the basis of geomorphological criteria), and S is the length of the salt intrusion (in km). This ratio describes
the relative position of the sampling point along the salinity gradient, irrespective of absolute salinity values,
tidal range (micro- to macro-tidal) and the strength of the salinity gradient (which varies in function of the
seasonal dilution by fresh waters). As such, this measure should be more robust than absolute salinity
values, not only because these are challenging to obtain, but also since absolute salinity values may show
large latitudinal variation, in function of different climate regimes.
It can be envisaged that the extent of the salt water intrusion does not diminish linearly with increasing
distance from the mouth. In fact, it can be affected by the presence of mechanical obstacles, that may cause
strongly localised reductions of salt water inflow. These obstacles may be of three different kinds:
1. Turtuosity: sea water will have more difficulty to enter a meandering estuarine channel than a
rectilinear estuary, especially in case of a strongly curved shape of the channel. For this reason,
we propose to measure the relative position of the sampling point with respect to the real
distance from the inlet, considering all eventual curves of the main channel (i.e., definition of X in
equation (1).
2. Abrupt narrowing of the estuary or channel sills of geological origin will cause major
constraints for salt water supplies to the upper parts of the estuary. Such “bottlenecks” will
accentuate the non-linearity of the horizontal salinity gradient, and thereby shorten the length of
the salt intrusion (i.e., S in Eq (1)). This factor, which is difficult to quantify, should be at least
partly integrated in the decrease of marine influence with relative increasing distance from the
mouth of the estuary.
3. Manmade physical obstacles: On the French Atlantic coast, many of the small and medium sized
estuaries are closed upstream by a dam provided with a sluice. These dams/sluices are used to

228
Annexe 1: The Marine Influence Index (MII): A Tool to Assess Estuarine Intertidal Mudflat Environments
for the Purpose of Foraminiferal Biomonitoring

prevent salt water to intrude the fluvial estuary beyond these dams. They are generally closed
during rising tides in order to protect fields under cultivation from soil salinization. They open
during some of the falling tides to regulate the outflow of riverine fresh waters into the estuary.
This is done to keep fluvial waters available for irrigation purposes or to flush the lower parts of
the estuary, to remove clay deposits in the navigation channel. When the dam/sluice is closed,
salinity tends to be elevated until the dam is reached, with fresh water being present immediately
landward of the dam. As a result, these dams artificially limit the salt intrusion, truncating
abruptly the salinity gradient from marine to fresh waters. In such cases, we think that the
(theoretical) natural salt intrusion should be used to define the relative position of the sampling
point on the salinity gradient, and not the observed salt intrusion (until the mechanical obstacle).
This natural salt intrusion (before the instalment of the manmade barrier) can be assessed by a
careful study of the thalweg topography; normally salt water enters the estuarine valley until the
point where the relief starts to increase, often abruptly.

4.2. Altitude / Emergence time

The altitude of the sampling site has a major impact on the ecology of the foraminiferal faunas living in
intertidal areas, for three main reasons:
1. The elevation of a site may change the position of the foraminiferal assemblage with respect to
the vertical salinity gradient, due to haline stratification. In highly stratified estuaries, the
saltwater wedge enters the estuary below the outflowing superficial fresh water layer. If present,
this vertical gradient will change on diurnal and seasonal timescales in response to incoming and
outgoing tide, and to fluctuations in river discharge. Precipitation may be a secondary reason for
the development of a vertical salinity gradient, even in case of estuaries with a homogenised
water column. Whatever the exact reasons and salinity values, at higher elevation, the
foraminiferal faunas will generally be confronted with lower salinity.
2. In combination with the tidal range, the elevation largely influences the time of emergence at low
tide. The twice-daily emergence of the tidal mudflats exposes the intertidal habitats to major
changes of moisture, temperature and salinity (due to evaporation and/or precipitation). In fact,
in the intertidal realm, the time of emergence seems to be a much more important stress factor
than slight salinity changes due to different positions of the sampling sites on the vertical salinity
gradient. For macrofauna, emergence also leads to changes in predation pressure, as the
contribution of fish decreases while predation by shore-birds and mud-snails becomes more
important [59]. Little information is available for predation on foraminifera [60], although there
are indications for selective predation by gastropods [61]. Together, these changes represent a
substantial recurrent stress.
3. Hydrodynamic energy will progressively diminish from the estuarine channel to the most
elevated parts of the intertidal mudflats. Tidal currents may displace foraminiferal faunas,
leading to an underrepresentation of small species and introduction of allochthonous taxa in the
intertidal realm. Hydrodynamics will also control sediment grain size and organic matter
availability (as organic particles are preferentially bound to clays).
The question is how to describe these different effects of habitat elevation with a single quantitative
proxy. The absolute altitude, i.e., the elevation above the lowest astronomical tide (chart datum), that is by
definition a fixed value, cannot take into account the fluctuating ecological stress imposed by the emergence
time variability. The emergence time depends mainly on the local tidal range. This is not only determined by
the global tidal cycles (14-days and annual), but also by the spatial variability of the tidal range within the
estuary. Due to the propagation of the tide wave in a complex estuarine geometrical system, a tidal
asymmetry is produced (mainly by bottom friction and wave refraction), leading to amplitude and phase
differences, from the river mouth to the inner estuary [62].
For these reasons, we suggest not to use absolute altitude, but rather the emergence time, that can be
considered as an integrative factor for the environmental controls listed above.
The emergence time (ET, expressed as a fraction of total time) can be calculated for each sampling point
on the basis of absolute altitude and the tidal tables, which are provided by SHOM for all French harbours
[63]. We decided to use mean spring tide data (in France: tidal coefficient of 90) to calculate a reference

229
Annexe 1: The Marine Influence Index (MII): A Tool to Assess Estuarine Intertidal Mudflat Environments
for the Purpose of Foraminiferal Biomonitoring

emergence time for all sites. The choice of conditions typical of a specific part of the 14-day tidal cycle is
necessary to be able to compare sites at different altitude. Next, a spring tide situation was chosen, because
during spring tide, every part of the intertidal mud flats is at least immerged part of the day. Conversely,
during neap tide, the lower parts of the mudflats will be immerged all day, whereas the uppermost parts of
the mudflats may never be reached by the rising tide.
It is important to realise that the relative emergence time (ET) is not determined by the global tidal
cycles but by the local tidal range (micro- to macrotidal regime, up- to down-stream location), so that the
tidal range parameter does not have to be further considered. Moreover, relative emergence time also partly
expresses the hydrodynamics of a site. Short relative emergence times mostly concern intertidal areas
located close to the channel axis where tidal dynamics is maximal. Inversely, sites with long relative
emergence times will generally be far from the channel axis, and experience a much lower hydrodynamic
energy.
A detailed description of the methods used to estimate absolute altitude and emergence time is added
as supplementary material.

4.3. Importance of fluvial discharge

The extent of fluvial discharge is of paramount importance for the intrusion of the marine wedge. A
large discharge volume will not only diminish the distance of the salt water intrusion, but will also lead to a
smaller volume of salt water entering the estuary. In fact, some very large rivers, such as the Congo, have
such large outflow volumes that intrusion of the salt wedge becomes almost impossible year round, even at
high tide [57]. Fluvial discharge will, also in our mid latitude region, show large seasonal variability, with
important maxima in winter/early spring and a minimum in summer. Generally, salinity (marine influence)
largely decreases in the inner parts of the estuaries during winter runoff maxima. This may lead to a
temporary strong diminution or even complete disappearance of foraminiferal faunas [64]. For all major
French rivers, and for most major rivers worldwide, mean annual discharge volumes as well as detailed
runoff data are available ([Link] However, such detailed data may be more
difficult to obtain in other regions. It is important to evaluate which precise data (of what exact period) are
relevant for the survey of benthic faunal constituents.
Foraminifera are supposed to have a rapid response to environmental change, as is shown by many
examples of strong seasonal faunal variability, in response to changes of runoff volume and precipitation
[54]. This rapid response is the direct result of their short life cycles (estimated from 6 months to 2 years [51]).
Therefore, it is not relevant to compare the living foraminiferal community with year-averaged river
discharge data. It seems more judicious to compare the faunal data with the conditions in the period
immediately before sampling. Consequently, we decided to characterise the fluvial discharge regime by
averaging the values of the 30 days before sampling.
Next, the volume of river discharge has to be related to the size of the estuary, to evaluate its impact on
the introduction of marine waters into the estuary. In their comparison of tidal estuaries along the Atlantic
coast of Europe, Middelburg and Herman [65] used (year-averaged) fresh water residence times to
characterise the nine studied estuaries. They found that in general, river-dominated estuaries have short
average fresh water residence times (up to 2 weeks), whereas strongly tidal-dominated estuaries have much
longer average river water residence times (1 to 3 months). Residence times are important, because in case of
longer fresh water residence times, estuarine environments are easier fuelled with marine nutrients, and
riverine nutrients are recycled within the estuary, leading to increased biological productivity [64].
There is an extensive literature on the estimation of fresh water residence times in estuaries, that
essentially shows that the calculation of such residence times is complex [66–68]. We suggest an easier way
to compare the volume of river discharge with the size of the estuary (the total amount of water), notably to
calculate for every sampling station the ratio between the average freshwater discharge (in the 30 days
before sampling of the foraminiferal assemblages) and the cross section of the estuarine channel at the
sampling point at mean high spring tide:

RRO (Relative river outflow) = RD (river discharge) / CS (estuarine cross section) (2)

230
Annexe 1: The Marine Influence Index (MII): A Tool to Assess Estuarine Intertidal Mudflat Environments
for the Purpose of Foraminiferal Biomonitoring

Since most estuaries become wider in seaward direction, this ratio will have the tendency to decrease
from the inner to the outer parts of the estuary, although bottlenecks may lead to non-linear changes in RRO.

4.4. Distance from the main estuarine channel

There is a large difference between estuaries with limited width and narrow tidal flats, and estuaries
with large tidal mudflats, sometimes with entire embayments emerging at low tide. In both cases, the main
part of the in- and outflowing water volume is passing through an often narrow main channel, where the
hydrodynamic energy is maximal. Hydrodynamic energy will decrease with increasing distance from the
main channel. Consequently, tidal and fluviatile currents are stronger in the upper parts of narrow mudflats,
close to the main channel, than in the upper parts of very wide mudflats, which will only be attained at high
tide. Hydrodynamic energy is probably also a major factor for the transport of tests and propagules of
foraminifera and may therefore be an important vector for the (re)colonisation of estuarine habitats.
It appears that the decrease of hydrodynamic energy with increasing distance from the main channel is
at least partly represented by the altitude/emergence time factor ET. In fact, the width of the estuary is also
taken into account in the relative river outflow factor RRO, since it is the main parameter determining the
surface area at the sampling sites. The RRO factor should therefore also be indicative at least of the
hydrodynamic energy due to outflowing river water, which will be higher in estuaries with a high RD/CS
ratio, in which large volume of river water flow out through a comparatively narrow estuary. We think
therefore that it is not necessary to add a specific term for this factor to our index of marine influence.

5. Defining the Marine Influence Index (MII) for estuarine intertidal mudflats
The first three components discussed above together determine the level of marine influence in
intertidal estuarine mudflats, that is consider as the main controlling factor of the foraminiferal faunas living
there. They can be assembled into a Marine Influence Index (MII) in the following way:

𝑋 𝑅𝐷
𝑀𝐼𝐼 = 𝛼 (1 − ) ∗ 𝛽(1 − 𝐸𝑇) ∗ 𝛾(1 − √0.04 ∗ ) (3)
𝑆 𝐶𝑆
where:
X = real distance from the sampling site to the mouth of the estuary, following the main estuarine
channel. X is measured between the mouth of the estuary and a line starting from the sampling site,
perpendicular to the channel axis.
S = distance of the natural salt intrusion into the estuary; the observed value when no obstacle is
present, a theoretical value based on the thalweg topography when a manmade obstacle is present.
ET = emergence time, expressed as a fraction of a tidal cycle, calculated for mean spring tide conditions
(in France: tidal coefficient 90).
RD = river discharge in the 30 days before sampling (in [Link]-1).
CS = surface area of the estuarine cross section at high tide (in m 2).
Details about the calculation of S, ET and RD/CS are given in the supplementary material.
The equation is written in such a way that in case marine influence is total, all three individual
parameters, as well as MII, are 1. The terms α, β and γ are constants, translating the respective weight of
each of the three factors. The values of these constants have to be determined in future, on the basis of a
comparison of faunal and environmental parameters in a wide range of estuarine mudflats.
In this equation, both (1 - X/S) and (1 – ET) are defined as normalised, dimensionless ratios, varying
from 1.0, equivalent to maximum marine influence, to 0.0, no marine influence. This is not the case for the
RD/CS ratio. We decided to normalise this factor by comparing its values to the one obtained in the Loire
river estuary at Cordemais, 28 km from the mouth of the estuary. This site coincides with the administrative
limit between the marine and fluvial domain, determined by the limit between mesohaline (5-18 PSU) and
oligohaline (0.5-5 PSU) realms. The farthest point to which salty water can intrude is located at 60 km from
the mouth of the estuary, slightly upstream of the town of Nantes.
The Loire river was chosen as a reference riverine system because it is the longest river in France (1013
km long), draining a catchment basin of 118,000 km2, and evolves in the same climate regime as the studied
estuaries on the Atlantic margin. Despite the fact that the tidal range at the entrance is 5.4 m (at spring tide)

231
Annexe 1: The Marine Influence Index (MII): A Tool to Assess Estuarine Intertidal Mudflat Environments
for the Purpose of Foraminiferal Biomonitoring

and the tidehead (the farthest point upstream where a river is affected by tidal fluctuations) is located 97 km
from the mouth, the estuary of the Loire river is the one with the strongest river influence along the French
Atlantic Coast. The Loire estuary is affected by a mean annual freshwater discharge of 854 [Link]-1, varying
from 10-year floods of 5200 [Link]-1 to summer low water flows of 140 [Link]-1. Consequently, the freshwater
residence time varies from 3 to 30 days [69]. At the Cordemais site, the fluvial estuary is about 750 m wide,
with a cross section of about 3400 m2. This means that, when considering the mean annual discharge, RD/CS
is 25 [Link]-1.
For all other estuaries on the French Atlantic margin, that have a lower freshwater input than the Loire
estuary, a normalised RRO (Relative river outflow) value, varying between 0.0 and 1.0, is calculated. First ,
the RD/CS value is divided by 25 (the reference value calculated for the Loire at the Cordemais site). In this
way, all sites in all estuaries can be compared on the basis of a normalised RRO value. Finally, to give more
weight to differences at the lower part of the 0.0 to 1.0 scale, we use the square root of the normalised RRO
value for the MII calculation. In the remaining part of this paper, we will apply this Marine Influence Index
on the Auray and Vie estuaries, for which we also dispose of foraminiferal records. We want to investigate
how the MII differs 1) between estuaries with different characteristics, 2) between different parts of the
estuaries, and 3) between different periods, with ample, or almost no river runoff.

6. Applying the Marine Influence Index (MII) to the Auray and Vie intertidal estuarine mudflats
In order to show how this Marine Influence Index describes spatial and temporal differences between
and within different estuaries, we will apply the concept on two contrasting French estuaries on the Atlantic
coast. In the companion paper of Fouet et al. [29], it is investigated whether the MII can be used to explain
the faunal variability observed in these estuaries.

6.1. Auray estuary

The Auray estuary (Figure 2a) is a ria, a drowned river valley with a surface area of about 12 km2. It is
part of the much larger Morbihan Gulf, a marine bay, and is a tide-dominated estuary. The entrance of the
estuary is 950 m wide. Two small rivers flow out into the estuary, the Loc’h, with a mean annual discharge
volume of 2.72 m3/sec, and the Bono, with a mean annual discharge volume of 1.52 m3/sec. Together, these
two rivers drain a 60 km long catchment area of 324 km 2. Total fresh water residence time is estimated at
about 2 months, underlining the fact that the estuary experiences a strong marine influence. The estuary has
a meso- to macrotidal regime, with a tidal range of 4 m at the mouth during mean spring tides. The salt
wedge intrudes until 20 km from the mouth of the estuary. During the 2019 survey in the context of the
European Framework Directive, the chemical properties of Auray estuary were evaluated as good, whereas
the ecological state was evaluated as average [70]. The latter judgement was based on an indicator using
fishes. Another indicator, based on macroalgae, indicated a good environmental quality. These results
suggest that, in spite of an apparently strong anthropogenic pressure (oyster culture, recreational
navigation), the living biota, including the foraminiferal community, are not subjected to severe stress of
anthropogenic origin.

232
Annexe 1: The Marine Influence Index (MII): A Tool to Assess Estuarine Intertidal Mudflat Environments
for the Purpose of Foraminiferal Biomonitoring

Figure 2. Schematic maps of the Auray and Vie estuaries on the French Atlantic coast with location of the sampling sites.
Urbanised areas are indicated with a light grey shading.

In the Auray estuary, at seven sites, for a total of 15 stations, foraminiferal faunas were sampled from 10
to 12 July 2019 (Figure 2). The main characteristics of these sites are listed in Table 1. When several sampling
stations were selected at different altitudes at a same site, the station at the highest elevation systematically
has the suffix A, whereas stations B and C are positioned at progressively lower altitude.

Table 1. Environmental characteristics of the 15 sampling stations at 7 sites on intertidal mudflats in the Auray estuary.
Altitudes refer to the French chart datum. The general methodology of the calculation of MII is explained in section 5; a
more detailed explanation of the individual components is given as supplementary material.

The seven sampling stations are positioned between 2.8 (station 1) and 15.0 km (station 8) from the inlet
of the Morbihan Gulf, at the Pointe de Kerpenhir. Since the salt wedge is observed until the Moulin de
Tréauray, 19.8 km from the mouth of the estuary, the normalised distance from the mouth (1-X/S; column 2
in Table 1) varies from 0.86 (station 1, outer estuary) to 0.24 (station 8, inner estuary). Samples were taken
between 1.29 and 4.5 m above French chart datum and consequently, the percentage of emergence (ET)
varies from 17.8% (station 5B) to 88.6% (the highest station 2A), corresponding to normalised emergence
times (1-ET) of 0.82 and 0.11, respectively.
The RRO values were calculated (see supplementary material for methodology) based on the river
discharge volume recorded between 10 June and 9 July 2019, the 30 days before taking the foraminiferal
samples (which are studied by Fouet et al., [29]). During this period, the discharge of the Loc’h river
gradually decreased from 3.92 m3/sec on 12 June 2019 to 0.55 m3/sec on 9 July 2019, with an average value of
1.50 m3/sec. This value is about 55% of the yearly average of 2.72 m 3/sec. For the Bono river (average yearly

233
Annexe 1: The Marine Influence Index (MII): A Tool to Assess Estuarine Intertidal Mudflat Environments
for the Purpose of Foraminiferal Biomonitoring

discharge 1.52 m3/sec), no monthly data are available, but the yearly trend should be very similar, so that we
decided to estimate the discharge during the 30 days before sampling at 0.84 m 3/sec, using the same ratio as
observed in the Loc’h river between the yearly average and the study period.
The obtained normalised RRO (Relative River Outflow) values vary from 0.85 (the most inland site 8) to
0.97 (site 1, closest to the mouth), showing that, compared to the Loire estuary, which serves as a standard
(see paragraph 5), riverine influence is very weak in the Auray estuary.
In Table 1, the constants α, β and γ of the MII index (equation 3) are all set to 1, to give an equal weight
to the three parameters (X/S, ET and RD/CS). The values of these constants have to be determined at a later
stage by comparison with faunal patterns (considered as “natural”) in a wide range of estuaries. In figure 3,
the MII values, which vary from 0.67 (station 1B) to 0.13 (station 8A), have been plotted in a 3D diagram. The
obtained isolines of MII connect points which should experience a similar degree of marine influence and
should therefore host comparable faunas.

Figure 3. Overview of sampling sites in the Auray river estuary with values of the MII index, based on runoff data
between 10 June and 9 July 2019. Altitudes refer to the French chart datum. See text for further explanation. Horizontal
and vertical axes correspond to the distance to the sea and the elevation of the sampling stations, respectively. Tidal
reference levels are indicated on the Y axis; MHWS: Mean high water springs; MLWS: Mean low water neaps.

6.2. Vie estuary

The Vie estuary (Figure 2B) is a typical lowland estuary. The Vie estuary receives fresh water from the
Vie river, that is 63.5 km long, has a surface area of 0.95 km 2 and drains a catchment area of 84 km2. The
entrance of the estuary is about 200 m wide. Today, the salt wedge penetrates the estuary until a dam with a
sluice at 8 km from the entrance. However, a detailed observation of topographical maps suggests that
before the construction of this dam, salt water penetrated the estuary until about 16.8 km inland. In fact, the
estuary shows a meandering pattern through the low coastal plain, with a nearly horizontal thalweg from
the entrance of the estuary to the village of St. Maixent-sur-Vie, where it starts to rise abruptly. In our
calculations of the normalised distance to the sea, we have used this putative value of 16.8 km.
The Vie river has a mean annual discharge volume of 1.18 m 3/sec. Total fresh water residence time is
estimated at about one week, showing that the Vie estuary is strongly river-dominated. The estuary has a
meso- to macrotidal regime, with a tidal range of about 4 m at the mouth. During the 2019 survey in the
context of the European Framework Directive, the biological status was evaluated as good, whereas the
chemical status was not investigated [70].
Since our chemical analyses only show minor enrichment of Cu in some small harbors, and no
enrichment of other toxic metals (Fouet et al., [29]), we conclude that also the Vie estuary is not affected by
severe anthropogenic stress. This contrasts with the strong urbanisation and intensive recreational pressure
in the lower part of the estuary (Figure 2B).
In the Vie estuary, 9 sites with a total of 13 sampling stations were selected for our study of the
foraminiferal community (Figure 2B, Table 2), and were sampled from 23 and 24 October 2018. The main
characteristics of the sampling stations are listed in table 2. The 13 sampling stations are positioned between

234
Annexe 1: The Marine Influence Index (MII): A Tool to Assess Estuarine Intertidal Mudflat Environments
for the Purpose of Foraminiferal Biomonitoring

0.4 (station 2) and 7.7 km (station 10) from the mouth of the estuary. The normalised distance from the
mouth (1-X/S) varies from 0.97 (station 2) to 0.53 (station 8). Samples were taken between 1.15 and 4.86 m
above French chart datum and consequently, the percentage of emergence (ET) varies from 7.6 % (station 8B)
to 77.9% (the highest station 10A), corresponding to normalised emergence times (1-ET) of 0.92 and 0.22,
respectively.

Table 2. Environmental characteristics of the 13 sampling stations at 9 sites on intertidal mudflats in the Vie estuary.
Altitudes refer to the French chart datum. The general methodology of the calculation of MII is explained in section 5; a
more detailed explanation of the individual components is given as supplementary material.

The RD/CS values were calculated on the basis of river discharge volume during the 30 days before
taking of foraminiferal samples, from 23 September to 22 October 2018. During this period, discharge varied
between 0.001 to 0.002 m3/sec for 23 September to 7 October 2018, and a maximum of 0.089 m 3/sec measured
on 21 October 2018. The average discharge during these 30 days was only 0.021 m 3/sec, which is
exceptionally low for this period (Figure 4). The obtained normalised RRO values vary from 0.98 (site 1) to
0.95 (the inner estuary site 10).

Figure 4. Average monthly discharge volumes for the Loc’h and Vie rivers (average of 49 years of observation). Source:
[Link]

235
Annexe 1: The Marine Influence Index (MII): A Tool to Assess Estuarine Intertidal Mudflat Environments
for the Purpose of Foraminiferal Biomonitoring

To calculate MII values, the scaling constants α, β and γ were all set to 1.0, so that the three parameters
constituting the MII have been given equal weight. In figure 5, the MII values, which vary from 0.72 (station
6) to 0.11 (station 10A), have been plotted in a 3D diagram. The obtained isolines of MII connect points
experiencing a similar degree of marine influence, which should potentially host comparable faunas.

Figure 5. Overview of sampling sites in the Vie estuary with values of the MII index, based on runoff data
between 10 June and 9 July 2019. See text for further explanation. Horizontal and vertical axes correspond to the
distance to the sea and the elevation of the sampling stations, respectively. Tidal reference levels are indicated on
the Y axis; MHWS: Mean high water springs; MLWS: Mean low water neaps.

6.3. Comparison of the two estuaries, impact of seasonal variation of river discharge
When we compare the MII values for the Auray and Vie estuaries, it can be noticed first that the range
of index values is very comparable, from 0.67 to 0.13 for the Auray estuary, compared to 0.72 to 0.11 for the
Vie estuary. Nevertheless, the values for the position of the sampling point on the salinity gradient are
higher in the Auray estuary. This is due to the fact that we did not sample landward of the dam at 8 km from
the mouth, that artificially blocks the salt water influence upstream. In both estuaries, riverine influence was
minimal in the 30 days before sampling, as is expressed by the very low RD/CS values that vary from 0.03 to
0.54 in the Auray estuary and from 0.01 to 0.06 in the Vie estuary. These values are very small compared to
the (year-averaged) value of 25.0 calculated for the Loire estuary at Cordemais. They show that in both
estuaries, river discharge was very low in the 30 days before sampling, 2.34 and 0.02 m 3/sec for the Auray
and Vie estuaries, respectively.
To better show the influence of river discharge on the MII, we calculated for all sites of both estuaries
the MII values on the basis of the year-averaged runoff volumes, of 4.29 and 1.19 m3/sec for the Auray and
Vie estuaries, respectively (Tables 3 and 4).

236
Annexe 1: The Marine Influence Index (MII): A Tool to Assess Estuarine Intertidal Mudflat Environments
for the Purpose of Foraminiferal Biomonitoring

Table 3. Auray estuary; MII calculated for observed river charge in June-July 2019 and for average river
discharge.

Table 4. Vie estuary; MII calculated for observed river charge in June-July 2019 and for average river
discharge.

For the Auray estuary, the MII values change only marginally, but in the Vie estuary, the MII becomes much
lower, with values below 0.5 in the whole inner part of the estuary. These values, calculated for year-
averaged runoff volumes, show very well the large difference between the two estuaries. The Auray estuary
is a ria, widely open into the marine Morbihan Gulf, and therefore more tide dominated than the Vie
estuary, that has a narrow meandering course, and is a strongly river-influenced estuary. Of course, in the
Vie estuary, river-influence is much less prominent in dry periods with minimal runoff volumes, which
existed during the 30 days before our sampling in October 2018. In case we would have used maximal
average river discharge values (3.12 m3/sec, average value for January, based on a 49-year record), MII
values would be below 0.5 in the whole estuary, with the exception of sites 3 and 4, close to the mouth. This
suggests that in winter, conditions in a large part of the Vie estuary are unfavourable for foraminifera.

237
Annexe 1: The Marine Influence Index (MII): A Tool to Assess Estuarine Intertidal Mudflat Environments
for the Purpose of Foraminiferal Biomonitoring

7. Discussion and Conclusion

In this paper, we have investigated the dominant factors determining the natural distribution of
foraminifera in intertidal estuarine mudflats. Next, we have attempted to assemble these factors in a single
index of marine influence (MII), which ideally should give an overall characterisation of the natural
conditions of intertidal estuarine sites. The aim of this MII is to make it possible to compare different sites in
the same estuary, and/or to compare site in different estuaries.
Three environmental parameters have been selected to calculate the MII, because we hypothesize that
they provide the best description of the environmental context in which the foraminiferal community
develops:
1. The relative position of the sampling point on the gradient between fully marine water and fresh
water,
2. The relative emergence time of the sampling point at mean spring tide conditions, expressed a
percentage of the total length of a tidal cycle. This parameter is closely related to the absolute
altitude (with respect to the level of the lowest astronomical tide) of the sampling point,
3. The relative importance of freshwater outflow, which is determined by dividing the average
discharge volume in the 30 days before sampling by the cross-section area of the estuary at each
sampling point.
All three parameters are clearly related to salinity, which is generally thought to be the dominant factor
controlling estuarine faunas, but implicitly also include other controlling factors, such as the introduction of
marine and continental organic matter and biota, temperature and hydrodynamic energy In view of their
short life cycles (estimated between 6 months to 2 years, [51]), and their high reactivity to environmental
changes, a time lag of about 2 to 4 weeks between the environmental conditions and the foraminiferal
response seems appropriate. For this reason, we calculate the average river discharge for the 30 days
preceding the sampling of the foraminiferal faunas.
For the moment, we did not give different weights to each of the three theoretical factors constituting
our MII. To be able to attribute such a relative weight, we added the constants α, β and γ in equation (3), but
for the time being, these were set at one, giving equal weight to the three variables. The absolute values of α,
β and γ will be determined in future, on the basis of a large-scale comparison of MII and the characteristics
of the foraminiferal communities, in a large number of estuaries in different seasons. A multivariate analysis
should make it possible to quantify the respective contribution of the three main components of MII to the
multivariate model, and thereby, to determine the values of the weighing constants.
To investigate whether this marine influence index (MII) correctly describes the distribution of
foraminiferal faunas in intertidal estuarine mudflats, a comparison with faunal data is necessary. A first
attempt is made in the companion paper of Fouet et al. (this volume) [29]. However, in this paper only a part
of the large range of environmental variability is treated, especially with respect to river outflow, which was
minimal at the time of sampling. In order to appreciate the efficiency of the MII as an overall descriptor of
foraminiferal habitats in intertidal estuarine mudflats, a more exhaustive comparison with field studies is
necessary. Such a more important study should ultimately also allow us to determine the values of the three
constants.
The aim of the MII is to serve as a tool to predict the composition of foraminiferal assemblages in
intertidal estuarine mudflats, in particular the relative frequencies (at different sites) of marine, estuarine and
freshwater species, and of stress-tolerant taxa. It should be kept in mind that the MII presented here has been
developed to quantify the complex environmental parameter “marine influence”, that appears to be main
responsible for the natural environmental stress characterising intertidal estuarine mudflats to which the
foraminiferal community is exposed. It is evident that other factors than “marine influence” may affect
foraminiferal communities as well. These may be physical/chemical (e.g., temperature, oxygen
concentration, substrate grain size) or biological factors (predation, competition). However, most of these
additional factors are in some way related to the distance to the sea and the emergence time as well, so that
they are already partly included in the MII. The MII is therefore expected to explain a large part of, but not
all of the characteristics of the foraminiferal community in natural conditions.
A comparison between the observed faunal characteristics and those expected on the basis of the MII
should make it possible to detect sites at which the faunas are strongly impacted by anthropogenic pollution.

238
Annexe 1: The Marine Influence Index (MII): A Tool to Assess Estuarine Intertidal Mudflat Environments
for the Purpose of Foraminiferal Biomonitoring

At such sites, the faunal composition should show major differences with the composition expected on the
base of the MII, that can not be explained by other natural factors.
Summarising, the Marine Influence Index (MII) that is proposed here, is meant to be a first step in the
development of a foraminiferal index of environmental quality, specific for estuarine intertidal mudflats. A
phase of calibration of the index, by comparison with faunal data sets is now necessary, to investigate
whether MII can indeed provide a reliable description of the complex of environmental parameters
controlling the characteristics of the foraminiferal community in such environments.

Author Contributions: Conceptualization, F.J.; writing, F.J., M.F, D.S and H.H. Visualisation: D.S., supervision and
project administration, F.J.
Funding: This research was funded by the OFB (Office français de la biodiversité) and the University of Angers, grant
number 3976-CT_RD_AMI_18_SURV_FORESTAT.
Acknowledgments: We are very grateful for the numerous discussions with colleagues that allowed us to develop the
ideas presented in this paper.
Conflicts of Interest: The authors declare no conflict of interest. The funders played no role in the design of the study, in
the writing of the manuscript, or in the decision to publish the results.
Supplementary Materials: The following supporting information can be downloaded at:
[Link] Table S1: Tidal reference levels for St. Gilles Croix de Vie (Vie
estuary) and four sites in the Auray estuary: Port Navalo (mouth of the estuary), Locmariaquer (2.8 km from the mouth),
Fort-Espagnol (8.0 km from the mouth) and Auray (15.0 km from the mouth). Table S2: RD/CS and RRO (relative river
outflow) calculated for four sites in the Loire estuary, using an average yearly discharge volume (RD) of 854 m3/s. Table
S3: RD/CS and RRO (relative river outflow) calculated for four sites in the Loire estuary, using the discharge volume
(RD) of 193 m3/s, the average value measured during low water conditions in October 2019. Table S4: Comparison of
MII, Altitude, Distance to the sea, Normalised distance to the sea and Salinity, for the Auray and Vie estuaries. Figure S1:
Schematic representation of the duration of emergence at a sampling point (arbitrary chosen at 2.6 m altitude) during a
mean spring tide cycle, for the site Auray in the upper Auray estuary. In this example, the duration of emergence is 6 h
14′30′′, whereas the tidal cycle takes 12 h 19′. The corresponding reference emergence time will be 50%. Figure S2: Map of
the Loire estuary with the position of the four localities used here. Figure S3: Relation between measured salinity and
distance to the sea for the Auray estuary (in blue, July 2019) and Vie estuary (in orange, June 2020). Figure S4: Relation
between measured salinity and normalised distance to the sea for the Auray estuary (in blue, July 2019) and Vie estuary
(in orange, June 2020). Figure S5: Bottom water salinity (in the main estuarine channel) in Bono (black line) and
Locmariaquer (grey line) between March 2006 and March 2008. After Diz et al. [48].

References
1. United Nations Factsheet: People and Oceans.; United Nations New York, NY, 2017; pp. 7,
[Link]
2. Needham, H.F.; Keim, B.D.; Sathiaraj, D. A Review of Tropical Cyclone-Generated Storm Surges: Global
Data Sources, Observations, and Impacts: A Review of Tropical Storm Surges. Rev. Geophys. 2015, 53, 545–
591, doi:10.1002/2014RG000477.
3. European Environment Agency. Ecological Status of Surface Water Bodies — European Environment
Agency Available online: [Link]
water-assessment/water-assessments/ecological-status-of-surface-water-bodies (accessed on 23 September
2021).
4. Pearson, T.H.; Rosenberg, R. Macrobenthic Succession in Relation to Organic Enrichment and Pollution of
the Marine Environment. Oceanogr. Mar. Biol. Ann. Rev 1978, 16, 229–311.
5. Muxika, I.; Borja, Á.; Bald, J. Using Historical Data, Expert Judgement and Multivariate Analysis in
Assessing Reference Conditions and Benthic Ecological Status, According to the European Water
Framework Directive. Marine Pollution Bulletin 2007, 55, 16–29, doi:10.1016/[Link].2006.05.025.
6. Martínez-Crego, B.; Alcoverro, T.; Romero, J. Biotic Indices for Assessing the Status of Coastal Waters: A
Review of Strengths and Weaknesses. Journal of Environmental Monitoring 2010, 12, 1013–1028,
doi:10.1039/B920937A.
7. Cao, Y.; Bark, A.W.; Williams, W.P. Measuring the Responses of Macroinvertebrate Communities to Water
Pollution: A Comparison of Multivariate Approaches, Biotic and Diversity Indices. Hydrobiologia 1996,
341, 1–19, doi:10.1007/BF00012298.

239
Annexe 1: The Marine Influence Index (MII): A Tool to Assess Estuarine Intertidal Mudflat Environments
for the Purpose of Foraminiferal Biomonitoring

8. Schönfeld, J.; Alve, E.; Geslin, E.; Jorissen, F.; Korsun, S.; Spezzaferri, S. The FOBIMO (FOraminiferal BIo-
MOnitoring) Initiative—Towards a Standardised Protocol for Soft-Bottom Benthic Foraminiferal
Monitoring Studies. Marine Micropaleontology 2012, 94–95, 1–13, doi:10.1016/[Link].2012.06.001.
9. Borja, A.; Franco, J.; Pérez, V. A Marine Biotic Index to Establish the Ecological Quality of Soft-Bottom
Benthos Within European Estuarine and Coastal Environments. Marine Pollution Bulletin 2000, 40, 1100–
1114, doi:10.1016/S0025-326X(00)00061-8.
10. Alve, E.; Korsun, S.; Schönfeld, J.; Dijkstra, N.; Golikova, E.; Hess, S.; Husum, K.; Panieri, G. Foram-AMBI:
A Sensitivity Index Based on Benthic Foraminiferal Faunas from North-East Atlantic and Arctic Fjords,
Continental Shelves and Slopes. Marine Micropaleontology 2016, 122, 1–12,
doi:10.1016/[Link].2015.11.001.
11. Jorissen, F.; Nardelli, M.P.; Almogi-Labin, A.; Barras, C.; Bergamin, L.; Bicchi, E.; El Kateb, A.; Ferraro, L.;
McGann, M.; Morigi, C.; et al. Developing Foram-AMBI for Biomonitoring in the Mediterranean: Species
Assignments to Ecological Categories. Marine Micropaleontology 2018, 140, 33–45,
doi:10.1016/[Link].2017.12.006.
12. Bouchet, V.M.P.; Telford, R.J.; Rygg, B.; Oug, E.; Alve, E. Can Benthic Foraminifera Serve as Proxies for
Changes in Benthic Macrofaunal Community Structure? Implications for the Definition of Reference
Conditions. Marine Environmental Research 2018, 137, 24–36, doi:10.1016/[Link].2018.02.023.
13. Grall, J.; Glémarec, M. Using Biotic Indices to Estimate Macrobenthic Community Perturbations in the Bay
of Brest. Estuarine, Coastal and Shelf Science 1997, 44, 43–53, doi:10.1016/S0272-7714(97)80006-6.
14. Muxika, I.; Borja, Á.; Bonne, W. The Suitability of the Marine Biotic Index (AMBI) to New Impact Sources
along European Coasts. Ecological Indicators 2005, 5, 19–31, doi:10.1016/[Link].2004.08.004.
15. Borja, A.; Muxika, I.; Rodríguez, J.G. Paradigmatic Responses of Marine Benthic Communities to Different
Anthropogenic Pressures, Using M-AMBI, within the European Water Framework Directive. Marine
Ecology 2009, 30, 214–227, doi:10.1111/j.1439-0485.2008.00272.x.
16. Bao, R.; McIntyre, C.; Zhao, M.; Zhu, C.; Kao, S.-J.; Eglinton, T.I. Widespread Dispersal and Aging of
Organic Carbon in Shallow Marginal Seas. Geology 2016, 44, 791–794, doi:10.1130/G37948.1.
17. Tyson, R.V. Sedimentation Rate, Dilution, Preservation and Total Organic Carbon: Some Results of a
Modelling Study. Organic Geochemistry 2001, 32, 333–339, doi:10.1016/S0146-6380(00)00161-3.
18. Council of the European Communities Directive 2000/60/EC of the European Parliament and of the Council
of 23 October 2000 Establishing a Framework for Community Action in the Field of Water Policy. Official
Journal of the European Communities 2000, 327, 1–72.
19. Alve, E.; Lepland, A.; Magnusson, J.; Backer-Owe, K. Monitoring Strategies for Re-Establishment of
Ecological Reference Conditions: Possibilities and Limitations. Marine pollution bulletin 2009, 59, 297–310,
doi:10.1016/[Link].2009.08.011.
20. Dolven, J.K.; Alve, E.; Rygg, B.; Magnusson, J. Defining Past Ecological Status and in Situ Reference
Conditions Using Benthic Foraminifera: A Case Study from the Oslofjord, Norway. Ecological Indicators
2013, 29, 219–233, doi:10.1016/[Link].2012.12.031.
21. Polovodova Asteman, I.; Hanslik, D.; Nordberg, K. An Almost Completed Pollution-Recovery Cycle
Reflected by Sediment Geochemistry and Benthic Foraminiferal Assemblages in a Swedish–Norwegian
Skagerrak Fjord. Marine pollution bulletin 2015, 95, doi:10.1016/[Link].2015.04.031.
22. Murray, J.W. Ecology and Palaeoecology of Benthic Foraminifera; Routledge, 1991; ISBN 978-1-317-89987-7.
23. Jorissen, F.; Wittling, I. Ecological Evidence from Live–Dead Comparisons of Benthic Foraminiferal Faunas
off Cape Blanc (Northwest Africa). Palaeogeography Palaeoclimatology Palaeoecology 1999, 149, 151–170,
doi:10.1016/S0031-0182(98)00198-9.
24. Hess, S.; Alve, E.; Andersen, T.; Joranger, T. Defining Ecological Reference Conditions in Naturally Stressed
Environments – How Difficult Is It? Marine Environmental Research 2020, 156, 104885,
doi:10.1016/[Link].2020.104885.
25. Dauvin, J.-C. Paradox of Estuarine Quality: Benthic Indicators and Indices, Consensus or Debate for the
Future. Marine Pollution Bulletin 2007, 55, 271–281, doi:10.1016/[Link].2006.08.017.
(i) 26. Elliott, M.; Quintino, V. The Estuarine Quality Paradox, Environmental Homeostasis and the Difficulty
of Detecting Anthropogenic Stress in Naturally Stressed Areas. Marine Pollution Bulletin 2007, 54, 640–645,
doi:10.1016/[Link].2007.02.003.
27. Day, J.W.; Kemp, W.M.; Yáñez-Arancibia, A.; Crump, B.C. Estuarine Ecology; John Wiley & Sons, 2012; ISBN
978-1-118-39191-4.
28. Blanchet, H.; Gouillieux, B.; Alizier, S.; Amouroux, J.-M.; Bachelet, G.; Barillé, A.-L.; Dauvin, J.-C.; de
Montaudouin, X.; Derolez, V.; Desroy, N.; et al. Multiscale Patterns in the Diversity and Organization of
Benthic Intertidal Fauna among French Atlantic Estuaries. Journal of Sea Research 2014, 90, 95–110,
doi:10.1016/[Link].2014.02.014.

240
Annexe 1: The Marine Influence Index (MII): A Tool to Assess Estuarine Intertidal Mudflat Environments
for the Purpose of Foraminiferal Biomonitoring

29. Fouet, M.; Singer, D.; Schweizer, M.; Tcherkez, G.; Coynel, A.; Mouret, A.; Héliot, S.; Howa, H.; Jorissen,
F.J. Foraminiferal Distribution in Estuarine Intertidal Mudflats of the French Atlantic Margin: Testing the
Marine Influence Index. Water submitted this volume.
30. Hume, T.M.; Snelder, T.; Weatherhead, M.; Liefting, R. A Controlling Factor Approach to Estuary
Classification. Ocean & Coastal Management 2007, 50, 905–929, doi:10.1016/[Link].2007.05.009.
31. Galván, C.; Juanes, J.A.; Puente, A. Ecological Classification of European Transitional Waters in the North-
East Atlantic Eco-Region. Estuarine, Coastal and Shelf Science 2010, 87, 442–450,
doi:10.1016/[Link].2010.01.026.
32. Schelske, C.L.; Odum, E.P. Mechanisms Maintaining High Productivity in Georgia Estuaries. Proc Gulf
Caribb Fish Inst 1962, 14, 75–80.
33. Elliott, M.; Whitfield, A.K. Challenging Paradigms in Estuarine Ecology and Management. Estuarine,
Coastal and Shelf Science 2011, 94, 306–314, doi:10.1016/[Link].2011.06.016.
34. McLusky, D.S.; Elliott, M. The Estuarine Ecosystem: Ecology, Threats and Management; OUP Oxford, 2004;
ISBN 978-0-19-154623-5.
35. Remane, A. Die Brackwasserfauna. Verhandlungen Der Deutschen Zoologischen Gesellschaft 1934, 36, 34–
74.
36. Whitfield, A.K.; Elliott, M.; Basset, A.; Blaber, S.J.M.; West, R.J. Paradigms in Estuarine Ecology – A Review
of the Remane Diagram with a Suggested Revised Model for Estuaries. Estuarine, Coastal and Shelf Science
2012, 97, 78–90, doi:10.1016/[Link].2011.11.026.
37. Bulger, A.J.; Hayden, B.P.; Monaco, M.E.; Nelson, D.M.; McCormick-Ray, M.G. Biologically-Based
Estuarine Salinity Zones Derived from a Multivariate Analysis. Estuaries 1993, 16, 311–322,
doi:10.2307/1352504.
38. Moreno, J.; Fatela, F.; Andrade, C.; Cascalho, J.; Drago, T. Living Foraminiferal Assemblages from the
Minho and Coura Estuaries (Northern Portugal): A Stressful Enviroment. Thalassas: An international
journal of marine sciences, ISSN 0212-5919 2005, 21, 17–28.
39. Scott, D.B.; Medioli, F.S.; Schafer, C.T. Monitoring in Coastal Environments Using Foraminifera and
Thecamoebian Indicators; Cambridge University Press, 2007; ISBN 978-1-139-42920-7.
40. Castignetti, P. A Time-Series Study of Foraminiferal Assemblages of the Plym Estuary, South-West
England. Journal of the Marine Biological Association of the United Kingdom 1996, 76, 569–578,
doi:10.1017/S0025315400031283.
41. Attrill, M.J. A Testable Linear Model for Diversity Trends in Estuaries. Journal of Animal Ecology 2002, 71,
262–269, doi:[Link]
42. D’Ancona, U.; Faganelli, A.; Ranzoli, F. Il Trofismo Della Laguna Veneta e La Vivificazione Marina. SIL
Proceedings, 1922-2010 1950, 11, 88–99, doi:10.1080/03680770.1950.11895214.
43. Zaouali, J.; Baeten, S. Impact de l’eutrophisation Dans La Lagune de Tunis (Partie Nord) 2ème Partie:
Analyses Des Correspondances. Rapp. Comm. Int. Explor. Sci. Mer Médit. CIESM 1983, 327–332.
44. Guelorget, O.; Perthuisot, J.-P. Paralic Ecosystems. Vie et Milieux 1992, 215–251.
45. Debenay, J.-P. Can the Confinement Index (Calculated on the Basis of Foraminiferal Populations) Be Used
in the Study of Coastal Evolution during the Quaternary? Quaternary International 1995, 29–30, 89–93,
doi:10.1016/1040-6182(95)00001-Y.
46. Debenay, J.-P.; Luan, B.T. Foraminiferal Assemblages and the Confinement Index as Tools for Assessment
of Saline Intrusion and Human Impact in the Mekong Delta and Neighbouring Areas (Vietnam). Revue de
Micropaléontologie 2006, 49, 74–85, doi:10.1016/[Link].2006.01.002.
47. Debenay, J.-P. Recent Foraminiferal Assemblages and Their Distribution Relative to Environmental Stress
in the Paralic Environments of West Africa (Cape Timiris to Ebrie Lagoon). Journal of Foraminiferal
Research 1990, 20, 267–282, doi:10.2113/gsjfr.20.3.267.
48. Diz, P.; Jorissen, F.J.; Reichart, G.J.; Poulain, C.; Dehairs, F.; Leorri, E.; Paulet, Y.-M. Interpretation of
Benthic Foraminiferal Stable Isotopes in Subtidal Estuarine Environments. Biogeosciences 2009, 6, 7453–
7480, doi:10.5194/bgd-6-7453-2009.
49. Watanabe, K.; Kasai, A.; Antonio, E.S.; Suzuki, K.; Ueno, M.; Yamashita, Y. Influence of Salt-Wedge
Intrusion on Ecological Processes at Lower Trophic Levels in the Yura Estuary, Japan. Estuarine, Coastal
and Shelf Science 2014, 139, 67–77, doi:10.1016/[Link].2013.12.018.
50. Debenay, J.-P.; Guillou, J.-J.; Redois, F.; Geslin, E. Distribution Trends of Foraminiferal Assemblages in
Paralic Environments. In Environmental Micropaleontology: The Application of Microfossils to
Environmental Geology; Martin, R.E., Ed.; Topics in Geobiology; Springer US: Boston, MA, 2000; pp. 39–67
ISBN 978-1-4615-4167-7.
51. Murray, J.W. Ecology and Applications of Benthic Foraminifera; Cambridge University Press, 2006; ISBN
978-0-521-82839-0.

241
Annexe 1: The Marine Influence Index (MII): A Tool to Assess Estuarine Intertidal Mudflat Environments
for the Purpose of Foraminiferal Biomonitoring

52. Scott, D.B.; Schafer, C.T.; Medioli, F.S. Eastern Canadian Estuarine Foraminifera; a Framework for
Comparison. Journal of Foraminiferal Research 1980, 10, 205–234, doi:10.2113/gsjfr.10.3.205.
53. Gooday, A.J.; Jorissen, F.J. Benthic Foraminiferal Biogeography: Controls on Global Distribution Patterns in
Deep-Water Settings. Annu. Rev. Mar. Sci. 2012, 4, 237–262, doi:10.1146/annurev-marine-120709-142737.
54. De Rijk, S. Salinity Control on the Distribution of Salt Marsh Foraminifera (Great Marshes, Massachusetts).
Journal of Foraminiferal Research 1995, 25, 156–166, doi:10.2113/gsjfr.25.2.156.
55. Canuel, E.A.; Hardison, A.K. Sources, Ages, and Alteration of Organic Matter in Estuaries. Annu. Rev. Mar.
Sci. 2016, 8, 409–434, doi:10.1146/annurev-marine-122414-034058.
56. Scanes, P.; Ferguson, A.; Potts, J. Estuary Form and Function: Implications for Palaeoecological Studies. In
Applications of Paleoenvironmental Techniques in Estuarine Studies; Weckström, K., Saunders, K.M., Gell,
P.A., Skilbeck, C.G., Eds.; Developments in Paleoenvironmental Research; Springer Netherlands:
Dordrecht, 2017; Vol. 20, pp. 9–44 ISBN 978-94-024-0988-8.
57. Whitfield, A.; Elliott, M. Ecosystem and Biotic Classifications of Estuaries and Coasts. In Treatise on
Estuarine and Coastal Science; 2011; Vol. 1, pp. 99–124 ISBN 978-0-08-087885-0.
58. Office français de la biodiversité Découvrir Les Estuaires de La Façade Manche/Atlantique | Le Portail
Technique de l’OFB Available online: [Link] (accessed on 23 September
2021).
59. Cheverie, A.V.; Hamilton, D.J.; Coffin, M.R.S.; Barbeau, M.A. Effects of Shorebird Predation and Snail
Abundance on an Intertidal Mudflat Community. Journal of Sea Research 2014, 92, 102–114,
doi:10.1016/[Link].2014.03.011.
60. Culver, S.J.; Lipps, J.H. Predation on and by Foraminifera. In Predator—Prey Interactions in the Fossil
Record; Kelley, P.H., Kowalewski, M., Hansen, T.A., Eds.; Topics in Geobiology; Springer US: Boston, MA,
2003; pp. 7–32 ISBN 978-1-4615-0161-9.
61. Hickman, C.S.; Lipps, J.H. Foraminiferivory; Selective Ingestion of Foraminifera and Test Alterations
Produced by the Neogastropod Olivella. Journal of Foraminiferal Research 1983, 13, 108–114,
doi:10.2113/gsjfr.13.2.108.
62. Dronkers, J. Tidal Asymmetry and Estuarine Morphology. Netherlands Journal of Sea Research 1986, 20,
117–131, doi:10.1016/0077-7579(86)90036-0.
63. SHOM Horaires de Marées Gratuits Du SHOM Available online: [Link] (accessed on 23
September 2021).
64. Debenay, J.-P.; Bicchi, E.; Goubert, E.; Armynot du Châtelet, E. Spatio-Temporal Distribution of Benthic
Foraminifera in Relation to Estuarine Dynamics (Vie Estuary, Vendée, W France). Estuarine, Coastal and
Shelf Science 2006, 67, 181–197, doi:10.1016/[Link].2005.11.014.
65. Middelburg, J.J.; Herman, P.M.J. Organic Matter Processing in Tidal Estuaries. Marine Chemistry 2007, 106,
127–147, doi:10.1016/[Link].2006.02.007.
66. Hartnett, M.; Dabrowski, T.; Olbert, A.I. A New Formula to Calculate Residence Times of Tidal
Waterbodies. Proceedings of the Institution of Civil Engineers - Water Management 2011, 164, 243–256,
doi:10.1680/wama.2011.164.5.243.
67. Sanford, L.P.; Boicourt, W.C.; Rives, S.R. Model for Estimating Tidal Flushing of Small Embayments.
Journal of Waterway, Port, Coastal, and Ocean Engineering 1992, 118, 635–654, doi:10.1061/(ASCE)0733-
950X(1992)118:6(635).
68. Luketina, D. Simple Tidal Prism Models Revisited. Estuarine, Coastal and Shelf Science 1998, 46, 77–84,
doi:10.1006/ecss.1997.0235.
69. Guillaud, J.-F.; Aminot, A.; Delmas, D.; Gohin, F.; Lunven, M.; Labry, C.; Herbland, A. Seasonal Variation
of Riverine Nutrient Inputs in the Northern Bay of Biscay (France), and Patterns of Marine Phytoplankton
Response. Journal of Marine Systems 2008, 72, 309–319, doi:10.1016/[Link].2007.03.010.
70. Envlit Bassin Loire-Bretagne Available online: [Link]
bassin/Bassin-Loire-Bretagne (accessed on 23 September 2021).

242
Annexe 2: The estuarine quality paradox – eDNA metabarcoding provides a new vision of estuarine mudflat
diversity

Annexe 2: The estuarine quality paradox – eDNA metabarcoding provides a new vision of estuarine
mudflat diversity

Annexe 2

The estuarine quality paradox – eDNA

metabarcoding provides a new vision of
estuarine mudflat diversity
David Singer*1, Marie P. A. Fouet1, Magali Schweizer1, Aurélia Mouret1, Sophie Quinchard1, Frans J.
Jorissen1.

1
UMR CNRS 6112 LPG-BIAF, Laboratory of Planetology and Geosciences, Angers University and Nantes
Université, 2 Boulevard Lavoisier, 49045 Angers, France

* Correspondence author: [Link]@[Link]

243
Annexe 2: The estuarine quality paradox – eDNA metabarcoding provides a new vision of estuarine mudflat
diversity

The estuarine quality paradox – eDNA metabarcoding

provides a new vision of estuarine mudflat diversity
David Singer1*, Marie P.A. Fouet1, Magali Schweizer1, Aurélia Mouret1, Sophie Quinchard1, Frans J.
Jorissen1
1
UMR CNRS 6112 LPG-BIAF, Angers University, 2 Boulevard Lavoisier, CEDEX 01, 49045 Angers, France; *
*Corresponding author name: [Link]@[Link]

Keywords: Foraminifera, eDNA metabarcoding, mudflat, high-throughput sequencing

Abstract
Environmental biomonitoring is a prerequisite for efficient evaluation and remediation of ecosystem degradation due to
anthropogenic pressure or climate change. Estuaries are key habitats subject to multiple anthropogenic and natural
stressors at the crossroads of ocean and continent. Due to the multiple stressors, the detection of anthropogenic pressure
is challenging. The fact that in estuaries, abundant natural stressors often lead to negative quality assessments has been
coined the “estuarine quality paradox”. To solve this issue, the application of molecular approaches to successful
bioindicators like Foraminifera is promising. However, sampling protocols, molecular procedures and data analyses
remain to be validated before such tools can be routinely applied.

We conducted an environmental DNA survey of estuarine mudflats along the French Atlantic coast, using a
metabarcoding approach targeting foraminiferal clades. The dominant taxa were different in the six estuaries. Our
results further demonstrate that estuarine environments have only few active taxa dominating the community
composition and a large stock of dormant or propagule stages. This underlines the importance of the so called “rare
biosphere” in estuarine ecosystems. This diversity component constitutes an important species reservoir, with different
species developing in response to various combinations of multiple stressors. Only 43% of the variance was explained
by the physical and chemical parameters of the sediment and the climatic conditions. This suggests that other factors,
such as ecological drift play a key role. Environmental DNA biomonitoring opens new perspectives to resolve the
“estuarine quality paradox” by providing complementary information to the classical morphological approaches.

244
Annexe 2: The estuarine quality paradox – eDNA metabarcoding provides a new vision of estuarine mudflat
diversity

Introduction
Estuarine intertidal areas correspond to the ecotone where aquatic (oceans and rivers) and terrestrial ecosystems merge.
They represent highly productive ecosystems (1) that provide numerous ecological (2) and economical (3, 4) services.
Due to their unique properties, estuarine ecosystems are subject to both natural and anthropogenic environmental
pressure from continental (nutrient input, pollution, floods, etc.) as well as oceanic sources (tides, salinity, etc.). For
example, the tidal cycle will cause high variability of salinity and moisture content of different coastal habitats (5).
River flow (low water levels, floods, etc.) will influence salinity as well, but may also cause erosion of banks and
mudflats (5). To integrate these different parameters in a single index, we have recently developed and tested the
“Marine Influence Index” (MII) which aims to provide an integrated assessment of the natural environmental conditions
of estuarine sites (5, 6).

In view of the ecological and economical value of coastal areas, the European Commission adopted in October 2000 the
Water Framework Directive (WFD, 2000/60/EC). This directive commits the Member States of the European Union to
achieve good qualitative and quantitative status of all water bodies, including transitional and coastal waters. To achieve
the objectives of the WFD, it is crucial to develop new approaches and methods to monitor environmental quality. The
Foraminifera (Rhizaria, Eukaryotes) represent excellent model organisms to do so, as the species are known to respond
differently to various environmental parameters. For example, different species are sensitive to organic enrichment (7,
8), heavy metal pollution (9), or ocean acidification (10–12). Compared to macrofauna or fishes, on which many indices
are based, the advantage of foraminifera is their high potential species diversity and rapid response to environmental
changes (13). The production of propagules and resistance stages is a well known adaptative mechanism to protect the
organism against temporary adverse conditions. (14). Foraminifera have the ability to form inactive stages (i.e., dormant
adults or juveniles and propagules), allowing them to survive periods of adverse conditions and rapidly respond to
periods of favorable conditions (15). For example, propagules of sensitive species (e.g., porcelaneous taxa) appear to be
able to withstand short periods of low pH conditions and to “bloom” once the conditions are close to their optimum.
(16).

During the last decades, many studies have proposed foraminiferal biotic indices for open marine environments,
especially for the shelf area. On the one hand, several indices based on morphological observations were developed,
using different metrics such as alpha diversity (17) or an indicator species concept (18, 19). On the other hand, studies
based on environmental DNA (eDNA) have provided indices based on assignments to a reference database (20) or on
taxonomy free and machine learning (21). Nevertheless, these indices have their limits in estuarine environments. In
fact, large spatial and temporal variations in natural environmental parameters (salinity, temperature, moisture, organic
matter, and oxygen contents, etc.) as well as superimposed anthropogenic stressors impact the community composition.
Consequently, the alpha diversity found in estuaries is low in comparison with fully marine environments (22, 23).
Even in predominantly natural settings, species living in estuaries are highly adapted to extreme and highly variable
environmental conditions requiring opportunistic life strategies. This strongly biases the results of environmental
quality indices created in fully marine habitats, systematically leading to negative scores in estuaries (6). This apparent
contradiction (low environmental quality values in apparently natural ecosystems) is known as the “estuarine quality
paradox” (24, 25). Consequently, biomonitoring the environmental quality of estuarine ecosystems remains a major
challenge (25, 26).

245
Annexe 2: The estuarine quality paradox – eDNA metabarcoding provides a new vision of estuarine mudflat
diversity

Here, we present a survey of foraminiferal diversity in estuarine mudflats based on high throughput sequencing (HTS).
To assess the patterns and drivers of diversity, we used a metabarcoding approach using specific foraminiferal primers,
targeting the V9 region of the 18S rRNA gene. Our dataset consists of 25 sites from various mudflats from six estuaries
of the French Atlantic coast. At each site we have measured the major environmental parameters (sediment grain size,
trace metals and organic matter) and have retrieved climatic data (temperature and precipitation). As eDNA
metabarcoding allows the amplification of the whole diversity, including propagules and dormant stages (27), we
hypothesize that (1) the diversity recovered by HTS will be high, but (2) only a fraction of this diversity will be
represented by the active communities due to the potentially high density of inactive stages. In addition, as the estuaries
are placed at the crossroads of continental and marine ecosystems, we expect (3) that the diversity will strongly react to
both natural and anthropogenic environmental gradients.

Results
After removing non foraminiferal, low quality and chimeric reads, we obtained a dataset of 4,133,414 reads and a total
of 162 ASVs (Datasets S2). Half of the reads (53.1%) and about a quarter of the ASVs (22.6%) were assigned with
100% confidence to the reference database (Fig. S1). The analyses of the alpha diversity of each replicate showed that a
single replicate covers on average 63% of the total alpha diversity (Fig. S2). The number of ASVs in common between
two replicates was moderate, so that a substantial part of the diversity was only present in one replicate (Fig. S2).
Therefore, to reduce this sampling bias, further statistical analyses were carried out on combined replicates. The
rarefaction curves (Fig. S3) demonstrated that the sequencing depth per site was sufficient, and the ASVs accumulation
curve (Fig. S4) showed that the whole study adequately presented the total diversity of foraminifera. Each of the 162
ASVs was manually verified against our own reference database and on NCBI. All ASVs belonging to the same taxon
have been combined in a final table count (Datasets S3). This final table count consists of 99 taxa corresponding to 18
taxa affiliated to monothalamids, 14 to Globothalamea and two to Tubothalamea. Finally, 65 environmental clades were
affiliated to Foraminifera, but no better assignation could be provided (Fig. 2).
The proportion of the 65 environmental clades among the samples and estuaries was uneven with a higher number of
unassigned taxa in Auray estuary. The proportion of Rotaliida (Globothalamea) was low, except for some samples
where high numbers of reads of Ammonia and Haynesina could be observed (Auray ST02_A, Crac’h STO4_A,
STO5_A and Odet STO4_A). Most of the monothalamids were affiliated to the Saccaminidae, which were dominant in
most of the assemblages. A notable exception was the Laïta estuary where unclassified Allogromida and Vellaria
pellucida were dominant.

About 67.5% of the dominant taxa (that represent more than 1% of the total number of reads) were present in five or six
estuaries (Fig. S5). More than 80% of the taxa were present in at least four estuaries (Fig. S5). Finally, no dominant taxa
were present in only one estuary. However, the relative abundance of the number of reads of the dominant taxa was
highly variable among the studied estuaries (Fig. 3). A dominance of three to 12 specific taxa was typical for each of the
six estuaries (Fig. 3). The communities often showed a dominance of one or two monothalamid taxa that were different
in the various estuaries. For the Crac’h and Odet estuaries, the relative abundance of Globothalamea taxa was higher
(Fig. 2) in comparison with the other estuaries. Even if every dominant species had a favorite estuary, they were also
present in most of the other estuaries (Fig 3).

246
Annexe 2: The estuarine quality paradox – eDNA metabarcoding provides a new vision of estuarine mudflat
diversity

The NMDS analysis based on the dominant taxa (Fig. 4) showed that each estuary occupies a specific part of the
ordination space. Both the Auray and Crac’h and the Elorn and Aulne estuaries plot in the same part of the ordination
space. Conversely, the Odet and Laïta estuaries did not overlap with other estuaries. Although most of the taxa were in
the center of the ordination space, some had a stronger influence on the ordination of the samples and estuaries. This
was for instance the case for env_18, Elphidium margaritaceum, Haynesina depressula (Auray and Crac’h estuaries)
and two monothalamids (GenBank accession numbers KP984731 and EU213249). The RDA analysis (Fig. 5a) showed
that Foraminifera communities are significantly influenced by nine environmental variables (clay, Corg, distance to the
sea, river discharge, Pb, Sn, U, PDM, and isothermalithy, p<0.05). The first two axes explained 43.3% of the variance.
The variance partitioning showed that the sediment and physical properties explained 15.9% of the variance, whereas
the climatic data explained 8.2% (Fig. 5b). When both were combined, the percentage reached 17.2%. The residuals of
this analysis correspond to 58.7%.

Discussion
Sampling and dataset consistency

Since this is the first published attempt to study foraminiferal eDNA living in estuarine mudflats with specific markers,
our sampling strategy was not yet optimized for this purpose. At all sampling sites, two replicates of 5g sediment were
collected. After analyzing the dataset, we noticed that on average, one replicate represents only 63% of the total
sampling site diversity (Fig. S2). Nevertheless, the rarefaction and amplification curves clearly reach the “plateau” (Fig
S3, Fig. S4) indicating that the sequencing depth is sufficient to cover the total diversity of a single replicate. Several
explanations can be provided to explain this apparently contradictory observation: 1) The DNA extraction kit does not
allow perfect DNA extraction of the cells (i.e., bead beating steps could be unable to break properly organisms provided
with calcareous tests), 2) The quantity of sediment (i.e. 5g.) used as input may not cover the total diversity of the site
and finally 3) the sampled area (for one replicate) is potentially too small to have a complete picture of the diversity of
the site. However, to draw sound ecological conclusions, it is crucial to cover the total diversity. Therefore, more
methodological work is needed to define the most efficient strategy (49, 50). To reduce sampling artifacts in our study
we have decided to pool the replicates and consider them as single samples. The total diversity of the environment will
be approached with this strategy.

To obtain a robust dataset that allows answering ecological hypotheses, different known biases (contamination, tag
jumping, reads quality, assignation…) must be addressed (34). In this study, we choose to adopt the most stringent
possible approach. To reduce the “tag jumping” effect we have used a unique double tag combination and have limited
the number of samples per library to 35 (51). We have also improved the overall quality of our sequencing by including
1-4 nucleotides as spacers to increase the heterogeneity of the libraries (52). Next, we have checked the assignation of
each ASV with the reference database in order to avoid potential bioinformatic misidentification. To remove diversity
biases due to multiple variants that exist for some foraminiferal species (53), we have decided to pool the ASVs
belonging to the same taxa. And finally, for our ecological model (Figs. 4 and 5), we have chosen to consider only taxa
accounting for >1% of the total number of reads. This reduces the noise of the rare biosphere in our ecological model
(41). All these steps tend to increase the robustness of our dataset and strengthen our interpretation and conclusions.

247
Annexe 2: The estuarine quality paradox – eDNA metabarcoding provides a new vision of estuarine mudflat
diversity

Estuarine foraminiferal eDNA diversity

We were able to assign most of our ASVs to species level (Datasets S2), demonstrating the advantage to use specific
markers for specific clade investigation. As expected, due to the extreme environmental conditions in estuaries, the
alpha diversity of foraminifera is low compared to open ocean habitats (54). The number of foraminiferal species
observed at the investigated sites based on the morphological observation of the 125µm fraction of the sediment (only
species with a mineralized or agglutinated shell were observed) ranges from two to 19 ((6) and unpublished data). In
our study we observed 99 taxa resulting in a ratio of about five between taxa observed in eDNA and in morphological
studies. The high proportion of monothalamids found in the eDNA dataset can be explained by a combination of
factors. For example, the shorter barcode size in some monothalamids (i.e. saccaminids), compared to Globothalamea
or Tubothalamea would promote their amplification and sequencing. Another explanation could be that monothalamids
are easier to extract with the DNA kit as they have an organic test (55). A primer bias in favor of this group could also
be possible. Finally, a naturally higher abundance of monothalamids compared to mineral shelled foraminifera
(Globothalamea and Tubothalamea) could also be hypothesized (54, 56, 57). The much lower abundance or total
absence of monothalamids in morphological studies can be explained by the fact that organic shelled foraminifera
(dominant in of monothalamids) are usually ignored in this methodology.

Even if the number of environmental clades found in our study is high (representing more than 50% of the taxa), they
represent only a fraction of the total number of assigned reads (Fig S1). This demonstrates that the effort of single cell
barcoding in mudflats is sufficient to reliably assign the majority of ASVs. Consequently, the reference database for
these ecosystems can be considered as accurate, even if an additional effort should be made to clarify the
monothalamids taxonomy. We expect that when new sequences of monothalamid species will become available, some
environmental clades will be identified morphologically. Therefore, their intra-individual variance will be better known
and consequently the alpha diversity will decrease.

Our results show that natural environmental gradients have a strong impact on species composition. In function of the
habitat properties, a specific selection of often opportunistic species will be present in each estuary. Our analyses
suggest that the community composition in Auray and Crac’h estuaries is similar (Fig 4 and Fig 5), even if the dominant
taxa are not the same in both estuaries (Fig S5, Fig 3). It appears that the small geographic distance between the two
estuaries has led to more frequent or intense exchanges between the two communities (Fig 1). A similar pattern can be
observed for the Aulne and Elorn estuaries.

Generally, only a few taxa dominate each sample, what is in line with the conclusion of morphological based studies
(Fouet et al., 2022). Environmental DNA based studies have the advantage to detect propagules and dormant stages.
Additionally, they present a semi-quantitative evaluation of the community composition. In our dataset, the distribution
of dominant species that represent more than one percent of the total of the reads is very different between the samples,
much more so than in the morphological inventories (Fouet et al., 2022; non published data). Together with the low
alpha diversity of the morphology based (i.e., 2-19 (6)) analyses of the same sites, this suggests that only a limited
number of taxa is able to occupy the ecological niches with adult specimens. The other taxa present in eDNA may stay
in a dormant or propagule stage and wait for a “black swan event” to partly replace the dominant species.

248
Annexe 2: The estuarine quality paradox – eDNA metabarcoding provides a new vision of estuarine mudflat
diversity

Environmental parameters

Sediment characteristics, environmental properties and climatic data explain 43% of the variance in the RDA model
(Fig. 5a); nine variables have a significant impact on the community composition (Fig 5a). The sediment grain size (in
our model the clay percentage), that is known to significantly impact the foraminiferal communities (Armynot du
Châtelet et al., 2009), affects part of the community distribution on mudflats (Fig. 5). The percentage of organic carbon
is often used in fully marine environments as an indicative parameter in morphology based quality indices (19, 59).
Although this parameter also seems to influence the community distribution in our molecular study (Fig. 5), this may be
partly due to the strong (negative) correlation with grain size. Two physical parameters (distance to the sea and river
discharge) particularly affect the first axis of the RDA (Fig 5). These two variables are both related to the salinity of the
estuary (5). The salinity is considered as the most important factor driving estuarine diversity for fishes (60),
phytoplankton (61) and also foraminifera (6). Next, two variables related to the climate (Isothermality, Precipitation of
the Driest Month (PDM)) were also significant in the model. Isothermality quantifies the extent of day-to-night
temperature differences compared to summer-to-winter (annual) oscillations (62). Estuarine mudflat environments have
large temperature gradients both at a daily (tidal effect) and monthly (spring and neap tides) scale, leading to low
isothermality. PDM corresponds to extreme conditions in which a minimal amount of fresh water enters the system.
PDM and river discharge both reflect the influence of freshwater input into the estuary, demonstrating the importance of
this key element in the model. Finally, the Pb enrichment factor could also affect the estuarine foraminiferal
communities (Fig 5, Datasets S1). It has been shown that a high Pb concentration can have an important impact on the
abundance of dominant foraminiferal species (63).

Even if these variables undoubtedly influence the community composition, their contribution should be carefully
evaluated. In fact, together these factors explain 43% of the total variance of the dataset, so that 57% remains
unexplained in the RDA model (Fig. 5). This means that other factors are important drivers of diversity as well. This is
underlined by the important differences observed between estuaries (Figs. 3 and 4), that are not corresponding to
equally large differences in the adult community (as shown by morphological studies), and appear unrelated to the
environmental characteristics discussed before. Several additional factors can be involved. For instance, more
qualitative environmental factors such as the morphology, history and anthropogenic use of the estuaries could affect
the community characteristics. However, such factors should also affect the composition of the adult assemblages,
which is not evident. Therefore, we hypothesize that ecological drift could explain a significant part of the variance
(64). In fact, stochastic processes are expected to become more significant with low population size and diversity (65),
therefore this process can be especially pertinent in estuarine ecosystems.

Putative impact of anthropogenic stressors

Due to the cumulative effects of natural and anthropogenic stressors as well as potential qualitative environmental
factors and ecological drift, the development of bioindicators in estuarine environments is still a challenge. Even if
some metallic trace enrichment factors (i.e. Pb) and organic carbon can have an anthropogenic source, it was impossible
to evaluate the impact of anthropogenic sources individually in our model (Fig. 5). Nevertheless, eDNA metabarcoding
allows a fast evaluation of the current state of foraminiferal diversity. We have demonstrated that the community
composition is highly specific for certain estuaries (Fig 3 and 4). Communities significantly influenced by

249
Annexe 2: The estuarine quality paradox – eDNA metabarcoding provides a new vision of estuarine mudflat
diversity

anthropogenic stressors should appear as outliers in the ordination model. As we have not observed such patterns, we
can conclude that the foraminifera living in the estuaries along the French Atlantic Coast are not substantially
influenced by anthropogenic stressors.

Estuarine quality paradox and rare biosphere

The low alpha diversity observed in the estuaries makes it even more difficult to solve the estuarine quality paradox.
This paradox was initially based on morphological observations. One advantage of HTS in comparison to classical
morphological studies is that it not only considers adult stages, but also includes monothalamids, propagules and
dormant stages, thereby potentially strongly increasing alpha diversity. As HTS data are semi-quantitative, we can
assume that due to the intrinsic mudflat proprieties, the dominant taxa (corresponding to >1% of the total of reads) in
our study correspond to the adult and the most active stages of foraminifera. Nevertheless, the distribution of the reads
of these dominant taxa is very different between the studied estuaries. It appears that the dominant species are present in
all estuaries, but they do not develop everywhere; they have a high density of reads only at part of the sites.
Environmental DNA approaches are therefore a powerful tool, which not only assesses the living and dominant species
but also species that are potentially present, and that await more favorable conditions to develop. However, a limitation
of the eDNA approach is the impossibility to distinguish the different categories (dormant, propagules, juveniles and
adults). A dual approach, combining morphological as well as eDNA studies, to assess the different fractions of living
and dormant stages seems therefore the ideal strategy to obtain a more complete overview of the foraminiferal
communities.

Our study demonstrates that foraminiferal eDNA is particularly well adapted to assess the diversity in estuarine
mudflats. The sampling strategy and the choice of eDNA extraction kits still need optimization. We suggest increasing
the number or replicates and sites or/and the quantity of raw material and optimizing the bead biting step to extract
more DNA from calcareous foraminifera. To obtain a reliable dataset several crucial factors (tag jumping, assignation,
reference database…) must be carefully assessed. The environmental parameters, sediment characteristics as well as the
climatic data partly explain the community composition. However, other factors like ecological drift, or the
anthropogenic occupation history of the estuary appear to have a substantial effect as well. Finally, as the dormant and
propagule stages of foraminifera are an important part of the diversity, it is crucial to characterize this component. The
combination of morphological information, mainly concerning the adult living community, and HTS eDNA allows to
obtain a more complete picture of the diversity. By monitoring the evolution of the diversity, we can detect shifts in the
community due to “black swann” events and anthropogenic impact. This should ultimately allow us to overcome the
estuarine quality paradox.

Materials and Methods

Studied estuaries and sampling sites

Samples were collected in six estuaries located along the north French Atlantic coast: Elorn, Aulne, Odet, Laïta, Crac’h,
Auray (Fig 1, Datasets S1). These estuaries are subjected to a meso- to low macrotidal regime with a tidal range of
about 4 to 5.5 m at the inlet. In all, 25 sites were sampled in September and October 2020. At each site, one to three
stations (n=35) were sampled across the mudflat if it was large enough (A to C from upper to lower mudflat). Two

250
Annexe 2: The estuarine quality paradox – eDNA metabarcoding provides a new vision of estuarine mudflat
diversity

replicate samples of 5g of the first centimeter of the sediment were collected and stored rapidly at -20°C prior to DNA
extraction. At each station, other replicates were collected for sediment grain size analysis, organic matter and heavy
metal measurements. All samples were collected at low tide on mudflats.

The physical properties of each site were further characterized using the Marine Influence Index (5). The index includes
the normalized measurements of the distance to the sea, the emergence time at low tide and the river discharge
(Datasets S1). The detailed protocol and the rationale behind this index is explained in (Jorissen et al., 2022). Climatic
data were obtained by using the coordinates of each site to extract the value of the 19 variables extrapolated from
monthly measurements of temperature and precipitation (Datasets S1). To this purpose, we used the finest 30 arc second
resolution grids of the WorldClim database (28).

Sediment grain size, trace metal concentrations and organic matter contents were assessed to obtain sediment properties.
Protocols for these methods are detailed in Fouet et al., (2022). In brief, the sediment grain size was analyzed (non-
decarbonated) with a Mastersizer 3000 laser diffraction particle size analyser (Malvern Pananalytical Ltd, Malvern,
UK). In this study three different fractions are considered: clay (<4µm), silt (4-63µm) and sand (>63µm) (Datasets S1).
Three samples (LAI_1A, ELO_1A and CRA_1A) are considered as outliers because of their high sand percentage (>
80%). These sites can not be considered as mudflat environments and will not be included in the ecological models.
Trace metal concentrations were analyzed with an Inductively Coupled Plasma Mass Spectrometer (Thermo Scientific®
X-Series 2 ICP-MS) on freeze-dried sediment, after total acid digestion (HCl, HNO 3 and HF) (29). Seventeen chemical
elements (V, Cr, Co, Ni, Cu, Zn, As, Sr, Mo, Ag, Cd, Sn, Sb, Ba, Pb, Th and U) were measured. Enrichment Factors
(EF) were calculated by comparison with an unpolluted reference sample (6, 30) (Datasets S1). Most samples showed
low enrichment factors, suggesting predominantly natural conditions, except in the Aulne estuary where a strong
enrichment of Pb (>5) was observed (Datasets S1). Elemental carbon (%Corg) and nitrogen (%N) contents were
measured on decarbonated freeze-dried sediment with a CHONS Elemental Analyser (EA Vario PYRO cube;
Elementar®, Langenselbold, Germany) (Datasets S1). The results are in the range of values usually found in mudflat
environments (31).

DNA extraction, amplification, sequencing

Total DNA was extracted from the sediment with the FastDNA Spin Kit for Soil (MP Biomedicals) according to the
manufacturers’ instructions. In our case, as the estimated diversity should be low (6), we expected to have deleterious
effects of highly homogeneous nucleotide composition. This limits the number of high-quality reads generated per
Illumina run. In order to reduce these effects and increase the overall quality of our sequencing, we included 0 to 4
nucleotides between the tags and the primers to increase the heterogeneity (32). To reduce the tag jumping effect, we
used a dual-indexing approach (33). Primers, tag sequences and library information can be found in Datasets S4, and
Datasets S1.

PCR was carried out with AccuPrimeTM Taq DNA Polymerase High Fidelity (Thermo Fisher Scientific). The 37f
hypervariable region (34) (amplicon size: 135-190) was amplified using the specific foraminiferal primers s14F1 (35)
and s15r (36). For each DNA extraction, three PCR replicates were done and pooled before the quantification. The PCR
conditions consist of an initial denaturation of 94 °C for 3 min followed by 35 cycles of denaturation at 94 °C for 30 s,
primer annealing at 50 °C for 45 s and extension at 68 °C for 90 s plus a final extension at 68 °C for 10 min. PCR

251
Annexe 2: The estuarine quality paradox – eDNA metabarcoding provides a new vision of estuarine mudflat
diversity

product pooled replicates were quantified using the QuBit HS dsDNA (Invitrogen). Each sample was then pooled with
the same amount of DNA and purified using the NucleoSpin™ Gel and PCR Clean-up XS kit (Macherey-Nagel).
Library preparation and Illumina MiSeq (paired-end, 2x250bp) sequencing were performed at ID-Gene Ecodiagnostics
(Geneva, Switzerland). Sequences are available on European Nucleotide Archive via project number PRJEB55114.

Bioinformatics and taxonomic assignment

Tags and primers were removed from the reads using cutadapt v. 3.4 (37). Clustering of the reads was done using the R
package DADA2 (v. 1.16; (Callahan et al., 2016)). Raw reads were quality controlled by truncating (forward and
reverse length of 120 bp) and filtering them to a maximum number of ‘expected errors’ of two. Amplicon sequence
variants (ASV) were dereplicated if identical, clustered and pair-end reads merged using a minimum overlap of 12 bp
and maximum mismatch of 0 bp. Chimeras were removed using the ‘pooled’ method (38). The ASVs were roughly
assigned taxonomically using VSEARCH v. 2.18.0 (Rognes et al., 2016) using our foraminifera reference database
based on NCBI. Then, all ASVs were verified manually by comparison with the GenBank database using BLAST, and
quick neighbor joining tree analyses were performed to place phylogenetically ambiguous ASVs. The reads of the
ASVs were finally merged for each species or environmental clade.

Data analysis

Statistical analyses were performed using R (v4.0.3) and the package vegan (v2.5-7) (39), if not specified otherwise.
We performed distribution plots showing the number of reads and ASVs versus the similarity value with the reference
sequences (single cell barcoded species) (40). Then, to determine whether the sequencing depth is sufficient to obtain an
accurate estimate of taxon richness, we constructed rarefaction and accumulation curves with the rarecurve and
specaccum functions, respectively. Representation of the alpha diversity of the species that represent more than one
percent of the dataset (41) was computed using the ggheatmap function of the heatmaply (v1.3.0) package (42) and the
upset function of the UpSetR (v4.0.5) package (43). We assessed the β-diversity (similarity patterns) among
foraminiferal communities by non-metric multidimensional scaling (NMDS). NMDS was based on Bray-Curtis
dissimilarities retrieved from the sequence relative abundance.

To assess relationships between the taxa and the environmental variables, we first assessed the collinearity between the
explanatory variables. We performed a stepwise selection based on the variance inflation factors (VIF) with the
recommended threshold of ten (44). Stepwise selection was performed using the customs script
([Link] applied in Singer et al., (2019).
The following variables were selected for further analyses: Corg, clay (%), distance to the sea, altitude, river discharge,
trace elements (V, Co, Cu, As, Mo, Sn, Ba, Pb, U) and bioclimatic variables (Isothermality, Mean Temperature of
Wettest Quarter (MTWQ) and Precipitation of Driest Month (PDM)).

Then we performed a partial redundancy analysis (RDA) on Hellinger transformed data (46). The significance of the
variables and ordination axes (first and second) was assessed using a one-way analysis of variance (ANOVA; 1000
permutations, p value threshold = 0.05) (47). Finally, in order to evaluate the percentage of variance in foraminiferal
communities explained by sediment characteristics and climatic variable, we performed variation partitioning (varpart
(48)).

252
Annexe 2: The estuarine quality paradox – eDNA metabarcoding provides a new vision of estuarine mudflat
diversity

Acknowledgments

The authors received funding from the OFB (French Office of Biodiversity, grant number 3976-CT-RD-AMI-18-
SURV-FORESTAT) and the University of Angers (France). Alexandra Coynel (UMR CNRS 5805 EPOC, 33615
Pessac, France), Guillaume Tcherkez and Julie Lalande (Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS),
Angers, France) are thanked for the trace elements and the organic matter analyses, respectively.

Availability of Data and Materials

Raw sequences (fastq files) are available on European Nucleotide Archive (ENA) via the project number PRJEB55114.
The data generated or analyzed during this study are included in this published article: the ASV table counts, ASV
taxonomy and sample metadata are provided as additional files.

Author Contributions: Conceptualization of the study, D.S. and F.J.J.; Sampling, D.S., S.Q. and M.P.A.F. DNA
extraction, PCR and samples preparation, D.S. and S.Q. Bioinformatic and statistical analyses D.S.; interpretation of the
ASVs M.S. and D.S., visualization, D.S. writing, D.S. and F.J.J. supervision and project administration, F.J.J.; All
authors have read, commented and agreed to the published version of the manuscript.

Competing Interest Statement: The authors declare that there is no conflict of interest regarding the publication of this
article.

Classification: BIOLOGICAL SCIENCES, Environnemental Sciences

References

1. J. W. Day Jr, W. M. Kemp, A. Yáñez-Arancibia, B. C. Crump, Estuarine ecology (John Wiley & Sons, 2012).

2. R. R. Cave, et al., The Humber catchment and its coastal area: from UK to European perspectives. Science of The Total
Environment 314–316, 31–52 (2003).

3. E. Wolanski, J. W. Day, M. Elliott, R. Ramesh, Coasts and Estuaries: The Future (Elsevier Science, 2019).

4. P. O. Sudhakaran, G. Puggioni, H. Uchida, J. Opaluch, Do oyster farms actually reduce the property values? Empirical
evidence from Rhode Island. null 25, 202–222 (2021).

5. F. J. Jorissen, M. P. A. Fouet, D. Singer, H. Howa, The Marine Influence Index (MII): A Tool to Assess Estuarine
Intertidal Mudflat Environments for the Purpose of Foraminiferal Biomonitoring. Water 14 (2022).

6. M. P. A. Fouet, et al., Foraminiferal Distribution in Two Estuarine Intertidal Mudflats of the French Atlantic Coast: Testing
the Marine Influence Index. Water 14 (2022).

7. F. J. Jorissen, The distribution of benthic foraminifera in the Adriatic Sea. Marine Micropaleontology 12, 21–48 (1987).

8. B. Parent, O. Hyams-Kaphzan, C. Barras, H. Lubinevsky, F. Jorissen, Testing foraminiferal environmental quality indices
along a well-defined organic matter gradient in the Eastern Mediterranean. Ecological Indicators 125, 107498 (2021).

9. E. Alve, Benthic foraminifera in sediment cores reflecting heavy metal pollution in Sorfjord, western Norway. The Journal
of Foraminiferal Research 21, 1–19 (1991).

253
Annexe 2: The estuarine quality paradox – eDNA metabarcoding provides a new vision of estuarine mudflat
diversity

10. N. Keul, G. Langer, L. J. de Nooijer, J. Bijma, Effect of ocean acidification on the benthic foraminifera Ammonia sp. is
caused by a decrease in carbonate ion concentration. Biogeosciences 10, 6185–6198 (2013).

11. K. Haynert, J. Schönfeld, R. Schiebel, B. Wilson, J. Thomsen, Response of benthic foraminifera to ocean acidification in
their natural sediment environment: a long-term culturing experiment. Biogeosciences 11, 1581–1597 (2014).

12. A. Kuroyanagi, et al., Decrease in volume and density of foraminiferal shells with progressing ocean acidification.
Scientific Reports 11, 19988 (2021).

13. J. Schönfeld, et al., The FOBIMO (FOraminiferal BIo-MOnitoring) initiative—Towards a standardised protocol for soft-
bottom benthic foraminiferal monitoring studies. Marine Micropaleontology 94–95, 1–13 (2012).

14. S. Geisen, et al., Soil protists: a fertile frontier in soil biology research. FEMS Microbiol Rev 42, 293–323 (2018).

15. E. Alve, S. T. Goldstein, Resting stage in benthic foraminiferal propagules: a key feature for dispersal? Evidence from two
shallow-water species. Journal of Micropalaeontology 21, 95 (2002).

16. A. E. Weinmann, S. T. Goldstein, M. V. Triantaphyllou, M. R. Langer, Community responses of intertidal foraminifera to

pH variations: a culture experiment with propagules. Aquatic Ecology 55, 309–325 (2021).

17. V. M. P. Bouchet, E. Alve, B. Rygg, R. J. Telford, Benthic foraminifera provide a promising tool for ecological quality
assessment of marine waters. Ecological Indicators 23, 66–75 (2012).

18. C. Barras, F. J. Jorissen, C. Labrune, B. Andral, P. Boissery, Live benthic foraminiferal faunas from the French
Mediterranean Coast: Towards a new biotic index of environmental quality. Ecological Indicators 36, 719–743 (2014).

19. F. Jorissen, et al., Developing Foram-AMBI for biomonitoring in the Mediterranean: Species assignments to ecological
categories. Marine Micropaleontology 140, 33–45 (2018).

20. M. Cavaliere, et al., Assessing the ecological quality status of the highly polluted Bagnoli area (Tyrrhenian Sea, Italy)
using foraminiferal eDNA metabarcoding. Science of The Total Environment 790, 147871 (2021).

21. T. Cordier, et al., Predicting the Ecological Quality Status of Marine Environments from eDNA Metabarcoding Data Using
Supervised Machine Learning. Environ. Sci. Technol. 51, 9118–9126 (2017).

22. M. Elliott, D. S. McLusky, The Need for Definitions in Understanding Estuaries. Estuarine, Coastal and Shelf Science 55,
815–827 (2002).

23. D. S. McLusky, M. Elliott, The Estuarine Ecosystem: Ecology, Threats and Management (OUP Oxford, 2004).

24. J.-C. Dauvin, Paradox of estuarine quality: Benthic indicators and indices, consensus or debate for the future. Marine
Pollution Bulletin 55, 271–281 (2007).

25. M. Elliott, V. Quintino, The Estuarine Quality Paradox, Environmental Homeostasis and the difficulty of detecting
anthropogenic stress in naturally stressed areas. Marine Pollution Bulletin 54, 640–645 (2007).

26. J. R. Tweedley, R. M. Warwick, I. C. Potter, Can biotic indicators distinguish between natural and anthropogenic
environmental stress in estuaries? Journal of Sea Research 102, 10–21 (2015).

27. B. J. Ross, P. Hallock, Dormancy in the Foraminifera: A review. Journal of Foraminiferal Research 46, 358–368 (2016).

28. L. Zinger, et al., DNA metabarcoding—Need for robust experimental designs to draw sound ecological conclusions.
Molecular Ecology 28, 1857–1862 (2019).

29. E. Lara, D. Singer, S. Geisen, Discrepancies between prokaryotes and eukaryotes need to be considered in soil DNA-based
studies. Environmental Microbiology n/a (2022).

30. J. Pawlowski, P. Esling, F. Lejzerowicz, T. Cedhagen, T. A. Wilding, Environmental monitoring through protist next-
generation sequencing metabarcoding: assessing the impact of fish farming on benthic foraminifera communities.
Molecular Ecology Resources 14, 1129–1140 (2014).

254
Annexe 2: The estuarine quality paradox – eDNA metabarcoding provides a new vision of estuarine mudflat
diversity

31. P. Esling, F. Lejzerowicz, J. Pawlowski, Accurate multiplexing and filtering for high-throughput amplicon-sequencing.
Nucleic Acids Research 43, 2513–2524 (2015).

32. D. W. Fadrosh, et al., An improved dual-indexing approach for multiplexed 16S rRNA gene sequencing on the Illumina
MiSeq platform. Microbiome 2, 6 (2014).

33. A. A.-T. Weber, J. Pawlowski, Wide Occurrence of SSU rDNA Intragenomic Polymorphism in Foraminifera and its
Implications for Molecular Species Identification. Protist 165, 645–661 (2014).

34. M. R. Schiaffino, et al., Microbial eukaryote communities exhibit robust biogeographical patterns along a gradient of
Patagonian and Antarctic lakes. Environmental microbiology 18, 5249–5264 (2016).

35. B. Lecroq, et al., Ultra-deep sequencing of foraminiferal microbarcodes unveils hidden richness of early monothalamous
lineages in deep-sea sediments. Proc Natl Acad Sci USA 108, 13177 (2011).

36. S. S. Santos, et al., Soil DNA Extraction Procedure Influences Protist 18S rRNA Gene Community Profiling Outcome.
Protist 168, 283–293 (2017).

37. O. Laroche, et al., A cross-taxa study using environmental DNA/RNA metabarcoding to measure biological impacts of
offshore oil and gas drilling and production operations. Marine Pollution Bulletin 127, 97–107 (2018).

38. F. Lejzerowicz, et al., Eukaryotic Biodiversity and Spatial Patterns in the Clarion-Clipperton Zone and Other Abyssal
Regions: Insights From Sediment DNA and RNA Metabarcoding. Frontiers in Marine Science 8 (2021).

39. É. Armynot du Châtelet, V. Bout-Roumazeilles, A. Riboulleau, A. Trentesaux, Sediment (grain size and clay mineralogy)
and organic matter quality control on living benthic foraminifera. Revue de Micropaléontologie 52, 75–84 (2009).

40. E. Alve, et al., Foram-AMBI: A sensitivity index based on benthic foraminiferal faunas from North-East Atlantic and
Arctic fjords, continental shelves and slopes. Marine Micropaleontology 122, 1–12 (2016).

41. A. K. Whitfield, Why are there so few freshwater fish species in most estuaries? Journal of Fish Biology 86, 1227–1250
(2015).

42. F. A. Nche-Fambo, U. M. Scharler, K. Tirok, Resilience of estuarine phytoplankton and their temporal variability along
salinity gradients during drought and hypersalinity. Estuarine, Coastal and Shelf Science 158, 40–52 (2015).

43. M. S. O’Donnell, D. A. Ignizio, Bioclimatic predictors for supporting ecological applications in the conterminous United
States. US geological survey data series 691, 4–9 (2012).

44. E. Brouillette Price, N. Kabengi, S. T. Goldstein, Effects of heavy-metal contaminants (Cd, Pb, Zn) on benthic
foraminiferal assemblages grown from propagules, Sapelo Island, Georgia (USA). Marine Micropaleontology 147, 1–11
(2019).

45. S. Fodelianakis, A. Valenzuela-Cuevas, A. Barozzi, D. Daffonchio, Direct quantification of ecological drift at the
population level in synthetic bacterial communities. The ISME Journal 15, 55–66 (2021).

46. M. Vellend, Conceptual Synthesis in Community Ecology. The Quarterly Review of Biology 85, 183–206 (2010).

47. S. E. Fick, R. J. Hijmans, WorldClim 2: new 1-km spatial resolution climate surfaces for global land areas. International
Journal of Climatology 37, 4302–4315 (2017).

48. A. Coynel, et al., Spatial distribution of trace elements in the surface sediments of a major European estuary (Loire Estuary,
France): Source identification and evaluation of anthropogenic contribution. Journal of Sea Research 118, 77–91 (2016).

49. A. Larrose, et al., Assessing the current state of the Gironde Estuary by mapping priority contaminant distribution and risk
potential in surface sediment. Applied Geochemistry 25, 1912–1923 (2010).

50. S. Dubois, et al., Origin and composition of sediment organic matter in a coastal semi-enclosed ecosystem: An elemental
and isotopic study at the ecosystem space scale. Journal of Marine Systems 94, 64–73 (2012).

51. E. A. Jensen, et al., Heterogeneity spacers in 16S rDNA primers improve analysis of mouse gut microbiomes via greater
nucleotide diversity. BioTechniques 67, 55–62 (2019).

255
Annexe 2: The estuarine quality paradox – eDNA metabarcoding provides a new vision of estuarine mudflat
diversity

52. P. Taberlet, A. Bonin, L. Zinger, E. Coissac, “DNA amplification and multiplexing” in Environmental DNA, (Oxford
University Press, 2018) https:/[Link]/10.1093/oso/9780198767220.003.0006.

53. J. Pawlowski, Introduction to the Molecular Systematics of Foraminifera. Micropaleontology 46, 1–12 (2000).

54. F. Lejzerowicz, P. Esling, J. Pawlowski, Patchiness of deep-sea benthic Foraminifera across the Southern Ocean: Insights
from high-throughput DNA sequencing. Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography 108, 17–26 (2014).

55. M. Martin, Cutadapt removes adapter sequences from high-throughput sequencing reads. EMBnet. journal 17, 10–12
(2011).

56. B. J. Callahan, et al., DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data. Nature Methods 13, 581–
583 (2016).

57. J. Oksanen, et al., vegan: Community Ecology Package. R package version 2.5-7. 2020 (2021).

58. F. Mahé, et al., Parasites dominate hyperdiverse soil protist communities in Neotropical rainforests. Nature Ecology &
Evolution 1, 0091 (2017).

59. T. Galili, A. O’Callaghan, J. Sidi, C. Sievert, heatmaply: an R package for creating interactive cluster heatmaps for online
publishing. Bioinformatics 34, 1600–1602 (2018).

60. J. R. Conway, A. Lex, N. Gehlenborg, UpSetR: an R package for the visualization of intersecting sets and their properties.
Bioinformatics 33, 2938–2940 (2017).

61. D. A. Belsley, On the efficient computation of the nonlinear full-information maximum-likelihood estimator. Journal of
Econometrics 14, 203–225 (1980).

62. D. Singer, et al., Contrasted Micro-Eukaryotic Diversity Associated with Sphagnum Mosses in Tropical, Subtropical and
Temperate Climatic Zones. Microbial ecology 78, 714–724 (2019).

63. P. Legendre, E. D. Gallagher, Ecologically meaningful transformations for ordination of species data. Oecologia 129, 271–
280 (2001).

64. J. M. Chambers, T. J. Hastie, Statistical models in S. Pacific Grove, CA: Wadsworth (1991)
https:/[Link]/[Link]

65. P. R. Peres-Neto, P. Legendre, S. Dray, D. Borcard, Variation partitioning of species data matrices: Estimation and
comparison of fractions. Ecology 87, 2614–2625 (2006).

256
Annexe 2: The estuarine quality paradox – eDNA metabarcoding provides a new vision of estuarine mudflat
diversity

Figures and Tables

Figure 1. A) Map of the six estuaries (Elorn, Aulne, Odet, Laïta, Crac’h and Auray), B) Picture of Elorn ST03_A and ST03_B C)
Picture of Elorn ST04_A D) Picture of Laïta ST03_A.

Figure 2. Distribution of the foraminifera taxa living in 6 French coast Estuaries. Taxa were obtained using an eDNA
metabarcoding approach targeting specifically foraminifera. Sequencing was performed using a MiSeq platform. The taxa in blue
are related to Rotaliida, in dark red the environmental clades that were not assigned to a known reference. Other colors represent
the taxa affiliated to the Monothalimids.

257
Annexe 2: The estuarine quality paradox – eDNA metabarcoding provides a new vision of estuarine mudflat
diversity

Figure 3. Heatmap depicting the dominant foraminiferal diversity and relative abundance in French coast estuaries. The taxa were
obtained with an eDNA metabarcoding approach using specific primers for Foraminifera. Sequencing was done with a MiSeq
platform. The distribution of the relative abundance of the reads across the estuaries is uneven and specific taxa are strongly related
to a certain estuary.

258
Annexe 2: The estuarine quality paradox – eDNA metabarcoding provides a new vision of estuarine mudflat
diversity

Figure 4. Non-metric multidimentional scaling (NMDS) based on Bray-Curtis dissimilarities of 35 samples from Auray, Odet,
Crac’h, Aulne, Laïta and Elorn estuary. Stress value = 0,13. The NMDS is constructed with the dominant taxa that represent more
than 1% of the total number of reads.

Figure 5. A) Redundancy analysis (RDA) of dominant foraminifera taxa extracted from sediment sample collected from six
estuaries from the French Atlantic coast. Significant environmental variables (P < 0.05) are represented by arrows. B) The variance
partitioning results for community composition among the components of the physical and chemical parameters and the climatic
data. Residual values are also displayed. The analysis was performed using the varpart function of the Vegan package in R software.

259
Titre : Répartition des communautés de foraminifères dans les estuaires de la façade atlantique.

Mots clés : vasières estuariennes, foraminifères, biomonitoring, impact anthropique, paramètres

environnementaux, Ammonia.

Résumé : Les estuaires sont des habitats complexes, présentant des conditions fluctuant selon les cycles de
marée et les crues du fleuve. Les organismes peuplant ces milieux sont exposés à des variations extrêmes
des paramètres environnementaux. De ce fait, les communautés estuariennes sont caractérisées par une
faible diversité et une majorité d’espèces tolérantes. Les estuaires sont aussi soumis à de fortes pressions
anthropiques, qui peuvent encore amplifier le stress exercé sur les organismes. Pour cette raison, les
indicateurs d’état écologique développés dans les milieux côtiers montrent systématiquement une mauvaise
qualité écologique. Pour développer une méthode de bio-indication fiable, il est d’abord primordial de
parfaitement comprendre la répartition naturelle des organismes. Pour répondre à cette problématique, nous
avons étudié la répartition des communautés de foraminifères dans les vasières intertidales de neuf
estuaires. Afin de synthétiser les relations entre les paramètres environnementaux et les caractéristiques des
communautés de foraminifères, nous proposons trois nouveaux indices. L’indice MII reflète l’équilibre entre
influence marine et fluviale pour un point donné dans un estuaire, au moment de l’échantillonnage. Nous
avons observé une succession de quatre biozones, présentant des communautés typiques de chacune des
parties de l’estuaire. Nous proposons deux indices biotiques (EFI et EFDI) qui décrive quantitativement la
position de la communauté observée dans cette succession. La comparaison du MII avec l’EFI et l’EFDI
devrait permettre de reconnaitre des sites présentant un déséquilibre pouvant être le signe d’une perturbation
anthropique. La deuxième partie de cette thèse se concentre sur trois espèces pseudocryptiques du genre
Ammonia, un taxon majeur dans nos estuaires. D’abord, nous montrons de grandes différences de répartition
biogéographique entre ces espèces, qui corroborent le caractère invasif d’Ammonia confertitesta. Ensuite,
sur la base d’une investigation de deux carottes sédimentaires, nous montrons que l’introduction de cette
espèce est beaucoup plus ancienne que généralement supposée, et remonte à plusieurs siècles. La
répartition actuelle des trois espèces d’Ammonia montre que l’expansion spatiale de cette espèce invasive
est toujours en progression. Les connaissances obtenues dans cette thèse permettent d’améliorer la
compréhension de l’écologie des foraminifères dans les milieux estuariens et apportent ainsi une base pour
le développement d’une méthode de bio-indication.

Title: Distribution of foraminiferal communities in estuaries of the French Atlantic coast.

Keywords : estuarine mudflats, foraminifera, biomonitoring, anthropogenic impact, environmental
parameters, Ammonia.
Abstract: Estuaries are complex habitats, with fluctuating conditions according to tidal cycles and river
floods. The organisms inhabiting these systems are exposed to extreme variations of environmental
parameters. As a result, estuarine communities are characterised by low diversity and a majority of tolerant
species. Estuaries are also subjected to strong anthropogenic pressure that can further increase the stress on
organisms. For this reason, ecological status indicators developed in coastal environments systematically
show poor ecological quality. In order to develop a reliable bio-indication method, it is first essential to fully
understand the natural distribution of organisms. To achieve this, we studied the distribution of foraminiferal
communities on intertidal mudflats of nine estuaries. To synthesise the relationships between environmental
parameters and the characteristics of foraminiferal communities, we propose three new indices. The MII
reflects the balance between marine and fluvial influence for a given point in an estuary at the time of
sampling. We observed a succession of four biozones, with specific communities typical of each part of the
estuary. We propose two biotic indices (EFI and EFDI) that quantitatively describe the position of the
observed community on this succession. The comparison of the MII with the EFI and EFDI should allow to
recognise sites with a deviation that may be indicative of a major anthropogenic disturbance. The second part
of this thesis focuses on three pseudocryptic species of the genus Ammonia, a major taxon in our estuaries.
First, we show large differences in biogeographic distribution between these species, which corroborate the
invasive character of Ammonia confertitesta. Secondly, based on an investigation of two sediment cores, we
show that the introduction of this species is much older than generally assumed, and dates back several
centuries. The current distribution of the three Ammonia species shows that the spatial expansion of this
invasive species is still in progress. The knowledge obtained in this thesis improves the understanding of the
ecology of foraminifera in estuarine environments and thus provides a basis for the development of a bio-
indication method.