Atig Azzeddine

M2 Biochimie-Immunologie
RHP 2020-2021
TD Génie Génétique

Chapitre I : Pathogènes et facteurs de virulence

Un agent pathogène (germe) nécessite :

- Une cible qui est l’hôte (homme ou l’animal).
- Un mode de transmission entre le germe et l’hôte (directe, indirecte par l’environnement ou par un vecteur).

Source (réservoir) :
- Réservoir humain (H  H, ex : Typhoïde).
- Réservoir animal = zoonose (An  H, ex : Rage, H5N1).
- Réservoir environnemental = biotope (Env  H) :
 Eau (ex : Giardia, Choléra).
 Sol (ex : Tétanos, Mélioïdose).
 Aliments (animal, sol, eau).

Hôte et cycle :
- Après que l’hôte attrape le germe, il peut :
 Devenir malade ou non (porteur chronique : pathogène s’établie de façon permanente chez un individu
« Hépatite B » / porteur sain : individu infecté par un pathogène sans présenter de symptômes d’infection).
 Devenir réservoir.
- La durée de vie du germe chez l’hôte est très variable :
 Longue chez le porteur sain.
 Brève lorsque la maladie est aiguë.
- Le passage par l’hôte est obligatoire (cycle) et peut être :
 Hôte définitif : quand le germe se reproduit durablement chez l’hôte (VIH)
 Hôte transitoire : quand le germe ne fait que passer (grippe).
 Hôte habituel : quand le germe est de façon constante dans l’hôte (flore intestinal).
 Hôte accidentel : quand l’hôte est capable de recevoir le germe mais qu’il n’est pas nécessaire à sa survie
(H1N1, H5N1).
- Cycle évolutif :
 Ensemble de transformation du pathogène dans l’hôte et vecteurs, connaître le cycle permet d’interrompre la
transmission et contrôler la maladie.

Transmission du germe à l’homme:

- Deux types de transmission du réservoir à l’home :
Direct Indirect
Contact H-H nécessaire : contact H-H non nécessaire (passage intermédiaire) :
 Air (aérienne) : Covid-19  Vecteur (vectorborne) : Paludisme (Malaria)
 Contact mains (cutané/muqueuse) : Varicelle  Animal (zoonotic) : Rage
 Sexe (sexuelle) : Syphilis  Eau (waterborne) : Choléra, Giardia
 Sang (sanguine) : VIH  Aliment (foodborne) : Salmonella, Giardia
 Mère-fœtus (verticale) : Toxoplasmose  Air (airborne) : Légionellose
 Sol (soil transmitted) : Tétanos
 Objets inertes (fomites) : Grippe saisonnière
- Contamination : 1 contact du germe avec l’hôte, peut y avoir une infection ou pas.
er

- Dissémination : engendrer une infection et assurer la transmission du germe d’un 1 er hôte à un autre.
Les types de bactéries :
Les bactéries pathogènes Les bactéries opportunistes
Bactéries responsables d'une maladie Bactéries qui ne donnent habituellement
même chez le sujet sain (ex : typhoïde, pas de maladie chez les sujets sains, mais
choléra, tuberculose, méningite...) peuvent devenir pathogènes chez les
sujets aux défenses immunitaires altérées,
se sont souvent des bactéries
commensales qui vivent à la surface de la
peau et des muqueuses de l'homme

Le pouvoir pathogène :
- C’est la capacité de provoquer une infection.
- Le pouvoir pathogène des bactéries pathogènes conditionne le type de maladie.
- Ces bactéries pathogènes peuvent ou non appartenir à la flore humaine commensale.
- Il existe une susceptibilité individuelle qui peut être l'âge (plus fréquentes chez les jeunes enfants) ou propre à
certains individus, de nature encore indéterminée.

Déterminants de la maladie infectieuse :

- Pour induire une maladie infectieuse (pouvoir pathogène), un agent pathogène doit être capable :
 D’être transporté vers l’hôte.
 D’adhérer et de coloniser ou d’envahir l’hôte.
 D’échapper aux mécanismes de défense de l’hôte.
 De posséder la capacité mécanique, chimique ou moléculaire de nuire à l’hôte.

La virulence :
- C’est l’intensité du pouvoir pathogène pour induire une infection.
- Elle est déterminée par 3 caractéristiques : • Pouvoir invasif (capacité d’envahir l’hôte).
• Pouvoir infectieux (capacité de traverser les défenses de l’hôte).
• Pouvoir toxinogène (capacité de libérer des toxines).
- Mesurée expérimentalement par dose infectante 50% (DI50) et dose létale 50% (DL50).
- Dépend aussi de l’hôte et des conditions d’infection.

Différence entre pouvoir pathogène et virulence :

- La virulence est une notion quantitative le pouvoir pathogène est une notion qualitative.
- Pour un même pouvoir pathogène, il peut y avoir des souches plus ou moins virulentes :
Les deux responsables d'une dysenterie bacillaire mais pas
Shigella dysenteriae avec les mêmes doses.
Quantité de bactérie nécessaire pour développer une infection :
Shigella flexneri [Link] (Quelques) < S. flexneri (+Milliers)
+ + + virulente - - - virulente

La notion de barrière d’espèce :

- Chaque espèce animale a ses propres germes pathogènes :
 Pneumonie du porc  non transmissible au cheval, ni à l’homme.
 Encéphalite de la chèvre  non transmissible à l’homme.
 Choléra des poules ≠ de choléra humain  non transmissible à l’homme.
- Mais la barrière n’est pas infranchissable nombreux germes sont communs à plusieurs espèces.
- Par mutation un germe peut s’adapter à une autre espèce (sauté la barrière d’espèce), ex VIH du singe à l’homme.
 Chapitre II : Pathogènes transmis par voie aérienne

Les principaux facteurs de la transmission :

- La source (production de l’agent infectieux et des particules infectantes).
- Le trajet des particules et la survie des agents infectieux dans l’environnement.
- La pénétration des particules chez le sujet réceptif (sites) et la multiplication de l’agent infectieux.

Définition :
- La transmission aérienne est définie par le passage de micro-organismes depuis une source à une personne à partir
d’aérosols, entraînant une infection de la personne exposée (avec ou sans maladie).
 Les aérosols sont des suspensions de particules solides ou liquides dans un gaz. La taille des particules peut aller
de 0,001 à 100μm. Les aérosols infectieux contiennent des micro-organismes.
 Un noyau de condensation (droplet nuclei) < 5μm est un résidu d’un aérosol potentiellement infectieux dont la
plupart du liquide s’est évaporé.

Modes de transmission des pathogènes respiratoires :

Modes d’exposition aux sécrétions Caractéristiques de la transmission
infectieuses
Aérosols : petites particules (noyaux de Transmission à distance (indirect) > 1,8m :
condensation, diamètre <5/10μm) un contact direct avec la source est inutile
(épidémie brutale, explosive)
Gouttelettes : grosses particules (diamètre Contact proche nécessaire (direct) < 1m :
10-100 μm) une diffusion lente, intermittente, variable,
sans cluster, non reconnu parfois
Sécrétions (fomites) : déjections avec auto Contact direct avec les sécrétions
inoculation respiratoires de la source : les sécrétions
infectées sont transmises par les mains aux
muqueuses respiratoires

Types de gouttelettes :
Grosses gouttelettes > 60μm Short range (Direct < 1m)
Petites gouttelettes ≤ 60μm Long range (Indirect > 1m)
- Les agents infectieux peuvent être nus ou associés à des sécrétions : de cellules, du mucus, de la salive …
- La quantité de solide détermine sa taille minimale.

Facteurs environnementaux et viabilité des agents infectieux :

- Température : 10°C apporte la meilleure capacité de survie pour la plupart des agents infectieux (Rougeole et VZV
sont très sensibles aux changements de température).
- Humidité « RH (relative humidity) » : les virus nus survivent plus longtemps à haute RH, et les virus enveloppés
survivent plus longtemps à faible RH (virus influenza).
- Flux aérien : peut déshydrater l’aérosol.
- UV : peuvent détruire certains agents infectieux.
- Facteurs chimiques : fumées, pollution …
 Chapitre III : Infection

Infection :
- Interaction précise entre 2 partenaires distincts à savoir le pathogène et l’hôte.
- La compréhension de cette interaction nécessite :
 La connaissance de la biologie (cycle de vie, évolution…).
 La réponse immunitaire (inflammation, immunité…).
- Contact pathogène-hôte « 1er contact » : début de l’infection et résulte la disparition de l’un et la survie de l’autre.
- L’agent pathogène assure sa propre survie grâce à un mode de transmission adéquat.

Etapes de l’infection :
1. Contamination (1er contact pathogène-hôte).
2. Début de l’interaction hôte-pathogène (multiplication de l’agent viral et début de la pathologie).
3. L’hôte exprime une réponse immunitaire, en parallèle l’agent pathogène est à la recherche d’un nouvel hôte.

Période lors de l’infection : (en plus de la maladie)

- Période d’incubation : débute avec le contact de l’agent infectieux et se termine avec l’apparition de la pathologie.
- Période de latence : débute avec le contact de l’agent pathogène et se termine avec la contagiosité (transmission de
l’agent pathogène).
- Période de contagion.

I) Virus :
Nature :
- Les particules virales (virions) sont constitués d’un seul type d'acide nucléique (ADN ou ARN), recouvert d'une
structure protéique (capside), laquelle peut être entourée d'une enveloppe provenant de la cellule hôte.

Classification :
- Nature de l’acide nucléique.
- Nature de la capside.
- Présence ou absence de l’enveloppe.

Structure :
- Enveloppe d’origine cellulaire issue d’un bourgeonnement extérieur de la cellule (même si elle contient des protéines
propres au virus).
- Protéines virales :
 Portion hydrophobe : ancrage à la membrane virale.
 Portion extérieur : confère divers propriétés au virus.
- Ne possède ni protéine, ni structure cellulaire (ribosome) nécessaire à la réplication et l’énergie (le virus est
incapable de se multiplier sans utiliser le matériel génétique de la cellule hôte).

Cycle de vie viral :

- Trois étapes essentielles :
1. Interaction environnement-virus.
2. Interaction virus-hôte : le virus cause une infection dans l’organisme
3. Interaction virus-cellule : le virus infect la cellule cible.
Étapes de l’infection virale :
1. Attachement du virus à la cellule cible par l’intermédiaire d’un récepteur spécifique au virus (en absence du
récepteur spécifique le virus peut s’orienter vers d’autres récepteurs (glucose, adrénaline…))
2. Processus de pénétration = infection intracellulaire :
 Fusion membranaire : pour les virus enveloppés.
 Endocytose : pour les virus non enveloppés.
3. Production de l’ARN polymérase nécessaire à sa multiplication à partir d’enzymes cellulaires.
4. Intégration du matériel génétique viral à celui de la cellule hôte (infection permanente).
5. Réplication et mort cellulaire.

Tropisme cellulaire :
- Dépend de la présence ou de l’absence de récepteurs appropriés à la cellule hôte.
- Autres facteurs déterminant le tropisme :
 Nature de la cellule infectée.
 Mode de contamination (ingéré, sang…)
 Hôte (l’âge, l’état nutritionnel, immunité, résistance génétique).
 Mutation (diminue ou augmente la virulence).
 Environnement.

II) Bactéries :
Nature :
- Procaryotes unicellulaire ne possédant pas de noyau.
- Contact permanant avec l’homme (colonisation mais sans contamination).

Mécanisme de défense de l’hôte :

- Empêcher les bactéries de causer une infection :
 Innée :
 Barrière physiologique : peau, larme, muqueuse.
 Réponse inflammatoire non spécifique : éliminer la bactérie (+), déséquilibre sur l’inflammation (-).
 Réponse adaptative spécifique contre le pathogène : peut être active ou passive.

Facteurs de virulence :
- La bactérie se multiplie à l’intérieur de l’hôte :
 Capacité d’envahir tout type de tissu.
 Production de toxines.

Etapes de l’infection bactérienne (portes d’entrée) :

1. Attachement à la cellule cible à travers les adhésines (produit bactérien).
2. Envahissement de l’hôte par la production d’enzyme qui vont agir localement (endommager les cellules et
favoriser la multiplication et l’invasion, ex : collagénase, neuraminidase qui séparent les liens intracellulaires).

Exemple de mécanisme de défense de l’hôte :

- Défense leucocytaire (mécanisme de défense non spécifique).
Mécanisme d’échappement au SI :
a) Non spécifique :
1. Eviter la reconnaissance leucocytaire (éviter le contact direct avec les leucocytes en envahissant des zones qui
leurs sont inaccessibles, ex = surface cutanée).
2. Réduire la réponse inflammatoire (toxines inhibent le chimiotactisme leucocytaire).
3. Inhibe la reconnaissance de l’Ag comme étranger.
4. Expression de la fibrine (recouvrir la surface des bactéries).
5. Echapper à la phagocytose par :
 Production de la capsule polysaccharidique (encapsidation).
 Synthèse de protéines qui favorisent la phagocytose mais prévient la destruction à l’intérieur du phagocyte
(inhibe la fusion phagosome et lysosome leucocytaire).
 Destruction phagocytaire :
 Avant ingestion : Gram +.
 Après ingestion : Gram -.

b) Spécifique :
1. Mimétisme moléculaire (parois similaires aux protéines normales de l’hôte).
2. Se couvrir des protéines de l’hôte.
3. Production d’Ac de faible affinité ou Ac dirigés contre des Ag bactériens non essentiels.
4. Variation antigénique (modifier les Ag de surface).
5. Production d’endo et exotoxines.
 Chapitre IV : Endotoxines & Exotoxine

Toxine :
- Une toxine est définie comme étant une « substance toxique synthétisée par un organisme vivant (bactérie,
champignon vénéneux, insecte ou serpent venimeux), auquel elle confère son pouvoir pathogène ».

Comparaison entre endotoxine et exotoxine :

Endotoxine Exotoxine

1) Origine Bactéries Gram (-) Bactéries Gram (-) et (+)

2) Localisation Membrane externe Cytoplasme

3) Nature biochimique Lipopolysaccharide (LPS) Protéine soluble thermolabile

Non (libéré par lyse cellulaire lors de
4) Excrétion Oui (le plus souvent)
la mort de la bactérie)
5) Dose pour être active Forte Faible

6) Pouvoir toxique Faible Important

7) Effet toxique Non spécifique (choc toxique) Spécifique (varié selon les germes)

8) Support génétique Chromosome Chromosome, plasmide, prophage

Faiblement immunogène Fortement immunogène
9) Propriétés immunologique
Réaction non spécifique Réaction spécifique et non spécifique
10) Multiplication cellulaire
Oui Non
nécessaire
11) Instabilité (T°, solvant…) Non Oui

12) Utilisation thérapeutique Très peu Nombreuses applications

Production de cytokines Production de cytokines
13) Mécanisme de défense de la Voies du complément Voies du complément
cellule hôte Réaction immunitaire T-indépendant Réaction humorale et cellulaire
Phagocytose Phagocytose
Résistance à l’activation du
Echapper à la phagocytose, à
complément et de la phagocytose
14) Mécanisme d’échappement l’activation du complément et à la
Mimétisme moléculaire
réponse adaptative
Tolérance aux LPS
Macrophages Macrophages
15) Effecteur du SI Cytokines (TNF, IL1…) Cytokines
Complément Complément
16) Exemple [Link] Streptococcus B