Planchage numéro 07 : Infection du système nerveux central

Questions bactériologie:
1. Prise en charge thérapeutique des infections bactériennes du SNC
2. Rôle du laboratoire de microbiologie dans la prise en charge des infectionsbactérienne du
SNC
3. Infections bactériennes du SNC à [Link]
[Link]ès du cerveau : épidémiologie, étiologie, méthodes de diagnostic
5. Mise en évidence des bactéries anaérobies à partir de suppurationsintracrâniennes
6. Intérêts et limites des techniques de diagnostic rapide des méningitesbactériennes
communautaires.
Questions virologie:
1. Les méningites virales : étiologies, épidémiologie et diagnostic au laboratoire
2. Diagnostic biologique des encéphalites aigues virales
3. Les infections lentes du SNC
4. L’encéphalite rabique
5. L’encéphalite herpétique : diagnostic et conduite à tenir
6. Eradication de la poliomyélite : objectifs, processus et situation actuelle

1. Intérêts et limites des techniques de diagnostic rapide des méningites bactériennes

communautaires.

Plan
Introduction
I-Etiologie des méningites bactériennes communautaires :
I-1-LCR purulent :
A- Méningites du nouveau-né
B-Méningites du nourrisson et enfant < 5 ans
C-Méningites de l’enfant > 5 ans et de l’adulte

I-2. LCR clair (lymphocytaires)

II-Techniques de diagnostic rapide des méningites bactériennes

II-1- Examen microscopique du LCR :
A-Principe
 B-Intérêts
C-Limites
II-2-Techniques Phénotypiques :
A-Technique immunologique :
1-Principe :
a-L ’agglutination de particules de latex sensibilisées :
b-L ’immunochromatographie :
 Le test d’antigène BinaxNOW™ S. pneumoniae
 Bandelettes duplex (A et Y/W135, C et Y)
2- Intérêts
3-Limites
B-La spectrométrie de masse : MALDI-TOF

1-Principe
2-Intérêts
3-Limites

III-3- Détection moléculaire :

A-Principe
B-Intérêts
C-Limites

Conclusion
Introduction :
La méningite est une inflammation des méninges (fines membranes entourant le cerveau et la moelle
épinière) et du liquide céphalorachidien (LCR) le plus souvent d'origine infectieuse.
Les méningites infectieuses se répartissent en trois groupes : les méningites virales généralement bénignes et
d'évolution spontanée favorable, les méningites bactériennesmoins fréquentes mais considérées comme
urgences vitales qui imposent un diagnostic et un traitement et enfin, les méningites fongiques, rares et le
plus souvent liées à une immunodépression.
Parmi les méningitesbactériennes, on distingue les méningites communautaireset les méningites iatrogènes
ou méningites nosocomiales généralement associées à un contexte neurochirurgical.
Les méningites bactériennes constituent une urgence nécessitant des méthodes de diagnostic rapides,
sensibles, spécifiques, pour la mise en route d’un traitement adapté et la mise en place de mesures
prophylactiques dans l’entourage.

I-Etiologie des méningites bactériennes communautaires :

Les espèces responsables de méningites bactériennes communautaires sont variables selon l’âge du patient et
la cytochimie de liquide céphalo-rachidien :
I-1-LCR purulent :ce caractère apparaît à partir de 200 globules blancs par mm3 dont plus de 50 % de
polynucléaires. ;Trois tranches d'âge sont à distinguer :
A- Méningites du nouveau-né :Les agents pathogènes le plus souvent incriminés sont :
-Les entérobactéries le plus souvent Escherichia colicontenant les polysaccharides K1.
-Streptococcus agalactiae (prédominance du type III).
-Listeria monocytogenes.
B-Méningites du nourrisson et enfant < 5 ans :
-Haemophilus influenzae b : qui était la principale forme de méningite bactérienne chez les enfants de moins
de 5 ans avant la généralisation de la vaccination.
-Streptococcus pneumoniae: est en général retrouvé suite à une infection de sphère ORL.
-Neisseria meningitidis: Cette bactérie est la seule qui entraîne des épidémies de méningite la présence d’une
capsule de nature polysaccharidique permet de distinguer au sein de l’espèce 12 sérogroupes dont 5 majeurs :
A, B, C, W, Y, X.
C-Méningites de l’enfant > 5 ans et de l’adulte :Les bactéries les plus fréquemment isolés sont :
-Neisseria meningitidis
-Streptococcus pneumoniae
-Listeria monocytogenes : les facteurs favorisants sont l’âge avancé, la grossesse, les déficits immunitaires
(corticothérapie, chimiothérapie).

[Link] clair (lymphocytaires) : Plus de 10 éléments/mm3 dont plus de 50 % de [Link] s’agit

principalement de :
-Mycobacterium tuberculosis
- Listeria monocytogenes.
-Treponema pallidum
-Leptospira icterohemorragiae

II-Techniques de diagnostic rapide des méningites bactériennes communautaires :

Plusieurs types de prélèvements peuvent être effectués : LCR, urine et sérum pour le diagnostic rapide.
II-1- Examen microscopique du LCR :
A-Principe :
 La Cytologie : Pour la numération des éléments cellulaires on utilise la Cellule de Nageotte ou de Malassez. Cet
examen consiste à dénombrer les éléments figurés dans le LCR et à exprimer leur nombre par mm3.
Un LCR normal contient moins de 05 leucocytes / mm3 chez l’adulte et entre 10-30 leucocytes / mm3 chez le
nourrisson, La réaction cellulaire observée lors des méningites bactériennes est secondaire à l’infection.
 Examens microscopiques après coloration : colorations de Gram, Bleu de Méthylène et MGG plus rarement
coloration de Ziehl-Nielsen ou coloration à l’auramine (LCR est pauci bacillaire).
B-Intérêts :
-rapide, simple et non couteuse.
-donner une orientation étiologique rapide : seule la coloration de Gram, si elle visualise des bactéries
permettra d’affirmer que la méningite est bactérienne et de plus permettra de s’orienter vers l’espèce
bactérienne en cause.
-permet d’orienter la nature de la méningite : polynucléaires neutrophiles évoquent une méningite bactérienne
probable, lymphocytes : méningiteviral, Listeria monocytogenes…
C-Limites :
-la sensibilité de l’examen direct après coloration de Gram est assez faible, liée à l’espèce bactérienne, ainsi qu’à
la richesse en bactéries dans le LCR : positif seulement à partir de 10^5 unités formant colonies (UFC)/ml.
-la formule cytologique d’une méningite bactérienne change si le malade est traité précocement par
antibiotiques.
-certaines méningites bactériennes peuvent se présenter avec une cytologie normale si la ponction lombaire est
réalisée au début de la maladie.
-ne donne pas une identification précise de l’espèce bactérienne.
- Faux négatif lors de méningites décapitées par antibiothérapie.
II-2-Techniques Phénotypiques :
A-Technique immunologique :
1-Principe :Se base sur la détection des antigènes bactériens,deux méthodes sont principalement pratiquées :
 L’agglutination de particules de latex sensibilisées
 La recherche d’antigènes solubles par immunochromatographie.
La contre-immunoélectrophorèse est très peu utilisée actuellement, car peu adaptée aux tests ponctuels
effectués en urgence.
a-L ’agglutination de particules de latex sensibilisées :
On utilise des particules de latex sensibilisées avec les anticorps spécifiques des antigènes solubles libérés par
le germe au cours de l’infection dans les liquides biologiques (liquide céphalorachidien (LCR), urine, sérum).
Il existe des latex permettant de repérer les antigènes solubles de :
-Streptococcus pneumoniae
-Haemophilus influenzae b
-N. meningitidis avec 4 latex différents : sérotype A, sérotype B / E. coli K1 (communauté
antigénique), sérotype C et enfin sérotype Y/W135
-Streptococcus agalactiae (streptocoque B)
b-L ’immunochromatographie :
Le principe de cette technique est basé sur la migration de microparticules le long d’une membrane.
L’échantillon est déposé à l’une des extrémités de la bande de test. L’échantillon va migrer le long de la
membrane par capillarité, les antigènes du micro-organisme recherché seront immobilisés par l’interaction
antigène-anticorps et révélés à l’endroit spécifique de la bande test où sont fixés des anticorps spécifiques de
l’espèce. Il existe deux tests pour le diagnostic de la méningite :

 Le test d’antigène BinaxNOW™ S. pneumoniae est un test rapide permettant de rechercher le polyoside
C de la paroi du pneumocoque il est destiné à la détection qualitative de l’antigène de S.
pneumoniae dans l’urine de patients atteints de pneumonie et dans le liquide céphalo-rachidien (LCR) de
patients atteints de méningite. La sensibilité et la spécificité de ce test sont proches de 100 % pour les
méningites à pneumocoque, comparativement au diagnostic par culture et/ou PCR

 Bandelettes duplex (A et Y/W135, C et Y),permettent de faire le diagnostic de quatre sérogroupes de

méningocoques (A et Y/W135 et C et Y) dans le LCR.

2- Intérêts :
-Rapide résultat en 15 minutes, simple d’exécution et d’interprétation, adapté à l’urgence.
-un traitement antibiotique préalable (méningite décapitée) et les conditions de transport ne modifient pas les
résultats.
- dans les cas de méningites à méningocoque il permet de diagnostiquer précocement, le sérogroupe et ainsi de
débuter rapidement une vaccination des sujets proches.
- elle permet de rectifier une orientation diagnostique face à un examen microscopique montrant des bactéries
présentant une morphologie ou une coloration difficile à déterminer.
-La recherche des antigènes bactriens dans le LCR offre en plus de l'apport diagnostique la possibilité de suivre
l'évolution de la maladie.

3-Limites :
-technique coûteuse
- Il y a des problèmes de spécificité, le plus connu étant la communauté antigénique du groupe B avec
Escherichia coli K1, responsable de méningites néonatales.
-Il existe de faux positif surtout pour l’immunochromatographie lors d’une colonisation du nasopharynx par le
pneumocoque chez les enfants.
-Un test négatif n’exclut pas une méningite bactérienne.

B-La spectrométrie de masse : MALDI-TOF

1-Principe :
La spectrométrie de masse MALDI-TOF (matrix-associated LASER desorption and ionisation, time of flight) est
une technique d'analyse permettant de détecter et d'identifier des molécules par mesure de leur « temps de
vol ». Son principe réside dans la séparation en phase gazeuse de molécules en fonction de leur rapport
masse/charge (m/z). Le résultat obtenu est un ensemble de pics (spectre de masse) représentant les rapports
m/z des ions détectés, qui seront comparés aux milliers de spectres de référence contenus dans la base de
données de l'appareil et semble spécifique d'espèce.
MALDI-TOF appliquée directement sur le LCR permettrait d’obtenir l’identification immédiate du pathogène
responsable de méningite.
2-Intérêts :
-identification rapide et précise des microorganismes.
-détection des mécanismes enzymatiques de résistance aux antibiotiques et donc orientation thérapeutique
plus rapide.
-typage épidémiologique rapide des souches permettant de déterminer l'existence et l'extension d'une
épidémie : épidémie de méningite à méningocoque.
3-Limites :
-difficultés d’identification en raison de la très forte similitude de profil des spectres (matériel protéique très
similaire) entre les espèces de Streptocoques : S. pneumoniae et S. mitis/oralis, aussi N. meningitidis et N.
flava/perflava, Shigella spp et E. colipour lesquels des tests complémentaires ou méthodes alternatives doi-
vent être appliqués.
- permet l’identification des bactéries à Gram négatif plus facilement par rapport aux Gram positifs.
-inutile pour la détection de phénomènes émergent comme les nouveaux clones ou mécanismes de résistance
qui n’existent pas dans sa base de données.

III-3- Détection moléculaire :

A-Principe : Des kits existent pour la recherche spécifique de certains germes comme :
-La détection du Neisseria meningitidispar PCR en temps réel dans le LCR par amplification du gène de
régulationcrgA. D’autres cibles peuvent être utilisées, comme les gènes ctrA, dhps, porA et porBavecle
gènecrgA, aussi la détermination de sérogroupe par l’amplification des gènes siaD(sérogroupes B, C, Y, W135)
et mynB/sacC(sérogroupe A).
-Pour Streptococcus pneumoniae : basés sur la détection du gène de l’autolysine lytAparPCR en temps réel.
- Listeria monocytogenes la détection du gène hlyA
-PCR multiplex permettent de détecter simultanément Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae et
H. influenzae dans le LCR.
- PCR multiplex et nichées (FilmArray® : Panel Méningite / Encéphalite) qui permet la recherche en 1 heure
de 14 agents pathogènes à partir du LCR dont : Escherichia coli K1 -Haemophilus influenzae- Listeria
monocytogenes- Neisseria meningitidis- Streptococcus agalactiae- Streptococcus pneumoniae
- la détection de génomes bactériens dans le LCR peut être aussi effectuée par hybridationin situ, sans
amplification de l’ADN, avec une révélation par fluorescence. La recherche se fait à l’aide de sondes
universelles, ou d’un ensemble de sondes spécifiques, ciblées, sur le méningocoque, le pneumocoque et H.
influenzae. Cette technique est moins onéreuse et plus rapide que la PCR, mais beaucoup moins sensible, par
conséquent inappropriée aux LCR pauvres en bactéries (examen direct négatif).
B-Intérêts :
-les résultats sont obtenus rapidement (2–3 h) le système intégré FilmArray® obtient des résultats en une heure
environ, avec seulement 2 minutes de préparation.
-permet le diagnostic des méningites a culture négative, les techniques de biologie moléculaire détectent le
génome bactérien (bactérie vivante ou non) donc un traitement antibiotique préalable (méningite décapitée) et
les conditions de transport ne modifient pas les résultats.
-la détection moléculaire par PCR multiplex a permet un diagnostic simultané de plusieurs germes à la fois =
approche syndromique.
-permet une identification rapide des bactéries, la caractérisation des sérotypes et les gènes de résistance aux
antibiotiques.
C-Limites :
-faux positifs et des faux négatifs.
- nécessité d’appareillages particuliers et de personnel qualifié.
-validation clinique nécessaire, la présence d’ADN ne signifie pas bactéries vivantes.
- culture essentielle puisqu’elle ne permet pas l’étude de la sensibilité au ATB, détecte les gènes silencieux
seulement.
- Une PCR négative d’exclut pas un diagnostic

2. Rôle du laboratoire de microbiologie dans la prise en charge des infections bactérienne du

SNC
Plan :
Introduction
I/ Généralité : Définitions :
1/La méningite
2/ les encéphalites infectieuses
3/les suppurations intracrâniennes
II/étiologies bactériennes des infections du SNC :
A/ les méningites
B/les suppurations intracrâniennes
III/ Données épidémiologiques :
 1/Méningite : -Dans le monde
-En Algérie
2/suppurations intracrâniennes : -Dans le monde
-En Algérie
IV/Diagnostic au laboratoire :
I/Les objectifs de l’examen microbiologique dans la prise en charge des infections du SCN
II/La phase pre-analytique : 1/ Fiche de renseignements
2/les prélèvements : 2/1/Quand prélever
2/2/Ponction lombaire
2/3/Hémoculture
2/4/Biopsie cutanée
2/5/Dérivation ventriculaire
2/6/Autres prélèvements
III/La phase analytique :
1/ Technique rapides du diagnostic : 1/1/Examen macroscopique du LCR
1/ 2/ Examen microscopique :A/Numération
B/Formule leucocytaire
1/3/Analyse biochimique : A/glycorachie
B/protéinorachie
C/chlorurorachie
1/4/Examen direct après coloration du GRAM sur LCR
2/tests rapides optionnels :2/1/autres études microscopiques orientées
2/2/ Biologie moléculaire amplification génique
2/3/Mise en évidence d’antigènes solubles
2/4/examen sérologique
2/5/Spectrométrie de masse
2/6/antibiogramme d’urgence
3/La culture bactérienne :a/Méningite
b/suppurations intracrânienne
c/biopsie cutanée
4/ Identification des germes en cause :a/identification biochimique
b/ identification antigénique
5/ tests de sensibilité : 5/1/ Antibiogramme
5/2/tests complémentaires
IV/ Phase post analytique : 1/ Interprétation des résultats
2/transmission de résultats
3/déclaration aux autorités
conclusion
I/Généralités : Définitions
1/La Méningite : c’estune infection des méninges, c’est-à-dire des enveloppes du cerveau. Elle se manifeste
généralement par une fièvre, des céphalées, une raideur de la nuque, une gêne à la lumière, parfois les symptômes
s’accompagnent de nausées et de vomissements.
Des signes de gravité peuvent s’ajouter : trouble de la vigilance, crises d’épilepsie, ou encore des tâches sur la peau
(purpura).
2/L’Encéphalite infectieuse :Il s’agit d’une infection du cerveau qui se manifeste par une fièvre et des signes d’atteinte
localisée de certaines régions du cerveau (là où se développe l’infection). La présentation clinique est plus grave que
celle de la méningite car elle associe des troubles de la conscience (parfois sous forme d’une agitation confuse, parfois
sous forme de somnolence voir de coma), des céphalées et des crises d’épilepsie. Ces signes témoignent de l’irritation
du cerveau par l’infection.
3/Les suppurations intracrâniennes :
Sont des infections graves se situant soit dans ou au contact du parenchyme cérébral, soit en extra
parenchymateux comprenant par ordre de fréquence décroissante, les abcès cérébraux, les empyèmes
sousduraux et les empyèmes extraduraux.
II/Etiologies bactériennes des infections du SNC :
A/Les méningites : les principales bactéries responsables de méningites sont regroupées dans ce tableau :

B/Les suppurations intracrâniennes : Les Germes en cause sont :

Les Bactéries anaérobies :

Bacilles Gram - : Bacteroides groupe fragili ,Prevotella spp, Porphyromonas spp, Fusobacterium spp
Bacilles Gram + :Clostridium spp, Propionibacterium acnes, Actinomyces
Cocci Gram + :Peptostreptococcus
Les Bactéries aérobies :Streptococcus spp : De la sphère oropharyngéeet notamment du groupe milleri particulièrement
propice àformer des abcès souvent en association avec des anaérobiesStaphylococcus aureus, Entérobactéries et
Pseudomonas aeroginosa, Haemophilus influenzae

III/Données épidémiologiques :
La connaissance de l’épidémiologie locale peut orienter le diagnostic, elle est primordiale pour l’antibiothérapie
probabiliste initiale

1/Les Méningites :
Incidence dans le monde : Les méningites à Neisseria meningitidis sont répandues dans le monde entier, alors que les
sérogroupes de méningocoques varient en fonction du temps et du lieu géographique : En France, le sérogroupe B est
prédominant (60% des cas), avec une baisse importante du sérogroupe C, en Afrique : A, C, WI35 et récemment X.
En Algérie : Etude algérienne entre 1999 et 2008 (AARN)
Neisseria meningitidis : présente à tout âge sous la forme endémo- épidémique, sa fréquence dans le LCR 31 ,81% 5
sérogroupe sont isolés régulièrement A, B, C, Y, W135
Streptococcus pneumoniae : a une fréquence dans LCR de 38,42%. Les stéréotypes isolés en Algérie sont :1 ,6,9,14,19,23
Haemophilus influenzae sérotype b : une fréquence d’isolement dans LCR de 18,83%

2/Les suppurations intracrâniennes :

Dans le monde :Une hétérogénéité importante existe, notamment entre les pays en développement et les pays
développés, que ce soit en termes de facteurs favorisants, de bactéries en cause et de pronostic, la fréquence de cette
pathologie est certainement sous-estimée dans les pays en développement, en raison du sous-équipement en imagerie
médicale
L'incidence des abcès cérébraux est de 8% des masses intracrâniennes dans les pays en développement, alors que dans
les pays développées, l'incidence est de 1% à 2%, avec une prédominance masculine

En Algérie :Une étude réalisée par Dr MERAD entre 2000 et 2011 a permet d’étudier 100 prélèvements dont les
bactéries ont été retrouvées dans 63%, la population étudie était devisée en 3 tranches d'âge :
Dans la tranche d’âge I (1-12 mois) constituée de 6 nourrissons, 3 prélèvements sont positifs à Enterobacter cloacae et
Citrobacter spp
Dans la tranche d’âge II, constituée de 22 patients âgés de 1 à 16 ans, 63,6 % des prélèvements sont positifs,
64,3% contiennent des bactéries anaérobies,
Dans la tranche d’âge III, constituée de 72 patients âgés de plus de 16 ans, 64% des prélèvements sont positifs.
Avec 71,7 %des bactéries anaérobies

IV/ Diagnostic au laboratoire :

Le diagnostic au laboratoire repose essentiellement sur l’examen du liquide céphalo-rachidien (LCR) sauf s’il existe une
contre-indication à ce prélèvement, l’examen microbiologique doit être réalisé sans délais et les premiers résultats
doivent être communiqué en urgence avec le clinicien.

I/Les objectifs de l’examen microbiologique dans la prise en charge des infections du SNC :
1/ Effectuer très vite des tests rapides sur les prélèvements (examen microscopique, Gram) pour orienter rapidement la
thérapeutique et la prise en charge du patient
2/Confirmer ou infirmer l’origine bactérienne, virale, parasitaire ou fongique par l’isolement des microorganismes
et/ou la détection du génome par amplification ou bien des anticorps produits
3/établir par la pratique de l’antibiogramme le profil de sensibilité de la souche incriminée et permettre la réévaluation
du traitement probabiliste voire arrêter un traitement si un diagnostic de certitude d’une infection a été confirmé
4/ déclarer selon la bactérie isolée les cas auprès des autorités sanitaires pour déclencher des études épidémiologiques.
5/ Actualiser pour certains microorganismes (par exemple Listeria, méningocoque, Haemophilus) l’épidémiologie
nationale des méningites bactériennes (le réseau de surveillance) en envoyant la souche isolée au Centre National de
Référence concerné.

II/La phase pré analytique :la qualité du prélèvement et le délai de leur acheminement au laboratoire
conditionne la qualité de prise en charge

1/ Fiche de renseignements :la fiche de renseignement doit être formellement déduite, la mention de caractère
épidémio-clinique est indispensable car il oriente l’approche diagnostique, comme le tableau clinique (convulsion,
purpura..), présence d’infection sous-jacente dans la sphère ORL ,prise d’antibiotique , L’âge ,l’état
immunitaire ,présence de cas dans l’entourage, traumatisme crânien ,présence de matériel prothétique (valve) la
recherche de microorganismes particuliers est à préciser ( Mycobactéries ,spirochètes )

2/les prélèvements :
2/1/Quand prélever ?En absence de contre-indication, les prélèvements doivent se faire eu début de la maladie de
préférence avant toute antibiothérapie probabiliste sauf en cas de purpura fulminans ou de sepsis grave.

2/1/ Ponction lombaire : le prélèvement du LCR se fait par ponction lombaire par un médecin expérimenté dans des
condition strictes d’asepsie en absence de toute contre-indication : hypertension intracrânienne, trouble majeur de
coagulation sanguine, infection locale au point de ponction
La quantité moyenne de LCR nécessaire pour effectuer la majorité des examens requis est de 01 ml au moins. Un recueil
dans 3 tubes stériles numérotés 1, 2, 3, destinés respectivement à l’examen biochimique, cytologique et bactériologique
L’acheminement du LCR vers le laboratoire se fait sans délai (moins de 30 minutes) en raison de la lyse rapide des
polynucléaires (jusqu’à 50 % en 2 heures), et protégé du froid en raison de la fragilité de certaines bactéries
rencontrées.
Une partie de LCR en attente d’amplification génique doit être conservé à + 04 C.
2/2 Hémoculture :Dans le cadre d’un syndrome méningé fébrile des hémocultures doivent être systématiquement
prélevées dès quepossible, ces dernières peuvent être positives même si l’examen du LCR est négatif.
2/3/ La Biopsie cutanée :en cas de purpura une biopsie de lésion cutanée peut être pratiquée afin de mettre en
évidence l’agent causal (Neisseria meningitidis ) soit par culture ou par amplification génique.
2/4/ Dérivation ventriculaire : le prélèvement de LCR à partir d’une dérivation ventriculaire externe doit se faire au
niveau de l’embout en latex de robinet proximal de vidange après une désinfection soigneuse. Dans le cas ou le matériel
est enlevé il faut l’adresser au laboratoire pour étude bactériologique .
2/5/Prélèvement d’abcès cérébraux et empyème : Pus (par ponction) : reçu dans une seringue bouchée aux deux
extrémités ou transvasé dans un tube à vis, sans admission d’O2 .L’intérêt de la chirurgie est à la fois diagnostique et
thérapeutique afin d’obtenir un prélèvement bactériologique mais aussi de drainer l’abcès et de diminuer
l’hypertension intracrânienne.
2/6/Autres prélèvements : Dans le contexte d’une méningite bactérienne du nouveau-née (transmission fœto-
maternelle) on peut effectuer ces prélèvements : méconium , placenta ,liquide amniotique et gastrique.

III/ Phase analytique : l’Examen cytobactériologique : En fonction des objectifs cités, les examens
effectués dans la première heure après réception du prélèvement sont :
1/ Technique rapide du diagnostic :
1/1/Examen macroscopique du LCR :Le LCR normal est limpide et classiquement dit ≪ eau de roche ≫. Différents

aspects pathologiques peuvent être observés : - Rosé, hématique voire hémorragique

- Jaune citrin, xanthochromique
- Trouble, purulent (eau de riz) à partir d'environ 200 éléments/mm3
En cas de PL hémorragique, l'aspect xanthochromique du LCR après centrifugation peut témoigner d'une hémorragie
méningée ancienne.
Un aspect clair n’exclut pas la présence de bactéries, de virus, ou de champignons.
1/2/Examen microscopique : Analyse cytologique qualitative et quantitative du LCR :
A/ La numération : Elle s’effectue sans délai dès la réception du prélèvement après agitation doucedu LCR sur une
cellule de comptage (Nageotte ou de Malassez), à usage unique et se compte en éléments cellulaires/mm3. LCR normal
contient moins de 05 éléments /mm3 en période néonatale le nombre d’éléments est entre 10et30 éléments /mm3
En cas d’un LCR hématique, il est recommandé de lyser les globules rouges par une solution de LAZARUS
B/ La formule leucocytaire :
Dès le nombre d’éléments dépasse 10/mm3 la formule leucocytaire est effectuée en colorant un frottis du LCR par une
coloration MGG ou le bleu de méthylène
A côté des autres éléments cytochimiques, l’équilibre leucocytaire peut fournir une orientation étiologique lors des
méningites bactérienne en classant les LCR pathologiques en LCR purulent, lymphocytaire ou panaché

1/3/ Examen direct après coloration de GRAM sur LCR :

Cet examen est très important car il permet un diagnostic présomptif rapide et une orientation de l’antibiothérapie
probabiliste surtout en cas de présence d’un inoculum bactérien important
La présence de diplocoque à gram négatif en grain de café intra /extra leucocytaire évoque une Neisseria meningitidis
La présence de diplocoque a gram positif lancéolé en flamme de bougie évoque une Streptococcus pneumoniae
Haemophilus influenzae se présente comme coccobacille a gram négatif

Analyses biochimique :
a-La glycorachie :Elle doit toujours être déterminée simultanément à la glycémie, une glycorachie normale étant égale
aux deux tiers de la glycémie. Tx normal=60% de la glycémie. La glycorachie est le premier paramètre à se normaliser
dans la PL de contrôle, la persistance d'une hypoglycorachie est un mauvais pronostic, et pouvant témoigner d'une
ventricularite
b-la protéinorachie : Les valeurs normales sont comprises entre 0,10 et 0,45 g/l, ces valeurs étant cependant plus
élevées en période néonatale jusqu'a 2 mois .Au cours du traitement, la protéinorachie est plus longue à se normaliser
que la glycorachie
C -Chlorurorachie : En cas de suspicion de méningite tuberculeuse (BK), le dosage des chlorures montre une
hypochlorurachie (normale : 110–120 meq/l).

*Voici un tableau qui résume Les données de l’examen macroscopique, cytologiques et biochimiques du LCR et qui
oriente vers 5 grandes catégories : LCR normal, purulent, lymphocytaire, panaché, hémorragique.
Remarque : pour les scores diagnostiques ; aucun paramètre cytologique ou biochimique utilisé seul est
suffisant pour permettre d’éliminer le diagnostic de méningite bactérienne donc il est recommandé d’utiliser
l’un de ces 3 scores : score BMR (bacterialmeningitis score) et Miningitest pour les enfants et le score de Hoen
pour les adultes
2/Tests rapides optionnels :
2/1/ Autres études microscopique orientées :
■ Coloration de Ziehl-Neelsen pour Mycobacterium tuberculosis ou coloration à l’auramine
■ Encre de Chine : mise en évidence des levures encapsulées (Candida neoformans).
Les leptospires et les tréponèmes sont recherches par examen du LCR au microscope a fond noir elles apparaissent
comme des filaments fins mobiles et spiralés
2/2/ Biologie moléculaire : Amplification génique Le recours à la PCR est recommandé en cas de suspicion
confirmée de méningite bactérienne avec Examen Microscopique négatif ou de LCR à Examen Microscopique + mais à
culture négative notamment en cas d’infection décapitée par un traitement ATB, la PCR permet de détecter l'ADN
bactérien même lorsque les bactéries sont [Link] recherche de gènes spécifiques de certaines bactéries (N.
meningitidis, S. pneumoniae, H. influenzae, etc.) ou éventuellement une PCR universelle utilisant un gène commun et
conservé (ARN r16S, rpoB..)
Les approches de diagnostic par PCR doivent non seulement détecter la présence de l'ADN de N. meningitidis (diagnostic
étiologique) mais également identifier le sérogroupe et même vérifier l'appartenance des souches à un même génotype,
lors des cas groupés-La PCR méningo sur du sang prélevé sur EDTA et/ou sur biopsie cutanée permet le diagnostic en
cas de forte suspicion de méningococcémie, elle permet aussi de détecteravec précision le sérogroupe et le type clonal.
D'autres bactéries peuvent être recherchées par des PCR spécifiques en fonction du contexte clinique : tuberculose,
borréliose, Mycoplasma, syphilis, etc. -Dans le cas de suspicion de méningite à leptospira, la PCR ciblée est réalisée à
partir du LCR, du sang ou des urines est préféré à la sérologie d’interprétation tardive
-La PCR universelle est utile en cas de suppurations intracrâniennes à cultures négatives.

2/3/ Mise en évidence d'antigènes solubles :Cette recherche peut être réalisé aussi bien dans le LCR que dans le
sang et dans les urines, Cette recherche présente une grande valeur lorsqu'elle est positive, en particulier en cas de
méningite décapitée par un traitement antibiotique antérieur au prélèvement, elle concerne les germes suivants :

Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae b, Streptococcus agalactiae (groupe B)

E. coli sérotype K1

Actuellement, La recherche d'antigènes solubles de N. meningitidis, d'Escherichia coli sérotype K1 (avec communauté
antigénique capsulaire K1 et N. meningitidis B), de streptocoque du groupe B et d’H. influenzae sérotype b n'est plus
recommandée à cause de la variabilité de leur sensibilité et spécificité

Plusieurs techniques peuvent être utilisées pour la recherche des antigènes solubles :
⮚ Agglutination par particules de latex sensibilisées
⮚ Contre immunoélectrophorèse
⮚ Réaction immunoenzymatique (ELISA)
⮚ La technique immunochromatographique

Intérêt de la recherche des antigènes solubles :

✔ Diagnostic rapide dès le premier jour du prélèvement.

✔ Positivité dans le cas de méningites décapitées par un traitement antibiotique.
✔ Positivité plusieurs jours après l’infection (jusqu’à 7 jours).
2 /4/Examens sérologiques :
- La recherche d’Ac sériques est éventuellement dans le LCR peut être utile notamment pour Borrelia spp et
Treponema pallidum à la recherche de la maladie de Lyme et la neurosyphilis
Ces tests sont effectués sur indication de clinicien orientés par un contexte epidemio-clinique évocateur d’étiologies
2/5/La spectrométrie de masse : elle permet dans la plus part des cas de fournir un résultat plus rapide et elle a été
même employée pour l’identification directe à partir du LCR présentant un fort inoculum bactérien
2/6/Antibiogramme d’urgence :
En cas d'examen direct positif, antibiogramme et détermination des CMI peuvent être directement tentés à partir du
LCR, et sont confirmés secondairement après isolement bactérien

3/ La Culture bactérienne :
La mise en culture est le GOLD STANDARD dans le diagnostic de confirmation des infections de SNC ; La mise en culture
systématique des différents prélèvements. Les résultats des tests rapides ainsi que le contexte clinique orientent le
choix des milieux utilisés

A/Les méningites :
Les ensemencements sont faits richement sur les milieux suivants :
*Gélose au sang cuit additionnée de supplément polyvitaminique incubée à 35℃ /48h sous atmosphère enrichie en
CO2 afin de favoriser la croissance de Haemophilus influenzae b et Neisseria meningitidis
*Gélose au sang frais incubée à35℃ pendant 48h sous atmosphère aérobie enrichie de CO2 afin de permettre la
culture de principale bactéries (méningocoque, pneumocoque, streptocoque B, Listeria monocytogène ) et également
la mise en évidence de type d’hémolyse
*Utiliser des bouillons d’enrichissement BHIBpour l’enrichissement des LCR paucibacillaire
Cas particuliers :
- Suspicion de tuberculose : Encensement sur lowenstein Jensen
- Suspicion de leptospire dans LCR : milieu Stuart enrichi en sang de lapin
b/Suppuration intracrânienne : La mise en culture doit permettre l’isolement des bactéries anaérobies et des bactéries
à croissance difficile présentes dans la sphère ORL ,on doit ensemencer les milieux utilisés dans le cas général du LCR,
aux quels on ajoutra :une gélose au sang frais pour la recherche des anaérobies incubés pendant 10 j au minimum
Une gélose sélective pour BGN ou pour streptocoques en fonction du caractère polymicrobien de l’examen
microscopique
c/les hémocultures :réaliser une subcultures dès qu’il y a une culture visible sur les milieux classiques ou à la
détection de croissance bactérienne dans les système automatisés l’ensemencement se fait de la même façon que LCR
d/ biopsies cutanées :sont ensemencées après broyage sur gélose additionnée du sang pendant 48h a 35C sous
atmosphère enrichie

4/Identification des germes en cause : L’identification doit être rapide sans dépasser 24h pour les bactéries
communément responsables de méningites
a/Identification biochimique :
☞ Lecture des cultures (boites) : Aspect des colonies
☞ Tests d’orientation : Gram, Oxydase, Catalase, Hémolyse
☞ Une galerie biochimique est réalisée en fonction des tests d’orientation :
Neisseria [Link] [Link] Cocci Gram+ BGN Listeria

● Sucres ● Optochine Galerie Galerie Galerie

● γGT ● αHémolyse FacteurX et V

satellitisme
● Bile-esculine

● Desoxycholate de sodium

Il est utile de conserver à -80 les LCR évocateurs de méningites infectieuses sans preuve microbiologique pour faire
d’autres investigation (PCR)
b/Identification antigénique
L’identification antigénique à partir de la culture peut se faire avant la réalisation des galeries biochimiques. Elle
contribue à l’identification rapide des bactéries. Cette identification antigénique concerne :Neisseria
meningitidis , Streptococcus pneumoniae ,Haemophilus influenzae b ,Streptococcus agalactiae (groupe B),E. coli sérotype
K1
L’identification antigénique peut concerner d’autres germes (salmonelles, autres streptocoques…etc.) mais qui sont
rarement isolés du LCR.
5/Test de sensibilité aux ATB :
5/1/ Antibiogramme :
L’antibiogramme doit être effectué pour chaque germe isolé à partir du LCR ainsi qu’une étude de CMI selon les
recommandations de CLSI afin de déterminer le profil de sensibilité pour la bactérie et réajuster l’antibiothérapie
probabiliste

Il doit être effectué sur gélose Mueller Hinton additionnée de sang cuit ou sang frais (en fonction des germes)
ensemencé par écouvillonnage d’une suspension bactérienne a 0.5 Mac Farland , incubée pendant 24 h à 35C sous 5%
de CO2 ou sur milieu HTM (Haemophilus influenzae b )

Les antibiotiques testés sont choisis en fonction du germe isolé également.

5/2/ Tests complémentaires :
Neisseria meningitidis : Recherche des souches de sensibilité diminuée a la pénicilline :
Des souches ont une CMI péni G >0.125mg/l leurs détection se fait par technique E test
- Haemophilus influenzae b : Recherche la bêta lactamase par l’intermédiaire du test céfinase (disque d’une
céphalosporine chromogène qui se colore en présence d’une pénicillinase) ou le test de trèfle .
-Streptococcus pneumoniae : Recherche de la sensibilité diminuée a la pénicilline G (PSDP) par l’utilisation d’un disque
d’oxacilline 1 μg ou 5 μg. La sensibilité diminuée est observée quand les diamètres ont les valeurs suivantes :
Oxacilline 1 μg : diamètre ≤ 19 mm, Oxacilline 5 μg : diamètre ≥ 25 mm, ce qui exige une détermination des CMI :
Pénicilline, Amoxicilline, Cefotaxime, Imipenème
- Bacilles à gram négatifs (entérobactéries) :recherche de le bêta lactamase à spectre élargi (BLSE)
-Staphylocoques : Recherche des souches MRSA+ par l’addition d’un disque de céfoxitine
Les entérobactéries et staphylocoques sont retrouvés dans le cas de méningites secondaires.

IV/ Phase post-analytique : Interprétation, communication des résultats et déclaration des cas
C’est là où on peut résumer le rôle primordial du laboratoire dans la prise en charge des infections bactériennes du SNC

1/L’Interprétation des résultats : prend en considération le contexte épidémio-clinique et les résultats de tous les
tests effectués afin d’attribuer une signification clinique au germe identifié
Le LCR est normalement stérile tout résultat microbiologique positif est témoin d’une infection
Les examens microbiologiques peuvent rester négatifs bien que LCR contienne un nombre important de leucocytes.
C’est la méningite aseptique, Il peut s’agir également d’une :
- Méningite bactérienne décapitée par un traitement ATB
- Méningite à micro-organisme fragile, difficile à mettre en évidence ou ne se développant pas sur milieux usuels
- Une authentique méningite aseptique observée dans des maladies inflammatoires
- Encéphalite limbique paranéoplasique
Les abcès cérébraux compte à eux peuvent être polymicrobiens, avec présence de bactéries anaérobies.

2/Transmission des résultats :

A chaque étape du diagnostic, le médecin doit être au courant des résultats surtout quand ils sont positifs.
Dans le cadre d’un LCR, les résultats sont immédiatement transmis et doivent être disponibles pour le service clinique
sous forme d’un compte rendu écrit
Un résultat anormal impose de contacter sans délai le médecin, une trace de cette communication est conservée.

3/Déclaration aux autorités sanitaires : Les méningites à méningocoque et à Listeriafont partie des maladies à
déclaration obligatoire. Elles doivent être signalées sans délai par le médecin ayant pris en charge le patient, pour
permettre :Une prise en charge rapide des sujets contacts (antibioprophylaxie) en cas de méningocoque (famille,
collectivité) ou afin de rechercher un aliment source de la contamination en cas de Listeria.
 3. Prise en charge thérapeutique des infections bactériennes du SNC

I. Infections bactériennes du système nerveux central

1. Méningite bactériennes
 Définition
 Principales étiologies
 Facteurs de risque
 Présentation clinique
2. Abcès cérébrale
 Définition
 Pathogénèse
 Principales étiologies
 Présentation clinique
3. Empyème sous dural
 Définition
 Principales étiologies
 Présentation clinique
II. Les modes de contamination du système nerveux centrale
A) La voie hématogène
B) Par contigüité
C) La voie neurale
III. Prise en charge thérapeutique des infections bactériennes du système nerveux central
A) Prise en charge thérapeutique de la méningite bactérienne
1) Traitement antibiotique
 Urgence de l’antibiothérapie chez un patient présentant une méningite présumée bactérienne
 Antibiothérapie versus ponction lombaire
 Choix de l antibiothérapie
 Voie d’administration et durée de l’antibiothérapie
 Contrôle du traitement antibiotique
2) Traitement adjuvant
2.1) Corticostéroïdes
2.2) Traitement des convulsions
2.3) Traitement d’hyper-tension intra crânienne
2.4) Lutte contre les désordres hydro électrolytiques, la fièvre et l’hyperglycémie
B) Prise en charge thérapeutique des Abcès cérébraux
1) Traitement antibiotique
 Propriétés des antibiotiques recherchés en cas d’abcès cérébral
 Choix de l’antibiothérapie
 Voie d’administration et durée de l’antibiothérapie
2) Traitement adjuvant
2.1) La corticothérapie
2.2) Les anticonvulsivants
C) Prise en charge thérapeutique de l’empyème sous dural
 I. Infections bactérienne du système nerveux central

1. Méningite bactérienne :

2. Abcès cérébral :Abcès du cerveau : collection suppurée développée au sein du parenchyme cérébral due à
une infectionbactérienne. Ils sont d’origine locale ou d’origine générale.
 Principales étiologies

Les agents pathogènes les plus courants dans les abcès cérébraux associés à la sinusite para nasale sont les
streptocoques aérobies (généralement du groupe Streptococcus milleri) et anaérobies, les espèces Haemophilus, les
espèces Bacteroides, Staphylococcus aureus, et Entérobactériacées. Les agents pathogènes les plus courants dans les
abcès cérébraux dus à des infections dentaires sont les streptocoques, les espèces Bacteroides fragilis et Fusobacterium.
La majorité des abcès cérébraux qui sont associés à une otite moyenne chronique sont dus aux streptocoques, aux
espèces Bacteroides, à Pseudomonas aeruginosa et aux Enterobacteriaceae.

Le site d'infection le plus fréquent en dehors du SNC pour la dissémination hématogène et la formation d'abcès
cérébraux est les poumons. Un abcès cérébral associé à une infection pulmonaire pyogène (abcès pulmonaire et
empyème) est souvent dû aux espèces Streptococcus, aux staphylocoques, aux espèces Actinomyces, aux espèces
Fusobacterium et aux astéroïdes Nocardia. Lorsque l'endocardite est à l'origine d'un abcès cérébral, l'organisme
responsable est souvent le streptocoque viridans ou le Staphylococcus aureus.

3. Empyème
 Définition :Empyème intracrânien : collection suppurée développée dans l’espace sous-dural (entre la dure mère et
l’arachnoïde,) ou dans l’espace extra-dural (entre la dure mère et l’os).
 Principales étiologies

Les organismes responsables les plus courants sont les anérobies, les streptocoques aérobies, les staphylocoques, H.
influenzae, S. pneumoniae et autres bacilles gram-négatifs. Les organismes les plus courants dans Les SDE intracrâniens
secondaires à la sinusite para nasale sont des streptocoques anérobies et microaérophiles, en particulier ceux du groupe
S. milleri (S. milleri et S. anginosus) .

II. Mode de contamination du SNC

La contamination du SNC se fait essentiellement par 3 voies
A) La voie hématogène
Voie artériel : quelque soit l’agent pathogène en cause et le site de l’infection la voie artériel est le mode de
contamination principal du [Link] disposition des divisions artériels intracérébrales explique que le siège de
développement des pathologies distribué par cette voie soit à la jonction substance blanche /substance grise ou dans le
territoire des artères perforantes ;les localisations métastasiques cérébrale répondent au même mode de distribution
Voie veineuse : la dissémination par voie veineuse est rare .les veines sont cependant un vecteur de l’extension de
l’infection par le biais de micro- thrombophlébite
B) Par contigüité :Il s’agit du deuxième mode de contamination par ordre de fréquence .l’infection cérébrale se
fait à partir d’une infection du massif facial (sinusite) ou des rochers (otite) qui vas entrainer une infection
osseuse, pour provoquer soit un abcès intracérébrale soit une collection péri cérébrale (empyème extra ou sous
dural ).le siège des lésions est donc surtout frontal ou temporal
C) Voie neurale : Elle est nettement moins fréquente que la dissimilation par voie hématogène cependant elle
explique sans doute l’atteinte des noyaux des nerfs crâniens dans la listériose

III. Prise en charge des infections bactériennes du système nerveux central

A) Prise en charge de la méningite bactérienne

1) Le traitement antibiotique :
  Urgence de l’antibiothérapie chez un patient présentant une méningite présumée bactérienne

La mise en route de l’antibiothérapie au cours des méningites bactériennes est une urgence absolue, le pronostic
immédiat et à moyen terme dépendent de sa précocité, il a été démontré que tout retard dans la prise d’antibiotique
est associé à une augmentation de la mortalité et à un mauvais résultat neurologique. Dans une étude, un retard de 6
heures a été associé à une mortalité huit fois plus élevée

 Antibiothérapie versus ponction lombaire

La ponction lombaire est l’élément clé du diagnostic. Toute situation conduisant à retarder la ponction lombaire impose
la mise en place d’une antibiothérapie probabiliste en raison du lien étroit entre le pronostic et la précocité de mise en
route du traitement.
L’antibiothérapie doit être débutée avant la ponction lombaire dans trois situations :
-purpura fulminans ;
- prise en charge hospitaliere ne pouvant pas être réalisée dans les 90 minutes ;
- contre-indication a la réalisation de la ponction lombaire pour l’une des raisons suivantes :
 anomalie connue de l’hémostase, traitement anticoagulant efficace, suspicion clinique d’un trouble
majeur de l’hémostase
 risque élève d’engagement cérébral
 instabilité hémodynamique

Il est recommande dans cette situation de pratiquer une hémoculture avant l’antibiothérapie lors de la prise en charge
initiale. La ponction lombaire sera réalisée des que possible (âpres correction des anomalies) pour identifier l'agent
pathogène méningé par coloration de Gram et culture malgré que l antibiothérapie initiale empirique peut entraîner
une altération du tableau du LCR, la coloration de Gram et les cultures peuvent être négatives

 Choix de l antibiothérapie :

Le choix de la couverture empirique doit être basé sur les agents pathogènes les plus courants (pneumocoque,
méningocoque) et le schéma local de résistance aux antibiotiques ainsi que les antécédents, les facteurs de risque, le
statut immunitaire du patient.

Chez les enfants et les adultes jusqu'à 55 ans, la thérapie empirique comprend une combinaison de céphalosporine de
troisième ou quatrième génération et de vancomycine. Cette dernière est ajoutée en raison de la possibilité qu'une
souche de Streptococcus pneumoniae résistante à la pénicilline et aux céphalosporines soit l'organisme responsable.
Dans les régions où la prévalence de S. pneumoniae résistant aux céphalosporines est faible (résistance < 1%), une
céphalosporine de troisième génération (soit le céfotaxime, soit la ceftriaxone) suffitgénéralement comme traitement
empirique.L'acyclovirest ajouté jusqu'à ce que l'encéphalite à HSV ait été exclue.

L'ampicillineest ajoutée au régime empirique pour la couverture de Listeria monocytogenes chez les personnes âgées
de moins de 3 mois, de plus de 55 ans et chez celles qui sont atteintes d'une maladie chronique ou immunodéprimées.
La doxycycline doit être envisagée en cas de suspicion d'une étiologie bactérienne transmise par les tiques. Chez les
patients souffrant de mastoïdite, d'otite ou de sinusite, il faut ajouter du métronidazole pour couvrir les anaérobies
gram-négatifs. Les patients chez qui on suspecte une méningite associée à une procédure neurochirurgicale doivent
être couverts de manière empirique contre Staphylococcus aureus et les bactéries gram-négatives, y compris
Pseudomonas aeruginosa. Le traitement empirique dans cette population doit inclure la vancomycine plus la
ceftazidime ou le méropénem plutôt que la ceftriaxone ou la céfotaxime pour assurer une couverture adéquate contre
Pseudomonas [Link] thérapie antimicrobienne est modifiée après identification de l'agent pathogène et après
que la sensibilité aux antimicrobiens soit connue.

Voie d’administration et durée de l antibiothérapie :L'antibiothérapie doit être administrée par voie intraveineuse pour
obtenir des concentrations élevées dans le LCR. La durée des antibiotiques dépend de l'organisme responsable : 7 jours
pour Haemophilus influenzae b ouN. meningitides, 10-14 jours pour S. pneumoniae, et 3 semaines pour les bacilles à
Gram négatif, Streptococcus agalactiae et L. monocytogenes .
Contrôle du traitement antibiotique par la réalisation d’une nouvelle PL :Avec un traitement antibiotique approprié, la
culture du LCR et la coloration de Gram deviennent négatives en 24-48 h, le glucose du LCR se normalise en 72 h,
l'augmentation des cellules et des protéines peut persister pendant plusieurs jours et la fièvre diminue en une semaine.

Une nouvelle PL peut être nécessaire en cas

 méningite à pneumocoque avec une CMI de la céphalosporine utilisée supérieure a 0,5 mg/l ;
 l’évolution clinique n’est pas favorable âpres 48–72 heures de traitement, âpres imagerie cérébrale à la
recherche d’un empyème ou de complications intracérébrales qui pourraient justifier un geste chirurgical. Un
tube supplémentaire de LCR est prélève afin de pouvoir mesurer la concentration de la céphalosporine de
troisième génération utilisee.
 Un contrôle de LCR peut être effectue a 48–72 heures de traitement pour les méningites à bactéries
inhabituelles (autres que pneumocoque, méningocoque, Haemophilus et Listeria).

2) Traitement adjuvant :-Corticostéroïdes-Traitement des convulsions-Traitement de l’hypertension intracrânienne

(HIC)-Lutte contre les désordres hydro électrolytiques, la fièvre et l’hyperglycémie

B) Prise en charge thérapeutique des abcès cérébraux

1) Traitement Antibiotique :
Propriétés des antibiotiques recherchés en cas d’abcès cérébral : Les antibiotiques doivent être administrés en cas de
suspicion clinique d'abcès cérébralLes deux propriétés essentielles recherchées pour un antibiotique dans le traitement
des abcès cérébraux sont une bonne pénétration dans le parenchyme cérébral et un spectre adapté aux germes
classiquement responsables d’abcès.

Le chloramphénicol en est l’exemple classique. Il a été utilisé très largement pendant de nombreuses années dans le
traitement des abcès cérébraux, mais il a depuis été totalement abandonné en pratique courante depuis l’arrivée de
molécules beaucoup moins toxiques et plus bactéricides comme les céphalosporines de troisième génération.

Choix de l’antibiothérapie :Les molécules dont le spectre est adapté aux principaux micro-organismes en cause
(streptocoques, anaérobies) et qui ont une pénétration intracérébrale satisfaisante (en général à fortes doses) sont la
pénicilline G, l’amoxicilline, le céfotaxime, le cotrimoxazole et le métronidazole.

Chez les personnes immunodéprimées, la couverture empirique doit inclure les agents antifongiques.
Une fois que l'organisme est identifié dans les cultures, l'antibiothérapie peut être modifiée pour obtenir le traitement
le plus efficace. Cependant, 27 % des abcès cérébraux sont de nature polymicrobienne et un antibiotique à large spectre
est conseillé jusqu'à ce que des cultures de l'abcès cérébral lui-même soient disponibles ou que des hémocultures
répétées soient stériles

2) Traitements adjuvant La corticothérapie et Les anticonvulsivants

C) Prise en charge thérapeutique de l’empyème sous dural Des antibiotiques par voie intraveineuse pendant une
période totale de 3 à 6 semaines sont nécessaires et la surveillance peut être effectuée par ultrasons ou par une
nouvelle tomographie ou une nouvelle IRM. Chez les nourrissons, l'empyème sous-dural est souvent secondaire
à la méningite, et une antibiothérapie est nécessaire pendant 6 à 8 semaines.

4. Abcès du cerveau : épidémiologie, étiologie, méthodes de diagnostic

II-Définitions:

- Un abcès cérébral: se définit comme une collection purulente d’origine infectieuse qui se développe dans le
parenchyme cérébral
III-Etiologie des abcès cérébraux:Une grande variété de germes peut être isolée selon l‘étiologie de la suppuration. Les
bactéries anaérobies occupent une place importante. Elles sont suivies des Streptocoques, du Staphylococcus aureus,
puis des bacilles à Gram négatif aérobies.
 Bactéries anaérobies :
-Surtout Bacteroides fragilis, Bacteroides spp
-Prevotellamelaninogenica ,Prevotelladenticola
-Fusobacterium nueleatum
-Peptostreptococcus spp.
 Bactéries aérobies :
-Bacilles gram négatif : Entérobactérie, Pseudomonas, Haemophilus influenzae.
-Cocci gram positif : Staphylococcus aureus , Staphylococcus épidermidis , Streptococcus spp, streptococcus oraux,
streptococcus b-Haemolytique, Streptococcus pneumoniae , Entérocoques.
 Autres :
-Nocardia spp.
-Actinomyces sp.
-Mycobacterium tuberculosis.
-Champignons :Cladophialophorabantiana, aspergillus, toxoplasmose.
-Listeria monocytogenes.

IV-Epidémiologie:

1. Données épidémiologiques :

Dans le monde :

L'incidence des abcès cérébraux est de 8% des masses intracrâniennes dans les pays en développement, alors que dans
les pays développées, l'incidence est de 1% à 2%, avec une prédominance masculine

En Algérie : une étude réalisée par Dr MERAD entre 2000 et 2011 a permet d’étudier 100 prélèvements dont les
bactéries ont été retrouvé dans 63%

La population étudie était devisée en 3 tranches d'âge :

-Dans la tranche d âgeI( 1-12 mois) constituée de 6 nourrissons, 3 prélèvements sont positifs à Enterobacter cloacae et
Citrobacter

Dans la tranche d’âge II, constituée de 22 patients âgés de 1 à 16 ans, 63,6 % des prélèvements sont positifs. 64,3%
contiennent des bactéries anaérobies,

-Dans la tranche d’âge III, constituée de 72 patients âgés de plus de 16 ans, 64% des prélèvements sont positifs. Avec
71,7 %des bactéries anaérobies

2. Mécanisme d‘infection

 Classiquement, les suppuration sont la conséquence

 Soit d’une infection de voisinage (3):

- sinusite , infection dentaire : streptocoques et anaérobies

- Otites moyenne aigue ,mastoïdite: streptocoques ,anaérobies, entérobactéries ,parfois Pseudomonas aeroginosa

 Soit d’une dissémination hématogène : lié surtout à l’augmentation de la part des patients immunodéprimés :les
germes en cause sont variés avec champignons ,protozoaires et bactéries (Streptocoques, anaérobies, Staphylococcus
aureus,,,,)

 Soit d’une pénétration de contiguïté liée à la rupture de la barrière méningoencéphalique (traumatisme crânien
ouvert ou à corps étranger, complication neurochirurgicale):S. aureus, S epidermidis P. aeruginosa

 Dans 15-20% la porte d’entrée est inconnu

V-Diagnostic des abcès cérébraux:

V-1 Diagnostic clinique:

 Symptomatologie:Il y a deux types d’abcès cérébraux au niveau des symptômes. Soit l’abcès s’installe sans que le
patient ne s’en rende compte, soit il arrive brutalement, on dit alors que l’abcès est fulminant.
Les principaux symptômes fièvre, avec un déficit neurologique des [Link] la taille de l'abcès est importante,
il peut exister des signes d'hypertension intracrânienne avec nausées ou vomissements, des maux de têtes,
une somnolence. La triade classique associe fièvre.
L'abcès est visualisé par scanner crânien ou par IRM sous forme d'une cavité entourée d'une coque hyperdense. et
suivi par le diagnostic bactériologique.

V-2 Diagnostic bactériologique:

Le diagnostic microbiologique est alors le plus souvent obtenu grâce à l’utilisation des techniques standard optimisées,
notamment à la recherche d’anaérobies et si besoin de techniques de biologie moléculaire, permettant l’adaptation de
l’antibiothérapie, en privilégiant les molécules ayant une bonne pénétration intracérébrale.

V-2-1 Prélèvement:
-Les pus de l’abcèsdu cerveau, d’empyèmes sont recueillis à la seringue en per-opératoire
Un minimum de 03 ml de pus est prélevé à la seringue stérile (recherche anaérobiose) en évitant le contact avec
l’oxygène et sans faire de bulles.
-Hémocultures multiples (recherche aero-anaérobiose) + tube sec sans oublier des prélèvements de gorge, de sinus,
d’un foyer suppuré qui souvent héberge un germe identique au germe intracérébral.
-ponction lombaire: de LCR peu contributive et dangereuse.
-Eventuellement ponction ou aspiration chirurgicale.

V-2-2 Transport:
Il faut éviter au maximum l'exposition à l'air Le pus est acheminé vers le laboratoire, soit directement dans la seringue
bouchée aux deux extrémités, soit après avoir été transvasé dans un tube stérile, donc envoyer le plus vite possible. Il
est souhaitable surtout en cas d'étude quantitative, de transporter le prélèvement dans des conditions d'anaérobiose
strictes, c'est-à-dire de le placer dans des jarres anaérobies ou d'utiliser des milieux de transport spéciaux (bouillon au
Thioglycolate ) ou dans un milieu de Stuart, qui a l'avantage de n'être pas nutritif, et de ne pas permettre la prolifération
d'une spore associée.
V-2-3 Fiche de renseignement:
Le prélèvement doit être accompagné d’une fiche de renseignement bien rempli contenant (le nom, prénom de
malade, service, médecin traitant, antécédents médicaux et chirurgicaux, signes cliniques, état du malade des maladies
sous jacentes).

V-2-4 Examen microscopique:

-Etat frais.
-Coloration de Gram: :permet d’apprécier la morphologie : flore monoou pluri-microbienne. Des techniques de
fluorescence peuvent être utiles pour reconnaître certaines bactéries (B. melaninogenicus, B. fragilis)
-Coloration bleu de méthylène
-Coloration Ziehl neelson (sous demande) pour la tuberculose

V-2-5 Culture et isolement :

Mise en culture de prélèvement sur différents types de milieux, il faut rechercher les germes anaérobies et aérobies
-Gélose au sang frais: atmosphère aérobie, incubation 24h/37°C
-Gélose sang cuit:atmosphère sous CO2, incubation 48h/37°C
-Colombia au sang frais: anaérobie, incubation 48h/37°C
-Sabouraud + chloramphénicol:aérobie, incubation 48h/ 37°C
-Colombia au sang laqué + acide nalidixique:anaérobie, 5 à 7 jours/37°C
-Utiliser un milieu convenable pour les anaérobies, qui sont à la fois des bactéries exigeantes en facteurs de croissance
et sensibles à l'oxygène.
Des milieux sélectifs contenant des antibiotiques auxquels les anaérobies sont résistants (Kanamycine par exemple).
Incubation en anaérobiose en jarre ou chambre anaérobie pendant 48hr à 5jr.
Enrichissement sur milieu TGY.
-Gélose nutritif ordinaire ou additionnée par 5% de sang frais : pour listeria atmosphère normal enrichi par CO2 et
incubation 48h/ 24-37°C.
-Lowenstein-Jensen ou une de ses multiples variantes (Coletsos): milieux solides à base d'œufs, additionnés en
proportion variable d'asparagine, de glycérine ou de vert malachite. La culture est aussi possible en milieu liquide
(Middlebrook...) incubation 2 à 4 semaines pour le tuberculose.

V-2-6 Identification:
 Anaérobies:
A partir des cultures, l'identification procède elle-même par plusieurs étapes :
-Aspect des colonies peut orienter le diagnostic selon: la taille, pigmentation (noir pour Porphyromonas spp et
certaines Prevotella spp), aspect, hémolyse(double hémolyse [Link])
-une étape morphologique : il faut refaire un Gram :Aspectmorphotinctoriale :forme, taille ,renflement,
ramification, spore….
-Repiquage en aérobie et en anaérobie pour vérifier le caractère anaérobie des bactéries.
Le diagnostic du genre par une technique chromatographique en phase gazeuse. Celle-ci consiste à analyser , les
produits terminaux de fermentation qui témoignent du métabolisme bactérien : qu'il s'agisse d'acides volatils
(acétique, propionique, butirique) ou non volatils (lactique, succinique).
-Le diagnostic de l’espèce par galeries biochimiques en étudiant la fermentation des différents sucres Api 20A
(incubation en anaérobiose de 24 à 48hr, galerie rapide ID32A, API 20A, APIZYM, rapide ANAII révèlent la présence
d’enzyme préformé par la bactérie.

 Aérobie:
-Les galeries API20E ont été utilisées pour les Entérobactéries
-Les bacilles à Gram négatif, oxydase positive ont été identifiés à l aide de galeries API non E. Pseudomonas,
Acinetobacter...
-Haemophilus influenzae, grâce aux facteurs X et V.
-Les cocci à Gram positif, par la recherche de la catalase, la sensibilité à l’optochine pour Streptococcus
pneumoniae, la coagulase pourStaphylococcus aureus, et par le groupage à l’aide de Strepto Kit pour les
Streptocoques.
-Listeria recherche de beta hémolyse, CAMP test positif, API LISTERIA, lysogénie
-tuberculose: aspect microscopique BAAR typique, colonies spécifique aspect rugueux en chou fleur, blanc crème et
des tests biochimiques (accumulation de niacine, catalase thermolabile, présence de nitrate réductase).

V-2-7 Technique de biologie moléculaire:

L’analyse en biologie moléculaire grâce à l’amplification de l’ARN 16S bactérien par PCRpour le diagnostic bactérien.
Cependant, est une alternative intéressante, notamment en cas de prise préalable d’antibiotiques, et de la présence de
germes à croissance lente ou difficile où le diagnostic sera plus rapide qu’avec les cultures standards.

v-2-8 MALDI-TOF SM (matrix assisted laser desorption ionisation –time of flights )

V-2-9 Etude de sensibilités aux antibiotiques:

L’antibiogramme est pratiqué sur milieu enrichies par la méthode de diffusion disques, mais cela pose un problème en
ce qui concerne son interprétation. En effet, si elle peut être quantitative en ce qui concerne les germes aérobies, il n'est
pas du tout démontré que cette méthode des disques le soit pour les anaérobies, elle permet de savoir si une bactérie
est sensible ou résistante à tel antibiotique, mais sans pouvoir chiffrer cette sensibilité ou cette résistance.
 Par méthode de l'antibiogramme:
-Le milieu Muller Hinton additionné ou non de sang frais ou cuit a été utilisé pour les aérobies et aero-anaérobies.
-Lowenstein-Jensen pour la tuberculose
- Pour les anaérobies:Les milieux recommandés :
Gélose Wilkins Chalgren + sang.
Gélose Brucella + K1 + sang.
-La nouvelle norme du CLSI n'autorise l'emploi que du seul milieu Brucella + 5 % de sang laqué.
-Selon les recommandations du CA-SFM les antibiotiques à tester systématiquement sont ( AM, AMC, IMP, CMN, VAN,
Chloramphénicol, métronidazole) et ceux à utiliser en tests complémentaires sont (TC, TCC,PIR, FOX, CTX, Colistine,
rifamycine, ofloxacine seulement pour Peptostreptococcus et Propionibacterium et infection osseuses et cérébrales)
- Incuber les boîtes immédiatement après l'ensemencement à 37 °C en anaérobiose optimale avec une concentration en
CO2 ≤5% (pour éviter la diminution de l’activité des macrolides). Lecture à 48 h.
- Utiliser des témoins de croissance et des souches de référence.
Le CLSI a proposé la méthode de dilution en gélose comme méthode de référence.
Cette méthode est difficilement utilisable en routine.
- d'autres techniques de remplacement ont été proposées:
 diffusion à partir de disques en milieu gélosé : la plus utilisée
 Galerie Api ATB ANA
 E - test pour détermination de CMI
 Microdilution en plaque
 Système Spiral
 Élution de disques en bouillon (non recommandée)
 Des méthodes automatiques sont également disponibles.

 Tests complémentaires:
-Pourles aero-anaérobies et aérobies:
-Chez les Entérobactéries, les Pseudomonas aeruginosae et Acinetobacter spp cherche de la BLSEpar test de
synergie et test de double disque, aussi détection de céphalosporinases et carbapenemases.
-Cherche de beta-lactamases par technique de trèfle chez les Staphylococcus spp les Haemophilus, Entérocoques.
-détection de Streptococcus pneumonie de sensibilité diminuée aux beta-lactamines pénicilline.
-recherche de staphylocoques résistant aux méticilines SARM et de sensibilité diminuée de aux glycopeptides.
-recherche des entérocoques de sensibilités diminuées aux glycopeptides vancomycine et teichoplanine
-recherches d'Haemophilus de sensibilité diminuée aux beta-lactamines BLANAR
-Pour les anaérobies:
Certaines espèces sont sécrétrices de β. Lactamases, d'autres sont
résistantes au métronidazole. Les Bacteroides groupe fragilissont résistants à de nombreux antibiotiques
Selon le CLSI :
-les souches de Bactéroïdes du groupe fragilis sont présumé résistantes à la pénicilline et à l'ampicilline
-La recherche de la céphalosporinases doit être réalisée pour toutes les souches de Bactéroïdesdu groupe fragiliset
de Prevotellapar la technique acidimétrique La réaction est négative si la couleur reste [Link] positive montre un
virage du pourpre au jaune : dans ce cas répondre résistant pour les aminopénicillines les carboxypénicillines, les
céphalosporines 1ère et 3ème génération.
-Détection de β.lactamase par test à la céfinase chromogène pour Fusobacterium spp,
Porphyromonas spp et Clostridium butyricum, Clostridium clostridioforme, et Clostridium
ramosum.
-Pour Prevotella, la détection par la nitrocéfine n'est pas aisée (faible affinité pour le
substrat, production à bas niveau, pigmentation des souches). On recommande un E test pour l'amoxicilline: Les CMI
de l'amoxicilline sont inférieures à 0,5mg/L pour les souches nonproductrices de ß-lactamases.
VI-Traitement:
-Recherche de porte d'entrée:
La porte d’entrée doit être traitée en urgence s’il s’agit d’un foyer infectieux iatrogène ou traumatique pour enlever le
matériel septique. Cela ne doit néanmoins pas différer le traitement médical. Le traitement de la porte d’entrée, dans
les autres circonstances, peut parfois être différé.
-effectuer une IRM et un scanner TDM
-traiter tous les abcès du cerveau par les antibiotiques habituellement par chloramphénicol, car il franchit la barrière
hématoméningée, détermine de bonnes concentrations dans le tissu cérébral, et est actif sur tous les anaérobies, mais
son emploi est limité du fait de son hématotoxicité.
La céftriaxone ou le céfotaxime plus métronidazole en cas de suspicion de bactéroïdessp ou par la vancomycine en cas
de suspension de [Link] qui est suivi généralement par aspiration stéréotaxique ou un drainage chirurgicale guidés
par TDM.
-si les abcès ont un diamètre inferieur à 2 cm traiter seulement par les antibiotiques et contrôlé par l'IRM et TDM si les
abcès augmente de volume après avoir été traité par les antibiotiques, un drainage chirurgicale indiqué
-Choix de l’antibiothérapie:
Les deux propriétés essentielles recherchées pour un antibiotique dans le traitement des abcès cérébraux sont :
- une bonne pénétration dans le parenchyme cérébral
- un spectre adapté aux germes classiquement responsables d’abcès.
-L’antibiothérapie doit être ajustée en fonction des résultats de l’antibiogramme.
5-Infections bactériennes du SNC à [Link]
I- Infections bactériennes du SNC :

Méningite :
Est une inflammation des méninges, dont l'origine est généralement infectieuse. Elle se traduit par un syndrome
méningé (céphalées, raideur de la nuque, photo- et phonophobie, vomissements) et un syndrome infectieux avec fièvre
élevée.
Les infections suppurantes intracrâniennes : sont des affections graves. Elles sont divisées en deux catégories:
- Abcès cérébral : collection purulente d’origine infectieuse qui se développe dans le parenchyme cérébral.
- Empyème : collection suppurée développée dans l’espace sous-dural (empyème sous-dural) ou dans l’espace extra-
dural (empyème extra-dural).

Remarque : à l’exception des méningites, les autres infections du SNC ont rarement le pneumocoque comme étiologie

II- Rappel bactériologique :

Streptococcus pneumoniae ([Link]) est une bactérie communément appelée « pneumocoque ». Elle
appartient au genre Streptococcus.

Le pneumocoque se présente sous la forme de cocci à Gram positif, en diplocoque, lancéolés, en flamme de
bougie, encapsulés, groupés par paire. Sa capsule, de type polyosidique, permet de classer les pneumocoques en 45
sérogroupes (sérotypes regroupés selon des similitudes antigéniques) et 98 sérotypes, dont l'importance est variable en
médecine humaine (virulence en fonction de la taille et la composition de la capsule). Des réactions croisées sont
possibles entre certains sérotypes d’un même sérogroupe (Ex 19F dans le vaccin et 19A non vaccinal; 23 F et A et B).
Cette capsule permet aussi un échappement au système immunitaire de l’hôte en résistant à la phagocytose.

[Link] se développe sur une gélose au sang, en milieu enrichi en CO2 ou anaérobie. Le pneumocoque donne des
colonies lisses, transparentes, entourées d'une zone d'hémolyse (partielle et verdissante en présence d’oxygène et
complète en l’absence), parfois muqueuses (sérotypes 3 et 37) ou en gouttes de rosée (sérotype 34). A la suite de
plusieurs repiquages successifs en culture (autolyse spontanée), les colonies deviennent rugueuses : cela correspond
aux pneumocoques ayant perdu leurs capsules.

S. pneumoniae est une bactérie commensale des voies aériennes supérieures de l’homme. Le réservoir est
représenté essentiellement par le rhinopharynx des porteurs asymptomatiques. La colonisation du rhinopharynx
apparaît précocement au cours de la vie et atteint son maximum en âge préscolaire.

Dans certains cas, il est capable de traverser les tissus, entraînant des infections très diverses (essentiellement la
septicémie et la méningite) représentant les formes invasives graves de la maladie.

III- Epidémiologie :

1- Données épidémiologiques :

[Link] est l’une des principales bactéries responsables des méningites bactériennes communautaires, elle est à
l’origine de plus de 80 % des cas confirmés avec Neisseria meningitidis. Elleest la principale étiologie chez l’enfant avant
2 ans et chez l’adulte à partir de 25 ans.

Les séquelles d’une infection neuroméningée à pneumocoque ne sont pas rares en particulier pour l’adulte chez qui la
fréquence est comprise entre 30 et 50 %. Chez l’enfant, les séquelles sont moins fréquentes de l’ordre de 15 %.

Les flambées de méningite à pneumocoque signalées se limitent à l’Afrique subsaharienne (ceinture méningitique), une
zone qui couvre 26 pays où le taux de létalité est très élevé (36%-66%).

En Europe : L’incidence de la méningite bactérienne s’élève à 1–2 cas pour 100 000 habitants par an, elle est
majoritairement causée par [Link] (environ 50% des cas) chez l’adulte.

En Algérie : Entre 2010 et 2014, parmi 207 épisodes d’infections invasives à pneumococque (IIP) enregistrés au CHU
Mustapha bacha, 60% des cas ont présenté des méningites. Les sérotypes les plus fréquemment associés aux IIP, étaient
de fréquence décroissante 14, 19A, 19F.

Selon le 18ème rapport (2017) du réseau Algérien de Surveillance de la Résistance des Bactéries aux Antibiotiques
(AARN) ; 88 souches de pneumocoque isolées à partir du LCR ont étéidentifiéesdansdifférentslaboratoiresenAlgérie.
Avec pour les souches testées : 70.4% (31/44) avaient une CMI à la pénicilline ≥ 0.12 µg/ml
Les sérotypes les plus isolés dans le LCR étaient : 23F, 3, 23A, 18C et 14.

2- Facteurs de risque :

Deux catégories de facteurs de risque de méningite à [Link] sont individualisables :

Risque de brèche ostéoduremérienne Sensibilité du sujet

- Antécédents de traumatisme crânien - Ages extrêmes de la vie : < 2 ans et > 65 ans.
ou de chirurgie intéressant la base du - Infections virales (la grippe++).
crâne - Déficits immunitaires humoraux, congénitaux ou
- Existence d’une rhinorrhée acquis (hémopathies, infections par le VIH….).
- Neutropénies primaires ou secondaires.
- Déficits de la clairance des pneumocoques :
hyposplénie, asplénie anatomique ou fonctionnelle,
splénectomie, drépanocytose.
- Terrains particuliers : IRC, insuffisance cardiaque,
diabète, cirrhose, alcoolisme…..
- Promiscuité : camps militaires, prisons, foyers…..

IV- Physiopathologie :

La bactérie diffuse par :

- Contiguïté à partir d’un foyer ORL, ou d’un portage oropharyngé chez les sujets porteurs d’une brèche
ostéoméningée. Parfois, elle diffuse par voie hématogène à partir d’un foyer profond (poumon).
- Inoculation directe (rare) : postopératoire de neurochirurgie, traumatisme crânien.

Elle peut envahir l’espace méningé, créant une « méningite à pneumocoque ». L’invasion de l’espace méningé
déclenche une réaction inflammatoire locale, de type et d’intensité variables et selon l’immunocompétence du patient.
Cette réaction inflammatoire est délétère pour le parenchyme cérébral (du fait de phénomènes de nécrose purulente,
d’ischémie et d’hypertension intracrânienne) et peut être responsable de séquelles, voire du décès de la personne.

La variation saisonnière des infections à pneumocoque (méningites) serait en relation avec les infections virales
saisonnières (grippe) qui joueraient un rôle facilitateur.

V- Diagnostic bactériologique :
1- Prélèvements :

L'analyse du liquide céphalorachidien (LCR) est incontournable devant toute suspicion d'infection du système nerveux
central.

- Le LCR : est prélevé par ponction lombaire dans des conditions d’asepsie rigoureuses, idéalement avant toute
antibiothérapie. La quantité moyenne du LCR suffisante pour la majorité des examens à réaliser est de 3 ml,
recueillie dans 3 tubes stériles numérotés 1, 2, 3 servant respectivement à l’examen biochimique,
bactériologique et cytologique.
- La réalisation d’une hémoculture systématique : Elle est positive dans 50 à 75% des cas, il y a une corrélation
directe entre l’inoculum bactérien dans le sang à celui du LCR.
- Autres : oropharyngé, auriculaire ou respiratoire peuvent être effectué à la recherche d’une éventuelle porte
d’entrée.
2- Fiche de renseignement : qui doit préciserl’antibiothérapie en cours, l’âge, le statut immunitaire, le type
d’immunodépression, le contexte clinique et épidémiologique (convulsion, cas dans l’entourage, actes de
neurochirurgie ou de chirurgie ORL)……
3- Transport : Le transport du LCR au laboratoire doit se faire rapidement (moins de 30 minutes) en raison de la
lyse rapide des polynucléaires (jusqu’à 50 % en 2 heures), en évitant tout refroidissement.
 4- Examen direct :
A- Macroscopique :elle permet de noter l'aspect du liquide : un LCR normal est limpide « eau de roche ». Un
aspect trouble (eau de riz) est observé si infection à pneumocoque.
B- Analyse biochimique : une hypoglycorachie (interprétée en fonction de la glycémie) et une
hyperprotéinorachie (Les valeurs normales sont entre 0,10 et 0,45 g/l) sont associées à une méningite
bactérienne à pneumocoque.
C- Microscopique :
a- Cytologie quantitative : Numération des éléments en cellule hématémétrique (Malassez, Nageotte…) :
leucocytes ≥ 10/mm3.
b- Centrifugation : à partir du culot de centrifugation, on réalise :
- Cytologie qualitative : formule leucocytaire (prédominance PNN > 50 %.), non réalisable si moins de 10
éléments/mm3.
- Coloration de Gram : noter l’aspect caractéristique de [Link] : diplocoque en flamme de bougie.
5- Culture :Le LCR est ensemencé en quadrant sur gélose au sang, incubé pendant 24-48h à 35-37°C sous 5-10% de
CO2. (Ou en anaérobiose)
6- Identification :se fera classiquement grâce à certains caractères biochimiques différentiels avec les autres
streptocoques après une réaction négative à la catalase :
- Epreuve à l’optochine, dont le diamètre d’inhibition autour de disque est ≤ 15mm.
- La lyse par la bile (agents tenio-actifs).
- Sérogroupage : II faut disposer d’un sérum antipneumococcique polyvalent, dirigé contre tous les types
capsulaires. La réaction peut s’effectuer soit à partir des cultures, soit à partir du LCR.

L'antigène capsulaire peut-être révélé par gonflementcapsulaire ou par technique immunologique (contre-
immuno- électrophorèse ou technique d'agglutination). Ce test présente une spécificité de 100 % et une sensibilité
de 95 %.

7- Biologie moléculaire :
A- PCR pneumocoque (spécifique) : La méthode recommandée par l’OMS est la

RT-PCR utilisant le gène LytA (code pour l’autolysine), le gène ply codant pour la pneumolysine ou le gène spn9802 de
fonction inconnue. La sensibilité entre 92-100% et spécificité à 100%.

B- Approche syndromique :Le panel FilmArray® (Nested PCR) dédié à la

méningite et à l’encéphalite représente le premier kit complet pour le diagnostic syndromique de ces infections, il
permet la mise en évidence simultanée et rapide, en moins d’une heure, de 14 pathogènes différents sur le même
échantillon de LCR dont le [Link].

8- Recherche des antigènes solubles :Se fait par une méthode immunologique à la recherche :
A- D’antigènes polysaccharidiques de la capsule :se fait habituellement par

agglutination au latex directement sur le LCR avec une sensibilité voisine de 80 %, cependant ces tests peuvent
présenter des réactions croisées avec d’autres germes (alpha hémolytiques). En pratique, le bénéfice de cette technique
est noté en cas des méningites décapitées, en raison de la persistance des antigènes solubles après disparition des
bactéries.
B- De polyoside C pneumococcique : par une technique d’immunochromatographie sur membrane :(Binax
NOW Streptococcus test) :
Ce test de diagnostic rapide a été validé sur les échantillons du LCR au cours des méningites avec une bonne
spécificité et sensibilité et il est susceptible de suppléer en partie aux déficiences du Gram, des antigènes solubles
capsulaires et de la culture.
Il est à effectuer sur le LCR, lorsque l’examen direct est négatif et lorsque la suspicion deméningite est forte.

Remarque : Le diagnostic définitif de l’infection repose soit sur l’isolement de [Link] dans le LCR, soit sur la
détection de l’ADN bactérien par PCR.

9- Etude de la sensibilité aux antibiotiques :

 A- Antibiogramme par diffusion des disques d’antibiotiques :

Selon les recommandations du CLSI : Suspension de 0,5 Mc Farland, Milieu : gélose Mueller-Hinton + 5% sang de
mouton, incubation 20-24 h à 35°C sous 5% de CO2.

Les disques à tester : Pénicilline G (CMI), Oxacilline (1μg), Céfotaxime ou Ceftriaxone (CMI), Imipenème (CMI),
Erythromycine, Clindamycine, Pristinamycine, Chloramphénicol, Rifampicine, SXT, Vancomycine, Lévofloxacine,
Tetracycline, Fosfomycine.

B- Antibiogramme d’urgence :l’orientation par la macroscopie permet

de réaliser directement un antibiogramme à partir du LCR s’il est en quantité suffisante. Ces résultats obtenus en 18 h
seront ensuite confirmés par un antibiogramme selon la méthode classique.

10- Tests complémentaires :

A- La détection de pneumocoques de sensibilité diminuée à la pénicilline G (PSDP) : est effectuée en plusieurs étapes :
- Antibiogramme : Le CLSI recommande de tester un disque d’oxacilline chargé à 1μg pour détecter la résistance à la
pénicilline. Cependant, le disque chargé à 1μg est instable et se décharge rapidement. Par conséquent, il est préférable
de tester les deux disques chargés à 1 et 5μg d’oxacilline.

Oxacilline 5μg Oxacilline 1μg

Sensible > 25 mm > 19 mm
Sensibilité diminuée à la pénicilline ≤ 25 mm ≤ 19 mm

- CMI par bandelettes E-Test :dans les mêmes conditions que l’antibiogramme standard.
- CMI en milieu liquide : Test de confirmation (PSDP si CMI ≥ 0.12 μg/ml)

NB : Les résultats sont validés seulement si ceux de la souche de référence [Link] ATCC 49619 rentrent dans
l’intervalle des valeurs critiques, données par le CLSI.

VI- Traitement :

La mise en route de l’antibiothérapie au cours des méningites bactériennes à pneumocoque est une urgence
absolue, le pronostic immédiat et à moyen terme dépendant de sa précocité.

Devant des signes cliniques de méningite, le traitement probabiliste doit être administré immédiatement après
ponction lombaire. Il est administré au plus tard dans les trois heures après l’arrivée à l’hôpital.

Le traitement de 1 ère intention, que l’examen direct soit positif ou non repose sur des céphalosporines de 3ème
génération (C3G) à doses optimales (doses méningées), qui assure une diffusion dans le LCR à des taux suffisants.

Après documentation microbiologique (étude de la sensibilité), la C3G utilisée dans le traitement probabiliste est
maintenue avec adaptation de la posologie ou bien remplacée par l’amoxicilline à la dose de 200 mg/kg/jour en IV.

- CMI pénicilline ≤ 0.12 μg/ml : Pénicilline ou Amoxicilline/Ampicilline

- CMI pénicilline ≥ 0.12 μg/ml (PSDP) : Céfotaxime ou Ceftriaxone
- CMI C3G ≤ 2 μg/l : la Céfotaxime à 300 mg/kg/j en IV ou la Ceftriaxone à 100 mg/kg/jour en IV.
- CMI C3G ≥ 2 μg/l : C3G + Vancomycine / C3G+ Rifampicine / Vancomycine + Rifampicine

(La ceftriaxone présente de plus l’avantage par rapport au céfotaxime, d’avoir une CMI souvent plus basse et une
administration plus simple).

La durée du traitement est classiquement de 10 à14 jours en fonction de l’évolution de l’état du patient. (Avec un
minimum de 5 j selon l’OMS)

VII- Prévention :
 Les mesures préventives liées à un cas de méningite à pneumocoque n’incluent ni isolement, ni
antibioprophylaxie et reposent essentiellement sur la vaccination.

1- Vaccination : Deux types de vaccins sont disponibles, le vaccin polysaccharidique

conjugué ou pneumococcalconjugate vaccine (PCV) et le vaccin polysaccharidique non conjugué ou pneumococcal

polysaccharide vaccine (PPSV).

Ces deux types de vaccins ont réduit les taux d'infections pneumococciques dans les communautés immunisées
(particulièrement enfant < 2 ans et personnes âgées avec ou sans immunodépression).

- Le PCV13 a réduit plus de 50% le

nombredenouveauxcasdesepticémiesetméningitesàpneumocoquechezl’enfantentre2008-2009 et 2014 en France. Un
impact important a également été observé chez les adultes et les personnes âgées (diminution de plus de 40% de ces
maladies), grâce à l’immunité de groupe conférée par la vaccination des enfants.
- EnAlgérie, lePCV13couvrejusqu'à90%desisolatscirculantsassociésauxIIP.
Cependant le remplacement du sérotypes par des souches virulentes qui ne sont pas contenues dans les vaccins
polysaccharidiques a été observé après la mise en œuvre des vaccins actuels d’où la nécessité de rechercher de
nouveaux vaccins non polysaccharidiques ayant une couverture plus large.

6-Mise en évidence des bactéries anaérobies à partir de suppurations intracrâniennes

I- Généralités :
I-1- Rappel concernant les bactéries anaérobies strictes
Les bactéries anaérobies strictes sont des micro-organismes pour lesquels l'oxygène est toxique, même si leur tolérance
à l'O2 est variable selon les espèces.
La plupart des espèces connues pour être impliquée dans les infections humaines sont capables de survivre un temps
plus ou moins long en présence d'oxygène. Cependant, elles ne peuvent pas se développer sous air ambiant (sauf de
rares exceptions).
La taxonomie des anaérobies stricts a beaucoup évolué ces dernières années avec la création de nombreux genres et
espèces.
Comparativement au nombre extrêmement élevé d'espèces anaérobies, peu d'entre elles sont impliquées dans les
infections humaines. Même si quelques-unes sont dues à des bactéries exogènes (par exemple Clostridium spp), la
grande majorité des infections sont d'origine endogène : infections au niveau de la tête et du cou, infections
thoraciques, infections intra-abdominales et digestives et infections gynéco-obstétricales. Il est important de noter que
la grande majorité (environ 85 %) des infections à anaérobies est mixte, associant généralement 5 à 6 aérobies et
anaérobies.
I-2- Rappel concernant les suppurations intracrâniennes
I-2-1- Définition
Les infections suppurantes intracrâniennes sont des affections graves. Elles sont divisées en deux catégories:

- Abcès cérébral : collection purulente d’origine infectieuse qui se développe dans le parenchyme cérébral.
- Empyème : collection suppurée développée dans l’espace sous-dural (empyème sous-dural) ou dans l’espace extra-
dural (empyème extra-dural).
I-2-2- Etiologies
I-2-2-1- Etiologies cliniques
Les principales conditions de prédisposition sont:
- un foyer infectieux contigu associé (par exemple, sinusite, otite moyenne subaiguë ou chronique et mastoïdite)
- traumatisme (p. ex. traumatisme crânien pénétrant, post-neurochirurgie)
- propagation hématogène à partir d'un foyer éloigné (par exemple en association avec des infections
pulmonaires, cutanées, abdominales et pelviennes, endocardite, consommation de drogues injectables…
- Cryptogénique (aucun foyer reconnu)
- AUTRES : accidents vasculaires cérébraux, l'immunosuppression, virus de l'immunodéficience humaine (VIH)
I-2-2-2- Etiologies microbiologie :
Les espèces anaérobies isolées sont : Bacteroides vulgatus, Bacteroides capillosus, Bacteroides thetaiotaomicron,
Bacteroides urealyticum, Prevotellamelaninogenica ,Prevotellabuccae, Prevotellaruminicola , Fusobacteriumnucleatum,
Fusobacteriumvarium, Streptococcus intermedius, Peptostreptococcus spp ,Porphyromonasasaccharolytica, ,
Lactobacillus acidophilus, Propionibacterium acnes.
I-2-3- Clinique
 Abcès intracrânien : Maux de tête, fièvre, altération de l'état mental, déficits neurologiques focaux, nausées et
vomissements sont les symptômes les plus courants, mais l'absence de ces symptômes n'exclut pas l'abcès.
 Empyème : Un syndrome infectieux net, des troubles de la conscience, évoluant vers un état rapidement
comateux en l’absence de traitement adapté, des crises comitiales et des signes focaux
I-2-4- Diagnostic
De règle, jamais de ponction lombaire en cas de suspicion avant réalisation d'une imagerie cérébrale (risque
d'engagement) !
 CT-scanner injecté ou IRM cérébrale avec séquences de diffusion
 Radiographies ou CT-scanner crâne, sinus, thorax → recherche de foyer
 Biologie : augmentation PNN, VS, CRP inconstante (5O℅ a peu prés), sérologie toxoplasmose et HIV
 Hémoculture + prélèvements de toute porte d’entrée
 Les échantillons obtenus lors d'une chirurgie ou d'une aspiration guidée par tomodensitométrie axiale
informatisée (TDM) doivent être envoyés pour une culture aérobie, anaérobie, mycobactérienne et fongique et,
lorsque cela est indiqué, pour des protozoaires.

II- Mise en évidence des bactéries anaérobies dans les suppurations intracrâniennes
L’isolement des bactéries anaérobies dépend de la qualité du prélèvement et des conditions de transport de celui-ci,
mais aussi de sa prise en charge au laboratoire, notamment de la rapidité de la mise en culture en anaérobiose.
II-1- Prélèvement et transport :
Les échantillons sont obtenus lors d'une chirurgie ou d'une aspiration guidée par tomodensitométrie axiale informatisée
(TDM)
Le prélèvement doit être rapidement envoyé au laboratoire, pour empêcher la dessiccation du produit pathologique et
l’introduction de l’oxygène.
Des milieux de transport peuvent être utilisés, les milieux idéals doivent préserver la multiplication des bactéries
anaérobies
La plupart des milieux commercialisés ont pour base le milieu de Stuart.

II-2- Fiche de renseignement :

La fiche de renseignement dûment remplie comportant :
- Nom, Prénoms et âge du patient
- Lieu d’hospitalisation
- Le mode, lieu, date et l'heure du prélèvement
- Aspect du prélèvement
- Résumé des signes cliniques
- Antécédents
- Traitement antibiotique préalable, avec date d’arrêt ou traitement en cours
II-3- Examen macroscopique :
Outre l’odeur fétide, ou la présence de graines évocatrices de la présence d’Actinomyces par exemple, une fluorescence
rouge brique ou des morceaux nécrotiques noirs peuvent signer la présence de bacilles à Gram négatif pigmentés des
genres Porphyromonas ou Prevotella.
De plus en note généralement la présence de gaz et une quantité importante de pus.
II-4- Examen microscopique :
Un examen direct après coloration au Bleu de méthylène montrant peu de leucocytes et de nombreux morphotypes
différents (c'est la « dissociation cytobactériologique de Prévot »).
Coloration de Gram : révèle la richesse de l’échantillon en bactéries (abondance et diversité) et permet d’orienter le
choix des milieux de culture à utiliser.
Certaines morphologies cellulaires sont évocatrices de genre bactérien anaérobie :
- L’aspect ramifié et ou enchevêtré des bacilles à Gram positif des genres Actinomyces, Propionibacterium
 - Les extrémités carrées associées ou non à la présence de spores des bacilles à Gram positif du genre Clostridium
- L’aspect fin et les extrémités effilées de Fusobacteriumnucleatum.
II-5- Mise en culture :
La mise en culture se fera systématiquement sur un milieu non sélectif de type gélose au sang (Columbia ou Schaedler)
additionnée d’hémine et de vitamine K1.
Un bouillon d’enrichissement devra également être ensemencé en veillant à l’inoculation correcte de la base du tube en
évitant toute introduction d’air
Des milieux sélectifs peuvent également être ensemencés selon les résultats de l’examen direct. Ils incluent :
- Une gélose Columbia au sang additionnée d’acide nalidixique et de colistine (ANC), sur laquelle seront cultivés
les Bacteroides du groupe fragilis, certaines Prevotella, Porphyromonas et les bactéries anaérobies à Gram
positif
- Une gélose Bacteroides bile-esculine pour la recherche sélective des Bacteroides du groupe fragilis
- Une gélose Schaedler au sang contenant de la kanamycine et de la vancomycine pour la recherche des bacilles à
Gram négatif (à l’exception des Porphyromonas du fait de leur sensibilité à la vancomycine)
- Une gélose Columbia au sang additionnée de phényléthyl alcool pour inhiber les bactéries Gram négatif
anaérobies facultatives et inhiber l’effet d’étalement des colonies de certains Clostridium.
Les milieux gélosés prêts à l’emploi, à température ambiante, doivent être utilisés rapidement après ouverture de
l’emballage.
Pour les milieux préparés au laboratoire, Il est important de toujours utiliser des milieux désoxygénés (régénérés),
fraichement préparés et conservés en anaérobiose avant leur utilisation.
L’idéal est d’effectuer toutes les manipulations et incubations en chambre anaérobie.
En cas d’utilisation de jarres ou de sacs avec générateur d’anaérobiose, la mise en anaérobiose doit être rapide et
l’exposition à l’air des cultures réduites au minimum.
La qualité de l’anaérobiose doit être contrôlée au moyen d’indicateurs de type résazurine.
De règle, l'obtention d'une bonne anaérobiose (teneur en O2 < 1 %) le plus rapidement possible, avec par ordre de
préférence : enceintes anaérobies ; jarres avec système d'évacuation-remplacement du gaz type Anaxomat® (Mart) ou
Bacto-jarre® (Sobioda) ; jarres ou sachets plastiques avec systèmes générateurs d'anaérobiose type BioBag®
(BectonDickison), Anaerocult® (Merck) ou GENBag® Anaer (bioMérieux).
II-6- Durée et modalités d’analyse :
Les milieux gélosés doivent être incubés durant 5 jours minimum (jusqu’à 21 jours en cas de recherche d’Actinomyces)
et les bouillons durant 7 jours minimum.
Il est important de noter qu’en cas d’utilisation de jarres ou des sacs avec générateur d’anaérobiose, ceux-ci ne doivent
pas être ouverts avant 48h d’incubation du fait de la toxicité de l’oxygène lors de la phase exponentielle de croissance
de certaines bactéries.
Apres observation, les milieux seront à nouveau placés rapidement en anaérobiose pour permettre la croissance de
bactéries dont la culture nécessite un temps d’incubation plus long
II-7- Identification :
II-7-1- Identification présomptive :
II-7-1-1- Vérification du caractère anaérobie strict :
Par repiquage d’une même colonie sur gélose au sang incubée en anaérobiose et sur gélose chocolat incubée en
atmosphère enrichie en CO2
Exemples :
La plupart des espèces des genres Actinomyces(sauf A. meyeri) et Propionibacterium (sauf P. propionicum) sont
aérotolérantes, alors que les espèces des genres Atopobiumet Olsenellasont anaérobies strictes.
II-7-1-2- Examen macroscopique de la culture
Une étape importante est alors la reconnaissance des différents morphotypes de colonies pouvant nécessiter le recours
à la loupe.
Exemples :
- Des colonies noires ne peuvent actuellement correspondre qu’à des bactéries du genre Porphyromonas,
Peptococcusniger ou à certaines espèces de Prevotella.
- L’aspect des colonies de Fusobacterium nucleatum « en miettes de pain »
- L'hémolyse sur sang de cheval de Fusobacteriumnecrophorum
- La production de pigment de Porphyromonas spp. (saufP. catoniae) ou de certaines espèces de Prevotellaou
Alistipes
II-7-1-3- Examen microscopique de la culture :
- Etude de mobilité entre lame et lamelle
- Coloration de Gram
Exemples :
Clostridium, qui compte plus de 200 espèces. Ce genre très hétérogène comprend des bacilles à Gram positif mobiles
(sauf C. perfringens, C. ramosum et C. innocuum) formant des spores souvent déformantes terminales ou subterminales
II-7-1-4- Recherche des caractères biochimiques :
- Recherche d’oxydase et de catalase
- Etude de la fermentation des sucres, de la production d’indole, et d’une gélatinase à l’aide d’une galerie
miniaturisée
- Etude des caractères enzymatiques grâce à une galerie d’identification rapide
II-7-1-5- Croissance en présence d’antibiotiques ou d’inhibiteurs
- Croissance en présence d’antibiotiques ( kanamycine, colistine, vancomycine) ou d’inhibiteurs (bile, vert
brillant).
Exemples :

Genre Gram mobilit Productio Croissanc Sensibilité à Sensibilité Sensibilit

é n de e en la à la é à la
pigment présence vancomycin kanamycin colistine
de 20% e (5µg) e (1mg) (10µg)
de bile
Bacteroides BGN court - - + R R R
Porphyromon BGN de - + - S R R
as forme
variable
Fusobacteriu BGN de - - variable R S S
m forme
variable
Prevotella Coccobacill - variable - R variable variable
e Gram -

Cette orientation présomptive permet la détermination du genre bactérien de la grande majorité des anaérobies
II-7-2- Identification précise :
L’identification précise de certaines espèces est plus délicate et nécessite des examens complémentaires : biologie
moléculaire et MALDI-TOF
II-7-2-1- MALDI-TOF
Permet l’identification fiable des bactéries anaérobies d’intérêt médical les plus fréquents, cependant variables selon le
taxon et la richesse de la base de données du spectromètre de masse utilisé, elle-même très différente d’un automate à
un autre
II-7-2-2- Biologie moléculaire :
Souvent utilisée, basée sur l’amplification et le séquençage des gènes codant ARN ribosomique 16S, mais il est parfois
nécessaire de recourir à l’analyse d’autres gènes domestiques dans le cas ou l’ARN 16S ne s’avère pas suffisamment
discriminant entre plusieurs espèces
II-8- Etude de sensibilité aux antibiotiques
L’étude de sensibilité aux antibiotiques doit être systématiquement réalisée
 Selon les recommandations du CLSI :
La méthode de dilution en gélose est la méthode de référence recommandée par le ClinicalLaboratory Standards
Institute (CLSI) américain.
Le milieu Brucella, additionné avec 5 % de sang de mouton laqué et enrichi en hémine (5 mg/l) et en vitamine K1
(1 mg/l), doit être utilisé.
La suspension bactérienne (0,5 McFarland) est inoculée à l'aide d'un appareil de Steers pour avoir un inoculum final
d'environ 105 UFC par spot.
Les géloses sont ensemencées à 35 à 37 °C pendant 42 à 48 heures. Même si cette méthode est considérée comme la
référence, elle est longue, laborieuse et coûteuse, et elle n'est généralement pas réalisée en routine par les laboratoires
de microbiologique clinique.
La méthode de microdilution en milieu liquide est plus simple à réaliser, mais elle n'est recommandée par le CLSI que
pour les espèces du groupe Bacteroides fragilis.
En pratique, c'est la méthode de diffusion sur milieu gélosé qui est très utilisée, même si elle n'est pas toujours la plus
adaptée. Rapide, simple et peu chère, elle paraît performante pour les anaérobies à croissance rapide (par exemple
Bacteroides, Clostridium).
Les antibiotiques testés sont :Pénicilline, ampicilline, Amoxicilline+acide clavulanique, ticarcilline, pipéracilline,
ticarcilline+ acide clavulanique, céfotaxime, imipénème, clindamycine, vancomycine, chloramphénicol, métronidazole

 Selon les recommandations du CA-SFM/EUCAST :

Selon le CA-SFM, deux milieux sont recommandés (gélose Wilkins Chalgren + 5 % de sang ou gélose Brucella + 5 % de
sang + vitamine K1 [1 mg/l]) avec une suspension bactérienne d'inoculum McFarland 1
Les antibiotiques testés sont : l’amoxicilline, amoxicilline+acide clavulanique, l’imipenème ou ertapénème, la céfoxitine,
la clindamycine, le métronidazole et la vancomycine.
De manière complémentaire, pourront être testés ticarcilline ou pipéracilline+ tazobactam, céfotaxime, pristinamycine,
tigécycline, linézolide, chloramphénicol, moxifloxacine et rifampicine, spiramycine.
Différents tests commerciaux existent également et peuvent être très utiles : méthodes de gradient en diffusion
(bandelettes E-test® [bioMérieux] et MICE® [Thermo Fisher Scientific]), galeries en milieu liquide (ATB ANA®
[bioMérieux], panels Sensititre® [Thermo Fisher Scientific]).
Enfin, le test à la céphalosporine chromogénique (nitrocéfine) est très utile pour la recherche de β-lactamase chez les
bacilles à Gram négatif anaérobies (par exemple Prevotella, Porphyromonas, Fusobacterium) et pour quelques souches
de Clostridium résistantes aux pénicillines.

Les méningites virales : étiologies, épidémiologie et diagnostic aulaboratoire

I.Défintion de la méningite:

Une méningite correspond à une inflammation des méningesmolles de l'espace sous-arachnoïdien compris entre
l'arachnoïde et la pie-mère et dans lesquels circule le liquide cérébro-spinal (LCS), c’est à dire au recrutement local de
cellules de l’immunité (en particulier de polynucléaires neutrophiles et de lymphocytes) associée à un exsudat
protéique. Les principales étiologies sont infectieuses, caractérisées par une réaction immunitaire contre un pathogène
méningé ou systémique.

On distingue les méningites prurulentes, avec une cytorachie majoritairement à polynucléaires neutrophiles, presque
toujours bactérienne et qui sont oujours des infections graves; et les méningites dites à liquide clair ou la réaction
inflammatoire locale est moins intense, avec une cytorachie majoritairement à lymphocytes et dont les étiologies sont
plus hétérogènes (virus, spirochètes et mycobactéries du complexe tuberculosis..)

On s’intèresse dans cette question aux méningites d’origine virale uniquement.

[Link] des méningites virales :

[Link]:

Classification :

Ordre:Picornavirales

Famille:Picornaviridae

Genre:Enterovirus espèces : Entérovirus (EV) A, B, C et D

petits virus à ARN linéaire non enveloppé[Link] distingue environ 60 types d’entérovirus humains répartisen 4 espèces :
entérovirus humains A, B, C et D.
 Ces virus se multiplient activement dans le tractus digestif et sont éliminés dans les selles. Ils sont résistants dans le
milieu extérieur et la transmission se fait surtout par voie oro-fécale. Les infections à entérovirus surviennent sous
forme d’épidémies d’intensité variable, observées en période estivale, plus fréquemment chez les enfants que chez les
adultes.

Plusieurs types d’entérovirus peuvent co-circuler, avec des variations selon les années dans la répartition des types en
fonction de l’immunité (spécifique de type) développée par la population. Parmi ces entérovirus, une dizaine de types
présentent un neurotropisme plus marqué et se retrouvent fréquemment dans les méningites, il s’agit essentiellement
des echovirus (E) 6, E7, E9, E11, E13, E30 et des Coxsakievirus (CV) B1, CVB2, CVB4 et CVB5.

Ces méningites à entérovirus ont une évolution le plus souvent spontanément résolutive

[Link]: Les parechovirus appartiennent également à la famille des Picornaviridae. Ils étaient à l’origine
considérés comme des entérovirus, les echovirus 22 et 23 ayant été par la suite reclassés en parechovirus humain
(HPeV) 1 et 2. Les HPeV sont subdivisés en 17 génotypes regroupés actuellement dans l’espèce Parechovirus A. Les
infections à HPeV touchent essentiellement les jeunes enfants, le plus souvent de manière asymptomatique mais
pouvant se manifester par des signes digestifs ou respiratoires .

On observe toutefois des infections cliniquement plus sévères chez les nouveau-nés au cours des premières semaines
de vie, avec des méningites et des tableaux cliniques d’aspect septicémique . C’est le HPeV 3 qui présente le pouvoir
pathogène le plus marqué et qui est retrouvé dans la grande majorité des formes sévères.

[Link] simplex type 2:

Classification:

Ordre:Herpesvirales

Famille:Herpesviridae Sous famille : Alphaherpesvirinae

Genre:Simplexvirus

Espèce: HSV-2

Virus a ADN bicaténaire linéaire , virus enveloppé muni d’une capside icosaédrique

Il est porteur de protéines responsables de la neuroinvasion, de la neurovirulence et de l’échappement au système

immunitaire ( ICP27, ICP4 et ICP34.5) “ICP= infectedcellprotein”

Virus strictement humain, fragile et transmissible par contact rapproché. Il persiste à vie dans l’organisme (virus latent
sujet à une réactivation)

L’épidémiologie de HSV-2 est corrélée à celle d’une IST, elle augmente également avec celle du VIH

HSV-2 est responsable de méningites récurrentes dites de Mollaret, l’évolution se fait vers la guérison sans séquelle
associée

Cette entité nosologique se caractérise par de brefs (2-5 jours) épisodes de méningite lymphocytaire séparés par des
phases asymptomatiques de plusieurs années. La présence de monocytes activés dans le LCR (cellules de Mollaret) est
une caractéristique de cette affection. L’évolution est bénigne et un traitement antiviral ne paraît pas nécessaire

Le traitement est impératif par l’aciclovir chez l’immunodéprimé

[Link] de la chorioméningite lymphocytaire (LCMV):

Calssification:

Famille:Arenaviridae

Genre:Mammarenavirus

Espece:Virus de la chorioméningite lymphocytaire

Virus à ARN monocaténaire linéaire, transmi à partir derongeurs (souris et hamsters) par contact direct, aérosols ou
morsure, il est responsable de méningite lymphocytraire de bon pronostic.

D’incidence faible souvent corrélée avec l’amélioration des conditions d’hygiène

L’infection humaine par le LCMV est le plus souvent inapparente. Elle peut se traduire par un syndrome grippal.

[Link]:Virus de la Varicele et du Zona:

Classification :

Ordre:Herpesvirales

Famille:Herpesviridae Sous famille: Alphaherpesvirinae

Genre:Varicellovirus

Virus a ADN bicaténaire linéaire , virus enveloppé muni d’une capside icosaédrique, responsable de

méningite bénigne fréquente au cours du zona , liée à la réactivation du VZV latent dans les ganglions

[Link] ourlien: Paramyxovirus parotidis

Classification:

Ordre:Mononegavirales

Famille:paramyxoviridae

Genre:Rubulavirus

Escpece:Virus des oreillons [MuV]

Virus a ARN monocaténaire linéaire, il était la principale cause avec l’entérovirus, étiologie qui a quasiment disparu du
fait de la bonne couverture vaccinale(notion de vaccination doit être vérifiée à l’interrogatoire), responsable de
méningite de bon pronostic. On estime que le virus atteint le SNC dans la moitié des cas d’infection, mais il s’agit
souvent d’une atteinte infraclinique

[Link] virus : il existe des rapports de cas isolés de méningite aseptique associée à des infections par l’adénovirus,le
virus parainfluenza, le virus de l’influenza, le virus de l’herpès humain 6 et le parvovirus B19

Le virus de l’immundéficience humaine (HIV) responsable de méningite lors de la primo-infection, il doit être évoqué de
principe chez l’adulte.

[Link]émiologie des méningites virales :

[Link]ées épidémiologiques:

Dans 70 à 80 % des cas, les méningites sont d'origine virale. Elles sont généralement bénignes, le rétablissement étant le
plus souvent spontané.

Entérovirus : >85% méningites virales Toute l’année dans régions tropicales avec recrudescence été/automne zones
tempérées Echovirus, Coxsackievirus, poliovirus…

Caractéristiques épidémiologiques variables selon zones climatiques/pays, contrôlées par la vaccination des nourrissons

Virus ourlien : 10% méningites virales dans régions non vaccinées, étiologie quasiment disparue grâce à la vaccination.

HSV 2: 4% des méningites virales chez le jeune adulte (plus fréquent chez la femme) associée ou non à un herpès génital
apparent ou non .responables de ménigites bénignes mais parrfois récidivantes

En Algérie: les entérovirus sont de loin la première étiologie de méningite virale

-Une étude menée par Seghier.M, de l’IPA en 2002 a permis L’isolement de 489 échantillons répartis en 370 LCR et 119
selles avec culture cellulaire ce qui a permis d’isoler un nombre appréciable d’entérovirus qui sont la cause majeure de
méningite aseptique à fortiori épidémique et estivale. Au total 68 Coxackievirus B5 et 28 Entérovirus non identifiés
et/ou non identifiables ont été isolés.

Les entérovirus : prédominent avec excellent pronostic ( en dehors des nourissons< 03 mois et des patients
agammaglobulinémiques)

-une étude menée par Touati.R au niveau du CHU Mustapha en janvier 2019: Diagnostic par PCR en temps réel des
méningites à herpesviridae et enterovirus a permis d’obtenir sur 30 échantillons de LCR, 4 étaient positifs : 03 à
entérovirus et 01 à HSV 2

Expliquée par la promiscuité (crèche et école) et le caractère oro-fécal de la transmission (EV).

[Link] clinique :

Les symptômes de la méningite débutent classiquement de façon soudaine, avec de la fièvre ainsi qu’une irritation
méningée se manifestant par des céphalées, une raideur à la nuque, des nausées et des vomissements. Chez les jeunes
enfants, le tableau est moins spécifique, avec malaise, irritabilité, anorexie et diarrhée.

Au cours de de la méningite virale l’état général est moins atteint et les symptômes sont souvent moins intenses que
dans les méningites bactériennes.

La méningite virale a une durée variable selon l’agent causal, mais elle dure rarement plus de 10 jours.

Selon l’agent viral en cause, les cas peuvent présenter des symptômes respiratoires et gastro-intestinaux ainsi qu’une
éruption cutanée

La période d’incubation et de contagiosité varient selon l’agent causal.

[Link] des méningites virales : la présence de virus dans l’espace méningée peut résulter de 2
mécanismes :

- Une virémie, c’est le cas le plus fréquent

- Une inoculation directe : certains virus gagnent le parenchyme cérébral depuis la périphérie (muqueuses pour le
HSV2) via un trajet dans le neurone axonal.

L’invasion de l’espace méningé déclenche une réaction inflammatoire locale, de type et d’intensité variales selon la
nature du pathogène et l’immunocompétence du terrain.

[Link] de transmission: La transmission varie selon l’agent causal (voir étiologies)

[Link] au laboratoire des méningites virales:

L’objectif principal est d’affirmer l’origine virale de la méningite (distinguée de l’origine bactérienne) et éventuellement
détecter les composants du pathogène ( Antigènes, ADN, ARN) ou AC produits.

[Link] de renseignements : comportant l’essentiel des renseignements sur : l’âge, le contexte clinique, l’état
immunitaire,le traitement en cours,la possibilité de contagion, la survenue d’une maladie infectieuse infnatile
(oreillons),l’état de vaccinaation++ .. etc

[Link]élevements :Préferentiellement réalisés au début de la maladie:

-LCS: liquide cérébro-spinal:
- Une ponction lombaire est réalisée avec respect d’une asepsie de type chirurgical
- Le liquide cérébro spinal est receuilli dans un tube stérile contenant un volume de 0.5 ml pour les examens
cytologiques et biochimiques (1ml pour l’enfant). La recherche de virus nécéssite cependant 1 à 2 ml
supplémentaires (biologie moléculaire)
-Un échantillon de sang pour la recherche de la virémie est utile .
- Des selles (ou écouvillonage rectal) ,prélevement de gorge (pour la recherche de l’enterovirus par ex)
[Link] et conservation:
Le prélvement doit parvenir au laboratoire dans l’heure qui suit la réalisation, il est maintenu à une température de
20°C avant son arrivée .
Le LCR peut être conservé à +4°c ou congelé à -20°C pour tout éventuel test d’amplification génique.
[Link] cytobactériologique du LCS:

[Link] macroscopique: l’aspect normal du LCS est dit en <<eau de roche>> , il faut retenir que tout aspect clair
n’exclue pas la présence de virus) = Aspect lymphocytaire

[Link] microscopique: l’analyse doit s’effectuer dés la rcéption car 50% des polynucléaires sont lysés aprés 2h.

b.1-Numération cellulaire et paramètres biochimiques: s’effectue aprés agitation douce du LCR, en utilisant une
cellule hématimètrique (ou un procédé équivalent), résultats exprimés en éléments/mm3. La méningite virale
s’accompagne de:

-Pleiocytose : 100 élements/mm3 (VN: 05 éléments/mm3 et 10-30 élements chez le NN)

-Proteinorachie : Normale ou élevée: hyperprotéinorachie ( >0.40 g/l)

-Glycorachie : Normale ( >40% du rapport LCS/Sang )

-Lactacidorachie: Basse( <3.2 mmol/L)

-Chlorurachie: Normale

Il faut noter que les examens bactériologiques peuvent rester négatifs malgré une pleiocytose (méningite à
enterovirus)

b.2- Examen aprés coloration : au bleu de méthyleneaprés réalisation d’un frottis du culot de centrifugation: il ne
permet de déceler aucun agent étiologique!

Il permet d’observer la prédominance des lymphocytes (ou polynucléaires neutrophiles non altérés dans les 2/3 des
cas de méningites à enterovirus) , ce qui est en faveur d’une méningite virale

Une deuxième ponction lombaire exécutée de six à 12 heures après la première et qui démontre un passage rapide
du décompte des leucocytes du LCR à prédominance neutrophile à une prédominance lymphocyte est très
suggestive d’une infection virale

c-Tests complémentaires : réalisés systématiquement : un hémogramme (ou l’on remarque une leucocytose)
accompagné de dosage des protèines de l’inflammation bactérienne: CRP, fibrinémie et procalcitonine (dont les
valeurs restent normales)

Dosage de la Procalcitonine : Elle demeure le premier paramètre biochimique permettant de discriminer en sécurité
les méningites virales et bactériennes.

un taux plasmatique < 0.5 ug/L présente une bonne valeur prédictive négative excluant l’étiologie bactérienne

d-Amplification génique :

[Link] les infections virales : par PCR ou RT-PCR (techniques de référence)

- Entérovirus : RT-PCR chez l’enfant et l’adulte quelle que soit la saison en raison de la fréquence de l’étiologie .
La présence de région conservée entre tous les types de EV dans la région 5’NC du génome a permis de
concevoir des amorces et des sondes permettant le diagnostic de genre
Le diagnostic de genre doit être complété par le génotypage (intéret épidémiologique et pronostique) Il repose
sur l’amplification et le séquençage des régions codant les protéines de la capside( la protéine VP1 est la plus
utilisée)

-Parechovirus : RT-PCR chez l’enfant de < 02 ans

Le diagnostic est spécifique, basée également sur la détection de la région 5’NC des HpeV (différente des EV)

-Herpes Simplex Virus :HSV2: PCR afin de détecter le génome viral (ADN) ainsi que la quantification de l’ADN
viral par RT-PCR
Si la PCR est négative refaire a 48H-72H avec maintien du traitement pobabiliste (aciclovir).
 -Virus de la chorioméningitelymphocytaire: par mise en évidence de l’ARN viral par RT-PCR, technique rapide et
sensible.
Une amplification positive suivie du séquençage du produit de PCR permet de caractériser le virus.

-CMV, EBV, HHV6, Adénovirus: PCR , l’interprétation doit tenir compte de la charge virale circulante
(contamination/réactivation)

Inconvénients: la négativité de la PCR est étroitement corrélée à la faible lymphocytose du LCS

Avantages : Spécificité et sensibilité excellentes

le virus peut aussi être recherché dans : les selles, le sang, la gorge selon son cycle et son tropisme (cas de
l’entérovirus)
Le taux d’isolation des entérovirus est plus élevé dans les selles (86 %), puis dans les prélèvements de gorge (57
%) et le LCR (39 %) mais ne consiste pas toujours un diagnostic certain car l’excrétion du virus dure plusieurs
semaines

d.2-Tests moléculaires syndromiques : par PCR multiplex

Le Panel Méningite / Encéphalite FilmArray® (ME) analyse le liquide cérébro-spinal (LCS) pour une variété de
pathogènes, notamment les bactéries, les virus et la levure C. neoformans/gattii.
Le système intégré FilmArray® obtient des résultats en une heure environ, avec seulement 2 minutes de préparation.

Avantages: simple, rapide, facile et détection simultanée de 14 cibles (dont 07 espéces virales)

 Cytomégalovirus (CMV)

 Entérovirus

 Virus herpès simplex 1 (HSV-1)

 Virus herpès simplex 2 (HSV-2)

 Herpèsvirus humain 6 (HHV-6)

 Paréchovirus humain

 Virus varicelle-zona (VZV)

La cassette FilmArray® contient les réactifs sous forme lyophilisée nécessaires pour l’extraction, la PCR
(PolymeraseChain Reaction - Amplification en Chaîne par Polymérase) et la détection. Avant l'analyse, l'utilisateur
prépare la casselle en y injectant la solution d'hydratation et l'échantillon combiné avec son tampon de lyse. L’automate
FilmArray® fait le reste.

1. Dans un premier temps, FilmArray® extrait et purifie tous les acides nucléiques de l’échantillon.

2. Puis, le FilmArray® effectue une PCR «nichée» ("nested PCR") en 2 étapes successives :

o La première PCR est une réaction hautement multiplexée pour amplifier toutes les cibles du panel.

o La deuxième PCR amplifie chaque cible individuellement dans un puit défini à l'aide d'un couple
d'amorces situées à l'intérieur du produit de la première PCR.

3. L’analyse automatique des courbes de fusion par le logiciel permet de générer le rapport des résultats complet.

Cas particulier du VIH: Le diagnostic se fait d’abord par sérologie et la mise en évidence des marqueurs viraux
(antigène p24, ARN viral) dans le plasma avant une quantification de l’ARN viral dans le LCS.
[Link] post analytique:
 - Rendu des résultats : doivent être communiqués au clinicien dés que possible : Rédigés clairement en
mentionnant: l’aspect macroscopique du LCS, la cytorachie (en précisant la prédominance des lymphocytes/ou
PNN non altérés) , la glycorachie, la protéinorachie.

- Envoi des prélvements au centre national de référence CNR “ IPA Algérie” afin d’actualiser les données
épidémiologiques , réaliser le génotypage des souches .. etc

Méningites Virales Etiologies, Epidémiologie et Diagnostic de laboratoire

Introduction :

La méningite est une inflammation du SNC limitée aux méninges. Le groupe le plus répandu est celui des entérovirus, ce
sont des méningites à liquide clair (le LCR est translucide) dont la réaction cellulaire est à prédominance lymphocytaire.
Elles sont plus fréquentes que les méningites bactériennes et représentent 70 à 90% des méningites lymphocytaires.
Elles sont en général bénignes et leur évolution est favorable en quelques jours, mais dans certains cas, elle peut
évoluer vers une encéphalite ou méningo-encéphalite, Les infections virales SNC sont souvent difficiles à diagnostiquer
car les méthodes de laboratoire classiques, telles que la culture virale et la sérologie, ne sont pas satisfaisantes.

Étiologies :

Les entérovirus :

Représentent 80-85% des méningites virales

F/ Picornaviridae G/ Entérovirus Petits virus nus à ARN (+) sb (simple brin)

Entérovirus non polio : +++ Plus de 70 sérotypes, dont :

Entérovirus : Type 70-71

Coxsackievirus : A et B (représente 60% des méningites chez enfants - 3 mois, B5 +++ majorité casEchovirus
méningites

Ils sont ubiquitaires, épidémiques en été et automne (avril  octobre) et endémiques Leur transmission est féco-orale,
parfois respiratoire. La transmission materno-fœtale est rare Touche surtout les enfants (de - d’1 an et entre 5-10 ans)
et les adolescents. Entérovirus type 70 et 71, ont un très fort
neurotropisme  associées méningo-encéphalite, paralysie flaccide polio-like et syndrome de Guillain-Barré. La clinique
associée peut inclure pharyngite, pleurodynie, éruption cutanée et péricardite.

Polio virus :

Contamination par la souche sauvage est exceptionnelle (grâce à la vaccination)Contamination par souches du vaccin
oral reportée.

Virus ourlien : +++

F/ Paramyxoviridae G/ Rubulavirus Virus à ARN (-) sb à capside hélicoïdale, enveloppé.

Espèce : Paramyxovirus parotidis ou virus ourlien Cause majeure de méningites avant apparition vaccination10-20%
des méningites dans pays sans vaccinationInfections strictement humaine, très contagieuseEpidémies hiverno-
printanières Transmission directe par voie aérienneTouche enfants et adolescents peu ou pas immunisés Ration
homme-femme de 3:1La méningite suit souvent une parotidite (dans 10 – 30 % des cas) mais peut survenir en son
absence

Les Herpesvirus :

F/ Herpesviridae G/ Herpesvirus Virus à ADN db enveloppé

HSV-1 et 2, VZV, EBV, CMV et HHV-6 causent collectivement environs 4% des cas de MV. HSV-2 étant l’agent le plus
fréquemment impliqué.
  Herpes Simplex Virus :

HSV-2 est responsable de la majorité des cas de méningites sporadiques. HSV-1 causant principalement des
encéphalites. Les MV à HSV sont habituellement de guérison spontanée, les cas graves peuvent se produire en
particulier chez les patients immunodéprimés Les méningites à HSV peuvent parfois être récidivantes. HSV est aussi
probablement la cause d'un grand pourcentage de patients atteints de la méningite de Mollaret, qui est une forme de
méningite bénigne récurrente Elles sont rares chez l’enfant, surtout chez l’adolescent et l’adulte (2 ème cause de MV chez
les adolescents et les adultes dans les pays en développement) La méningite clinique est inhabituelle en cas d’infection
non-primaire. Le risque est plus élevé en cas de primo-infection (30% chez la femme et 13% chez l’homme).

 Varicelle-Zona Virus :

La varicelle de l’enfant ou de l’adulte se complique rarement en méningite. La méningite est plus fréquente en cas de
Zona (récurrence) même en l’absence de lésions cutanées La complication la plus fréquente d’une infection primaire au
VZV est la cérébellite (inflammation du cervelet), elle peut-être précédée ou non d’un rash cutané.

 Epstein-Barr Virus :

Lors d’une MNI (Mononucléose infectieuse) il peut y avoir atteinte du SNC  méningite et rarement encéphalite. Il y a
un risque de méningite récurrente.

 Cytomégalovirus :

Opportuniste : surtout chez immunodéprimés (sidéens, transplantés) Cause généralement des encéphalites.

 HHV-6 :

Rare cause de méningites et d’encéphalite chez les enfants immunocompétents.

 HHV-7

Les Arbovirus :

F/ Flaviviridae G/ Flavivirus Virus à ARN sb (+) enveloppé

Transmises par des arthropodes vecteurs (moustiques, tiques)  plus importante en été et automne Notion de voyage
en zone d’endémie. La manifestation clinique la plus fréquente est la méningo-encéphalite plutôt que la méningite pure.

 West Nile Virus :

L’infection est en général asymptomatique ou subclinique (fièvre, myalgie, fatigue), mais dans 1/150 cas, elle évolue
vers une maladie neuroinvasive sévère surtout chez les personnes âgées.

Virus à tropisme respiratoire :

 Parainfluenza virus 3 :(même classification que virus ourlien) Rares méningites

 Adénovirus : F/ Adenoviridae Virus nu à ADN db

Rare cause de méningites chez les immunocompétents, mais cause majeure chez les sujets immunodéprimé L’infection
peut se produire simultanément avec une infection respiratoire haute.

VIH :

F/Retroviridae G/Lentivirus Virus à ARN sb (+) enveloppé

Suite à une neuro-invasion lors de la primo-infection (effraction de la BHM par les monocytes infectés) La méningite
lymphocytaire chronique à VIH, bien que rare, est possible.

Rougeole :

F/ Paramyxoviridae G/ Morbillivirus Virus à ARN sb enveloppé, avec une capside hélicoïdale

Rare, les éruptions maculo-papuleuse caractéristiques aident le diagnostic. La plupart des cas surviennent chez les
enfants dans les écoles et les collèges.

Virus de la Chorioméningite Lymphocytaire : VCML

F/ Arenaviridae Virus à ARN sb (-)

Rare de méningite. Transmis à l'homme par contact avec des rongeurs (hamster, rat, souris) ou leurs excréments. Les
personnes à risque élevé d'infection sont les travailleurs de laboratoire, propriétaires d'animaux

Parvovirus B19 : F/ ParvoviridaeG/ ErythrovirusVirus nu à ADN sb

Les cas de méningites à Parvovirus B19 sont extrêmement rares

Epidémiologie :

1. Incidence :

L’obtention de chiffres précis sur la prévalence et l'incidence mondiales est difficile. Les causes virales et les
manifestations cliniques sont très variées. Néanmoins, on peut dire que 80-85% des cas de MV sont dus aux entérovirus,
les oreillons causent de 10-20% de la méningite et méningo-encéphalite cas dans certaines parties du monde où les
vaccins ne sont pas facilement accessibles. En Algérie, une étude de 1985 à 1987 portant sue les méningites chez
l’enfant : virus ourlien > 75%, entérovirus non polio 12,7%, (adénovirus, VZV, HSV1, CMV, Virus polio 1,3%)

2. Age de prédilection :

L'incidence des MV baisse avec l'âge : l'incidence au cours de la 1ère année de vie est 20 fois > à celle des enfants plus
âgés et les adultes. Chez les nouveau-nés âgés de plus de 7 jours, les entérovirus sont la cause la plus fréquente de la
méningite aseptique. Certains des arbovirus frappent aux extrêmes de l'âge, les personnes âgées étant les plus à risque,
tandis que les oreillons et la rougeole les sujets les plus à risque sont les adolescentes.

3. Morbidité et mortalité des méningites virales :

Les MV sont en général bénignes, et le risque de séquelles neurologiques à long terme est faible, mais il est élevé chez
les nouveau-nés et les enfants À l'exclusion de la période néonatale, le taux de mortalité associé à la méningite virale est
inférieur à 1%. Le taux de morbidité est également faible. Exemples:

- Surdité : virus outline

- Cécité
- Paralysierégressive : Coxsackie virus
- Hydrocéphalie
- Troubles de la parole et de l’apprentissage
I. Diagnostic des méningites virales :

Il est avant tout clinique et biologique, le diagnostic étiologique n’étant posé que dans 10% des cas, la clinique est
caractérisée par un syndrome méningé :

- Céphalées
- nausées/vomissements en jets
- Photophobie
- Raideur de la nuque
- Signe de Kernig et signe Brudzinski

Et l’absence de signes neurologique  Pas de trouble de la conscience (≠ encéphalite).

Diagnostic de laboratoire :

1. Prélèvement :

Liquide céphalorachidien (LCR) Autres prélèvements

Recueilli par PL sur tube stérile - Selles : entérovirus
Transporté rapidement au laboratoire à +4°C pour : - Prélèvement de gorge : entérovirus, virus
ourlien.
- Etude cytobactériologique et biochimique - Urines : virus ourlien
- Recherche du virus ou de ses constituants - Salive : virus ourlien, CMV, EBV,
- Sang : adénovirus, VCML, arbovirus
- Sérum (pour sérologie)

Le prélèvement devra être accompagné d’une fiche complète comprenant : Identité du patient, âge, signes cliniques
Etat immunitaire, vaccinations antérieures Notion de voyage, contage Notion de contact avec personne atteinte d’une
infection virale, ou animaux domestiques ou sauvages

2. Diagnostic biologique présomptif :

Basée sur l’étude cyto-biochimique du LCR et sur certains marqueurs biologiques :

2.1 Etude cyto-biochimique du LCR :

1. Etude macroscopique 2. Etude microscopique 3. Etude biochimique

Clair (en eau de roche) - Pleïocytose : - Protéinorachie :

> 10 - 1000 éléments/mm3 modérément ↑ (<1g/l)
Mais peut être opalescent à
trouble si la réaction - Prédominance lymphocytaire. - Glycorachie : Normale.
inflammatoire est intense Sauf pour le virus ourlien
- Si le prélèvement est précoce, on peut VLCM hypoglycorachie
observer une prédominance de PN non
altérés (c’est de cas de 2/3 des MV à - Chlorurachie : Normale
entérovirus)  puis après 24 à 48h la
réaction redevient lymphocytaire.

 Autres marqueurs biologiques :

CRP Procalcitonine
- Modérément élevée - A une valeur discriminante > à celle de la CRP.
- Car elle augmente rapidement en cas l’infection bactérienne mais
n’est pas modifiée dans les infections virales

2.2 Diagnostic de certitude :

A. Diagnostic direct :

Mise en évidence du virus ou d’un de ces constituants, Les virus recherchés sont en fonction de : L’épidémiologie
(fréquence, saison) L’âge et du statut immunitaire du patient Tableau clinique

 Culture cellulaire :

A partir du LCR, selles, prélèvement de gorge… Le choix de la lignée dépendra du germe suspecté. Elle est plus ou moins
sensible à partir du LCR, et plus sensible avec des prélèvements de gorge et de selles. Mais il y a un risque de faux
positifs avec les prélèvements périphériques, exemple : entérovirus son isolement dans un prélèvement de gorge ou de
selles ne constitue pas toujours un diagnostic, car le virus peut être excrété dans l’organisme pendant plusieurs
semaines après une infection Permet la recherche d’antigènes viraux Permet la détermination de la CI 50 (recherche de
résistance) inconvénient : technique longue
  Détection des antigènes viraux :

A partir du LCR, de prélèvement de gorges, de selles, d’aspiration pharyngée…Par immunoflorescence, ou technique

immuno-enzymatique. C’est une technique spécifique mais peu sensible

 Techniques moléculaires :

A partir du LCR, aspirations nasopharyngées, selles, prélèvements de gorge, lésions cutanées… La PCR est 3 à 1000 fois
plus sensible que la culture cellulaire. Elle est rapide et spécifiques Permet un diagnostic précoce (l’ADN viral est
détectable avant même la pleïocytose) Techniques de PCR utilisées : PCR classique PCR nichée PCR multiplex PCR en
temps réel

B. Diagnostic indirect : Sérologie :

Se fait sur deux sérums (sérum précoce et sérum tardif) recueillis à 15 jours d’intervalle, a la recherche d’une
séroconversion ou d’une augmentation des titres d’Ac. Indiquée pour certains virus : oreillons, VCML, EBV, VZV, HHV-6,
arbovirus…Mais non recommandée pour détecter les entérovirus parce qu’il existe trop de sérotypes à tester.

C. Autres tests :

Dosage de l’INF α dans le LCR : par technique ELISA, Mise en évidence de la synthèse intra-thécale d’anticorps : par
ELISA, Comparaison des titres d’IgG du sérum et du LCR atio normal : IgG sérum / IgG LCR >100 Si Ratio < 100 
synthèse locale d ’IgG ou transsudat

Tableau récapitulatif

Virus Technique de diagnostic

Entérovirus RT-PCR, culture cellulaire
Sérologie n’est pas indiqué car trop de sérotypes
Virus RT-PCR, culture cellulaire, sérologie
ourlien
HSV PCR, sérologie spécifique de type, culture, immunofluorescence
VZV PCR, culture, IF à partir des lésions cutanées, sérologie
EBV Sérologie spécifique, IgM et IgG VCA, IgG EBNA, PCR
HHV-6 Sérologie IgM, PCR
Culture non sensible
HIV Sérologie spécifique, PCR
Arbovirus Sérologie
Rubéole Recherche d’IgM, RT-PCR
LCMV Sérologie, PCR

II. Traitement :

Les MV ne nécessitent aucun traitement étiologique, la guérison est spontanée. Sauf pour l’HSV : Acyclovir systématique
chez les personnes immunodéprimées et en cas de transmission MF Le traitement est symptomatique

III. Prévention :

La Vaccination : Contre la polio (a quasiment mondialement éradiqué le virus), ROR (rubéole-oreillons-rougeole) Il

existe maintenant un vaccin efficace contre l’entérovirus sérotype 70/71, c’est une avancée importante surtout pour le
Asie du sud-est où il provoque une mortalité de 17% chez les enfants.

Mesures générales :

Éviter l’exposition aux rongeures ou autres souris de maison surtout pour les femmes enceinte. Certains suggèrent
même aux femmes enceintes d’éviter les jeunes enfants et les piscines au dernier trimestre de grossesse afin de
diminuer le risqué de colonisation entérovirale et de transmission matérno-fœtale. Protéger les nouveau-nées des
moustiques (prévenir les infections à arbovirus) Eviction scolaire des enfants ayant déclaré une infection virale
Education sexuelle des partenaires afin de diminuer l’incidence du [Link] lavage des mains est un moyen efficace de
contrôle de la propagation des infections liées aux entérovirus.

Encéphalite herpétique: diagnostic et conduite à tenir

Plan
Introduction
I- Définitions
1- Encéphalite
2- Encéphalite herpétique
II- Rappel sur l’agent étiologique (herpes simplex virus)
1- Classification
2- Structure
3- Epidémiologie
a- Mode de transmission
b- Données épidémiologiques
4- Physiopathologie
III- Diagnostic de l’encéphalite herpétique
1- Eléments cliniques
2- Examens radiologiques
3- Examens électro physiologiques
4- Diagnostic microbiologique
a- Prélèvements
b- Analyse du liquide céphalorachidien
b-1 analyse cyto-chimique
b-2 culture cellulaire
b-3 PCR (Polymerase Chain Reaction)
c- Sérologie
d- Biopsie cérébrale
e- Autres études diagnostiques
IV- Conduite à tenir devant une encéphalite herpétique
1- Conduite à tenir à l’admission
2- Traitement probabiliste
3- Traitement après un diagnostic confirmé

Conclusion

Introduction
La suspicion d’une encéphalite virale aiguë est toujours une urgence médicale et le pronostic dépend à la fois
du statut immunitaire de l’hôte et de la virulence du virus.
L’étiologie la plus importante à reconnaître est certainement l’herpès simplex virus qui peut se développer
sporadiquement chez l’homme, et dont le pronostic est, si non traité ou avec retard, le plus souvent
catastrophique.
L’utilisation de la PCR a fourni les moyens d’un diagnostic rapide et sensible, mais, malgré lespossibilités
diagnostiques et thérapeutiques, il est frappant deconstater que la morbidité et la mortalité de l’encéphalite
herpétique demeurenttrès élevées.
 I- Définitions

1- Encéphalite

Elle est définie comme un processus inflammatoire impliquant le parenchyme cérébral, associé avec une
évidence clinique ou une preuve de laboratoire d’un dysfonctionnement neurologique. Sur le plan de
l’évolution clinique, on peut distinguer les encéphalites aiguës caractérisées par une installation rapide des
symptômes et des formes subaiguës d’installation progressive.

2- Encéphalite herpétique

C’est une encéphalite aiguë nécrosante et hémorragique affectant de manière bilatérale et asymétrique les
lobes temporaux et parfois l'insula et les régions frontales, due au virus de l’herpès simplex (HSV) :
 HSV-1 : responsable d’encéphalites aigues nécrosantes, soit lors de la primo-infection (plutôt chez
l’enfant) soit le plus souvent lors de la réactivation chez l’adulte.
 HSV-2 : peut être responsable d’encéphalites néonatales mais très rarement d’encéphalite chez l’adulte.

3- Rappel sur l’agent étiologique (Herpès simplex virus)

1- Classification

 Ordre : Herpesvirale
 Famille : Herpesviridae
 Sous-famille : Alphaherpesvirinae
 Genre : Simplexvirus
 Espèces : HSV-1 et HSV-2

2- Structure

La particule virale de HSV mesure entre 120 et 200nm de diamètre et est composée de :
 Une enveloppe lipidique, dérivée de la membrane nucléaire et des membranes intracytoplasmiques,
porte sous forme de spicules des protéines glycosylées virales soit communes aux 2 espèces ou
spécifiques d’une espèce.
 Une capside icosaédrique entourée d’un tégument qui est une structure fibrillaire en apparence amorphe.
 Le génome, empaqueté dans la capside virale et entouré d’une protéine basique formant le « core », est
un ADN linéaire bicaténaire. L’homologie du génome entre HSV-1 et HSV-2 atteint environ 50%.

3- Epidémiologie

a- Mode de transmission

Les HSV sont des virus strictement humains de nature fragile, et donc transmissibles lors de contacts
rapprochés. Ils persistent à vie dans l’organisme au-delà de la primo-infection et peuvent être responsables de
réactivations symptomatiques ou non, associées à des excrétions de particules virales dans la salive ou les
sécrétions génitales (contamination directe au moment de l’accouchement parune première infection
génitale maternelle).
b- Données épidémiologiques (source : Revue Francophone des Laboratoires - Décembre 2012 - n°
447 / Traité de virologie 2eme ed 2019/A. Boucher et al. / Médecine et maladies infectieuses 47
(2017))
 L’incidence de l’EH, autour de 1 à 4 cas/million/an d’aprèsles études anglo-saxonnes, est faible comparée à
laséroprévalence de l’infection herpétique dans la populationgénérale, estimée autour de 67 % en France chez
les jeunesadultes.
HSV-1 est la première cause identifiée de l’encéphalite infectieuse en France.
L’EH survient sur un mode sporadique, à tous lesâges de la vie, et sans facteur saisonnier.
La mortalité est très élevée (supérieure à 70%) en l’absence d’une prise en charge thérapeutique appropriée,
et 5-20% sous traitement bien conduis.
4- Physiopathologie

HSV-1 et HSV-2 sont des virus neurotropes, l’invasion du SNC se fait soit à la faveur de la primo-infection
(1/3 des cas) à partir des voies olfactives par migration neurotrope, soit lors d’une réactivation associée à une
migration antérograde à partir du ganglion de Gasser.
Après invasion, le virus se réplique dans le tissu cérébral et le détruit (neuro-virulence), La présence du virus
répliquant au niveau cérébral provoque le gonflement des cellules infectées, l’apparition d’agrégats de
chromatine intranucléaires, apoptoses, formation de cellules multinuclées et une réponse inflammatoire aigue
avec pour conséquence des nécroses hémorragiques du tissu cérébral et des glioses.
On connaît encore mal les mécanismes moléculaires et cellulaires provoquant l’EH, des défauts de de la
réponse IFN touchant le voie TLR3 et rendant les neurones plus sensibles à l’infection ont été identifiés chez
certains enfants atteints d’encéphalite herpétique, tandis que chez l’adulte les facteurs impliqués n’ont pas été
élucidés.
4- Diagnostic de l’encéphalite herpétique

Le diagnostic d’une encéphalite herpétique est avant tout un diagnostic différentiel, car le tableau clinique
n’est pas seulement partagé entre les encéphalites virales en général, mais il s’étend à d’autres maladies,
comprenant méningite virale et bactérienne, abcès cérébral, célébrité, empyème…etc.
Le grand défi pour les cliniciens est de faire rapidement la différence entre ces entités pathologiques, étant
donné que le pronostic vital du patient est en jeu.
Les moyens permettant de poser le diagnostic d’une encéphalite herpétique, en plus des éléments cliniques,
radiologiques (IRM), électrophysiologiques (EEG) et biologiques reposent sur la détection de matériel
génétique viral (ADN ou ARN) par polymerasechainreaction (RT-PCR ou PCR) dans le liquide céphalo-
rachidien (LCR) et sur les sérologies sériques. Les cultures virales ne sont effectuées qu’exceptionnellement de
nos jours.
1- Eléments cliniques

La présentation clinique d’un patient avec une encéphalite herpétique peut être hétérogène, nécessitant un
index élevé de suspicion.
Le diagnostic est suspecté devant tout climat fébrile accompagné par des maux de tête, un niveau de
conscience altéré, et des signes et des symptômes de dysfonctionnement cérébral.
Chez l’adulte et le grand enfant existe souvent la notion d’une phase prodromique de quelques jours
comportant fièvre, céphalées, signes ORL ou digestifs.
Tandis que chez le nourrisson, la survenue de convulsions en climat fébrile constitue généralement le
premier signe d’appel de la maladie.
À la phase d’état, le tableau clinique est peu spécifique, associant fièvre, signes généraux et signes
neurologiques, les plus fréquents étant les troubles du comportement, du langage, et de la mémoire, les troubles
de la conscience allant de l’obnubilation au coma, et les signes de focalisation (déficit unilatéral, convulsions à
point de départ focal).
 2- Examens radiologiques

L’imagerie cérébrale par résonance magnétique (IRM) montre des anomaliesplus tôt que la
tomodensitométrie (TDM) : typiquement, leslésions sont uni ou bilatérales : hypodensités ou hyposignauxde la
substance grise, siégeant dans les lobes temporaux,frontaux, pariétaux, ou occipitaux.
3- Examens électro-physiologiques

L’électroencéphalogramme (EEG) montre précocement des anomaliesévocatrices si elles sont focales, ou si

elles comportent un aspect périodique ou pseudopériodique (décharges périodiques d’ondes lentes au niveau
temporal).
Elles sont évocatrices d’une origine herpétique dans un contexte d’encéphalite aigue mais elles ne sont ni
spécifiques ni constantes.
4- Diagnostic microbiologique

a- Prélèvements

 Liquide céphalorachidien (LCR): la quantité de LCR à prélever doit être suffisante pour permettre de
réaliser les explorations diagnostiques.
 Biopsie cérébrale : rarement utilisée actuellement.
 Prélèvement sanguin : pour la sérologie (2 sérums prélevés à 15 jours d’intervalle).

b- Analyse du liquide céphalorachidien (LCR)

b-1 Analyse cyto-chimique

Le LCR est le plus souvent lymphocytaire(100 éléments/mm3en moyenne), avec
 une protéinorachie modérément élevée (0,5 à 1,5 g/l)
 une glycorachie normale (la mesure de la glycorachie doit être impérativement associée à une mesure de
la glycémie concomitante).
 La présence de taux élevés d’interféron (IFN) α dans le LCR, sans être spécifique, a une valeur
d’orientation.

b-2 Culture cellulaire

La culture cellulaireà partir du LCR, bien que spécifique,est d’une valeur limitée dans le cas des encéphalites
virales. De ce fait elle n’est pas recommandée pour les applications cliniques de routine.
Deux types cellulaires sont principalement utilisés : les FH embryonnaires de type MRC5 et les cellules
VERO.
L’ECP apparait en 24-48 heures, sous forme de cellules arrondies ballonisées, qui en se détruisant, créent
des plages de lyse dans la nappe cellulaire.
b-3 PCR (polymerasechainreaction)
La PCR est la méthode de référence pour le diagnosticprécoce de l’encéphalite herpétique, et est plus
sensible que la culture cellulaire.

Elle offre un rendement maximal lorsqu’elle est effectuée dans une période qui
s’étend de trois à quatorze jours après le début des symptômes (le virus ne devient
détectable dans le LCR qu’après l’inflammation méningée secondaire à l’infection du
parenchymecérébral). La sensibilité de ce test baisse significativement s’il est effectué
soit avant, soit après cette fenêtre de temps.
 Ainsi, une première PCR HSV négative avec une clinique évocatrice de EH ne doit pas faire interrompre un
traitement par acyclovir ; une deuxième PCR doit être réalisée pour confirmer ou infirmer le diagnostic

Il faut signaler aussi que la sensibilité de la PCR diminue en fonction de la durée du traitement antiviral.
Ceci témoigne de la diminution de la charge virale au cours de la thérapie.

De plus, la distinction entre HSV-1 et HSV-2 ainsi que la quantification de l’ADN viral
sont aisées grâce aux techniques de PCR en temps réel.

c- Sérologie

La sérologie apporte rarement des indications au stadeinitial de la maladie.

Lorsque l’EH est la manifestationd’une primo-infection herpétique, on peut observer sur lepremier sérum
prélevé au stade précoce la présence d’IgMspécifiques HSV et/ou l’absence d’IgG, puis sur un deuxièmesérum
prélevé 10 à 15 jours plus tard la séroconversion oul’augmentation du titre des IgG d’un facteur supérieur
ouégal à 4 qui confirmera le diagnostic étiologique.
Cependant, chez le nourrisson et l’enfant, les marqueurs sérologiquesapparaissent parfois de façon retardée,
le traitement antiviral aggravant ce retard.
La mise en évidence d’une synthèse intrathécale ou intraoculaire d’anticorps spécifiques peut être utile pour
confirmer le diagnostic de la méningo-encéphalite herpétique dans certains cas de négativité de la PCR HSV. Il
s’agit de techniques particulières réservées à certains laboratoires très spécialisés.
d- Biopsie cérébrale

La biopsie cérébrale pour établir l’étiologie de l’encéphalite est rarement utilisée actuellement, et elle n’est
pas recommandée dans le diagnostic de routine.
Toutefois, elle continue à jouer un rôle limité dans le diagnostic de certains cas, et elle devrait être
considérée chez les patients avec une étiologie inconnue et dont l’état neurologique se détériore malgré un
traitement adéquat.
A partir de ce spécimen on pourra appliquer différentes techniques diagnostiques à savoir la PCR, la
recherche d’Ag par technique immuno-enzymatique ou d’immunofluorescences avec une spécificité et une
sensibilité élevées, mais toujours avec les mêmes inconvénient liés à ces techniques (faux positifs et négatifs,
subjectivité de lecture…).
e- Autres études diagnostiques

Le liquide des vésicules cutanées peut faire objet d’une étude par PCR, culture cellulaire ou recherche d’Ag
viraux par techniques immunoenzymatiques ou d’immunofluorescence.
Cependant, un résultat positif ne veut pas dire forcément que c’est l’agent responsable de l’encéphalite. De
même, un résultat négatif ne peut pas exclure le diagnostic.
5- Conduite à tenir devant une encéphalite herpétique

L’encéphalite herpétique est l’une des méningo-encéphalites les plus graves, dès que le diagnostic est
évoqué, le traitement doit être immédiatement instauré sans attendre les résultats de la PCR.
La gravité est neurologique (coma, convulsions, état de mal épileptique [EME]. . .), mais peut
aussiconcerner d’autres organes (défaillances respiratoire, rénale,hémodynamique, etc.). La vitesse et
l’amplitude de ladétérioration de l’état neurologique dans les premières heuressont imprévisibles.
L’évolution spontanée de la maladie est catastrophique puisque la mortalité spontanée est d’environ 70 %, et
que 90 % des survivants ont des séquelles neurologiques.
 Le seul paramètremodifiable du pronostic est le délai entre l’admission à l’hôpital et l’initiation du
traitement, qui doit être inférieur à 48 h.
1- Conduite à tenir à l’admission

A la consultation, les symptômes et les signes de dysfonctionnement duSNC constituent un argument aussi
fort pour suspecter une encéphalite.
Tout symptôme ou signe de dysfonctionnementdu SNC associé à la fièvre doit faire évoquer une
encéphaliteinfectieuse.
Les patients doivent être hospitalisés dans une unitéayant l’expérience de ces pathologies, et si possible
bénéficiantd’une unité de surveillance continue (USC).
Devant un tableau clinique suspect, une ponction lombaire doit être impérativement réalisée et l’examen de
LCR doit comporter en urgence une cytologie,les dosages des protéines totales, du glucose, et du lactate ;
ainsique des examens microbiologiques.
L’IRM cérébrale, si l’état du patient l’autorise etsi elle est accessible sans délai, est d’un apport
diagnostiquenettement supérieur à la tomodensitométrie et est l’imagerieà réaliser en première intention.
Si l’IRM est impossible en urgence, une tomodensitométrie cérébrale (TDM) doit être réalisée
immédiatement(sans et avec injection).
En cas de troubles de la vigilance, de signesde localisation déficitaires ou de crises épileptiques focalesou
généralisées, il faut réaliser immédiatement une imagerie cérébrale pour éliminer une contre-indication à la
ponction lombaire.
l’EEG peut être indiqué pour explorer des crisesconvulsives ou un état de mal, et en cas de troubles de la
vigilance.
Une partie du LCR doit être impérativement réservée à la PCR qui représente la méthode de référence.
2- Traitement probabiliste

Après réalisation de la ponction lombaire et en présence d’un examen microscopique négatif, la gravité
potentielle de l’encéphalite justifie la mise en route en urgence d’un traitement anti-infectieux probabiliste.
Le choix des traitements prend en compte les données épidémiologiques et les éléments d’orientation
cliniques (anamnèse, notion de voyages, contages, exposition à des animaux, signes neurologiques et extra-
neurologiques) et biologiques (particulièrement les résultats de la ponction lombaire).
En l’absence d’orientation étiologique (cliniqueou biologique), le traitement initial associe aciclovir à
doseactive sur le HSV (10 mg/kg toutes les 8 heures) et l’amoxicilline (200 mg/kg/j en4 perfusions au moins,
ou en administration continue), souscouvert d’une réévaluation systématique à 48 h.
S’il y a des vésicules cutanées ou dessignes de vasculopathieà l’imagerie, la posologie de l’aciclovir doit être
augmentée à 15 mg/kg toutes les 8 heures.
3- Traitement après un diagnostic confirmé

Le traitement doit être systématiquement réévaluéà 48 heures avec les résultats disponibles dela culture du
LCS, des PCR dans le LCS et de l’imagerie.
Si la PCRHSVest positive : arrêt de l’amoxicilline et poursuitede l’aciclovir à 10 mg/kg toutes les 8 heures.
L’aciclovir IV est le traitement de référence de l’encéphalite à HSV, analogue acyclique de la guanosine
naturelle et inhibiteur spécifique de l’ADN polymérase virale, il diminue la mortalité et les séquellesde
l’encéphalite à HSV. Les séquelles neurologiques, comportementales et cognitives restent fréquentes et parfois
graves.
 La dose d’aciclovir dans le traitement del’encéphalite à HSV de l’adulte est de 10 mg/kg pendant 1
heuretoutes les 8 heures pendant 10 jours, cependant les recommandations actuelles proposent la prolongation
de la durée de traitement jusqu’à 14 jours chez l’immunocompétent et 21 jours chez l’immunodéprimés pour
éviter les rechutes.
L’aciclovir possède une toxicité potentielle rénale etneurologique centrale, ce qui indique à limiter les
traitements néphrotoxiquesassociés, assurer une réhydratation correcte et ajuster la dose à la fonction rénale.
Actuellement, il n y’a pas de recommandation pour la mise en place d’un traitement de relais par le
valaciclovir (VACV) per os.
En cas d’encéphalite herpétique prouvée par lapositivité de la PCR initiale, le contrôle systématique de la
PCR HSV dans le LCR à la fin du traitement n’est pas recommandési l’évolution est favorable.
En cas d’évolution clinique non favorable à la findu traitement de 14 jours, une ponction lombaire avec PCR
HSVet recherche d’auto-anticorps sur le LCR doit être réalisée. Lapositivité de la PCR HSV peut conduire à
prolongerle traitementpar aciclovir à 21 jours.
L’exploration d’une résistance à l’aciclovir et des paramètrespharmacocinétiques (dosages de l’aciclovir
dans le sang et le LCR) doit être discutée collégialement.
L’observation du rôle délétère de l’inflammation a fait proposer d’ajouter aux drogues antivirales
destraitements à visée anti-inflammatoire (corticoïdes), dontl’intérêt doit encore être évalué. Malgré ça, la
corticothérapie adjuvante n’est pas recommandée à ce jour dans le traitement de l’encéphalite herpétique.

Encéphalite rabique
I-Introduction :
La rage est une maladie très ancienne, c’est une zoonose virale à l’issue fatale dont les agents étiologiques sont
responsables d’une encéphalomyélite. La maladie esttoujours mortelle dont le traitement est uniquement préventif.

II-Agent pathogène :

Les virus de la rage appartiennent à l’ordre des Mononegavirales, à la famille des Rhabdoviridaeet au genre lyssavirus. Il
est de forme allongée, en balle de revolver ou d’obus.
C’est un virus à ARN linéaire, monocaténaire, non segmenté, de polarité négative qui code pour cinq
protéines structurales :la glycoprotéine G,la protéine de matrice M ,la nucléoprotéine N étroitement associée à l’ARN
viral ,la phosphoprotéine NS et l’ARN-polymérase ARN-dépendante L.
Le virus rabique est à réplication cytoplasmique, il est extrêmement fragile, ne survit pas dans le milieu extérieur et
c’est son mode de transmission transcutané par morsure qui lui permet de remédier à cette fragilité.
III-Epidémiologie :

1-Données épidémiologiques:
Selon l’OMS la rage est au 10ème rang des maladies infectieuses mortelles. C’est une zoonose qui peut affecter tous les
mammifères. Elle est répondue dans le monde entier ; responsable 55 000 décès/an: 55% en Inde,40% en Afrique, les
enfants sont plus touchés que les adultes environ 30 a 50% .

2-Réservoir du virus :
Il faut distinguer le réservoir du virus dans une région géographique qui est l’espèce qui entretient en son sein la présence
du virus, du vecteurs de la rage qui sont les animaux(surtt carnivores) qui peuvent la transmettre à une autre espèce, y
compris l’espèce humaine.
Il existe 7génotypes de lyssavirus dont le principale le genotype 1qui est responsable de la rage canine et humaine. La
répartition de ces génotypes varient selon les zones géographiques et le type de réservoir en cause. On distingue :
-La rage canine qui sévit principalement en Asie, au Moyen orient, en Afrique.
-La rage selvatique ou rage des animaux Elle est la seule présente en Amérique du Nord et en Europe occidentale. Le
réservoir est différent selon les régions :
 Le renard roux en Europe occidentale (rage vulpine), le chien viverrin en Europe du Nord, le raton laveur, le renard et la
moufette en Amérique du Nord, la mangouste et le chacal en Afrique.
-la rage des chiroptères, on distingue les chauves-souris insectivores, présentes dans le monde entier, les chauves-souris
frugivores présentes à l’état sauvage dans les régions tropicales,et les chauves-souris hématophages ou vampires
présentes uniquement en Amérique centrale et du Sud.

3-Mode de transmission :
La rage est une zoonose d’inoculation. Le virus est généralement transmis par la salive d’un animal, lors de morsure,
griffure, léchage sur la peau excoriée ou sur les muqueuses. (oeil,bouche, narines).

La transmission par inhalation d’un aérosol de virus a été décrite dans deux situations : lors d’un accident de
centrifugation du virus dans un laboratoire de production de vaccin et dans des caves confinées, infestées de millions de
chauves-souris excrétant du virus dans le sud des États-Unis.
Des cas exceptionnels de transmission interhumaine de la rage ont été rapportés. Ils sont liés à la réalisation de greffes de
cornée, de tissus (artère iliaque) ou d’organes solides (rein, foie,
pancréas, poumons) prélevés sur des patients décédés de rage mais non diagnostiqués.

IV-Pathogénie :

1-Physiopathologie :
Le tropisme du virus de la rage est beaucoup plus étroit in vivo puisqu’il utilise la voie nerveuse comme mode de
transport et de dissémination. Une multiplication virale locale est parfois observée au niveau des cellules musculaires du
site d’inoculation, le virus rejoignant ensuite le système nerveux après passage de la jonction neuromusculaire. Ce
mécanisme pourrait être associé à certaines incubations longues. Le virus infecte les neurones après attachement à des
récepteurs cellulaires partiellement identifiés ; Les neurones périphériques innervant la zone d’inoculation sont les
premiers atteints puis l’infection se propage de neurone à neurone par les [Link] virus gagne le système nerveux
central par la voie axoplasmique pour s’y multiplier ; pratiquement toutes les zones du cerveau peuvent êtreinfectées : le
thalamus, la moelle épinière… Une fois le système nerveux central atteint, le virus se dissémine dans tout l’organisme par
voie centrifugeet infecte notamment les glandes salivaires, le pancréas, les reins et le foie.
Le virus est retrouvé au niveau de la salive et des glandes salivaires, de la cornée, éventuellement du liquide
céphalorachidien mais n’a jamais été retrouvé au niveau du sang et des tissus lymphoïdes.

2-Clinique :
a-Chez l’homme :
La rage est une méningo-encéphalite d’évolution [Link] période d’incubation dure généralement 1 à 2 mois, mais
peut varier d’une semaine à plusieurs années.
L’évolution clinique se divise classiquement en trois phases : une phase prodromale, la phase neurologique aiguë puis un
coma.
La maladie débute par un syndrome infectieux banal, pseudo-grippal, qui dure généralement 2 à 10 jours, auquel
s’associent rapidement des douleurs au niveau du site de la blessure, à type de paresthésies pouvant s’associer à une
hyperesthésie cutanée. Le patient peut présenter une irritabilité, une angoisse.
A la phase d’état, un spasme des muscles pharyngés survient lors de la déglutition des liquides , l’hydrophobie,
l’aérophobie. Des signes encéphalitiques avec hallucinations, excitation psychomotrice, convulsions et coma s’installent
ensuite, plus ou moins rapidement (rage « furieuse »). Chez 20% des patients, le tableau clinique est dominé par des
paralysies (rage « paralytique »). La mort survient en 2 à 7 jours par arrêt respiratoire lors d’un spasme ou par paralysie
des muscles respiratoires.
b-Chez l’animal: On distingue également :
Une rage spastique survenant surtout chez le chat et le chien.
Une rage paralytique plus fréquemment retrouvée chez les ovins et les bovins.
Les animaux sauvages perdent leur prudence vis-à-vis de l’homme et se laissent approcher. L’agressivité très souvent
présente chez les animaux infectés facilite la dissémination du virus. Les animaux survivent très peu de temps aux
manifestations cliniques. Seules les chauves-souris semblent pouvoir être porteuses asymptomatiques.
V-Diagnostic:Le diagnostic de l'encéphalite rabique (homme, animal suspect) se fait dans des centres spécialisés (Institut
Pasteur).On y établit le statut immunitaire d'un sujet exposé ou vacciné.
1-Prélèvement : Chez l 'Homme: salive, LCR, biopsies cutanées, empreintes de cornée (sur cadavre), et le sérum.
Chez l'animal :sacrifier un animalsuspect;les prélèvements effectués sur le cadavre seront : sa tête, son cerveau, ou
l’animal en entier.
Expédition des prélèvements : Le conditionnement devra permettre une bonne conservation des prélèvements (froid +++)
et la protection du personnel du service de transport. Il doit y être joint une fiche de renseignement bien remplie.
2- Technique de diagnostic virologique :
a-Diagnostic direct
-Techniques d’immunofluorescence (IF) ou immunoperoxydase :L’Immunofluorescence directe sur empreinte de
cerveau est la technique de référence qui permet de visualiser des antigènes viraux accumulés dans les cellules infectées,
sous la forme soit de grosses inclusions rondes ou ovales constituées de façon prédominante par des nucléocapsides
virales (corps de Negri) soit de plus petits amas d’antigènes viraux apparaissant comme une « poussière fluorescente ».
Elle peut être remplacée par un marquage en immunoperoxydase. Ces deux techniques étant peu coûteuses, rapides,
sensibles et spécifiques.
-Isolement viral :
La recherche d’antigènes viraux est complétée par l’isolement du virus (inoculation à des cellules de neuroblastome
murin). Un examen négatif portant sur un seul prélèvement n’élimine en rien le diagnostic de rage.
-Techniques moléculaires :
La méthode de « reverse transcription- polymérase chainreaction » (RT-PCR) peut être utilisée pour confirmation lorsque
les deux techniques précédentes sont douteuses ou pour la détection de quantités minimes de virus dans la salive, du LCR,
dans des biopsies cutanée.
B-Diagnostic indirect(Sérologie) :Au stade tardif de la maladie
Le titrage des anticorps neutralisants effectué sur souris puis sur culture cellulaire est de plus en plus remplacé par des
techniques immunoenzymatiques ; la présence d’anticorps dans le LCR permet d’affirmer l’infection rabique. Les
anticorps sériques neutralisants sont présents chez le sujet contaminé et chez le sujet vacciné (aun taux d'anticorps
supérieur à 0,5 unités internationales (UI)/ml). Chez ce dernier, ils permettent d’apprécier l’immunité et de décider ou non
d’une revaccination.
VI-Prévention :
a-Vis-à-vis de l’animal :
-S’il a des signes neurologiques d’encéphalomyélite, c’est-à-dire des troubles du comportement, il faut le considérer
comme enragé, l’abattre et joindre au laboratoire spécialisé pour rechercher le virus dans le cerveau en particulier au
niveau de l’hippocampe..
-Si l’animal domestique mordeur est apparemment sain, il faut le faire examiner par un vétérinaire toutes les semaines
pendant 3 semaines, à la recherche des signes cliniques de la rage (rage furieuse chez le chien ou le chat). Le vétérinaire
établit un certificat à chaque visite.
b- Vis-à-vis du sujet mordu :
-Dans l’immédiat, il faut procéder à une désinfection de la plaie(Même l’eau savonneuse est efficace).Ne pas oublier de
donner une prophylaxie antitétanique et l’antibiothérapie.
-Le traitement antirabique :Il est prescrit et effectué obligatoirement dans un Centre Antirabique.
Le traitement est la vaccination sans retard, à laquelle il faut joindre une sérothérapie.
-Vaccination : vaccin inactive (ImovaxRRage)(vaccin vivant atténué)
Protocole OMS : recommande 5 injections IM : a J0, J3, J7, J14 et J30
Protocole Institut Pasteur : 2 doses a JO, 1 dose a J7 et J21
→ pic d’AC au 14eme jour, plus précoce avec le protocole de l'Institut Pasteur qu’avec
celui de l'OMS (30eme j)
- Sérothérapie: (Ig antirabiques ) administration générale et locale au niveau de la morsure avant la vaccination, à la dose
de 40 UI/kg pour les immunoglobulines d’origine équine et 20 UI/ kg pour celles d’origine humaine.

Traitements recommandés (chez le sujet non préalablement vacciné) selon la nature du contact avec l’animal suspect
(d’après le rapport de[OMS] 2005.
Nature du contact avec un animal sauvage(a)
Catégorie ou domestique présumé infecté, ou dont la Traitement recommandé
rage a été confirmée, ou encore un animal qui
ne peut être placé en observation
I
Contact ou alimentation de l’animal Aucun, si une anamnèse complète et
Léchage sur peau intacte fiable peut être obtenue
 Administrer le vaccin immédiatement. (b)
II Peau découverte mordillée Arrêter le traitement si l’animal est en
Griffures bénignes ou excoriations, sans bonne santé après 10j d’observation.(c) ou
saignement si après la recherche de la rage par les
techniques de laboratoire appropriée est
négative.

Administrer immédiatement des

III immunoglobulines antirabiques et le
Morsure(s) ou griffure(s) ayant traversé la vaccin. Arrêter le traitement si l’animal
peau. est en bonne santé après 10j
Contamination des muqueuses par la salive. d’observation.(c) ou si après la recherche
de la rage par les techniques de
laboratoire appropriée est négative.
(a) Un contact avec des rongeurs, des lapins ou des lièvres n’exige pour ainsi dire jamais de traitement antirabique
spécifique
(b) S’il s’agit d’un chat ou d’un chien identifié et apparemment en bonne santé, résidant ou provenant d’un secteur à
faible risque, et qu’il est placé en observation, on pourra alors retarder la mise en route du traitement ;
(c) Cette durée d’observation ne s’applique qu’aux chiens et aux chats. Les animaux domestiques et les animaux sauvages
présumés enragés (à l’exception des espèces en voie de disparition ou menacées) seront euthanasiés et leurs tissus
examinés par les techniques de laboratoire appropriées.
VII-Prophylaxie :
Par la Vaccination(durée de 5 ans) :
- des personnels de laboratoire, des abattoirs, vétérinaires
- des voyageurs pour l’Afrique, l’Asie, l’Amérique du Sud.
-tous les animaux se rendant ou vivant en zone d’endémie (chien, chat, bétail…).
La lutte comprend également l’élimination des chiens errants et le respect des mesures de contrôle sanitaire aux
frontières.

VIII-Conclusion :La rage reste donc une maladie d'actualité. Les progrès des protocoles de prise en charge, des produits
biologiques de traitement (vaccins et immunoglobulines) ainsi que des techniques de laboratoire permettent de répondre à
la plupart de ces problèmes. Néanmoins, le coût de ces mesures reste malheureusement hors d'atteinte d'une partie
importante de l'humanité.

Question N°2 de virologie: Diagnostic biologique des l’encéphalites aigues

virales.
Le plan :
Introduction
I. Généralités
1. Définition de l’encéphalite
2. Physiopathologie de l’encéphalite aigue
a. Encéphalites par agression virale directe ou « Encéphalites aigues primitives »
b. Encéphalites post –infectieuses ou « ADEM » ( Acutedisseminatedencephalomyelitis »
3. Les étiologies des encéphalites aigues
II. Diagnostic biologique des encéphalites aigues virales
1. Démarche et méthodes de diagnostic virologique
2. Diagnostic des encéphalites aigues primitives
2.1. Encéphalite herpétique
2.2. Encéphalite a virus de la varicelle et du zona
2.3. Encéphalites dues aux arbovirus
 2.4. Encéphalite rabique
2.5. Encéphalites à CMV, EBV, HHV-6
3. Diagnostic des encéphalites aigues post-infectieuses
Conclusion

Introduction :
Les encéphalites sont des affections inflammatoires du tissu cérébral, de causes infectieuses ou non, et qui
évolue de manière variable sur un mode aigue, subaiguë ou chronique.
L’encéphalite est rare et grave peut causer des lésions irréversibles importantes au niveau du système nerveux
central.
Plus d’une centaine de virus sont associés à des encéphalites aiguës. Le mécanisme est le plus souvent mal
connu, malgré le développement des techniques de biologie moléculaire les étiologies restent mal connues.
La suspicion d’une encéphalite virale aiguë est toujours une urgence médicale et le pronostic dépend à la fois
du statut immun de l’hôte et de la virulence du virus, d’où la nécessité de rechercher l’étiologie de l’affection,
dans le but de préciser le pronostic individuel, de mieux gérer l’usage des antibiotiques et dans un but de santé
publique.
Le diagnostic des encéphalites aiguës reste difficile et qui repose sur une connaissance de la physiopathologie.
I. Généralités:
1. Definition de l’encéphalite:
-Les encéphalites sont des infections non suppurées du parenchyme cérébral, rares et graves.
-Les encéphalites virales sont des pathologies :
 Complexes : plus de 100 virus impliqués
 Rares : l’atteinte du SNC est une complication rare d’infections virales le plus souvent bénigne
 Graves : lésions non réparables du SNC
 Mécanismes le plus souvent mal compris.
 Diagnostic le plus souvent non fait
 Traitement : rarement spécifiquesouvent symptomatiqueempirique
-L’encéphalite virale est souvent associée à une méningite =Les méningoencéphalites
2. Physiopathologie de l’encéphalite aigue :
a. Encéphalites par agression virale directe ou « Encéphalites aigues primitives » :
-Lésions cérébrales provoquées par l’invasion virale directe et la réplication de l’agent infectieux dans le
système nerveux central (SNC). C’est la multiplication intracellulaire du virus qui est cytopathogène.
-la mise en évidence du virus ou l’un de ses composants dans le tissu cérébral
-des lésions inflammatoires réactionnelles accompagnent les lésions lytiques dues à l’agent infectieux, et
contribuent aux destructions du tissu cérébral
-Touchent majoritairement la substance grise.

b. Encéphalites post –infectieuses ou « ADEM » ( Acutedisseminatedencephalomyelitis »:

- Absence de pénétration du virus dans le cerveau mais réaction inflammatoire et immune importante.
-Présence virale non décelable dans le tissu cérébral.
- Touchent majoritairement la substance blanche
-Les encéphalites post-infectieuses surviennent au décours de plusieurs infections virales, les premières
descriptions ont été associées aux infections par les virus de la variole et de la rougeole, et à la vaccination
antivariolique.
3. Les étiologies des encéphalites aigues :
a. Encéphalites aigues primitives :
 Encéphalites herpétiques HSV1 HSV2 :
Famille : Herpesviridae
Sous famille : Alphaherpesvirinae
Genre : Simplexvirus
-C’est un virus à ADN bicentenaire, enveloppée (d’origine nucléaire) à capside icosaédrique.
-Elle est quasi exclusivement due à Herpes simplex de type 1 ( HSV-1) sauf dans la période néo-natale ou elle
peut être due aussi bien à HSV-1 qu’à HSV-2.
-En France, la forme la plus fréquente est l’encéphalite herpétique (EH).
 Encéphalites à virus de la varicelle et du zona :
Famille: Herpesviridae
Sous famille:Alphaherpesvirinae
Genre : Varicellovirus
HHV3 ou VZV
-Virus à ADN bicentenaire, enveloppé à capside icosaédrique,ayant un tropisme pour la peau et le système
nerveux.
-Une encéphalites aigue primitive est observée exceptionnellement en primo infection par le virus de la
varicelle et du zona (VZV), elle est redoutée chez les sujets immunodéprimés ayant une virémie cellulaire
sanguine persistante.
Les complications neurologiques du VZV au cours du zona, chez des patients âgés ou immunodéprimés
-Le VZV est par ordre de fréquence la 2e cause reconnue des encéphalites aigues virales, cela justifie de le
rechercher systématiquement surtout chez le sujet immunodéprimé et/ou âgé.

 Encéphalites dues aux arbovirus :

-Les arbovirus appartiennent à des familles de virus variées (Togaviridae, Flaviviridae, Bunyaviridae,
Reoviridae).
-Ce sont les causes les plus fréquentes des encéphalites épidémiques.
- La fréquence des encéphalites à arbovirus dépend des zones géographiques qui sont définies par la présence
des vecteurs (tiques, moustiques et phlébotomes).
- L’encéphalite japonaise est de loin la plus fréquente.
 Encéphalite rabique :
Famille : Rhabdoviridae
Genre : Lyssavirus
-Le virus rabique est un virus enveloppé présentant en microscopie électronique une forme d’obus, virus à
ARN monocaténaire non segmenté et de sens négatif.
-La rage est largement répandue en Asie et en Afrique, où elle est essentiellement transmise par le chien, la
maladie est devenue exceptionnelle dans les pays occidentaux grâce aux mesures de prévention, en dehors des
cas importés.
 Encéphalites à enterovirus :
Famille : Picornaviridae
Genre : Enterovirus
- virus non-enveloppés à ARN simple brin de polarité positive
-Les encéphalites sont des complications rares des infections à entérovirus
-A la période néo-natale, l’encéphalite peut faire partie d’un tableau d’infections à entérovirus généralisée, en
dehors de la période néo-natale les encéphalites à entérovirus surviennent chez l’enfant et le jeune adulte.
-L’entérovirus 71 a été responsable d’encéphalites graves en Asie.
 Autres causes :
Epstein-Barr virus (EBV) et cytomégalovirus (CMV)-le virus herpes humain type 6 (HHV-6)-les adénovirus-
Le virus de la choriomeningite lymphocytaire (LCMV)
Les complications neurologiques des infections à Epstein-Barr virus (EBV) et cytomégalovirus (CMV) sont
rares au cours de la primo-infection
b. Encéphalites post –infectieuses ou « ADEM » :
-Les étiologies virales sont :
post-infectieuse :
* virus : rougeole, rubéole, varicelle, oreillons, HIV, influenza, hépatites, herpès virus
- post vaccinale : rage, diphtérie-tétanos-coqueluche, poliomyélite, variole, rougeole, influenza, VHB (rare)
Encéphalites primitives Encéphalites post-infectieuses
Rougeole 1/ 1 000
-Herpès simplex 2-4 cas/million/an Varicelle 1/ 4 000
virus Rubéole <1/ 20 000
Oreillons Rare
-contexte régional Rage-arboviroses-
EBV Rare
choriomeningite
lymphocytaire
CMV Rare
Adénovirus Rare
-Nourrisson- Enterovirus-HHV-6 Grippe Rare
enfant
Principaux virus responsables d’encéphalites aiguës en fonction de la pathogénie (d’après Johnson,
1996).
II. Diagnostic biologique des encéphalites aigues virales :
1. Démarche et méthodes de diagnostic virologique :
-En urgence, la démarche diagnostique débute par la prise en compte des points suivants :
• clinique : âge, mode de début, fièvre ;
• électroencéphalogramme (EEG) ;
• LCR (lymphocytes, hématies, protéines) ;
• imagerie cérébrale (TDM)
-Le diagnostic virologique repose sur l’analyse du sérum et du liquide céphalorachidien (LCR)
-L’interféron alpha (IFN-alpha) est une cytokine de l’immunité innée, induite par la réplication virale et
mesurable par un essai biologique ou un dosage biochimique. L’IFN-alpha est présent dans le LCR lors des
encéphalites virales primitives, il est indétectable lors des encéphalites post-infectieuses
-La démarche diagnostique vise donc à identifier le virus responsable de l’encéphalite, soit par la mise en
évidence d’une séroconversion récente, soit parce qu’on le détecte dans d’autres compartiments biologiques.
Encéphalites primitives Encéphalites post-infectieuses
Sérum LCR Sérum LCR
INF Négatif >2UI/ml négatif Négatif
alpha
Si positif LCR> sérum Si positif LCR< sérum
PCR Positive

IgG Variables absentes présentes Inconstantes

IgM Inconstantes Inconstantes Présentes Variables

Diagnostic virologique des encéphalites en phase aigue

2. Diagnostic des encéphalites aigues primitives :
2.1. Encéphalite herpétique :
-prélèvement : LCR ++, sérum
 Le LCR est normal dans le début de l’infection dans 5% des cas
-composition anormale LCR 98% des cas :
 Hyperprotéinorachie modérée (< 1 g/l)
 Hypercytose lymphocytaire (de 10 à 500 éléments/ μl)
 Souvent faiblement hémorragique (10 à 1 000 GR) (nécrose)
 Glycorachie normale
 L’INF alpha dans LCR est élevé dans 95% des cas d’encéphalite herpétique chez l’adulte.

 PCR :Examen de référence du diagnostic

 L’ADN viral est décelable dans LCR prélevé lors de la première semaine de l’infection chez 95% à
100% des patients adultes.
 Sensiblité (153/160) = 96% specificité (413/416) = 99% [Tebas and al. Am J Med 1998]
 Une PCR négative, peut être due à un prélèvement trop précoce contenant peu d’éléments cellulaires ou
ne contenant pas encore le génome viral
 L’ADN HSV reste décelable sous traitement antiviral (ACICLOVIR) dans 1/3 à 2/3 des cas autours de
la deuxième semaine, et disparait en règle après 15 jours de traitement.

 La sérologie :apporte peu de renseignements, car la maladie survient chez des sujets déjà porteurs des
anticorps dirigés contre HSV-1
La synthèse intra-thecaled’igG HSV est constante, elle persiste pendant des années.
2.2. Encéphalite a virus de la varicelle et du zona:
Le diagnostic est facilement évoqué lorsque l’éruption vésiculeuse zostérienne est concomitante, mais
l’existence de formes neurologiques sans éruption ou précédant l’éruption doit être soulignée.
Le diagnostic repose actuellement sur la PCR sur LCR, car les techniques de culture sont souvent peu sensibles.
La possibilité d’un traitement spécifique renforce l’intérêt du diagnostic précoce.
 2.3. Encéphalites dues aux arbovirus :
Le diagnostic est guidé par la notion de voyage dans une zone d’endémie
a- Diagnostic direct :
 Prélèvement : LCR ou gorge dans le cas d’une encéphalite équine de Venezuela) ;
 Transport dans des conditions de froid (azote liquide) ;
 Inoculation à l’animal : souriceaux nouveaux nés en intracérébral ;
 Isolement du virus sur culture cellulaire : VERO ;
 Détection des Ag viraux sur LCR en phase de virémie ;
 PCR : surtout pour les Flavivirus ;
b- Diagnostic indirect :
La méthode de diagnostic la plus pratique consiste à rechercher des anticorps de type IgM par réaction de type
Élisa (spécifique, rapide et sensible). Ils apparaissent la première semaine, atteignent un pic la deuxième, puis
décroissent rapidement au fil des semaines suivantes. Desréactions croisées avec des anticorps induits par
d’autres flavovirus peuvent créer des difficultés d’interprétation.
 Prélèvements : deux sérum espacés de 51 jours pour apprécier l’ascension du titre d’anticorps.
2.4. Encéphalite rabique :
-le diagnostic se fait dans les centres antirabiques spécialisés
a. prélèvement :
 chez l’homme :
- la biopsie cutanée (prélèvement de choix) obtenue au niveau d’une zone richement innervée
(préférentiellement à la base de la nuque dans une zone riche en follicules pileux).
-la salive, l’excrétion intermittente du virus dans la salive nécessite en effet de multiplier le nombre
d’échantillons.
- Les prélèvements d’urine, de LCR et de sérum peuvent être également réalisés, bien que la sensibilité
diagnostique soit plus faible.
-Empreintes de cornée (sur cadavre).
 Chez l’animal:
Le diagnostic est réalisé exclusivement sur l’animal mort à partir de prélèvements cérébraux au niveau du bulbe
rachidien et de l’hippocampe, voire du cortex cérébral ou du cervelet- glandes salivaires.
b. Transport :
Selon la réglementation en vigueur en matière de risque infectieux, en tant que « Matière biologique de
catégorie B » (dans un triple emballage et par un transporteur habilité). Ils doivent être accompagnés de
renseignements cliniques et biologiques
Conservation des prélèvements à froid
c. Les techniques de diagnostic :
c.1. Détection des antigènes rabiques :
 immunofluorescence directe :
Représente la méthode de référence, réalisée sur frottis cérébraux
Deux parties anatomiques cérébrales doivent être analysées, la répartition du virus au sein du cerveau n’étant
pas homogène.
Avantages Inconvénients
-Technique rapide (moins de 2 heures) - la sensibilité reste influencée par
- La sensibilité excellente l’état de conservation de l’échantillon
-personnel qualifiée
 Immunocapture des nucléocapsides (technique ELISA) : Réalisée à partir de broyats cérébraux.
 immunohistochimie directe :Un test rapide de détection des antigènes viraux qui a été récemment
développé
c.2. Isolement du virus rabique:
Inoculation à des cellules de neuroblastome murin)inclusions viralesdans le cytoplasme des cellules
détectées /IFD
Ce test remplace avantageusement l’isolement viral sur l’animal (souriceaux nouveau-nés)
c.3. Détection des ARN viraux : (par la RT-PCR) ciblant certains gènes viraux, en particulier les gènes de la
nucléoprotéine et de la polymérase à partir des prélèvements de la salive, d’urine, de LCR ou de prélèvements
de peau.
c.4. Détection des anticorps antirabiques :(Au stade tardif de la maladie)
- à partir du sérum ou du LCR.
-Méthode RFFIT (technique de réduction des foyers fluorescents) : dilution croissante du sérum à
laquelle on rajoute le virus inoculation sur culture cellulaire  détection du virus/Ac anti-
nucléocapside marqués à la fluoresceine.
La présence d’Ac dans le LCR++ permet d’affirmer l’infection rabique.
Les Ac sériques neutralisants sont présents chez le sujet contaminé et chez le sujet vacciné (taux ≥ 0,5
UI/ml). Chez ce dernier, ils permettent d’apprécier l’immunité et de décider ou non d’une revaccination.
[Link] techniques :
D’autres tests font appel à des colorations non spécifiques telle la recherche des corps de Négri dans les tissus
cérébraux, constitués d’inclusions virales cytoplasmiques acidophiles pathognomoniques de l’infection rabique.
Ces tests ne sont pas rapides et manquent de sensibilité.
2.5. Encéphalites à CMV, EBV, HHV-6 :
La détection du génome CMV dans le LCR signe l’infection neurologique à CMV, quelle que soit sa forme
clinique. En revanche, la signification d’une détection des génomes EBV et HHV-6 dans le LCR par PCR n’est
pas toujours claire. En effet, ces génomes étant présents dans une fraction des cellules mononucléées sanguines,
leur présence dans le LCR peut être la simple conséquence d’un afflux de lymphocytes dans ce compartiment
du fait de l’inflammation.

3. Diagnostic des encéphalites aigues post-infectieuses :

À l’inverse des encéphalites infectieuses directes, l’agent pathogène ou ses composants ne sont pas retrouvés
dans le parenchyme cérébral ni dans le LCR , rendant impossible un diagnostic direct d’infection
La démarche diagnostique vise soit par la mise en évidence d’une séroconversion récente, soit par la recherche
du virus dans d’autres compartiments biologiques. Mais il est plus difficile d’établir un diagnostic de certitude
sauf lorsque les tableaux cliniques sont bien connus et très évocateurs (encéphalite post-rougeoleuse par
exemple).
L’imagerie en résonnance magnétiques permet de reconnaitre précocement les encéphalites post-infectieuses en
montrant des anomalies diffuses dans la substance blanche.

 Etude du LCR :

-L’analyse du LCR est fondamentale et permet tout d’abord d’exclure une méningo-encéphalite infectieuse nécessita
un traitement spécifique.
-Le LCR contient une pleïocytose modérée de cellules mononuclées, mais peut être normal dans 25 % des cas.
- La proteinorachieest modérément élevée dans la moitié des cas.
-Il n’y a pas de synthèse locale d’interferon alpha.
- A la phase aigüe, il est justifié de rechercher par PCR dans le LCR les génomes des virus responsables des encéphalit
primitives.

 Sérologie+++ :

Le diagnostic étiologique de l’encéphalite post-infectieuse repose le plus souvent sur la présence de marqueu
sérologiques de primo-infection (IgM), et/ou d’un taux élevé d’IgG sériques dès le début des signes neurologiques. U
bilan sérologique exhaustif devrait être systématiquement pratique a la phase aigüe puis tardive de la maladie, mais l
résultats sont trop tardifs pour une aide au diagnostic.

 Biologie :

Les examens biologiques de routine ne sont en général pas perturbés.

Il n’existe pas de syndrome inflammatoire biologique, mais des anomalies discrètes de la formule sanguine peuvent ê
retrouvées, à type de polynucléose neutrophile ou de lymphopénie.

Il n’existe pas de marqueur biologique spécifique de l’ADEM.