Microbiologie médicale

et vétérinaire

Master 1 : Microbiologie appliquée

 LES DIFFERENTS TYPES DE RELATION HOTE-BACTERIES

• La plupart des bactéries mènent une vie

indépendante d’un autre organisme Elles vivent
dans la nature sur les déchets organiques dont elles
assurent la destruction. Elles sont appelées
saprophytes
• Certaines bactéries, en particulier les bactéries
d’intérêt médical trouvent des conditions favorables
à leur croissance à la surface ou à l’intérieur d’un
autre organisme. Diverses relations biologiques
peuvent s’établir entre la bactérie et l’hôte.
 la Symbiose
• La Symbiose est un mode de relation dans
lequel la bactérie et l’hôte profitent tous 2 de
leur association. Par exemple : certaines
bactéries de l’intestin humain fournissent à
l’organisme des vitamines (vit.K) ce qui réalise
une symbiose.
 le Commensalisme
• le Commensalisme est un état où la bactérie
vit sur la peau et les muqueuses sans nuire à
l’hôte qui l’héberge. Les flores présentes sur
ces surfaces sont dites « commensales ». Ces
flores sont composées de bactéries non
pathogènes opportunistes. Parfois des
bactéries vivent en commensales, c’est l’état
de porteur sain.
• le Parasitisme est une association où la bactérie tire un
bénéfice substantiel de l’hôte qui non seulement ne tire
aucun profit de l’association mais encore, subit les effets
nocifs de la bactérie parasite (maladie infectieuse).
• Certaines bactéries sont parasites facultatifs et peuvent
vivre en dehors de l’hôte, d’autres sont parasites
obligatoires et incapables de se multiplier dans des
conditions naturelles en dehors de l’hôte.
• Généralement la bactérie-parasite est pathogène. L’hôte
va opposer à l’agression bactérienne divers mécanismes
de défense (immunité). La maladie infectieuse est la
résultante entre le pouvoir agressif du germe pathogène
et les réactions que l’hôte va opposer à cette agression.
Pathogenicity T h e a b i l i t y o f a
microorganism to cause a
disease.

Pathogen A m i c r o o r g a n i s m h av i ng
capacity to cause disease in
a particular host.

Infectious
Is the end product of an
Disease
infectious process(tissue
damage health change ).
ØA Pathogenicity

Host Resistance to Parasite Invasion is Divided into:

a) Non specific resistance – part of natural constitution of the
host.
e.g.
1. Competition by normal flora
2. Skin mechanical barrier
3. Lysozymes
4. Ciliated epithelium of respiratory tract
5. Cough
6. Low pH in the stomach
7. peristalsis
8. Neutrophils

b) Specific / Acquired resistance – to certain organism: e.g.

Antibodies
 Disease in the host

Resistance:
§ The ability of the host to prevent establishment of
infection by using its defense mechanisms.
Susceptibility:
§ Lack of this resistance and establishment of disease.
Note:
a) I n f e c t i o n i s s i m p l y i n v a s i o n o f c e l l s a n d
multiplication by microorganisms without tissue
destruction.
b) Virulence is an ability to invade and destroy tissue
to produce disease.(the degree of pathogenicity)
Virulence is measured by the Lethal dose 50 (LD50)
which is the number of organisms or mg. of toxins
that will kill 50% of susceptible lab. animal. When
the LD 50 is small, the microorganism is considered
highly virulent and when it is high the organism is
said to be of low virulence.
 Transmissibility

• The ability to spread from one host to another. This

enables microorganism to maintain continuity of its
species in the event of death of original host.
 R₀
• R₀ = nombre moyen de nouveaux cas qu’une personne infectée peut provoquer dans une
population totalement susceptible (non immunisée, sans vaccination ni mesures de
prévention).
• C’est donc un indice de contagiosité.
• Interprétation :
• R₀ < 1 → chaque malade infecte moins d’une personne → l’épidémie s’éteint.
• R₀ = 1 → chaque malade infecte une personne → la maladie devient endémique (stable).
• R₀ > 1 → chaque malade infecte plusieurs personnes → risque d’épidémie ou de pandémie.
• Exemples : Grippe saisonnière : R₀ ≈ 1,3
• COVID-19 (souche initiale) : R₀ ≈ 2–3
• Rougeole : R₀ ≈ 12–18 (extrêmement contagieuse)
• Facteurs influençant R₀ :
• Durée de contagiosité de la maladie.
• Nombre de contacts par personne infectée.
• Probabilité de transmission lors d’un contact.
• on l’exprime souvent :
• R0=β×c×DR₀ = \beta \ mes c \ mes DR0=β×c×D
• β = probabilité de transmission par contact
• c = nombre de contacts par unité de temps
• D = durée de la période infectieuse
Determinants of Pathogenicity

Exposure to Pathogen

Adherence (Adhesion,
Colonization, Growth)
Escape the Host Natural Defense Mechanism

Invasion Toxicity

Tissue Damage
Infectious Disease
 microbiote
• C’est l’ensemble des microorganismes présents dans
notre organisme, vivant en symbiose avec celui-ci. Il
compte aussi bien des bactéries, que des virus, des
champignons et des parasites qui sont dits
commensaux, composé de:
• bactéries, des virus, des champignons et des parasites.
• Trouvés: dans ou sur les tissus humains et les
biofluides :
• Microbiote: intestinal, bucco-dentaire et respiratoire,
vaginal, cutané et nasal.
• 1012 bactéries ( peau)
• 1010 bactéries (la bouche )
• 1014 bactéries (l’intestin)
 Installation de le microbiote
• dès la naissance
• contact avec la flore vaginal de la mère: accouchement par
voie basse.
• contact avec l’environnement et la flore cutanée:
accouchement par césarienne.
• Lors des premiers repas, le tube digestif est initialement
colonisé par des micro-organismes aérobies.
• Au fur et à mesure que l'oxygène est consommé dans le tube
digestif, la colonisation par des micro-organismes anaérobies
est favorisée.
• Le microbiote se forme progressivement, atteignant une
certaine stabilité vers l'âge de 2 à 4 ans.
 Facteurs influençant la composition du microbiote

• La flore bactérienne humaine est stable

mais de nombreux facteurs peuvent
influencer sa composition :
• la nutrition: La diversification alimentaire.
• le niveau d’hygiène et le mode de vie.
• le patrimoine génétique des hôtes.
• l’interaction avec l’environnement.
• les traitements médicaux.
• les taux d’hormones.
• , l'âge et le sexe, le stress,
 1-Microbiote de La peau: flore cutanée
• constamment en contact direct avec
l'environnement (modification).
• d'environ 1 000 espèces bactériennes
majoritairement à Gram positive : Actinobactéries
(52%), Firmicutes (24%), Protéobactéries (17%) et
Bacteroidetes (6%).
• Le genre Propionibacterium est celui qui regroupe le
plus de bactéries ;
• il est suivi par les genres Streptococcus,
Staphylococcus et Corynebacterium.
• La majorité du microbiote est localisé dans les
couches superficielles de l'épiderme et dans les
follicules pileux
Ex: flore cutanée
Propionibacterium: acné
Les Microrganismes commensaux de la peau se
nourrissent des cellules de la peau et de sécrétions
telles que la sueur et le sébum.
Les propriétés de la peau diffèrent d'une région du
corps à l'autre, tout comme la composition du
microbiote cutané.
Le microbiote normal de la peau tend à inhiber la
colonisation microbienne transitoire en produisant
des substances antimicrobiennes et en surpassant
les autres microbes qui se déposent à la surface de
la peau
• les zones riches en sébum (glandes sébacées), qui comprennent
le dos, les plis latéraux du nez et la nuque, abritent des
communautés microbiennes distinctes qui sont moins diversifiées
que celles que l'on trouve sur d'autres parties du corps.
• Les microbes abondants dans les régions sèches et sébacées
sont :
• les bêtaprotéobactéries
• les propionibactéries.
• Dans les régions humides, on trouve le plus souvent des:
• corynebacterium
• staphylocoques (
• Des virus et des champignons sont également présents sur la
peau,
• Les virus sont appelés viromes:les circoviridae, les
papillomaviridae et les polyomaviridae sont les plus courants du
virome cutané sain.
Caractéristiques de l’appareil
digestif
 2- Le microbiote digestif (intestinal )

• Le microbiote intestinal est le plus important des microbiotes.

• Il pèse environ deux kilos.
• Ce microbiote regroupe 1012 à 1014 MO.
• environ 160 espèces communes à tous les êtres humains,
(1500 espèces recensées).
• Les populations sont normalement en équilibre, mais certains
nutriments peuvent favoriser la croissance de microorganismes
précis aux dépens des autres.
• . Le microbiote intestinal est localisé essentiellement au niveau
de l’intestin grêle et du colon puisqu’au niveau gastrique,
l’acidité est telle que le microbiote y est quasiment absent.
• Les espèces bactériennes prépondérantes sont anaérobies
(90% des espèces) appartiennent aux genres :
• Bacteroides: Prevotella
• Clostridiales (Clostridium, Ruminococcus (R. flavefaciens.)
Répartition de la
microflore
intestinale
Prevotella : P. copri
• La flore normale du tractus intestinal, de
la cavité buccale ou des organes
génitaux sera affectée aussi par trois
changements de développement :
• le sevrage, l'éruption et l'arrêt des
fonctions ovariennes.
 3-The
urogenital
microbiot
a

The urogenital
microbiota

urinary periurethral vaginal penile

• The urogenital microbiota is the community of
microorganisms that natively resides in the urinary and
the genital tract (recent, HMP ).
• Current common belief is that healthy people have
substantial microbiota in their urinary system, which
differs between a healthy and diseased state as well as
between the male and female.
• The urinary microbiota is distinct from two closest
niches inhabited by residual/native microbiota—gut and
vagina—but still shares similarities with both of them.
• It may arise from several sources, including the gut
microbiota, and the environment.
• The vaginal microbiota may play a role in shaping the
urinary microbiota in females, as certain bacteria found
in the vagina can also be detected in the urine
 In the Urogenital Tract
 The bladder is typically sterile in both
males and females
 Altered conditions (such as change in
pH) can cause potential pathogens in
the urethra (such as Escherichia coli
and Proteus mirabilis) to multiply and
become pathogenic
 E. coli and P. mirabilis frequently
cause urinary tract infections in
women
 Paradigmatic microbiota

Problem of :native and residual to the UT from those

transiently transferred from nearby body niches.

many of the microorganisms contributing to urinary

microbiota are also found in other parts of the body,
such as the gut, vagina or skin.

Most of the bacterial genera reported in urobiome

studies had previously been recognized as vaginal
bacteria (proximity of the urethra to the vaginal)

Sampling limits: unreliable/contaminated taxonomic

profiles (lead to term genitourinary/urogenital
microbiota : voided urine sample: female.
Both male and female urinary microbiota are
dominated by phylum Firmicutes, (2/3----3/4)of the
overall phyla composition, followed by
phyla Actinobacteria,
Bacteroidetes and Proteobacteria
Shared microbiota
• Most commonly found genera in the
urinary microbiota of healthy adults
are members of
• Lactobacillus,
• Gardnerella,
• Prevotella
• Streptococcus,
• +
Escherichia, Enterococcus, Coryneb
acterium,
Staphylococcus and Proteus.
• the urogenital microbiota varies
between individuals and can be
influenced by factors such as age,
sex, diet and health status.
• changes in urinary microbiota:
• urinary tract infection/kidney stones/incontinence/bladder cancer, prostate
inflammation and cancer,
• Desorder (infection): uropathogenic Escherichia coli (UPEC)n 80%,
• Klebsiella pneumoniae, Staphylococcus saprophyticus, Enterococcus
faecalis and Proteus mirabilis
L’évolution au cours de la vie
 La composition du microbiote vaginal varie :
 A la puberté, la flore vaginale se met en place et les
hormones vont épaissir la muqueuse du vagin permettant la
fabrication du glycogène et ainsi la colonisation par les
lactobacilles.
 Pendant les règles, les lactobacilles diminuent car le pH
alcalin du sang fait augmenter le pH de la flore vaginale.
 la diminution des lactobacilles peut aboutir à la colonisation
par des pathogènes.
L’évolution au cours de la vie
• Lors de la grossesse, la femme enceinte produit d’avantage
d’hormones qui entraînent une augmentation des lactobacilles.
• Attention : L’augmentation de glycogène dû à la production plus
importante d’œstrogènes peut aboutir à la prolifération de
lactobacilles mais également aux Candida albicans. C’est pourquoi les
femmes enceintes sont plus sujettes aux mycoses.
• A la ménopause, on observe une diminution progressive des
œstrogènes, et donc des lactobacilles, très variable d’une femme à
une autre pouvant aboutir à des dysbioses.
• l'infection vaginale la
plus courante surviennent
lorsque les lactobacilles
dominants sont
supplantés par une flore
polymicrobienne dérivée
de nombreux genres
bactériens (Gardnerella,
Atopobium, Prevotella,
etc.)
Notions de système immunitaire
 Notions sur l’immunité
• L'immunité fait référence aux mécanismes de
défense d'un organisme vivant contre des agents
étrangers, notamment infectieux.
• Ainsi le système immunitaire joue un rôle
important pour prévenir les infections, éradiquer
les infections déclarées et empêcher la
prolifération tumorale.
• L'organisme dispose de deux systèmes de défense :
l'immunité innée et l'immunité adaptative.
 Eléments de la réponse immunitaire
Moelle osseuse
organes lymphoïdes
primaires

Thymus

organes
Ganglions
Rate
organes lymphoïdes
secondaires Tissus
lymphoïdes
système associés aux
immunitaire. muqueuses
Cellules immunitaires

Fixées: récepteur-
Cellules et ligand:épitope).
molécules

sécrétées, solubles: récepteur-

médiateur: cytokines: interleukines,
, des chimiokines, pérforines,
défensines
• Les organes lymphoïdes centraux sont le site de
production et de maturation des cellules de
l’immunité.
• - Les organes lymphoïdes périphériques ou
secondaires représentent le siège des réponses
immunitaires.
• La réponse immunitaire, qui se déroule dans les
organes lymphoïdes secondaires, est le résultat de la
première rencontre entre les lymphocytes naïfs et
l'antigène.
• Une réponse secondaire se produit lors d'expositions
ultérieures avec le même antigène.
• La réponse secondaire résulte de l'activation des
lymphocytes mémoires.
• Ces cellules qui ont une longue durée de vie ont été
induites lors de la réponse primaire.
• La mémoire permet d'optimiser la capacité du
système immunitaire à combattre les infections
persistantes et récurrentes.
• La mémoire concerne aussi bien les lymphocytes B
que les lymphocytes T.
l'élimination l'éducation du génération de
de l'agent système lymphocytes
infectieux immunitaire mémoires.
Immunité innée Immunité adaptative
(naturelle) (acquise)

Cellules Immunité cellulaire

(macrophages, PN, NK) (lymphocytes T, cytokines,
Molécules :défensines, perforine…)
IFNs,
complément
Immunité humorale
(lymphocyte B, Anticorps)
 la réponse immunitaire au cours d'une
infection
• Se déroule en 3 phases :
• ● une réponse précoce entre 0 et 4 heures par
l'intermédiaire de l'immunité innée ;
• ● une réponse intermédiaire entre 4 et 96 heures
mettant en jeu également la réponse immunitaire
innée ;
• ● une réponse plus tardive après 96 heures
mettant en jeu l'immunité adaptative qui aboutit à
l'expansion clonale de lymphocytes B et T
spécifiques d'antigènes de l'agent pathogène.
 Les barrières de défense
• La peau
• Les muqueuses
• Les sécrétions (salive, larmes, lait
sécrétion gastriques et digestives, urine)
• Les cellules PN et Macrophages
• Les molécules : lyzozymz, lactoferrine
défensines ….
• La fièvre
 ‘immunité inné est un Mécanisme commun aux plantes
et aux animaux.

• Particulièrement étudiés chez la drosophile.

• Origine ancienne, transmission par gamètes (héréditaires)..
• Prévient l’envahissement de l’hote par les MO.
•Seuls les vertébrés ont développé en plus une immunité adaptative.
•Réponse immédiate au contact avec les microorganismes:
• Reconnaissance rapide et universel par des récepteurs cellulaires
(Récepteurs des motifs de reconnaissance PRRs :(pattern
recognition receptors, parmi lesquels: Toll-like receptors (TLR).
• Reconnaissance des PAMPS chez les microorganismes.
•Activation des Effecteurs, macrophages, protéines de
l’inflammation, défensines.
• Le répertoire de récepteurs est faible (une
centaine).
• Les motifs reconnus sont peu nombreux, mais
universels:
• Lipopolysaccharides etpeptidoglycane..
• Acides lipotechoiques, lipoprotéines.
• Protéines flagellaires.
• -zymosan (levures), ARNdb (virus).
• PAMPS
• Un germe
• Une porte d’entrée:
Adhérence
Pénétration
Extension (ou diffusion d’une toxine)
• Mise en jeu de l’immunité :
Innée
adaptative
 Phase d’invasion Phase de régression

Agent Infectieux
Etat de protection

Incubation Phase ouverte de la maladie

Défenses naturelles
(Physiques et chimiques)

Immunité naturelle humorale et cellulaire Immunité spécifique humorale et cellulaire

• 1- la reconnaissance de « motifs (patterns): PAMPs
(DAMPs)par les cellules sentinelles: détecter les éléments
du non-soi .
• Cellules dendritiques, des mastocytes, de certains
macrophages.
• 2- Activation des cellules sentinelles et déclenchement
de la sécrétion de médiateurs chimiques de
l’inflammation (MCI) qui vont activer la réaction
inflammatoire: activation du facteur: NF-kB
 - Les • exciter les neurones nociceptifs (douleur)
• activent l’hypothalamus qui va provoquer une augmentation de
prostaglandines température locale (chaleur).

• augmente la perméabilité de la paroi des vaisseaux

(vasodilatation) facilitant le passage des granulocytes et
- L’histamine monocytes (et provoque aussi une entrée de plasma et donc le
gonflement).
• L’afflux de sang, +température :la rougeur du tissu.

• ex:le TNFα (Tumor Necrosis Factor) permet aux granulocytes et

monocytes de s’accrocher à la paroi des vaisseaux sanguins au
niveau de la zone inflammatoire
- Les cytokines • Les interférons α et β : qui ont une action antivirale (limitation
de la réplication et de la transcription inverse).
• activer la réponse immunitaire en général
• Différenciation des monocytes en macrophages
qui vont alors éliminer les agents infectieux en
réalisant la phagocytose.
• entourer l’élément étranger grâce aux
pseudopodes.
• Formation de vésicule : phagosome --
• fusion entre le phagosome et les lysosomes
• Fixation des antigènes du pathogène à la surface
de la membrane sur un récepteur du CMH2
(Complexe Majeur d’Histocompatibilité).
• La cellule devient alors une cellule présentatrice
de l’antigène (CPA).
• Migration du CPA dans les ganglions pour initier la
réponse immunitaire adaptative.
• Déclenchement d’une cascade d’activation du
facteur: NF-kB).
• NF-kB est un activateur transcriptionnel de gènes
de la réponse inflammatoire et de la défense
contre les infections:
• Molécules d’adhésion.
• Cytockines: TNF-α, TNF-β, INF-γ, IL-1a, IL-1b, IL-2,
IL-3, IL-8, IL-12).
• Ces cytokines ont un effet bénéfique (élimination
des bactéries),mais une réponse exagérée
conduit au choc septique
cascade d’activation du facteur: NF-kB).
• l’immunité adaptative ou acquise (RIA).Cette
réaction est plus lente (3 à 7 jours) mais
permet une reconnaissance et une
destruction spécifique de l’élément du non-
soi, porteur d’antigènes spécifiques
• La RIA se distingue par 2 piliers :
• la RIA à médiation humorale qui produit des
anticorps
• et la RIA à médiation cellulaire qui cible les cellules
infectées par des parasites intracellulaires (virus,
bactéries intracellulaires).
 • cellules présentatrices d’antigène (CPA)
• La CPA va alors interagir avec les lymphocytes T4 (LT4 ou LT
CD4+). Seul le LT4 qui reconnaît l’antigène porté par la CPA est
a- La sélection clonale reconnu..
des LT4 par leur • le LT4 possède un récepteur TCR (T-Cell Receptor) qui
reconnaît le CMH* de la CPA mais aussi un antigène spécifique.
interaction avec les CPA
• CMH2 qui équipe seulement les cellules immunitaires et qui
peut porter des antigènes du non-soi afin de communiquer
avec d’autres cellules immunitaires (LT4).

b- L’expansion (ou • production d’IL2 des LT4 (auto-activation)

• multiplier activement (mitose):expansion clonale ou
amplification) clonale amplification clonale.
des LT4 • production de clone de LT4 : reconnaissance du même antigène

• Transformation en LT auxiliaire (LT aux). Ils deviennent alors

capables de produire de l’interleukine 2 (IL2)
c- La différenciation des • activer la multiplication des lymphocytes T4 (et des autres
lymphocytes).
LT4 • une partie des LT4 se différencie en LT4 mémoires qui seront
stockés dans les organes lymphoïdes et pourront intervenir en
cas d’agression ultérieure par ce même pathogène.
 2- L’activation des LB et la production des anticorps

a- Sélection clonale des LB

structure similaire à un anticorps mais qui sont attachées à la membrane
Chaque LB possède un récepteur BCR (B-Cell Receptor) spécifique d’un plasmique du LB.
antigène donné La sélection clonale des LB se fait par une interaction directe avec l’antigène:
LB reconnait un antigène grâce à son BCR, il y a alors sélection clonale

b- L’amplification clonale des LB

l’interleukine 2 produite par les LTaux va activer fortement la prolifération et
la multiplication des LB par mitose la différenciation des LB sélectionnés ce qui permet de produire de nombreux
clones de LB

c- La différenciation des LB en plasmocytes et en LB mémoire

Devient cellules grande taille +riche en Réticulum
Une autre partie des clones constituera des LB mémoire qui
Endoplasmique Granuleux/ producteurs massifs d’anticorps
interviendront si le même antigène se présente ultérieurement.
spécifiques de l’antigène reconnu
II. La réponse immunitaire adaptative
humorale

Les anticorps sont des protéines appartenant à la famille des immunoglobulines et

présentant une forme tridimensionnelle en Y. On les retrouve dans l’ensemble des
fluides corporels (sérum, milieu extracellulaire, lymphe, lait maternel …)
 L’origine de la production des
anticorps

• Lors d’une infection par un micro-organisme

(virus, bactérie, champignon …), la réaction
inflammatoire se met en place dans les
premières heures.
• 5 jours après le contact, on observe l’apparition
d’anticorps dirigés contre le pathogène. C’est la
réaction immunitaire adaptative humorale.
• 3- Le mode d’action des anticorps :
• Lors de la réaction humorale, les anticorps vont venir se
fixer sur les antigènes. Grâce à leurs deux sites de
fixation,
• ils vont pouvoir lier plusieurs pathogènes et former un
très gros assemblage d’anticorps-antigènes : on parle
alors de complexe immun.
• La formation du complexe immun gène
considérablement l’action des pathogènes.
• Cette structure est également reconnue par les
macrophages qui sont équipés de récepteurs à la partie
constante des anticorps.
• Les macrophages vont donc phagocyter le complexe
immun et ainsi détruire le pathogène.
• Résistance bactérienne Aux ATB
 - Définition

Antibiotiques
Substances à
Bactériostatiques
l'origine bien tolérées
ou bactéricides
naturelles, pour être
aux
ensuite hémi- administrées au
concentrations
synthétiques ou patient
thérapeutiques.
synthétiques.
 conditions d’action
Si l’une de ces
conditions n’est
pas remplie la
bactérie est
résistante à
l’antibiotique

cible
y accéder sous bactérien Inactivation de la

ne
forme active cible

spécifique.

interagir
efficacement
avec la cible
• Ces substances sont actives à faible dose (0,01 à 1
mg/l) par voie orale ou parentérale et ne sont pas ou
peu toxiques pour l'organisme humain.
 Mode d’action des antibiotiques
A. Synthèse paroi bactérienne : • Béta-lactamines, Glycopeptides, Fosfomycine

• : Aminosides, Cyclines, Chloramphénicol Macrolides-

B. Synthèse des protéines Lincosamides-synergistines- Oxazolidone

• Polymyxines D. Rifamycines
C. Membrane cytoplasmique

E. ADN gyrase (réplication) • Quinolones

F. Métabolisme acide folique • sulfamides : Triméthoprime + sulfaméthoxazole

Ex: Les β lactamine : Il
s’agit d’une famille qui
comprend 5 groupes
majeurs
Les Pénames, les pénèmes,
les oxapénames, les
céphèmes et les
monobactames.
II.1.1 Pénames
Ce groupe d’antibiotiques
se subdivise en plusieurs
sous-groupes:
 Résistance aux ATB

• Les bactéries peuvent utiliser 5 stratégies :

vLa stratégie offensive : des enzymes bactériennes
inactivant l’ATB (le plus fréquent).
vLa stratégie d’évitement : mutation au niveau de la
cible de l’ATB.
vLa stratégie d’expulsion :suractiver les systèmes de
pompes = l’efflux de l’ATB.
vLa stratégie de fermeture: diminuer la pénétration
de l’ATB par mutation au niveau des membranes
externes.
vLa stratégie de contournement :utiliser d’autres
voies métaboliques.
 Résistance naturelle
• Existence d'un ou plusieurs mécanismes de résistance innés, donc propres à l'espèce.
• Cette résistance permet de définir le spectre clinique d'un antibiotique.
• Exemples :
• mycoplasmes et ß-lactamines: cible absente (paroi)-
• P. aeruginosa et amoxicilline: inactivation
• - bactéries à Gram négatif et vancomycine: cible inaccessible.
Ø Concerne toutes les souches de la même espèce
Ø Le support de résistance est généralement chromosomique.
Ø Une aide à l’identification
Ø Exemple :
ü BGN ( pénicilline et vancomycine) par imperméabilité.
ü Protéus et serratia, Morganella spp., Providencia spp. et Burkholderia
cepacia et depuis plus récemment, Hafnia alvei, Jayol JAC 2017) résistantes à
la colistine
ü BG+ La majorité des bactéries anaérobies. Résistent à la colistine
ü Streptocoque et aminosides
(à suivre)types de résistance
 • La résistance acquise:
Ø Elle ne concerne que quelques souches d’une
espèce normalement sensible.
Ø On distingue pour chaque espèce le phénotype
sauvage ou sensible et les phénotypes résistants.
•Activité de modification de l'antibiotique.
•Exemple.
•l'usage des différentes familles
d'antibiotiques à cycle béta-lactame. L'effet
est une hydrolyse (au niveau de la fonction
amide) du béta-lactame qui devient ainsi
inactif sur ces cibles transpeptidases et
carboxypeptidases qui assurent le
remodelage des ponts peptidiques du
peptidoglycane
•1.1 Perméabilité diminuée ou imperméabilité à l'antibiotique.
•[Link] les Gram- (à membranes externe à LPS)), les antibiotiques
hydrophiles franchissent la membrane externe par les porines. Ainsi on a trouvé
des souches Klebsiella pneumoniae devenues résistantes aux carbapénèmes (une
classe chimique particulières de béta-lactames) en exprimant des porines
mutantes qui perturbent l'entrée des carbapénèmes.
•1.2 Efflux de l'antibiotique. Les pompes à efflux, qui rejettent activement les
antibiotiques à l'extérieur sont un acteur classique des résistances intrinsèque
mais aussi de résistances acquises. Exemple. Chez Mycobacterieum tuberculosis, il
existe des souches résistantes à la rifampicine et à l'isoniaside par mutation
conduisant à l'hyperexpression d'une pompe d'efflux.
•2.1. Modification de cible. Exemple. Chez Staphylococcus aureus, la sous-unité
ARNr 23S est codée par un gène en exemplaires multiples. Des souches
développent une résistance au linezolide par mutation chez une copie.
• Un autre exemple. Une activité ribosome méthylase (sur l'ARNr 16S) qui rend le
ribosome insensible à l'action de l'antibiotique érythromycine (qui ne se lie plus à
sa cible modifiée). Fréquent chez certaines souches de staphylocoques.
•.
•3. Activité de modification de l'antibiotique.
•Autre exemple. la kanamycine (très peu utilisée en médecine
humaine car assez toxique mais utilisée en vétérinaire) exerce son
effet antibiotique en se liant à la sous-unité 30S des ribosomes
bactériens et entraîne un mauvais alignement de l'ARNm et des
erreurs de décodage des codons. sa phophorylation par une
aminoglycoside 3'-phosphotransferase la rend inactive.
Les infections microbiennes
 Un pathogène doit être adapté à son hôte

• Tous les pathogènes doivent être capables de traverser

les barrières de l’hote (IgA, mucus, épithélium) et de
faire face à la réponse immunitaire innée. Pour
persister dans l’hote, ils doivent également être
capable d’échapper à la réponse immunitaire
adaptative.
 Quelle est la proportion d’organismes pouvant être
considérés comme pathogènes (parasites) pour l’homme ?

•En 2007, on estimait que 1415 espèces causèrent des infections

humaines,
•217- virus (sur +/- 40.000)
•538 bactéries (sur +/- 1000000
•307 champignons (sur +/- 1500000)
•66 protozoaires (sur +/- 200000.
•Soit oins de 0.1% des espèces connues
Maladies bactriennes
Maladie Agent causal Symptômes principaux Prélèvement Diagnostic au laboratoire
Toux chronique,
Mycobacterium Examen direct (BAAR),
Tuberculose amaigrissement, fièvre, Crachat
tuberculosis culture Löwenstein, PCR
sueurs nocturnes
Diarrhée aqueuse sévère,
Choléra Vibrio cholerae Selles Culture TCBS, PCR
déshydratation
Fièvre prolongée,
Fièvre typhoïde Salmonella typhi Sang, selles Hémoculture, coproculture
céphalées, diarrhée
Angine
Corynebacterium
Diphtérie pseudomembraneuse, Écouvillon pharyngé Culture + test toxine
diphtheriae
fièvre
Spasmes musculaires, Diagnostic clinique (+
Tétanos Clostridium tetani Plaie
trismus culture rare)
Paralysie flasque, troubles
Botulisme Clostridium botulinum Sérum, aliments Détection toxine
visuels
Coqueluche Bordetella pertussis Toux quinteuse Écouvillon nasopharyngé PCR, culture
Chancre, éruptions
Syphilis Treponema pallidum Sang Sérologie (VDRL, TPHA)
cutanées
Lésions cutanées,
Lèpre Mycobacterium leprae Biopsie peau Microscopie, PCR
anesthésie
Méningite Neisseria meningitidis Fièvre, raideur nuque LCR Examen direct, culture
Pneumonie Streptococcus pneumoniae Toux, fièvre, dyspnée Crachats Culture, antigène
Anthrax Bacillus anthracis Lésion nécrotique noire Sang, lésion Culture, PCR
Fièvre ondulante,
Brucellose Brucella spp. Sang Hémoculture, sérologie
arthralgies
Leptospirose Leptospira interrogans Fièvre, ictère Sang, urine Sérologie (MAT)
Gonorrhée Neisseria gonorrhoeae Écoulement génital Écouvillon urétral Culture, PCR
Dysenterie Shigella Diarrhée sanglante Selles Coproculture
Ulcère gastrique Helicobacter pylori Douleurs épigastriques Biopsie Test uréase
Peste Yersinia pestis Fièvre, bubons Ganglion Culture, PCR
Listériose Listeria monocytogenes Fièvre, méningite Sang, LCR Culture
Maladie Agent causal Symptômes Prélèvement Diagnostic
Plasmodium
Paludisme Fièvre intermittente Sang Goutte épaisse
falciparum
Amibiase Entamoeba histolytica Diarrhée sanglante Selles Microscopie
Examen
Giardiase Giardia intestinalis Diarrhée graisseuse Selles
parasitologique
Toxoplasmose Toxoplasma gondii Adénopathie Sang Sérologie
Leishmaniose Leishmania Ulcères, fièvre Moelle osseuse Microscopie
Trypanosomiase Trypanosoma brucei Somnolence Sang Microscopie
Chagas T. cruzi Cardiomégalie Sang Sérologie
Schistosomiase Schistosoma Hématurie Urine/selles Œufs
Ascaridiose Ascaris Douleurs abdominales Selles Œufs
Oxyurose Enterobius Prurit anal Scotch-test Microscopie
Filariose W. bancrofti Lymphœdème Sang Microfilaires
Taeniase Taenia saginata Troubles digestifs Selles Proglottis

Échinococcose Echinococcus Kystes Imagerie + sérum Sérologie

Ankylostomiase Ancylostoma Anémie Selles Œufs
Cryptosporidiose Cryptosporidium Diarrhée aqueuse Selles Coloration

Balantidiose Balantidium coli Diarrhée Selles Microscopie

Trichomonase T. vaginalis Leucorrhées Sécrétion vaginale Examen direct

Strongyloïdose Strongyloides Diarrhée Selles Larves
Babésiose Babesia Fièvre Sang Frottis
N° Maladie
virus
Agent causal
1 COVID-19 SARS-CoV-2
2 Grippe Virus Influenza
3 VIH/SIDA Virus VIH
4 Hépatite A Virus HAV
5 Hépatite B Virus HBV
6 Hépatite C Virus HCV
7 Rougeole Virus de la rougeole
8 Rubéole Virus de la rubéole
9 Oreillons Virus ourlien
10 Polio Poliovirus
11 Rage Virus rabique
12 Dengue Virus de la dengue
13 Zika Virus Zika
14 Chikungunya Virus Chikungunya
15 Ebola Virus Ebola
16 Fièvre jaune Virus amaril
17 Varicelle Virus varicelle-zona
18 Herpès simplex HSV-1 / HSV-2
19 HPV Papillomavirus humain
20 Gastro-entérite Rotavirus
On distingue Trois mécanismes de maladies infectieuses

Les maladies toxiniques Colonisation puis toxi- Colonisation et invasion

(toxi-infection simple) infection:
• Colonisation puis invasion:
•la toxine sécrétée par la • Adhésion de la bactérie et
avec développement
bactérie qui est responsable de colonisation
intracellulaire (mycobactéries,
la maladie (bactérie reste à (multiplication
mycoplasmes) ou
l’exterieur). bactérienne) sans
extracellulaire (E coli,
• Toxine ingéré ou produite pénétration au-dela du
Streptococcus, staphylococcus)
dans la lumière intestinale revetement cutanéo-
muqueux. • L’infection peut être:
• GLP:Endotoxines: G-/
• Sécrétion de toxines • localisée (par exemple
exotoxines G+,
responsable du pouvoir l’infection urinaire ou cutanée)
• toxines protéiques
pathogène. • ou disséminée après passage
• une maladie systémique avec par voie sanguine (bactériémie)
• Ex: Clostridium tetani
passage de la toxine dans la et métastases septiques
(Tétanos)avec effraction
circulation sanguine (la toxi- (ostéomyélite, endocardite).
de la barrière cutanéo-
infection alimentaire à
muqueuse puis sécrétion • Bactéries invasives (p.
Staphylococcus
de toxines. ex., Shigella flexneri, Yersinia
aureus/Bacillus cereus)
enterocolitica)
•Toxines
•Des microrganismes peuvent libérer des toxines (exotoxines), molécules protéiques
pouvant déclencher une maladie ( diphtérie, choléra, tétanos, botulisme,
entérocolite clostridienne).
• La majorité des toxines se fixent sur des récepteurs spécifiques des cellules cibles.
•Les toxines sont produites par les microrganismes au cours de l'infection à
l'exception des toxines présynthétisées responsables de certaines toxi-infections
alimentaires (p. ex., botulisme, intoxication alimentaire staphylococcique ou
à Bacillus cereus),.
•Une endotoxine est un lipopolysaccharide produit par des bactéries Gram négatives
et fait partie de la paroi cellulaire externe de ces microrganismes.
• L'endotoxine déclenche des mécanismes humoraux enzymatiques et constitue la
principale cause de morbidité dans le sepsis bactérien à bacilles Gram négatif.

On distingue deux types de toxines

 Évolution des infections
• Infections localisées: (p. ex., cellulite locale, abcès)
• Infections des tissus profonds: Des manifestations
peuvent se développer dans de multiples organes
• Infections généralisées(le plus souvent avec de
la fièvre).
• Les infections sévères généralisées peuvent entraîner
des manifestations qui mettent en jeu le pronostic
vital (p. ex., sepsis et choc septique).
• Infections transitoires/répétées : Hémoculture
 Évolution de l’infection microbienne

énétratio Adhésion Internalisa Développ Développ

du MO aux tion par ement ement de
• Bléssure • Molécule
membran des• Invasines • Évite la
intracellul • Installati
l’infection
• Altéraion es s • Internali
protéines aire destructi on au
de la particuliè nes on par niveau
cellulaires membran
peau/mu res: les des
queuse aire• Signal à phagolys organes
• Adhésine la cellule
•À • glycocaly osomes. préférent
• Formatio
l’intermi x • Multiplic iels:
n des
daire • couche pseudop ation • Fixer sur
d’un paroi odes et intracellu les
vecteur : (muqueu internatli laire. organes.
Piqure se)/ sation • Transpor •
• lectines t dans Développ
tous ement et
l’organis producti
me (si on des
cellule toxines
dans le
sang)
Les facteurs de pathogénicité et de
virulence
 • C’est l’aptitude d’un Mo à s’implanter et à se multiplier dans
La virulence l’organisme

• Correspond à la plus faible concentration d’une espèce à

La virulence provoquer la maladie minimale

• Est déterminé par la capacité à produire des enzymes qui

La virulence permettent à l’agent infectieux à pénétrer dans l’organimse et
de s’y multiplier

La virulence • La capacité de résister à la défense de l’organisme hôte

Le pouvoir • C’est l’aptitude à provoquer des effets morbides à

pathogène l’hote (toxines)
 Pénétration /
colonisation
adhésion/envhaissement

Facteurs de Échappement à la Capsule.

pathogénicité défense Variations antigénique

Enzymes/exotoxines/
virulence paroi/superantigène
 Enzymes
-les microrganismes invasifs
Capsule
(Shigella flexneri, Yersinia
Certains microrganismes (certaines enterocolitica) peuvent pénétrer
souches de pneumocoques, de dans les cellules eucaryotes
méningocoques, d' Haemophilus intactes, en facilitant leur entrée
influenzae de type b) possèdent par les surfaces muqueuses par les
une capsule qui empêche la enzymes suivantes: protéase,

toxines
phagocytose, ce qui les rend plus hyaluronidase, neuraminidase,
virulents que les formes non élastase, collagénase) qui
encapsulées. Cependant, les
anticorps opsonisants spécifiques
favorisent la propagation
de la capsule peuvent se lier à la locale dans les tissus.
capsule bactérienne et faciliter leur - Certaines bactéries :, Neisseria
phagocytose. gonorrhoeae, N. meningitidis, H.
influenzae, Proteus mirabilis,
différents Clostridium
spp, Streptococcus pneumoniae)
produisent des protéases IgA-
spécifiques qui clivent et inactivent
 •Autres facteurs de virulence
•Certains microrganismes sont plus virulents car ils:
•Perturbent la production d'anticorps :induisant les cellules suppressives,
en bloquant la transformation des antigènes et en inhibant la
mitogenèse lymphocytaire.
•Résistance à l'effet lytique du complément sérique: ces MO résistent
aux étapes oxydatives de la phagocytose: Legionella et Listeria
suppriment l'étape oxydative, alors que d'autres microrganismes
produisent des enzymes (p. ex., catalase, glutathion réductase,
superoxyde dismutase) qui atténuent les produits oxydatifs.
•Production des superantigènes:
•Certains virus et bactéries produisent des superantigènes qui contournent le
système immunitaire, provoquent une activation non spécifique des lymphocytes T
naïfs en quantité excessive et donc une inflammation excessive et potentiellement
destructrice médiée par la libération massive de cytokines pro-inflammatoires (p.
ex., syndrome de choc toxique staphylococcique et streptococcique).
 Pénétration à travers la • Vecteur: insecte
peau intact • Cutanée: Infection iatrogène (bactéries de la flore cutanée: cathéters)

• Par mobilité
Pénétration au niveau de la
• Sécterion des IgAs protéase (clivage pour éviter le blockage.
muqueuse • Hémophilus influenzae, pneumocoques, méningocoques

• Utilisation des constituants superficiels bactérien (adhésines et des

recepteurs cellulaires de l’hote:résidus glucosés et des protéines de
surface (p. ex., cellulaire telles que la fibronectine) qui favorisent la
liaison à certains microrganismes Gram positifs (p. ex., staphylocoques).)
Adhésion bactérienne • Fibrilles:fines structures bactériennes (streptocoques
• fimbriae ou pili:entérobactéries (p. ex., Escherichia coli),
• Biofilm:Pseudomonas aeruginosa :mucoviscidose /dispositifs médicaux
synthétiques:staphylococci

• Modifier/inactiver l'agent antimicrobien

Résistance microbienne • l'altération des sites cibles des antibiotiques.
• Modification antigénique (voir plus loin)

• déficits immunitaires primitifs.

Anomalies des mécanismes • déficits immunitaires acquis .
de défense de l'hôte • Ex: infections opportunistes telles que celles à Pneumocystis jirovecii ou
à cryptocoques
 Modes de Transmission et Voies de pénétration de la
bactérie dans l’hote
• Un agent pathogène peut être transmis par une seule
voie ou plusieurs
• Les modes de transmission sont les suivants :
– Transmission par contact : direct, indirect, et gouttelettes:
– direct : ingestion des aliments et eau souillés (choléra, typhoïde) / contact:
plaie;lésion cutanée, sécretion et salive, sexuel (syphilis), par piqure (tétanos)
– Indirect: inoculation iatrogène (injection, cathéter), piqure
– Transmission par un vecteur: piqure d’insecte vecteur de
bactérie (peste: Y .pestis)
– Transmission aérienne: par inhalation d’aérosoles contaminés
(coqueluche
 Transmission gouttelettes
• Les grosses gouttelettes générées par une
personne infectée ou colonisée durant la toux,
l’éternuement, quand il parle, etc. !
o o
• Les gouttelettes sont -c h
h
expulsées à une courte A

distance < 3m
• Les gouttelettes peuvent
être déposées sur les
yeux, la muqueuse
nasale ou la bouche de
l’hôte
 Transmission aérienne
Les fines gouttelettes, les particules de
poussière, ou des squames de la peau
contenant des microorganismes sont transmis
à un hôte par l’air.
Maitraise de la chaine d’Infection (transmission)

• Une façon de visualiser la transmission d’un agent infectieux à travers une population
consiste à utiliser l’interconnectivité de six éléments liés dans une chaîne.
• les efforts de contrôle et de prévention de la santé publique se concentrent sur la
rupture d’un ou plusieurs maillons de la chaîne afin d’arrêter la propagation de la
maladie.
•

130
 Le réservoir
• La chaîne commence avec l’agent infectieux résidant et se multipliant dans un réservoir
naturel ; un être humain, un animal ou une partie de l'environnement telle que le sol ou
l'eau qui soutient l'existence de l'agent infectieux dans la nature

• Chez l’humain, il existe deux formes de réservoir : les cas cliniques aigus (dans lesquels une
personne est infectée et présente des signes et symptômes de la maladie) ; et les porteurs
(lorsqu'une personne a été colonisée par un agent infectieux mais n'est pas malade).
: sont plus susceptibles d'être diagnostiqués et traités, ce qui signifie
que les contacts et les activités normales du patient seront normalement restreints.
, cependant, peuvent présenter un plus grand risque pour leur entourage car
ils ne présentent aucun signe ou symptôme de maladie.
• Les porteurs peuvent être subdivisés en quatre types principaux :
: personnes qui sont contagieuses avant même l'apparition de leurs
propres symptômes /
: l’individu est capable de transmettre une infection à d’autres, sans
jamais développer lui-même l’infection./
:personnes qui sont en phase de guérison de leur maladie mais qui
continuent d’être contagieuses/
• : toute personne qui s'est rétablie mais qui continue d'être porteuse
 L'exemple classique d'un réservoir humain est la cuisinière
Mary Mallon (Typhoid Mary) ; un porteur chronique
asymptomatique de Salmonella enterica sérovar Typhi qui
était lié à au moins 53 cas de fièvre typhoïde

• Des exemples de réservoirs d'animaux ou d'insectes

comprennent la maladie de Lyme (qui est transmise par les
tiques) ; La rage (qui est transmise par les chiens, les chats,
les renards et les chauves-souris) ; et Salmonella (qui est
transmise par la volaille, les bovins, les moutons et les
porcs).
• Toute maladie infectieuse transmise dans des conditions
naturelles de l’animal à l’homme est appelée zoonose.
• L'environnement contient un grand nombre de réservoirs
d'infection, notamment le sol (qui sert de réservoir à
Clostridium tetani, l'agent causal du tétanos) et l'eau (qui
est un réservoir à Legionella pneumophila, l'agent causal
de la légionellose).
 Transmission:
Source of Infectious human Material
• Sang : éclaboussé sur un employé médical... (HIV, HBV, HSV ,)
• Fluides corporels internes (cérébrospinaux (LCR), péricardiques,
pleural, péritonéal, synovial, amniotique) : cadre médical.
• Liquides génitaux (sécrétions vaginales, prostatiques, sperme) :
contact sexuel Le HBV, le HSV CMVchez le nouveau-né surviennent
lors de l'accouchement.
• Transfert transplacentaire de sang : syphilis.
• Sécrétions : salive, écoulement nasal, sueur, larmes, lait maternel
Excrétions : urines (bilharziose, leptospirose), matières fécales
(nombreux entéropathogènes)
• Muqueuses (nasales, oropharyngées, rectales, génitales) : contact
sexuel,
• Peau, squames Tissus : greffes, greffes,
• transfusion sanguine