Chapitre III : Principes de la taxonomie chez les bactéries 2ème Année SNV
Chapitre 3 : Principes de la taxonomie chez les bactéries
Introduction
La taxonomie est la science des lois de la classification. C’est au 18ième siècle que Linné a
proposé pour la première fois les principes d’une classification dite Naturelle pour les
organismes du monde animal et végétal. Puis au 19ème Ernest Haeckel classa selon les
principes de Linné en troisième règne les protistes. Ses principes veulent que tout individu
doive appartenir à une espèce, toute espèce à un genre…..etc. et c’est l’espèce qui détermine
la base de la construction.
1. Unité taxonomique
L’espèce telle qu’elle est définie chez les organismes supérieurs repose sur
l’interfécondité des individus de la même espèce. Cette notion d’espèce biologique reposant
sur la sexualité est aussi liée à la notion de groupe de populations composants une région bien
déterminée où les membres de l’espèce pouvant se reproduire et transmettre à leurs
descendances leur patrimoine héréditaire.
La classification chez les êtres vivants est phylogénétique ou naturelle car elle
s’appuie sur des critères liés à la structure génétique des organismes. Il ne peut pas être ainsi
chez les bactéries ou la reproduction est asexuée.
1.1 Caractères phénétiques
Se sont les caractères anatomiques et physiologiques à savoir :
Aspect morphologique : forme, dimension, présence ou non de capsule, flagelle….
Aspect structural : présence mucopeptide, de paroi…..
Aspect tinctoriaux : toutes les types de coloration (Gram, simple…)
Type trophique : aérobie, phototrophe….etc.
Métabolismes : glucidique, protidique….
1.2 Caractères génétiques
L’information génétique de la bactérie est portée par des génophores nucléaires et
plasmidiques que nous désignons sous le nom de génome. Ces dernières années la
classification des bactéries est basée sur la structure de l’ADN qui s’exprime par le coefficient
de Chargaff qui représente le pourcentage de Guanine et Cytosine en mole dans la molécule
d’ADN.
2. Classification des bactéries
Les unités fondamentales de la classification des bactéries sont l’espèce et le genre.
Nous utiliserons aussi les noms de souche pour désigner une culture pure obtenue par
isolement d’un seul et même cellule ou d’une colonie. Une espèce bactérienne peut avoir des
souches qui produisent des différentes substances ; elles forment des variétés de cette espèce
Streptococcus lactis diacetylactis. Très proche d’une variété se sont des souches qui
produisent des anticorps spécifiques dans le sérum sanguin Escherechia coli O111, sérotype
responsable des diarrhées infantiles. Il existe aussi les phagotype et les lysotypes qui sont des
souches d’une même espèce attaquée par le même phage. Les espèces typiques sont des
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espèces bactériennes qui ont des caractères phénétiques et génétiques bien déterminé
(collection).
2.1 Classification artificielle :
Elle est basée sur une clé qui regroupe un ensemble de bactéries partagent une même
propriété phénétique (physiologique ou métabolique) aisément reconnaissable par présence(+)
ou absence (-). Cela peut être : la production d’un pigment particulier, une activité
enzymatique spécifique… Ce type de taxonomie a un grand intérêt pratique, mais il peut
réunir des bactéries par ailleurs très hétérogènes et même génétiquement non apparentées.
2.2 Classification de Bergy
Malgré les problèmes posés par la classification des bactéries, il existe des travaux en
ce domaine dont le plus remarquable et certainement le « Bergy’s manuel of systématic
bactériology », proposé dés 1923 aux USA qui à pour objectif initial le regroupement des
espèces bactérienne connues de manière facilité l’identification d’organismes inconnus. Dans
sa dernière version (1984), le mode de classification retenu est phénétiques et basé sur la
détermination des caractères simples tel que : coloration de Gram, réaction avec l’Oxygène,
mobilité, sporulation, source d’énergie et de nutriments. La dernière classification de Bergy
classe las bactéries dans la Classe des Schizomycètes qui se divise en dix ordres puis en
familles en tribus en genres et enfin en espèces (10 [Link]).
Selon Prévot, les bactéries sont classées en quatre sous embranchements, divisés eux-mêmes
en classes, ordres, familles, tribus, genres et enfin en espèces (4 [Link]).
Selon Krassilnikov, les bactéries en quatre classes s et chacune d’entre elles est divisée en
familles, genres et en espèces ([Link]).
3. Nomenclature :
La nomenclature désigne, selon des règles par convention, l’espèce par le système de
Linné, qui fut la première nomenclature méthodique à être proposée. Ce système à été publié
au 18ème siècle dans le domaine de la botanique, il à été appliqué par la suite à la désignation
de l’ensemble des espèces biologique dont les microorganismes. C’est un système binominale
qui désigne donc l’espèce par deux noms latin : en premier le nom de genre dont seule la
première lettre est écrite en majuscule, suivi par l’espèce, le tous souligné ou écrit en caractère
italique.
Exemples :
Rangs taxonomique (Taxons) Escherichia coli Mycoplasma pneumoniae
Règne Bacteria Bacteria
Division (Embranchement) Proteobacteria Firmicutes
Classe Gamma Proteobacteria Mollicutes
Ordre Enterobacteriale Mycoplasmales
Famille Enterobacteriaceae Mycoplasmaceae
Genre Escherichia Mycoplasma
Espèce coli pneumoniae
Nom binomial Escherichia coli Mycoplasma pneumoniae