Techniques biologiques pour
ingénieurs
Présenté par: Dr. Ikram Bensouf
Année universitaire 2024/2025
Chapitre 4. Microbiome
Microbiome et microbiote sont-ils synonymes?
Le microbiote est l’ensemble des organismes microbiens d’une communauté,
généralement utilisé en référence à un hôte animal. Il se rapporte à la
taxonomie (nom) des micro-organismes présents. Le microbiote digestif est le
plus courant.
Le microbiome est l’ensemble des micro-organismes et leurs gènes vivant
dans un environnement particulier. Il se rapporte aux bactéries (éléments
primaires) et à leurs gènes (éléments secondaires). Le microbiome contient le
microbiote, son « domaine d’activité » mais aussi les conditions
environnementales du milieu
la métagénomique est la science associée aux études modernes sur
le microbiote. Il s’agit de l’étude des génomes combinés d’une communauté de
micro-organismes, le métagénome. Contrairement aux études microbiennes
traditionnelles reposant sur la culture microbienne, la métagénomique implique
des techniques de séquençage à haut débit et des outils de bio-informatique. Elle
permet une meilleure description de la diversité taxonomique microbienne et des
fonctions biologiques potentielles assurées par l’ensemble de la communauté.
Un microbiote est un ensemble de micro-organismes qui peuplent un milieu
de vie. Ce milieu de vie, on l’appelle le microbiome. On appelle micro-
organismes tous les individus, êtres vivants, qui ne sont pas visibles à l’œil nu, et
donc qui nécessitent un microscope pour être observés par exemple.
Dans les micro-organismes les plus fréquents, il y a les bactéries (souvent dans les
microbiotes du corps humain on ne parle que des bactéries) mais cela peut aussi
être des champignons ou d’autres micro-organismes unicellulaires. Le milieu
de vie peut être n’importe quoi dans l’environnement, ou certaines parties du corps
d’un plus gros organisme : par exemple, le corps humain.
Les microbiotes humains
Dans le corps humain, il existe quatre microbiotes particuliers. Il faut savoir
qu’il y a tellement de bactéries dans le corps humain, qu’on évalue à peu près
qu’il existe autant de bactéries dans notre corps que de cellules humaines. Il y
a 1013, c’est-à-dire 10 000 milliards, de cellules qui composent notre corps et
donc autant de bactéries dans notre corps. On a longtemps considéré qu’il y
en avait même beaucoup plus. On disait qu’il y en avait neuf à dix fois plus,
aujourd’hui on considère qu’il y en a à peu près autant. Notre organisme
porte 10 000 milliards de bactéries réparties à différents endroits de notre
corps, notamment dans le tube digestif, et 10 000 milliards de cellules
humaines : cellules du cœur, des muscles, du foie, du cerveau, etc.
Les quatre microbiotes particuliers du corps humain sont :
– Le microbiote intestinal : c’est le plus développé. On évalue à peu près
entre 1 et 3 kg de microbiote donc de bactéries dans nos intestins.
– Le microbiote cutané : il protège notre peau de certaines agressions
extérieures.
– Le microbiote respiratoire : un ensemble de micro-organismes qui se
développe dans nos trachées, nos bronches et nos poumons.
– Le microbiote vaginal (chez la femme).
L’ensemble de ces microbiotes
comporte dont des bactéries et il
faut savoir que la plupart des
bactéries ne présentent pas de
danger. Il peut arriver qu’elle
soient dangereuses : c’est pour
pour certaines espèces
une toxicité, pour d’autres, elles
ne le seront que si elles se
développent en importante
quantité. Pour beaucoup de
bactéries, elles sont présentes
dans notre corps sans apporter
d’effets délétères donc sans
apporter de maladies.
Le microbiote humain représente l’ensemble des micro-organismes qui vit sur et dans
le corps humain. Les interactions symbiotiques entre l’hôte et son microbiote jouent
un rôle essentiel pour le maintien de la santé et du bien-être de l’hôte. Les bactéries
trouvent dans le tube digestif des éléments nutritifs et une protection ; en retour, elles
facilitent la digestion et assurent une protection contre certaines pathologies, par
exemple avec des propriétés anti-inflammatoires.
✓ La composition en micro-organismes et la diversité du microbiote sont des
indicateurs de santé.
✓ Le microbiote se met en place dès la naissance et évolue tout au long de la
vie.
L’accouchement par voie basse, l’allaitement au sein, sont des
sources d’ensemencement microbiotique dès la naissance.
Par la suite, l’exposition à des environnements riches en
microbes, l’ingestion d’aliments en provenance directe du milieu
naturel, la composition en fibres des aliments, sont d’autres voies
d’ensemencement microbiotique.
L’équilibre du microbiote
La nature de notre alimentation favorise certaines bactéries aux dépend
d’autres. L’utilisation d’antibiotiques (dirigés contre les bactéries pathogènes) a
tendance à détruire toutes les bactéries, y compris celles qui nous protègent
contre les pathogènes.
La présence de bactéries non pathogènes dans notre organisme limite
l’implantation de bactéries pathogènes par compétition entre bactéries. Le
microbiote a donc une incidence directe sur notre santé. Plus il est diversifié et
riche en bactéries, plus il y a de compétition entre elles et les éventuels micro-
organismes pathogènes qui ne pourront alors pas se développer.
Certains microorganismes normalement bénins du microbiote peuvent aussi
devenir pathogènes pour l’organisme, notamment en cas d’affaiblissement du
système immunitaire.
Chaque individu développe son propre microbiote en fonction de ce qu’il a vécu et
de ses habitudes alimentaires.
Rôle du microbiote dans la digestion et l’immunité
Le microbiote intestinal a un rôle indispensable dans l’immunité et dans
la digestion.
Certaines bactéries ont des propriétés anti-inflammatoires. On a montré
un lien entre la présence de certaines bactéries dans le microbiote et
des pathologies comme le diabète.
• Un microbiote appauvri par une alimentation déséquilibrée favorise le
diabète de type 2
Dans certains cas, le système immunitaire est affaibli et des bactéries
inoffensives de notre microbiote peuvent devenir pathogènes.
Le microbiote intestinal joue un rôle important dans la digestion. Les
bactéries présentes dans le tube digestif dégradent certaines molécules
organiques et les rendent assimilables pour notre organisme.
Le microbiote intestinal est capital pour notre digestion, notre immunité
et il modifie même notre comportement.
Microbiome et Industrie Agroalimentaire
Le microbiome est d'une importance capitale pour de nombreux secteurs de l’industrie
agroalimentaire. Sa gestion et sa compréhension permettent de créer des produits de
meilleure qualité, d'assurer la sécurité alimentaire et de répondre aux attentes des
consommateurs en matière de santé.
a. Fermentation et Production d'Aliments
Le microbiome joue un rôle majeur dans la fermentation, une technique clé utilisée dans la
production de nombreux aliments. Par exemple :
• Lactobacilles : Utilisés pour la fermentation du lait dans la production de yaourts,
fromages et autres produits laitiers.
• Levures : Utilisées dans la fabrication du pain, de la bière, et du vin.
• Bactéries acétiques : Utilisées dans la production de vinaigre.
Le contrôle des micro-organismes impliqués dans ces processus de fermentation permet de
garantir la qualité et la sécurité des produits, tout en optimisant les rendements de
production.
b. Sécurité Alimentaire et Contrôle des Pathogènes
Un aspect essentiel du microbiome en agroalimentaire est la gestion des pathogènes
alimentaires. Certaines bactéries, comme Salmonella, E. coli et Listeria, sont des
causes majeures d'intoxications alimentaires.
Le microbiome peut jouer un rôle dans la lutte contre ces pathogènes. Par exemple, certains
probiotiques, tels que les lactobacilles et bifidobactéries, peuvent inhiber la croissance de
micro-organismes nuisibles dans les produits alimentaires ou dans le tractus intestinal
humain.
La Biotechnologie et le Microbiome
Les avancées en biotechnologie permettent de mieux comprendre et
manipuler le microbiome. Cela inclut l’utilisation de fermentations
contrôlées, le séquençage du génome microbien, et l’ingénierie
génétique des micro-organismes pour optimiser leur production.
• Le séquençage du génome du microbiome permet de mieux
comprendre les rôles des différents micro-organismes et d'identifier des
gènes spécifiques responsables de certains effets bénéfiques.
• L’édition génétique, comme la méthode CRISPR, permet de modifier des
micro-organismes pour améliorer leurs capacités, par exemple pour
augmenter la production d’acides organiques ou de vitamines.
Applications Pratiques et Défis de l'Industrie
Agroalimentaire
Les entreprises agroalimentaires sont confrontées à plusieurs défis dans la
gestion du microbiome :
• La gestion de la diversité microbienne : La diversité des micro-
organismes dans les produits alimentaires peut être bénéfique, mais doit être
soigneusement contrôlée pour éviter la prolifération de pathogènes.
• Les préférences des consommateurs : Les tendances actuelles montrent
un intérêt croissant pour des produits contenant des micro-organismes
bénéfiques pour la santé, mais cela nécessite une transparence et une
communication claires sur les bénéfices réels de ces produits.
• Durabilité et sécurité alimentaire : Il est crucial de garantir la sécurité des
produits alimentaires tout en minimisant les risques d'infection et de
contamination par des pathogènes.
Les avancées scientifiques, en particulier dans la génomique et la biotechnologie,
offriront de nouvelles perspectives pour mieux exploiter le microbiome dans la
production alimentaire