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ASD
- Carbone 1’ du pentose: liaison glycosidique avec une base azotée
- Carbone 5’ du pentose: liaison avec acide phosphorique
- ribose : la présence du groupement hydroxyle OH sur le carbone 2’
- Désoxy-ribose : l’absence du groupement hydroxyle sur le carbone 2’
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ASD
- Antiparallèles : un brin orienté 3’-> 5’ et l’autre orienté 5’->3’.
- Complémentaires : l’appariement des deux brins selon l’hypothèse de Crick et Watson.
- Hélicoïdaux : les deux s’enroulent l’un autour de l’autre.
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ASD
- Chez les eucaryotes : ADN nucléaire qui se trouve dans le noyau entouré d’une
membrane nucléaire + ADN mitochondrial dans les mitochondries + ADN
chloroplastiques dans les chloroplastes chez les plantes.
- Chez les procaryotes : puisque les procaryotes n’ont pas de noyau, l’ADN
chromosomique est regroupé sous forme de nucléoïde + plasmide qui sont des
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ASD
séquences codant pour des gènes supplémentaires souvent associés à la résistance aux
antibiotiques ou à d’autres caractères spécifiques.
- Chez les virus : l’ARN ou l’ADN viral est protégé par une capside jusqu’à son injection
dans la cellule hôte.
- Stabilité : liaison hydrogène : plus la séquence est riche en liaison hydrogènes, plus
l’acide nucléique est stable. Puisque la paire de base GC contient trois liaisons
d’hydrogènes et la paire de base AT contient deux liaisons d’hydrogènes, une séquence
riche en GC est plus stable qu’une séquence riche en AT. Interactions hydrophobes : Le
squelette sucre-phosphate de l'ADN, qui est chargé négativement et hydrophile (attiré
par l'eau), se trouve à l'extérieur de la double hélice. Les bases, quant à elles, sont
empilées à l’intérieur de la double hélice pour être protégées de l’eau environnante. Ce
repliement hydrophobe contribue à stabiliser la structure de l'ADN en permettant aux
bases de s’assembler de manière compacte à l’intérieur de la molécule.
- Densité : gradient de césium est une technique utilisée en biologie moléculaire afin
d’isoler et de purifier les acides nucléiques. Elle utilise le chlorure de césium (CsCl). Le
chlorure de césium centrifugé à haute vitesse forme un gradient de densité qui peut
séparer les acides nucléiques en fonction de leur densité. Une séquence riche en GC est
plus dense qu’une séquence riche en AT.
- Dénaturation : Tm est la température dans laquelle 50% des brins sont séparés. Elle est
calculée selon la règles suivantes : Tm= 2(A+T) +4(G+C).
- Pureté : longueur d’onde dans laquelle les protéines absorbent l’UV= 280 nm.
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B
A
A : La transcription de l’ADN circulaire des procaryotes commence par l’origine de réplication
(O) et se termine à la région terminus. La région au niveau de O va s’ouvrir grâce à des protéines.
La réplication est bidirectionnelle. À l’étape d’élongation, les enzymes vont synthétiser les
nouveaux brins jusqu’à ce que les fourches de réplication se rencontre au niveau du site
Terminus. Une enzyme (Topoisomérase IV) va entraîner la séparation des deux molécules filles
qui sont identique à la molécule mère.
B : l’ADN polymérase synthétise le nouveau brin dans le sens 5’->3’. Sur le brin avancé (ou
précoce), la synthèse est continue parce que le brin matrice est déjà antiparallèle au sens 5’->3’.
Sur le brin retardé (ou tardif), la synthèse se fait d’une manière discontinue parce que le brin
matrice est orienté dans le même sens de 5’->3’. Le nouveau brin sur le brin tardif est synthétisé
sous forme des fragments d’Okazaki.
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Le schéma présente la phase d’initiation de la réplication chez les procaryotes (E. coli).
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ASD
À l’arrivée des fourches de réplication au niveau du site Terminus, une protéine Tus va
inhiber l’enzyme hélicase et va empêcher la séparation des deux brins. A ce stade, les deux
molécules sont encore entrelacées. La topoisomérase IV, une enzyme appartenant à la famille
des topoisomérases de type II, coupe les deux brins d’ADN. Elle va couper une double brin d’une
molécule fille formant une ouverture. L’autre molécule intacte, va passer à travers la coupure.
Cela entraîne la séparation physique des deux molécules ADN filles.
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ASD
- Couplage avec le cycle cellulaire : au contraire des procaryotes, la réplication chez les
eucaryotes est étroitement liée au cycle cellulaire. La cellule réplique son ADN lors de la
phase S du cycle cellulaire pour se préparer à la mitose.
- Présence des télomères : les télomères sont des séquences répétées situés aux
extrémités des chromosomes afin de protéger le matériel génétique du
raccourcissement progressif.
4- l’activation du complexe pré-réplicatif nécessite l’activation des CDK (kinase dépendant
des cyclines) au début de la phase S. les CDK phosphorylent les protéines du complexe pré-
réplicatif, entraînant des changements conformationnels qui activent le complexe= activation de
l'hélicase MCM.
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ASD
Dans la réplication de l’ADN eucaryotique, on a la participation des topoisomérase I qui
appartiennent aux topoisomérases de type I. ces enzymes coupent un seul brin de la
molécule ADN. Les topoisomérases coupent temporairement une (ou deux) liaisons
phosphodiester dans l'ADN. Une fois qu'un brin (ou les deux) est coupé, la topoisomérase
permet à l'ADN de se détendre, ce qui réduit la tension causée par le surenroulement (ou le
sous-enroulement) de la double hélice. Dans le cas des topoisomérases de type I, le brin non
coupé peut tourner autour du brin coupé, ce qui libère la tension. Pour les topoisomérases
de type II, un segment de l’ADN passe à travers la coupure dans les deux brins, relâchant
encore plus efficacement la tension. Après que la tension est relâchée, la topoisomérase
reforme la liaison phosphodiester rompue pour restaurer l'intégrité de l'ADN.
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ASD
Le schéma illustre le mécanisme de l'élongation
- Formation des amorces: La primase synthétise une courte séquence d'ARN
complémentaire à un brin parent. Cette amorce sert de point de départ pour l'ADN
polymérase.
- ADN polymérase epsilon (Pol ε) est responsable de la synthèse du brin précoce (leading
strand) brin continu
- ADN polymérase delta (Pol δ) intervient dans la synthèse du brin tardif (lagging strand).
Brin discontinu.
- ADN polymérase α : responsable de la synthèse des premiers nucléotides après l’amorce
ARN. Elle est remplacée par les autres types d’ADN pol pour continuer la synthèse du
nouveau brin.
L'image montre la réaction de polymérisation de l'ADN, dans laquelle un
désoxyribonucléotide triphosphate (dATP) est ajouté à l'extrémité 3' OH d'un brin d'ADN en
croissance. Voici une explication simplifiée de chaque étape :
- Position de départ : Le schéma montre une extrémité 3'-OH libre d'un acide
nucléique, qui est prête à recevoir un nouveau nucléotide.
- dATP : Le nucléotide utilisé pour l'élongation est le dATP (désoxyadénosine
triphosphate), qui contient trois groupes phosphates (alpha, bêta, et gamma).
- Transfert du radical dAMP : L'extrémité 3'-OH du brin d'ADN attaque le phosphate
alpha du dATP. Cela conduit à la libération des deux autres phosphates (bêta et
gamma), formant une molécule de pyrophosphate (PPi).
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ASD
- Formation de la liaison phosphodiester : Cette réaction de condensation entraîne la
formation d'une nouvelle liaison phosphodiester entre l'extrémité 3' du brin d'ADN
en croissance et le phosphate alpha du dAMP. Cela prolonge le brin d'un nucléotide.
- Hydrolyse du pyrophosphate : La molécule de pyrophosphate libérée est hydrolysée
par une enzyme appelée pyrophosphatase. Cette étape est irréversible et rend la
réaction de polymérisation de l'ADN favorable.
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ASD
La réplication des télomères est un processus particulier en raison de la présence de
séquences répétitives à l'extrémité des chromosomes. La séquence des télomères : TTAGGG.
Télomérases: Ce sont des enzymes transcriptase inverses (utilise une séquence ARN
comme matrice) spécifiques aux télomères. Elles ajoutent des séquences répétitives aux
extrémités des chromosomes, empêchant ainsi leur raccourcissement progressif.
Lors de la réplication, l’ADN pol n’est pas capable de répliquer les télomères
entièrement. Donc la télomérase va remplacer l’ADN pol pour synthétiser les séquences des
télomères. Elle va rajouter des séquences spécifiques répétées à l’extrémité 3’ de l’ADN. Ensuite
après la réplication du brin 3’ de l’ADN. L’ADN polymérase δ va synthétiser le brin
complémentaire (extrémité 5’).
En plus de ces acteurs :
- Le promoteur: Séquence d'ADN qui indique où la transcription doit commencer.
- Le terminateur: Séquence d'ADN qui signale la fin de la transcription.
Chez les procaryotes, un seul enzyme ARN polymérase participe dans la transcription.
Chez les eucaryotes, différentes ARN polymérases participent dans la transcription.
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Le promoteur contient deux régions importantes :
- La boîte -35: Située environ 35 nucléotides en amont du site d'initiation, elle contient
une séquence consensus (TTGACA) qui est reconnue par l'ARN polymérase.
- La boîte -10: Située environ 10 nucléotides en amont du site d'initiation, elle contient
également une séquence consensus (TATAA) qui facilite l'ouverture de la double hélice d'ADN
pour permettre l'initiation de la transcription.
Au cours de l’initiation :
- Reconnaissance du promoteur: L'ARN polymérase se fixe spécifiquement sur le
promoteur grâce à des interactions entre les sous-unités de l'enzyme et les
séquences consensus de la boîte -35 et de la boîte -10.
- Ouverture de la double hélice: L'ARN polymérase sépare les deux brins d'ADN au
niveau du site d'initiation, créant une "bulle de transcription".
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Opéron= ensemble de gènes fonctionnellement liés, placés sous le contrôle d'un même
promoteur et régulés par un seul opérateur.
ARN polycistronique est un ARN messager (ARNm) qui contient les instructions pour la
synthèse de plusieurs protéines différentes.
L’opéron lactose est une séquence contenait les gènes lac Z, lac Y et lac A codant pour
des enzymes nécessaires pour l’utilisation de lactose comme source d’énergie chez les bactéries.
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Dans la structure spatiale de ces protéines, on reconnaît des domaines propres à cette liaison
spécifique :
• Le domaine hélice-boucle-hélice permet le lien spécifique des hélices α avec les
nucléotides dans le grand sillon sur une longueur de 10 paires de bases environ.
• Les doigts de Zinc sont des domaines formés d’un ion Zn++ tétracoordonné avec deux
histidines (H) et deux cystéines (C) de la protéine. Chaque doigt de Zinc se lie à cinq nucléotides
dans le grand sillon du DNA. Il y a souvent plusieurs doigts de Zinc à la suite dans la même
protéine.
• Certaines protéines ont un domaine riche en acides aminés basiques (K,R) qui se lie aux
phosphates des nucléotides. Ces protéines se lient à des séquences répétées inverses sur le
DNA, lorsqu’elles sont associées en dimères par la liaison hydrophobe de deux domaines riches
en leucine.
La figure représente un point de contact entre un résidu asparagine d’une protéine régulatrice et
une adénine d’un brin du DNA.
Dans la plupart des cas la protéine s’insère dans le grand sillon de l’hélice et réalise une série
de contacts moléculaires avec les paires de bases. La liaison avec le DNA se fait par
l’intermédiaire de plusieurs types interactions (liaisons hydrogène, liaisons ioniques ou
interactions hydrophobes).
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ASD
Contrôle transcriptionnel (niveau 1) :
C'est l'étape la plus importante de la régulation. Elle détermine si un gène sera transcrit
en ARN messager (ARNm) ou non.
Contrôle de la maturation de l'ARN (niveau 2) :
Après la transcription, l'ARN primaire subit des modifications (épissage, ajout d'une
coiffe, polyadénylation) pour devenir un ARNm [Link] processus de maturation peut être
régulé, influençant ainsi la quantité et la qualité des ARNm produits.
Contrôle de la traduction (niveau 3) :
L'ARNm mature est exporté du noyau vers le cytoplasme où il est traduit en protéine par
les ribosomes.
Contrôle de l'activité protéique (niveau 4) :
Une fois synthétisée, la protéine peut subir des modifications post-traductionnelles
(phosphorylation, glycosylation, etc.) qui vont influencer son activité biologique. La durée de vie
d'une protéine peut également être régulée, ce qui permet de contrôler la quantité de protéine
fonctionnelle dans la cellule.
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ASD
Chez les eucaryotes, l’ARN polymérase II est l’enzyme responsable de la synthèse du
brin ARNm dans le sens 5’->3’. L’ADN eucaryotique composée des exons et des introns est
transcrit en ARM pré-messager (transcrit primaire). L’ARN pré-m contient encore les régions
non codantes. Après l’épissage, l’ARNm mature est composé seulement des exons avec une
coiffe en 5’ et une queue polyA en 3’.
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ASD
Premièrement, TFIID reconnaît avec la TBP la séquence de la boîte TATA. Cette fixation
contraint l’ADN de se courber d’environ 80° ce qui va faciliter la liaison de l’ARN pol II et d’autres
TF. Deuxièmement, La TFIIA se fixe sur le promoteur et stabilise la fixation de TFIID et TBP.
Ensuite, la TFIIB va venir et contribuer au recrutement de l’ARN pol II. TFIIF aide l’ARN pol II de
se lier avec le promoteur, ce facteur intéragit avec TBP et le TFIIB lors de recrutement de l’ARN
pol: d’abord, il y a l’adjonction de la petite sous unité RAP30 au TFIIB qui est nécessaire pour la
fixation de l’ARN pol et la determination à la fois le brin transcrit et le sens de la transcription,
ensuite la fixation de la grande sous unité RAP74. le TFIIF empêche l’ARN pol de se lier à l’ADN
en dehors du promoteur.
TFIID+TBP+TFIIA+TFIIB+TFIIF+ARN pol II= complexe de pré-initiation.
Ensuite, la TFIIE se lie à ce complexe de pré-initiation et assiste la liaison de TFIIH. Avec
son activité hélicase, la TFIIH permet l’ouverture des deux brins d’ADN. Et avec son activité
kinase, elle permet la phosphorylation de de la queue C-ter de l’ARN pol. Cette modification
conduit à l’échappement de l’ARN pol du promoteur et le début de l’étape de l’élongation.
TFIID+TBP+TFIIA+TFIIB+TFIIF+ARN pol II+TFIIE+TFIIH= complexe ouvert
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ASD
Au cours de l’étape d’élongation, l’ARN pol II est assisté par TFEb et TFIIS.
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ASD
La formation de la coiffe commence se fait au cours de l’élongation de l’ARNm. La queue
polyA est ajouté à la fin de la terminaison. L’épissage excision s’effectue après la terminaison.
L’ARN triphosphatase libère le phosphate ꙋ de l’extrimité 5’ de l’ARN pré-m -> la guanylyl
transférase lie le phosphate α d’une GTP avec le phosphate ꞵ de l’ARN pré-m -> par la suite la
méthyl transférase ajoute un groupement méthyl au niveau de la guanine ->formation de la
coiffe 5’.
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ASD
Le facteur CstF clive l’ARN pré-messager puis il se dissocie -> Le facteur CPSF permet de
recruter la polyA polymérase-> L’ajout d’environ 200 résidus adénine (queue polyA) au niveau
de l’extrémité 3’ du transcrit primaire.
Les rôles de la coiffe et de la queue son : La protection contre la dégradation et
l’adressage de l’ARN messager vers le cytoplasme.
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ASD
1- Reconnaissance du site donneur et de l’adénine de branchement par U1 et U2
respectivement.
2- Recrutement de U4, U5 et U6 et la formation du complexe d’épissage (splicéosome).
3- Première réaction de transestérification : le groupement hydroxyle sur le carbone 2’ de
l’adénine est activé par le splicéosome. OH activé attaque le phosphate à l’extrémité 5’
de l’intron -> formation d’une liaison ester entre l’oxygène et le phosphate + la formation
de lasso -> les deux exons sont rapprochés.
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4- Seconde réaction de transestérification : l’extrémité 3’ OH libre attaque le phospahte de
l’extrémité 5’ de l’autre exon -> formation d’une liaison ester entre l’oxygène et le
phosphate et la ligature des exons.
5- Dissociation du complexe et de l’intron+ dégradation de l’intron.
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