Semestre

S3

Année scolaire

2024-2025

[Link]

Agents de l’appareil respiratoire

Streptococcus spp.

Enseignant Intervenant

Professeur Mohamed KETTANI HALABI

Module

BACTERIOLOGIE
Classifica(on

F/ Streptococcaceae

Cocci à Gram +, catalase -, disposés en paires ou en chaînes

*Un résultat néga+f du test de catalase différencie les streptocoques et les entérocoques des staphylocoques.

Classifica(on

F/ Streptococcaceae

Paroi typique des Gram +

• Cocci à Gram +, catalase -, disposés en paires ou en chaînes

• Anaérobies faculta8fs, anaérobies aérotolérants

• Fermentent les glucides avec produc1on d’acide lac1que

• Ne produisent pas de gaz

• Certaines espèces sont

capnophiles (nécessite du CO2)

• Croissance médiocre sur les

milieux nutri1fs (GTS)

• Croissance plus prononcée sur

milieux enrichis en sang

• Pe8tes colonies transparentes.

= Polyoside C (Ag de groupe) Rebecca Lancefield

1930
Types d’hémolyse

ß hémolyse hémolyse

Streptocoques

• Strictement humains (muqueuse et peau) : Groupe A, F et Non groupables

• Homme et Animaux : Groupes B, G

• Homme, Animaux et Environnement: Groupe D ( entérocoques)

Streptocoque du groupe A = S. pyogenes Manifesta5ons cliniques

Infec&on de la muqueuse
Infec&on de la peau

Complica&ons asep&ques

Rhumatisme articulaire aiguë

Glomérulonéphrite aiguë

Streptocoque du groupe A = S. pyogenes Pouvoir pathogène – Facteurs de virulence

codée par le gène emm

Résistance à la phagocytose + Adhésion aux cellules muqueuses

Streptocoque du groupe A = S. pyogenes Diagnos(c biologiques

Prélèvements
(Ecouvillonnage, Sang)

La langue doit être abaissée et l’écouvillon doit fro6er le pharynx postérieur et chaque zone amygdalienne.

Streptocoque du groupe A = S. pyogenes Diagnos5c biologiques

Examen microscopique

Culture

24 - 48h à 35 0C en présence de CO2

Gélose au sang

(SBA)

petites, transparentes et Zone de β-hémoly+ques

lisses
SBA + Alcool phényléthylique / Sulfaméthoxazole / Colis1ne / Polymixine B

Streptocoque du groupe A = S. pyogenes Diagnos&c biologiques

Iden&fica&on

Typage de Lancefield à l'aide de méthodes sérologiques+ Tests biochimiques

CAMP-test

Le CAMP-test est réalisé en u1lisant une GTS contenant 5 % d'héma1es de mouton, en pra1quant à la surface des stries perpendiculaires de la
souche de Streptocoque B ou Listeria et d'une souche de Staphylococcus aureus. L'hémolyse est accentuée autour de la souche de S. aureus et
L. monocytogenes.

Streptocoque du groupe A = S. pyogenes

Diagnos5c biologiques

Tests biochimiques
Iden&fica&on

TDR

Des tests rapides de détec1on d'an1gènes (TDR) peuvent être u1lisés pour diagnos1quer la pharyngite à SGA sur le lieu des soins. (Ag de la
paroi)

Streptocoque du groupe A = S. pyogenes

Diagnos5c biologiques – Iden5fica5on RT PCR

FilmArray blood culture iden8fica8on panel (bio- Mérieux, Durham, NC).

Lyra Direct Strep assay

Streptocoque du groupe A = S. pyogenes Diagnos5c sérologique

Sang veineux prélevé au pli du coude

Mesure de la quantité d’anticorps anti-streptolysine O (ASLO) dans le sang. Titre UI/ml Anti ADNase B

ASLO

Les ASLO et les anticorps anti-ADNases B sont les anticorps les plus communs

1 2 3 4 5 6 7semaines 12 mois

Streptocoque du groupe A = S. pyogenes Sensibilité aux an5bio5ques

Sensible à la Pénicilline G et à l’Erythromycine

Préven5on:

• Isolement du malade

• Traitement de la phase aiguë

• Traitement des rechutes

Streptocoque du groupe B = S. [Link] Infec(ons néonatales

•••

Principale cause de décès chez les nourrissons InfecNon invasive chez le nouveau-né Transmission verNcale (mère – enfant)

o Il est recommandé que les femmes enceintes subissent un test de dépistage du SGB entre 35 et 37 semaines de gesta&on.

Précoces (pneumonie et sepsie) Tardives (méningite et sepsie)

InfecLons variées

• I. Urinaires (ITU)

• I. génitales

• Sep&cémies
• Endocardite valvulaire

• ....

Traitement

§ PénicillineG

§ Associa&ond'ampicillineet

d'un aminoside

Tableau de différen(a(on

Pneumocoques

Structure an&génique
La paroi cellulaire de S. pneumoniae

con&ent un an&gène, appelé substance C, similaire au polyoside C des différents groupes de Lancefield.

Une β-globuline (CRP) dans le sérum humain, réagit chimiquement avec la substance C pour former un précipité.

• La quan1té de CRP augmente pendant

l'inflamma1on et l'infec1on.

La capsule est an&génique et peut être iden&fiée avec des an&sérums appropriés dans le test de Neufield.

Streptococcus pneumoniae = pneumocoque

Facteurs de virulence

• Polysaccharide capsulaire

Plusieurs toxines sont produites, notamment:

• Une hémolysine,

• Une protéase d’IgA,

• La neuraminidase et

• L’hyaluronidase.

Manifesta&ons cliniques

• S. pneumoniae, 1er cause de pneumonie bactérienne

• Agent pathogène humain important qui provoque:

• la pneumonie,

• la sinusite,

• l'oLte moyenne,

• la bactériémie et la méningite.
• Plus fréquemment rencontré chez les enfants de moins de 3 ans aXeints d'o1te moyenne récurrente.

Streptococcus pneumoniae = pneumocoque

Diagnos5c biologiques

••

Gélose Cœur Cervelle, GTS 5% de GR de mouton, SBA ou la gélose au chocolat + CO2

Grande zone d'α-hémolyse

Ronde, brillante, humide, mucoïde à centre concave.

Culture

Coques en paire à Gram +

(diplocoques)
Streptococcus pneumoniae = pneumocoque

Diagnos5c biologiques

TDR

The BinaxNOW S. pneumoniae antigen card (Alere, Waltham, MA)

RT PCR

FilmArray blood culture idenLficaLon panel

(bioMérieux, Durham, NC).

Test immunochromatographique basé sur la détec&on du polyoside C commun aux S. pneumoniae.

Streptococcus pneumoniae = pneumocoque

Sensibilité aux an(bio(ques et prophylaxie

Sensible aux : Pénicilline G, Macrolide (l'érythromycine) et C3G.

• Vaccin anNpneumococcique composé de polysaccharides purifiés conjugués à une protéine diphtérique protégeant contre 13 sérotypes qui
peuvent affecter les enfants.

• Ce vaccin fait parNe du PNI et comprend trois doses à parNr de 2 mois.

Semestre

S3

Année scolaire

2024-2025

[Link]

Agents de l’appareil respiratoire

Haemophilus spp. (Hib) Enseignant Intervenant

Professeur Mohamed KETTANI HALABI

Module

BACTERIOLOGIE

Classification

Famille : Pasteurellaceae

Genre: Haemophilus, Actinobacillus, Pasteurella, et Aggregatibacter

• Gram - , Pléomorphes

• Immobiles

• Anaérobies facultatives
• Nitrates réductase +

• Oxydase +

• Catalase +

• Fermentent les glucides

Haemophilus influenzae

Famille : Pasteurellaceae

Genre: Haemophilus spp. (Amoureux du sang)

• Besoin de facteurs de croissance préformés dans le sang

Facteur X (Hémine ou hématine),

Facteur V (Nicotinamide Adénine Dinucléotide [NAD])

• Parasites obligatoires des voies respiratoires de l'homme et animaux

Habitat

Facteurs de virulence

Pathogène pyogène s’exprimant par:

• Influenzae ou grippe (influenzavirus – Orthomyxoviridae)

• Pandémie de grippe (1889 à 1890) Isolement fréquent de ce bacille dans: Nasopharynx et de cultures pulmonaires – Opportuniste

• Commensal habituel de l'homme.

À l'exception de H. ducreyi : Chancre – MST

• Capsule(a,b,c,d,eetf)àHib

H. influenzae non typable (NTHi) = Souches non

encapsulées
• Protéase des Immunoglobuline A (IgA)

• Adhésion de fimbriae et des adhésines

• Protéines de la membrane externe et LPS

Haemophilus influenzae

Signes cliniques de l’infection

Souches encapsulées

Infections invasives

Infections non invasives

Souches non encapsulées

Septicémies Méningites Pneumonies Ostéomyélites Cellulites Péricardite Arthrites Épiglottites

(NTHi)

Otites moyennes aiguës Conjonctivites

Sinusites Bronchopneumonies

Haemophilus influenzae

Examen Direct

Prélèvement

• Sang

• LCR

• Pus

• Exsudat de l'oreille moyenne

• Liquides articulaires

• Echantillons de voies respiratoires supérieures et inférieures

• Prélèvements conjonctifs (écouvillonnages)

• Prélèvements vaginaux (écouvillonnages)

• Drainage des abcès

• Liquide gastrique chez le nouveau-né

• Liquide amniotique et placenta chez la mère

Examen Direct

Transport

Sans délai et à température ambiante

=> Sensibilité à la dessiccation et au froid

• Délai > à 3 heures, milieu de transport gélifié

Haemophilus influenzae

Examen Direct - Examen microscopique

Culture

CHOC, 33 °C et 37 °C + 5% à 10% de CO2 / 18 à 24h d'incubation. CHOC + bacitracine (300 mg / L) pour les spécimens respiratoires.

• Translucides, humides, lisses et convexes, avec une odeur distincte de «eau de javel»

• Colonies plus grosses et mucoïdes pour les souches encapsulées.

Coloration de Gram de LCR (× 1000)

Coloration de Gram (× 1000)

Haemophilus influenzae - ‘Satellitisme’

Culture

Gélose au sang, 33 °C et 37 °C + 5% à 10% de CO2 / 18 à 24h d'incubation.

H. influenzae

Petite colonies grise

« satellitisme » autour et entre les grands staphylocoques blancs hémolytiques (productrices de ß-NAD)

Identification

• Coccobacilles pléomorphes à Gram-

• Croissance sur CHOC, pas de Croissance sur

SBA et MAC
• Exigence aux facteurs de croissance (X et V)

• Absence d’hémolyse (à l'exception de H. haemolyticus)

• Oxydase + ; Catalase +

• Fermentent le glucose et le xylose

• Peut être intégré à des systèmes de détection moleculaire de pathogènes multiples de type FilmArrayTM - (RT-PCR).

Haemophilus influenzae

Traitement

Sensible

• ß-lactamines (AMC, C3G) Cefotaxime ou ceftriaxone

• Fluoroquinolones Ciprofloxacine
• Sulfamides (TMP/SMX)

• Tétracyclines

• Rifampicine

Résistante - 25% NTHi (USA)

• Ampicilline • Amoxicilline

*L'antibiogramme doit être sur milieu gélosé MH-F.

Haemophilus influenzae

Prophylaxie

Vaccin conjugué combiné

Vaccin monovalent
Deux injections aux 2e et 4e mois suivies d'un rappel indispensable entre 11 et 12 mois.

Pentaxim® (DTCa-IPV-Hib)

HexaximTM (DTCa-IPV-Hib-HepB)

Semestre

S3

Année scolaire

2024-2025

[Link]

Agents pathogènes du système urogénital

Chlamydia trachomatis
Enseignant Intervenant

Professeur Mohamed KETTANI HALABI

Module

BACTERIOLOGIE

• Organismes intracellulaires obligatoires.

• Extrêmement difficiles à cultiver ou non cultivables.

• Très petite taille + Parasitisme intracellulaire obligatoire sont des

caractéristiques majeures des Chlamydiaceae.

Corps Réticulé (CR) = forme métaboliquement active

Corps Elémentaire (CE) = forme infectieuse

In vivo, les cellules hôtes sont les cellules épithéliales non ciliées qui tapissent:

La conjonc9ve,

les voies respiratoires,

les voies urogénitales et le rectum.

Manifestations cliniques

• C. trachomatis a été divisé en sérotypes (A-C, D-K, et L1-L3):

1. Trachome (A-C, D-K)

Infection oculaire chronique qui débute par une conjonctivite folliculaire.

1er cause de cécité évitable dans le monde. (si elle n'est pas traitée)

2. Lymphogranulome vénérien (LGV) (L1-L3) (ou maladie de Nicolas-Favre)

• une maladie sexuellement transmissible (MST).

• Les patients LGV présentent des symptômes

inguinaux et ano-rectaux.

• Après une période d’incubation de 1 à 4 semaines,

les patients développent une petite papule ou une petite lésion au site de l’infection.

Manifesta/ons cliniques
Chez le nouveau-né

• Peuvent être infectés s’ils passent par un canal de naissance infecté. (Rare par césarienne)

Les nouveau-nés aPeints d'une infecRon à chlamydia peuvent présenter:

• Une conjonc9vite,

• Des infec9ons nasopharyngés,

• et une pneumonie (2 à 3 semaines après la naissance).

• Les nourrissons des États-Unis reçoivent des gouttes oculaires prophylactiques (l'érythromycine), afin de prévenir les infections oculaires
causées par C. trachomatis et N. gonorrhoeae.

Infection génitale

Diagnostic bactériologique - Prélèvements

• Prélèvements urétraux, 1er jet d'urine ou rectaux (homme)

• Prélèvements endocervicaux, vaginaux (autoprélèvements) ou prélèvements de

la sphère génitale haute (femme)

• Ulcérations génitales ou biopsies ganglionnaires (homme et femme)

• Prélèvements conjonctivaux et respiratoires (nouveau-né)

• Grattage de la conjonctive supérieure au niveau des follicules – trachome

Examen microscopique direct

Les méthodes cytologiques implique le trachome et la conjonc:vite à inclusion.

Inclusions colorées à l'iode provenant de cellules McCoy

Test de diagnostic rapide - TDR

(Immunochromatographie)

Diagnostic Direct

Culture cellulaire

PCR

Les lignées cellulaires utilisées comprennent:

• McCoy

• HeLa (Henrietta Lacks)

• BGMK: Buffalo Green Monkey Kidney cells

L’utilité de la culture cellulaire a été limitée en raison de :

• la complexité technique inhérente, • des exigences de temps,

• de manipulation des échantillons, • des dépenses et

• de la nature labile de l'organisme. N’est sensible qu’à 80% environ.

Diagnostic indirect – Sérologie / Détection d'anticorps

• Les tests sérologiques ont peu d’utilité dans la détection des infections à C. trachomatis.

• LaméthodeprivilégiéepourlediagnosUcde l’infecUon à C. trachoma+s.

• Lasensibilité,laspécificité,sontplus élevées que celles rapportées pour l'EIE et les cultures.

Détection en 90 minutes et différentiation de Chlamydia trachomatis (CT) et de Neisseria gonorrhoeae (NG).

Traitement

• Doxycycline (21 jours pour les patients atteints de LGV)

• Érythromycine pour les enfants de moins de 9 ans, les femmes enceintes et les
patients ne tolérant pas la doxycycline.

• Les infections oculaires et génitales chez l’adulte doivent être traitées par une

dose d’azithromycine ou de doxycycline pendant 7 jours.

• La conjonctivite néonatale et la pneumonie doivent être traitées à

l'érythromycine pendant 10 à 14 jours. Préven/on et contrôle

La conjonctivite à Chlamydia et les infections génitales sont prévenues grâce à l'utilisation de pratiques sexuelles sans risque et au traitement
rapide des patients symptomatiques et de leurs partenaires sexuels.

Semestre

S3

Année scolaire

2024-2025
[Link]

Pathogènes du tube diges0f

Helicobacter pylori

Enseignant Intervenant

Professeur Mohamed KETTANI HALABI

Module

BACTERIOLOGIE

Helicobacter

Famille des Helicobacteraceae Ordre : Campylobacterales Genre Helicobacter

• Gram - , Spiralée et mobile (1982)

• Oxydase et Catalase posi9f

• Mul9ple flagelle unipolaire, Microaérophile,

• Colonise la muqueuse gastrique humaine,

• Transmission interhumaine, familiale,

• Gastrite, ulcère, cancer gastrique – Agent carcinogène de type I (1994)

• Tri -thérapie , traitement séquen9el, quadrithérapie

• Prix Nobel 2005 de physiologie et de médecine pour la découverte du rôle

d'Helicobacter pylori dans l'ulcère de l'estomac. (Barry J. Marshall et J. Robin Warren)

pylori

Barry J. Marshall

J. Robin Warren
Helicobacter

• Neutrophile avec une adapta9on

excep9onnelle au milieu gastrique (Ac#vité enzyma#que de l'uréase et le métabolisme de l'ammoniac)

• Résiste à une faible exposi9on au pH et peut se mul9plier uniquement lorsque l'urée est fournie.

• Uréase (augmenta;on du pH)

• Flagelle - Mobilité (mouvement en ;re bouchon)

• LPS et flagelline (Echappe au système immunitaire inné)

• Adhésines de la membrane externe

• cagPAI code pour le T4SS

• Exotoxine VacA
• Enzymes de sécré#on (Protéase, lipase...)

pylori

Facteurs de virulence

Forme spiralée, Mo;lité, et adhésion aux cellules épithéliales.

Helicobacter

pylori

IndicaPons de recherche et d’éradicaPon

Manifesta)ons cliniques

• Ulcère gastroduodénal

• Lymphome du MALT
• Dyspepsie non ulcéreuse persistante (moins de 45 ans)

• Antécédents familiaux de cancer gastrique

• Prise d’AINS ou d’aspirine au long cours

• Reflux faisant envisager la prise prolongée d’an9-sécrétoires

• H. pylori: Agents pathogènes humains colonisant plus de 50% de la populaEon mondiale.

• La plupart des personnes colonisées développent une gastrite chronique asymptoma#que (90%).

• Maladie gastroduodénale sévère (10 à 20%)

o Ulcère gastroduodénal, (8%)

o Adénocarcinome gastrique (1%) o Lymphome gastrique du MALT*

(rare)

* MALT: mucosa-associated lymphoid 6ssue

Helicobacter

pylori

Diagnos2c des infec2ons à H. pylori

1. Méthodes de dépistage non invasives

• Test respiratoire à l'urée marquée

• Recherche d’anEgènes dans les selles

• Sérologie bactérienne

2. Méthodes de dépistage invasives

• Test à l’Uréase

• Histologie - Examen anatomopathologique

• Culture

• AmplificaEon génique - PCR

(pas de prise d’ATB/ 1mois et pas de IPP/ 15J)

Principe : Les tests respiratoires reposent sur l’acPvité uréasiques de la bactérie et mesurent dans l’air expiré la différence de propor9on entre
C13 / C12 avant et après inges9on urée marquée.

Helicobacter pylori - Méthodes non invasives Diagnos2c des infec2ons à H. pylori

1. Méthodes de dépistage non invasives

• Test respiratoire à l'urée marquée

• Recherche d’an#gènes dans les selles

• Sérologie bactérienne
2. Méthodes de dépistage invasives

• Test à l’Uréase

• Histologie - Examen anatomopathologique

• Culture

• AmplificaEon génique - PCR

Premier Platinum HpSA ® PLUS (Meridian Diagnostics, Cincinnati, Ohio, USA)

Principe: Ce test uElise des an#corps polyclonaux an#- H. pylori adsorbés sur les cupules d'une microplaque afin de capturer les anEgènes de
H. pylori présents dans un échanEllon de selles diluées.

Un autre an#corps polyclonal marqué à la peroxydase et un substrat sont ensuite uElisés et la lecture du résultat est effectuée à 450 nm.

Ce test est réservé au suivi après traitement, afin de contrôler l’éradicaEon d’H. pylori sauf chez l’enfant où elle peut être uElisée comme
technique de dépistage.
Helicobacter pylori - Méthodes non invasives Diagnos2c des infec2ons à H. pylori

1. Méthodes de dépistage non invasives

• Test respiratoire à l'urée marquée

• Recherche d’anEgènes dans les selles

• Sérologie bactérienne

2. Méthodes de dépistage invasives

• Test à l’Uréase

• Anapath

• Culture

• AmplificaEon génique - PCR

Détection des anticorps dans le sang - ELISA

• La sérologie permet de détecter les IgG et quelques IgA mais ne permet pas de disEnguer une infecEon récente d’une infecEon passée car elle
ne détecte pas les IgM. (IndicaEon limitée)

• Récemment, la sérologie a permis la détecEon d'anEcorps dans la salive et dans l’urine.

« Docteur test »

Tests uElisant le sérum ou mieux le sang total

Test Immunochromatographie

Helicobacter pylori - Méthodes non invasives Diagnos2c des infec2ons à H. pylori

1. Méthodes de dépistage non invasives

• Test respiratoire à l'urée marquée

• Recherche d’anEgènes dans les selles

• Sérologie bactérienne

2. Méthodes de dépistage invasives

• Test à l’Uréase

• Histologie - Examen anatomopathologique

• Culture

• AmplificaEon génique - PCR

Biopsies gastriques obtenues par endoscopie gastroduodénale

• Dépôt d'une biopsie dans un milieu liquide, semi-solide ou sur une membrane contenant de l'urée.

H. pylori

Ammoniac +bicarbonate

• L'ammoniac libéré augmente le pH du milieu, d'où le changement de couleur de l'indicateur de pH.

 Urée

Helicobacter pylori - Méthodes invasives Diagnos2c des infec2ons à H. pylori

1. Méthodes de dépistage non invasives

• Test respiratoire à l'urée marquée

• Recherche d’anEgènes dans les selles

• Sérologie bactérienne

2. Méthodes de dépistage invasives

• Test à l’Uréase

• Histologie - Examen anatomopathologique

• Culture
• AmplificaEon génique - PCR

Test de référence: Diagnos2c et évalua2on de la muqueuse gastrique.

• Obten9on de biopsies provenant de différentes par9es de l'estomac. (2 biopsies antrales et 2 biopsies fundiques).

• Fixa9on au formol

• Colora9ons histologiques

• Par l'hématoxyline-éosine, (bactérie en rose)

• La colora#on argen#que de Warthin-Starry,

(forme incurvée en noir)

• Giemsa, Cresyl

• Observa9on microscopique au fort grossissement au niveau du mucus gastrique, de l'épithélium et des cryptes.
Helicobacter pylori - Méthodes invasives Diagnos2c des infec2ons à H. pylori

1. Méthodes de dépistage non invasives

• Test respiratoire à l'urée marquée

• Recherche d’anEgènes dans les selles

• Sérologie bactérienne

2. Méthodes de dépistage invasives

• Test à l’Uréase

• Histologie - Examen anatomopathologique

• Culture

• AmplificaEon génique - PCR

Culture à parPr de biopsies gastriques – Transport (pas de prise d’ATB/ 1mois et pas de IPP/ 15J)
Si le délai est < 48h : Transport en milieu Portagerm pylori

o Broyage à l’aide d’un broyeur à bille

o Broyage à l’aide d’un pilon usage unique

Le produit de broyage est uElisé à part égale pour l’examen direct, la mise en culture, la PCR et la congélaEon.

Si le délai est > 48h : Congéla9on du Portagerm à -20°C ou -80°C.

Une gouEe du broyat sur la lame

Aspect en colora-on de Gram de Helicobacter

Bacilles longs, incurvés, très spiralés

Helicobacter pylori - Méthodes invasives Diagnos2c des infec2ons à H. pylori

1. Méthodes de dépistage non invasives

• Test respiratoire à l'urée marquée

• Recherche d’anEgènes dans les selles

• Sérologie bactérienne

2. Méthodes de dépistage invasives

• Test à l’Uréase

• Histologie - Examen anatomopathologique

• Culture

• AmplificaEon génique - PCR

Culture à parPr de biopsies gastriques

Incuba9on : 48 heurs

Colonies de taille minuscule à moyenne, transparentes

••

Gélose Pylori agar (bioMérieux) BD Helicobacter Agar, Modified

(3 à 5 jours)

Avantages : prêt à l’emploi, conservaEon à 4°C, contrôler la pérempEon.

Helicobacter pylori - Méthodes invasives Diagnos2c des infec2ons à H. pylori

1. Méthodes de dépistage non invasives

• Test respiratoire à l'urée marquée

• Recherche d’anEgènes dans les selles

• Sérologie bactérienne

2. Méthodes de dépistage invasives

• Test à l’Uréase

• Histologie - Examen anatomopathologique

• Culture

• AmplificaEon génique - PCR

• Différentes paires d'amorces ont été proposées, fondées sur: o le gène de l'uréase

o le gène cagA

o le gène glmM (phosphoglucosamine mutase)

o l'ARN ribosomal 16S

o ainsi que d'autres marqueurs de virulence (mosaïcisme vacA)

Traitement H. pylori
Traitement H. pylori – PYLERA®

Pylera® (3 capsules 4 Pmes/daily)

+ Omeprazole 20 mg or esomeprazole 40 mg (2 #mes/daily for 10 days)

PPI - Omeprazole 20 mg

Semestre

S3

Année scolaire

2024-2025

[Link]
Pathogènes du tube diges0f

Vibrio cholerae

(le choléra)

Enseignant Intervenant

Professeur Mohamed KETTANI HALABI

Module

BACTERIOLOGIE

Vibrio, C. jejuni, H. pylori

Ce groupe d’organismes est important parce que :

• Vibrio spp a été associés à de grandes épidémies et pandémies.

• Campylobacter spp. joue un rôle dans le syndrome de Guillain-Barré (SGB).

• et Helicobacter pylori peut provoquer des ulcères et a été associé à un

carcinome gastrique.

Famille: Vibrionaceae,

• 6 genres et plus de 110 espèces,

• 10 espèces sont isolés dans des échanEllons cliniques.

• Vibrio spp. habite les environnements aqua9ques (les eaux douces, marines

ou salées).

• Peuvent facilement être isolés de l'eau, des parEcules en suspension, des algues, du plancton, des poissons et des crustacés.

Vibrio spp
Bâtonnets à Gram - courbés ou en forme de virgule,

Très pléomorphes, (dans des condi9ons de croissance sous-op9males), 0,5 à 0,8 μm de diamètre sur 1,4 à 2,6 μm de longueur.

Gram-stained smear (×1000).

Acridine orange stain of Vibrio cholerae (×1000).

Vibrio spp

• Anaérobie faculta2ve

• Catalase +, oxydase +

• Réduise les nitrate en nitrite

• Posi2ve string test

• Halophiles à l'excep>on de V. cholerae

• Terrain: Personnes immunodéprimées ou a^eintes d'une maladie hépaPque sous-jacente grave.

• Doivent éviter toute exposiPon des plaies à des sources d'eau fraîche, estuarienne et marine.

• Doivent éviter de manger des crustacés crus ou insuffisamment cuits, en par9culier pendant les mois d'été les plus chauds.

Posi8ve string test

Vibrio spp

Les quatre Vibrio spp. rencontrés en laboratoire clinique sont : • V. cholerae (sérogroupe O1, O139 et non-O1),

V cholerae est un bacille gram néga2f légèrement incurvé.

• Produit un LPS et est subdivisé en 140 sérogroupes (O1 à O140).

• Seuls les sérogroupes O1 et O139 produisent la toxine cholérique et

sont à l'origine de la forme de choléra la plus grave.

• V. parahaemolyIcus,

• V. vulnificus et

• V. alginolyIcus.

Vibrio cholerae

Manifesta*on cliniques

Diarrhée aqueuse abondante, vomissements, diarrhée; tachycardie, la tachypnée, déshydrata#on, choc hypovolémique, une acidose
métabolique et la mort en quelques heures.

Yeux et les joues enfoncés

Pulsa9ons périphériques lentes ou absentes

Vibrio cholerae
Manifesta*on cliniques

Le choléra est une maladie diarrhéique aiguë

entérotoxine

Hypersécré9on d'électrolytes (Na +, K +, HCO3−) et d'eau en dehors de la cellule

2 sous-unités A toxiques et 5 sous-unités B de liaison

Accumula9on d'adénosine monophosphate cyclique (AMPc)

Adénylate cyclase

Vibrio cholerae

Facteurs de risque

1. Consomma>on récente de fruits de mer crus

2. Voyages à l'étranger

3. Gastro-entérite avec selles

(eau de riz)

4. Trauma>sme accidentel

10 à 30 par jour

(coquillages, hameçons, installa9ons de loisirs aqua9ques...)

Vibrio cholerae

Prélèvement et transport Pra#qué avant toute an#biothérapie

Selles, doivent être prélevés le plus tôt possible au cours de la maladie et avant l'administra>on d'agents an>microbiens.

Ecouvillon rectal transportés dans un milieu approprié, (Cary-Blair)

Transport des échan*llons :

• Eau peptonée alcaline

• Bandes de papier buvard épais imbibées de selles. (5 semaines de conserva8on)

Vibrio cholerae

Diagnos*c direct – Examen microscopique Gram-stained smear (×1000)

Vibrio cholerae

Diagnos*c direct – Culture

Selles sur une gélose TCBS (thiosulfate-citrate-sel biliaire-saccharose) sélec8ve

V cholerae
(jaune sur TCBS)

les autres vibrions (vert sur TCBS)

Vibrio cholerae

Diagnos*c direct – Culture

Selles sur une gélose nutriPve (0,5% NaCl), SBA, CHOC, MacConkey

• V cholerae sur SBA ou CHOC

(colonies moyennes à grandes qui semblent lisses, opaques et irisées avec une teinte verdâtre)

Vibrio cholerae

Diagnos*c direct – Culture

Selles sur une gélose nutriPve (0,5% NaCl), SBA, CHOC, MacConkey

V cholerae sur MacConkey

• Lactose –

• Oxydase +

Vibrio cholerae

Diagnos*c direct – Culture V cholerae sur CHROMagarTM Vibrio

V. Cholerae green blue V. parahaemolyJcus mauve V. alginolyJcus colourless

Vibrio cholerae

Diagnos*c direct – Iden*fica*on

NO3+, GEL+, Glu +

• Séquençage du l’ARN16S • MALDI-TOF

• REP-PCR

Vibrio cholerae

Diagnos(c Direct – Sérotypage

An)sérum polyvalent 01 est desMné à être uMlisé dans des tests de dépistage par aggluMnaMon sur lame.

Vibrio cholerae

Sensibilité aux an*bio*ques et prophylaxie

Sensible aux : Doxycycline ou à la ciprofloxacine.

• La thérapie de réhydrata*on orale ou intraveineuse est la première thérapie tentée.

• V. Cholerae est sensible aux:

o Tétracycline (500 mg / 6h / 4j)

o Bêta-lactamines (AMP, Monobactames, Carbapénèmes) o Triméthoprime (TMP-SMX - injectable )

o et aux Fluoroquinolones.

Semestre

S3

Année scolaire

2024-2025

[Link]
Agents pathogènes affectant la peau et les yeux

Staphylococcus aureus

Enseignant Intervenant

Professeur Mohamed KETTANI HALABI

Module

BACTERIOLOGIE

Maladies infec,euses affectant la peau et les yeux

(Rougeole) (Rubéole)

(Verrues)
Objec&fs pédagogiques:

Après ce cours, l’étudiant doit être capable de:

1. Iden'fier les différentes espèces de staphylocoques, avec un focus sur Staphylococcus aureus et les staphylocoques à coagulase néga:ve.

2. Décrire les caractéris:ques morphologiques et biologiques des staphylocoques.

3. Expliquer les mécanismes de virulence de Staphylococcus aureus, notamment les toxines,

enzymes et autres facteurs pathogènes.

4. Analyser les principaux contextes cliniques associés aux infec:ons staphylococciques, comme les infec:ons cutanées, les bactériémies, les
endocardites et les infec:ons ostéo-ar:culaires.

5. Interpréter les résultats des examens microbiologiques pour confirmer le diagnos:c d’une infec:on à staphylocoque.

6. Proposer des stratégies thérapeu:ques adaptées aux différents types d’infec:ons et au profil de résistance des souches isolées , en par:culier
la résistance à la méthicilline (SARM) et aux glycopep:des.

7. Discuter les mesures de préven:on et de contrôle des infec:ons staphylococciques en milieu hospitalier et communautaire.
Classifica,on

Famille

Micrococcaceae

Genre

Staphylococcus

Micrococcus

Les espèces retrouvées en pathologie humaine appar5ennent presque exclusivement aux genres Staphylococcus et Micrococcus

Caractéris2ques générales

• Cocci à gram posi5f.

• Disposés en amas ou en
grappe de raisin.

• Immobiles.

• Aéro-anaérobie.

• Catalase ( + )

Comprend une trentaine d’espèces.

• Chez l’homme les espèces

les plus couramment isolées sont :

Staphylococcus aureus : Coagulase +

La plus pathogène,

L’agent d’infec7ons pyogenes.

Le test de coagulase en tube détecte l'enzyme extracellulaire «coagulase libre»

Staphylococcus aureus

Habitat et mode de transmission

Ubiquitaires ( air, sol, eau )

• S. aureus et S. épidermidis:

C o m m e n s a u x d e l a p e a u e t d e s m u q u e u s e s ( 3 0 à 5 0 % p o r t e u r s s a i n s : o r o p h a r y n x +, f o s s e s n a s a l e s , s e l l e
s

et aisselles)

• S. aureus

Infec:ons nosocomiales

Toxi-infec:on alimentaire collec:ve (TIAC)

(Toxines) Facteurs du pouvoir pathogène (Enzymes)

 • Hémolysine: β

• Leucocydine : perte de mobilité des

PNN et leur lyse > forma;on de pus Appelée protéine de

Panton et Valen*ne (PVL)

• Exfolia'ne : épidermoly*que > décollement intra- épidermique > Impé;go bulleux.

• Toxine pyogène > fièvre scarla;niforme.

• Toxines associées au choc toxique

staphylococcique (TSST 1)

• Entérotoxine : A, B, C1, C2, C3, D et E (TIAC)

• Coagulase libre : Coagula;on du plasma et forma;on de thrombophlébite suppurée.

• Coagulase liée (clumping factor )

• Hyaluronidase : Hydrolyse l’acide hyaluronique du ;ssu co-njonc;f ce qui permet la diffusion de la bactérie .

• Fibrinolysine (Staphylokinase ) : forma4on de micro emboles.

• Dnase : destruc;on des noyaux cellulaires .

• Autres enzymes : Lipase, protéase, phosphatase, estérase.

Staphylococcus aureus

Manifesta&ons cliniques

FURONCLE

+ SCARLATI-NE

PNEUMONIE

ANTHRAX
PANARIS

IMPETIGO

IMPETIGO BULLEUX

Staphylococcus aureus

Manifesta&ons cliniques

SYNDROME DE RITTER OU DE LA PEAU EBOUILLANTE

Diagnos7c bactériologique

Prélèvements

• En fonc5on du tableau clinique

(LCR, hémoculture, urine, pus, expectora5on...)

• Avant toute an5biothérapie.

• Fiche de renseignements obligatoire.

Staphylococcus aureus

Diagnos7c bactériologique

Diagnos7c direct - Examen microscopique

Présence de Cocci à Gram + disposés en:

• Amas.

• Grappe de raisin.

• Diplocoque ou Courtes

chaîneGes.
• Immobiles.

Staphylococcus aureus

Diagnos7c bactériologique

Diagnos7c direct - Culture

Staphylocoques à coagulase néga7ve

poussant sur gélose au sang de mouton, révélant des colonies crémeuses blanches non hémoly7ques.

S. aureus poussant sur gélose au sang de mouton avec des colonies β-hémoly7ques, crémeuses, d'apparence beurrée.

Staphylococcus aureus

Diagnos7c bactériologique
Diagnos7c direct – iden7fica7on du genre

Iden'fica'on biochimique GALERIE API STAPH

Staphylococcus aureus

Traitement – Résistance aux an7bio7ques

• Les souches résistantes à la Méthicilline et à l’Oxacilline sont

désignées « SARM (Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline)

• Résistance d’origine chromosomique due à l’acquisi:on d’un gène mec A qui entraîne la produc:on d’une protéine liant la Pénicilline (PLP)
ayant une faible affinité pour la plupart des Bêtalactamines d’ou la résistance croisée à toutes les Bêtalactamines.
 Semestre

S3

Année scolaire

2024-2025

[Link]

Agents pathogènes des infec1ons nosocomiales

Pseudomonas æruginosa

Enseignant Intervenant

Professeur Mohamed KETTANI HALABI

Module

BACTERIOLOGIE
Bacilles à Gram - non fermentaires | OPPORTUNISTES (15%)

• Bacilles à Gram - non fermentaires

• Aérobies stricts

• Oxydase + (ce qui les différencie des enterobactériaceae)

• Saprophyte > Opportunistes

• Responsables d'infec?ons nosocomiales

(>48H)

• Asaccharoly?ques (Kligler-Hajna)

• Résistance aux diverses classes d’ATB (Aminoglycoside, C3G, pénicillines et fluoroquinolones)

• Classifica-on basée sur trois tests courants:

1. Croissance sur gélose MAC

2. Test d’oxydase

3. Acidifica'on des glucides (Kligler)

Oxydase +

Pseudomonas aeruginosa

Oxydase –

Acinetobacter baumannii

Kligler MAC +

Bacilles à Gram - non fermentaires | OPPORTUNISTES (15%)

Facteurs de risque
Facteurs de virulence

= Diabète sucré ‘Agent pathogène opportuniste’

Habitat

• P. æruginosa est l’espèce la plus communément isolée dans les échan-llons cliniques.

• On le trouve dans les environnements humides (eau de robinet, les piscines, les cuves thermales), le sol et les

aliments. Également dans les cathéters et les humidificateurs des hôpitaux. (Saprophyte)

• 5% à 15% des infec'ons nosocomiales, en par-culier la pneumonie et la bactériémie.

Pseudomonas æruginosa

Epidémiologie - Manifesta@ons cliniques

D’autres infec-ons peuvent être associer à P. æruginosa :

• Infec-on des lits d'ongles (uHlisateurs des faux ongles),

• Infec-ons osseuses,

• Infec-ons oculaires, (y compris

kéraHte)

• infec-ons de l'oreille (OHte externe)

• Infec-ons suite à des brûlures. Infec-on très grave une fois isoles

d’un site stérile.

• Infec-ons de plaie,

• Infec-ons nosocomiales des

voies urinaires (IVU),

• Infec-ons nosocomiales des

voies respiratoire (Oropharynx),

P. æruginosa est la principale cause d'infec-ons des voies respiratoires nosocomiales.

• 3ème cause de bactériémie bacillaire à Gram –

• 6% de toutes les bactériémies,

• et jusqu'à 75% des bactériémies nosocomiales.

Sa présence dans le sang peut provoquer :

• Maladie pulmonaire (mucoviscidose)

• Endocardite,

• Ou rarement une méningite.

Infec&ons suite à des brûlures.

P. æruginosa poussent sous les bandages de la brulée produisant une couleur verte.
Pseudomonas æruginosa

Manifesta&ons cliniques Infec?on ?

Le diagnosHc d'une infecHon à Pseudomonas n'est pas toujours facile car sa présence dans une observaHon microscopique ou culture peut
indiquer une contaminaHon acquise lors du prélèvement, du transport ou de l'inoculaHon.

Colora-on de Gram d’un échan-llon bronchique posi-f pour P. æruginosa (× 1000).

• BGN ou coccobacille

• Aérobie strict

• Mobile avec flagelle(s) polaire(s)

• Oxydase +

• Catalase +

• MAC +
• Asaccharoly-ques V

Pseudomonas æruginosa

Diagnos&c bactériologique

Diagnos&c direct – Culture

MacConkey agar (NLF) - 35 ± 2 °C pendant 18, 24 à 48 h

E. coli P. æruginosa

Lactose + Lactose -

• P. æruginosa produisent de la pyoverdine, un pigment jaune-vert ou jaune-brun.

• La plupart produisent également de la pyocyanine (pigment bleue)

• D'autres pigments solubles dans l'eau sont parfois produits par des souches de P. æruginosa:
o La pyorubine (rouge)

o et la pyomélanine (brune ou noire)

SBA (5% sang de mouton) - 35 ± 2 °C pendant 18 à 24 h

• Plat, bords dentelés;

• Croissance confluente;

• Souvent avec des reflets

métalliques;

• Pigment bleu vert, rouge ou

brun;

• Souvent bêta-hémolyDque;

• Odeur de raisin ou de maïs

ressemblant à une torHlla;

• Colonies mucoïdes.

Notez le pigment bleu-vert

Pseudomonas æruginosa

Diagnos&c bactériologique

Sérologie – n’est pas recommandée

Diagnos@c direct – Iden@fica@on

• Mobile

• Oxydase +, Catalase +

• Lactose –
• Esculine –

• Croissance à 42 0C / MAC +

• Sécré@on de pigments

Sérologie (Ac an--protéase, Ac an-- élastase, Ac an--exotoxine A) permeerait de différencier une infec-on chronique d’une colonisa-on
occasionnelle chez les pa-ents aeeints de mucoviscidose.

Sensibilité aux an&bio&ques

Résistance naturelle

§ Pénicilline

§ Ampicilline

§ C1G, C2G

§ TSM
§ Chloramphénicol

§ Tétracyclines...

Sensible

§ Aminoglycosides

§ Pénicillines semi-synthéDques

( pipéracilline, 8carcilline)

§ C3G et C4G (ce:azidime et céfépime)

§ Carbapénèmes (sauf l'ertapénem)

§ Fluoroquinolones

Pseudomonas æruginosa
Traitement

Infec@ons graves à P. æruginosa

• Les infec)ons graves à P. æruginosa nécessite généralement l’associa&on de deux an&bio&ques:

CeMazidime (C3G) ou Céfépime (C4G)

Aminoside

(Tobramycine ou Amikacine)

Carbapénème (imipénème ou méropénème)

Pipéraciline

Pipéraciline

+
Sulfadiazine

Semestre

S3

Année scolaire

2024-2025

[Link]

Agents pathogènes des infec1ons nosocomiales

Acinetobacter baumannii

Enseignant Intervenant

Professeur Mohamed KETTANI HALABI

Module

BACTERIOLOGIE

Acinetobacter spp

Caractéris&ques générales

• F/ Moraxellaceae (25 groupes et 11 espèces)

• Les deux espèces les plus fréquemment observées dans les échan6llons cliniques:

A. baumannii (non hémoly6que glucose +) et A. lwoffii (non hémoly-que glucose –) Habitat

• Acinetobacter spp. sont omniprésents (ubiquistes) dans l’environnement (sol, eau et denrées alimentaires).

• Saprophytes, opportunistes.

• En milieu hospitalier (associés à des ven6lateurs, humidificateurs, cathéters et

autres disposi6fs).

• Responsable d'infec?ons nosocomiales.

• Environ 25% des adultes portent les A. baumannii sur leur peau (colonisaNon cutanée) et

environ 7% d'entre eux dans leur pharynx (muqueuse).

• Jusqu'à 45% chez les pa-ents hospitalisés en USI.

• La pneumonie et la sep-cémie associées aux ven-lateurs dues à A. baumannii ont un taux de

mortalité élevé.

Acinetobacter baumannii

Facteurs de virulence

§ Pili(Adhésionetlaforma6ondebiofilms)
§ Systèmesd'acquisi6ondufer,

§ ProtéinedemembraneexterneOmpA,

§ Phospholipases,

§ LPS aux propriétés d'endotoxine,

§ Capsule.

Manifesta&ons cliniques

§ Acinetobactertouchentprincipalementlespa6ents immunodéprimés ou présentant des maladies chroniques.

§ Cesinfec6onsseproduisentgénéralementdansdeszonesà forte teneur en liquide (voies urinaires, respiratoires...)

§ Suiteauxcathétersàdemeurecontaminés,untrauma6sme, brûlures ou introduc6on d'un corps étranger.

- Infec6ons urinaires

- Pneumonie, trachéobronchite ou les deux - Endocardite (22% de mortalité)

- Sep6cémie, Méningite

- Infec6ons oculaires

- Cellulite...

Acinetobacter baumannii

Diagnos-c bactériologique

Prélèvements

• Pas de précau,ons par,culières pour le prélèvement et le transport.

• Urines

• Cathéters

• Aspira,ons bronchiques / PDP

• Hémocultures

Acinetobacter baumannii

Diagnos&c bactériologique

Diagnos&c direct – Colora&on de Gram

• Cocci ou coccobacilles à Gram néga?f,

• Résiste à la décolora?on ce qui conduit à des erreurs d’iden?fica?on • Taille:1à1,5sur1,5à2,5μm

Acinetobacter baumannii

Diagnos&c bactériologique

Diagnos&c direct – Culture

MacConkey agar – 37, 41, 44 °C pendant 18, 24 à 48 h

Acinetobacter baumannii

on MacConkey agar. *NLF = non–lactose fermenter.

La teinte violacée produite par certaines espèces peut ressembler à celle d'une bactérie en fermenta-on du lactose.

A. baumannii = Saccharoly-que A. lwoffii = Asaccharoly-que.

Poussent sur gélose au sang, gélose chocolat, gélose tryp?case soja TSA etc.)

Acinetobacter baumannii

Diagnos&c bactériologique

Diagnos&c direct – Iden&fica&on

Aérobies stricts, Immobiles (Pas de flagelles) Nitrates – , Oxydase – , Catalase +

• API 20 NE®

• Analyse du polymorphisme de gènes amplifiés (spécifiques de l'ARN 16S, ADN gyrase, RecA, etc.) ou

des régions inter géniques 16S–23S (ARDRA)...

Acinetobacter baumannii

Sensibilité aux an&bio&ques et traitement

Sensible

§ Carbapénèmes Imipénème (Réf.) Ertapénème (peu acHf)

§ β-lactamines + inhibiteurs de β- lactamase

Synergie acide clavulanique, Ampicilline-sulbactame, Pipéracilline-tazobactame,

C3G
Résistance

§ β-lactamines

Pénicilline G, C1G, C2G, Ampicilline

§ Aminosides

Tobramycine, NéHlmicine, Amikacine,

Kanamycine, Gentamicine.

§ Chloramphénicol § Sulfamides

§ Tétracyclines

§ Fluoroquinolones

• De nombreuses souches présentent une résistance aux Carbapénèmes (Carbapénémases). Ces isolats sont appelés CRAB, et ne sont
sensibles qu'à la colisNne et à la Ngécycline.

Préven&on
L'isolement des paNents dans des unités ou chambres d'isolement mobiles est souvent appliqué lorsqu'un CRAB est isolé.

Semestre

S3

Année scolaire

2024-2025

[Link]

Agents de l’appareil respiratoire

Mycoplasma pneumoniae

Enseignant Intervenant
Professeur Mohamed KETTANI HALABI

Module

BACTERIOLOGIE

- Coccoïdes ou filamenteux,

- Résiste à la colora8on Gram,

- Classe des Mollicutes (de mollis cuOs : peau molle),

- Dépourvus de paroi (aspect polymorphe),

- Insensible aux ß-lactamines,

- Plus pe9ts procaryotes capables de

mul8plica8on autonome (0,3-0,85μm)

- Contaminants fréquents de cultures

cellulaires.

- Anaérobies faculta8fs

Manifestations cliniques

Colonisent les muqueuses respiratoires et les muqueuses génitales.

Infections respiratoires

= Mycoplasma pneumoniae

• Responsable de trachéobronchites

• 2ème cause de pneumonies

communautaires derrière
Streptococcus pneumoniae .

• Production d'une toxine

cytotoxique impliquée dans la

réponse inflammatoire de l'hôte.

• Risque d’Infection systémique

Infections génitales

•••

M. genitalium, M. hominis,

Agents d'urétrites non gonococciques (UNG) non chlamydiennes, aiguës et chroniques,

Arthrites réactionnelles,

Cervicites

Prématurité et avortement spontané.

Diagnostic bactériologique

Prélèvements

Prélèvements de gorge et aspirations • En cas de PCR, il n'est pas nécessaire

nasopharyngées chez le jeune enfant en

raison du caractère diffus de l'infection. (Écouvillonnage + mis en milieu de transport UTM®)

d'uHliser des milieux de transport.

Diagnostic bactériologique

Diagnostic direct - Culture

Ne sont pas colorables par le Gram.

Milieux complexes

«Colonies

d'oeufs frits»

typiques des

M. pneumoniae

(grossissement x400)

• La croissance est relativement difficile et lente pour M. pneumoniae (6 à 20 jours).

• Culture rarement réalisée pour M. pneumoniae en raison des délais nécessaires et de sa faible sensibilité.

Diagnostic bactériologique

Pour M. pneumoniae , les propriétés métaboliques et d'hémagglutination ne sont plus utilisées.

MilliPROBE. Real-Time Système de détection des mycoplasmes. (4H)

Diagnostic bactériologique

Sensibilité aux antibiotiques et traitement

• Résistance naturelle aux ß-lactamines et à tous les antibiotiques agissant sur la biosynthèse du peptidoglycane.

• Les ATB actifs, utilisables en thérapeutique humaine, sont les Macrolides – Lincosamides – Streptogramines – Kétolides (MLSK), les
tétracyclines et les fluoroquinolones.
 Semestre

S3

Année scolaire

2024-2025

[Link]

Agents de l’appareil respiratoire

Mycobacterium tuberculosis

(La tuberculose)

Professeur Mohamed KETTANI HALABI

Module
BACTERIOLOGIE

Enseignant Intervenant

O/ Actinomycétales F/ Mycobacteriaceae G/ Mycobacterium

> plus de 140 espèces

• Responsables de maladies chez l'homme et chez les animaux.

• Mycobactéries tuberculeuses (tuberculose)

• Mycobactéries non tuberculeuses,

• Agents de mycobactérioses

survenant sur des terrains fragilisés.

• Bacille Acido-Alcoolo-Résistant (BAAR) due aux lipides de leur paroi.

ABCDEFG

Membrane plasmique Peptidoglycane Arabinogalactane Lipoarabinomannane Protéines

Acide mycolique

Glycolipidie

• Bacille Acido-Alcoolo-Résistant (BAAR) due aux lipides de leur paroi.

• Bacilles minces, légèrement incurvées ou droites,

• Aérobies stricts ou Microaérophile

• Immobiles

• Non ramifiés et non sporulés

• Mul&plica&on lente (toutes 20H)

• Mutants naturellement résistants (D’ où associaCon de plusieurs anC bacillaires)

0,2 à 0,6 μm × 1 à 10 μm

Les contraintes techniques d'études des mycobactéries

Structure pariétale complexe Croissance lente :

2 à 6 semaines d'incubaCon sur des milieux complexes.

*les milieux liquides et la BM ont permis une diminuCon des délais d'obtenCon des souches et des anCbiogrammes.

M. leprae, est non culCvables in vitro.

Les mycobactéries de la tuberculose appartiennent à la classe 3 et doivent être manipulées dans une zone de confinement de type 3 (niveau de
sécurité biologique de niveau 3 [NSB3 / P3]).
 Habitat et Pouvoir pathogène

MTB décrite par Robert Koch en 1882 – Bacille de Koch (BK)

• La tuberculose (TB) est une maladie des voies respiratoires.

• Se transmet par l'inhalaSon de gouTeleTes en suspension dans l'air qui ont été rejetés, lors d'épisodes de toux, par des personnes infectées.

• MTB sont phagocytées par les macrophages alvéolaires et elles sont capables de se mulSplier à l’intérieur de ces cellules.

La tuberculose primaire

(primo-infecLon), localisée dans les segments supérieurs des lobes pulmonaires inférieurs.

> se guérit spontanément d'elle-même (4 à 6 semaines)

La disséminaLon par voie sanguine et lymphaLque, provoque le développement de lésions secondaires:

Pulmonaires

(nodules, tuberculomes et cavernes)

ou

Extra pulmonaires

(ganglionnaires, ostéoar6culaires, rénales, péricardiques, péritonites, méningites, organes hématopoïé6ques).

Diagnostic bactériologique

Prélèvements

• ExpectoraOon

• Tubage gastrique

• AspiraOon bronchique

Si le paPent ne crache pas:

Tubage gastrique le maOn à jeun avant le lever (donc en hospitalisaOon)

85 % ont une origine broncho-pulmonaire

Les autres prélèvements sont essenOellement:

• ECBU

• Hémocultures

• Produits de poncOon (LCR, liquides pleuraux, abcès, ganglions)

• Histologie : Biopsies lésion périphérique

En cas de tuberculose extra-pulmonaire:

• PoncOon ou biopsie-exérèse d’une adénopathie accessible

• PoncOon lombaire

• Prélèvements des urines 3 jours de suite urocultures

 Diagnostic bactériologique

Diagnostic direct

Produit pathologique

DécontaminaCon/FluidificaCon ConcentraCon

Eliminer la flore commensale des échanLllons qui envahirait les milieux de culture avant la détecLon des mycobactéries.

Culture :

Milieux solides :

− Loewenstein-Jensen, Coletsos Milieux liquides :

− MGIT® (BD), MB Bact® (bioMérieux)

Examen direct : 2 H ColoraCons :

− Ziehl-Neelsen

− Auramine Résultats :

− Présence ou absence de BAAR

Si +

Si +

Différenciation mycobactéries

tuberculeuses – non tuberculeuses

- Par sonde ARN16S Complex tuberculosis (2 H) - Par identification Ag MPT64 (30 min)

DétecSon directe par amplificaSon:

- Par amplificaCon génique PCR, PCR en

temps réel (2-6 H)

 Diagnos&c bactériologique

Diagnos&c direct

Étape 1 : Décontamina;on

AcLon décontaminante d'une soluLon de soude à l'acLon mucolyLque de la N-acétyl-L-cystéine en présence de citrate de sodium.

Étape2: Neutralisa;on

NeutralisaLon à l'aide d’un tampon phosphate (pH 6,8).

RéacLfs commercialisés afin de standardiser les procédures

MycoPrep® , BD, MycoProSafe® , J2L Elitech, NacPacRed® ; AlphaTec

Diagnostic bactériologique
Diagnostic direct - Examen microscopique

ColoraSon de Ziehl-Neelsen, auramine

(acide sulfurique à 25 % dans l'alcool à 90°),

3%

Diagnos&c bactériologique

Diagnos&c direct – Examen microscopique

Ziehl-Neelsen (X1000)

Frottis d'expectoration démontrant la présence d'espèces de Mycobacterium acido-résistantes (flèche)

Diagnos&c bactériologique
Diagnos&c direct – Examen microscopique

Colora3on à l’auramine-rhodamine X 1000

X 400

Présence de bacilles colorés en jaune-vert fluorescent

Diagnostic bactériologique

Diagnostic direct - Mise en culture

Sur milieu de Löwenstein-Jensen, les colonies de [Link] apparaissent après 2 à 3 semaines d'incubaOon.

Les colonies sont lisses et crèmes sur les cultures jeunes, puis aYeignent plus de 5 mm de diamètre et deviennent beiges, rugueuses, à bords
irréguliers en chou-fleur dites «eugoniques ».

Mycobacterium tuberculosis
Mycobacterium szulgai

Mycobacterium chelonae

Diagnostic bactériologique

Milieux liquides

milieu liquide Middlebrook 7H9 supplémenté + Indicateur de fluorescence + ATB

• Des milieux pour hémocultures disponibles pour les systèmes automaOsés de détecOon (BacT/Alert MB Blood® , VersaTREK Myco® )
conOennent de la saponine qui permet la lyse des cellules et du SPS comme anOcoagulant.

Diagnostic direct - Mise en culture 5 – 10J Méthode MGIT - Mycobacteria Growth Indicator Tube

Diagnos&c bactériologique

Diagnos&c direct
• PCR - GenXpert MTB/RIF (Résultat en 2H)

• TMA (Transcription Mediated Amplification)

• SDA (Strand Displacement Amplification)

Les régions de l'ADN ciblées par ces techniques sont :

• les gènes codant les ARN 16S (TMA)

• les séquences intergéniques 16-23S, ARNr 23S, recA , gyrB , hsp65 et rpoB .

Diagnos&c bactériologique

Diagnos&c indirect - L'intradermo-réac&on (IDR) à la tuberculine

Le diagnos9c de l’Infec3on Tuberculeuse Latente (ITL) – phase asymptomaCque - reposait sur l'étude de l'hypersensibilité cutanée à la
tuberculine après injec9on intradermique (IDR).
Test Mantoux

Sensibilité aux antibiotiques et traitement

Sensible

• Aminosides (Streptomycine, Amikacine)

• Rifamycines (Rifampicine)

• Fluoroquinolones

Ils sont naturellement sensibles à un certain nombre d'anObioOques dits an`tuberculeux :

• Isoniazide

• Pyrazinamide • Ethambutol

• Thioamides (éthionamide et pro`onamide)

Au Maroc = ATB associés à doses fixes

Sensibilité aux an&bio&ques et traitement

La vaccina9on des nourrissons contre TB est réalisée par le vaccin Bilié de CalmeJe et Guérin (BCG).

*Injections des la naissance (avant la fin du premier mois).

A retenir

AGENTS DE L’APPAREIL RESPIRATOIRE

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