COURS DE BIOLOGIE MÉDICALE | ECBU – Examen Cytobactériologique des Urines
EXAMEN CYTOBACTÉRIOLOGIQUE
DES URINES (ECBU)
Cours de Biologie Médicale — Bactériologie des infections urinaires
Diagnostic microbiologique • Interprétation • Antibiogramme
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📋 PLAN DU COURS
Ce cours couvre l'intégralité de l'ECBU, de l'indication clinique jusqu'à l'interprétation des
résultats :
Section Contenu
I Définition et intérêts de l'ECBU
II Indications cliniques
III Prélèvement des urines
IV Transport et conservation
V Examen macroscopique
VI Examen cytologique (microscopique)
VII Examen bactériologique (culture)
VIII Identification des germes
IX Antibiogramme
X Interprétation des résultats
XI Infections urinaires particulières
XII Compte-rendu et transmission
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I. DÉFINITION ET INTÉRÊTS DE L'ECBU
1.1 Définition
L'ECBU (Examen CytoBactériologique des Urines) est un examen de laboratoire fondamental
permettant :
▸ La détection et le dénombrement des leucocytes (cellules inflammatoires) dans les urines
▸ La détection et le dénombrement des bactéries (bactériurie)
▸ L'identification du (ou des) micro-organisme(s) responsable(s) d'une infection urinaire
▸ La réalisation d'un antibiogramme pour guider l'antibiothérapie
1.2 Intérêts
▸ Diagnostic positif d'une infection urinaire (IU)
▸ Différenciation entre colonisation (bactériurie asymptomatique) et infection vraie
▸ Identification du germe responsable et de sa sensibilité aux antibiotiques
▸ Suivi thérapeutique et contrôle de guérison
▸ Dépistage dans certaines situations à risque (grossesse, immunodépression, urologie)
II. INDICATIONS CLINIQUES
2.1 Indications principales
Situation clinique Présentation Urgence
Cystite aiguë Brûlures mictionnelles, pollakiurie, Non (femme jeune
urines troubles saine)
Pyélonéphrite aiguë Fièvre ≥ 38,5°C, frissons, douleur Oui
lombaire
Prostatite aiguë Fièvre, douleur périnéale, dysurie Oui
Cystite de l'homme Tout syndrome urinaire bas chez Oui
l'homme
IU de la femme enceinte Toute bactériurie (même Oui
asymptomatique)
IU du sujet âgé Tableau souvent atypique, confusion Oui
IU sur sonde urinaire Fièvre inexpliquée chez patient Oui
sondé
Bilan pré-opératoire Avant toute intervention endo- Selon calendrier
urologique urologique
2.2 Situations ne nécessitant PAS d'ECBU
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⚠️ Situations sans ECBU systématique
• Cystite aiguë simple chez la femme jeune non enceinte (traitement probabiliste direct)
• Dépistage systématique de bactériurie asymptomatique (sauf grossesse, avant geste
urologique)
• Contrôle post-traitement d'une cystite simple non compliquée (sauf récidive)
• Portage de sonde urinaire sans signe clinique d'infection
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III. PRÉLÈVEMENT DES URINES
3.1 Conditions générales de prélèvement
La qualité du prélèvement conditionne la fiabilité du résultat. Trois règles fondamentales :
✅ Règles d'OR du prélèvement
1. Recueillir les urines du MATIN (1ères urines ou après 4h sans uriner) — concentration
bactérienne maximale
2. AVANT toute antibiothérapie ou si déjà débutée : le mentionner impérativement sur le
bon de demande
3. Toilette génitale rigoureuse AVANT le prélèvement
3.2 Technique du recueil du milieu de jet (méthode standard)
C'est la méthode de référence chez l'adulte coopérant :
1. Lavage soigneux des mains avec savon
2. Toilette génitale avec eau + savon doux ou compresse stérile imbibée d'antiseptique
(femme : de l'avant vers l'arrière)
3. Rinçage abondant à l'eau stérile ou sérum physiologique (éliminer l'antiseptique)
4. Éliminer le 1er jet (20-30 mL) — élimine les contaminants urétraux
5. Recueillir le milieu de jet directement dans un flacon stérile à col large (20-30 mL minimum)
6. Fermer hermétiquement le flacon, étiqueter, acheminer au laboratoire dans l'heure
3.3 Modes de prélèvement selon le contexte
Mode de prélèvement Indication / Technique
Milieu de jet (standard) Adulte coopérant. Méthode décrite ci-dessus.
Sondage vésical aller- Patient non coopérant, rétention, femme obèse. Sonde à usage
retour unique, technique aseptique stricte.
Ponction sus-pubienne Gold standard microbiologique. Indiqué chez nourrisson < 2
(PSP) ans, doute diagnostique, germe anaérobie suspecté. Réalisée
par le médecin.
Via sonde à demeure Ponction aseptique sur la sonde (jamais au niveau du sac).
Changer la sonde si ancienne sonde.
Sac collecteur Nourrisson (valeur limitée — contamination fréquente). Un
résultat négatif a plus de valeur qu'un résultat positif.
Urines de 24h (uricultlure Bilan rénal, tuberculose urinaire (3 jours consécutifs).
quantitative)
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IV. TRANSPORT ET CONSERVATION
Condition Règle
Délai idéal d'acheminement < 1 heure après le prélèvement
Conservation à température Maximum 2 heures
ambiante
Conservation au réfrigérateur Jusqu'à 24 heures (si délai inévitable) — ne pas
(4°C) congeler
Flacon avec acide borique Permet une conservation jusqu'à 48h à température
(Boricol®) ambiante — de plus en plus utilisé
Tube VACUETTE® avec Équivalent à l'acide borique — transport facilité
conservateur
⚠️ Pourquoi respecter le délai ?
• À température ambiante, les bactéries se multiplient toutes les 20 minutes
• Un délai excessif → fausse élévation de la bactériurie → résultats non interprétables
• La leucocyturie se dégrade rapidement : les leucocytes lysent en milieu alcalin ou
hypoosmolaire
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V. EXAMEN MACROSCOPIQUE
5.1 Aspect des urines
Aspect Description Signification possible
Claires, limpides Normal Urines normales
Troubles (pyurie) Aspect laiteux ou purulent Leucocyturie importante, infection
Hématuriques Rose à rouge foncé Hématurie (infection, lithiase,
tumeur)
Brunâtres / thé froid Urines foncées Hématurie ancienne,
rhabdomyolyse, hépatite
Bulleuses Mousse persistante Protéinurie importante
Filaments, grumeaux Particules visibles Débris cellulaires, cylindres, infection
5.2 Bandelette urinaire (BU)
La BU est un test de dépistage rapide (< 2 min) réalisé avant l'ECBU ou à la place dans certains
contextes :
Paramètre BU Signification
Leucocytes (estérase Leucocyturie : argument pour l'infection
leucocytaire) ≥ +
Nitrites positifs Présence de bactéries réductrices de nitrates
(Enterobacteriaceae++)
Hématies (sang) ≥ + Hématurie microscopique ou macroscopique
Protéines ≥ ++ Protéinurie (infection, glomérulopathie, tubulopathie)
Glucose positif Glycosurie (diabète, seuil rénal abaissé)
pH Acide 5-6 normal ; alcalin : infection à uréase (Proteus,
Klebsiella)
Valeur prédictive de la BU :
▸ BU négative (leucocytes − ET nitrites −) : VPN > 95% → exclut une IU bactérienne courante
dans un contexte de faible probabilité
▸ BU positive : nécessite un ECBU pour confirmation et identification
▸ Limites : faux négatifs (bactéries sans nitritase : Staphylocoque, Streptocoque, Enterococcus
; diurèse importante), faux positifs
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VI. EXAMEN CYTOLOGIQUE (MICROSCOPIQUE)
6.1 Technique de cytologie quantitative
La méthode de référence est la cytologie urinaire quantitative par comptage en cellule de
Malassez ou par automate :
▸ Volume standardisé : 10 mL d'urines non centrifugées (méthode quantitative directe)
▸ Centrifugation optionnelle pour concentration (méthode semi-quantitative)
▸ Coloration de Gram sur culot possible pour orientation précoce
▸ Comptage en cellule de Malassez ou Fuchs-Rosenthal
6.2 Leucocyturie
📊 Seuil pathologique de la leucocyturie
• Seuil normal : < 10 leucocytes/mm³ (10 000/mL)
• Seuil pathologique : ≥ 10 leucocytes/mm³
• Leucocyturie ≥ 10⁴/mL = pyurie significative (argument fort pour infection ou
inflammation)
• Remarque : la leucocyturie SEULE ne signe pas l'infection (présente aussi dans les
néphropathies, les contaminations, les tuberculoses urinaires...)
Causes de leucocyturie sans bactériurie (ECBU aseptique) :
▸ Tuberculose urinaire (toujours y penser !)
▸ Urétrite, vaginite (contamination)
▸ Lithiase urinaire
▸ Néphropathies interstitielles
▸ Traitement antibiotique récent
▸ Tumeur urothéliale
6.3 Hématurie
▸ Seuil pathologique : ≥ 10 hématies/mm³
▸ Fréquente lors des infections (cystite hémorragique)
▸ Nécessite une investigation complémentaire si isolée ou persistante
6.4 Autres éléments cytologiques
▸ Cellules épithéliales en grande quantité : suspect de contamination
▸ Cylindres granuleux ou leucocytaires : atteinte tubulaire/interstitielle (pyélonéphrite)
▸ Levures (Candida) : infection fongique ou contamination
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VII. EXAMEN BACTÉRIOLOGIQUE — CULTURE
(UROCULTURE)
7.1 Ensemencement
L'ensemencement se fait sur différents milieux selon l'objectif :
Milieu de culture Intérêt
Gélose CLED (Cystine Milieu de référence : inhibe l'étalement de Proteus, permet
Lactose Electrolyte croissance de tous les germes urinaires courants
Deficient)
Gélose Columbia + 5% Isolement de Staphylococcus, Streptococcus, Enterococcus
sang
Gélose chromogène Identification présomptive rapide par couleur des colonies (E.
(ChromAgar Orientation) coli→rose, Klebsiella→bleu, Enterococcus→turquoise)
Milieu de Sabouraud Recherche de levures (Candida spp.)
Milieu de Löwenstein- Recherche de Mycobacterium tuberculosis (tuberculose
Jensen urinaire — incubation 8 semaines)
7.2 Bactériurie significative — Seuils
📊 Seuils de bactériurie significative (Recommandations HAS / SPILF 2024)
• E. coli et Staphylococcus saprophyticus : ≥ 10³ UFC/mL
• Autres entérobactéries (Klebsiella, Proteus, Enterobacter...) : ≥ 10³ UFC/mL
• Entérocoques, Pseudomonas aeruginosa : ≥ 10³ UFC/mL (homme) / ≥ 10⁴ UFC/mL
(femme)
• Levures (Candida spp.) : ≥ 10⁴ UFC/mL
• PSP (ponction sus-pubienne) : toute bactérie = significative, quel que soit le seuil
• ⚠️Ces seuils s'interprètent toujours en fonction du contexte clinique
7.3 Interprétation quantitative de la culture
Résultat de culture Bactériurie Signification
(UFC/mL)
Stérile 0 Pas d'infection bactérienne (vérifier
délai, antibiothérapie)
Faible croissance < 10³ Contamination probable (sauf PSP)
Bactériurie limite 10³ – 10⁴ Interpréter selon contexte +
leucocyturie
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Résultat de culture Bactériurie Signification
(UFC/mL)
Bactériurie significative ≥ 10³ – 10⁵ Infection (selon germe et contexte)
Forte bactériurie ≥ 10⁵ Infection confirmée dans la plupart
des cas
Plurimicrobisme (≥ 3 Variable Contamination (sauf sonde, PSP,
germes) patient complexe)
VIII. IDENTIFICATION DES GERMES
8.1 Germes les plus fréquemment rencontrés
Germe Fréquence / Terrain Caractéristiques
Escherichia coli 70–80% des IU BGN, Gram −, lactose +, oxydase
communautaires (femme) −, mobile
Klebsiella pneumoniae 5–10% BGN, Gram −, lactose +,
immobile, capsulé
Proteus mirabilis 5% BGN, mobile, uréase +, odeur
ammoniaquée
Enterococcus faecalis 5–10% (homme, âge CPC, Gram +, résistance
avancé) naturelle aux céphalosporines
Staphylococcus 5–15% (femme jeune) CGP, Gram +, résistance à la
saprophyticus novobiocine
Pseudomonas < 5% (IU nosocomiales, BGN, non fermentant, oxydase +,
aeruginosa sonde) résistances multiples
Candida albicans Variable (sonde, Levure, germination, résistance
immunodép.) azolée possible
Mycobacterium Rare (tuberculose urinaire) BAAR, croissance lente,
tuberculosis leucocyturie sans bactériurie
8.2 Méthodes d'identification
▸ Examen microscopique direct (Gram) : orientation morphologique rapide (BGN, CGP, CGN,
levures)
▸ Galeries biochimiques miniaturisées (API 20E, API 20 NE...) : profil métabolique
▸ Spectrométrie de masse MALDI-TOF : identification rapide, précise, en < 30 min — méthode
de référence actuelle
▸ PCR et biologie moléculaire : identification directe sur urine, recherche de gènes de
résistance
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IX. ANTIBIOGRAMME
9.1 Définitions
▸ CMI (Concentration Minimale Inhibitrice) : plus faible concentration d'antibiotique inhibant
toute croissance visible en 18-24h
▸ CMB (Concentration Minimale Bactéricide) : plus faible concentration réduisant ≥ 99,9%
l'inoculum bactérien initial
▸ Sensible (S) : probabilité élevée de succès thérapeutique avec la posologie standard
▸ Intermédiaire (I) : succès possible à posologie plus élevée ou si concentration urinaire
élevée (urinaire favorisé)
▸ Résistant (R) : probabilité élevée d'échec thérapeutique
9.2 Méthodes de réalisation
Méthode Description
Diffusion en milieu Méthode standard : disques antibiotiques sur gélose Mueller-
gélosé (disques) Hinton, lecture du diamètre d'inhibition
Dilution en bouillon / Détermination précise de la CMI — référence pour les cas
gélose complexes
E-test (gradient Bandelette avec gradient de concentration → lecture directe de
d'antibiotique) la CMI
Méthodes automatisées Miniaturisation, lecture automatique — usage courant en
(Vitek 2, Phoenix) laboratoire
9.3 Antibiotiques testés en routine pour les IU
Famille Antibiotiques testés
Fluoroquinolones Ciprofloxacine, Ofloxacine, Norfloxacine
Céphalosporines Céfixime (C3G orale), Céfotaxime, Ceftriaxone (C3G IV)
Aminopénicillines ± Amoxicilline, Amoxicilline-Acide clavulanique
inhibiteur
Triméthoprime- Cotrimoxazole (TMP-SMX)
sulfaméthoxazole
Nitrofurantoine Utilisée uniquement pour les cystites (concentration urinaire
seule)
Fosfomycine Cystite aiguë simple
Aminosides Gentamicine, Amikacine (pyélonéphrites, IU sévères)
Carbapénèmes Imipénème, Ertapénème (entérobactéries productrices de
BLSE/carbapénémase)
Glycopeptides Vancomycine (Enterococcus résistant)
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9.4 Résistances bactériennes à connaître
⚠️ Résistances bactériennes importantes en urologie
• BLSE (Bêta-Lactamase à Spectre Étendu) : E. coli, Klebsiella → résistance aux C3G,
traitement par carbapénèmes
• SARM (Staphylococcus aureus résistant à la méticilline) : résistance aux bêta-
lactamines → vancomycine
• EPC (Entérobactéries productrices de Carbapénémases) : résistance aux
carbapénèmes → situation critique
• Résistance naturelle d'Enterococcus aux céphalosporines et cotrimoxazole
• Pseudomonas aeruginosa : résistances multiples intrinsèques et acquises
X. INTERPRÉTATION DES RÉSULTATS
10.1 Algorithme d'interprétation
L'interprétation d'un ECBU suit une démarche structurée en trois étapes :
🔍 Étape 1 — Évaluation de la qualité du prélèvement
• Vérifier l'absence de plurimicrobisme (≥ 3 germes) → contamination probable
• Vérifier la présence de cellules épithéliales (> 10/mm³ → prélèvement souillé)
• Prendre en compte le délai de transport et les conditions de conservation
🔍 Étape 2 — Interprétation quantitative
• Combiner leucocyturie (≥ 10/mm³) ET bactériurie (≥ 10³ UFC/mL selon germe)
• Un seul critère peut être insuffisant (leucocyturie isolée, bactériurie sans leucocyturie)
• Interpréter TOUJOURS en fonction du contexte clinique, du terrain et des symptômes
🔍 Étape 3 — Identification + Antibiogramme
• Identifier le germe (espèce, profil de résistance)
• Vérifier la cohérence avec l'écologie locale et le profil épidémiologique du patient
• Rendre un antibiogramme adapté au type d'infection (cystite vs pyélonéphrite vs IU sur
sonde)
10.2 Situations particulières d'interprétation
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Situation Conduite à tenir
Leucocyturie ≥ 10⁴/mL + Penser à : ATB récente, TBC urinaire, contamination, germe
culture stérile fastidieux (anaérobie, Chlamydia). Répéter ECBU ±
sérologies
Bactériurie ≥ 10⁵ UFC/mL Colonisation urinaire asymptomatique probable (sauf PSP) —
sans leucocyturie ne pas traiter sauf grossesse ou avant geste urologique
Plurimicrobisme (3 germes Contamination probable → refaire le prélèvement avec
ou +) meilleure toilette
Candidurie Contamination vs colonisation vs infection vraie. Traiter si
PSP positive, immunodépression sévère, ou fièvre
inexpliquée
Patient sous antibiotique Résultats possiblement faussés — mentionner sur le bon,
refaire à distance si possible
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XI. INFECTIONS URINAIRES PARTICULIÈRES
11.1 IU de la femme enceinte
▸ Dépistage mensuel obligatoire par BU ou ECBU dès le 1er trimestre (recommandations
HAS)
▸ Toute bactériurie asymptomatique doit être traitée (risque d'accouchement prématuré,
pyélonéphrite)
▸ Éviter : fluoroquinolones (tolérance foetale), cotrimoxazole (T3), nitrofurantoine (T3)
▸ Molécules recommandées : amoxicilline, amoxicilline-clavulanate, fosfomycine,
céphalosporines
11.2 IU sur sonde urinaire
▸ La colonisation est quasi-universelle après 30 jours de sondage → ne pas traiter sans signe
clinique
▸ IU sur sonde = fièvre ≥ 38°C ou hypothermie < 36°C, sans autre foyer infectieux identifié
▸ Prélèvement : ponction aseptique sur le site de prélèvement de la sonde (jamais dans le
sac)
▸ Changer la sonde avant de débuter l'antibiothérapie si possible
▸ Résistances fréquentes (Pseudomonas, Klebsiella BLSE) → antibiogramme indispensable
11.3 Tuberculose urinaire
▸ Tableau classique : leucocyturie aseptique persistante (ECBU stérile répété)
▸ Hématurie fréquente, signes d'appel : pollakiurie, douleur lombaire, AEG
▸ Diagnostic : ECBU sur 3 jours consécutifs sur urines de 24h → culture sur Löwenstein-
Jensen (8 semaines)
▸ PCR sur urine pour diagnostic rapide
▸ Traitement spécifique (quadrithérapie antituberculeuse) nécessaire
11.4 IU chez l'homme
▸ Tout épisode d'IU chez l'homme est considéré comme compliqué (présence d'anomalie
urologique jusqu'à preuve du contraire)
▸ ECBU TOUJOURS indiqué avant traitement
▸ Rechercher une prostatite (toucher rectal, PSA), une obstacle urologique
▸ Durée de traitement prolongée (14 à 21 jours minimum selon le tableau)
XII. COMPTE-RENDU ET TRANSMISSION DES RÉSULTATS
12.1 Structure du compte-rendu
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Élément du CR Contenu
Identité patient Nom, prénom, date de naissance, IPP, unité/médecin
prescripteur
Date et heure du Indispensable pour apprécier la qualité du prélèvement
prélèvement
Aspect macroscopique Limpide, trouble, hématique...
Bandelette urinaire Leucocytes, nitrites, hématies, protéines, glucose
Leucocyturie Résultat quantitatif avec seuil de signification
(éléments/mm³)
Hématurie (éléments/mm³) Si présente
Résultat de la culture Stérile / Germe(s) identifié(s) avec nombre UFC/mL
Identification bactérienne Espèce, profil phénotypique (BLSE, SARM...)
Antibiogramme CMI ou diamètre d'inhibition, catégories S/I/R par antibiotique
Interprétation / Remarque sur la qualité du prélèvement, sur la résistance,
Commentaire sur la conduite à tenir
12.2 Délais de rendu
▸ Résultat de la bandelette + cytologie directe : < 2 heures
▸ Résultat préliminaire (Gram + culture à 24h) : 18 à 24 heures
▸ Résultat définitif avec antibiogramme : 48 à 72 heures
▸ Résultat mycobactéries (tuberculose) : 6 à 8 semaines (culture)
12.3 Résultats critiques (à signaler immédiatement)
🚨 Résultats critiques nécessitant un appel immédiat
• Bactériémie associée suspectée sur ECBU (hémocultures positives avec même germe)
• Germe multirésistant (EPC, SARM, BLSE) chez patient hospitalisé → signalement
EOH
• IU chez femme enceinte avec bactériurie significative
• Pyélonéphrite emphysémateuse ou obstructive (contexte clinique)
• Résultat très discordant avec le tableau clinique (ex : culture négative chez patient en
sepsis)
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🎯 RÉSUMÉ — POINTS CLÉS À RETENIR
Thème Point clé
Prélèvement Milieu de jet après toilette génitale, 1ères urines du matin,
AVANT ATB
Transport < 1h ou réfrigération 4°C (max 24h) ou flacon acide borique
(48h)
Leucocyturie pathologique ≥ 10 leucocytes/mm³ (= 10 000/mL)
Bactériurie significative ≥ 10³ UFC/mL (E. coli, entérobactéries) — selon contexte et
germe
Examen de référence Culture quantitative sur milieu CLED + antibiogramme
Identification rapide MALDI-TOF (< 30 min) — méthode actuelle de référence
ECBU aseptique + Penser TBC urinaire, ATB récente, germe fastidieux
leucocyturie
Plurimicrobisme Contamination probable → répéter le prélèvement
Femme enceinte Dépistage mensuel, traitement de toute bactériurie
asymptomatique
Homme Tout épisode = IU compliquée, ECBU toujours, durée
prolongée
CR urgent BLSE/EPC/SARM → signalement EOH. Résultat dans 48-
72h
📚 RÉFÉRENCES ET BIBLIOGRAPHIE
▸ SPILF / AFU — Recommandations de bonne pratique sur les infections urinaires
communautaires de l'adulte (2024)
▸ Haute Autorité de Santé (HAS) — Diagnostic et antibiothérapie des infections urinaires
bactériennes communautaires
▸ EUCAST — Tableaux de valeurs critiques cliniques pour l'antibiogramme (version annuelle)
▸ Société Française de Microbiologie (SFM) — Recommandations CASFM/EUCAST
▸ Murray PR, Rosenthal KS, Pfaller MA — Medical Microbiology, 9th edition
▸ Institut Pasteur — Manuels de bactériologie clinique
Document pédagogique — Cours de Biologie Médicale
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