Biochimie Générale

Partie 2: Stockage, flux génétique et structure des acides nucléiques

BSc – 2ème semestre

Février-Mars 2026

Prof. Alexis Jourdain

Département d’Immunobiologie
Université de Lausanne
[Link]@[Link] 1
Contenu de mon cours

1. Introduction + polymères biochimiques

2. Stockage, flux génétique et structure des acides nucléiques

3. Le génome
4. La chromatine

5. La réplication
6. La transcription

7. La maturation
8. Le code génétique et les ARNt

9. Les ribosomes et les étapes de la traduction

10. Efficacité, erreurs, et régulation de la traduction
2
Objectifs d’apprentissage

• Le dogme central de la biologie moléculaire (procaryotes et eucaryotes), y

compris la définition des différents facteurs.

• Savoir reconnaître les nucléotides et leurs composants (P, sucre, base),

différences ARN et ADN.

• Les types de liaisons (phosphodiesther, phosphoanhydride).

• La règle de Chargaff, l’appariement des bases et la structure de l’ADN.

• Fonction et structure de l’ARN.

3
L’information génétique est stockée sous forme d’ADN ou ARN (rappel)

• Information génétique = génome

• Le génome est fait d’ADN (DNA en anglais) ou d’ARN (RNA en anglais)

• Génomes à ADN
• Procaryotes (ex. E. coli). Généralement circulaire.
• Eucaryotes (ex. humains). Généralement linéaire (circulaire dans les
mitochondries).
• Virus à ADN. Circulaire ou linéaire.

• Génomes à ARN
• Uniquement des virus (ex. rétrovirus). Circulaire ou linéaire.

• En une (n = haploïde), deux (2n = diploïde) ou plusieurs copies (polyploïde).

4
Le dogme central de la biologie moléculaire

Identique pour chaque cellule de l’organisme.

Réplication ADN (génome)
Se passe avant la division cellulaire.

Transcription

ARN messager (ARNm)

Traduction

Différent pour chaque cellule.

Protéines Se passe continuellement.

Activité enzymatique

Métabolites
5
Le dogme central de la biologie moléculaire chez les procaryotes

Réplication ADN (génome)

Transcription

ARN messager (ARNm)

Traduction

Protéines

Activité enzymatique

Métabolites
6
Le dogme central de la biologie moléculaire chez les eucaryotes

Réplication ADN (génome)

Transcription

pre-ARNm Noyau
Maturation

ARN messager (ARNm)

Export

ARN messager (ARNm)

Traduction
Cytoplasme
Protéines à Seul l’ARN mature sort du noyau
Activité enzymatique
7
Métabolites
Le dogme central de la biologie moléculaire et son étude à l’UNIL

Réplication ADN (génome) La génomique étudie le génome

Transcription

ARN messager (ARNm) La transcriptomique étudie le transcriptome

Traduction

Protéines La protéomique étudie le protéome

Activité enzymatique

Métabolites La métabolomique étudie le métabolome

8
Quelques exceptions au dogme

Réplication ADN (génome)

Transcription reverse
Transcription
Par ex. chez les virus, ou télomérase

ARN messager (ARNm)

Traduction

ARN avec une activité enzymatique

Protéines (ribozymes)

Activité enzymatique

Métabolites
9
Les types d’ARNs, transcription et traduction (rappel)

• ARNm: ARN messager, porteur de l’information génétique. Transite du noyau

au cytoplasme.

• ARNt: ARN de transfère, aide à traduire l’information génétique en apportant

des acides aminés au ribosomes.

• ARNr: ARN ribosomal, aide à traduire l’information génétique en assemblant

des acides aminés en protéines lors de la traduction.

• Transcription: consiste à copier (photocopier) l’information génétique

continue dans l’ADN (recette de cuisine) dans le noyau (bibliothèque) en
ARNm (photocopie).

• Traduction: consiste synthétiser des protéines à partir de l’ARNm (à cuisiner

à partir de la photocopie de la recette) 10
Structure primaire des acides nucléiques

• Chaînes linéaires où alternent phosphates et sucres, ces derniers portant

une base.

Information
génétique

squelette

• La suite des bases code pour les protéines, avec seulement 4 bases
différentes par acide nucléique.

Ex (ADN): 5ʼ C - A - G - G - T - A - C - T - T ….. 3ʼ

ADN d’un chromosome humain: séquence linéaire jusqu’à 3x108 bases !

11
Structure primaire du gène BRCA1 (cancer du sein)
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Structure des riboses et désoxyriboses
Structure des groupements phosphates
Structure des purines
Structure des pyrimidines
Les acides nucléiques sont composés de nucléotides

Les nucléotides sont composés de 3 groupes chimiques:

• Un pentose Liaison
• = ribose Beta-N-glycosidique
• Monosaccharide à 5 carbones
• Différent entre ADN et ARN

• Un groupement phosphate
• 1 P, 4O
Liaison
• Une base phosphodiester
• ADN: A, T, C, G
• ARN: A, U, C, G

17
Ribonucléotides et désoxyribonucléotides

Différence dans le pentose: Le groupe –OH de l’ARN le rend plus sensibles à

des attaques hydrolytiques à l’ARN est moins stable

ARN :
acide ribonucléique

ADN :
acide désoxy-ribonucléique

18
Les acides nucléiques sont composés de nucléotides

Les nucléotides sont composés de 3 groupes chimiques:

• Un pentose
• = ribose
• Monosaccharide à 5 carbones
• Différent entre ADN et ARN

• Un groupement phosphate
• 1 P, 4O

• Une base
• ADN: A, T, C, G
• ARN: A, U, C, G

19
Les nucléotides existent sous forme mono-, di- et tri-phosphate

Liaison
a phosphodiester

Nucléotide
monophosphate

Les liaison
b a
phosphoanhydride Nucléotide
à haute énergie (a-b, b-g) diphosphate

g b a
Nucléotide
triphosphate

+ribose+base 20
Les acides nucléiques sont composés de nucléotides

Les nucléotides sont composés de 3 groupes chimiques:

• Un pentose
• = ribose
• Monosaccharide à 5 carbones
• Différent entre ADN et ARN

• Un groupement phosphate
• 1 P, 4O

• Une base
• ADN: A, T, C, G
• ARN: A, U, C, G

21
5 bases sont principalement utilisées pour les acides nucléiques

• Les purines (double anneau). N9 lié au ribose.

• Les pyrimidines (simple anneau). N1 lié au ribose.

ADN: A, G, T, C
ARN: A, G, U, C

22
Polymérisation de nucléotides en acides nucléiques

ADN, ARN
(100 à38 nucl.,
linéaire !)

Déshydratation = haut coût en énergie

26
Polymérisation des acides nucléiques

• Problème: les réactions de déshydratation de l’ADN/ARN sont énergétiquement

défavorables.
• Solution: utiliser l’énergie contenue dans les nucléotides triphosphates.

Consomme de
Libère de l’énergie l’énergie

PP dNMP dans
(pyrophosphate) l’ADN

Pi et Pi dNTP
(phosphore
inorganique)

2x 13kcal/mole
2 réactions couplées 27
Réaction d’estérification pour former une liaison phosphodiesther

• Liaison phosphodiesther: liaison covalente d’un phosphate à 2 pentoses via 2

liaisons esthers.

• Ne pas confondre avec la liaison peptidique (protéines)

28
Polarité des acides nucléiques: 5’ au 3’
ARN ADN
Croissance polaire
5’ 5’
Extrémité 5’
(phosphate 5’)

HO

3’ HO Extrémité 3’
3’ HO
(hydroxyle 3’)

Polymérisation à l’extrémité 3ʼ 29
Structure primaire du gène BRCA1 (cancer du sein)
5’gctgagacttcctggacgggggacaggctgtggggtttctcagataactgggcccctgcgctcaggaggccttcaccctctgctctgggtaaagttcattggaacagaaagaaatggatttatctgctcttcgcgttgaagaagtacaaaatgtcattaatgctatgcagaaaatcttagagtgt
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30
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Les nucléotides (résumé)

• Sont constitués d’un sucre à 5 carbones

• Sont liés en position 1’ (du sucre) à une base (purique ou pyrimidique)
• Sont liés en position 5’ (du sucre) à un ou plusieurs phosphates
• Sont riches en énergie utilisable (liaisons entre phosphates) lorsqu’ils sont
sous forme triphosphate (NTP, dNTP)

ADN ARN
Sucre désoxyribose ribose
pos. 2ʼ H (désoxy-) -OH (hydroxylée)

Nucléotides GCAT GCAU

Structure double brin simple brin

(comme on va le voir) 31
Vidéo: découverte de la structure de l’ADN

[Link] 32
Structure primaire et secondaire des acides nucléiques

Expérience de Chargaff (1950)

• Dans l’ADN, la quantité de A = T et C = G.
• Vrai à travers toutes les espèces, organes, environnements!
• Mais: A + T et C + G. peuvent varier selon les espèces.

Règle de Chargaff: A + G = T + C

Si on connait un brin, on peut en déduire l’autre.

33
Explication à la règle de Chargaff

• Les bases de l’ADN interagissent.

• A avec T (et donc A = T)
• C avec G (et donc C = G)
• Toujours une purine (deux anneaux) avec une pyrimidine (un anneau).
• Interaction à base de ponts hydrogènes: liaison non-covalente, faible
à Assez forte pour stabiliser la double hélice d’ADN, assez faible pour être réversible.

A T G C
34
2 ponts hydrogènes 3 ponts hydrogènes
Structure de l’ADN

• Déterminée par Watson, Crick, Wilkens et Franklin en 1953, par diffraction des
rayons X. Prix Nobel en 1962.

• L'ADN est constitué de deux chaînes de polynucléotides antiparallèles, enroulées

sous la forme d’une double spirale, complémentaire. Compact, énergétiquement
favorable; bases protégés mais encore accessible!

35
La publication originale de Watson & Crick, Nature 1953

36
Les deux brins servent pendant la réplication et la transcription

• Chaque brin d’ADN sert comme matrice lors de la réplication.

- plus rapide
- haute précision

• Le brin complémentaire sert comme matrice lors de la transcription

Brin codant (gène)

Brin complémentaire

37
Structure de la double hélice

Grand
sillon

Petit
sillon

appariements: seulement si brins antiparallèles

Brin 1: Sucre-phosphate Rose: bases Jaunes: donneur/accepteur potentiels

Brin 2: Sucre-phosphate Bleu clair: bases d’hydrogènes
38
La double hélice d’ADN en chiffre (type B)
= 2nm

10.5 paires de bases

(pb) / tour

Dextrogyre
(tourne vers la droite)

Hélice: forme constante

(largement indépendente
de la séquence!)

39
Trois types de double hélice d’ADN

Flèches: 5’ à 3’

ADN double brin, ADN-ARN (transcription), séquence alternée de Pyr et Pu

(forme prédominante) ARN-ARN dans l’ADN (îlots CpG, comme
(rare pour ADN-ADN) dans le "lac operator" )

tourne vers la droite, tourne vers la droite, tourne vers la gauche,

grands et petits sillons large mais courte la plus fine 40
Certaines protéines interagissent avec l’ADN

• Ouverture de la double hélice d’ADN par la protéine «TATA box-binding», et autres

facteurs de transcription.

41
La structure de l’ARN est beaucoup plus variée que l’ADN

• Le simple brin permet un «squelette flexible», pouvant donner de nombreuses

configurations.
Structures secondaires: Loop de
100-1000 nucléotides
Boucle de 4-8 nucléotides
Appariement de 5-10 10-1000 bases
bases complémentaires complémentaires

Boucles en épingle à cheveux Tige-boucles

Structures tertiaires:

Hélice de type A: Pseudo-noeud

àRepliement dépendant de la séquence de l’ARN, similaire aux protéines,

42
différent de l’ADN! à permet la reconnaissance sélective d’autre molécules
Fonctions de l’ARN

• Fonction 1: ARN messager (ARNm).

Permet de transférer l’information entre le noyau et les ribosomes pour la synthèse

des protéines (traduction).

• Fonction 2: ARN ribosomal (ARNr) ; ARN de transfer (ARNt) et autre

• «Squelette» - échafaudage pour les protéines

• Enzyme – ribozyme, ARNr

Partie le cours sur l’épissage et la traduction.

43
Les niveaux de structure de l’ADN et de l’ARN: résumé
primaire: séquence linéaire des bases (e.g. ACCGTGAA)

secondaire: interactions entre les différentes parties d’un seul brin ou

de deux brins (surtout via les bases)
e.g. ACCGTGAA
I I I II III
TGGCACTT

tertiaire: arrangement des atomes dans l’espace 3D (e.g. hélice)

quaternaire: arrangements des brins dans une structure plus complexe,

souvent avec des protéines (e.g. chromatine, spliceosome etc.)

44
Contenu de mon cours

1. Introduction + polymères biochimiques

2. Stockage, flux génétique et structure des acides nucléiques

3. Le génome
4. La chromatine

5. La réplication
6. La transcription

7. La maturation
8. Le code génétique et les ARNt

9. Les ribosomes et les étapes de la traduction

10. Efficacité, erreurs, et régulation de la traduction
45
Les brins d’ADN peuvent être coupés par les enzymes de restriction

• Enzymes de restriction: endodesoxyribonucléases

• Coupent l’ADN
• Protège les bactéries contre les virus
• Coupe certaines séquences palindromiques, généralement de 4-8 nucléotides,
peuvent être lues dans les deux directions par ex. «Engage le jeu que je le gagne»
Extrémités collantes,
‘Sticky ends’ ([Link]. EcoR1):

• Plus de 1000 enzymes connues

• Clivent la liaison phosphodiesther, libère un 5’P et un 3’OH

• Prix Nobel pour Werner Arber (Suisse) 1978

• Outil essentiel pour la biologie moléculaire «génie génétique»

46
Structure primaire du gène BRCA1 (cancer du sein)
5’gctgagacttcctggacgggggacaggctgtggggtttctcagataactgggcccctgcgctcaggaggccttcaccctctgctctgggtaaagttcattggaacagaaagaaatggatttatctgctcttcgcgttgaagaagtacaaaatgtcattaatgctatgcagaaaatcttagagtgt
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