Chapitre: Les protéines
1. Définition
Les protéines sont considérés comme biomolécules,
sont les plus abondantes des molécules organiques
des cellules et constituent souvent plus de 50% du
poids sec des êtres vivants. Elles jouent un rôle
fondamental dans la structure et les fonctions
cellulaires et c’est par elles que l’information
génétique s’exprime.
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Chapitre: Les protéines
2. Structure
Les protéines sont des polymères des acides aminés.
Les acides aminés ou aminoacides sont des molécules qui possèdent :
- une fonction acide carboxylique. COOH
- une fonction amine NH2. Ces 2 fonctions sont portées par un même
atome de carbone le carbone α. Ils différent par la nature de la chaine
latérale R (radical).
AMPHOTERES
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3. Origine des acides aminés
Double origine :
Exogène ou alimentaire: protéines animal et
végétale.
Endogène: synthétiser par l’organisme ou
par dégradation des protéines endogènes
4. Importance biologique
• Le rôle des acides aminés est multiple:
– Structurale :monomères des protéines
– Métabolique : précurseurs de molécules d’intérêt
biologique ou intermédiaires métabolique
– Rôle énergétique: substrats énergétiques.
5. Classification des acides aminés
• Il existe 20 acides aminés naturels entrant dans la composition des
protéines. On peut répartir les acides aminés selon la nature de leur
chaîne latérale (R ) en 3 classes:
• Il existe des codes à trois ou une lettre extrêmement utilisés pour les
séquences protéiques.
6. Propriétés spécifiques des acides aminés
1. Acides aminés apolaires à chaine aliphatique
3
à chaîne aromatique
2. Acides aminés polaires neutres
à fonction alcool
•Polaire neutre =
aime l’eau mais
n’est pas chargé ».
À fonction soufrée Grpt Phenol
Grpt Thiol
À fonction amide
3. Acides aminés polaires ionisables
À fonction acide
Ionisation à
pH7
Les acides aminés polaires
ionisables sont ceux dont la
chaîne latérale R est à la fois
polaire et chargée (ou
facilement chargeable) à pH
physiologique.
À fonction basique
Ionisation à
pH 7
7. Propriétés ioniques des acides aminés
• En solution aqueuse (=dans tout système biologique), les acides aminés
sont ionisés. L’état d’ionisation dépend du pH environnant.
2. LES PEPTIDE
1. Définition
Un peptide c’est le produit de la polymérisation des acides aminés par une
liaison peptidique. Les peptides diffèrent par le nombre, la nature et l'ordre des
acides aminés.
- peptide : enchaînement d'un nombre d'aminoacide inférieur à 50. Parmi
ceux-ci, on parle d'oligopeptide pour un nombre d'aminoacides inférieur à 10 et de
polypeptide pour un nombre supérieur à 10.
- protéine : enchaînement d'un nombre d'aminoacides au-delà de 50.
2. La liaison peptidique
La liaison peptidique est le ciment de base de toutes les structures
protéiques, est une liaison covalente qui se forme par condensation du
groupe α-carboxyle (acide) d’un acide aminé avec le groupe α-aminé d’un
autre acide aminé et élimination d’eau.
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Terminologie
• Les acides aminés liés sont des "résidus d'acides aminés"
• l'aa portant le groupement NH2 est dit "N-terminal"
• L'aa portant le groupement COOH est dit "C-terminal"
• Par convention d'écriture, on met le N-terminal à gauche et le C-terminal à droite
• Exemple d'un tétra-peptide:
NH2- Ala - Thr - Phe - Leu – COOH
alanyl-thréonyl-phénylalanyl-leucine
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Propriétés chimiques des peptides :
➢ La liaison peptidique peut être rompue par :
Hydrolyse chimique (Hcl).
Hydrolyse enzymatique (Protéases spécifiques).
➢ Même quand les acides aminés sont reliés en peptide, leurs chaînes
latérales R restent disponibles pour des réactions chimiques.
Donc un peptide ou une protéine peut subir toutes les réactions
typiques de ses radicaux :
oxydation des thiols de la cystéine → ponts disulfure
désamination, carboxylation, etc.
et surtout : estérification des fonctions alcool.
Niveau d’Organisation structurale des protéines
La structure des protéines: De l’aa à la macromolécule
Structure primaire: Elle est définie par la composition et
l'enchaînement des aminoacides dans une seule chaîne.
• La séquence des acides aminés (structure primaire) détermine la structure
tridimensionnelle.
•La séquence des acides aminés (structure primaire) est déterminée par les
gènes.
Structure secondaire:
1. Structure en Hélice α:
1. Structure répétitive et compacte
2. Stabilisée par les liaisons hydrogène de
l'atome d'oxygène (C=0 d'une
liaison peptidique i avec l'atome
d'hydrogène (N-H) de la liaison peptidique
(i+4).
3. Les radicaux des résidus sont à
l'extérieur de l'hélice, ce qui minimise
les encombrements stériques.
4. les plans des liaisons peptidiques sont
parallèles à l'axe de l'hélice et forment le
squelette de l'hélice.
2. Structure en Feuillet β
Les liaisons hydrogène des atomes d'oxygène (C=0) et d'hydrogène (N-H) d'une
liaison peptidique se répètent non plus sur une portion continue de la chaîne
peptidique mais entre des segments différents qui peuvent appartenir à la même
chaîne ou à des chaînes différentes. Cela implique que nous pourrons avoir une
structure en feuillet β plissé.
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3. Le coude
Certaines régions protéiques ne sont pas structurées dans des conformations
périodiques. Toutefois leurs structures sont semblables par le fait qu'elles
imposent un changement brusque de direction de 180°: on les appelle coude ou
tour β.
Cette structure peut être réalisée de différentes manières, toutefois on peut dire :
- c'est un court segment peptidique de 2 à 4 résidus
- une ou deux liaisons hydrogène se forment entre le premier et le dernier résidu
du coude
Structure tertiaire
L'arrangement spatial des structures secondaires locales aboutit à une
forme globale spécifique de la protéine maintenue par des interactions
qui peuvent être de nature différente :
• Liaison covalente : pont disulfure
• Attractions hydrophobes (force de Van der Waals entre groupes
apolaires subissant des forces de répulsion par l'eau, ce qui favorise
leur rapprochement)
• Interactions des chaînes latérales des résidus avec le solvant : dans
l'eau, les chaînes latérales polaires pourront être exposées au solvant,
alors que les chaînes latérales apolaires auront tendance à "s'enfouir"
dans des poches hydrophobes de la protéine.
Quand les deux –
SH sont oxydés,
on obtient –S–S–
(la cystine).
« Les interactions hydrophobes et hydrophiles sont faibles et réversibles, mais les ponts
disulfures sont des liens covalents forts entre deux cystéines qui consolident la forme
3D de la protéine. »
Caractéristiques de la structure tertiaire:
•Cette structure tertiaire est le paramètre fondamental dont dépend l'expression
de ses fonctions biologiques qu'elles soient structurales ou dynamiques
(protéines des membranes ou du cytosquelette ou etc, récepteurs, enzymes,..)
Ces interactions subissent l'influence du milieu dans lequel elles se trouvent
(solvant, température, pH, force ionique, agents détruisant ces interactions, etc ).
• La conformation native de la protéine est la structure tertiaire qui correspond à
celle qui exprime sa fonction biologique dans les conditions physiologiques.
•Un traitement détruisant cette structure qui a pour conséquence de supprimer
sa fonction est appelé dénaturation : elle aboutit à un état plus désorganisé de la
molécule.
Structure quaternaire
C’est l'organisation des peptidesqui définit la structure quaternaire d'une
protéine formée de multimères. Il faut savoir ce qui suit:
- l'association ou la dissociation des peptidespermettent à ces protéines
d'avoir des fonctions de signalisation ou de contrôle (l'enzyme protéine-kinase
dépendante de l'AMP cyclique)
- l'interaction entre les peptides(sous-unités) est un moyen très précis de
régulation : phénomène coopératif de fixation de ligands, enzymes allostériques,
récepteurs membranaires
- les isoformes des protéines : elles ont les mêmes fonctions, toutefois leur
structure est dépendante du tissu soit au niveau du nombre de peptidesdans
l'association soit une différence au niveau du peptide.
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Rôles et Etude des protéines
Rôles:
•Les protéines : premières actrices du monde vivant, Il n’existe pratiquement pas
de processus biologique non régi par une/des protéine(s).
• Les protéines assurent l'ensemble des fonctions suivantes du vivant:
1. Créer et maintenir une structure : membrane
2. Reconnaître et se défendre Les immunoglobulines
3. Transporter les molécules.
4. Transformer: Les enzymes catalysent l’essentiel des réactions chimiques
du vivant.
Étude des protéines:
Charge globale d’une protéine et point isoélectrique:
- Une protéine porte des charges positives et négatives au niveau des chaînes
latérales des résidus d’acides aminés. Ces charges dépendent du pH de la
solution et leur somme algébrique définit la charge globale de la protéine.
- Il existe toujours un pH pour lequel le nombre de charges positives portées par
une protéine est égale au nombre de charges négatives: la charge globale est
alors nulle. Ce pH s’appelle le point isoélectrique. C’est la base de la séparation
des protéines
Méthode chromatographiques:
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