CGH Array
Laura Catalina Parada Niño
Maestrante Genética Humana UR
01CGH array y SNP
02 Microarray
03
Estudios prenatales
04
CGH puede detectar
array Detección Prueba de primer en detección de simultáneamente
Historia cambios en número
de copias en todo el
nivel para pacientes
con discapacidad
CNV clínicamente
relevantes en el
deleciones y
duplicaciones de
genoma en una alta intelectual o feto. todo el genoma
resolución. múltiples anomalías identificadas por
congénitas. análisis
cromosómicos y
FISH, pero con una
resolución aún
mayor.
Tecnología CGH array
• CGH se desarrolló por 1ra vez al mezclar el genoma de un
paciente + genoma de referencia y mediante la hibridación de los
mismos a cromosomas en metafase en un portaobjetos de vidrio.
• Se reemplazó posteriormente por arreglos de fragmentos de
ADN como BAC o PAC (bacterial o cromosoma artificial P1) para
la hibridación de dianas inmovilizadas en portaobjetos de vidrio
conocida como CGH array.
• Los clones BAC 100–150 kb Señal de hibridación intensa
con una alta relación señal-ruido.
CGH array
• Cantidades iguales de ADN
genómicos de prueba y de
referencia se marcan
diferencialmente con
fluorocromos, seguidos de
la hibridación en una matriz
que contiene los ADN
target.
• La muestra de referencia
suele coincidir con el género
del paciente.
Evolución CMA
• BAC array 3–10 clones BAC /
PAC por locus de enfermedad o
región subtelomérica, y 3–5
clones por región
pericentromérica.
• Las ubicaciones de estos clones
de BAC / PAC se verificaron
mediante FISH antes de generar
el array.
• Cada clon de BAC en la versión 6
se reemplazó posteriormente por
28-30 oligos en el arreglo 44K
(V6) fabricado por Agilent.
Aunque la amplia cobertura del genoma en array permite análisis de mayor resolución, se ve
atenuada por el costo asociado con la producción de array y por las dificultades con la
interpretación clínica de variantes raras recientemente descubiertas.
Debido a la gran variedad de plataformas de array, la tasa
de detección de cambios en CNV entre estos pacientes
tiene un rendimiento diagnóstico promedio de 12.2% en
comparación con ~3% para el análisis de cromosomas con
banda G.
Se han observado incluso mayores tasas de detección
(17.1%) con arreglos de alta densidad entre neonatos con
defectos congénitos.
ACMG recomienda CGH array sea la prueba de diagnóstico
citogenético de primera línea para pacientes con retraso
del desarrollo o discapacidad intelectual inexplicables,
trastornos del espectro autista o anomalías congénitas
múltiples.
Los loci flanqueados por DP-LCR son regiones inestables ubicadas a lo largo
del genoma propensas a reordenamientos de ADN que causan deleciones y
duplicaciones recurrentes.
(LCR) repeticiones de baja copia Sustratos para la recombinación
homóloga no alélica (NAHR).
Array diseñado específicamente para revisar estas regiones.
Al hacer menos estrictos los criterios NAHR : De LCR> 10 kb con 95-97% de
identidad de secuencia de ADN a LCRs> 8 kb con 95% de identidad de
secuencia Permite determinar frecuencias relativas de trastornos
genómicos recurrentes conocidos y descubrir 190 regiones propensas a
NAHR y 4 en asociación con nuevos trastornos genómicos.
Para la mayoría de los 1.200 genes de enfermedad
recesiva humana conocidos, las CNV no se
informan con frecuencia, y la contribución de las
CNV a los trastornos relacionados no está bien
establecida.
Sin embargo, con la reciente aplicación de array
exónicas y NGS para la detección de CNV
pequeñas, se encontró que la etiología de muchos
casos involucraba a CNV.
Al concentrar las sondas de array en exones de
genes de enfermedades conocidas, se pueden
detectar pequeños reordenamientos genómicos no
detectados en array estándar.
• Las CNV causan trastornos autosómicos recesivos a través de diferentes
patrones.
• Con mayor frecuencia, una deleción en un alelo desenmascara una
mutación puntual deletérea en el alelo opuesto.
Aunque la CMA prenatal ofrece una resolución mucho
más alta que el análisis de cromosomas con banda G
estándar, la resolución es más baja que la de la CMA
utilizada para las muestras de sangre periférica postnatal
Se requieren muestras de los padres junto con la muestra
PRENATAL prenatal para su procesamiento para minimizar el tiempo
de respuesta.
CMA
Con el aumento frecuente en la cobertura y la continua
mejoría de los array, la tasa de detección de anomalías ha
aumentado sin un aumento en la detección de CNV
benignas o variantes de significancia incierta.
• CMA para aclarar hallazgos del cariotipo
prenatal, como la identificación del origen
de una deleción y/o duplicación del
material cromosómico involucrado en
reordenamientos y cromosomas
marcadores que no fueron identificables
por el análisis cromosómico.
• CMA ha identificado el desequilibrio de una
reorganización cromosómica
aparentemente equilibrada, lo que ayuda a
proporcionar un asesoramiento genético
más preciso.
Después de analizar 712 muestras clínicas por
CMA para confirmar los resultados de un
cffDNA screening.
VPP 0% para la detección del síndrome de
Cri-du Chat y el síndrome de Prader-Willi /
Angelman hasta el 14% para el síndrome de
deleción 1p36 y 21 % para el síndrome de
deleción 22q11.2.
La CMA es uno de los métodos adecuados
para confirmar la aneuploidía o un síndrome
de microdeleción.
Conclusiones
• Version 8 plus SNP en el formato 400 K y amplió el método para incluir> 4200 genes con
cobertura de exón, incluidos los genes de enfermedad autosómica recesiva.
• Continuar actualizando el diseño de array con cobertura exon por exón de genes en
enfermedades conocidas y recién descubiertas aumenta la tasa de diagnóstico de enfermedades
raras.
• La inclusión de sondas SNP en el array permite detectar UPD, consanguinidad.
• La aplicación clínica de CGH array extiende su utilidad clínica en fallecimientos fetales, abortos
espontáneos recurrentes y diagnóstico genético preimplantacional.
• La combinación de WES con CMA aumentará el rendimiento del diagnóstico, especialmente en las
enfermedades recesivas, así como la aceleración para el descubrimiento de nuevos genes, lo que
permitirá conocer mejor el mecanismo genético de las enfermedades.