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MÓDULO

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PROBIÓTICOS 2.0:
AVANCES Y NUEVAS TENDENCIAS
Rosa del Campo

INTRODUCCIÓN GENERAL enfermos. A pesar de los grandes avances

En el tracto intestinal reside el ecosiste- que se han producido en las dos últimas
ma microbiano más complejo que alberga décadas, aún faltan evidencias concretas
el cuerpo humano, pero también el más de como la microbiota determina nuestra
estudiado por la facilidad de obtener las salud y enfermedad.
muestras de heces. Los microorganismos Cada persona tiene una composición
que residen en este tracto se clasificaron particular de su microbiota, y por el mo-
como comensales, en referencia a su esca- mento no se han definido los criterios de
sa patogenicidad, pero recientemente se normalidad, lo que dificulta la implanta-
ha dimensionado su enorme potencial me- ción de un consenso universal. Los estu-
tabólico e impacto en la salud humana y en dios habitualmente hacen referencia a las
la homeostasis general, incluso en algunas diferencias significativas que existen entre
patologías extradigestivas. Las bacterias pacientes y de controles, pero todo apun-
son los microorganismos más abundan- ta a que lo verdaderamente trascendente
tes de esta microbiota, pero aún se conoce es la funcionalidad global del ecosistema.
poco la contribución de los hongos, y de Disbiosis es un concepto funcional, más
los virus, siendo el viroma ser el compo- que de composición, y aún queda mucho
nente más abundante, especialmente los camino hasta que podamos establecer
bacteriófagos. criterios para diagnosticarlo correcta-
El avance tecnológico de la secuencia mente.
masiva nos ha permitido dimensionar la La dieta es el factor que más determina
verdadera complejidad de la microbiota. la composición de la microbiota intestinal,
Con esta herramienta somos capaces de aunque existen muchos más. Actualmente
identificar microrganismos sin necesidad no existen estrategias farmacológicas para
de cultivarlos y el 90% de los microrganis- modular su composición y/o funcionalidad.
mos que albergamos son incultivables. Se En ningún caso se van a utilizar antibió-
han realizado numerosos estudios para ticos, el incremento de las resistencias a
descifrar la influencia de este ecosistema antibióticos es una importante limitación, y
en la salud humana. La estrategia que se a pesar de que existen muchas esperanzas
sigue es comparar estadísticamente la en los prebióticos, probióticos y postbióti-
composición de sujetos sanos con la de los cos, no se han realizado ensayos clínicos
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rigurosos en los que se haya demostrado probiótico en el torrente sanguíneo se va

su utilidad en patologías concretas. a desencadenar una sepsis.
La transferencia de una microbiota sana Aún no se sabe a ciencia cierta cuál
se ha implantado en los hospitales desde es el mecanismo concreto por el que los
2015, pero únicamente está indicada en la probióticos favorecen nuestra salud. Uno
recidiva de la infección por Clostridioides de los mecanismos más interesantes es la
difficile. Su utilidad para otras patologías producción de sustancias que interaccio-
se está analizando en ensayos clínicos. Hay nen con los receptores de opioides y can-
muchas patologías en las que esta técnica nabinoides, ya que el microbioma intestinal
podría tener utilidad, actualmente en fase influye en la hipersensibilidad visceral y el
de investigación, pero también debemos dolor, existiendo unas neuronas específi-
de ser conscientes de las consecuencias a cas para ello (Zhang et al., 2022). Otro me-
largo plazo que puede conllevar. En este canismo propuesto es la modulación del
módulo repasaremos estos conceptos con sistema inmunitario, ya que varios estudios
las últimas actualizaciones. han demostrado que los probióticos o sus
productos suprimen las citocinas inflama-
torias y estimulan las citocinas protectoras
AVANCES EN LA INVESTIGACIÓN (Mazziotta et al., 2023). Por último, los pro-
EN PROBIÓTICOS Y SU bióticos pueden promover la integridad del
APLICACIÓN CLÍNICA epitelio intestinal, protegiendo las uniones
El interés por modificar el ecosistema estrechas del epitelio intestinal y la función
intestinal microbiano mediante el consu- de barrera, compitiendo por el nicho frente
mo de ciertos alimentos, especialmente los a la invasión de patógenos (Zheng et al.,
fermentados, para mejorar la salud general 2023).
se remonta a principios del siglo XX, cuan- A medida que avanza el conocimien-
do Élie Metchnikoff describió la existencia to de la microbiota intestinal y la salud, el
de Lactobacillus delbrueckii subsp. bulga- potencial de los probióticos, junto a otros
ricus y Streptococcus thermophilus en el suplementos nutricionales, resulta muy
yogur, e hipotetizó que sus compatriotas atractivo, pero contradictoriamente no hay
búlgaros eran más longevos que el resto de evidencias científicas sólidas que respalden
los europeos por el alto consumo de este su uso. La mayoría de los datos que se dis-
alimento (Ozen and Dinleyici 2015). ponen son empíricos, y muy dependientes
En ese momento nació el concepto de de cada individuo, cada probiótico y cada
bacterias “buenas” las que nos aportaban patología. Todo ello provoca confusión, tan-
beneficios a nuestra salud, en contra de to entre el personal sanitario, como entre
las bacterias “malas” que son las que nos los consumidores. A continuación, se van a
causan enfermedades infecciosas. A estas repasar las últimas evidencias para algunas
bacterias buenas se les comenzó a llamar patologías concretas.
probióticos en alusión a que estaban vivas Una de las indicaciones con mayor evi-
y conferían efectos beneficiosos. Es impor- dencia del beneficio del uso de probióti-
tante decir que no se deben poner etique- cos es la pouchitis. Esta entidad es una
tas de buenas o malas a las bacterias, que complicación quirúrgica por inflamación
en la mayoría de los casos las infecciones aguda o crónica de la bolsa ileal que se
dependen del estado inmunológico del origina en cirugía intestinal. Los síntomas
sujeto, evidentemente si ponemos un de la pouchitis incluyen dolor abdominal,
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fiebre, hematoquecia, urgencia y aumen- células de íleon y produce una sustancia

to de la frecuencia de las deposiciones. El antimicrobiana de tipo bacteriocina para
uso de probióticos, en particular Vivomix® competir con otros microorganismos. Sin
(probiótico multicepa con 8 especies di- embargo, no se recomienda el consumo de
ferentes) ha demostrado ser muy ef icaz esta bacteria de forma preventiva, ya que
en ensayos aleatorizados controlados con no existen pruebas contundentes.
placebo, tanto en profilaxis primaria como La forma más común de diarrea infec-
secundaria (Kühbacher et al., 2006). Este ciosa relacionada con antibióticos está
probiótico parece actuar disminuyendo causada por Clostridioides difficile, un pa-
el factor de necrosis tumoral (TNF)-alfa, el tógeno de carácter nosocomial con alta
interferón-gamma y las metaloproteinasas capacidad de recurrencia. En una revisión
de matriz 2 y 9. sistemática sobre el uso de probióticos
La eficacia de los probióticos en el tra- para prevenir la infección por C. difficile en
tamiento de la diarrea infecciosa aguda pacientes hospitalizados se observó que los
en adultos y niños ha sido recientemente probióticos reducían el riesgo en más de
cuestionada. La Asociación de Gastroen- un 50% cuando se tomaban en los dos días
terología Americana (AGA) desaconseja el siguientes a la primera dosis de antibióti-
uso de probióticos en niños con gastroen- co, sin un aumento evidente de los efectos
teritis infecciosa aguda, basándose en que adversos, especialmente Lacticaseibacillus
la mayoría de los estudios se realizaron fue- casei (Ma et al., 2020), sin embargo, no sue-
ra de Estados Unidos y, por lo tanto, las dife- le ser habitual el uso de probióticos para
rencias en la genética del huésped, la dieta, prevenir esta entidad, y no hay ninguna
el saneamiento y los enteropatógenos en- evidencia de su efectividad para la enfer-
démicos impiden la generalización de los medad activa. Más adelante discutiremos
resultados a Estados Unidos. Un metaaná- de nuevo esta entidad bajo la perspectiva
lisis demostró que los probióticos reduje- de modificación de la microbiota mediante
ron significativamente la diarrea asociada a transferencia a partir de un donante sano,
antibióticos en un 52% (IC del 95%: 35-65%), ya que es la única entidad en la que está
redujeron el riesgo de diarrea del viajero indicada esta técnica.
en un 8% (-6 a 21%), y el de diarrea aguda Otra indicación de los probióticos aso-
de diversas causas en un 34% (8-53%). Los ciada a los antibióticos es la de los pa-
probióticos redujeron el riesgo asociado cientes sometidos a terapia para erradi-
de diarrea aguda entre los niños en un car Helicobacter pylori. En un consenso
57% (35-71%), y en un 26% (7-49%) entre los internacional actualizado y basado en la
adultos. El efecto protector no varió signi- evidencia, los expertos concluyeron que los
ficativamente entre las cepas probióticas probióticos son útiles como terapia adyu-
Saccharomyces boulardii, Lacticaseibaci- vante para prevenir o reducir la duración
llus rhamnosus GG, Lactobacillus acidoph- o intensidad de los efectos adversos del
ilus, L. delbrueckii subsp. bulgaricus y otras tratamiento de erradicación de H. pylori
cepas utilizadas solas o en combinaciones y mejorar el cumplimiento terapéutico,
de dos o más cepas (Sazawal et al., 2006). pero no contribuyen a la erradicación del
En la prevención de la diarrea del viajero, patógeno (Bai et al., 2023). De nuevo, uno
se ha demostrado que la cepa con mayor de los mayores problemas es que no se ha
eficacia es Lactobacillus GG, resistente al definido bien las dosis y las cepas concretas
ácido y a la bilis, el cual se adhiere a las que son eficaces, pero quizás esto se deba
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a que no existen probióticos universales, evidencias sólidas de su utilidad. La enfer-

sino que deben personalizarse para cada medad de Crohn tiene un componente
individuo. más inmunológico, pero la colitis ulcerosa
La patología digestiva más común es está más condicionada por la microbio-
el síndrome del intestino irritable, en el ta, y es dónde mayor éxito han tenido los
que coexisten períodos de estreñimien- probióticos, aunque una reciente revisión
to con otros de diarrea. Sin duda, esta es sistemática de la Cochrane concluyó que
la patología que más necesita identificar no existe ninguna evidencia de su utilidad
probióticos eficaces, pero por el momento en los periodos de remisión (Iheozor-Ejiofor
no se han logrado avances. Los ensayos en et al., 2020). Escherichia coli Nissle 1917 es la
los que se ha intervenido con probióticos cepa que mayor éxito ha tenido en colitis
relatan una alta variabilidad individual, que ulcerosa, y se cree que en parte es debido a
posiblemente esté relacionada con la gran su capacidad de producir microcinas y co-
diversidad de microbiota en cada uno de libactinas (Lynch et al., 2022). Esta cepa es
los sujetos (Li et al., 2020). Quizás sea nece- muy particular, fue aislada de las heces de
sario conocer la microbiota de los sujetos y un soldado de la primera guerra mundial,
diseñar probióticos a medida, en cualquier por ello lo de 1917, por el Dr. Nissle, y es la
caso la universalidad de los probióticos vie- única cepa del género Escherichia que se
ne dada por la propiedad de las diferentes considera probiótico. Su comercialización
cepas de ser escaladas a fermentadores es amplia en Alemania, bajo el nombre de
industriales. Mutaflor®, pero en España no tiene permiso
En algunas patologías hepáticas, el hí- de comercialización (Sonnenborn, 2016).
gado pierde la capacidad de metabolizar Históricamente, una de las indicaciones
el amoníaco, y su aumento en suero pro- más aceptada de los probióticos es la pre-
voca una encefalopatía reversible conoci- vención de la enterocolitis necrotizante
da como encefalopatía hepática. El trata- en lactantes prematuros (<37 semanas
miento consiste en aumentar la excreción de edad gestacional) de bajo peso al na-
o disminuir la producción de amoníaco, y cer en situación de riesgo. Esta patología
para ello se administra lactulosa como pre- ocurre tras una necrosis intestinal, puede
biótico que tiene un potente efecto laxante, provocar síndrome de intestino corto y al-
y rifaximina para reducir la población de teraciones en el desarrollo neurológico. Las
bacterias productoras de ureasa. En esta combinaciones probióticas recomendadas
entidad también se ha demostrado la uti- incluyen especies de Lactobacillus y Bifi-
lidad de la transferencia de microbiota de dobacterium, pero de nuevo las revisiones
donante sano (Madsen et al., 2021). Respec- sistemáticas siembran dudas acerca de su
to del uso de probióticos en esta entidad, utilidad (Ratn et al., 2023).
no se ha identificado ningún beneficio so- En general, los avances recientes en te-
bre la mortalidad que respalde su uso de rapia con probióticos son muy limitados, e
probióticos (Liu et al., 2021) incluso muchos de los profesionales sanita-
Las alteraciones de la microbiota in- rios no confían en ellos. Todo ello se debe a
testinal contribuyen a la patogénesis de una falta de evidencia científica sólida que
la enfermedad inflamatoria intestinal; la demuestre para cada cepa/patología cuál
enfermedad de Crohn y la colitis ulcero- es la mejor posología. Independientemen-
sa. En general, el uso de probióticos en te, debemos tener en cuenta que es posi-
estas patologías es muy errático y faltan ble que cada sujeto necesite un probiótico
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personalizado y acorde con la composición ecosistema humano, y es por ello por lo

de su microbiota. Las interacciones entre que la industria reclama que es necesario
las bacterias son muy cepa dependiente, y la ingesta continuada para mantener el
quizás se necesite recurrir a ensayos in vitro efecto beneficioso. Las últimas tendencias
previos para seleccionar aquellos probió- persiguen identificar cepas con potencial
ticos que sean más eficaces. Otro aspecto probiótico aisladas de intestinos humanos,
relevante y que nunca debemos de obviar, ya que estos tienen una mayor oportuni-
es la posibilidad de que los probióticos dad de colonizar el nicho, específicamente
produzcan también efectos secundarios Akkermansia muciniphila y Faecalibac-
no deseados. La palabra “probiótico” lle- terium prausnitzii. Ambas bacterias son
va implícito un mensaje de “seguro”, pero anaerobias estrictas, lo que limita mucho
es necesario conocer que los probióticos su procesado industrial, y por ello se es-
también pueden translocarse, causando tán comercializando como postbióticos
bacteriemia u fungemia, así como la con- (Cheng et al., 2022).
taminación del producto, y por ello se reco- Otro de los aspectos que se contempla
mienda precaución cuando se utilizan en en la terapia con probióticos es la aplica-
pacientes inmunocomprometidos, o recién ción de la biología sintética para mejorar
operados del tracto intestinal. Además, los las propiedades de los microorganismos
probióticos comerciales pueden estar con- (Mugwanda et al., 2023). La biología sinté-
taminados con alérgenos, como la proteína tica ha crecido exponencialmente en los
de la leche de vaca, o incluso con gluten. últimos años, con una gran variedad de
Otra cuestión que está en el aire es la aplicaciones biológicas. Las bacterias lác-
viabilidad de los probióticos comerciales. ticas pueden modificarse genéticamente
En la mayor parte de los casos, los probió- para optimizar sus aplicaciones terapéu-
ticos se acogen a la regulación de suple- ticas e industriales, como la utilización de
mentos alimenticios, y es por ello por lo la tecnología (CRISPR)/Cas9 para eliminar
que no necesitan demostrar su eficacia, contenido genético no deseado, la recom-
sino solamente su seguridad. En muchos binación homóloga y los sistemas de ex-
de los casos, las bacterias no sobreviven al presión de proteínas heterólogas utilizados
proceso de fabricación y/o almacenamien- en la ingeniería de probióticos.
to, sin embargo, hoy sabemos que siguen El uso de probióticos en animales es un
estando activos los componentes y/o me- campo de elevado interés para la produc-
tabolitos bacterianos a pesar de que las ción animal. Durante muchos años se uti-
bacterias no estén viables. Este es el con- lizaron antibióticos a bajas dosis como pro-
cepto de postbiótico, bacterias inactivadas motores de crecimiento, ya que se lograba
que aportan un beneficioso a la salud. La alcanzar mayor peso del animal en menos
encapsulación de probióticos mejora con- tiempo, y erradicando las complicaciones
siderablemente su disponibilidad y en la infecciosas, principalmente las diarreas,
actualidad se han desarrollado sistemas que son la mayor causa de pérdidas de
para mejorar la tasa de supervivencia de animales. Desde el año 2006, en la Unión
los probióticos que llegan al colon (Ghosh Europea está prohibido el uso de antibió-
et al., 2018). ticos como promotores de crecimiento en
Muchos de los probióticos comerciales animales de granja, y los probióticos son
son cepas de origen alimentario, que ha- una estrategia ecológica que puede lograr
bitualmente no están representadas en el los mismos resultados positivos de los an-
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tibióticos (Saha et al., 2023). Algunos de los fecha el 99% de los microorganismos no
efectos beneficiosos que se han observa- ha sido nunca cultivado. Utilizamos la ge-
do tras suplementar la alimentación de los nómica para conocer el potencial meta-
animales con probióticos son la mejora del bólico del ecosistema, pero las técnicas de
peso de la canal, el color, la terneza, el sa- transcriptómica/proteómica
bor, la estructura de la fibra muscular, la /metabolómica son claves para conocer
capacidad de retención de agua y el per- “otra” realidad. Disponer de comunidades
fil saludable de ácidos grasos de la carne. microbianas sintéticas permite entender
Sin embargo, los resultados de los artícu- tanto el metabolismo particular de cada
los donde se ha explorado este aspecto no microorganismo como el ecosistema glo-
siempre son coherentes, y los mecanismos bal. Esta aproximación también es útil para
que subyacen a la mejora de la calidad de dimensionar el verdadero impacto de la
la carne no están adecuadamente def i- microbiota en la salud y le enfermedad, ya
nidos. Esta variabilidad de los resultados que la individualidad de cada sujeto nos
podría deberse al uso de diferentes cepas impide llegar a conclusiones generales
probióticas, dosis, número de días de ex- universales.
perimento, nutrición, raza, edad y estado El concepto de microbiota sintética (Sy-
de salud de los animales. Por lo tanto, las nCom) se refiere a una comunidad creada
investigaciones futuras deberían hacer en el laboratorio y estructuralmente defini-
hincapié en las cepas específicas, la dosis da/controlada, formada por relativamente
óptima y los días de administración, la vía pocos microorganismos que han sido culti-
y los mecanismos de acogida de las cepas vados y que actúa como representante de
probióticas específicas. Desde la Organi- las funciones y la estructura originales del
zación Mundial de la Salud se ha lanzado microbioma. El enfoque SynCom tiene la
el mensaje de que es necesaria una única gran ventaja de que podemos manipular
salud para todos, OneHealth. Esto implica esta comunidad simplemente añadien-
repartir los esfuerzos en mejorar las condi- do, eliminando o sustituyendo una o unas
ciones de los animales, el medio ambiente pocas cepas para conseguir las funciones
y los humanos por igual. Nunca estaremos deseadas, incluidas las propiedades probió-
del todo sanos, si los animales de los que ticas. Además, estas manipulaciones pue-
nos alimentamos no están también sanos den ser en los genomas de las cepas; por
(Papadopoulou et al., 2023). ejemplo, determinadas funciones pueden
eliminarse o mejorarse mediante el silen-
ciamiento de genes o el aumento de la ex-
MICROBIOTAS SINTÉTICAS presión, respectivamente. Dado que los mi-
Gracias a los recientes desarrollos tecno- crobios miembros de SynCom se pueden
lógicos de las técnicas de secuenciación de cultivar, las cepas miembros son idóneas
alto rendimiento, se han logrado avances para diseccionar la complejidad estructural
significativos para descifrar la estructura y las funciones asociadas a la microbiota
y función del microbioma intestinal. Hoy mediante enfoques reduccionistas.
en día conocemos que los principales filos La generación de microbiomas mínimos
bacterianos Bacillota (Firmicutes), Bacte- y su aplicación en modelos gnotobióticos
roidetes (Bacteroidota), Pseudomonadota permite investigar los mecanismos de las
(Proteobacteria), Actinobacteria (Actinomy- interacciones huésped-microorganismo
cetota), y Verrucomicrobia, pero hasta la en condiciones controladas. Sin embar-
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go, el desarrollo de nuevas comunidades finidos, lo que también se conoce como

mínimas sintéticas, así como el perfec- unidades funcionales, que nos permitiera
cionamiento de las ya existentes según modular la microbiota del receptor en el
los últimos descubrimientos científ icos, sentido deseado. Es cierto que aún nece-
es esencial para desentrañar los meca- sitamos más estudios sobre la selección
nismos subyacentes de las interacciones adecuada de los donantes de heces, la se-
huésped-microbiota y su papel en la salud lección de pacientes muy receptivos y el
y la enfermedad. El objetivo de la utilización procesamiento de las heces en condiciones
de microbiomas mínimos es reducir esta anaeróbicas.
complejidad a un nivel manejable, per- Petrof et al. 2013, recuperaron en com-
mitiendo abordar cuestiones funcionales pleta anaerobiosis 33 aislados bacterianos
bien definidas y demostrar la causalidad para crear la microbiota seintética Re-POO-
de los fenotipos asociados a la microbiota. Pulate, que se depositó en el colon de dos
Por lo tanto, el campo está fluyendo para pacientes con infección por C. difficile du-
diseñar microbiomas mínimos represen- rante una colonoscopia, obteniendo una
tativos que puedan recapitular funcio- remisión de los síntomas. El mismo grupo
nes de los complejos. Los estudios han ensambló un SynCom de 58 cepas, DEC58,
demostrado que la microbiota intestinal y halló efectos similares a los de RePOO-
alberga importantes taxones clave, que Pulate en la disminución de los síntomas
desempeñan un papel fundamental en de la infección de C. difficile (Carlucci et al.
la dinámica del ecosistema al dominar las 2019). Sin embargo, estas microbiotas no
redes de interacción intermicrobiana. Exis- se utilizan de forma habitual en la clínica,
te una necesidad imperiosa de combinar sonde solo está permitida la administra-
los enfoques sistemático y reduccionista ción de la microbiota de heces sin previa
para diseccionar las funciones individuales manipulación. Se ha comercializado en Es-
del huésped y la microbiota asociada a las tados Unidos un preparado para enema
distintas patologías. Por ejemplo, las líneas rectal basado en microbiota de donantes
celulares intestinales y las células madre, sanos (REBYOTA®) y también VOWST® (SE-
los organoides intestinales (monocultivos, RES Therapeutics) con esporas de 5 géne-
transwell, gut on a chip), los cultivos intesti- ros del filo Bacillota, que está indicado en
nales ex vivo, el perfeccionamiento basado la prevención de la infección, pero no es
en inteligencia artificial de los datos estruc- válido para el tratamiento.
turales y funcionales del microbioma, los Aunque existen muchas variedades, las
enfoques multiómicos y los modelos con microbiotas sintéticas que más se han uti-
microbiota sintética podrían combinarse lizado pueden ser de origen murino (ASF,
(van Leeuwen et al., 2023). OMM, GM15), o de origen humano (SIHUMI,
Otro aspecto en el que se trabaja con SIM, MET-1 o B4PC2) (Bolsega et al., 2021).
estas comunidades es para optimizar el Todas ellas necesitan primero de crecer los
trasplante de microbiota fecal. En nume- microorganismos, estabilizarlos y co-culti-
rosas ocasiones se ha llamado la atención varlos de forma que todos ellos están re-
sobre los peligros de transferir una micro- presentados.
biota completa, ya que en muchos casos Los roedores, y en concreto los ratones li-
no conocemos totalmente su composición. bres de gérmenes, se utilizan a menudo en
Así, la propuesta sería transferir pequeñas estudios en los que se emplean SynComs
comunidades de microrganismos bien de- para pruebas preclínicas y para estudiar las
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interacciones microbioma-huésped in vivo. cionalidad concreta, pero debemos tener

Las similitudes entre el ratón y el hombre en cuenta la espacialidad, los metabolitos
en cuanto a anatomía, histología y fisiolo- que origina una bacteria pueden ser de-
gía intestinal lo convierten en el modelo gradados por la bacteria de al lado, con lo
animal preferido (Hugenholtz y de Vos, que el metaboloma del ecosistema no se
2018). Los modelos animales gnotobióticos, puede inferir de los datos particulares.
nacidos libres de gérmenes han proporcio- Los nuevos avances en computación
nado conocimientos fundamentales sobre también permiten diseñar comunidades
las interacciones huésped-microbioma. Sin mediante modelos matemáticos en los
embargo, los animales libres de gérmenes que se pone a prueba los parámetros de
tienen varias limitaciones: su sistema inmu- crecimiento y coeficientes de interacción
nitario está comprometido; generalmente de las especies, además de el comporta-
no es posible la inoculación de especies miento metabólico de las comunidades.
únicas, y con los microbiomas reducidos
no se producen funciones metabólicas
esenciales específicas de los microorganis- TRANSFERENCIA FECAL
mos, como la producción de ácidos biliares Habitualmente nos referimos al Tras-
secundarios y de ácidos grasos de cadena plante de Microbiota Fecal (TMF), pero
corta. Estas limitaciones plantean dudas realmente se trata de una Transferencia
sobre la relevancia de los hallazgos. En los de Microbiota Fecal. No es un trasplante
animales criados de forma convencional, de órgano sólido, sino una transferencia
la microbiota puede variar entre diferentes de un ecosistema microbiano completo. El
condiciones de alojamiento y laboratorios término en inglés es Fecal Microbiota Tras-
(Laukens et al. 2016), lo que pone en duda plantation (FMT), y aunque en la mayoría
la reproducibilidad de los estudios. Cada de los artículos y las reseñas científicas se
vez existen más indicios de que lo esencial hace referencia al trasplante, simplemente
no es la especie exacta, sino la función de se trata de transferir un ecosistema micro-
la especie, su metabolismo (Krautkramer biano completo extraído de las heces de
et al. 2021). un donante sano.
La composición bacteriana del tracto Si bien es cierto que la aplicación clíni-
gastrointestinal es específ ica para cada ca del TMF es relativamente reciente, las
porción de intestino, y esto también es una primeras referencias históricas datan del
importante limitación. Incluso, hoy se sabe siglo IV después de Cristo en China, donde
que las poblaciones que encontramos en se han encontrado papiros que describen
la luz del intestino no son las mismas que la preparación de una “sopa amarilla”, que
están asociadas a las mucosas formando no era otra cosa que las heces de una per-
comunidades. Incluso, a pesar de tener co- sona sana batidas con agua. Esta sopa se
munidades bien definidas, se necesita un la daban a beber a pacientes cuando es-
período de adaptación al nuevo hospeda- taban a punto de morir deshidratados por
dor, de ahí nace el concepto de “ratones diarrea persistente. En estos documentos
humanizados”. El diseño de las SynComs ya se hace referencia a la curación casi mi-
debe recoger las necesidades de nuestros lagrosa de estos pacientes.
futuros experimentos. El diseño ascenden- A lo largo de la historia podemos encon-
te se centra en evaluar la función de las trar alguna referencia más, especialmen-
especies individuales para lograr una fun- te durante las grandes guerras mundiales
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donde el único tratamiento para la “disen- dos cuanto antes, ya que el TMF alcanzaba
tería” de los soldados hacinados en las trin- tasas de curación del 93% mientras que el
cheras era ingerir las heces de caballos o tratamiento habitual con antibióticos no
camellos. Durante la primera guerra mun- llegaba al 32%. Desde la publicación de este
dial en 1917 en Alemania, todo un batallón ensayo, numerosos autores han centrado
de soldados falleció tras fuertes diarreas, y su investigación en este fascinante campo
solo se salvó un soldado que contra todo en el objetivo es resetear por completo un
pronóstico conservó su ritmo intestinal. De ecosistema dañado, pero en el que aún hay
las heces de este soldado se aisló una cepa muchas incógnitas que despejar, ya que
de Escherichia coli a la que se llamó E. coli por el momento no somos capaces con-
Nissle 1917 y que hoy en día tiene es un pro- trolar todo el proceso.
biótico y se comercializa con el nombre de
Mutaflor® en Alemania.
En 1953 un médico estadounidense Aplicaciones clínicas de la TMF
publicó en una revista científica que ha- En los últimos años las investigaciones
bía curado a cuatro pacientes que estaban científicas han dimensionado el enorme
a punto de morirse por una enfermedad potencial metabólico, endocrino y neu-
conocida por aquel entonces como “coli- rológico de la microbiota intestinal, así
tis pseudomembranosa”. La resolución del como su influencia en la salud humana.
cuadro diarreico se produjo tras la admi- Desde una perspectiva microbiológica, la
nistración de heces batidas de personas TMF representa no sólo una oportunidad
sanas. Esta es la primera publicación en el ecológica para restaurar y/o resetear un
ámbito científico de las posibilidades de la ecosistema no funcional, sino también un
TMF, y hoy en día sabemos que esta colitis reto sanitario que debe ser controlado para
pseudomembranosa en realidad está cau- prevenir efectos indeseables a corto y largo
sada por la bacteria Clostridioides difficile, plazo (Bhutiani et al., 2018). Es por ello por
antes conocida como Clostridium difficile, lo que en los últimos años la posibilidad
que cambió recientemente su nomencla- de modificar el ecosistema microbiano de
tura debido a una reclasificación taxonó- nuestro intestino ha llamado la atención de
mica (Lawson et al., 2016). muchos investigadores y en relación con
Durante muchos años no se recogió el muchas patologías, algunas de ellas con
TFM en los tratados médicos ni guías tera- clara relación con el tracto digestivo, pero
péuticas, a pesar de que algunas clínicas se otras no (Panchal et al., 2018).
hacía en pacientes con diarrea persisten- Sin embargo, existe una única indica-
te. De hecho, la técnica era prácticamente ción médica clara para la TMF que es la
desconocida hasta que en 2013 un grupo recurrencia de la infección causada por
holandés publicó unos resultados prome- C. difficile (ICD), particularmente a partir
tedores en un ensayo clínico comparado de la segunda recidiva de la enfermedad
con la TMF con terapia antibiótica conven- (tercer episodio de diarrea). Esto es válido
cional basada en vancomicina oral (Van para todos los países y así está reflejado en
Nood et al., 2013). Este estudio se publicó las guías de recomendación de las Socie-
en la revista “The New England Journal of dades Científicas (Cammarota et al., 2017,
Medicine” con apenas 35 pacientes, por el Mullish et al., 2018, Ooijevaar et al., 2019).
compromiso ético de los autores que pen- Como cada país tiene un modelo sanita-
saron que era mejor comunicar los resulta- rio diferente y con regulaciones diferentes,
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10 PROBIÓTICOS 2.0: AVANCES Y NUEVAS TENDENCIAS

podemos encontrar que se realiza TMF en devastadas por las toxinas y las continuas
otras patologías, pero es importante recor- diarreas, y se logra prácticamente siempre
dar que sólo existe evidencia científica que la implantación de las bacterias de cual-
avale su uso en las recurrencias de la IDC. quier donante (tasas de éxito sobre el 90%),
También se acepta que la TMF es una con independencia de la composición de
alternativa válida para la encefalopatía he- la microbiota del donante. Sin embargo,
pática provocada por cirrosis, ya que esta las tasas de mejoría clínica para Colitis Ul-
cirrosis es responsable de la alteración mi- cerosa son considerablemente menores
crobiana intestinal combinada con hipe- (20-30%), aunque superiores al placebo (El
ramonemia que a su vez causa disfunción Hage Chehade et al., 2023). Lo que también
neuronal. El tratamiento actual es lactulosa parece claro es que la tasa de éxito de la
y rifamixina para disminuir el metabolismo TMF en Colitis Ulcerosa es dependiente de
bacteriano de la microbiota intestinal, y se la microbiota del donante, e incluso se han
ha comprobado que la TMF es una alterna- llegado a identificar a “superdonantes” de
tiva segura y válida tanto el enema como heces con los que se alcanza mayor tasa
mediante la ingesta de cápsulas fecales de mejoría clínica y endoscópica (Costello
(Wortelboer et al., 2019). et al., 2017)
Las principales líneas de investigación En el caso de la enfermedad de Crohn,
acerca del poder terapéutico de la TMF son los pacientes mejoran significativamen-
las enfermedades inflamatorias intestinales te cuando se les administra tratamiento
(Enfermedad de Crohn y Colitis Ulcerosa), antibiótico, lo que apoya que las bacterias
el intestino irritable, el autismo, la obesidad, tienen un papel relevante en esta enfer-
la descolonización de microorganismos medad. Desafortunadamente, no se han
multiresistentes a los antibióticos, y todas obtenido mejorías significativas con la TMF.
aquellas que tengan una base fisiopatoló- Muchos trabajos concluyen que, en la en-
gica en relación a la microbiota intestinal. fermedad inflamatoria intestinal, parece
En todas estas patologías se están realizan- ser más decisiva la respuesta inmunitaria
do numerosos estudios de investigación y alterada mientras que la microbiota tiene
ensayos clínicos que persiguen demostrar un menor peso en la patogenia, lo que limi-
la utilidad de la TMF para resolver la propia ta el uso el TMF para la enfermedad de Cro-
enfermedad o solucionar aspectos concre- hn. Existen algunos aspectos importantes
tos de la misma ([Link] que quizás necesiten evaluación mediante
A pesar de las expectativas que se han ensayos clínicos para ajustar y personalizar
creado y de que son muchas las patologías la TMF y lograr así una mayor tasa de remi-
que se podrían ver beneficiadas de un “re- sión en la EII. El más importante de estos
seteo” completo del ecosistema intestinal, aspectos sería la selección de los donan-
hoy en día sabemos que no es fácil que los tes, que deberían ser inmunológicamente
microorganismos que administramos en la compatibles con los receptores, y conocer
TMF lleguen a colonizar el intestino recep- perfectamente la composición de su mi-
tor. Por el contrario, lo que habitualmente crobiota. Otro punto importante sería co-
sucede es que estos microorganismos atra- menzar a realizar las TMF de forma tempra-
viesan el tracto gastrointestinal sin ejercer na en las formas leves de la enfermedad,
ningún tipo de acción y son eliminados por incluyendo la descontaminación previa de
las heces. En el caso de la ICD, tanto la mu- la microbiota intestinal autóctona. Por el
cosa intestinal como la microbiota están momento existen todavía factores de con-
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11 PROBIÓTICOS 2.0: AVANCES Y NUEVAS TENDENCIAS

fusión desconocidos que enmascaran los productora de VIM después de una TMF
resultados, y no se puede concluir cuáles (García-Fernández et al., 2016).
de ellos hacen que en algunos sujetos fun- Inmunoterapia y cáncer es otro cam-
cione el TMF y en otros no (Zatorsk et al., po que en los próximos años va a suponer
2020; Amoroso et al., 2020). una revolución terapéutica, ya que se ha
La TMF también ha obtenido resultados demostrado que la microbiota intestinal
prometedores como opción terapéutica condiciona la respuesta a la inmunoterapia
para el estreñimiento (Tian et al., 2017, Imad (Routy et al., 2018; Zitvogel et al., 2018)
et al., 2023), aunque de nuevo se ha podido
comprobar que el injerto de la microbiota
del donante no se ha establecido todavía Riesgos y efectos secundarios de la TMF
de manera satisfactoria. La etiopatogenia La TMF simboliza una oportunidad eco-
del Síndrome del Intestino Irritable no se ha lógica para restaurar/reorganizar un eco-
dilucidado por completo, parece que exis- sistema no funcional, pero también es un
te una alteración de los ácidos grasos de desafío para la salud que debemos con-
cadena corta, metabolito exclusivamente trolar para prevenir efectos indeseables a
bacteriano, además de una barrera intes- corto y largo plazo. Si asumimos que nu-
tinal permeable. Se ha demostrado que la merosas enfermedades están relacionadas
TMF es segura y eficaz para esta patología, con la composición o la funcionalidad de
pero no es efectiva. nuestra microbiota, tenemos que realizar
Las últimas investigaciones también una selección de donantes exhaustiva que
han implicado a la microbiota intestinal nos permita descartar posibles enferme-
en trastornos extraintestinales como la dades futuras. Sin embargo, un donante
obesidad (Bianchi et al., 2019), la esclerosis sano puede desarrollar más tarde alguna
múltiple (Vendrik et al., 2020), las alteracio- enfermedad relacionada con la microbiota
nes metabólicas (de Groot et al., 2017), la imposible de diagnosticar en el momento
infección por VIH (Kang et al., 2019) y el au- de la donación (Fischer et al., 2017). De la
tismo (Kang et al., 2017). Así pues, en estas misma manera, dado que los tutoriales de
patologías la TMF también podría repre- “hágalo usted mismo” están disponibles en
sentar una opción terapéutica, pero aún los medios de comunicación social, la TMF
se necesitan muchos estudios que avalen parece ser una práctica común entre la po-
su eficacia con ensayos clínicos. blación, incluso subestimando los posibles
Finalmente, la colonización por bacte- efectos secundarios. Las autoridades sani-
rias multirresistentes es una situación bas- tarias y todos los que tenemos conocimien-
tante frecuente en nuestros hospitales que tos de estos riesgos, deberíamos intentar
limita considerablemente las opciones te- concienciar a la gente sobre los peligros de
rapéuticas, y en la que la TMF va a suponer estas prácticas.
una alternativa ecológica para desplazar a Un factor importante subestimado en la
la bacteria resistente de una forma ecoló- práctica del TMF es la respuesta del Siste-
gica (Millan et al., 2016). Recientemente se ma Inmunológico a la microbiota implan-
han revisado todos los artículos publicados tada. Sólo se han notificado complicacio-
donde se trabajado desde este punto de nes leves para el TMF en la CDI y casi nunca
vista (Aira et al., 2019). Nuestro grupo tam- se han relacionado con una complicación
bién publicó un artículo al respecto: la des- inmunológica, pero no se debe descartar
contaminación de una Klebsiella oxytoca un efecto indeseable a largo plazo. Las alte-
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12 PROBIÓTICOS 2.0: AVANCES Y NUEVAS TENDENCIAS

raciones inmunológicas después de la TMF incluyeran entre sus recomendaciones, va-

han sido escasamente reportadas, detec- rios centros hospitalarios han implemen-
tando solamente cambios en la expresión tado esta técnica, en gran medida por su
de la IL23 (Buonomo and Petri 2016). sencillez y buenos resultados. Sin embargo,
Los efectos secundarios de la interven- no existe ningún consenso sobre su meto-
ción del TFM pueden dividirse en efectos dología; cada centro adapta sus condicio-
adversos a corto y largo plazo. Se acepta nes y tiene sus propios protocolos. En los
que los efectos secundarios inmediatos son primeros momentos, la TFM se realizaba
escasos y generalmente leves, como se in- mediante colonoscopia y en la actualidad
forma en diferentes estudios. Los efectos muchos de los centros han optado por la
secundarios más comunes que ocurren liofilización de las heces y la administra-
inmediatamente después del TMF inclu- ción mediante cápsulas gastrorresistentes,
yen diarrea, flatulencia, dolor abdominal, lo que simplifica mucho el proceso.
estreñimiento, vómitos, prurito, parestesia, Actualmente, cada país puede decidir
catarro clínico, elevación de la proteína C cuál será la regulación del TMF, aunque
reactiva y dolor de cabeza. También se no- la mayoría de los países, incluido España,
tifican complicaciones infecciosas, como han optado por regularlo como un medi-
la diarrea causada por la transmisión del camento biológico. Desde hace unos años,
norovirus (Schwartz et al., 2013), o la reacti- se ha creado un grupo de trabajo de TMF
vación del proceso de colitis ulcerosa (De europeo con expertos en la materia que
Leon et al., 2013). Por otro lado, también en 2017 publicó unas directrices basadas
se describen efectos benef iciosos deri- en la evidencia científ ica, y además hay
vados directamente de la práctica de la disponibles otras revisiones importantes
TMF, como la erradicación de las bacterias sobre este campo. Se han creado empre-
multiresistentes (García-Fernández et al., sas interesadas en la producción de cápsu-
2016, Millan et al., 2016), la reducción de la las derivadas de la microbiota, como es el
resistencia (Bilinski et al., 2017), o incluso la caso de Mikrobiomik en Bilbao, que será la
cura de las infecciones crónicas del tracto primera empresa con licencia para vender
urinario (Tariq et al., 2017, Biehl et al., 2018). cápsulas de microbiota derivada de heces
Por otra parte, los efectos secundarios a en Europa.
largo plazo del TMF no están todavía bien El procedimiento de TMF debe ser apro-
dimensionados, ya que las series actuales bado por un comité de ética adecuado, y
son todavía muy cortas y la mayoría de las tanto el donante como el receptor deben
poblaciones son de edad avanzada. El peor de conocer detalladamente el proceso y
escenario sería que los pacientes de TMF firmar un consentimiento informado (Ver-
pudieran desarrollar enfermedades rela- beke et al., 2017). A pesar de que la finali-
cionadas con la microbiota del donante, y dad de la TMF es la curación de un proce-
este hecho no se considera en los proce- so agudo como es la ICD la trazabilidad es
dimientos actuales. fundamental, todos los registros de datos
del proceso, así como las muestras bioló-
gicas representativas deben estar disponi-
Legislación en TMF bles posteriormente por las complicacio-
Desde que en 2013 se demostrara la efi- nes que puedan derivarse del proceso.
cacia de la TMF en el tratamiento de la ICDr El laboratorio de Microbiología debe ser
y las guías terapéuticas internacionales las el responsable de la recogida, admisión y
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13 PROBIÓTICOS 2.0: AVANCES Y NUEVAS TENDENCIAS

procesamiento de las heces para la TMF, así donantes, y a modo de resumen, expone-
como de monitorizar la adecuada implanta- mos a continuación los principales criterios
ción de la microbiota transferida y su evolu- de inclusión y exclusión que debemos cer-
ción en el tiempo (Del Campo- Moreno et al., tificar en todo momento:
2018). Si bien es necesario diferenciar entre
el proceso estrictamente clínico que finaliza Criterios de inclusión
una vez se haya implantado la microbiota • Edad: 18-65 años.
del donante, y las posteriores investigacio- • IMC: 18-30 kg/m2.
nes que podamos realizar que van a aumen- • Buen estado general de salud
tar el conocimiento de esta técnica, pero no • Firma del consentimiento informado
son independientes del proceso clínico. que debe haber sido aprobado por un
A pesar de que las heces son una de las Comité de ética local.
muestras más contaminadas que existen,
es importante realizar todas las manipu- Criterios de exclusión
laciones en campanas de flujo laminar a) Infecciosos:
y con la mayor asepsia posible. También • Infección sistémica no controlada en
debemos tener siempre en cuenta expo- el momento de la donación.
ner mínimamente la muestra al aire para • Antecedente de infección o exposición
minimizar la muerte de las bacterias anae- a VIH, hepatitis B o hepatitis C, sífilis,
robias. Por último, el procesamiento de la HTLV, malaria o tuberculosis.
muestra debe hacerse de forma coordina- • Contactos o conductas sexuales de
da con los clínicos que realizarán la TFM por riesgo en los últimos 12 meses.
colonoscopia (López-Sanromán et al., 2017, • Consumidor de drogas ilícitas.
[Link] • Trasplante previo de órganos o tejidos.
archivos/noticias/trasplante_de_microbio • Transfusión de productos hematoló-
ta_fecal_0.pdf), mientras que en el caso de gicos en los últimos 12 meses.
que el producto elaborado sean cápsulas, • Tatuajes, piercings, acupuntura o pin-
estas pueden guardarse por un tiempo chazo accidental con aguja en los últi-
máximo de 6 meses, por lo que no se ne- mos 6 meses.
cesita tanta coordinación. • Factores de riesgo de la enfermedad
de Creutzfelt-Jakob.
• Infección reciente por microorganis-
Certificación de los donantes mos cuyo sitio de infección sea gas-
El primer paso la explorar la validez de trointestinal (Rotavirus, Giardia lam-
un donante es realizar la entrevista perso- blia, etc.).
nal con una anamnesis lo más completa • Viajes en los últimos 6 meses a países
posible, incluyendo la historia familiar, los tropicales con enfermedades diarrei-
hábitos de vida, viajes al extranjero, y todos cas endémicas o de alto riesgo de dia-
los posibles factores que puedan tener re- rrea del viajero.
lación con la salud de su microbiota intes- • Vacunación en los últimos 6 meses
tinal ([Link] default/ con vacunas vivas atenuadas.
files/archivos/noticias/trasplante_de_micro- • Personal sanitario o trabajadores de
bi ota_fecal_0.pdf). No existe un formulario hospitales e instituciones sanitarias
concreto para esta entrevista, se le concede por el riesgo de transmisión de mi-
una gran relevancia en la selección de los croorganismos multiresistentes.
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14 PROBIÓTICOS 2.0: AVANCES Y NUEVAS TENDENCIAS

• Trabajador con animales para evitar el cederemos a realizar las determinaciones

posible riesgo de transmisión de zoo- analíticas en heces y sangre para descartar
nosis. todas aquellas patologías infecciosas que
b) Comorbilidades gastrointestinales: puedan ser transferidas al receptor. Para
• Enfermedad inflamatoria intestinal. estas pruebas sí que existe consenso, o
• Síndrome del intestino irritable, estre- al menos recomendación de las pruebas
ñimiento crónico funcional o diarrea mínimas que debemos realizar, y las más
crónica funcional. habitualmente utilizadas son las recomen-
• Enfermedad celiaca y otros trastornos daciones establecidas en un Consenso
digestivos crónicos. Europeo (Cammarota et al., 2017), que in-
• Antecedente o alto riesgo para cáncer cluyen además las pruebas actuales de los
gastrointestinal o poliposis. virus COVID-19 y monkeypox.
• Diarrea, sangre en heces, dolor abdo-
minal u otra sintomatología digestiva Análisis en sangre
significativa en los últimos 3 meses. · Grupo sanguíneo.
c) Fármacos que pueden alterar la micro- · Hemograma.
biota intestinal: · Hemostasia.
• Consumo de de antibióticos en los úl- · Bioquímica (creatinina, urea, glucosa,
timos 3 meses sodio, potasio, cloro, calcio, magnesio,
• Uso de inhibidores de la bomba de fósforo, ácido úrico, GOT, GPT, GGT, FA,
protones en los últimos 3 meses. bilirrubina total, albúmina, PCR.
• Uso de medicación inmunosupresora · Estudio de lípidos (triglicéridos y coles-
o quimioterapia en los últimos 3 me- terol total, HDL y LDL).
ses. · TSH (hormonas tiroideas).
d) Otros: · Cuantificación de inmunoglobulinas en
• Incapacidad legal para otorgar con- suero.
sentimiento. · Estudio microbiológico en sangre:
• Proceso oncológico activo o historia de - VIH: ELISA antiVIH y carga viral.
cáncer en los últimos 10 años. - Hepatitis B: antígeno de superf icie
• Consumidor de habitual de alcohol. (AgHBs), anticuerpo del core (AcHBc
• Cirugía mayor previa de aparato diges- IgG e IgM), anticuerpo de superficie
tivo (excluida la apendicectomía). (AcHBs), valorar carga viral y período
• Hepatopatía. ventana de la infección.
• Enfermedad renal crónica. - Hepatitis C: ELISA antiVHC, valorar car-
• Enfermedades autoinmunes y sisté- ga viral y período ventana de la infec-
micas. ción.
• Diabetes mellitus. - Hepatitis A: IgM e IgG.
• Síndrome metabólico. - Hepatitis E: IgM e IgG.
• Enfermedades neurológicas y psiquiá- - Sífilis: RPR y FTA-ABS.
tricas. - Citomegalovirus: IgM e IgG.
• Enfermedad vascular significativa. - Virus Epstein Barr: IgG.
Una vez realizada la entrevista, chequea- - Entamoeba histolytica.
do todos los puntos anteriores, en aquellos - HTLV 1 y 2 y Strongyloides stercoralis
donantes en los que no hayamos encon- pueden plantearse en áreas geográfi-
trado ninguna contraindicación clara pro- cas de alto riesgo.
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15 PROBIÓTICOS 2.0: AVANCES Y NUEVAS TENDENCIAS

Análisis en heces El proceso de donación de heces se ha

· Clostridium difficile: GDH y si positivo visto también afectado por la situación
confirmar con la realización de Toxinas pandémica de SAR-CoV-2, ya que sabemos
A y B y de cultivo, y descartar si es toxi- que el virus se elimina a través de las heces,
génico. pero aún no se ha comprobado su viabili-
· Coprocultivo habitual. dad en ellas. No se ha establecido un pro-
· Estudio de larvas y huevos de parásitos tocolo especial para el manejo de las heces,
en heces (tres muestras distintas de días pero sí debemos certificar en el donante
sucesivos). su situación respecto de la infección. El un
· Antígeno de Giardia lamblia. donante asintomático debemos realizar la
· Norovirus. serología utilizando sangre venosa, nunca
· Calprotectina. capilar. Cada laboratorio puede disponer
· Sangre oculta en heces. de distintas técnicas, aunque en la mayoría
· Detección de colonización rectal de bac- se dispone de técnicas automatizadas con
terias multirresistentes. suficiente sensibilidad y especificidad. En
· SARS-CoV2 y Monkey pox. cualquier situación sospechosa de infección
La detección de la colonización de bac- actual o periodo de incubación, debemos
terias multirresistentes en heces es un pun- mantener las heces de ese donante hasta
to muy importante, los pacientes recepto- 14 días en los que se confirmen si el donan-
res suelen tener muchas comorbilidades te está infectado o no. También podemos
y les provocamos una colonización/infec- extraer ARN de las heces y hacer RT-PCR
ción por estas bacterias podemos desde para detectar los genes del virus, pero la
limitar sus opciones quirúrgicas por estar muestra de heces no es muy adecuada
colonizados, hasta causarles la muerte si para esta metodología ya que es fácil que el
estas bacterias llegan a infectarle. Ya se ha ARN viral este degradado o no consigamos
documentado en EE. UU. la infección de hacer una buena extracción/amplificación
dos receptores de TMF después de que (Xiao et al., 2020, Wang et al., 2020).
el donante estuviera colonizado por una
cepa de Escherichia coli productora de be-
ta-lactamasa de amplio espectro (BLEE) y Procesamiento de la muestra
multirresistente (DeFilipp et al., 2019). Uno Las heces es una muestra bastante
de los afectados murió como consecuencia compleja formada en su mayor parte por
de esta infección, y sin duda es el efecto agua, residuos de los alimentos después
adverso más importante comunicado para de su digestión, moco, restos celulares
el TMF. de enterocitos, los microorganismos que
En caso de que los receptores sean in- conforman la microbiota, así como sus
munodeprimidos hay que tener un cuida- metabolitos. La composición de las heces
do más especial si cabe, y se recomienda es muy variable según el tipo de alimen-
ampliar el estudio con: detección de Vibrio tación, y aunque existe un patrón indivi-
cholerae, Listeria monocytogenes y Tinción dual que suele mantener constante en el
de Kinyoun para Cyclospora, Isospora, y tiempo, se pueden encontrar diferencias
Cryptosporidium. En el caso de que el do- en la composición y formas dentro de un
nante sea un inmigrante, se deben con- mismo individuo.
siderar también las patologías infecciosas Las muestras de heces que se vayan a
endémicas en el país de origen. utilizar en la TMF se deben recoger siempre
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16 PROBIÓTICOS 2.0: AVANCES Y NUEVAS TENDENCIAS

en un contenedor estéril que tenga sufi- Una vez que la muestra llega al labo-
ciente capacidad. Para este procedimien- ratorio, lo primero y más importante que
to se necesitan deposiciones de al menos debemos hacer es registrarla adecuada-
50 gr., pero habitualmente se le aconseja mente con todos los datos que podamos
al donante que recoja toda la deposición disponer, incluyendo desde la identifica-
completa. Hoy en día existen kits comer- ción del donante hasta la hora de la deposi-
ciales de recogida especiales para TMF que ción, y aquellas incidencias que nos refiera
además de cumplir los criterios de esteri- el donante y que consideremos relevantes.
lidad también contienen dispositivos que Actualmente, los registros suelen realizarse
logran crear una atmósfera de anaerobiosis en bases de datos online para poder acce-
para que la muestra llegue en perfectas der a ellos desde cualquier ordenador. En
condiciones al laboratorio. La empresa es- nuestro caso, utilizamos la base de datos
pañola Microviable Therapeuthics ha de- REDCap ([Link]
sarrollado el kit GutAlive específicamente que es bastante adecuada para la trazabi-
para recoger una deposición completa y lidad en todo momento de las muestras.
mantenerla en completa anaerobiosis, lo Por supuesto, toda aquella muestra que
que es fundamental para la viabilidad de no esté suficientemente identificada o ten-
las bacterias anaerobias, que en algunas gamos cualquier duda de su procedencia
ocasiones están muy pequeñas propor- debe ser rechazada.
ciones. La muestra debe ser abierta y procesada
Lo más recomendable es que las mues- en una campana, y el primer paso es decidir
tras de heces deben llegar al laboratorio si aceptamos o rechazamos la muestra en
para su procesamiento antes de las 6 horas función de su aspecto y consistencia. En el
de su deposición, sin embargo, en la mayo- caso de que la muestra sea escasa y nece-
ría de los casos es difícil cumplir este hora- sitemos con urgencia hacer la TMF pode-
rio porque se necesitan coordinar muchos mos juntar varias deposiciones siempre del
aspectos más allá de la hora de la deposi- mismo donante. Lo más importante en este
ción (Allegretti et al., 2020). Por ello, aunque momento es comprobar que la consisten-
la recomendación es de menos de 6 horas, cia de las heces es adecuada y que no son
lo más funcional es decir al donante que las diarreicas o tiene alimentos sin digerir, o
traiga lo antes posible una vez que las haya cualquier detalle que nos llame la atención.
recogido. Se recomienda mantener a 4ºC Siempre debemos guardar alícuotas de
en nevera la muestra hasta su traslado al la muestra que vamos a procesar para TMF
laboratorio. En casos extremos en los que de tal manera que si aparece algún efecto
no se pueda trasladar en pocas horas al secundario podamos descartar que ha sido
laboratorio, se podría congelar la muestra causado por la TMF. En el momento actual
a -20ºC y después se tendría que trasportar con la pandemia de SARS-CoV-2, donde no
también congelada, ya que los ciclos de tenemos claro la posible transmisión del
congelación/descongelación afectan mu- virus a través de las heces, la conservación
cho a los microorganismos. La mejor op- de una alícuota del donante es clave pues,
ción siempre es congelar a -80ºC, pero es aunque en el momento de la deposición el
complicado tener acceso a un congelador donante pueda ser negativo al virus, podría
de estas características en los domicilios, estar ya incubando y liberando virus viables
aunque sí suelen estar disponibles en los en las heces (Xiao et al., 2020, Wang et al.,
laboratorios. 2020).
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17 PROBIÓTICOS 2.0: AVANCES Y NUEVAS TENDENCIAS

Se han utilizado numerosos solventes de Bristol, que va desde el 1 al 7 según la

para las heces, desde yogur hasta suero consistencia de las heces. Las primeras
salino, sin embargo, mi recomendación categorías de la escala se relacionan con
es disolverlas siempre con agua cuando el estreñimiento, y las últimas con diarrea.
queramos obtener una solución para in- Así pues, únicamente aquellas heces con
troducir mediante colonoscopia, ya que categorías 3 y 4 son las aceptables para las
el agua se absorbe inmediatamente en muestras de TFM (Lewis and Heaton 1997).
el colon. En el caso de vayamos a liofilizar Hay que tener en cuenta que se necesi-
la muestra, lo que necesitamos es utilizar tan entre 2 y 3 semanas para poder tener
un criopreservante para que las bacterias los resultados completos del estudio de do-
se mantengan vivas durante el proceso nantes, por lo que en el caso de necesitar
de congelación y liofilización. Existen va- con urgencia realizar un TMF se debe con-
rios preservantes que se pueden utilizar, siderar estos tiempos. Nuestra recomenda-
y en nuestro caso utilizamos la leche se- ción es que en el caso de que el donante
midesnatada sin lactosa. Es importante vaya a ser un familiar del paciente, el estu-
que sea leche semidesnatada para que dio se comience nada más detectarse la
contenga la grasa justa para evitar que el primera recaída de la infección (segundo
agua al congelarse se convierta en crista- episodio de diarrea), para que en el caso de
les y haga estallar a las bacterias. La gra- que el tratamiento habitual no funciones
sa de la leche ayuda a mantener íntegras podamos tener validado al donante para
las cubiertas fosfolipídicas de las bacterias la segunda recaída.
durante la congelación, pero también me- En el caso de disponer de un banco de
jora el proceso de descongelación que es heces de donantes anónimos, podemos
mucho más dañino para los microorganis- hacer el proceso contrario; el sujeto dona
mos. Siempre que vayamos a desconge- sus heces que son congeladas, y solo se
lar una muestra de heces es importante dan por válidas una vez que todas las prue-
hacer una descongelación gradual, desde bas analíticas sean correctas. En ningún
los -80ºC dejarla 24 h a -20ºC, y después caso debemos utilizar unas heces que no
otras 24 h a 4ºC en la nevera. De esa for- hayan certificadas por analíticas, ya que
ma conseguimos minimizar los efectos podemos poner en riesgo la vida del pa-
del proceso. A continuación, se detallan ciente inoculándole agentes infecciosos no
los diferentes procesos para procesar las controlados.
muestras según el formato final que de- Un punto muy importante es la comu-
seemos. nicación y la confianza con el donante, ya
Recordemos que desde la parte regu- que, a pesar de la validación analítica, que
latoria del proceso de TMF, se va a otorgar tiene una validez de 3 meses, pueden su-
a las heces la categoría de medicamento, ceder eventos que contraindiquen la dona-
con todas las consecuencias que ello supo- ción una vez que ya esté validado. Hay que
ne. Sin embargo, dada la naturaleza de las hacer entender al donante que cualquier
heces es imposible controlar exactamente circunstancia que pueda afectar a su mi-
su composición y dosificación, por lo que, crobiota debe ser comunicada al médico,
para cada donante, e incluso para cada y este valorará el riesgo de seguir adelante
deposición, la muestra va a ser diferente. con la donación. Las consideraciones que
La clasif icación de las heces en función tenemos que trasladar al donante son las
de aspecto visual se realiza con la Escala siguientes:
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18 PROBIÓTICOS 2.0: AVANCES Y NUEVAS TENDENCIAS

• Evitar el consumo de alimentos a los En el caso de que la TMF la vayamos a

que el receptor sea alérgico (conocido realizar mediante cápsulas con heces liofili-
o sospechado) en los cinco días previos zadas no es necesaria ninguna preparación
a la donación. del paciente, pero se recomienda adminis-
• El día de la donación deberemos certi- trarla en ayunas o que al menso no haya
ficar que no existe sintomatología su- comido nada en las 4-6 horas anteriores.
gestiva de infección (fiebre), síntomas Simplemente deberemos administrarle las
digestivos de nueva aparición (diarrea, cápsulas con el paciente sentado y com-
vómitos, dolor abdominal, etc.). probando que hay deglución de cada una
• En el caso que la situación provoque an- de ellas. Si el paciente presenta dificultad
gustia al donante, se puede considerar para tragar se aconseja administrarlas con
el uso de laxantes osmóticos (lactulosa gelatina ya que facilita mucho su deglu-
10 gramos vía oral) 12 horas antes de la ción. En el caso de que el paciente vomite
donación. las cápsulas, se debe dejar un par de días
en reposo y después repetir el procedi-
miento.
Preparación del receptor Cuando el procedimiento vaya a ser me-
Siempre debemos considerar de forma diante colonoscopia, se recomienda hacer
individualizada a cada uno de los recepto- una preparación intestinal, ya que parece
res, teniendo en cuenta su historia clínica y reducir la densidad de C. difficile e inclu-
las características de su ICD. Habitualmen- so de sus esporas y facilitar la colonización
te, para mantener estable al paciente se le de la microbiota donante sana, además de
suele pautar tratamiento antibiótico con facilitar el paso del colonoscopio. Por ello,
vancomicina (125 mg cada 6 horas vía oral) aunque su relación directa con la eficacia
al menos 3 días antes de un TMF progra- del TMF no ha sido demostrada, la mayoría
mado, con intención de reducir la carga de los expertos recomiendan el uso de so-
de CD y de mantener estable al paciente. luciones evacuantes el día previo a la reali-
El antibiótico deberá suspenderse 12-48 zación del TMF en aquellos pacientes cuya
horas antes del procedimiento para evitar situación clínica lo permita. Se recomienda
que pueda matar a las bacterias implan- seguir protocolo de preparación intestinal
tadas. En el caso de que nos enfrentemos para colonoscopia del hospital con dosis
a una ICD refractaria puede considerarse fraccionada comenzando la tarde previa
no suspender el tratamiento antibiótico y a la realización del TMF. Dependiendo de
mantenerlo incluso después del TMF para la situación clínica, las comorbilidades y la
asegurar la estabilidad del paciente. edad del paciente se debe valorar solucio-
El procedimiento de TMF puede reali- nes de preparación con menor volumen.
zarse en régimen ambulatorio o de hospi- La implantación del TMF se realiza bajo
talización, éste último fundamentalmente sedación con un coloconoscopio normal,
en el caso de que sea mediante colonos- por lo que además del consentimiento
copia. Habitualmente se realiza de forma informado del TMF el paciente deberá
ambulatoria excepto en pacientes que firmar también los correspondientes del
se encuentren ya ingresados o pacientes proceso de colonoscopia. Dado que exis-
frágiles en los que sea preferible realizar la te riesgo de diseminación de las esporas
preparación intestinal y el procedimiento de C. difficile, todo el personal que asista
en régimen de hospitalización. a la colonoscopia debe ir adecuadamente
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19 PROBIÓTICOS 2.0: AVANCES Y NUEVAS TENDENCIAS

protegido. Una particularidad de este pro- mogenización mecánica manual. En todo

cedimiento endoscópico, es que se debe este proceso es muy importante tener en
insuflar la menos cantidad de gas posible cuenta que cada vez que cada manipu-
para evitar que después de la implantación lamos la muestra entra en contacto con
se expulse el líquido transferido al expulsar el aire y eso significa oxígeno entrando y
los gases. También hay que considerar que matando bacterias anaerobias frágiles. Por
existe riesgo de perforación ya que debido ello mi recomendación es no manipular la
a la ICD la mucosa y las paredes del colon muestra más allá de lo imprescindible. En
están frágiles. internet existen varios protocolos que usan
Lo habitual es llegar con el colonosco- batidoras mecánicas para homogeneizar
pio hasta el ciego y depositar allí todo el la muestra, pero esto es nefasto para las
líquido que se ha preparado con la micro- bacterias y no debe usarse nunca.
biota suspendida. En le caso de que sea Una vez que hemos conseguido que la
imposible llegar hasta el colon, debemos muestra esté hidratada, el siguiente paso
liberar el contenido en la parte más distal es disgregarla para lograr un homogeni-
posible. Posteriormente se retirará el colo- zado completo. Esto se suele conseguir
noscopio con mucho cuidado y sin aspirar simplemente con un vortex suave, e inclu-
para evitar retirar líquido del TMF. Hay al- so con agitación manual. A continuación,
gunos autores que ante la imposibilidad de debemos eliminar los restos sólidos y las
realizar una colonoscopia han realizado el fibras que podrían obstruir el colonosco-
TMF vía enema. Obviamente, está vía no es pio, y para ello podemos realizar una cen-
adecuada y su uso debe restringirse a los trifugación suave a 1.000 rpm, y después
casos extremos donde no podamos hacer decantar el sobrenadante o simplemente
colonoscopia ni administrar cápsulas de colar la solución a través de un colador de
heces liofilizadas. los que se utilizan habitualmente en co-
cina.
El objetivo f inal de nuestro procesa-
TMF mediante colonoscopia miento es conseguir una solución homo-
Este tipo de solución también podría génea de aproximadamente 400-500 ml
ser utilizada para introducción por sonda de agua donde estén suspendidos los mi-
nasogástrica, aunque esta vía se ha aban- croorganismos de las heces y que no con-
donado por los problemas de aspiración tenga ningún elemento sólido que pueda
que provoca, pero sobre todo porque es obstruir el conducto del colonoscopio. Es
mucho más funcional depositar la solución muy importante también estar coordina-
en el colon, que es donde se localiza Clos- do con el colonoscopista que va a realizar
tridioides difficile. la implantación, para procesar la muestra
En este caso lo que hacemos es homo- con la adecuada antelación y minimizar el
geneizar mecánicamente las heces (50-100 tiempo desde el procesado hasta su intro-
gr.) con 500 ml de agua estéril. Dependien- ducción. La muestra debe mantenerse a
do de la hidratación de las heces, será más temperatura ambiente después del proce-
o menos difícil conseguir que se disuelvan sado, nunca en frío pues va a ser introdu-
completamente en el agua. Mi recomen- cida en el colon y podría provocar alguna
dación es dejar que las heces se hidraten reacción si estuviera fría. Todos materiales
primero dejándolas 20-25 minutos sumer- que se utilizan para el procesamiento de la
gidas en el agua después de la primera ho- muestra pueden ser reutilizados en otros
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20 PROBIÓTICOS 2.0: AVANCES Y NUEVAS TENDENCIAS

procedimientos después de lavarlos ade- El procesamiento de las heces para lio-

cuadamente con lejía y jabón, pero no es filizar incluye también la hidratación, pero
necesario esterilizarlos. En el mejor de los en este caso la realizaremos con leche se-
casos debemos de tratar de usar material midesnatada sin lactosa y con el menor
desechable, pero esto no es siempre posi- volumen posible para acortar los tiempos
ble, ya que los tubos de la centrífuga suelen de liofilización. La leche que utilizamos es
ser contenedores muy caros. la que se puede comprar en cualquier co-
mercio, pero debemos esterilizarla en el
autoclave antes de su uso. Al autoclavar, la
Liofilización y encapsulado leche cambia de color y adquiere tonalida-
La colonoscopia es un procedimiento in- des oscuras como consecuencia de calen-
vasivo que no está exento de riesgos, sobre tar los azúcares, pero esto es un proceso
todo en el tipo de población en la que suele que ocurre siempre. Hidrataremos durante
realizarse la TMF que son ancianos añosos y 20-25 min, y después simplemente realiza-
con numerosas comorbilidades. Por ello, en remos un homogeneizado manual o con
los últimos años cada vez se realizan más vortex suave y la mezcla la depositaremos
TFM con cápsulas de heces liofilizadas que en una bandeja de aluminio, o de plástico
se ingieren por vía oral que no necesitan desechable y la congelaremos inmediata-
ni siquiera que el paciente esté ingresado mente a -80ºC.
en el hospital. Cada liofilizador lleva su proceso, pero
La liofilización es el proceso por el cual en general primero debemos encender el
conseguimos deshidratar las heces y con- refrigerador para alcanzar temperaturas de
vertirlas en polvo donde las bacterias pue- -50ºC, y una vez nos indique que ya he-
den conservarse mucho tiempo incluso a mos alcanzado esa temperatura es cuando
temperatura ambiente sin perder viabi- colocaremos nuestra muestra congelada
lidad. Este tipo de procesamiento se ha para ser liofilizada. Es importante no per-
utilizado casi siempre en la industria ali- der la cadena de congelación en ningún
mentaria para preservar los alimentos, pero momento porque si la muestra comienza
también tiene su utilidad para preparar fár- a descongelarse no se producirá la liof i-
macos en Medicina. Se basa en la sublima- lización. En el caso de que el congelador
ción del producto, es decir consigue pasar donde la tenemos a -80ºC esté lejos del
de un estado sólido, que se consigue me- liofilizador, lo que se debe hacer es tras-
diante congelación generalmente a -50ºC, ladarla con hielo seco para que no gane
a un estado gaseoso sin pasar por el estado temperatura y empiece a descongelarse.
líquido. Este es único procedimiento que Una vez colocada en el liof ilizador y con
se puede utilizar para desecar las heces, ya la temperatura estable en -50ºC, debe-
que no podemos calentar para evaporar mos conectar el vacío para que empiece
el agua porque mataríamos las bacterias. el proceso de sublimación. El proceso suele
Hoy en día existen liofilizadores de mesa tardar de 18 a 20 horas, y ante la duda de si
que tienen capacidades reducidas de has- está completamente liofilizado es siempre
ta 2,5-3 litros y que son bastante prácticos aconsejable dejarlo más tiempo hasta que
para procesar las heces. El inconveniente percibamos que la liofilización es completa.
que tiene es que son aparatos costosos Un punto crítico es cuando decidimos
que deben tener un uso continuo para ser parar el liofilizador y recoger el polvo. Una
amortizados. vez que desconectamos el aparato debe-
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21 PROBIÓTICOS 2.0: AVANCES Y NUEVAS TENDENCIAS

Figura 1. Imágenes del proceso de liofilización, del polvo resultante y de las cápsulas finales (Fuente:
elaboración propia).

mos de sacar inmediatamente el polvo ner unas 25-30 cápsulas de tamaño 0. No

porque sino vuelve a rehidratarse muy se ha establecido una dosificación deter-
rápido. El producto liof ilizado queda en minada, pero es recomendable concentrar
una especie de masa compacta que se el polvo para lograr entre 4 y 5 cápsulas a
convierte en polvo cuando la tocamos, por partir de 50 gr. de heces.
tanto, una vez que lo hayamos retirado, lo
traspasamos a algún contenedor y de ahí,
simplemente por acción mecánica manual Control de viabilidad
se convierte en polvo fino y ya se procede Siempre es adecuado monitorizar la pér-
a su encapsulado. dida de bacterias viables durante la mani-
Debemos utilizar cápsulas gastrorresis- pulación de la muestra. Para ello debemos
tentes para que su liberación sea posterior hacer un control de bacterias viables en
al estómago, e incluso hay algunos mate- cada lote antes y después de su procesa-
riales especiales para hacer las cápsulas miento. Como muestra inicial analizaremos
que son capaces de soportar los primeros 1 ml de la mezcla de las heces con el solven-
tramos de intestino delgado. También es te, y como muestra final 1 ml de la solución
importante tener en cuenta el tamaño preparada para colonoscopio, y en el caso
de la cápsula, pues muchas veces los pa- de las cápsulas, disolveremos una cápsula
cientes tienen problemas para deglutirlas. en 5 ml de suero fisiológico estéril.
Generalmente se utiliza el tamaño de cáp- En cada una de las alícuotas se reali-
sula del 0, y en ancianos o existencia de zarán diluciones seriadas hasta 10-6 y se
problemas de deglución se recomienda su plaquearán 100 μl de cada dilución en
administración con gelatina o yogur para placas de agar Columbia 5% sangre, ha-
favorecer la deglución. Es importante vigi- ciendo siempre por duplicado la siembra
lar la administración de las cápsulas para para incubar la mitad de las placas en ae-
prevenir posibles aspiraciones o vómitos. robiosis y la otra mitad en anaerobiosis. Al
De una deposición de 50 g se suelen obte- día siguiente, debemos contar las colonias
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22 PROBIÓTICOS 2.0: AVANCES Y NUEVAS TENDENCIAS

de cada placa y multiplicar por todos los viables. Para ello podemos utilizar medios
factores de dilución que hemos realizado generales y específicos, buscando aislar el
para conocer la carga bacteriana de cada mayor número de especies posible. Una
muestra. Además, también es importan- vez crecidas, aisladas e identificadas las co-
te observar la morfología de las colonias, lonias, procederemos a compararlas para
prestando especial interés en aquellas que ver si son genéticamente iguales o dife-
hayan podido desaparecer después del rentes. Esta comparación se suele realizar
procesado. mediante la técnica de Electroforesis en
Campo Pulsante, también conocida como
Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE),
Control de implantación de la TMF que nos permite discriminar perfectamen-
Una vez que se haya realizado el TMF en te la similitud genética de varios aislados.
cualquiera de sus modalidades, la variable Para poder determinar más precisa-
más importante para tener en cuenta es mente el éxito en la implantación de la
la evolución clínica del paciente y la des- bacterias transferidas realizaremos una
aparición de la diarrea (Staley 2016). Sin secuenciación masiva de los amplicones
embargo y en el caso de que sea posible, 16S rADN que nos permitirá comparar toda
es importante realizar los controles de im- la microbiota, no solo la cultivable (Del
plantación de la microbiota que hemos Campo-Moreno et al., 2018). En primer lu-
trasferido para comprobar como hemos gar, debemos obtener el ADN total de la
cambiado el ecosistema. Para ello hay di- muestra, y para ello se parte generalmente
ferentes metodologías que pueden usarse de 0,5 gramos de heces en 5 ml de agua
según las posibilidades técnicas que ten- miliQ estéril. Existen diferentes protocolos
gamos. comerciales y manuales con los que en
Por supuesto, el perfil de la microbiota general se obtienen buenos resultados,
en el receptor solía ser casi idéntico al del pero sobre todo es importante obtener
donante, al menos en los primeros días una buena pureza y concentración de
después del proceso de TMF. Se ha descrito ADN. Una vez obtenido el ADN debe ser
que cuando un solo donante se utiliza para procesado mediante la amplificación del
el TFM en varios receptores, se mantiene gen 16S para bacterias, generalmente en
un patrón homogéneo durante al menos la región V3-V4, o el espacio intergénico
tres meses (Li et al., 2016), aunque no se ITS-1 para hongos. En el caso de que quera-
implanta completamente la microbiota del mos identificar todos los microorganismos
donante (Seekatz et al., 2014). de nuestra muestra necesitaremos hacer
El viroma intestinal también está re- una secuenciación de tipo shotgun que no
velando datos interesantes, incluso en el realiza procesos de amplificación selectiva
campo de la TMF, donde se ha documen- por PCR y secuencia todo el metageno-
tado que se transmite el bacteriófago de ma. Una vez realizada la PCR, se crearán
los Caudovirales (Liu et al., 2023). El desafío librerías con los amplicones y después se
actual en la microbiota intestinal es la ca- secuencia de forma masiva en plataformas
racterización de los hongos y también su de segunda generación tipo Illumina (Mi-
caracterización durante el FMT. Seq y HiSeq) o IonTorrent, y las plataformas
En primer lugar, podemos cultivar las de tercera generación están siendo ya una
heces del donante y del receptor para iden- realidad en el mercado (PacBio y Nanopo-
tificar y tipificar las especies bacterianas re). El proceso de secuenciación masiva nos
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23 PROBIÓTICOS 2.0: AVANCES Y NUEVAS TENDENCIAS

reporta una cantidad ingente de secuen- tiene 7 copias y Clostridium beijerinckii

cias que deben pasar en primer lugar los tiene 14 copias. Esta variación hace que
filtros de calidad para eliminar secuencias no podamos afinar en la composición del
incompletas o quimeras entre el ADN de ecosistema, pero este es un hándicap que
dos microorganismos. Una vez finalizado el vamos a encontrar siempre.
proceso de curación de secuencias, pasare- La secuenciación masiva de tercera
mos a la asignación taxonómica mediante generación, que está ya en el mercado,
complicados procesos bioinformáticos que se basa en secuenciación directa sin paso
constan de las siguientes partes: previo de amplificación por PCR y en una
• Control de calidad de las secuencias longitud de hasta varias kilobases. Entre
(FASTQ). estos métodos de tercera generación se
• Eliminación de secuencias quiméricas. encuentra el de PacificBiocience (PacBio)
• Agrupamiento de las secuencias por ca- con el nuevo “Sequel System” y el MiniIon
racterísticas de similitud y solapamiento de Oxford Nanopore.
(clustering). Además de determinar la composición y
• Asignación taxonómica (FASTA): las ba- la distribución de los microorganismos de
ses de datos más utilizadas son SILVA y la microbiota, también cada vemos más
Greengenes. importante determinar su capacidad fun-
• Comparación de la composición en va- cional. Aunque todavía falta mucho para
rias muestras: existen varias plataformas que se estandaricen todos estos análisis,
para realizar esta comparación, las más los metabolitos bacterianos que habitual-
usadas es QIIME ([Link] y la mente se estudian son los ácidos grasos
plataforma LEfSe ([Link] de cadena corta (AGCC). Son ácidos gra-
[Link]/galaxy/). sos volátiles compuestos por no más de 6
Finalmente obtenemos unos archivos carbonos que pueden tener conformación
donde se recoge la abundancia relativa de ramificada o no. El acético (C2), propiónico
los diferentes filos, clases, órdenes, familias, (C3) y butírico (C4) son los más abundantes
géneros y en el caso que sea posible de representando más del 90% de los AGCC
especies. Los resultados habituales llegan presentes en el colon, pero sus proporcio-
al nivel de género y muy rara vez se puede nes pueden variar entre los diferentes suje-
conocer la especie por la longitud de las tos y condiciones (Seekatz 2018). Se pueden
secuencias. Para comparar las muestras detectar y cuantificar mediante técnicas
se utilizan los criterios de alfa diversidad de cromatografía líquida y gaseosa, por su
(número de especies y como es su distri- naturaleza volátil, especialmente el ácido
bución) y de beta diversidad (presencia o acético, por lo que se recomienda el em-
ausencia de determinados microorganis- pleo de cromatografía de gases (CG). Des-
mos y sus distribuciones). pués, al igual que ocurre con la composi-
Las limitaciones de la secuenciación ción de la microbiota, deberemos realizar
masiva son varias, muchas veces se ob- análisis bioinformáticos con significancia
tienen secuencias demasiado cortas que estadística para comparar varias muestras,
no permiten una identificación apropia- y revelar cuáles son las diferencias que nos
da (<200 pares de bases). El gen ARNr 16S orienten hacia una mejor funcionalidad del
tiene diferente número de copias en cada ecosistema.
género: Mycobacterium tuberculosis tiene Dentro de los donantes de heces pode-
una única copia del gen, Staphylococcus mos distinguir entre aquellos que tienen
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24 PROBIÓTICOS 2.0: AVANCES Y NUEVAS TENDENCIAS

algún grado de parentesco o relación con al., 2019). De hecho, en los últimos años se
el receptor, y los que no. Cuando el receptor está optando por tener bancos de heces
tiene una infección por C. difficile casi siem- a partir de los donantes que estén valida-
pre intentamos localizar un donante entre dos y utilizar cualquier muestra para los
los familiares del paciente, ya que persegui- pacientes de ICD (Cammarota et al., 2019).
mos el objetivo de recuperar el ecosistema Todas las revisiones en el tema coinciden
inicial del paciente, y entre familiares y con- que en la ICD lo importante no es el origen
vivientes es fácil que se compartan los mi- de la muestra, sino añadir bacterias a un
croorganismos. Todos los linajes genéticos ecosistema devastado.
de una misma especie pueden tener una Si bien es cierto que toda la experiencia
funcionalidad similar, pero además existe en ICD con TMF ha sido muy positiva, siem-
un cierto reconocimiento específico entre pre pueden aparecer efectos secundarios
nuestros microorganismos y nuestro sis- indeseables, que debemos de tratar de pre-
tema inmune que hace que no sea igual venir y minimizar. El punto más importante
implantar una cepa que otra. Gracias a los es descartar la existencia o el posible ries-
estudios moleculares, hemos aprendido a go de padecer enfermedades relacionadas
diferenciar clones dentro de una misma con la microbiota intestinal que puedan ser
especie bacteriana, y cada uno de esos clo- transferidas desde el donante al receptor.
nes puede presentar diferentes factores de Estas enfermedades/patología, podrían
virulencia y PAMPS (Pathogen-associated tardar años en dar la cara, y por ello siem-
molecular patterns). Hay otros factores pre debemos guardar una alícuota de las
añadidos que nos hacen preferir siempre heces de los donantes para poder elucidar
un donante que sea familiar del paciente, su origen (Kassam et al., 2019).
siempre hay más voluntad de colaboración
entre los familiares del propio paciente, a la
vez que más presión. En muchas ocasiones, Seguimiento clínico post-TMF
los donantes que son familiares padecen Una vez realizado el TMF y que el pa-
la ansiedad de que tienen que conseguir ciente se haya recuperado de la sedación
una buena deposición, y los nervios les im- de la colonoscopia, podemos administrar
piden defecar. Mi recomendación en este 2 mg de loperamida para intentar evitar la
caso siempre es hablar mucho con ellos pérdida de la solución instilada. Mientras
para tranquilizarlos, y sobre todo que em- que hay pacientes conscientes y con buen
piecen a recoger muestras 2-3 días antes control de esfínteres que son capaces de
de que realice el TMF, ya que si todo va bien evitar las pérdidas, en otros es necesario
tendremos unas heces frescas, pero en el recurrir a este medicamento para favorecer
caso de que no consiga defecar, siempre la retención.
podemos recurrir a las muestras de días El paciente debe estar en reposo abso-
anteriores. luto hasta el día siguiente, mientras que
En el caso de ICD nunca se ha planteado la ingesta de alimentos puede retomarse
la posibilidad de que un donante sea más a partir de las 6 horas de la transferencia.
adecuado que otro, ni que existan micro- No es habitual que existan complicaciones
biotas con composición más adecuada importantes ni efectos adversos importan-
que otras, o que alguna de las bacterias tes en las primeras horas post-TMF, pero
pueda estimular el sistema inmune del re- hay que advertir a la familia que antes cual-
ceptor (Woodworth et al., 2017, Duvallet et quier complicación llamen por teléfono o
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25 PROBIÓTICOS 2.0: AVANCES Y NUEVAS TENDENCIAS

acudan directamente a urgencias. Algunos caso de necesitar un antimicrobiano, los

pacientes han referido dolor abdominal que debemos tratar de vitar siempre son
leve, flatulencia, e incluso diarrea acuosa clindamicina, carbapenemas (meropenem,
expulsando el preparado del TMF. A pesar ertapenem), quinolonas (levofloxacino, ci-
de que la primera deposición sea diarreica, profloxacino), cefalosporinas (ceftriaxona,
el proceso funciona igualmente y se obser- ceftazidima), y penicilinas con inhibidores
va mejoría clínica casi de forma inmediata. de betalactamasa (amoxicilina-clavuláni-
Más allá de la primera deposición que se co).
corresponde con el material que hemos in- Para tratar infecciones respiratorias o
troducido, la diarrea no vuelve a aparecer, y cutáneas deberían considerarse las tetra-
los pacientes suelen referir incluso un ligero ciclinas (doxiciclina), los macrólidos (azitro-
estreñimiento. micina) o el linezolid. En infección urinaria
Deberemos de hacer un seguimiento los aminoglucósidos (gentamicina) o el co-
clínico, que puede ser telefónico para no trimoxazol, y en casos muy especiales se
hacer venir al paciente al hospital, duran- podría prevenir la recurrencia de C. difficile
te al menos 8 semanas. En el caso de que administrando vancomicina.
realicemos una monitorización de las bac-
terias implantadas, se solicitará una mues-
tra de heces, generalmente después de la Coste-efectividad del TMF
primera semana, y otra al mes. Debemos La ICD es una de las infecciones asocia-
recordar guardar siempre de una alícuota das a la atención de la salud más comu-
de esas muestras congeladas, ya que en nes en todo el mundo y que representa un
el caso de que ocurra alguna reacción ad- importante costo para el sistema sanitario,
versa podremos certificar si el evento está especialmente en aquellos pacientes que
relacionado o no con el proceso de TMF. recidivan y en aquellos infectados por las
Entre otras, una de las causas más im- cepas hiperepidémicas/hipervirulentas
portantes de fracaso del TMF es la admi- como el ribotipo 027 y el 078.
nistración de antibióticos (Meighani et Vancomicina y f idaxomicina son los
al., 2016, Fischer et al., 2016). Debido a que antibióticos generalmente utilizados en
estos pacientes suelen ser sujetos añosos el primer episodio de la infección, pero
y con múltiples comorbilidades, muchas mientras que vancomicina es una sustan-
veces requieren de un antibiótico para cia muy barata (50 € por paciente), fida-
tratar sus procesos infecciosos, aunque xomicina tiene un elevado coste (1.500 €).
muchas de las veces estos tratamientos La última novedad del arsenal terapéutico
suelen ser innecesarios, pero se pautan es el bezlotoxumab (1.500 €) que es primer
para prevenir las posibles complicaciones anticuerpo monoclonal antitoxina humano
infecciosas. Para evitar que esto ocurra, es que se une con alta afinidad a la toxina B
aconsejable proporcionar algún documen- de C. difficile y neutraliza su actividad. Su
to al paciente para que lo pueda mostrar a utilización está justificada porque previe-
su médico de atención primaria, evitando ne la recurrencia de la ICD estimulando la
así correr riesgos de recaídas de la ICD. En inmunidad pasiva contra la toxina.
este documento debemos recoger que se Las directrices actuales para la gestión
deben evitar tratar con antibióticos todas de la IDC recomiendan el uso de metroni-
las situaciones posibles, incluyendo sobre dazol, vancomicina, fidaxomicina o el tras-
todo las bacteriurias asintomáticas. En el plante de microbiota fecal (FMT), depen-
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26 PROBIÓTICOS 2.0: AVANCES Y NUEVAS TENDENCIAS

diendo de la gravedad de la enfermedad co es que limita la expresión de las toxinas

y de la presencia y el número de recidivas. de C. difficile. La bacterioterapia única de-
Las opciones de tratamiento actuales y bería ser explorada, pero sin duda, las com-
los algoritmos disponibles dificultan a los binaciones de diferentes enfoques podrían
médicos la adaptación de terapias indivi- ser una prioridad en el futuro, tratando de
dualizadas para los pacientes. Si bien los evitar la transferencia de microorganismos
medicamentos y terapias más recientes para prevenir efectos secundarios indesea-
pueden ser más eficaces, también son más bles a largo plazo.
costosos. En los últimos años se han rea-
lizado varios análisis de costo-eficacia de
diferentes estrategias de tratamiento de la BIBLIOGRAFÍA
IDC para apoyar la adopción de decisiones 1. Aira A, Fehér C, Rubio E, Soriano A. The intesti-
basadas en pruebas, pero los resultados nal microbiota as a reservoir and a therapeutic
no han sido concluyentes por la falta de target to fight multi-drug-resistant bacteria:
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homogeneidad en los estudios y en tipo
Ther. 2019 Dec;8(4):469-482. doi: 10.1007/s40121-
de pacientes incluidos (Merlo et al., 2016),
019-00272-7.
si bien la TMF se ha mostrado superior al
resto (Hvas et al., 2019). 2. Allegretti JR, Elliott RJ, Ladha A, Njenga M,
Warren K, O’Brien K, Budree S, Osman M, Fis-
cher M, Kelly CR, Kassam Z. Stool processing
speed and storage duration do not impact the
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ecosistemas microbianos. En ese sentido, inflammation. Cells. 2020 May 16;9(5):1234. doi:
no podemos clasificar los microorganis- 10.3390/cells9051234.

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nir una microbiota saludable en base a su
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trar su utilidad en patologías concretas, y
Technical aspects of fecal microbial transplan-
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paso más para avanzar en el conocimiento 2018 Jun 9;20(7):30. doi: 10.1007/s11894-018-
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miento de la IDC es abrumadora; sin em- microbiome approaches to treat obesity in
bargo, desde el punto de vista microbio- humans. Applied microbiology and biotech-
lógico hay algunas cuestiones que deben nology. 2019;103(3):1081-94. doi: 10.1007/s00253-
aclararse. La realidad es que no sabemos lo 018-9570-8.

que ocurre cuando realizamos una TMF, ni 7. Biehl LM, Cruz Aguilar R, Farowski F, Hahn W,
que compuesto químico o agente biológi- Nowag A, Wisplinghoff H, Vehreschild MJGT.
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27 PROBIÓTICOS 2.0: AVANCES Y NUEVAS TENDENCIAS

Fecal microbiota transplantation in a kidney Weese JS, Allen-Vercoe E. Effects of defined gut
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