ÁCIDOS
NUCLEICOS: ADN y
ARN
Dr. Wilian Bravo MsC.
La estructura del ADN y el ARN
Los ácidos nucleicos son uno de los cuatro tipos
principales de macromoléculas que son
esenciales para todas las formas de vida
conocidas. Los ácidos nucleicos consisten en dos
macromoléculas principales,
ácido desoxirribonucleico ( ADN ) y
ácido ribonucleico (ARN) que llevan las
instrucciones genéticas para el desarrollo,
funcionamiento, crecimiento y reproducción de
todos los organismos y virus conocidos. La
macromolécula de ADN, está compuesta por dos
cadenas de polinucleótidos que se enrollan entre
sí para formar una doble hélice.
La estructura central de un monómero de ácido
nucleico es el nucleósido , que consta de un residuo de
azúcar + una base nitrogenada que se une al residuo
de azúcar en la posición 1’ .
El azúcar utilizado para los monómeros de ARN es la
ribosa, mientras que los monómeros de ADN utilizan
desoxirribosa que ha perdido el grupo funcional
hidroxilo en la posición 2' de la ribosa. Para la molécula
de ADN, hay cuatro bases nitrogenadas que se
incorporan a la estructura estándar del ADN. Estos
incluyen las purinas: adenina (A) y guanina (G), y
las pirimidinas: citosina (C) y timina (T). El ARN usa
las mismas bases nitrogenadas que el ADN, a
excepción de la timina. La timina se reemplaza con
uracilo (U) en la estructura del ARN.
La doble hélice formada durante la síntesis de ADN tiene varias propiedades físicas
clave. El ADN se ensambla de tal manera que los monofosfatos de nucleósidos se
incorporan a las cadenas de ADN en crecimiento. A diferencia de la proteína α-hélice,
donde los grupos R de los aminoácidos se colocan en el exterior de la hélice, en la doble
hélice del ADN, las bases nitrogenadas se colocan hacia adentro y se enfrentan entre
sí. La columna vertebral del ADN está formada por residuos repetidos de azúcar-fosfato-
azúcar-fosfato.
Las bases encajan en el modelo de doble hélice si la pirimidina de una hebra siempre se
empareja con la purina de la otra. De las reglas de Chargaff, las dos hebras emparejarán
A con T y G con C. Esto empareja una base ceto con una base amino, una purina con
una pirimidina. Se pueden formar dos enlaces H entre A y T, y tres entre G y C. Este
tercer enlace H en el par de bases G:C se encuentra entre el grupo amino exocíclico
adicional en G y el grupo ceto C2 en C. El El grupo ceto C2 de pirimidina no está
involucrado en los enlaces de hidrógeno en el par de bases A:T.
Además, la orientación de la
molécula de azúcar dentro de la
hebra determina la
direccionalidad de las hebras. El
grupo fosfato que forma parte del
monómero de nucleótido siempre
está unido a la posición 5 ‘ del
residuo de azúcar
desoxirribosa. El extremo libre
que puede aceptar un nuevo
nucleótido entrante es la posición
hidroxilo 3' del azúcar
desoxirribosa. Por lo tanto, el ADN
es direccional y siempre se
sintetiza en la dirección 5 'a
3'. Curiosamente, las dos hebras
de la doble hélice del ADN se
encuentran en direcciones
opuestas o tienen una orientación
de cabeza a cola.
El nucleótido que se requiere como
monómero para la síntesis de ADN y ARN
es el nucleósido trifosfato de alta energía
. Durante la incorporación del nucleótido a
la estructura polimérica, dos grupos fosfato
(P i -P i , llamados pirofosfato ) de cada
trifosfato se escinden del nucleótido
entrante y se hidrolizan aún más durante la
reacción, dejando un nucleósido
monofosfato que se incorpora al cadena de
ARN o ADN en crecimiento. La
incorporación del nucleósido trifosfato
entrante está mediada por el ataque
nucleofílico del 3'-OH del polímero de ADN
en crecimiento. Por lo tanto, la síntesis de
ADN es direccional y solo ocurre en el
extremo 3 'de la molécula.
La hidrólisis adicional del pirofosfato
(P i -P i ) libera una gran cantidad de
energía, lo que garantiza que la
reacción general tenga
un ΔG negativo . La hidrólisis de P i -
P i –> 2P i tiene un ΔG = -7 kcal/mol y
es esencial para proporcionar
el ΔG negativo general (-6,5 kcal/mol)
de la reacción de síntesis de ADN. La
hidrólisis del pirofosfato también
asegura que la reacción inversa, la
pirofosforílisis , no tendrá lugar
eliminando el nucleótido recién
incorporado de la cadena de ADN en
crecimiento.
Esta reacción está
mediada en el ADN por
una familia de enzimas
conocidas como ADN
polimerasas. De
manera similar, se
requieren ARN
polimerasas para la
síntesis de ARN. Se
cubrirá una descripción
más detallada de los
mecanismos de
reacción de la
polimerasa en los
capítulos X e Y, que
cubren la replicación y
reparación del ADN y la
transcripción del ADN.
El ADN fue aislado por primera vez por
Friedrich Miescher en 1869. El modelo de
doble hélice de la estructura del ADN fue
publicado por primera vez en la
revista Nature por James Watson y Francis
Crick en 1953, (coordenadas X, Y, Z en 1954)
basado en el crucial X- imagen de difracción
de rayos del ADN de Rosalind Franklin en
1952, seguida de su imagen de ADN más
clarificada con Raymond Gosling, Maurice
Wilkins, Alexander Stokes y Herbert Wilson,
e información química y bioquímica de
emparejamiento de bases de Erwin
Chargaff. El modelo anterior era ADN de
triple cadena.
[Link]
Crick
La comprensión de que la estructura del
ADN es la de una doble hélice aclaró el
mecanismo de apareamiento de bases
mediante el cual la información genética
se almacena y copia en los organismos
vivos y se considera uno de los
Wilkins descubrimientos científicos más
importantes del siglo XX. Crick, Wilkins y
Watson recibieron cada uno un tercio del
Premio Nobel de Fisiología o Medicina de
1962 por sus contribuciones al
descubrimiento. (Franklin, cuyos
innovadores datos de difracción de rayos
X se utilizaron para formular la estructura
del ADN, murió en 1958 y, por lo tanto,
no fue elegible para ser nominado al
Watson Premio Nobel).
Tarea
• Usar ChemSketch y Avogadro para construir una cadena de ocho (8)
pares de bases nitrogenadas de ADN, con sus correspondientes
azúcares y grupos fosfatos necesarios. El orden de los padres es
aleatorio.
• Construir las estructuras moleculares y subir a la tarea
correspondiente en el aula virtual
• Se quiere realizar una tutoría para llevar a cabo esta tarea
Watson y Crick propusieron dos hebras de ADN, cada una en
una hélice de mano derecha, enrollada alrededor del mismo
eje. Las dos hebras se mantienen unidas por enlaces de H
entre los pares de bases complementarios (los pares A con T y
los pares G con C). Tenga en cuenta que cuando mira desde la
vista superior, hacia abajo en un par de bases de ADN, la
posición en la que los pares de bases se unen a la columna
vertebral del ADN no es equidistante, sino que la unión
favorece a un lado sobre el otro. Esto crea brechas o espacios
desiguales en el ADN conocidos como el surco mayor para la
brecha más grande y el surco menor para el espacio más
pequeño. Con base en la secuencia de ADN dentro de la
región, el potencial de enlace de hidrógeno creado por los
átomos de nitrógeno y oxígeno presentes en los pares de
bases nitrogenadas causa características de reconocimiento
únicas dentro de los surcos mayor y menor, lo que permite
crear sitios de reconocimiento de proteínas específicos.
Figura 5 Los surcos mayor y
menor del ADN. Vista superior de
un par de bases (A) AT y un par de
bases (B) GC que muestran la
formación de los lados del surco
mayor y menor del ADN. (C) Vista
lateral de la doble hélice de ADN
con los surcos mayor y menor
indicados. La columna vertebral del
ADN se muestra en verde, las
ubicaciones potenciales de enlace
de hidrógeno de nitrógeno se
indican en azul y las ubicaciones de
enlace de hidrógeno de oxígeno en
rojo.
Los surcos mayores y menores que proporcionan
variación dentro de la estructura de doble hélice, la
alineación del eje de la hélice junto con otros factores
que influyen, como el grado de solvatación, pueden
dar lugar a tres formas de doble hélice, la forma A (
A-DNA) , la forma B (B-DNA) y la forma Z (Z-DNA) . A
y B de la doble hélice son espirales dextrógiras,
forma B la forma predominante que se encuentra in
vivo . La hélice en forma de A surge cuando se dan
condiciones de deshidratación por debajo del 75%
de lo normal y se ha observado principalmente in
vitro durante experimentos de cristalografía de rayos
X cuando la hélice de ADN se ha desecado. Sin
embargo, la forma A de la doble hélice puede ocurrir
in vivo cuando el ARN adopta una conformación de
doble cadena, o cuando se forman complejos ARN-
ADN. El grupo 2′-OH del esqueleto de azúcar ribosa
en la molécula de ARN evita que el híbrido ARN-ADN
adopte la conformación B debido al impedimento
estérico.
El tercer tipo de doble hélice formado es una
estructura helicoidal levógira conocida como
forma Z o Z-DNA. Dentro de este motivo
estructural, los fosfatos dentro del esqueleto
parecen zigzaguear, proporcionando el
nombre Z-DNA (Figura 4.6). In vitro, la forma
Z del ADN se adopta en secuencias cortas
que alternan pirimidina y purina y cuando
hay alta salinidad. Sin embargo, la forma Z
se ha identificado in vivo , dentro de
regiones cortas del ADN, lo que demuestra
que el ADN es bastante flexible y puede
adoptar una variedad de
conformaciones. En la Tabla 4.1 se muestra
una comparación de características entre el
ADN en forma A, B y Z.
Dimensiones de la forma B (la más común)
del ADN
•0,34 nm entre pb, 3,4 nm por turno,
alrededor de 10 pb por turno
•1,9 nm (alrededor de 2,0 nm o 20
Angstroms) de diámetro
Figura 6 Principales conformaciones de
la doble hélice del ADN. (A) Muestra
desde la vista superior, las diferentes
ubicaciones del eje central en las
diferentes formas principales de ADN, con
los pares de bases representados en la
conformación B. Vista lateral de (B) ADN
en forma de A, (C) ADN en forma de B y
(D) ADN en forma de Z.
Tabla 1 Comparaciones de forma B, forma A y ADN Z
Forma Z
Forma B Forma A
sentido de hélice Diestro Diestro Zurdo
pares de bases por turno 10 11 12
subida vertical por pb 3,4 Å 2,56 Å 19 Å
rotación por pb +36° +33° -30°
diámetro helicoidal 19 Å 19 Å 19 Å
La hélice de doble cadena del ADN no siempre es estable. Esto se debe a que los enlaces escalonados
entre las hebras son interacciones reversibles no covalentes. Dependiendo de la secuencia de ADN, la
desnaturalización (fusión) puede ser local o generalizada y permite que se lleven a cabo varios procesos
celulares cruciales, incluida la replicación, transcripción y reparación del ADN.
Modificación estructural localizada de la doble
hélice del ADN.
(a) La orientación del par de bases con azes x, y y z da
como resultado diferentes tipos de rotación
(inclinación, giro o giro) o deslizamiento de las
bases (deslizamiento, volteo) con respecto al eje
central de la hélice.
(b) Matove B-DNA con casi 11 pares de bases dentro de
un giro helicoidal.
(c) Intercalación mono o bis de una molécula pequeña
(mostrada en azul) entre pares de bases adyacentes
que da como resultado un desenrollamiento de la
hélice de ADN (flecha naranja en la parte superior) y
un alargamiento de la hélice de ADN (ΔLongitud)
dependiendo de la Valores de X e y Å que son
específicos para un compuesto de intercalación de
ADN definido.
(d) Representación de la flexión del ADN, el cambio de
base o la apertura de doble cadena inducida por
algunos agentes alquilantes desestabilizadores del
ADN (aductos que se muestran en azul). Adaptado
de la representación de caja esquemática de
Calladine y Drew.
Cromosomas y empaquetado
Dentro de las células eucariotas, el ADN está organizado
en largas estructuras lineales
llamadas cromosomas (Figura 4.8). Un cromosoma es una
molécula de ácido desoxirribonucleico (ADN) con parte o
todo el material genético (genoma) de un organismo. La
mayoría de los cromosomas eucarióticos incluyen
proteínas de empaquetamiento que, con la ayuda de
proteínas chaperonas, se unen y condensan la molécula
de ADN para evitar que se convierta en una maraña
inmanejable. Antes de la división celular típica, estos
cromosomas se duplican en el proceso de replicación del
ADN, proporcionando un conjunto completo de
cromosomas para cada célula hija. Los brazos replicados
de un cromosoma se denominan cromátidas . Antes de
separarse en las células hijas durante la mitosis, las
Figura 4.8 Diagrama del cromosoma eucariótico
cromátidas replicadas se mantienen unidas por una y condensado. (1) Cromátida: una de las dos
replicado
estructura cromosómica llamada centrómero _partes idénticas del cromosoma después de la fase S. (2)
Centrómero: el punto donde se unen las dos cromátidas. (3)
El brazo corto se denomina p ; El brazo largo se denomina q
Los organismos eucariotas (animales, plantas,
hongos y protistas) almacenan la mayor parte de
su ADN dentro del núcleo celular como ADN
nuclear lineal, y algo en las mitocondrias como
ADN mitocondrial circular o en los cloroplastos
como ADN de cloroplasto circular.
Por el contrario, los procariotas (bacterias y
arqueas) no tienen estructuras de orgánulos y,
por lo tanto, almacenan su ADN solo en una región
del citoplasma conocida como
región nucleoide . Los cromosomas procarióticos
consisten en ADN circular de doble cadena.7
El genoma de una célula suele ser significativamente
más grande que la propia célula. Por ejemplo, si el ADN
de una célula humana que contiene 46 cromosomas se
estirara en una línea, ¡se extendería más de 6 pies (2
metros)! ¿Cómo es posible que la información genética
no sólo encaje en la célula, sino que encaje en el núcleo
celular Eukaryota resuelve este problema mediante
una combinación de superenrollamiento y
empaquetamiento de ADN alrededor de la familia de
proteínas histonas (descrito a continuación). Los
procariotas no contienen histonas (con algunas
excepciones). Los procariotas tienden a comprimir su
ADN utilizando proteínas asociadas a nucleoides
(NAP) y superenrollamiento (Figura 4.9).
El superenrollamiento del ADN se refiere al
enrollamiento excesivo o insuficiente de una hebra
de ADN, y es una expresión de la tensión en esa
hebra (Figura 4.9). El superenrollamiento es
importante en una serie de procesos biológicos,
como la compactación del ADN y la regulación del
acceso al código genético. El superenrollamiento
del ADN afecta fuertemente el metabolismo del
ADN y posiblemente la expresión génica. Además,
ciertas enzimas, como las topoisomerasas ,
pueden cambiar la topología del ADN para facilitar
funciones como la replicación o la transcripción
del ADN.
En un segmento de doble hélice "relajado" de
B-DNA, las dos hebras giran alrededor del eje
helicoidal una vez cada 10,4 a 10,5 pares de
bases de secuencia. Agregar o restar giros,
como pueden hacer algunas enzimas, impone
tensión. Si un segmento de ADN bajo tensión
de torsión se cerrara en un círculo uniendo sus
dos extremos y luego se le permitiera moverse
libremente, el ADN circular se contorsionaría en
una nueva forma, como una simple figura ocho
(Figura 4.9). Tal contorsión es
un superenrollamiento . La forma nominal
"superenrollamiento" se usa a menudo en el
contexto de la topología del ADN.
Además de formar una estructura
superenrollada, se ha demostrado que los
cromosomas circulares de las bacterias
experimentan procesos
de concatenación y anudado tras la inhibición de
las enzimas topoisomerasas. La
concatenación es el proceso mediante el cual
dos cadenas circulares de ADN se unen como
eslabones de cadena, mientras que el anudado
del ADN son las estructuras entrelazadas que se
producen dentro de una sola estructura circular
de ADN. In vivo, la acción de las enzimas
topoisomerasas es fundamental para evitar que
los nudos y catenoides enreden la estructura del
ADN.
Genoma mitocondrial. Las
mitocondrias son estructuras
de orgánulos que contienen
una doble membrana, que se
cree que se originaron como
un organismo procariota
independiente que
originalmente fue engullido
por un organismo eucariota,
donde se convirtió en una
contraparte simbiótica. Las
mitocondrias contienen ADN
cromosómico circular que
comparte una gran similitud
de secuencia con las
alfaprotobacterias. El genoma
mitocondrial humano
contiene 16 569 pares de
bases que codifican 13
proteínas y componentes de
ARN ribosómico (ARNr).
En las células, las proteínas presentes en las
mitocondrias (que suman aproximadamente 1500
tipos diferentes en los mamíferos) están codificadas
por el ADN nuclear. Sin embargo, la secuenciación
del genoma mitocondrial humano ha revelado 16
569 pares de bases que codifican 13 proteínas
(Figura 4.12). Muchas de las proteínas producidas
mitocondrialmente son necesarias para el
transporte de electrones durante la producción de
ATP (Figura 4.12).
Las histonas son proteínas altamente alcalinas que se encuentran en los núcleos de las células eucariotas que
empaquetan y ordenan el ADN en unidades estructurales llamadas nucleosomas. Son los principales componentes
proteicos de la cromatina, actúan como bobinas alrededor de las cuales se enrolla el ADN y desempeñan un papel en la
regulación de los genes. Sin histonas, el ADN desenrollado en los cromosomas sería muy largo (una relación de largo a
ancho de más de 10 millones a 1 en el ADN humano). Por ejemplo, cada célula diploide humana (que contiene 23 pares
de cromosomas) tiene alrededor de 1,8 metros de ADN; enrollada en las histonas, la célula diploide tiene alrededor de 90
micrómetros (0,09 mm) de cromatina.
Existen cinco familias
principales de histonas:
H1/H5, H2A, H2B, H3 y
H4. Las histonas H2A, H2B,
H3 y H4 se conocen como
histonas centrales, mientras
que las histonas H1/H5 se
conocen como histonas
enlazadoras.
Figura 4.13 Estructura del núcleo del nucleosoma. Las
histonas H2A y H2B se dimerizan y las histonas H3 y H4 se
dimerizan. Dos dímeros de cada uno se unen para formar
un octómero central de histonas. La doble hélice del ADN
se enrolla 1,65 veces alrededor del núcleo octómero
formando la estructura del nucleosoma.
Figura 4.14 Estructura general del nucleosoma. (A) Diagrama de vista lateral de la estructura del
nucleosoma con el octómero de histona mostrado en azul, la doble hélice de ADN en rojo y el enlazador de
histona H1 en verde. (B) Muestra una representación de vista superior del octómero de histonas con la
hélice de ADN asociada. Tenga en cuenta que las colas de histonas de H3 y H2B sobresalen del ADN.
Figura 4.15 Estructura cromosómica. (1) La doble hélice del ADN
tiene aproximadamente 2 nm de diámetro. (2) La estructura central del
nucleosoma tiene aproximadamente 11 nm de diámetro. (3) La
estructura de solenoide/zigzag tiene aproximadamente 30 nm de
diámetro y se propone que forme bucles cromosómicos (4) durante la
interfase celular y territorios cromosómicos más condensados (5)
durante la mitosis.
Estructuras de telómeros
En los extremos de los cromosomas
lineales hay regiones especializadas de
ADN llamadas telómeros (Figura 4.17). La
función principal de estas regiones es
permitir que la célula replique los
extremos de los cromosomas utilizando
la enzima telomerasa, ya que las enzimas
que normalmente replican el ADN no
pueden copiar los extremos 3 'de los
cromosomas. Estas cubiertas
cromosómicas especializadas también
ayudan a proteger los extremos del ADN
y evitan que los sistemas de reparación
del ADN en la célula los traten como
daños a corregir. En las células humanas,
los telómeros suelen ser fragmentos de
ADN monocatenario que contienen varios
miles de repeticiones de una secuencia
TTAGGG simple.
Durante la replicación del ADN, el ADN de doble cadena se desenrolla y la
ADN polimerasa sintetiza nuevas cadenas. Sin embargo, como la ADN
polimerasa se mueve de manera unidireccional (de 5' a 3'), solo la hebra
principal puede replicarse continuamente. En el caso de la hebra retrasada,
la replicación del ADN es discontinua. En los seres humanos, los cebadores
de ARN pequeños se unen a la hebra rezagada de ADN y el ADN se
sintetiza en pequeños tramos de aproximadamente 100 a 200 nucleótidos,
que se denominan fragmentos de Okazaki.. Los cebadores de ARN se
eliminan, se reemplazan con ADN y los fragmentos de Okazaki se ligan
entre sí. Al final de la hebra rezagada, es imposible unir un cebador de
ARN, lo que significa que se perderá una pequeña cantidad de ADN cada
vez que la célula se divida. Este 'problema de replicación final' tiene graves
consecuencias para la célula, ya que significa que la secuencia de ADN no
se puede replicar correctamente, con la pérdida de información genética.
Para evitar esto, los telómeros se repiten cientos o miles de
veces al final de los cromosomas. Cada vez que se produce la
división celular, una pequeña parte de las secuencias
teloméricas se pierde por el problema de la replicación
final, protegiendo así la información genética. En algún
momento, los telómeros se vuelven críticamente cortos. Este
desgaste conduce a la senescencia celular, donde la célula no
puede dividirse, o a la muerte celular apoptótica. Los telómeros
son la base del límite de Hayflick, el número de veces que una
célula es capaz de dividirse antes de llegar a la senescencia .
Los telómeros pueden ser restaurados por la enzima
telomerasa, que extiende la longitud de los telómeros. La
actividad de la telomerasa se encuentra en las células que
se dividen regularmente, como las células madre y los
linfocitos del sistema inmunitario. Los telómeros también
se pueden extender a través de la vía de alargamiento
alternativo de los telómeros (ALT). En este caso, en lugar de
extenderse, los telómeros se intercambian entre
cromosomas mediante recombinación homóloga. Como
resultado del intercambio de telómeros, un conjunto de
células hijas tendrá telómeros más cortos y el otro conjunto
tendrá telómeros más largos.
Figura 4.17 Estructura de los telómeros. (A) Los telómeros están ubicados
al final de los cromosomas, donde ayudan a proteger contra la pérdida de
ADN durante la replicación. (B) Cuádruplex de ADN formado por repeticiones
de telómeros. La conformación en bucle de la columna vertebral del ADN es
muy diferente de la típica hélice de ADN. Las esferas verdes en el centro
representan iones de potasio.
Referencias
Börner, R., Kowerko, D., Miserachs, HG, Shaffer, M. y Sigel, RKO (2016) Heterogeneidad inducida por iones metálicos en el plegamiento
del ARN estudiado por smFRET. Coordination Chemistry Reviews 327 DOI: 10.1016/[Link].2016.06.002 Disponible
en : [Link]
Hardison, R. (2019) Forma B, forma A y forma Z del ADN. Capítulo en: R. Hardison's Working with Molecular Genetics. Publicado por
LibreTexts. Disponible
en: [Link]
cleic_Acids%2C_Genomes_and_Chromosomes/2%3A_Structures_of_Nucleic_Acids/2.5%3A_B-Form%2C_A-Form%2
Forma_C_y_Z_de_ADN
Lenglet, G., David-Cordonnier, MH., (2010) Agentes desestabilizadores del ADN como enfoque alternativo para atacar el ADN:
mecanismos de acción y consecuencias celulares. Journal of Nucleic Acids 2010, ID del artículo: 290935, DOI: 10.4061/2010/290935
Disponible en: [Link]
Instituto de Mecanobiología (2018) ¿Qué son los cromosomas y los territorios cromosómicos? Producido por la Universidad Nacional de
Singapur. Disponible en: [Link]
Instituto Nacional de Investigación del Genoma Humano (2019) El Proyecto Genoma Humano. Institutos Nacionales de
Salud . Disponible en: [Link]
Colaboradores de Wikipedia. (8 de julio de 2019). ADN. En Wikipedia, la enciclopedia libre . Recuperado el 22 de julio de 2019, 02:41,
de [Link]
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