Actualización

sobre resistencias
a antimicrobianos

Módulo 2

Mecanismos de selección
y diseminación de la resistencia
a los antibióticos.
Los clones de alto riesgo

Coordinador: Dr. Germán Bou Arévalo

ESCMID Fellow. Jefe Servicio Microbiología. Profesor Asociado Microbiología, USC.
Hospital Universitario A Coruña, Spain

Autores: Dr. Álvaro Pascual Hernández Dr. Felipe Fernández Cuenca

Catedrático de Universidad. Universidad Facultativo Especialista de Área. Servicio
de Sevilla. Jefe de Servicio de Microbiología. de Microbiología. Hospital Universitario
Hospital Universitario Virgen Macarena. Sevilla Virgen Macarena. Sevilla
Actualización
sobre resistencias
a antimicrobianos

Módulo 2

Mecanismos de selección y diseminación

de la resistencia a los antibióticos.
Los clones de alto riesgo
INDICE

1. Resistencia antimicrobiana. Una crisis global 4

2. Reservorios y vías de transmisión de la resistencia antimicrobiana 5

3. Factores (drivers) que determinan la selección y diseminación 6

de la resistencia antimicrobiana

4. Diseminación de genes de resistencia asociada a elementos 11

genéticos móviles

5. Diseminación de clones de alto riesgo 21

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a antimicrobianos Los clones de alto riesgo

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1 Resistencia antimicrobiana. Una crisis global

La resistencia antimicrobiana constituye uno de los

problemas de salud pública mundial más relevantes
en el siglo XXI. La pandemia de la COVID-19 relegó
este problema a un segundo plano, pero la relevan-
cia de este problema sigue siendo indiscutible.

Estudios recientes demuestran que la

resistencia antimicrobiana es una de
las principales causas de mortalidad,
especialmente en los países en desarrollo
y que este problema sigue creciendo.

Se estima que en 2019 se produjeron 1,27 millones

de muertes atribuibles a la resistencia antimicrobia-
na bacteriana. Por orden de relevancia, los 6 patóge-
Escherichia coli bacterium.
nos más importantes fueron E. coli, S. aureus, K. pneu-
moniae, S. penumoniae, A. baumannii y P. aeruginosa(1).

Inicialmente, el problema de la resistencia antimicrobiana se asoció al uso de antimicrobianos en huma-

nos y, especialmente, en centros sanitarios. Hoy en día sabemos que el problema es de mayor enverga-
dura. El mal uso y abuso de antimicrobianos en humanos, veterinaria y agricultura pueden ser el origen del
problema, pero actualmente sabemos que este fenómeno sobrepasa estos límites y que el medio ambiente
juega un papel esencial en el mantenimiento y crecimiento de este problema. Este fenómeno se califica
como “One Health” y se basa en que la salud de las personas y de los animales están relacionadas y
afecta al ecosistema que ambos comparten.

One Health se define como los esfuerzos colaborativos de múltiples profesiones relacionadas
con la salud, trabajando a nivel local, nacional y global para lograr una salud óptima para las
personas, animales domésticos, vida salvaje, plantas y el ambiente.

Incluso en una situación donde se incrementa la población humana, acompañada de cambios climáticos,
aumento de la polución y disminución de recursos naturales, las ciencias de la salud y otras deben trabajar
juntas para la salud y bienestar de los humanos, animales y su medio ambiente.

La globalización y otros fenómenos socioeconómicos han llevado este problema a una magnitud mundial,
lo que se conoce con el nombre de “Global Health”. Los límites entre ambos conceptos no son fáciles de de-
terminar. Lo que sí parece claro es que el estudio de la evolución de la resistencia antimicrobiana debe
englobar:

• La evolución de la resistencia a nivel molecular.

• Los mecanismos de transmisión entre microorganismos.
• La diseminación entre animales y humanos.
• El papel del ambiente (agua y suelo).
• Y todos los factores socioeconómicos que contribuyen a su diseminación y crecimiento.
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Entre las causas más relevantes en la resistencia antimicrobiana destacan:

Uso inadecuado Falta de formación Inadecuadas medidas

y regulación ineficiente del personal involucrado de saneamiento e higiene

Liberación de antimicrobianos o sus metabolitos Uso de antibióticos como promotores

al medio ambiente a través de las aguas residuales del crecimiento animal

En EEUU, el 80 % de los antimicrobianos comerciales se utilizan como suplementos de crecimiento o para

tratamiento de animales(2). Esto supuso un consumo de más de 63.000 toneladas al año.

2 Reservorios y vías de transmisión de la resistencia


antimicrobiana

La resistencia antimicrobiana en animales y humanos está relacionada. Los principales reservorios y vías de
transmisión de la misma se detallan en la figura 1.

HUMANOS

AGUAS RESIDUALES

ALIMENTOS DE
ANTIMICROBIANOS MEDIO AMBIENTE
ORIGEN ANIMAL

ESTIERCOL

ANIMALES

Figura 1. Reservorios y rutas de transmisión de la resistencia antimicrobiana entre animales, humanos y medio
ambiente.

La presión antibiótica en animales y humanos determinan la aparición de resistencias antimicrobianas, es-

pecialmente en las bacterias que forman parte de la microbiota de ambos. Como se discutirá posteriormen-
te, muchos determinantes de resistencia se encuentran en elementos genéticos móviles que favorecen su
diseminación en entornos de una gran densidad bacteriana.

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Desde los animales, las bacterias resistentes y sus determinantes de resistencia pueden llegar a los hu-
manos a través de los alimentos cárnicos. También llegan al medio ambiente a través de estiércol que
producen. A partir de los humanos, las bacterias resistentes y sus determinantes llegan al medio ambiente
a través de las aguas residuales. El tratamiento de las mismas no llega a eliminar todas estas bacterias o
sus determinantes, que se eliminan al medio ambiente y, desde allí, pueden alcanzar de nuevo a humanos y
animales a través de las aguas y otros elementos.

Hay muchos elementos que favorecen el mantenimiento y diseminación de determinantes de resisten-

cia en el medio ambiente. Los animales salvajes también tienen acceso a este medio ambiente y a con-
tribuir, en menor medida, a la diseminación de la resistencia. Entre ellos, las aves migratorias pueden jugar
un papel en la transmisión de la resistencia de unos países a otros. Los animales de compañía también
pueden jugar un papel, posiblemente secundario, en la diseminación de las resistencias.

Todos estos fenómenos que se producen

a nivel local se ven favorecidos por el
fenómeno de la globalización.
Los viajes, las corrientes migratorias,
la distribución internacional de alimentos
y productos… favorecen la globalización de
este fenómeno y determinan que nuevos
determinantes de resistencia
y las bacterias que los albergan se
diseminen con rapidez entre países(3).

Un papel relevante lo juegan los mecanismos de

transmisión de muchos de estos determinantes, que
permiten el salto de estos entre especies y géneros
bacterianos, y la diseminación de clones de alto ries- Aves migratorias.
go (ver siguientes apartados).

3 Factores (drivers) que determinan la selección y diseminación


de la resistencia antimicrobiana

3.1. Consumo de antimicrobianos en humanos y no humanos

La mayoría de los antimicrobianos comerciales se utilizan en humanos y animales, incluyendo pájaros, ani-
males domésticos, pescados y mariscos de criaderos, abejas productoras de miel, etc. Existen pocos antimi-
crobianos de uso exclusivo animal o humano. Incluso en agricultura, se utilizan determinados antimicrobia-
nos para prevenir enfermedades bacterianas.

El uso humano de antimicrobianos incluye:

• tratamientos de infecciones,
• profilaxis individuales (cirugía)
• y profilaxis de grupo (meningitis meningocócica).
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Se calcula que el 50 % de las prescripciones

antimicrobianas son inadecuadas.
El 20-30 % de los pacientes europeos
reciben antimicrobianos en sus estancias
hospitalarias, convirtiendo las aguas
residuales en una zona crítica para la
aparición de resistencias o el intercambio
de determinantes de resistencia entre
especies o géneros bacterianos. Existen
numerosos países donde se pueden
adquirir antimicrobianos sin receta médica.

En veterinaria, el uso es diferente entre los animales

de compañía y los animales utilizados para alimen-
to. En los primeros, el uso es parecido al humano, Uso de antibióticos en animals domésticos.
pero, en los segundos, es frecuente el uso grupal
mediante el agua o los alimentos, incluso cuando la
mayoría de los animales no muestran signo de in-
fección. Este uso masivo en grupos se conoce con
el nombre de metafilaxis. Este uso se ha utilizado
frecuentemente en ganadería cuando se detectaban
algunos animales enfermos en el grupo, o cuando se
considera que hay un alto riesgo de infección bacte-
riana por exposición a ellos (mezcla de animales de
diferente origen) o situaciones de poco saneamiento,
hacinamiento o viajes.

Se han encontrado restos de

antimicrobianos en numerosos productos
de origen animal, tales como leche o carne.
Los países que producen mayor cantidad
de antimicrobianos para uso veterinario Granja de vacuno.

son China, EEUU, Brasil e India.

El uso veterinario más controvertido es el uso de antimicrobianos a bajas dosis (subterapéuticas) por tiem-
pos prolongados con fines de promoción del crecimiento. Su uso, que genera resistencia antimicrobiana,
está más basado en términos de rentabilidad económica que sanitarios. El periodo de uso puede oscilar
desde semanas a la vida entera del animal. Existen numerosos estudios que cuestionan la supuesta ventaja
económica de esta práctica, pero no se tiene duda del alto impacto que tiene en el crecimiento y disemina-
ción de la resistencia antimicrobiana.

Existe la creencia, de que el uso de antimicrobianos como promotor de crecimiento se usa

para compensar otros factores, tales como la falta de higiene o de cuidado de los animales.

De manera similar a los humanos, el 30-90 % de los antimicrobianos que consumen los animales se eliminan
en la orina o estiércol. Ello determina la contaminación del ambiente de las granjas con bacterias mul-
tirresistentes. En ese sentido, la Organización Mundial de la Salud (OMS), persigue la eliminación de esta
práctica, que ya ha sido prohibida en Europa y se está eliminando en otros países, como EEUU(4).

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En el último informe de la Organización Mundial de Salud Animal (OIE) se determinó que esta
práctica seguía existiendo en el 41 % de los países, aunque va disminuyendo poco a poco(5).

3.2. Papel de biocidas y metales pesados

Cada vez existe más evidencia científica del potencial papel de otros factores, además del consumo de
antimicrobianos, como el uso de biocidas y los metales pesados, en el incremento de la resistencia a los
antimicrobianos.

Los biocidas y los metales pesados pueden favorecer la selección y diseminación de clones
bacterianos multirresistentes de alto riesgo, así como la selección y transferencia de
elementos genéticos móviles.

Los biocidas con actividad antiséptica y/o desinfectante son ampliamente utilizados en el ámbito hospitala-
rio, la industria farmacéutica y la alimentaria, entre otras.

Numerosos estudios han demostrado que la exposición a concentraciones subletales de biocidas, como,
por ejemplo, hipoclorito sódico, alcohol o mezclas de alcoholes, clorhexidina digluconato, soluciones de
yodo, triclosán y cloruro de benzalconio, pueden favorecer la selección y diseminación de clones bac-
terianos resistentes que hayan adquirido tolerancia a biocidas o determinantes genéticos de resistencia
asociados a plásmidos que afectarían a antimicrobianos y biocidas (corresistencia)(6, 7).

El principal mecanismo de corresistencia a biocidas y antimicrobianos es la sobre expresión

de bombas de expulsión multidroga que pueden usar biocidas y antimicrobianos como
substratos.

Así, por ejemplo:

1. A. baumannii 2. K. pneumoniae 3. Staphylococcus spp

En A. baumannii se ha En el caso concreto de La adquisición de
observado que la sensibilidad K. pneumoniae productor plásmidos que contienen
reducida a biocidas se de BLEE, nuestro grupo ha determinantes genéticos
asocia con corresistencia observado que la exposición a de tolerancia, como los
a carbapenémicos, concentraciones subletales de genes qac relacionados
aminoglucósidos, tetraciclina algunos biocidas (clorhexidina, con tolerancia a derivados
y ciprofloxacino. Además, la cloruro de benzalconio) se asocia del amonio cuaternario
exposición de A. baumannii con pérdida de sensibilidad a y genes de resistencia
a biocidas aumenta la algunos antimicrobianos a antimicrobianos
expresión de genes de (ej. quinolonas) y con una son más frecuentes
bombas de eflujo, como reducción en la expresión de en bacterias gram
abeS y adeB, y disminuye genes de las porinas ompK35 positivas, especialmente
la expresión de genes de y ompK36 y un aumento en la Staphylococcus spp., que en
porinas, como ompA y carO(8). expresión de la bomba acrAB. bacterias gram negativas.

La exposición a biocidas también puede aumentar la formación de biocapas en superficies

inertes(9) o la frecuencia de transmisión de genes de β-lactamasas mediante conjugación(10, 11).

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En el estudio de Hennequin et al, realizado con K. pneumoniae productora de blaCTXM-15 la tasa de transferen-
cia plasmídica en biocapas fue unas 500 veces superior a la tasa obtenida con bacterias planctónicas(10).

Los resultados de un estudio reciente realizado por nuestro grupo indican que el efecto de la exposición a
biocidas en la frecuencia de conjugación de clones de alto riesgo de K. pneumoniae productora OXA-48 cre-
ciendo en biofilms es variable, dependiendo del tipo de biocida, mientras que en clones que no son de alto
riesgo, los biocidas tienen un efecto mínimo en la frecuencia de conjugación(11).

Los metales pesados podrían tener un efecto antibacteriano parecido o relacionado con el de los biocidas.
Los metales pesados se caracterizan por su ubicuidad y por tener una actividad mucho más prolongada que la
de los antimicrobianos, relacionada con su mayor resistencia a la inactivación. Esto explica que los metales pe-
sados se acumulen en multitud de reservorios humanos y no humanos durante grandes periodos de tiempo.

Los principales reservorios de los metales pesados más frecuentes (ej. arsénico, cadmio,
plomo y mercurio), se encuentran en la atmósfera, el medio acuático (ej. mares, ríos y lagos)
y terrestre (ej. suelos de cultivo). La actividad antropocéntrica relacionada con la actividad
industrial, ganadera y agrícola está adquiriendo un papel muy relevante en la contaminación
de alimentos y aguas residuales urbanas y hospitalarias con metales pesados.

El cobre y el zinc se utilizan además como agentes antimicrobianos para prevenir infecciones y como
promotores del crecimiento de animales destinados al consumo humano (ej. cerdos, aves de corral, peces,
etc.). Las aves migratorias que comen en los vertederos de basura, como los buitres, pueden tener un pa-
pel relevante sobre todo en la diseminación intercontinental de genes y plásmidos con genes de resistencia
antimicrobiana.

Los metales pesados pueden incorporarse en la cadena trófica humana a partir de la ingestión
de alimentos de origen animal y vegetal contaminados con metales pesados y concentrarse
en el intestino, que constituye un nicho ecológico ideal para el intercambio o transferencia
de genes de tolerancia a metales pesados y genes de resistencia a antimicrobianos (ej. BLEE y
carbapenemasas).

Los metales pesados pueden tener diversos efectos indirectos sobre las bacterias que están presentes en
los reservorios humanos, animales y ambientales, relacionados con su capacidad para:

i) favorecer la coselección y diseminación de plásmidos con genes de resistencia a antimicrobianos(12, 13)

ii) e inducir cambios en la expresión de genes bacterianos(14).

Por ejemplo, en enterobacterias de origen clínico se ha observado una clara asociación entre la presencia
de genes de BLEE y/o carbapenemasas y genes de tolerancia a metales pesados, como pcoA (Cu2+), merA
(Hg2+), silC (Ag+) y arsA (As3+), que pueden ser coseleccionados por antimicrobianos y por metales pesa-
dos. Esta asociación de genes facilitaría la coselección de plásmidos con genes de BLEE y/o carbapenemasas
en presencia de metales pesados y supondría además una ventaja competitiva (fitness) en medios don-
de existan concentraciones subinhibitorias de metales pesados y/o antimicrobianos.

Nuestro grupo ha demostrado recientemente que los operones de mercurio detectados en aislados clínicos
de K. pneumoniae productora de carbapenemasa se encuentran asociados a plásmidos que tienen genes
BLEE, como blaCTX-M-15, o a plásmidos que tienen genes de carbapenemasas de tipo IMP(11).

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En este mismo estudio se ha puesto de manifiesto que, en presencia de concentraciones

subinhibitorias de mercurio, puede producirse la cotransferencia de operones de mercurio
(mer) y genes de carbapenemasas localizados en el mismo plásmido o en plásmidos
diferentes.

Otro de los efectos indirectos más importantes de los metales pesados y, posiblemente
también los biocidas, sobre las bacterias presentes en estos nichos ecológicos es su capacidad
para inducir cambios a nivel de expresión de genes específicos y expresión génica global
(transcriptoma)(14, 15).

En P. aeruginosa, por ejemplo, se ha visto que la tolerancia al Zn y al Cu se relaciona con resistencia a

imipenem(15). El Zn y el Cu inducen la expresión de los operones czcRS y copRS, respectivamente (Figura 2).
En presencia de cobre se produce la activación del regulador CzcR, que induce la expresión de la bomba
czcCBA, lo que conduce a la resistencia al zinc, cadmio y cobalto. Los reguladores CopR y CzcR también
regulan a la baja la expresión de oprD, lo que conduce a la resistencia al imipenem.

+
copR copS czcS czcR czcC czcB czcB
caja +
cop

Resistencia a cobre,
Resistencia zinc y cadmio
a cobre
– –
oprD
Resistencia
a imipenem

Figura 2. Efecto del cobre y el zinc en la expresión de la porina OprD de P. aeruginosa.

En la literatura existen resultados muy interesantes sobre este efecto indirecto, aunque estos se han obte-
nido a partir de experimentos realizados con aislados que tienen muy poca o ninguna relevancia clínica o
epidemiológica. No obstante, estos resultados apuntan a que los metales pesados pueden inducir tanto un
aumento como una disminución de entre 10-10.000 veces en la expresión de cientos de genes bacterianos
relacionados con multitud de procesos biológicos, entre los que destacan los relacionados con mecanis-
mos de defensa en respuesta al efecto directo tóxico de los metales (ej. daño del ADN, inactivación de en-
zimas, etc.), como los genes relacionados con bombas de expulsión, adherencia bacteriana, etc..., activación
de mecanismos de defensa frente a las ROS, inducción de los sistemas reparación del ADN (SOS) y la trans-
ferencia horizontal de genes mediada por plásmidos(12, 13, 14).

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4 Diseminación de genes de resistencia asociada a elementos


genéticos móviles
Los genes de resistencia antimicrobiana requieren elementos genéticos móviles (EGM) que promuevan su
captura, acumulación y diseminación, tanto a nivel intracelular como intercelular.

Los EGM más importantes son las secuencias de inserción, los transposones, los casetes de
genes y los integrones, los plásmidos conjugativos, los elementos conjugativos integrados en
el cromosoma (EIC) y las islas genómicas de resistencia(16).

Todos estos EGM, excepto los casetes de genes, contienen genes que codifican una o varias enzimas impli-
cadas en la captura y movilización de genes de resistencia.

Los EGMs pueden clasificarse en 2 grandes grupos:

1) los que son capaces de movilizarse al azar a nuevas ubicaciones en la misma o en diferentes mo-
léculas de ADN dentro de una misma célula bacteriana (ej. cromosoma-plásmido o plásmido-plás-
mido), como sucede con las secuencias de inserción, transposones, casetes de genes, e integrones,

2) y los que pueden transferirse entre células bacterianas, de la misma o diferente especie, o incluso
género, como sucede con los plásmidos conjugativos, los plásmidos movilizables, los EIC, los bacte-
riófagos (transducción) y la captación de ADN extracelular (transformación).

De los 3 principales mecanismos de movilización o transferencia horizontal de EGM descritos

en bacterias resistentes (conjugación, transducción y transformación), el de mayor relevancia
clínica y epidemiológica es la conjugación de plásmidos y EIC.

4.1. Secuencias de inserción

Las secuencias de inserción (SI) son los EGM transponibles más pequeños (750-1600 pb) y simples encontra-
dos en bacterias, asociados con frecuencia a plásmidos y bacteriófagos(16, 17).

Contienen un gen tnpA, flanqueado por repeticiones invertidas en tándem cortas (IR), una a la izquierda (IRL) y
otra a la derecha (IRR), que codifica una transposasa (TnpA), la enzima responsable de la transposición (Figura 3).

Las SI no llevan genes de resistencia en su interior, aunque pueden movilizar genes de resistencia cuando
dos copias del mismo IS (o dos IS estrechamente relacionados) se insertan a ambos lados del gen de resis-
tencia, originando un transposón (Tnp) compuesto.

A B
IRL IRR IRL IRR IRL IRR

DR tnpA DR DR tnpA gen 1 DR tnpA DR

IS Genes de resistencia IS

Figura 3. Elementos de una SI (A) y un Tnp compuesto con 2 SI (B).

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Las SI pueden tener otras funciones, como la modulación de la resistencia a ciertos antimicrobianos mediante:

i) la inactivación de genes estructurales (ej. porinas), disminuyendo la permeabilidad de la membrana exter-
na y/o genes reguladores negativos de la expresión de bombas de expulsión, aumentado su expresión

ii) y la creación de nuevos promotores (híbridos o no) que pueden aumentar la expresión de los genes
capturados, como se ha observado con algunas BLEE y carbapenemasas(17, 18).

Algunas de las IS más importantes pertenecen a las familias IS26, ISEcp1, ISApl1 y ISCR.

Las SI de las familias IS26, IS257 e IS1216 desempeñan un papel fundamental en la

diseminación de determinantes de resistencia en bacterias Gram negativas (IS26) y Gram
positivas (IS257 e IS1216).

ISEcp1 e ISCR se caracterizan porque una sola copia de esta IS es capaz de capturar y mover genes de
resistencia antimicrobiana (Figuras 3 y 4).

IRL IRR
IRalt
(14pb) (14pb)

DR DR
ISEcp1 (5 pb)
tnpA blaCTX-M-15
(5 pb)

ISEcp1
Figura 4. Elementos de ISEcp1 movilizando blaCTX-M-15.

1. ISEcp1 (familia IS1380) 2. ISCR

Está implicada en la captura de genes de Carece de IR convencional y no crean DR en
BLEE tipo CTX-M (blaCTX-M-1, blaCTX-M-2, blaCTX-M-9 y los lugares de inserción. Son responsables de
blaCTX-M-25), genes de AmpC plasmídicas (blaACC y capturar y algunos genes de AmpC plasmídicas
blaCMY), carbapenemasas de tipo OXA (blaOXA-181 (blaDHA, blaCMY y blaMOX) y de carbapenemasas
y blaOXA-204), genes de resistencia de bajo nivel a poco frecuentes en nuestro entorno (ej. blaSPM-1,
quinolonas (algunos qnrB y qnrE1) y genes de blaAIM-1).
resistencia de alto nivel a aminoglucósidos (rmtC).

4.2. Transposones
Los transposones (Tnp) son plataformas genéticas más complejas que las IS. Se clasifican en Tnp compues-
tos y Tnp complejos, en función de su contenido y/o su mecanismo de transposición(16).

Los Tnp compuestos tienen el gen tnpA flanqueado en ambos extremos por una SI, mientras que los Tnp com-
plejos suelen tener el gen tnpA, un gen para la resolvasa (tnpR) y uno o varios genes adicionales relacionados,
por ejemplo, con virulencia o con la resistencia a antimicrobianos, metales pesados y/o genes de toxinas, entre
otras funciones (Figura 5).

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IRL res IRR

blaTEM-1 tnpR tnpA

Figura 5. Elementos característicos de un transposón compuesto.

Los Tnp son probablemente el grupo mayoritario de EGM transponibles, encontrándose

ampliamente distribuidos entre las enterobacterias. Los ejemplos más conocidos de Tnp son los
de la familia Tn3, los de la subfamilia Tn21, Tn4401, y los transposones relacionados con Tn7.

1. Familia Tn3
Los Tnp de la familia Tn3 tienen tamaños relativamente grandes y se encuentran delimitados por
repeticiones terminales IRs de 35-40 bp, en lugar de por un par de IS, como sucede con los Tnp
compuestos. Los Tnp de esta familia contienen tnpA, tnpR y un sitio de resolución (res). Suelen contener
además genes blaTEM, incluidos los de BLEE, y de las IRTs.
Tn1331 es un derivado de Tn3 que lleva genes de resistencia adicionales en una región derivada de un
integrón de clase 1. Derivados híbridos de Tn1331 se han encontrado asociados con genes blaKPC.

Tn1546 es otro transposón de la familia Tn3 responsable de la diseminación de la resistencia a vancomicina

mediada por vanA en enterococos, en gran parte facilitada por su asociación con plásmidos conjugativos.

2. Subfamilia Tn21 3. Tn4401

Suelen llevar un gen de Se asocia con variantes de blaKPC flanqueadas por ISKpn7 (aguas arriba)
resistencia a mercurio (mer) e ISKpn6 (aguas abajo) (Figura 6).
y pueden tener un integrón
Se han distinguido varias variantes de Tn4401. Por ejemplo:
de clase 1 (véase más
• La versión más larga, Tn4401b, tiene dos promotores que aumentan
adelante). Tn6452 se ha
la expresión de blaKPC: P2 (últimos 6 pb a 24 pb aguas abajo del ISKpn7
observado con mcr-5 en
IRR) y P1 (74 a 46 pb aguas arriba del codón de inicio de blaKPC).
Salmonella spp. y
E. coli.  a forma más común es Tn4401a y es la que se asocia con los niveles
•L
más altos de resistencia a carbapenémicos.

IRL Promotores

Tn4401 tnpR tnpA ISKpn7 blaKPC ISKpn6

Figura 6. Elementos de un Tn4401 movilizando un gen blaKPC.

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4. Familia Tn7
Dentro de esta familia destacan, por ejemplo, Tn552 (blaZ), descrito en Staphylococcus spp. y
Enterococcus spp. (Figura 7).

IRL IRR
Tn552 blaZ blaR1 blaI tnpR tniR tnsC tnsB

Figura 7. Elementos de un Tn552 movilizando un gen blaZ.

4.3. Casetes genéticos e integrones

Los casetes genéticos son los EGM más pequeños (de 0,5 a 1 kb) asociados con resistencia a antimicrobia-
nos. Están formados por un único gen (a veces dos), normalmente sin promotor, y un sitio de recombi-
nación attC (o elemento de 59 bases)(16).

Los casetes genéticos pueden existir en forma circular libre, pero no se replican y suelen encontrarse inser-
tados en un integrón (Int) (Figura 8), caracterizado por tener un gen intI, un sitio de recombinación attI y un
promotor (Pc).

El gen intI codifica una integrasa IntI que cataliza la recombinación específica de sitio entre el sitio attI1 y
el sitio attC del casete del gen (o entre dos sitios attC) para insertar o liberar casetes. Se pueden insertar
varios casetes en tándem en el mismo Int, creando un conjunto de casetes en los que la expresión de los
genes transportados está bajo el control de Pc.

Los Int se clasifican en clases en función de la secuencia de IntI, siendo los más frecuentes los de clase 1 (IntI1) y,
en menor medida, los de clase 2 (IntI2) y clase 3 (IntI3), que contienen sitios attI1, attI2 y attI3, respectivamente.

Pc

attl
IntI gen 1 gen 1

attC1 attC2

Pc
attC3

IntI gen 3 gen 1 gen 2

attC3 attC1 attC2

Figura 8. Elementos característicos de un integrón.

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Los Intl1 suelen contener un gen qacE que codifica resistencia a los antisépticos. Las versiones de Intl1
de mayor tamaño contienen el gen qacE1, derivado de qacE, y sul1, que codifica la resistencia a sulfo-
namidas.

La expresión de IntI1, pero no la de IntI2, está regulada por LexA (regulador negativo de la
respuesta SOS), por lo que cualquier factor que active la respuesta SOS produce un aumento
en la actividad del Intl.

Los Intl1 pueden tener pequeñas variaciones en la secuencia del promotor Pc que afectan la expresión de
intI1. En algunos Intl1 existe un promotor adicional (P2). La expresión de los genes del casete se reduce con
el aumento de la distancia a Pc y P2.

Los casetes genéticos más relevantes desde el punto de vista clínico se asocian con los Intl1, que suelen
contener genes de β-lactamasas de clase A (BLEE y carbapenemasas), B (blaVIM e blaIMP) o D (blaOXA-10 y deri-
vados BLEE, y blaOXA-1) o enzimas modificadoras de aminoglucósidos. Estos Intl1 pueden contener además la
acetilasa aacA4/aac(6`)-Ib que confiere resistencia a aminoglucósidos y resistencia de bajo nivel a las fluoro-
quinolonas.

Los IntI2 suelen tener un gen IntI2 con un codón de parada interno, lo que explicaría por qué estos integro-
nes albergan una variedad limitada de casetes.

Los Intl3 son más parecidos a los Intl1 y la mayoría contienen casetes que codifican β-lactamasas.

4.4. Plásmidos

Los plásmidos son los EGMs más importantes desde el punto de vista clínico y epidemiológico
en la selección y diseminación de genes de resistencia en bacterias que habitan en reservorios
humanos y no humanos(19).

Los plásmidos son moléculas de ADN extracromosómicas circulares, con una replicación autónoma, in-
dependiente de la del cromosoma bacteriano. Su composición, tamaño, número de copias y rango de
hospedadores es variable. Los genes de los plásmidos están organizados en un genoma core y un genoma
accesorio:

1. Genoma core 2. Genoma accesorio

Constituido por módulos de genes Constituido por otros EGM más simples (IS, Tn y/o In) y
implicados en su replicación (replicón), genes implicados en la adaptación o respuesta a cambios
mantenimiento o estabilidad y adversos en el medio ambiente, como por ejemplo genes
transferencia. de resistencia antimicrobianos, biocidas y metales pesados
(Figura 9)(16, 19).

15
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a antimicrobianos Los clones de alto riesgo

Adaptado de la referencia 20.

Figura 9. Módulos genéticos de un plásmido con blaKPC (A) y un plásmido con blaCTX-M (B).

En función de la capacidad de transferencia, los plásmidos pueden ser:

i) conjugativos (autotransmisibles), debido a que poseen sistemas complejos para la transferencia

horizontal de plásmidos

ii) y movilizables, que no son transmisibles per se y requieren la presencia de plásmidos conjugati-
vos que faciliten su transferencia.

Para que un plásmido sea conjugativo se requiere un origen de transferencia (oriT), una
relaxasa (común a todos los plásmidos, conjugativos o movilizables, y que reconoce oriT y
promueve el corte de la cadena que se va a transferir), una proteína acopladora (T4CP) y un
sistema de secreción de tipo IV (T4SS), que no está presente en los plásmidos movilizables.

Los plásmidos pueden clasificarse por su incompatibilidad, basada en que los plásmidos estrechamente
relacionados no pueden coexistir de forma estable en la misma célula. Así, los plásmidos que son incom-
patibles están probablemente relacionados y se clasifican en el mismo grupo de incompatibilidad (Inc).

Existen varios esquemas genotípicos para la tipificación de plásmidos:

• regiones
El primero se basó en la hibridación de una sonda de ADN capaz de hibridar con los replicones y las
implicadas en el control de la partición y que determinan la incompatibilidad de los plásmidos.
Este esquema ha permitido diferenciar hasta 28 grupos de incompatibilidad de plásmidos en entero-
bacterias, 14 en Pseudomonas spp. y 18 en Staphylococcus spp.

16
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a antimicrobianos Los clones de alto riesgo

• cias
Otros esquemas incluyen el tipado de replicones mediante PCR (PBRT) y el tipado basado en las diferen-
que existen en los genes mob, que codifican las relaxasas (tipado MOB).

Todos estos esquemas tienen limitaciones y algunos problemas de concordancia, por lo que el tipado de-
finitivo de plásmidos requiere el uso de métodos de confirmación basados en la secuenciación masiva
de genomas.
Existen varias plataformas para la identificación (ej. PlasmidFinder 2.1; [Link]
[Link]/services/PlasmidFinder/) y tipado de plásmidos (pMLST 2.0; [Link]
services/pMLST/).

Los plásmidos de resistencia han adquirido especial relevancia en bacterias gram negativas, particu-
larmente en enterobacterias. Los plásmidos de mayor tamaño descritos en enterobacterias son IncHI,
IncF, IncL, IncA/C (40-400 kb), mientras que entre los de menor tamaño destacan Ios plásmidos IncL/M,
IncN, IncX, IncW (30-50 kb) e IncQ (8-14 kb).

La mayoría de estos plásmidos son de bajo número de copias, destacando entre los de elevado número
de copias los plásmidos IncW.
Entre los plásmidos de amplio rango de hospedadores destacan IncQ, IncF, IncHI, IncP/P-1, IncL/M, IncR, e
IncW, entre otros, mientras que los plásmidos con estrecho rango de hospedadores más frecuentes son
los IncI, Inc A/C, IncX. Algunos plásmidos, como IncF, suelen tener varios replicones, lo que incrementa su
rango de hospedador. La mayoría de estos plásmidos son conjugativos, aunque se han descrito algunos,
como IncR, que son movilizables por otros plásmidos.
A continuación se detallan algunas de las características más relevantes de algunos de los plásmidos de
enterobacterias(16, 19).

1. Plásmidos IncF
Son los que se han descrito con mayor frecuencia en enterobacterias, sobre todo E. coli, de origen
animal y humano.
Los genes de resistencia que se han observado asociados con estos plásmidos codifican BLEE, carbapene-
masas, enzimas modificadoras de aminoglucósidos y resistencia a quinolonas de tipo plasmídicos.
La diseminación global de blaCTX-M-15 en aislados de E. coli se ha asociado con la adquisición de plásmidos
IncFII en los clones ST131 y ST405.
Los plásmidos FIIK han diseminado blaKPC en K. pneumoniae ST258 y los plásmidos IncFIIY se han
detectado especialmente en China, movilizando blaNDM y el gen rmtB (metiltransferasa 16S ARNr).

2. Plásmidos IncI
Los plásmidos Inc de tipo I1 (I), I, B/O, K y Z se agrupan en el complejo IncI. Se han descrito
principalmente en Europa, en aislados de E. coli y Salmonella entérica obtenidos de aves de corral, y
suelen llevar genes de BLEE (blaCTX-M-15 o blaCTX-M-1) o genes de beta-lactamasas de tipo AmpC plasmídicas
(ej. blaCMY-2), asociados a genes de resistencia a tetraciclinas, aminoglucósidos y quinolonas.
Se cree que los plásmidos Incl y los genes de resistencia detectados en aves de corral son un reservorio
importante de estos plásmidos/genes de resistencia para cepas de E. coli que causan infecciones
en humanos.

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3. Plásmidos IncA/C
Se dividen en los grupos A/C1 (IncA) y A/C2 (IncC). El grupo A/C2, se divide en el tipo 1 (C1) y el tipo 2 (C2)
y puede llevar una isla de resistencia (ARI-B) con genes de resistencia (sul2, strAB, tet, y/o floR).
Los plásmidos A/C se asocian con multirresistencia y se han diseminado eficazmente por
todo mundo, especialmente blaCMY-2, a partir de reservorios animales y humanos. Estos plásmidos
contienen genes de BLEE (blaTEM y blaSHV, pero infrecuentemente blaCTX-M), AmpC plasmídicas (blaCMY-2,
blaDHA), carbapenemasas (blaOXA, blaNDM, blaIMP), enzimas modificadoras de sulfonamidas (sul1, sul2),
aminoglucósidos (aphA1, aadA, aadB, strA, strB, aacC), tetraciclinas [tet (A)], cloranfenicol (floR, catA1) y
trimetoprim (dfrA).
Los plásmidos IncA/C con blaNDM-1 detectados en aguas se transfieren mejor a 25 ºC que a 30 ºC, lo que
puede suponer una ventaja en este tipo de medio ambiente.

4. Plásmidos IncHI
Se han detectado en bacterias gram negativas no patógenas para el humano, como Aeromonas
salmonicida, Vibrio anguillarum y Yersinia ruckeri. Estos plásmidos pueden contener genes de resistencia
a metales pesados. Se dividen en 3 grupos (HI1, HI2 y HI3). La transferencia de IncH1, pero no IncH2, es
termosensible, debido a que la síntesis óptima de los pilus se produce entre 22 y 30 °C, lo que puede
contribuir a la propagación de estos plásmidos en el medio ambiente (agua y tierra).
Los plásmidos IncH1 e IncH2 se han observado en Europa en aislados multirresistentes de origen
animal y humano. Se han identificado genes de beta-lactamasas (ej. blaCTX-M, blaIMP y blaNDM-1) y diferentes
variantes de mcr, sobre todo en E. coli.

5. Plásmidos IncP/P-1
Estos plásmidos se denominan IncP en enterobacterias e IncP-1 en Pseudomonas spp. Los plásmidos
IncP se han observado con frecuencia en aislados de S. infantis productores de BLEE obtenidos de
pollos en Japón. En humanos, estos plásmidos se han detectado en aislados de E. coli y K. pneumoniae.

6. Plásmidos IncL/M
blaOXA-48 se ha diseminado globalmente en un plásmido de tipo IncL de 60 kb, aunque blaOXA-48 también
se ha observado en plásmidos InF e IncP. En K. pneumoniae la mayoría de los plásmidos IncL tienen
variantes de Tn1999, que llevan blaOXA-48, insertado en el gen tir (inhibición de la transferencia), lo que
explica la elevada frecuencia de conjugación de estos plásmidos exitosos.
Los plásmidos IncM se dividen en M2, que suelen llevar ISEcp1-blaCTX-M-3 y/o los genes armA, blaNDM,
o blaIMP-4, y M1, que llevan genes blaKPC, BLEE de tipo blaSHV o AmpC plasmídicas de tipo blaFOX.

7. Plásmidos IncN
Se han detectado asociados con genes blaKPC, blaIMP y blaCTX-M. blaCTX-M-1 se ha diseminado por
Europa asociado a estos plásmidos en aislados de E. coli de origen animal. blaVIM-1 también se ha detectado
asociado a estos plásmidos, principalmente en aislados de K. pneumoniae en España, Grecia e Italia.

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8. ColE1 y plásmidos relacionados

Se encuentran frecuentemente asociados con genes qnrS y qnrB19, especialmente en aislados de S.
entérica de origen humano. Los plásmidos relacionados con ColE1 y que llevan un gen de colicina se han
observado en aislados de K. pneumoniae, incluyendo los del clon ST258, y pueden llevar un derivado de
Tn1331 y, en algunos casos, Tn4401 y blaKPC.

9. Plásmidos IncX
Se han detectado principalmente en aislados de Salmonella spp y E. coli de origen humano y animal,
asociados con genes de carbapenemasas (blaKPC y blaNDM) y BLEE (blaCTX-M) y genes de tipo mcr.

10. Plásmidos IncR

Se han detectado principalmente en K. pneumoniae, Enterobacter cloacae y E. coli, llevando genes como
blaNDM (a veces con un gen de la metilasa del ARNr 16S), blaKPC, blaVIM y blaCTX-M-15.

11. Plásmidos IncW

Estos plásmidos llevan casetes con blaVIM-1/4 o blaKPC en Tn4401.

12. Plásmidos IncQ

Se han detectado asociados con carbapenemasas y BLEE de tipo blaGES.

4.5. Islas de resistencia

Una isla genómica (IG) es una región de un cromosoma bacteriano que ha sido adquirida por transfe-
rencia horizontal. Pueden estar compuestos por varios cientos de genes y pueden clasificarse en función
del fenotipo(s) que codifican.

Las más relevantes son las islas de resistencia que contienen múltiples EGM, especialmente
IS, y genes de resistencia a antimicrobianos, además de genes de resistencia a antisépticos y
genes de resistencia a metales pesados.

Las islas de resistencia suelen contener otros EGM más complejos, como:

• los EIC,
• los elementos movilizables integradores (EMI), que requieren funciones de ayuda para conjugarse,
• canismos
y los elementos que se escinden del cromosoma y que pueden transferirse horizontalmente a través de me-
mediados por fagos, como los elementos cromosómicos de casete estafilocócicos (SCCmec) .
(21, 22)

4.5.1. Elementos conjugativos integrados en el cromosoma (EIC)

Constituyen un grupo heterogéneo de EGM(21) que se caracterizan por ser autotransmisibles por conju-
gación y por su incapacidad para autoreplicarse, por lo que tienen que integrarse en el cromosoma del
hospedador, replicándose como parte de él.

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Los ECI suelen estar formados por genes relacionados con diferentes funciones (integración/
escisión, conjugación/mantenimiento y regulación) en el que se insertan genes accesorios.

La escisión del EIC como una forma circular y la integración de este círculo (a baja frecuencia), generalmen-
te en un sitio attB en el cromosoma huésped, son catalizadas por la integrasa específica del sitio codificado
por el EIC (Int). Las regiones de integración están a menudo en los extremos 3´ de los genes de ARNt y la
integración crea DR en los extremos del EIC, denominados attL y attR.

4.5.2. Casete estafilocócico cromosómico

Este EGM contiene el gen mecA o el gen mecC, que codifican la PBP-2A, que confiere resistencia a metici-
lina, y los genes reguladores mecR1 (proteína transductora de señales MecR1) y mecI (proteína represora
MecI)(22, 23).

Los complejos génicos mec (SCCmec) se definen por la presencia del gen mecA (o mecC), los genes mec
reguladores y los EGM asociados y se clasifican en 6 clases (A, B, C1, C2, D y E) en función de los genes
reguladores, el tipo y la ubicación/orientación de los IS asociados, y la región hipervariable situada entre
el gen mecA y el elemento IS257.

Los elementos SCCmec también contienen el complejo génico ccr, constituido por el gen ccr, que codifica
una recombinasa que media la integración y la escisión de elementos SCCmec en un sitio específico situa-
do en el extremo 3´ del gen rlmH (anteriormente denominado orfX).

También se han definido varios tipos de complejos del gen ccr.

Además, aguas abajo de los genes ccr hay un gen que codifica un inhibidor de uracilo-ADN glicosilasa
(SAUGI), lo que indica que los fagos pueden facilitar la transferencia de SCCmec.

En la actualidad, se han reconocido 12 alotipos de SCCmec basados en su diversidad

estructural.

Los tipos de SCCmec se definen por los complejos genéticos mec y ccr mientras que los subtipos se basan
en la estructura de las tres regiones de unión (J) situadas entre ccr y la región cromosómica que flanquea
a SSCmec (J1), entre mec y ccr (J2), y entre rlmH y mec (J3). Las regiones J parecen actuar como un depósi-
to cromosómico para la acumulación de determinantes de resistencia antimicrobiana que, a menudo, se
asocian con elementos transponibles.

En la figura 9 se muestra los elementos más importantes de uno de un SCCmec de tipo IV, uno de los más
frecuentes en aislados S. aureus resistente a meticilina de la comunidad.

Clase B Tipo 2
PBP2a
SCCmec IV (24 kb)
Petición invertida terminal
mecA
ccrA2 IS257
mecR1 ccrB2 rlmH

Figura 9. Elementos característicos del SCCmec IV de S. aureus resistente a meticilina.

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5 Diseminación

de clones de alto riesgos

Como se ha citado anteriormente, la diseminación

de determinantes genéticos de resistencia puede
ocurrir por la transferencia horizontal de EGM, es-
pecialmente por plásmidos, y por la diseminación o
expansión de clones exitosos o de alto riesgo resis-
tentes a antimicrobianos(24).

El término “clon” se utiliza para hacer

referencia a los aislados que descienden
directamente de un ancestro común. En
bacteriología el término “clon de alto riesgo”
surgió alrededor de 2011 y se ha utilizado
para describir los clones bacterianos
patogénicos que potencian la diseminación Posible reservorio animal.
de la resistencia a los antimicrobianos.

La definición de clon de alto riesgo se estableció inicialmente para patógenos humanos. Sin embargo, nume-
rosos estudios han demostrado que los clones de alto riesgo pueden diseminarse a partir de reservorios
humanos y no humanos (ej. animales y ambientales), por lo que, para estudiar la diseminación de clones de
alto riesgo resistentes a antimicrobianos, debe abordarse con un enfoque más global(25).

Otros factores relevantes, como la persistencia en el medio ambiente y la transmisión zoonótica, no se in-
cluyeron en estas características, por lo que la definición de clon de alto riesgo en el contexto One Health
debería tener en cuenta estas características.

Criterio Definición
Por lo tanto, puede considerarse a un clon como de alto riesgo para la diseminación de resistencia antimicro-
Emergencia (basada en las recomendaciones de la El clon es recién reconocido, recién evolucionado o ha
biana, en un contexto
Organización One
mundial de Health
Sanidad , si se(OIE)
animal cumplen las características que se recogen
ocurrido previamente, en laun
pero muestra tabla 1(25). de la
aumento
incidencia o expansión geográfica.
Portador de genes de resistencia a los antimicrobianos El clon es portador de múltiples genes de resistencia
antimicrobiana asociados a EGM y/o el clon posee
mutaciones cromosómicas que confieren resistencia
antimicrobiana.
Alta capacidad de difusión a través de una o una Es probable que el clon se disemine debido a:
combinación de las siguientes características: – Alta probabilidad de transmisión tras la exposición a un
1) Alta infectividad huésped infectado o a una fuente ambiental
2) Persistencia a largo plazo y/o
3) Multiplicidad de fuentes – Persistencia a largo plazo y diseminación en individuos
colonizados
y/o
– Presencia del patógeno en múltiples especies animales
y/o en la población humana y/o en la fuente mantenida
en el medio ambiente.
Elevada patogenicidad El clon puede causar una enfermedad grave en animales
y/o humanos.

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Algunos de los clones bacterianos de alto riesgo más relevantes son E. coli ST131, K.
pneumoniae ST512, P. aegurinosa ST175, A. baumannii ST2, S. aureus resistente a meticilina del
complejo clonal 8 o E. faecium resistente a vancomicina perteneciente al complejo clonal 17.

Algunos de estos clones pueden diseminarse entre reservorios humanos y no humanos y se estudiarán con
mayor detalle en los módulos siguientes.

La identificación precoz de clones bacterianos de alto riesgo es clave para evitar o controlar eficazmente su
diseminación y la producción de brotes. Existen algunos marcadores que pueden ayudar a la identificación
preliminar de algunos clones de alto riesgo, como, por ejemplo, la mutación G154R en ampR de P. aeruginosa
del clon ST175 hiperproductor de AmpC.

La identificación definitiva de clones de alto riesgo requiere la utilización de métodos moleculares ge-
nómicos, como el MLST. La electroforesis en campo pulsado es menos útil que el MLST para esta finalidad;
sin embargo, puede ser muy útil para la identificación de cadenas de transmisión o linajes, debido a su mayor
poder de discriminación.

La espectrometría de masas MALDI-TOFF está adquiriendo un papel relevante en la identificación de clones

de alto riesgo, pero actualmente tiene algunas limitaciones importantes.

El desarrollo de las técnicas de secuenciación masiva ha supuesto una revolución

extraordinaria en el estudio de la resistencia antimicrobiana (resistoma) y en los estudios de
epidemiología molecular tanto a nivel local como global(26).

La nomenclatura usada para identificar los clones de alto riesgo se basa en la determinación del secuen-
ciotipo mediante secuenciación Sanger de uno o varios genes bacterianos o mediante la secuenciación de
genomas completos.

22
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