NOTAS DE GENÓMICA Y PROTEÓMICA

Módulo-1
Definición de genoma: Un genoma es el conjunto completo de información genética en
un organismo. Proporciona toda la información que el organismo necesita para
función. En los organismos vivos, el genoma se almacena en largas moléculas de ADN
llamados cromosomas.
El estudio y análisis de genomas se llama genómica. Los estudios genómicos son
caracterizado por el análisis simultáneo de un gran número de genes utilizando
herramienta automatizada de recopilación de datos. Se centra en identificar las variantes asociadas
con enfermedades, respuesta al tratamiento o pronóstico futuro del paciente.

El estudio genómico se puede dividir tentativamente en genómica estructural y

La genómica funcional. La genómica estructural (Arquitectura + Secuenciación) se refiere a
a la fase inicial del análisis del genoma, que incluye la construcción de genética
y mapas físicos de un genoma, identificación de genes, anotación de genes
características y comparación de las estructuras genómicas. Genómica funcional (Gen)
La expresión y regulación se refiere al análisis de la expresión genética global y
funciones de los genes en un genoma.

La EPIGENÓMICA se centra en la caracterización a nivel del genoma de procesos reversibles.

modificación del ADN o proteínas asociadas al ADN, como la metilación del ADN o
acetilación de histonas.
LA TRANSCRIPTÓMICA examina los niveles de ARN a nivel genómico, tanto cualitativamente
(qué transcripciones están presentes, identificación de sitios de empalme novel, edición de ARN
sitios) y cuantitativamente (cuánto de cada transcrito se expresa).
La PROTEÓMICA se utiliza para cuantificar la abundancia de péptidos, modificaciones y
interacción. Adaptado para análisis de alto rendimiento de miles de proteínas en
cuerpo celular o fluidos corporales.

METABOLOMICS cuantifica simultáneamente múltiples pequeñas moléculas, amino

ácidos, ácidos grasos, carbohidratos u otros productos del metabolismo celular
funciones.
MICROBOLOMICA: Todos los microorganismos de una comunidad dada, incluyendo
la piel humana, las superficies mucosas y el intestino colonizados por microorganismos
compuestos de bacterias, virus y hongos, se investigan juntos.
BIOLOGÍA TRADICIONAL
Pequeño equipo trabajando en un tema especializado.
 Experimento bien definido para responder a preguntas prácticas.
NUEVA BIOLOGÍA DE "ALTO RENDIMIENTO"

Equipos grandes, internacionales e integrados que utilizan tecnología de vanguardia

para productos biológicos.
Los resultados se presentan en bruto a la comunidad científica sin ningún fundamento subyacente.
hipótesis.
ORGANIZACIÓN DEL GENOMA

un complemento completo del material genético en el organismo –

Para los organismos haploides: todo el contenido de ADN

Para organismos diploides: ½ del contenido de ADN

Various levels of genome comparison:

1. Estructura del genoma - Circular/Lineal
2. Genome size – small/large
3. Empaquetamiento del genoma – mínimo/extensivo
4. Gene length, gene density, repeat content
5. Estructura del gen - continua/dividida
6. Organización genética - operón/no operón
ESTRUCTURA DEL GENOMA

Los virus son más avanzados de lo que requieren una cantidad mínima de genoma
información para permitirles sobrevivir y replicarse en el huésped cuando se les da una condición.

Considerando a los seres humanos en la cima del nivel/evolución, ¿por qué necesitamos
¿El 95% del ADN que no codifica en nosotros?

La mayoría de los procariotas - el genoma es circular, generalmente un solo cromosoma difuso en

el nucleoide, generalmente sin intrones, con una densidad de genes relativamente alta.
ADN extracromosómico como plásmidos (generalmente circulares) en procariotas.
La mayoría de los eucariotas - el genoma es lineal, generalmente como cromosomas compactos en la
núcleo, densidad genética relativamente baja.

La longitud de contorno del ADN de una sola célula humana = 2 metros. Humano
los cromosomas varían en longitud en un rango de 25 veces. Llevan el genoma de los orgánulos como
bien.
ADN circular extracromosómico en mitocondrias y cloroplastos en eucariotas.
TAMAÑO Y DENSIDAD DEL GENOMA
La densidad génica es una medida del número de genes por millón de pares de bases;
Los genomas procariotas tienen una densidad de genes mucho mayor que los eucariotas.

La densidad de genes disminuye drásticamente a medida que se avanza hacia órdenes taxonómicos más altos.
esto se atribuye al aumento desproporcionado en el tamaño del genoma en comparación con
número de gene.
El tamaño del genoma (valor C) se define como la cantidad de ADN en un haploide
genoma. El valor C se calcula dividiendo la masa de la muestra de ADN y
por el número de copias del gen objetivo. En procariotas, el tamaño del genoma y el gen
los números están fuertemente correlacionados, pero en eucariotas la gran mayoría de los núcleos
El ADN no codificante.
El número de genes aumenta a medida que se avanza hacia órdenes taxonómicos superiores.

EMPAQUETAMIENTO DEL GENOMA

Procariotas:
Se sabe que algunas proteínas están involucradas en el superenrollamiento; otras proteínas y
enzimas como la girasa del ADN ayudan a mantener la estructura superenrollada.
El superenrollamiento del ADN se refiere al sobre- o subenrollamiento de una cadena de ADN, y es
una expresión de la tensión en ese hilo. La superenrollamiento es importante en varios
de procesos biológicos, como la compactación del ADN. Además, ciertos
enzimas como las topoisomerasas son capaces de cambiar la topología del ADN para facilitar
funciones como la replicación del ADN o la transcripción.
Los procariotas comprimen su ADN en un espacio más pequeño a través de la superenrollamiento.
Los genomas pueden estar superenrollados negativamente, lo que significa que el ADN está retorcido en el
misma dirección que la doble hélice. La mayoría de los genomas bacterianos son negativos
superenrollado durante el crecimiento normal. La mayoría de los procariotas no tienen histonas
(excepto arqueas). HU es la proteína más abundante en el nucleóide, es
estructuralmente muy diferentes a las histonas eucariotas pero actúan de manera similar,
formando un tetramero alrededor del cual aproximadamente 60 pb de ADN se enrosca.
Otras proteínas, incluida la factor de anclaje de integración (IHF), pueden unirse a específicos
secuencias dentro del genoma e introducir curvas adicionales. Una vez que
los genes procariotas se han condensado, la ADN topoisomerasa I, la ADN girasa y
otras proteínas ayudan a mantener el superenrollamiento.

Porque no hay una membrana nuclear que separe el ADN procariota de la

los ribosomas con el citoplasma, la transcripción y la traducción ocurren
simultáneamente en estos organismos.
ELEMENTOS DE LA ORGANIZACIÓN DEL GENOMA
Mientras que los genomas bacterianos son inmensamente fluidos en términos de repertorios genéticos, ellos
son extremadamente conservadores en términos de organización cromosómica.

Eucariotes:
La disposición del ADN en el cromosoma a través del ensamblaje de nucleosomas es
conocido como empaquetamiento de ADN.

El plegamiento del ADN comienza cuando las proteínas llamadas histonas interactúan con
ADN. El empaquetamiento del ADN eucariota está organizado en 3 estructuras principales;

Ensamblaje de nucleosomas
fibra de 30 nm
Cromátida

La cantidad de empaquetado en eucariotas es altamente enorme. El genoma eucariota puede

tener compactación de hasta 100X y para esto requerimos una maquinaria que sea
responsable de mantener esta estructura. La mayor parte del embalaje se logra utilizando
Las proteínas histonas y las proteínas histonas son principalmente H2A, H2B, H3 y H4. Ellas
son básicos por naturaleza (ricos en lisina y arginina aminoácido) y positivamente
proteínas cargadas.
ADN + proteínas = Cromatina (ubicada en el núcleo)
Principalmente proteína básica - histona, no histonas incluyen HP1, proteínas de andamiaje,
Proteínas HMG, etc.
Embalaje en varios niveles que da diámetros progresivos de 11nm, 30nm,
300nm, 700nm – el nivel final de compactación.

Eucariontes, cuyos cromosomas consisten cada uno en una molécula de ADN lineal,
emplear un tipo diferente de estrategia de empaquetado para encajar su ADN dentro del núcleo.
En su nivel más básico, el ADN está envuelto alrededor de proteínas conocidas como histonas para
estructuras de forma llamadas nucleosomas. Las histonas están evolutivamente conservadas
proteínas que son ricas en aminoácidos básicos y forman un octámero. El ADN
(que está cargada negativamente debido a los grupos fosfato) está envuelta
estrechamente alrededor del núcleo de histona. Este nucleosoma está vinculado al siguiente con
la ayuda de un ADN enlazador. Esto también se conoce como "perlas en una cadena"
estructura. Esto se compacta aún más en una fibra de 30 nm, que es el diámetro de
la estructura. En la etapa de metafase, los cromosomas están en su punto más
compactos, tienen aproximadamente 700 nm de ancho y se encuentran en asociación con
proteínas andamiaje.

Nucleosoma - partícula central del octámero H2A, H2B, H3 y H4 y 142-148

pares de bases de ADN.

La ensamblaje de nucleosomas:

H1, H2A, H2B, H3 y H4 son 5 tipos principales de proteínas histonas involucradas

arreglo de ADN eucariota en el que las histonas H2A, H2B, H3 y H4 crean
ensamblaje de nucleosomas. El 'envolvimiento' del ADN alrededor de las proteínas se conoce como
ensamblaje de nucleosomas. En última instancia, la estructura ayuda al ADN a acomodarse en la célula
núcleo.

Estructura del nucleosoma: Cada nucleosoma está compuesto por ocho histonas.
molecules (each H2A, H2B, H3, H4 two times in a single nucleosome). The
El ADN se envuelve a su alrededor para formar el siguiente nivel de organización.

Las proteínas histonas son moléculas de proteínas cargadas positivamente que interactúan con
fosfato de ADN con carga negativa y hace un ajuste apretado. La histona H1
no está involucrado en el ensamblaje del nucleosoma. Por lo tanto, los otros cuatro histonas
se les llama elemento ascore o partículas centrales de nucleosomas.

Las moléculas de ADN se envuelven alrededor del octámero de 4 histonas y crean el

núcleo de nucleosoma.

La enzima nucleasa ayuda a cortar el ADN en piezas pequeñas. La enzima se utiliza

en el estudio de las propiedades de los nucleosomas. En particular, estos tipos de nucleasa
la enzima solo corta el ADN que une dos ensamblajes de nucleosomas.
Sin embargo, la enzima no puede cortar el ADN tightly envolto y el
la ensamblaje de los nucleosomas permanece intacto. “El corto tramo de ADN que conecta
la dos ensamblaje de nucleosomas se llama como ADN espaciador.

fibra de 30 nm

La fibra de 30 nm se organizó aún más en uno de los dos modelos descritos: el

modelo de solenoide y el modelo en zigzag.

En el modelo de solenoide, la fibra de 11 nm del nucleosoma está dispuesta de manera similar a

solenoides en los que el ADN de enlace está dispuesto en el centro. Sin embargo, el
El ADN conector nunca atraviesa el eje central.

En el modelo de zigzag de fibra de 30 nm, el ADN de enlace se pasa a través del central
eje de la fibra y crea un patrón de disposición en zigzag.

Todo el proceso de este siguiente nivel de compactación depende de la longitud de la

enlazadorADNComo discutimos anteriormente, la longitud del ADN del enlazador es variable. Si
el ADN de enlace es lo suficientemente largo como para pasar a través del eje, se organizará en un
zigzag manner otherwise it will arrange in the solenoid.

Cromátida

Finalmente, el bucle crea cromátida (no cromatina). La cromátida ahora está

unido con un centrómero y se convierte en un cromosoma. Cada cromosoma
tiene dos cromátidas hermanas.

la cromátida contiene las regiones de eucromatina y heterocromatina. Más

detail on euchromatin and heterochromatin region.

Las proteínas histonas juegan un papel importante en el mantenimiento de la expresión génica.

La remodelación y modificación de histonas regulan la replicación y transcripción.

Durante la replicación, la polimerasa solo accede al ADN que no está unido.

por histonas. La acetilación, metilación, fosforilación y otras modificaciones de histonas
la modificación permite la replicación y transcripción del ADN.

El ADN empaquetado de manera compacta se ve más oscuro en el cromosoma y se llama

región de heterocromatina mientras que las regiones accesibles transcripcionalmente son de manera suelta
empaquetado y se llaman región de eucromatina.
En la región de heterocromatina, la ensamblaje de los nucleosomas está organizado en el
estructura de orden superior en comparación con la región de eucromatina.

En interfase, los cromosomas eucariotas tienen dos regiones distintas que pueden ser
distinguido por tinción. La región empaquetada estrechamente se conoce como
el heterocromatina, y la región menos densa se conoce como eucromatina.
La heterocromatina generalmente contiene genes que no se expresan y se encuentra en
las regiones del centrómero y los telómeros. La eucromatina generalmente contiene
genes que son transcritos, con ADN empaquetado alrededor de nucleosomas pero no
más compactado.

ESTRUCTURA GENÉTICA:

Losgenesestructuralesprocariontesseencuentrandeformacontinuaconcualquierregiónnocodificante.

whileeukaryoticstructuralgenesaredividedintoexons(codingregions)andintrons
(regionesnocodificantes).
GENE ORGANIZATION:

En procariotas: operones - unidad de transcripción policistrónica.

El ADN de los procariotas está organizado en un cromosoma circular superenrollado.

en la región nucleóide del citoplasma celular. Las proteínas que se necesitan para un
Las funciones específicas están codificadas juntas en bloques llamados operones.

En eucariotas: La estructura de los genes eucariotas. La mayoría de los genes eucariotas

contienen segmentos de secuencias de codificación (exones) interrumpidos por no codificantes
secuencias (intrones). Tanto los exones como los intrones se transcriben para producir una larga
transcrito de ARN primario.

3 paradojas genómicas

Paradoja del valor K: la complejidad no se correlaciona con el número de cromosomas.

Paradoja del valor N: la complejidad no se correlaciona con el número de genes.

Paradoja del valor C: la complejidad no se correlaciona con el tamaño del genoma.

paradoja del valor C

Valor C: la cantidad de ADN encontrado en el genoma haploide, medido en millones

pares de bases o en pg; la C puede significar la constancia del genoma en la especie.

Valor G: el número de genes encontrados en el genoma haploide; el número incluye

predicciones y ORFs.

El rango de valores en C no se correlaciona bien con la complejidad de la

organismo. Este fenómeno se llama la paradoja del valor C.