TUTORIAL 3: Cálculo de un perfil
energético de la barrera torsional.
Geraldine Fábregas Domínguez
Estudiantes de Farmacia.
Facultad de Química y Farmacia.
Universidad del Atlántico.
Electiva VI Química Computacional
presentado al QF. Castro-Gómez Fernando.
Km 7 Vía antigua Puerto Colombia. 2024-2.
energy stability. A simulation was carried out,
RESUMEN allowing us to visually observe the different
En este tutorial se detalla el procedimiento de conformations the molecule adopts, such as
cómo se trabajó con la molécula de etano eclipsed and staggered. As the torsion angles
utilizando el software Spartan 14 para explorar changed, so did the molecule's energy, giving
cómo la rotación de los ángulos de torsión en us a clear visual understanding of how these
los enlaces simples afecta su estructura y structural variations influence its stability.
estabilidad energética. Se realizó una The tutorial doesn't stop at this simulation but
simulación en la que se podía visualizar de also introduces us to the fundamentals of
forma gráfica las diferentes conformaciones computational chemistry. It shows how this
que adopta la molécula, como las eclipsadas y field not only predicts molecular structures but
alternadas. A medida que los ángulos de also helps us understand the stability of
torsión cambiaban, también lo hacía la energía chemical systems.
de la molécula, lo que nos permitió entender de
manera visual cómo estas variaciones
estructurales influyen en su estabilidad. INTRODUCCIÓN
El tutorial no se queda solo en esta simulación, La estructura geométrica de una molécula
sino que también nos introduce a los afecta sus propiedades físicas y químicas. Esta
fundamentos de la química computacional. estructura es caracterizada por la distancia de
Nos muestra cómo esta disciplina no solo enlace, el ángulo de enlace y el ángulo de
predice las estructuras de las moléculas, sino torsión de dicha molécula. Las propiedades
que también nos ayuda a entender la conformacionales de las moléculas dependen
estabilidad de los sistemas químicos. principalmente de los ángulos de torsión. Tanto
PALABRAS CLAVE la distancia de enlace como los ángulos de
Ángulos de torsión, simulación gráfica, enlace pueden ser estimados fácilmente usando
eclipsadas, alteradas. modelos simples como el modelo de radio
covalente, hibridación y VSEPR (Valence
ABSTRACT
Shell Electron Pair Repulsion). Sin embargo,
This tutorial details the procedure of working
para la determinación de los ángulos de torsión
with the ethane molecule using the Spartan 14
se requiere la aplicación de la química
software to explore how the rotation of torsion
computacional. A temperatura ambiente, las
angles in single bonds affects its structure and
moléculas requieren una determinada energía
1
para la rotación interna alrededor de un enlace pico de energía.
simple. Esta información es crucial para predecir qué
Las barreras rotacionales son el resultado de conformaciones son más probables y estables
una combinación de varios efectos como la en condiciones normales.
interacción de átomos o grupos atómicos,
interacción entre enlaces, momentos dipolares Los cambios en los ángulos de torsión afectan
o efectos esteroelectrónicos con átomos que directamente la energía de una molécula, lo
poseen pares de electrones libres.
La rotación interna alrededor de un enlace
simple en una molécula posibilita la existencia
de confórmeros (isómeros con distinta que influye en su reactividad y estabilidad.
orientación espacial) a una temperatura dada. Estas variaciones son especialmente relevantes
Las propiedades conformacionales son de gran en reacciones químicas, donde la estabilidad de
interés tanto para las biomoléculas como para las conformaciones intermedias puede
las macromoléculas. Sus propiedades determinar la velocidad y el resultado de una
dependen de la energía potencial relacionada a reacción.
la rotación interna de cada enlace simple.
En la familia de moléculas tales como los 2. Objetivos
compuestos vinil éteres
(C=C-O-R), varios factores pueden estabilizar Objetivo general.
una determinada conformación respectos de
otras. Determinar la barrera de torsión y analizar la
De esta manera, interacciones entre enlaces estabilidad energética del etano en función de
simples, dobles y pares de electrones libres, la rotación de sus ángulos de torsión,
efectos estéricos, mesoméricos, utilizando el software Spartan 14 para calcular
inductimétricos y estereoelectrónicos y los y visualizar los cambios energéticos.
momentos dipolares determinan la
conformación. En el caso de los ángulos de Objetivos Específicos
torsión, en general A-B-C-D, la conformación
depende de varias interacciones, como, por 1. Construir el modelo molecular del
ejemplo, si uno de los átomos centrales posee etano en Spartan 14, asegurando que
uno o más pares de electrones libres, el efecto los ángulos de torsión sean fácilmente
anomérico generalizado puede tener una gran manipulables.
influencia en el valor del ángulo de torsión. 2. Simular la rotación del enlace C-C en
el etano, generando las conformaciones
Perfil Energético y Estabilidad Molecular escalonada y eclipsada.
3. Calcular el perfil energético del etano
El perfil energético de una molécula es un para cada ángulo de torsión utilizando
gráfico que relaciona la energía potencial de la un barrido de energías con métodos
molécula con diferentes ángulos de torsión. En semiempíricos o de primer principio en
el caso del etano, este perfil muestra que la Spartan 14.
conformación alternada tiene la energía más
baja, mientras que la eclipsada presenta un 3. Desarrollo del tutorial
2
desplegó el menú y se hizo clic
Se abrió el software y se dibujó la en "Calculations".
estructura de la molécula de etano en
formato 2D. Luego, se visualizó en 3D
utilizando el icono de "View".
o En el cuadro emergente, se
especificó el tipo de cálculo
como "Equilibrium Geometry"
(Geometría de Equilibrio), el
método "Semi-Empirical"
(Semiempírico), y el parámetro
PM6.
Figura 1 Estructura del Etano ( C2H6)
Se activaron las etiquetas atómicas
o Se hizo clic en “Submit” para
haciendo clic en la opción "Model",
ubicada en la parte superior, en el tercer comenzar con el cálculo.
lugar de izquierda a derecha y luego la Aparecieron dos cuadros
opción Labels emergentes: uno notificando el
inicio del cálculo y otro
confirmando su finalización. A
ambos se les dio clic en “OK”.
2. Construcción del perfil energético:
o Se identificó el ángulo diédrico
al seleccionar la opción
"Geometry" (Geometría)
ubicada en la parte superior y
luego "Measure Dihedral"
(Medir Ángulo Diédrico).
Figura 2: Activación de las etiquetas
atómicas
1. Optimización de geometría:
o Se seleccionó desde el menú
principal la opción "Setup"
(Configuración), ubicada en la
parte superior, Luego, se
3
hizo clic en "Constrain
Dihedral", eligiendo los mismos
cuatro átomos.
o Se seleccionaron cuatro átomos
(H3C1C2H5) y se midió el
ángulo diédrico, obteniéndose o Se activó la restricción haciendo
un valor de --60,00°. clic en el ícono del candado que
apareció en la parte inferior de
la ventana.
3. Se configuró el software para variar el
ángulo diédrico de 0° a 360° en 13
pasos, permitiendo que la molécula de
o Se cambió el valor del ángulo a etano realizara una rotación completa,
0°, observándose cómo el generando 13 conformaciones distintas.
diedro rotó.
4. Se realizó un segundo cálculo:
o Se seleccionó nuevamente
"Setup" y luego "Calculation".
o Luego, se seleccionó
nuevamente "Geometry" y se
4
la opción Spreadsheet ubicada
en la parte superior y se agregó
una columna con la energía
relativa.
o En el cuadro emergente, se
especificó que el tipo de cálculo
era "Energy Profile" (Perfil
Energético) y se eligió el
método semiempírico PM6.
o A continuación, en la herramienta
o Se hizo clic en "Submit" y, tras “Geometry” se da clic en “Constrain
los cuadros emergentes Dihedral”, y se selecciona el Constrain
indicando el progreso y formado anteriormente en la molécula.
finalización, se abrió un Luego, se hace clic en el símbolo “p”,
Nuevodocumento. ubicado en la zona inferior derecha,
para que los datos se puedan visualizar
en la hoja de cálculo.
5. Análisis del perfil energético:
o En el nuevo documento, se
observó que el ángulo diedro
restringido cambió de color de
verde a morado.
o Se agrego la energía relativa en una
columna de la hoja de cálculo, se hace
o Se abrió la hoja de cálculo clic en “Add” y luego en “rel. E”. para
("Spreadsheet") dándole clic a finalizar con un “OK”
5
o Finalmente, se fusionó el
gráfico con la visualización de
la molécula, dándole clic a la
opción “merge”.
o y se observó el gráfico del perfil
energético.
o Se selecciono el icono “Plots”,
que se encuentra en la parte
superior.
o
luego se le da clic en el icono
“add”, y se configuran los
datos. En el eje X se añaden los
o Se hace clic en el icono edit para
ángulos Constrains y en el eje Y
convertir la curva a “Smooth”
la energía relativa en Kj/mol.
o Se generó un gráfico donde el
eje X representaba los ángulos
diédricos y el eje Y la energía
relativa en kJ/mol.
6
átomos de
hidrógeno están alineados (conformación
eclipsada), la molécula es menos estable y
tiene más energía. Esto se debe a que los
átomos están demasiado cerca y se repelen
entre sí. En cambio, cuando los átomos de
6. Se suavizó la curva del gráfico para hidrógeno están más separados (conformación
mejorar la presentación y se alternada), la molécula es más estable y tiene
identificaron las conformaciones más y menos energía.
menos estables de la molécula de etano, El gráfico que obtuvimos mostró cómo la
correspondientes a las formas alternada energía subía y bajaba dependiendo del ángulo
y eclipsada, respectivamente. de rotación. Esto nos permitió ver claramente
qué conformaciones son más estables y cuáles
menos.
5. conclusión
Este tutorial fue muy útil para entender cómo
las rotaciones en los enlaces simples de una
Figura. Molécula de Etano más estable molécula afectan su estabilidad energética. A
(Forma alternada) través de la simulación con el etano, se
aprendió a identificar las conformaciones más
y menos estables, y cómo los ángulos de
torsión influyen en la energía de la molécula.
Además, se profundizó en el uso de
herramientas de química computacional, lo que
permite visualizar y predecir el
comportamiento molecular de manera precisa.
Figura. Molécula de etano menos estable Este conocimiento es clave para aplicar en
(Forma eclipsada) áreas como el diseño molecular, la
investigación científica y la optimización de
compuestos en diversas industrias
6. Bibliografía
❖ Colque-Zacarias, Elba J., Carrasco,
Figura. Molécula de Etano con estabilidad Cristhian, Ghezzi, Flavio, &
intermedia Ticona-Bustillos, Armando R. (2018).
Determinacion de los ángulos de
Este procedimiento permitió analizar cómo las torsión del polihidroxibutirato (PHB)
rotaciones afectan la energía y la estabilidad de mediante simulaciones
la molécula de etano. Al hacer rotar la computacionales de un aglomerado.
molécula de etano, vimos que cuando los Revista Boliviana de Física, 32(32),
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❖ Hehre, W. J., Shusterman, A. J., &
Nelson, J. E. (1996). Introduction to
Computational Chemistry. Spartan
Educational Series. Wavefunction Inc.
❖ Software spartan 14