ELECTIVA IV: INTRODUCCIÓN A LA QUÍMICA COMPUTACIONAL.
GRUPO NÚMERO 01.
CÓDIGO 45783.
TUTORIAL NÚMERO 01: DIBUJANDO MOLECULAS ORGANICAS EN 2D
UTILIZANDO SPARTAN 14.
Fábregas Domínguez Geraldine Paola1, Fernando Castro Gómez 2.
gfabregas@[Link] 1, Profesor 2
Resumen
En el siguiente tutorial se ofrece una guía práctica sobre las capacidades del software
Spartan, diseñado para proporcionar a quien lo usa una experiencia práctica en el modelado
molecular. Enfocado en operaciones esenciales, a continuación, se ilustra la construcción y
manipulación de moléculas, la visualización de espectros gráficos y la medición de
distancias de enlace. Aunque no se representan todas las funciones de Spartan, se presenta
una base sólida para empezar a utilizar esta herramienta de modelado molecular. Spartan no
solo facilita la construcción y manipulación de estructuras moleculares, sino que también
permite realizar cálculos precisos de mecánica molecular y química cuántica.
Para representar estos conceptos, se utilizó el software para crear la estructura molecular en
2D del alopurinol, un medicamento crucial para el tratamiento de la hiperuricemia y la
prevención de ataques de gota, ya que ayuda a reducir la producción de ácido úrico en el
organismo
Palabras clave: Estructura molecular, Modelado molecular, Software Spartan 14,
Representación gráfica,
Abstract
In the following tutorial, a practical guide is provided on the features of the Spartan software,
designed to offer users a hands-on experience in molecular modeling. This tutorial focuses
on key operations, including the construction and manipulation of molecules, the
visualization of graphical spectra, and the measurement of bond distances. Although not all
capabilities of Spartan are covered, a solid foundation is provided to start using this
molecular modeling tool. Spartan not only facilitates the creation and manipulation of
molecular structures but also allows for precise calculations in molecular mechanics and
quantum chemistry.
To illustrate these concepts, the software was used to develop the 2D molecular structure of
allopurinol, an essential medication for treating hyperuricemia and preventing gout attacks
by reducing the production of uric acid in the body.
Keywords: Molecular structure, Molecular modeling, Spartan 14 software, Graphical
representation.
1. Introducción
El modelado molecular es una técnica crucial en química y biología que permite la
construcción, visualización y análisis de la estructura de moléculas para predecir sus
propiedades y comportamientos. Mediante el uso de herramientas computacionales
avanzadas, esta metodología facilita la comprensión de la disposición atómica y las
interacciones dentro de las moléculas, lo que resulta fundamental para aplicaciones como el
diseño de nuevos fármacos y el análisis de reacciones químicas complejas.
En este contexto, el software Spartan se destaca como una herramienta esencial para el
modelado molecular. Spartan proporciona una amplia gama de funcionalidades que abarcan
desde la construcción y manipulación de estructuras moleculares hasta la realización de
cálculos detallados en mecánica molecular y química cuántica. Esta plataforma permite a
los usuarios crear y ajustar estructuras moleculares con gran precisión, optimizando las
geometrías y evaluando la estabilidad energética de las moléculas.
Una de las características más destacadas de Spartan es su capacidad para realizar cálculos
basados en teoría cuántica, ofreciendo una visión profunda de la distribución electrónica y
las propiedades electrónicas de las moléculas. Además, Spartan facilita la visualización en
tres dimensiones, permitiendo un análisis exhaustivo de la geometría molecular. Esta
capacidad es especialmente valiosa en el diseño y optimización de nuevos fármacos, ya que
permite evaluar cómo las moléculas interactúan con sus objetivos biológicos a nivel
atómico.
El software también ofrece herramientas para analizar datos espectroscópicos y simular
dinámicas moleculares, proporcionando información sobre el comportamiento de las
moléculas en diversas condiciones. Estas capacidades integrales hacen de Spartan una
plataforma robusta y versátil para la investigación en química computacional,
contribuyendo significativamente a los avances en ciencia de materiales, farmacología y
biología estructural.
Spartan incluye una variedad de herramientas avanzadas para llevar a cabo cálculos y
análisis complejos. Entre las funcionalidades más destacadas se encuentran:
Métodos de cálculo: Spartan soporta desde cálculos de mecánica molecular, que
son rápidos, pero menos precisos, hasta cálculos de química cuántica ab initio, que
ofrecen una mayor precisión a expensas de un mayor coste computacional.
Optimización de geometría: Permite encontrar la estructura de menor energía de
una molécula, lo cual es esencial para predecir su forma y propiedades.
Teoría del funcional de la densidad (DFT): Un método de química cuántica
popular que proporciona un equilibrio entre precisión y coste computacional.
Dinámica molecular: Simula el movimiento de los átomos en una molécula a lo
largo del tiempo, permitiendo el estudio de procesos como la difusión, el
plegamiento de proteínas y las reacciones en solución.
Estas funcionalidades hacen de Spartan una herramienta indispensable para el análisis
detallado y la investigación avanzada en el campo de la química computacional.
2. Objetivos
Diseñar y coordinar la elaboración de la estructura molecular del alopurinol en
2D, empleando las herramientas disponibles en Spartan 14, desarrollando
habilidades en el uso de la aplicación para el modelado y visualización de
estructuras moleculares.
Analizar y Comprender la importancia del modelado molecular en la
farmacología, para así promover cómo el modelado molecular contribuye a la
investigación y desarrollo de fármacos, destacando la relevancia del uso de
Spartan 14 en la optimización y diseño de nuevos medicamentos.
Ampliar las habilidades adquiridas para incluir la construcción y análisis de
estructuras moleculares de otros fármacos relevantes en la práctica
farmacéutica.
3. Tutorial
Desarrollo del tutorial: Descripción del paso a paso de cómo se utilizó el software de
spartan 14.
1. Inicialmente se realizó la descarga del software de Spartan 14 en nuestro portátil,
luego se procedió a buscar el archivo en las “descargas” se ubicó el archivo con el
nombre de se descomprimió en el escritorio del
computador.
2. Para entrar al software se abrió la carpeta y se le dio clic al archivo con nombre
WF14gui64.
Realizado esto, se esperó un momento mientras carga y posteriormente apareció en la
pantalla el inicio del programa, el cual se visualizó de la siguiente manera:
3. En esta primera pantalla se observó el recuadro de lustración con su respectivo menú
en la parte superior de la pantalla, en este punto se observó las opciones que nos
ofrece el programa para dibujar y editar las moléculas, los diferentes modelos
disponibles, entre otras opciones.
.
3.1. Pasos para la construcción de la molécula de Alopurinol
Para este tutorial utilizando el software Spartan 14, se escogió la molécula del Alopurinol, es
un compuesto químico empleado como medicamento frente a la hiperuricemia (exceso de
ácido úrico en plasma sanguíneo) y sus complicaciones, como la gota. A continuación, se
ilustra su estructura química. Ilustración 1.
Ilustración 1. Estructura del alopurinol.
Fuente: Screenshot.
teniendo la siguiente imagen Como modelo se procedió a diseñarla en el software.
1. Se ingresa al software de Spartan 14, de la forma explicada anteriormente y se da clic en
la opción File (archivo) ubicado en la parte superior izquierda, y luego en la opción New
Sketch.
Ilustración2. Ilustración de la opción número uno.
[Link]és de haber seleccionado la opción Sketch, apareció en pantalla un menú de
herramientas de la siguiente manera:
Ilustración3. Menú de herramienta de Spartan 14.
4. Para iniciar la construcción de la molécula de alopurinol, se seleccionó el icono del
anillo aromático en el menú de herramientas y luego se dio doble clic en el
espacio en blanco para que aparezca esta estructura.
Ilustración 4. Inicio de la construcción de la molécula.
5. Posteriormente se hizo clic sobre el ciclopentano y se ubicó el cursor entre carbono
2 y 3 ,se apreció de la siguiente manera:
Ilustración5. Adición del ciclopentano.
Fuente: Screenshot.
[Link] procedió a agregar un doble enlace, dando clic en el icono del carbono . Luego se
hace clic en el lugar donde se ubicará el átomo en este caso en la posición 2 del anillo y se
direcciona con el clic sostenido hasta la posición correspondiente, se repite este proceso
para crear el doble enlace y se le agrego el átomo de oxígeno en la parte superior.
Ilustración 6. Adición del doble enlace.
7. Se reemplazo dos carbonos en el anillo de benceno con nitrógenos, se hizo clic en este
icono . Y luego clic en el lugar donde se ubicará los átomos, en este caso en la posición
1 y 3.
Ilustración 7. Modificación del anillo a pirimidina.
[Link] procedió a añadir un doble enlace en el ciclopentano en los carbonos 1 y 2, haciendo
clic en el y luego haciendo clic donde posicionara el enlace y sosteniendo del carbono 1
al 2.
Ilustración 8. Adición doble enlace.
[Link] último , se agregó el grupo amino segundario para los carbonos 4 y 5, esto se hizo
dando clic en el icono del hidrogeno , y luego haciendo doble clic en la posición 4 y 5
para así agregar el grupo amino secundario NH.
Ilustración 9. Grupo amino.
10. Al finalizar el dibujo de la estructura se le da clic en el icono de Clean ( ). Para
darle más uniformidad y estética a la molécula, como se observa en la Ilustración 17.
Ilustración 1. Molécula final.
[Link] visualizar en 3-D la estructura se le da clic en el icono de View. ( )
Ilustración 2. Molécula en tres dimensiones (3-D).
Una vez que tengamos la molécula en 3D, podemos utilizar algunas de las funciones que el
software ofrece, como cambiar los modelos de la molécula. Esto se puede hacer haciendo
clic en "model", lo que nos permitirá ver todas las opciones disponibles. A continuación, se
presentan algunos ejemplos
[Link]
La relevancia del modelado molecular y del software Spartan 14 en la formación y práctica
de científicos y profesionales de la salud, subrayando su impacto en la educación, la
investigación y la sostenibilidad, lo que hace que se resalten las siguientes conclusiones
La química computacional, implementada a través de Spartan 14, es una herramienta
esencial en el diseño y desarrollo de nuevos medicamentos. La representación precisa
de las estructuras moleculares, junto con la simulación de interacciones y
reactividades, ofrece a los científicos una plataforma poderosa para prever la eficacia
de nuevos compuestos antes de su síntesis y prueba experimental.
La capacidad de visualizar estructuras moleculares en 3D y explorar sus propiedades
mediante herramientas como Spartan 14 mejora significativamente la comprensión de
conceptos difíciles. Esto permite que estudiantes y profesionales observen
directamente el comportamiento de las moléculas en distintas condiciones, facilitando
un aprendizaje más profundo y aplicable.
El empleo de software como Spartan 14 en la educación de la química orgánica
representa un avance notable en la integración de tecnologías computacionales en el
currículo académico. Al incluir estas herramientas, los estudiantes no solo aprenden
teorías, sino que también desarrollan habilidades prácticas esenciales en el contexto
científico actual
La familiarización con herramientas como Spartan 14 prepara a los estudiantes para
participar en investigaciones avanzadas. Al dominar el software y comprender sus
aplicaciones, los futuros científicos estarán mejor preparados para contribuir a
proyectos de investigación que requieren un análisis molecular detallado y una
comprensión profunda de las propiedades químicas.
5. Bibliografía.
Jensen, F. (2017). Introducción a la química computacional. John Wiley &
Sons.
Cramer, CJ (2013). Fundamentos de química computacional: teorías y modelos.
John Wiley & Sons.
Leach, AR (2001). Modelado molecular: principios y aplicaciones. Prentice
Hall.
Rojo Lopez J. Modelado molecular asistido por computadora con el programa
Spartan 14. Silva Flores F, tutor. Scribd.
Spartan 14'. Sketching Organic Molecules in 2-D. Spartan Tutorial.