Aminoácidos y péptidos

estructura, clasificación y propiedades.

Contenidos:
 Introducción general a la composición y diversidad funcional de las proteínas.

 Aminoácidos: estructura, clasificación, propiedades. Estereoquímica.

 El enlace peptídico. Péptidos: estructura y propiedades.

Estructura y función de proteínas

Naturaleza química de las proteínas:
• Composición: todas contienen (C, H, N y O), casi todas (S) y
algunas (P, Fe, Zn o Cu)
• Estructura: polímeros no ramificados de 20 aminoácidos (?)
(el 21 es la selenocisteína y el 22 es la pirrolisina).
• Organización: una o varias cadenas iguales o distintas.
• Tamaño: de 50 a 5000 residuos por cadena. Sus masas varían entre
6 y 550 kDa. La titina puede tener hasta 27.000 residuos
(2,7x103kDa)
• Tipos : Simples (sólo aminoácidos) o conjugadas (azúcares, ácidos
grasos, metales, etc.)

Funciones:
 Catálisis (enzimas)  Elementos estructurales
 Transporte  Mecanismos de defensa
 Almacenamiento de nutrientes  Regulación genética y hormonal
 Contracción y movimiento  Tampón
 Aminoácidos y péptidos:
estructura, clasificación y propiedades.

Objetivos
 Conocer la estructura general de los 20 aminoácidos.
 Saber que los grupos R tienen distintas propiedades.
 Comprender los cambios en sus grupos ionizables.
 Entender que la mayoría de los aminoácidos son moléculas
quirales.
 Saber que hay otros aminoácidos “no proteicos”.
 Conocer que algunos aminoácidos de las proteínas sufren
modificaciones.
 Comprender la naturaleza y propiedades del enlace peptídico.
 Estructura de los aminoácidos

• Los aminoácidos de las proteínas de cualquier origen (desde las

bacterias hasta el hombre) son siempre los mismos.
• La mayoría son -aminoácidos (salvo la prolina) pero difieren en
muchas propiedades (tamaño, forma, carga etc..)

Cadena lateral
H
Estructura R C COOH
general de un
-aminoácido NH3+
Carbono alfa () Grupo -carboxilo Los aminoácidos son
estructuras tetraedricas
Grupo -amino
 Cadena lateral ( R ) apolar

Alanina Valina Leucina Isoleucina

C asimétrico

Fenilalanina Triptofano Metionina Prolina

 Cadena R polar sin carga

Serina Treonina Tirosina Asparagina Glutamina

C. asimétrico

Algunos aminoácidos pueden clasificarse en más de un grupo

Cisteina
Glicocola

Este carbono no es asimétrico

Selenocisteína SeH
Cadena lateral ( R ) con carga -
Aspartato Glutamato

Cadena lateral ( R ) con carga +

Pirrolisina Lisina Arginina Histidina

AA-1
 Símbolos de una y tres letras

* *
* **
* *
*
* *
*
**
Selenocisteína Sec U

Pirrolisina Pyl O
Todos los aminoácidos se encuentran
en el entorno del pH fisiológico como
iones dipolares o Zwitteriones.
Disociación de un ácido débil

[A- ] = base conjugada

HA H+ + A-
[HA] = ácido débil

[H+ ] [A- ] + -
-Log Ka= -Log [H ] [A ]
Ka =
[HA] [HA]

[A-] + [A- ]
pKa = - Log - Log [H ] pKa = - Log + pH
[HA] [HA]

-
[A ]
pH = pKa + Log
[HA]

La ecuación de Henderson Hasselbalch

Ejemplos de ácidos débiles
 Valoración de un ácido débil

La capacidad de amortiguación
depende de la concentración del
tampón (suma de [ácido]+[base C.])

La eficacia de la solución tampón

es máxima en un rango de valores
de pH de +/- 1 unidad del pKa del
ácido.

(equivalentes)
Valoración de la glicina
pK1= 2,35 pK2= 9,78

Punto
isoleléctrico
pI=(pK1+ pK2)/2

-
[A ]
equivalentes de OH - pH = pKa + Log
[HA]
Valoración del ácido glutámico

pKa 2,1 4,1 9,5

Punto
isoleléctrico

equivalentes de OH -
 Propiedades ácido-base de los aminoácidos

Aminoácido Abrev pK(C) pK(N) pK (Cad. Lat)

Alanina Ala A 2,35 9,87

Arginina Arg R 1,82 8,99 12,48 (guanidinio)
Asparagina Asn N 2,10 8,84
[Link]ártico Asp D 1,99 9,90 3,90 (-COOH)
Cisteína Cys C 1,92 10,78 8,33 (tiol)
[Link]ámico Glu E 2,10 9,47 4,07 (-COOH)
Glutamina Gln Q 2,17 9,13
Glicina Gly G 2,35 9,78
Histidina His H 1,80 9,33 6,04 (imidazol)
Isoleucina Ile I 2,32 9,76
Leucina Leu L 2,33 9,74
Lisina Lys K 2,16 9,18 10,79 ( -NH3)
Metionina Met M 2,13 9,28
Fenilalanina Phe F 2,16 9,18
Prolina Pro P 2,95 10,65
Serina Ser S 2,19 9,21
Treonina Thr T 2,09 9,10
Triptófano Trp W 2,43 9,44
Tirosina Tyr Y 2,20 9,11 10,13 (fenol)
Valina Val V 2,29 9,74

AA-2
La mayoría de los aminoácidos son asimétricos

Las moléculas asimétricas

tienen imágenes en el espejo
que no pueden
superponerse
r

palma

espejo
Reverso
de la mano
La mano derecha se parece a la
imagen en el espejo de la mano
izquierda pero NO PUEDEN
SUPERPONERSE
Estereoquímica de los aminoácidos

• Todos los aminoácidos, salvo la glicina, tienen centros quirales.

• Los L-aminoácidos predominan en la naturaleza.

• La clasificación OPERATIVA se basa en el sentido de giro del

plano de la luz polarizada (+) dextrógiro o (-) levógiro

• La nomenclatura D, L (convención de FISCHER) se basa en la

configuración del D y L-gliceraldehido

• El sistema R, S permite nombrar de forma inequívoca

compuestos con más de un centro quiral (como la Ile o la Thr).
 Nomenclatura D, L

L- gliceraldehido D- gliceraldehido

Dibujo en perspectiva

L- serina D- serina

Proyecciones de Fischer
 Nomenclatura R, S

AA-3

L- gliceraldehido (S)- gliceraldehido

D- gliceraldehido (R)- gliceraldehido

16 8 7 6

SH > OH > NH2> COOH > CHO > CH2OH

L- alanina (S)- alanina

 Propiedades espectroscópicas

Rayos X Luz visible Ondas de radio

Long. de onda

Lámpara monocromador l

Ley de Lambert-Beer
Io
A = log ----- = e c l
I

Longitud de onda
La proteína verde fluorescente (GFP)
Aequorea victoria

The green fluorescent protein GFP is shaped like a cylinder.

Copyright © University of California, San Diego

E. coli expressing various fluorescent proteins were used to produce t

his image in a petri [Link] © University of California, San Diego

The Nobel Prize in Chemistry 2008

Osamu Shimomura, Martin Chalfie, Roger Y. Tsien
Aminoácidos modificados

 No se incorporan en los ribosomas

 Son modificaciones post-traducionales.
 Las de tipo reversible suelen tener importancia en regulación.
Derivados bioactivos de los aminoácidos
 El enlace peptídico

HIDRÓLISIS CONDENSACIÓN

Extremo carboxilo
Extremo amino

Enlace peptídico
(amida)
Química del enlace peptídico

..
Configuraciones del enlace peptídico

Los dos C están en lados Los dos C están en el mismo

opuestos del enlace peptídico. lado del enlace peptídico.
Son los mas abundantes en las El mas común es X-Pro.
proteínas por ser mas estables.
 Las proteínas son polímeros
aa1 aa2 dipéptido

aa2 aa3 tripéptido

aa1

aa1 aa2 aa3 aa4 tetrapéptido

pentapéptido

n  1 0-50 (oligopépt ido)

Residuos (-il) n > 50 poli pépt ido
N-terminal – b – c – d – e – f – g – C- terminal

Ala – Gly – Trp (alanil glicil triptófano ) AGW WGA

AA-4 ¡¡ ESTAS DOS SECUENCIAS NO SON IGUALES !!
Otro tipo de enlaces covalentes

cisteina oxidación
reducción
Puente
disulfuro

cisteina cistina
Los péptidos pueden tener muchas funciones

 Hormonas
– insulina (51 residuos)
– oxitocina (9 residuos)
 Neuropéptidos
– sustancia P (11 aa, mediador del dolor)
 Antibióticos:
– polimixina B (para bacterias Gram - )
– bacitracina A (para bacterias Gram + )
 Protección, e.g. toxinas
– amanitina (setas, 8 aa, cíclico)
– conotoxina (caracoles marinos, 10-30aa)
– clorotoxina (escorpiones)
El GSH un péptido bioactivo
enlace isopeptídico
 Metas de conocimiento
 Saber describir la estructura general de cualquier aminoácido.
 Saber dibujar las formulas químicas de los 20 aminoácidos estándar y conocer
sus símbolos de una y tres letras.
 Poder clasificar los aminoácidos de acuerdo con su polaridad, estructura, tipo
de grupos funcionales, propiedades ácido base.
 Conocer los pKs aproximados de los grupos ionizables y porqué son distintos
en los aminoácidos libres y cuando forman parte de péptidos o proteínas.
 Predecir y cuantificar las formas iónicas predominantes de aminoácidos y
péptidos.
 Identificar los carbonos asimétricos de los aminoácidos.
 Conocer las modificaciones más frecuentes de los aminoácidos y sus
funciones en las proteínas.
 Ser capaz de identificar los enlaces peptídicos, los distintos “residuos” y los
extremos C y N terminal de un péptido.
 Escribir la secuencia de un péptido o proteína en sus distintas formas de
abreviación.
 Conocer las características principales del enlace peptídico.