Informática Aplicada a la Biología
Grado en Biología Curso 2013-2014
Introducción práctica al
lenguaje Perl
• Es un texto con una serie de órdenes
en lenguaje Perl
• Las órdenes se separan por ;
• Espacios en blanco se ignoran
• Las líneas que empiezan por # son un
comentario y se ignoran
• Las mayúsculas y las minúsculas son
distintas
• El texto se pone entre comillas simples
$x=1;
$y=2.5; “\n”
print $x+$y,"\n";
Sirve para
print $x*$y,"\n"; conseguir un
print $x/$y+3*$x,"\n"; salto de línea
print 3*$y,"\n"; en pantalla
print ‘Dame un valor real: ‘;
$valor = <STDIN>;
$cuartaparte = $valor * 0.25;
print ‘La cuarta parte es = ‘, $cuartaparte ,”\n";
<STDIN> equivale a Standard Input
Observad qué ocurre cuando se introduce una
cadena de caracteres:
intercalad la orden
print ‘valor =‘, $valor;
entre la segunda y tercera línea
Observación:
¡Mayúsculas y minúsculas
no son iguales!
Empieza por 1 No tiene $
Guardalo como
[Link]
Si no usamos comentarios,
los códigos con muchas
líneas son difíciles de
entender, así que se
recomienda
¡¡COMENTAR SIEMPRE!!
#Asigno valores
$hola=‘Hola Mundo’,”\n";print $hola; MAL ESTILO
#Asigno valores
$hola=‘Hola Mundo’,”\n";
print $hola; BUEN ESTILO
Sin comentarios ni espacios tendremos problemas para entender lo
códigos con muchas líneas. Por ello se recomienda:
¡¡COMENTAR, DEJAR ESPACIOS, Y UNA ORDEN POR LÍNEA!!
Guárdalo en el escritorio con el
nombre [Link]
#Quiero saludar a todo el mundo
$hola=‘Hola Mundo’,”\n"; El uso de la orden <STDIN>
print $hola; permite ejecutar el archivo Perl
<STDIN>; directamente usando un doble
clic con el ratón.
<STDIN> Hace esperar hasta
que se pulsa enter
¡Observad como al
archivo [Link] Ya se puede
se le asigna un guardar en
icono que parece
un lagarto!
cualquier sitio.
Unión de cadenas de texto: Operador (.)
$micadena1='ACGTTAAGGG'; punto .
$micadena2='GTGATTAAAATTTGC'; Unen los contenidos de las
$micadena= $micadena1.$micadena2; dos variables de caracteres
print $micadena,"\n”;
$micadena= '$micadena1$micadena2'; Las comillas simples ‘ ‘
print $micadena; convierten lo que encierran en
<STDIN>; caracteres
$str = 'TTCGATGCCATTGC';
$str =~ s/TT/ijH/; ijHCGTGACCATTGC
print $str,”\n";
ijHCGTGACCAijHGC
# Vamos a transformar ADN en ARN
#Mi ADN es
$miadn=‘ACGTTAAGTGGAATTGATGGTATTAGTA’;
# Lo imprimimos en pantalla
print ‘Mi cadena de ADN es: ‘,$miadn, “\n”;
$miarn =$miadn;
$miarn =~s/T/U/g;
# Imprimimos en pantalla el ARN
print ‘Entonces el ARN es: ‘, $miarn, “ \n”;
<STDIN>;
$miarn =~s/T/U/g;
Patrón de búsqueda:
g …. búsqueda global
Variable i …. insensitivo a mayúsculas
o minúsculas
Operador de
sustitución Patrón a reemplazar
Patrón a buscar
=~ se usa sobre cadenas de caracteres y significa aplicarle la
operación de la derecha (s/T/U/g) a la cadena de caracteres de la
izquierda $miarn
# Vamos a transformar ADN en ARN
#Mi ADN es
$miadn=‘ACGTtAAGTGGAAttGATGGTATtAGtA’;
# Lo imprimimos en pantalla
print ‘Mi cadena de ADN es: ‘,$miadn, “\n”;
$miarn =$miadn;
$miarn =~s/T/U/gi;
# Imprimimos en pantalla el ARN
print ‘Entonces el ARN es: ‘,$miarn, “\n”;
<STDIN>;
$dna = 'TTCGATGCCAC';
if ($dna =~ /ATG/)
{
print ‘ATG encontrado.’,”\n”;
}
else
{
print ‘ATG no encontrado.’,”\n”;
}
ATG encontrado
$dna = 'TTCGAtGCCAC';
if ($dna =~ /ATG/i)
{
print ‘ATG encontrado. ‘,”\n”;
}
else
{
print ‘ATG no encontrado.’,”\n”;
}
ATG encontrado