BIOQUÍMICA GENERAL Convocatoria de Junio - Curso 2019-20
APELLIDOS: NOMBRE:
Se ha aislado un fragmento de una proteína cuya secuencia de aminoácidos es la siguiente: H2N-Asp-Gln-Thr-
Asp-Ala-Lys-Glu-Asp-Thr-Arg-Asp-Lys-Arg-Pro-Arg-COOH
Determine el valor del punto isoeléctrico (pI) de este polipéptido. Los valores de los correspondientes pKs son
los siguientes: Asp (pK2 = 9.60; pKR = 3.65), Glu (pKR = 4.25), Lys (pKR = 10.53), Arg (pK1 = 2.17; pKR =
12.48). (10 puntos)
6(+) ↔ 6(+)1(-) ↔ 6(+)2(-) ↔ 6(+)3(-) ↔ 6(+)4(-) ↔ 6(+)5(-) ↔ 6(+)6(-) ↔ 5(+)6(-) ↔
2.17 3.65 3.65 3.65 3.65 4.25 9.60 10.53
↔ 4(+)6(-) ↔ 3(+)6(-) ↔ 2(+)6(-) ↔ 1(+)6(-) ↔ 6(-)
10.53 12.48 12.48 12.48
pI = (4.25 + 9.60)/2 = 6.925
¿Qué estudios cree que se pueden efectuar, una vez conocida la estructura primaria de una proteína? (5
puntos)
Estudios de homología (comparación de secuencias), predicción de estructuras
de orden superior, estudios evolutivos (construcción de árboles filogenéticos)
Mediante cromatografía de penetrabilidad se ha determinado la masa molecular de una enzima en su estado
nativo. El valor obtenido ha sido 96000 Dalton. Una muestra de dicha enzima se ha analizado en PAGE-SDS
en condiciones reductoras, al objeto de analizar su estructura cuaternaria. En la electroforesis se ha obtenido
una única banda cuya movilidad electroforética relativa ha sido de 4.80 cm. Se han empleado como referencia
seis marcadores de masa molecular conocida (entre paréntesis aparecen sus movilidades electroforéticas,
cm, en las condiciones del análisis): 85.0 kDa (U: 0.10 cm), 66.0 kDa (U: 1.00 cm), 46.0 kDa (U: 2.35 cm),
30.0 kDa (U: 3.90 cm), 25.0 kDa (U: 4.65 cm) y 20.9 kDa (U: 5.35 cm) ¿Qué se puede decir acerca de la
estructura cuaternaria de la mencionada enzima? (20 puntos)
MW logMW U cm
85000 4.93 0.10
66000 4.82 1.00
46000 4.66 2.35
30000 4.48 3.90
25000 4.40 4.65
20900 4.32 5.35
Problema 4.80
Al interpolar este
valor en la recta de
calibrado se obtiene
un logMW de 4.38,
que corresponde a
una masa molecular
de 24000 dalton.
Por tanto, parece que
se trata de una proteína tetramérica en la que las cuatro subunidades tendrían la
misma masa molecular, pues aparece una única banda en PAGE-SDS.
Determine los valores de KM y Vmax de una enzima, a partir de la representación de dobles inversas de
Lineweaver-Burk que se adjunta, construida con los resultados de los correspondientes ensayos enzimáticos.
Cada uno de los ensayos se ha efectuado con una concentración de enzima 0.10 nM. La concentración de
sustrato es aparece en unidades M, y la velocidad inicial en nM/min. Calcule posteriormente el valor de kcat,
indicando las unidades correspondientes a cada uno de los tres parámetros enzimáticos. (20 puntos)
La ordenada en el
origen (1/Vmáx) es 0.009.
Por tanto,
Vmáx = 111 nM/min
La abscisa en el origen
(-1/KM) es -0.11.
Por ello,
KM = 9.09 M
Los ensayos se han
efectuado a una [E]total
= 0.10 nM.
Kcat = Vmáx/[E]total = 111
nM/min/0.10 nM
Es así que
Kcat = 1110 min-1
Explicar las diferencias: a) estructural, y b) funcional, entre la hemoglobina A (de adulto) y la hemoglobina F
(de feto). (10 puntos)
Diferencia funcional: a la misma pO2 la Hb de feto tiene más
afinidad por el oxígeno que la de adulto. Gráfica continua: Hb
de adulto; Grafica Discontinua: Hb de feto.
Diferencia estructural: la Hb de feto tiene en el sitio de unión de
2,3DPG menos grupo positivos (dos His están sustituidas por
Ser) lo que hace que una menos 2,3DPG (ácido) aumentando la
afinidad por el oxígeno.
¿En qué consiste el efecto Bohr y qué relación existe entre dicho efecto y la intensidad metabólica de las
células? (10 puntos)
El efecto Bohr consiste en la variación que sufre la afinidad de
la Hb por el oxígeno en dependencia del pH del medio celular
(y de la concentración de CO2). A la misma presión parcial de
oxígeno, cuanto menor es el pH, menor es la afinidad por el
oxígeno (por ejemplo, la curva continua es a pH 6.8 y la curva
discontinua a pH 7.2).
La actividad metabólica acidifica el medio celular, ya que se
liberan protones y CO2, lo que libera más O2 que dicha actividad requiere.
En la estructura de una inmunoglobulina ¿dónde reside su especificidad frente al antígeno? (5 puntos)
Dicha especificidad reside en el parátopo, conjunto de aminoácidos que forma
parte de las regiones hipervariables, dentro de los dominios variables de la
inmunoglobulina.
Describa la actividad característica de la DNA polimerasa I y de la que carecen las otras cuatro polimerasas
de E. coli (5 puntos)
Se trata de una actividad exonucleasa 5’→3’ que se encuentra localizada en un
dominio de la proteína que puede aislarse mediante un tratamiento proteolítico
suave. Su función es reemplazar un fragmento de DNA, o RNA, apareado con el
molde, en un proceso que se conoce como nick translation. La polimerasa es
capaz de eliminar el fragmento no deseado y, simultáneamente polimerizar uno
correcto. Es una actividad clave tanto en mecanismos de reparación como en la
eliminación de cebadores durante la replicación.
¿Cuáles son las dos principales funciones de las aminoacil-tRNA sintetasas? (5 puntos)
Activar el sustrato y contribuir a la fidelidad de la traducción mediante el
adecuado acoplamiento de cada aminoácido con su tRNA correspondiente.
¿Cuáles son las principales características de los tránscritos primarios de RNA que, en eucariotas, generan
moléculas de mRNA? (10 puntos)
Se organizan en intrones y exones. Los intrones se deben eliminar para originar
moléculas de mRNA funcionales mediante un proceso de maduración que se
conoce como splicing. Además, son monocistrónicos, tienen una “caperuza”
protectora en el extremo 5’ y una cola de poliA en el extremo 3’. Los
correspondientes genes que producen proteínas que constituyen una ruta
metabólica suelen aparecer muy alejados en el genoma, incluso en cromosomas
distintos.
Enumere las principales características estructurales de la estructura conocida como DNA B (10 puntos)
Es una estructura formada dos cadenas helicoidales enrolladas de forma
antiparalela alrededor del mismo eje formando una doble hélice dextrógira. Sus
esqueletos hidrófilos, formados por unidades alternas de desoxirribosas y
grupos fosfato, cargados negativamente, se hallan en el exterior. Las bases
púricas y pirimidínicas se encuentran apiladas en el interior definiendo planos
perpendiculares al eje de la hélice e interaccionando a través de enlaces de
hidrógeno. Sólo pueden interaccionar las timinas con las adeninas, formando
dos enlaces de este tipo, y las guaninas con las citosinas, a través de tres. La
relación espacial entre las dos cadenas origina dos surcos de distinto tamaño
(mayor y menor) a lo largo de la hélice, que tiene un paso de rosca que equivale
a 10 residuos de desoxinucleotido por vuelta. Es muy flexible. Las dos cadenas,
al ser antiparalelas y tenerse que respetar el apareamiento de las bases, tienen
distinta composición: por eso se dice que son complementarias.
¿Qué reacciones constituyen los tres principales puntos de control de la glicolisis? ¿Qué enzimas las catalizan
(5 puntos)
- La primera: fosforilación de la glucosa a glucosa-6-fosfato por la hexoquinasa.
- La tercera: fosforilación de la fructosa-6-fosfato a fructosa-1,6-bisfosfato por la
fosfofructoquinasa.
- La última: paso de fosfoenol-piruvato a piruvato por la piruvato quinasa.
Indique cuáles son los tres destinos principales del piruvato, indicando si se dan en condiciones aerobias o
anaerobias, y en qué tipo de órgano u organismo tienen lugar (5 puntos)
En condiciones anaerobias puede:
- transformarse en lactato: fermentación láctica. Músculo, eritrocitos y
bacterias
- transformarse en etanol: fermentación alcohólica. Microorganismos,
principalmente levaduras.
En condiciones aerobias:
- transformarse en acetil-CoA: Descarboxilación oxidativa. En todos los
organismos aerobios si hay suficiente oxígeno.
¿Cuáles son las tres etapas más importantes en la regulación del ciclo del ácido cítrico? ¿Por qué cree qué es
esto así? ¿Cuáles son las enzimas que las catalizan? (10 puntos)
La condensación de acetil-CoA y oxalacetato (OAA) para formar citrato,
catalizada por la citrato sintasa. La descarboxilación oxidativa de isocitrato a α-
cetoglutarato (αkg), catalizada por la isocitrato deshidrogenasa. La
descarboxilación oxidativa del αkg a succinil-CoA, catalizada por la αkg
deshidrogenasa. Las tres son etapas irreversibles. De ahí su importante papel
regulador.
Dibuje esquemáticamente la estructura del complejo ATP sintasa y describa brevemente su funcionamiento
(20 puntos)
F0 contiene el canal de protones del complejo y da
al espacio intermembranas de la mitocondria.
F1 contiene la actividad catalítica de ATP sintasa y
da a la matriz mitocondrial. Cataliza la formación de
ATP a partir de ADP y ortofosfato: ADP3- + HPO42- ↔
ATP4- + H2O
La enzima posee tres centros activos (subunidades
β) en la que cada uno de ellos lleva a cabo,
simultáneamente, una función distinta. La fuerza
protón-motriz que se genera al pasar los protones
por la subunidad a, hace que los tres cambien de función de forma secuencial.
Para explicar este mecanismo, se puede considerar que el complejo está
formado por una parte móvil (anillo c y tallo γε; llamada rotor) y la estacionaria
(formada por el resto de la molécula; llamada estátor). Cada una de las tres
subunidades β realiza todos los pasos del proceso de síntesis de ATP según la
siguiente secuencia:
1. Captura de ADP y Pi, que se corresponde con una conformación relajada
de la subunidad β que se denomina L.
2. Síntesis del ATP, que corresponde a la conformación tensa o T, que
cataliza la reacción por su gran afinidad por la unión del ATP.
3. Liberación del ATP formado y nueva captura de ADP y Pi. Ésta es la
conformación O que, al contrario que las otras dos, es más abierta y puede tanto
unir los nucleotidos, como liberarlos.
En el contexto de que la glicolisis y la gluconeogénesis son dos rutas que se regulan de forma COORDINADA,
explique cómo se verían ambas afectadas frente a un aumento de los siguientes metabolitos: ADP, fructosa-
2,6-bisfosfato o citrato (10 puntos)
ADP: un aumento de ADP se relaciona con una deficiencia de energía
metabólica y, por tanto, de la necesidad de síntesis de ATP. Por tanto, se
activaría la glicolisis, para, en último término, producirlo, y se inhibiría la
gluconeogénesis.
FRUCTOSA-2,6-BISFOSFATO: este metabolito se relaciona con un exceso de
monosacáridos y, por tanto, de glucosa. Por este motivo, en este caso también
se activaría la glicolisis y se inhibiría la gluconeogénesis.
CITRATO: un aumento de citrato se relaciona con un aumento en los
metabolitos necesarios en reacciones de síntesis, así que lo lógico en esta
situación sería la activación de la gluconeogénesis y la inhibición de la
glicolisis.
¿Qué ocurriría con las dos fases de la ruta de las pentosas fosfato en una situación metabólica en la que se
requiriese NADPH y energía? (10 puntos)
Ambas fases, tanto la oxidativa como la no oxidativa, tendrían lugar, pero la
fructosa-6-P y el gliceraldehido-3-P producidos se degradarían vía glicolisis para
producir ATP. En esta situación, la ribosa, un monosacárido de cinco carbonos,
se acaba convirtiendo en piruvato, que está formado sólo por tres.
Explique qué son las HDL, su biogénesis y su papel en el transporte y metabolización de los lípidos (10
puntos)
Las HDL son las lipoproteínas de mayor densidad, por su contenido relativo en
ésteres de colesterol y proteína. Se originan en el hígado y el intestino, que las
secretan a la sangre. Recién formadas, tienen forma discoidal y se denominan
HDL nacientes. Su papel principal es la retirada del colesterol en exceso de la
sangre incorporándolo a la lipoproteína en su forma esterificada. Para ello
cuentan con la participación de la lecitina colesterol aciltransferasa, una enzima
que transfiere el ácido graso en posición 2 de la lecitina al OH del colesterol,
originando lisolecitina. Según van incorporando estos ésteres, las HDL van
adquiriendo una forma cada vez más esférica hasta convertirse en las HDL
maduras, completamente esféricas y ricas en ésteres de colesterol de origen
endógeno. También son capaces de intercambiar estos ésteres con las VLDL e
IDL. En último término, las HDL transportan todo este colesterol esterificado, en
principio en exceso en la sangre, al hígado, donde se recicla o se transforma,
principalmente originando sales biliares. Las HDL constituyen, de hecho, la
principal fuente de colesterol del hígado. Se dice que las HDL protegen de la
enfermedad cardiovascular porque, en definitiva, retiran el exceso de ésteres de
colesterol de la sangre que, transportados por otras lipoproteínas como las LDL,
pueden acabar originando las placas de ateroma. Las HDL los llevan al hígado
para ser metabolizados y reciclados.
Formule la actividad catalítica de la enzima Glutamato deshidrogenasa y explique su importancia catabólica y
anabólica en el metabolismo de compuestos nitrogenados (10 puntos)
La enzima cataliza el transporte de
NH3 (grupos NH2-) entre el ácido
glutámico y el -cetoglutarato,
conectando el metabolismo del
nitrógeno con el de carbohidratos.
α-Cetoglutarato Glutamato Según se capture o se libere el
NH3 -la reacción es reversible- la
enzima tendrá un papel anabólico o catabólico, respectivamente. Ello concuerda
con el hecho de que la enzima utiliza distintos nucleótidos de oxidoreduccion
(NAD/NADP) en la reacción según el sentido anabólico o catabólico en uso.
Describa la reacción clave en la biosíntesis del colesterol comentando las características de la regulación de
la enzima implicada (10 puntos)
Se trata de la conversión citoplasmática de 3-hidroximetil-glutaril-CoA
(HMGCoA) a mevalonato, una reacción irreversible en la que se consumen 2
moléculas de NADPH (procedentes de la ruta de las pentosas) y catalizada por la
enzima HMGCoA reductasa. Esta enzima es clave en el control de la biosíntesis
del colesterol. Su regulación se produce a dos niveles diferentes. Por un lado,
sus niveles son sensibles a la concentración intracelular de colesterol en el
hígado. Si aumenta, se reprime la expresión del gen responsable. Por otro lado,
el propio colesterol, producto final de la ruta, actúa también como inhibidor de la
enzima. Finalmente, es también reseñable que esta enzima es la diana de las
estatinas, moléculas fúngicas que se utilizan como efectivos medicamentos de
control de los niveles de colesterol en sangre porque actúan, precisamente,
como inhibidores de la HMGCoA reductasa.