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Guía de Instalación de Software Docking

El documento detalla el proceso de instalación de Autodock Tools, Autodock Vina y Open Babel en un sistema Linux. Incluye instrucciones para descargar, descomprimir, instalar y configurar alias para ejecutar los programas desde la terminal. También se menciona la opción de instalar Open Babel a través del centro de software.

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Lizeth Jocelyn Serna Villalobos
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El documento detalla el proceso de instalación de Autodock Tools, Autodock Vina y Open Babel en un sistema Linux. Incluye instrucciones para descargar, descomprimir, instalar y configurar alias para ejecutar los programas desde la terminal. También se menciona la opción de instalar Open Babel a través del centro de software.

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1.

- Instalación de Vina y Raccoon2

Primero descargamos los archivos de instalación de Autodock tools (ADT):


[Link]

Escogeremos:
mgltools_Linux-x86_64_1.5.7_Install (Linux 64 GUI installer 109Mb)

Abrimos una terminal en Descargas y damos permiso de ejecución al instalador de ADT:


$ chmod +x mgltools_Linux-x86_64_1.5.7_Install

Ejecutamos el instalador con:


$./mgltools_Linux-x86_64_1.5.7rc1_install

Si obtenemos un mensaje de permiso denegado, ejecutamos con:


$ sudo ./mgltools_Linux-x86_64_1.5.7rc1_install

Si escogiste descargar: mgltools_x86_64Linux2_1.[Link] (Linux 64 tarball installer


108Mb)

Abrimos una terminal en Descargas y descomprimir el instalador:


$ tar xvzf mgltools_x86_64Linux2_1.[Link]

Veras la creación de una nueva carpeta con el mismo nombre, entramos en el:
$ cd mgltools_x86_64Linux2_1.5.7

Ejecutamos la instalación con:


$ ./[Link]

Instalado el programa necesitaremos crear los alias para ejecutarlo desde terminal. Vayamos
a los archivos y desde la carpeta personal, abrimos el archivo .bashrc con gedit. Si no lo ves
en la carpeta personal, requiere permitir la visualización de archivos ocultos en tu PC.

Una vez abierto el .bashrc, nos dirigimos al final del archivo y escribimos los alias:
alias adtrc='/home/user/Downloads/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/bin/adt'
alias visionrc='/home/user/Downloads/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/bin/vision'
alias pythonshrc='/home/user/Downloads/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/bin/pythonsh'

Guardamos el archivo.

Desde una terminal abierta escribimos:


$ cd

y luego

$ source ~/.bashrc

Con esto deberíamos poder llamar a Autodock y Raccon desde terminal.

2.- Autodock Vina


Para instalar Autodock vina tecleamos en una terminal:
sudo apt-get install -y autodock-vina

Y descarga:
[Link]
3.- Open Babel.
Vamos a copiar el archivo de open babel desde github con:
$ git clone [Link]

Ustedes deberías ver una carpeta de nombre openbabel o similar, accedemos a ella desde
terminal con:
$ cd openbabel

Creamos la carpeta donde compilaremos la instalación:


$mkdir build

Accedemos a esta nueva carpeta:


$ cd build

Compilamos con:
$ cmake ..

$ sudo make

Instalamos con:
$ sudo make install

Revisamos la instalación con:


obabel --version

3.2.- También podemos entrar al centro de software, buscar open babel e instalarlo
directamente desde esa opción.

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