Técnicas de Ingeniería Genética
Técnicas de Ingeniería Genética
Las técnicas de ingeniería genética permiten modificar los genomas de animales y plantas. Se han
ideado técnicas para insertar, eliminar y modificar el ADN a múltiples niveles, desde un par de bases
específico en un gen concreto hasta genes enteros. Hay una serie de pasos que se siguen antes de crear un
organismo modificado genéticamente (OMG). En primer lugar, los ingenieros genéticos deben elegir qué
gen desean insertar, modificar o eliminar. A continuación, deben aislar el gen e incorporarlo, junto con
otros elementos genéticos, a un vector adecuado. Este vector se utiliza entonces para insertar el gen en el
genoma del huésped, creando un organismo transgénico o editado.
Los genes añadidos suelen ir acompañados de regiones promotoras y terminadoras, así como de un gen
marcador seleccionable. El propio gen añadido puede modificarse para que se exprese con mayor
eficacia. A continuación, el vector se inserta en el genoma del organismo huésped. En el caso de los
animales, el gen suele insertarse en células madre embrionarias, mientras que en las plantas puede
insertarse en cualquier tejido que pueda cultivarse hasta convertirse en una planta completamente
desarrollada.
Se realizan pruebas en el organismo modificado para garantizar una integración, herencia y expresión
estables. Los descendientes de la primera generación son heterocigóticos, por lo que es necesario
cruzarlos para crear el patrón homocigótico necesario para una herencia estable. La homocigosis debe
confirmarse en los ejemplares de segunda generación.
Las primeras técnicas insertaban los genes al azar en el genoma. Los avances permiten dirigirlos a lugares
específicos, lo que reduce los efectos secundarios no deseados. Las primeras técnicas se basaban en
meganucleasas y nucleasas con dedos de zinc . Desde 2009 se han desarrollado sistemas más precisos y
fáciles de implementar. Las nucleasas efectoras similares a activadores de transcripción (TALEN) y el
sistema Cas9-guideRNA (adaptado de CRISPR ) son los dos más comunes.
Historia
Muchos descubrimientos y avances diferentes condujeron al desarrollo de la ingeniería genética. La
manipulación genética dirigida por el hombre comenzó con la domesticación de plantas y animales
mediante selección artificial en torno al año 12.000 a. C.1 :1
Se desarrollaron varias técnicas para ayudar
en la cría y la selección. La hibridación era una forma de introducir cambios rápidos en la composición
genética de un organismo. Lo más probable es que la hibridación de cultivos se produjera por primera vez
cuando los humanos empezaron a cultivar individuos genéticamente distintos de especies emparentadas
muy cerca unos de otros.2 : 32 Algunas plantas pudieron propagarse por clonación vegetativa.2 : 31 La
herencia genética fue descubierta por primera vez por Gregor Mendel en 1865, tras realizar experimentos
cruzando guisantes.3 En 1928, Frederick Griffith demostró la existencia de un "principio transformador"
involucrado en la herencia, que fue identificado como ADN en 1944 por Oswald Avery, Colin MacLeod y
Maclyn McCarty . Frederick Sanger desarrolló un método para secuenciar el ADN en 1977, lo que
incrementó enormemente la información genética disponible para los investigadores.
Tras descubrir la existencia y propiedades del ADN, hubo que desarrollar herramientas que permitieran
manipularlo. En 1970, el laboratorio de Hamilton Smith descubrió las enzimas de restricción, que
permitían a los científicos aislar genes del genoma de un organismo.4 Las ligasas de ADN, que unen el
ADN roto, se habían descubierto antes, en 1967.5 La combinación de ambas enzimas permitió "cortar y
pegar" secuencias de ADN para crear ADN recombinante. Los plásmidos, descubiertos en 1952,6 se
convirtieron en herramientas importantes para transferir información entre células y replicar secuencias
de ADN. La reacción en cadena de la polimerasa (PCR), desarrollada por Kary Mullis en 1983, permitió
amplificar (replicar) pequeñas secciones de ADN y facilitó la identificación y el aislamiento de material
genético.
Además de manipular el ADN, había que desarrollar técnicas para su inserción en el genoma de un
organismo. El experimento de Griffith ya había demostrado que algunas bacterias tenían la capacidad de
captar y expresar ADN extraño de forma natural. En 1970 se indujo la competencia artificial en
Escherichia coli tratándolas con una solución de cloruro cálcico (CaCl2).7 La transformación mediante
electroporación se desarrolló a fines de la década de 1980, aumentando la eficacia y el alcance
bacteriano.8 En 1907 se había descubierto una bacteria que causaba tumores en las plantas,
Agrobacterium tumefaciens. A principios de los años 70 se descubrió que esta bacteria insertaba su ADN
en las plantas utilizando un plásmido Ti.9 Al eliminar los genes del plásmido que causaban el tumor y
añadir genes nuevos, los investigadores pudieron infectar las plantas con A. tumefaciens y dejar que la
bacteria insertara el ADN que habían elegido en los genomas de las plantas.10
Se pueden realizar cribas genéticas para determinar genes potenciales, seguidas de otras pruebas que
identifiquen a los mejores candidatos. Una criba sencilla consiste en mutar aleatoriamente el ADN con
sustancias químicas o radiaciones y luego seleccionar los que presentan el rasgo deseado. Para los
organismos en los que la mutación no resulta práctica, los científicos buscan en su lugar individuos de la
población que presenten la característica a través de mutaciones que se producen de forma natural. Los
procesos que analizan un fenotipo e intentan identificar el gen responsable se denominan genética directa.
A continuación hay que localizar el gen comparando la herencia del fenotipo con marcadores genéticos
conocidos. Es probable que los genes cercanos se hereden juntos.12
Otra opción es la genética inversa. Este enfoque consiste en atacar a un gen específico con una mutación
y luego observar qué fenotipo se desarrolla.12 La mutación puede diseñarse para inactivar el gen o solo
permitir que se active bajo ciertas condiciones. Las mutaciones condicionales son útiles para identificar
genes que normalmente son letales si no funcionan.13 Como los genes con funciones similares
comparten secuencias similares ( homólogas ), es posible predecir la función probable de un gen
comparando su secuencia con la de genes bien estudiados de organismos modelo.12 El desarrollo de
micromatrices, transcriptomas y la secuenciación del genoma ha facilitado mucho la búsqueda de genes
deseables.14
La bacteria Bacillus thuringiensis se descubrió por primera vez en 1901 como agente causante de la
muerte de gusanos de seda. Debido a estas propiedades insecticidas, la bacteria se utilizó como
insecticida biológico, desarrollado comercialmente en 1938. En 1956 se descubrieron las proteínas cry
que proporcionan la actividad insecticida, y en la década de 1980 los científicos habían clonado con éxito
el gen que codifica esta proteína y lo habían expresado en plantas.15 El gen que proporciona resistencia
al herbicida glifosato se encontró tras siete años de búsqueda en bacterias que vivían en el tubo de
desagüe de una planta de fabricación de RoundUp de Monsanto.16 En los animales, la mayoría de los
genes utilizados son genes de la hormona del crecimiento.17
Manipulación de genes
Todos los procesos de ingeniería genética implican la modificación del ADN. Tradicionalmente, el ADN
se aislaba de las células de los organismos. Más tarde, los genes pasaron a clonarse a partir de un
segmento de ADN tras la creación de una biblioteca de ADN o sintetizarse artificialmente. Una vez
aislados, se añaden elementos genéticos adicionales al gen para permitir su expresión en el organismo
huésped y ayudar a la selección.
Aislamiento de genes
El gen que los investigadores pretenden modificar (conocido como gen de interés) debe separarse del
ADN extraído. Si no se conoce la secuencia, un método habitual es romper el ADN con un método de
digestión aleatoria. Para ello se suelen utilizar enzimas de restricción (enzimas que cortan el ADN). Una
digestión de restricción parcial corta sólo algunos de los sitios de restricción, lo que da lugar a segmentos
de fragmentos de ADN superpuestos. Los fragmentos de ADN se introducen en vectores plasmídicos
individuales y se cultivan dentro de bacterias. Una vez en la bacteria, el plásmido se copia a medida que
la bacteria se divide. Para determinar si un gen útil está presente en un fragmento concreto, se analiza la
biblioteca de ADN en busca del fenotipo deseado. Si se detecta el fenotipo, es posible que la bacteria
contenga el gen diana.
Si el gen no tiene un fenotipo detectable o una biblioteca de ADN no contiene el gen correcto, deben
utilizarse otros métodos para aislarlo. Si la posición del gen puede determinarse mediante marcadores
moleculares, una forma de aislar el fragmento de ADN correcto es realizar un recorrido cromosómico. Si
el gen expresa una homología cercana a un gen conocido de otra especie, entonces podría aislarse
buscando genes en la biblioteca que coincidan estrechamente con el gen conocido.19
Para secuencias de ADN conocidas, pueden utilizarse enzimas de restricción que cortan el ADN a ambos
lados del gen. A continuación, la electroforesis en gel clasifica los fragmentos en función de su
longitud.20 Algunos geles pueden separar secuencias que difieren en un solo par de bases. El ADN se
puede visualizar tiñéndolo con bromuro de etidio y fotografiándolo bajo luz ultravioleta. Se puede
colocar un marcador con fragmentos de longitudes conocidas junto al ADN para estimar el tamaño de
cada banda. La banda de ADN del tamaño correcto debe contener el gen, donde se puede eliminar del
gel.18 : 40–41 Otra técnica para aislar genes de secuencias conocidas es la reacción en cadena de la
polimerasa (PCR).21 La PCR es una potente herramienta que puede amplificar una secuencia
determinada, que luego puede aislarse mediante electroforesis en gel. Su eficacia disminuye con genes
más grandes y tiene el potencial de introducir errores en la secuencia.
Modificación
El gen que se va a insertar debe combinarse con otros elementos genéticos para que funcione
correctamente. El gen puede modificarse en esta fase para mejorar su expresión o eficacia. Además del
gen que se va a insertar, la mayoría de las construcciones contienen una región promotora y terminadora,
así como un gen marcador seleccionable. La región promotora inicia la transcripción del gen y puede
utilizarse para controlar la localización y el nivel de expresión del gen, mientras que la región
terminadora finaliza la transcripción. Un marcador seleccionable, que en la mayoría de los casos confiere
resistencia a los antibióticos al organismo en el que se expresa, se utiliza para determinar qué células se
transforman con el nuevo gen. Las construcciones se realizan mediante técnicas de ADN recombinante,
como digestiones de restricción, ligaciones y clonación molecular.24
Otro método utilizado para transformar células vegetales es la biolística, en la que se recubren partículas
de oro o tungsteno con ADN y se inyectan en células vegetales jóvenes o embriones de plantas.34 Parte
del material genético entra en las células y las transforma. Este método puede utilizarse en plantas que no
son susceptibles a la infección por Agrobacterium y también permite la transformación de los plástidos de
las plantas. Las células vegetales también pueden transformarse mediante electroporación, que utiliza una
descarga eléctrica para hacer que la membrana celular sea permeable al ADN plasmídico. Debido al daño
causado a las células y al ADN, la eficacia de transformación de la biolística y la electroporación es
menor que la de la transformación agrobacteriana.
Transfección
La transformación tiene un significado diferente en relación con los animales, ya que indica la progresión
a un estado canceroso, por lo que el proceso utilizado para insertar ADN extraño en células animales
suele denominarse transfección.35 Hay muchas formas de introducir directamente ADN en células
animales in vitro. A menudo, estas células son células madre que se utilizan para la terapia génica. Los
métodos basados en sustancias químicas utilizan compuestos naturales o sintéticos para formar partículas
que facilitan la transferencia de genes a las células.36 Estos vectores sintéticos tienen la capacidad de
unir ADN y dar cabida a grandes transferencias genéticas.37 Uno de los métodos más sencillos consiste
en utilizar fosfato de calcio para unir el ADN y luego exponerlo a células cultivadas. La solución, junto
con el ADN, es encapsulada por las células.38 Los liposomas y los polímeros pueden utilizarse como
vectores para introducir el ADN en células animales cultivadas. Los liposomas cargados positivamente se
unen al ADN,36 mientras que pueden diseñarse polímeros que interactúen con el ADN. Forman
lipoplejos y poliplejos, respectivamente, que son absorbidos por las células. Otras técnicas son la
electroporación y la biolística.39 En algunos casos, las células transfectadas pueden integrar de forma
estable el ADN externo en su propio genoma; este proceso se conoce como transfección estable.40
Para crear animales transgénicos, el ADN debe insertarse en embriones u óvulos viables. Para ello se
suele utilizar la microinyección, en la que el ADN se inyecta a través de la envoltura nuclear de la célula
directamente en el núcleo.26 Los óvulos fecundados superovulados se recogen en la fase unicelular y se
cultivan in vitro. Cuando los pronúcleos de la cabeza del espermatozoide y del óvulo son visibles a través
del protoplasma, el material genético se inyecta en uno de ellos. A continuación, el ovocito se implanta en
el oviducto de un animal pseudoembarazado.41 Otro método es la transferencia genética mediada por
células madre embrionarias. El gen se transfecta en células madre embrionarias y luego se insertan en
blastocitos de ratón que se implantan en madres adoptivas. La descendencia resultante es quimérica, y el
apareamiento posterior puede producir ratones totalmente transgénicos con el gen de interés.42
Transducción
La transducción es el proceso por el que un virus o vector viral introduce ADN extraño en una célula.43
Los virus modificados genéticamente pueden utilizarse como vectores virales para transferir genes diana
a otro organismo en terapia génica.44 Primero se eliminan del virus los genes virulentos y se insertan en
su lugar los genes diana. Las secuencias que permiten al virus insertar los genes en el organismo huésped
deben permanecer intactas. Los vectores virales más populares se desarrollan a partir de retrovirus o
adenovirus. Otros virus utilizados como vectores son los lentivirus, los virus de la viruela y los virus del
herpes. El tipo de virus utilizado dependerá de las células objetivo y de si el ADN debe alterarse de forma
permanente o temporal.
Regeneración
Como a menudo sólo se transforma una única célula con material genético, el organismo debe
regenerarse a partir de esa única célula. En las plantas, esto se consigue mediante el cultivo de tejidos.45
46 Cada especie vegetal tiene requisitos diferentes para que la regeneración tenga éxito. Si tiene éxito, la
técnica produce una planta adulta que contiene el transgén en cada célula.47 En los animales es necesario
asegurarse de que el ADN insertado está presente en las células madre embrionarias.27 La descendencia
puede ser examinada para detectar el gen. Todos los descendientes de la primera generación son
heterocigotos para el gen insertado y deben cruzarse para producir un espécimen homocigoto. Las
bacterias constan de una sola célula y se reproducen clonalmente, por lo que no es necesaria la
regeneración. Se utilizan marcadores seleccionables para diferenciar fácilmente las células transformadas
de las no transformadas.
Las células que han sido transformadas con éxito con el ADN contienen el gen marcador, mientras que
las no transformadas no lo contienen. Cultivando las células en presencia de un antibiótico o producto
químico que seleccione o marque las células que expresan ese gen, es posible separar las células
modificadas de las no modificadas. Otro método de cribado consiste en utilizar una sonda de ADN que se
adhiere únicamente al gen insertado. Estos marcadores suelen estar presentes en el organismo
transgénico, aunque se han desarrollado varias estrategias que pueden eliminar el marcador seleccionable
de la planta transgénica madura.48
Confirmación
Descubrir que un organismo recombinante contiene los genes insertados no suele ser suficiente para
garantizar que se expresarán adecuadamente en los tejidos previstos. Para confirmar que un organismo
contiene el nuevo gen se realizan pruebas adicionales mediante PCR, hibridación Southern y
secuenciación del ADN. Estas pruebas también pueden confirmar la localización cromosómica y el
número de copias del gen insertado.49 Una vez confirmados, también se utilizan métodos que buscan y
miden los productos génicos (ARN y proteínas) para evaluar la expresión génica, la transcripción, los
patrones de procesamiento del ARN y la expresión y localización de los productos proteicos. Entre ellos
se incluyen la hibridación norte, la RT-PCR cuantitativa, el Western blot, la inmunofluorescencia, el
ELISA y el análisis fenotípico.50 Cuando procede, se estudia la descendencia del organismo para
confirmar que el transgén y el fenotipo asociado se heredan de forma estable.
Inserción de genes dirigida
Los métodos tradicionales de ingeniería genética suelen insertar el nuevo material genético de forma
aleatoria en el genoma del huésped. Esto puede perjudicar o alterar otros genes del organismo. Se
desarrollaron métodos que insertaban el nuevo material genético en sitios específicos dentro del genoma
de un organismo. Los primeros métodos de inserción de genes en determinados lugares del genoma se
basaban en la recombinación homóloga (RH).51 Al crear construcciones de ADN que contienen una
plantilla que coincide con la secuencia del genoma objetivo, es posible que los procesos de RH dentro de
la célula inserten la construcción en el lugar deseado. El uso de este método en células madre
embrionarias ha permitido desarrollar ratones transgénicos con knock out selectivo. También ha sido
posible introducir genes o alterar los patrones de expresión génica.52
Si se elimina un gen vital, puede resultar letal para el organismo. Para estudiar la función de estos genes,
se utilizan recombinasas específicas de sitio (RES). Los dos tipos más comunes son los sistemas Cre-
LoxP y Flp-FRT. La recombinasa Cre es una enzima que elimina ADN mediante recombinación
homóloga entre secuencias de unión conocidas como sitios Lox-P. El sistema Flip-FRT funciona de forma
similar, con la recombinasa Flip reconociendo secuencias FRT. Cruzando un organismo que contenga los
sitios de recombinasa flanqueando el gen de interés con un organismo que exprese el RES bajo el control
de promotores específicos de tejido, es posible eliminar o activar genes sólo en determinadas células.
Esto también se ha utilizado para eliminar genes marcadores de animales transgénicos. Otras
modificaciones de estos sistemas permitieron a los investigadores inducir la recombinación sólo en
determinadas condiciones, lo que permitió eliminar o expresar genes en los momentos o estadios de
desarrollo deseados.52
La edición del genoma utiliza nucleasas artificiales que crean roturas específicas de doble cadena en los
lugares deseados del genoma. Estas roturas están sujetas a procesos celulares de reparación del ADN que
pueden aprovecharse para eliminar, corregir o insertar genes. Si existe un ADN donante que contenga la
secuencia adecuada (homologías), el nuevo material genético que contenga el transgén se integrará en el
lugar deseado con gran eficacia medianterecombinación homóloga.53 Hay cuatro familias de nucleasas
diseñadas: meganucleasas,54 55 ZFN,56 57
nucleasas efectoras similares a activadores de transcripción
58 59
(TALEN), las CRISPR/Cas (agrupadas regularmente interespaciadas cortas Repetición
palindrómica/proteína asociada a CRISPR (p. ej.) CRISPR/Cas9) .60 61 Entre los cuatro tipos, TALEN y
62
CRISPR/Cas son los dos más utilizados. Los últimos avances se han centrado en la combinación de
varios sistemas para explotar las mejores características de ambos (por ejemplo, megaTAL, que es una
fusión de un dominio de unión al ADN TALE y una meganucleasa).63 La investigación reciente también
se ha centrado en el desarrollo de estrategias para eliminar o corregir genes sin crear roturas de doble
cadena (editores de bases).62
Las nucleasas de dedos de zinc (ZFN), utilizadas por primera vez en 1996, suelen crearse mediante la
fusión de dominios de dedos de zinc y el dominio de nucleasa FokI. De este modo, las ZFN tienen la
capacidad de escindir el ADN en los sitios diana.53 Mediante la ingeniería del dominio de dedo de zinc
para apuntar a un sitio específico dentro del genoma, es posible editar la secuencia genómica en el lugar
deseado.65 66
53
Los ZFN son más específicos, pero también pueden unirse a secuencias inespecíficas.
Aunque para crear organismos modelo transgénicos es aceptable un cierto grado de escisión fuera del
objetivo, podrían no ser óptimos para todos los tratamientos de terapia génica en humanos.65
TALEN y CRISPR
El acceso al código que rige el reconocimiento del ADN por parte de los efectores similares a activadores
de la transcripción (TALE) en 2009 abrió el camino al desarrollo de una nueva clase de eficaces
herramientas de edición génica basadas en TAL. Las TALE, proteínas secretadas por el patógeno vegetal
Xanthomonas, se unen con gran especificidad a genes dentro de la planta huésped e inician la
transcripción de los genes ayudando a la infección. La ingeniería de las TALE mediante la fusión del
núcleo de unión al ADN con el dominio catalítico de la nucleasa FokI permitió crear una nueva
herramienta de nucleasas de diseño, la nucleasa TALE (TALEN).67 Tienen una de las mayores
especificidades de todas las nucleasas de ingeniería actuales. Debido a la presencia de secuencias
repetidas, son difíciles de construir mediante procedimientos estándar de biología molecular y dependen
de métodos más complicados, como la clonación Golden Gate.62
En 2011, se desarrolló otra tecnología revolucionaria basada en los sistemas CRISPR/Cas (repetición
palindrómica corta agrupada y regularmente interespaciada / proteína asociada CRISPR) que funcionan
como un sistema inmunitario adaptativo en bacterias y arqueas. El sistema CRISPR/Cas permite a las
bacterias y arqueas luchar contra los virus invasores cortando el ADN viral e insertando fragmentos de
ese ADN en su propio genoma. A continuación, el organismo transcribe este ADN en ARN y combina
este ARN con las proteínas Cas9 para realizar roturas de doble cadena en el ADN viral invasor. El ARN
sirve de guía para dirigir la enzima Cas9 al punto correcto del ADN del virus. Al emparejar las proteínas
Cas con un ARN guía diseñado, CRISPR/Cas9 puede utilizarse para inducir roturas de doble cadena en
puntos específicos de las secuencias de ADN. La rotura es reparada por las enzimas de reparación del
ADN celular, creando una pequeña mutación de tipo inserción/deleción en la mayoría de los casos. La
reparación selectiva del ADN es posible proporcionando una plantilla de ADN donante que represente el
cambio deseado y que (a veces) se utilice para la reparación de la rotura de doble cadena mediante
recombinación homóloga. Más tarde se demostró que CRISPR/Cas9 puede editar células humanas en una
placa. Aunque la primera generación carece de la especificidad de TALEN, la principal ventaja de esta
tecnología es la simplicidad del diseño. También permite atacar varios sitios simultáneamente, lo que
permite editar varios genes a la vez. CRISPR/Cpf1 es un sistema descubierto más recientemente que
requiere un ARN guía diferente para crear roturas particulares de doble cadena (deja salientes al escindir
el ADN) en comparación con CRISPR/Cas9.62
CRISPR/Cas9 es eficaz en la alteración de genes. La creación de bebés resistentes al VIH por parte del
investigador chino He Jiankui es quizá el ejemplo más famoso de alteración genética mediante este
método.68 Es mucho menos eficaz en la corrección de genes. Se están desarrollando métodos de edición
de bases en los que se utiliza una endonucleasa Cas 9 "muerta por nucleasa" o una enzima relacionada
para la selección de genes, mientras que una enzima deaminasa vinculada realiza un cambio de base
específico en el ADN.69 El perfeccionamiento más reciente de CRISPR-Cas9 se denomina Prime
Editing. Este método combina una transcriptasa inversa con una nucleasa dirigida por ARN que sólo corta
una cadena, pero no rompe la doble. Sustituye la porción de ADN próxima al corte por la acción sucesiva
de la nucleasa y la transcriptasa inversa, introduciendo el cambio deseado a partir de una plantilla de
ARN.70
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