AMINOÁCIDOS Y PÉPTIDOS
[Link] BIOMEDICA
Los aminoácidos α proporcionan las unidades monoméricas de las largas cadenas
polipeptídicas de las proteínas, además estos aminoácidos y sus derivados participan
en funciones celulares tan diversas como las transmisión nerviosa y la biosíntesis de
porfirinas, purinas, pirimidinas, urea.
El sistema neuroendocrino emplea polímeros cortos de aminoácidos llamados péptidos,
como hormonas , factores liberadores de hormonas , neuromoduladores y
neurotransmisores.
Ciertos microorganismos secretan aminoácidos libres o péptidos que pueden contener
aminoácidos alfa Varios de estos péptidos bacterianos cuentan con valor terapéutico,
incluidos antibióticos bacitracina y gramicidina A, y el agente antitumoral bleomicina.
Los péptidos cianobacterianos microcistina y nodularina resultan letales en grandes
dosis, mientras que en pequeñas cantidades promueven la formación de tumores
hepticos.
[Link] DE LOS AMINOÁCIDOS
• EL CÓDIGO GENÉTICO ESPECÍFICA 20 L-Α-AMINOÁCIDOS
De los más de 300 aminoácidos que existen de manera natural,20 constituyen las
unidades monómero de proteínas predominantes. Si bien un código genético de tres
letras podría tener cabida para más de 20 aminoácidos, diversos aminoácidos son
especificados por múltiples codones .Su redunlimita los codones disponibles a los 20 l-
α-aminoácidos .Pueden usarse abreviaturas tanto de una como de tres letras para cada
aminoácido a fin de representar los aminoácidos en péptidos y proteínas. Algunas
proteínas contienen aminoácidos adicionales que surgen por modificación de un
aminoácido ya presente en un péptido. Los ejemplos incluyen conversión de peptidil
prolina y lisina en 4-hidroxiprolina y 5-hidroxilisina; la conversión de peptidil glutamato
en γ-carboxiglutamato, y la metilación, formilación, acetilación, prenilación y fosforilación
de ciertos residuos aminoacilos.
• SELENOCISTEÍNA, EL VIGÉSIMO PRIMER L-Α-AMINOÁCIDO
La selenocisteína es un l-α-aminoácido que se encuentra en proteínas de cada dominio
de vida. Los seres humanos contienen aproximadamente dos docenas de
selenoproteínas que incluyen ciertas peroxidasas y reductasas, selenoproteína P que
circula en el plasma, y las yodotironina desyodasas de las cuales depende la conversión
de la prohormona tiroxina (T4) en la hormona tiroidea 3,3'5-triyodotironina (T3). Como
su nombre lo indica, un átomo de selenio remplaza el azufre de su análogo estructural,
cisteína. La pK3 de la selenocisteína, 5.2, es tresunidades más baja que la de la cisteína.
A diferencia de otros aminoácidos poco comunes, la selenocisteína no es el producto
de una modificación postraduccional. Más bien, es insertada directamente en un
polipéptido en crecimiento durante la traducción. De este modo, la selenocisteína suele
denominarse el “vigésimo primer aminoácido”; sin embargo, a diferencia de otros 20
aminoácidos codificados genéticamente, la selenocisteína es especificada por un
elemento genético de tamaño mucho mayor y más complejo que el codón de tres letras
básico.
• EN LAS PROTEÍNAS SÓLO EXISTEN L-Α-AMINOÁCIDOS
Con la única excepción de la glicina, el carbono α de aminoácidos es quiral. Si bien
algunos aminoácidos de proteínas son dextrorrotatorios y otros levorrotatorios, todos
comparten la configuración absoluta de l-gliceraldehído y, así, son l-α-amonoácidos.
Varios l-α-aminoácidos libres desempeñan importantes funciones en procesos
metabólicos. Algunos ejemplos incluyen ornitina, citrulina y argininosuccinato, que
participan en la síntesis de la urea; la tirosina en la formación de hormonas tiroideas, y
el glutamato en la biosíntesis de neurotransmisor. Los d-aminoácidos que existen de
manera natural incluyen la d-serina y el d-aspartato libres en el tejido cerebral, la d-
alanina y el d-glutamato en las paredes celulares de bacterias grampositivas, y d-
aminoácidos en ciertos péptidos y antibióticos producidos por bacterias, hongos, reptiles
y algunas otras especies no mamíferas.
• LOS AMINOÁCIDOS PUEDEN TENER CARGA NETA POSITIVA, NEGATIVA
O DE CERO
Las formas cargada y no cargada de los grupos ácidos débiles —COOH y —NH3+
ionizables que existen en solución en equilibrio protónico.
Si bien tanto el R—COOH como el R—NH3+ son ácidos débiles,R—COOH es un ácido
mucho más fuerte que R—NH3+. A pH isiológico (pH de 7.4), los grupos carboxilo
existen casi por completo como R—COO–y los grupos amino de manera predominante
como R—NH3+. La figura 3-1 ilustra el efecto del pH sobre el estado cargado de ácido
aspá[Link] moléculas que contienen un igual número de grupos ionizables de carga
opuesta y que, por ende, no portan carga neta, reciben el nombre de zwitteriones.
la estructura B no puede existir en solución acuosa, porque a cualquier pH lo bastante
bajo como para protonar el grupo carboxilo, también estaría protonado el grupo amino.
De modo similar, a cualquier pH suficientemente alto como para que predomine un
grupo amino no cargado, un grupo carboxilo estará presente como R—COO–. Sin
embargo, la representación B
no cargada a menudo se usa para reacciones que no comprenden equilibrios protónicos.
• LOS VALORES DE PKa EXPRESAN LAS POTENCIAS DE ACIDOS DEBILES
Las potencias ácidas de ácidos débiles se expresan como su pKa. Para moléculas con
múltiples protones disociables, la pKa para cada grupo acídico es designada al
remplazar la letra “a” subíndice por un número. El grupo imidazol de la histidina y el
grupo guanidino de la arginina existen como híbridos de resonancia con carga positiva
distribuida entre ambos nitrógenos (histidina) o entre los tres nitrógenos (arginina). La
carga neta de un aminoácido —la suma algebraica de todos los grupos con carga
positiva y negativa presentes— depende de los valores de pKa de sus grupos
funcionales y del pH del medio circundante. Alterar la carga sobre aminoácidos y sus
derivados al variar el pH facilita la separación física de aminoácidos, péptidos y
proteínas.
• A SU PH ISOELECTRICO (PI), UN AMINOACIDO NO PORTA CARGA NETA
Los zwitteriones son un ejemplo de una especie isoeléctrica, la forma de una molécula
que tiene un número igual de cargas positivas y negativas y, así, es neutral desde el
punto de vista eléctrico. El pH isoeléctrico, también llamado pI, es el pH a la mitad entre
valores de pKa para las ionizaciones a ambos lados de las especies isoeléctricas. Para
un aminoácido como la alanina que sólo tiene dos grupos que se disocian, no hay
ambigüedad. La primera pKa (R—COOH) es 2.35, y la segunda (R—NH3 +) es 9.69; de
este modo, el pH isoeléctrico (pI) de la alanina es :
Consideraciones similares se aplican a todos los ácidos polipróticos (p. ej., proteínas),
al margen del número de grupos en disociación presentes. En el laboratorio clínico, el
conocimiento del pI guía la selección de condiciones para separaciones electroforéticas;
por ejemplo, la electroforesis a pH de 7.0 separará dos moléculas con valores de pI de
6.0 y 8.0, porque a pH de 7.0 la molécula con un pI de 6.0 tendrá una carga positiva
neta, en tanto que aquella con un pI de 8.0 posee una carga negativa neta. Aplican
consideraciones similares al entendimiento de separaciones cromatográficas sobre
apoyos iónicos, como dietilaminoetil (DEAE) celulosa.
• LOS VALORES DE pKa VARIAN CON EL AMBIENTE
El ambiente de un grupo disociable afecta a su pKa; así, los valores de pKa de los grupos
R de aminoácidos libres en solución acuosa sólo proporcionan una guía aproximada
para los valores de pKa de los mismos aminoácidos cuando están presentes en
proteínas. Un ambiente polar favorece la forma cargada
(R—COO– o R—NH3+), y uno no polar, la forma no cargada
(R—COOH o R—NH2). De este modo, un ambiente no polar
aumenta la pKa de un grupo carboxilo (convirtiéndolo en un ácido más débil) pero
disminuye la de un grupo amino (lo que hace que sea un ácido más fuerte). La presencia
de grupos cargados adyacentes puede reforzar o contrarrestar efectos solventes, de
manera que la pKa de un grupo funcional dependerá de su localización dentro de una
proteína dada. Las variaciones de la pKa pueden abarcar unidades de pH enteras. Los
valores de pKa que divergen de los listados por hasta tres unidades de pH son
frecuentes en los sitios activos de enzimas. Un ejemplo extremo, un ácido aspártico
sepultado de tiorredoxina, tiene una pKa de más de 9 (una desviación de más de 6
unidades de pH).
• LA SOLUBILIDAD DE AMINOACIDOS REFLEJA SU CARÁCTER IONICO
Las cargas conferidas por los grupos funcionales disociables de aminoácidos aseguran
que son solvatados con facilidad por —y, así, son solubles en— solventes polares como
el agua y el etanol, pero son insolubles en solventes no polares, como benceno, hexano
o éter. Los aminoácidos no absorben luz visible y, así, son incoloros. Sin embargo, la
tirosina, la fenilalanina y en especial el triptófano, absorben luz ultravioleta de longitud
de onda alta (250 a 290 nm). Dado que absorbe luz ultravioleta con una eficiencia unas
10 veces mayor que la fenilalanina o la tirosina, el triptófano hace la principal
contribución a la capacidad de casi todas las proteínas para absorber luz en la región
de 280 nm.
3. PROPIEDADES DE LOS GRUPOS FUNCIONALES DE LOS AMINOÁCIDOS
Los aminoácidos son los componentes fundamentales de las proteínas y desempeñan
un papel crucial en una amplia gama de procesos biológicos. Cada aminoácido tiene un
conjunto único de propiedades físicas y químicas, principalmente atribuibles a sus
grupos funcionales. Estos grupos determinan cómo interactúan los aminoácidos entre
sí y con otras moléculas en entornos biológicos.
✓ A.1. Grupo Amino (-NH2)
El grupo amino es una característica distintiva de los aminoácidos, que consiste en un
átomo de nitrógeno unido a dos átomos de hidrógeno. Este grupo actúa como una base
débil, lo que significa que puede aceptar protones en soluciones acuosas y, por lo tanto,
puede estar en forma de ion amonio positivo (NH3+) en condiciones ácidas o en forma
de amina no cargada en condiciones básicas. Esta capacidad de aceptar protones es
esencial para la función de los aminoácidos en sistemas biológicos, donde juegan
papeles importantes en la regulación del pH y en reacciones de transferencia de
protones.
✓ [Link] Carboxilo (-COOH)
El grupo carboxilo es otro grupo funcional clave presente en todos los aminoácidos.
Consiste en un átomo de carbono unido a un oxígeno mediante un enlace doble y a un
hidrógeno mediante un enlace simple. Este grupo confiere a los aminoácidos
propiedades ácidas, ya que puede liberar protones en solución acuosa, formando iones
carboxilato (COO-) en condiciones básicas. En soluciones ácidas, el grupo carboxilo
permanece sin disociar como ácido carboxílico (COOH). La ionización del grupo
carboxilo y la formación de enlaces de hidrógeno son cruciales para la estructura
tridimensional y la función de las proteínas.
✓ C. Cadena Lateral o Grupo R
Cada aminoácido tiene una cadena lateral única, también conocida como grupo R, unida
al carbono alfa. Estas cadenas laterales varían ampliamente en tamaño, forma y
composición química, y son responsables de las propiedades únicas de cada
aminoácido. Pueden ser alifáticas, aromáticas, básicas, ácidas o polares, y su
interacción determina la estructura y función de las proteínas. Por ejemplo, las cadenas
laterales polares pueden formar puentes de hidrógeno con otras moléculas, mientras
que las cadenas laterales hidrofóbicas tienden a agruparse en el núcleo de una proteína
para evitar el contacto con el agua.
✓ [Link] Ácidas y Básicas de los Aminoácidos
Las propiedades ácidas y básicas de los aminoácidos están determinadas por la
presencia de los grupos amino y carboxilo. En un entorno neutro, los aminoácidos
existen predominantemente en forma de zwitteriones, donde el grupo amino está
protonado (+NH3) y el grupo carboxilo está desprotonado (-COO-), lo que resulta en una
carga neta igual a cero. Sin embargo, en soluciones ácidas, los aminoácidos tienden a
aceptar protones, mientras que en soluciones básicas, tienden a donar protones. Estos
cambios en la carga afectan su solubilidad y capacidad para formar enlaces iónicos y
puentes de hidrógeno con otras moléculas.
✓ [Link] de los Grupos Funcionales en la Estructura de las Proteínas
Los grupos funcionales de los aminoácidos desempeñan un papel crucial en la
estructura de las proteínas. La secuencia específica de aminoácidos determina la
estructura primaria de una proteína, que a su vez influye en su estructura secundaria,
terciaria y cuaternaria. Por ejemplo, los grupos amino y carboxilo pueden formar enlaces
de hidrógeno intramoleculares, estabilizando estructuras secundarias como hélices alfa
y láminas beta. Además, las interacciones entre las cadenas laterales de los
aminoácidos determinan la disposición tridimensional de la proteína y sus propiedades
funcionales.
✓ [Link] en la Función Biológica
Los grupos funcionales de los aminoácidos son esenciales para una variedad de
funciones biológicas. Por ejemplo, los aminoácidos ácidos y básicos son cruciales para
la actividad catalítica de muchas enzimas, ya que participan en la formación de sitios
activos y en la unión de sustratos. Los aminoácidos polares y cargados pueden
interactuar con moléculas de agua y otros solutos en entornos acuosos, lo que es
fundamental para la solubilidad y la estabilidad de las proteínas. Además, las
propiedades químicas de los grupos funcionales de los aminoácidos permiten la
comunicación celular, la señalización y la regulación de procesos biológicos.
[Link] GRUPOS α -R DETERMINANLAS PROPIEDADES DE LOS AMINOACIDOS
Los grupos R de los aminoácidos determinan sus funciones bioquímicas particulares.
Los aminoácidos se clasifican en básicos, ácidos, aromáticos, alifáticos o que contienen
azufre según la composición y las propiedades de sus grupos R.
Los L-α-aminoácidos proporcionan las unidades monoméricas de las largas cadenas
polipéptidas de las proteínas. Además, estos aminoácidos y sus derivados participan en
funciones celulares tan diversas como la transmisión nerviosa y la biosíntesis de
porfirinas, purinas, pirimidinas y urea. El sistema neuroendocrino emplea polímeros
cortos de aminoácidos llamados péptidos como hormonas, factores liberadores de
hormonas, neuromoduladores y neurotransmisores. Los seres humanos y otros
animales superiores no pueden sintetizar 10 de los L-α-aminoácidos presentes en las
proteínas en cantidades adecuadas para apoyar el crecimiento infantil, o para mantener
la salud de los adultos. En consecuencia, la dieta humana debe contener cantidades
adecuadas de estos aminoácidos nutricionalmente esenciales. Cada día, los riñones
filtran más de 50 g de aminoácidos libres de la sangre renal arterial. Sin embargo,
normalmente sólo aparecen rastros de aminoácidos libres en la orina, porque los
aminoácidos se reabsorben casi por completo en el túbulo proximal, conservándose
para la síntesis de proteínas y otras funciones vitales.