PROTEINAS

El estudio de las proteínas ha ocupado a los bioquímicos durante más de un siglo.

Comprender las composiciones, formas tridimensionales y actividades químicas de estas

biomoléculas puede ser la clave para acometer algunos de los desafíos científicos más
apremiantes. Por ejemplo, el proceso de la fotosíntesis es una de las rutas bioquímicas más
importantes, por su papel en la captación de la energía solar.

Un examen estructural detallado de las numerosas proteínas que efectúan la fotosíntesis

está permitiendo comprender este proceso fundamental. Otra área activa de investigación
es el estudio de las proteínas de bacterias termófilas. Esas bacterias prosperan a altas
temperaturas, en algunos casos mayores que 100°C, pero llevan a cabo las mismas clases de
reacciones bioquímicas comunes que todas las células.

¿Qué tienen de diferente las proteínas de las bacterias termófilas que les permite desarrollar
actividad a temperaturas que destruirían a la mayoría de las demás bacterias? Muchos
problemas relacionados con la medicina requieren comprender las proteínas y su forma de
trabajar. Uno de estos casos es el virus de la inmunodeficiencia humana 1 (VIH-1), vinculado
con el SIDA (síndrome de inmunodeficiencia adquirida). Como la mayor parte de los
retrovirus, éste muta con mucha frecuencia y produce cepas nuevas que son resistentes a
los tratamientos normales. Hoy se sabe que la enzima decisiva de la alta frecuencia de
mutaciones es la transcriptasa reversa y se han estudiado con detalle su estructura y
funciones.

También son conocidas las estructuras de las proteínas de la cubierta vírica, cuyos genes
mutan en las cepas nuevas. Los investigadores están descubriendo la forma en que esas
mutaciones permiten a los virus superar las mejores defensas que puede crear la ciencia
médica. Es de esperarse que esta información conduzca a mejores tratamientos del SIDA y
otras enfermedades causadas por retrovirus. Hay muchas clases distintas de proteínas. La
lista que sigue, aunque incompleta, contiene la mayor parte de las funciones biológicas
importantes de las proteínas.

1. Muchas proteínas actúan como enzimas, los catalizadores bioquímicos. Las enzimas
catalizan casi todas las reacciones que suceden en los organismos vivos.

2. Algunas proteínas se unen con otras moléculas para su almacenamiento y transporte. Por
ejemplo, la mioglobina se enlaza con el oxígeno en las células de los músculos esquelético
y cardiaco, mientras que la hemoglobina se une y transporta al O2 y al CO2 en los glóbulos
rojos.

3. Algunas proteínas, como la tubulina, actina y colágena, proporcionan soporte y forma a

las células, y en consecuencia a los tejidos y los organismos.
4. Los conjuntos de proteínas pueden efectuar trabajo mecánico, como el movimiento de
flagelos, la separación de cromosomas en la mitosis y la contracción de los músculos.

5. Muchas proteínas desempeñan un papel en la descodificación de la información celular.

Algunas intervienen en la traducción, mientras que otras juegan un papel en la regulación
de la expresión genética al unirse a los ácidos nucleicos.

6. Algunas proteínas son hormonas que regulan las actividades bioquímicas en las células o
los tejidos blancos; otras proteínas sirven como receptores de las hormonas.

7. Algunas proteínas desarrollan funciones muy especializadas. Por ejemplo, los anticuerpos
defienden a los vertebrados contra infecciones bacterianas y víricas, y las toxinas, que
producen algunas bacterias, matan organismos mayores.

Estructura general de los aminoácidos

Todos los organismos emplean los mismos 20 aminoácidos como bloques constructivos
para armar las moléculas de proteína. A estos 20 aminoácidos se les llama aminoácidos
comunes, estándar o normales. A pesar de la poca cantidad de los aminoácidos, se puede
obtener una variedad enorme de distintos polipéptidos al unir los 20 aminoácidos comunes
para formar distintas combinaciones.

Los aminoácidos se llaman así porque son derivados aminados de ácidos carboxílicos. En los
20 aminoácidos comunes, los grupos amino y carboxilo están unidos al mismo átomo de
carbono: el átomo de carbono a. Así, todos los aminoácidos estándar que contienen las
proteínas son a-aminoácidos. Al carbono a se unen otros dos sustituyentes: un átomo de
hidrógeno y una cadena lateral (R) que es única para cada aminoácido. En los nombres
químicos de los aminoácidos, los átomos de carbono se identifican con números que
comienzan en el átomo de carbono del grupo carboxilo. [El nombre químico correcto, o
nombre sistemático, se apega a reglas establecidas por la Unión Internacional de Química
Pura y Aplicada (IUPAC, de International Union of Pure and Applied Chemistry) y la Unión
Internacional de Bioquímica y Biología Molecular (IUBMB, de International Union of
Biochemistry and Molecular Biology))].

Si el grupo R es —CH3, el nombre sistemático de ese aminoácido sería ácido 2-

aminopropanoico. (El ácido propanoico es CH3—CH2—COOH). El nombre trivial de CH3—
CH(NH2)—COOH es alanina. Hay una nomenclatura alternativa que usa letras griegas para
identificar al carbono a y los átomos de carbono de la cadena lateral. La nomenclatura
alternativa identifica al átomo de carbono en relación con el grupo carboxilo, por lo que no
se especifica al átomo de carbono del grupo carboxilo, a diferencia de la nomenclatura
sistemática, donde ese carbono tiene el número 1. Los bioquímicos han usado, por tradición,
la nomenclatura alternativa.
El hecho de que todos los organismos vivos empleen los mismos aminoácidos estándar en
la síntesis de sus proteínas es prueba de que todas las especies en la Tierra descienden de
un ancestro común.

Estructuras de los 20 aminoácidos comunes

Las estructuras de los 20 aminoácidos que suelen encontrarse en las proteínas se muestran
en las figuras siguientes, como proyecciones de Fischer. En las proyecciones de Fischer, los
enlaces horizontales en un centro quiral se extienden hacia el espectador y los verticales se
alejan.

El examen de las estructuras revela que hay considerable variación en las cadenas laterales
de los 20 aminoácidos. Algunas cadenas laterales son no polares, y en consecuencia
hidrofóbicas, mientras que otras son polares o ionizadas a pH neutro y en consecuencia son
hidrofílicas. Las propiedades de las cadenas laterales tienen gran influencia sobre la forma
tridimensional general, o conformación, de una proteína. Por ejemplo, la mayor parte de las
cadenas laterales hidrofóbicas de una proteína hidrosoluble se pliegan hacia el interior y le
proporcionan a la proteína una forma compacta y globular.

Otros aminoácidos y derivados de aminoácido

En los organismos vivos hay más de 200 aminoácidos diferentes. Además de los normales,
que están incorporados en las proteínas, todas las especies contienen una diversidad de
aminoácidos L que son precursores de los aminoácidos comunes, o bien son intermediarios
en otras rutas bioquímicas. Como ejemplos están la homocisteína, homoserina, ornitina y
citrulina.

La secuencia lineal de aminoácidos en una cadena polipeptídica se llama estructura primaria

de una proteína. A los niveles más altos de estructura se les llaman estructura secundaria,
terciaria y cuaternaria. El enlace que se forma entre los aminoácidos es un enlace de amida
y se llama enlace peptídico, o enlace de péptido. Esta unión se puede concebir como el
resultado de una condensación simple del grupo carboxilo a de un aminoácido con el grupo
amino a del otro. Observe que se pierde una molécula de agua de los aminoácidos que se
condensan en la reacción. Esas reacciones sencillas de condensación son en extremo
desfavorables en soluciones acuosas debido al gigantesco exceso de moléculas de agua.

La ruta real de síntesis de proteína implica intermediarios reactivos que superan esta
limitación. A diferencia de los grupos carboxilo y amino de los aminoácidos libres en
solución, los grupos que intervienen en los enlaces peptídicos no tienen cargas iónicas. Las
mitades de aminoácido unidas en una cadena polipeptídica se llaman residuos de
aminoácido. Los nombres de los residuos se forman sustituyendo la terminación -ina o -ato
por -ilo (o -il, en nombres compuestos). Por ejemplo, un residuo de glicina en un polipéptido
se llama glicilo y un residuo de glutamato se llama glutamilo.
En los casos de asparagina, glutamina y cisteína, -ilo sustituye la –a final para formar
asparaginilo, glutaminilo y cisteinilo, respectivamente.

La terminación ilo indica que el residuo es una unidad de acilo (estructura que carece del
hidroxilo del grupo carboxilo). El grupo amino libre y el grupo carboxilo libre en los extremos
opuestos de una cadena de péptido se llaman N-terminal (o terminal N, terminal amino) y
C-terminal (o terminal C, terminal carboxilo), respectivamente. Por convención, los residuos
de aminoácido en una cadena peptídica se numeran desde el N-terminal hasta el C-terminal
y se suelen escribir de izquierda a derecha. Esta convención corresponde a la dirección de la
síntesis de la proteína.

Técnicas de purificación de las proteínas

Para estudiar determinada proteína en el laboratorio, en general se debe separar de todos

los demás componentes celulares, incluyendo a otras proteínas parecidas. Se pueden aplicar
pocas técnicas analíticas en forma directa a las mezclas crudas de proteínas celulares porque
contienen cientos (o miles) de proteínas diferentes. Los pasos de purificación son distintos
para cada proteína. Se determinan probando con varias técnicas distintas hasta que se
desarrolla un procedimiento que produce en forma repetida proteína altamente purificada
y que conserva su actividad biológica. Los pasos de purificación suelen aprovechar pequeñas
diferencias en las solubilidades, cargas netas, tamaños y especificidades de unión de las
proteínas.

El primer paso en la purificación de una proteína es preparar una solución de proteínas. La

fuente de una proteína suele ser células enteras donde la proteína deseada constituye
menos del 0.1% del peso total seco. El aislamiento de una proteína intracelular requiere
suspender las células en una solución amortiguadora y homogeneizarlas o romperlas en
fragmentos de célula.

Bajo estas condiciones se disuelve la mayor parte de las proteínas. (Entre las excepciones
principales están las proteínas de membrana, que requieren procedimientos especiales de
purificación). Supóngase que la proteína que se pretende purificar es una entre varias que
hay en la solución amortiguadora en estudio.

El siguiente paso de la purificación es, con frecuencia, una relativamente separación cruda,
o fraccionamiento, procedimiento que aprovecha las distintas solubilidades de las proteínas
en soluciones salinas. Para ser reemplazados por los solutos de la solución amortiguadora.
A continuación, se puede usar la cromatografía en columna para fraccionar la mezcla de
proteínas que resta después de la precipitación con sulfato de amonio y la diálisis. Una
columna cilíndrica se llena con un material insoluble, como fibras de celulosa sustituida o
esferillas de material sintético. La mezcla de proteínas se agrega a la columna y se lava
haciendo pasar por la matriz de material insoluble un solvente. A medida que el solvente
fluye por la columna, el eluido (que es el líquido que sale por el fondo de la columna) se
recolecta en muchas fracciones.
Composición en aminoácidos de las proteínas

Una vez aislada una proteína, se puede determinar su composición en aminoácidos. Primero
se rompen los enlaces peptídicos de la proteína por hidrólisis ácida. A continuación, la
mezcla hidrolizada, o hidrolizado, se somete a un procedimiento cromatográfico en el que
cada uno de los aminoácidos se separa y se cuantifica en un proceso que se designa análisis
de aminoácidos. La cantidad de cada aminoácido en el hidrolizado es proporcional al área
bajo su pico. Con este método se puede efectuar un análisis de aminoácidos en muestras
tan pequeñas como de 1 picomol (10–12 mol) de una proteína que contenga unos 200
residuos. A pesar de su utilidad, la hidrólisis ácida no puede producir un análisis completo
de proteínas.

Se han determinado las composiciones completas en aminoácidos de muchas proteínas

usando diversas técnicas analíticas. Se han encontrado grandes diferencias de composición
que ilustran el tremendo potencial de diversidad con base en distintas combinaciones de los
20 aminoácidos. La composición en aminoácidos (y su secuencia) en las proteínas también
se puede determinar a partir de la secuencia de su gen. De hecho, hoy es mucho más fácil
clonar y secuenciar ADN que purificar y secuenciar una proteína.

DATOS SUPER IMPORTANTES

 Las proteínas están formadas por 20 aminoácidos estándar y cada uno de ellos
contiene un grupo amino, un grupo carboxilo y una cadena lateral, o grupo R. A
excepción de la glicina, que no tiene carbono quiral, todos los aminoácidos en las
proteínas tienen la configuración L.
 Las cadenas laterales de los aminoácidos se pueden clasificar de acuerdo con sus
estructuras químicas en: alifáticas, aromáticas, sulfuradas, alcoholes, bases, ácidos y
amidas. Algunos de los aminoácidos se clasifican también como con cadenas
laterales muy hidrofóbicas o muy hidrofílicas. Las propiedades de las cadenas
laterales de los aminoácidos son determinantes en la estructura y las funciones de la
proteína.
 Las células contienen otros aminoácidos que no se usan en síntesis de proteínas.
Algunos aminoácidos se pueden modificar químicamente para obtener compuestos
que funcionen como hormonas o como neurotransmisores. Algunos aminoácidos se
modifican después de incorporarlos en los polipéptidos.
 Los residuos de aminoácidos en las proteínas están unidos por enlaces peptídicos.
La secuencia de residuos se llama estructura primaria de la proteína.
 Las proteínas se purifican con métodos que aprovechan las diferencias de
solubilidad, carga neta, tamaño y propiedades de unión de cada proteína individual.
 Se puede determinar la composición de aminoácidos de una proteína en forma
cuantitativa hidrolizando los enlaces peptídicos y analizando el hidrolizado mediante
cromatografía.
  Las secuencias de polipéptidos grandes se pueden determinar por rompimiento
selectivo de enlaces peptídicos usando proteasas o reactivos químicos, y después la
degradación de Edman de los fragmentos que resulten.
 Una comparación de secuencias procedentes de distintas especies revela relaciones
evolutivas.
 Es posible describir a una proteína como una cadena de aminoácidos unidos por
enlaces peptídicos en una secuencia específica. Sin embargo, las cadenas
polipeptídicas no sólo son lineales, sino que también están dobladas en formas
compactas que contienen espirales, regiones en zigzag, giros y asas.

DE LA LECTURA ANTERIOR SE HARÁ UNA PRUEBA CORTA EL DÍA SÁBADO 08 DE MARZO.