INSTALACIÓN DE R y RSTUDIO
INTRODUCCIÓN:
R es un lenguaje de programación y entorno computacional disponible gratuitamente con un
enfoque orientado al análisis estadístico y generación de gráficas, a partir de una amplia
variedad de técnicas: modelado lineal y no lineal, pruebas estadísticas, análisis de series
temporales, clasificación, agrupamiento, etc. A lo largo del curso, utilizaremos R en su
entorno de desarrollo integrado, RStudio, para facilitar el análisis estadístico y gráfico
dentro de la metagenómica. Por lo tanto, en este tutorial les explicamos cómo instalar R y
RStudio, así como los paquetes que emplearemos en particular.
Para mayor información sobre R, pueden acceder a la página de ‘The Comprehensive R
Archive Network’ (CRAN): [Link]
INSTALACIÓN DE R:
1. Acceder a la página web de CRAN: [Link]
2. Acorde al sistema operativo que se ejecuta en su computador (Linux, macOs o
Windows), seguir los siguientes pasos:
- Windows:
a. En la sección ‘Download and Install R’, dar clic en la opción ‘Download R for
Windows’, para acceder a ‘R for Windows’:
[Link]
b. Seleccionar la opción del subdirectorio ‘base’:
[Link]
c. Descargar R v4.3.1 para Windows:
[Link]
d. Seguir los pasos de instalación del archivo .exe y seleccionar la carpeta de
destino del software R.
(Durante el proceso de instalación, conservar los componentes, opciones de
configuración y tareas adicionales seleccionados por defecto)
- Linux:
a. En la sección ‘Download and Install R’, dar clic en la opción ‘Download R for
Linux’, para acceder a ‘R for Linux’: [Link]
b. Acorde a la distribución Linux que se ejecuta en su computador (Debian,
Fedora, Red Hat, OpenSUSE o Ubuntu), seleccione la carpeta con el nombre de
dicha distribución y siga las instrucciones de instalación.
Por ejemplo, en caso tenga Ubuntu, abra el terminal y primero corra las
siguientes líneas para informarle a Ubuntu sobre los binarios de R en CRAN:
# Instalar dos paquetes de ayuda necesarios
sudo apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr
CEBIO ECUADOR
Laboratorio de Fisiología Molecular - UNTRM #1
# Añadir la llave de firma (por Michael Rutter) para esos repositorios
wget -qO- [Link] | sudo
tee -a /etc/apt/[Link].d/cran_ubuntu_key.asc
# Agregar el repositorio R 4.0 de CRAN -- ajustar 'focal' a 'groovy' o 'bionic'
según sea necesario
sudo add-apt-repository "deb [Link]
$(lsb_release -cs)-cran40/"
Finalmente, instale R y sus dependencias al correr la siguiente línea:
sudo apt install --no-install-recommends r-base
- macOS:
a. En la sección ‘Download and Install R’, dar clic en la opción ‘Download R for
macOS’, para acceder a ‘R for macOS’: [Link]
b. Para ‘Apple silicon (M1/M2) Macs’, descargar [Link]:
[Link]
c. Seguir los pasos de instalación del archivo .pkg y aceptar el acuerdo de licencia
de software.
INSTALACIÓN DE RSTUDIO DESKTOP:
1. Acceder a la página web de descarga de ‘RStudio Desktop’:
[Link]
2. Acorde al sistema operativo que se ejecuta en su computador (Linux, macOs o
Windows), seguir los siguientes pasos:
- Windows 10/11:
a. Seleccionar la opción de descarga de [Link]
([Link]
b. Seguir los pasos del asistente de instalación del archivo .exe y seleccionar el
directorio de destino del software R.
- Linux:
a. Acorde a la distribución Linux que se ejecuta en su computador (Debian,
Fedora, Red Hat, OpenSUSE o Ubuntu), seleccione el archivo de instalación
con el nombre de dicha distribución, acorde también a la versión que tenga, y
siga las indicaciones del asistente de instalación.
Por ejemplo, en caso tenga Ubuntu 22, seleccione la opción de descarga de
[Link]:
([Link]
[Link])
Abrir el archivo .deb descargado con la aplicación ‘Instalar software’ y seguir los
pasos del asistente de instalación.
CEBIO ECUADOR
Laboratorio de Fisiología Molecular - UNTRM #2
- macOS 11+:
a. Seleccionar la opción de descarga de [Link]
([Link]
b. Abrir el archivo .dmg descargado y mover la aplicación ‘RStudio’ a su carpeta de
‘Applications’.
INSTALACIÓN DE PAQUETES EN RSTUDIO DESKTOP:
Para el presente curso se utilizarán varios paquetes (packages) de R, los cuales son
colecciones de funciones y conjuntos de datos desarrollados por la comunidad que nos
permitirán organizar mejor nuestro trabajo y ejecutar determinadas tareas. Para instalarlos,
deben seguir los siguientes pasos:
1. Abrir la aplicación instalada de ‘RStudio’:
2. En el editor de sintaxis (Figura 1, (1)) o en la consola (Figura 1, (4)) ejecutar la función
‘[Link]’:
> [Link](c(”xfun”, “ggplot2”, “readxl”, “writexl”, “dplyr”, “tibble”, “vegan”,
“ggpubr”, “gplots”, “plotly”))
Figura 1: Interfaz del software RStudio.
3. Adicionalmente, hay paquetes que, para ser instalados, es necesario ejecutar la función
para instalar primero ‘BiocManager’ ([Link] y ‘devtools’
([Link]
> if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
[Link]("BiocManager")
> BiocManager::install(version = "3.17")
> library(“BiocManager”)
CEBIO ECUADOR
Laboratorio de Fisiología Molecular - UNTRM #3
> devtools::install_github("hadley/devtools")
> library(“devtools”)
4. Instalar ‘qiime2R’, ‘phyloseq’, ‘MicrobiotaProcess’, ‘pairwiseAdonis’ y ‘microbial’.
> devtools::install_github("jbisanz/qiime2R")
> BiocManager::install("phyloseq")
> BiocManager::install("MicrobiotaProcess")
> install_github("pmartinezarbizu/pairwiseAdonis/pairwiseAdonis")
> install_github("guokai8/microbial")
CEBIO ECUADOR
Laboratorio de Fisiología Molecular - UNTRM #4