Práctica de aula (GA5):
Grado en Biotecnología
Autoras:
Janire Feijóo
Elena Falcón
Noemí Martínez
Valentina Ruiz
Yosselin Anahi Reynolds
Leioa 24 de octubre de 2024
1. Biosíntesis de ácidos nucleicos. Describe las características comunes de la ADN polimerasa, ARN
polimerasa, retrotranscriptasa y ARN replicasa.
La ADN polimerasa es una enzima que sintetiza ADN usando una hebra de ADN como molde y lo hace en
dirección 5’→3’, añadiendo desoxirribonucleótidos. Necesita de un cebador (primer) de ARN o ADN con grupo
3’-OH libre para comenzar la síntesis. Su principal característica es la capacidad de corrección de errores (lectura
de prueba) mediante su actividad exonucleasa 3’→5’, lo que le permite eliminar nucleótidos incorrectamente
incorporados, lo que garantiza la correcta replicación del ADN. Existen diferentes tipos de ADN polimerasa, cada
una con funciones específicas, como la replicación del ADN nuclear o la reparación de daños.
La ARN polimerasa, en cambio, utiliza ADN como molde para sintetizar ARN en dirección 5’→3’, añadiendo
ribonucleótidos. A diferencia de la ADN polimerasa, no necesita de un cebador para iniciar la síntesis y no tiene
lectura de prueba, por lo que la transcripción es menos precisa que la replicación del ADN. Se encarga de la
transcripción de distintos tipos de ARN, como el ARNm, ARNt y ARNr, cada uno involucrado en diversas etapas
del proceso de expresión génica.
La retrotranscriptasa es responsable de sintetizar ADN a partir de una molécula de ARN, en sentido 5’→3’,
añadiendo desoxirribonucleótidos. No posee lectura de prueba, lo que la convierte en una enzima con alta tasa de
mutación, favoreciendo la rápida evolución viral. Necesita un cebador específico para iniciar la síntesis, como el
tRNA que viene ya con la partícula viral.
Por último, la ARN replicasa 5’→3’ sintetiza ARN utilizando ARN como molde, replicando el genoma de los
virus de ARN, en sentido . Similar a la retrotranscriptasa, carece de un mecanismo de corrección de errores, lo que
genera una alta tasa de mutación. No requiere cebadores para iniciar la replicación: se une a los extremos 3'→ 5' y
comienza la replicación. Además, es específica para el tipo de virus que infecta.
En definitiva, todas las enzimas son polimerasas que sintetizan ADN o ARN, en dirección 5' a 3'; y requieren un
molde para la síntesis. 2.1
2. Genomas de ARN. Los viruses de ARN tienen un genoma relativamente pequeño. Por ejemplo, los
retrovirus tienen una molécula de hebra única de 10.000 nucleótidos y el bacteriófago Q tiene un RNA de
4.220 nucleótidos. Teniendo en cuenta las características de la retrotranscriptasa y la ARN replicasa, ¿se te
ocurre por qué los virus de ARN tienen un genoma tan pequeño?
Los virus tienen enzimas especiales como la retrotranscriptasa y la ARN replicasa que en cierto modo ayuda a que
el genoma sea tan pequeño.
Características de la Retrotranscriptasa y Replicasa más específicas:
Retrotranscriptasa
Es una transcriptasa inversa, es decir, es una ADN polimerasa
que usa como molde el ARN en lugar del ADN, esta se encuentra
en los retrovirus. La estructura básica del genoma de estos
retrovirus contiene los genes estructurales uno tras otros y en los
extremos hay secuencias repetidas que contienen el promotor
para que estos genes se expresen y que necesitan para integrarse
en el genoma.
● Gene gag:contiene la información para proteínas
estructurales del interior, del núcleo interno del virus
● Gen env: proteínas estructurales externas
● Secuencias LTR (Long Terminal Repeat): secuencias necesarias para integrarse en el ADN del
hospedador
● Gen pol: codifica las enzimas: integrasa (integrar el genoma vírico en la célula huésped),proteasa
(cortes proteolíticos) y retrotranscriptasa (cataliza el proceso de retrotranscripción).
Si comparecemos la cantidad de enzimas sintetizadas, o la cantidad de genes codificados es notoriamente menor
que el de las bacterias, esto se debe a que los virus no pueden dividirse por sí solos, es decir necesitan al
hospedador ya que emplea la maquinaria de la célula hospedadora para sintetizar su estructura proteica y en
consecuencia no necesita tanto material genético.
ARN replicasa
Es una ADN polimerasa que cataliza la síntesis de ARN
utilizando otra hebra de ARN molde añadiendo
ribonucleótidos en sentido 5’-3’, utilizada por muchos virus
de ARN para replicar su genoma. Es específica del ARN
del propio virus. Esta polimerasa no tiene lectura de prueba
por lo que se pueden dar muchas mutaciones. Muchos virus
de ARN dependen de esta enzima para poder replicar su
genoma.
La imagen de la derecha muestra el ciclo de replicación de
un virus de ARN. Dependiendo del tipo de virus ARN, la
enzima funciona de forma distintas. En primer lugar tenemos el virus de ARN cadena positiva (+ssRNA) donde el
ARN actúa como ARNm directamente y la replicasa sintetiza una hebra de ARN complementaria de sentido
negativo. En el virus de cadena negativa (-ssRNA) las cadenas no se traducen directamente y la replicasa debe
replicar primero una ARN complementaria de cadena positiva para poder sintetizar proteínas virales y así después
se generan nuevas copias de ARN en sentido negativo. Por último, tenemos los virus de doble cadena donde la
replicasa transcribe directamente ARN de cadena sencilla del ARN de doble cadena para producir los ARNm
suficientes para demás procesos.
Esta enzima, permite que el material genético del ARN virus sea duplicado por una sola enzima sin la necesidad de
que el material contenga la información para sintetizar otras.
En definitiva el hecho de que el genoma sea tan pequeño se debe a que solo codifica un número limitado de genes,
que dan lugar a la cubierta y a una cantidad limitada de enzima (ARN replicasa y retrotranscriptasa), ya que para
reproducirse emplean los mecanismos de la célula hospedadora. Pero esta, cantidad limitada de material, hace que
no tenga mecanismos de corrección de errores y sean propensos a corregirlos posibilitando la evolución de los
viruses y su adaptación. Asimismo, el hecho de que su material genético sea de pequeño tamaño posibilita que se
reproduzcan con mayor rapidez.
El genoma pequeño de los virus de ARN es una adaptación a las limitaciones inherentes de las enzimas que
utilizan para replicarse (ARN replicasa y retrotranscriptasa), que son propensas a errores y no tienen mecanismos
eficientes de corrección. Al mantener un genoma pequeño, los virus de ARN minimizan los efectos negativos de
las mutaciones y pueden replicarse más rápidamente y con mayor eficiencia en un entorno de alta tasa de
mutación.
3.1
3. Síntesis de ARN dependiente de ADN y ARN. Compara la transcripción y la retrotranscripción en
relación a las siguiente características:
Retrotranscripción Transcripción
a 5’→3’ 5’→3’
b molde de ARN molde de ADN a partir del molde se
sintetiza el transcrito primario
4.1
c emplea un tRNA como cebador para No necesita como tal un cebador
dar comienzo a la síntesis del ADN necesita un fragmento de ARN o ADN
que proporcione un extremo 3’-OH libre
y así poder iniciar la síntesis de ARN.
d Ribonucleótidos Desoxirribonucleótidos
a) Dirección de la síntesis del polinucleótido
b) Naturaleza del molde
c) Naturaleza del cebador
d) Tipo de nucleótidos: utiliza como sustrato para sintetizar la nueva hebra
4. Síntesis de ARN dependiente de ARN. ¿Cuáles son las actividades catalíticas que tiene la
retrotranscriptasa?
La síntesis de ARN dependiente de ARN es un proceso en el cual una molécula de ARN sirve como molde para
hacer una hebra de ARN complementaria. La retrotranscriptasa es una enzima, una ADN polimerasa implicada en
lo mencionado anteriormente la cual cataliza tres tipos de reacciones, entre las que se encuentra la síntesis de ADN
dependiente de ARN donde a partir de un molde de ARN se sintetiza ADN en dirección 5’-3’, como las demás
polimerasas, necesitando además un cebador que en este caso es un ARNt que viene ya con la partícula viral. La
retrotranscriptasa también cataliza la degradación del ARN, con actividad RNAasa, una nucleasa, donde una vez
sintetizada la hebra de ADN, ésta degrada la hebra molde de ARN. Por último, cataliza la síntesis de ADN
dependiente de ADN en la cual del ADN recién sintetizado se crean más copias, o la doble hebra para insertar en
el genoma del hospedador. Y una vez introducido en el ADN del hospedador se puede transcribir mediante RNA
la cual más tarde como ARNm se podrán obtener proteínas virales u nuevos virus.
5. En el siguiente dibujo tienes la representación de una hebra de ADN y una molécula de ARN mensajero
complementario al ADN de una célula eucariota.
Marca cuál es el ADN y cuál el ARNm. ¿Por qué? Explica lo que ves en el dibujo.
Como se ha indicado en el dibujo la hebra de abajo es ARN maduro, mientras que la de arriba es ADN, esto se ha
concluido debido a que el ARN maduro es de menor tamaño, ya que en éste se habrán eliminado los intrones. Es
decir, los fragmentos de ADN que no son complementarios al ARN corresponden a los exones.
6. La enzima Alcohol deshidrogenasa (ADH) degrada el alcohol en el hígado convirtiéndolo en acetaldehído.
La enzima utiliza NAD+ como co-factor. La enzima está compuesta de 374 aminoácidos codificados desde un
gen que tiene 10 exones. Los exones del 5 al 9 (blancos en el esquema inferior) son los que codifican los
aminoácidos que forman el dominio de unión al cofactor y el resto de exones (1-4 y 10, en amarillo en el
esquema) son los que forman el dominio catalítico de la enzima. Aquí se muestra el esquema del gen de la
enzima ADH:
(a) Dibuja un esquema similar al de arriba que represente el ARNm maduro, con todos sus elementos, que
se transcribirá del gen ADH. Marca los extremos 5’ y 3’.
La hebra ilustrada arriba corresponde a la hebra codificante por lo que el dibujo del ARNm maduro es:
(b) En el siguiente dibujo tienes el esquema de una parte del gen ADH (ADN). Ten en cuenta que no se
muestran todos los 148 nucleótidos que forman el intrón, sólo algunos de ellos.
Teniendo en cuenta este esquema, dibuja siguiendo el mismo formato la molécula de ARNm maduro
correspondiente a esa región que se generará después del proceso de corte y empalme.
¿Cuáles son los aminoácidos 206 y 207 de la proteína ADH?
Aminoácido 206: CAG = glutamina
Aminoácido 207: GAA = ácido glutámico
Para determinar dichos aminoácidos se ha mirado en el código genético, indicado en la siguiente tabla (se han
redondeado de azul los tripletes de nucleótidos):
c) Hay personas que tienen un gen ADH defectuoso. El defecto se debe a una mutación en el extremo 5’ del
intrón 5 (lugar de splicing). Esta es la secuencia mutada:
Utilizando el mismo modelo que hasta ahora, dibuja la molécula de ARNm completa que se codificará desde
este gen de la enzima ADH mutado.
Debido a que hay un splicing posiblemente el intrón 5 donde se encuentra el defecto no se elimine o solo lo haga
una parte al pasar del ADN a ARN maduro y se transcriba alternando la proteína final. Por lo que el dibujo está
hecho en función de la no eliminación de ese intrón 5 completo. También podríamos dibujar el ARNm eliminando
parte del intrón 5 pero habría demasiadas posibilidades como para representarlas todas ya que no sabemos qué
parte se mantendrá y cual no. 7.1
Ampliación del lugar donde se produce el error:
Secuencia completa
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Índice de comentarios
2.1 Con esto era suficiente, solo pedia las características comunes.
3.1 Con esta última parte era suficiente
4.1 No necesita un extremo 3' -OH libre, es capaz de añadir el primer nucleótido aunque no este unido a nada.
7.1 Vuestro dibujo esta bien, en principio se mantiene el intron completo.
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