De familia humilde, se ignora dónde transcurrió su infancia y juventud, aunque se cree que
estudió en Llerena; a los dieciséis años marchó a Valencia y luego, cuando tenía veintiún años,
a París, donde residió algunos años como alumno de latín con Luis Romano, de dialéctica con
Roberto Caubraith y de lógica con Juan Dullart, no pudiéndose precisar si estudió matemática y
con quién lo hizo, o bien si fue autodidacta. Llegó a ser profesor de su universidad y regresó a
España cuando la Universidad de Salamanca le convalidó su título de bachiller en Artes y le
ofreció la Cátedra de Lógica nominalista; allí fue ordenado sacerdote. Posteriormente
desempeñó la cátedra de Filosofía Natural en 1522, que no abandonó pese a haber sido
nombrado en 1529 Canónigo Magistral en Coria. En 1534 Carlos I lo nombró preceptor del
príncipe Felipe, que entonces contaba seis años. Fue transigente con la disciplina en los
estudios, pero muy estricto en materia religiosa.1 Más tarde fue designado obispo de
Cartagena (1541) y promovido al arzobispado de Toledo (1545).2 En 1555 el papa Paulo IV le
concede el cardenalato, siendo el primer arzobispo que recibe el Capelo en la Catedral de Santa
María de Toledo. La obra de Gómez Pereira publicada en 1554, Antoniana Margarita, está
dedicada a él.
Fallece siendo cardenal de la Archidiócesis de Toledo el 31 de mayo de 1557. Está enterrado en
su Real Colegio de Doncellas Nobles en Toledo que había sido fundado en 1551.