Unidad 3.
Identificación de secuencias genéticas reguladoras
y codificantes.
Intrones y exones.
En línea:
[Link]
equence_r
Evidencia 1. Accede a la liga proporcionada y responde las siguientes preguntas
(con tus palabras):
1. ¿Qué es una secuencia de referencia (RefSeq)?
2. ¿Qué es el INSDC?
3. ¿Cuál es la diferencia entre los números de acceso XM_ y NM_?
4. ¿Qué es un número de acceso NG_?
5. ¿Qué secuencia se usa para definir una RefSeq?
6. ¿Cuál es la diferencia entre RefSeq y GenBank?
7. ¿Cómo puedo identificar rápidamente los registros de RefSeq?
En línea: [Link]
Nucleotide
Thyroid peroxidase
Species
Animals (checked)
mRNA (checked)
Homo sapiens (checked)
thyroid peroxidase (TPO), transcript variant 4, mRNA (NM_175721.3)
Format
Genbank
Source [origen de regiones específicas en la secuencia]
Features
Regulatory [elemento regulador en la región promotora]
Misc feature [miscellaneous feature indica la localización
putative del TSS o estructuras secundarias stem-loop],
CDS [CoDing Segment, describe el ORF del gen. Inicia en
codón ATG e indica el ID de la proteína]
EXON [exones]
Sig_pept [región codificante del péptido señal]
ORIGIN [Inicio de la secuencia]
// [Término de la secuencia]
Highlight sequence features
THRB
Species
Animals (checked)
Genomic DNA/RNA (checked)
Homo sapiens thyroid hormone receptor beta (THRB), RefSeqGene
on chromosome 3
384,670 bp linear DNA NG_009159.1
Locus, definition, source, authors,…
Features
Gene
mRNA
Exon
STS [Sequence-Tagged Sites]
CDS [CoDing Segment]
ncRNA
Segment [parte del gen]
ORIGIN [Inicio de la secuencia]
// [Término de la secuencia]
mRNA join(5001..5171,162452..162523,181329..181465,
270822..270885,309489..309749,347333..347433,
353001..353148,356117..356322,366361..366507,
372066..372324,376698..382670)
ncRNA complement(join(<1..291,5332..5736))
Highlight sequence features
AH005568
Homo sapiens dUTPase (DUT) gene, complete cds, alternatively spliced
Locus, definition, source, authors,…
Features
Gene
mRNA
CDS
Exon
Protein bind [sitio de unión a proteína XX]
Segment [parte del gen]
ORIGIN [Inicio de la secuencia]
// [Término de la secuencia]
mRNA join(<282..561,1034..1172,2395..2486,3113..3157,
4447..4521,4673..4743,5180..>5236)
/note ?
mRNA join(<1018..1172,2395..2486,3113..3157,4447..4521,
4673..4743,5180..>5236)
/note ?
More about the DUT gene
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HGNC
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Thyroglobulin
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Ortholog set
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Ortholog set [genes ortologos DUT]
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NM_001948.4
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Genomic context
Genomic regions, transcripts, and products
NCBI Reference Sequences (RefSeq)
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En línea: [Link]
Human
THRB
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ENSG00000151090
See
Transcript Table
Lateral panel
Select
Sequence
See exons
Configure this page
Show variants YES
Download sequence
Format
RTF
Ok
Transcript table
Select
ENST00000646209.2
Top right
Select
Lateral panel
Sequence
Select
Exons
Table
Exons
Introns
Start
End
Lenght
Sequence
Download whole table
Evidencia 2. Compara los exones de tu proteína de interés reportados en las bases
de datos NCBI vs ENSEMBL. ¿La información es similar, de lo contrario en que
difiere?.
Indica numero de exones reportados, secuencia y tamaño. Puntualiza las
diferencias de forma gráfica.
Evidencia 3. Investiga el símbolo oficial de los genes que codifican para las
siguientes proteínas en ratón: insulina, catepsina b y en pez cebra: laminina alfa,
receptor a de la hormona de crecimiento. En una tabla reporta el locus, contexto
genómico, número de exones que lo componen y RefSeq (no. de referencia) de
mRNA y proteínas.