Unidad 1.
Introducción a la bioinformática
1. Revisión de conceptos básicos en bioinformática
Revisar presentación: Conceptos básicos
2. Revisión de bases de datos biológicos
Ingresar a las principales bases de datos biológicos (nucleótidos y proteínas) e
investigar su posible aplicación en bioinformática (comentar en sesión de trabajo):
Bases de datos de procariotes/eucariotes invertebrados
[Link] Arabidopsis thaliana
[Link] Plantas
[Link] Genomas bacterias, protozoarios, hongos y
plantas
Otras bases de datos biológicos
En línea: [Link]
Genomes
Human
Find position
Position/search term
THRB
Select
THRB (ENST00000280696.9) at
chr3:24122838-24165595
Evidencia 1. Redacta un ensayo sobre las bases de datos biológicas que revisaste,
resalta aquello que te pareció interesante.
Evidencia 2. Busca en la red una proteína de tu interés y elige un organismo de tu
elección, indica ambos nombres (nombre científico de la especie elegida) en documento
word.
3. Descarga y almacenamiento de datos biológicos
Secuencia de nucleótidos
En línea: [Link]
Tool bar
Nucleotide
thyroid hormone receptor
Results [24086 hits]
Species
Animals
Select
Results [23835 hits]
Molecule types
mRNA
Select
Results [21250 hits]
Results by taxon
Danio rerio
Results [137 hits]
Select
Danio rerio thyroid hormone receptor beta 1
(thrb), mRNA [Accession: NM_131340.1]
GenBank Format
Format
GenBank
NCBI Reference Sequence
Locus Posición en el genoma del organismo de origen
Definition Nombre in extenso
Accession Número de identificación del NCBI
Source Organismo de origen
Organism Posición del organismo en la escala evolutiva
Reference Número de referencia (bases nucleotídicas reportadas en la
referencia)
Authors Autores del manuscrito o referencia
Title Título de la referencia
Journal Revista en donde se publicó el manuscrito
Pubmed Número de identificación del manuscrito en el NCBI
Remark Comentarios asociados a la secuencia o proteína codificante
Reference cont…
Comment Datos históricos de la secuencia
#Evidence-Data#
Features
Location/Qualifiers Características de la secuencia de interés por posición
nucleotídica
Source Longitud de la secuencia, organismo, tipo de molécula, número de
referencia por taxón, cromosoma, posición en el mapa genético, …
Gene Tamaño de la secuencia, sinónimos del gen,
Número identificador de gen ID
Select 30607
Gene information
Número identificador de gen ZFIN,
Primary Source
ZFIN: ZDB-GENE-990415-268
ZFIN Home
Name
Symbol
Type
Transcripts
thrb-203
Sequence
Exon Secuencia de exon, indica posición de inicio y fin en la
secuencia de nucleótidos
Misc_feature Características miscelaneas
CDS Secuencia codificante, se define con codon de inicio, incluye
traducción
Origin
Sequence
// End of sequence
Select sequence 1 .. 2161
Copy
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Eliminate sequence numbers
Top of page
Select FASTA
> Definition line
Sequence in ONE LETTER CODE & CAPITAL LETTERS
>NM_131340.1 Danio rerio thyroid hormone receptor beta (thrb), mRNA
CTTCTTTCTGTGTCTTCGGGTCCATGTTGGAGTTGATCTGCTCTGCTGGGTCAT
TTCAGGCCACGTATG
Select sequence from Definition line to end
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FASTA
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FASTA
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Open file in txt format (Notebook)
Choose Destination
Analysis Tool
Choose
Sequence Analysis Tool
BLAST-Primer Blast
Secuencia de aminoácidos
En línea: [Link]
Tool bar
Protein
thyroid hormone receptor
Results [16373 hits]
Species
Animals
Select
Results [16048 hits]
Results by taxon
Select
Homo sapiens
Results [898 hits]
Select
thyroid hormone receptor beta isoform a
[Homo sapiens]
461 aa protein
[Accession: NP_001341642.1]
GenPept Format
Format
GenPept
NCBI Reference Sequence
Locus Número de identificación, longitud en aa y configuración
Definition Nombre in extenso
Accession Número de identificación del NCBI
Version Versión de la secuencia
DBSource Fuente: genoma y no. de acceso
Source Organismo de origen
Organism Posición del organismo en la escala evolutiva
Reference Número de referencia (bases nucleotídicas reportadas en la
referencia)
Authors Autores del manuscrito o referencia
Title Título de la referencia
Journal Revista en donde se publicó el manuscrito
Pubmed Número de identificación del manuscrito en el NCBI
Remark Comentarios asociados a la secuencia o proteína codificante
Reference cont…
Comment Datos históricos de la secuencia y resumen de su actividad
biológica
#Evidence-Data#
Features
Location/Qualifiers Características de la secuencia de interés por
posición
de aminoácidos
Source Longitud de la secuencia, organismo, taxón, posición en el mapa,
posición del gen
Protein Tamaño de la secuencia, pseudónimos, peso molecular estimado.
Region Regiones estructurales de relevancia funcional
Site Posiciones de aminoácidos con relevancia functional
CDS Secuencia de aminoácidos
Origin
Sequence
// End of sequence
Select sequence 1 .. 461
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Eliminate sequence numbers
Top of page
Select FASTA
> Definition line
Sequence in ONE LETTER CODE & CAPITAL LETTERS
>NP_001341642.1 thyroid hormone receptor beta isoform a [Homo sapiens]
MTPNSMTENGLTAWDKPKHCPDREHDWKLVGMSEACLHRKSHSERRSL
KNEQSSPHLIQTTWTSSIFHLDHDDVNDQSVSSAQTFQTEEKKCKGYIPSY
DKDELCVVCGDKATGYHYRCITCEGCKGFFRRTIQKNLH
Select sequence from Definition line to end
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FASTA
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GenPept
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Evidencia 3. Busca la secuencia de mRNA y de aminoácidos de la enzima desyodasa tipo 2
(type 2 deiodinase) de ratón [Mus musculus]. Copia ambas secuencias en formato FASTA y
pega en documento Word, indicando línea de identificación, número de identificación del NCBI,
longitud de la secuencia y organismo de origen.
Evidencia 4. Busca la secuencia de mRNA y de aminoácidos de tu proteína de interés en el
organismo de elección. Copia ambas secuencias en formato FASTA y pega en documento
Word, indicando línea de identificación, número de identificación del NCBI, longitud de la
secuencia y organismo de origen.
Recuerda enviar tus evidencias al Campus Virtual de la UAQ al terminar cada clase.