UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL
Biotecnología
INFORME
Uso del software Mega DNA
DOCENTE
Dr. Hebert H. Soto Gonzales
ESTUDIANTE:
NAYELLI FLOR VENTURA CUELA
CICLO
VII
Octubre – 2024
Ilo - Perú
UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL
INDICE
1. INTRODUCCION................................................................................................................................................... 3
2. OBJETIVOS.............................................................................................................................................................. 4
3. MARCO TEORICO................................................................................................................................................. 4
3.1. Alineamiento de secuencias de ADN..................................................................................................4
3.2. Árboles filogenéticos.................................................................................................................................4
4. METODOLOGIA..................................................................................................................................................... 5
5. RESULTADO........................................................................................................................................................ 11
6. CONCLUSION...................................................................................................................................................... 12
7. REFERENCIAS.................................................................................................................................................... 12
pág.
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USO DEL SOFTWARE MEGA DNA
1. INTRODUCCION
El software MEGA ha sido proporcionado como una herramienta para explorar, Descubrir y
analizar secuencias de ADN y proteínas de un proceso evolutivo perspectiva. La primera
versión fue desarrollada para los recursos computacionales limitados que estaban
disponibles en la computadora personal promedio a principios de la década de 1990.
MEGA1 hecho muchos métodos de análisis evolutivo fácilmente accesibles para la
comunidad científica para la investigación y la educación. MEGA2 fue diseñado para
aprovechar exponencialmente Mayor poder de cómputo y una interfaz gráfica de finales de
la década de 1990, satisfaciendo la creciente necesidad de un análisis y una exploración de
secuencias biológicas más extensos. software. Expandió el alcance de su predecesor de un
solo gen a todo el genoma. análisis. Se desarrollaron dos versiones (2.0 y 2.1), cada una de
las cuales apoya los análisis de secuencia molecular (secuencias de ADN y proteínas) y
datos de distancia por pares. Ambos podrían especificar dominios y genes para el análisis
de secuencias comparativas de múltiples genes y podría crear grupos de secuencias que
facilitarían la estimación de dentro y diversidades entre grupos e inferir las relaciones
evolutivas de nivel superior de los genes y especies. MEGA2 implementó muchos métodos
para la estimación de evolución distancias, el cálculo de la secuencia molecular y las
diversidades genéticas dentro y fuera de entre grupos, y la inferencia de árboles
filogenéticos bajo evolución mínima y Criterios de máxima parsimonia. Incluía el Bootstrap
y la probabilidad de confianza pruebas de confiabilidad de las filogenias inferidas. (Tamura,
2011)
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2. OBJETIVOS
Realizar el alineamiento múltiple utilizando el programa mega.
Construir el árbol filogenético con el programa MEGA.
Descubrir y analizar secuencias de ADN
3. MARCO TEORICO
3.1. Alineamiento de secuencias de ADN
Según el modelo propuesto por Watson y Crick, la molécula de ADN está compuesta por
dos hebras helicoidales cada una siguiendo una secuencia de nucleótidos {A;T;C;G}, y
formando parejas de {C;G} y {A;T} entre las dos hélices. Una vez extraído ADN de una
muestra, se obtienen dos secuencias de ADN (forward y reverse). Deben guardarse cada
una en un documento con formato FASTA. Se debe realizar un BLAST a la secuencia
forward, que consiste en hacer una búsqueda en una base de datos de secuencias de ADN,
para encontrar datos similares y verificar si el amplificador es correcto (Valverde, 2017)
3.2. Árboles filogenéticos
La filogenia molecular y aplicaciones como PAUP, Mr. Bayes y Beast, entre otras, son usadas
en investigaciones comparativas en genética. Algunos estimadores filogenéticos se basan
en un modelo explícito de la evolución de nucleótidos para estimar parámetros evolutivos
tales como longitudes de rama y topología del árbol. Los árboles filogenéticos son
generados para analizar las relaciones evolutivas observadas y obtener información a
partir de ellas, de manera que facilitan encontrar la divergencia de linajes, o la relación
entre ellos. Para la creación del árbol filogenético de las muestras de ADN obtenidas,
morfológicamente parecidas a lepidópteros, con el fin de determinar si había relación con
las secuencias de ADN
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de lepidópteros, obtenidas de una base de datos, se utilizaron los programas PAUP, Mr.
Bayes y Beast. Se obtuvo un árbol filogenético que demostró que las muestras no
pertenecían a la especie de los lepidópteros, debido a que no presentaban relación alguna
con esta especie, pero sí gran similitud entre ellas. Al parecer, se reveló el descubrimiento
de una nueva especie, actualmente con nombre desconocido. Por otro lado, con el uso de
estos programas de software, se concluyó que no son tan amigables con el usuario que no
tiene conocimiento de comandos de línea. (Valverde, 2017)
4. METODOLOGIA
La metodóloga aplicada en la presente practica fue la siguiente:
Primeramente, se instaló el software “Mega” el cual se tiene que estar instalada
correctamente en el equipo para su optima ejecución.
Luego pasamos abrir el programa MEGA y clicamos en “alignament > Query Databanks”.
Fuente: Elaboración propia
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Esto nos abrirá un buscador donde, para este trabajo buscaremos el
microorganismo con el gen 16s.
Fuente: Elaboración propia
Escogemos un microorganismo y clicamos en buscar. De la lista de microorganismos
que encontraremos, seleccionamos uno y nos dará nuestra secuencia.
Fuente: Elaboración propia
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Luego clicamos en Add To Alignment, dando OK a todas ventanas que se muestran.
Fuente: Elaboración propia.
En seguida podremos evidenciar el alineamiento de nuestra secuencia
Fuente: Elaboración propia
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Para este trabajo tomaremos 10 microorganismos y para cada uno de ellos
seleccionaremos tres tipos. Teniendo un total de 30 alineamientos.
Fuente: Elaboración propia
Ahora alinearemos nuestras secuencias haciendo clic en Alignament, posteriormente
en Align by MUSCLE dando OK a toda pantalla que se muestre.
De esta manera tendremos todo alineado, en seguida borramos todos los espacios
en blanco seleccionándolos y clicando en X o presionando la tecla suprimir.
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Fuente: Elaboración propia
Una vez borrados todos espacios en blanco procedemos a exportarlo en formato
MEGA, en este caso como PRÁCTICA A1.
Fuente: Elaboración propia
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Posteriormente clicamos en PHYLOGENY y seguidamente en Construct/Test UPGMA Tree.
Escogemos nuestra PRACTICA A1 ya guardada y damos OK a todas las ventanas que se
presenten.
Fuente: Elaboración propia
Finalmente tendremos la estructura del arbol Filogenetico, en la que existen varias
opciones para trabajar con este árbol
Arbol Filogenetico
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5. RESULTADO
En la presente imagen se puede observar el resultado del análisis filogenético basado en las
secuencias del gen 16S de 30 bacterias, las cuales están identificadas en el Centro Nacional
para la Información Biotecnológica (NCBI). Los nombres representan las secuencias de las
cepas referencia reportadas en el (NCBI) y final mente el árbol filogenético fue construido
usando el software MEGA
Arbol Filogenetico
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6. CONCLUSION
Mediante la metodología aplicada se logró realizar el alineamiento de las secuencias
utilizando el programa Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA), el cual resulto
sencillo de manejar y es una herramienta muy útil para cualquier bioinformático. Por otra
parte, también se logró construir el árbol filogenético con el programa MEGA y descubrir y
analizar cada una de las secuencias de ADN que presentaron cierta similitud entre ellas.
7. REFERENCIAS
Tamura, S. K. (2011). Molecular Evolutionary Genetics Analysis. MEGA. Obtenido de
[Link]
Valverde, K. A. (2017). Uso de herramientas para alineación de secuencias y creación de
árboles filogenéticos para la determinacion de especies. Tecnología en Marcha.
Número. doi:10.18845/tm.v30i5.3218
[Link]
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