Universidad Nacional Autónoma de México
Facultad de Estudios Superiores Cuautitlán
Bioquímica diagnóstica
Bioinformática
GenBank
Elaborado por:
● León Rodríguez Liliana Isabel
● Peña Sánchez Karla Selene
● Vélez Hernández Laura Estefania
¿Qué es GenBank?
Forma parte de la Colaboración
Internacional de Bases de Datos
de Secuencias Nucleotídicas, que
Cuenta con apartados comprende el Banco de Datos de
Base de datos de
donde comparte DNA de Japón (DDBJ), el Archivo
secuencias genéticas del
detalles de la versión Nucleotídico Europeo (ENA), y el
NIH, donde se encuentra
actual y próximos GenBank del NCBI. Estas tres
una colección de todas las
cambios, links a organizaciones intercambian datos
secuencias de DNA
versiones pasadas,y diariamente.
disponibles públicamente.
datos estadísticos
—Para ingresar
[Link]
Estadísticas
na
a d o s m e s e s se libera u
Cad en
a v e rs ió n d e GenBank,
nuev s
s e cc ió n s e encuentran la
esta de
ti c a s d e c re cimiento des
estadís tu a lidad. Cada 1
8
s ta la a c
1982 ha a n la s secuencias
d u p li c
meses se s
almacenada
Hasta Diciembre 2020 existían 723003822007 Bases y
221467827 Secuencias
Secuencias
GenBank contiene secuencias de nucleótidos
Principales organismos disponibles públicamente para casi 260 000
en GenBank especies descritas formalmente
asigna registros de secuencia a varias divisiones
basándose en la taxonomía de origen o en la
estrategia de secuenciación utilizada para obtener
los datos.
Divisiones Descripción funcional
Datos ensamblados por
TSA
computadora
Descripción Descripción WGS Datos incompletos
SYN Sintético BCT Bacterias Pat Secuencias patentadas
PHG Fagos PLN Plantas Secuencias de estudio del
GSS
genoma
Muestras Otros
ENV MAM
ambientales mamíferos Etiquetas de secuencia
EST
expresadas
Otros
VRL Virus VRT
vertebrados HTG Genoma de alto rendimiento
PRI Primates UNA Sin anotar STS Sitios etiquetados en secuencia
ROD Roedores INV Invertebrados HTC DNAc de alto rendimiento
n
n sobre s es ión e
c i ó el nicia
r
rma tos d aP ra i
Info NCBI e d a
sd NCB
I
Base NCBI
Barra de búsqueda
Barra de apartados
Información sobre
SARS-CoV-2
Visión general de GenBank 1
2
3 - Recursos de GenBank
4
5 1.
2. Orden p
rin
3. T ipos de cipal de GenB
¿Qué es GenBank? Herram vío e n ank
4. ientas p
5. Búsque ara el e
da nv
Actualiz en GenBank ío
ación de
registro
s de Ge informa sobre
Página Principal nBank
Acceso a GenBank
● Entrez Nucleotide:
● BLAST:
● NCBI e-utilities:
● Formatos ASN.1 y flatfile disponibles en el servidor FTP anónimo
de NCBI
Uso de la información
de GenBank
Confidencialidad
Privacidad
Como NCBI se hace cargo de GenBank,
también administra el contenido de
otras bases de datos con la
Barra de apartados
NCBI pal del na
orci os re para
princiirige a pági
colaboración del NCI; como lo son
sos
os os
prop ejar l Guía
onad curs
CBI recur
PubMed, OMIM, BLAST, MMDB y
man omo…”
del N dos los
GCAP entre otras
Red
“C
To
bre
Información so
se cu en cias
una BD de
anotadas po r
inferencia
bre la
Información so
Colaboración
Base de
Internacional de de
cuen cias
Datos de Se
Nucleótidos
bre
Información so
y pr oy ectos
divisiones
de GenBank.
Bases de datos e Información sobre NCBI
Barra de apartados
oyectos
Información de pr
micos de
con conjuntos genó
os o
genomas incomplet
Información cromosomas in co m pletos
relacionada a
GenBank
nomas
Guías para enviar ge
completos, gu ías de
nomas
anotaciones para ge
s y eu ca rióticos
ra procariótico
Información pa
el envío de
secuencias
Información una BD de
secuencias de transcripciones
Información sobre el ensambladas
envío de computacionalmente a partir
metagenomas de datos primarios
EJEMPLO DE BúSQUEDA
Nombre del gen
Filtros
Numero de
resultados
a s e p u e d e realizar
d
La búsque mbre del gen
l no
insertando e cleotide”
“Nu
en la opción
FILTROS
a rs e en:
ifi c
u e d e n clas las, bases
ltros p olécu
Los fi s, tipo de m cuencia,
ie e
espec s, tipo de s néticos, y de
to e
de da timentos g o longitud y
ar om n
comp caciones c e publicació la
ifi d te
espec cia y fecha anera, exis
n m
secue . De igual mica de los
n ó n
revisió ción taxon evantes co
ca el
clasifi mos más r
is
organ o al gen.
ct
respe
BÚSQUEDA CON FILTROS Selección del gen
FILTROS
Organismo:
Homo
sapiens
Tipo de
molecula:
ADN/ARN
Tipo de
secuencia:
Nucleotido
SELECCIÓN DELL GEN
FILTROS
Nombre:
organismo,
gen, tipo de
molécula.
Numero de
entrada
Herramientas
Referencias:
artículos que
Información han aportado
general información
NOMBRE Y ENTRADA
Nombre Numero de entrada
● Organismo: Homo sapiens Número de entrada: es el código que
● Nombre del gen: KIAA0319 representa a cada uno de los genes
● (Acrónimo): KIAA0319 específicos de un organismo, y el tipo de
● Tipo de molécula:RNA molécula. No hay dos entradas iguales en
toda la base de datos. Las primeras 2 letras
(NM) representan el alto nivel de información
que contiene la entrada; mientras que M, tiene
carencia de cierta información.
INFORMACIÓN GENERAL
● Tipo de molécula y longitud en
pares de bases
(pb): ADN lineal, 109052 pb
● Última fecha de revisión:
14/10/2020
● Nombre completo del gen
● Número de entrada
● Versión: es el número de
entrada, el último
número extra representa la versión
(1).
● Origen: Homo sapiens (humano)
● Organismo: Homo sapiens;
taxonomía.
RESUMEN
Es un resumen de información
recopilada acerca del gen, como su
función, composición general de la
proteína, localización celular,
enfermedades relacionadas con
mutaciones, notas de secuencia y
publicación. La información varía
en cada entrada, y puede o no
contar con los puntos
anteriormente mencionados.
CARACTERISTICAS
Aquí podemos ver los elementos
esenciales de la secuencia,
regiones promotoras, péptido de
señal, señales, regiones de
poliadenilación, exones, intrones,
UTR, STS, entre otros datos
importantes de la secuencia.
HERRAMIENTAS
Análisis de la secuencia: Recursos
permite el acceso a base externos: links de
como BLAST ayuda para
(alineamientos), conocer más a tu
primerBLAST (diseño de
gen
primers), entre otros.
Información Actividad
relacionada: reciente: otros
artículos
sobre la proteína,
relacionados al
PubMed,
gen
taxonomía, etc.
Formato FASTA Es un apartado que nos muestra toda la secuencia
en una sola línea, la cual podemos distinguir por el
símbolo “ > “
partes:
Número identificador
de la secuencia letras
Cada una de las
na base
corresponde a u
Nombre y breve nitrogenada.
descripción del gen guanina
A- adenina G -
sina
T- timina C- cito
Este formato
permite analizar la secuencia
en otras bases de datos
Graphics
Barra de
herramientas
Pistas
Referencia de
REGLAS
alineamientos
Variaciones
Barra de herramientas
Pistas
Alineamientos
Ec Exones
ejor
n e s permiten m ntos
Variaciones c io
Estas op de los alineamie
visualizac
ión
CDS
Secuencia codificante de un gen o
mRNA, secuencia precisa de
nucleótidos que serán traducidos que
corresponden a una serie de Aa de
una proteína.