Universidad Mayor De San Andrés

Universidad de Barcelona
Centro Psicopedagógico y de Investigaciones en Educación Superior
(CEPIES)

“Análisis de polimorfismos genéticos en la población de Bolivia,

con fines de identificación y filiación forense”

Tesis presentada a la Universidad

de Barcelona, en convenio con la
Universidad Mayor de San Andrés,
para obtener el Grado Académico
de Magister en Investigación en
Medicina Tropical y Salud
Internacional en las Bioregiones
Bolivianas

Presentada por: Sergio Emilio Quispe Mayta

Tutor: Gabriel Rech Ph.D. (España)

La Paz - Bolivia

2018

0
 Universidad Mayor De San Andrés
Universidad de Barcelona
Centro Psicopedagógico y de Investigaciones en Educación Superior
(CEPIES)

“Análisis de polimorfismos genéticos en la población de Bolivia,

con fines de identificación y filiación forense”

Presentada por: Sergio Emilio Quispe Mayta

Tutor: Gabriel Rech Ph.D. (España)

La Paz - Bolivia

2018

1
 Agradecimientos

A mi familia, quienes han generado la fuerza y energía que necesitaba. Gracias por

todo su apoyo y paciencia, por cuidarme.

A mis tutores los doctores Gabriel Rech, al profesor Mayber Aparicio, porque desde

el principio confiaron en mí y en esta tesis, por ofrecerme la oportunidad de trabajar

con ustedes, ponerme al día en muchos temas y orientarme en muchos otros, por

todas las trabas que me ayudaron a superar al final de la parte experimental.

Al Dr. Carlos Ascaso por brindarnos esta oportunidad y valiosas enseñanzas.

A la Universidad Mayor de San Andrés (UMSA) y la Universidad de Barcelona (UB)

A todos mis amigos, por estar ahí. Este trabajo es de todos.

2
 Es imposible no mirar nuestros genes, cuánto más buscamos la
diversidad, encontramos que somos idénticos en un 99,9 % en el
genoma humano. "No descansaremos en mirar y explorar. Pues al
final de toda exploración llegaremos allí donde empezamos, y
conoceremos cuál es nuestro lugar por primera vez" (S. Quispe)

3
CONTENIDO
ILUSTRACIONES ........................................................................................................... 5
TABLAS .......................................................................................................................... 6
I. INTRODUCCIÓN. ..................................................................................................... 8
II. ANTECEDENTES ................................................................................................... 12
III. MARCO TEORICO .............................................................................................. 13
IV. JUSTIFICACIÓN. ................................................................................................ 19
V. HIPOTESIS............................................................................................................. 20
VI. OBJETIVOS. ....................................................................................................... 20
1. OBJETIVO GENERAL ............................................................................................ 20
2. OBJETIVOS ESPECÍFICOS ................................................................................... 20
VII. MATERIALES Y MÉTODOS. .............................................................................. 21
1. DISEÑO DEL ESTUDIO ......................................................................................... 21
2. CONTEXTO DEL ESTUDIO ................................................................................... 21
3. PARTICIPANTES. .................................................................................................. 22
4. RECOLECCIÓN DE DATOS Y MUESTRAS BIOLÓGICAS. .................................. 22
5. TAMAÑO DE MUESTRA Y MUESTREO. .............................................................. 23
6. VARIABLES. ........................................................................................................... 24
7. ANÁLISIS GENÉTICO MOLECULAR DE LA POBLACIÓN BOLIVIANA. ............... 24
8. CÁLCULOS ESTADÍSTICOS ................................................................................. 28
VIII. RESULTADOS. ................................................................................................... 29
IX. DISCUSIONES. ................................................................................................... 42
X. CONCLUSIONES. .................................................................................................. 45
XI. BIBLIOGRAFÍA.................................................................................................... 47
XII. ANEXOS. ............................................................................................................ 48

4
ILUSTRACIONES

Ilustración 1. Polimorfismos del genoma humano. ........................................................ 13

Ilustración 2. Mapa de distribución de la población Aymara boliviana. .......................... 18

Ilustración 3. Gráfico de las condiciones de una amplificación por PCR. ...................... 27

Ilustración 4. Perfil genético obtenido del control positivo (DNA 9947ª). ....................... 28

Ilustración 5. Poder de Exclusión de los STR................................................................ 35

Ilustración 6. Probabilidad de correspondencia. ............................................................ 36

Ilustración 7. Capacidad de discriminación. .................................................................. 36

Ilustración 8. Índice de Paternidad. ............................................................................... 37

Ilustración 9. Frecuencias alélicas de los 15 marcadores STR de la población

boliviana. ....................................................................................................................... 38

Ilustración 10. Frecuencias alélicas para los 15 marcadores autosómicos ................... 39

5
TABLAS

Tabla 1 Regiones del Kit (AmpFlSTR IDENTIFILER PCR Amplification Kit) ............. 26

Tabla 2. Componentes, volúmenes del Kit IDENTIFILER. ........................................ 26

Tabla 3. Test de Probabilidad. Equilibrio Hardy Weinberg ........................................ 31

Tabla 4. Frecuencias alélicas para la población boliviana (n=260) (Kit AmpFlSTR

IDENTIFILER). (FORSTAT) ...................................................................................... 32

Tabla 5. Parámetros estadística calculados de la población boliviana. (FORSTAT) . 33

Tabla 6. Comparación de valores de Exclusión de Paternidad de 4 poblaciones ..... 41

6
RESUMEN. La genética forense provee de sistemas de análisis de ADN, para la resolución de casos
judiciales, estudios de paternidad y criminalística forense, para ello se requiere que cada población
obtenga una propia base de datos genéticos. Este es un estudio descriptivo, transversal y observacional
para muestras por reclutamientos consecutivo. Se analizaron 260 muestras de la población boliviana,
con una alta representación de la población Amerindia Aymara y mestizo del área metropolitana de las
Ciudades de La Paz, Oruro y Potosí, localizados al Noroeste de Bolivia. Se han amplificado 15
microsatélites autosómicos y la amelogenina, mediante el sistema kit AmpFℓSTRR Identifiler™
(Applied Biosystems), la electroforesis capilar se llevó en un equipo 3130 ABI (Genetic Analizer), los
electroferogramas fueron obtenidos mediante GeneMapper. Los análisis estadísticos se realizaron con
los programas FORSTAT y GENEPOP. A través del análisis de polimorfismos genéticos se ha
encontrado que la población boliviana se encuentra en equilibrio Hardy-Weinberg para la mayoría de
los STRs autosómicos analizados. Existe una elevada variabilidad y ofrece un poder de Discriminación
(PD) conjunto superior a 0.999942678128 la Probabilidad de Coincidencia (MP) fue 5.10903e-16. Y el
promedio de Heterocigosidad es 0.7070184. Este trabajo constituye un aporte nuevo e importante para
la identificación humana y la genética forense con una base de datos de frecuencias alélicas para la
población boliviana y la comunidad forense internacional.
Palabras clave: Base de datos; polimorfismos, ADN, marcadores autosómicos.

SUMMARY. Forensic genetics provides DNA analysis systems for the resolution of court cases,
paternity studies and forensic criminology, for which it is required that each population obtain its own
genetic database. This is a descriptive, cross-sectional and observational study for samples by
consecutive recruitments. 260 samples of the Bolivian population were analyzed, with a high
representation of the Aymara Amerindian population and mestizo from the metropolitan area of the
Cities of La Paz, Oruro and Potosí, located in the Northwest of Bolivia. We have amplified 15
autosomic microsatellites and amelogenin, using the AmpFℓSTRR Identifiler ™ kit system (Applied
Biosystems), the capillary electrophoresis was carried out in a 3130 ABI (Genetic Analyzer), the
electropherograms were obtained by GeneMapper. The statistical analyzes were carried out with the
FORSTAT and GENEPOP programs. Through the analysis of genetic polymorphisms, it has been
found that the Bolivian population is in Hardy-Weinberg equilibrium for most of the autosomal STRs
analyzed. There is a high variability and offers a power of Discrimination (PD) set superior to
0.999999999 and power of Exclusion a priori (MEC) always above 0.999999925. This work
constitutes a new and important contribution to human identification and forensic genetics with a
database of allelic frequencies for the Bolivian population and the international forensic community.
Keywords: Database; polymorphisms, DNA, autosomal markers.

7
 I. INTRODUCCIÓN.

El ADN (ácido desoxiribonucleico) está presente en las células nucleadas de un

organismo, ha sido aislada y analizada a partir de una amplia variedad de materiales

biológicos, como: sangre, saliva, semen, fluidos mixtos, tejidos cadavéricos (tejidos

blandos, huesos o dientes), así como fluidos y manchas en soportes sólidos como

hisopos, papel filtro, prendas de vestir, armas, vehículos, objetos, etc. (1).

El análisis de marcadores genéticos, secuencias polimórficas presentes en el

genoma de un individuo, es una herramienta muy importante, ampliamente

reconocida para la identificación de individuos y para establecer vínculos de

parentesco, como por ejemplo estudios de paternidad. Se estudian distintas regiones

del genoma humano que son altamente variables en la población y que permiten

obtener el perfil genético y distinguir entre distintos individuos (2).

Dentro de los polimorfismos de longitud encontrados en el genoma humano, los

primeros en ser descriptos por Jeffreys y cols. fueron los minisatélites (1). Junto con

los microsatélites o STRs (Short Tandem Repeats) son polimorfismos de longitud

denominados VNTRs: repeticiones en tándem de número variable. Normalmente se

designan por la longitud de unidades de repetición y el número de unidades de

repeticiones contiguas. Los STRs tienen unidades repetidas de 2-6 pb de longitud. El

número de repeticiones en marcadores STR es muy variable entre individuos,

haciendo que estos marcadores sean efectivos para la identificación. El tamaño

pequeño de los alelos STR en comparación con los minisatélites utilizado por

8
Jeffreys y Col. hace que los marcadores STR sean mejores candidatos para su uso

en aplicaciones forenses.

Con la introducción de la técnica Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) ha

permitido generar perfiles genéticos a partir de una muestra de referencia o de una

escasa evidencia de ADN templado en los laboratorios forenses, utilizando

reacciones multiplex que permiten amplificar muchos STRs en forma conjunta. El

número de los STR que pueden amplificarse simultáneamente ha aumentado hasta

más de 24 STRs valiéndose del empleo de fluorócromos de diferente color (3). Como

estos perfiles tienen una procedencia compartida al 50% por el padre y la madre, se

pueden utilizar también en la investigación biológica de la paternidad (4).

Los 24 sistemas genéticos de STRs propuestos por el CODIS (Combined DNA

Identification System, expanded CODIS) son: D18S51, FGA, D21S11, D8S1179,

VWA, D13S317, D16S539, D7S820, TH01, D3S1358, D5S818, CSF1PO, D2S1338,

D19S433, D1S1656, D12S391, D2S441, D10S1248, Penta E, DYS391, TPOX,

D22S1045, SE33, Penta D. Estos loci son internacionalmente reconocidos como el

estándar para la identificación en humanos (5) (6).

La robustez de los kits de STR comerciales permite una amplificación confiable de

estos loci nucleares desde pequeñas cantidades de ADN (5). La uniformidad en

grupos de loci de STR provee capacidad para intercambio de perfiles de ADN de

criminales nacional e internacionalmente (7). La genética forense ha desempeñado

indiscutiblemente un papel fundamental en la identificación de personas

desaparecidas y víctimas de las catástrofes ocurridas en esta última década. Las

muestras que se remiten a los laboratorios con el fin de realizar análisis, tienden a

9
ser de mala calidad por la baja concentración de ADN y/o la fragmentación del

mismo, debido a las condiciones ambientales adversas a que son sometidas (8). La

implementación de técnicas más sensibles que logren encontrar perfiles genéticos en

muestras degradadas es mandatorio en los laboratorios modernos. Esto hace que la

probabilidad de amplificar un fragmento en el ADN degradado aumente de manera

importante (9).

Existen circunstancias en las que el hallazgo de restos humanos esqueletizados, en

los que las condiciones tafonómicas de dicho hallazgo pueden suponer una

limitación en la obtención de ADN a partir de ellos en cantidad y calidad suficiente

para su identificación. Las uñas han sido identificadas como una fuente potencial de

material biológico para casos de ADN forense (1). En estos casos se han de aplicar

estrategias especiales y diferentes a las habitualmente empleadas en los laboratorios

forenses (10).

La evaluación estadística de los resultados de un análisis de ADN, ya sea en el

establecimiento de vínculos biológicos de parentesco o identificación de evidencias,

se realiza a partir de las frecuencias alélicas, empleando algoritmos matemáticos

validados por la comunidad científica internacional. Estas frecuencias alélicas surgen

de la base de datos de referencia, que deben ser locales (2). La evaluación de

marcadores genéticos para uso en medicina forense es esencial para su aplicación

en la identificación humana o pruebas de parentesco (11).

Dada la implicancia que tiene un estudio de identificación y filiación humana, es

importante que los laboratorios donde se realicen estudios de ADN, tengan esta

validez legal o no, estén inmersos en un sistema de aseguramiento de la calidad,

10
incluyendo aspectos como confidencialidad, cadena de custodia, control de calidad,

entre otros (9). Muchos de los países a nivel mundial y en Latinoamérica cuentan con

una base de datos genéticos de sus poblaciones. (12) (13)

Bolivia está organizada en nueve departamentos y contiene a 36 etnias. Cuenta con

una población de cerca de 10,1 millones de habitantes (Censo 2012). La

composición étnica de Bolivia comprende una gran diversidad de culturas. Los

pueblos indígena-originarios, hacen parte del 59% de la población boliviana. La

población Aymara ocupa fundamentalmente la alta meseta de los departamentos de

La Paz, Oruro y Potosí cuentan con una población aproximada de 1.191352

habitantes (18%).

A través de este trabajo se han analizado, 260 datos de frecuencias alélicas para 15

sistemas genéticos (kit AmpFℓSTRR Identifiler™ PCR Amplification Applied

Biosystems) de STRs D8S1179, D21S11, D7S820, CSF1PO, D3S1358, TH01,

D13S317, D16S539, D2S1338, D19S433, vWA, TPOX, D18S51, D5S818 y FGA,

adicionalmente se ha utilizado un marcador de género, la amelogenina (2) (14), para la

aplicación de pruebas de paternidad y casos de criminalística (14) mediante los

procedimientos técnico-científicos en la Unidad de Identificación Genética (UNIGEN)

de la Facultad de Ciencias Farmacéuticas y Bioquímicas (FCFB) de la Universidad

Mayor de San Andrés (UMSA).

Este trabajo constituye un aporte importante para la identificación humana y la

genética forense con una nueva base de datos de frecuencias alélicas para la

población boliviana y la comunidad forense internacional.

11
 II. ANTECEDENTES

Actualmente las ciencias forenses comprenden una amplia diversidad de disciplinas

científicas que trabajan de manera especializada e interdisciplinaria para el

cumplimiento de un objetivo en común: asistir al proceso de justicia mediante la

evaluación de la evidencia en cualquiera de sus formas, circunscribiendo la

aplicación de los conocimientos científicos y tecnológicos dentro de un marco ético.

El avance tecnológico y científico en marcadores genético moleculares han permitido

el desarrollo de la Genética Forense, para la identificación de personas, restos

cadavéricos, análisis de vestigios biológicos de interés criminal, investigación de

paternidad y las variabilidades genéticas de la población [10]. La utilización de ADN

para realizar estos estudios en hechos delictivos, que pueden dejar vestigios

biológicos del autor sobre la víctima o el lugar del delito (cabellos, saliva, células de

la piel, semen, sangre) sirven para identificar algún individuo por métodos de

Biología molecular. Si todos estos perfiles genéticos fueran almacenados en una

base de datos, serían de mucha utilidad, para formar un banco de datos genéticos,

ya que podrían utilizarse en el futuro para la investigación de algún delito. En Bolivia,

el desarrollo de la Genética forense y de un Banco Nacional de Datos Genéticos

facilitará la investigación y resolución de muchos casos relacionados con la

identificación humana.

12
 III. MARCO TEORICO

1. ORGANIZACIÓN DEL GENOMA HUMANO

Las células contienen el ADN con la información necesaria para realizar sus tareas

establecidas. Según su localización y estructura se diferencian dos tipos de ADN el

ADN nuclear y el ADN mitocondrial. Ambos tienen interés tanto desde un punto de

vista forense como para la antropología molecular, y poseen características que los

complementan tanto en la identificación e investigación de las relaciones familiares,

como en los estudios de antropología. El porcentaje de ADN Codificante se

encuentra en torno al 23.5%, aunque el directamente encargado de codificar

proteínas no alcanza el 2%. Este tipo de ADN se llama ADN codificante o expresivo.

Pero no todo el ADN que conforma el genoma es codificante. Una de las

características del ADN codificante es su escasa variabilidad entre individuos, con la

excepción de ciertas regiones (el sistema HLA). Más del 75% del ADN humano

corresponde a ADN no codificante, sin expresión genética. Un 60% de este tipo de

ADN corresponde a secuencias de copia única y un 40% a secuencias repetitivas de

ADN.

Ilustración 1. Polimorfismos del genoma humano.

13
Esquema de Clasificación de los polimorfismos. Donde se observa la organización

del genoma humano.

2. CLASIFICACION DE LOS POLIMORFISMOS STR

El ADN de copia única está compuesto por secuencias que se encuentran

representadas una o muy pocas veces en el genoma. Dentro de las secuencias de

copia única se encuentran los “Pseudogenes”, secuencias que fueron genes en

estadios evolutivos anteriores, pero que han perdido su funcionalidad. También se

encuentra el ADN espaciador entre regiones codificantes del genoma, como los

intrones, que no contienen información útil para la síntesis de la cadena polipeptídica

y son eliminados durante el proceso de “splicing”.

3. ADN REPETIDO

Las secuencias repetidas en tándem suponen el 5 – 10 % del genoma. Se

caracterizan por la presencia de una secuencia común repetida en tándem de

manera continua en un fragmento de ADN (4). Son características de los centrómeros

y de los telómeros y parece que son importantes para determinar la estabilidad y la

posición correcta de los cromosomas.

4. LOS STRs EN CROMOSOMAS AUTOSÓMICOS

Los STRs son numerosos por todo el genoma y han sido descritos en regiones

génicas y extragénicas. Los situados en regiones génicas están presentes tanto en

intrones y secuencias flanqueantes como en regiones codificantes.

14
 5. ADN MICROSATÉLITE O STR

La variabilidad en el número de repeticiones en cada locus determina la existencia

de diferentes alelos, es decir, su grado de polimorfismo. Además de la variación en el

número de repeticiones, los STRs varían también en la longitud de la unidad de

repetición y el rigor con el cual llegan a confirmar un modelo de repeticiones.

6. APLICACIÓN DE LOS POLIMORFISMOS

El estudio de los polimorfismos tiene muchas aplicaciones en medicina,

investigaciones biológicas y procesos jurídicos. Los polimorfismos genéticos pueden

ser usados como marcadores para ayudar a esclarecer ciertos patrones y/o procesos

biológicos; además, pueden establecer parentescos. De igual forma, si se analizan

suficientes polimorfismos, es posible distinguir distintos individuos con un alto grado

de confianza. Este método es conocido como “huellas de ADN” y representa una

herramienta importante en medicina forense y en procesos jurídicos. El genotipo de

una persona o su huella de ADN, puede ser determinado a partir de muestras muy

pequeñas (cabello, sangre, células de la piel, etc.). El genotipo de la muestra

encontrada puede ser comparado con el genotipo del individuo “sospechoso”.

También, el análisis de los polimorfismos puede ayudar a probar la paternidad en

situaciones de disputa.

15
 7. ANÁLISIS ESTADÍSTICO.

7.1. Parámetros genético-poblacionales

Según la Ley del equilibrio de Hardy-Weinberg, en una población panmíctica de gran

tamaño y que no esté sometida a migración, mutación o selección, las frecuencias

génicas y genotípicas permanecen constantes de generación en generación.

Como las poblaciones naturales difícilmente se encuentran en equilibrio estricto, hay

que determinar si las desviaciones observadas en la muestra pueden atribuirse

simplemente al azar o, por el contrario, son tan grandes que permiten afirmar la

existencia de algún proceso que esté desviando la población de la situación de

equilibrio. Mutación, selección, migración y deriva génica son fenómenos que pueden

provocar que la frecuencia de un alelo pueda experimentar fluctuaciones de una

generación a la siguiente.

7.2. Parámetros estadísticos de interés médico-legal y poblacional:

- Probabilidad de exclusión (PE): Se denomina PE a la eficacia en la exclusión que

se consigue mediante el uso conjunto de varios marcadores genéticos moleculares.

- Poder de discriminación (PD): Es la probabilidad de que dos individuos no

relacionados y elegidos al azar puedan ser diferenciados genéticamente mediante el

análisis de un marcador o conjunto de marcadores.

- Indice de heterocigosidad (Diversidad génica): El Indice de heterocigosidad

representa la probabilidad de que dos alelos del mismo locus tomados al azar de la

misma población sean distintos. La diversidad génica de una población se mide

como la heterocigosidad media por locus. Esta es la mejor estima de la variabilidad

16
de una población si el estudio se realiza sobre un número elevado de loci escogidos

al azar, ya que entre dichos marcadores existirán unos caracteres monomórficos y

otros polimórficos con altas o bajas frecuencias de alelos raros.

- La heterocigosidad observada para un locus se define como el número de

individuos heterocigotos observados respecto al total analizado, y guarda relación

con el grado de polimorfismo del sistema estudiado y su eficacia como marcador

genético.

- La heterocigosidad esperada es la proporción de heterocigotos que se esperarían

encontrar si la población se encontrara en equilibrio de Hardy-Weinberg. Cuando el

número de loci no es elevado ni están elegidos al azar, la heterocigosidad no indica

mucho acerca de la variabilidad real, pero sigue teniendo validez para conocer la

estructura de una población y realizar comparaciones con otras poblaciones.

- Contenido de información de un polimorfismo (PIC): Indica el nivel polimórfico

de un locus.

La informatividad de un marcador refleja la probabilidad de encontrar individuos

heterocigotos para ese marcador en la población general, y es función del número de

alelos posibles para el marcador y de las frecuencias relativas de cada alelo en la

población.

7.3. POBLACION DE BOLIVIA

Bolivia está situada en la región centro-occidental de América del Sur. Está

organizado en nueve departamentos. Cuenta con una población de cerca de 10,1

millones de habitantes (censo 2012). Comprende distintos espacios geográficos

como la cordillera de los Andes, el Altiplano, la Amazonía, los Llanos de Moxos y el

17
Chaco, siendo uno de los países con mayor biodiversidad en el mundo. La

composición étnica de Bolivia comprende una gran diversidad de culturas. La gran

mayoría de la población boliviana asume su identidad mestiza, pero al mismo tiempo,

se auto identifica con alguno de los pueblos indígena-originarios, hacen parte del

59% de la población boliviana. La población Aymara ocupa fundamentalmente la alta

meseta de los departamentos de La Paz, Oruro y Potosí y algunas cabeceras de los

llanos tropicales y cuentan con una población de 1.191352 habitantes (18%).

Ilustración 2. Mapa de distribución de la población Aymara boliviana. (Fuente: Instituto Nacional de Estadísticas de Bolivia
- Censo 2012)

18
La población Aymara se encuentra distribuida mayoritariamente en los

departamentos: La Paz, Oruro, Potosí. Según información del CENSO 2012, del INE

(Instituto Nacional de Estadística) más de dos millones de bolivianas y bolivianos se

identifican con un pueblo indígena.

IV. JUSTIFICACIÓN.

Bolivia actualmente tiene una alta casuística de casos de criminalística y casos de

identificación genética de personas. Los laboratorios del Ministerio público como es

el Instituto de Investigaciones forenses (IDIF) y el Instituto Técnico Científico de la

Universidad Policial (IITCUP) tienen una gran demanda de casos judiciales. Es

sumamente importante contar con base de datos genética propia de la población

boliviana, con el fin de poder realizar la fundamentación y los cálculos estadísticos

que permitan brindar una alta probabilidad de identificación y comparación genética.

La evaluación de elementos genéticos para su uso en investigaciones forenses es de

gran importancia y requiere información forense para los análisis estadísticos (11).

Respondiendo a la necesidad y demanda de la población boliviana de contar con

una base de datos genética y una institución alternativa para la resolución e

investigación de casos en genética forense, se ha creado la Unidad de Identificación

Genética (UNIGEN) de la Universidad Mayor de San Andrés. La mayoría de los

países de Latinoamérica cuentan con una base de datos genética, por lo tanto, es

muy importante contribuir con esta nueva base de datos de ADN obtenidas de la

población de Bolivia.

19
V. HIPOTESIS.

Los marcadores STR de los cromosomas autosómicos del Kit AmpFlSTR

Identifiler son adecuados para su aplicación con fines forenses y de

identificación humana en la población boliviana.

VI. OBJETIVOS.

1. OBJETIVO GENERAL

Caracterizar los polimorfismos genéticos de la población boliviana, con el Kit

AmpFlSTR Identifiler mediante el genotipado de 15 marcadores STR de los

cromosomas autosómicos, para su aplicación en la identificación y filiación

forense.

2. OBJETIVOS ESPECÍFICOS

 Generar una base de datos de la población boliviana para obtener el

polimorfismo genético de cada muestra mediante el reclutamiento

consecutivo.

 Analizar las frecuencias alélicas y genotípicas para crear una base de

datos que pueda ser utilizada para cálculos estadísticos en casos

forenses, estableciendo las probabilidades de parentesco y/o paternidad,

poder de discriminación e índice de coincidencia.

20
 VII. MATERIALES Y MÉTODOS.

1. DISEÑO DEL ESTUDIO

Es un estudio cuantitativo observacional de tipo transversal qué por las

características de temporalidad y por la forma de recolección de los datos nos

permiten observar muestras colectadas de forma retrospectiva, analizarlas, para

obtener las frecuencias alélicas y los parámetros estadísticos de 15 marcadores

autosómicos genéticos en la población boliviana. Por este método se generó una

base de datos para analizar las características de los polimorfismos genéticos de 260

muestras de la población boliviana Aymara rural-urbana para su aplicación en la

identificación de individuos y los análisis de filiación humana. Este estudio se ha

desarrollado en los laboratorios de la UNIGEN de la UMSA, esta base de datos de

referencia será de gran utilidad para la comunidad forense, así como en el campo de

la genética de poblaciones.

2. CONTEXTO DEL ESTUDIO

Este trabajo se ha enfocado al estudio de la distribución de las frecuencias alélicas y

los parámetros estadísticos en la población boliviana de origen Aymara rural y

urbana. Se ha caracterizado la estructura genética de la población boliviana

mediante el genotipado de los 15 marcadores D8S1179, D21S11, D7S820, CSF1PO,

D3S1358, TH01, D13S317, D16S539, D2S1338, D19S433, vWA, TPOX, D18S51,

D5S818 y FGA presentes en los cromosomas autosómicos (14). Se ha calculado el

grado de variabilidad de cada marcador, mediante las frecuencias en la población lo

que nos permite calcular el poder de discriminación en la población. Para su

21
aplicación en la identificación genética de la población boliviana, así como sus

posibles aplicaciones en el campo forense. Las muestras corresponden a 260

individuos de los departamentos de La Paz, Oruro y Potosí de la población boliviana

Aymara rural-urbana que asistieron a la UNIGEN para la realización de una prueba

de filiación e Identificación humana (Pruebas de paternidad, maternidad, casos

judiciales y forenses). Las muestras fueron colectadas y analizadas previa

autorización y consentimiento informado durante los periodos de 2015 al 2018.

3. PARTICIPANTES.

Los participantes en este estudio han sido seleccionados a través de un

“reclutamiento consecutivo” denominado también muestra exhaustiva. Todos los

individuos que solicitan un estudio de filiación y dan el consentimiento informado, son

seleccionados para el genotipado.

 Criterios de Inclusión: Personas pertenecientes a la población de Bolivia, sin

límite de edad, no emparentadas biológicamente.

 Criterios de exclusión: no ingresan en este estudio las siguientes personas: i) que

tengan relación de parentesco consanguíneo ii) que hayan recibido

recientemente una transfusión sanguínea iii) que se sometieron a trasplante de

medula ósea.

4. RECOLECCIÓN DE DATOS Y MUESTRAS BIOLÓGICAS.

La población total en el presente estudio fue de 950 personas, de los cuales, en este

estudio de tipo descriptivo y transversal, se seleccionaron 260 muestras de

individuos sanos, que por razones particulares y legales solicitaron de manera

22
voluntaria ser sometidos a pruebas de paternidad, maternidad, filiación durante los

periodos de los años 2015 a 2018 en la Unidad de identificación Genética de la

Universidad Mayor de San Andrés de Bolivia. Las muestras son procedentes de las

diversas áreas geográficas andinas de Bolivia. Se obtuvo los datos de procedencia y

relación familiar de cada uno de ellos y se seleccionaron los que no tenían ningún

grado de parentesco entre sí. En la toma de muestra participaron indistintamente

tanto hombre y mujeres todos sin relación alguna. Al momento de realizar la toma de

muestra se llevó a cabo las preguntas registradas en un acta de toma de muestras,

consentimiento informado y confidencialidad1, realizada por un responsable

profesional Bioquímico.

A los donantes se les realizó una punción dactilar y se colectó sobre papel filtro

(Whatman) aproximadamente 3 gotas de sangre, en el caso de saliva se colectó 2

hisopados bucales mediante frotamiento del carrillo interior de la boca; también se

colecto al menos 5 cabellos arrancados de la cabeza. Todas las muestras se

almacenaron, ordenaron y codificaron según las normas de la Unidad de

Identificación Genética.

5. TAMAÑO DE MUESTRA Y MUESTREO.

El tipo de muestra es un reclutamiento consecutivo (denominado también muestra

exhaustiva) lo que permitió incluir a todos los individuos que acuden al laboratorio

durante los periodos del 2015 al 2018 y que por sus características discriminatorias

(no se selecciona por conveniencia) nos aproximamos al muestreo de tipo aleatorio

simple, lo que nos permitió universalizar nuestros resultados a la mayor parte de la

1
Anexo 1.

23
población boliviana. El reclutamiento de los participantes se ha realizado en un

periodo de 3 años, en este periodo de tiempo se ha obtenido 260 individuos los

cuales brindaron su consentimiento informado para el análisis genético de su

muestra.

6. VARIABLES.

Independiente: El genotipo de cada individuo de la muestra poblacional.

Dependientes: Las frecuencias alélicas, Índice de heterocigosidad y homocigosidad,

Poder de discriminación del panel, Poder de exclusión del panel, Contenido de índice

polimórfico.

7. ANÁLISIS GENÉTICO MOLECULAR DE LA POBLACIÓN BOLIVIANA.

La colección de las muestras y el análisis fueron de absoluta confidencialidad y con

los respectivos controles intralaboratoriales. Todos los procesos de análisis fueron

llevados a cabo en la Unidad de Identificación Genética de la Universidad Mayor de

San Andrés, donde se cumplen los requisitos establecidos para los laboratorios de

genética forense. Este trabajo se arrimó en las recomendaciones de la ISFG

(Sociedad Internacional de Genética Forense). 2

a. Extracción y cuantificación de ADN de las muestras

Las muestras de sangre fueron colectadas mediante punción dactilar en papel filtro y

tarjetas FTA, también se colectó muestras de sangre periférica con EDTA, folículos

pilosos e hisopado bucales. La extracción del material genético “ADN genómico” se

2
Anexo 2.

24
realizó según las recomendaciones de los kits comerciales DNA IQ, Wizard

(PROMEGA), Kit PURELINK DNA, (Thermofisher).

b. Amplificación mediante PCR

Para clonar el número de copias se empleó la técnica Reacción en Cadena de la

Polimerasa, (PCR) ideada en 1989 por el bioquímico Kary B. Mullis (15). Para aplicar

esta técnica se tomó como ADN molde un fragmento de papel filtro con la muestra

(un trozo del tamaño de 1.2 mm de diámetro). El perfil genético de cada muestra se

obtuvo mediante amplificación por PCR empleando el kit multiplex AmpFlSTR®

Identifiler® kit (Applied Biosystems). Este kit incluye los siguientes STRs: D8S1179,

D21S11, D7S820, CSF1PO, D3S1358, TH01, D13S317, D16S539, D2S1338,

D19S433, VWA, TPOX, D18S51, D5S818, FGA, y el marcador de genero para la

determinación de Amelogenina (16) (17). La amplificación se realizó en un

Termociclador VERITI (Applied Biosystems). De cada muestra se utilizó dos

nanogramos de ADN en cada reacción de amplificación. El Kit AmpFlSTR®

Identifiler® PCR Amplification permitió el análisis simultaneo de 16 STRs (ver

figura 1), los cuales están marcados con fluorócromos que le confieren a cada

marcador un color, estos pueden ser verde, amarillo, azul y rojo, para ser analizados

por Electroforesis capilar. Los fluorócromos empleados para cada marcador son los

siguientes: Azul-FAM: D8S1179, D21S11, D7S820, CSF1PO. Verde-VIC: D3S1358,

TH01, D13S317, D16S539, D2S1338. Amarillo-NED: D19S433, VWA, TPOX,

D18S51. Rojo-PET: D5S818, FGA y Amelogenina. 3

3
Anexo 3.

25
Tabla 1 Regiones del Kit IDENTIFILER y los alelos (AmpFlSTR IDENTIFILER PCR Amplification Kit)

Tabla 2. Componentes, volúmenes del Kit IDENTIFILER.

DNA MUESTRA Composición Volumen por reacción

MgCl2, dNTPs, Suero
AmpFlSTR® PCR Reaction Mix de Albumina bovina, 10.5 μL
NAO3
Enzima polimerasa 5
AmpliTaq Gold® DNA Polymerase 0.5 μL
u/ul
Primers marcados para
AmpFlSTR® Identifiler® Primer Set 5.5 μL
los loci
Control DNA 9947 ADN humano 0.1ng/ul 4 uL

26
Ilustración 3. Gráfico de las condiciones de una amplificación por PCR.

Control de calidad: Controles internos de laboratorio y controles del AmpFlSTR®

Identifiler® PCR Amplification Kit fueron utilizados. Sistemáticamente en cada

reacción se amplificaron dos controles: positivo y negativo, esto para corroborar que

la reacción de PCR ha sido satisfactoria.

c. Electroforesis capilar automatizada.

Se realizó las corridas electroforéticas en el equipo Analizador Genético 3130 ABI

(Applied Biosystem), cuenta con 4 capilares de 36 cm, POP-4 HID y software Data

Colection v3.0. Posterior a la amplificación por PCR, 2.5 uL de cada muestra fue

diluido en 12 uL de Formamida HiDi y 1.5 uL de GeneScan 500LIZ marcador de

tamaño interno. Toda la genotipificación fue realizada con el software GeneMapper

ID v3.2 (Applied Biosystems) (2) (18).

27
Ilustración 4. Perfil genético obtenido del control positivo (DNA 9947ª).

El Kit Identifiler permitió obtener un Perfil genético donde se incluyen los 15

marcadores de STRs y la amelogenina (14).

d. Análisis de datos

Los softwares utilizados fueron Data Collection y GeneMapper® ID Software v3.2.1.

8. CÁLCULOS ESTADÍSTICOS

La evaluación de marcadores genéticos para uso en genética forense es esencial

para su aplicación en la identificación humana o pruebas de parentesco. El análisis

de resultados de las frecuencias alélicas y genotípicas; Heterocigosidad observada

(Ho) y Heterocigosidad esperada (He), Determinación de Poder discriminativo (PD) y

de Poder de exclusión (PE), Índice de Paternidad Típico (IP), Índice de Contenido

Polimórfico (PIC), Probabilidad de Coincidencia (PM), fue realizado con el programa

FORSTAT (11).

28
El programa FORSTAT basado en R, implementa datos en un formato de archivo

GENEPOP de tres dígitos para dar cuenta de repeticiones incompletas en STR o en

formato de dos dígitos para loci bialélicos (11). El cálculo del Equilibrio de Hardy-

Weinberg (HW), se realizó mediante el software GENEPOP (Versión 5.6) (19). 4

VIII. RESULTADOS.

Se han colectado 260 muestras y datos demográficos de personas no emparentadas

de la población amerindia (Aymara) mestiza de las ciudades de La Paz, Oruro y

Potosí de la región altiplánica occidental de Bolivia, estas muestras fueron obtenidas

bajo consentimiento informado. Una vez que las muestras fueron recabadas para

realizar el estudio genético poblacional, se realizó la extracción del ADN de las

muestras para ser amplificadas, genotipificadas y posteriormente obtener los perfiles

genéticos, se analizó cada uno de los alelos observados para cada locus

concentrando los datos para posteriormente obtener las frecuencias alélicas de cada

uno de ellos.

En el estudio del equilibrio se obtuvieron diversos parámetros estadísticos de interés

que nos permiten saber cómo se están comportando los diferentes alelos dentro de

la población. Las evaluaciones estadísticas fueron llevadas con ayuda del software

FORSTAT (11). Los parámetros estadísticos como poder de discriminación (PD) y

probabilidad de exclusión a priori (CE) para cada loci fue estimado y descrito.

También se ha calculado la información del contenido polimórfico (PIC) de acuerdo a

4
Anexo 4.

29
Bolstein y colaboradores. El equilibrio Hardy-Weinberg para cada loci fue verificado

usando el programa GENEPOP (19).

Las frecuencias alélicas observadas y los parámetros estadísticos basados en los 15

marcadores autosómicos STR, en la población boliviana, se puede ver en la tabla 4.

Un total de 135 alelos de 15 STR marcadores genéticos fueron encontrados. Estos

marcadores genéticos STR son altamente polimórficos.

 El equilibrio Hardy Weinberg (H-W): Los análisis estadísticos de los datos

revelaron que la mayoría de los marcadores genéticos no muestran

desviaciones estadísticamente significativas de lo esperado bajo equilibrio de

HW. Los marcadores si mostraron diferencias estadísticamente significativas

de lo esperado bajo equilibrio H-W fueron D7S820, TH01, D16S539,

D2S1338, D19S433, D18S51 y FGA. (El cálculo del Equilibrio de Hardy-

Weinberg (HW), se realizó mediante el software GENEPOP (Versión 5.6) (19) )

 El poder de discriminación (PD) combinado para todos los loci fue

0.999942678128, mientras que la Probabilidad de Coincidencia (MP) fue

5.10903e-16. Y el promedio de Heterocigosidad es 0.7070184. (calculado

con el programa FORSTAT (11))

1. PRUEBA DE PROBABILILIDAD DEL EQUILIBRIO HARDY-WEINBERG

Estimación exacta de Valor-P por el Método Markov

Para 8 marcadores no se observan desviaciones significativas de lo esperado

bajo equilibrio HW: D8S1179, D21S11, CSF1PO, D3S1358, D13S317, VWA,

TPOX, D5S818) (p valor >0.05). Otros 7 marcadores mostraron desviaciones con

30
 p valor <0.05, siendo 4 de ellos marginalmente significativos (p < 0.001): D7S820,

TH01, D16S539 y D2S1338 y los restantes 3 con significativos (p valor < 0.001):

D19S433, D18S51 y FGA. (GENEPOP (Versión 5.6) (19) )

Tabla 3. Test de Probabilidad. Equilibrio Hardy Weinberg

LOCUS P VALOR
D8S1179 0.7986
D21S11 0.0697
D7S820 0.0217
CSF1PO 0.5310
D3S1358 0.4486
TH01 0.0012
D13S317 0.0633
D16S539 0.0072
D2S1338 0.0347
D19S433 0.0006
VWA 0.5902
TPOX 0.0768
D18S51 0.0002
D5S818 0.1645
FGA 0.0000

31
Tabla 4. Frecuencias alélicas para la población boliviana (n=260) (Kit AmpFlSTR IDENTIFILER). (FORSTAT)

Alelo CSF1PO D13S317 D16S539 D18S51 D19S433 D21S11 D2S1338 D3S1358 D5S818 D7S820 D8S1179 FGA TH01 TPOX VWA
6 - - - - - - - - - - - - 0.24231 0.00385 -
7 0.00192 - - - - - - - 0.20000 0.00192 - - 0.52308 0.00385 -
8 0.00769 0.02115 0.01923 - - - - - - 0.02500 - - 0.02500 0.59423 -
9 0.00577 0.29231 0.30192 - - - - - 0.07500 0.04808 0.00962 - 0.02885 0.01923 -
9,3 - - - - - - - - - - - - 0.16154 - -
10 0.21923 0.13077 0.25385 0.00192 0.00192 - - - 0.01923 0.25385 0.05769 - 0.01923 0.01346 -
11 0.28269 0.15769 0.15192 0.00385 0.00577 - - - 0.54808 0.42885 0.05385 - - 0.22115 -
12 0.41538 0.18846 0.16154 0.12308 0.05769 - - - 0.11538 0.21538 0.14038 - - 0.14423 -
12,2 - - - - 0.03077 - - - - - - - - - -
13 0.04808 0.11923 0.10769 0.14808 0.16923 - - 0.00192 0.03846 0.02692 0.30192 - - - 0.00385
13,2 - - - - 0.14615 - - - - - - - - - -
14 0.01538 0.08846 0.00192 0.19615 0.29231 - - 0.02500 0.00385 - 0.22308 - - - 0.00769
14,2 - - - - 0.06346 - - - - - - - - - -
15 0.00385 0.00192 0.00192 0.18846 0.14808 - - 0.53462 - - 0.18269 - - - 0.05962
15,2 - - - - 0.04231 - - - - - - - - - -
16 - - - 0.10577 0.03462 - 0.00769 0.31346 - - 0.02500 - - - 0.36346
16,2 - - - - 0.00577 - - - - - - - - - -
17 - - - 0.11731 0.00192 - 0.15962 0.10385 - - 0.00577 - - - 0.39231
18 - - - 0.05192 - - 0.07308 0.02115 - - - 0.00769 - - 0.10769
19 - - - 0.02885 - - 0.35192 - - - - 0.12308 - - 0.06346
20 - - - 0.01154 - - 0.14231 - - - - 0.09231 - - 0.00192
21 - - - 0.01346 - - 0.02500 - - - - 0.10192 - - -
22 - - - - - - 0.05769 - - - - 0.06731 - - -
23 - - - 0.00962 - - 0.14615 - - - - 0.08462 - - -
24 - - - - - - 0.03269 - - - - 0.15385 - - -
25 - - - - - - 0.00385 - - - - 0.21731 - - -
26 - - - - - - - - - - - 0.11731 - - -
27 - - - - - - - - - - - 0.03077 - - -
28 - - - - - 0.05192 - - - - - 0.00385 - - -
29 - - - - - 0.18269 - - - - - - - - -
30 - - - - - 0.17885 - - - - - - - - -
30,2 - - - - - 0.02308 - - - - - - - - -
31 - - - - - 0.04615 - - - - - - - - -
31,2 - - - - - 0.17692 - - - - - - - - -
32 - - - - - 0.01538 - - - - - - - - -
32,2 - - - - - 0.23462 - - - - - - - - -
32,3 - - - - - 0.00385 - - - - - - - - -
33,2 - - - - - 0.07500 - - - - - - - - -
34 - - - - - 0.00192 - - - - - - - - -
34,2 - - - - - 0.00769 - - - - - - - - -
35,2 - - - - - 0.00192 - - - - - - - - -

32
 Tabla 5. Parámetros estadística calculados de la población boliviana. (FORSTAT)

Población D8S1179 D21S11 D7S820 CSF1PO D3S1358 TH01 D13S317 D16S539 D2S1338 D19S433 VWA TPOX D18S51 D5S818 FGA OBS.
Frecuencias
9 13 7 9 6 6 8 8 10 13 8 7 13 7 11
alélicas
Estadística de los Alelos específicos
Capacidad de
Información
0.77093 0.81661 0.65269 0.64337 0.53877 0.58897 0.78993 0.75009 0.77497 0.81188 0.64285 0.52484 0.84421 0.60039 0.85477
polimórfica
(PIC)
Heterocigosidad
0.79902 0.83699 0.70160 0.69682 0.60407 0.63976 0.81458 0.78325 0.79862 0.83126 0.69473 0.57660 0.86003 0.63881 0.86858
Esperada (He)
Heterocigosidad
0.80000 0.80769 0.67308 0.66538 0.62308 0.62692 0.77692 0.76923 0.76923 0.74615 0.70769 0.52692 0.83462 0.63846 0.76154 0.71513**
Observada (Ho)
Homocigosidad
observada 0.20000 0.19231 0.32692 0.33462 0.37692 0.37692 0.22308 0.23077 0.23077 0.25385 0.29231 0.47308 0.16538 0.36154 0.23846 0.28487**
(HObs)
Estadística de genética de poblaciones
Probabilidad de
0.59904 0.61339 0.38785 0.37677 0.31949 0.32444 0.55694 0.54324 0.54324 0.50321 0.44026 0.32444 0.66478 0.33960 0.52971 0.9999427*
Exclusión (PE)
Probabilidad de
Coincidencia 0.07130 0.05044 0.14598 0.14104 0.23225 0.19163 0.06118 0.08142 0.05044 0.05068 0.15621 0.23278 0.04195 0.17281 0.03438 5.11E-16*
(MP)
Capacidad de
Discriminación 0.92870 0.94956 0.82719 0.85896 0.76775 0.80837 0.93882 0.91858 0.93225 0.94932 0.84379 0.76722 0.95805 0.82719 0.96562 0.9999999*
(DC)
Estadística de paternidad
Índice de
2.50000 2.60000 1.52941 1.49425 1.32653 1.34021 2.24138 2.16667 2.16667 1.96970 1.71053 1.05691 3.02326 1.38298 2.09677
paternidad (PI)
Poder de
0.59904 0.61339 0.38785 0.37677 0.31949 0.32444 0.55694 0.54324 0.54324 0.50321 0.44026 0.21216 0.66478 0.33960 0.52971 0.99994*
Exclusión (PE)

Ho: Heterocigosidad Observada, He: Heterocigosidad Esperada, PD: Poder de Discriminación, PE: Poder de Exclusión, PIC: Índice de Contenido Polimórfico, PC:

Probabilidad de Coincidencia, IP: Índice de Paternidad

*Combinado

**Multilocus

33
En la tabla 4 se muestran las frecuencias alélicas de los 15 STR’s del kit AmpFℓSTRR

Identifiler™ PCR Amplification en la población de Bolivia, para 260 individuos. Se

puede observar en las columnas los marcadores STRs, y en las filas los alelos

respectivos para cada LOCUS.

2. CÁLCULO ESTADÍSTICO DE LAS MARCADORES GENÉTICOS. ( FORSTAT)

2.1. Frecuencias alélicas.

Las frecuencias alélicas fueron muy variadas para cada marcador. La menor

distribución alélica para los STRs: TH01 y D3S1358 se observó en sólo 2 LOCUS (5-6)

presentes en la población. Los LOCUS más polimórficos observados fueron D21S11,

D19S433, D18S51 (2, 10, 13) con 13 alelos cada uno. (Tabla 5)

Estadística de los Alelos específicos.

2.2. Contenido de información polimórfica (PIC).

Los loci D18S51, D19S433, y FGA mostraron los mayores valores de PIC (Contenido

de información polimórfica), mientras que los loci con menor con menor probabilidad de

ser polimórficos fueron: D3S1358, TH01 y TPOX. (Tabla 5)

2.3. Heterocigosidad esperada.

De los 15 marcadores analizados los más informativos, respecto a la Heterocigosidad

esperada (He), fueron el FGA (He = 0.8685799), D18S51 (He = 0.7832544), seguido

por D21S11 (He = 0.8369896), y el menos informativo fue el STR TPOX (He =

0.5765976). (Tabla 5)

34
 2.4. Heterocigosidad observada.

La Heterocigosidad observada (Ho) de la población guarda relación con el grado de

polimorfismo del sistema estudiado. La mayor Heterocigosidad se observó en los

STRs: D18S51, D21S11 y D8S1179. (Tabla 5)

2.5. Homocigosidad observada.

Se ha medido la diversidad génica de la población estudiada, los alelos TPOX, TH01,

D3S1358 presentan alta frecuencia y los alelos D18S51, D21S11 poseen baja

frecuencia. El promedio de Homocigosidad para los 15 marcadores STR es

0.28487179. (Tabla 5)

3. Estadística genética de la población.

3.1. Probabilidad de exclusión (PE).

Los STR con mayor Probabilidad de exclusión (PE) fueron: D18S51 (PE=

0.664779044092632); D21S11 (PE= 0.613394090764201). Los menos informativos

fueron: TPOX (PE= 0.212163954064879) y D3S1358 (PE=0.319492589984837).

Ilustración 5. Poder de Exclusión de los STR.

Poder de exclusión de los marcadores genéticos de la población Aymara boliviana.

Cuando se combina a todos los marcadores STRs la probabilidad de exclusión es

0.999942678128. (Tabla 5)

35
 3.2. Probabilidad de correspondencia.

Los STR con mayor Probabilidad de correspondencia (MP) fueron: TPOX, D3S1358.

Los STR menos informativos fueron: FGA, D18S51. La probabilidad de

correspondencia combinada con todos los marcadores STRs resulta 5.10903e-16.

(Tabla 5)

Ilustración 6. Probabilidad de correspondencia.

El mayor rango de probabilidad de correspondencia se encuentra en los alelos TPOX,

D3S1358.

3.3. Capacidad de Discriminación.

Los que menos capacidad de discriminación fueron: TPOX (DC= 0.7672189) y

D3S1358 (DC=0.7677515). Cuando se combina a todos los marcadores STRs la

capacidad de discriminación es 0.99999999999999944489. (Tabla 5)

Ilustración 7. Capacidad de discriminación.

36
 4. Pruebas estadísticas para paternidad

Se ha observado un alto valor de Índice de paternidad para los STRs: D18S51 (PI=

3.023256) y el más bajo para TPOX (PI= 1.056911). (Tabla 5)

Ilustración 8. Índice de Paternidad.

5. Frecuencias alélicas de la población boliviana.

En esta ilustración se observan un alto polimorfismo de 135 alelos para las frecuencias

alélicas de los 15 STR’s de 260 individuos de la población Aymara de Bolivia. Se

observa mayor número de alelos para los STRs: D21S11, D19S433 (con 13 alelos);

FGA (11 alelos) y D2S1338 (10 alelos). Los que presentan baja diversidad genética son

para los STRs D3S1358, TH01, (6 alelos), D7S820, TPOX, D5S818 (con 7 alelos)

(Ilustración 9)

37
Ilustración 9. Distribución de las frecuencias alélicas de los 15 marcadores STR de la población Aymara boliviana. (FORSTAT)

38
 6. Frecuencias alélicas para cada marcador genético STR de la población
boliviana. (FORSTAT)
Ilustración 10. Frecuencias alélicas según cada locus para los 15 marcadores autosómicos

La Frecuencia alélica del D81179 entre toda la D21S11 presenta una mayor frecuencia para los
población boliviana, presenta una mayor frecuencia alelos 29, 30, 31.2, 32.2. D7S820 presenta una mayor frecuencia para los
para los alelos 13, 14 y 15. alelos 10, 11 y 12.

El STR TH01 presenta una alta frecuencia (por

CSF1PO para la población boliviana, presenta una D3S1358 para la población boliviana, presenta una encima de 0.5) para el alelo 7. Seguidamente los
mayor frecuencia para los alelos 10, 11 y 12. alta frecuencia (por encima de 0.5) para el alelo 15. alelos 6 y 9.3
Seguidamente los alelos 16 y 17.

Se observa una variabilidad genética homogénea Se observa una variabilidad genética muy homogénea El marcador genético D2S1338 presenta una alta
para los alelos: 9,10,11, 12, 13, 14 del marcador para los alelos: 9,10,11, 12, 13, del marcador genético frecuencia para el alelo 19.
genético D13S317. D16S539

39
El marcador genético D19S433 presenta 13 alelos lo El marcador genético VWA presenta una elevada El marcador genético TPOX presenta una
que corresponde a una alta variabilidad. Alta frecuencia para dos alelos: 16 y 17. característica muy notable para el alelo 8. (por
frecuencia para el alelo 14. Luego se observan los encima de 0.65). Le siguen los alelos 11 y 12
alelos 13, 15 y 13,2.

Se observa una variabilidad genética homogénea

para los alelos: 12, 13, 14, 15, 16, 17 del marcador Se observa una variabilidad genética homogénea
genético D18S51. El marcador genético D5S818 presenta una
frecuencia muy notable para el alelo 11. (por encima para los alelos: 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, del
de 0.5). Más abajo los alelos 7 y 12. marcador genético FGA.

La distribución de las frecuencias alélicas para cada marcador autosómico STR en la

población boliviana Aymara Urbano-rural. En la ilustración 10 se muestra la

comparación de los parámetros de las frecuencias alélicas para el panel del Kit

Identifiler.

40
 7. Comparación de probabilidad de exclusión de paternidad (Identifiler® Kit

STR loci)

Tabla 6. Comparación de valores de Exclusión de Paternidad de 4 poblaciones

African- Andean Bolivian

Locus U.S. Caucasian U.S. Hispanic Native American
American (Aymara)
CSF1PO 0.545 0.496 0.45 0.409 0.377
D2S1338 0.748 0.725 0.671 0.399 0.543
D3S1358 0.591 0.63 0.495 0.51 0.319
D5S818 0.506 0.44 0.525 0.601 0.340
D7S820 0.591 0.582 0.574 0.492 0.388
D8S1179 0.58 0.68 0.599 0.601 0.599
D13S317 0.383 0.487 0.638 0.37 0.557
D16S539 0.649 0.566 0.567 0.428 0.543
D18S51 0.76 0.731 0.767 0.329 0.665
D19S433 0.601 0.531 0.678 0.36 0.503
D21S11 0.737 0.708 0.586 0.399 0.613
FGA 0.76 0.766 0.739 0.309 0.530
TH01 0.492 0.566 0.618 0.646 0.324
TPOX 0.521 0.329 0.392 0.687 0.212
vWA 0.709 0.625 0.555 0.528 0.440
Combined 0.9999996 0.9999992 0.999999 0.9999527 0.99994268

Los datos de la probabilidad de Exclusión de Paternidad (PE) mediante el Kit

IDENTIFILER STR comparada con cuatro poblaciones (African-American; U.S.

Caucasian; U.S. Hispanic; Native American) (14)

41
 IX. DISCUSIONES.

Existen escasos estudios realizados sobre la población boliviana que proporcionen

datos estadísticos sobre las frecuencias alélicas y génicas de la población, ya que son

pocos los laboratorios con equipos y recursos necesarios para realizar este tipo de

estudios y el elevado costo para llevarlos a cabo. Para ello se decidió utilizar un

procedimiento de extracción, amplificación y tipificación de ADN que fuera eficiente y

que brindara resultados óptimos debido a la gran cantidad de muestras que se

decidieron analizar.

El análisis realizado para 15 STRs contenidos en el kit AmpFlSTR® Identifiler® permitió

realizar la caracterización genética para 260 muestras de la población Aymara en los

departamentos de La Paz, Oruro y Potosí del Estado Plurinacional de Bolivia

realizándolo de manera automatizada, este kit es útil por contener todos los loci

requeridos y seleccionados para la creación de una base de datos del FBI llamada

CODIS.

La mayoría de los países Latinoamericanos ha establecido su propia base de datos

genéticos, con el fin de validar sus parámetros analíticos y estadísticos. La

caracterización de las 260 muestras de la población Amerindia y mestiza que habita las

ciudades tanto urbanas como rurales de los tres departamentos andinos (La Paz, Oruro

y Potosí) localizada al occidente de Bolivia, según los datos demográficos recolectados

estas personas han nacido en las diferentes provincias altiplánicas de cada

departamento. Siendo este un requisito para que ingrese a este estudio.

42
A través del empleo del Kit Identifiler y la electroforesis capilar automatizada (3130 GA)

se ha caracterizado 15 marcadores genéticos autosómicos que son suficientes y

necesarios para poder describir los polimorfismos genéticos de una población. Estos

marcadores STR son empleados universalmente con fines de Filiación e Identificación

humana y forense.

La generación de una base de datos a partir de muestras mediante un reclutamiento

consecutivo permite aplicar estos datos a la población boliviana. Anteriormente para el

análisis de los datos genéticos se empleaba los programas Powerstats, Arlequin, GDA

y otros, actualmente es altamente recomendable aplicar nuevos programas de análisis

de datos genéticos. En este trabajo para realizar las evaluaciones estadísticas se ha

empleado el software FORSTAT, para los cálculos del equilibrio Hardy-Weinberg de la

población para cada loci fue verificado usando el programa GENEPOP (11) (19).

En las muestras analizadas de la población Aymara de las ciudades de La Paz, Oruro y

Potosí se han encontrado 135 alelos en los 15 marcadores genéticos analizados,

muestran un alto polimorfismo que es característico para la población boliviana.

Los LOCUS más polimórficos observados fueron D21S11, D19S433, D18S51 cada uno

con 13 alelos, esta es una característica genética relevante en la población Aymara de

Bolivia. Al igual que varios estudios en diferentes poblaciones de Latinoamérica y

poblaciones Aymara en Chile, Perú los datos y análisis estadísticos muestran que los

marcadores genéticos de la población boliviana se encuentran en equilibrio Hardy-

Weinberg para 8 marcadores (D8S1179, D21S11, CSF1PO, D3S1358, D13S317,

VWA, TPOX, D5S818) con un p valor mayor a 0.05. No se encuentran en equilibrio

43
Hardy-Weinberg 7 marcadores: (D7S820, TH01, D16S539, D2S1338, D19S433,

D18S51, FGA) (p <0.05), es posible que esto se deba a un déficit de heterocigotos.

Mediante una corrección de Bonferroni estos datos que no se encuentran en aparente

Equilibrio de Hardy-Weinberg, se consideran no significativo.

Los datos obtenidos del análisis con el programa FORSTAT nos muestran que el poder

de discriminación (PD) combinado para todos los loci fue 0.999942678128, el cual es

un valor esperado para una población, en tanto que la Probabilidad de Coincidencia

(MP) fue 5.10903e-16 nos refiere que la probabilidad de encontrar 2 individuos con el

mismo perfil en el planeta es estadísticamente imposible. Se observa un alta

Heterocigosidad (0.70701840) en la población Aymara de Bolivia.

Se observa en los marcadores genéticos: D18S51, D19S433, FGA un alto Contenido

de información polimórfica (PIC), son STRs que presentan mayor informatividad

genética en la población estudiada. La Heterocigosidad observada (Ho) de la población

guarda relación con el grado de polimorfismo del sistema estudiado. Poseen una alta

Heterocigosidad observada los STRs: D18S51, D21S11, D8S1179. Los STR con mayor

Probabilidad de exclusión (PE) fueron: D18S51 (PE= 0.664779044092632); D21S11

(PE= 0.613394090764201), Cuando se combina a todos los marcadores STRs la

probabilidad de exclusión es 0.999942678128, un valor altamente confiable para una

prueba de Exclusión. Los STR con mayor capacidad de discriminación (DC) fueron:

FGA (DC=0.9656213), D18S51 (DC=0.9580473), D21S11 (DC=0.9495562), D19S433

(DC=0.9493195).

44
Los datos de probabilidad de Exclusión de Paternidad de la población Aymara de

Bolivia comparados con cuatro poblaciones (African-American; U.S. Caucasian; U.S.

Hispanic; Native American) son concordantes.

X. CONCLUSIONES.

 Se colectaron 260 muestras de los diferentes departamentos de Bolivia en tarjetas

de papel filtro, FTA® (64.21%) e hisopados bucales (37.79%), el 62.73% de ellas

fueron obtenidas de personas del sexo masculino y el restante del sexo femenino.

 El análisis realizado para 15 STRs contenidos en el kit AmpFlSTR® Identifiler®

permitió realizar la caracterización genética para 260 muestras de la población

Aymara en los departamentos de La Paz, Oruro y Potosí del Estado Plurinacional

de Bolivia.

 Se ha generado una base de datos a partir de muestras mediante un reclutamiento

consecutivo permite aplicar estos datos a la población boliviana.

 Se ha empleado el software FORSTAT, para los cálculos del equilibrio Hardy-

Weinberg de la población para cada loci fue verificado usando el programa

GENEPOP.

 Se han encontrado 135 alelos en los 15 marcadores genéticos analizados, existe un

alto polimorfismo para la población boliviana.

 Los LOCUS más polimórficos observados fueron D21S11, D19S433, D18S51 cada

uno con 13 alelos.

 La población boliviana se encuentra en equilibrio Hardy-Weinberg para 8

marcadores (D8S1179, D21S11, CSF1PO, D3S1358, D13S317, VWA, TPOX,

45
 D5S818) (p >0.05). No se encuentran en equilibrio Hardy-Weinberg 7 marcadores:

(D7S820, TH01, D16S539, D2S1338, D19S433, D18S51, FGA) (p <0.05).

 El poder de discriminación (PD) combinado para todos los loci fue 0.999942678128,

en tanto que la Probabilidad de Coincidencia (MP) fue 5.10903e-16. Se observa un

alta Heterocigosidad (0.70701840) en la población Aymara de Bolivia.

 Se observa en los marcadores genéticos: D18S51, D19S433, FGA tienen un alto

Contenido de información polimórfica (PIC). Los STR con mayor Probabilidad de

exclusión (PE) fueron: D18S51 (PE= 0.664779044092632); D21S11 (PE=

0.613394090764201), Cuando se combina a todos los marcadores STRs la

probabilidad de exclusión es 0.999942678128. Los STR con mayor capacidad de

discriminación (DC) fueron: FGA (DC=0.9656213), D18S51 (DC=0.9580473),

D21S11 (DC=0.9495562), D19S433 (DC=0.9493195).

 Los programas GENEPOP y FORSTAT son herramientas on line que se

complementan son bastante prácticos que permitieron evaluar los valores

estadísticas de la genética forense.

 El uso de la base de datos elaborada se empleó de manera exitosa brindándonos

un importante aporte a la comunidad forense para la aplicación en casos de

Identificación y Filiación humana.

46
 XI. BIBLIOGRAFÍA

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[Link]

47
XII. ANEXOS.

1. Acta de colecta y consentimiento informado

48
2. Procesamiento de las muestras en la Unidad de Identificación Genética. Carrera de Bioquímica FCFB.
UMSA

49
3. Perfil genético de un paciente con 16 marcadores autosómicos (kit Identifiler) (Data Collection)

50
 4. Extracto de la Base de datos de la población estudiada (n=260)

Title line:"Perfiles Genéticos de la Población Boliviana (Aymara)"

D8S1179
D21S11
D7S820
CSF1PO
D3S1358
TH01
D13S317
D16S539
D2S1338
D19S433
VWA
TPOX
D18S51
D5S818
FGA
POP
Muestra00001 , 013014 029312 010011 011011 015015 006007 011012 010010 019019 014015 017017 008008 013015 011011 023025
Muestra00002 , 014015 030323 010010 012013 015016 007007 009012 009009 017019 015152 016017 008012 014015 007011 019026
Muestra00003 , 011013 030322 010010 011011 015015 007093 009009 010011 019019 013014 016017 008011 014021 011013 019020
Muestra00004 , 014015 028029 008011 010010 015016 006007 009011 012013 018023 132015 015017 008011 013015 007011 020022
Muestra00005 , 010013 028322 010011 012012 015015 007007 012014 010010 019020 013014 016018 008012 014015 011013 024026
Muestra00006 , 010014 322322 010012 011011 015016 006007 011014 011012 020025 013152 015017 011012 015018 007011 019022
Muestra00007 , 011011 032034 008010 012012 015016 007007 012013 008008 017019 122014 017017 008010 012014 007012 026026
Muestra00008 , 015015 030322 010011 010010 015016 006007 010013 009013 017022 132132 017017 008008 012016 007011 026026
Muestra00009 , 010012 029342 010011 010011 015015 007007 010014 010011 019019 014015 017017 008008 012019 007011 024026
Muestra00010 , 013016 029322 012012 011013 015016 006093 009010 009011 018020 014015 016016 008009 014018 011011 022025
Muestra00011 , 015015 030323 010011 010010 015016 006007 010013 009013 017022 132132 017017 008008 012016 007011 026026
Muestra00012 , 011014 030031 011011 010011 015016 007007 011014 009010 020022 132015 016017 008008 013013 011011 019019
Muestra00013 , 015016 029302 010012 011013 015016 006093 009012 009011 019020 142152 017017 008012 015016 007011 019025

51