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Proceso de Docking en Bioquímica

El documento describe el proceso de docking para estudiar la interacción de una proteína deshidrogenasa con su cofactor. Se detalla la selección del modelo de proteína, la carga del ligando y el análisis de los resultados obtenidos. A pesar de los esfuerzos, no se logró remover la mayoría de los ligandos para observar sus interacciones individuales con la enzima.

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Proceso de Docking en Bioquímica

El documento describe el proceso de docking para estudiar la interacción de una proteína deshidrogenasa con su cofactor. Se detalla la selección del modelo de proteína, la carga del ligando y el análisis de los resultados obtenidos. A pesar de los esfuerzos, no se logró remover la mayoría de los ligandos para observar sus interacciones individuales con la enzima.

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División de ingeniería bioquímica

Bioquímica del nitrógeno y regulación genética

“Docking”
El primer paso es seleccionar, enviar el acoplamiento, para de esta manera
poder cargar la proteína de interés.
Seleccionar el modelado que se realizo anteriormente con ayuda del
programa SWISS-MODEL, es importante que este se encuentre en formato
PDB.
Una vez seleccionado el archivo, este revisara la estructura de la proteína y
determinara si es viable para el proceso de docking, o no.
Una vez realizado dicho paso, es necesario indicar cual es el ligando de
nuestra proteína, ya sea un cofactor o el sustrato como tal.
Para mi caso, como se trata de una deshidrogenasa, utilicé en cofactor.
Arrojando los resultados que se muestran en la parte superior. Y de esta
manera seleccionar el que mejor se adapte a nuestras necesidades.
Una vez ingresado el ligando, el programa analiza las características del
cofactor.
Al igual que en algunos pasos anteriores, la aparición de un par de palomas
verdes, nos indica que es correcto.
Para que se realice el trabajo y debido a que es un proceso que requiere de
un buen periodo de tiempo, es necesario indicar algunos datos como:
nombre del trabajo y correo electrónico.
Finalmente iniciar el docking.
Finalmente esperar hasta que el proceso termine.
Resultados arrojados por el programa, mostrando la estructura de la proteína
en conjunto con su ligando, en este caso un cofactor por tratarse de una
proteína deshidrogena.
RasMol
Vista de clusters por separado de la proteína.
Vista de clusters y de la proteína en conjunto.
Conclusión

 Después de un largo tiempo de investigación, no me fue posible hacer la


remoción de la mayoría de los ligandos que se presentaron en el
programa. Y por esta razón no se pudo observar como es que estos
interactúan individualmente con cada sitio activo de la enzima.

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