3.
Tamaño de genoma virus (DNA o RNA) de las bacterias, levaduras, plantas
superiores y ser humano.
Bacterias:
Bacteria Escherichia coli: con un tamaño en su genoma de 4,6 Mb
Levaduras: El tamaño promedio de los genes de levadura es de 1.45 kb, o 483
codones.
Plantas superiores: Está comprendida entre 3 y 30 kilobases (kb)
Ser humano: 1 metro
Haciendo cuentas nos sale que el ADN del genoma humano mide aproximadamente
un metro, pero como salvo algunas excepciones las células humanas son diploides
(tienen dos copias del genoma), entonces resulta que en total el ADN de cada célula
mide 2 metros.
Análisis funcional de los promotores:
Los promotores son una secuencia de ADN, su funcionalidad radica en convertir un gen en
activado o desactivado. Además el proceso de transcripción se inicia en el promotor. Por
otro lado se encuentran cerca del comienzo de un gen, el promotor tiene un sitio de unión
para la enzima que se utiliza para hacer una molécula ARN mensajero (ARNm).
Geles de retardo:
¿Para que se utilizan?
Los ensayos de retardo de DNA se utilizan para estudiar las interacciones entre las
proteínas y regiones específicas de DNA y se basan en la alteración de la migración de este
debido a la unión de la proteína.
Fundamento de la técnica
El ensayo de retardo se basa en que la velocidad a la que corre un fragmento de DNA en un
gel de electroforesis, y este se alterará si este lleva unido una proteína. La lógica es simple,
si el tamaño de una proteína es X y el de un fragmento de DNA es Y, el tamaño de un
complejo (Z) de la proteína con el DNA será Z=(n)X+Y. (donde n es el número de
proteínas que forman el complejo con el DNA). Como es obvio cuando n es mayor de cero
(al menos una proteína se une al fragmento de DNA) el valor de Z será mayor al de Y y por
lo tanto el complejo migrará mas lentamente que el DNA libre.
Foootprinting con DNAasa I
La huella de ADNasa I fue desarrollada por Galas y Schmitz en 1978 Como un método
para estudiar la unión específica de secuencia de proteínas al ADN (1). En esta técnica, se
permite que un fragmento de ADN marcado en el extremo único adecuado interactúe con
una proteína de unión al ADN dada y luego el complejo se digiere parcialmente con
ADNasa 1. La proteína unida protege la región del ADN con la que interactúa del ataque de
la DNasa. El análisis posterior del peso molecular del ADN degradado mediante
electroforesis y autorradiografía identifica la región de protección como un espacio en el
fondo, por lo demás continuo, de los productos de digestión (para ejemplos, véase la Fig.
1). La técnica se puede utilizar para determinar el sitio de interacción de la mayoría de las
proteínas de unión a ADN específicas de secuencia, pero se ha aplicado más ampliamente
al estudio de los factores de transcripción. Dado que la molécula de ADNasa I es
relativamente grande en comparación con otros agentes de huellas (véanse los capítulos 3 y
7 de este volumen), su ataque al ADN se evita más fácilmente mediante un impedimento
estérico. Por lo tanto, la huella de ADNasa I es la más probable de todas las técnicas de
huella para detectar una interacción ADN-proteína específica. Esto está claramente
demostrado por nuestros estudios sobre el factor de transcripción xUBF (ver Fig. 1B). La
interacción de xUBF con el potenciador de ADN ribosómico de xenopus puede detectarse
fácilmente mediante la huella de ADNasa I, pero aún no se ha detectado mediante otras
técnicas de huella.