UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO
FACULTAD DE ESTUDIOS SUPERIORES CUAUTITLÁN
DEPARTAMENTO DE CIENCIAS BIOLÓGICAS
SECCIÓN BIOQUÍMICA Y FARMACOLOGÍA HUMANA
LICENCIATURA EN BIOQUÍMICA DIAGNÓSTICA
CLAVE DE LA CARRERA: 10569
BIOINFORMÁTICA 1001
CLAVE DE LA ASIGNATURA: 0041
Semestre 2021-I
TUTORIAL PROSITE
ELABORADO POR: Rosas Moreno America Denisse ASESORAS: M. en C. Maritere Domínguez Rojas
Mendoza Padilla Alexis Miguel BQD Larisa Andrea González Salcedo
Hernández García Emmanuel BQD Rosa María de los Ángeles López Cabrera
BQD Tania Jazmín Ruiz Sánchez
LINK DE ACCESO:[Link]
DESCRIPCIÓN
PROSITE es una base de datos de dominios y familias de proteínas.
Se basa en la observación que, si bien existe una gran cantidad de proteínas diferentes, la mayoría de
ellas se pueden agrupar, sobre la base de similitudes en sus secuencias, en un número limitado de
familias. Las proteínas o dominios de proteínas que pertenecen a una familia particular generalmente
comparten atributos funcionales y se derivan de un ancestro común. Al estudiar las familias de
secuencias de proteínas, resulta evidente que algunas regiones se han conservado mejor que otras
durante la evolución. Estas regiones son generalmente importantes para la función de una proteína y /
o para el mantenimiento de su estructura tridimensional. Al analizar las propiedades constantes y
variables de tales grupos de secuencias similares, es posible derivar una firma para una familia o
dominio de proteínas, que distingue a sus miembros de todas las demás proteínas no relacionadas.
PROSITE contiene actualmente patrones y perfiles específicos para más de mil familias o dominios de
proteínas. Cada una de estas firmas viene con documentación que proporciona información básica
sobre la estructura y función de estas proteínas.
BUSQUEDA DE PROTEÍNA Un poco sobre VDR….
Para este ejemplo se utiliza la secuencia FASTA del gen
VDR obtenida de [Link]
El gen VDR codifica el
receptor de la hormona
nuclear de la vitamina D3.
Este receptor también
funciona como receptor del
ácido litocólico de ácido
biliar secundario . El receptor
pertenece a la familia de
factores reguladores
transcripcionales que actúan
en trans y muestra similitud
Aunque también es posible utilizar el código de entrada de de secuencia con los
UniProtKB el cual se encuentra señalado en el recuadro rosa receptores de hormonas
en la siguiente imagen esteroides y tiroideas
BÚSQUEDA DESDE HOME O bien ingresar en el mismo
apartado el código de entrada
Paso 1.- Ingresar la secuencia en el obtenido de Uniprot y da click en
apartado “Quick Scan mode of Scan
ScanProsite” y dar click en Scan
RESULTADOS
A continuación se muestran los resultados obtenidos de la búsqueda para el gen VDR, esta herramienta
genera una vista gráfica, la cual nos muestra los resultados de ScanProsite junto con las funciones
intradominio predichas basadas en ProRule.
REPRESENTACIONES GRÁFICAS
NOTA:Las representaciones gráficas de los dominios que se muestran a continuación son sólo para fines
ilustrativos y que sus colores y formas no pretenden indicar homología o función [Link]
obtener más información sobre cómo se construyen estas representaciones gráficas, puedes ingresar a
[Link] .
Las mayúsculas
representan las
posiciones de
coincidencia, las
posiciones de
inserción de
minúsculas y el
símbolo '-'
representa las
eliminaciones
relativas al perfil
coincidente.
SELECCIÓN DE DOMINIO
Se dio click en el número de acceso del dominio NUCLEAR_REC_DBD_2
obteniendo la siguiente vista:
SECCIÓN TÉCNICA Al dar click en Technical section, se
despliega la siguiente vista:
PROSITE DOMAIN ARCHITECTURE VIEW
Esta vista muestra las coincidencias del
perfil PROSITE en todas las entradas de
Swiss -Prot con al menos una coincidencia
con la entrada PROSITE PS51030
[NUCLEAR_ REC_DBD_2], junto con las
características predichas basadas en reglas
dentro de las coincidencias. Las proteínas
se ordenan por arquitectura (alternancia de
tipo de dominio).
Si se expande la vista podemos ver el
esquema de diferentes proteínas, en
diferentes especies. Al dar click en “view
image” se aprecia el esquema de cada una,
en la parte de arriba hay una “regla” para
observar la posición en la que se
encuentra.
Mars Mercury Saturn Neptune Venus
RETRIEVE AN ALIGNMENT OF
UniProtKB/Swiss-Prot TRUE
POSITIVE HITS: Se incluye la vista inicial de los
tres formatos CLUSTAL: Color, vista condensada, color, texto plano
así como formato FASTA.
CLUSTAL a color, vista condensada
Este suele ser útil cuando la cantidad de alineamientos es
muy extensa, en este caso no lo era y por ello el aspecto es
igual al de el formato clustal a color.
En orden se indica el código de la proteína seguido de un
guión bajo para señalar la especie a la que pertenece y ,
separado por una diagonal, señala la posición en la que se
encuentra.
CLUSTAL a color.
Al igual que en el formato condensado En
orden se indica el código de la proteína
seguido de un guión bajo para señalar la
especie a la que pertenece y , separado por
una diagonal, señala la posición en la que se
encuentra. El color más oscuro señala el
aminoácidos más conservado.
CLUSTAL texto plano.
En orden se indica el código de la proteína
seguido de un guión bajo para señalar la
especie a la que pertenece y , separado por
una diagonal, señala la posición en la que se
encuentra. No se indica cual es el aminoácido
más conservado, solo proporciona el orden de
aminoácidos y su alineamiento
Formato FASTA.
El formato permite describir
nombres de secuencias y
comentarios de dichas
secuencias.
RETRIEVE THE SEQUENCE LOGO FROM THE
ALIGNMENT
Es una representación de alineamientos dónde se presentan los aminoácidos en
nomenclatura de una letra, las letras más grandes (aminoácidos), representan a los más
conservados, para este ejemplo los aminoácidos más conservados son:
C (4) V (6)
G (13) D (9)
H (15) F (27)
R (30) K (63)
M (69) N (54)
NOTA: En los sitios con más de un aminoácido representado, el que se encuentre en la
parte superior es el más conservado.
CONSENSUS PATTERN (SECUENCIA PATRON CONSENSO)
Esta secuencia permite caracterizar los motivos, indicando qué posiciones son más
importantes y cuáles pueden variar y qué variaciones pueden sufrir.
Interpretación de la simbología de la secuencia:
X: cualquier aminoácido
Números en paréntesis: el aminoácido se repite el
número de veces señalado
Llaves {}: Señala aminoácidos que NO pueden ir en esa
posición
Corchetes []: Señala la posibilidad de que cualquiera de
esos aminoácidos ocupe esa posición.
REFERENCIAS
SCAN ProSite
Paso 1.-Se introduce la secuencia FASTA o
entrada de UniProt o PDB
Paso 2.-Seleccionar opciones de exclusión
Paso 3.-Seleccionar el formato de los resultados
y la opción de recibirlos en tu trabajo
4.- Una vez completados los 3 pasos hacer click
en “START THE SCAN”
SCAN ProSite
La búsqueda Search es una opción dónde se El modo de búsqueda Browse en este que
puede realizar una búsqueda a partir de algún podemos encontrar reglas de PROSITE
número de entrada PROSITE. organizadas por su descripción, por su clase de
enzima, por entrada de UniProtKB, por términos
GO, por su alcance taxonómico y por entradas
PROSITE.
BUSQUEDA EN PRORULE
Para el siguiente ejemplo se ocupará el número de entrada PS51030 perteneciente a Dominio
de unión al ADN de los receptores de hormonas nucleares.
Al realizar esta búsqueda
podemos obtener la información
general como el nombre, número
de acceso, función, descripción,
las regiones específicas de la
entrada además de enlaces GO y
a otras bases de datos como
UniProtKB.
DOCUMENTS
Esta sección contiene:
De PROSITE:
Manual de usuario de PROSITE
Documento que describe la sintaxis de
los perfiles en PROSITE
Lista de abreviaturas
Manual de ScanProsite
Descripción de logotipos de secuencia
Además se tiene una sección nueva
con toda la información disponible en
PROSITE sobre el SARS-CoV-2
De ProRule:
Manual de usuario de ProRule
Formato UniRule
Además contiene el formato para citar
referencias
DOWNLOADS
Downloads : descargas
disponibles con sus
respectivos datos; Nombre
de documento, tamaño y
fecha de modificación.
En esta sección vamos a encontrar enlaces a otras bases de datos
LINKS externas que pueden proporcionarnos información, esta se divide en
dos:
Bases de datos de dominios y Búsquedas de patrones y perfiles
familias
FUNDING
Información sobre el
financiamiento de PROSITE:
PROSITE está financiado por:
El Departamento Federal Suizo de
Asuntos Económicos, Educación e
Investigación a través de la
Secretaría de Estado de
Educación, Investigación e
Innovación ( SERI ) .