ÍNDICES DE VEGETACIÓN CON EL SOFTWARE
SNAP 7.0
GENERACIÓN DE MÁSCARAS Y COBERTURAS
Casella, Alejandra1- Pezzola, Alejandro2 -Barrionuevo, Nestor1
Winschel, Cristina2
Contacto: [Link]@[Link]
1 Instituto de Clima y Agua. C.I.R.N. INTA Castelar.
2 EEA Hilario Ascasubi. CERBAS. Buenos Aires.
2020
ÍNDICE GENERAL
Contenido
ÍNDICE GENERAL...................................................................................................................................... 2
Índice de Figuras ..................................................................................................................................... 3
Introducción ............................................................................................................................................ 4
Instalación del programa SNAP 7.0 y el componente Sen2cor ............................................................... 5
Abrir imágenes Sen�nel 2 en SNAP......................................................................................................... 5
Generación del índice de vegetación ...................................................................................................... 7
Creación de paleta de colores: Colour Manipula�on ........................................................................... 10
Modo Slider ....................................................................................................................................... 10
Modo Basic ........................................................................................................................................ 11
Creación de una máscara a par�r de un Índice de Vegetación............................................................. 14
Creación de máscaras............................................................................................................................ 14
Operaciones con las máscaras .............................................................................................................. 19
Computar superficie de mascaras ......................................................................................................... 20
Bibliogra�a ............................................................................................................................................ 24
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Índice de Figuras
Figura 1: Open product en SNAP. ..................................................................................................... 5
Figura 2: Ruta para desplegar una imagen. ..................................................................................... 6
Figura 3: Ruta para el recorte............................................................................................................. 6
Figura 4: Parámetros para Subset..................................................................................................... 7
Figura 5: Ruta para calcular el índice. .............................................................................................. 8
Figura 6: Elección de bandas en SNAP. .......................................................................................... 9
Figura 7: Vista de la imagen del Índice. .......................................................................................... 10
Figura 8: Modo Slider. ....................................................................................................................... 11
Figura 9: Modo Basic. ........................................................................................................................ 12
Figura 10: Modo Table. ..................................................................................................................... 12
Figura 11: Modo Discrete off ........................................................................................................... 13
Figura 12: Modo Discrete on. ........................................................................................................... 13
Figura 13: Importar paleta de colores. ............................................................................................ 14
Figura 14: Ruta para abrir el editor de máscaras. ......................................................................... 15
Figura 15: Editor de máscaras. ........................................................................................................ 15
Figura 16: New logical Band Maths expression. ........................................................................... 16
Figura 17: Generación de las máscaras en Expression. ............................................................. 16
Figura 18: Mascaras completas. ...................................................................................................... 17
Figura 19: Selección de paleta de colores. .................................................................................... 17
Figura 20: Colocación del nombre de la clase............................................................................... 18
Figura 21: Exportar definición de mascara a archivo XML. ......................................................... 18
Figura 22: Unión de máscaras. ........................................................................................................ 19
Figura 23: Mascaras unidas. ............................................................................................................ 20
Figura 24: Opción Mask area. .......................................................................................................... 20
Figura 25: Ruta para clasificación no supervisada. ...................................................................... 21
Figura 26:Selección de parámetros para la clasificación. ............................................................ 22
Figura 27: Raster de la clasificación K-means .............................................................................. 23
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Introducción
Las imágenes de los satélites Sentinel, lanzados por el programa Copernicus de
la Agencia Espacial Europea (ESA por sus siglas en inglés), tienen la posibilidad
de ser procesadas con el programa SNAP (Sentinel Application Platform) que se
ha desarrollado especialmente para ellas, de descarga y uso gratuitos.
El programa SNAP cuenta con múltiples herramientas para el procesamiento de
imágenes raster, orientados a la aplicación de diversos procesos de la
teledetección para el estudio de la vegetación. El proyecto Copernicus ha
desarrollado el componente Sen2Cor que ofrece excelentes resultados en la
corrección atmosférica y geométrica de los datos de los satélites Sentinel 2A y 2B.
Este proceso es necesario cuando se desea calcular índices de vegetación, agua
o suelos, así como en estudios multitemporales o multiespaciales.
Para conocer el estado de los cultivos ha sido de suma importancia en las últimas
décadas el cálculo de variables biofísicas de la vegetación, como es el caso del
NDVI (Normalized Difference Vegetation Index), el más popular de todos. Con el
avance tecnológico de las plataformas y sensores hoy se dispone de índices más
específicos, como aquellos que estudian el contenido de clorofila y de nitrógeno;
cálculos de índice de área foliar (LAI por sus siglas en ingles), contenido de
clorofila (LCC); índices de agua o índices de suelos, entre otros.
En este tutorial vamos a ver como se elabora un índice de vegetación y la
generación de máscaras para la clasificación de una imagen satelital Sentinel 2A
y 2B.
Palabras claves: Copernicus, Sentinel 2, índices de vegetación, máscaras,
clasificación
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Instalación del programa SNAP 7.0 y el componente Sen2cor
Para instalar el programa SNAP 7.0 (versión mejorada del SNAP 6.0) y el componente
Sen2Cor, se sugiere consultar el tutorial: “ Pre-procesamiento de imágenes satelitales
del sensor Sentinel 2A y 2B con el software SNAP 6.0” publicado en:
[Link]
pdf
Abrir imágenes Sentinel 2 en SNAP
El programa SNAP posee una interfaz muy amigable para el usuario. Una navegación
rápida por su Menú, permitirá descubrir fácilmente la ubicación de las herramientas
que posee.
Para abrir la imagen tiff en SNAP, se realiza directamente con File—Open product:
(figura 1).
Figura 1: Open product en SNAP.
Se busca la imagen en el directorio, se abre la carpeta donde esta guardada la imagen
en formato TIF (.tiff) y se hace doble click sobre el archivo o apretar Enter
Una vez cargada se puede visualizar la imagen que uno desee. Puede ser una banda
solamente, en cuyo caso se hace click en el signo “+” de Bands y se elige la banda
a desplegar—Enter y esperar a que se despliegue (puede tardar más o menos tiempo
dependiendo del procesador y la memoria de la computadora) (figura 2).
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Figura 2: Ruta para desplegar una imagen.
Una vez abierta, se selecciona el sector con el que queremos trabajar para hacer un
Subset (recorte) de la zona. Esto es siempre recomendable si no es necesario
trabajar en toda la escena, dado que una imagen Sentinel 2 de 10 m es muy pesada
y los procesos insumen muchos recursos computacionales (figura 3).
Para hacer el Subset ir a raster—subset y aparece la ventana Specific product
subset.
Figura 3: Ruta para el recorte.
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En esta ventana se puede configurar todos los parámetros de recorte. Se puede hacer
por la superficie de interés, la cantidad de bandas que nos interesan o por lo
metadatos. En nuestro caso elegimos hacer el recorte por el área de interés.
En el panel principal, hacer zoom en la imagen con la rueda de desplazamiento del
mouse: hacia adelante disminuye y hacia atrás aumenta. Esto aparecerá en un
recuadro azul en la vista de Specify product subset.
Otra manera es haciendo click en una de las esquinas del recuadro azul y
manteniendo el botón apretado se hace zoom sobre el área de interés (figura 4).
Figura 4: Parámetros para Subset.
Una vez hecho esto, damos Enter o click en ok.
Generación del índice de vegetación
SNAP tiene incorporado una gran cantidad de algoritmos de variables biofísicas. Para
conocer las características de cada una, se puede acceder a la pestaña Help (Ayuda)
una vez seleccionada la misma.
En este caso aplicaremos el índice de vegetación ajustado al suelo SAVI
(Soil Adjusted Vegetation Index) (Huete, 1988). Está basado en la fórmula del NDVI y
trata de corregir el efecto del suelo en el valor del índice. Para ello este autor desarrolló
un coeficiente de corrección L, que varía según la densidad de cobertura del suelo.
Para el cálculo del SAVI, en general, se usa 0.5 como valor de L, que es el
recomendado para densidades intermedias de vegetación y sobre todo porque un
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valor de L = 0 produce el mismo resultado que el NDVI y si L vale 1, el resultado es
equivalente al PVI (figura 5).
Para mantener el mismo rango de variación que el NDVI ( -1 a 1), el resultado debe
multiplicarse por 1 + L, quedando la fórmula como sigue:
SAVI = [(IRC – R)/ (IRC + R + 0.5)] (1 + 0.5)
Para calcular el índice ir a:
Optical—Thematic Land Processing—Vegetation Radiometric Indices—SAVI
Figura 5: Ruta para calcular el índice.
Al hacer click aparece la ventana del índice seleccionado.
En I/O Parameters se eligen los parámetros de entrada y salida.
Fijarse que este tildado Save as: Beam-Dimap.
En Processing Parameters se colocan los datos de las bandas que se van a usar
para el índice elegido.
Los parámetros Unsampling Method: Nearest y Downsampling method: First
quedan registrados por defecto ya que todas las bandas en el proceso de corrección
atmosférica y resampleo han quedado con la misma resolución espacial.
El factor de las bandas por defecto es 1 que es el peso que se le asigna al pixel de la
banda. El factor de corrección del suelo L es 0.5 para densidades intermedias de
vegetación.
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Al seleccionar el índice se despliega la ventana para la configuración de guardado (I/O
Parameters) y los parámetros de procesamiento (Processin Parameters). En
Bandas, en nuestro caso se utilizan el Rojo (Red): Banda 4 e Infrarrojo Cercano (NIR):
Banda 8 (figura 6).
Figura 6: Elección de bandas en SNAP.
Una vez hecho esto hacer click en Run y luego Ok. Aparecerá la imagen del índice
SAVI en el panel Product explorer. Desplegar la imagen haciendo click en el signo
+, seleccionar SAVI.
Se visualizará la imagen del índice en el panel izquierdo (Figura 7).
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Figura 7: Vista de la imagen del Índice.
Creación de la paleta de colores: Colour Manipulation
Para abrir la ventana de manipulación de color, utilice el icono correspondiente en la
barra de herramientas principal o ir a
Menu Principal--View—Tool Windows--Colour Manipulation
En Color Manipulation se puede editar la imagen de diferentes maneras: a partir del
histograma; la escala del índice; generar una tabla de colores o hacer un estiramiento
para mejorar brillo, etc.
Los cambios que se realicen con las herramientas de edición se muestra
directamente.
Si se muestra Rough statistics, la información estadística se calcula en un nivel
submuestreado. Puede hacer click en él para calcular los datos estadísticos exactos
(esto demora un tiempo)
Las herramientas de edición son:
Modo Slider
Se puede editar a partir del histograma y realizar acciones para mejorar la
visualización.
Como indica la línea diagonal blanca sobre el histograma, la paleta de colores se
aplicará linealmente a las variables de la Vista actual. La etiqueta debajo del control
deslizante (Δ) muestra el valor asignado a la posición de ese control en el histograma.
Al mover un control deslizante con el mouse, puede cambiar fácilmente su valor.
Doble click en la etiqueta del control: aparece un campo de texto en el que se puede
introducir un valor de muestreo.
Al mover el control deslizante, los colores de la paleta cambiarán en consecuencia. El
color se puede cambiar haciendo Click en el control deslizante y aparece una
ventana emergente, donde seleccionar el nuevo color (figura 8).
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Figura 8: Modo Slider.
En el panel Less options (Mas Opciones) se puede aplicar un ajuste del histograma
para mejorar el contraste de la imagen final.
Si hace clic con el botón derecho en un control deslizante, aparecerá un menú
contextual. Las acciones disponibles son Add slider, Remove slider, Center slider
sample y Center slider color. Algunas acciones pueden estar deshabilitadas cuando
no se puede realizar la acción.
Modo Basic
En el modo Basic (básico) es posible seleccionar una rampa de colores entre un
conjunto de paletas de colores predefinidas. La rampa de colores seleccionada se
aplicará al rango de visualización actual. Se puede cambiar los límites del rango de
visualización editando los valores mínimos/máximos. También puede establecer los
límites definidos por el archivo de la paleta de colores seleccionada o establecer los
límites a los valores mínimos y máximos de los datos de la imagen (figura 9).
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Figura 9: Modo Basic.
Modo Table
Permite la búsqueda de colores discretos de una tabla de tamaño fijo. Se puede
cambiar el color haciendo click sobre el rango elegido y se despliega la ventana de
colores.
Color sin datos: En el panel Más opciones de todos los editores puede ajustar el
color sin datos. Este color se utilizará para los píxeles sin datos en la(s) banda(s) de
la fuente. Si selecciona Ninguno, la muestra sin datos será transparente en la imagen.
Figura 10: Modo Table.
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En ocasiones es necesario que una imagen esté clasificada por rangos de valores.
Cada rango de valores debe mostrarse con un color definido.
Para cambiar el uso de colores discretos hacer click en Discrete colours.
Cada posición del cursor define el inicio o el final de un rango de valores (figuras 11 y
12).
Figura 11: Modo Discrete off
Figura 12: Modo Discrete on.
Una vez realizada la paleta de colores personal, se puede guardar como archivo *.cpd
haciendo click en el icono de guardar (import color palette from text file) (figura
13).
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Figura 13: Importar paleta de colores.
Creación de una máscara a partir de un Índice de Vegetación
La máscara es un archivo raster que, al aplicarlo a una imagen o banda satelital,
elimina todos los pixeles que no deseamos analizar, asignándole un valor 0 (cero).
Existen varias formas de elaborar máscaras como: Conversión de un polígono a raster
binario; Definición de umbrales de diversos criterios, altitud o límite de vigor de la
vegetación, entre otros. También se pueden determinar valores espectrales o niveles
digitales específicos, donde un fenómeno cambia su condición, para luego usar este
valor como umbral en la elaboración de la máscara respectiva. Por ejemplo, esto
puede ser usado, para la separación entre cuerpos de agua y tierra. En casos como
este se aplica una máscara booleana que tiene separación binaria con valor 0 para lo
que no interesa y 1 para lo que queremos clasificar.
Otra manera de generar una mascaras es con el mouse, dibujando el límite de la zona
que queremos analizar, descartando el resto. En nuestro caso, vamos a crear las
máscaras de cada rango del índice con valores que van de -1 a 1, donde los valores
negativos representan presencia de agua, los cercanos a cero, ausencia de
vegetación o vegetación senescente y 1 es el máximo de vigor vegetativo. La escala
se puede realizar según el tipo de análisis, en nuestro caso, separaremos en rangos
entre un máximo de 0.751 y un mínimo de -0.25 como muestra el histograma.
Creación de máscaras
En la barra de tareas hacer click en el icono de Mask Manager o ir a: View—Tools
Windows—Mask Manager (figura 14).
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Figura 14: Ruta para abrir el editor de máscaras.
Se abre la ventana Mask Manager Editor. Hacer click en el icono f (x) (figura 15).
Figura 15: Editor de máscaras.
Se muestra la ventana New logical Band Maths Expression. Seleccionar show
bands y aparecerán en la ventana superior izquierda todas las bandas que se tengan
abiertas. En nuestro caso: SAVI.
Hacer click en el modelo de función @ and @, se mostrará en la ventana Expression
de la derecha (figura 16).
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Figura 16: New logical Band Maths expression.
Hacer click en la banda SAVI y solo se coloca en la posición donde tiene que ir en la
formula y se van escribiendo los rangos:
Savi <=0.8 and savi >=0.7; Savi <=0.7 and savi >=0.6; Savi <=0.6 and savi >=0.5
Y así sucesivamente hasta el límite mínimo (figura 17).
Figura 17: Generación de las máscaras en Expression.
Nota: La lógica de la fórmula es que se selecciona un rango que sería: SAVI “menor
o igual a” A y SAVI “mayor o igual a” B : algo así como “dibuja los pixeles que se
encuentran entre el valor A(máximo) y el valor B (mínimo)”. También puede escribirse
de menor a mayor en cuyo caso sería: SAVI “mayor o igual a” A y SAVI “menor o
igual a” B (figura 18).
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Figura 18: Mascaras completas.
Nota: Como se puede observar en la imagen, los valores que no concuerdan con los
valores de los pixeles, no se colorean
Para cambiar el color de la máscara, se hace click sobre el recuadro coloreado y
aparece la ventana que contiene las paletas de colores (figura 19).
Figura 19: Selección de paleta de colores.
Para cambiar el nombre de cada mascaras se hace doble click en “ new_mask_1, 2,
…, final y se escribe el dato que le queremos dar a la máscara según el análisis que
se esté realizando (figura 20).
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Figura 20: Colocación del nombre de la clase.
Una vez finalizado, se puede guardar, exportando a archivo *.xml una máscara en
particular o toda la tabla. Primero se seleccionan las máscaras que se quieren guardar,
luego hacer click en la flecha ascendente (export mask definition to XML file) (figura
21).
Figura 21: Exportar definición de mascara a archivo XML.
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Operaciones con las máscaras
Antes de aplicar una o varias mascaras si fuera necesario, se pueden hacer algunas
operaciones entre ellas como uniones, intersecciones, restas o complementos para
crear una nueva banda.
Aquí vamos a realizar una Unión de máscaras.
Para eso seleccionar las bandas que queremos unir, hacer click en el icono
“ create the union of the select masks” (figura 22).
Figura 22: Unión de máscaras.
Aparece una máscara nueva con las denominaciones de las máscaras que la integran.
Le ponemos un nombre y color (Figura 23).
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Figura 23: Mascaras unidas.
Computar superficie de mascaras
Para saber la superficie que ocupa una máscara, cada una o todas, vamos a Raster—
Masks—Mask area---click. Aparece la ventana Compute Mask area (figura 24).
Figura 24: Opción Mask area.
Allí se selecciona la máscara de interés y ok. Aparecerá una ventana con los datos
de la superficie que ocupa esa mascará.
Exportación de todas las mascaras
Para guardar todo el índice, se exporta a GeoTiff del mismo modo que una imagen.
Aplicación de máscaras en una clasificación no supervisada
Muchas veces necesitamos clasificar una parte de la imagen y no toda, como es el
caso de analizar suelos arados o descubiertos, vegetación o niveles de anegamientos.
En esos casos, se pueden utilizar las máscaras que se crearon con el índice para
clasificar solo la porción de interés.
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Como ejemplo vamos a hacer una clasificación no supervisada empleando el
algoritmo K-means cluster analysis sobre las máscaras de vegetación con distintos
niveles de vigor.
El análisis de conglomerados (o clustering) es la clasificación de objetos en diferentes
grupos, o más precisamente, la partición de un conjunto de datos en subconjuntos
(clusters o clases), de modo que los datos en cada subconjunto comparten algún
rasgo común. La agrupación de datos es una técnica común para el análisis
estadístico de datos, que se utiliza en muchos campos, incluyendo el aprendizaje
automático (maching learning), la minería de datos (data mining), el reconocimiento
de patrones, el análisis de imágenes y la bioinformática.
La tarea de clasificar el conjunto de datos en k clusters se denomina a menudo
“k-clustering”.
Ir a Raster---Classification---Unsupervised classification---K-means cluster
analysis---Ok (figura 25).
Figura 25: Ruta para clasificación no supervisada.
Se despliega la ventana del clasificador K-means donde en:
I/O Parameters: se elige la imagen de SAVI a clasificar, se selecciona el nombre con
que se va a guardar (por defecto SNAP le agrega al nombre del archivo original, el
nombre de la operación que se realiza, en este caso kmeans.
Aquí ya se puede seleccionar el formato GeoTiff para guardarla.
Se elige el directorio donde será guardada y si queremos visualizarla en SNAP se tilda
“Open in SNAP”.
Processsing Parameters: Se establecen los parámetros para la clasificación.
Number of clusters: En este campo se selecciona la cantidad de clusters en que se
quiere dividir. El valor por defecto es 14.
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Number of iterations: Se utiliza este campo para especificar el número máximo de
iteraciones a realizar. El valor predeterminado es 30 iteraciones. El análisis de
conglomerados se detiene cuando se excede el número máximo de iteraciones.
Random seed: El algoritmo KM comienza con una distribución pseudo-aleatoria de
los clusters iniciales. La semilla por defecto es 31415.
Source band names: Aquí se seleccionan las bandas de origen. Se presiona el botón
Control “Ctrl” para seleccionar o deseleccionar varias bandas.
En este caso: SAVI
ROI Mask: en este campo se restringe el análisis de clúster a una región de interés
(ROI). El cuadro combinado permite seleccionar la banda que proporciona el ROI
(figura 26).
Importante: El algoritmo clasifica la máscara que le ponemos en ROI Mask. No
confundir con el concepto de enmascarar
En este caso: Vegetación
Hacer click en Run (esperar unos minutos)
Figura 26:Selección de parámetros para la clasificación.
Cuando se termina el proceso, cerrar las ventanas. Se verá que aparece la
clasificación en el panel Product explorer (figura 27).
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Figura 27: Raster de la clasificación K-means
Una vez concluido todo el proceso, el raster podrá ser abierto por un software de SIG
(como el Qgis) donde será depurado y vectorizado para concluir la clasificación.
Nota: las operaciones de clasificación, generalmente son lentas, aunque la velocidad
de cálculo dependerá de las características del procesador y memoria de la
computadora.
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Bibliografía
Huete, A. R. 1988 “A soil -adjusted vegetation index (SAVI). Remote Sensing of
Environment”. Remote Sensing of Environment.
DOI: 10.1016/0034-4257(88)90106-X
Ruiz-Verdú A., Tenjo C., Pereira-Sandoval M., Urrego E.P. 2017. Curso: “Aplicacio nes
de Copernicus y utilización de datos de Satélites Sentinel para la Dirección General
del Agua”. Universidad de Valencia. España.
Sentinel-2. Recuperado de:
[Link]
[Link]
Castellanos, George; Moreno, Martin; Maldonado, Francisco. (2016). “Obtención de
imágenes índice de vegetación SAVI a partir de imágenes milirreflectancia TOA” .
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