Mg.

CARMEN MILAGROS RUIZ HUAMÁN

 Instrumentos de Gestión de la Diversidad
Biológica

El MINAM es el responsable de actualizar y

supervisar la implementación de la Estrategia
Nacional de Diversidad Biológica a través de la
Comisión Nacional de Diversidad Biológica –
CONADIB, mediante un proceso intersectorial y
participativo, para ello debe además, promover
esfuerzos e iniciativas conjuntas entre el sector
público y privado para la conservación de la
diversidad biológica y la utilización sostenible de
sus componentes.
Líneas de intervención

Dirección de Dirección de Recursos

Conservación Sostenible Genéticos y Bioseguridad
de Ecosistemas y
Especies
Dirección de Conservación Sostenible de
Ecosistemas y Especies
1. Elaborar e implementar instrumentos orientadores de carácter nacional relacionados con la
conservación, uso sostenible y los ecosistemas y especies, en el ámbito de sus competencias y en
coordinación con las entidades competentes.
2. Coordinar la implementación de la Estrategia Nacional de Diversidad Biológica, en coordinación con
las entidades competentes.
3. Coordinar y monitorear la gestión relacionada con CITES en el marco de la Autoridad Científica
CITES-Perú.
4. Implementar tratados, convenios, convenciones y otros instrumentos internacionales sobre
ecosistemas y especies, en el marco de sus competencias y en coordinación con las entidades
competentes.
5. Promover y evaluar la designación de Sitios RAMSAR, e implementar otras acciones relativas a la
Autoridad Administrativa RAMSAR-Perú.
6. Elaborar los informes de opinión técnica relativa al estado de conservación de especies CITES,
sobre la base de la información generada, en coordinación con las entidades competentes.
7. Las demás funciones que le sean asignadas por el/la directora/a de la Dirección General de
Diversidad Biológica, y aquellas que le sean dadas por normativa expresa, en el ámbito de su
competencia
Dirección de Conservación Sostenible de
Ecosistemas y Especies

Ecosistemas
• Convención relativa a los Humedales de Importancia Internacional
especialmente como Hábitat de Aves Acuáticas – Ramsar.

Especies CITES y Amenazadas

•Instrumentos de Gestión de la Diversidad Biológica
•El área de instrumentos de gestión de la diversidad biológica y sus tópicos como la elaboración e implementación de
la Estrategia y Plan de Acción Nacional de la Diversidad Biológica son transversales a todas las temáticas priorizadas en
la Dirección General de Diversidad Biológica (ecosistemas, especies y genes), incluye temas internacionales
adoptados en las decisiones del Convenio sobre la Diversidad Biológica (CDB)

Instrumentos de Gestión de la Diversidad Biológica

•El área de instrumentos de gestión de la diversidad biológica y sus tópicos como la elaboración e implementación de
la Estrategia y Plan de Acción Nacional de la Diversidad Biológica son transversales a todas las temáticas priorizadas en
la Dirección General de Diversidad Biológica (ecosistemas, especies y genes), incluye temas internacionales
adoptados en las decisiones del Convenio sobre la Diversidad Biológica (CDB)
AVANCES DE LA ECOLOGÍA MOLECULAR

El rápido avance de la genética de la conservación se

puso de manifiesto con la publicación en el año 2000 de
la revista Conservation Genetics
([Link] y la
reciente aparición de libros como Introduction to
conservation genetics (Frankham et al., 2002), así como
la sección Population and conservation genetics en la
revista Molecular Ecology.
([Link]
Qué es la Ecología Molecular

 La Ecología molecular Corresponde al uso de marcadores

moleculares para resolver problemas en el campo de la Ecología.
 Es una disciplina relativamente nueva, apareció en los años 80. la
Primera revista científica dedicada al tema apareció en el año
1992.
Qué tipo de preguntas realizamos?

 Identificación de poblaciones.
 Tamaño de una población.
 Interferencia demográfica
 Modo de reproducción
 Flujo génico y migración
 Biogeografía histórica.
Estudio de la Diversidad Genética
Marcadores Moleculares
 MARCADORES MOLECULARES
INTRODUCCIÓN De una generación a otra.
(6)
Sirven para
detectar
De un
segmento
de
La cromosoma
transferencia

Usos:
Evolución Ventajas:
Biomedicina Se enfocan directamente con la
Estudios de diversidad variación genética.
Ciencias forenses Los caracteres se pueden seleccionar
Ecología y definir de una manera relativamente
Localizar y aislar genes objetiva. (7)
de interés. (6)
(6) Tanksley, 1983
(7) Hillis y Wiens, 2000
Marcadores Moleculares
Caso del ADN citoplasmático
TIPOS
Marcadores Moleculares
 Marcadores Morfológicos
Fenotipos que resultan de mutaciones en elADN

Tomado de “The Cartoon Guide to Genetics”, Larry Gonick, Marck Wheelis

¿Qué son los
• El concepto de marcador surge con
marcadores los trabajos de Mendel:
genéticos?
Utilizó los colores de las flores (y otros caracteres
morfológicos) como marcadores que le permitieron
estudiar los patrones de la herencia

Tomado de: Griffiths et al., An Introduction to Genetic Analysis, 2000.

Gregor Mendel Jardín del monasterio donde Mendel realizaba

(Moravian Museum, Brno) sus experimentos con las arvejas
¿Qué son los
• Permiten establecer diferencias (polimorfismos) entre
marcadores dos individuos diferentes (genotipos) pertenecientes a la
genéticos? misma especie (o a especies emparentadas).
• Su herencia suele responder a las leyes de Mendel.
• Los primeros marcadores utilizados fueron los de tipo
morfológico (fenotípicos), por ejemplo, color de la flor.
• Permiten la confección de mapas genéticos o de
ligamiento.
• Son puntos de referencia ubicados en los cromosomas.
¿Puede un marcador genético ser fenotípico y genotípico?
Tipos de
marcadores
Fenotípicos: los polimorfismos de los genes se
genéticos detectan a través de sus productos

- Morfológicos: por ejemplo, color de flor

- Bioquímicos:básicamente perfiles electroforéticos
de isoenzimas y de proteínas de reserva

Genotípicos o moleculares: Los polimorfismos

de genes u otras secuencias no codificantes se
detectan a nivel del ADN

- Restricción + hibridación molecular (ejemplo, RFLP)

- Amplificación por PCR (ejemplo, RAPD y microsatélites)
- Restricción + PCR: (ejemplo, AFLP)
- (re)Secuenciación directa, indirecta o parcial (SNP/GBS)
TIPOS DE MARCADORES:
“Neutros” Random DNA Markers (marcadores al azar)
derivados de cualquier parte del genoma,
fenotípicamente neutros (teóricamente asumidos
como tales para los programas bioestadísticos)

“Funcionales” Functional Markers (marcadores

funcionales)
sitios polimórficos dentro de genes afectando
causalmente la variación del carácter fenotípico.
Surgen como marcadores moleculares de las
regiones transcriptas/expresadas del genoma
Pueden no ser genotípicos: por ej el período de
aparición de moléculas defensivas (biomarcadores)
¿Para qué queremos usar
MM?

Para:

• Identificación (genotipificación) de hospe-

dantes o de patógenos
• Mapeo de genes y QTLs de resistencia
• Selección asistida por marcadores
• Clonado posicional de genes basado en mapa
• Estudios de variabilidad/diversidad genética en distintas
especies (plantas y fitopatógenos), germoplasma, identificación
de genotipos indicadores, etc
Volvamos a esta figura
Comparación
entre
marcadores Marcadores Marcadores
morfológicos morfológicos moleculares
y moleculares
Influencia del ambiente Sin influencia ambiental y neutros

Bajo número Cantidad ilimitada

Baja cobertura del genoma Amplia cobertura del genoma

Bajo nivel de polimorfismo Alto nivel de polimorfismo

Menos informativos Más informativos

(dominantes o recesivos) (en general codominantes)

Caracteres de madurez Análisis en fases tempranas

Entrenamiento y subjetividad Sencillos, rápidos y objetivos

Sin embargo…. Hoy en día, a los morfológicos los empezamos a

llamar fenómicos
Mapa genético de tomate basado en marcadores morfológicos

Tomado de: Griffiths et al., An Introduction to Genetic Analysis, 2000.

Marcadores
bioquímicos:
isoenzimas
• Isoenzimas
Grupo de múltiples formas moleculares de una misma
enzima presente en una misma especie, como resultado
de la presencia de uno o más genes que codifican cada
una de estas formas.

Las que son relevantes como marcadores genéticos son

las aloenzimas (o alozimas) que son variantes alélicas
del mismo gen (o locus) y que presentan una migración
electroforética diferencial.
Ejemplo:
detección de
Malato deshidrogenasa (MDH)
isoenzimas
de maíz

F isomerasa

Gentileza de Instituto Nacional de Semillas, Argentina.

Identificación de variantes isoenzimáticas. Se observan genotipos

homocigotas y heterocigotas para diferentes alelos en una población de
maíz analizada para dos loci isoenzimáticos (MDH y F isomerasa), lo que
revela la existencia de polimorfismos dentro de la misma.
Marcadores
bioquímicos:
Proteínas de
reserva

Gentileza de Instituto Nacional de Semillas, Argentina.

Perfiles electroforéticos de proteínas de reserva

de distintas variedades argentinas de avena.
Marcadores
bioquímicos ¿Se siguen usando?

¡Sí! Para registro y protección de variedades

comerciales

Aunque tienen
algunos problemas
con el sindicato de
geles
Marcadores
genotípicos o
moleculares
basados en
la restricción
enzimática
del ADN Marcadores moleculares RFLP
Restriction Fragment Length Polymorphism
(polimorfismo de longitud de fragmentos
de restricción)
Origen del
polimorfismo
de los RFLPs

Adaptado de: Ferreira and Grattapaglia. Introdução ao uso de marcadores moleculares em análise genética, 1995.

Mutaciones puntuales:
Ocurren en sitios de restricción.

Mutaciones estructurales:
Ocurren mediante inserciones, deleciones y rearreglos.
Perfiles de
RFLPs de
Solanum
commersonii

Análisis utilizando RFLPs de los bulks resistente (R) y susceptble

(S) al virus PVX de Solanum commersonii empleando las enzimas
de restricción HinfI, DdeI, HindIII, DraI, EcoRI, XbaI y StyI (1 al 7).
Autoradiografía de los perfiles de RFLP obtenidos empleanado
la sonda s1+A/as1+T(584) marcada con radioactividad.
Desventajas
de los RFLPs
• Presentan bajo nivel de polimorfismo (en
comparación con otros marcadores
moleculares).

• Se requiere disponer de sondas específicas

para la especie en estudio.

• La utilización de radiactividad introduce altos

costos y problemas de bioseguridad.

• Requieren alta cantidad de DNA.

El procedimiento es laborioso y lento.

• ¡¡¡¡¡¡¡OBSOLETOS!!!!!!
Marcadores
moleculares
basados en la
amplificación
arbitraria
(o semi-
arbitraria) Marcadores moleculares RAPD
del ADN
Random Amplified Polymorphic DNAs
(polimorfismo de ADN amplificado al azar)
RAPDs
Amplificación de ADN anónimo
con iniciadores de secuencia arbitraria
Los RAPDs son marcadores genéticos dominantes

No permiten distinguir el heterocigota del homocigota dominante

Desventajas
• La herencia es dominante (menor información
de los RAPDs genotípica).

• Poseen problemas de
reproducibilidad.
• La interpretación de bandas presenta
dificultades.

• A medida que la distancia filogenética

aumenta, también aumenta la probabilidad de
que dos fragmentos de ADN diferentes
comigren y se cometan errores de cómputo
(no son confiables para comparación entre
especies distintas).

• Sólo se puede computar presencia compartida

de bandas y no la ausencia.
Marcadores moleculares basados en la amplificación arbitraria
(o semi- arbitraria) del ADN

Marcadores moleculares AFLP

Amplified Fragment Length Polymorphism
(polimorfismo de longitud de fragmentos
amplificados)
Procedimiento para la obtención
de AFLPs
AFLP fluorescentes

Detección de AFLPs usando durante la última etapa

de amplificación iniciadores fluorescentes,
resolviendo los fragmentos en un secuenciador
ABI3130XL
Desventajas
de los
AFLP • Herencia dominante.

• Bajo contenido de información

genética por locus.

• Procedimiento medianamente
laborioso.

• Costo medio.

• Tecnología patentada (no es de

libre utilización).
Microsatélites
Repeticiones en tándem de secuencias cortas de
DNA de 1 a 10 pb de longitud

Ejemplos:

(GA)14
...GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA...

(GAT)10
...GATGATGATGATGATGATGATGATGATGAT...

(CATC)8
...CATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATC..

Sinónimos: SSLP, SSRP, SSR o STMS

Microsatélites

5’...TGACAGTGGGTCACGACTTGAGCCAGTCGTAGCTTGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGACTCAGTGTGACGCTAGTCGGGTAGTAGCGA...3’
3’...ACTGTCACCCAGTGCTGAACTCGGTCAGCATCGAACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTGAGTCACACTGCGATCAGCCCATCATCGCT...5’

16 repeticiones

PCR con iniciadores específicos

iniciador
CTGCGATCAGCCCATCATCG 5’
5’...TGACAGTGGGTCACGACTTGAGCCAGTCGTAGCTTGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGACTCAGTGTGACGCTAGTCGGGTAGTAGCGA...3’
3’...ACTGTCACCCAGTGCTGAACTCGGTCAGCATCGAACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTGAGTCACACTGCGATCAGCCCATCATCGCT...5’
5’ GTGGGTCACGACTTGAGCCAG
iniciador
Producto de amplificación obtenido

5’ GTGGGTCACGACTTGAGCCAGTCGTAGCTTGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGA CTCAGTGTGACGCTAGTCGGGTAGTAGC
3’
3’ CACCCAGTGCTGAACTCGGTCAGCATCGAACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACT GAGTCACACTGCGATCAGCCCATCATCG
5’

105 pb

Electroforesis en gel de poliacrilamida

desnaturalizante
Origen del polimorfismo de los microsatélites
Microsatélites en diploides

(+)

1 2 3
Los microsatélites son marcadores codominantes
Ejemplo: variedades de soja (Glycine max)
analizadas mediante SSR

Gentileza Dra. S. Giancola.

Patrones obtenidos para 43 variedades de soja. Gel de poliacrilamida teñido con plata.
 Métodos de separación / detección
Agarosa/bromuro de etidio Poliacrilamida / nitrato de plata

Gentileza Lic. V. Nishinakamasu y Dra. N. Paniego

Fluorescencia

Gentileza Lic. P. Talia y Dra. N. Paniego

Radiactividad

Gentileza Lic. V. Nishinakamasu y Dra. N. Paniego

Tomado de : [Link]/ tgerc/[Link]
Marcación de marcadores moleculares con fluoróforos
 Homocigota alelo 1
Empleo de Pico 147-149 pb

secuenciador
automático

Homocigota alelo 2
Pico 153-155 pb

Heterocigota:
ambos alelos

Electroferogramas para 3 genotipos de sorgo

Gentileza Téc. L. Fernández
Ventajas
de los
microsatélites • Polimorfismo muy elevado (multialélicos)

• Enorme número de loci

• Herencia mendeliana codominante

• Interpretación sencilla de los resultados

• Reproducibilidad muy alta

• Resultados transferibles entre laboratorios

• Automatización
Desventajas
de los
microsatélites
• Se requiere conocer la secuencia nucleotídica
involucrada  alto costo para desarrollar los primers
(oligonucleótidos iniciadores)
- Inicialmente lentos
- Inicialmente costosos

• Unilocus (aunque pueden hacerse multiplex)

• Alta tasa de mutación que puede afectar la

reproducibilidad en estudios genealógicos.
 SNP +
(re)secuenciación
(ej. GBS)
 • Diversidad nucleotídica: 90% de la variación del
genoma en cualquier organismo
Caracterís- • En general son bialélicos, aunque por definición
ticas de los puede haber 4 variantes
SNPs • Ubicuos: pueden estar en cualquier región del
genoma
• Se encuentran cada 100 a 300 pb
• Estables
• Pueden ser funcionales si están en regiones
codificantes.
• Fáciles de procesar bioinformáticamente

SNPs Indels (Insertions/Deletions)

Ventajas y
desventajas
de los • Ventajas:
marcadores - Baja tasa de mutación (mayor estabilidad que los SSR)

SNP - Muy abundantes

- Fáciles de analizar por métodos bioinformáticos
- Desarrollo continuo de nuevas metodologías analíticas
para su detección
- Simplificación de los estudios comparativos cruzados.

• Desventajas:
- En la mayoría de los métodos, se requiere conocer la
secuencia nucleotídica involucrada

- Costosos de aislar y caracterizar (secuenciación)

- Bajo contenido de información para un único SNP