Hyperchem
1) Proteína
Recordar: Multiple selections activado/desactivado para lo que queramos hacer. Select…
permite seleccionar en base a lo que queramos, si es un átomo (recordar activar en select→
atoms/residues/molecules) o residuo, etc.
Sacar o eliminar algo: Multiple select → seleccionamos lo que queremos → select →
complement select (se selecciona lo que no queremos) → edit → clear.
Rendering (en display) sirve para ver estructuras secundarias o para ver otras formas.
Display → Show secundary structure.
Ponerla en una caja de agua: SETUP → Periodic Box. Luego se optimiza por MECÁNICA
MOLECULAR. Llego a un mínimo que no es el Global debido a que es un sistema con muchos
grados de libertad. Luego se eliminan las moléculas de agua (edit→clear posterior a complement
selections) y se desactiva Show Periodic Box en Display.
Comparar dos moléculas (vacío/agua): selecciono y cambio de color a la molécula.
Luego FILE → MERGE y selecciono la molécula guardada. Luego selecciono 3 átomos iguales
(que formen un ángulo). Tener en cuenta SELECT→ATOMS→MULTIPLE SELECTIONS antes de
seleccionar los átomos. Luego DISPLAY→OVERLAY.
Cambios en las configuraciones obtenidas
EDIT→SET.. cambiamos los valores. Se modifican durante el MODEL BUILD.
BUILD→CONSTRAINS… cambia los valores. No se modifican durante el MODEL BUILD.
SET UP→RESTRAINTS… fija valores para la optimización geométrica.
2) Minimización ciclohexano
Contruir la silla → MODEL BUILD → MOLECULAR MECHANIC → AMBER (o MM+) →
setear los parámetros → SELECT → SELECT PARAMETER SET (eso nos lo dan ellos,
generalmente amber2). Luego SINGLE POINT. Luego GEOMETRIC OPTIMIZATION.
Cambiar conformación: SILLA OPTIMIZADA → seleccionar dos enlaces → SELECT →
NAME SELECTION → PLANE → OK. Luego seleccionar desde la esquina con los dos botones
del mouse apretados hasta la mitad de la molécula. Luego EDIT → REFLECT. Esto nos da la
estructura bote. Para la otra estrctura seleccionar un ángulo de torsión (6-1-2-3) → BUILD →
CONSTRAIN BOND TORSION → OTHERS → 30 º → OK → DOBLE CLICK EN MODEL BUILD
3) Análisis conformacional
Optimizo por mecánica Molecular. Selecciono Ángulo Diedro → EDIT → SET BOND
TORSION y modifico.
4) PEM
Dibujo la molécula → EDIT → ALIGN MOLECULES → ALIGN SECONDARY → Y AXIS
(minor axis no seleccionado) → SET UP → SEMIEMPIRIC → CNDO → SINGLE POINT
- 2D : COMPUTE → PLOT MOLECULAR GRAPHS → ELECTROSTATIC POTENTIAL →
COUNTER GRID (para escoger puntos).
- 3D: Igual que en 2D. Ahora en PLOT → ISOSURFACE RENDERING → Cambiar ese valor y ver
qué sucede. Luego de nuevo PLOT → ISOSURFACE GRID (permite ver una superficie más lisa a
medida que cambiamos esos parámetros. Esto indica que hay más puntos isopotenciales
generados).
5) HOMO y LUMO
Dibujo la molécula → MODEL BUILD → MECÁNICA CUÁNTICA → AM1 → SINGLE POINT →
GEOMETRIC OPTIMIZATION → COMPUTE → ORBITALS → HOMO Y LUMO
QSAR
n = Número de muestras. 5 por cada descriptor usado.
S = Desvío estándar. Indica cuánto varían los datos entorno a la media. Menos es mejor.
r = Coeficiente de correlación. Medida de la correlación entre dos variables. Lo más
cercano a 1 o -1. r = 0 indica que no hay correlación entre las dos variables.
R2 = fracción de variabilidad explicada por la regresión. Indica qué porcentaje de la
variación de una variable es debido a la variación de la otra variable. Se expresa en porcentajes.
Ej: r = 0.7, entonces r2 = 0.49. Esto quiere decir que el 49 % de la variabilidad de la variable Y es
debido a la variabilidad de la variable X. Tiene en cuenta dispersión y regresión. Lo más cercano
a 1 posible.
Parámetro F = indica la probabilidad de una relación verdadera o el nivel de significancia
del modelo. Se obtiene por la relación entre la VARIANZA EXPLICADA y la VARIANZA NO
EXPLICADA. A mayor F, mejor porque hay menor variabilidad del sistema.
ESTADÍSTICO T (t-value): cociente entre el parámetro en cuestión y el error en su estimación y
sirve para evaluar si el parámetro es o no igual a cero. Cuanto más chico es el valor de Prob>t
más certeza o confianza hay en lo que se está diciendo. Ej: si Prob>t = 0.006 esto indica que
con una confianza de 99,994 % se puede decir que el parámetro obtenido es cero. En otras
palabras, solo 6 de cada 1000 casos se espera que el parámetro sea cero y en 994 de cada 1000
casos se espera que sea distinto de cero.
R2: se calcula como el cociente entre la suma de cuadrados del modelo y la suma de cuadrados
totales. (Vmodelo/Vtotal).
F-stadistic: relación entre los cuadrados medios del modelo (o regresión) y los cuadrados medios
del error (o residuales). Habla de la significación de la regresión en relación al “ruido” en los
datos. Cuando más significativa es la regresión, mayor es F y menor el Prob>t asociado.