La oficialmente nombrada "Universidad de San Marcos", conocida entonces también como
"Universidad de Lima", inicia sus labores en la época virreinal con las facultades
de Teología y de Artes,79 posteriormente se crearían los cánones de Leyes y Medicina, no
obstante en lo académico se adoptaron las normas que regían en España, es decir inicia
sus funciones con la enseñanza de Filosofía como base para cualquier otro estudio
superior. En el año 1577 se establece la "cátedra quechua" para el estudio de la familia de
lenguas andinas más extendida entre los nativos durante el Imperio incaico y el Virreinato
del Perú —cátedra que sigue vigente hasta la actualidad. El 27 de noviembre de 1579 los
profesores solicitaron al rey Felipe II la institución de fuero que regía en la Universidad de
Salamanca, figura jurídica medieval —antecedente de la actual autonomía universitaria—
que facultaba al rector para que, con exclusión de los tribunales ordinarios, tuviera
jurisdicción civil y criminal sobre los miembros del claustro. En 1581, y luego de la
presencia absoluta de rectores laicos entre 1571 y 1581, el virrey Francisco Álvarez de
Toledo autorizó que clérigos y laicos puedan ser elegidos; así ambos sectores gobernaron
de manera alternada la Universidad de San Marcos, durante el periodo colonial,
hasta 1820.80
Mural de bienvenida de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, en él se menciona la fecha de su fundación oficial
por cédula real: 12 de mayo de 1551.
El apoyo a la secularización de la Universidad de San Marcos dado por el virrey Francisco
Álvarez de Toledo y a la institución del fuero que ejercía su rector, y que también ejerció el
rector del Real Convictorio de San Carlos, fundado el 7 de julio de 1770, fueron los
factores decisivos que condujeron a la comunidad universitaria, estudiantes y profesores,
hacia la realización del ideal boloñés que concebía a la universidad como espacio de
libertad. De este modo, empezó a nacer el clima intelectual que posibilitó el
cuestionamiento y las críticas al sistema colonial.25 Entre 1792 y 1811, el anfiteatro
anatómico y las cátedras de medicina comenzaron a desarrollarse en el histórico local
del Hospital Real de San Andrés. En esa época, tanto la Universidad de San Marcos como
el "Colegio de Derecho y Letras de San Carlos" y el "Colegio de Medicina de San
Fernando" —incorporados a ella posteriormente— comenzaron a ser vigilados
cuidadosamente por el Virrey, por el hecho de albergar a profesores y alumnos
sospechosos de avizorar y gestionar el fin del régimen colonial y el surgimiento de lo que
es hoy la República Peruana.81 Presumiblemente fueron los privilegios de los que gozaban
tanto la universidad y el convictorio, lo que permitió el ingreso del pensamiento de la
ilustración en sus claustros, así surgen en su seno los planteamientos doctrinarios teóricos
e ideológicos de la emancipación. En 1813, durante la administración del virrey José
Fernando de Abascal, fue establecida la Facultad de Medicina "San Fernando" en
homenaje al rey Fernando VII de España, en la plaza de Santa Ana —hoy plaza Italia— en
el local que ocupó el Ministerio de Gobierno, la facultad se formó tomando como base el
Colegio de Medicina del mismo nombre que estuvo ubicado en la plaza del Estanque. 82 A
lo largo de su historia, la universidad tuvo bajo tutela un total 4 colegios mayores:
el Colegio Real y Mayor de San Martín y el Colegio Real y Mayor de San Felipe y San
Marcos, el Real Colegio de San Carlos —enfocado en derecho y letras, derivado de la
fusión de los dos anteriores— y el Real Colegio de San Fernando —enfocado en medicina
y cirugía—.