Progreso, trampas y universos paralelos: una historia de la

filogenia de insectos
Abstracto
La filogenia de los insectos se ha estudiado ampliamente y se ha debatido enérgicamente durante más de un siglo. En 1904 se
había producido una filogenia profunda relativamente precisa. No se mejoró sustancialmente en topología hasta hace poco,
cuando la filogenómica resolvió muchas controversias de larga data. Los avances intermedios se produjeron en cambio a través
de la mejora metodológica. Los primeros estudios filogenéticos moleculares (1985-2005), dominados por unos pocos genes,
proporcionaron conjuntos de datos que eran demasiado pequeños para resolver problemas filogenéticos
controvertidos. Además de la falta de consenso, este período se caracterizó por una polarización de filosofías, con individuos
pertenecientes a campos de parsimonia o de máxima probabilidad; cada uno ignorando en gran medida las ideas del otro. El
resultado fue un desvío desafortunado en el que las pocas revoluciones filogenéticas percibidas publicadas por ambos lados de
la división filosófica probablemente eran erróneas. El tamaño de los conjuntos de datos ha crecido exponencialmente desde
mediados de la década de 1980, acompañado de una ola de confianza en que pronto se conocerán todas las relaciones. Sin
embargo, los grandes conjuntos de datos crean nuevos desafíos y una gran cantidad de genes no garantiza resultados
confiables. Si la historia es una guía, la calidad de las conclusiones vendrá determinada por una mejor comprensión de la
evolución tanto molecular como morfológica, y no simplemente por el número de genes analizados. 

1. Introducción

Nos gusta pensar en la investigación científica como aislada de los prejuicios y la personalidad humanos. Al igual que otros
campos de la ciencia, la filogenética sigue tendencias a medida que las ideas son rechazadas o aceptadas, influenciadas por
nueva información. Sin embargo, el consenso colectivo proviene no solo de una serie de avances y descubrimientos
tecnológicos, sino también de las interacciones humanas. Las nuevas ideas a menudo se rechazan durante años, incluso si están
respaldadas por pruebas sólidas. Estos son tiempos emocionantes para los biólogos evolutivos, ya que las nuevas tecnologías
nos dan la esperanza de que la resolución del árbol de la vida está a la vista. Sin embargo, los tiempos han sido emocionantes
durante décadas y este sentimiento optimista ha surgido con cada nueva tecnología. Hace solo 25 años que los árboles
filogenéticos ( recuadro 1) generados con unos pocos cientos de nucleótidos se consideraron revolucionarios, así como la
aplicación de principios cladísticos ( recuadro 1 ) con una metodología definida fue revolucionaria una década antes. Con los
grandes conjuntos de datos que tenemos hoy, algunas preguntas que antes eran intratables ahora parecen resueltas. Los autores
de este trabajo han sido testigos de muchos de estos cambios, y presentamos nuestras ideas sobre esta historia, reconociendo
que otros pueden recordar las cosas de manera diferente. Enfocamos esta revisión en las relaciones entre los órdenes de
insectos, faltando muchos trabajos excelentes sobre filogenia de artrópodos y estudios intra-ordinales. Intentamos mantener un
orden cronológico aproximado, considerando tres períodos principales: filogenética morfológica, cuando la morfología era la
única fuente de datos (aproximadamente antes de 1990); el Sanger ( caja 2) período de secuenciación, en el que unos pocos
genes dominaron la mayoría de los estudios (aproximadamente 1990-2005); y el estado actual del arte con conjuntos de datos
tan grandes que las formas tradicionales de analizarlos ya no son factibles. Sin duda, surgirán nuevos desafíos en la era de los
macrodatos, pero al menos podemos mirar hacia atrás a las tendencias anteriores en retrospectiva para aprender de la historia.

Recuadro 1. Términos filogenéticos: cladística.

Árboles filogenéticos . Representaciones gráficas de relaciones evolutivas. Sinónimos: árboles evolutivos, filogenias,

genealogías.

Grupo monofilético . Grupo de organismos ( taxón ) que se define por un ancestro común más reciente y todos sus
descendientes. También conocido como clado.

Cladística . Un enfoque en la sistemática que basa toda la clasificación en "clados" (es decir, grupos monofiléticos). La
cladística fue desarrollada por Hennig e insiste en que todos los grupos nombrados (taxones) sean monofiléticos, como lo
demuestran los caracteres derivados compartidos ('sinapomorfias'). Después de la muerte de Hennig, un grupo de cladistas
comenzó a usar el término para referirse a un conjunto de procedimientos analíticos numéricos que tienen como objetivo
reconstruir una filogenia basada en matrices de estado de carácter y parsimonia . "Cladística" puede significar dos cosas
claramente muy diferentes: la de Hennig, que se centra en la monofilia y la sinapomorfia, o los cladistas ", basados en métodos
de parsimonia.

Parsimonia . Un principio científico amplio que prefiere explicaciones simples sobre complejas. En un contexto filogenético,
la parsimonia se refiere a preferir un árbol con la menor cantidad posible de transformaciones de estado de carácter. Por lo
tanto, siempre que sea posible, se supone que las transformaciones se comparten entre los taxones y, por lo tanto, se colocan en
los entrenudos como sinapomorfias, más que como homoplasias.

Grupo de hermanas . El taxón más estrechamente relacionado con un grupo de interés.

Ingroup . Un taxón bajo investigación. Para esta revisión, el grupo interno es Hexapoda.

Outgroup . Un taxón fuera del grupo en estudio. Para esta revisión, los grupos externos podrían ser cualquier no hexápodo,
pero los mejores serían otros artrópodos.

Polarización de caracteres . Determinación de la dirección evolutiva de un personaje, que determina si un estado de carácter es

ancestral (plesiomórfico) o recién derivado (apomórfico).

Recuadro 2. Términos filogenéticos: analíticos.

Sinapomorfia . Un carácter (rasgo) derivado compartido que puede usarse como argumento para que un grupo sea monofilético
( recuadro 1 ).

Homoplasia . El estado del personaje evoluciona más de una vez en un árbol o vuelve a su estado original (evolución
redundante). La parsimonia ( recuadro 1 ) intenta minimizar la homoplastia. La homoplastia crea ruido filogenético (señales
engañosas).

Análisis de distancias . Métodos que reducen todas las diferencias de caracteres entre pares de taxones a un solo valor, su
distancia por pares. Luego, los árboles se construyen agrupando los taxones más similares. Los cladistas critican los métodos a
distancia por ser fenéticos.

Fenética . Los organismos se agrupan o clasifican en función de la similitud general en su fenotipo o apariencia, en lugar de
únicamente en los estados de carácter derivados.

Análisis de verosimilitud . Un método estadístico de selección entre posibles árboles basado en la probabilidad de los datos
bajo un modelo de evolución.

Atracción de rama larga . Un fenómeno que induce a error a la reconstrucción filogenética. En las ramas largas, el ruido
filogenético compartido (homoplasia) se acumula y anula la verdadera señal filogenética en las ramas internas cortas de un
árbol filogenético.

Bootstraps . Un submuestreo de datos filogenéticos que crea una serie de conjuntos de datos pseudorreplicados. Estas pseudo-
réplicas se analizan luego individualmente y sus resultados se resumen en un árbol de consenso para estimar la señal en
conflicto y proporcionar una evaluación del soporte para clados individuales. (Jack-knifing es similar, pero los nuevos
conjuntos de datos pseudo-replicados se generan mediante eliminaciones aleatorias de columnas de caracteres).

Soporte de sucursales . Medidas cuantitativas para evaluar la confianza de determinados clados en una filogenia. Los ejemplos
incluyen bootstraps, jack-knifing, probabilidades posteriores y soporte de Bremer. La congruencia entre conjuntos de datos
independientes también podría considerarse como apoyo de rama, pero rara vez se expresa cuantitativamente.

Raíz . Un taxón hipotético asignado como el ancestro común más reciente de todos los taxones en una filogenia. Se usa una
raíz para evaluar la polaridad de una filogenia. Los grupos externos ( recuadro 1 ) se pueden utilizar para ayudar a estimar la
posición de la raíz.

Node . El punto en el que un linaje ancestral se divide en dos linajes en una filogenia.

Internodo . Las líneas en un diagrama de ramificación entre nodos (ramas internas de un árbol). En una filogenia, un entrenudo
representa un linaje ancestral. Las sinapomorfias ocurren en los entrenudos. Cuanto más tiempo exista un entrenudo, mayor
será la posibilidad de que se acumulen sinapomorfias (moleculares o morfológicas). Los entrenudos cortos son generalmente
fuente de controversia, porque tienen una menor probabilidad de acumular sustituciones informativas.

Sustitución . Un cambio observado en un personaje. Para los datos moleculares, las sustituciones están relacionadas con
mutaciones, pero debido a que las mutaciones letales rara vez se observan, las sustituciones son mutaciones que han
sobrevivido al filtro de selección.

Secuenciación de Sanger . El método dominante de secuenciación del ADN durante la década de 1980 hasta 2005.

Sitios de restricción . Motivos únicos cortos dispersos por todo el genoma que pueden cortarse mediante ciertas enzimas de
restricción, produciendo fragmentos que pueden visualizarse en un gel que proporciona fragmentos de la información de la
secuencia de ADN.

Los numerosos nombres de órdenes y otros taxones de nivel superior para un grupo tan diverso como los insectos representan
un desafío significativo para el lector no entomólogo. Los nombres comunes como 'ángel insecto' o 'gladiadores' son a menudo
tan oscuros como los científicos en latín o griego. Para esta revisión, dirigimos al lector a las figuras para los nombres comunes
de las órdenes y al apéndice A para una traducción de los nombres superorderinales. Nos centramos especialmente en cuatro
polémicos taxones de ramificación profunda: Entognatha, Palaeoptera, Polyneoptera y Holometabola. La controversia surge de
la persistente evidencia contradictoria que sugiere grupos contradictorios. Los hexápodos entognathous con piezas bucales
internalizadas incluyen en su mayoría especies diminutas, sin alas, que habitan en la basura y que aparecen muy temprano en el
registro fósil. Los insectos paleópteros comprenden efímeras, libélulas y caballitos del diablo, caracterizado por alas que no se
pueden plegar. Polineópteros es el nombre que se le da a un grupo diverso de insectos, como saltamontes y parientes cercanos,
bastones, cucarachas, mantis, tijeretas, moscas de piedra y algunos otros grupos, generalmente, pero no siempre, caracterizados
por alas delanteras coriáceas. Los órdenes holometábolos exhiben una metamorfosis completa en la que la larva experimenta
una reorganización sorprendente del cuerpo durante la etapa de pupa antes de cambiar a la forma adulta alada. Una convención
confusa para el no entomólogo es el uso inconsistente de los nombres Hexapoda e Insecta. Hexapoda (insectos en el sentido
más amplio) comprende todos los artrópodos de seis patas, incluidos los tres órdenes entognathous, mientras que Insecta
excluye los órdenes entognathous (apéndice A). Los términos filogenéticos con los que muchos lectores pueden no estar
familiarizados se definen en recuadros numerados,

2. Conceptos pre-hennigianos en taxonomía y filogenia de insectos

Las raíces de la sistemática de insectos se remontan a los siglos XVI, XVII y XVIII. Los pioneros importantes de la
entomología fueron el naturalista italiano Ulisse Aldrovandi (1522–1605), el médico y microscopista holandés Jan
Swammerdam (1637–1680) y el naturalista alemán August Johann Rösel von Rosenhof (1705–1759) [ 1 , 2 ]. A mediados del
siglo XVIII, el botánico sueco Carolus Linnaeus (1707-1778) describió más de 10 000 especies en su Systema Naturae [ 3],
incluidos más de 2000 insectos. Sus nombres ordinales se refieren a las características de las alas, por ejemplo, Heteroptera
(ala anterior heterogénea), Hymenoptera (alas membranosas) y Coleoptera (ala anterior en forma de vaina). Aunque sus puntos
de vista evolucionaron, Linneo fue un esencialista en sus primeros trabajos, abrazando la creencia común, en ese momento, de
que el Creador les dio a los organismos una "esencia", que podría modificarse ligeramente pero nunca cambiar de manera
fundamental. El sistema de Linneo sigue siendo útil hasta el día de hoy porque se basó en personajes que, desconocidos para
él, son heredables y están organizados jerárquicamente a través de la evolución. El entomólogo danés Johann Christian
Fabricius (1745–1808) describió 9776 especies de insectos. A diferencia de su mentor Linneo, enfatizó la importancia de las
piezas bucales y la utilidad potencial de los genitales [ 4]. Otro entomólogo destacado de la época fue Pierre André Latreille
(1762-1833). En su obra principal [ 5 ] describió las familias de insectos por primera vez y utilizó un amplio espectro de
caracteres [ 2 ]. Junto con los criterios explícitos de homología, este fue un paso importante hacia un concepto evolutivo de
clasificación.

La teoría evolutiva desarrollada por Charles Darwin y Alfred Russell Wallace [ 6 , 7 ] sentó una nueva base para la
clasificación de organismos, pero tuvo un impacto inmediato limitado en la sistemática de insectos [ 1 ]. Ernst Haeckel (1834-
1919), un enérgico promotor de las ideas de Darwin en Alemania, se ocupó de los insectos entre muchos otros grupos. Su
clasificación incluía cinco 'legiones' basadas en cómo se alimentan los insectos [ 8 ]; hoy vemos que solo reflejaba
parcialmente las relaciones filogenéticas. Sin embargo, Haeckel presentó el primer árbol filogenético explícito de insectos [ 8 ,
p. 710]. En 1904 [ 9], Carl Börner (1880-1953) publicó un notable estudio que abarcaba la totalidad de la Hexapoda. Börner
era un especialista en la filoxera de la uva ( Daktulosphaira vitifoliae ), un insecto parecido a un pulgón casi microscópico que
es una plaga importante de las uvas. También fue recolector de colémbolos (colémbolos), pequeños hexápodos que son
comunes en la hojarasca. Como joven asistente científico, discutió las estructuras cefálicas con gran detalle. Se centró en la
hipofaringe, un elemento central de las piezas bucales de los insectos y uno de los sistemas de caracteres más difíciles de
explorar. Aunque su enfoque carecía de una metodología repetible, su árbol filogenético ( figura 1 ) se acerca a los conceptos
desarrollados décadas más tarde. Naturalmente, dado que nuestro cladístico actual ( recuadro 1) El concepto de reservar
nombres para grupos monofiléticos ( recuadro 1 ) [ 10 , 11 ] no se desarrolló hasta las décadas de 1950 y 1960, la clasificación
de Börner es en parte incompatible con el patrón de ramificación que se muestra en el árbol. Por ejemplo, colocó a los
fenotípicamente similares Archaeognatha y Zygentoma en el orden Thysanura. ( Figura 1 ; consulte el apéndice A aquí y en
todo el texto para obtener una definición de los nombres de taxón).

Un entomólogo norteamericano altamente productivo de principios del siglo XX fue GC Crampton [ 12 , 13 ], cuyo árbol
filogenético de 1938 [ 14 ] fue otra hipótesis que se acercó notablemente a los conceptos modernos (ver fig. 1 en Engel &
Kristensen [ 2 ]). Imms [ 15 ], Snodgrass [ 16 ], Weber [ 17 , 18 ] y también Handlirsch, que fue citado con frecuencia en el
trabajo posterior de Hennig [ 11 ] (véase [ 19 ]), publicaron trabajos importantes . Handlirsch intentó una clasificación que
reflejara la filogenia, pero creía que un sistema puramente filogenético no era posible [ 11]. Incluso en estudios publicados
póstumamente en 1937 [ 20 ] y 1939 [ 21 ] Handlirsch consideró a los extintos Palaeodictyoptera alados como antepasados no
sólo de Pterygota sino de todos los demás insectos, incluidos los órdenes sin alas (apterygote) [ 11 ].
Figura 1. Filogenia modificada de Börner 1904. Los taxones se nombran por convención moderna.

3. El avance de Hennig

Willi Hennig (1913-1976) revolucionó la sistemática y la clasificación [ 22] en el siglo pasado con su trabajo teórico,
ofreciendo una metodología clara y repetible. Los trabajos publicados antes de Hennig a menudo se denominan
"intuitivos". Esto quizás sea injustamente peyorativo si se considera que sus percepciones filogenéticas notablemente precisas a
menudo se basaban en la experiencia adquirida mediante una observación meticulosa, en lugar de corazonadas intuitivas. Sin
embargo, antes de que los métodos de Hennig fueran ampliamente adoptados, los sistemáticos postulaban relaciones basadas
en caracteres compartidos que consideraban particularmente importantes. En este sentido, las filogenias podrían considerarse
como sabiduría impartida, más que como ciencia. El método de Hennig implicó distinguir características ancestrales
(plesiomórficas) y derivadas (apomórficas). También desarrolló un concepto más preciso de monofilia ( recuadro 1), en virtud
del cual ningún descendiente del ancestro común más reciente podría excluirse de un grupo con nombre (clado). Hennig
reconstruyó las filogenias con un enfoque iterativo y escalonado. Utilizando supuestos estados de carácter derivados
compartidos (sinapomorfías), estableció sucesivamente relaciones de grupo hermano ( recuadro 1 ). Para distinguir los estados
de carácter ancestral de los derivados se requería la definición de un taxón fuera del grupo de interés para la comparación (un
grupo externo ( recuadro 1 )). El método de grupos externos se introdujo como un procedimiento formal a principios de la
década de 1980 [ 23 , 24 ] a pesar de que Hennig ya lo había utilizado implícitamente [ 22 ]. Filogenia de Hennig [ 11],
publicado en 1969, es ampliamente considerado como el punto de partida de la filogenética moderna de insectos ( figura 2 ). A
pesar de su metodología precisa, sus hipótesis eran bastante similares a árboles anteriores. Cambiaron con el tiempo, como
puede verse al comparar el concepto filogenético presentado en la filogenia de Hennig de 1969 ( figura 2 ) [ 11 ] con su trabajo
anterior [ 10 ].
Figura 2. Filogenia de Hennig de 1969 [ 11 ], combinada y modificada de las figuras originales. Los números indican fósiles
que Hennig enumeró en sus figuras: 1. Rhyniella; 2. Eopterum (ya no se considera un insecto) ; 3. Rhyniognatha ; 4.
Monura; 5. Triassomachilis ; 6. Triplosoba pulchella ; 7. Permoplecoptera; 8. presuntos subgrupos de
Ephemeroptera; 9. Erasipteron; 10. Protodonata (Meganisoptera) ; 11. Protanisoptera ; 12. Protozygoptera ; 13. grupo de tallo
de Anisozygoptera + Anisoptera ; 14. Sheimia sojanensis;15. Protoelytroptera ; 16. Mesoforficula y
otros ; 17. Puknoblattina; 18. Paleozoico 'Problattoidea' y Blattodea ; 19. Oedischia; 20. Glosselytodea ; 21.
Sthenaropodidae ; 22. Oedishiidae, Elcanidae ; 23. Tettavus; 24. Triassolocusta ; 25. Tcholmanvissia; 26.
'Paraplecoptera' sensu Sharov (ahora Eoblattida Handlirsch 1906) ; 27. Protoperlaria (ahora Prothorthoptera
Handlirsch 1906) ; [Link] y otros Plecoptera definitivos ; 29. Permopsocodea ; 30. Procicadellopsis; 31.
Archipsyllidae ; 32. Permothrips longipennis; 33. Permaphidopsis; 34. Mesococcus asiaticus; 35. Archescytinidae ; 36.
Cicadopsyllidae ; 37. Permaleurodes rotundatus; 38. Auchenorrhycha ; 
39. Paraknightia; 40. Boreocixius; 41. Permosialis; 42. Palaeohemerobiidae y
Permithonidae, sensu Carpenter ; 43. Tshekardocoleusy otras ramas ; 44. Archezyela; 45. Mecoptera de Australia ; 46, 47.
Paratrichoptera ; 48. Microptysma y 49. Microptysmodes.

'Phylogenetische Systematik' de Hennig [ 22 ], no era un concepto completamente nuevo cuando se publicó en 1950. El
botánico Zimmermann desarrolló ideas similares en la década de 1930, y Sturtevant utilizó un enfoque muy similar en sus
estudios taxonómicos de moscas de la fruta (Drosophilidae; [ 25]). Además, es evidente que ideas similares a las de Hennig se
utilizaron implícitamente antes de que se formalizaran sus métodos. Es imposible considerar la filogenia de Börner sin
reconocer un enfoque que fue más allá de la intuición. Aparte de la primacía de las sinapomorfías, un punto importante del
concepto de Hennig era que la clasificación debería estar estrictamente vinculada a la filogenia. El requisito de que los taxones
con nombre sean monofiléticos se originó con Hennig, pero el valor único de las sinapomorfias fue reconocido vagamente por
los sistemáticos anteriormente. Herbert Ross (1908-1978) [ 26 ], por ejemplo, estaba polarizando ( recuadro 1 ) los caracteres
relativos a un antepasado hipotético en 1937, e indicó estados derivados con marcas en los entrenudos ( recuadro 2 ) de su
filogenia de insectos en 1955 [ 27]. La filogenia en su libro de texto de 1965 [ 28 ] está casi tan cerca de los conceptos actuales
como lo ha estado nunca la morfología. Sin embargo, como defiende en general Ernst Mayr [ 29 ] (véase también la respuesta
de Nelson [ 30]), Ross dio nombres a grupos parafiléticos (grupos que no incluyen a todos los descendientes del ancestro más
profundo). Si su concepto de 'dinosaurio' no incluye a las aves, entonces también acepta taxones parafiléticos. Los sistemáticos
de hoy consideran, por ejemplo, que las aves son un subgrupo de Sauropsida, un clado que también contiene dinosaurios y
reptiles existentes como tortugas, lagartos y cocodrilos. Mayr y sus seguidores entendieron que las aves se habían derivado de
un ensamblaje parafilético de reptiles, pero aún así encontraron que 'reptilia' es un término útil que representa un nivel
evolutivo diferente, al igual que a veces usamos 'apterygotes' como un nombre para los hexápodos ancestrales sin alas. aunque
entendemos que no son un grupo monofilético. Generalmente, cuando los sistemáticos ponen un nombre entre comillas, es
para indicar que entienden que es un grupo parafilético,

El entomólogo argentino Alvaro Wille [ 31 ] publicó un estudio notable en 1960. Aunque distinguió los rasgos "primitivos" de
los "especializados" o "inusuales", también caracterizó a los grupos por una mezcla de plesiomorfias y apomorfias. Sin
embargo, los principales clados de su árbol se caracterizaron por innovaciones evolutivas ( figura 3 ). Otro trabajo importante
de la época fue la revisión de Hinton de 1958 [ 32 ]. Hinton hizo algunas declaraciones audaces que parecen insostenibles hoy
en día, como 'la naturaleza polifilética de los antiguos grupos Myriapoda y Hexapoda', pero su evaluación de los caracteres
morfológicos, tomada en gran parte de la cabeza, incluido un examen detallado de los músculos larvales, ayudó a dilucidar la
evolución. de Holometabola.
Figura 3. Modificado de Wille 1960 [ 31 ]. Los taxones se nombran por convención moderna.

Gerhard Mickoleit, quien se graduó con el morfólogo de insectos Hermann Weber en la Universidad de Tübingen y asistió a
seminarios impartidos por Hennig a principios de la década de 1970, investigó varios grupos de insectos, con un enfoque en las
estructuras genitales, especialmente el ovipositor. Esto incluyó trips [ 33 ], Neuropterida (crisopas y parientes cercanos),
escarabajos [ 34 ] y pulgas, moscas y moscas escorpión [ 35 - 38 ]. En 1973 [ 34 ], proporcionó por primera vez pruebas
específicas de una estrecha relación entre los neuropteroides y los escarabajos.

4. Aislamiento geográfico y "universos paralelos"

La importancia de las contribuciones de los entomólogos y paleontólogos de insectos rusos se refleja en las numerosas citas de
Hennig [ 11 ]. Los científicos rusos introdujeron nombres formales para taxones importantes de rango superior como
Palaeoptera, Neoptera y Polyneoptera [ 39 , 40 ]. Además, los paleontólogos rusos, en particular AV Martynov, BB
Rohdendorf, VV Zherikin y AG Ponomarenko [ 41 , 42 ] (revisados en 2002 [ 43 ] y 2009 [ 1 ]) hicieron inmensas
contribuciones al conocimiento de los insectos fósiles que proporcionaron una ventana crítica para observando morfología
pasada.

Durante todo el siglo XX, la mayoría de los entomólogos rusos mantuvieron un enfoque conservador, con descripciones
tradicionales basadas en la morfología, sin evaluaciones formales de carácter filogenético cladístico. La colaboración
internacional se vio obstaculizada en parte por barreras lingüísticas, pero también por el aislamiento de la Unión Soviética y el
lysenkoísmo pseudocientífico, una visión antigenética que fue políticamente favorecida [ 44 ]. El intercambio y la cooperación
limitados aún se reflejan en la nomenclatura sorprendentemente diferente para los taxones de alto rango, como Scarabaeona
para Pterygota, Scarabaeiformes para Holometabola y Scarabaeoidea para Coleoptera [ 4 , 43 ].

Un entomólogo ruso prominente y altamente eficiente del siglo XIX fue Víctor I. Motschulsky, quien publicó numerosos
trabajos sobre aspectos biogeográficos, faunísticos o sistemáticos de la entomología, la mayoría de ellos sobre escarabajos
[ 45 ]. Georgij G. Jacobson tuvo un impacto crucial en el desarrollo de la sistemática rusa a principios del siglo XX. Es más
conocido como el autor del magistral "Escarabajos de Rusia, Europa Occidental y países vecinos" de 1905 [ 46], que incluye
un impresionante catálogo con claves para la identificación de todos los géneros euroasiáticos conocidos. Más recientemente,
el paleoentomólogo Alexandr P. Rasnitsyn describió aproximadamente 250 nuevos géneros y más de 800 nuevas especies de
insectos fósiles. Sugirió una relación de grupo hermano entre himenópteros (moscas sierra, abejas, avispas y hormigas) y el
resto de Holometabola [ 43 ] antes de que esto se estableciera con análisis formales de extensos conjuntos de datos
morfológicos o moleculares [ 47 - 50 ] (ver reanálisis de Ronquist y otros [ 51 ]). Rasnitsyn [ 43 ] sugirió que el vuelo de los
insectos se originaba en el deslizamiento [ 52 ]. Phylistics, su enfoque alternativo a la cladística, como lo discutió Brothers
[ 53] acepta explícitamente grupos parafiléticos (p. ej. † Caloneurida [ 43 ])

Antes de Internet, la geografía y el idioma también desempeñaban un papel en el aislamiento de las comunidades filogenéticas
de Europa, América y Asia oriental. Por ejemplo, René Jeannel presentó un tratamiento profundo de la morfología de los
insectos en 1949 [ 54 ], pero rara vez se ha utilizado fuera de la comunidad francesa. La obra de Hennig era desconocida para
la mayoría de los estadounidenses hasta que se tradujo al inglés en 1966 [ 55 ]. Aunque los sistemáticos estaban al tanto del
trabajo en otros países, los Encuentros sobre Filogenia de Insectos en Dresde jugaron un papel importante en el fomento de la
colaboración entre trabajadores de diferentes partes del mundo, aunque no han visto una participación significativa de Rusia o
América Latina. Estas reuniones fueron organizadas por primera vez en 2003 por Klaus-Dieter Klass y Niels Peder Kristensen
[56 ]. La mayoría de los miembros de la iniciativa "Evolución del transcriptoma de 1000 insectos" ( [Link] ) se
conocieron por primera vez en estas reuniones. El equipo de 1KITE creó nuestra mejor estimación actual de la filogenia
ordinal de insectos ( figura 5 ) con el conjunto de datos más grande reunido hasta la fecha. Europa era un lugar de encuentro
ideal, porque el tipo particular de fervor cladístico en Estados Unidos que se caracterizaba por los insultos personales y los
insultos personales era menos pronunciado allí. Los europeos absorbieron nuevas ideas rápidamente y se dedicaron a
desarrollar nuevos centros de filogenia de insectos basados en técnicas emergentes en morfología y el refinamiento de la
filogenética molecular basada en modelos (revisado en [ 57 ]).

5. Enfoques post-Hennigianos

Niels P. Kristensen (1943-2014) del Museo Zoologisk de Copenhague defendió en alto nivel la tradición clásica de la
morfología y filogenia de los insectos. Publicó tratamientos morfológicos sobresalientes de taxones clave de lepidópteros
[ 58 - 61 ], revisiones profundas de la filogenia de insectos [ 62 - 64 ] y volúmenes históricos sobre sistemática y morfología de
los lepidópteros en la serie Handbook of Zoology [ 65 - 68]. Aunque nunca realizó análisis asistidos por computadora, sus
contribuciones críticas ayudaron a refinar las interpretaciones de los personajes y señalaron problemas filogenéticos
problemáticos. Un rasgo característico del enfoque de Kristensen fue un escepticismo profundamente arraigado, reflejado en
partes en gran parte o completamente sin resolver de sus árboles filogenéticos. Su despliegue de relaciones polineópteros [ 63 ]
se conoció como "el peine de Kristensen", y si la politomía es preferible al error, la filogenia de Kristensen no fue superada
hasta que se pusieron en práctica los recursos genómicos. Sin embargo, Kristensen se mantuvo escéptico incluso después de la
publicación de grandes trabajos transcriptómicos ( recuadro 4 ) [ 49 , 50 ] (NP Kristensen 2015, comunicación personal a
RGB).

La controversia era común en la filogenética de insectos basada en la morfología, y los resultados se vieron fuertemente
afectados por la selección de caracteres, antes de que surgieran conjuntos de datos muy grandes y bien documentados en el
siglo XXI. El libro de Boudreaux de 1979 [ 69 ] sobre filogenia de artrópodos, aunque criticado por algunos
[ 43 , 63 , 70 , 71 ], fue citado con frecuencia por otros [ 72 - 77 ]. Aunque Boudreaux adoptó los métodos de la sistemática
filogenética, según Kristensen [ 78 ] sus interpretaciones a menudo diferían de las de Hennig [ 10 , 11 ]. Como en el caso de
los controvertidos Zoraptera [ 79], las conclusiones filogenéticas se basaban a menudo en caracteres ancestrales, mal definidos
u homplásicos. Jarmila Kukalová-Peck publicó un resumen de la paleontología de los insectos [ 80 ], numerosos estudios
específicos sobre insectos existentes y extintos [ 81 - 83 ] y análisis exhaustivos de los caracteres de la base del ala y la
nervadura del ala [ 84 , 85 ]. Abogó por el origen de las alas a partir de apéndices en forma de branquias [ 86 , 87 ] y propuso
un clado Cercophora (Diplura + Insecta) por primera vez [ 87 ]. Su enfoque de plano básico desafió los procedimientos
cladísticos estándar [ 88 ] y fue criticado por algunos autores [ 89].]. Sus hipótesis filogenéticas, generalmente basadas en
caracteres de alas, arrojaron algunos resultados inconsistentes con conceptos anteriores [ 11 ] y más recientes [ 50 ].

Como en intentos anteriores de clasificar insectos (como Haeckel 1896), los estudios basados completamente en la nervadura
de las alas [ 84 ] muestran la debilidad de los sistemas de caracteres limitados, especialmente cuando fuertes restricciones
funcionales impulsan la evolución convergente. Sin embargo, los estudios en profundidad de partes específicas del cuerpo,
órganos o etapas de desarrollo pueden proporcionar información importante. Algunos ejemplos son el sistema circulatorio
investigado por Günther Pass [ 90 , 91 ], los genitales femeninos de los grupos polineópteros estudiados por Klaus Klass
[ 92 , 93 ] y la embriología, con importantes contribuciones de Ryuichiro Machida y otros [ 94 , 95].]. A lo largo de la primera
década de este siglo, fue más común en las presentaciones ver estos caracteres mapeados en filogenias moleculares que tener
filogenias explícitas basadas en matrices de datos construidas a partir de estos sistemas. Esto es comprensible, dado el
reconocimiento de que los subconjuntos de caracteres eran solo una parte de la imagen completa, la falta general de
coordinación en el muestreo de taxones y el enorme esfuerzo involucrado en la construcción de una matriz de datos combinada
unificada.

Los estudios clásicos de Hennigian se basaron en información anatómica detallada obtenida para unos pocos taxones
seleccionados con discusiones de carácter informal sin matrices de datos [ 35 - 37 , 62 , 63 , 96 - 98 ]. Estos estudios trataron a
todos los taxones dentro de grupos más grandes como un único antepasado hipotético, reduciendo los caracteres a estados
reconstruidos del plano básico. El análisis moderno por computadora es más adecuado para ingresar caracteres de especies
representativas individuales en matrices de datos. Aun así, estudios anteriores basados en computadora extrajeron datos de la
literatura [ 62 ] y codificaron órdenes enteras con estados idénticos del plano básico [ 72 , 74 , 77]. Esto era casi inevitable,
porque los estudios anatómicos exhaustivos que utilizaban cortes de microtomos de una sola especie [ 99 ] podían llevar
años. A principios de la década de 2000, las nuevas tecnologías, como la micro tomografía computarizada (µCT) y las
reconstrucciones tridimensionales por ordenador, aceleraron enormemente la adquisición de datos anatómicos de alta calidad
[ 19 ]. Los esfuerzos coordinados de equipos de investigación internacionales, utilizando métodos tanto nuevos como
tradicionales [ 100 , 101 ], han producido matrices de cientos de personajes de diferentes partes del cuerpo y etapas de la
vida. Por ejemplo, un estudio de Holometabola [ 48 ] contenía 365 caracteres bien documentados que corroboraban las
filogenias moleculares actuales.

6. Morfología y cladística de insectos

A finales de los años setenta y ochenta, la cladística "evolucionó" como una versión transformada de la sistemática filogenética
hennigiana [ 102 , 103 ], posiblemente vinculada con el desarrollo de computadoras y programas de software adecuados. El
método Hennigiano de buscar taxones hermanos requería gran cuidado al polarizar cada carácter. La polaridad en este contexto
se refiere a la asignación de estados de carácter como ancestrales o derivados. Sin embargo, la polaridad de los caracteres se
determina automáticamente en función de los grupos externos ( recuadro 1 ; es decir, enraizamiento ( recuadro 2 )) con
análisis informático [ 104]. El primer programa de computadora capaz de estimar filogenias fue PHYLIP de Felsenstein en
1980. Mickevitch y Farris estaban desarrollando su programa 'PHYSIS' casi al mismo tiempo y lo lanzaron en 1982. Tuvo un
uso limitado, quizás debido al precio de $ 5000. El programa actualizado Hennig86 de Farris estuvo disponible en 1989
[ 105 ], y el PAUP de Swofford [ 106 ] se publicó de forma gratuita el mismo año. Junto con nuevos datos moleculares,
Whiting et al . [ 77 ] presentó un análisis basado en matrices morfológicas de la mayoría de los principales grupos de insectos
en 1997, que fue ampliado para incluir todos los órdenes de hexápodos por Wheeler et al . en 2001 [ 74 ]. Ese mismo año,
Beutel & Gorb [ 72] presentó un análisis morfológico basado en matrices de toda la Hexapoda. Estas filogenias morfológicas
eran en gran medida consistentes con hipótesis anteriores [ 10 , 11 , 28 , 31 , 62 , 63 , 64 , 78 ]. La filogenia ordinal de insectos
de Wheeler [ 74 ] enfatizaba los datos moleculares, pero, sin los datos morfológicos, sus resultados estaban en gran parte sin
resolver e inverosímiles [ 107 ].

7. Los albores de la sistemática molecular a principios de la década de 1990: el trabajo molecular en la época
de Sanger

Varios estudios realizados a finales de la década de 1980 exploraron la filogenia animal, incluidos los insectos, utilizando la
secuenciación directa del ARN del gen de ARN ribosómico de subunidad pequeña nuclear (ARNr 18S) [ 108 , 109 ]. El trabajo
de Turbeville et al . De 1991 [ 110 ] utilizó parsimonia ( recuadro 1 ), distancia ( recuadro 2 ) y otros métodos [ 109]. Su
análisis de distancia agrupó a los anélidos con los moluscos en contraposición a la suposición anterior de que los anélidos
deberían agruparse con los artrópodos según la segmentación. También recuperaron Pancrustacea, grupo que une a los
crustáceos tradicionales con los hexápodos. En ese momento, la hipótesis de Tracheata (Myriapoda + Hexapoda) estaba muy
arraigada, y sugirieron que la posición de los crustáceos puede haber sido el resultado de un sesgo introducido por la atracción
de ramas largas y el número limitado de caracteres. Trabajos anteriores [ 108 ] también recuperaron pancrustáceos y sugirieron
que los anélidos estaban distantes de los artrópodos. Estos trabajos nos recuerdan que debemos tener cuidado con lo que
descartamos como 'incorrecto', porque ahora entendemos que Pancrustacea tiene un fuerte apoyo. Turbeville y col . [110 ] eran
conscientes de los artefactos de la longitud de las ramas y la ambigüedad de la alineación ( recuadro 3 ), y tomaron decisiones
cuidadosas, aunque arbitrarias, sobre la exclusión de datos. A diferencia de algunos que los siguieron, consideraron que los
árboles subóptimos valían la pena discutirlos. Sin embargo, dado que pocos quedaron impresionados con la confirmación de la
monofilia de artrópodos, y aún menos creían que los crustáceos deberían agruparse con Hexapoda, este estudio, por muy
perspicaz que fue, no se convirtió en un modelo para análisis futuros.

Recuadro 3. Términos filogenéticos de la época de Sanger.

Sesgo de composición de nucleótidos . Cuando las frecuencias de nucleótidos se desvían significativamente del 25% de cada
base de ADN (A, C, T y G). Este fenómeno es particularmente problemático cuando el sesgo difiere entre taxones.

Variación de la tasa entre sitios ( ASRV ). Cuando diferentes sitios a lo largo de una secuencia varían en sus tasas de
sustitución. Por ejemplo, cuando las tasas de sustitución son más altas para las posiciones del tercer codón que para las
posiciones del segundo codón, es importante capturar esta diferencia en las tasas en los análisis basados en modelos y
argumenta en contra de la parsimonia ponderada igualmente. ASRV también es extremadamente problemático cuando varía
entre linajes en un árbol.

Alineación de múltiples secuencias . El proceso de alinear datos de ADN o aminoácidos en columnas de supuestas posiciones
homólogas.

Árbol de consenso . Un gráfico que resume un conjunto de árboles mostrando solo clados que se comparten entre múltiples
soluciones igualmente favorecidas o incluso múltiples análisis. Un árbol de consenso estricto muestra solo las relaciones que se
encuentran en todos los árboles, mientras que un consenso de regla de la mayoría representa la resolución más común.

Análisis de sensibilidad . Un medio de explorar la solidez de una conclusión alterando los detalles analíticos que influyen en
ella. Por ejemplo, si uno estuviera interesado en explorar cómo los parámetros de alineación (como la penalización por insertar
un espacio en una alineación) influyeron en una filogenia, se podrían cambiar los valores de entrada para crear nuevas
filogenias a partir de las nuevas alineaciones y explorar cómo difieren los árboles resultantes.

Parámetros de entrada . Muchos análisis complejos, como la alineación de las secuencias de ADN o las reconstrucciones de
filogenia, requieren la especificación a priori de una serie de parámetros. Los parámetros de entrada comunes incluyen valores
para costos o proporciones, o parámetros de un modelo evolutivo específico. Los parámetros de entrada a menudo se derivan
de datos empíricos y pueden alterar drásticamente los resultados filogenéticos.

Una revisión de 1984 de la sistemática molecular de insectos realizada por Berlocher [ 111 ] se centró en estudios de
electroforesis en gel de aloenzimas, con discusiones sobre los métodos utilizados en ese momento. Antes de la invención de la
reacción en cadena de la polimerasa (PCR) en 1985, la secuenciación directa del ARNr era posible, pero rara, y en la revisión
solo se mencionó un estudio de la estructura molecular del ARNr, que presenta 3 secuencias de insectos 5.8S [ 112 ]. Un
artículo de 1988 de Simon [ 113 ] incluía una tabla de 30 proyectos de filogenética molecular en curso en ese momento, pero
todos ellos aún no se habían publicado. Por tanto, el primer estudio molecular del que tenemos conocimiento que abordó
específicamente la filogenia de los insectos se publicó en 1989, cuando Wheeler [ 114] discutieron análisis separados de
secuencias de insectos 18S y sitios de restricción ( recuadro 2 ). El análisis del sitio de restricción (su figura 6) incluyó más
taxones que el árbol de secuencia de ADN y apoyó a Metapterygota (caballito del diablo + Neoptera) y Neuropteroidea
(escarabajo + crisopa). A partir de este trabajo, parecía que el gen ARNr 18S era una fuente prometedora de caracteres,
especialmente dado que los sitios de restricción por sí solos podrían dar como resultado un árbol razonable. En 1992,
Carmean et al . [ 115 ] utilizaron ARNr 18S para explorar relaciones entre órdenes de insectos holometábolos y notaron que las
moscas tenían una tasa de sustitución elevada y regiones largas que debían excluirse del análisis porque no podían alinearse
( recuadro 3) con confianza. Supusieron que las moscas (Diptera) estaban siendo atraídas hacia la raíz ( recuadro 2 ) y, por lo
tanto, las excluyeron en la mayoría de sus análisis. Pashley y col . en 1993 [ 116 ] publicó análisis de distancia y parsimonia de
un fragmento de ARNr 18S de nueve órdenes de Holometabola. Fueron capaces de recuperar Mecopterida y
Amphiesmenoptera, pero el apoyo de bootstrap ( cuadro 2 ) para la mayoría de los grupos fue muy bajo. Pashley y
col . concluyó que el uso de diferentes grupos externos ( recuadro 1) produjo diferentes topologías para taxones endogrupales
con soporte deficiente. No es de extrañar que estos análisis no hayan convergido en resultados fuertemente respaldados de unos
pocos taxones y fragmentos de 18S. Este gen por sí solo nunca ha resuelto las relaciones entre todos los órdenes de
Holometabola, incluso con muchos más taxones, aunque el trabajo de von Reumont [ 117 ] se acercó mucho con 18S y 28S
completos combinados pero sin los confusos Strepsiptera (ver más abajo).

Los datos mitocondriales también se exploraron en los primeros días de la secuenciación de Sanger ( cuadro 2 ). Liu y
Beckenbach [ 118 ] exploraron el gen de la citocromo oxidasa II (COII) mitocondrial en 10 órdenes de insectos, utilizando un
análisis genético basado en la distancia [ 119 ] y parsimonia. Los árboles de varios análisis agruparon la cucaracha y la termita,
y las tres especies de himenópteros (avispa icneumónida, abeja y hormiga), y no mucho más. En un estudio de filogenia de
artrópodos, se analizó un pequeño fragmento del gen del ARNr 12S mitocondrial y se propuso que los onicóforos (gusanos de
terciopelo) son en realidad artrópodos modificados [ 120 ]. Como los onicóforos generalmente se consideran grupos externos
de artrópodos, este estudio se publicó con fanfarria en la [Link] . La afirmación de que 'Estos datos demuestran que
12S ... puede resolver las relaciones entre artrópodos ...' se contradice fuertemente con la filogenia altamente inusual (y desde
entonces rechazada) que recuperaron.

Durante el período de secuenciación de Sanger, la filogenia molecular se centró principalmente en 18S, 28S y algunos genes
mitocondriales, principalmente ARNr 12S, ARNr 16S y COI. Sin embargo, los ARNr eran difíciles de alinear [ 121 , 122 ] y
modelar [ 123 ], y parecía que los genes mitocondriales estaban sesgados y llenos de señales engañosas [ 118 ]. Los genes
nucleares de copia única se consideraron una solución, pero seguían siendo difíciles de secuenciar. Los marcadores estándar
fueron más fáciles de amplificar, porque se disponía de cebadores universales [ 123 , 124 , 125 ], y tanto los genes
mitocondriales como los rRNA nucleares estaban presentes en múltiples copias en cada célula. Una revisión en 2000 [ 126]
pidió esfuerzos coordinados en la selección de genes que fueran compatibles entre los estudios, y apoyó el uso continuo de
rRNA 18S y marcadores mitocondriales comúnmente secuenciados. En una opinión contraria, para ir más allá de los genes de
ARNr y mitocondriales, un grupo de trabajadores de la Universidad de Maryland se embarcó en un programa para localizar y
secuenciar genes codificadores de proteínas nucleares de copia única [ 127 ]. De los 14 'candidatos prometedores' que
identificaron, varios (EF-1α, DDC, POLII y, en menor medida, PEPCK) que vieron un uso extensivo en la filogenética
intraordinal de insectos. Continuarían desarrollando protocolos útiles para amplificar genes como wingless, CAD rudimentario
y otros [ 128 - 135]. Pronto siguieron contribuciones adicionales al arsenal de genes nucleares para la filogenia de insectos
[ 136 - 138 ]. Se examinaron los ARNrn de histonas H3 y U2 [ 139 , 140 ], y el primero se utilizó ampliamente a pesar de que
ninguno de los genes pudo recuperar ningún grupo de nivel superior razonable [ 141 ]. Prácticamente todos los principales
estudios filogenéticos de insectos de alto nivel en la última década se han basado, al menos en parte, en genes nucleares de
copia única, y estos se han convertido ahora en los marcadores dominantes en los análisis de transcriptomas ( recuadro
4 ). Los marcadores desarrollados por los trabajadores de Maryland y otros se utilizaron bien en artrópodos, entre algunos
pedidos [ 142], y dentro de órdenes como Lepidoptera, Hymenoptera, Diptera y Coleoptera (ver más abajo). Sin embargo, no
se aplicaron ampliamente en todos los pedidos hasta el trabajo de Wiegmann en 2009 [ 47 ].

Recuadro 4. Términos modernos en filogenética molecular.

Secuenciación de alto rendimiento . Una variedad de métodos que generan grandes cantidades de datos de secuencias de
ADN. Estos métodos se denominaron "próxima generación" durante el período de secuenciación de Sanger.
Transcriptoma . Todos los genes que están activos en una célula, tejido u organismo completo en el momento en que se
recolecta una muestra. Estos genes se secuencian aislando el ARN mensajero de las células.

Asamblea . La secuenciación de alto rendimiento normalmente produce millones de fragmentos de secuencias relativamente
cortas. Estas secuencias se alinean y se unen en fragmentos más largos llamados 'contigs', que luego se clasifican en ortólogos.

Predicción de ortología . Un ortólogo es un gen homólogo. La duplicación de genes produce genes no homólogos de aspecto
similar (parálogos) que pueden alterar los análisis filogenéticos. La predicción de la ortología es el proceso de identificar a los
ortólogos y distinguirlos de los parálogos.

Enmascaramiento de datos . Identificar datos "malos" y desecharlos. Los datos problemáticos provienen de diversas

fuentes. Los datos pueden estar desalineados, aleatorios, en su mayoría ausentes o violar los supuestos del modelo.

Particiones . Subconjuntos de datos. Debido a que los modelos se utilizan para analizar datos, es común subdividir los datos en
subconjuntos que se supone que comparten propiedades similares para que los modelos se ajusten más a la realidad biológica.

Mapeo de cuarteto . Un método de soporte de rama que examina un nodo en particular mediante el muestreo de réplicas de
cuatro taxones seleccionados al azar que rodean el nodo de interés. Los resultados resumen el porcentaje de veces que estos
cuartetos recuperan topologías alternativas.

Pipeline . Una secuencia de procedimientos analíticos. En informática, una tubería es una cadena de programas informáticos
que realizan pasos analíticos en serie.

Tomado en su conjunto, no es difícil ver por qué los morfólogos estarían menos que entusiasmados con el estado de la
filogenética molecular a principios de la década de 1990. En el contexto histórico, este fue un momento en que las prioridades
de contratación universitaria favorecieron a los trabajadores moleculares que podían secuenciar un par de cientos de
nucleótidos de insectos del patio trasero y 'descubrir' relaciones que ya eran ampliamente aceptadas o difíciles de creer. El
dinero de las subvenciones parecía estar reservado para el trabajo molecular. Aún así, los trabajadores morfológicos parecían
estar en un callejón sin salida. Estuvieron de acuerdo con las líneas generales de Hennig y Kristensen, y establecieron
Dictyoptera, Mecopterida, Amphiesmenoptera, Antliophora y Neuropterida como monofiléticos. Sin embargo, fueron
incapaces de resolver las relaciones entre los órdenes entognatos, paleópteros, polineópteros u holometábolos.

El desarrollo de la PCR hizo posible la recopilación rápida de datos de secuencias de nucleótidos a lo largo de la década de
1990 y más allá [ 143 , 144 ]. La mayoría de los trabajadores moleculares en ese momento reconocieron las limitaciones de sus
propios datos y proponían formas de abordarlas. Dos revisiones tempranas [ 123 , 145 ] discutieron estrategias para modelar el
ADN para tener en cuenta los sesgos conocidos en la forma en que evoluciona. Swofford y sus colaboradores influyentes
capítulos en los libros 'Molecular Systematics' [ 146 , 147 ] habían sentado las bases para comprender las cuestiones analíticas,
y los programas PAUP * [ 148 ] y PAML [ 149 ] estaban disponibles para ejecutarlos basados en modelos
( probabilidadrecuadro 2 )) analiza en un momento en que las computadoras finalmente estaban a la altura de la tarea de
implementar modelos de sustitución complejos. PAUP es un acrónimo de 'Análisis filogenético con parsimonia', por lo que el
asterisco después de la nueva versión se refiere a 'y otros métodos', como probabilidad y distancia. El menú desplegable
(interfaz gráfica de usuario o GUI) en PAUP * era una plataforma ideal para que los recién llegados aprendieran las
complejidades de los modelos de evolución del ADN y los métodos de construcción de filogenia de probabilidad basados en
estadísticas. En este momento, la necesidad de acomodar los sesgos con modelos o ponderaciones diferenciales se estaba
volviendo obvia [ 146]. A mediados de la década de 1990, el campo de la filogenética molecular de insectos parecía
prometedor, pero había comenzado a dividirse en campos basados en métodos analíticos. Hubo una breve luna de miel en la
que la lógica de la taxonomía cladística fue adoptada universalmente, pero luego fue adoptada por algunos que combinaron la
cladística con la parsimonia, mientras pasaban de los métodos intuitivos de Hennig a los análisis de la parsimonia basados en
computadora.

8. El problema con 'el problema de los Strepsiptera': 1995-2010

Probablemente no hubo duda de que ocupó más la mente de los sistemáticos de insectos a fines de la década de 1990 que el
"problema de los Strepsiptera". Esto es sorprendente porque los strepsipterans no son ni diversos ni conspicuos. Sin embargo,
como muchos parásitos con características estructurales muy modificadas, estos insectos fascinantes e inusuales eran difíciles
de ubicar morfológicamente. Sus datos ribosómicos resultarían ser el campo de batalla sobre el que discutirían los practicantes
de la verosimilitud y la parsimonia, lo que a su vez ayudó a revelar los problemas inherentes a la parsimonia. La mayoría de los
estudios morfológicos ubicaron a Strepsiptera ( figura 4 ) como el taxón hermano de los escarabajos (Coleoptera), basándose
en el vuelo de las alas traseras (posteromotorismo), y algunos otros caracteres [ 72 , 150 - 152], o dentro de un subgrupo de
Coleoptera [ 153 ] (ver también [ 154 ]). El primero de los estudios de base molecular que abordan este tema (pero sin datos
publicados o detalles analíticos) fue una correspondencia científica que apareció en Nature en 1994 por Whiting y Wheeler
[ 155 ]. Propusieron que Strepsiptera era el taxón hermano de Diptera (moscas; los dos grupos combinados se llamaron
Halteria [ 77]). Halteria se refiere a halterios; los muñones giroscópicos reducidos de las alas traseras que se encuentran en las
moscas que son superficialmente similares a las alas anteriores de los estrepsípteros. Supusieron que el agrupamiento de
moscas con strepsipterans era en sí mismo evidencia de una transformación mutacional homeótica que resultó en halterios
volteando desde el tercer segmento torácico en moscas al segundo en strepsipterans ( figura 4 ). La mayoría de los morfólogos
dudaron de esta afirmación. El escepticismo vino también desde la perspectiva molecular. Carmean y Crespi [ 156 ]
respondieron casi de inmediato que "las ramas largas atraen a las moscas", lo cual fue demostrado sin ambigüedades por
Huelsenbeck [ 157 ], con un análisis de probabilidad ( recuadro 2 ) de los datos disponibles [ 156] (los datos de Whiting aún
no eran públicos). Chalwatzis y col . [ 158 ] fueron el primer equipo en publicar un análisis de este problema y poner a
disposición sus datos. Al igual que Whiting y Wheeler, utilizaron secuencias de ARNr 18S y recuperaron Halteria. En un
trabajo de seguimiento de 1996 [ 159 ], aumentando el número de taxones a 26 e incluyendo todos los órdenes holometábolos,
recuperaron nuevamente Halteria. Además de la parsimonia, estos autores utilizaron el método de distancia de unión de
vecinos con un modelo [ 160 ] diseñado para acomodar el sesgo de composición de nucleótidos ( recuadro 3 ) entre linajes y
la variación de la tasa entre sitios ( recuadro 3). Se encontró que el Strepsipteran 18S era aproximadamente 1000 nucleótidos
más largo que el siguiente 18S más largo y compartía un sesgo de composición de nucleótidos AT extremo y similar con
Diptera. Todos sus análisis favorecieron a Halteria, incluidos los diseñados para corregir el sesgo que habían observado. Sin
embargo, en un análisis que no mostraron, cuando se usaron tasas específicas del sitio para corregir la variación de la tasa entre
sitios [ 161 , 162 ], el valor de arranque ( recuadro 2 ) para Halteria cayó del 100% al 77%. Advirtieron que 18S podría estar
agrupando artificialmente taxones de ramificación larga y esperaban investigar otros genes no vinculados al ARNr para probar
sus hallazgos.

Figura 4. Imagen principal: micrografía electrónica de un macho de Stylops ovinae (Strepsiptera). Todos los insectos tienen un
tórax de tres segmentos, cada uno con un par de patas. Las alas, cuando están presentes, se encuentran en el segundo y tercer
segmento. Los estrepsípteros tienen alas anteriores reducidas modificadas como órganos de los sentidos (flechas) adheridas al
pequeño segmento torácico medio. Su segmento torácico anterior está muy reducido. Las moscas tienen alas traseras
igualmente reducidas, unidas al tercer segmento torácico. Los terceros segmentos torácicos de Strepsipterans y escarabajos
están muy expandidos y contienen las alas funcionales y los músculos de vuelo asociados. (Derechos de autor de la imagen
Hans Pohl, usados con permiso. Insertar: Wikipedia creative commons.)

El conjunto de datos más grande de la década de 1990 que explora la filogenia de Holometabola fue presentado en 1997 por
Whiting et al . [ 77 ]. Aproximadamente 1100 18S y 400 28S rRNA posiciones se alinearon con el programa de alineación de
secuencia múltiple ( cuadro 3 ) Malign [ 163 ], y se analizaron con parsimonia. Luego, los datos moleculares se combinaron
con los datos morfológicos tomados de la literatura. La sensibilidad a la alineación se exploró mediante la evaluación de
árboles con y sin regiones hipervariables. Tanto los escarabajos como los neuropteroides eran polifiléticos debido a la
contaminación. El documento es mejor recordado por su recuperación de Halteria, una hipótesis que defenderían
vigorosamente [ 74 , 164 - 167] hasta que la morfología [ 48 , 168 ] y genes adicionales [ 47 , 154 , 169 , 170 ] la anularon 15
años después de su propuesta.

9. ¿Distracción de rama larga?

Whiting [ 77 , 164 ] rechazó la sugerencia de que Halteria era un artefacto de atracción de rama larga ( recuadro 2 ),
argumentando que 18S y 28S se corroboraban entre sí. Sin embargo, estos no son genes independientes, sino regiones
diferentes de la misma transcripción. Contrarrestando los otros argumentos de Whiting, Huelsenbeck demostró en 1998 [ 171 ]
que la longitud de las ramas que conducen a Strepsiptera y Diptera eran "virtualmente incomparables en el análisis
filogenético". El análisis de Huelsenbeck fue uno de los primeros en aplicar la probabilidad a un gran número de órdenes de
insectos. Merlán [ 77] había argumentado que la rama que conduce a los anfiesmenopterans estaba "no muy lejos del alcance"
de las que conducen a los Strepsiptera y Diptera. Sin embargo, esta declaración pasó por alto el principio central en el que se
basa la atracción de ramas largas. En los análisis de parsimonia, a medida que los cambios independientes se transfieren desde
las ramas terminales que conducen tanto a Strepsiptera como a Diptera donde ocurrieron, al entrenudo ( recuadro 2) que los
vincula falsamente, las longitudes de las ramas terminales observadas son subestimaciones del número real de cambios
independientes. En otras palabras, la parsimonia toma dos cambios independientes y asume que son estados de carácter
derivados compartidos. Al eliminar Strepsiptera o Diptera del análisis, cada uno permaneció en la misma posición en relación
con los taxones restantes. Su argumento era que Strepsiptera no podría haber sido atraído por Diptera dado que termina en el
mismo lugar del árbol cuando se extrae Diptera [ 165 ]. Sin embargo, la eliminación de cualquiera de los taxones simplemente
provocó que el taxón de rama larga restante atrajera a la siguiente rama más larga, la Amphiesmenoptera, una rama que
reconocieron como casi tan larga [ 77] como los que conducen a Strepsiptera y Diptera (aunque habían subestimado la longitud
de estas ramas). Huelsenbeck [ 171 ] demostró que, dado el muestreo de taxón utilizado por Whiting et al . [ 77 ], las ramas
que conducen a Strepsiptera y Diptera eran lo suficientemente largas como para atraerse entre sí con parsimonia, y los análisis
de verosimilitud no podían distinguir entre hipótesis. Se reconoció que los taxones al final de las ramas largas pueden ser en
realidad grupos hermanos [ 107 , 157 , 171 , 172 ], pero que los datos de ARNr disponibles no pueden respaldar ninguna
conclusión, incluida Halteria. Friedrich & Tautz [ 173 ], confirmando las observaciones de Chalwatzis [158 , 159 ], mostró en
1998 que había habido un cambio extremo tanto en la tasa de sustitución como en el sesgo de composición ( recuadro 3 ) en el
linaje dípteros del tallo que plantearía problemas para los análisis filogenéticos. Estos sesgos fueron explorados más a fondo en
2000 por Steel et al . [ 172 ] y otros [ 174 ]. Hwang y col . [ 189 ] secuenciaron fragmentos de ARNr de subunidades grandes
adicionales para probar la hipótesis de Halteria. Sus análisis de parsimonia recuperaron Halteria, que atribuyeron a la atracción
de ramas largas ( recuadro 2), mientras que sus análisis de verosimilitud colocaron al estrepsíptero con la mosca
escorpión. Todos estos autores recomendaron abandonar la hipótesis de Halteria. Entonces, ¿por qué fue necesaria la
filogenómica para resolver el problema? No fue así, y esta no es la sabiduría de la retrospectiva. Para los practicantes de
probabilidad, que se estableció en 1998. Se ha demostrado de manera concluyente que Halteria fue el resultado de métodos
inadecuados y predecible sesgo evidente. Halteria sólo se ha encontrado a partir del análisis de datos de ARNr nuclear, y
cualquier otra fuente de datos la contradice [ 47 , 50 , 154 , 168 , 175 ]. Genómica [ 175 , 176 ] y transcriptómica ( recuadro 4)
[ 50 , 177 ] los análisis dejan ahora muy poco espacio para el debate: Strepsiptera pertenece como hermana a los
escarabajos. El debate nunca fue realmente sobre Halteria, sino sobre los méritos filosóficos de la parsimonia versus la
verosimilitud.

10. Problemas de alineación

Además de los desacuerdos sobre los méritos de la parsimonia, los métodos de alineación de nucleótidos ( recuadro 3 )
desempeñaron un papel importante en la filogenia de insectos durante el período de secuenciación de Sanger
[ 107 , 163 , 178 - 186 ]. La definición de cladística se había transformado y, en el nuevo sentido, se caracterizaba por una
estricta y exclusiva adhesión a los análisis de parsimonia. El primer trabajo en sistemática molecular de insectos que cubrió
todos los órdenes provino de un grupo de cladistas (en el nuevo sentido) que tenían su centro en el Museo Americano de
Historia Natural en Nueva York [ 74 ]. Ampliaron el conjunto de datos de Whiting con los mismos fragmentos de ARNr que
en el trabajo de 1997 [ 77], pero con taxones adicionales, particularmente fuera de Holometabola. La principal diferencia
analítica fue la implementación de alineación y construcción de árboles simultáneos [ 187 ]. Llamaron a este método
"optimización directa" cuando lo implementó su programa, POY [ 179 ]. Los datos moleculares por sí mismos, presentados en
sus figuras 12a 13 y 14, sugirieron muchas relaciones inverosímiles [ 107]. Sin embargo, parece que los datos morfológicos
proporcionaron un andamio estabilizador que medió el mal comportamiento de los datos moleculares. Con el fin de explorar la
influencia de diferentes supuestos analíticos, presentaron seis árboles de datos combinados. El análisis que minimizó la
incongruencia entre conjuntos de datos (su figura 11) parecería ser la hipótesis favorecida, aunque esto no se estableció
explícitamente. Los árboles de resumen de todos los conjuntos de supuestos, que se muestran en su fig. 18a, b, eran árboles de
consenso en gran parte sin resolver ( recuadro 3). Sin embargo, a menudo sus resultados se citan como su fig. 20, que no
provino de un análisis, sino más bien un 'árbol de discusión' creado a partir de nodos que los autores favorecieron de diferentes
conjuntos de datos. Las partes más profundas de sus árboles parecían resistentes a los supuestos analíticos, mientras que las
relaciones entre polineópteros y holometabolanos eran inestables. A pesar de los artículos publicados que apuntaban hacia
efectos de rama y sesgo compositivo ( recuadro 3 ) para estos datos [ 137 , 156 , 157 , 171 , 172 , 188 , 189 ], no tomaron en
consideración estos problemas, favoreciendo la parsimonia por motivos filosóficos.

Muchas de las diferencias entre las hipótesis filogenéticas fueron el resultado de diferentes enfoques analíticos y una alineación
ambigua ( recuadro 3 ) de los datos de rRNA. La historia de las disputas de alineación se ha descrito en detalle en otra parte
[ 181 , 182 , 185 ], y algunos investigadores probablemente recurrieron a genes nucleares de copia única simplemente para
evitar los problemas de alineación de ARNr por completo, y tal vez las tediosas disputas de ambos lados de este cuestión
[ 190 ]. Desde entonces, POY ha caído en desgracia entre los sistemáticos debido a numerosas y diversas críticas
[ 121 , 183 , 184 , 191], aunque se mantiene la posibilidad de alineación y construcción de árboles simultáneos [ 192 ]. El
problema con la alineación simultánea y la construcción de árboles basados en modelos es que es difícil crear un modelo
biológicamente razonable para las brechas.

11. La sensibilidad de la sensibilidad

En 2001, la comunidad de sistemática de insectos estaba fuertemente dividida en campos de parsimonia y probabilidad. Era
otro conjunto de universos paralelos, con diferentes revistas ( Systematic Biology versus Cladistics), diferentes héroes
(Felsenstein versus Farris), diferentes medidas de apoyo de la rama (bootstraps versus jack-knifing y Bremer support (recuadro
2)) e incluso diferentes sistemas informáticos (Mac versus PC) provocados por las plataformas de sus diferentes programas
(PAUP versus Winclada, NONA y TNT). Muchos en ambos campos básicamente descartaron las ideas del otro lado como
defectuosas y sin mérito. La mayoría de los morfólogos se encontraron en el campo de la parsimonia, probablemente debido a
la tradición y al hecho de que los caracteres morfológicos son menos susceptibles de modelado que los caracteres
moleculares. Gran parte del error en el análisis de la parsimonia podría haber sido mediado por la ponderación diferencial de
los caracteres, subiendo el peso de los sitios lentos y reduciendo el peso de los sitios rápidos [ 123 , 193]. Los morfólogos
siempre habían ponderado sus datos, aunque solo fuera mediante la selección de caracteres que consideraban fiables. Sin
embargo, con el ADN hubo poco interés en la ponderación diferencial, ya que un lado lo rechazó basándose en la insistencia de
que los pesos iguales estaban libres de suposiciones, y el otro lado prefirió la probabilidad, porque los modelos imitan pesos
diferenciales con el beneficio adicional de estar basados en estadísticas [ 194 ]. El usuario debe seleccionar los pesos y otros
parámetros ( recuadro 3 ) de los que dependen las conclusiones filogenéticas. Si su selección es arbitraria, entonces la
subjetividad permanece, pero se transfiere de una persona pensante a una máquina [ 181 , 182 , 185]. Muchos en el campo de
la parsimonia molecular se dedicaron a los análisis POY, y creían que estaban eliminando tanta subjetividad como fuera
posible. Para abordar el problema de la selección objetiva de parámetros analíticos, desarrollaron una serie de análisis de
sensibilidad [ 74 , 195 ] que se basaban en pruebas de diferencia de longitud de incongruencia (ILD) [ 196 ]. Las pruebas de
ILD implican comparar subdivisiones de los datos con datos combinados, buscando parámetros que minimicen la
incongruencia. Las críticas a las pruebas de EPI están más allá del alcance de esta revisión, pero se pueden encontrar en
muchos trabajos [ 182 , 197 - 201]. Sin embargo, incluso si las pruebas de ILD fueran legítimas, entonces uno debe decidir
cuál de los muchos parámetros debe evaluarse, cada uno con un espacio infinito para explorar, y cada uno influye en el
comportamiento de los demás [ 182 ]. Grant y Kluge [ 202 ], en una aplicación particularmente radical de su propia visión de la
consistencia epistemológica, rechazan toda la idea de los análisis de sensibilidad ( recuadro 3 ) y sugieren que todos los
parámetros deberían ser iguales y fijados en 1 por motivos filosóficos. Ogden & Whiting [ 203] aplicó análisis de sensibilidad
al 'problema de los Palaeoptera': las posiciones filogenéticas de las libélulas y caballitos del diablo (Odonata) y Mayflies
(Ephemeroptera) en relación con los insectos que tienen la capacidad de plegar sus alas (Neoptera). Demostraron que los
resultados eran de hecho sensibles a los parámetros de entrada. En una justificación para usar un solo método analítico, y en
contra de explorar la influencia de la aplicación de métodos basados en modelos, afirmaron que '... no consideran que la
congruencia entre diferentes metodologías sea una medida adecuada de robustez porque el acuerdo entre métodos inferiores es
nebuloso en el mejor de los casos '. Parece que esta actitud fue compartida por ambas partes, ya que los análisis basados en
modelos no fueron explorados por el grupo de cladística hasta Terry & Whiting en 2005 [ 204], y los análisis de parsimonia
fueron virtualmente abandonados por los practicantes de la verosimilitud. Vemos ahora que los entrenudos antiguos y cortos
( recuadro 2 ) siempre son sensibles a los supuestos y parámetros de entrada. Así, los nodos no vistos por Börner en 1904
colapsan con análisis de sensibilidad ( recuadro 3 ) tal como se aplicó, como se ve, por ejemplo, en la fig. 18 en Wheeler et
al . [ 74 ].

Con respecto a las relaciones entre los órdenes de insectos, todo el período de Sanger proporcionó pocos o ningún
conocimiento nuevo que haya sido ampliamente aceptado. La parafilia de las cucarachas, una aparente excepción, se había
sugerido basándose en la morfología [ 205 ]. Parte de la falta de resolución se debió a que las escuelas de parsimonia y
probabilidad estaban muy alejadas y los no especialistas no podían elegir entre ellas. Incluso una hipótesis que fue apoyada por
profesionales de ambos lados de la división analítica —Nonoculata (Protura + Diplura; apéndice A) — ahora parece ser un
error (pero ver [ 206]). Además, el resultado común de encontrar pulgas de nieve (Mecoptera: Boreidae) más cerca de las
pulgas que otros mecopterans está ahora en duda. Estos son problemas filogenéticos muy difíciles. La opinión predominante
actual es que los análisis basados en modelos superan la parsimonia incluso cuando la parsimonia se pondera para ser más
realista [ 123 ] (a pesar del editorial de 2016 en Cladistics [ 207 ]). Al aceptar esta premisa, las filogenias moleculares de
insectos basadas en la parsimonia impulsadas filosóficamente que dominaron la literatura en las décadas de 1990 y 2000
fueron un desvío desafortunado, especialmente cuando se vieron agravadas por la falta de reconocimiento de los errores
resultantes del sesgo de composición del ADN, tasas de sustitución no homogéneas, alineación error y las inconsistencias del
análisis de ARNr con POY [107 , 171 , 172 , 181 - 184 , 208 ].

12. El campo de la probabilidad

Felsenstein estableció los principios básicos y el rendimiento de la probabilidad [ 209 - 215 ] mucho antes de que se
convirtieran en una práctica estándar. La verosimilitud fue introducida por primera vez en la sistemática filogenética por
Cavalli-Sforza y Edwards en 1965, pero no se aplicó ampliamente porque los programas fáciles de usar no estaban disponibles
hasta que se desarrolló PHYLIP en 1980 [ 216]. Incluso después de que los programas de probabilidad estuvieran disponibles,
la gente tardó un tiempo en desarrollar una comprensión de cómo los modelos de evolución podían conducir a una estimación
de la filogenia. La parsimonia era mucho más fácil de comprender. Muchos se sentían incómodos con el número de supuestos
necesarios para los análisis basados en modelos. Sin embargo, aunque se afirmó que los supuestos requeridos para una
parsimonia igualmente ponderada eran menos o inexistentes, está claro que simplemente no estaban definidos. Si estuvieran
definidos, serían excesivamente complejos e inaceptablemente poco realistas [ 121 , 201 ]. Incluso si hubiera menos supuestos,
estos pocos aún conducirían a errores con certeza bajo combinaciones comunes de longitud de rama [ 188]. Sin embargo, un
obstáculo importante para utilizar la probabilidad fue que era difícil analizar más de 10 taxones en un período de tiempo
razonable. Los modelos sofisticados de evolución no pudieron implementarse hasta que las computadoras ganaran
gradualmente la velocidad para analizar conjuntos de datos de tamaño típico, más de 10 años después de la introducción de
PHYLIP. A lo largo de la década de 1990, a medida que aumentó la velocidad computacional, los métodos filogenéticos
basados en la probabilidad como criterio de optimalidad crecieron en importancia e implementación. En 2000, aún podía llevar
semanas en una computadora de escritorio analizar 500 nucleótidos para 50 taxones. Bootstrapping o cualquier tipo de apoyo
de rama ( recuadro 2 ) fue difícil, si no imposible, para análisis de verosimilitud con más de 25 taxones hasta que se
desarrollaron programas rápidos de máxima verosimilitud — PhyML [ 217 ], Garli [218 ] y RAxML [ 219 ].

La motivación para implementar la probabilidad fue fuerte. Felsenstein había demostrado en 1978 [ 188 ] que, bajo parsimonia
con algunas proporciones de longitud de rama, la adición de datos fortalecería el apoyo para el árbol equivocado. Especuló que
la parsimonia funcionaría si las tasas de evolución fueran bajas o suficientemente iguales entre los linajes. Hendy y Penny
[ 220] amplió el trabajo de Felsenstein para mostrar que ninguna de estas condiciones para el éxito de la parsimonia se
mantendría una vez que el número de taxones supere los cuatro. Llegaron a la conclusión de que, en lugar de tasas desiguales,
el problema eran las ramas largas, e introdujeron el concepto de atracción de ramas largas. La idea de que agregar más datos no
podría superar este sesgo fue difícil de aceptar, y todavía encontramos la idea expresada de que más genes o un mayor
muestreo de taxones es una panacea. En la década de 1980, la mayoría de los cladistas todavía disfrutaban del resplandor de
derrotar a los taxonomistas numéricos (a los que llamaban fenetistas). Aunque la probabilidad se basa claramente en caracteres
individuales (como la parsimonia), algunos cladistas asumieron incorrectamente sus fundamentos estadísticos para vincularla a
la fenética ( recuadro 2). Esto es irónico porque, como demostraron Tuffley y Steele [ 221 ], bajo ciertos modelos (poco
realistas) de evolución, la verosimilitud puede equipararse con la parsimonia.

El análisis bayesiano, que comparte muchas propiedades con probabilidad, se introdujo en la filogenia en 1999 [ 222 ] y podría
implementarse en el programa fácil de usar MrBayes [ 223 ]. En 2001, muchos en la escuela de probabilidades adoptaron
rápidamente MrBayes, porque calculó el soporte de la rama en forma de probabilidades posteriores a la velocidad del rayo
[ 141 ]. Más tarde se comprendió que eran necesarias ejecuciones bayesianas mucho más largas para asegurarse de que el
programa había convergido en la respuesta óptima, especialmente cuando los datos requerían modelos complejos de
evolución. Sin embargo, los problemas con el análisis basado en modelos no se debieron exclusivamente a la ignorancia o la
falta de capacidad informática. Se debatió la influencia de la atracción de rama larga [ 164 , 165, 224 ], pero su ubicuidad no se
entendió completamente. Los modelos que no se acomodan a elementos clave de la realidad, como la variación de la tasa entre
sitios ( recuadro 3 ), podrían ser tan propensos a errores como la parsimonia, sin la cómoda base filosófica de la parsimonia
basada en la percepción de que minimiza los supuestos injustificados. Era incómodo usar un método tan dependiente de los
modelos, si no se podía justificar qué modelo usar. La selección de modelos se convirtió en un foco importante de estudios
filogenéticos [ 225 - 227 ]. Al principio, los modelos de evolución se probaron manualmente utilizando pruebas de razón de
verosimilitud [ 228 , 229 ], pero esto se automatizó en 1998 con 'Modeltest' [ 230]. Parecía que este programa casi siempre
sugería el modelo más complejo, lo que condujo al desarrollo de la teoría de la decisión (revisada en Sullivan & Joyce [ 231 ]),
incluida una penalización más fuerte por aumentar el número de parámetros ( recuadro 3 ).

En retrospectiva, si vamos a juzgar según los estándares actuales y nuestra capacidad para evaluar la precisión a la luz de los
datos filogenómicos, los análisis de probabilidad fueron más precisos y filosóficamente fundamentados. La mayoría de los
profesionales de la entomología de la probabilidad temprana se limitaron a las relaciones intraordinales, y su trabajo se ha
vuelto relativamente sólido a medida que los conjuntos de datos se han vuelto más grandes. Friedrich y Tautz, en 1995 [ 232 ],
fueron de los primeros en utilizar la probabilidad para estimar las relaciones profundas de los artrópodos con PHYLIP
[ 216 ]. Su análisis incluyó tres hexápodos, pancrustáceos recuperados y parafilia de crustáceos. La verosimilitud (entre otros
métodos) también fue utilizada por von Dohlen & Moran [ 233 ] en 1995 para demostrar la parafilia de 'Homoptera'. Frati et
al. [ 228 ] utilizó análisis de máxima verosimilitud de los datos del gen COII mitocondrial en 1997 para examinar las
relaciones entre colémbolos, y demostró que incluir una corrección para la variación de la tasa entre sitios ( recuadro 3 ) en el
análisis tenía más efecto en las puntuaciones de probabilidad que la los propios modelos de sustitución . Flook y Rowell
[ 234 ] utilizaron métodos de verosimilitud para explorar las propiedades de los datos mitocondriales entre los
ortopteros. Whitfield y Cameron [ 235 ] encontraron en 1998 que la probabilidad superaba la parsimonia en su estudio del
ARNr 16S de himenópteros. Lo et al . [ 236 ] utilizó métodos de probabilidad en 2000 para demostrar la parafilia de las
cucarachas. En 2001, Kjeret al . fueron los primeros entomólogos en utilizar métodos bayesianos en su estudio de la filogenia
de la mosca caddis (Trichoptera), y Kjer [ 107 ] fue el primero en incluir muchos órdenes de insectos con métodos bayesianos.

No fue hasta mediados de la década de 2000 que el consenso entre los entomólogos en los EE. UU. Se inclinó hacia los análisis
de verosimilitud para los datos moleculares, pero los análisis de parsimonia todavía se están publicando debido a factores
culturales / históricos, y todavía están siendo favorecidos activamente por la revista Cladistics [ 207 ]. . Las actitudes pueden
tardar mucho tiempo en cambiar y, a veces, el recuerdo está sujeto a un "cambio de significado retrospectivo" (véase la
discusión de Hull [ 237]). Al igual que con los debates sobre el creacionismo o el cambio climático, el hecho de que haya dos
lados en un tema no significa que ambos lados tengan el mismo apoyo. La parsimonia por los datos moleculares parece estar
respaldada por la fe. A veces, el progreso en la ciencia no proviene de pruebas o destellos de perspicacia, sino de
personalidades fuertes que se desvanecen en la jubilación. (Parafraseando a Max Planck: 'La ciencia avanza un funeral a la
vez').

13. El predominio del ARN ribosómico

Aunque muchos artículos incluyeron pequeños fragmentos de 28S o histona H3, fue el 18S el que dominó los resultados del
período de secuenciación de Sanger, a veces estabilizado por caracteres morfológicos [ 107 ]. Esto se debió en parte a un
artefacto histórico y en parte a la facilidad para amplificar y secuenciar el ARNr nuclear. El gen 18S sufre una amplia
variación de la tasa entre sitios [ 193 ] y graves problemas de alineación dentro de algunas regiones, mientras que (a diferencia
del 28S) las regiones alineables son prácticamente invariables. Kjer [ 107 ] exploró las propiedades del 18S, estructuralmente
alineado, utilizando un análisis basado en modelos que acomodaba la covariación de rRNA [ 238]. Su filogenia estaba mucho
más cerca del consenso actual que los análisis de parsimonia anteriores de 18S. En 2005, Terry & Whiting [ 207 ] presentó una
gran filogenia de insectos , usando histona H3, porciones más grandes de 18S y 28S, y una matriz de datos morfológicos
modificada de Wheeler et al . [ 74 ]. Se centraron en los polineópteros, incluida la Mantophasmatodea por primera vez, e
incluyeron una filogenia bayesiana junto con su parsimonia basada en POY [ 204]. Su análisis bayesiano fue un gran paso
adelante. Recuperaron muchos de los nodos que ahora encontramos con conjuntos de datos más grandes; muchos por primera
vez con datos moleculares, incluidos Xenonomia, Eukinolabia y Haplocerata (apéndice A), a los que nombraron, así como
Polyneoptera, Neuropteroidea (Strepsiptera no se incluyó) y Antliophora. En contrapunto a los análisis basados en POY,
Kjer et al . [ 141 ] proporcionó una revisión de los datos de la época, con un comentario sobre los métodos. Informaron los
resultados de una supermatriz multigénica de 15 000 nucleótidos, reunida a partir de 18S completo, un gran fragmento de 28S,
EF-1α, histona H3 y 12S, 16S, COI y COII mitocondriales, junto con 170 caracteres morfológicos de fuentes, como Hennig y
Kristensen [ 11 ,62 - 64 ]. Sus resultados estuvieron muy cerca de nuestro consenso actual, particularmente dentro de los
polineópteros. En todos los análisis de Kjer, se excluyeron Strepsiptera y Zoraptera, porque estos taxones exhibieron
aceleraciones extremas en la tasa de sustitución en su ARNr. También sospechaba de las secuencias de Zoraptera
publicadas. Se volvió a secuenciar Zoraptera y Yoshizawa & Johnson [ 75 ] utilizaron una alineación estructural modificada
[ 107 ] para ubicar este taxón difícil. Descubrieron que era hermana de Dictyoptera, al igual que Ishiwata [ 170 ] con genes
nucleares de copia única. Citaron apoyo morfológico para esta relación de Boudreaux [ 69 ] y Kukalová-Peck [ 82 ]. El grupo
de Misof [239 ] proporcionó un modelo estructural secundario específico de insectos y reevaluó el análisis de Kjer [ 107 ] de
18S, con un mayor muestreo de taxones. Encontraron resultados similares a los de alineaciones estructurales anteriores, aunque
encontraron Zoraptera agrupados con moscas de piedra (Plecoptera). Este análisis incluyó a Strepsiptera, que, como en otros
análisis de probabilidad de rRNA [ 157 , 189 ] no se agruparon con Diptera, sino que, en este caso, como hermana de un grupo
inverosímil de Diptera + 'Coleoptera', con el Diptera de rama larga actuando como una segunda raíz interna que hacía
parafiléticos a los escarabajos. Por primera vez desde 1997 [ 77], los datos moleculares recuperaron a Hymenoptera como
hermana del resto de Holometabola (apéndice A; Aparaglossata). La exploración más completa de la filogenia de insectos
basada en ARNr fue completada por von Reumont et al . en 2009 [ 117 ]. Utilizaron un algoritmo de alineación automatizado
que incorporó información estructural secundaria de ARNr [ 186 ], eliminaron sitios aleatorizados (ruido filogenético) con el
programa Aliscore [ 240 ] y utilizaron modelos de sustitución más realistas. Así, ninguna de las críticas anteriores sobre
manipulación manual de alineamientos y exclusión manual de datos podría aplicarse a este estudio, recuperando Nonoculata,
Ectognatha, Dicondylia, Pterygota, Chiastomyaria, Neoptera, Holometabola, Aparaglossata, Amphiesmenoptera y
Mecopterida.

Los filogramas publicados (árboles con longitudes de rama proporcionales al número de sustituciones estimadas)
[ 75 , 117 , 141 , 171 , 172 ] ilustran la extrema heterogeneidad de las tasas de sustitución de ARNr entre órdenes, y esta
propiedad causa problemas con los métodos estándar [ 172 ], incluso bajo probabilidad. Protura y Diplura comparten
longitudes de rama extremas en relación con las vecinas Collembola y Archaeognatha, y el ARNr de ambos tiene regiones
extremadamente largas de hipervariabilidad que son difíciles de alinear [ 241]. Los filogramas muestran que Zoraptera,
Strepsiptera y Diptera también son extremos. Los odonata evolucionan más lentamente que sus vecinos del árbol. Los análisis
de ARN ribosómico recuperan con frecuencia Nonoculata [ 74 , 75 , 107 , 117 , 239 , 242 - 245 ] Chiastomyaria
[ 117 , 141 , 239 ], Dermaptera hermana de Plecoptera [ 107 , 117 , 239 ] y mecopterana paraphyly
[ 74 , 75 , 77 , 107 , 117 , 141 ,246 ]. La consistencia de estos resultados a pesar de las diferencias en los criterios de alineación
y optimización indican que el ARNr apoya estas relaciones cuando se analiza con métodos existentes, aunque conjuntos de
datos mucho más grandes ahora contradicen Nonoculata y mecopteran paraphyly.

14. Otros tipos de datos

Además de los ARNr y los pocos estudios de genes que codifican proteínas nucleares, se exploraron otros sistemas de
caracteres novedosos para la filogenia de insectos, como la ubicación de los intrones y el orden de los genes
mitocondriales. Rokas y col. informó en 1999 que una inserción en un gen homeobox [ 247 ], compartido por Diptera y
Lepidoptera, no se encontró en Strepsiptera, lo que contradice Halteria. Carapelli y col . [ 248 ] señaló que Collembola y
Diplura compartían la pérdida de un intrón dentro de EF-1α. Se mapearon las posiciones de los intrones en EF-2 [ 249 ], lo que
muestra que los coleópteros, los lepidópteros y los dípteros comparten una disposición derivada que estaba ausente en los
himenópteros, lo que predice nuestra comprensión actual. Un estudio de las posiciones de los intrones en EF-1α [ 250],
encontró un árbol notable a partir de sólo seis caracteres informativos, pero las posiciones de los intrones mostraron
homoplastia ( recuadro 2 ), en gran parte debido a la pérdida independiente. Un estudio de los receptores de ecdisona de
Bonneton et al . [ 251 ] mostró una tasa de aceleración significativa que contrarrestó a Halteria, al igual que su análisis de
secuencia. Predel & Roth utilizaron su análisis de neuropéptidos en estudios de cucarachas, saltamontes y Mantophasmatodea
[ 252 - 255 ]. Xie y col . tabuló las distribuciones y longitudes de las regiones hipervariables 18S [ 241], e informaron que
algunos de ellos podrían usarse como sinapomorfias para grupos de insectos. Además de actualizar un modelo estructural
secundario para insectos, encontraron que Zoraptera y Dermaptera compartían la mayor cantidad de regiones hipervariables de
longitudes idénticas. Boore y col . [ 256 ] examinaron el orden de los genes mitocondriales entre los artrópodos en 1995, y
encontraron que Pancrustacea estaba respaldado por un carácter de orden de los genes mitocondriales [ 257 ]. Después de este
descubrimiento, se esperaba que el orden de los genes mitocondriales pudiera ayudar a resolver los nodos difíciles entre los
órdenes de insectos, porque se suponía que el orden de los genes estaba muy conservado y era poco probable que fuera
homoplástico ( recuadro 2). Sin embargo, es probable que los entrenudos más controvertidos sean cortos. Podemos pensar en
los entrenudos como objetivos donde el tamaño del objetivo es proporcional al tiempo que existe un linaje ancestral antes de
que se divida. Al igual que en el tiro con arco, los objetivos pequeños son difíciles de alcanzar. Por lo tanto, la probabilidad de
golpear entrenudos extremadamente cortos con eventos extremadamente raros es extremadamente baja. La comprensión de
este fenómeno es actualmente importante en los estudios genómicos, donde se espera que, con una abundancia de caracteres,
los entrenudos extremadamente cortos puedan verse afectados por cambios extremadamente raros en la estructura de los
genomas. Desafortunadamente, el orden de los genes mitocondriales es notablemente conservador en los insectos, excepto en
Paraneoptera [ 258 - 261 ] e Hymenoptera [ 262 , 263], con grupos apoyados por cambios en el orden de los genes, resumidos
en una revisión reciente de Cameron [ 190 ].
15. Genomas mitocondriales

Los datos mitocondriales han sido objeto de dos revisiones recientes [ 190 , 264 ]. La acumulación de genomas mitocondriales
continuó durante la década de 2000 [ 265 - 269 ], a un ritmo lento, pero se recuperó rápidamente después de 2003 con los
esfuerzos concertados de Cameron, Song y Whiting [ 190 ]. Actualmente, los genomas de mtDNA completos se acumulan muy
rápidamente porque pueden ser dirigidos eficazmente con métodos de alto rendimiento ( recuadro 4 ) [ 270 ] y, a menudo, se
pueden recuperar como "captura incidental" accidental en la secuenciación de alto rendimiento. No fue hasta que se publicaron
los resultados preliminares de los esfuerzos a gran escala para secuenciar genomas mitocondriales completos [ 271 - 274] que
quedó claro el alcance de los problemas con los datos mitocondriales. Cameron y otros concluyeron que los datos
mitocondriales eran prometedores, pero que el sesgo de composición de nucleótidos entre los linajes, las tasas de sustitución
desiguales entre los grupos y otros efectos de rama larga deben considerarse cuidadosamente. Muchas de las relaciones
recuperadas con genomas mitocondriales completos eran inverosímiles y recomendaron que los genomas mitocondriales se
combinaran con otras fuentes de datos. Talavera y Vila encontraron los mismos problemas en 2011 [ 275 ], y propusieron que
los nodos profundos no se pueden reconstruir con los métodos de la época (que incluían análisis bayesiano y de
verosimilitud). Simon y Hadrys [ 274] recomendó una visión igualmente cautelosa, encontrando muchas relaciones
inverosímiles entre órdenes incluso cuando se utiliza un muestreo de taxón denso y un modelo cuidadoso. Chen y col . [ 276]
encontraron que la inclusión de un projapígido ayudó a recuperar la monofilia de dipluran, pero aún no pudieron recuperar la
monofilia de hexápodos con un muestreo extenso de taxones entre hexápodos basales y grupos externos de artrópodos. La
revisión más optimista de Cameron de las implicaciones filogenéticas de la genómica mitocondrial de insectos, resumió las
violaciones del modelo y formuló recomendaciones exhaustivas para el tratamiento apropiado de los genomas mitocondriales
para la filogenia. La cuestión de si los datos mitocondriales son "buenos" o "malos" es claramente una simplificación
excesiva. Muchos nodos antiguos que son aceptados y corroborados por otros datos se recuperan de datos mitocondriales
[ 274 , 277 - 281 ], y muchas relaciones entre polineópteros se comparten entre análisis nucleares y mitocondriales [190 ]. Por
ejemplo, utilizando genomas de mtDNA, Wan et al . [ 281 ] encontró muchos de los nodos que Misof et al . [ 50 ] recuperados
de transcriptomas ( recuadro 4 ) y algunos de estos nodos ( figura 5 : P, Q, R) sólo se han visto antes en raras ocasiones. Los
datos mitocondriales recuperan consistentemente Mantophasmatodea con Phasmatodea [ 273 , 281 ]. Cameron y col . [ 282 ]
encontró Megaloptera hermana de Neuroptera, reflejando los resultados de transcriptomas [ 50]. El número de nucleótidos en
cualquier análisis está fuertemente correlacionado con el soporte de la rama. Sin embargo, como los genes mitocondriales están
todos vinculados y, por lo tanto, se heredan como una unidad, una vez que el árbol genético se recupera con precisión, hay
poco más en términos de corroboración que los genomas mitocondriales completos puedan agregar. Las motivaciones y los
desacuerdos actuales, en la era de la filogenómica de los 'macrodatos', a veces se centran en aquellos que abogan por más datos
(en términos de secuencias más largas y más taxones), y aquellos que abogan por 'mejores datos'. Este desacuerdo ha estado
con nosotros desde el comienzo de la sistemática molecular, y se pierde el punto de que más datos, mejor información y
mejores modelos son todas las cosas buenas.
Figura 5. Consenso actual, modificado de Misof et al . [ 50 ]. Los estudios anteriores mencionados en esta revisión están
numerados y codificados por colores a la izquierda, con los nodos que apoyaron a la derecha. Rojo; morfología, sin matrices de
datos formalizadas. Naranja: Morfología, con análisis informático. Azul: datos secuenciados de Sanger en los que el ARNr
desempeñaba un papel predominante. Negro: Sanger secuenció múltiples genes codificadores de proteínas nucleares. Verde:
grandes datos genómicos o transcriptómicos. ( b ) Los tamaños de los conjuntos de datos, representados a lo largo del
tiempo. El eje y está en una escala logarítmica. Colores como en ( a) excepto que Liu y Beckenbach [118] eran datos
mitocondriales. El tamaño de los datos se calcula multiplicando el número de taxones por el número de caracteres. Para los
trabajos en los que se utilizaron aminoácidos como caracteres, multiplicamos el número de caracteres por 3, de modo que estos
conjuntos de datos fueran comparables a los conjuntos de datos de nucleótidos. El trabajo de transcriptoma a menudo tiene
muchos datos faltantes, por lo que los números de caracteres se multiplicaron por la proporción de datos presentes.

16. Trabajar en pedidos individuales

Esta revisión ha dado poca importancia a la gran mayoría de los artículos sobre filogenia de insectos debido a nuestro enfoque
en trabajos que abordan la filogenia de insectos de alto nivel. Dada su diversidad casi inimaginable, es imposible que un
individuo sea considerado un experto para todos los Hexapoda, y la mayoría de los trabajadores pasan sus carreras explorando
grupos particulares. Aquí la lista de una muestra de los avances recientes de varios autores en la filogenia de los odonatos
[ 283 - 290 , 292 ], Efemerópteros [ 278 , 293 , 294 ], Plecoptera [ 295 ], Dermaptera [ 296 ], embioptera [ 297 ], Phasmatodea
[ 298 ], Dictyoptera [236 , 279 , 299 - 301 ], Mantodea [ 302 ], Orthoptera [ 234 , 303 - 306 ], Hemiptera [ 307 , 308 ],
Psocodea [ 309 ], Hymenoptera [ 310 - 317 ], Neuropterida [ 318 - 320 ], Coleoptera [ 321 - 323 ], Diptera [ 324 , 325 ],
Lepidoptera [ 326 - 334 ], Trichoptera [ 335 - 337 ], Mecoptera [ 246, 338 , 339 ] y Siphonaptera [ 340 , 341 ].

17. Más allá de la caja de herramientas estándar: múltiples genes, transcriptomas y genomas

Aunque todavía se publican muchos estudios útiles con algunos genes y morfología, la filogenia actual implica con frecuencia
el análisis de conjuntos de datos muy grandes. Savard y col . [ 342], en un uso temprano de recursos filogenéticos genómicos
en 2006, analizó 185 genes nucleares de cuatro órdenes holometábolos, enraizados con un saltamontes y un pulgón, encontró
resultados que son consistentes con nuestras mejores estimaciones actuales: (Hymenoptera, (Coleoptera, (Lepidoptera,
Diptera))). En ese momento, la mayoría de los estudios encontraron que Hymenoptera tenía un apoyo débil como hermana de
Mecopterida; el grupo que incluye Mecoptera, Siphonaptera, Diptera, Trichoptera y Lepidoptera, por lo que el fuerte apoyo a
su resultado alternativo llevó a los autores a sugerir que grandes conjuntos de datos podrían resolver controversias de larga data
sobre filogenias de insectos. Uno de los primeros estudios sobre Holometabola que se liberó del ARNr estándar y los genes
mitocondriales para análisis interordinales informó resultados de seis genes nucleares de copia única [ 47]. Un estudio similar
que utilizó nueve genes nucleares [ 154 ], encontró resultados casi idénticos, ambos prediciendo nuestra comprensión actual de
las relaciones dentro de Holometabola. Aunque los conjuntos de datos no eran más grandes que los análisis anteriores
dominados por ARNr, y significativamente más pequeños que los análisis transcriptómicos por venir ( figura 5 ), el hecho de
que ambos artículos rechazaran Halteria independientemente del ARNr les dio un impacto adicional. En 2011 se utilizaron tres
nuevos genes codificadores de proteínas nucleares (DPD1, RPB1 y RPB2) [ 170 ], lo que rechazó aún más a Halteria. Sasaki y
col . [ 343] secuenciaron más de 10 000 nucleótidos de estos mismos tres genes, y centraron su atención en las primeras
divisiones entre hexápodos, con importantes grupos externos de artrópodos y polineópteros. Recuperaron el inusual resultado
de (Protura, ((Collembola, Diplura), Insecta)), que no ha sido corroborado posteriormente.

18. Minería de datos y grandes canales de filogenia automatizados

Los conductistas, ecologistas y otros biólogos se basan en árboles filoenéticos para comprender la evolución de características
complejas. GenBank es rico en datos y la tentación de crear pipelines ( recuadro 4 ) para descargar, combinar, filtrar y
analizar estos datos para producir un árbol es fuerte. Sobre la base del trabajo de Hunt et al . [ 344 ] para generar grandes
conjuntos de datos a partir de bases de datos públicas, Peters et al . [ 312 ] desarrolló una tubería de 'prueba de concepto' que
extrajo datos de GenBank de Hymenoptera, con el fin de construir una filogenia con más de 1000 taxones. El concepto
funcionó, pero la filogenia se vio afectada por la calidad de los datos originales en GenBank. Bocak y col . [ 322] construyó
una filogenia con bases de datos públicas para más de 8000 especies de escarabajos. Una vez más, este estudio demostró que
tal cosa puede funcionar y apoyó varias relaciones internas en disputa. Zhou y col . [ 345] produjo una filogenia de más de 16
000 haplotipos de códigos de barras de Trichoptera, pero este estudio difirió en que se utilizaron restricciones para aislar la
filogenia de errores predecibles. Estos estudios proporcionan evidencia de que es factible producir enormes filogenias a partir
de bases de datos públicas. Sin embargo, basándonos en nuestra experiencia con datos genómicos y morfológicos, advertimos
que sin la experiencia analítica de las propiedades específicas de los datos, así como los conocimientos de los especialistas
taxonómicos para un grupo particular de insectos, es imposible reconstruir y evaluar la plausibilidad de relaciones
filogenéticas. Esta idea ejemplifica el equilibrio entre los análisis expertos que producen filogenias razonables y la
preocupación de que decisiones injustificadas o caprichosas puedan sesgar las conclusiones filogenéticas.

18.1. El problema de Palaeoptera revisado

Un análisis transcriptómico temprano de siete órdenes de pterigotos, arraigados con Collembola, agrupó las efímeras con
Neoptera (la hipótesis de Chiastomyaria; apéndice A) [ 346 ], pero el problema de Palaeoptera estaba lejos de resolverse,
porque Regier et al . [ 347 ], en un estudio centrado en artrópodos, recuperó un nodo Palaeoptera contradictorio. Thomas y
col . [ 348 ] evaluó los datos estándar de Sanger en 2013 y encontró apoyo para Palaeoptera. El primer conjunto de datos EST
(etiquetas de secuencia expresada = transcriptomas parciales) muy grande para evaluar las relaciones entre artrópodos fue
publicado por Meusemann et al . en 2010 [ 349]. Además del tamaño del conjunto de datos, este documento fue innovador en
términos de filtrado de datos. Los sitios aleatorizados o filogenéticamente no informativos se identificaron algorítmicamente y
enmascararon ( recuadro 4 ) con un programa llamado Aliscore [ 240 ], y la matriz se optimizó con el programa MARE
[ 350 ]. MARE elimina tanto genes como taxones que son problemáticos debido a la falta de datos, lo que da como resultado
una matriz más pequeña pero más densa. Meusemann y col . recuperaron tanto Palaeoptera como Chiastomyaria utilizando
parámetros analíticos alternativos ( recuadro 3 ). Además, también encontraron que Hymenoptera era el taxón hermano de
otras Holometabola y una Nonoculata monofilética, como en los análisis dominados por rRNA.

Un patrón consistente con grandes conjuntos de datos es que tienden a recuperar Palaeoptera [ 117 ], Chiastomyaria o ambos
[ 50 , 349 ], pero rara vez el Metapterygota favorecido morfológicamente (pero ver [ 351 ]). Mientras que Misof et al . [ 50 ]
reportaron la monofilia de Palaeoptera, los análisis de mapeo de cuarteto ( recuadro 4 ) reportados en sus materiales
suplementarios favorecieron a Chiastomyaria y rechazaron la Metapterygota morfológicamente favorecida. Se predijo que la
resolución de Palaeoptera estaría entre los nodos más difíciles de recuperar [ 352 ], e incluso ahora, con millones de
nucleótidos aplicados a la cuestión, debe considerarse sin resolver (figura 5 ). Seguimos viendo que los nodos problemáticos de
la morfología todavía existen, con un conflicto continuo por la ubicación de Diplura y Zoraptera y el estado de Palaeoptera.

18.2. Strepsiptera revisitado

Entre los primeros de los análisis verdaderamente genómicos se encontraba Niehuis et al . en 2012 [ 175 ], que secuenció el
genoma nuclear de Strepsiptera y lo comparó con genomas previamente secuenciados de dos escarabajos, cuatro himenópteros,
tres moscas y Bombyx (silkmoth), con dos grupos externos. Probaron cuatro hipótesis con respecto a la ubicación de
Strepsiptera y concluyeron que pertenecía a los escarabajos, como lo colocaron originalmente los morfólogos. Esto fue
reforzado aún más por McKenna [ 176 ], quien agregó un genoma de neuropteran al análisis, y por Boussau et al . [ 177], quien
agregó transcriptomas de taxones clave adicionales a secuencias genómicas y los analizó con modelos diseñados para evitar
efectos de longitud de rama. Descartaron la posibilidad de una relación cercana entre Strepsiptera y cualquiera de las familias
de escarabajos, Rhipiphoridae o Meloidae (entre otras).

18.3. Filogenia de insectos resuelta

Muchos laboratorios ahora están recopilando grandes conjuntos de datos de técnicas de captura híbridas, como el
enriquecimiento híbrido anclado [ 353 ] o elementos ultraconservados (UCE) [ 354]. Ambos métodos permiten la recuperación
de datos de especímenes de museo degradados. El enriquecimiento híbrido anclado tiene la ventaja de que las sondas se
pueden diseñar a partir de transcriptomas, lo que hace que los datos de las dos fuentes sean completamente combinables. Los
UCE tienen la ventaja de que las sondas se pueden diseñar sin la necesidad de secuencias de taxones estrechamente
relacionados. Los laboratorios Weirauch (Heteroptera), Johnson / Dietrich (Hemiptera y Psocodea), McKenna (Coleoptera),
Wiegmann (Diptera), Kawahara (Lepidoptera), Ward, Borowiec, Schultz y Brady (Formicidae) y Kjer / Frandsen (Trichoptera)
tienen actualmente grandes conjuntos de datos enriquecidos con híbridos en curso y, según sus presentaciones en conferencias,
estos datos están resolviendo en gran medida problemas de larga data con un sólido soporte de arranque.

Misof et al . El estudio de filogenómica de insectos basado en transcriptomas de 1478 genes [ 50 ], publicado en Science en
noviembre de 2014, es de lejos el análisis más grande hasta la fecha de las relaciones de los insectos y su filogenia, y
proporciona nuestro consenso actual ( figura 5 ). Se produjeron múltiples avances técnicos entre Meusemann et al . en 2010
[ 349 ] y el estudio Misof en 2014 [ 50 ]. Ambos estudios involucraron a muchos de los mismos autores. Aunque el estudio de
Misof es corto en impresión, una de sus contribuciones más sólidas son las 200 páginas de materiales complementarios, que
incluyen recomendaciones para un montaje cuidadoso ( recuadro 4 ), predicción de ortología (recuadro 4 ), enmascaramiento
de datos ( recuadro 4 ) y optimización de la señal. Los dominios de proteínas se consideraron particiones ( recuadro 4 ) y se
desarrollaron modelos de tasa específicos del sitio. Diplura era hermana de Insecta, de acuerdo con Letsch & Simon [ 355 ], a
pesar de la recuperación de Entognatha en otros grandes conjuntos de datos [ 347 , 349 ]. El 2014 Misof et al. El estudio fue la
primera de las publicaciones de la iniciativa 1KITE, que ahora ha recopilado transcriptomas de más de 1400 taxones. Los
subproyectos en los trabajos de 1KITE incluyen grandes conjuntos de datos dirigidos a 'hexápodos basales', Odonata,
Polyneoptera, Paraneoptera, Hymenoptera, Coleoptera, Neuropterida, Trichoptera, Lepidoptera y Amphiesmenoptera, junto
con más de 100 proyectos secundarios relacionados con la evolución molecular en insectos. Estos proyectos paralelos sitúan la
filogenómica de insectos a la vanguardia del descubrimiento de sistemas de caracteres basados en metacaracteres genómicos, y
su impacto va más allá de la entomología con el desarrollo de nuevos enfoques filogenómicos. Misof et al . El estudio ya ha
tenido un impacto visible en la filogenética de grupos de orden superior al facilitar el enriquecimiento del objetivo y
proporcionar datos de acceso abierto.

19. Filogenética integrada

Enfoques innovadores como µCT [ 356 ] y reconstrucción por computadora [ 357 ], una aplicación combinada optimizada de
diferentes técnicas y el concepto de morfología evolutiva [ 358 ] han llevado a un notable renacimiento de la morfología de
insectos en las últimas dos décadas, especialmente en Europa y Japón. Los últimos años se han caracterizado por matrices de
tamaño creciente y una documentación claramente mejorada de los caracteres, posible gracias al uso de una amplia gama de
técnicas y un flujo de trabajo optimizado [ 359 ]. Los resultados bayesianos de la matriz de estado de carácter morfológico más
grande utilizada en la sistemática de insectos hasta ese momento [ 48 ] eran totalmente compatibles con los estudios
transcriptómicos [ 49, 50 ], lo que indica que la morfología todavía puede desempeñar un papel en la estimación y
corroboración de la filogenia molecular.

Muchos ejemplos del valor de la filogenética integrada provienen de Misof et al . [ 50 ]. Quizás su resultado más inusual fue el
agrupamiento de Psocodea con Holometabola, pero no se pudo eliminar la posibilidad de que la especificación incorrecta del
modelo hubiera influido en esta ubicación [ 50 ]. Los datos morfológicos proporcionan otra razón para ser escépticos
[ 152 ]. Zoraptera tampoco se colocó fuertemente en su estudio [ 50 ], pero se colocó de manera confiable en un polineóptero
monofilético, como también lo sugirieron estudios morfológicos y embriológicos recientes [ 79 , 360]. A pesar de los avances
recientes, es obvio que la morfología tiene sus limitaciones. Incluso grandes conjuntos de datos de alta calidad crean resultados
parcialmente insatisfactorios, a veces a pesar de las impresionantes listas de estados de caracteres derivados compartidos
(sinapomorfías) para presuntos clados, como en [ 360 ]. Las sinapomorfías artefactuales creadas por análisis filogenéticos, es
decir, "ruido cladístico", a menudo sugieren resultados que, de hecho, no están suficientemente respaldados o no están
respaldados en absoluto por ninguna característica convincente. Un ejemplo es el 'clado' Dictyoptera + (Zoraptera +
Plecoptera) apoyado por un reciente análisis de parsimonia de datos morfológicos por Matsumura et al. [ 360]. Como
señalaron los autores, algunas de las presuntas sinapomorfias obtenidas fueron obviamente el resultado de una evolución
redundante engañosa. Los caracteres correlacionados también pueden causar artefactos en reconstrucciones filogenéticas
basadas en la morfología [ 361 ], como se aborda en el contexto del problema Palaeoptera [ 362 ]. Se sugirieron soluciones,
basadas en la ponderación modificada o la exclusión de caracteres.

19.1. Los parientes más cercanos de los hexápodos.

Una cuestión crucial aparentemente era inaccesible para los enfoques morfológicos, pero se resolvió en gran medida con datos
moleculares: la posición sistemática de Hexapoda. Un Tracheata monofilético (Myriapoda + Hexapoda) se consideró otorgado
en estudios basados en morfología, con Hexapoda colocado como el grupo hermano de Myriapoda (milpiés y ciempiés) o
como el taxón hermano de un subgrupo de miriápodos [ 363 , 364 ]. Los conjuntos de datos moleculares de diferente tamaño y
composición, y analizados con diferentes enfoques, arrojaron consistentemente un clado Pancrustáceo (también llamado
Tetraconata), generalmente con hexápodos ubicados entre linajes de crustáceos parafiléticos
[ 50 , 257 , 346 , 347 , 349 ,366 - 368 ]. Aunque se han presentado algunos argumentos morfológicos para Pancrustacea
[ 369 , 370 ], todavía falta un análisis formal del carácter y la evidencia morfológica está lejos de ser convincente. Los posibles
candidatos para los parientes más cercanos de Hexapoda dentro de Pancrustacea incluyen el grupo relicto altamente
especializado Remipedia, Malacostraca, y posiblemente la Cephalocarida miniaturizada [ 50 , 347 ], aunque otros estudios
contradicen esto [ 117 , 371].]. La enorme brecha morfológica entre estos grupos acuáticos y los hexápodos terrestres dificulta
las comparaciones significativas de los caracteres morfológicos y las hipótesis de homología. Klass y Kristensen
[ 73 ] señalaron que la monofilia de Hexapoda no está fuertemente apoyada morfológicamente, con básicamente un solo
complejo de caracteres que la define: la especialización regional del cuerpo en cabeza, tórax y abdomen, con el tórax dividido
en tres -segmentos y el abdomen en 11. Sin embargo, como se muestra en Beutel et al . [ 372], el concepto de Pancrustacea
tiene fuertes implicaciones para el plano básico de los hexápodos. La ubicación fuertemente apoyada de Hexapoda entre los
grupos de crustáceos implica una serie completa de autapomorfias de hexápodos adicionales, como hábitos terrestres, piernas
para caminar simplificadas, fusión del segundo maxilar (labio), la pérdida del borde alimentario ventral, la ausencia de
glándulas del intestino medio y órganos nefridiales y otros.

20. Confianza y cautela

Figura 5 bmuestra un crecimiento exponencial en el tamaño de los conjuntos de datos desde finales de la década de 1980, y
esperamos que este crecimiento continúe. Es tentador pensar que cada parte de la filogenia de los insectos se ha resuelto ahora
con grandes conjuntos de datos. Casi todos los nodos tienen un fuerte soporte de arranque. Sin embargo, el soporte de
bootstrap fue diseñado para evaluar la estocasticidad y, con grandes conjuntos de datos, la estocasticidad se reduce o incluso se
elimina. Esto se consideraría bueno si los modelos y supuestos fueran perfectos. Sin embargo, debido al tamaño de los
conjuntos de datos actuales, pequeños sesgos en los datos o especificaciones incorrectas del modelo pueden resultar en un
fuerte soporte de arranque para errores. Predecimos que el refinamiento del modelo será una rica fuente de descubrimiento en
el futuro. Por ejemplo, la imposibilidad de resolver el problema de Palaeoptera, como lo indica el mapeo del cuarteto
( recuadro 4) [ 50 ], puede apuntar hacia un caso real de historias de árboles genéticos en conflicto. Sin embargo, somos
reacios a asumir esta explicación biológica sin un análisis apropiado. Una explicación tan cómoda de los datos mal
comportados o de los modelos inapropiados puede hacer que los fallos analíticos parezcan nuevos descubrimientos. Todas las
precauciones disponibles en ese momento fueron aplicadas por Misof et al . [ 50 ], y no encontramos motivos para dudar de
sus resultados. Además, sus precauciones se reflejan en el material suplementario expansivo [ 50 ]. Nos gustaría enfatizar que
las filogenias nunca pueden ser más que hipótesis, sujetas a las limitaciones de los modelos y supuestos. Esta afirmación es
obvia, pero vale la pena repetirla a la luz de los enormes conjuntos de datos que ahora están disponibles.

Con cada avance, desde la cladística hasta la secuenciación de Sanger, y ahora la genómica, vimos una ola de exceso de
confianza en que los conflictos insolubles se resolverían, solo para descubrir nuevos obstáculos. Apenas estamos comenzando
a comprender el comportamiento de grandes conjuntos de datos, por lo que no podemos escribir sobre estas innovaciones
desde una perspectiva histórica. La disciplina seguirá mejorando. Todavía buscamos confirmación y congruencia de otras
fuentes de datos, como morfología y eventos genómicos raros.

Tanto las investigaciones morfológicas como las moleculares centradas en la sistemática de los insectos han logrado enormes
avances en la última década. Del mismo modo, la investigación de insectos extintos ha aumentado su ritmo con técnicas
morfológicas avanzadas que permiten una reconstrucción asombrosamente detallada de fósiles de ámbar. Aunque todavía se
podrían hacer mejoras en la comunicación a través de diferentes líneas de investigación, es poco probable que veamos muchas
revoluciones importantes en la filogenia profunda de los insectos, fuera de los grupos que hemos marcado como no
resueltos. El desacuerdo sobre la parsimonia versus la probabilidad se ha resuelto. Con la genómica, es probable que
continuemos aprendiendo sobre la función de los genes y los vínculos entre los procesos de desarrollo y filogenéticos y cómo
estos procesos cambian con el tiempo y entre linajes. Tuberías optimizadas ( cuadro 4) de procesar y conectar diferentes
fuentes de evidencia es actualmente un objetivo clave para el futuro. Estas tuberías son uno de los principales objetivos de
1KITE y los proyectos asociados. La integración continua de diferentes disciplinas probablemente conducirá a una mejor
comprensión de la compleja evolución de los insectos, revelando por qué este grupo de organismos alcanzó una diversidad de
especies sin igual y conquistó con éxito prácticamente todos los entornos terrestres y de agua dulce de la Tierra.