“Año de la universalización de la salud”
UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
Escuela Profesional de Ingenieria Ambiental
INFORME N° 1
UTILIZACION DEL SOFTWARE BioEdit 7.2 COMO HERRAMIENTA EN
BIOTECNOLOGIA
ESTUDIANTE : MARIDI ESTEFANI ARISACA GOMEZ
CURSO : BIOTECNOLOGIA
DOCENTE : HEBERT HERNAN SOTO GONZALES
CICLO : VII
ILO – PERÚ
2020
ANALISIS DE LA CALIDAD DE SECUENCIAS GENETICAS Y BUSQUEDA EN EL
BANCO DE GENES NCBI UTILIZANDO LOS SOFTWARES BIOEDIT Y BLASTn
OBJETIVOS:
Familiarizar en el manejo, aplicación y manipulación de secuencias genéticas
de ADN.
Conocer las formas de manejo aplicado a la biotecnología y bioinformática.
Análisis de la calidad de secuencias genéticas y búsqueda en el banco de
genes NCBI utilizando los softwares Bioedit y Blastn
INTRODUCCIÓN
El crecimiento de la industria de la biotecnología en los últimos años no tiene
precedentes, así como los avances en modelado molecular, la caracterización de
enfermedades, el descubrimiento farmacéutico, el cuidado de la salud clínica, la
medicina forense y la agricultura.
La bioinformática se aplica actualmente en casi todos los campos científicos. Hoy en
día, gracias a ella se pueden procesar las muchas cantidades de datos generados
por las técnicas de secuenciación, tanto secuenciación automática como piro
secuenciación. Los datos obtenidos en secuenciación están depositados y
disponibles en las bases de datos que son públicas y accesibles a nivel mundial. Por
ejemplo, el NCBI (Centro Nacional para la Información Biotecnológica o National
Center for Biotechnology Information) es parte de la Biblioteca Nacional de Medicina
de Estados Unidos, una rama de los Institutos Nacionales de Salud.
MATERIALES Y METODOS
Laptop para el desarrollo de la actividad
Programas: Bioedit y BLASTn
Secuencia de genes
Una vez instalado el programa de Bioedit 7.2 en nuestro equipo de trabajo, abrimos
las secuencias de genes proporcionadas.
Abrimos cualquiera de las secuencias y exportamos en formato FASTA, procedemos
a guardarlo con el código de la secuencia en una carpeta para mantener el orden de
nuestro trabajo.
Vamos a nuestra carpeta y abrimos la secuencia en bloc de notas para poder
copiarla en el BLASTn.
Ingresamos al banco genético NCBI y damos un clic en BLAST que es un programa
interno de NCBI y se procede a trabajar con nucleótido Blast.
Introducimos nuestra secuencia para saber a qué organismo pertenece esta
secuencia
Hacemos clic en BLAST y si la secuencia es buena nos dará la siguiente información
descripción, grafico, alineaciones y taxonomía de un listado de secuencias
comparadas de esa manera también podemos ver a qué organismo pertenece dicha
secuencia, el programa no nos dará ninguna información en caso de que la
secuencia introducida tenga muchas “n” que puede ser la mala calidad del ADN o
contaminantes.
RESULTADOS
Analizamos la identidad de 15 secuencias de las cuales en una hoja de Excel
escribimos la información que se encuentra en la siguiente imagen.
CALIDAD
DE LA
IDENTIFICACIÓN DE TIPO DE ORGANISMO SECUENCI %
N.-
(nombre científico y si es planta, bacteria, A DE ADN IDENTID OBSERVACIONES
MUESTRA
hongo, virus, parásito) (BUENA - AD
MALA -
REGULAR)
14-483H Enterobacter hormaechei (bacteria) regular 88.47% aprobada
12-526YZ Klebsiella sp.(bacteria) regular 95.25% aprobada
no fue aprobada por el
10-88H no identificada mala 0%
blast
no fue aprobada por el
08-375H no identificada mala 0%
blast
06-526Y1 Klebsiella sp.(bacteria) regular 95.92% aprobada
04-88NZ Klebsiella pneumoniae (bacteria) buena 94.39% aprobada
02-
Gen Klebsiella (bacteria) buena 85.85% aprobada
526NZ
no fue aprobada por el
20-D04 no identificada mala 0%
blast
18-B04 Kosakonia sacchari (bacteria) buena 78.88% aprobada
01-A03 Klebsiella oxytoca (bacteria) regular 77.87% aprobada
no fue aprobada por el
03-C03 no identificada mala 0%
blast
05-E03 Klebsiella pneumoniae (bacteria) regular 85.05% aprobada
no fue aprobada por el
07-G03 no identificada mala 0%
blast
1Y2-F04 kosakonia oryzae (bacteria) buena 79.20% aprobada
no fue aprobada por el
3Y2-H04 no identificada mala 0%
blast
En la primera muestra tuvo un 88.47% de identidad y el organismo encontrado fue
Enterobacter hormaechei (bacteria) que pertenece al género Enterobacter, de la
familia de las Enterobacteriaceae. Es un bacilo Gram negativo Oxidasa negativo y
Catalasa positivo presente en el aparato digestivo humano
En la segunda muestra se observó que tuvo un 95.25% de identidad y el organismo
encontrado fue es la especie de mayor relevancia clínica dentro del género
bacteriano Klebsiella, compuesto por bacterias Gram negativas de la familia
Enterobacteriaceae, que desempeñan un importante papel como causa de las
enfermedades infecciosas oportunistas.
En la tercera, cuarta y posteriores muestras escritas como no identificadas, el blant
no logro aprobarlas obteniendo cero resultados de identidad.
Las demás secuencias fueron reconocidas como bacterias, con buen porcentaje de
identidad.
CONCLUSIONES
Se logró el manejo de los programas propuestos para el análisis e identificación de
secuencias, teniendo como resultado que la mayoría de las secuencias son
bacterias.
Con esto se vio que la bioinformática se ha convertido en una disciplina excepcional,
ya que permite a los científicos descifrar y gestionar las enormes cantidades de
datos que se generan a diario o que ya están disponibles.
BIBLIOGRAFIA
[Link]
EMG_RRG.pdf;jsessionid=2FFF27CCFFBD32E12992514705161B75?
sequence=1
[Link]
infecciosas/20190507/462102542550/klebsiella-multirresistente-klebsiella-
variicola-klebsiella-quasipneumoniae-enterobacteriaceae-resistencia-
[Link]
[Link]
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