La guerra civil inca fue un conflicto armado entre los partidarios de Huáscar y su hermano o medio
hermano Atahualpa por el trono inca. Probablemente se inició en 1529,3 pero se sabe que la victoria se dio para el
segundo pretendiente en 1532,4semanas antes de ser tomado capturado y ejecutado por Francisco
Pizarro en Cajamarca.5
En 1525 se produjo una epidemia de una enfermedad desconocida para los incas, identificada por historiadores
posteriores usualmente con la viruela o el sarampión, que causó la muerte de Huayna Cápac en Quito.8 Antes de morir,
Huayna Cápac había designado como príncipe sucesor a Ninan Cuyuchi, pero este también había enfermado y muerto
en Tomepampa sin que lo supiera su padre. Aunque un grupo de curacas intentó mantener en secreto la muerte del
Inca y de su sucesor para evitar rebeliones,
Huáscar veía en Atahualpa la mayor amenaza a su poder, ya que éste había pasado una década combatiendo en las
campañas de su padre y tenía el apoyo de muchos. No se opuso a que permaneciera como gobernador de Quito, por
respeto a los deseos de su difunto padre, pero con dos condiciones: que no hiciera campañas militares para expandir
sus territorios y que se reconociera vasallo suyo y le pagara tributos. Atahualpa aceptó. 1
El punto de inicio fue cuando Huáscar ordenó a su medio hermano Atahualpa presentarse en Cusco para que le jurara
formalmente su vasallaje. Desconfiando de las intenciones de Huáscar, Atahualpa ordenó públicamente hacer todos los
preparativos para el viaje, pero en secreto ordenó a sus generales Challcuchimac, Quizquiz y Rumiñahui marchar con
diferentes grupos de tropas al sur.15
Los atahualpistas llegaron hasta Villcacunca, a 30 kilómetros de Cusco. Húascar salió a enfrentarlos con 10.000
hombres y acampó a 15 km de la capital, mientras esperaba refuerzos del Contisuyo. Pero las tropas de Atahualpa les
atacaron y en la zona llamada Quepaipa se dio la batalla decisiva. El enfrentamiento fue muy sangriento y los quiteños
resultaron vencedores gracias a la experiencia de sus comandantes. Huáscar fue capturado después de la batalla,
cuando intentaba escapar. Tras enterarse de la victoria, Atahualpa viajó a Xauxa donde llamó a todos los orejones y
curacas del imperio al sometimiento. Pero, según Agustín de Zárate, entre la batalla de Quipaipán y la llegada de los
españoles pasaron "casi dos años y medio" en los que el curaca norteño tuvo que dedicarse a someter las rebeliones
constantes de las tropas leales a Huáscar en todo el imperio.21
A poco de finalizar la guerra irrumpieron los españoles, bajo el mando de Francisco Pizarro, el cual inició una serie de
proclamas por uno y por otro bando, lo que les permitió entrar sin ser atacados en el imperio por el límite norte.
Finalmente se decidieron como partidarios de Huáscar Inca tras los sucesos de Cajamarca en que emboscaron,
capturaron y posteriormente dieron muerte al vencedor de la guerra civil: Atahualpa.
Mientras Quizquiz tomó Cusco, Francisco Pizarro había tomado contacto con un hermano de Huáscar y
Atahualpa, Túpac Hualpa. Tupac Hualpa fue nombrado Inca gobernante por Pizarro y en tal calidad inició un viaje hacia
Cuzco, falleciendo apenas dos meses más tarde de su entronización. Pizarro acusó a Challcuchimac de haber
envenenado al Sapa Inca y lo condenó a muerte. Rumiñahui y Quizquiz corrieron suertes diferentes. El primero
continuó la resistencia quiteña ante Sebastián de Belalcázar, lugarteniente de Pizarro, hasta caer derrotado. Apo
Quizquiz luchó contra Hernando de Soto y Manco Inca, otro de los hijos de Huayna Capac y futuro sucesor de Tupac
Hualpa, tratando de juntarse con Rumiñahui. Esto no lo lograría al terminar siendo asesinado por su capitán Huayna
Palcon luego de una discusión.
De su lado, la nobleza cusqueña, menguada por la guerra civil, se refugió en torno a la sucesión del hermano de Tupac
Hualpa, Manco Inca, el cual fue instituido Inca en el Cusco en una acción anterior al saqueo de la capital imperial por
los hispanos. No tardó sin embargo, en darse cuenta Manco Inca de la verdadera naturaleza de los conquistadores y
encabezó un formidable levantamiento, conocido como la guerra de reconquista incaica.