Práctica 2
Tutorial para ChromasPro
Edición de secuencias
Citlali Cuevas Flores
Análisis genético
6to semestre-Matutino
1. Abrir el programa
2. Para realizar un proyecto de secuenciación…
I. II.
Se abrirá un formato
2. en “limpio”
Se anexarán los archivos sobre
3. los que se desea trabajar II.
I.
Seleccionar los archivos
4. Los archivos aparecerán en un listado
Eliminación de
extremos
I.
Seleccionar un archivo [dando clic] para
5. comenzar la eliminación de extremos (primers)
II.
Se abrirá la secuenciación en un cromatograma, el extremo previo
(de color amarillo paja) representa al primer
Se seleccionará cada letra “N” de los primers,
6.1 para posteriormente borrarlas
Otra manera de borrar el primer, es seleccionando
6.2 “Show Sequence Editor” y se abrirá una ventana
I.
II.
Se seleccionarán las letras “N”
que están resaltadas en
amarillo y posteriormente se
procederá a borrarlas
7
El procedimiento anterior se
repetirá cualquiera de los archivos
sobre los que se desee trabajar
La eliminación de los primers
se hará en cada archivo y
éstos se encontrarán al inicio
y al final de cada secuencia
Después de la eliminación de extremos, se formará
8. un “Countig” con los archivos que se ensamblen
Después de seleccionar el primero, se oprime la tecla
II. ctrl (se deja oprimida) y se selecciona el segundo
Se seleccionarán los
I. archivos que se acoplen
II.
Una vez seleccionados ambos archivos, se oprimirá el
comando Project, y posteriormente Assemble Selected
para ensamblar los archivos y formar el Countig
Se dará clic en Countig
Revisión de
incongruencias
Se moverán los comandos X y Y para
I. calibrar el espacio entre las curvas
Se abrirá una ventana donde se mostrará un
9. cromatograma con las secuencias
Consenso
Fordward
Secciones
Reverse
II.
Cada color representa un nucleótido Se realizan correcciones en las letras “N” ya
y cada curva es la representante de que significa que no se tiene identificado
la letra sobre esta cual es la señal (o letra) de este GAP
Timina - Guanina - Citosina - Adenina GAP: Espacio donde falta un nucleótido
I.
Se puede utilizar el comando
II. Next Error para encontrar la zona
donde hay un presunto error
10.
Se seleccionará la
letra “N” y se sustituirá
por la letra que
represente al
aminoácido
correspondiente de la
curva de abajo
Eliminación de
extremos (repetición)
Zona del primer
11.
El procedimiento para la
Seleccionar las letras y borrarlas
eliminación de extremos es el
mismo para todos los archivos
Primer del principio
Los primers (letras en la zona Zona de la secuencia (sin primer)
amarilla) son borrados hasta
que solo quede la secuencia
en el espacio de color blanco
Zona del primer
Primer del final
Seleccionar las letras y borrarlas
Los primers (letras en la zona
amarilla) son borrados hasta
que solo quede la secuencia
en el espacio de color blanco Zona de la secuencia (sin primer)
Revisión de mutaciones
(SNPs) de contigs de
varias muestras
12.
El proceso de
realizar los contigs es
el mismo con todos
los archivos
Se realizaran contigs de todos los
13. archivos que se ensamblen
Se seleccionará un
I. contig y
manteniendo
oprimido ctrl se
seleccionarán los
demás
14.
II.
Los contigs realizados se
unirán para formar uno solo
Se utilizará
III.
Assemble All para
ensamblarlos
Dar clic en el
Contig final
Se tendrá la relación en
15. cromatograma de los contigs
Comparación de
secuencias mediante
BLAST
I.
Se seleccionará BLAST
search dentro de Analysis
II.
BLAST search es una base de datos en donde se
tienen registradas miles de secuencias para
hacer posibles comparaciones
16.
Para localizar a que organismo
pertenecen las secuencias de los Se abrirá una ventana
contigs se utilizará BLAST search donde no se moverá
nada, se dará clic en Send
17.
Se abrirá el portal en línea de
BLAST search y se dará clic en
View report
18.
La pagina obtendrá resultados de acuerdo a la
similitud de la secuencia (por medio de
porcentajes) con respecto a las ya registradas
I.
La secuencia tuvo una similitud del
99% con Speirantha gardeni
II.
Otras aplicaciones
para las secuencias
19.
La opción de Conting Map (en el
mismo cromatograma) permite
realizar un diseño experimental
I.
II.
Conting Map muestra en un mapa con líneas, la distancia que recorren las secuencias
I.
Mutaciones
puntuales II.
Dentro del cromatograma del Contig, se pueden observar las mutaciones
20. puntuales por medio de Show Point/Frameshift Mutation
Dar clic en el comando con un dibujo
de una cadena rompiéndose
I.
II. Se abrirá una ventana con todas las enzimas
21.
Una ultima de las
tantas opciones es
identificar las enzimas
de restricción
Las enzimas de restricción
son de utilidad para identificar
especies y ahorrar en las
lecturas de las secuencias
III.
Al dar clic en ok, se abrirá un mapa con las diferentes enzimas que
se encuentran en la secuencia
I.
II.
III.
22.
Para guardar el contig, se
dará clic en Project y
posteriormente en Export…
La secuencia se guardará en
formato FASTA y se podrá
abirir en el Bloc de notas
![Seleccionar un archivo [dando clic] para
comenzar la eliminación de extremos (primers)
5.
I.
II.
Se abrirá la secuenciación](/p?url=https%3A%2F%2Fscreenshots.scribd.com%2FScribd%2F252_100_85%2F141%2F428008550%2F7.jpeg&__src=https%3A%2F%2Fes.scribd.com%2Fdocument%2F428008550%2FTutorial-para-ChromasPro&__type=image)
