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Ejercicios de Bioinformática en Fasta

Este documento presenta 5 ejercicios de bioinformática que involucran el uso de bases de datos genómicas y herramientas de alineamiento de secuencias. Los ejercicios incluyen realizar búsquedas BLAST de genes bacterianos y metálicos, analizar la filogenia de proteínas homólogas, identificar hongos similares a uno recuperado de ropas antiguas, y explorar la presencia de hemoglobinas en hongos. Los estudiantes deberán descargar secuencias, analizar resultados de BLAST, y generar

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Este documento presenta 5 ejercicios de bioinformática que involucran el uso de bases de datos genómicas y herramientas de alineamiento de secuencias. Los ejercicios incluyen realizar búsquedas BLAST de genes bacterianos y metálicos, analizar la filogenia de proteínas homólogas, identificar hongos similares a uno recuperado de ropas antiguas, y explorar la presencia de hemoglobinas en hongos. Los estudiantes deberán descargar secuencias, analizar resultados de BLAST, y generar

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Guía de ejercicios N°2

Bioinformática BT626
Carrera de Biotecnología

Dra. Mariella Rivas A.


2019
Ejercicio N°1
1. Búsqueda en bases de datos del gen ureC de Bacillus subtilis (NP_391545.1).
Descargar la secuencia en formato Fasta.
2. Realice un Blast y determine el numero de acceso en GenBank de la primera
proteína homologa.
3. Anote los siguientes parámetros obtenidos:
a) Query coverage
b) E-value
c) Percentage identity

4. De sus resultados, comente las primeras 5 secuencias. Son confiables?


5. Descargue en formato Fasta las primeras 5 secuencias y guárdelas en un
archivo word.
Ejercicio N°2
1. Desde el ejercicio anterior descargar el árbol (Blast Tree View).
Copiar y guardar el árbol con el método de Neighbor Joining.
2. Según el resumen grafico (Graphic summary), determinar a que
superfamilia pertenece el gen urease. Guarde la imagen del gráfico
con las 10 primeras proteínas homólogas.
3. Determine los dominios conservados según Blast y donde se
encuentra el sitio activo de la enzima.
Ejercicio N°3
1. Buscar en bases de datos el gen metallothionein de Argopecten, anote el
numero de acceso. Descargar la secuencia de nucleótidos en formato
Fasta.
2. Realice un blastx contra la base de datos nr. Utilice el código genético
estándar. Excluya muestras ambientales no cultivadas. Guarde el
procedimiento. De sus resultados anote:
a) Realice una Tabla con los primeros 5 homologos, con su descripción,
numero de acceso, query coverage, E-value, percentage identity.
b) Analice, es confiable su resultado. Justifique.
c) En que posición se encuentra otro gen de metallothionein, anote su
numero de acceso, y parámetros de similitud.
d) Imprima el resumen gráfico de la búsqueda de similitudes.
Ejercicio N°4
1. El conocido como “hombre de hielo” (“iceman”) es un espécimen
que vivió hace 5300 años y cuyo cuerpo se recuperó de los Alpes
italianos. Cierto material fúngico se recuperó de sus ropas, y fue
secuenciado. ¿A qué moderno hongo se parece más el ADN de dicho
material fúngico?
Ejercicio N°5
1. ¿Existen hemoglobinas en los hongos? Haz una búsqueda PSI-BLAST
usando la beta globina humana (NP_000509), restringiendo la
salida a hongos, en la base de datos nr.
a) ¿Cuántas coincidencias con un E-value menor que 0.005 aparecen?
b) ¿Y en una segunda iteración de PSI-BLAST?
c) ¿Y con BLAST normal?
d) ¿Qué tamaño medio tienen las proteínas fúngicas que contienen un
dominio de globina?

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