G AUSSIAN 09W T utorial

A N INTRODUCCIN A C OMPUTATIONAL C HEMISTRY USO G09W Y

A SOFTWARE VOGADRO
Anna Tomberg
[Link]@[Link]
Este es un tutorial rpido que le ayudar a hacer su camino a travs de la
primeros pasos de la qumica computacional utilizando software Gaussian 09W
(G09).
El tutorial est orientado a principiantes y describe en detalle los ms utilizados
clculos realizados con G09. Sin embargo, la base terica de estas
culaciones no sern cubiertas aqu. Si usted est interesado en understading
los detalles, consulte los libros de texto que se orientan a este tema. Encontr [1]
y
[2] muy til, y recomiendo encarecidamente a echar un vistazo a estos
maravillosos
libros.
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C ONTENIDO
1 Especificaciones del programa
3
1.1 Entrada. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
1.2 Salida. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
1.3 Visualizacin. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
1.4 Modelo de clculo. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
2 Primer vistazo a un clculo
5
2.1 EJEMPLO 1: Energa de un solo punto de agua. . . . . . . . . . . . . . . . . 5
3 Gaussian Input detalles
7
3.1 Enlace 0. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
3.2 Seccin de ruta. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
3.3 Estructura Molecular. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
4 Modelos Tericos
8
4.1 Qu es un modelo terico? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
4.2 ab initio mtodos. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
4.2.1 Ejemplos de Ab initio mtodos. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
4.3 Mtodos semi-empricos. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
4.3.1 Ejemplos de mtodos semi-empricos. . . . . . . . . . . . . . . . 10
4.4 Teora funcional de la densidad. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
4.4.1 Ejemplos de mtodos de DFT. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
4.5 Mecnica Molecular. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
4.5.1 Ejemplos de mtodos MM. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
5 Juegos de Bases
11
5.1 Qu es un conjunto de bases y por qu es importante su
seleccin? . . . . . . . . . 11
5.2 Un poco de teora: Slater VS Gaussian. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
5.3 Tipos de Bases y Notacin. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
5.3.1 Mnimo. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
5.3.2 Valencia dividida. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
5.3.3 Correlacin - coherente. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
5.3.4 Consejos tiles de David Sherrill [5]. . . . . . . . . . . . . . . . . 13
5.3.5 Comparacin entre los conjuntos de bases Pople y CC. . . . . . . . . . 13
6 Tipos de clculo
13
6.1 Optimizacin de la geometra. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
6.1.1 Qu es? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
6.1.2 Para su trabajo. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
6.1.3 Qu informacin obtiene de este clculo? . . . . . . 15
6.2 Energa de punto nico. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
6.2.1 Qu es? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
6.2.2 Para su trabajo. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
6.2.3 Qu informacin obtiene de este clculo? . . . . . . 15
6.3 Frecuencias y termoqumica. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . diecisis
6.3.1 Qu es? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . diecisis
6.3.2 Para su trabajo. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . diecisis
6.3.3 Qu informacin obtiene de este clculo? . . . . . . 17
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6.4 Comprobacin de la estabilidad. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
6.4.1 Qu es? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
6.4.2 En G09. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
6.4.3 Para su trabajo. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
6.5 Orbitales moleculares y anlisis poblacional. . . . . . . . . . . . . . . . 18
6.5.1 Qu es? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
6.5.2 Para su trabajo. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
6.5.3 Qu informacin obtiene de este clculo? . . . . . . 20
6.6 Transiciones UV-Vis y electrnicas. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
6.6.1 Qu es? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
6.6.2 Para su trabajo. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
6.6.3 Qu informacin obtiene de este clculo? . . . . . . 21
6.7 Superficie Potencial de Energa. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
6.7.1 Qu es? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
6.7.2 Para su trabajo. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
6.8 Efecto de solvatacin. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
6.8.1 Qu es? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
6.8.2 Para su trabajo. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
6.9 Otras Propiedades Moleculares. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
6.9.1 Polarizabilidad. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
6.9.2 Fuerzas en los ncleos. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
6.9.3 Volumen Molecular. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
6.9.4 Anlisis de RMN. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
6.9.5 Potencial electrosttico y densidad de electrones. . . . . . . . . . . . 22
7 Para un anlisis exitoso
22
7.1 Principales pasos de un exitoso estudio computacional. . . . . . . . . . . . . 23
7.1.1 Paso 1: Definir los lmites. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
7.1.2 Paso 2: Configure su computadora. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
7.1.3 Paso 3: Defina una buena manera de nombrar los trabajos. . . . . . . . . . . 23
7.1.4 Paso 4: Definir una molcula madre. . . . . . . . . . . . . . . . . 23
7.1.5 Paso 5: Sucesiva secuencia de clculos. . . . . . . . . . . . 23
7.1.6 Paso 6: Lea la salida. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
8 Archivos por lotes: evite esperar alrededor
24
8.1 Qu son los archivos por lotes? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
8.2 Cmo crear un archivo .bcf? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
8.3 Generador de archivos por lotes. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
9 Ejemplos
25
9.1 Ejemplo 1: SP de H2O. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
9.2 Ejemplo 2 Opcin de etanol. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
9.3 Ejemplo 3 Clculo de orbitales moleculares y visualizacin de HF
26
9.4 Ejemplo 4: La Energa de estereoismeros y factores de escala (buteno) 29
10 Solucin de problemas
30
10.1 No se puede lograr la convergencia? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
10.2 Mi trabajo se congel, qu puedo hacer para evitar reiniciar desde
cero? . . . . . 30
10.3 Un enlace doble desapareci de la estructura despus del clculo? . . 30
10.4 Mi archivo por lotes no se ejecuta correctamente, por
qu? . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
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11 Apndice
31
12 Referencias
33
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1 ESPECIFICACIONES DE P ROGRAMA
Gaussian 09W (G09) es un programa de qumica computacional que se ejecuta
en cualquier mod-
Windows 32-bit PC. Si desea instalar G09 en un PC de 64 bits, hay una
procedimiento que debe seguir:
1. Inserte el CD con G09 y copie su contenido en su computadora. Cualquier
carpeta
har Copi directamente en el directorio: C \.
2. Abrir el directorio que contiene G09
3. Encuentra el archivo [Link]
4. Haga clic con el botn derecho en el archivo exe, seleccione Propiedades,
aparecer una nueva ventana
5. Vaya al men Compatibilidad
6. Coloque una marca de verificacin junto a: Ejecutar como administrador (esto
debe activar
casillas de verificacin)
7. Coloque una marca de verificacin junto a: Ejecute este programa en
compatibilidad con (seleccione
Versin de Windows que est utilizando)
La instalacin requiere el CD gaussiano y una clave de registro.
V ISUALIZATION S OFTWARE
ChemDraw (ChemBio 3D Ultra) y Avogadro (v.1.0.3)
los softwares se pueden utilizar para la visualizacin.
V IDEO T UTORIALS
Si prefieres ver videos en vdeo para una mejor comprensin,
vea a continuacin:
Parte 1: [Link]
plcp
Parte 2: [Link]
plcp
Parte 3: [Link]
plcp
Parte 4: [Link]
plcp
Parte 5: [Link]
plcp
O buscar "Avogadro con Gaussian Tutorial" en Youtube.
1.1 I Nput
La entrada para G09 puede tener las siguientes extensiones:
Archivo de entrada gaussiano: .gjf
Archivo de control de lotes: .bcf
Avogadro Archivo de entrada: .com
Archivo de texto: .txt
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La entrada se puede hacer manualmente o venir de otro software, como Chem-
Dibujar (3D) o Avogadro. La entrada de G09 consta de las siguientes partes,
Figura 1:
Figura 1: Ventana de entrada G09
Esta ventana aparece cuando hace clic en Archivo Abrir ... en la ventana
principal de G09
ventana.
La primera lnea: especifica la ruta al archivo que acaba de cargar.
Seccin: especifica el nombre del archivo de punto de control (.Chk)
Seccin Ruta: especifica el conjunto de bases, el modelo terico y el tipo de
trabajo que desea realizar
Seccin Ttulo: especifica el nombre del trabajo (slo para la facilidad del
usuario)
Charge, Multipl .: especifica la multiplicidad de carga y de giro de la corriente
molcula separada por un espacio.
Especificacin de la molcula: especifica los tomos y sus coordenadas esto
es
lo que queremos de la entrada de ChemDraw y Avogadro, de lo contrario,
necesidad de calcular las coordenadas a mano.
Ms detalles sobre cada seccin de la entrada estn disponibles en la seccin
(3.0)
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1,2 O utput
Para ejecutar el trabajo G09, haga clic en el botn RUN, en el panel derecho de la
entrada de trabajo
(Figura 1). La salida tiene slo una extensin: .out. Usted ser rpido
para guardar el archivo de salida antes de cerrar el programa G09.
1,3 V ISUALIZATION
Este tutorial utilizar el software Avogadro para la visualizacin de la salida
G09. Abierto
el archivo .out en Avogadro, su molcula de entrada debe aparecer en la pantalla
de visualizacin.
Una demostracin detallada de Avogadro est disponible en las dos primeras
partes del video
tutoriales.
N OTA
Si intenta visualizar cosas que no ha calculado usando G09, el programa
se congelar
MODELO 1,4 C OMPUTATION

Los modelos matemticos utilizados para realizar los clculos se denominan

FEM (Final
Element Method) y el mtodo Symplex. Utilizando matrices, este mtodo corta la
N-
dimensional en pequeos sub-sistemas que pueden ser descritos por N lineal
equa-
ciones. Estas ecuaciones pueden resolverse tan pronto como se resuelve una de
ellas. Por lo tanto,
uno debe tomar una conjetura de la solucin y luego, recursivamente resolver
todos los dems.
Una vez que se obtienen todas las soluciones, se puede modificar la conjetura
inicial y
repetidas. Este proceso se ejecuta hasta que la nueva solucin da el mismo
resultado
como en la iteracin anterior. Esto se llama convergencia.
Debido a que la conjetura inicial puede estar muy lejos del valor real, muchos
miles de
iteraciones son a menudo necesarios. El conjunto de bases seleccionadas influye,
entre otras, en la
calidad de las conjeturas, mientras que el modelo terico influye en el tipo de
que las matrices estarn sujetas.
El clculo se detiene tan pronto como el resultado converge, sin embargo, la
convergencia no
no significa que el sistema haya alcanzado su mnimo. Es muy probable que el
mnimo
en realidad es slo un punto de silln en la superficie potencial, pero el programa
no ser consciente de esto. El usuario debe tener cuidado con esto, y realizar
siempre
una comprobacin de la estabilidad del sistema. Esto se hace perturbando el
sistema "estable"
y volver a calcular el mnimo. Si la salida es la misma, se puede suponer que
la energa obtenida es el mnimo total.
DETALLES F o ms en el MATH: [3]

2 F IRST MIRA un clculo

Esta seccin describir cmo hacer un clculo simple en G09 usando Avogadro.
Todas las partes de este procedimiento (y ms) se explican ms detalladamente
en
correspondientes. Vamos a ver.
2.1 Ejemplo 1: S INGLE P OINT E NERGY DE W ATER
Vamos a calcular la energa de punto nico del agua. Para esto, abriremos
primero Avo-
gadro y dibujar la molcula (Figura 2).
Si piensa que va a reutilizar esta molcula en Avogadro, puede guardarla con una
.cml extensin.
NOTA Es buena prctica guardar todas las partes de su trabajo a lo largo del
camino!
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Figura 2: molcula de agua en Avogadro
Ahora, busque el botn Extensiones en la barra de tareas superior y seleccione
"Gaussain ..."
bajo esta pestaa. Debe aparecer una nueva ventana (Figura 3).
Usted necesita cambiar (A) a "agua"; (B) a energa de punto nico, y haga clic en
el
Generar el botn. Guardar como [Link]. Cerrar esta ventana, minimizar
Avogardo y
abierto gaussiano. En G09, haga clic en Archivo> Abrir> [Link].
NOTA Si no puede encontrar el archivo, seleccione "Todos los archivos" en
lugar de entrada de Gauss Archivos
(esquina inferior derecha).
Una vez que la entrada se haya cargado y todos los parmetros estn
configurados correctamente, haga clic en el botn
Ejecutar el botn (primero en la parte superior derecha). Esto comenzar el
clculo despus de solicitarle
para guardar la salida final. Guardar como [Link].
El trabajo finaliza una vez que se muestra el mensaje "Procesamiento completo"
como se muestra en la Figura 4.
No olvide leer la cita impresionante en el extremo de la salida! Ahora,
analicemos
Los resultados. Para ver ms claro, puede cargar la salida en el Bloc de notas,
haciendo clic en
el botn de la lupa en la esquina superior derecha de la ventana. Para una
vista general de la salida, consulte los tutoriales en vdeo.
Justo antes del anlisis de Poblacin ver lo siguiente:
SCF Hecho: E (RHF) = -76,0067942514 AU despus de 10 ciclos
Esta es la energa de punto nico (similar a la energa libre de formacin) del
agua!
(unidades = Hartrees)
Las siguientes secciones describirn con ms detalle cada parte de un clculo y
mostrar cmo hacer otros tipos de clculos.
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Figura 3: (A) Nombre del trabajo, (B) tipo de clculo, (C) modelo terico, (D)
Base
conjunto, (E) carga y multiplicidad, (F) la seccin de ruta que se dar a
G09. (GRAMO)
las coordenadas moleculares.
3 DETALLES G AUSSIAN I Nput
3.1 L INK 0
Esta primera lnea de la entrada normalmente contiene el nombre del archivo de
punto de control para
Este tutorial no cubre el uso de archivos .Chk, pero
puede aprender sobre ellos desde el manual de referencia.
3,2 R TINERARIO S ECCIN
Esta seccin contiene las instrucciones para un trabajo que desea que G09
ejecute. La entrada
para esta seccin es la siguiente:
#X Modelo terico / base Tipo de clculo Opciones
#: signo obligatorio para iniciar la seccin de ruta.
X: especifica la cantidad de detalle que desea adquirir: X = T (salida concisa);
X = P (salida mxima); X = N (salida normal).
Modelo terico: palabra clave que indica a G09 qu modelo terico utilizar
(ex: RHF) Ver ms detalles sobre los modelos tericos en la seccin 4.
Conjunto de bases: especifica la base establecida para su uso (por ejemplo: 6-
31G (d)). Ver ms detalles sobre
en la seccin 5.
Tipo de clculo: especifica una o ms palabras clave para los trabajos de G09
separados por un espacio. Vea ms detalles sobre los tipos de clculos en la
seccin 6.
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Figura 4: Clculo de SP de agua Trabajo completado con xito
Opciones: especifica opciones adicionales para este trabajo.
3,3 M MOLECULAR S STRUCTURA
Esta seccin suele estar compuesta por los tomos y la coordenada cartesiana o
Z-matriz.
nados. Es posible calcular e introducir las coordenadas manualmente, pero es
mucho
ms fcil de obtener a travs de software como Avogadro o ChemBio 3D Ultra.
ChemDraw se puede utilizar nicamente para hacer la molcula de entrada. Una
vez que la molcula
se crea y optimiza, gurdelo como un archivo .gjf. Tendr que modificar la
entrada de la
otros campos manualmente una vez que el archivo se cargue en G09. ChemDraw
proporciona
las coordenadas, pero nada ms.
Avogadro puede generar fcilmente las entradas G09 ms populares (Opt, Freq,
SP). Para ver
how, consulte los tutoriales en video (enlaces anteriores) o la seccin de
ejemplo. En breve,
una vez que la molcula es dibujada y optimizada, haga clic en Extentions (en la
parte superior) Gaussian ... .
Para crear una entrada G09, haga clic en Generar ... y gurdelo como un archivo
.com (mostrado en
Figura 5). Este archivo debe cargarse en G09 para su posterior procesamiento.
4 ODELOS T HEORETICAL M
4.1 W HAT es un modelo terico?
En resumen, un modelo o mtodo terico es una forma de modelar un sistema
cfico de aproximaciones. Estas aproximaciones se combinan con un clculo
y se aplican a los orbitales atmicos, definidos por el conjunto de bases (ver
seccin
5), para calcular orbitales moleculares y energa. En general, los mtodos
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Figura 5: Entrada de Avogadro para G09
se pueden separar en 4 tipos principales: semiempirical, ab initio, densidad
funcional,
mecnica molecular. La seleccin del modelo terico depende del tamao de la
el sistema y el nivel de aproximacin. Vase "Diagrama de flujo del modelo
terico"
(Appendinx) para una manera rpida de seleccionar el mtodo correcto.
4.2 Mtodos ab initio
Este tipo de clculo se basa nicamente en principios tericos, sin
los datos. Los numerosos mtodos tienen el mismo enfoque bsico, pero difieren
en
las aproximaciones matemticas utilizadas. Estos son los tipos ms populares de
modelos,
a pesar del hecho de que los clculos tardan increblemente mucho tiempo.
4.2.1 E JEMPLOS DE mtodos ab initio
HF Hartree-Fock es el modelo bsico ab initio. Utiliza la aproximacin que
Se puede promediar la repulsin c- lombica de electrones y electrones, en vez
de considerar ex-
interacciones de repulsin plicit (aproximacin de campo central). Hay dos
maneras de
calcular orbitales moleculares usando HF: UHF (sin restriccin) o RHF
(restringido). UHF
utiliza un orbital separado para cada electrn, incluso si estn emparejados
(utilizados para iones, ex-
estados citados, radicales, etc.). RHF utiliza la misma funcin espacial orbital
para electrones
en el mismo par (bueno para especies con electrones pareados, sin contaminacin
de spin).
El principal inconveniente del mtodo de HF es la exclusin de la correlacin de
electrones. los
los siguientes modelos comienzan con un caluculado de HF y luego corrigen la
repulsin de electrones.
cin.
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MP N
La teora de la perturbacin de Moller-Plesset se denomina MPn (n = 2, ..., 6). En
la prctica
tice, MP2 y MP4 son los nicos mtodos utilizados, ya que los otros n tambin
son
computacionalmente caro o no mejoran significativamente los resultados
con un menor nivel de complejidad.
Clculos de interaccin de configuraciones CI se utilizan con mayor frecuencia
para los estados excitados.
CI puede ser muy preciso, pero tambin son muy caros de CPU.
4.3 MTODOS S EMIEMPIRICAL
Los mtodos semi-empricos utilizan un cierto nmero de datos experimentales
el clculo. Por ejemplo, las longitudes de enlace de un tipo especfico tendrn
una longitud fija
independientemente del sistema (el enlace C = C siempre se tomar como 134
pm, para
ejemplo). Esto acelera dramticamente el tiempo computacional, pero en general
no es
muy exacta. Por lo general, los mtodos semi-empricos se utilizan para sistemas
muy grandes, ya que
pueden manejar grandes cantidades de clculo.
4.3.1 E JEMPLOS MTODOS DE semiempricos
ZINDO Este mtodo fue parametrizada para reproducir espectros
electrnicos. Es ms
a menudo utilizado para calcular transiciones UV.
AM1 Austin Modelo 1 es un mtodo que se utiliza con mayor frecuencia para
modelar molculas orgnicas.
4,4 D ensity F unctional T HEORY
Los mtodos de DFT son cada vez ms populares porque los resultados obtenidos
son comparables a los obtenidos utilizando mtodos ab initio, sin embargo el
tiempo de CPU es
drsticamente reducido. DFT difiere de los mtodos basados en clculos de HF
en la forma
que es la densidad electrnica que se utiliza para calcular la energa en lugar de
una onda
funcin.
4.4.1 E JEMPLOS MTODOS DE DFT
B3LYP Este es el modelo ms popular de la DFT. Este mtodo se llama para ser
un hbrido,
porque se usan correcciones para las correlaciones de gradiente e intercambio.
Mtodo PW91 Gradient-corregido.
VWN Basado en una aproximacin de densidad local.
4,5 M MOLECULAR M ecnica
Cul es el sistema con el que ests trabajando es gigante? Sin pnico, todava
puedes modelar
eso! Esto es posible utilizando la mecnica molecular. Mtodos MM
aproximados de tomos
como esferas y enlaces como manantiales. Utilizan una ecuacin algebraica para
el clculo energtico.
culacin, no una funcin de onda o densidad electrnica. Las constantes de la
ecuacin
se obtienen a partir de datos experimentales u otros clculos y se almacenan en
un
biblioteca. La combinacin de constantes y ecuaciones se denomina campo de
fuerza. Estas
los clculos son tan simples que ni siquiera es necesario realizarlos en un
como G09. Puedes ejecutar tu clculo justo en Avogadro!
4.5.1 E JEMPLOS MTODOS DE MM
UFF fuerza de campo universal es el mtodo utilizado en Avogadro por
defecto. Puede ser
utilizado en molculas orgnicas e inorgnicas.
MMFF Merk Molecular fuerza de campo es otro modelo de propsito general,
que se utiliza principalmente
con sistemas orgnicos.
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5 B ASIS S ETS
5,1 W SOMBRERO ES UN SISTEMA DE BASE Y PORQUE ES SU SELECCIN IMPORTANTE?
Un conjunto de base es un conjunto de funciones de onda que describe la forma
de los orbitales atmicos
(AOs). Los orbitales moleculares (MOs) se calculan usando la teora terica
seleccionada
mediante la combinacin lineal de los AOs (LCAO). No todos los modelos
tericos requieren
el usuario a elegir una base para trabajar con. Por ejemplo, los modelos PMn (n =
3, ..., 6)
utilizar un conjunto de bases internas, mientras que ab initio o teora de la
densidad funcional requieren una base
conjunto de especificaciones. El nivel de aproximacin de su clculo est
directamente relacionado
al conjunto de bases utilizado. La eleccin es un equilibrio entre la exactitud de
los resultados
y tiempo de CPU.
5.2 A BIT DE THEORY: S TARDE VS G AUSSIAN
Ambos orbitales de tipo de pizarra (STO) y orbitales de tipo gaussiano (GTO) se
utilizan para
describir AOs. Las STOs describen la forma de AOs ms de cerca que GTOs,
pero GTOs
tienen una ventaja imbatible: son mucho ms fciles de calcular. De hecho, es
ms rpido
para calcular varios GTOs y combinarlos para describir un orbital que calcular
uno STO! Esta es la razn por la que las combinaciones de GTOs se utilizan
comnmente para describir STOs,
que a su vez, describen AOs. S, un poco complicado, pero los ordenadores no les
importa.
Existen otras diferencias entre STOs y GTOs, pero no sern cubiertas
aqu.
Figura 6: Slater VS Gaussian Tipo de funciones [4]
5.3 T IPOS DE B ASIS S ETS Y N flotacin
5.3.1 M INIMAL
Estos conjuntos de bases utilizan slo una funcin para cada AO. STO - nG (n =
2, ..., 6) significa
que n GTOs se utilizan para describir una STO, y slo un STO se utiliza para
describir
un AO (solo Zeta). Normalmente n <3 da resultados demasiado pobres, por lo
que STO-3G se llama el
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 Pgina 14
mnimo conjunto de base. Se utilizan conjuntos de base mnima para los
resultados cualitativos, muy
grandes molculas o resultados cuantitativos para molculas muy pequeas
(tomos).
5.3.2 S PLIT V ALENCIA
Estos conjuntos de bases tambin se llaman conjuntos de base Pople y permiten
especificar el nmero
de GTO para usar para electrones de ncleo y de valencia por separado (tamao
ajustable). Estas
son doble Zeta (2 funciones por AO) o triple Zeta. La notacin es la siguiente:
K-LMG, donde
K = nmero de GTO de shell interno de tipo sp
L = nmero de GTOs internas de valencia s y p
M = nmero de GTOs de valencia externa s y p
G = indica que se usan GTOs
P OPLE
los conjuntos de bases se emplean generalmente para las molculas orgnicas:
3-21G: 3 GTOs para la cubierta interna, 2 GTOs para la valencia interior, 1
GTO para la
valencia
4-31G
4-22G
6-21G
6-31G
6-311G: 6 GTOs para el orbital del ncleo, 3 GTOs para la valencia interior, 2
GTOs diferentes
para la valencia externa (triple zeta)
7-41G
P OLARIZED
Los conjuntos de bases de Pople pueden ser modificados para obtener una
aproximacin que mejor
describe el sistema con el que est trabajando. Esto puede hacerse, por ejemplo,
dejando que los AOs distorsionen su forma original (se polarizan bajo la
influencia de
los alrededores). La polarizacin se puede aadir como * o (d).
(d) o * tipo: las funciones de tipo d aadidas a tomos distintos de los
Hidrogenos y
Funciones de tipo f aadidas a metales de transicin
(d, p) o ** tipo: funciones de tipo p aadidas a Hidrgenos, funciones de tipo d
aadido a todos los dems tomos, las funciones de tipo f aadidas a los metales
de transicin
EX: 6-31G (d) o 6-31G **
D IFFUSE
Los conjuntos de base de Pople tambin se pueden modificar dejando que el
electrn se mueva lejos
lejos del ncleo, creando orbitales difusos. Esta modificacin es til cuando
trabajando con aniones, estados excitados y molculas con parejas
solitarias. Funciones difusas
pueden aadirse como + o ++ delante del G.
+: funciones difusas aadidas a tomos distintos de los Hidrogenos
++: funciones difusas aadidas a todos los tomos
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EX: 6-31 + G (d) o 6-31 ++ G (d)
5.3.3 C ORRELATION - CONSISTENTE
Todos los conjuntos de bases descritos hasta ahora se optimizaron a un nivel de
Hartree-Fock.
Sin embargo, es legtimo dudar de que esta optimizacin no sea la mejor para
correlacionados. Thom Dunning cre un conjunto de conjuntos de bases
optimizados
correlacionadas (CISD). Se les denomina cc-pVXZ, donde:
cc = indica que es una base consistente en la correlacin
pV = indica que es una base de valencia polarizada
XZ = indica el nmero zeta (X = D para doble, T para triple, Q para cuadruple
5,6,7)
El prefijo aug- se puede utilizar para aadir funciones difusas.
EX: cc-pVDZ o Ago-cc-pVTZ
5.3.4 U con tenido T IPS desde D AVID S HERRILL [5]
un conjunto de base ms grande no siempre es el mejor! (por ejemplo: cc-pVQZ
es exceso para RHF)
STO-3G debe utilizarse slo en sistemas muy grandes
los aniones deben tener funciones difusas
generalmente cc-pVDZ es equivalente o peor que 6-31G (d, p)
usualmente cc-pVTZ es mejor que 6-311G (d, p) o similar
La convergencia de los mtodos ab initio es muy lenta
5.3.5 C OMPARACIN entre P OPLE y establece BASIS CC
Estos son aproximadamente equivalentes:
6-31G cc-pVDZ
6-311G aug-cc-pVDZ
6-31 + G (d) cc-pVTZ
6-311 + G (d) aug-cc-pVTZ
6-31 ++ G (d, p) cc-pVQZ
6-311 ++ G (d, p) aug-cc-pVQZ
Estas son slo algunas de las posibilidades disponibles. Ver ms detalles sobre
los conjuntos de base
en G09: [6].
6 T IPOS DE CLCULO
Gaussian 09 es un potente software que puede realizar una multitud de clculos
en una molcula dada. Aqu est una lista corta de los tipos ms tiles de
trabajos. Si tu
necesitan ms detalles, consulte el Manual de Referencia Gaussiano. Hay una
copia impresa
disponible en la oficina del laboratorio, as como una versin en lnea disponible
en [7].
NOTA Si se trabaja con un sistema desconocido (es decir, no hay valores de
referencia), que debiera
SIEMPRE realizar un control de estabilidad. Vase la seccin 5.4.
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6,1 G EOMETRY O PTIMIZATION
PALABRA CLAVE: Opt
6.1.1 W SOMBRERO ES?
La optimizacin de la geometra es un nombre para el procedimiento que intenta
para encontrar la configuracin de energa mnima de la molcula. los
procedimiento calcula la funcin de onda y la energa en un
geometra y luego procede a buscar una nueva geometra de una
ergia Esto se repite hasta que se encuentra la geometra de energa ms baja. los
procedimiento calcula la fuerza sobre cada tomo evaluando la gradiente
ent (primera derivada) de la energa con respecto a las posiciones atmicas.
En cada paso se utilizan algoritmos sofisticados para seleccionar un nuevo
geometra, buscando una convergencia rpida a la geometra de la
energa. En la geometra de energa mnima final, la fuerza en cada tomo
es cero. Es importante reconocer que este procedimiento no
esencialmente el mnimo global, es decir, la geometra con el
energa. Por su naturaleza, una bsqueda sucesiva de un mnimo encuentra una
mnimo pero no necesariamente el ms bajo. De hecho, la optimizacin pro-
cuando se encuentra un punto estacionario, es decir, un punto donde las fuerzas
en los tomos son cero, y esto puede ser tambin un punto de selle (es decir, un
transi-
estructura de la empresa). Esto ocurrir particularmente si restringimos la
simetra
de la molcula y no permiten al programa buscar el espacio completo
de grados configuracionales moleculares de libertad. [...] Es siempre un
buena idea para iniciar un procedimiento de clculo de optimizacin de
geometra
con un conjunto de base pequeo y un mtodo relativamente pobre antes de pasar
a
el conjunto de bases y el mtodo de eleccin para un problema particular. Usted
puede
a continuacin, iniciar la optimizacin de la geometra final a partir de la
geometra seleccionada
por el enfoque ms simple y menos preciso. Incluso podemos usar el segundo
derivados de la energa con respecto a las coordenadas atmicas (obtenido
durante el proceso de optimizacin o desde una carrera de frecuencia 1) hasta
mejorar la optimizacin de la geometra. [8]
Vase tambin: [9]
6.1.2 F O SU J OB
Lamentablemente, ni la optimizacin geomtrica de Avogadro ni la de
ChemDraw,
puede confiar plenamente, por lo que para cualquier trabajo que haga, debe
optimizar su molcula
antes de realizar cualquier clculo. Es importante optimizar la geometra en la
software de dibujo tambin, antes de generar las coordenadas de entrada
G09. Hacer esto por run-
calcular un clculo de optimizacin de geometra MM directamente en
Avogadro. Alguna pequea
molculas no requieren este paso, pero si quieres estar seguro, hazlo de todos
modos. los
Lo malo de la optimizacin es que para las molculas ms grandes 2 cosas
pueden suceder.
1. La optimizacin no converge error, el proceso se detiene (ver seccin
10.1)
2. Puede tomar mucho tiempo. As que no hay estrs, tienes suficiente tiempo
para tomar un caf
descanso. Probablemente ms de uno.
Por eso, es til guardar las estructuras optimizadas en caso de que necesite
realizar varios clculos sobre la misma molcula y evitar rehacer el Opt. A
asegrese de que la estructura obtenida es estable debe hacer lo siguiente:
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1. realizar un clculo estable = Opt ver seccin 6.4
2. hacer un anlisis vibratorio (Freq) para asegurarse de que no hay una
frecuencia imaginaria
ver seccin 6.3
6.1.3 INFORMACIN W SOMBRERO Qu saca de este clculo?
1. Coordenadas atmicas de la molcula optimizada
2. Parmetros optimizados: distancias atmicas y ngulos
3. HOMO / LUMO eigenvalues (Hartrees)
4. Cargas atmicas de Mulliken (corto)
5. Momentos dipolos
M ORE detalles aqu: [10]
Vase el ejemplo 2 de la seccin 9.
ENERGY 6,2 S INGLE POINT

PALABRA CLAVE: SP
6.2.1 W SOMBRERO ES?
Este procedimiento simplemente calcula la energa, la funcin de onda y
otras propiedades solicitadas en una sola geometra fija. Por lo general se hace
primero en el comienzo de un estudio sobre una nueva molcula para
naturaleza de su funcin de onda. Tambin se lleva a cabo frecuentemente
despus de una
optimizacin de la geometra, pero con un conjunto de bases ms
mtodo que es posible con el conjunto de bases y el mtodo utilizado para
mizar la geometra. As, para sistemas muy grandes la geometra puede ser
optimizado en el nivel de Hartree-Fock con el (relativamente pequeo) 3-21G
pero luego se exploran las diferencias de energa entre ismeros
con mtodos ms precisos y conjuntos de bases ms amplios. [8]
Vase tambin: [9]
6.2.2 F O SU J OB
Esta palabra clave es la predeterminada, y se supone si no se especifica ninguna
palabra clave en la
seccin de ruta. G09 encontr errores sistemticos en las frecuencias y
Energas de punto cero. Los factores de escala varan de acuerdo con las
diferentes teoras-
y los conjuntos de bases utilizados para el clculo. Tabla 1 (Factores de escala
para
Freq y ZPE / Thermal), que se puede encontrar en el Apndice,
los factores de correccin recomendados para estos clculos. [10, 11]
6.2.3 INFORMACIN W SOMBRERO Qu saca de este clculo?
1. Energa de punto nico (Hartrees)
2. Simetras orbitales
3. Cargas atmicas de Mulliken (corto)
4. Momentos dipolos
+ Ver ejemplos 1 y 4 en la seccin 9.
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6.3 F REQUENCIES Y T HERMOCHEMISTRY
PALABRA CLAVE: Frec
6.3.1 W SOMBRERO ES?
Esta palabra clave indicar a G09 para calcular las vibraciones de la molcula en
cuestin, junto con otros parmetros que puede elegir incluir o borrar de
La salida. Cada anlisis vibratorio incluye tambin una seccin de termoqumica
por
defecto. Si desea saber cmo G09 calcula estos valores, lea [12-14].
Si genera la entrada para G09 usando Avogadro, entonces la palabra clave Opt
ser
automticamente aadido delante de Freq, y el clculo se ejecutar en 2 pasos.
Debido a que las frecuencias moleculares dependen de la segunda derivada de la
energa
con respecto a las posiciones nucleares, debe asegurarse de que la teora
modelo elegido para el clculo calcula las derivadas secundarias (ej: HF, B3LYP,
MP2, CASSCF). Modelos tericos ab initio y DFT son conocidos para dar el
mejor
resultados (basados en valores experimentales).
NOTA: Debe utilizar la misma combinacin de modelo y base terica para el
conjunto
tanto los clculos de Opt y Freq.
6.3.2 F O SU J OB
Lo ms probable, hara un anlisis vibratorio para asignar los picos de un
experimento.
espectro obtenido iminentemente a vibraciones especficas. Visualizacin con
Avogadro
software puede ser muy til, sin embargo, como regla general, los siguientes
ser utilizado: estiramientos de enlaces> curvas de enlace> torsiones de enlaces
(en orden decreciente
energa).
S titulndose
Las frecuencias generadas deben ser escaladas de acuerdo a la teora
mtodo y conjunto de bases utilizados. Una breve lista de los factores de escala
se recoge en la Tabla
1 del Apndice, pero se puede encontrar una lista completa en [11]. Tenga en
cuenta que la escala
los factores para las frecuencias y para las energas de punto cero son
diferentes! Puede ingresar la
factor de escala a utilizar para el anlisis termoqumico utilizando la palabra
clave Escala como
opcin (por ejemplo: "Escala = 0.95").
S sTABILIDAD
La estabilidad de su molcula se puede comprobar fcilmente verificando si
existen frecuencias imaginarias (negativas). Las frecuencias imaginarias indican
in-
estabilidad de la geometra molecular. Adems, sabiendo que cada molcula debe
tener
ya sea 3N-6 o 3N-5 modos vibracionales, se puede notar que hay ms frecuencia-
ms de lo que se supona Estos son los modos de traslacin y rotacin y
sus intensidades deben acercarse a cero (+/- 10). Grandes intensidades para estas
frecuencias
es otra manera de verificar la estabilidad de su molcula. Ver ms en p.72 de
[10].
Me MAGINARY FRECUENCIAS
Las frecuencias negativas indican inestabilidad en la molcula
o, en otras palabras, puntos de silln en la superficie de energa potencial. Una
molcula estable
no debe tener frecuencias imaginarias, un estado de transicin debe tener uno
(1er orden
silln), mientras que ms de una frecuencia imaginaria significa que hay una
problema con la geometra de su molcula.
A FRECUENCIAS NHARMONIC
Por defecto, G09 calcula las frecuencias basadas en har-
aproximacin del oscilador monico (derivado de segundo orden con respecto a
los ncleos
movimiento). Si desea obtener resultados ms precisos, puede
utilizando correcciones anarmnicas, es decir, calculando derivados de orden
superior. por
esto, agregue la palabra clave "Anharmonic" en la seccin de ruta.
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R AMAN
Si desea agregar intensidades Raman a la salida, agregue la palabra clave
"Raman"
a la seccin Ruta.
T HERMOCHEMSITRY
Por defecto, se calculan varios valores termodinmicos durante
un anlisis vibratorio. Puede cambiar los parmetros de la termoqumica (tem-
presin, ect) escribiendo Freq = ReadIsotopes en la seccin Route. Tha
los valores obtenidos se basan en hiptesis de gas ideal.
Vea ejemplos en el tutorial de video Parte 5.
6.3.3 INFORMACIN W SOMBRERO Qu saca de este clculo?
1. Coordenadas atmicas de la molcula optimizada
2. Los parmetros optimizados: distancias atmicas y ngulos
valores propios 3. HOMO / LUMO (Hartree)
4. Mulliken cargas atmicas (corto)
5. momentos dipolares
6. energa de punto nico
7. frequnecies armnico (nmeros de onda)
8. masas reducida (amu)
9. constantes de fuerza
10. IR intensidades
11. intensidades Raman (no por defecto)
12. termoqumica
(una temperatura
(B) Presin
(C) istopos utilizados
(D) Masa molecular
(E) de energa trmica: E (trmica)
(F) la capacidad de calor molar de volumen constante (CV)
(G) La entropa (S)
(H) Energa Libre (suma de las energas libres electrnicos y trmicos)
(I) Entalpa (suma de entalpas electrnicos y trmicos)
6,4 S STABILIDAD COMPROBACIN
PALABRA CLAVE: Estable
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6.4.1 W SOMBRERO ES ?
El clculo de la estabilidad determina si la funcin de onda com-
puted para el sistema molecular es estable o no: en otras palabras, si
hay una funcin de onda de energa inferior correspondiente a un SO- diferente
lucin de las ecuaciones de SCF. Si la funcin de onda es inestable, entonces
cualquiera que sea clculo que est realizando no se est haciendo en la ex
estado de la molcula que se sospecha vienen / desea. La estabilidad de las
soluciones de SCF
para sistemas desconocidos siempre debe ser probado. estabilidad considera-
ciones se aplican y pueden ser probados en los clculos utilizando mtodos DFT
como
tambin. [10]
SCF = Auto campo consistente
DFT = densidad teora funcional
6.4.2 I N G09
La palabra clave Estable hace que el programa para calcular una funcin de onda
como de costumbre y a continuacin para determinar si el determinante
resultante es un local de
mnimo con los grados de libertad especificados toma en considera-
cin. El valor por defecto es poner a prueba para todas las inestabilidades pero no
para volver a optimizar la
funcin de onda. Si Estable = Opt se especifica, por defecto la funcin de onda
se le permite ser sin restricciones en caso necesario. [15]
6.4.3 F O SU J OB
La salida contendr entonces un mensaje que indica si el sistema es estable o
no bajo el "anlisis de estabilidad":
Mensaje de geometra estable
- La funcin de onda es estable bajo las perturbaciones consideradas.
Mensajes de geometra inestable
- La funcin de onda tiene un RHF inestabilidad UHF.
- La funcin de onda tiene la inestabilidad interna.
6,5 M MOLECULAR O RBITALS Y P OBLACIN A NLISIS
PALABRA CLAVE: Pop = X; X = Ninguno, Reg, completa, NBO, ...
6.5.1 W SOMBRERO ES ?
P ANLISIS OBLACIN
Anlisis de la poblacin es una forma matemtica de la particin de una ola
funcin o la densidad de electrones en cargas de los ncleos, rdenes de enlace,
y otra informacin relacionada. Estos son probablemente los ms ampliamente
Resultados usados que no son observables experimentalmente. cargas atmicas
no puede ser observado experimentalmente, ya que no se corresponden con
cualquier propiedad fsica nica. En realidad, los tomos tienen un ncleo
positivo
rodeado por electrones negativos, no cargas parciales en cada tomo.
Sin embargo, la densidad de electrones de condensacin y cargas nucleares a
abajo
cargas parciales sobre los resultados ncleo en una comprensin de la elec-
distribucin de la densidad tron. Estos no son nmeros enteros cargos formales,
pero
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en lugar de fracciones de un electrn correspondientes al porcentaje de tiempo
un electrn es cerca de cada ncleo. Aunque este es un as- artificial
signment, es muy eficaz para la prediccin de sitios susceptibles a nucle-
ataque ophilic o electrfilo y otros aspectos de la interaccin molecular
cin. Estas cargas parciales corresponden bien a la vista de la farmacia de
enlaces inicos o covalentes, polaridad, y as sucesivamente. Slo el com- ms
inica
libras, tales como haluros de metales alcalinos, tendrn nmero casi toda
cargos Organo-metlicos normalmente tienen cargas del orden de +/-
0,5. Los compuestos orgnicos a menudo tienen cargas alrededor de +/- 0,2 o
menos.
[1]
P CARGAS ARTIAL
:
El anlisis Mulliken es el mtodo de anlisis de la poblacin ms comn,
tambin es uno de los peores y se utiliza slo porque es uno de los ms antiguos
y ms simple. [...] En el anlisis Mulliken mitad de la poblacin se superponen
se asigna a cada orbital contribuyendo, dando a la poblacin total de
cada AO. Sumando sobre todos los orbitales atmicos en un tomo especfico da
Nos la poblacin atmica bruto. [diecisis]
ADVERTENCIA! Mulliken mtodo es extremadamente sensible base fija! Por
lo general, cuanto ms pequeo
el conjunto de base, la mejor (para clculos de energa opuesta).
6.5.2 F O SU J OB
Pop = palabra clave X
X = N ONE
ninguna informacin orbital est representada
X = R EG
HOMO-LUMO 5 hasta + 5 est representada la informacin orbital
X = F ULL
todos los orbitales est representada la informacin
X = NBO anlisis Mulliken se sustituye por Bond-Natural Order anlisis
X = MK, C HELP , OR C HELP G cargos producen encaja a potencial electrosttico
(ESP)
G09 utiliza el anlisis de Mulliken por defecto. Recuerde que si tiene que en-
orbitales
ergies, seleccionar un conjunto base ms grande, si necesita cargas parciales,
seleccione base mnima
conjunto. Es muy bien utilizar los resultados obtenidos del anlisis de Mulliken
para una cualitativa
visin general de cargas parciales, pero estos valores no son fiables y no pueden
ser com-
pelado con los de la literatura! Si necesita resultados cuantitativos, se debe hacer
por
ejemplo un anlisis Natural Bond-Order (NBO) o utilizar cargas electrostticas
(ESP).
NBO Cmo es diferente de anlisis NBO Mulliken?
NBOs son un conjunto ortonormal de "ocupacin mxima" localizada
orbitales cuyas principales N / 2 miembros (o miembros de N en el-shell abierto
caso) dar la ms exacta posible Descripcin Lewis-como del total
densidad N-electrn. [17]
NBO utiliza funciones propias de la matriz de reduccin de la densidad de primer
orden, localizada y
ortogonalizado.
ESP Este mtodo utiliza el potencial electrosttico para calcular los cargos en los
ncleos. ESP
suele ser el mejor para describir interacciones de carga con otras especies, pero
requieren
cantidad significativa de tiempo de CPU.
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6.5.3 W INFORMACIN SOMBRERO Qu saca de este clculo ?
1. coordenadas atmicas de la molcula optimizada
2. Los parmetros optimizados: distancias atmicas y ngulos
3. nmero seleccionado de valores propios orbitales (Hartree)
4. Los orbitales poblacin
5. Atmica cargos (parciales) (anlisis completo)
6. momento dipolar
7. energa de punto nico
cargos derivados 8. potencial electrosttico (con palabra clave ESP)
6.6 UV-V ES Y E lectronic TRANSITIONS
PALABRA CLAVE: TD o CIS o ZINDO
6.6.1 W SOMBRERO ES ?
La mayora de las molculas han unido mayor energa estados electrnicos
excitados
Adems de la planta estado electrnico E 0 . Estos estados pueden ser
pensado como el resultado de la promocin de uno de los electrones de
la ocupada orbital en el estado fundamental a una energa superior vacante
orbital. La excitacin de un electrn desde el orbital ocupado de
un orbital mayor energa se produce cuando un fotn con la energa que
coincide con la diferencia entre los dos estados interacta con la molcula.
El principio clsico de Franck-Condon dice que debido a que la traccin trasera
de guardado de los electrones es mucho ms rpido que el movimiento de los
ncleos, las
configuracin nuclear no cambia significativamente durante la energa
proceso de absorcin. Por lo tanto, el espectro de absorcin de las molculas es
carac-
terizado por las energas de excitacin verticales. [18]
Ver tambin: [19]
6.6.2 F O SU J OB
Dependiendo de lo que su sistema es, tiene que elegir trabajar con cualquiera
verticalmente
cal o energas de excitacin adiabticas. excitaciones verticales se obtienen
tomando el
diferencia entre la curva de estado excitado de energa potencial y el estado
fundamental
curva de energa potencial mediante la geometra optimizada de estado
fundamental. Esto esta hecho
automticamente para usted el uso de los mtodos enumerados a
continuacin. excitaciones verticales energas
se utilizan para un sistema que no tiene tiempo para llegar al equilibrio antes de
volver a
estado fundamental. excitaciones adiabticos energas se obtienen mediante la
optimizacin de la primera
geometra del estado electrnico excitado y despus tomando la diferencia entre
excitados y de tierra energas. Esto slo es posible si los estados excitados son
largos
vivi.
ZINDO Este es un mtodo semiemprico que fue optimizada para calcular
electrnico
transiciones. Tambin aplicable a los sistemas inorgnicos.
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CIS / CIS (D) la interaccin de configuracin Single-excitacin es la forma ms
fcil de ob-
Tain estados excitados energas. clculo CIS utiliza los OMs optimizadas (para
suelo
estado) y calcula la energa para mover un electrn a uno de los orbitales
virtuales.
CIS (D) tambin incluye correlacin de estados excitados, y es un rpido y
relativamente buena
mtodo. (Siempre utilizar CIS (D) en lugar de CIS)
TD Este Cmputo de tiempo dependiente se basa en un mtodo de clculo DFT.
TD-DFT obtiene las funciones de onda de OMs que oscilan entre el estado
fundamental y
los primeros estados excitados.
Puede seleccionar el nmero de estados excitados para calcular (por ejemplo: TD
= NStates = 5).
El valor predeterminado es 3. Tambin puede seleccionar qu tipo de transiciones
que debe buscar (por ejemplo:
TD = Singlets).
Para ms detalles de TD: [20].
6.6.3 W INFORMACIN SOMBRERO Qu saca de este clculo ?
1. Planta de transicin estado excitado
2. energas de excitacin y fortalezas del oscilador
3. electrnico dicrosmo circular (ECD)
4. nmero seleccionado de valores propios orbitales (Hartree)
5. poblacin Orbitales
6. Anlisis Mulliken (corto)
7. momentos dipolares
6,7 P OTENCIAL E NERGY S urface
PALABRA CLAVE: Scan
6.7.1 W SOMBRERO ES ?
La superficie de energa potencial (PES) es un concepto central en Compu
qumica tational. Un PSA es la relacin, matemtica o graph-
ical, entre la energa de una molcula (o una coleccin de molculas)
y su geometra. la aproximacin de Born-Oppenheimer dice que en
una molcula de los ncleos son esencialmente estacionario en comparacin con
el elec-
trones. Esta es una de las piedras angulares de la qumica computacional BE-
causa que hace que el concepto de la forma molecular (geometra) significativo,
hace posible el concepto de un sistema de PSA, y simplifica la aplicacin de
la ecuacin de Schrdinger a las molculas ya que nos permite centrarse en el
energa electrnica y aadir en la energa nuclear, la repulsin ms tarde. [21]
Ver tambin: [22]
6.7.2 F O SU J OB
El escaneo de PSA es algo complicado de instalar ya que se necesita para
especificar qu
coordinar para "congelar" para el clculo. Por favor, consulte el Captulo 8 en
[10].
6,8 S OLVATION EFECTO
PALABRA CLAVE: SCRF
G09 Tutorial - AT
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6.8.1 W SOMBRERO ES ?
Es importante recordar que, por defecto G09 utiliza en fase gaseosa para
cualquier clculo.
Lo ms probable es que usted est interesado para calcular las propiedades
moleculares en solucin.
Para este fin, usted tiene que elegir entre solvatacin aadiendo implcita o
explcitamente
efectos. aadiendo explcitamente molculas de disolvente en el sistema,
dibujando en
Avogadro, es extremadamente costoso computacionalmente. Como alternativa,
puede utilizar
la palabra clave SCRF, lo que crear una cavidad disolvente alrededor de su
molcula y
realizar un clculo dado.
Ver tambin: [23]
6.8.2 F O SU J OB
Es importante optimizar primero la geometra en el disolvente de eleccin antes
de hacer
cualquier clculo. Tambin puede calcular los estados excitados con disolvente
para ver cmo
solvatacin afecta a las energas de transicin. Para obtener una lista de
disolventes que estn disponibles en
G09 compruebe el manual de referencia.
EX1: Para calcular la optimizacin de geometra en metanol, utilizando RHF / 6-
31G (d), la
seccin del trayecto se ver as:
#n RHF / 6-31G (d) Opt SCRF = (Disolvente = metanol)
EX2: Para calcular los estados de transicin en metanol, utilizando RHF / 6-31G
(d), la Ruta
seccin se ver as:
#n RHF / 6-31G (d) TD SCRF = (Disolvente = metanol)
6.9 O TROS M MOLECULAR P ROPIEDADES
6.9.1 P OLARIZABILITY
PALABRA CLAVE: Polar
6.9.2 F Orcs EN N UCLEI
PALABRA CLAVE: Fuerza
6.9.3 M MOLECULAR V OLUMEN
PALABRA CLAVE: Volumen
6.9.4 RMN ANLISIS
PALABRA CLAVE: RMN
6.9.5 E LECTROSTATIC potencial y E DENSIDAD Lectron
PALABRA CLAVE: cubegen
7 F o un anlisis de SUCCESSFULL
En esta seccin se describen en una palabra los principales pasos para realizar un
buen estudio de una
sistema dado. Hay muchas maneras de hacer clculos, pero un sistema-
ATIC enfoque le dar ms posibilidades de mantenerse en el camino y obtener
razonable
resultados.
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7.1 M de AIN PASOS de un estudio SUCCESSFULL COMPUTATIONAL
7.1.1 S TEP 1: D efinir las lmites
Usted debe empezar por definir la cantidad de tiempo, energa y estn
disponibles para la CPU
tu estudio. Hay algunos pasos que podran ser omitida si se deben obtener
resultados
en poco tiempo. La eleccin de los modelos tericos y los conjuntos de base
tambin heavly de-
Pend en tiempo y recursos de la CPU. Si el equipo no es lo suficientemente
potente, se
necesitar mucho ms tiempo de clculo que cuando un ordenador ms potente es
usado.
7.1.2 S TEP 2: S ORDENADOR ET HASTA USTED
Para acelerar los clculos, se recomienda apagar todos los pro-
gramos (excepto G09) en su PC. Los programas como Skype, carpetas abiertas,
navegadores de Internet,
etc., toda la demanda de energa de la CPU. Apagarlos! Si usted sabe cmo,
tambin apagar todos
los otros servicios (si no est seguro, omita este). Asegrese de que su equipo no
lo hace
ir a dormir o el modo de hibernacin automticamente despus de un cierto
perodo de tiempo, esto
podra matar a un puesto de trabajo G09.
7.1.3 S TEP 3: D efinir una buena manera de nombrar los JOBS
Es crucial tener una notacin estricta para todos los trabajos de G09. Por
ejemplo, usted
podra usar algo como esto:
trans_azo_UFF (MP2_6-31G (d)) _ Opt
Esta notacin pone el nombre de la molcula seguido por el mtodo MM que
se utiliz inicialmente para optimizar la geometra, seguido por el modelo
terico,
seguido por el conjunto de base y, finalmente, por el tipo de clculo realizado.
7.1.4 S TEP 4: D efinir Una molcula madre
(Saltar si no se trabaja con biblioteca de molculas)
A partir de una molcula precursora le ayudar a elegir el modelo terico derecha
y establecer bases. Ejecutar varios clculos usando el mismo modelo terico,
pero con
cada vez mejores conjuntos bsicos, se comparan con los valores de la
literatura. A continuacin, reinicie con una
modelo diferente. Esto le mostrar qu combinacin genera el error ms
pequeo,
y por lo tanto suites, el mejor para este caso.
7.1.5 S TEP 5: S UCCESFULL secuencia de clculos
Debe realizar la siguiente secuencia de clculos para cualquier molcula:
1. Opt Geometra en Avogadro usando MM (UFF o MMFF).
2. Geometra y Opt Frec clculo en el G09.
3. Compruebe si hay frecuencias imaginarias (ninguno para el estado
fundamental, 1 para TS, etc).
4. Si las frecuencias estn bien, continuar, de lo contrario, reinicie el opt
geometra.
5. Calcular cualquier propiedad que usted necesita.
6. Re-OPT y re-cmputo frecuencias en disolvente (si es necesario).
7. Vuelva a calcular cualquier propiedad que usted necesita en el disolvente (si es
necesario).
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7.1.6 S TEP 6: R EAD LA SALIDA
Se puede utilizar un script llamado "G09 \ salida \ intrprete" que se pueden
encontrar en la
escritorio de la estacin de trabajo de Gauss (PC). Este programa muestra todos
los archivos que se encuentran .out
en C: \ G09W \ IO \ COMPUTED \ BATCH \ directorio de hecho, pide el
archivo que desea
trabaja y le permite extraer slo la informacin pertinente fuera de l. esto evita
desplazarse hacia arriba y hacia abajo para encontrar los valores correctos, y le
ahorra un montn de tiempo. No para-
conseguir que el archivo .out se debe copiar en el directorio mencionado
anteriormente, de lo contrario
la lista estar vaca!
8 B ATCH ARCHIVOS : evitar la espera AROUND
En esta seccin se explicar cmo utilizar el archivo por lotes para acelerar su
computacional
proyecto.
8,1 W U B ACTH M ILES ?
Un archivo por lotes es un archivo de texto que contiene una lista con formato
especial de puestos de trabajo que G09
se completar automticamente una tras otra, sin la necesidad de que el usuario
para poner en marcha el clculo fsicamente. Dicho archivo tiene una extensin
reconocida por .bcf
G09. Cuando se crea un archivo por lotes, una lista de todos los trabajos que
desea G09 que hacer y el
nombres de los archivos de salida correspondientes, a continuacin, abra el
archivo .bcf en G09, y el inicio
el clculo! As de fcil!
8,2 H OW CREAR UN . ARCHIVO BCF ?
Para hacer un nuevo archivo por lotes, el puo debe preparar los archivos de
entrada por separado utilizando
Avogadro. Lo ideal es que los archivos de entrada deben ser independientes entre
s (para evitar
errores que se realizarn sucesivamente). Esto significa que la salida de uno de
los archivos de la
lote no debe utilizarse como entrada para algn otro archivo en el mismo archivo
por lotes.
Una vez que crea los archivos de entrada (.com), guardarlos en la misma carpeta
con el nombre
"Lote". Si no tiene esta carpeta ya, se debe crear en el G09
directorio.
Ahora, abra un archivo en blanco (nuevo) en el Bloc de notas. Las dos primeras
lneas de este archivo se debe
exactamente de la siguiente manera:
! Nombre del archivo por lotes
! Start = 1
A continuacin, siga la lista de archivos de entrada que ser en este archivo por
lotes, seguido por el
nombre de sus archivos de salida correspondientes, separados por una
coma. Cada par de entrada
y los nombres de salida deben estar en una lnea nueva. (Ver Figura 7)
Cuando haya una lista de los archivos que desea incluir en este lote, guardar este
archivo
.bcf con extensin en la carpeta de lotes. Abra su archivo por lotes en el
G09. Esto se abrir
una nueva ventana llamada "lista de control de edicin por lotes", donde se deben
enumerar sus puestos de trabajo.
Asegrese de que son las correctas mediante la verificacin de que los archivos
de salida corresponden a
los archivos de entrada. Cuando est listo, haga clic en Salir en la parte inferior
derecha de esta ventana.
Esto le llevar de nuevo a la pantalla principal G09. Para iniciar los clculos,
seleccione
"Proceso" en la barra de tareas superior y haga clic en "empezar a procesar". Su
archivo por lotes debe
comenzar a ejecutar.
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Figura 7: Ejemplo de archivo por lotes
8.3 B ATCH F ILE G TenG
Para su comodidad, escrib un pequeo script llamado "Batch_file_generator.py"
que
se pueden encontrar en el escritorio de la estacin de trabajo de Gauss (PC). Este
programa puede ser
ejecutar haciendo doble clic sobre el icono. Se le dar una lista de archivos .com
encontrado en el
Directorio C: \ G09W \ IO \ COMPUTED \ BATCH. El uso de estos archivos, un
archivo por lotes ser
generada automticamente para usted y se guarda en el mismo directorio que
mencionan
encima. Usted tendr que iniciar el archivo por lotes en G09W mismo. Los
archivos sern .out
guardado en el mismo directorio.
9 E JEMPLOS
Estos son algunos ejemplos detallados que utilizan Avogadro y G09. Si desea ver
ms ejemplos, se refieren a [10] o ver los tutoriales de vdeo incluidos en la
seccin 1.
9.1 Ejemplo 1: SP DE H2O
Vase la seccin 2.
9.2 Ejemplo 2: O PT DE E THANOL
Vamos a optimizar la geometra de etanol, y comparar los resultados obtenidos
por
Avogadro, y el obtenido de la Opt en G09. Para ello, vamos a abrir en primer
lugar
Avogadro y dibujar la molcula. Ahora, haga clic en Extensiones> Optimizar la
geometra.
(Acceso directo: Ctrl + Alt + O) Guardar el resultado como [Link]. Este
ser nuestro resultado (1).
Ahora, generar la entrada G09 seleccionando Extensiones Guassian
...; cambiar el
ttulo a "ethanolOpt", y el clculo de "optimizacin de la geometra", haga clic en
ge-
eRate y guardar como "[Link]". Abrir "[Link]" en el G09, y
ejecutar el
trabajo. Guardar el resultado como "[Link]".
Por ltimo, en Avogadro, "[Link]" abrir y comparar este resultado (2)
con
lo que inicialmente obtenido, utilizando la optimizacin de Avogadro (resultado
1).
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Figura 8: Optimizacin de etanol: (1) estructura Opt de Avogadro (2) final de
Gaussian
estructura opt
9.3 Ejemplo 3: M MOLECULAR O RBITALS C LCULO Y V isual -
Izacin de la HF
Vamos a calcular los orbitales moleculares de fluoruro de hidrgeno. En primer
lugar, extraer la molcula
en Avogadro, optimizar su geometra y generar el archivo de entrada G09. Para
ver como
estos pasos se realizan en los detalles, referirse a los ejemplos 1 y 2. El cambio
ahora viene
en la seccin Ruta: usted tiene que cambiar el clculo de "pop = Reg". Esta
Mand mostrar el mayor de cinco ocupado y lo virtual ms bajo de cinco
molecular
orbitales y otra informacin pertinente. Si desea ver ms orbitales, tipo
"Pop = completa". Su trabajo G09 debe ser similar a la ventana en la Figura 9.
Figura 9: seccin de ruta para MO clculo de molcula de HF
Despus de comando "pop = Reg", agregue un espacio y escriba
"FormCheck". Este comando es
necesario con el fin de crear el archivo, que contiene la informacin sobre el
molecular
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orbitales, que se trazan ms adelante. Presione RUN e iniciar el clculo. Cuando
el
proceso se realiza, la salida contendr varios resultados, entre los que se pueden
encontrar
la secuencia mostrada en la Figura 10.
Figura 10: archivo de salida G09 para OMs de molculas de HF
Se trata de una gran cantidad de nmeros! Muy a menudo, slo necesitar el
HOMO / LUMO
brecha de energa, por lo que es necesario encontrar aqu los valores propios
HOMO y LUMO, que
corresponden a sus energas. El HOMO es designado por el ltimo orbital que es
etiquetado por una "O", mientras que el LUMO es la primera orbital marcado por
una "V". En este caso,
HOMO es orbital 5 y el LUMO es orbital 6. Observe, que el HOMO tiene una
valor propio negativo, mientras que el LUMO tiene un valor positivo.
T HE HOMO / LUMO G AP
La diferencia en los valores propios de la LUMO y la
HOMO le dar el hueco HOMO / LUMO (las unidades son Hartrees por
defecto).
NOTA: Si usted realmente necesita la energa HOMO / LUMO Gap que no debe
tomar
simplemente la diferencia entre el HOMO y LUMO los valores propios. Para
stos
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casos, se deben calcular las transiciones electrnicas.
Ahora, vamos a visualizar estos orbitales utilizando Avogadro. Esto es cuando el
"FormCheck"
comando entra en accin. FormCheck crea un nuevo archivo llamado
"[Link]", que es
guardan automticamente en una carpeta denominada "Scratch" (C: \ G09W \
araazos). si tu quieres
para ver los orbitales moleculares de HF, siga estos pasos:
1. Localiza archivo [Link] como se muestra en la Figura 11.
Figura 11: [Link] archivo en el directorio temporal
2. Abra en Avogadro, debera ver la molcula de HF.
Figura 12: Crear ventana superficies
3. Haga clic en Extensiones crear superficies. debera aparecer una nueva
ventana (Figura
12). Seleccionar "orbitales moleculares" como en superficie (en el men
desplegable),
y elegir el MO quiere visualizar (en el men de la derecha).
4. Haga clic en "Calcular". Si hace clic demasiado rpido y no dejar que el
programa de una
segundo para pensar, podra congelar!
Usted debe ser capaz de ver algo que se parece a la figura 13 que muestra el
LUMO representacin grfica de la molcula de HF.
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Figura 13: Visualizacin del LUMO de HF
9.4 Ejemplo 4: T HE E NERGY DE S TEREISOMERS Y S titulndose F AC -
TORS ( buteno )
Vamos a comparar la salida de una optimizacin de la geometra de los ismeros
cis y trans
de buteno. En primer lugar, dibujar cis-buteno en Avogadro, optimizar su
geometra. Generar
el archivo de entrada G09 seleccionar optimizacin de la geometra, utilizando el
modelo de B3LYP con un 6-
31G (d) conjunto base. Para ver cmo estos pasos se realizan en los detalles,
referirse al ejemplo
1 y 2. Salvo cis_butene.com. Repetir lo mismo para trans-buteno. Guardar como
trans_butene.com.
Ejecutar los trabajos en el G09. Guardar como sus respectivos nombres con la
extensin .out. T
puede visualizar las molculas de Avogadro, pero nos centraremos en sus
energas SCF:
Cis-buteno: SCF Hecho: E (RB3LYP) = -157.224311885 AU despus de 12
ciclos
Trans-buteno: SCF Hecho: E (RB3LYP) = -157.226083227 AU despus
12 ciclos
Tenemos que usar el factor de correccin que figuran en la Tabla 1 para el
mtodo y la base conjunto
(B3LYP / 6-31G (d)), se utiliz para el clculo: 0,9804. Por lo tanto las energas
reales
en realidad son:
Cis-buteno: SCF Hecho: E (RB3LYP) = -154,1427154 Hartrees
Trans-buteno: SCF Hecho: E (RB3LYP) = -154,144452 Hartrees
Como demostrado por las energas, la configuracin trans es ms estable que el
cis.
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10 T RUBLE S Hooting
10.1 C ONVERGENCE no se puede lograr ?
SCF = apretado es el valor predeterminado para G09. Usted debe volver a
intentar el clculo despus de in-
cluding SCF = QC en la seccin de ruta.
10,2 M Y JOB congel , QUE PUEDE I hacer para evitar reiniciar desde
SCRATCH ?
Echa un vistazo a la del manual de referencia de Gauss si la opcin "Reiniciar" es
disponible para el tipo de clculo que estaba haciendo. Esta opcin leer el
parmetros del archivo de controles (alias puede utilizar esto slo si ha cometido
un .CHK
presentar para el trabajo que se congel), y seguir adelante.
10.3 Un doble enlace desaparecido de la estructura despus de COM -
PUTATION ?
G09 tiene un error de visualizacin que a veces ocurre despus de una cal- "Opt
Frec"
cin: el doble enlace se ve como un enlace sencillo, pero no hay tomos de
hidrgeno se aaden a
compensar la valencia de los tomos que participan en ese enlace. Este es un
problema visual,
y si contina adelante con nuestros clculos de alguna propiedad, obtendr
resultados como si molcula fue de buena geometra (es decir, con todos los
bonos correctas).
10,4 M Y de archivos por lotes no funciona correctamente , Por qu ?
Por lo general, los problemas con los archivos por lotes se deben a 3 cosas:
1. Nombre del lote demasiado complicado: tratar de mantener la sencillez, sin
caracteres especiales,
sin comas, sin guiones bajos. Algo as como [Link] trabajar per-
fectamente, mientras que algo como Azo_cmpds [2] .bcf no se ejecutar.
2. Los nombres de los archivos de entrada son incorrectos: asegurarse de que
corresponden a los archivos
existente en el directorio actual! Debe utilizar el generador de archivos por lotes
guin previsto (en el escritorio) para crear archivos por lotes sin errores.
3. Nombre de los archivos de entrada contienen caracteres especiales: comas no
se permiten
En nombres de archivo!
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11 A PNDICE
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computacionales
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