Proyecto de Voluntariado Universitario

DQIAQF, FCEN-UBA
Autor: Rolando M. Caraballo (rcaraballo@[Link])

Introduccin al programa ImageJ
Entrenamiento de docentes para el uso efectivo
y desarrollo de recursos informticos en el aula

El ImageJ (web:[Link] es una programa de dominio
pblico, multiplataforma (existen versiones para Linux, Windows y MacOS), muy til y de gran
versatilidad para el procesado de imgenes, siendo utilizado incluso en distintos proyectos de
investigacin.
El programa permite realizar operaciones muy sencillas sobre imgenes (como ajustar el
contraste, o transformar una imagen color en una imagen blanco y negro), as como efectuar
operaciones ms sofisticadas sobre las imgenes (como por ejemplo resaltar algunos detalles y
ocultar otros, descomponer un video en imgenes y viceversa).
En ste curso introduciremos algunas nociones bsicas para el manejo del programa con
un fin especfico (anlisis colorimtrico de un indicador cido-base a distintos pHs), pero tengan
en mente que el programa tiene muchos ms usos (desde contar nanopartculas hasta analizar
fotos de tejidos), y que la Web est llena de recursos al respecto.


Instalacin en Windows

Para ver cmo desinstalar e instalar software en general, leer el Tutorial Inicial. Para el
caso particular del ImageJ, descargar y ejecutar el archivo correspondiente a su versin de
Windows desde la pgina [Link]
En la siguiente figura se muestra dicha pgina con las opciones de descargas dependiendo
de los sistemas operativos.



Figura 1: Pgina de descarga del ImageJ.



Extra! - Plugins y macros
Los plugins son mdulos de software adicional que sirven para realizar tareas ms especficas,
extendiendo la utilidad del programa.
Por otro lado los macros son lneas de comando que pueden programarse para realizar acciones
repetitivas (por ejemplo, medir en la misma posicin para una serie de imgenes, etc.),
automatizando diversas tareas.
En este curso utilizaremos las funciones por defecto del programa, pero... es bueno saber que hay
mucho material para explorar!


El entorno ImageJ

Mostraremos ahora cmo utilizar el ImageJ una vez instalado. Daremos las explicaciones
utilizando la versin instalada en una computadora en el sistema operativo Windows, donde el
idioma elegido es el ingls. En cualquier otra plataforma el programa puede usarse de un modo
similar.
Para abrir el programa buscamos el mismo haciendo click en la tecla de Inicio (logo de
Windows en el extremo inferior izquierdo de la pantalla), y eligiendo Todos los programas,
aparece en el men como ImageJ.
Cuando abrimos el ImageJ vemos una Barra de trabajo. La barra de trabajo de ImageJ se
compone de varios mens (File, Edit, Image, etc.), algunos botones de herramientas (seleccin
de rea rectangular, oval, etc.), y adems muestra informacin (dependiendo de la herramienta
seleccionada) en forma de texto en la parte inferior.



Figura 2: Barra de trabajo del ImageJ.

Como en este curso vamos a hacer un uso restringido del programa nos concentraremos
en describir solamente las herramientas que vamos a utilizar.


Cmo abrir imgenes

Para abrir una imagen en ImageJ hay al menos 2 caminos.

a) desde el men File como en la mayora de los programas:



Figura 3: Abrir un archivo desde el men File.

Desde el men File seleccionamos Open y en el cuadro de dilogo elegimos la imagen que
deseamos abrir.

b) Si tenemos abierto un explorador de archivos (Explorador de Windows) podemos hacer click
con el botn izquierdo del mouse sobre el archivo y, mientras mantenemos apretado dicho botn,
arrastrar la imagen y soltarla sobre la barra del ImageJ (donde dice <<Drag and Drop>>):



Figura 4: Abrir un archivo por Drag and Drop.


Seleccin de un rea de inters

La mayora de los comandos en el ImageJ funcionar sobre una regin de la imagen que
es preciso seleccionar o separar de alguna manera. Por ejemplo, para seleccionar toda la imagen
se puede ir al men Edit-->Selection-->Select All.
Tambin se puede definir un rea especfica de inters dentro de la imagen, usando
cualquiera de las herramientas de seleccin en la barra de trabajo: rectangular, oval, poligonal y
mano alzada (los primeros cuatro conos de la barra de trabajo, en orden).



Figura 5: Herramientas para seleccionar un rea de inters.

Rectngulo: cuando se usa la herramienta de seleccin rectangular se puede modificar el tamao
de la seleccin arrastrando las esquinas de la seleccin. Si se mantiene apretada la tecla Shift al
hacer la seleccin se fuerza a que la seleccin sea cuadrada.

Oval: De manera similar a la herramienta de seleccin rectangular, la herramienta de seleccin
oval, al mantener apretada la tecla Shift, fuerza a que la seleccin sea circular.

Utilizando las flechas del teclado se puede mover la seleccin, y si lo hacemos
manteniendo la tecla Alt presionada se puede agrandar la seleccin de a un pixel.
Cuando se crea o modifica el tamao de una seleccin su posicin, ancho y altura se
pueden observar en la barra de trabajo del ImageJ. A continuacin se observa una figura donde
se selecciona un rea circular de la imagen de prueba (centro del tubo).



Figura 6: Seleccin de un rea circular en una imagen.

Al aplicar entonces una funcin de anlisis (como haremos a continuacin) la misma se
lleva a cabo slo sobre el rea seleccionada.


Anlisis de los canales de color de una imagen mediante histogramas

Una imagen digital est compuesta por pixels. Cada pixel es un punto con un valor de
intensidad para cada canal (colores primarios). Al combinar los distintos canales obtenemos el
color deseado. En nuestro caso vamos a analizar el aporte de cada canal a la imagen, estudiando
los canales denominados RGB: rojo (red), verde (green) y azul (blue).
La dentro cada canal un pixel toma un valor entero entre 0 y 255 (si los pixels son de 8
bits) para asignarle un color, generando una escala entre estos valores para cada canal. As las
zonas oscuras de una imagen estarn representadas por pxeles con valores cercanos a 0 mientras
que las zonas ms claras con pxeles cercanos a 255.
De esta manera, al analizar los canales RGB de una seleccin de la imagen podemos
cuantificar (contar) cuntos pixels con cada valor color (entre 0 y 255) hay para cada canal
(RGB). Al graficar nmero de pixels en funcin del valor dentro de la escala obtenemos un
histograma (un conteo de pixels para cada valor).

El ImageJ realiza este anlisis de manera directa. Para ello seleccionamos primero la
regin de inters, y luego hacemos click en el men Analyze-->Histogram. Inmediatamente el
programa abre una nueva ventana donde aparece un histograma promedio de todos los canales:



Figura 7: Men Analyze-->Histogram.



Figura 8: Ventana con los datos para los histogramas de cada canal.

Al hacer click en el botn RGB vamos cambiando a los disintos canales, y sus respectivos
histogramas.




Figura 9: Histogramas para el promedio de todos los canales, y para cada canal.

En esta ventana tambin aparecen los valores para distintos parmetros:

Mode: es el valor que ms veces aparece (se ve como el mximo del histograma).
Mean: es el promedio de todos los valores (generalmente es cercano a la moda).
Count: es el nmero de pixels analizados.
StdDev: es la desviacin estndar, que puede aproximarse como el error en la determinacin de
la media (por ejemplo, 9212).
Min y Max: los valores mnimo y mximo del histograma.

Al hacer click en el botn Copy se copia una tabla de valores que puede copiarse a una
planilla de clculo. En dicha tabla aparece el valor dentro de la escala del canal elegido, y el
nmero de pixels con dicho valor. De esta manera podemos copiar todos los datos a una hoja de
clculo para su posterior anlisis (incluso podemos graficar el histograma por nuestra cuenta).



Figura 10: Hoja de clculo con los datos copiados para uno de los histogramas.
La columna A es el valor para el color, la columna B es el nmero de pixels para dicho valor.

Para ello vamos a realizar el proceso completo para una imagen, para que luego repitan
el ejercicio con las distintas imgenes.


Ejercicio: anlisis de los canales RGB para una imagen, y volcado de la informacin a una hoja
de clculo

1 Abra la imagen de prueba provista (titulada Imagen de [Link]). La misma es una
fotografa desde arriba de la boca de un tubo con aproximadamente 5 mL de solucin reguladora
y 5 mL de solucin de indicador, llevada a pH 9.
2 Haga click en la herramienta de seleccin oval.
3 Haga click con el botn izquierdo sobre la imagen, y mientras mantiene la tecla Shift
presionada seleccione un rea de inters. Para ello intente seleccionar el rea central del tubo,
sin tomar porciones brillantes (blancas).
Observe el valor del rea que est tomando (en la barra de trabajo, w es el ancho de la
seleccin, y h la altura). En las sucesivas mediciones es preferible tomar siempre la misma rea
(nmero de pixels).
4 Haga click con el botn izquierdo en el men Analyze-->Histogram. Esto abrir la ventana
previamente mencionada.

5 Abra una hoja de clculo (Excel en Windows, OpenOffice o LibreOffice en Ubuntu).


Figura 11: Hoja de clculo de Excel 2010.

6 Para este archivo cree siete hojas, y nmbrelas: rea, Datos, Promedio, Red, Green, Blue,
Parmetros.



Figura 12: Hojas creadas en el archivo de Excel.

7 A continuacin, copie la imagen del rea seleccionada, y pguela en la hoja rea. Para ello
puede usar la tecla Imprimir Pantalla (o Print Screen), pegar dicha seleccin en el Paint (o el
anlogo en LibreOffice u OpenOffice. Suele denominarse Dibujo)y cortar el rea de inters de
la imagen.



Figura 13: Captura de la pantalla vista en Paint para seleccionar el rea de inters en cada caso.

8 Luego, en la ventana del ImageJ con los histogramas para cada canal (puede ir cambindolos
haciendo click en el botn RGB) haga click en el botn Copy. Comencemos con el histograma del
promedio.
9 En la hoja Datos haga click en la celda A1, y escriba Promedio. Luego haga click en la celda
A2, y escriba Color, y en la celda B2, y escriba Pixels. Por ltimo, haga click con el botn derecho
en la celda A3, y pegue los datos copiados del ImageJ. La planilla debera verse de la siguiente
manera:



Figura 14: Hoja de clculo con los encabezados y los datos copiados para uno de los histogramas.

10 Repita lo anterior (tambin en la hoja Datos) con los datos de los histogramas del canal Rojo
(empezando en la celda D1), Verde (G1) y Azul (J1).
11 Copie la imagen de cada histograma que se muestra en la ventana correspondiente del
ImageJ, de manera anloga a lo realizado en el punto 7, y pguela en la hoja correspondiente
(Promedio, Red, Green y Blue).
12 Por ltimo, en la hoja Parmetros copie los valores de la Moda y la Media para cada color,
como se muestra en la figura:



Figura 15: Parmetros para cada canal.

13 Realice un grfico de Media vs. Color (para ello ver el tutorial respectivo de hoja de clculo).



Figura 16: Hoja de clculo con los parmetros para cada canal graficados.

La planilla final debe quedar como la Planilla de prueba provista.
De esta manera, repitiendo para cada fotografa, tenemos la informacin ordenada para
cada uno de los tubos fotografiados. Esto nos permite tener un perfil de los histogramas tanto
para cada uno de los tubos de referencia (fotos provistas) como para el experimento de
Neutralizacin del vinagre, pudiendo estimar el pH en base a la similitud de los perfiles. Es
importante destacar que compararemos la variacin del mximo de un canal a otro, y no los
valores absolutos de color.